单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 531 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-10-30 |
A review on advancements in feature selection and feature extraction for high-dimensional NGS data analysis
2024-Aug-19, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01415-x
PMID:39158621
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综述 | 本文综述了用于高维NGS数据分析的特征选择和特征提取技术的最新进展 | 本文系统比较了各种统计学、机器学习和深度学习方法在NGS和微阵列数据解释中的应用 | 本文主要关注技术综述，未提供具体实验验证 | 探讨如何通过特征选择和特征提取技术提高高维NGS数据的分析效率和模型性能 | NGS和微阵列数据 | 机器学习 | NA | NGS | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-10-30 |
Precision oncology in neurofibromatosis type 1: quantification of differential sensitivity to selumetinib in plexiform neurofibromas using single-cell RNA sequencing
2024-Aug, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04711-5
PMID:38739187
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术量化了神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib的差异敏感性 | 首次使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上量化药物反应，揭示了selumetinib在神经纤维瘤1型中的差异敏感性 | 样本量较小，仅包括七个丛状神经纤维瘤 | 验证单细胞RNA测序技术在量化神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib敏感性方面的应用 | 神经纤维瘤1型中的丛状神经纤维瘤 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个丛状神经纤维瘤，共658个Schwann细胞（中位数） | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-10-29 |
CONSORT article: Single-cell sequencing analysis revealed CMKLR1+ macrophage as a subpopulation of macrophage with tumor-suppressive characteristics in oral squamous cell carcinoma
2024-Aug-23, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039399
PMID:39183397
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示了CMKLR1+巨噬细胞作为口腔鳞状细胞癌中具有肿瘤抑制特性的巨噬细胞亚群 | 首次发现CMKLR1+巨噬细胞在口腔鳞状细胞癌中具有抑制肿瘤进展的特性 | 研究基于公共数据库的数据，缺乏临床样本的验证 | 探索口腔鳞状细胞癌中免疫细胞的组成及其在肿瘤抑制中的作用 | 口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 基于Gene Expression Omnibus数据库的肿瘤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-08-07 |
Unraveling the dynamics of myometrial remodeling: insights from single-cell and spatial transcriptomics in term pregnancy
2024-Aug-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-10-25 |
Unique expression and critical role of metallothionein 3 in the control of osteoclastogenesis and osteoporosis
2024-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01290-3
PMID:39085359
|
研究论文 | 研究探讨了金属硫蛋白3（MT3）在调控破骨细胞生成和骨质疏松中的独特表达和关键作用 | 首次揭示了MT3在骨细胞调控中的作用，并提出了MT3通过ROS和SP1双轴调控破骨细胞生成和骨代谢的机制 | NA | 探讨MT3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及其调控机制 | 破骨细胞、骨质疏松 | NA | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-10-24 |
Microenvironment T-Type calcium channels regulate neuronal and glial processes to promote glioblastoma growth
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.22.609229
PMID:39229003
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研究论文 | 研究探讨了微环境中的T型钙通道在调节神经元和胶质细胞过程中对胶质母细胞瘤生长的影响 | 首次揭示了微环境中的T型钙通道在促进胶质母细胞瘤进展中的作用，并发现抑制该通道可以增强TMZ和辐射的抗肿瘤效果 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果 | 阐明微环境和内在T型钙通道在调节肿瘤生长和进展中的作用 | 胶质母细胞瘤细胞、Cav3.2敲除小鼠、WT小鼠、神经元和胶质母细胞瘤干细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Cav3.2敲除小鼠和WT小鼠的肿瘤样本，以及神经元和胶质母细胞瘤干细胞的共培养样本 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-10-24 |
Tracking clonal evolution of drug resistance in ovarian cancer patients by exploiting structural variants in cfDNA
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609031
PMID:39229105
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研究论文 | 本文通过利用cfDNA中的结构变异，追踪卵巢癌患者药物耐药性的克隆进化 | 开发了一种基于克隆特异性结构变异的cfDNA混合捕获和深度测序方法，错误率远低于ctDNA中的单核苷酸变异检测 | 研究样本量较小，仅涉及19名患者，且仅限于高级别浆液性卵巢癌 | 探索肿瘤在药物耐药状态下进化的机制，并开发一种新的方法来追踪克隆进化 | 高级别浆液性卵巢癌患者的药物耐药性克隆进化 | 数字病理学 | 卵巢癌 | cfDNA混合捕获和深度测序 | Wright-Fisher模型 | cfDNA和单细胞全基因组测序数据 | 19名患者的基础数据，10名患者的长期监测数据 | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-10-24 |
A Novel Human Extravascular Monocyte Subset with Antiviral Functions Is Crucial for Resolving Lung Tissue Infection
2024-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.08.583965
PMID:38496468
|
研究论文 | 研究揭示了一种新型的人类血管外单核细胞亚群，具有抗病毒功能，对解决肺组织感染至关重要 | 发现了一种新型的人类肺部血管外炎症单核细胞（ExiMO），具有抗病毒功能，并揭示了其在SARS-CoV-2感染解决中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异 | 探讨人类免疫机制在无预先免疫背景下解决肺部感染的作用 | SARS-CoV-2感染及其解决机制 | 免疫学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | 小鼠模型与人类免疫系统的联合移植 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-10-24 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.12.607664
PMID:39185152
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PURE-seq的新技术，用于高效测序稀有细胞，并探讨了其在小鼠长期造血干细胞中的应用 | 开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，减少细胞损失并提高稀有细胞的捕获率 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组变化，并识别潜在的主调控因子 | 小鼠长期造血干细胞及其在造血衰老背景下的转录组 | 数字病理学 | NA | PURE-seq | NA | 转录组 | 数十个稀有细胞，稀有度为1/1,000,000 | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-10-24 |
Quantitative comparison of single-cell RNA sequencing versus single-molecule RNA imaging for quantifying transcriptional noise
2024-Aug-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.09.607289
PMID:39149226
|
研究论文 | 本文比较了单细胞RNA测序与单分子RNA成像在量化转录噪声方面的效果 | 首次利用小分子扰动（IdU）放大噪声，并比较了多种scRNA-seq算法与smFISH在量化噪声方面的差异 | 所有scRNA-seq算法系统性地低估了噪声，与smFISH相比存在差异 | 探讨量化基因组范围内转录噪声的最佳方法 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA FISH数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单分子RNA荧光原位杂交（smFISH） | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-10-24 |
ResSAT: Enhancing Spatial Transcriptomics Prediction from H&E- Stained Histology Images with Interactive Spot Transformer
2024-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4707959/v1
PMID:39149477
|
研究论文 | 提出了一种名为ResSAT的框架，通过捕捉组织结构并使用自注意力变压器来增强从H&E染色图像中预测空间基因表达的能力 | 引入了一种新的框架ResSAT，结合残差网络和自注意力变压器，显著提高了从H&E图像中预测空间基因表达的准确性 | NA | 开发一种能够从H&E染色图像中准确预测空间基因表达的新方法 | H&E染色图像和空间基因表达 | 数字病理学 | NA | 自注意力变压器 | 残差网络 | 图像 | 10× Visium数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-10-24 |
Deciphering tumour microenvironment and elucidating the origin of cancer cells in ovarian clear cell carcinoma
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606821
PMID:39149248
|
研究论文 | 本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术，分析了卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 首次构建了卵巢透明细胞癌肿瘤微环境的单细胞RNA测序资源，并比较了其与子宫内膜异位症的细胞类型和细胞间通信差异 | 样本量较小，仅包括7名患者，可能影响结果的普适性 | 揭示卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 卵巢透明细胞癌的肿瘤组织及其微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名卵巢透明细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-10-24 |
Optics-free Spatial Genomics for Mapping Mouse Brain Aging
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606712
PMID:39149282
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研究论文 | 本文介绍了一种无需光学成像的空间转录组学平台，用于绘制小鼠大脑衰老过程中的基因表达和细胞动态变化 | 本文提出了一种无需预定义捕获阵列或大量成像的光学自由空间转录组学平台，能够快速且成本有效地处理多个组织切片 | NA | 解决当前空间转录组学方法在通量和成本方面的挑战，以进行全面研究 | 小鼠大脑在成年和衰老阶段的基因表达和细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 30个大脑区域，包括成年和衰老小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-10-21 |
Resilience of A Learned Motor Behavior After Chronic Disruption of Inhibitory Circuits
2024-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541057
PMID:37292888
|
研究论文 | 研究了斑胸草雀在抑制性神经回路慢性破坏后学习到的鸣叫行为的恢复机制 | 发现成年斑胸草雀在抑制性神经元长期沉默后，能够恢复其鸣叫行为，尽管神经活动发生了永久性改变 | 研究主要集中在斑胸草雀的鸣叫行为恢复机制，未涉及其他物种或行为 | 探讨抑制性神经回路慢性破坏后学习行为的恢复机制 | 斑胸草雀的鸣叫行为及其神经回路 | 神经科学 | NA | 细胞特异性病毒载体、单细胞RNA测序、慢性及急性电生理记录 | NA | RNA序列、电生理数据 | 成年斑胸草雀 | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-10-17 |
Retinal perivascular macrophages regulate immune cell infiltration during neuroinflammation in mouse models of ocular disease
2024-Aug-29, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180904
PMID:39207852
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研究论文 | 研究了视网膜周围血管巨噬细胞在小鼠眼部疾病模型中神经炎症期间调节免疫细胞浸润的作用 | 首次揭示了视网膜周围血管巨噬细胞在调节血视网膜屏障（BRB）免疫细胞迁移中的功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨视网膜周围血管巨噬细胞在眼部炎症性疾病中的作用 | 视网膜周围血管巨噬细胞及其在神经炎症中的功能 | NA | 糖尿病视网膜病变，葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了Pf4Cre小鼠进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-10-17 |
Spatiotemporal transcriptomic mapping of regenerative inflammation in skeletal muscle reveals a dynamic multilayered tissue architecture
2024-Aug-27, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173858
PMID:39190487
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研究论文 | 研究重建了急性损伤和早期肌营养不良肌肉中分离的骨髓细胞的动态轨迹，揭示了再生炎症的动态多层组织结构 | 首次揭示了巨噬细胞在再生组织中空间适应和功能多样化的机制，并发现了支持再生过程的多层炎症区域 | 研究主要集中在急性损伤和早期肌营养不良肌肉，未涵盖其他类型的肌肉损伤或再生情况 | 探讨巨噬细胞在肌肉再生中的作用及其在组织结构中的动态分布 | 急性损伤和早期肌营养不良肌肉中的骨髓细胞 | 数字病理学 | 肌营养不良 | 空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 急性损伤和早期肌营养不良肌肉中的骨髓细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-10-16 |
Visualizing scRNA-Seq Data at Population Scale with GloScope
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542786
PMID:37398321
|
研究论文 | 提出了一种名为GloScope的框架，用于在群体规模上可视化和分析scRNA-Seq数据 | 开发了一种新的生物信息学方法GloScope，用于处理样本间变异，并支持样本级别的可视化和质量控制评估 | NA | 开发一种新的方法来处理和可视化群体规模的scRNA-Seq数据 | scRNA-Seq数据及其在不同样本中的变异 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 12到超过300个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-10-13 |
MerTK-dependent efferocytosis by monocytic-MDSCs mediates resolution of ischemia/reperfusion injury after lung transplant
2024-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179876
PMID:39172530
|
研究论文 | 研究了Mer酪氨酸激酶受体在单核细胞来源的髓系抑制细胞（M-MDSCs）介导的吞噬作用中对肺移植后缺血再灌注损伤（IRI）的缓解作用 | 首次探讨了MerTK在M-MDSCs介导的吞噬作用中对肺移植后IRI的缓解作用 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本的单细胞RNA测序，缺乏大规模临床试验验证 | 探讨MerTK在M-MDSCs介导的吞噬作用中对肺移植后IRI的缓解作用 | 肺移植后缺血再灌注损伤（IRI）和慢性肺移植物功能障碍（CLAD） | NA | 肺移植 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括肺移植患者和小鼠模型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-10-13 |
Bank1 modulates the differentiation and molecular profile of key B cell populations in autoimmunity
2024-Aug-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179417
PMID:39163122
|
研究论文 | 本研究探讨了B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）出现中的作用，特别是在两种系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型中的作用 | 首次揭示了BANK1在ABCs发育中的关键作用，以及其对早期B细胞向ABCs分化的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 定义B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）出现中的作用 | B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）中的作用 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 2种SLE小鼠模型（TLR7.tg6和咪喹莫特诱导的小鼠）与Bank1-/-小鼠杂交 | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-10-12 |
Exploring the potential molecular intersection of stroke and major depression disorder
2024-08-06, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150079
PMID:38759300
|
研究论文 | 研究探讨了中风和重度抑郁症在分子层面的潜在关联机制 | 发现了Mlkl和Nlrp3两个关键基因在中风和重度抑郁症共病机制中的重要作用，并预测了六种可能的治疗药物 | 研究主要基于动物实验和生物信息学分析，缺乏人体临床数据支持 | 探索中风和重度抑郁症在基因层面的共病机制 | 中风和重度抑郁症的小鼠模型 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 转录组分析、单细胞测序、RT-PCR、免疫荧光染色 | NA | 转录组数据 | 涉及多个GEO数据库中的小鼠样本数据集（GSE104036, GSE131712, GSE81672, GSE146845） | NA | NA | NA | NA |