单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-09-23	Benchmarking clustering, alignment, and integration methods for spatial transcriptomics 2024-Aug-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03361-0 PMID:39123269	研究论文	本文系统地评估了多种最先进的算法在空间转录组学数据上的聚类、对齐和整合性能	首次对空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法进行了全面的基准测试	未提及具体限制	评估和比较不同空间转录组学数据处理方法的性能	空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	涉及多种真实和模拟数据集，大小、技术、物种和复杂性各异
162	2024-09-23	Transcriptomic changes and gene fusions during the progression from Barrett's esophagus to esophageal adenocarcinoma 2024-Aug-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00623-8 PMID:39113153	研究论文	研究了从Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	首次全面分析了Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	样本量较小，仅包括8个个体	揭示Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	Barrett食管和食管腺癌组织	数字病理学	食管癌	RNA测序	NA	转录组数据	8个个体
163	2024-09-23	Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC PMID:38568479	研究论文	研究使用数字空间转录组学技术，分析了特发性肺动脉高压（IPAH）血管病变中的独特分子特征	首次通过数字空间转录组学技术，揭示了IPAH血管病变中的独特分子特征，并发现了与转化生长因子β信号传导、细胞外基质和内皮-间充质转化相关的基因富集	研究样本量较小，且仅限于IPAH和对照组的肺动脉	验证特发性肺动脉高压（IPAH）血管病变是否具有独特的分子特征	特发性肺动脉高压（IPAH）的血管病变和对照组的肺动脉	数字病理学	肺动脉高压	数字空间转录组学	NA	转录组数据	11个IPAH肺样本和5个对照组肺动脉样本
164	2024-09-21	Ferrostatin-1 alleviates skin inflammation and inhibits ferroptosis of neutrophils and CD8+ T cells in allergic contact dermatitis 2024-Aug-29, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2024.08.004 PMID:39299894	研究论文	研究了铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用及Ferrostatin-1对其的抑制效果	首次揭示了铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用，并证明了Ferrostatin-1对中性粒细胞和CD8+ T细胞铁死亡的抑制作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用及Ferrostatin-1的治疗效果	过敏性接触性皮炎中的铁死亡现象及Ferrostatin-1的作用	NA	皮肤炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用1-氯-2,4-二硝基氯苯诱导的过敏性接触性皮炎小鼠模型
165	2024-09-21	Identification of Siglec-10 as a new dendritic cell checkpoint for cervical cancer immunotherapy 2024-Aug-28, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009404 PMID:39209455	研究论文	研究揭示了Siglec-10在宫颈癌免疫治疗中的新作用，作为树突状细胞的检查点	首次发现Siglec-10作为宫颈癌中树突状细胞的抑制性检查点，并提出靶向Siglec-10可能是宫颈癌免疫治疗的新途径	NA	揭示宫颈癌微环境与先天免疫细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗策略	宫颈癌患者的单细胞RNA测序数据和原发性肿瘤样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	宫颈癌患者的原发性肿瘤样本
166	2024-09-21	Upregulation of hsa-miR-141-3p promotes uterine cervical carcinoma progression via targeting dual-specificity protein phosphatase 1 2024-Aug-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01413-z PMID:39138666	研究论文	研究了hsa-miR-141-3p和双特异性蛋白磷酸酶1（DUSP1）在子宫颈癌（UCC）中的异常表达及其相关机制	首次揭示了hsa-miR-141-3p通过靶向DUSP1促进子宫颈癌进展的机制	研究主要集中在细胞水平，缺乏临床样本的验证	探讨hsa-miR-141-3p和DUSP1在子宫颈癌中的异常表达及其相关机制	hsa-miR-141-3p和DUSP1在子宫颈癌中的表达及其功能	数字病理学	子宫颈癌	定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）、免疫组织化学（IHC）染色、基因芯片、RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据	558个子宫颈癌组织样本和1,268个样本用于DUSP1表达分析
167	2024-09-21	Single-cell analysis identified PDIA3 as regulator of malignant characteristics and macrophage function in human cancers 2024-Aug-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01416-w PMID:39138692	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了PDIA3在人类癌症中的恶性特征和巨噬细胞功能调控作用	首次系统探讨了PDIA3在单细胞水平上的免疫功能，包括细胞通讯、细胞代谢、细胞进化和表观遗传修饰，并验证了其在免疫治疗反应中的预测价值	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探讨PDIA3在不同肿瘤恶性特征和肿瘤免疫中的作用	PDIA3在人类癌症中的表达及其对肿瘤细胞和巨噬细胞功能的影响	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	多个数据库的泛癌数据
168	2024-09-20	Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals hedgehog pathway-related genes as potential therapeutic targets for cervical cancer 2024-Aug-28, Cancer treatment and research communications DOI:10.1016/j.ctarc.2024.100841 PMID:39293140	研究论文	本研究结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了刺猬信号通路相关基因作为宫颈癌潜在治疗靶点的可能性	首次整合单细胞测序和空间转录组学数据，深入研究了刺猬信号通路在宫颈癌中的作用，并发现了MYH9在宫颈癌中的关键作用	NA	揭示刺猬信号通路相关基因在宫颈癌中的潜在治疗靶点	宫颈癌组织中的刺猬信号通路相关基因	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
169	2024-09-20	Single-cell transcriptomics reveal transcriptional programs underlying male and female cell fate during Plasmodium falciparum gametocytogenesis 2024-Aug-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51201-3 PMID:39187486	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫配子体发育过程中雄性和雌性细胞命运的转录程序	本文首次通过单细胞RNA测序技术，定义了恶性疟原虫配子体发育过程中雄性和雌性细胞的转录程序，并预测了潜在的驱动基因	NA	阐明在没有性染色体的情况下，恶性疟原虫雄性和雌性配子体如何分化	恶性疟原虫的配子体	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
170	2024-09-20	aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph 2024-Aug-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03339-y PMID:39090647	研究论文	本文开发了一种优化的自适应k近邻图方法aKNNO，用于单细胞和空间转录组数据的聚类，能够同时准确识别常见和稀有细胞类型	aKNNO通过优化的自适应k近邻图，能够在单细胞和空间转录组数据中同时准确识别常见和稀有细胞类型	NA	开发一种新的聚类方法，能够在单细胞和空间转录组数据中同时准确识别常见和稀有细胞类型	单细胞和空间转录组数据中的常见和稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	自适应k近邻图	基因表达数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组数据集
171	2024-09-20	Activation of Nrf2 inhibits atherosclerosis in ApoE-/- mice through suppressing endothelial cell inflammation and lipid peroxidation 2024-08, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103229 PMID:38870781	研究论文	研究Nrf2在ApoE-/-小鼠中通过抑制内皮细胞炎症和脂质过氧化来抑制动脉粥样硬化的作用	首次探讨了内皮Nrf2在动脉粥样硬化中的作用及其激活机制，并提出了Nrf2作为治疗动脉粥样硬化的新策略	NA	探讨Nrf2在动脉粥样硬化中的作用及其作为治疗靶点的潜力	ApoE-/-小鼠和内皮细胞	NA	心血管疾病	RNA测序和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	ApoE-/-小鼠和Cdh5CreCas9floxed-stopApoE-/-小鼠
172	2024-09-20	Therapy-induced senescence through the redox lens 2024-08, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103228 PMID:38865902	综述	本文综述了治疗诱导的衰老肿瘤细胞通过活性氧（ROS）及其相关的氧化还原信号网络在肿瘤复发和疾病复发中的作用	本文探讨了ROS和氧化还原状态动态在微调稳态过程中驱动治疗诱导的细胞命运向衰老建立的作用，并提供了干预策略的见解，特别是利用调节氧化还原和抗氧化途径的senotherapeutics	NA	探讨治疗诱导的衰老通过氧化还原视角的作用机制，并评估其对肿瘤起始和复发的潜在影响	治疗诱导的衰老肿瘤细胞、活性氧（ROS）、氧化还原信号网络、衰老相关分泌表型（SASP）	NA	NA	NA	NA	NA	NA
173	2024-09-19	Single-cell transcriptomics reveals neural stem cell trans-differentiation and cell subpopulations in whole heart decellularized extracellular matrix 2024-Aug-31, Biophysics reports DOI:10.52601/bpr.2024.240011 PMID:39281200	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了神经干细胞在全心脱细胞基质中的跨分化及其细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序揭示了神经干细胞在全心脱细胞基质中的跨分化机制，并发现了心脏样细胞具有神经外胚层和心脏中胚层的双重特征	研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证	探讨神经干细胞在全心脱细胞基质中的跨分化机制，为心脏再生提供新的理论基础	神经干细胞在全心脱细胞基质中的跨分化及其细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	2765个细胞
174	2024-09-19	Preclinical development of a novel CCR8/CTLA-4 bispecific antibody for cancer treatment by disrupting CTLA-4 signaling on CD8 T cells and specifically depleting tumor-resident Tregs 2024-Aug-09, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03794-3 PMID:39123089	研究论文	开发了一种新型CCR8/CTLA-4双特异性抗体，用于癌症治疗，通过破坏CD8 T细胞上的CTLA-4信号并特异性清除肿瘤内Tregs	提出了一种新型双特异性抗体，能够同时靶向CCR8和CTLA-4，增强T细胞激活并特异性清除肿瘤内Tregs	NA	开发新一代CTLA-4治疗药物，平衡调节性T细胞（Tregs）的清除和CD8 T细胞的激活	CCR8和CTLA-4双特异性抗体及其在癌症治疗中的应用	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	NA	使用了hCCR8或hCTLA-4人源化小鼠模型和hCCR8/hCTLA-4双敲入小鼠模型，以及食蟹猴模型
175	2024-09-19	Deciphering the interplay of HPV infection, MHC-II expression, and CXCL13+ CD4+ T cell activation in oropharyngeal cancer: implications for immunotherapy 2024-Aug-06, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03789-0 PMID:39105803	研究论文	研究HPV感染、MHC-II表达和CXCL13+ CD4+ T细胞激活在口咽癌中的相互作用及其对免疫治疗的启示	揭示了HPV阳性口咽鳞状细胞癌（OPSCC）肿瘤细胞与肿瘤微环境（TME）之间的独特相互作用，特别是HPV+ OPSCC肿瘤细胞通过增强干扰素反应和MHC-II表达来增强肿瘤识别和免疫反应，并发现CXCL13+CD4+ T细胞在HPV+ OPSCC中的重要作用	研究仅基于6个样本（3个HPV+ OPSCC肿瘤、3个HPV- OPSCC肿瘤和1个正常扁桃体组织），样本量较小可能影响结果的普适性	探讨HPV感染、MHC-II表达和CXCL13+ CD4+ T细胞激活在口咽癌中的相互作用，为口咽癌的免疫治疗提供新的策略	HPV阳性（HPV+）和HPV阴性（HPV-）口咽鳞状细胞癌（OPSCC）肿瘤细胞及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	数字病理学	口咽癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	6个样本（3个HPV+ OPSCC肿瘤、3个HPV- OPSCC肿瘤和1个正常扁桃体组织）
176	2024-09-19	Highlighting immune features of the tumor ecosystem and prognostic value of Tfh and Th17 cell infiltration in head and neck squamous cell carcinoma by single-cell RNA-seq 2024-Aug-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03767-6 PMID:39093451	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤生态系统的免疫特征，并评估了Tfh和Th17细胞浸润的预后价值	首次通过单细胞RNA测序揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤生态系统的免疫特征，并发现了Tfh和Th17细胞浸润与患者预后的显著相关性	研究样本量有限，且仅限于头颈部鳞状细胞癌，可能限制了结果的普适性	深入了解头颈部鳞状细胞癌中肿瘤生态系统的免疫特征，并评估特定免疫细胞浸润的预后价值	头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织和正常组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	26,496个细胞样本和502名头颈部鳞状细胞癌患者
177	2024-09-19	Expression of L1 Cell Adhesion Molecule, a Nephronal Principal Cell Marker, in Nephrogenic Adenoma 2024-Aug, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100540 PMID:38901674	研究论文	本文研究了L1细胞粘附分子在肾源性腺瘤中的表达，并探讨了其在诊断中的潜在价值	利用单细胞RNA测序技术提名L1细胞粘附分子作为肾源性腺瘤的潜在生物标志物，并通过免疫组化验证其在所有35例患者样本中的阳性表达	研究样本量有限，且未涵盖所有可能的病理类型	探讨L1细胞粘附分子在肾源性腺瘤诊断中的应用	肾源性腺瘤及其相关病理类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	35例肾源性腺瘤患者样本
178	2024-09-19	A spatial expression atlas of the adult human proximal small intestine 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07793-3 PMID:39112711	研究论文	本文利用空间转录组学、空间蛋白质组学和单分子荧光原位杂交技术，构建了成人近端小肠的综合空间表达图谱	首次揭示了成人小肠中存在的空间异质性，并描述了上皮细胞、间充质细胞和免疫细胞类型的区域表达和细胞类型分布	NA	探究成人小肠中的空间基因表达异质性	成人近端小肠的基因表达和蛋白质表达	NA	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学、单分子荧光原位杂交	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	成人近端小肠样本
179	2024-09-17	Single-Cell RNA-Sequencing: Opening New Horizons for Breast Cancer Research 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179482 PMID:39273429	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对理解乳腺癌生物学和个性化治疗策略的潜在影响	单细胞RNA测序技术为乳腺癌研究提供了前所未有的细胞异质性和复杂性洞察	NA	探讨单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对个性化治疗策略的潜在影响	乳腺癌细胞及其微环境中的细胞类型和状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
180	2024-09-17	Deciphering Dormant Cells of Lung Adenocarcinoma: Prognostic Insights from O-glycosylation-Related Tumor Dormancy Genes Using Machine Learning 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179502 PMID:39273449	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，揭示了肺腺癌中休眠细胞与O-糖基化相关基因的关系，并开发了一个预测肺腺癌预后的风险评分模型	首次揭示了O-糖基化在肺腺癌休眠细胞中的关键作用，并开发了一个基于机器学习的高精度预后预测模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床样本的验证	揭示肺腺癌中休眠细胞的分子机制，并开发一个预测肺腺癌预后的模型	肺腺癌中的休眠细胞及其与O-糖基化相关基因的关系	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	来自肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据