单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-09-15	Role and mechanism of LINC02390 and its potential target genes, CLECL1 and CD69, in immune microenvironment of lung adenocarcinoma 2024-Aug-29, Technology and health care : official journal of the European Society for Engineering and Medicine IF:1.4Q3 DOI:10.3233/THC-241452 PMID:39269874	研究论文	探讨LINC02390及其潜在靶基因CLECL1和CD69在肺腺癌免疫微环境中的作用及机制	发现LINC02390及其靶基因CLECL1和CD69在肺腺癌患者中的表达与预后相关，并可能作为免疫治疗的潜在靶点	研究主要基于生存分析和数据库验证，缺乏体内实验验证	寻找预测肺腺癌预后的生物标志物，并探讨其在免疫微环境中的作用	LINC02390及其潜在靶基因CLECL1和CD69在肺腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	肺癌	免疫组化染色	NA	基因表达数据	使用GSE111894单细胞测序数据集和临床组织样本进行分析
162	2024-09-15	Identifying novel risk genes in intracranial aneurysm by integrating human proteomes and genetics 2024-Aug-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae111 PMID:39084678	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传数据，识别颅内动脉瘤的新风险基因	采用多维高通量数据整合蛋白质组关联研究、转录组关联研究、孟德尔随机化分析和贝叶斯共定位分析，优先筛选出可能增加颅内动脉瘤风险的基因	未发现具有顺式调控血浆蛋白水平的显著基因与颅内动脉瘤相关	识别颅内动脉瘤的新风险基因	颅内动脉瘤的风险基因	生物信息学	脑血管疾病	全基因组关联研究 (GWAS), 蛋白质组关联研究 (PWAS), 转录组关联研究 (TWAS), 孟德尔随机化 (MR), 贝叶斯共定位分析, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 基因集富集分析 (GSEA)	NA	蛋白质组数据, 转录组数据, 基因组数据	NA
163	2024-09-15	Dissection of triple-negative breast cancer microenvironment and identification of potential therapeutic drugs using single-cell RNA sequencing analysis 2024-Aug, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.100975 PMID:39263352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了三阴性乳腺癌的微环境特征，并识别出潜在的治疗药物	首次在单细胞分辨率下解析了三阴性乳腺癌的微环境，并发现了与肿瘤细胞增殖相关的关键细胞亚群和潜在治疗靶点	研究结果主要基于体外实验和动物模型，需要在临床试验中进一步验证	揭示三阴性乳腺癌的微环境特征，并寻找潜在的治疗药物	三阴性乳腺癌的肿瘤微环境和潜在治疗靶点	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括肿瘤和健康乳腺组织样本
164	2024-09-14	MDK promotes M2 macrophage polarization to remodel the tumour microenvironment in clear cell renal cell carcinoma 2024-08-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-69183-z PMID:39107475	研究论文	研究探讨了MDK基因在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境（TME）中的作用，特别是其对M2巨噬细胞极化的影响	首次揭示了MDK在免疫抑制性肿瘤微环境中的关键作用，并开发了一个基于独特细胞信号分子的预后模型	研究主要基于公开数据集，未来需要进一步的实验验证	探索透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境异质性，并开发新的预后模型以优化免疫治疗	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境及其免疫调控网络	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）和体细胞突变数据分析	NA	基因表达数据	使用了公开的ccRCC数据集，包括TCGA和CheckMate队列的数据
165	2024-09-14	Scanorama: integrating large and diverse single-cell transcriptomic datasets 2024-Aug, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-00991-3 PMID:38844552	研究论文	本文介绍了一种名为Scanorama的方法，用于整合来自不同实验、实验室和技术的单细胞转录组数据，以提高数据质量和解释性	Scanorama解决了由于样本准备、测序深度和实验批次差异引入的技术变异问题，提供了一种有效的整合方法	需要对细胞生物学、转录组技术和生物信息学有基本了解	开发一种方法来整合多样化的单细胞转录组数据，以揭示重要的生物学见解	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	多个实验、实验室和技术的数据
166	2024-09-13	The microenvironmental factors induced invasive tumor cells in glioblastoma 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35770 PMID:39253204	研究论文	研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）细胞在肿瘤微环境（TME）影响下的侵袭性转变机制	揭示了肿瘤微环境中的OSMR和LIFR表达与GBM细胞侵袭性之间的关系	研究主要集中在体外实验，缺乏临床数据支持	探究肿瘤微环境如何调节胶质母细胞瘤细胞的侵袭性	胶质母细胞瘤细胞及其微环境中的OSMR和LIFR表达	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
167	2024-09-13	Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia 2024-Aug-23, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001064 PMID:39178365	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了胆道闭锁中病理性胆管细胞微环境和TNFRSF12A作为潜在治疗靶点	首次通过单细胞和空间转录组学整合分析，识别出胆道闭锁中的病理性胆管细胞微环境，并发现TNFRSF12A作为潜在的治疗靶点	NA	研究胆道闭锁中胆管细胞的病理性作用	胆道闭锁患者的肝脏组织	数字病理学	胆道疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	12个肝脏组织（9个胆道闭锁，3个对照），4个肝脏切片（2个胆道闭锁，2个对照）
168	2024-09-13	Isogenic patient-derived organoids reveal early neurodevelopmental defects in spinal muscular atrophy initiation 2024-Aug-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101659 PMID:39067446	研究论文	研究使用同基因患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）模型和脊髓类器官（SCO）系统，揭示脊髓性肌萎缩症（SMA）早期神经发育缺陷	首次使用同基因患者来源的iPSC模型和脊髓类器官系统，揭示SMA早期神经发育缺陷，并发现SMN2-to-SMN1转换不能完全逆转这些发育异常	研究仅限于脊髓类器官模型，未涉及其他器官或组织，且未评估所有患者的治疗效果	探讨脊髓性肌萎缩症早期神经发育缺陷及其对后期神经元退化的影响	脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官	数字病理学	神经肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官
169	2024-09-13	Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics 2024-Aug-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100831 PMID:39111312	研究论文	本文介绍了一种名为Nova-ST的纳米图案化超密集平台，用于空间转录组学	Nova-ST技术基于随机条码的Illumina测序流动池，实现了定制化、低成本、灵活且高分辨率的大组织切片空间分析	NA	开发一种新的空间转录组学技术，以解决现有技术在捕获阵列密度或成本上的限制	小鼠脑切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠脑切片
170	2024-09-13	Precise detection of cell-type-specific domains in spatial transcriptomics 2024-Aug-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100841 PMID:39127046	研究论文	本文提出了一种名为De-spot的方法，用于在空间转录组学中精确检测低比例细胞类型的特异性域	De-spot整合了分割和反卷积技术，能够生成细胞类型模式，检测低比例细胞类型的特异性域，并直观地展示这些域	NA	开发一种新的计算方法，用于在空间转录组学中精确检测细胞类型的特异性域	空间转录组学中的细胞类型特异性域	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
171	2024-09-13	SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae458 PMID:39051702	研究论文	介绍了一种名为SpatialQC的自动化质量控制管道，用于空间转录组数据的质量控制	SpatialQC是首个专门用于空间转录组数据的一站式质量控制工具，能够生成全面的QC报告并交互式地生成干净的数据	NA	开发一种自动化工具，用于空间转录组数据的质量控制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
172	2024-09-13	Interaction between microglial cells and CD1C+ B dendritic cells leads to CD8+ T cells depletion during the early stages of renal clear cell carcinoma 2024-Aug-02, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038691 PMID:39093774	研究论文	研究肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响	首次揭示了肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用导致CD8+ T细胞耗竭的机制	研究仅基于GEO数据库的scRNA-seq数据，未进行体内实验验证	探讨肾透明细胞癌早期阶段肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用及其对免疫治疗的影响	肾透明细胞癌中的微胶质细胞、CD1C+ B树突状细胞和CD8+ T细胞	NA	肾癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肿瘤组织和外周血样本中的免疫细胞
173	2024-09-13	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Hearts in Patients with Fetal Tetralogy of Fallot 2024-Aug-02, Cardiology IF:1.9Q3 DOI:10.1159/000540406 PMID:39097963	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析法，比较了患有法洛四联症的胎儿心脏与正常胎儿心脏的细胞分类差异，并寻找可能的疾病标志基因	首次通过单细胞RNA测序技术分析法洛四联症胎儿心脏的细胞特征，为早期检测和治疗提供了新的参考	样本量较小，仅包括一个患病样本和一个健康样本	探索法洛四联症的细胞学特征，寻找疾病标志基因	患有法洛四联症的胎儿心脏和正常胎儿心脏	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2个样本，包括1个患病样本和1个健康样本
174	2024-09-13	ClusterMatch aligns single-cell RNA-sequencing data at the multi-scale cluster level via stable matching 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae480 PMID:39073888	研究论文	本文介绍了一种名为ClusterMatch的稳定匹配优化模型，用于在多尺度聚类级别上对单细胞RNA测序数据进行对齐	ClusterMatch利用典型相关分析和多尺度Louvain聚类算法来识别具有优化分辨率的聚类，并使用稳定匹配框架在潜在空间中对齐scRNA-seq数据，同时通过重叠的标记基因集保持可解释性	NA	开发一种新的方法来对齐单细胞RNA测序数据，以解决高维和噪声数据中的多源变异性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稳定匹配优化模型	基因表达数据	NA
175	2024-09-13	Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae494 PMID:39110511	研究论文	本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的主成分分析	APR算法在计算效率和内存使用上优于现有算法，并且适合在多核处理器上并行实现	NA	研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA	基因表达数据	三个公开的单细胞RNA测序数据集
176	2024-09-13	Pseudobulk with proper offsets has the same statistical properties as generalized linear mixed models in single-cell case-control studies 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae498 PMID:39115884	研究论文	本文提出了一种名为offset-pseudobulk的轻量级替代方法，用于替代计算密集型的广义线性混合模型（GLMMs），并证明了其在单细胞RNA测序数据中的统计性质与GLMMs相同	提出了offset-pseudobulk方法，并证明了其在统计性质上与GLMMs相同，同时具有更高的计算效率和数值稳定性	NA	比较广义线性混合模型与pseudobulk方法在单细胞RNA测序数据中的统计性能	单细胞RNA测序数据中的转录表达差异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性混合模型	基因表达数据	NA
177	2024-09-13	TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae475 PMID:39120880	研究论文	本文介绍了一种名为TransTEx的新型组织特异性评分方法，用于将人类转录组分组为不同的表达组	TransTEx是一种新颖的组织特异性评分方法，能够将转录本分为四个表达组，并应用于GTEx mRNA-seq数据，揭示了组织特异性转录本的分布和影响因素	NA	开发一种新的方法来分析组织特异性基因表达，特别是在转录本水平上	人类转录组和组织特异性基因表达	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	199,166个人类转录本
178	2024-09-11	STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics 2024-Aug-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51728-5 PMID:39214995	研究论文	本文介绍了一种名为STIE的期望最大化算法，用于基于原位捕获的空间转录组学中单细胞水平的解卷积、卷积和聚类	STIE算法能够将空间转录组与匹配的组织学图像对齐，并从约70%的间隙区域恢复缺失的细胞，从而实现真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积、卷积和聚类	NA	解决基于原位捕获的空间转录组学中无法精确捕获随机分布的单细胞的问题	单细胞水平的转录组学数据	空间转录组学	NA	期望最大化算法	NA	图像	NA
179	2024-09-11	Potential regulation and prognostic model of colorectal cancer with extracellular matrix genes 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36164 PMID:39247375	研究论文	研究了结直肠癌中细胞外基质基因的潜在调控作用及其在预后模型中的应用	首次系统分析了结直肠癌中细胞外基质成分的表达模式及其与患者生存的关系，并开发了一个基于细胞外基质基因的预后模型	研究主要基于TCGA-CRC队列数据，样本量有限，可能影响模型的泛化能力	探讨结直肠癌中细胞外基质基因的调控机制及其在预后预测中的潜力	结直肠癌中的细胞外基质成分及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理	结直肠癌	RNA测序	NA	转录组数据	结直肠癌肿瘤及配对正常组织样本
180	2024-09-11	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于通过单细胞RNA-seq数据中的表达调控特征揭示血管内皮细胞的身份基因	SCIG方法利用基因序列特征和基因表达信息，无需与其他细胞进行比较即可揭示细胞身份基因，并在网络分析中超越了表达值，揭示了调控细胞身份的主转录因子	NA	揭示细胞身份基因，理解细胞分化、发育及细胞身份失调相关疾病	血管内皮细胞的身份基因	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	机器学习方法	基因表达数据	NA