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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-11-20 |
Single-cell landscape of peripheral immune response in patients with anti-melanoma differentiation-associated gene 5 dermatomyositis
2024-08-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/kead597
PMID:37941459
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术分析了抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周免疫反应 | 首次在抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎样本中鉴定出高度表达IFN alpha诱导蛋白27和IFN诱导螺旋酶C域1的独特CD14+单核细胞亚群 | 样本量较小,仅包括8名患者和6名健康对照 | 探讨抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎的免疫景观及其潜在的病毒感染起源 | 抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8名抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者和6名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-11-15 |
Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure
2024-08-16, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04080-x
PMID:39152369
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研究论文 | 研究揭示了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留Macro-MYL2巨噬细胞 | 发现了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的新作用,并鉴定了一种与肌生成相关的心脏驻留巨噬细胞Macro-MYL2 | 需要进一步实验验证RNA修饰编写者和Macro-MYL2巨噬细胞亚型在心脏免疫微环境中的调控作用 | 探讨RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留巨噬细胞的新亚型 | 心力衰竭患者的免疫细胞和RNA修饰编写者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了GSE145154和GSE141910数据集中的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-11-15 |
IGF1 and CXCR4 Respectively Related With Inhibited M1 Macrophage Polarization in Keloids
2024-Aug-15, The Journal of craniofacial surgery
IF:1.0Q3
DOI:10.1097/SCS.0000000000010479
PMID:39145631
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研究论文 | 研究探讨了瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制机制,并发现了IGF1和CXCR4作为潜在的生物标志物 | 首次发现IGF1和CXCR4与瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制有关,并提出了潜在的病理机制 | 研究样本量较小,仅包括3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织 | 探索瘢痕疙瘩的免疫异质性和新的生物标志物,以设计新的治疗和预防策略 | 瘢痕疙瘩组织及其邻近正常组织中的M1和M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序分析、批量数据差异基因表达分析、基因本体论(GO)分析、基因集富集分析(GSEA)、免疫浸润分析 | NA | RNA | 3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织 | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-11-08 |
Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis
2024-08-13, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409
PMID:38830132
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)、B细胞受体测序和拷贝数异常(CNA)分析,建立了一个可靠的分析流程,用于从转录组分析中推断基因组损伤,并改进了多发性骨髓瘤(MM)和无症状浆细胞瘤(SMM)的功能性克隆间和克隆内分析 | 本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合,用于推断基因组损伤,并改进了克隆间和克隆内的功能分析 | 研究样本仅来自5名患者,可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况 | 建立一个可靠的分析流程,用于从转录组分析中推断基因组损伤,并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析 | 多发性骨髓瘤(MM)和无症状浆细胞瘤(SMM)患者的骨髓浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、B细胞受体测序、拷贝数异常(CNA)分析 | NA | 转录组数据 | 20,465个骨髓浆细胞,来自5名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-11-06 |
Integrative single-cell chromatin and transcriptome analysis of human plasma cell differentiation
2024-08-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023023237
PMID:38643512
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研究论文 | 本文通过整合单细胞染色质和转录组分析,揭示了人类浆细胞分化的时空表观遗传和转录程序 | 本文首次将单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)结合,解析了浆细胞分化的轨迹,并识别了关键的转录因子 | 本文主要依赖于体外培养系统,可能无法完全反映体内浆细胞分化的复杂性 | 揭示驱动浆细胞分化早期阶段的时空表观遗传和转录程序 | 人类浆细胞分化过程中的表观遗传和转录变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | NA | 单细胞数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-10-30 |
A review on advancements in feature selection and feature extraction for high-dimensional NGS data analysis
2024-Aug-19, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01415-x
PMID:39158621
|
综述 | 本文综述了用于高维NGS数据分析的特征选择和特征提取技术的最新进展 | 本文系统比较了各种统计学、机器学习和深度学习方法在NGS和微阵列数据解释中的应用 | 本文主要关注技术综述,未提供具体实验验证 | 探讨如何通过特征选择和特征提取技术提高高维NGS数据的分析效率和模型性能 | NGS和微阵列数据 | 机器学习 | NA | NGS | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-10-30 |
Precision oncology in neurofibromatosis type 1: quantification of differential sensitivity to selumetinib in plexiform neurofibromas using single-cell RNA sequencing
2024-Aug, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04711-5
PMID:38739187
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术量化了神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib的差异敏感性 | 首次使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上量化药物反应,揭示了selumetinib在神经纤维瘤1型中的差异敏感性 | 样本量较小,仅包括七个丛状神经纤维瘤 | 验证单细胞RNA测序技术在量化神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib敏感性方面的应用 | 神经纤维瘤1型中的丛状神经纤维瘤 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个丛状神经纤维瘤,共658个Schwann细胞(中位数) | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-10-29 |
CONSORT article: Single-cell sequencing analysis revealed CMKLR1+ macrophage as a subpopulation of macrophage with tumor-suppressive characteristics in oral squamous cell carcinoma
2024-Aug-23, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039399
PMID:39183397
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示了CMKLR1+巨噬细胞作为口腔鳞状细胞癌中具有肿瘤抑制特性的巨噬细胞亚群 | 首次发现CMKLR1+巨噬细胞在口腔鳞状细胞癌中具有抑制肿瘤进展的特性 | 研究基于公共数据库的数据,缺乏临床样本的验证 | 探索口腔鳞状细胞癌中免疫细胞的组成及其在肿瘤抑制中的作用 | 口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 基于Gene Expression Omnibus数据库的肿瘤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-08-07 |
Unraveling the dynamics of myometrial remodeling: insights from single-cell and spatial transcriptomics in term pregnancy
2024-Aug-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-10-25 |
Unique expression and critical role of metallothionein 3 in the control of osteoclastogenesis and osteoporosis
2024-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01290-3
PMID:39085359
|
研究论文 | 研究探讨了金属硫蛋白3(MT3)在调控破骨细胞生成和骨质疏松中的独特表达和关键作用 | 首次揭示了MT3在骨细胞调控中的作用,并提出了MT3通过ROS和SP1双轴调控破骨细胞生成和骨代谢的机制 | NA | 探讨MT3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及其调控机制 | 破骨细胞、骨质疏松 | NA | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-10-24 |
Microenvironment T-Type calcium channels regulate neuronal and glial processes to promote glioblastoma growth
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.22.609229
PMID:39229003
|
研究论文 | 研究探讨了微环境中的T型钙通道在调节神经元和胶质细胞过程中对胶质母细胞瘤生长的影响 | 首次揭示了微环境中的T型钙通道在促进胶质母细胞瘤进展中的作用,并发现抑制该通道可以增强TMZ和辐射的抗肿瘤效果 | 研究主要集中在小鼠模型上,尚未在人类样本中验证结果 | 阐明微环境和内在T型钙通道在调节肿瘤生长和进展中的作用 | 胶质母细胞瘤细胞、Cav3.2敲除小鼠、WT小鼠、神经元和胶质母细胞瘤干细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Cav3.2敲除小鼠和WT小鼠的肿瘤样本,以及神经元和胶质母细胞瘤干细胞的共培养样本 | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-10-24 |
Tracking clonal evolution of drug resistance in ovarian cancer patients by exploiting structural variants in cfDNA
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609031
PMID:39229105
|
研究论文 | 本文通过利用cfDNA中的结构变异,追踪卵巢癌患者药物耐药性的克隆进化 | 开发了一种基于克隆特异性结构变异的cfDNA混合捕获和深度测序方法,错误率远低于ctDNA中的单核苷酸变异检测 | 研究样本量较小,仅涉及19名患者,且仅限于高级别浆液性卵巢癌 | 探索肿瘤在药物耐药状态下进化的机制,并开发一种新的方法来追踪克隆进化 | 高级别浆液性卵巢癌患者的药物耐药性克隆进化 | 数字病理学 | 卵巢癌 | cfDNA混合捕获和深度测序 | Wright-Fisher模型 | cfDNA和单细胞全基因组测序数据 | 19名患者的基础数据,10名患者的长期监测数据 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-10-24 |
A Novel Human Extravascular Monocyte Subset with Antiviral Functions Is Crucial for Resolving Lung Tissue Infection
2024-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.08.583965
PMID:38496468
|
研究论文 | 研究揭示了一种新型的人类血管外单核细胞亚群,具有抗病毒功能,对解决肺组织感染至关重要 | 发现了一种新型的人类肺部血管外炎症单核细胞(ExiMO),具有抗病毒功能,并揭示了其在SARS-CoV-2感染解决中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,可能与人类实际情况存在差异 | 探讨人类免疫机制在无预先免疫背景下解决肺部感染的作用 | SARS-CoV-2感染及其解决机制 | 免疫学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | 小鼠模型与人类免疫系统的联合移植 | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-10-24 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.12.607664
PMID:39185152
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PURE-seq的新技术,用于高效测序稀有细胞,并探讨了其在小鼠长期造血干细胞中的应用 | 开发了PURE-seq技术,能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中,减少细胞损失并提高稀有细胞的捕获率 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组变化,并识别潜在的主调控因子 | 小鼠长期造血干细胞及其在造血衰老背景下的转录组 | 数字病理学 | NA | PURE-seq | NA | 转录组 | 数十个稀有细胞,稀有度为1/1,000,000 | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-10-24 |
Quantitative comparison of single-cell RNA sequencing versus single-molecule RNA imaging for quantifying transcriptional noise
2024-Aug-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.09.607289
PMID:39149226
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研究论文 | 本文比较了单细胞RNA测序与单分子RNA成像在量化转录噪声方面的效果 | 首次利用小分子扰动(IdU)放大噪声,并比较了多种scRNA-seq算法与smFISH在量化噪声方面的差异 | 所有scRNA-seq算法系统性地低估了噪声,与smFISH相比存在差异 | 探讨量化基因组范围内转录噪声的最佳方法 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA FISH数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单分子RNA荧光原位杂交(smFISH) | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-10-24 |
ResSAT: Enhancing Spatial Transcriptomics Prediction from H&E- Stained Histology Images with Interactive Spot Transformer
2024-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4707959/v1
PMID:39149477
|
研究论文 | 提出了一种名为ResSAT的框架,通过捕捉组织结构并使用自注意力变压器来增强从H&E染色图像中预测空间基因表达的能力 | 引入了一种新的框架ResSAT,结合残差网络和自注意力变压器,显著提高了从H&E图像中预测空间基因表达的准确性 | NA | 开发一种能够从H&E染色图像中准确预测空间基因表达的新方法 | H&E染色图像和空间基因表达 | 数字病理学 | NA | 自注意力变压器 | 残差网络 | 图像 | 10× Visium数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-10-24 |
Deciphering tumour microenvironment and elucidating the origin of cancer cells in ovarian clear cell carcinoma
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606821
PMID:39149248
|
研究论文 | 本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术,分析了卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 首次构建了卵巢透明细胞癌肿瘤微环境的单细胞RNA测序资源,并比较了其与子宫内膜异位症的细胞类型和细胞间通信差异 | 样本量较小,仅包括7名患者,可能影响结果的普适性 | 揭示卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 卵巢透明细胞癌的肿瘤组织及其微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名卵巢透明细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-10-24 |
Optics-free Spatial Genomics for Mapping Mouse Brain Aging
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606712
PMID:39149282
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研究论文 | 本文介绍了一种无需光学成像的空间转录组学平台,用于绘制小鼠大脑衰老过程中的基因表达和细胞动态变化 | 本文提出了一种无需预定义捕获阵列或大量成像的光学自由空间转录组学平台,能够快速且成本有效地处理多个组织切片 | NA | 解决当前空间转录组学方法在通量和成本方面的挑战,以进行全面研究 | 小鼠大脑在成年和衰老阶段的基因表达和细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 30个大脑区域,包括成年和衰老小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-10-21 |
Resilience of A Learned Motor Behavior After Chronic Disruption of Inhibitory Circuits
2024-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541057
PMID:37292888
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研究论文 | 研究了斑胸草雀在抑制性神经回路慢性破坏后学习到的鸣叫行为的恢复机制 | 发现成年斑胸草雀在抑制性神经元长期沉默后,能够恢复其鸣叫行为,尽管神经活动发生了永久性改变 | 研究主要集中在斑胸草雀的鸣叫行为恢复机制,未涉及其他物种或行为 | 探讨抑制性神经回路慢性破坏后学习行为的恢复机制 | 斑胸草雀的鸣叫行为及其神经回路 | 神经科学 | NA | 细胞特异性病毒载体、单细胞RNA测序、慢性及急性电生理记录 | NA | RNA序列、电生理数据 | 成年斑胸草雀 | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-10-17 |
Retinal perivascular macrophages regulate immune cell infiltration during neuroinflammation in mouse models of ocular disease
2024-Aug-29, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180904
PMID:39207852
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研究论文 | 研究了视网膜周围血管巨噬细胞在小鼠眼部疾病模型中神经炎症期间调节免疫细胞浸润的作用 | 首次揭示了视网膜周围血管巨噬细胞在调节血视网膜屏障(BRB)免疫细胞迁移中的功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探讨视网膜周围血管巨噬细胞在眼部炎症性疾病中的作用 | 视网膜周围血管巨噬细胞及其在神经炎症中的功能 | NA | 糖尿病视网膜病变,葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了Pf4Cre小鼠进行实验 | NA | NA | NA | NA |