单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-09-19	Preclinical development of a novel CCR8/CTLA-4 bispecific antibody for cancer treatment by disrupting CTLA-4 signaling on CD8 T cells and specifically depleting tumor-resident Tregs 2024-Aug-09, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03794-3 PMID:39123089	研究论文	开发了一种新型CCR8/CTLA-4双特异性抗体，用于癌症治疗，通过破坏CD8 T细胞上的CTLA-4信号并特异性清除肿瘤内Tregs	提出了一种新型双特异性抗体，能够同时靶向CCR8和CTLA-4，增强T细胞激活并特异性清除肿瘤内Tregs	NA	开发新一代CTLA-4治疗药物，平衡调节性T细胞（Tregs）的清除和CD8 T细胞的激活	CCR8和CTLA-4双特异性抗体及其在癌症治疗中的应用	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	NA	使用了hCCR8或hCTLA-4人源化小鼠模型和hCCR8/hCTLA-4双敲入小鼠模型，以及食蟹猴模型
142	2024-09-19	Deciphering the interplay of HPV infection, MHC-II expression, and CXCL13+ CD4+ T cell activation in oropharyngeal cancer: implications for immunotherapy 2024-Aug-06, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03789-0 PMID:39105803	研究论文	研究HPV感染、MHC-II表达和CXCL13+ CD4+ T细胞激活在口咽癌中的相互作用及其对免疫治疗的启示	揭示了HPV阳性口咽鳞状细胞癌（OPSCC）肿瘤细胞与肿瘤微环境（TME）之间的独特相互作用，特别是HPV+ OPSCC肿瘤细胞通过增强干扰素反应和MHC-II表达来增强肿瘤识别和免疫反应，并发现CXCL13+CD4+ T细胞在HPV+ OPSCC中的重要作用	研究仅基于6个样本（3个HPV+ OPSCC肿瘤、3个HPV- OPSCC肿瘤和1个正常扁桃体组织），样本量较小可能影响结果的普适性	探讨HPV感染、MHC-II表达和CXCL13+ CD4+ T细胞激活在口咽癌中的相互作用，为口咽癌的免疫治疗提供新的策略	HPV阳性（HPV+）和HPV阴性（HPV-）口咽鳞状细胞癌（OPSCC）肿瘤细胞及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	数字病理学	口咽癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	6个样本（3个HPV+ OPSCC肿瘤、3个HPV- OPSCC肿瘤和1个正常扁桃体组织）
143	2024-09-19	Highlighting immune features of the tumor ecosystem and prognostic value of Tfh and Th17 cell infiltration in head and neck squamous cell carcinoma by single-cell RNA-seq 2024-Aug-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03767-6 PMID:39093451	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤生态系统的免疫特征，并评估了Tfh和Th17细胞浸润的预后价值	首次通过单细胞RNA测序揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤生态系统的免疫特征，并发现了Tfh和Th17细胞浸润与患者预后的显著相关性	研究样本量有限，且仅限于头颈部鳞状细胞癌，可能限制了结果的普适性	深入了解头颈部鳞状细胞癌中肿瘤生态系统的免疫特征，并评估特定免疫细胞浸润的预后价值	头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织和正常组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	26,496个细胞样本和502名头颈部鳞状细胞癌患者
144	2024-09-19	Expression of L1 Cell Adhesion Molecule, a Nephronal Principal Cell Marker, in Nephrogenic Adenoma 2024-Aug, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100540 PMID:38901674	研究论文	本文研究了L1细胞粘附分子在肾源性腺瘤中的表达，并探讨了其在诊断中的潜在价值	利用单细胞RNA测序技术提名L1细胞粘附分子作为肾源性腺瘤的潜在生物标志物，并通过免疫组化验证其在所有35例患者样本中的阳性表达	研究样本量有限，且未涵盖所有可能的病理类型	探讨L1细胞粘附分子在肾源性腺瘤诊断中的应用	肾源性腺瘤及其相关病理类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	35例肾源性腺瘤患者样本
145	2024-09-19	A spatial expression atlas of the adult human proximal small intestine 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07793-3 PMID:39112711	研究论文	本文利用空间转录组学、空间蛋白质组学和单分子荧光原位杂交技术，构建了成人近端小肠的综合空间表达图谱	首次揭示了成人小肠中存在的空间异质性，并描述了上皮细胞、间充质细胞和免疫细胞类型的区域表达和细胞类型分布	NA	探究成人小肠中的空间基因表达异质性	成人近端小肠的基因表达和蛋白质表达	NA	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学、单分子荧光原位杂交	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	成人近端小肠样本
146	2024-09-17	Single-Cell RNA-Sequencing: Opening New Horizons for Breast Cancer Research 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179482 PMID:39273429	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对理解乳腺癌生物学和个性化治疗策略的潜在影响	单细胞RNA测序技术为乳腺癌研究提供了前所未有的细胞异质性和复杂性洞察	NA	探讨单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对个性化治疗策略的潜在影响	乳腺癌细胞及其微环境中的细胞类型和状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
147	2024-09-17	Deciphering Dormant Cells of Lung Adenocarcinoma: Prognostic Insights from O-glycosylation-Related Tumor Dormancy Genes Using Machine Learning 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179502 PMID:39273449	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，揭示了肺腺癌中休眠细胞与O-糖基化相关基因的关系，并开发了一个预测肺腺癌预后的风险评分模型	首次揭示了O-糖基化在肺腺癌休眠细胞中的关键作用，并开发了一个基于机器学习的高精度预后预测模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床样本的验证	揭示肺腺癌中休眠细胞的分子机制，并开发一个预测肺腺癌预后的模型	肺腺癌中的休眠细胞及其与O-糖基化相关基因的关系	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	来自肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据
148	2024-09-17	Potential molecular metabolic mechanisms underlying the effects of cimifugin in gastric cancer through single-cell and bulk RNA sequencing combined with network pharmacology 2024-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-413 PMID:39279957	研究论文	研究了传统中药刺五加素在胃癌中的潜在分子代谢机制，通过单细胞和批量RNA测序结合网络药理学的方法	首次通过单细胞RNA测序和网络药理学方法，揭示了刺五加素在胃癌微环境和代谢途径中的潜在作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探讨刺五加素在胃癌中的分子机制，为胃癌治疗提供新的策略	胃癌细胞、胃癌微环境细胞类型及其代谢途径	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、网络药理学	NA	RNA	使用了GSE134520数据库中的单细胞RNA测序数据和TCGA数据库中的胃腺癌数据集
149	2024-09-17	Proteome-wide Mendelian randomization and single-cell sequencing analysis identify the association between plasma proteins and gastric cancer 2024-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-200 PMID:39279974	研究论文	本研究通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析和单细胞测序分析，识别了与胃癌相关的血浆蛋白质	首次通过孟德尔随机化分析和单细胞测序技术，系统地识别了与胃癌因果相关的血浆蛋白质	研究仅基于现有数据进行分析，未进行实验验证	识别与胃癌因果相关的血浆蛋白质，探索新的遗传靶点	胃癌及其相关血浆蛋白质	数字病理学	胃癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序	NA	蛋白质数据、基因表达数据	4907个血浆蛋白质样本、基因表达数据库中的单细胞测序数据
150	2024-09-17	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了迁移中的原始生殖细胞及其微环境的转录异质性，揭示了前后迁移者之间非经典Wnt和Nodal-Lefty信号的差异	首次全面分析了迁移中的原始生殖细胞及其微环境的转录异质性，并揭示了前后迁移者之间非经典Wnt和Nodal-Lefty信号的差异	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	研究迁移中的原始生殖细胞及其微环境的转录异质性，揭示前后迁移者之间的信号差异	迁移中的原始生殖细胞及其微环境	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13,262个小鼠原始生殖细胞和7,868个周围体细胞
151	2024-09-17	Single-Cell Transcriptomics Reveals Early Effects of Ionizing Radiation on Bone Marrow Mononuclear Cells in Mice 2024-Aug-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179287 PMID:39273235	研究论文	研究通过单细胞转录组测序揭示电离辐射对小鼠骨髓单核细胞的早期影响	首次通过单细胞转录组测序技术研究电离辐射对骨髓中不同造血细胞群体的早期响应基因，揭示了放射敏感性和放射抗性细胞之间的基因表达差异	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨电离辐射对骨髓中不同造血细胞群体的放射敏感性和抗性的分子机制	小鼠骨髓中的单核细胞，包括粒细胞-巨噬细胞祖细胞、造血干细胞/祖细胞、B细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞、T细胞和树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	多种骨髓造血细胞群体
152	2024-09-17	Integrating Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data to Identify Prognostic Features Related to Activated Dendritic Cells in Clear-Cell Renal-Cell Carcinoma 2024-Aug-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179235 PMID:39273185	研究论文	本研究整合了批量和单细胞RNA测序数据，识别了与激活树突状细胞相关的预后特征，用于透明细胞肾细胞癌	首次从免疫激活的角度研究树突状细胞与透明细胞肾细胞癌的关系，并构建了一个包含五个基因的预后模型	需要进一步的实验验证和临床试验来确认模型的临床应用价值	研究激活树突状细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并构建预后模型	透明细胞肾细胞癌患者的预后特征和免疫治疗效果	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	多个验证集（GSE167573, ICGC, E-MTAB-1980）和组织样本
153	2024-09-17	3D-Bioprinted Co-Cultures of Glioblastoma Multiforme and Mesenchymal Stromal Cells Indicate a Role for Perivascular Niche Cells in Shaping Glioma Chemokine Microenvironment 2024-Aug-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171404 PMID:39272976	研究论文	研究使用3D生物打印技术探讨胶质母细胞瘤与间充质基质细胞共培养对肿瘤微环境中趋化因子表达的影响	首次通过3D生物打印技术揭示了血管周围细胞在胶质母细胞瘤趋化因子微环境中的重要作用	研究仅限于两种胶质母细胞瘤细胞系和间充质基质细胞的共培养，未涵盖更多细胞类型和肿瘤模型	探讨血管周围细胞在胶质母细胞瘤趋化因子微环境中的作用	胶质母细胞瘤和间充质基质细胞	数字病理学	脑肿瘤	3D生物打印、单细胞RNA测序	NA	RNA	两种胶质母细胞瘤细胞系（U-251和DK-MG）和间充质基质细胞
154	2024-09-17	Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma 2024-Aug-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179182 PMID:39273131	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了青少年硬皮病皮肤病变中的细胞和分子特征	首次利用空间转录组学技术研究青少年硬皮病患者的皮肤病变	研究样本量较小，仅为青少年患者	探究青少年硬皮病的发病机制	青少年硬皮病患者的皮肤病变	数字病理学	硬皮病	空间转录组学	NA	转录组数据	青少年硬皮病患者皮肤病变的病理切片
155	2024-09-17	Interleukin-7 expression by CAR-T cells improves CAR-T cell survival and efficacy in chordoma 2024-Aug-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03756-9 PMID:39093440	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了14个脊索瘤样本，识别出B7-H3和IL-7作为潜在的靶点和增强因子，并评估了B7-H3 CAR-T细胞和表达IL-7的B7-H3 CAR-T细胞的抗肿瘤活性	首次将IL-7表达引入CAR-T细胞，增强了CAR-T细胞的存活和疗效，提供了一种新的双重治疗策略	NA	识别脊索瘤的潜在新型免疫治疗靶点，并通过肿瘤微环境因素增强疗效	脊索瘤样本和CAR-T细胞	NA	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	RNA	14个脊索瘤样本
156	2024-09-17	TRIM24 Cooperates with Ras Mutation to Drive Glioma Progression through snoRNA Recruitment of PHAX and DNA-PKcs 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400023 PMID:38828688	研究论文	研究揭示TRIM24通过招募snoRNA和PHAX以及DNA-PKcs促进胶质瘤进展的机制	首次发现TRIM24与Ras突变协同驱动胶质瘤进展，并揭示了TRIM24通过snoRNA招募PHAX和DNA-PKcs的分子机制	NA	探讨驱动胶质瘤进展的分子机制，并提出潜在的治疗策略	TRIM24、HRas、PHAX、DNA-PKcs、U3 snoRNAs	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	临床Ep-GBM样本和人类神经干细胞
157	2024-09-17	Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308556 PMID:38810140	研究论文	研究通过肾脏类器官模型揭示WT1突变对足细胞发育的关键调控路径	首次通过单细胞染色质可及性和基因表达图谱，结合CRISPR-Cas9基因编辑技术，揭示了WT1突变对足细胞发育的影响	研究主要集中在WT1突变的影响，未涉及其他可能影响足细胞发育的因素	揭示WT1突变对足细胞发育的表观基因组机制	胎儿肾脏和肾脏类器官中的足细胞发育	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	包括胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞样本，以及来自WT1突变患者的诱导多能干细胞 (iPSCs) 衍生的肾脏类器官
158	2024-09-17	Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404151 PMID:38785168	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了11名原发性膜性肾病（PMN）患者和7名健康个体的肾活检样本，揭示了PMN中足细胞的致病性骨形态发生蛋白-2（BMP2）通路以及免疫细胞的行为	首次通过单细胞RNA测序揭示了PMN中足细胞的BMP2/pSMAD1/COL4通路，并发现了免疫细胞的增强浸润和激活	样本量较小，仅包括11名PMN患者和7名健康个体	揭示原发性膜性肾病（PMN）的病理机制	足细胞和免疫细胞在PMN中的作用	NA	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	11名PMN患者和7名健康个体的肾活检样本
159	2024-09-15	Identifying epithelial-mesenchymal transition-related genes as prognostic biomarkers and therapeutic targets of hepatocellular carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data 2024-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-521 PMID:39262476	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种用于肝细胞癌（HCC）预后预测的新型模型	本研究的创新点在于结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，开发了一种新的肝细胞癌预后预测模型，并揭示了与上皮-间质转化（EMT）相关的基因在HCC进展中的临床意义	本研究的局限性在于仅基于特定的基因表达数据构建模型，未考虑其他可能影响预后的因素	本研究旨在通过整合单细胞和批量RNA测序数据，发现新的肝细胞癌预后生物标志物，并提高预后预测的准确性	本研究的研究对象是肝细胞癌（HCC）患者及其预后相关的基因和临床特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox比例风险模型	基因表达数据	NA
160	2024-09-15	Upregulation of CKS2 in immunosuppressive cells is associated with metastasis and poor prognosis in prostate cancer: a single-cell RNA-sequencing analysis 2024-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-2100 PMID:39262475	研究论文	研究探讨了免疫抑制细胞中CKS2的上调与前列腺癌转移和预后不良的关系	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了CKS2在免疫抑制细胞中的上调与前列腺癌转移和预后不良的关联	研究主要基于GEO数据库的数据，可能存在数据偏差	探究免疫抑制环境如何促进前列腺癌转移并恶化患者预后	前列腺癌患者的免疫抑制细胞和CKS2基因	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA