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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension
2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005
PMID:38841857
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者肺组织中血管细胞的转录组变化 | 首次在单细胞水平揭示肺动脉高压中三种疾病相关内皮细胞亚群的特征及其分子调控机制 | 样本量有限(特发性肺动脉高压组仅3例),且使用离体肺组织可能无法完全反映疾病早期变化 | 阐明系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的血管病理生物学机制 | 系统性硬化症相关肺动脉高压患者(16例)、特发性肺动脉高压患者(3例)和健康对照者(15例)的离体肺组织 | 单细胞转录组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 34例人类肺组织样本(16例SSc-PH,3例IPAH,15例对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
Expression of L1 Cell Adhesion Molecule, a Nephronal Principal Cell Marker, in Nephrogenic Adenoma
2024-Aug, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100540
PMID:38901674
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定L1CAM作为肾源性腺瘤的潜在生物标志物,并揭示了其与肾单位集合管主细胞的表达关联 | 首次利用单细胞RNA测序技术发现L1CAM可作为肾源性腺瘤的特异性生物标志物,并建立了肾单位特异性标志物组合 | 样本量有限(35例患者样本),需要更大规模研究验证标志物的临床适用性 | 探索肾源性腺瘤的细胞起源并开发特异性诊断标志物 | 肾源性腺瘤患者组织样本及正常尿路上皮、前列腺组织等对照样本 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, RNA原位杂交 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 35例肾源性腺瘤患者样本及多种对照组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Identification of novel compound heterozygous ZFP36L2 variants implicated in oocyte maturation defects and female infertility
2024-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-024-03154-1
PMID:38829516
|
研究论文 | 本研究通过鉴定ZFP36L2新型复合杂合变异并揭示其在卵母细胞成熟缺陷和女性不孕中的作用机制 | 首次发现ZFP36L2复合杂合变异与人类卵母细胞转录组改变的直接关联,并系统阐明其通过影响ZFP36L2-CNOT6L复合物功能和mRNA降解导致卵母细胞成熟缺陷的分子机制 | 研究样本量有限,功能验证主要在HeLa细胞和小鼠卵母细胞中进行,人类卵母细胞数据相对较少 | 探索卵母细胞成熟缺陷的发病机制 | 携带卵母细胞成熟缺陷的患者及其家系成员,HeLa细胞,小鼠和人类卵母细胞 | 生殖医学 | 女性不孕症 | 全外显子组测序,Sanger测序,实时RT-PCR,单细胞RNA测序,瞬时转染 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质相互作用数据 | 1名患者及其家系成员,HeLa细胞系,小鼠和人类卵母细胞样本 | NA | 全外显子组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
Analyzing Single Cell RNA Sequencing with Topological Nonnegative Matrix Factorization
2024-Aug-01, Journal of computational and applied mathematics
IF:2.1Q1
DOI:10.1016/j.cam.2024.115842
PMID:38464901
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研究论文 | 本文提出了两种基于持久拉普拉斯正则化的非负矩阵分解方法,用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入了拓扑非负矩阵分解(TNMF)和鲁棒拓扑非负矩阵分解(rTNMF),解决了传统NMF方法缺乏多尺度分析的问题 | NA | 开发新的计算方法以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF), 拓扑非负矩阵分解(TNMF), 鲁棒拓扑非负矩阵分解(rTNMF) | 基因表达数据 | 12个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 125 | 2025-10-06 |
Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data
2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland)
DOI:10.1007/s43657-024-00169-7
PMID:39583311
|
研究论文 | 通过多组学数据研究Calumenin在透明细胞肾细胞癌恶性进展和肿瘤微环境异质性中的作用 | 首次系统揭示CALU在ccRCC中的表达特征及其与肿瘤微环境免疫细胞组成的关联,并发现CALU表达影响化疗药物敏感性 | 研究样本量未明确说明,机制研究仍需深入验证 | 探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌发生发展中的作用机制 | 透明细胞肾细胞癌患者组织和细胞系 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 多组学数据分析,单细胞测序,分子生物学实验 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学整合分析 | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
cytoKernel: Robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.16.608287
PMID:39229233
|
研究论文 | 提出一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel,用于评估单细胞数据的差异表达 | 使用基于核的评分检验,能够检测单细胞数据中常被忽视的多模态特征变化 | NA | 开发评估单细胞数据差异表达的稳健方法 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱流式数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式技术 | 核嵌入方法,基于核的评分检验 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,质谱流式技术 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis
2024-Aug-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011
PMID:38768394
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎患者的组织样本,揭示相关的分子通路和免疫细胞亚群 | 首次在活体患者中鉴定出与免疫相关心肌炎和肌炎不良临床结局相关的CD8+ T细胞和髓系细胞亚群,特别是表达FcγRIIIa和IL1B+TNF+的炎症性髓系细胞 | 样本量较小(n=20),仅包含接受免疫检查点治疗的癌症患者,所有活检均在临床表现96小时内获取 | 阐明免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子机制和免疫细胞基础 | 接受免疫检查点治疗的癌症患者并发心肌炎和/或肌炎的组织样本 | 单细胞组学 | 心肌炎和肌炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 20例患者(10例重叠心肌炎加肌炎,1例单纯心肌炎,9例对照)共58,523个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Revealing the crucial roles of suppressive immune microenvironment in cardiac myxoma progression
2024-08-02, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01912-2
PMID:39090109
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了心脏粘液瘤中抑制性免疫微环境的关键作用 | 首次构建心脏粘液瘤的单细胞图谱,发现粘液瘤细胞具有成纤维细胞样特征但表达独特的磷酸二酯酶和增殖相关基因,并揭示了M2样巨噬细胞浸润与栓塞发生的临床关联 | 样本数量有限,体外共培养实验未能完全模拟体内复杂微环境 | 解析心脏粘液瘤的细胞组成和免疫微环境特征 | 心脏粘液瘤组织和其中的细胞群体 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 75,641个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1815
PMID:39183480
|
研究论文 | 本研究通过多组学整合分析揭示了DNA损伤诱导的eccDNAs通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路在弥漫大B细胞淋巴瘤中的致癌作用 | 首次报道eccDNAs在DLBCL中的表达谱及其致癌功能,发现DNA损伤诱导的eccDNAs通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路的新机制 | 未明确说明样本数量和研究人群特征,缺乏临床转化验证数据 | 探究eccDNAs在弥漫大B细胞淋巴瘤中的表达特征、功能机制及治疗意义 | 弥漫大B细胞淋巴瘤细胞、动物模型、GEO数据库 | 多组学整合分析 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 环状DNA测序,原子力显微镜,CCK-8,单细胞RNA测序,化疗药物处理 | 动物模型 | 基因组数据,转录组数据,显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,环状DNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Dysregulation of phosphoenolpyruvate carboxykinase in cancers: A comprehensive analysis
2024-08, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111198
PMID:38697449
|
研究论文 | 通过多组学分析探讨磷酸烯醇丙酮酸羧化酶(PEPCK)在泛癌中的表达失调及其临床意义 | 首次在33种癌症类型中系统分析PEPCK两个亚型(PCK1和PCK2)的表达模式及其与临床预后的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于胶质母细胞瘤 | 阐明PEPCK在癌症发生发展中的作用机制及其临床价值 | 33种癌症类型的患者样本和胶质母细胞瘤细胞系 | 生物信息学 | 泛癌分析(重点关注胶质母细胞瘤) | 生物信息学分析、单细胞测序、体外实验、体内实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、临床数据、突变数据 | TCGA数据库中33种癌症类型的患者样本 | NA | 单细胞测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
Blocking the MIR155HG/miR-155 axis reduces CTGF-induced inflammatory cytokine production and α-SMA expression via upregulating AZGP1 in hypertrophic scar fibroblasts
2024-08, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111202
PMID:38729323
|
研究论文 | 本研究揭示了MIR155HG/miR-155/AZGP1轴在调控增生性瘢痕成纤维细胞中炎症因子产生和α-SMA表达的作用机制 | 首次发现CTGF通过磷酸化STAT3结合MIR155HG启动子刺激其表达,并阐明MIR155HG通过miR-155-5p/-3p靶向AZGP1调控瘢痕形成的分子机制 | 研究主要基于体外细胞模型,需要进一步体内实验验证 | 探究MIR155HG在增生性瘢痕纤维化中的作用机制 | 增生性瘢痕成纤维细胞(HSFBs) | 分子生物学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞测序, qRT-PCR, western blotting, ELISA, 双荧光素酶报告实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 临床HS和正常皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
CXCR4-mediated neutrophil dynamics in periodontitis
2024-08, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111212
PMID:38719020
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨CXCR4在牙周炎中调控中性粒细胞动态的关键作用 | 首次系统揭示CXCR4通过调控中性粒细胞动态参与牙周炎发病的新机制 | 研究样本量有限,具体分子机制仍需进一步验证 | 鉴定牙周炎关键免疫相关致病基因并分析免疫细胞浸润特征 | 牙周组织转录组数据、临床样本和牙周炎小鼠模型 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,蛋白互作网络分析 | LASSO回归模型 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | GEO数据库数据集、临床样本和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery
2024-Aug-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943
PMID:38861365
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研究论文 | 本研究开发了一种计算模型,整合空间多组学分析和虚拟临床试验,用于预测肝细胞癌免疫治疗反应和发现生物标志物 | 开发了能够同时追踪器官尺度肿瘤进展和捕获肿瘤空间异质性的新型计算模型,将数学建模与高通量空间多组学数据相结合 | 模型参数主要来源于文献,需要进一步临床验证 | 促进免疫治疗方案设计和生物标志物发现 | 肝细胞癌患者 | 计算生物学 | 肝细胞癌 | 空间定量系统药理学模型,成像质谱流式技术,空间转录组学 | 空间定量系统药理学模型 | 空间多组学数据,空间蛋白质组学数据,空间转录组学数据 | 来自新辅助HCC临床试验和独立抗PD1单药治疗研究的样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组分析 |
| 134 | 2025-10-06 |
Eganelisib combined with immune checkpoint inhibitor therapy and chemotherapy in frontline metastatic triple-negative breast cancer triggers macrophage reprogramming, immune activation and extracellular matrix reorganization in the tumor microenvironment
2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009160
PMID:39214650
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研究论文 | 本研究评估了PI3K-γ抑制剂eganelisib联合免疫检查点抑制剂和化疗在转移性三阴性乳腺癌中的治疗效果及机制 | 首次报告了PI3K-γ抑制剂eganelisib联合治疗的转化分析结果,揭示了肿瘤微环境中巨噬细胞重编程、免疫激活和细胞外基质重组的新机制 | 样本量较小(肿瘤活检n=11-18),且为II期临床试验的初步分析结果 | 评估eganelisib联合atezolizumab和nab-paclitaxel在转移性三阴性乳腺癌中的治疗效果和作用机制 | 转移性三阴性乳腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 多重免疫荧光、空间转录组学、GeoMx数字空间分析、流式细胞术、细胞因子分析 | NA | 肿瘤活检组织、外周血样本 | 肿瘤活检样本11-18例,来自MARIO-3临床试验 | NA | 空间转录组学, 数字空间分析 | GeoMx | GeoMx数字空间分析平台 |
| 135 | 2025-10-06 |
Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer
2024-Aug, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03075-7
PMID:38942992
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研究论文 | 通过多参数分析胰腺癌患者术前肝脏活检样本,预测转移风险和转移部位 | 首次在胰腺癌诊断时通过多参数分析术前肝脏样本来预测转移风险、时间和器官趋向性 | 样本量相对较小(49例胰腺癌患者),需要更大规模验证 | 开发基于机器学习的方法预测胰腺癌转移结局 | 49例局限性胰腺癌患者和19例非癌性胰腺病变对照患者的肝脏活检样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学、多重成像 | 机器学习模型 | 代谢组数据、转录组数据、成像数据 | 68例患者(49例胰腺癌,19例对照) | NA | 单细胞转录组学, 代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.18.607992
PMID:39229227
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和代谢通量分析发现糖酵解酶PGAM意外地抑制Th17细胞的致病性 | 首次揭示糖酵解途径中的PGAM反应对Th17细胞致病性具有负向调控作用,与传统认知相反 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,在人体中的验证尚需进一步研究 | 探究糖酵解反应在Th17细胞致病性调控中的作用机制 | T辅助17细胞(Th17细胞) | 单细胞组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序,代谢通量分析 | Compass算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02235-4
PMID:38528186
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研究论文 | 评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中基于标记基因进行细胞类型注释的能力 | 首次将大型语言模型GPT-4应用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释任务 | NA | 开发自动化细胞类型注释方法以减少人工标注的工作量和专业知识需求 | 数百种组织和细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 基因表达数据 | 数百种组织和细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 138 | 2025-10-06 |
Loss of Inpp5d has disease-relevant and sex-specific effects on glial transcriptomes
2024-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13901
PMID:38923164
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Inpp5d基因缺失对野生型小鼠大脑转录组的性别特异性影响 | 首次在无病理状态下揭示Inpp5d缺失对大脑转录组的基线影响,并发现性别特异性效应和基因共表达模块的崩溃 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究Inpp5d基因在神经退行性疾病中的功能机制 | 野生型小鼠大脑细胞 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型小鼠大脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608866
PMID:39229219
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研究论文 | 本研究通过多尺度成像和单细胞转录组学揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡特异性表达KRT14的肺泡细胞新类型(腔细胞),揭示了初级分支通过近端-远端融合形成肺副支气管的新机制 | 研究主要聚焦鸡肺发育过程,与哺乳动物肺发育的对比分析相对有限 | 阐明鸟类肺脏单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育关键阶段的组织样本 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多尺度3D成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 鸡肺发育关键阶段样本 | 华大基因 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Stereo-seq | 华大基因Stereo-seq空间转录组技术 |
| 140 | 2025-10-06 |
Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism
2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13080978
PMID:39199224
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研究论文 | 本研究探讨重金属暴露对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响 | 首次系统评估局部高浓度重金属对鞘脂代谢途径的差异调节作用 | 主要基于体外和离体组织模型,缺乏体内验证 | 阐明重金属暴露如何通过调控鞘脂代谢影响呼吸系统疾病 | 肺细胞群体和三维离体人体肺组织 | 分子生物学 | 哮喘 | 空间转录组学, 实时定量PCR, 鞘脂组学分析 | 体外模型系统, 三维离体组织模型 | 转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |