单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-09-23	Benchmarking clustering, alignment, and integration methods for spatial transcriptomics 2024-Aug-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03361-0 PMID:39123269	研究论文	本文系统地评估了多种最先进的算法在空间转录组学数据上的聚类、对齐和整合性能	首次对空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法进行了全面的基准测试	未提及具体限制	评估和比较不同空间转录组学数据处理方法的性能	空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	涉及多种真实和模拟数据集，大小、技术、物种和复杂性各异
122	2024-09-23	Stellate cells are in utero markers of pancreatic disease in cystic fibrosis 2024-Aug-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00871-2 PMID:39112965	研究论文	本文使用羊模型研究囊性纤维化（CF）中胰腺疾病的演变过程	首次通过scRNA-seq技术识别出在CFTR-/-动物中显著富集的独特细胞群体，并发现星状细胞在妊娠末期的显著变化	研究仅限于羊模型，结果可能不完全适用于人类	研究囊性纤维化中胰腺疾病的早期诊断特征和演变过程	囊性纤维化患者的胰腺组织	数字病理学	囊性纤维化	RNA-seq	NA	RNA	从50天到妊娠末期收集的6个时间点的胎儿胰腺样本
123	2024-09-23	Transcriptomic changes and gene fusions during the progression from Barrett's esophagus to esophageal adenocarcinoma 2024-Aug-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00623-8 PMID:39113153	研究论文	研究了从Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	首次全面分析了Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	样本量较小，仅包括8个个体	揭示Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	Barrett食管和食管腺癌组织	数字病理学	食管癌	RNA测序	NA	转录组数据	8个个体
124	2024-09-23	Single-cell RNA sequencing reveals placental response under environmental stress 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50914-9 PMID:39095385	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠胎盘在砷暴露下的反应，揭示了细胞类型特异性的基因表达、功能和病理变化	首次揭示了PRAP1基因在砷暴露下在胎盘中的上调，并展示了其在减轻砷诱导的细胞毒性和下调细胞周期途径中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨环境压力对胎盘的影响，特别是砷暴露对胎盘基因表达和功能的影响	小鼠胎盘在砷暴露下的反应	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26种胎盘细胞类型
125	2024-09-23	Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC PMID:38568479	研究论文	研究使用数字空间转录组学技术，分析了特发性肺动脉高压（IPAH）血管病变中的独特分子特征	首次通过数字空间转录组学技术，揭示了IPAH血管病变中的独特分子特征，并发现了与转化生长因子β信号传导、细胞外基质和内皮-间充质转化相关的基因富集	研究样本量较小，且仅限于IPAH和对照组的肺动脉	验证特发性肺动脉高压（IPAH）血管病变是否具有独特的分子特征	特发性肺动脉高压（IPAH）的血管病变和对照组的肺动脉	数字病理学	肺动脉高压	数字空间转录组学	NA	转录组数据	11个IPAH肺样本和5个对照组肺动脉样本
126	2024-09-23	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	本研究通过多参数分析胰腺癌患者术前肝脏活检，预测早期胰腺癌的转移结果	开发了一种基于机器学习的模型，通过多参数分析肝脏活检，成功预测胰腺癌患者的转移结果，准确率达到78%	NA	预测早期胰腺癌患者的转移风险和器官特异性，指导临床分层和治疗选择	胰腺癌患者的肝脏活检样本	数字病理	胰腺癌	代谢组学、组织学、单细胞转录组学和多重成像	机器学习	组织样本	49名胰腺癌患者和19名非癌性胰腺病变患者的肝脏活检样本
127	2024-09-21	Ferrostatin-1 alleviates skin inflammation and inhibits ferroptosis of neutrophils and CD8+ T cells in allergic contact dermatitis 2024-Aug-29, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2024.08.004 PMID:39299894	研究论文	研究了铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用及Ferrostatin-1对其的抑制效果	首次揭示了铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用，并证明了Ferrostatin-1对中性粒细胞和CD8+ T细胞铁死亡的抑制作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用及Ferrostatin-1的治疗效果	过敏性接触性皮炎中的铁死亡现象及Ferrostatin-1的作用	NA	皮肤炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用1-氯-2,4-二硝基氯苯诱导的过敏性接触性皮炎小鼠模型
128	2024-09-21	Identification of Siglec-10 as a new dendritic cell checkpoint for cervical cancer immunotherapy 2024-Aug-28, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009404 PMID:39209455	研究论文	研究揭示了Siglec-10在宫颈癌免疫治疗中的新作用，作为树突状细胞的检查点	首次发现Siglec-10作为宫颈癌中树突状细胞的抑制性检查点，并提出靶向Siglec-10可能是宫颈癌免疫治疗的新途径	NA	揭示宫颈癌微环境与先天免疫细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗策略	宫颈癌患者的单细胞RNA测序数据和原发性肿瘤样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	宫颈癌患者的原发性肿瘤样本
129	2024-09-21	Upregulation of hsa-miR-141-3p promotes uterine cervical carcinoma progression via targeting dual-specificity protein phosphatase 1 2024-Aug-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01413-z PMID:39138666	研究论文	研究了hsa-miR-141-3p和双特异性蛋白磷酸酶1（DUSP1）在子宫颈癌（UCC）中的异常表达及其相关机制	首次揭示了hsa-miR-141-3p通过靶向DUSP1促进子宫颈癌进展的机制	研究主要集中在细胞水平，缺乏临床样本的验证	探讨hsa-miR-141-3p和DUSP1在子宫颈癌中的异常表达及其相关机制	hsa-miR-141-3p和DUSP1在子宫颈癌中的表达及其功能	数字病理学	子宫颈癌	定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）、免疫组织化学（IHC）染色、基因芯片、RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据	558个子宫颈癌组织样本和1,268个样本用于DUSP1表达分析
130	2024-09-21	Single-cell analysis identified PDIA3 as regulator of malignant characteristics and macrophage function in human cancers 2024-Aug-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01416-w PMID:39138692	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了PDIA3在人类癌症中的恶性特征和巨噬细胞功能调控作用	首次系统探讨了PDIA3在单细胞水平上的免疫功能，包括细胞通讯、细胞代谢、细胞进化和表观遗传修饰，并验证了其在免疫治疗反应中的预测价值	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探讨PDIA3在不同肿瘤恶性特征和肿瘤免疫中的作用	PDIA3在人类癌症中的表达及其对肿瘤细胞和巨噬细胞功能的影响	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	多个数据库的泛癌数据
131	2024-09-20	Morphine-responsive neurons that regulate mechanical antinociception 2024-Aug-30, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.ado6593 PMID:39208104	研究论文	通过单细胞转录组学和操纵吗啡反应性神经元，研究在延髓腹内侧前部（RVM）中调节机械性痛觉的神经元群体	揭示了一个特定的RVM-脊髓回路，该回路通过BDNF/TrkB依赖机制调节机械性痛觉，并赋予吗啡的镇痛特性	NA	研究阿片类药物镇痛的神经解剖学基础	延髓腹内侧前部（RVM）中的神经元群体	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本
132	2024-09-20	Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals hedgehog pathway-related genes as potential therapeutic targets for cervical cancer 2024-Aug-28, Cancer treatment and research communications DOI:10.1016/j.ctarc.2024.100841 PMID:39293140	研究论文	本研究结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了刺猬信号通路相关基因作为宫颈癌潜在治疗靶点的可能性	首次整合单细胞测序和空间转录组学数据，深入研究了刺猬信号通路在宫颈癌中的作用，并发现了MYH9在宫颈癌中的关键作用	NA	揭示刺猬信号通路相关基因在宫颈癌中的潜在治疗靶点	宫颈癌组织中的刺猬信号通路相关基因	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
133	2024-09-20	Single-cell transcriptomics reveal transcriptional programs underlying male and female cell fate during Plasmodium falciparum gametocytogenesis 2024-Aug-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51201-3 PMID:39187486	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫配子体发育过程中雄性和雌性细胞命运的转录程序	本文首次通过单细胞RNA测序技术，定义了恶性疟原虫配子体发育过程中雄性和雌性细胞的转录程序，并预测了潜在的驱动基因	NA	阐明在没有性染色体的情况下，恶性疟原虫雄性和雌性配子体如何分化	恶性疟原虫的配子体	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
134	2024-09-20	PanIN and CAF transitions in pancreatic carcinogenesis revealed with spatial data integration 2024-Aug-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.07.001 PMID:39116880	研究论文	本研究介绍了一种新的成像、空间转录组学和单细胞RNA测序整合管道，用于描述肿瘤发生过程中肿瘤细胞状态的转变	首次利用空间转录组学和单细胞RNA测序整合技术研究胰腺癌前病变PanINs及其微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转变	研究仅限于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，限制了对人类PanINs的单细胞特征的全面分析	研究胰腺癌前病变PanINs在肿瘤发生过程中的细胞状态转变及其与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的关系	胰腺导管内上皮内瘤变（PanINs）及其微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	半监督学习框架	转录组数据	一组匹配的低级别（LG）和高级别（HG）PanIN病变样本
135	2024-09-20	aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph 2024-Aug-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03339-y PMID:39090647	研究论文	本文开发了一种优化的自适应k近邻图方法aKNNO，用于单细胞和空间转录组数据的聚类，能够同时准确识别常见和稀有细胞类型	aKNNO通过优化的自适应k近邻图，能够在单细胞和空间转录组数据中同时准确识别常见和稀有细胞类型	NA	开发一种新的聚类方法，能够在单细胞和空间转录组数据中同时准确识别常见和稀有细胞类型	单细胞和空间转录组数据中的常见和稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	自适应k近邻图	基因表达数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组数据集
136	2024-09-20	Activation of Nrf2 inhibits atherosclerosis in ApoE-/- mice through suppressing endothelial cell inflammation and lipid peroxidation 2024-08, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103229 PMID:38870781	研究论文	研究Nrf2在ApoE-/-小鼠中通过抑制内皮细胞炎症和脂质过氧化来抑制动脉粥样硬化的作用	首次探讨了内皮Nrf2在动脉粥样硬化中的作用及其激活机制，并提出了Nrf2作为治疗动脉粥样硬化的新策略	NA	探讨Nrf2在动脉粥样硬化中的作用及其作为治疗靶点的潜力	ApoE-/-小鼠和内皮细胞	NA	心血管疾病	RNA测序和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	ApoE-/-小鼠和Cdh5CreCas9floxed-stopApoE-/-小鼠
137	2024-09-20	Therapy-induced senescence through the redox lens 2024-08, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103228 PMID:38865902	综述	本文综述了治疗诱导的衰老肿瘤细胞通过活性氧（ROS）及其相关的氧化还原信号网络在肿瘤复发和疾病复发中的作用	本文探讨了ROS和氧化还原状态动态在微调稳态过程中驱动治疗诱导的细胞命运向衰老建立的作用，并提供了干预策略的见解，特别是利用调节氧化还原和抗氧化途径的senotherapeutics	NA	探讨治疗诱导的衰老通过氧化还原视角的作用机制，并评估其对肿瘤起始和复发的潜在影响	治疗诱导的衰老肿瘤细胞、活性氧（ROS）、氧化还原信号网络、衰老相关分泌表型（SASP）	NA	NA	NA	NA	NA	NA
138	2024-09-19	Single-cell transcriptomics reveals neural stem cell trans-differentiation and cell subpopulations in whole heart decellularized extracellular matrix 2024-Aug-31, Biophysics reports DOI:10.52601/bpr.2024.240011 PMID:39281200	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了神经干细胞在全心脱细胞基质中的跨分化及其细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序揭示了神经干细胞在全心脱细胞基质中的跨分化机制，并发现了心脏样细胞具有神经外胚层和心脏中胚层的双重特征	研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证	探讨神经干细胞在全心脱细胞基质中的跨分化机制，为心脏再生提供新的理论基础	神经干细胞在全心脱细胞基质中的跨分化及其细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	2765个细胞
139	2024-09-19	Transcriptional noise, gene activation, and roles of SAGA and Mediator Tail measured using nucleotide recoding single-cell RNA-seq 2024-Aug-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114593 PMID:39102335	研究论文	本文描述了一种时间分辨的单细胞RNA测序方法，用于测量酵母中基因特异性的转录噪声和活性基因的比例	开发了一种新的单细胞RNA测序方法，能够测量基因特异性的转录噪声和活性基因的比例，并揭示了SAGA和MED Tail在基因激活中的作用	NA	研究酵母中基因特异性的转录噪声和活性基因的比例，以及SAGA和MED Tail在基因激活中的作用	酵母中的基因转录噪声和活性基因比例，以及SAGA和MED Tail的作用	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	酵母细胞
140	2024-09-19	TRIM44, a Novel Prognostic Marker, Supports the Survival of Proteasome-Resistant Multiple Myeloma Cells 2024-Aug-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171431 PMID:39273003	研究论文	本文探讨了TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后作用及其在蛋白酶体抑制剂治疗中的潜在价值	首次揭示了TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后影响及其在疾病进展和治疗抵抗中的关键作用	研究主要基于858名患者的队列数据，可能需要更大规模的研究来验证结果	研究TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后作用及其在治疗抵抗中的机制	TRIM44在多发性骨髓瘤细胞中的表达及其对预后和治疗反应的影响	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	858名多发性骨髓瘤患者