单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-09-30	Innate immune responses against mRNA vaccine promote cellular immunity through IFN-β at the injection site 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51411-9 PMID:39191748	研究论文	研究了mRNA疫苗注射部位的免疫反应，特别是通过IFN-β促进细胞免疫的过程	首次详细描述了mRNA疫苗注射部位的免疫反应机制，特别是注射部位成纤维细胞对mRNA的响应以及IFN-β信号在增强抗原特异性细胞免疫反应中的作用	研究仅限于BALB/c雌性小鼠模型，可能无法完全代表所有人群的免疫反应	探讨mRNA疫苗注射部位的免疫反应机制，特别是IFN-β在促进细胞免疫中的作用	mRNA疫苗注射部位的免疫反应，特别是成纤维细胞和树突状细胞的响应	免疫学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	BALB/c雌性小鼠
102	2024-09-30	Single-cell resolution profiling of the immune microenvironment in primary and metastatic nasopharyngeal carcinoma 2024-Aug-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05900-5 PMID:39158776	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对原发性和转移性鼻咽癌的免疫微环境进行了高分辨率分析	首次在单细胞水平上详细描述了鼻咽癌转移的进化动态及其对肿瘤微环境的影响	NA	研究鼻咽癌转移的进化路径及其免疫微环境的动态变化	原发性和转移性鼻咽癌患者的肿瘤样本及外周血单个核细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	24例原发性鼻咽癌、7例外周血单个核细胞鼻咽癌和7例转移性鼻咽癌患者的样本，共292,298个细胞
103	2024-09-30	Consensus clustering and development of a risk signature based on trajectory differential genes of cancer-associated fibroblast subpopulations in colorectal cancer 2024-Aug-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05906-z PMID:39120743	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的轨迹差异，并通过共识聚类和机器学习构建了风险特征	首次基于癌症相关成纤维细胞亚群的轨迹差异基因进行共识聚类，并开发了高风险特征签名	研究主要基于批量和单细胞测序数据，未涵盖所有可能的成纤维细胞亚群	探讨癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的作用，并开发新的预后标志物	结直肠癌患者的癌症相关成纤维细胞亚群及其轨迹差异基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	机器学习	基因数据	NA
104	2024-09-30	Microglial heterogeneity in the ischemic stroke mouse brain of both sexes 2024-Aug-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01368-7 PMID:39095897	研究论文	研究探讨了永久性脑卒中对小鼠大脑中微胶质细胞的影响及其异质性	首次通过单细胞RNA测序分析了脑卒中后微胶质细胞的异质性，并发现了与脑卒中相关的七个潜在微胶质细胞簇	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床环境中验证	解析永久性脑卒中对微胶质细胞的影响，探索潜在的治疗靶点	小鼠大脑中的微胶质细胞	数字病理学	脑卒中	单细胞RNA测序	NA	RNA	年轻雄性和雌性小鼠
105	2024-09-30	Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02235-4 PMID:38528186	研究论文	本文展示了大型语言模型GPT-4在单细胞RNA测序分析中利用标记基因信息准确注释细胞类型的能力	GPT-4能够生成与手动注释高度一致的细胞类型注释，显著减少了细胞类型注释所需的努力和专业知识	NA	评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序	GPT-4	文本	数百种组织和细胞类型
106	2024-09-28	Gene Misexpression in a Smoc2+ve/Sox2-Low Population in Juvenile Prop1-Mutant Pituitary Gland 2024-Aug-27, Journal of the Endocrine Society IF:3.0Q2 DOI:10.1210/jendso/bvae146 PMID:39253355	研究论文	研究了Prop1突变小鼠垂体中Smoc2阳性/Sox2低表达细胞群体的基因错误表达	发现了Prop1突变小鼠垂体中Smoc2阳性/Sox2低表达细胞群体的基因错误表达，并探讨了Smoc2和Sox2在垂体发育中的作用	研究仅限于Prop1突变小鼠，未探讨其他突变类型对垂体发育的影响	阐明Prop1突变小鼠垂体发育中Smoc2和Sox2的作用及其对垂体疾病的影响	Prop1突变小鼠的垂体细胞	NA	垂体疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型和Prop1突变P4雌性小鼠的垂体细胞
107	2024-09-28	TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME 2024-Aug-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002379 PMID:38713581	研究论文	研究脓毒症患者外周单核细胞群体的转录组差异及其与临床结果的关系	首次通过单细胞RNA测序和通路分析，揭示了经典和非经典单核细胞在脓毒症患者中的基因表达模式差异，并探讨了这些差异与临床结果的关联	研究仅限于脓毒症患者，且样本量未明确提及，可能影响结果的普适性	探讨脓毒症患者外周单核细胞的转录组差异及其与临床结果的关系，寻找潜在的治疗靶点	脓毒症患者的外周单核细胞群体及其基因表达模式	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
108	2024-09-27	Irradiated tumor cell-released microparticles enhance the therapeutic efficacy of PD-1 inhibitors by promoting M1-TAMs polarization in NSCLC brain metastases 2024-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217133 PMID:39079563	研究论文	研究探讨了放射治疗后肿瘤细胞释放的微粒子（RT-MPs）如何通过促进M1型肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的分化，增强PD-1抑制剂在非小细胞肺癌脑转移中的治疗效果	首次研究了RT-MPs在跨越血脑屏障后，通过改变TAMs的微环境，从M2型转变为M1型，从而增强免疫治疗效果	研究基于动物模型，尚未在临床试验中验证	探索提高非小细胞肺癌脑转移患者对免疫治疗反应的新方法	放射治疗后肿瘤细胞释放的微粒子（RT-MPs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肺癌	单细胞测序分析	NA	单细胞数据	动物模型
109	2024-09-27	The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.04.569988 PMID:38106143	研究论文	研究低蛋白饮食对胎儿肾脏分子和细胞发育的影响	首次全面分析了低蛋白饮食对肾脏发育的影响，特别是对分支形态发生和肾元形成过程中细胞和分子变化的影响	研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨低蛋白饮食对胎儿肾脏发育的影响及其分子和细胞机制	胎儿肾脏的发育过程，特别是肾元的形成	NA	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序，光学投影断层扫描，共聚焦显微镜	NA	图像，基因表达数据	小鼠模型中的多个发育阶段样本
110	2024-09-27	CellCover Captures Neural Stem Cell Progression in Mammalian Neocortical Development 2024-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	本文提出了一种新的方法CellCover，用于在哺乳动物新皮质发育过程中捕捉神经干细胞的进展	CellCover方法通过将基因面板选择视为组合优化中的“最小集合覆盖问题”，克服了单细胞RNA测序数据中的零膨胀问题，并能够同时分析多个基因，捕捉到细胞类别的特异性信号	NA	旨在识别能够区分细胞类别的基因面板	神经干细胞在哺乳动物新皮质发育中的进展	生物医学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	组合优化	基因表达数据	涉及小鼠、灵长类和人类的数据集
111	2024-09-27	Dermal fibroblasts retain site-specific transcriptomic identity in keloids 2024-Aug-17, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2024.08.002 PMID:39322512	研究论文	研究探讨了瘢痕疙瘩中成纤维细胞是否保留了部位特异性的转录组身份	首次揭示了瘢痕疙瘩中不同部位的成纤维细胞保留了独特的解剖学相关的基因表达谱	研究仅限于瘢痕疙瘩中的成纤维细胞，未涉及其他皮肤细胞类型	评估不同解剖部位的瘢痕疙瘩中是否存在空间异质性和部位特异性	瘢痕疙瘩中的成纤维细胞	数字病理学	皮肤疾病	转录组测序	NA	转录组数据	139个瘢痕疙瘩皮肤组织和19个瘢痕疙瘩成纤维细胞样本
112	2024-09-25	Innate immune memory after brain injury drives inflammatory cardiac dysfunction 2024-Aug-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.028 PMID:39043180	研究论文	本文探讨了脑损伤后先天免疫记忆对心脏炎症功能障碍的影响	首次揭示了脑损伤后单核细胞/巨噬细胞在多个器官中持续的促炎性变化，并发现IL-1β在先天免疫记忆中的关键作用	实验主要在老鼠和少数中风患者中进行，需要进一步在更多人类样本中验证	研究脑损伤后先天免疫记忆对心脏功能的影响及其潜在治疗策略	脑损伤后的先天免疫记忆、心脏功能、IL-1β的作用	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	老鼠和少数中风患者
113	2024-09-25	ZEB1-mediated fibroblast polarization controls inflammation and sensitivity to immunotherapy in colorectal cancer 2024-Aug, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00186-7 PMID:38937629	研究论文	研究ZEB1在结直肠癌相关成纤维细胞中的作用及其对免疫治疗敏感性的影响	首次揭示ZEB1在癌症相关成纤维细胞中的极化作用，及其对炎症和免疫治疗敏感性的调控机制	NA	探讨ZEB1在结直肠癌相关成纤维细胞中的功能及其对肿瘤免疫治疗的影响	ZEB1在癌症相关成纤维细胞中的表达及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用免疫功能正常的结直肠癌小鼠模型进行研究
114	2024-09-25	Targeting Adenosine A2b Receptor Promotes Penile Rehabilitation of Refractory Erectile Dysfunction 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306514 PMID:38874549	研究论文	研究探讨了腺苷及其特定受体亚型在促进阴茎康复中的机制	首次揭示了A2b受体在腺苷诱导的阴茎勃起中的作用	研究主要集中在动物模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证	探讨腺苷及其受体亚型在治疗难治性勃起功能障碍中的作用	人阴茎海绵体、腺苷脱氨酶和腺苷受体敲除小鼠、阴茎海绵体平滑肌细胞	NA	勃起功能障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括ED患者和多种ED模型的大鼠
115	2024-09-25	Causal association of monocytes with chronic kidney disease and the mediation role of frailty: A study integrating large-scale two-sample Mendelian randomization and single-cell analysis 2024-08, Archives of gerontology and geriatrics IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.archger.2024.105435 PMID:38583266	研究论文	本研究通过整合大规模的两样本孟德尔随机化分析和单细胞转录组分析，探讨了单核细胞与慢性肾病及虚弱之间的因果关系	首次通过大规模孟德尔随机化分析和单细胞转录组分析，揭示了单核细胞与慢性肾病及虚弱之间的因果关系，并发现了潜在的共同遗传变异位点	研究依赖于现有的基因组关联研究数据集，可能存在数据偏倚；单细胞转录组分析的样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨单核细胞与慢性肾病及虚弱之间的因果关系，并确定单核细胞在其中的中介作用	慢性肾病患者、虚弱患者及单核细胞	NA	慢性肾病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	基于441个全基因组关联研究数据集
116	2024-09-23	Synergistic activation by Glass and Pointed promotes neuronal identity in the Drosophila eye disc 2024-Aug-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51429-z PMID:39154080	研究论文	研究了果蝇眼盘中Glass和Pointed转录因子与EGFR信号的协同作用对神经元身份的促进作用	揭示了EGFR信号通过多层转录网络的协同激活机制诱导Glass表达细胞中神经元身份的形成	NA	探讨果蝇眼盘中外部信号与细胞内转录因子的整合如何指导前体细胞分化为特定细胞命运	果蝇眼盘中的光感受器R1-R7的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
117	2024-09-23	Transcription Factor Activity Regulating Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing 2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400172 PMID:38940624	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，推断转录因子在皮肤伤口愈合过程中巨噬细胞异质性中的活性	改进了贝叶斯推断转录因子活性模型，结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了转录因子在伤口愈合中巨噬细胞异质性中的调控作用	NA	研究转录因子在皮肤伤口愈合过程中巨噬细胞异质性中的调控作用	巨噬细胞在皮肤伤口愈合过程中的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	贝叶斯推断模型	RNA、染色质可及性	NA
118	2024-09-23	Human genetics and epigenetics of alcohol use disorder 2024-Aug-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172885 PMID:39145449	综述	本文综述了酒精使用障碍（AUD）的遗传学和表观遗传学研究进展	本文总结了从早期候选基因研究到当前全基因组扫描的技术进步，揭示了AUD的众多遗传和表观遗传风险因素	本文讨论了当前研究的局限性，包括增加GWAS和EWAS研究的能力以及扩大分析中包含的群体多样性	探讨酒精使用障碍的遗传学和表观遗传学机制	酒精使用障碍（AUD）及其遗传和表观遗传风险因素	NA	酒精使用障碍	全基因组关联研究（GWAS）、表观基因组关联研究（EWAS）、全基因组测序、多组学、单细胞测序、空间转录组学	NA	基因组数据、表观基因组数据、转录组数据	超过一百万参与者
119	2024-09-23	Hydrogel crosslinking modulates macrophages, fibroblasts, and their communication, during wound healing 2024-Aug-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50072-y PMID:39122702	研究论文	研究了交联度对基于明胶的水凝胶在伤口愈合过程中对巨噬细胞和成纤维细胞行为的影响	发现轻度交联的水凝胶能促进细胞浸润并减少疤痕形成，而重度交联的水凝胶则增加炎症并导致巨噬细胞亚群的氧化活性和细胞融合	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及其他物种或性别	探讨水凝胶交联度对伤口愈合过程中免疫和基质细胞行为的影响	基于明胶的水凝胶、巨噬细胞、成纤维细胞、伤口愈合	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	雌性小鼠
120	2024-09-23	Integrative single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics analyses reveal diverse apoptosis-related gene expression profiles in EGFR-mutated lung cancer 2024-Aug-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06940-y PMID:39122703	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了EGFR突变型肺癌中与细胞凋亡相关的基因表达谱的多样性	首次综合利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统分析了EGFR突变型肺癌中细胞凋亡相关基因的表达变化	研究主要基于细胞系和转基因小鼠模型，可能与人类肺癌的实际情况存在差异	探讨EGFR突变型肺癌中细胞凋亡相关基因在EGFR-TKI耐药性发展过程中的表达变化	EGFR突变型肺癌细胞系和患者样本，以及EGFR驱动型肺癌的转基因小鼠模型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）	NA	RNA	EGFR突变型肺癌细胞系和患者样本，以及EGFR驱动型肺癌的转基因小鼠模型