单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-12-19	High-mobility group box 1 fragment ameliorates chronic pancreatitis induced by caerulein in mice 2024-08, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02112-z PMID:38727823	研究论文	研究探讨了高迁移率族蛋白1片段（HMGB1）在治疗小鼠胆囊素诱导的慢性胰腺炎（CP）中的潜在疗效	首次研究了HMGB1片段通过系统给药在CP小鼠模型中的治疗效果，并验证了其通过动员间充质干细胞（MSCs）减轻胰腺纤维化的潜力	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨HMGB1片段在治疗慢性胰腺炎中的潜在疗效	胆囊素诱导的慢性胰腺炎小鼠模型	NA	慢性胰腺炎	免疫组织化学、实时PCR、血清分析、单细胞转录组分析	NA	组织、血清、基因表达	小鼠模型
102	2024-12-14	Aging- and alcohol-associated spatial transcriptomic signature in mouse acute pancreatitis reveals heterogeneity of inflammation and potential pathogenic factors 2024-08, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-024-02460-6 PMID:38940937	研究论文	本研究通过建立衰老酒精性急性胰腺炎小鼠模型，应用Visium空间转录组学技术，揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎空间转录组特征	首次通过空间转录组学技术揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的炎症异质性，并识别出潜在的致病因素	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	阐明衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的空间转录组特征及其潜在机制	衰老和年轻小鼠的急性胰腺炎模型	NA	胰腺炎	Visium空间转录组学	NA	转录组	衰老小鼠（18个月）和年轻小鼠（3个月）各一组
103	2024-12-13	Spatial transcriptomic analysis of tumour-immune cell interactions in melanoma arising from congenital melanocytic nevus 2024-Aug, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.19881 PMID:38420727	研究论文	研究先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤中肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）与肿瘤细胞的相互作用	首次探讨了CMN来源的黑色素瘤中TIICs与肿瘤细胞的相互作用，并使用空间转录组学技术分析了不同侵袭深度下的基因表达变化	样本量未明确提及，且未讨论研究结果的临床应用潜力	确定TIICs和肿瘤细胞在侵袭和转移过程中的肿瘤内免疫景观	先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤组织样本	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
104	2024-12-11	Graph-Regularized Non-Negative Matrix Factorization for Single-Cell Clustering in scRNA-Seq Data 2024-08, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3400050 PMID:38787664	研究论文	本文提出了一种基于图正则化的非负矩阵分解方法（Sc-GNNMF），用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	创新点在于采用图正则化的非负矩阵分解算法（GNNMF），通过拉普拉斯核和p-最近邻图估计细胞间和基因间的稀疏相似性，并使用加权p-最近已知邻居优化单细胞RNA测序数据	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性，揭示细胞异质性的潜在机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图正则化非负矩阵分解（GNNMF）	基因表达数据	11个真实单细胞RNA测序数据集
105	2024-12-08	Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs 2024-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51590-5 PMID:39209833	研究论文	本文介绍了空间图傅里叶变换（SpaGFT）并应用于多种空间组学平台，生成可解释的表示	SpaGFT在空间变异基因识别和基因表达插补方面优于现有工具，并能检测罕见的亚细胞器	NA	开发一种新的方法来分析复杂器官的空间组学数据	人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据	机器学习	NA	空间图傅里叶变换（SpaGFT）	图信号处理	空间组学数据	人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据
106	2024-12-02	Integrative single-cell and bulk transcriptome analyses identify a distinct pro-tumor macrophage signature that has a major prognostic impact on glioblastomas 2024-Aug-13, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01454-5 PMID:39136841	研究论文	本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别出与胶质母细胞瘤预后相关的独特促肿瘤巨噬细胞特征	本研究首次识别出一种新的促肿瘤巨噬细胞亚群，标记为S100A9，可能通过与内皮细胞相互作用促进肿瘤进展	NA	解析胶质母细胞瘤的分子景观及异质性巨噬细胞群在胶质母细胞瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤及其相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
107	2024-11-27	Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data 2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland) DOI:10.1007/s43657-024-00169-7 PMID:39583311	研究论文	研究探讨了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对微环境异质性的影响	首次综合多组学数据和分子生物学实验，揭示了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的表达与患者病理分级、预后及化疗敏感性的关系	研究主要基于多组学数据和体外实验，缺乏临床试验验证	探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对患者预后和化疗敏感性的影响	透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肾癌	多组学数据分析	NA	基因组数据	NA
108	2024-11-20	Single-cell landscape of peripheral immune response in patients with anti-melanoma differentiation-associated gene 5 dermatomyositis 2024-08-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead597 PMID:37941459	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周免疫反应	首次在抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎样本中鉴定出高度表达IFN alpha诱导蛋白27和IFN诱导螺旋酶C域1的独特CD14+单核细胞亚群	样本量较小，仅包括8名患者和6名健康对照	探讨抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎的免疫景观及其潜在的病毒感染起源	抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	皮肌炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者和6名健康对照
109	2024-11-15	Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure 2024-08-16, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-04080-x PMID:39152369	研究论文	研究揭示了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留Macro-MYL2巨噬细胞	发现了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的新作用，并鉴定了一种与肌生成相关的心脏驻留巨噬细胞Macro-MYL2	需要进一步实验验证RNA修饰编写者和Macro-MYL2巨噬细胞亚型在心脏免疫微环境中的调控作用	探讨RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留巨噬细胞的新亚型	心力衰竭患者的免疫细胞和RNA修饰编写者	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了GSE145154和GSE141910数据集中的样本
110	2024-11-15	IGF1 and CXCR4 Respectively Related With Inhibited M1 Macrophage Polarization in Keloids 2024-Aug-15, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000010479 PMID:39145631	研究论文	研究探讨了瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制机制，并发现了IGF1和CXCR4作为潜在的生物标志物	首次发现IGF1和CXCR4与瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制有关，并提出了潜在的病理机制	研究样本量较小，仅包括3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织	探索瘢痕疙瘩的免疫异质性和新的生物标志物，以设计新的治疗和预防策略	瘢痕疙瘩组织及其邻近正常组织中的M1和M2巨噬细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序分析、批量数据差异基因表达分析、基因本体论（GO）分析、基因集富集分析（GSEA）、免疫浸润分析	NA	RNA	3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织
111	2024-11-08	Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis 2024-08-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409 PMID:38830132	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序和拷贝数异常（CNA）分析，建立了一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进了多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）的功能性克隆间和克隆内分析	本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合，用于推断基因组损伤，并改进了克隆间和克隆内的功能分析	研究样本仅来自5名患者，可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况	建立一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析	多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）患者的骨髓浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序、拷贝数异常（CNA）分析	NA	转录组数据	20,465个骨髓浆细胞，来自5名患者
112	2024-11-06	Integrative single-cell chromatin and transcriptome analysis of human plasma cell differentiation 2024-08-01, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023237 PMID:38643512	研究论文	本文通过整合单细胞染色质和转录组分析，揭示了人类浆细胞分化的时空表观遗传和转录程序	本文首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）结合，解析了浆细胞分化的轨迹，并识别了关键的转录因子	本文主要依赖于体外培养系统，可能无法完全反映体内浆细胞分化的复杂性	揭示驱动浆细胞分化早期阶段的时空表观遗传和转录程序	人类浆细胞分化过程中的表观遗传和转录变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞数据	未具体说明样本数量
113	2024-11-02	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	研究论文	本文通过单细胞多模态分析研究了心血管疾病风险状态下单核细胞的转录组和表型特征	本文首次使用CITE-seq和单细胞RNA测序技术，全面描述了单核细胞的转录组和表型景观，并发现了多种功能不同的亚群	本文主要集中在单核细胞的研究，未涉及其他免疫细胞类型	研究心血管疾病风险因素对单核细胞亚群的影响	单核细胞及其在心血管疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞样本
114	2024-10-30	A review on advancements in feature selection and feature extraction for high-dimensional NGS data analysis 2024-Aug-19, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01415-x PMID:39158621	综述	本文综述了用于高维NGS数据分析的特征选择和特征提取技术的最新进展	本文系统比较了各种统计学、机器学习和深度学习方法在NGS和微阵列数据解释中的应用	本文主要关注技术综述，未提供具体实验验证	探讨如何通过特征选择和特征提取技术提高高维NGS数据的分析效率和模型性能	NGS和微阵列数据	机器学习	NA	NGS	NA	基因组学、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学数据	NA
115	2024-10-30	Precision oncology in neurofibromatosis type 1: quantification of differential sensitivity to selumetinib in plexiform neurofibromas using single-cell RNA sequencing 2024-Aug, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04711-5 PMID:38739187	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术量化了神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib的差异敏感性	首次使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上量化药物反应，揭示了selumetinib在神经纤维瘤1型中的差异敏感性	样本量较小，仅包括七个丛状神经纤维瘤	验证单细胞RNA测序技术在量化神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib敏感性方面的应用	神经纤维瘤1型中的丛状神经纤维瘤	数字病理学	神经纤维瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七个丛状神经纤维瘤，共658个Schwann细胞（中位数）
116	2024-10-29	CONSORT article: Single-cell sequencing analysis revealed CMKLR1+ macrophage as a subpopulation of macrophage with tumor-suppressive characteristics in oral squamous cell carcinoma 2024-Aug-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039399 PMID:39183397	研究论文	通过单细胞测序分析揭示了CMKLR1+巨噬细胞作为口腔鳞状细胞癌中具有肿瘤抑制特性的巨噬细胞亚群	首次发现CMKLR1+巨噬细胞在口腔鳞状细胞癌中具有抑制肿瘤进展的特性	研究基于公共数据库的数据，缺乏临床样本的验证	探索口腔鳞状细胞癌中免疫细胞的组成及其在肿瘤抑制中的作用	口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织中的巨噬细胞亚群	数字病理学	口腔癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	基于Gene Expression Omnibus数据库的肿瘤组织样本
117	2024-08-07	Unraveling the dynamics of myometrial remodeling: insights from single-cell and spatial transcriptomics in term pregnancy 2024-Aug-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00067.2024 PMID:39072671	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
118	2024-10-25	Unique expression and critical role of metallothionein 3 in the control of osteoclastogenesis and osteoporosis 2024-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01290-3 PMID:39085359	研究论文	研究探讨了金属硫蛋白3（MT3）在调控破骨细胞生成和骨质疏松中的独特表达和关键作用	首次揭示了MT3在骨细胞调控中的作用，并提出了MT3通过ROS和SP1双轴调控破骨细胞生成和骨代谢的机制	NA	探讨MT3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及其调控机制	破骨细胞、骨质疏松	NA	骨质疏松	单细胞RNA测序、ATAC测序、转录组测序	NA	RNA测序数据	NA
119	2024-10-24	Variational inference of single cell time series 2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610389 PMID:39257806	研究论文	提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立成分	SNOW算法能够基于时间独立维度进行细胞类型注释，区分生物学时间变异和批次效应，并能在单细胞水平上生成时间序列	NA	解决单细胞RNA测序数据中时间与细胞身份共同影响基因表达分析的挑战	单细胞时间序列RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	时间序列数据	三个不同的时间序列单细胞RNA测序研究数据
120	2024-10-24	Targeting Liver Epsins Ameliorates Dyslipidemia in Atherosclerosis 2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609742 PMID:39253478	研究论文	研究肝脏epsins在促进PCSK9介导的LDLR降解和阻碍LDL-C清除中的作用，以推动动脉粥样硬化的发展	首次揭示了肝脏epsins通过调节LDLR的内吞和降解促进动脉粥样硬化的机制，并提出了靶向肝脏epsins作为治疗动脉粥样硬化的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其有效性和安全性	探讨肝脏epsins在PCSK9介导的LDLR降解和LDL-C清除中的作用，以揭示其对动脉粥样硬化的影响	肝脏epsins、LDLR、PCSK9、动脉粥样硬化	心血管疾病	动脉粥样硬化	scRNA-seq分析、MEBOCOST算法	NA	基因表达数据	ApoE-/-和ApoE-/-/Liver-DKO小鼠