单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-03-27	BAG6 restricts pancreatic cancer progression by suppressing the release of IL33-presenting extracellular vesicles and the activation of mast cells 2024-Aug, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01195-1 PMID:38942797	研究论文	本研究揭示了BAG6通过抑制携带IL33的细胞外囊泡释放和肥大细胞激活来限制胰腺癌进展的机制	首次发现BAG6在胰腺癌中的肿瘤抑制功能，揭示了BAG6缺陷通过EV相关IL33激活肥大细胞促进肿瘤生长的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究BAG6在胰腺癌进展中的作用机制	胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型、人类类器官和患者样本	肿瘤微环境研究	胰腺癌	Cre/LoxP报告系统、单细胞RNA测序	小鼠PDAC模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型、人类类器官和患者样本
82	2025-03-21	Pharmacology of Hydrogen Sulfide and Its Donors in Cardiometabolic Diseases 2024-Aug-15, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1124/pharmrev.123.000928 PMID:38866561	综述	本文综述了硫化氢（HS）及其供体在心脏代谢疾病（CMDs）中的生理作用和药理作用的最新研究进展	强调了HS通过调节蛋白质的硫化修饰在CMDs发病机制中的重要性，并探讨了新兴技术如多组学、肠道菌群分析、类器官和单细胞测序在HS药理研究中的应用	未具体提及研究的局限性	探讨内源性HS及其供体在心脏代谢疾病中的生理和药理作用	心脏代谢疾病（CMDs）	药理学	心血管疾病	多组学、肠道菌群分析、类器官、单细胞测序	NA	NA	NA
83	2025-03-16	Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes 2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177492 PMID:39137044	研究论文	本文研究了Teplizumab对1型糖尿病高危人群抗原特异性库的长期影响	首次揭示了Teplizumab在1型糖尿病高危人群中诱导操作耐受性的长期效果，包括T细胞的激活、耗竭和调节过程	研究样本量有限，且未涉及Teplizumab对其他免疫细胞类型的影响	探讨Teplizumab对1型糖尿病高危人群的长期免疫调节效果	1型糖尿病高危人群的外周血CD8+ T细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	研究参与者，具体数量未明确
84	2025-03-15	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了IPF患者外周血细胞群的变化，揭示了与疾病进展相关的免疫异常	样本量相对较小，且未探讨这些免疫变化的具体机制	研究特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化，以揭示与疾病进展相关的免疫异常	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	肺纤维化	10× chromium 5' 单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	25名IPF患者和13名对照者的38个PBMC样本，共149,564个细胞
85	2025-03-12	Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.608093 PMID:39229048	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面分析免疫细胞的极化状态	Scupa是首个用于系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化的计算方法，利用Universal Cell Embeddings模型的细胞嵌入，有效识别不同物种和实验条件下新数据集中的极化细胞	NA	开发一种计算方法以系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化	免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Universal Cell Embeddings模型	单细胞RNA测序数据	66种细胞因子驱动的极化状态，涉及14种免疫细胞类型
86	2025-03-05	Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer 2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00914-x PMID:38965396	综述	本文综述了小细胞肺癌（SCLC）的分子和治疗领域的最新进展，特别是基因组和转录组特征的研究，以及转化为新治疗方法的潜力	提出了SCLC的四种转录因子表达状态定义的分子亚型，并探讨了MYC同源基因的过表达和扩增对SCLC生物学和治疗脆弱性的影响	快速发展的治疗耐药性和缺乏有效的患者选择生物标志物是当前的主要挑战	改善小细胞肺癌患者的治疗效果	小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	NA
87	2025-03-04	Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50849-1 PMID:39095365	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观及其分子调控机制	首次在单细胞分辨率下结合空间信息，展示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观，并揭示了区域特异性基因调控网络	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类心脏传导系统的研究	研究心脏传导系统的分子构成和调控机制	小鼠出生后的心脏传导系统	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、ATAC-seq、ChIP-seq	NA	转录组数据	小鼠心脏传导系统的多个区域
88	2025-03-02	Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish 2024-Aug-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50780-5 PMID:39138165	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、谱系追踪和突变分析，揭示了斑马鱼颅骨扩张期间骨缝处骨形成的关键发育转变	识别了中缝区域的一个非成骨性间充质细胞亚群，这些细胞通过局部BMP拮抗作用限制骨形成，确保骨缝形态正常	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需验证	探讨颅骨扩张期间骨缝处骨形成的调控机制	斑马鱼颅骨缝	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、突变分析	NA	基因表达数据	NA
89	2025-03-01	Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09929-5 PMID:38775849	研究论文	本文开发并全面表征了一种可扩展的3D协议，用于生成表型稳定的心脏hPSC-微血管样内皮细胞（hPSC-CMVECs）和心脏周细胞样细胞，用于心脏应用	通过3D搅拌罐生物反应器培养血管类器官，并对生成的3D hPSC-ECs进行高浓度VEGF-A处理，促进了3DV hPSC-ECs的表型稳定性，并通过单细胞RNA测序揭示了心脏内皮和微血管相关基因的显著表达	NA	开发一种用于研究心脏微血管以及CMD的内皮依赖性和非依赖性机制的细胞模型	人类多能干细胞衍生的内皮细胞（hPSC-ECs）和心脏周细胞样细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
90	2025-02-27	Adaptation to ex vivo culture reduces human hematopoietic stem cell activity independently of the cell cycle 2024-08-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021426 PMID:38805639	研究论文	本研究通过时间分辨单细胞RNA测序和体内功能分析，揭示了人类长期造血干细胞（LT-HSC）在体外培养中的功能丧失机制	研究发现LT-HSC在体外培养中的功能丧失与细胞周期进展无关，并提出了通过抑制JAK/STAT信号通路来改善HSC功能的策略	研究主要关注LT-HSC在体外培养中的早期适应过程，未涉及长期培养的影响	研究旨在揭示人类LT-HSC在体外培养中功能丧失的机制，并探索改善HSC功能的策略	人类长期造血干细胞（LT-HSC）	细胞生物学	NA	时间分辨单细胞RNA测序，体内功能分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
91	2025-02-27	Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease 2024-Aug-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043 PMID:38857990	研究论文	本研究通过建立患者来源的肠道类器官生物库，揭示了肠道上皮MHC-I表观遗传失调在严重克罗恩病中的新机制	首次发现并验证了肠道上皮MHC-I的表观遗传调控在克罗恩病发病机制中的关键作用，并开发了疾病预后的表观遗传分子标志物	研究主要基于体外类器官模型和小鼠模型，需要进一步在人体内验证其临床适用性	探讨肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用	168名患者的312个肠道上皮类器官（包括克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及健康对照）	数字病理学	克罗恩病	全基因组分子分析、DNA甲基化分析、批量及单细胞RNA测序、基因编辑	NA	DNA甲基化数据、RNA测序数据	168名患者的312个肠道上皮类器官
92	2025-02-26	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，构建了人类大脑血管系统的分子图谱，涵盖了发育期、成年期及疾病状态	首次大规模单细胞RNA测序分析人类大脑血管系统，揭示了健康与疾病状态下血管的分子异质性及细胞间相互作用	样本来源主要为胎儿和成年患者，可能无法完全代表所有年龄段或疾病类型	研究人类大脑血管系统的细胞和分子结构，特别是在发育、成年及疾病状态下的变化	606,380个新鲜分离的内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本	单细胞测序	脑肿瘤、脑血管畸形	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	606,380个细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本
93	2025-02-25	Gas6-Axl signal promotes indoor VOCs exposure-induced pulmonary fibrosis via pulmonary microvascular endothelial cells-fibroblasts cross-talk 2024-08-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.134786 PMID:38824778	研究论文	本研究探讨了室内挥发性有机化合物（VOCs）暴露通过肺微血管内皮细胞与成纤维细胞的相互作用促进肺纤维化的机制	揭示了VOCs暴露通过Gas6-Axl信号通路激活成纤维细胞的新机制，并发现Atf3基因在调控PANoptosis表型中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人体内的机制仍需进一步验证	阐明VOCs暴露诱导肺纤维化的潜在分子机制	小鼠模型及肺微血管内皮细胞与成纤维细胞	生物医学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
94	2025-02-23	Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory 2024-Aug-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406787121 PMID:39163337	研究论文	本文研究了骨骼肌干细胞（MuSCs）对微环境硬度的记忆效应及其对细胞功能的影响	使用动态水凝胶生物材料，能够在光照下软化和硬化，揭示了MuSCs对基质硬度的持久记忆效应及其分子机制	研究主要基于体外实验，未完全验证在体内环境中的适用性	探讨MuSCs是否具有对过去微环境的记忆，以及这种记忆是否可以被克服	骨骼肌干细胞（MuSCs）	生物材料	杜氏肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
95	2025-02-23	Astrocytes Modulate a Specific Paraventricular Thalamus→Prefrontal Cortex Projection to Enhance Consciousness Recovery from Anesthesia 2024-Aug-21, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1808-23.2024 PMID:38926088	研究论文	本研究通过动物模型和电生理记录，揭示了星形胶质细胞在促进从七氟醚麻醉中恢复意识中的作用	发现了特定的PVT→前额叶皮层投射在意识恢复中的作用，并揭示了七氟醚通过抑制PVT星形胶质细胞Kir4.1电导来调节这一过程	研究主要基于雄性小鼠模型，未涉及其他性别或物种	探索星形胶质细胞在麻醉恢复中的具体调节机制	雄性小鼠的星形胶质细胞和谷氨酸能神经元	神经科学	麻醉恢复	单细胞RNA测序、电生理记录	NA	电生理数据、RNA测序数据	雄性小鼠
96	2025-02-21	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.08.607264 PMID:39149388	研究论文	本文介绍了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较不同实验条件下收集的高维数据集，以提取在某一条件下富集的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调整的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）需要调参且无法对称比较两个实验条件的问题	NA	开发一种无需超参数调整的高维数据集比较方法，以提取不同实验条件下的低维模式	高维生物数据	机器学习	2型糖尿病	单细胞RNA测序	gcPCA	高维数据	NA
97	2025-02-19	Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics 2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401540121 PMID:39150785	研究论文	本文通过从单细胞RNA速度中学习细胞状态向量场，量化单细胞全局非平衡驱动力，揭示了细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	提出了从单细胞数据中量化Waddington景观的方法，揭示了细胞命运决策的过渡状态和先驱基因的作用，并引入了循环通量的概念来量化每个循环通量对细胞状态转变的贡献	NA	探索细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞转录组数据	NA
98	2025-02-13	Endothelial Heterogeneity in the Response to Autophagy Drives Small Vessel Muscularization in Pulmonary Hypertension 2024-Aug-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.068726 PMID:38873770	研究论文	本文研究了内皮细胞在缺氧条件下对自噬的不同反应如何导致肺动脉高压中的小血管肌肉化	揭示了自噬激活在肺动脉内皮细胞（PAECs）和微血管内皮细胞（MVECs）中的不同作用，以及这种差异如何导致血管重塑	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨内皮细胞在肺动脉高压中的异质性反应及其对血管重塑的影响	小鼠、大鼠和人类的内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠、大鼠和人类肺组织样本
99	2025-02-13	Single-cell RNA sequencing reveals placental response under environmental stress 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50914-9 PMID:39095385	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠胎盘在砷暴露下的反应，揭示了细胞类型特异性基因表达、功能和病理变化	首次在26种胎盘细胞类型中发现Prap1基因显著上调，并揭示了PRAP1在砷暴露下的性别偏向性增加及其在胎盘中的定位	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘的反应可能有所不同	研究环境压力（如砷暴露）对胎盘的影响	小鼠胎盘细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠胎盘细胞
100	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk 2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607986 PMID:39211101	研究论文	本文利用单细胞和空间转录组学技术，分析了外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤，揭示了VLS的分子发病机制	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面分析VLS的分子异质性，并揭示了不同细胞类型中的分子变化和信号通路激活	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证潜在生物标志物和治疗靶点的临床效果	揭示外阴硬化性苔藓（VLS）的分子发病机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组学, 空间转录组学	单层和器官型培养模型	基因表达数据	VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本