单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-10-09	A Bioinformatics-Based Study on Methylation Alterations of the FBLN1 Gene in Hippocampal Tissue of Alzheimer's Disease Model DKO and DTG Mice 2024-Aug-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25169036 PMID:39201719	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病模型DKO和DTG小鼠海马组织中FBLN1基因的甲基化变化	首次通过单细胞测序和实验方法验证了FBLN1基因在阿尔茨海默病中的异常甲基化状态及其与疾病的相关性	样本量较小，仅限于DKO和DTG小鼠模型	研究阿尔茨海默病中海马组织FBLN1基因的甲基化变化及其与疾病的关系	DKO和DTG小鼠海马组织中的FBLN1基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞测序、RT-PCR、Western blotting、Reduced Representation Bisulfite Sequencing	NA	基因组DNA、mRNA、蛋白质	DKO、DTG和CBAC57小鼠
82	2024-10-09	Simple aneuploidy evades p53 surveillance and promotes niche factor-independent growth in human intestinal organoids 2024-Aug-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E24-04-0166 PMID:38985518	研究论文	本文研究了简单非整倍体在人类肠道类器官中逃避p53监控并促进非微环境因子依赖性生长的机制	发现简单非整倍体细胞能够逃避p53监控，并可能促进癌症起始结肠干细胞的非微环境因子依赖性生长	NA	探讨非整倍体在癌症早期演化中的作用	人类结肠类器官中的非整倍体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	非整倍体诱导的人类结肠类器官
83	2024-10-08	Integrated spatial and multimodal single-cell transcriptomics reveal patient-dependent cell heterogeneity in splenic marginal zone lymphoma 2024-08, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6296 PMID:38828498	研究论文	本文通过多模态单细胞分析技术，深入研究了脾边缘区淋巴瘤（SMZL）的生物学特征	首次在转录组和蛋白质水平上全面描述了SMZL的生物学标志，并揭示了患者间和患者内的异质性	NA	深入描述脾边缘区淋巴瘤（SMZL）的生物学特征	脾边缘区淋巴瘤（SMZL）的细胞异质性	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序、细胞索引转录组和表位测序、V(D)J单细胞RNA测序、空间转录组学、成像质谱流式技术	NA	转录组数据、蛋白质数据	配对的血液/脾脏样本
84	2024-10-07	Integrating Multi-omics to Identify Age-Related Macular Degeneration Subtypes and Biomarkers 2024-Aug-07, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-024-02249-9 PMID:39107525	研究论文	本文结合转录组测序和单细胞测序数据，探讨线粒体相关基因在年龄相关性黄斑变性中的作用	提出了深度子空间非负矩阵分解算法，对基因表达谱进行多层非线性变换，并利用患者年龄作为先验信息改变数据分布	NA	识别年龄相关性黄斑变性的亚型和生物标志物	年龄相关性黄斑变性	生物信息学	眼科疾病	转录组测序 (RNA-seq), 单细胞测序 (scRNA-seq)	深度子空间非负矩阵分解 (DS-NMF)	基因表达数据	NA
85	2024-10-06	Integrated single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies a prognostic T-cell signature in colorectal cancer 2024-08-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-70422-6 PMID:39215032	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出结直肠癌中的预后T细胞特征	本研究创新性地利用单细胞测序数据，通过加权基因共表达网络分析、Lasso回归和StepCox分析，开发了一种基于六个T细胞相关基因的预后风险模型TRGS，相比现有免疫相关预后模型，具有更高的预测效能	NA	识别结直肠癌中的预后T细胞特征，优化患者对免疫治疗和化疗的反应	结直肠癌患者的T细胞特征及其预后影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序和批量RNA测序	加权基因共表达网络分析、Lasso回归和StepCox分析	基因表达数据	NA
86	2024-10-06	Quantification of escape from X chromosome inactivation with single-cell omics data reveals heterogeneity across cell types and tissues 2024-Aug-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100625 PMID:39084228	研究论文	开发了一种名为scLinaX的方法，用于量化单细胞组学数据中的X染色体失活逃逸现象，揭示了不同细胞类型和组织间的异质性	首次开发了scLinaX方法，用于直接量化单细胞RNA测序数据中的失活X染色体相对基因表达，并扩展到10x多组学数据集	需要进一步验证和扩展到更多类型的细胞和组织中	研究X染色体失活逃逸现象在不同细胞类型和组织中的差异	X染色体失活逃逸现象及其在不同细胞类型和组织中的表现	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个器官的单细胞RNA测序数据集
87	2024-10-06	Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes 2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177492 PMID:39137044	研究论文	研究探讨了Teplizumab在1型糖尿病高风险个体中诱导持久抗原特异性免疫反应的变化	首次揭示了Teplizumab在1型糖尿病高风险个体中诱导的长期免疫反应变化，包括T细胞的激活、耗竭和调节	研究样本量较小，且未涵盖所有可能的免疫反应变化	探讨Teplizumab在1型糖尿病高风险个体中的长期免疫效应	1型糖尿病高风险个体的T细胞免疫反应	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究参与者中36%在5年后未诊断或未发展为临床糖尿病
88	2024-10-05	Spatial Transcriptomics Analysis: Maternal Obesity Impairs Myogenic Cell Migration and Differentiation during Embryonic Limb Development 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179488 PMID:39273445	研究论文	研究母体肥胖对胚胎肢体发育过程中肌细胞迁移和分化的影响	首次探讨了母体肥胖对肌细胞迁移相关生物过程的抑制作用	仅使用了C57BL/6小鼠模型，样本量较小	探讨母体肥胖对胚胎肢体发育过程中肌细胞迁移和分化的影响	C57BL/6小鼠胚胎的肌细胞迁移和分化	数字病理学	肥胖症	GeoMx DSP平台	NA	基因表达数据	C57BL/6小鼠胚胎，E13.5期，样本量未明确提及
89	2024-10-05	Role of Neutrophils in the Development of Steatotic Liver Disease 2024-Aug, Seminars in liver disease IF:4.3Q1 DOI:10.1055/s-0044-1789207 PMID:39117322	综述	本文综述了中性粒细胞在脂肪肝疾病发展中的生物学作用及其作为治疗靶点的潜力	本文介绍了中性粒细胞在无菌性炎症中的作用，这是脂肪肝疾病发病机制的关键组成部分	尽管技术进步如单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞亚群的存在，但这些不同亚群如何不同地参与脂肪肝疾病的发展仍不清楚	探讨中性粒细胞在脂肪肝疾病发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	中性粒细胞及其在脂肪肝疾病中的作用	NA	脂肪肝疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
90	2024-10-04	Single-cell multiomic analysis identifies macrophage subpopulations in promoting cardiac repair 2024-Aug-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175297 PMID:39190625	研究论文	研究通过单细胞多组学分析，揭示了在心脏修复过程中巨噬细胞亚群的作用及其命运调控机制	首次通过时空单细胞表观基因组分析，揭示了再生和非再生心脏中特定巨噬细胞亚群的功能及其命运调控机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨心脏修复过程中巨噬细胞亚群的功能及其命运调控机制	再生和非再生心脏中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	再生（P1）和非再生（P10）小鼠心脏样本
91	2024-10-04	High-resolution Inference of Multiplexed Anti-HIV Gene Editing using Single-Cell Targeted DNA Sequencing 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.24.576921 PMID:38328062	研究论文	本文介绍了一种用于评估抗HIV基因治疗策略的高分辨率单细胞靶向DNA测序平台	开发了一种单细胞DNA测序平台，能够同时分析HIV基因组和50个宿主依赖因子基因，以评估多重基因编辑的效果	研究结果显示，在单个细胞中观察到多个位点的抗病毒基因编辑的情况很少	评估抗HIV基因治疗策略的疗效和治疗潜力	HIV基因组和宿主依赖因子基因	基因编辑	HIV感染	单细胞靶向DNA测序	CRISPR-Cas9	DNA序列	涉及小胶质细胞和原代单核细胞衍生的巨噬细胞
92	2024-10-04	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	研究分析了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次通过单细胞转录组学分析，揭示了肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞亚型的特异性上调及其对糖皮质激素抵抗的贡献	研究仅限于肥胖相关哮喘的CD4+ T细胞，未涵盖其他类型的哮喘或其他免疫细胞	探讨儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的特异性及其在病理生物学中的作用	肥胖相关哮喘中的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖相关哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞
93	2024-10-04	Arming AAV9 with a Single-Chain Fragment Variable Antibody Against PD-1 for Systemic Glioblastoma Therapy 2024-Aug-14, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04406-y PMID:39138760	研究论文	本文介绍了一种利用AAV9系统性递送针对PD-1的单链可变片段抗体（scFv-PD-1）治疗胶质母细胞瘤（GBM）的新方法	首次利用AAV9系统性递送scFv-PD-1，实现肿瘤微环境中的局部表达，显著减少肿瘤生长并提高生存率	需要进一步的临床试验验证其安全性和有效性	探索新的胶质母细胞瘤治疗策略	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境中的PD-1表达	生物医学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	免疫功能正常的GBM小鼠模型
94	2024-10-04	Pediatric glioma immune profiling identifies TIM3 as a therapeutic target in BRAF fusion pilocytic astrocytoma 2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177413 PMID:39137048	研究论文	本文研究了儿童胶质瘤的免疫特征，并确定了TIM3作为BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤的治疗靶点	首次在BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤中发现了激活的微胶质细胞群MG-Act，并证明了TIM3在肿瘤微环境中的表达上调，以及抗TIM3治疗在MAPK驱动的低级别胶质瘤中的疗效	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行临床试验	探讨儿童胶质瘤的免疫特征，并寻找新的治疗靶点	儿童胶质瘤，特别是BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤	数字病理学	脑瘤	全转录组测序、单细胞测序、顺序多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	涉及人类和小鼠的胶质瘤样本
95	2024-10-04	Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension 2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005 PMID:38841857	研究论文	研究分析了系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺组织中单细胞RNA测序数据，揭示了血管重塑和血管生成的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺血管内皮细胞和周围间充质细胞的转录组变化，揭示了新的血管生成和重塑机制	研究样本量较小，且仅限于特定类型的肺动脉高压患者，可能影响结果的普适性	探究系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压中血管重塑和血管生成的分子机制	系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者的肺组织中的血管内皮细胞和周围间充质细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA	系统性硬化症相关肺动脉高压患者16例，特发性肺动脉高压患者3例，健康对照15例
96	2024-10-02	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	研究使用SomaScan蛋白质组学平台分析434名肾活检确诊患者的血浆蛋白质，识别与急性肾小管损伤（ATI）严重程度相关的生物标志物	首次通过大规模蛋白质组学分析，识别出与急性肾小管损伤相关的156种血浆蛋白质，并揭示了免疫调节和细胞器应激反应在ATI发病机制中的作用	研究样本主要来自肾活检确诊患者，可能存在选择偏倚；未涉及长期随访数据，无法评估这些生物标志物的长期预测价值	识别急性肾小管损伤的非侵入性生物标志物，以实现早期检测和药物开发	急性肾小管损伤（ATI）及其相关生物标志物	蛋白质组学	肾病	SomaScan蛋白质组学平台	NA	蛋白质	434名肾活检确诊患者，以及来自Kidney Precision Medicine Project (KPMP)、Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) study和COVID-19 Host Response and Clinical Outcomes (CHROME) study的样本
97	2024-10-02	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-Aug-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	研究论文	研究了Atoh1神经元谱系在发育中的小鼠后脑中的单细胞转录组图谱，揭示了神经命运决定和神经多样性	首次通过单细胞RNA测序和ATOH1 DNA结合分析，揭示了Atoh1神经元谱系在发育中的小鼠后脑中的转录程序和多样性	研究仅限于小鼠后脑中的Atoh1神经元谱系，未涉及其他物种或组织	揭示Atoh1神经元谱系在发育中的小鼠后脑中的神经命运决定和神经多样性	Atoh1神经元谱系在发育中的小鼠后脑	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠后脑中的Atoh1神经元谱系
98	2024-10-01	Imprinting as Basis for Complex Evolutionary Novelties in Eutherians 2024-Aug-31, Biology DOI:10.3390/biology13090682 PMID:39336109	综述	本文综述了基因组印记在真兽类进化中的作用及其对复杂进化新奇性的影响	提出基因组印记不仅是基因剂量控制的机制，还增加了细胞多样性和可塑性，并促进了进化新奇性如胎盘和真兽类大脑的进化扩展	NA	探讨基因组印记在真兽类进化中的作用及其对复杂进化新奇性的影响	基因组印记及其在真兽类中的表现	NA	NA	单细胞转录组分析和表观遗传研究	NA	NA	NA
99	2024-10-01	Type I Interferonopathy among Non-Elderly Female Patients with Post-Acute Sequelae of COVID-19 2024-Aug-28, Viruses DOI:10.3390/v16091369 PMID:39339845	研究论文	研究探讨了非老年女性COVID-19后遗症患者中可能的免疫机制	发现了与不受控制的I型干扰素信号激活相关的CD14STAT2单核细胞亚群	研究仅基于单细胞转录组数据，未涉及临床干预或治疗效果	探索COVID-19后遗症在非老年女性患者中的免疫机制	非老年女性COVID-19后遗症患者及其免疫细胞	免疫学	COVID-19	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	非老年女性COVID-19后遗症患者及急性感染患者的血液样本，以及年龄和性别匹配的非后遗症患者和健康对照
100	2024-10-01	Factors Affecting Cell Viability during the Enzymatic Dissociation of Human Endocrine Tumor Tissues 2024-Aug-27, Biology DOI:10.3390/biology13090665 PMID:39336093	研究论文	研究了酶解法分离人内分泌肿瘤组织过程中影响细胞活力的因素	探讨了不同酶解参数对不同类型肿瘤细胞活力的影响，强调了优化组织消化协议的重要性	未详细说明具体的优化方法和实验结果	研究酶解法分离人内分泌肿瘤组织过程中影响细胞活力的因素	人内分泌肿瘤组织及其细胞	数字病理学	内分泌肿瘤	酶解法	NA	细胞	未具体说明样本数量