单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 543 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-12-08 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
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研究论文 | 本文介绍了空间图傅里叶变换（SpaGFT）并应用于多种空间组学平台，生成可解释的表示 | SpaGFT在空间变异基因识别和基因表达插补方面优于现有工具，并能检测罕见的亚细胞器 | NA | 开发一种新的方法来分析复杂器官的空间组学数据 | 人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据 | 机器学习 | NA | 空间图傅里叶变换（SpaGFT） | 图信号处理 | 空间组学数据 | 人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据 |
| 82 | 2024-12-02 |
Integrative single-cell and bulk transcriptome analyses identify a distinct pro-tumor macrophage signature that has a major prognostic impact on glioblastomas
2024-Aug-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01454-5
PMID:39136841
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别出与胶质母细胞瘤预后相关的独特促肿瘤巨噬细胞特征 | 本研究首次识别出一种新的促肿瘤巨噬细胞亚群，标记为S100A9，可能通过与内皮细胞相互作用促进肿瘤进展 | NA | 解析胶质母细胞瘤的分子景观及异质性巨噬细胞群在胶质母细胞瘤进展中的作用 | 胶质母细胞瘤及其相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 83 | 2024-11-27 |
Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data
2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland)
DOI:10.1007/s43657-024-00169-7
PMID:39583311
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研究论文 | 研究探讨了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对微环境异质性的影响 | 首次综合多组学数据和分子生物学实验，揭示了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的表达与患者病理分级、预后及化疗敏感性的关系 | 研究主要基于多组学数据和体外实验，缺乏临床试验验证 | 探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对患者预后和化疗敏感性的影响 | 透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 多组学数据分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 84 | 2024-11-20 |
Single-cell landscape of peripheral immune response in patients with anti-melanoma differentiation-associated gene 5 dermatomyositis
2024-08-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/kead597
PMID:37941459
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术分析了抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周免疫反应 | 首次在抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎样本中鉴定出高度表达IFN alpha诱导蛋白27和IFN诱导螺旋酶C域1的独特CD14+单核细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名患者和6名健康对照 | 探讨抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎的免疫景观及其潜在的病毒感染起源 | 抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8名抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者和6名健康对照 |
| 85 | 2024-11-15 |
Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure
2024-08-16, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04080-x
PMID:39152369
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研究论文 | 研究揭示了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留Macro-MYL2巨噬细胞 | 发现了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的新作用，并鉴定了一种与肌生成相关的心脏驻留巨噬细胞Macro-MYL2 | 需要进一步实验验证RNA修饰编写者和Macro-MYL2巨噬细胞亚型在心脏免疫微环境中的调控作用 | 探讨RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留巨噬细胞的新亚型 | 心力衰竭患者的免疫细胞和RNA修饰编写者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了GSE145154和GSE141910数据集中的样本 |
| 86 | 2024-11-15 |
IGF1 and CXCR4 Respectively Related With Inhibited M1 Macrophage Polarization in Keloids
2024-Aug-15, The Journal of craniofacial surgery
IF:1.0Q3
DOI:10.1097/SCS.0000000000010479
PMID:39145631
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研究论文 | 研究探讨了瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制机制，并发现了IGF1和CXCR4作为潜在的生物标志物 | 首次发现IGF1和CXCR4与瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制有关，并提出了潜在的病理机制 | 研究样本量较小，仅包括3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织 | 探索瘢痕疙瘩的免疫异质性和新的生物标志物，以设计新的治疗和预防策略 | 瘢痕疙瘩组织及其邻近正常组织中的M1和M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序分析、批量数据差异基因表达分析、基因本体论（GO）分析、基因集富集分析（GSEA）、免疫浸润分析 | NA | RNA | 3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织 |
| 87 | 2024-11-08 |
Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis
2024-08-13, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409
PMID:38830132
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序和拷贝数异常（CNA）分析，建立了一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进了多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）的功能性克隆间和克隆内分析 | 本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合，用于推断基因组损伤，并改进了克隆间和克隆内的功能分析 | 研究样本仅来自5名患者，可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况 | 建立一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析 | 多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）患者的骨髓浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序、拷贝数异常（CNA）分析 | NA | 转录组数据 | 20,465个骨髓浆细胞，来自5名患者 |
| 88 | 2024-11-06 |
Integrative single-cell chromatin and transcriptome analysis of human plasma cell differentiation
2024-08-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023023237
PMID:38643512
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研究论文 | 本文通过整合单细胞染色质和转录组分析，揭示了人类浆细胞分化的时空表观遗传和转录程序 | 本文首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）结合，解析了浆细胞分化的轨迹，并识别了关键的转录因子 | 本文主要依赖于体外培养系统，可能无法完全反映体内浆细胞分化的复杂性 | 揭示驱动浆细胞分化早期阶段的时空表观遗传和转录程序 | 人类浆细胞分化过程中的表观遗传和转录变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞数据 | 未具体说明样本数量 |
| 89 | 2024-11-02 |
Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States
2024-Aug-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457
PMID:39105287
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研究论文 | 本文通过单细胞多模态分析研究了心血管疾病风险状态下单核细胞的转录组和表型特征 | 本文首次使用CITE-seq和单细胞RNA测序技术，全面描述了单核细胞的转录组和表型景观，并发现了多种功能不同的亚群 | 本文主要集中在单核细胞的研究，未涉及其他免疫细胞类型 | 研究心血管疾病风险因素对单核细胞亚群的影响 | 单核细胞及其在心血管疾病中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | CITE-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 表型数据 | 437,126个单核细胞样本 |
| 90 | 2024-10-30 |
A review on advancements in feature selection and feature extraction for high-dimensional NGS data analysis
2024-Aug-19, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01415-x
PMID:39158621
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综述 | 本文综述了用于高维NGS数据分析的特征选择和特征提取技术的最新进展 | 本文系统比较了各种统计学、机器学习和深度学习方法在NGS和微阵列数据解释中的应用 | 本文主要关注技术综述，未提供具体实验验证 | 探讨如何通过特征选择和特征提取技术提高高维NGS数据的分析效率和模型性能 | NGS和微阵列数据 | 机器学习 | NA | NGS | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学数据 | NA |
| 91 | 2024-10-30 |
Precision oncology in neurofibromatosis type 1: quantification of differential sensitivity to selumetinib in plexiform neurofibromas using single-cell RNA sequencing
2024-Aug, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04711-5
PMID:38739187
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术量化了神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib的差异敏感性 | 首次使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上量化药物反应，揭示了selumetinib在神经纤维瘤1型中的差异敏感性 | 样本量较小，仅包括七个丛状神经纤维瘤 | 验证单细胞RNA测序技术在量化神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib敏感性方面的应用 | 神经纤维瘤1型中的丛状神经纤维瘤 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个丛状神经纤维瘤，共658个Schwann细胞（中位数） |
| 92 | 2024-10-29 |
CONSORT article: Single-cell sequencing analysis revealed CMKLR1+ macrophage as a subpopulation of macrophage with tumor-suppressive characteristics in oral squamous cell carcinoma
2024-Aug-23, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039399
PMID:39183397
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示了CMKLR1+巨噬细胞作为口腔鳞状细胞癌中具有肿瘤抑制特性的巨噬细胞亚群 | 首次发现CMKLR1+巨噬细胞在口腔鳞状细胞癌中具有抑制肿瘤进展的特性 | 研究基于公共数据库的数据，缺乏临床样本的验证 | 探索口腔鳞状细胞癌中免疫细胞的组成及其在肿瘤抑制中的作用 | 口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 基于Gene Expression Omnibus数据库的肿瘤组织样本 |
| 93 | 2024-08-07 |
Unraveling the dynamics of myometrial remodeling: insights from single-cell and spatial transcriptomics in term pregnancy
2024-Aug-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-10-25 |
Unique expression and critical role of metallothionein 3 in the control of osteoclastogenesis and osteoporosis
2024-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01290-3
PMID:39085359
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研究论文 | 研究探讨了金属硫蛋白3（MT3）在调控破骨细胞生成和骨质疏松中的独特表达和关键作用 | 首次揭示了MT3在骨细胞调控中的作用，并提出了MT3通过ROS和SP1双轴调控破骨细胞生成和骨代谢的机制 | NA | 探讨MT3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及其调控机制 | 破骨细胞、骨质疏松 | NA | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 95 | 2024-10-24 |
Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling
2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610447
PMID:39257811
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研究论文 | 研究慢性社会挫败压力通过I型干扰素信号通路诱导脑膜中性粒细胞增多 | 首次揭示了慢性社会挫败压力通过I型干扰素信号通路诱导脑膜中性粒细胞增多的机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨慢性社会挫败压力对脑膜免疫反应的影响及其机制 | 小鼠脑膜中性粒细胞 | NA | NA | 流式细胞术、免疫组化、全组织清除、单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本 |
| 96 | 2024-10-24 |
Variational inference of single cell time series
2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.29.610389
PMID:39257806
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研究论文 | 提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立成分 | SNOW算法能够基于时间独立维度进行细胞类型注释，区分生物学时间变异和批次效应，并能在单细胞水平上生成时间序列 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中时间与细胞身份共同影响基因表达分析的挑战 | 单细胞时间序列RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 时间序列数据 | 三个不同的时间序列单细胞RNA测序研究数据 |
| 97 | 2024-10-24 |
Targeting Liver Epsins Ameliorates Dyslipidemia in Atherosclerosis
2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609742
PMID:39253478
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研究论文 | 研究肝脏epsins在促进PCSK9介导的LDLR降解和阻碍LDL-C清除中的作用，以推动动脉粥样硬化的发展 | 首次揭示了肝脏epsins通过调节LDLR的内吞和降解促进动脉粥样硬化的机制，并提出了靶向肝脏epsins作为治疗动脉粥样硬化的新策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其有效性和安全性 | 探讨肝脏epsins在PCSK9介导的LDLR降解和LDL-C清除中的作用，以揭示其对动脉粥样硬化的影响 | 肝脏epsins、LDLR、PCSK9、动脉粥样硬化 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | scRNA-seq分析、MEBOCOST算法 | NA | 基因表达数据 | ApoE-/-和ApoE-/-/Liver-DKO小鼠 |
| 98 | 2024-10-24 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.23.609477
PMID:39229093
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研究论文 | 提出了一种名为SPACE的框架，通过调整细胞类型效应对空间变异基因进行聚类，以改进空间域检测 | SPACE方法不需要预先知道基因簇数量、空间模式或细胞类型信息，通过调整细胞类型效应来分类空间变异基因，从而提高空间域检测的准确性 | NA | 改进空间变异基因的分类和空间域检测的准确性 | 空间变异基因及其在空间域检测中的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 99 | 2024-10-24 |
Microenvironment T-Type calcium channels regulate neuronal and glial processes to promote glioblastoma growth
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.22.609229
PMID:39229003
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研究论文 | 研究探讨了微环境中的T型钙通道在调节神经元和胶质细胞过程中对胶质母细胞瘤生长的影响 | 首次揭示了微环境中的T型钙通道在促进胶质母细胞瘤进展中的作用，并发现抑制该通道可以增强TMZ和辐射的抗肿瘤效果 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果 | 阐明微环境和内在T型钙通道在调节肿瘤生长和进展中的作用 | 胶质母细胞瘤细胞、Cav3.2敲除小鼠、WT小鼠、神经元和胶质母细胞瘤干细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Cav3.2敲除小鼠和WT小鼠的肿瘤样本，以及神经元和胶质母细胞瘤干细胞的共培养样本 |
| 100 | 2024-10-24 |
Tracking clonal evolution of drug resistance in ovarian cancer patients by exploiting structural variants in cfDNA
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609031
PMID:39229105
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研究论文 | 本文通过利用cfDNA中的结构变异，追踪卵巢癌患者药物耐药性的克隆进化 | 开发了一种基于克隆特异性结构变异的cfDNA混合捕获和深度测序方法，错误率远低于ctDNA中的单核苷酸变异检测 | 研究样本量较小，仅涉及19名患者，且仅限于高级别浆液性卵巢癌 | 探索肿瘤在药物耐药状态下进化的机制，并开发一种新的方法来追踪克隆进化 | 高级别浆液性卵巢癌患者的药物耐药性克隆进化 | 数字病理学 | 卵巢癌 | cfDNA混合捕获和深度测序 | Wright-Fisher模型 | cfDNA和单细胞全基因组测序数据 | 19名患者的基础数据，10名患者的长期监测数据 |