单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-01-26	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	本研究通过多参数分析术前肝脏活检，预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	首次结合代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学和多重成像技术，对术前肝脏活检进行多参数分析，以预测胰腺癌患者的转移结果	样本量相对较小（49例胰腺癌患者和19例对照患者），需要更大规模的研究验证结果	预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	49例局部胰腺癌患者和19例非癌性胰腺病变对照患者的肝脏活检样本	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学、多重成像	机器学习模型	代谢组数据、转录组数据、成像数据	49例胰腺癌患者和19例对照患者
82	2025-01-25	circRNAs as Epigenetic Regulators of Integrity in Blood-Brain Barrier Architecture: Mechanisms and Therapeutic Strategies in Multiple Sclerosis 2024-08-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161316 PMID:39195206	综述	本文综述了环状RNA（circRNAs）在维持血脑屏障（BBB）完整性中的作用及其在多发性硬化症（MS）中的治疗潜力	揭示了circRNAs通过细胞骨架稳定性维持BBB完整性的新机制，并探讨了其在MS治疗中的潜在应用	目前尚缺乏circRNAs在BBB损伤和功能障碍中的具体作用机制的详细实验验证	探讨circRNAs在维持BBB完整性中的作用及其在多发性硬化症中的治疗潜力	多发性硬化症（MS）患者	神经科学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	NA	NA
83	2025-01-24	Bioinformatics and machine learning approaches reveal key genes and underlying molecular mechanisms of atherosclerosis: A review 2024-Aug-02, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038744 PMID:39093811	综述	本研究结合生物信息学工具和机器学习方法，探索了动脉粥样硬化的关键基因及其分子网络机制，并进行了药物预测	通过整合多种数据集，利用Lasso回归和随机森林算法筛选出5个关键基因，并首次将这些基因与铁死亡相关基因的表达差异联系起来	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索动脉粥样硬化的关键基因及其分子机制，并进行药物预测	动脉粥样硬化相关基因和分子网络	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序技术	Lasso回归, 随机森林	基因表达数据	GSE20129和GSE90074数据集
84	2025-01-23	DCX knockout ferret reveals a neurogenic mechanism in cortical development 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114508 PMID:39018244	研究论文	本文通过建立DCX基因敲除雪貂模型，揭示了DCX在神经祖细胞增殖和放射状胶质纤维延伸中的关键作用，并利用单核RNA测序和空间转录组学技术，提供了无脑回皮层详细图谱	首次建立DCX基因敲除雪貂模型，该模型能准确复制人类无脑回畸形的关键特征，并揭示了DCX在神经发育中的具体作用机制	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类无脑回畸形的所有复杂性和多样性	研究无脑回畸形的细胞和分子机制，以及DCX基因在神经发育中的作用	DCX基因敲除雪貂模型	神经科学	无脑回畸形	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	DCX基因敲除雪貂模型	基因表达数据，空间转录组数据	NA
85	2025-01-23	Single-cell RNA sequencing reveals dynamics of gene expression for 2D elongation and 3D growth in Physcomitrium patens 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114524 PMID:39046878	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了苔藓植物Physcomitrium patens从2D到3D生长的基因表达动态	首次在单细胞分辨率下揭示了苔藓植物从2D到3D生长转变的分子特征和细胞异质性	研究仅针对Physcomitrium patens，结果可能不适用于其他植物物种	研究苔藓植物从2D到3D生长转变的分子机制	苔藓植物Physcomitrium patens	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过17,000个单细胞，涵盖所有主要营养组织
86	2025-01-23	Transcriptional noise, gene activation, and roles of SAGA and Mediator Tail measured using nucleotide recoding single-cell RNA-seq 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114593 PMID:39102335	研究论文	本文介绍了一种时间分辨的新生单细胞RNA测序方法，用于测量酿酒酵母中基因特异性转录噪声和活跃基因的比例	开发了一种新的时间分辨单细胞RNA测序方法，能够测量基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，并揭示了SAGA和Mediator Tail在激活启动子中的重要作用	研究仅限于酿酒酵母，未涉及其他生物体	研究基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，以及SAGA和Mediator Tail在转录调控中的作用	酿酒酵母	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
87	2025-01-23	Lipid-associated macrophages for osimertinib resistance and leptomeningeal metastases in NSCLC 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114613 PMID:39116206	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌（NSCLC）患者脑脊液中的脂质相关巨噬细胞与奥希替尼耐药及软脑膜转移的关系	发现了一种特定亚型的巨噬细胞（RNASE1_M）与奥希替尼耐药和软脑膜转移的发展相关，并揭示了其通过Midkine（MDK）调节的机制	研究样本量有限，且主要集中于EGFR突变型NSCLC患者，可能不适用于其他类型的肺癌	探讨非小细胞肺癌患者中脂质相关巨噬细胞在奥希替尼耐药和软脑膜转移中的作用	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本
88	2025-01-23	A human fetal cerebellar map of the late second trimester reveals developmental molecular characteristics and abnormality in trisomy 21 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114586 PMID:39137113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胎儿小脑在妊娠18-25周期间的发育过程，揭示了正常和异常发育的分子特征	首次在妊娠晚期第二孕期的人类胎儿小脑中识别了增殖性UBC祖细胞的分布，并描绘了从ARGs到BGPs的两条发育轨迹，同时识别了ORGs作为原始少突胶质细胞祖细胞的来源	研究仅限于妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本，未涵盖其他发育阶段或其他类型的小脑异常	研究人类胎儿小脑在妊娠晚期第二孕期的正常和异常发育过程	人类胎儿小脑样本	生物信息学	唐氏综合症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本
89	2025-01-23	Human liver sinusoidal endothelial cells support the development of functional human pluripotent stem cell-derived Kupffer cells 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114629 PMID:39146183	研究论文	本文研究了人类多能干细胞（hPSCs）衍生的库普弗细胞（KCs）的发育，并展示了hPSC-肝窦内皮细胞（LSECs）在支持这些细胞稳定移植中的作用	首次展示了hPSC-LSECs能够支持hPSC-YS-巨噬细胞的稳定移植，并通过单细胞RNA测序揭示了移植的YS-巨噬细胞的基因特征	研究主要依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类体内的复杂环境	研究人类库普弗细胞的发育过程及其功能	人类多能干细胞（hPSCs）及其衍生的库普弗细胞（KCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
90	2025-01-21	TRIM24 Cooperates with Ras Mutation to Drive Glioma Progression through snoRNA Recruitment of PHAX and DNA-PKcs 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400023 PMID:38828688	研究论文	本文揭示了表观遗传调节因子TRIM24在胶质瘤进展中的作用，特别是其与HRas突变共同驱动胶质瘤向类上皮性胶质母细胞瘤（Ep-GBM）转变的机制	首次发现TRIM24通过与HRas突变协同作用，通过snoRNA招募PHAX和DNA-PKcs，促进胶质瘤向Ep-GBM样肿瘤的转变	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩展	探讨TRIM24在胶质瘤进展中的分子机制及其潜在治疗策略	胶质瘤细胞、人类神经干细胞（hNSCs）、临床Ep-GBM样本	分子生物学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	临床Ep-GBM样本及体外实验模型
91	2025-01-15	Interferon signaling and ferroptosis in tumor immunology and therapy 2024-Aug-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00668-w PMID:39127858	研究论文	本研究旨在阐明干扰素信号通路对肿瘤细胞铁死亡的影响机制及其与CD8+T细胞耗竭的相关性	通过单细胞测序和生物信息学工具揭示了CD8+T细胞耗竭的关键基因及其下游因子，并分析了干扰素相关基因与铁死亡的关系	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨干扰素信号通路在肿瘤免疫学和治疗中的作用	肿瘤细胞和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序、生物信息学分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、实验数据	小鼠模型和TCGA数据库中的肿瘤组织样本
92	2025-01-04	Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression 2024-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01802-x PMID:39048792	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间分析技术，研究了人类肾脏在健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境在肾脏疾病进展中的作用	结合单细胞、单核、空间RNA表达和单核开放染色质数据，首次全面绘制了人类肾脏的空间分子图谱，并揭示了纤维化微环境在疾病分类和预后中的临床价值	研究样本数量有限（81个），且主要关注糖尿病和高血压相关的肾脏疾病，可能无法完全代表其他类型的肾脏疾病	揭示肾脏健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境的作用	人类肾脏样本（健康、糖尿病和高血压相关疾病）	数字病理学	肾脏疾病	单细胞多组学、空间RNA表达（Visium、CosMx）、单核开放染色质分析	NA	单细胞RNA表达数据、空间RNA表达数据、单核开放染色质数据	81个样本（包括健康、糖尿病和高血压相关疾病的肾脏样本）
93	2025-01-01	Functional cure and long-term survival in multiple myeloma: how to challenge the previously impossible 2024-08-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283058 PMID:38356448	综述	本文探讨了多发性骨髓瘤（MM）的功能性治愈和长期生存的可能性	提出了功能性治愈的概念，并讨论了通过新型诊断和治疗手段实现长期疾病控制的可能性	尽管功能性治愈的概念提出，但实际治愈仍难以实现，且长期疗效仍需进一步验证	探讨多发性骨髓瘤的功能性治愈和长期生存策略	多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞测序	NA	NA	NA
94	2024-12-29	Single-Cell RNA-Seq Debiased Clustering via Batch Effect Disentanglement 2024-08, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2023.3260003 PMID:37030864	研究论文	本文提出了一种名为SCDC的单细胞RNA-seq去偏聚类方法，通过分离生物和非生物信息来解决批次效应问题	SCDC方法在数据分区过程中分离生物和非生物信息，从而在存在批次效应的情况下实现去偏聚类	未提及具体局限性	解决单细胞RNA-seq数据中批次效应对聚类结果的影响	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞RNA-seq数据	NA
95	2024-12-28	Genetic Implication of Prenatal GABAergic and Cholinergic Neuron Development in Susceptibility to Schizophrenia 2024-08-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae083 PMID:38869145	研究论文	本研究探讨了孕期GABA能和胆碱能神经元发育在精神分裂症易感性中的遗传影响	结合大规模全基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，揭示了精神分裂症遗传风险在特定神经元群体中的富集	研究主要基于预测的调控基因组序列，需要进一步实验验证	探讨孕期神经元发育在精神分裂症遗传风险中的作用	人类胚胎期的神经节隆起（GE）细胞群体	遗传学	精神分裂症	单细胞RNA测序，单核ATAC测序（snATAC-Seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA测序数据	NA
96	2024-12-22	Single-cell analysis of chromatin and expression reveals age- and sex-associated alterations in the human heart 2024-08-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06582-y PMID:39187646	研究论文	研究通过单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq分析，揭示了人类心脏中与年龄和性别相关的染色质和表达变化	首次大规模分析了人类心脏中单细胞水平的年龄和性别相关变化，并结合了多个已发表的数据集进行综合分析	研究仅限于健康成年心脏样本，未涵盖疾病状态下的心脏变化	探讨人类心脏中不同细胞类型在年龄和性别影响下的分子程序变化	人类心脏样本中的单细胞核染色质和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq	预测模型	基因表达数据和染色质可及性数据	9名捐赠者的心脏样本，并结合了5个已发表的单核RNA-Seq数据集
97	2024-12-22	SLIVER: Unveiling large scale gene regulatory networks of single-cell transcriptomic data through causal structure learning and modules aggregation 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108690 PMID:38879931	研究论文	本文提出了一种名为SLIVER的算法，通过因果结构学习和模块聚合来揭示单细胞转录组数据的大规模基因调控网络	SLIVER算法通过引入因子节点来整合基因之间的调控关系，将基因调控网络简化为两个低维矩阵的乘积，从而降低了计算复杂度	NA	从因果角度推断基因调控网络	单细胞转录组数据中的基因调控网络	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	结构因果模型	基因表达数据	12个真实单细胞转录组数据集
98	2024-12-21	Divergent venom effectors correlate with ecological niche in neuropteran predators 2024-08-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06666-9 PMID:39134630	研究论文	研究了神经翅目捕食者的毒液效应器与其生态位之间的关系	首次通过空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析和生物测定研究了不同生态位中的毒液系统，并发现了E. nostras毒液的独特分子特征	对不同科的毒液部署的生态和进化了解不足	探讨神经翅目捕食者的毒液在不同生态位中的进化和生态作用	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea的毒液系统	NA	NA	空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析、生物测定	NA	分子数据、形态数据	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea
99	2024-12-21	Epithelium/imcDC2 axis facilitates the resistance of neoadjuvant anti-PD-1 in human NSCLC 2024-Aug-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007854 PMID:39134346	研究论文	本文研究了非小细胞肺癌患者在接受新辅助抗PD-1治疗时，上皮细胞/imcDC2轴如何促进治疗抵抗的机制	揭示了galectin-9表达的肿瘤细胞通过galectin-9/TIM-3介导的抑制作用，维持了新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的初级抵抗	本文主要基于实验数据和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探讨新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的抵抗机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和肺组织，以及肺癌细胞系和小鼠模型	数字病理学	肺癌	多组学分析，包括质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序和多色流式细胞术	NA	基因表达数据	一批接受新辅助抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和配对的肺组织，以及新鲜的组织样本和肺癌细胞系
100	2024-12-19	A single-cell transcriptomic landscape of cadmium-hindered brain development in mice 2024-08-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06685-6 PMID:39147853	研究论文	本文研究了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响，通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞亚群对镉暴露的反应	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的多层次影响，包括细胞亚群的变化和神经行为的改变	研究仅限于小鼠模型，且仅探讨了低剂量镉暴露的影响，可能无法完全反映人类情况	探讨镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响及其机制	小鼠胚胎大脑中的不同细胞亚群及其对镉暴露的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	怀孕小鼠及其胚胎大脑样本