单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-01-23	A human fetal cerebellar map of the late second trimester reveals developmental molecular characteristics and abnormality in trisomy 21 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114586 PMID:39137113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胎儿小脑在妊娠18-25周期间的发育过程，揭示了正常和异常发育的分子特征	首次在妊娠晚期第二孕期的人类胎儿小脑中识别了增殖性UBC祖细胞的分布，并描绘了从ARGs到BGPs的两条发育轨迹，同时识别了ORGs作为原始少突胶质细胞祖细胞的来源	研究仅限于妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本，未涵盖其他发育阶段或其他类型的小脑异常	研究人类胎儿小脑在妊娠晚期第二孕期的正常和异常发育过程	人类胎儿小脑样本	生物信息学	唐氏综合症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本
62	2025-01-23	Human liver sinusoidal endothelial cells support the development of functional human pluripotent stem cell-derived Kupffer cells 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114629 PMID:39146183	研究论文	本文研究了人类多能干细胞（hPSCs）衍生的库普弗细胞（KCs）的发育，并展示了hPSC-肝窦内皮细胞（LSECs）在支持这些细胞稳定移植中的作用	首次展示了hPSC-LSECs能够支持hPSC-YS-巨噬细胞的稳定移植，并通过单细胞RNA测序揭示了移植的YS-巨噬细胞的基因特征	研究主要依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类体内的复杂环境	研究人类库普弗细胞的发育过程及其功能	人类多能干细胞（hPSCs）及其衍生的库普弗细胞（KCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
63	2025-01-21	TRIM24 Cooperates with Ras Mutation to Drive Glioma Progression through snoRNA Recruitment of PHAX and DNA-PKcs 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400023 PMID:38828688	研究论文	本文揭示了表观遗传调节因子TRIM24在胶质瘤进展中的作用，特别是其与HRas突变共同驱动胶质瘤向类上皮性胶质母细胞瘤（Ep-GBM）转变的机制	首次发现TRIM24通过与HRas突变协同作用，通过snoRNA招募PHAX和DNA-PKcs，促进胶质瘤向Ep-GBM样肿瘤的转变	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩展	探讨TRIM24在胶质瘤进展中的分子机制及其潜在治疗策略	胶质瘤细胞、人类神经干细胞（hNSCs）、临床Ep-GBM样本	分子生物学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	临床Ep-GBM样本及体外实验模型
64	2025-01-16	Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588525 PMID:38645263	研究论文	本文介绍了一种用于分离各种组织类型细胞核的稳健技术，显著提高了单核RNA测序（snRNA-seq）的数据质量，并全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑中不同细胞类型的动态变化	提出了一种新的细胞核分离技术，显著提高了snRNA-seq的数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑中不同细胞类型的动态变化	未提及具体的样本数量限制或技术局限性	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态变化	脂肪组织中的不同细胞类型	生物信息学	肥胖	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
65	2025-01-15	Interferon signaling and ferroptosis in tumor immunology and therapy 2024-Aug-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00668-w PMID:39127858	研究论文	本研究旨在阐明干扰素信号通路对肿瘤细胞铁死亡的影响机制及其与CD8+T细胞耗竭的相关性	通过单细胞测序和生物信息学工具揭示了CD8+T细胞耗竭的关键基因及其下游因子，并分析了干扰素相关基因与铁死亡的关系	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨干扰素信号通路在肿瘤免疫学和治疗中的作用	肿瘤细胞和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序、生物信息学分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、实验数据	小鼠模型和TCGA数据库中的肿瘤组织样本
66	2025-01-04	Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression 2024-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01802-x PMID:39048792	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间分析技术，研究了人类肾脏在健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境在肾脏疾病进展中的作用	结合单细胞、单核、空间RNA表达和单核开放染色质数据，首次全面绘制了人类肾脏的空间分子图谱，并揭示了纤维化微环境在疾病分类和预后中的临床价值	研究样本数量有限（81个），且主要关注糖尿病和高血压相关的肾脏疾病，可能无法完全代表其他类型的肾脏疾病	揭示肾脏健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境的作用	人类肾脏样本（健康、糖尿病和高血压相关疾病）	数字病理学	肾脏疾病	单细胞多组学、空间RNA表达（Visium、CosMx）、单核开放染色质分析	NA	单细胞RNA表达数据、空间RNA表达数据、单核开放染色质数据	81个样本（包括健康、糖尿病和高血压相关疾病的肾脏样本）
67	2025-01-01	Functional cure and long-term survival in multiple myeloma: how to challenge the previously impossible 2024-08-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283058 PMID:38356448	综述	本文探讨了多发性骨髓瘤（MM）的功能性治愈和长期生存的可能性	提出了功能性治愈的概念，并讨论了通过新型诊断和治疗手段实现长期疾病控制的可能性	尽管功能性治愈的概念提出，但实际治愈仍难以实现，且长期疗效仍需进一步验证	探讨多发性骨髓瘤的功能性治愈和长期生存策略	多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞测序	NA	NA	NA
68	2024-12-29	Single-Cell RNA-Seq Debiased Clustering via Batch Effect Disentanglement 2024-08, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2023.3260003 PMID:37030864	研究论文	本文提出了一种名为SCDC的单细胞RNA-seq去偏聚类方法，通过分离生物和非生物信息来解决批次效应问题	SCDC方法在数据分区过程中分离生物和非生物信息，从而在存在批次效应的情况下实现去偏聚类	未提及具体局限性	解决单细胞RNA-seq数据中批次效应对聚类结果的影响	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞RNA-seq数据	NA
69	2024-12-28	Genetic Implication of Prenatal GABAergic and Cholinergic Neuron Development in Susceptibility to Schizophrenia 2024-08-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae083 PMID:38869145	研究论文	本研究探讨了孕期GABA能和胆碱能神经元发育在精神分裂症易感性中的遗传影响	结合大规模全基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，揭示了精神分裂症遗传风险在特定神经元群体中的富集	研究主要基于预测的调控基因组序列，需要进一步实验验证	探讨孕期神经元发育在精神分裂症遗传风险中的作用	人类胚胎期的神经节隆起（GE）细胞群体	遗传学	精神分裂症	单细胞RNA测序，单核ATAC测序（snATAC-Seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA测序数据	NA
70	2024-12-22	Single-cell analysis of chromatin and expression reveals age- and sex-associated alterations in the human heart 2024-08-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06582-y PMID:39187646	研究论文	研究通过单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq分析，揭示了人类心脏中与年龄和性别相关的染色质和表达变化	首次大规模分析了人类心脏中单细胞水平的年龄和性别相关变化，并结合了多个已发表的数据集进行综合分析	研究仅限于健康成年心脏样本，未涵盖疾病状态下的心脏变化	探讨人类心脏中不同细胞类型在年龄和性别影响下的分子程序变化	人类心脏样本中的单细胞核染色质和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq	预测模型	基因表达数据和染色质可及性数据	9名捐赠者的心脏样本，并结合了5个已发表的单核RNA-Seq数据集
71	2024-12-22	SLIVER: Unveiling large scale gene regulatory networks of single-cell transcriptomic data through causal structure learning and modules aggregation 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108690 PMID:38879931	研究论文	本文提出了一种名为SLIVER的算法，通过因果结构学习和模块聚合来揭示单细胞转录组数据的大规模基因调控网络	SLIVER算法通过引入因子节点来整合基因之间的调控关系，将基因调控网络简化为两个低维矩阵的乘积，从而降低了计算复杂度	NA	从因果角度推断基因调控网络	单细胞转录组数据中的基因调控网络	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	结构因果模型	基因表达数据	12个真实单细胞转录组数据集
72	2024-12-21	Divergent venom effectors correlate with ecological niche in neuropteran predators 2024-08-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06666-9 PMID:39134630	研究论文	研究了神经翅目捕食者的毒液效应器与其生态位之间的关系	首次通过空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析和生物测定研究了不同生态位中的毒液系统，并发现了E. nostras毒液的独特分子特征	对不同科的毒液部署的生态和进化了解不足	探讨神经翅目捕食者的毒液在不同生态位中的进化和生态作用	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea的毒液系统	NA	NA	空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析、生物测定	NA	分子数据、形态数据	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea
73	2024-12-21	Epithelium/imcDC2 axis facilitates the resistance of neoadjuvant anti-PD-1 in human NSCLC 2024-Aug-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007854 PMID:39134346	研究论文	本文研究了非小细胞肺癌患者在接受新辅助抗PD-1治疗时，上皮细胞/imcDC2轴如何促进治疗抵抗的机制	揭示了galectin-9表达的肿瘤细胞通过galectin-9/TIM-3介导的抑制作用，维持了新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的初级抵抗	本文主要基于实验数据和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探讨新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的抵抗机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和肺组织，以及肺癌细胞系和小鼠模型	数字病理学	肺癌	多组学分析，包括质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序和多色流式细胞术	NA	基因表达数据	一批接受新辅助抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和配对的肺组织，以及新鲜的组织样本和肺癌细胞系
74	2024-12-19	A single-cell transcriptomic landscape of cadmium-hindered brain development in mice 2024-08-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06685-6 PMID:39147853	研究论文	本文研究了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响，通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞亚群对镉暴露的反应	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的多层次影响，包括细胞亚群的变化和神经行为的改变	研究仅限于小鼠模型，且仅探讨了低剂量镉暴露的影响，可能无法完全反映人类情况	探讨镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响及其机制	小鼠胚胎大脑中的不同细胞亚群及其对镉暴露的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	怀孕小鼠及其胚胎大脑样本
75	2024-12-19	High-mobility group box 1 fragment ameliorates chronic pancreatitis induced by caerulein in mice 2024-08, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02112-z PMID:38727823	研究论文	研究探讨了高迁移率族蛋白1片段（HMGB1）在治疗小鼠胆囊素诱导的慢性胰腺炎（CP）中的潜在疗效	首次研究了HMGB1片段通过系统给药在CP小鼠模型中的治疗效果，并验证了其通过动员间充质干细胞（MSCs）减轻胰腺纤维化的潜力	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨HMGB1片段在治疗慢性胰腺炎中的潜在疗效	胆囊素诱导的慢性胰腺炎小鼠模型	NA	慢性胰腺炎	免疫组织化学、实时PCR、血清分析、单细胞转录组分析	NA	组织、血清、基因表达	小鼠模型
76	2024-12-18	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了线粒体钙信号在调控内皮细胞向间充质细胞转化中的作用	首次发现线粒体钙摄取是内皮细胞向间充质细胞转化的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运体（MCU）在体内外的调控作用	研究主要基于体外模型和动物模型，尚未在人体内进行广泛验证	探讨内皮细胞向间充质细胞转化的机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞、间充质细胞、线粒体钙信号	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个体外内皮细胞向间充质细胞转化模型，胚胎心脏发育和外周动脉疾病模型，以及来自患有严重肢体缺血患者的组织样本
77	2024-12-14	Aging- and alcohol-associated spatial transcriptomic signature in mouse acute pancreatitis reveals heterogeneity of inflammation and potential pathogenic factors 2024-08, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-024-02460-6 PMID:38940937	研究论文	本研究通过建立衰老酒精性急性胰腺炎小鼠模型，应用Visium空间转录组学技术，揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎空间转录组特征	首次通过空间转录组学技术揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的炎症异质性，并识别出潜在的致病因素	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	阐明衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的空间转录组特征及其潜在机制	衰老和年轻小鼠的急性胰腺炎模型	NA	胰腺炎	Visium空间转录组学	NA	转录组	衰老小鼠（18个月）和年轻小鼠（3个月）各一组
78	2024-12-13	Spatial transcriptomic analysis of tumour-immune cell interactions in melanoma arising from congenital melanocytic nevus 2024-Aug, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.19881 PMID:38420727	研究论文	研究先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤中肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）与肿瘤细胞的相互作用	首次探讨了CMN来源的黑色素瘤中TIICs与肿瘤细胞的相互作用，并使用空间转录组学技术分析了不同侵袭深度下的基因表达变化	样本量未明确提及，且未讨论研究结果的临床应用潜力	确定TIICs和肿瘤细胞在侵袭和转移过程中的肿瘤内免疫景观	先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤组织样本	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
79	2024-12-11	Graph-Regularized Non-Negative Matrix Factorization for Single-Cell Clustering in scRNA-Seq Data 2024-08, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3400050 PMID:38787664	研究论文	本文提出了一种基于图正则化的非负矩阵分解方法（Sc-GNNMF），用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	创新点在于采用图正则化的非负矩阵分解算法（GNNMF），通过拉普拉斯核和p-最近邻图估计细胞间和基因间的稀疏相似性，并使用加权p-最近已知邻居优化单细胞RNA测序数据	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性，揭示细胞异质性的潜在机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图正则化非负矩阵分解（GNNMF）	基因表达数据	11个真实单细胞RNA测序数据集
80	2024-12-08	Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs 2024-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51590-5 PMID:39209833	研究论文	本文介绍了空间图傅里叶变换（SpaGFT）并应用于多种空间组学平台，生成可解释的表示	SpaGFT在空间变异基因识别和基因表达插补方面优于现有工具，并能检测罕见的亚细胞器	NA	开发一种新的方法来分析复杂器官的空间组学数据	人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据	机器学习	NA	空间图傅里叶变换（SpaGFT）	图信号处理	空间组学数据	人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据