单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-31	Type I Interferonopathy among Non-Elderly Female Patients with Post-Acute Sequelae of COVID-19 2024-08-28, Viruses DOI:10.3390/v16091369 PMID:39339845	研究论文	本研究探讨了非老年女性COVID-19后急性后遗症(PASC)患者中I型干扰素病的免疫机制	发现了一种与不受控的IFN-I信号激活相关的CD14STAT2单核细胞亚群，揭示了非老年女性PASC患者中可能的I型干扰素病	研究样本来自公开数据库，可能缺乏临床验证	探索非老年女性PASC患者的免疫机制	非老年女性PASC患者、急性SARS-CoV-2感染患者及健康对照	免疫学	COVID-19后遗症	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的样本(具体数量未明确说明)
62	2025-05-31	A single-cell atlas of the miracidium larva of Schistosoma mansoni reveals cell types, developmental pathways, and tissue architecture 2024-Aug-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.95628 PMID:39190022	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了曼氏血吸虫毛蚴幼虫阶段的全身体细胞图谱，揭示了其细胞类型、发育途径和组织结构	首次在单细胞水平上解析了曼氏血吸虫毛蚴幼虫的细胞组成，发现了两类具有性别偏好的干细胞群及其发育轨迹	研究仅聚焦于毛蚴幼虫阶段，未涵盖寄生虫完整生命周期	在细胞和分子水平上理解曼氏血吸虫毛蚴幼虫的生物学特性	曼氏血吸虫毛蚴幼虫阶段的约365个细胞	单细胞生物学	血吸虫病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交	NA	单细胞转录组数据	约365个单细胞
63	2025-05-31	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-associated platelet bias are evolutionarily conserved 2024-08-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3469 PMID:39178276	研究论文	该研究通过高通量单细胞RNA测序技术，揭示了人类造血干细胞（HSCs）在功能和转录水平上的谱系偏向性，特别是血小板偏向性HSCs的存在及其随年龄增长的变化	首次在人类造血干细胞中证实了谱系偏向性的存在，并揭示了血小板偏向性HSCs随年龄增长的比例和转录水平的变化	研究主要基于小鼠异种移植模型，可能不完全反映人类体内HSCs的真实情况	探究人类造血干细胞的异质性及其与年龄相关的血小板偏向性	人类骨髓造血干细胞	生物医学	血液系统疾病	高通量单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	年轻和年老人类骨髓造血干细胞
64	2025-05-31	Multimodal analysis unveils tumor microenvironment heterogeneity linked to immune activity and evasion 2024-Aug-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110529 PMID:39161957	研究论文	通过多模态分析揭示与免疫活性和逃逸相关的肿瘤微环境异质性	提出了一种名为iHet的特征，用于表征肿瘤微环境的主要异质性来源，并证明其在多种癌症中保守且与抗肿瘤免疫相关	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖肿瘤微环境的所有方面	探索肿瘤微环境异质性及其与免疫治疗反应的关系	肺癌及其他癌症的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肺癌	转录组学分析、单细胞转录组学、空间转录组学	系统生物学方法	转录组数据	NA
65	2025-05-31	PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells 2024-Aug-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4863813/v1 PMID:39184105	研究论文	本文介绍了一种名为PURE-seq的新技术，用于高效测序稀有细胞，并应用于小鼠长期造血干细胞的研究	开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，减少细胞损失并高效捕获稀有细胞	NA	研究造血衰老过程中小鼠长期造血干细胞的转录组及其调控机制	小鼠长期造血干细胞	单细胞转录组学	衰老相关疾病	PURE-seq, 单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	稀有细胞捕获效率为百万分之一，60分钟分选可捕获数十个细胞
66	2025-05-31	High-dimensional single-cell analysis of human natural killer cell heterogeneity 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01883-0 PMID:38956378	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术解析了人类自然杀伤（NK）细胞的异质性，并鉴定了三个主要亚群及其六个亚组	首次使用单细胞RNA测序和CITE-seq技术全面解析NK细胞的异质性，并提出了标准化的术语以促进未来研究的一致性和可比性	研究主要基于健康人血液样本，对于其他组织或疾病状态下的NK细胞异质性分析可能不够全面	解析人类自然杀伤（NK）细胞的异质性及其分子特征	健康人血液中的NK细胞，以及肺、扁桃体和上皮内淋巴细胞中的NK细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, CITE-seq	NA	单细胞转录组数据	健康人血液样本及22种肿瘤类型的样本
67	2025-05-31	Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics 2024-Aug, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100067 PMID:39149129	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索慢性乙型肝炎（CHB）及与丁型肝炎病毒（HDV）和HIV共感染的肝内生物学过程	首次应用NanoString GeoMx数字空间分析平台研究HBV与HDV或HIV共感染患者的肝内转录景观和细胞组成	样本量较小（仅3例未接受治疗的患者），可能限制结果的普遍性	评估空间转录组学方法在解析HBV及共感染患者肝内转录组特征、细胞组成和生物学通路中的应用价值	慢性HBV感染患者（包括HDV或HIV共感染）的肝活检样本	数字病理学	乙型肝炎	空间转录组学（NanoString GeoMx数字空间分析平台）	加权基因共表达网络分析	空间转录组数据	3例未接受治疗的慢性HBV和HDV或HIV共感染患者的FFPE肝活检样本
68	2025-05-25	Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50877-x PMID:39095390	research paper	研究亨廷顿病（HD）细胞表型在镶嵌端脑类器官中通过健康细胞的非细胞自主机制得到挽救	揭示了健康细胞通过非细胞自主机制改善HD细胞表型，强调了细胞间通讯在疾病进展和治疗中的潜在作用	研究局限于端脑类器官模型，未涉及体内环境或其他脑区	探究HD细胞与健康细胞间的非细胞自主机制及其对疾病表型的影响	亨廷顿病（HD）细胞和健康细胞在端脑类器官中的相互作用	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	端脑类器官模型	转录组数据	健康或HD细胞单独培养或混合培养的端脑类器官
69	2025-05-16	Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications 2024-08-24, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01596-9 PMID:39182134	review	本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用	探讨了空间多组学技术在解决单细胞测序空间信息丢失问题上的创新，以及其在揭示空间异质性、构建空间图谱和解码肿瘤免疫学中的空间串扰方面的贡献	NA	回顾多组学技术的当前进展，特别是其在过去十年中的演变和精进，包括通量、分辨率、模态整合和准确性的提升	基因组、转录组、蛋白组、代谢组和表观基因组的整合分析	生物信息学	癌症	空间多组学技术	NA	多组学数据	NA
70	2025-05-16	A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas 2024-08-20, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01598-7 PMID:39164791	research paper	该研究通过单细胞和空间分辨转录组学分析，构建了人类骨肉瘤的细胞组成和组织结构图谱	揭示了骨肉瘤的细胞亚群特征、功能状态及其与化疗的关系，并发现了一个与化疗耐药相关的独特空间生态位	NA	深入理解骨肉瘤的细胞组成和组织结构，为靶向治疗提供基础	人类骨肉瘤	digital pathology	osteosarcoma	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
71	2025-05-13	SUV39H1 Preserves Cancer Stem Cell Chromatin State and Properties in Glioblastoma 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.607856 PMID:39229036	研究论文	本文揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）维持和肿瘤进展中的关键作用	首次报道SUV39H1在GSCs维持中的关键作用，并展示其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	探索SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用及其治疗潜力	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、ATAC测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	患者来源的GSCs和胶质母细胞瘤样本
72	2025-05-12	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（ApoE）是生长板静息区软骨细胞的新标记物	首次发现ApoE作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏特异性标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的特异性标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	分子生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	ApoE-mCherry敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类生长板样本
73	2025-05-11	Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609797 PMID:39253453	研究论文	本研究通过调节血肿瘤屏障的转录程序，改善了药物在胶质母细胞瘤中的递送并增强了化疗效果	发现了一个与血肿瘤屏障相关的12基因特征，并确认了CDH5在这一过程中的核心作用，以及BIA作为血肿瘤屏障调节剂的双功能特性	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	提高胶质母细胞瘤化疗药物的递送效率	胶质母细胞瘤的血肿瘤屏障	肿瘤学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	小鼠模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据	患者来源的胶质母细胞瘤标本和小鼠模型
74	2025-05-11	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	通过单细胞分析鉴定了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次在肥胖相关哮喘中识别出具有CDC42上调的CD4+ T细胞亚型及其与类固醇抵抗的关联	研究未涉及这些T细胞亚型如何具体导致类固醇抵抗的机制	探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的异质性及其病理作用	肥胖相关哮喘患儿的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞样本
75	2025-05-11	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	research paper	开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种预测和比较单细胞转录组图谱	Icebear能够将单细胞测量分解为细胞身份、物种和批次因子，实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测	未明确提及具体的技术或应用限制	理解进化过程中的调控变化并将模型生物的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
76	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Aug-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1 PMID:39149508	research paper	本文介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分析方法，旨在提高数据因子分析的解读性	sciRED通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解读性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
77	2025-05-04	Immunotherapy drives mesenchymal tumor cell state shift and TME immune response in glioblastoma patients 2024-08-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae085 PMID:38695342	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq分析，探讨了免疫检查点抑制剂nivolumab治疗胶质母细胞瘤患者时的肿瘤细胞和肿瘤微环境的表型和转录动态	发现了一种与免疫治疗相关的肿瘤细胞向间充质干细胞样状态转变的抵抗机制特征，并开发了一个潜在的免疫特征	研究样本量相对较小（76个肿瘤样本），虽然在大规模外部数据集（n=298）中验证了结果，但可能仍需更多独立研究验证	识别胶质母细胞瘤免疫治疗抵抗机制，为设计新型治疗策略提供依据	胶质母细胞瘤患者肿瘤样本	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	76个肿瘤样本（临床试验）+ 298个外部数据集样本
78	2025-05-02	Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588525 PMID:38645263	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态变化	开发了一种适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态变化	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的脂肪组织亚型	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞机制	脂肪组织中的各种细胞类型	单细胞组学	肥胖	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种脂肪组织类型
79	2025-04-18	The proteogenomic landscape of multiple myeloma reveals insights into disease biology and therapeutic opportunities 2024-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00784-3 PMID:38942927	研究论文	本文通过多组学分析揭示了多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征，为疾病生物学和治疗提供了新的见解	首次系统评估了多发性骨髓瘤的蛋白质组，并整合了(磷)蛋白质组学、RNA测序和纳米孔DNA测序数据，发现了与疾病侵袭性相关的预后蛋白标志物	样本量相对有限(138例)，且未明确说明随访时间	探索多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征以改善风险分层和发现新治疗靶点	138例原发性患者来源的浆细胞恶性肿瘤(包括初治MM、浆细胞白血病和意义未明的单克隆丙种球蛋白病)及健康对照	癌症研究	多发性骨髓瘤	定量全局(磷)蛋白质组学、RNA测序、纳米孔DNA测序、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、转录组数据	138例患者样本(包括不同疾病阶段)及健康对照
80	2025-04-04	The Loss of PPARγ Expression and Signaling Is a Key Feature of Cutaneous Actinic Disease and Squamous Cell Carcinoma: Association with Tumor Stromal Inflammation 2024-08-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161356 PMID:39195246	研究论文	该研究分析了表皮PPARγ缺陷小鼠的转录组变化，揭示了PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的关键作用	首次通过单细胞测序验证了PPARγ缺失导致基质区室的变化，并发现PPAR信号通路是光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中共同受抑制的典型通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据来源于公开数据库，可能需要进一步实验验证	探究PPARγ在皮肤炎症和癌变过程中的作用机制	PPARγ缺陷小鼠、人类和小鼠的光化性角化病及皮肤鳞状细胞癌样本	肿瘤生物学	皮肤鳞状细胞癌	转录组分析、单细胞测序、基因集富集分析	PPARγ缺陷小鼠模型	转录组数据	PPARγ缺陷小鼠和公开数据库中的人类/小鼠AKs和SCCs样本