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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer
2024-Aug, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03075-7
PMID:38942992
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研究论文 | 通过多参数分析胰腺癌患者术前肝脏活检样本,预测转移风险和转移部位 | 首次在胰腺癌诊断时通过多参数分析术前肝脏样本来预测转移风险、时间和器官趋向性 | 样本量相对较小(49例胰腺癌患者),需要更大规模验证 | 开发基于机器学习的方法预测胰腺癌转移结局 | 49例局限性胰腺癌患者和19例非癌性胰腺病变对照患者的肝脏活检样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学、多重成像 | 机器学习模型 | 代谢组数据、转录组数据、成像数据 | 68例患者(49例胰腺癌,19例对照) | NA | 单细胞转录组学, 代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.18.607992
PMID:39229227
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和代谢通量分析发现糖酵解酶PGAM意外地抑制Th17细胞的致病性 | 首次揭示糖酵解途径中的PGAM反应对Th17细胞致病性具有负向调控作用,与传统认知相反 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,在人体中的验证尚需进一步研究 | 探究糖酵解反应在Th17细胞致病性调控中的作用机制 | T辅助17细胞(Th17细胞) | 单细胞组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序,代谢通量分析 | Compass算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02235-4
PMID:38528186
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研究论文 | 评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中基于标记基因进行细胞类型注释的能力 | 首次将大型语言模型GPT-4应用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释任务 | NA | 开发自动化细胞类型注释方法以减少人工标注的工作量和专业知识需求 | 数百种组织和细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 基因表达数据 | 数百种组织和细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Loss of Inpp5d has disease-relevant and sex-specific effects on glial transcriptomes
2024-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13901
PMID:38923164
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Inpp5d基因缺失对野生型小鼠大脑转录组的性别特异性影响 | 首次在无病理状态下揭示Inpp5d缺失对大脑转录组的基线影响,并发现性别特异性效应和基因共表达模块的崩溃 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究Inpp5d基因在神经退行性疾病中的功能机制 | 野生型小鼠大脑细胞 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型小鼠大脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608866
PMID:39229219
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研究论文 | 本研究通过多尺度成像和单细胞转录组学揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡特异性表达KRT14的肺泡细胞新类型(腔细胞),揭示了初级分支通过近端-远端融合形成肺副支气管的新机制 | 研究主要聚焦鸡肺发育过程,与哺乳动物肺发育的对比分析相对有限 | 阐明鸟类肺脏单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育关键阶段的组织样本 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多尺度3D成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 鸡肺发育关键阶段样本 | 华大基因 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Stereo-seq | 华大基因Stereo-seq空间转录组技术 |
| 66 | 2025-10-06 |
Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism
2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13080978
PMID:39199224
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研究论文 | 本研究探讨重金属暴露对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响 | 首次系统评估局部高浓度重金属对鞘脂代谢途径的差异调节作用 | 主要基于体外和离体组织模型,缺乏体内验证 | 阐明重金属暴露如何通过调控鞘脂代谢影响呼吸系统疾病 | 肺细胞群体和三维离体人体肺组织 | 分子生物学 | 哮喘 | 空间转录组学, 实时定量PCR, 鞘脂组学分析 | 体外模型系统, 三维离体组织模型 | 转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma
2024-08-19, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2023-220230
PMID:38373824
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了哮喘患者和健康捐赠者支气管上皮细胞对呼吸道合胞病毒(RSV)感染的转录反应 | 首次在单细胞分辨率下揭示了哮喘患者杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染的应答受损 | 样本量较小(哮喘患者n=8,健康捐赠者n=8),需要更大规模研究验证 | 探究哮喘患者支气管上皮细胞对RSV感染的分子应答机制 | 原代支气管上皮细胞(pBECs) | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例(8例哮喘患者,8例健康捐赠者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02201-0
PMID:38409223
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研究论文 | 开发基于生成式预训练变换器的单细胞多组学基础模型scGPT | 首次将生成式预训练模型应用于单细胞生物学领域,构建了包含3300多万个细胞的跨组学基础模型 | NA | 探索基础模型在细胞生物学和遗传研究中的适用性 | 单细胞测序数据中的基因和细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成式预训练变换器 | 单细胞多组学数据 | 超过3300万个细胞 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics
2024-08-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn0597
PMID:39141739
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研究论文 | 通过多组学方法揭示蜘蛛大壶腹丝纤维的起源、结构和组成 | 首次识别出18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质,并通过单细胞和空间转录组学发现丝腺分泌上皮存在六种细胞类型,这些细胞类型局限于三个不同的腺体区域 | NA | 理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成成分 | 蜘蛛大壶腹丝腺及其产生的丝纤维 | 生物信息学 | NA | 基因组学,蛋白质组学,单细胞RNA测序,空间转录组学,图像分析 | NA | 基因组数据,蛋白质数据,单细胞转录组数据,空间转录组数据,组织切片图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis
2024-08-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado0424
PMID:39151009
|
研究论文 | 本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术,在海葵中鉴定表达生殖系相关标记的细胞群体,并证明Nanos2对生殖系形成不可或缺 | 首次在刺胞动物中证明Nanos2在体细胞和生殖系干细胞中的保守作用,揭示了刺胞动物干细胞系统的共同进化起源 | 研究仅聚焦于海葵这一特定物种,需要更多刺胞动物物种验证结果的普适性 | 表征海葵中保守的干细胞标记基因,探索刺胞动物干细胞系统的进化起源 | 海葵Nematostella vectensis的干细胞群体 | 发育生物学 | NA | 转基因报告基因,单细胞转录组学,基因敲除 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Microglia-specific IL-10 gene delivery inhibits neuroinflammation and neurodegeneration in a mouse model of Parkinson's disease
2024-08-21, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adm8563
PMID:39167665
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研究论文 | 本研究开发了一种小胶质细胞特异性IL-10基因递送方法,在帕金森病小鼠模型中抑制神经炎症和神经退行性变 | 首次实现小胶质细胞特异性IL-10基因递送,通过单细胞转录组学揭示IL-10诱导独特的小胶质细胞状态 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 开发针对帕金森病神经炎症的靶向基因治疗方法 | 帕金森病小鼠模型中的多巴胺能神经元和小胶质细胞 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞转录组学,病毒基因递送 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 多个常用帕金森病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Natural killer cells promote neutrophil extracellular traps and restrain macular degeneration in mice
2024-08-14, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adi6626
PMID:39141700
|
研究论文 | 本研究揭示自然杀伤细胞通过促进中性粒细胞胞外诱捕网形成抑制小鼠黄斑变性的机制 | 首次发现NK细胞在脉络膜新生血管病变中的关键保护作用,并阐明其通过CCR5介导的招募机制和NKG2D依赖的NETs形成通路 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;年龄相关NK细胞功能变化机制需进一步探索 | 探究自然杀伤细胞在新生血管性年龄相关性黄斑变性发病机制中的作用 | nvAMD患者样本、小鼠模型、人源NK细胞 | 免疫学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序,Olink蛋白质组学分析,基因敲除研究 | NA | 基因表达数据,蛋白质组数据,病理图像 | nvAMD患者和小鼠模型的未明确样本量 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF
2024-08-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl5473
PMID:39121212
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术表征特发性肺纤维化中的病理生态位 | 首次通过空间转录组学结合单细胞RNA测序图谱,识别出IPF中三种具有独特细胞组成和定位的疾病相关生态位 | NA | 解析特发性肺纤维化的空间病理生态位特征 | IPF患者和对照组的肺组织 | 空间转录组学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network
2024-08-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl4893
PMID:39121214
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研究论文 | 本研究通过数学建模分析单细胞RNA测序数据,揭示了3D染色质结构、BRD4和Mediator在调控全基因组转录爆发和基因网络中的不同作用 | 首次系统比较了不同调控因子在转录爆发动力学中的特异性作用,发现MED26主要调控爆发频率,MYC调控爆发大小,而cohesin和BRD4可同时调控两者 | 研究基于数学建模推断,需要进一步实验验证具体分子机制 | 解析转录爆发的分子调控机制 | 基因转录爆发动力学 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,数学建模 | 数学建模 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition
2024-08-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp6182
PMID:39121218
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现线粒体钙信号是内皮-间质转化的调节因子 | 首次识别线粒体钙摄取作为EndMT的关键驱动因素,并证明抑制MCU可阻止EndMT | 研究主要基于体外模型,临床样本有限 | 探索内皮-间质转化的分子机制及其在心血管疾病中的作用 | 内皮细胞、三个体外EndMT模型、胚胎心脏发育、外周动脉疾病模型 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 三个体外EndMT模型、胚胎心脏发育样本、外周动脉疾病模型、严重肢体缺血患者组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Distinct tumor-TAM interactions in IDH-stratified glioma microenvironments unveiled by single-cell and spatial transcriptomics
2024-08-16, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01837-5
PMID:39148129
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞的独特相互作用 | 首次在IDH定义的胶质瘤类别中系统比较肿瘤-TAM相互作用,发现IDH-WT胶质母细胞瘤中两个间充质表型TAM亚群与患者预后不良相关,并鉴定SLAMF9受体作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于转录组学分析,需要进一步的功能实验验证发现的相互作用机制 | 阐明IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞的相互作用特征 | 胶质瘤患者肿瘤样本中的肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, RT-qPCR, 基因调控网络推断 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
scHD4E: Novel ensemble learning-based differential expression analysis method for single-cell RNA-sequencing data
2024-08, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108769
PMID:38897145
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研究论文 | 提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scHD4E | 仅使用四种性能最佳的差异表达分析方法进行集成学习,相比现有方法scDEA使用的12种方法更为精简高效 | 方法性能评估主要基于有限的六个真实数据集和一个模拟数据集 | 开发更准确稳定的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | 六个真实数据集和一个模拟数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
Vaccines combining slow delivery and follicle targeting of antigens increase germinal center B cell clonal diversity and clonal expansion
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.19.608655
PMID:39229011
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研究论文 | 本研究分析了结合磷酸丝氨酸标记抗原与铝佐剂及皂苷纳米颗粒佐剂的联合佐剂策略对生发中心B细胞反应的影响 | 首次证明两种作用机制互补的佐剂(缓释抗原递送和改变淋巴结摄取的佐剂)可协同增强生发中心B细胞克隆多样性和克隆扩增 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 探索联合佐剂策略增强体液免疫应答的机制 | 小鼠模型中的生发中心B细胞和HIV Env三聚体抗原 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序 | NA | 单细胞测序数据, 抗原分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
Enhanced microglial dynamics and a paucity of tau seeding in the amyloid plaque microenvironment contribute to cognitive resilience in Alzheimer's disease
2024-08-05, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02775-1
PMID:39102080
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研究论文 | 本研究探讨无症状阿尔茨海默病患者大脑中淀粉样斑块微环境特征及其对认知韧性的保护机制 | 发现无症状AD患者斑块微环境中存在增强的小胶质细胞动态活动和减少的tau蛋白播种活性 | 基于死后脑组织研究,无法观察动态过程;样本量有限 | 揭示阿尔茨海默病病理条件下认知韧性的神经保护机制 | 无症状阿尔茨海默病患者和典型AD患者的死后脑组织 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 脑组织样本,转录组数据 | 一组无症状AD受试者队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
CilioGenics: an integrated method and database for predicting novel ciliary genes
2024-Aug-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae554
PMID:38989623
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研究论文 | 开发了一种名为CilioGenics的整合方法,用于预测新型纤毛基因并建立了相关数据库 | 首次整合单细胞RNA测序、蛋白质相互作用、比较基因组学、转录因子网络分析和文本挖掘等多种方法预测纤毛基因 | 方法中约30%的基因仍为候选基因,需要进一步实验验证 | 预测人类纤毛基因以促进纤毛病诊断 | 人类基因组的全部基因 | 生物信息学 | 纤毛病 | 单细胞RNA测序,蛋白质相互作用分析,比较基因组学,转录因子网络分析,文本挖掘 | 整合预测模型 | 基因组数据,转录组数据,蛋白质相互作用数据,文献数据 | 全人类基因组基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |