单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 531 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
CXCR4-mediated neutrophil dynamics in periodontitis
2024-08, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111212
PMID:38719020
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨CXCR4在牙周炎中调控中性粒细胞动态的关键作用 | 首次系统揭示CXCR4通过调控中性粒细胞动态参与牙周炎发病的新机制 | 研究样本量有限，具体分子机制仍需进一步验证 | 鉴定牙周炎关键免疫相关致病基因并分析免疫细胞浸润特征 | 牙周组织转录组数据、临床样本和牙周炎小鼠模型 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,蛋白互作网络分析 | LASSO回归模型 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | GEO数据库数据集、临床样本和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
Plasma proteomics of acute tubular injury
2024-Aug-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51304-x
PMID:39191768
|
研究论文 | 通过血浆蛋白质组学识别急性肾小管损伤的生物标志物 | 首次使用SomaScan蛋白质组学平台系统鉴定与ATI严重程度相关的血浆生物标志物，并整合多组学数据揭示免疫调节和细胞器应激反应在ATI发病机制中的作用 | 样本量相对有限（434例活检确诊患者），需要在更大队列中验证生物标志物的临床适用性 | 开发急性肾小管损伤的非侵入性生物标志物用于早期检测和药物开发 | 肾病患者（活检确诊）和多个队列研究的参与者 | 蛋白质组学 | 肾脏疾病 | SomaScan蛋白质组学、区域转录组学、单细胞RNA测序、通路分析 | NA | 血浆蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 主要队列434例活检确诊肾病患者，验证队列包括KPMP（44例）、ARIC（4610例）和CHROME（268例） | SomaLogic | 血浆蛋白质组学 | SomaScan | SomaScan蛋白质组学平台 |
| 63 | 2025-10-06 |
Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery
2024-Aug-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943
PMID:38861365
|
研究论文 | 本研究开发了一种计算模型，整合空间多组学分析和虚拟临床试验，用于预测肝细胞癌免疫治疗反应和发现生物标志物 | 开发了能够同时追踪器官尺度肿瘤进展和捕获肿瘤空间异质性的新型计算模型，将数学建模与高通量空间多组学数据相结合 | 模型参数主要来源于文献，需要进一步临床验证 | 促进免疫治疗方案设计和生物标志物发现 | 肝细胞癌患者 | 计算生物学 | 肝细胞癌 | 空间定量系统药理学模型，成像质谱流式技术，空间转录组学 | 空间定量系统药理学模型 | 空间多组学数据，空间蛋白质组学数据，空间转录组学数据 | 来自新辅助HCC临床试验和独立抗PD1单药治疗研究的样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组分析 |
| 64 | 2025-10-06 |
aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph
2024-Aug-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03339-y
PMID:39090647
|
研究论文 | 开发了一种名为aKNNO的单细胞和空间转录组学聚类方法，通过优化自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型 | 提出基于优化自适应k近邻图的聚类方法，能够同时准确识别丰富和稀有细胞类型，解决了现有方法在这两个目标间的权衡问题 | 仅使用基因表达数据，未整合其他多组学信息 | 开发更准确的单细胞和空间转录组学聚类算法 | 单细胞和空间转录组学数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 自适应k近邻图优化 | 基因表达数据 | 38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Eganelisib combined with immune checkpoint inhibitor therapy and chemotherapy in frontline metastatic triple-negative breast cancer triggers macrophage reprogramming, immune activation and extracellular matrix reorganization in the tumor microenvironment
2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009160
PMID:39214650
|
研究论文 | 本研究评估了PI3K-γ抑制剂eganelisib联合免疫检查点抑制剂和化疗在转移性三阴性乳腺癌中的治疗效果及机制 | 首次报告了PI3K-γ抑制剂eganelisib联合治疗的转化分析结果，揭示了肿瘤微环境中巨噬细胞重编程、免疫激活和细胞外基质重组的新机制 | 样本量较小（肿瘤活检n=11-18），且为II期临床试验的初步分析结果 | 评估eganelisib联合atezolizumab和nab-paclitaxel在转移性三阴性乳腺癌中的治疗效果和作用机制 | 转移性三阴性乳腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 多重免疫荧光、空间转录组学、GeoMx数字空间分析、流式细胞术、细胞因子分析 | NA | 肿瘤活检组织、外周血样本 | 肿瘤活检样本11-18例，来自MARIO-3临床试验 | NA | 空间转录组学, 数字空间分析 | GeoMx | GeoMx数字空间分析平台 |
| 66 | 2025-10-06 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
|
研究论文 | 提出空间图傅里叶变换方法用于空间组学数据的表示和分析 | 首次将图信号处理应用于空间组学数据，提供可解释的数据表示方法 | NA | 开发空间组学数据的图表示分析方法 | 复杂器官的组织样本 | 空间组学分析 | NA | 图信号处理，空间组学分析 | 图傅里叶变换 | 空间转录组数据，空间蛋白质组数据 | 人类和小鼠组织样本 | 10x Genomics, Akoya Biosciences | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 10x Visium, CODEX | 人类淋巴结Visium数据，人类扁桃体CODEX数据 |
| 67 | 2025-10-06 |
Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer
2024-Aug, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03075-7
PMID:38942992
|
研究论文 | 通过多参数分析胰腺癌患者术前肝脏活检样本，预测转移风险和转移部位 | 首次在胰腺癌诊断时通过多参数分析术前肝脏样本来预测转移风险、时间和器官趋向性 | 样本量相对较小（49例胰腺癌患者），需要更大规模验证 | 开发基于机器学习的方法预测胰腺癌转移结局 | 49例局限性胰腺癌患者和19例非癌性胰腺病变对照患者的肝脏活检样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学、多重成像 | 机器学习模型 | 代谢组数据、转录组数据、成像数据 | 68例患者（49例胰腺癌，19例对照） | NA | 单细胞转录组学, 代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.18.607992
PMID:39229227
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和代谢通量分析发现糖酵解酶PGAM意外地抑制Th17细胞的致病性 | 首次揭示糖酵解途径中的PGAM反应对Th17细胞致病性具有负向调控作用，与传统认知相反 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，在人体中的验证尚需进一步研究 | 探究糖酵解反应在Th17细胞致病性调控中的作用机制 | T辅助17细胞(Th17细胞) | 单细胞组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序,代谢通量分析 | Compass算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02235-4
PMID:38528186
|
研究论文 | 评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中基于标记基因进行细胞类型注释的能力 | 首次将大型语言模型GPT-4应用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释任务 | NA | 开发自动化细胞类型注释方法以减少人工标注的工作量和专业知识需求 | 数百种组织和细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 基因表达数据 | 数百种组织和细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
Loss of Inpp5d has disease-relevant and sex-specific effects on glial transcriptomes
2024-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13901
PMID:38923164
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Inpp5d基因缺失对野生型小鼠大脑转录组的性别特异性影响 | 首次在无病理状态下揭示Inpp5d缺失对大脑转录组的基线影响，并发现性别特异性效应和基因共表达模块的崩溃 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究Inpp5d基因在神经退行性疾病中的功能机制 | 野生型小鼠大脑细胞 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型小鼠大脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608866
PMID:39229219
|
研究论文 | 本研究通过多尺度成像和单细胞转录组学揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡特异性表达KRT14的肺泡细胞新类型（腔细胞），揭示了初级分支通过近端-远端融合形成肺副支气管的新机制 | 研究主要聚焦鸡肺发育过程，与哺乳动物肺发育的对比分析相对有限 | 阐明鸟类肺脏单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育关键阶段的组织样本 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多尺度3D成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 鸡肺发育关键阶段样本 | 华大基因 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Stereo-seq | 华大基因Stereo-seq空间转录组技术 |
| 72 | 2025-10-06 |
Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism
2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13080978
PMID:39199224
|
研究论文 | 本研究探讨重金属暴露对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响 | 首次系统评估局部高浓度重金属对鞘脂代谢途径的差异调节作用 | 主要基于体外和离体组织模型，缺乏体内验证 | 阐明重金属暴露如何通过调控鞘脂代谢影响呼吸系统疾病 | 肺细胞群体和三维离体人体肺组织 | 分子生物学 | 哮喘 | 空间转录组学, 实时定量PCR, 鞘脂组学分析 | 体外模型系统, 三维离体组织模型 | 转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma
2024-08-19, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2023-220230
PMID:38373824
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了哮喘患者和健康捐赠者支气管上皮细胞对呼吸道合胞病毒(RSV)感染的转录反应 | 首次在单细胞分辨率下揭示了哮喘患者杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染的应答受损 | 样本量较小(哮喘患者n=8，健康捐赠者n=8)，需要更大规模研究验证 | 探究哮喘患者支气管上皮细胞对RSV感染的分子应答机制 | 原代支气管上皮细胞(pBECs) | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例(8例哮喘患者，8例健康捐赠者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02201-0
PMID:38409223
|
研究论文 | 开发基于生成式预训练变换器的单细胞多组学基础模型scGPT | 首次将生成式预训练模型应用于单细胞生物学领域，构建了包含3300多万个细胞的跨组学基础模型 | NA | 探索基础模型在细胞生物学和遗传研究中的适用性 | 单细胞测序数据中的基因和细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成式预训练变换器 | 单细胞多组学数据 | 超过3300万个细胞 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics
2024-08-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn0597
PMID:39141739
|
研究论文 | 通过多组学方法揭示蜘蛛大壶腹丝纤维的起源、结构和组成 | 首次识别出18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并通过单细胞和空间转录组学发现丝腺分泌上皮存在六种细胞类型，这些细胞类型局限于三个不同的腺体区域 | NA | 理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成成分 | 蜘蛛大壶腹丝腺及其产生的丝纤维 | 生物信息学 | NA | 基因组学,蛋白质组学,单细胞RNA测序,空间转录组学,图像分析 | NA | 基因组数据,蛋白质数据,单细胞转录组数据,空间转录组数据,组织切片图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis
2024-08-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado0424
PMID:39151009
|
研究论文 | 本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术，在海葵中鉴定表达生殖系相关标记的细胞群体，并证明Nanos2对生殖系形成不可或缺 | 首次在刺胞动物中证明Nanos2在体细胞和生殖系干细胞中的保守作用，揭示了刺胞动物干细胞系统的共同进化起源 | 研究仅聚焦于海葵这一特定物种，需要更多刺胞动物物种验证结果的普适性 | 表征海葵中保守的干细胞标记基因，探索刺胞动物干细胞系统的进化起源 | 海葵Nematostella vectensis的干细胞群体 | 发育生物学 | NA | 转基因报告基因，单细胞转录组学，基因敲除 | NA | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Microglia-specific IL-10 gene delivery inhibits neuroinflammation and neurodegeneration in a mouse model of Parkinson's disease
2024-08-21, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adm8563
PMID:39167665
|
研究论文 | 本研究开发了一种小胶质细胞特异性IL-10基因递送方法，在帕金森病小鼠模型中抑制神经炎症和神经退行性变 | 首次实现小胶质细胞特异性IL-10基因递送，通过单细胞转录组学揭示IL-10诱导独特的小胶质细胞状态 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 开发针对帕金森病神经炎症的靶向基因治疗方法 | 帕金森病小鼠模型中的多巴胺能神经元和小胶质细胞 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞转录组学，病毒基因递送 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 多个常用帕金森病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
Natural killer cells promote neutrophil extracellular traps and restrain macular degeneration in mice
2024-08-14, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adi6626
PMID:39141700
|
研究论文 | 本研究揭示自然杀伤细胞通过促进中性粒细胞胞外诱捕网形成抑制小鼠黄斑变性的机制 | 首次发现NK细胞在脉络膜新生血管病变中的关键保护作用，并阐明其通过CCR5介导的招募机制和NKG2D依赖的NETs形成通路 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；年龄相关NK细胞功能变化机制需进一步探索 | 探究自然杀伤细胞在新生血管性年龄相关性黄斑变性发病机制中的作用 | nvAMD患者样本、小鼠模型、人源NK细胞 | 免疫学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序,Olink蛋白质组学分析,基因敲除研究 | NA | 基因表达数据,蛋白质组数据,病理图像 | nvAMD患者和小鼠模型的未明确样本量 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF
2024-08-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl5473
PMID:39121212
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术表征特发性肺纤维化中的病理生态位 | 首次通过空间转录组学结合单细胞RNA测序图谱，识别出IPF中三种具有独特细胞组成和定位的疾病相关生态位 | NA | 解析特发性肺纤维化的空间病理生态位特征 | IPF患者和对照组的肺组织 | 空间转录组学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network
2024-08-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl4893
PMID:39121214
|
研究论文 | 本研究通过数学建模分析单细胞RNA测序数据，揭示了3D染色质结构、BRD4和Mediator在调控全基因组转录爆发和基因网络中的不同作用 | 首次系统比较了不同调控因子在转录爆发动力学中的特异性作用，发现MED26主要调控爆发频率，MYC调控爆发大小，而cohesin和BRD4可同时调控两者 | 研究基于数学建模推断，需要进一步实验验证具体分子机制 | 解析转录爆发的分子调控机制 | 基因转录爆发动力学 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，数学建模 | 数学建模 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |