单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-10-24	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E是生长板静止区软骨细胞的新型标记物	首次发现载脂蛋白E作为生长板静止区软骨细胞的全面标记物	仅在啮齿动物和人类中验证了载脂蛋白E的表达，未在其他物种中进行验证	寻找并验证生长板静止区软骨细胞的全面标记物	生长板静止区的软骨细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、荧光原位杂交	NA	RNA	啮齿动物和人类生长板软骨细胞
62	2024-10-24	Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression 2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.26.605398 PMID:39131269	研究论文	本文利用单细胞测序数据和统计物理学的建模与推断技术，研究了早期海胆胚胎的转录组，识别了基因表达的集体模式	本文开发了一种稳健且基于生物物理学的方法来识别不同的转录组状态或细胞类型，并揭示了细胞间相互作用的集体模式	NA	研究早期胚胎发育过程中细胞间的协调和基因表达的集体模式	早期海胆胚胎的单细胞转录组	生物信息学	NA	单细胞测序	统计物理模型	转录组数据	早期海胆胚胎的多个样本
63	2024-10-24	Single-cell spatial transcriptomics reveals molecular patterns of selective neuronal vulnerability to α-synuclein pathology in a transgenic mouse model of Lewy body disease 2024-Aug-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.31.606032 PMID:39372781	研究论文	研究利用单细胞空间转录组学技术，分析了转基因小鼠模型中α-突触核蛋白病理学对神经元的选择性脆弱性	首次在转基因小鼠模型中结合亚细胞分辨率成像空间转录组学和免疫荧光技术，揭示了α-突触核蛋白病理学对神经元选择性脆弱性的分子机制	研究仅限于转基因小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究α-突触核蛋白病理学在帕金森病和路易体痴呆中的分子机制	α-突触核蛋白病理学对神经元的选择性脆弱性	数字病理学	帕金森病	单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据	转基因小鼠模型
64	2024-10-21	Resilience of A Learned Motor Behavior After Chronic Disruption of Inhibitory Circuits 2024-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.17.541057 PMID:37292888	研究论文	研究了斑胸草雀在抑制性神经回路慢性破坏后学习到的鸣叫行为的恢复机制	发现成年斑胸草雀在抑制性神经元长期沉默后，能够恢复其鸣叫行为，尽管神经活动发生了永久性改变	研究主要集中在斑胸草雀的鸣叫行为恢复机制，未涉及其他物种或行为	探讨抑制性神经回路慢性破坏后学习行为的恢复机制	斑胸草雀的鸣叫行为及其神经回路	神经科学	NA	细胞特异性病毒载体、单细胞RNA测序、慢性及急性电生理记录	NA	RNA序列、电生理数据	成年斑胸草雀
65	2024-10-19	Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics 2024-Aug-14, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS PMID:39141563	综述	本文探讨了单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的新兴作用	利用单细胞转录组学技术，研究人员能够解析肺部复杂的细胞生态系统，识别出在肺动脉高压发病机制中起关键作用的细胞类型，如内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞	需要提高单细胞转录组学的分辨率以捕捉更精细的细胞变化，克服处理人类组织样本的物流障碍，并整合多种组学方法以全面理解肺动脉高压的分子基础	深入探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用，揭示其对理解这一复杂疾病的贡献	肺动脉高压的细胞生态系统及其在疾病发病机制中的作用	数字病理学	肺动脉高压	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
66	2024-10-17	Retinal perivascular macrophages regulate immune cell infiltration during neuroinflammation in mouse models of ocular disease 2024-Aug-29, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180904 PMID:39207852	研究论文	研究了视网膜周围血管巨噬细胞在小鼠眼部疾病模型中神经炎症期间调节免疫细胞浸润的作用	首次揭示了视网膜周围血管巨噬细胞在调节血视网膜屏障（BRB）免疫细胞迁移中的功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨视网膜周围血管巨噬细胞在眼部炎症性疾病中的作用	视网膜周围血管巨噬细胞及其在神经炎症中的功能	NA	糖尿病视网膜病变，葡萄膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了Pf4Cre小鼠进行实验
67	2024-10-17	Spatiotemporal transcriptomic mapping of regenerative inflammation in skeletal muscle reveals a dynamic multilayered tissue architecture 2024-Aug-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173858 PMID:39190487	研究论文	研究重建了急性损伤和早期肌营养不良肌肉中分离的骨髓细胞的动态轨迹，揭示了再生炎症的动态多层组织结构	首次揭示了巨噬细胞在再生组织中空间适应和功能多样化的机制，并发现了支持再生过程的多层炎症区域	研究主要集中在急性损伤和早期肌营养不良肌肉，未涵盖其他类型的肌肉损伤或再生情况	探讨巨噬细胞在肌肉再生中的作用及其在组织结构中的动态分布	急性损伤和早期肌营养不良肌肉中的骨髓细胞	数字病理学	肌营养不良	空间转录组学分析	NA	转录组数据	急性损伤和早期肌营养不良肌肉中的骨髓细胞样本
68	2024-10-16	Visualizing scRNA-Seq Data at Population Scale with GloScope 2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.29.542786 PMID:37398321	研究论文	提出了一种名为GloScope的框架，用于在群体规模上可视化和分析scRNA-Seq数据	开发了一种新的生物信息学方法GloScope，用于处理样本间变异，并支持样本级别的可视化和质量控制评估	NA	开发一种新的方法来处理和可视化群体规模的scRNA-Seq数据	scRNA-Seq数据及其在不同样本中的变异	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	12到超过300个样本
69	2024-10-13	MerTK-dependent efferocytosis by monocytic-MDSCs mediates resolution of ischemia/reperfusion injury after lung transplant 2024-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179876 PMID:39172530	研究论文	研究了Mer酪氨酸激酶受体在单核细胞来源的髓系抑制细胞（M-MDSCs）介导的吞噬作用中对肺移植后缺血再灌注损伤（IRI）的缓解作用	首次探讨了MerTK在M-MDSCs介导的吞噬作用中对肺移植后IRI的缓解作用	研究主要基于小鼠模型和患者样本的单细胞RNA测序，缺乏大规模临床试验验证	探讨MerTK在M-MDSCs介导的吞噬作用中对肺移植后IRI的缓解作用	肺移植后缺血再灌注损伤（IRI）和慢性肺移植物功能障碍（CLAD）	NA	肺移植	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括肺移植患者和小鼠模型的样本
70	2024-10-13	Bank1 modulates the differentiation and molecular profile of key B cell populations in autoimmunity 2024-Aug-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179417 PMID:39163122	研究论文	本研究探讨了B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）出现中的作用，特别是在两种系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型中的作用	首次揭示了BANK1在ABCs发育中的关键作用，以及其对早期B细胞向ABCs分化的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	定义B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）出现中的作用	B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）中的作用	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	2种SLE小鼠模型（TLR7.tg6和咪喹莫特诱导的小鼠）与Bank1-/-小鼠杂交
71	2024-10-13	A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas 2024-Aug-20, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01598-7 PMID:39164791	研究论文	本研究提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨转录组学分析，构建了一个细胞元地图，揭示了骨肉瘤组成的详细亚群	首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨转录组学分析，揭示了骨肉瘤的详细细胞组成和组织结构，并探讨了化疗对这些细胞亚群的影响	NA	深入理解骨肉瘤的细胞组成和组织结构，为更精准的治疗方法奠定基础	人类骨肉瘤的细胞组成和组织结构	数字病理学	骨肉瘤	单细胞和空间分辨转录组学分析	NA	转录组数据	NA
72	2024-10-12	Single-cell RNA sequencing comparison of CD4+, CD8+ and TCR-γδ+ cutaneous T-cell lymphomas reveals subset-specific molecular phenotypes 2024-Aug-12, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae313 PMID:39133553	研究论文	通过单细胞RNA测序比较CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤，揭示亚型特异性分子表型	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的分子特征，揭示了不同亚型间的特异性分子模式	研究样本量较小，仅包括18个皮肤活检样本，可能影响结果的普适性	全面分子表征CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤病变	CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	18个皮肤活检样本
73	2024-10-12	Exploring the potential molecular intersection of stroke and major depression disorder 2024-08-06, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150079 PMID:38759300	研究论文	研究探讨了中风和重度抑郁症在分子层面的潜在关联机制	发现了Mlkl和Nlrp3两个关键基因在中风和重度抑郁症共病机制中的重要作用，并预测了六种可能的治疗药物	研究主要基于动物实验和生物信息学分析，缺乏人体临床数据支持	探索中风和重度抑郁症在基因层面的共病机制	中风和重度抑郁症的小鼠模型	生物信息学	神经系统疾病	转录组分析、单细胞测序、RT-PCR、免疫荧光染色	NA	转录组数据	涉及多个GEO数据库中的小鼠样本数据集（GSE104036, GSE131712, GSE81672, GSE146845）
74	2024-10-12	Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer 2024-Aug-04, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.3233/CBM-230489 PMID:39392600	研究论文	本文旨在开发基于RNA结合蛋白（RBP）的预后特征，并识别膀胱癌中的关键枢纽RBP	成功建立了基于差异表达RBP基因的风险模型，并识别出RBMS3作为潜在的免疫治疗生物标志物	NA	开发基于RBP的预后特征并识别膀胱癌中的关键枢纽RBP	膀胱癌中的RNA结合蛋白RBMS3	NA	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	NA
75	2024-10-12	Bone marrow cells contribute to seven different endothelial cell populations in the heart 2024-08, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01065-x PMID:38963562	研究论文	研究探讨了骨髓细胞在心脏中形成七种不同内皮细胞群体的贡献及其在心肌缺血后的作用	首次揭示了骨髓来源的内皮细胞在心脏中的异质性及其对重复缺血的反应	研究仅限于动物模型，尚未在人体中验证	探讨骨髓细胞在心脏血管再生中的机制，为心肌缺血的治疗提供新策略	骨髓来源的内皮细胞及其在心脏功能和冠状循环中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自GFP雌性大鼠的骨髓细胞移植到照射后的雄性大鼠中，共17天的重复缺血模型
76	2024-10-12	Altered lipid metabolism promoting cardiac fibrosis is mediated by CD34+ cell-derived FABP4+ fibroblasts 2024-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01309-9 PMID:39198543	研究论文	研究探讨了CD34+细胞在脂质代谢异常促进心脏纤维化中的作用机制	首次揭示了CD34+细胞在心脏纤维化中的作用，特别是通过FABP4+成纤维细胞介导的脂质代谢异常	研究主要基于小鼠和人类心脏单细胞转录组数据，缺乏体内实验验证	探索CD34细胞在脂质代谢异常导致心脏纤维化中的分化机制	CD34+细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病	心脏纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	50,870个小鼠心脏单细胞和76,851个人类心脏单细胞
77	2024-10-11	Distinct melanocyte subpopulations defined by stochastic expression of proliferation or maturation programs enable a rapid and sustainable pigmentation response 2024-Aug, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002776 PMID:39163475	研究论文	本文通过单细胞测序研究了人类和斑马鱼皮肤中黑色素细胞的分化与增殖程序的分离现象	首次揭示了黑色素细胞中分化与增殖程序的随机表达机制，并通过系统方法构建了基因调控网络	研究主要集中在体外培养的黑色素细胞，对体内环境的适用性有待验证	探讨紫外线辐射下皮肤色素沉着反应的分子机制	人类和斑马鱼皮肤中的黑色素细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	基因调控网络	RNA+ATAC	人类和斑马鱼皮肤中的黑色素细胞
78	2024-10-10	Engineering Toxoplasma gondii secretion systems for intracellular delivery of multiple large therapeutic proteins to neurons 2024-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01750-6 PMID:39075233	研究论文	本文研究了利用弓形虫的分泌系统将多种大型治疗性蛋白质递送到神经元中的方法	通过工程化弓形虫的内源性分泌系统，实现了将多种大型治疗性蛋白质递送到神经元中的创新方法	系统目前存在局限性，需要进一步改进以扩大应用范围	探索利用弓形虫分泌系统递送治疗性蛋白质到神经元中的潜力和局限性	弓形虫的分泌系统、大型治疗性蛋白质、神经元	NA	NA	scRNA-seq、荧光报告基因	NA	图像、文本	小鼠
79	2024-10-09	DCX knockout ferret reveals a neurogenic mechanism in cortical development 2024-Aug-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114508 PMID:39018244	研究论文	本文建立了DCX敲除雪貂模型，揭示了其在皮质发育中的神经发生机制	首次使用DCX敲除雪貂模型准确复制了人类lissencephaly的关键特征，并详细描述了神经元分层和神经元间相互作用的紊乱	NA	揭示DCX在皮质发育中的关键作用及其在lissencephaly病理中的机制	DCX敲除雪貂模型及其在皮质发育中的神经发生机制	NA	脑畸形	单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
80	2024-10-09	Identification of a Novel Activated NK-Associated Gene Score Associated with Diagnosis and Biological Therapy Response in Ulcerative Colitis 2024-Aug-23, Digestion IF:3.0Q2 DOI:10.1159/000540939 PMID:39182484	研究论文	本研究旨在探讨激活的NK相关基因（ANAG）评分在溃疡性结肠炎（UC）诊断中的价值及其对生物治疗反应的预测作用	本研究首次建立了ANAG评分，用于精确诊断UC并区分生物治疗的疗效	NA	探讨激活的NK相关基因评分在溃疡性结肠炎诊断中的价值及其对生物治疗反应的预测作用	激活的NK相关基因评分在溃疡性结肠炎中的诊断价值及对生物治疗反应的预测作用	生物信息学	消化系统疾病	RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	NA