单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-02-09	Unravelling CD4+ T cell diversity and tissue adaptation of Tregs in abdominal aortic aneurysms through single-cell sequencing 2024-08, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13796 PMID:38637948	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了腹主动脉瘤中CD4+ T细胞的多样性和调节性T细胞（Tregs）的组织适应性	首次在腹主动脉瘤中识别出Tregs的前体细胞，并揭示了这些细胞在外周组织中起源并在主动脉中获得组织特异性表型的过程	Tregs获得组织特异性表型的具体时间和机制仍不明确	探讨腹主动脉瘤中CD4+ T细胞的异质性及Tregs的组织适应性	腹主动脉瘤患者的CD4+ T细胞和脾脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
42	2025-02-07	Oral Cannabidiol Treatment Is Associated with an Anti-Inflammatory Gene Expression Signature in Myeloid Cells of People Living with HIV 2024-Aug, Cannabis and cannabinoid research IF:3.1Q2 DOI:10.1089/can.2023.0139 PMID:38252549	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者接受至少1个月CBD治疗后外周血单核细胞中的基因表达变化	首次在HIV感染者中通过单细胞RNA测序揭示了CBD治疗与髓系细胞中抗炎基因表达特征之间的关联	样本量较小（仅3名HIV感染者），且未设置安慰剂对照组	探究CBD治疗对HIV感染者外周血单核细胞基因表达的影响	HIV感染者的外周血单核细胞	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3名HIV感染者的约41,000个外周血单核细胞
43	2025-02-06	Stem-like T cells in cancer and autoimmunity 2024-08, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13356 PMID:38804499	综述	本文综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的作用及其发现背景	综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的双重作用，并探讨了微生物群和代谢对干细胞样T细胞池的影响	NA	探讨干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的作用及其临床治疗策略	干细胞样T细胞	NA	癌症, 自身免疫	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 谱系追踪技术	NA	NA	NA
44	2025-02-05	Bioinformatics analysis of the tumor microenvironment in melanoma - Constructing a prognostic model based on CD8+ T cell-related genes: An observational study 2024-Aug-09, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038924 PMID:39121331	研究论文	本研究旨在探索黑色素瘤肿瘤微环境，并通过关注CD8+ T细胞相关基因构建预后模型	利用单细胞测序数据和多种生物信息学工具，构建了一个基于CD8+ T细胞相关基因的黑色素瘤预后模型，并通过多组学和免疫浸润分析验证了模型的有效性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	构建黑色素瘤的预后模型，并探索其肿瘤微环境	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序、COX回归分析、LASSO回归分析、多组学分析	预后模型	单细胞测序数据、多组学数据	GSE65904和GSE35640数据集
45	2025-02-05	Exploit Spatially Resolved Transcriptomic Data to Infer Cellular Features from Pathology Imaging Data 2024-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.05.606654 PMID:39149252	研究论文	本文提出了一种利用空间分辨转录组数据标注病理图像的新方法，并开发了一个名为STpath的迁移学习神经网络模型，用于预测细胞类型比例或分类肿瘤微环境	创新性地利用配对的转录组数据来标注病理图像，并开发了STpath模型，该模型在有限的训练数据下表现出色	模型在训练数据有限的情况下表现良好，但可能仍需更多数据以进一步提升性能	旨在通过深度学习模型从病理图像中提取有意义的特征，以辅助病理学家进行诊断	乳腺癌数据集中的病理图像和空间分辨转录组数据	数字病理学	乳腺癌	空间分辨转录组学	迁移学习神经网络模型（STpath）	图像和转录组数据	三个不同的乳腺癌数据集
46	2025-02-04	Reconstruction of single-cell lineage trajectories and identification of diversity in fates during the epithelial-to-mesenchymal transition 2024-Aug-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406842121 PMID:39093947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和最优传输分析，重建了MCF10A细胞系中TGF-β诱导的上皮-间质转化（EMT）过程中不同细胞命运的历史轨迹，并识别了EMT过程中的多样性	使用最优传输分析重建单细胞谱系轨迹，并精确识别了EMT过程中基因表达上调的时间点，揭示了潜在的细胞周期调控靶点	研究依赖于TGF-β诱导的MCF10A细胞系，可能无法完全反映其他细胞类型或条件下的EMT过程	探索上皮-间质转化（EMT）过程中细胞命运的多样性和机制	MCF10A细胞系	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序，最优传输分析	NA	单细胞RNA测序数据	MCF10A细胞系中的单细胞
47	2025-02-01	Discovery of a monoclonal, high-affinity CD8+ T-cell clone following natural hepatitis C virus infection 2024-08, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12791 PMID:38855806	研究论文	本文报道了在自然感染丙型肝炎病毒（HCV）后，发现了一种单克隆、高亲和力的CD8+ T细胞克隆	首次在急性HCV感染后直接从体内分离出特异性针对HCV衍生HLA I类表位的单克隆CD8 T细胞群体，并发现其具有异常长的抗原解离时间	研究仅基于两个个体的样本，样本量较小，可能限制了结果的普遍性	研究HCV感染后CD8 T细胞的特异性反应及其TCR-pMHC相互作用的特性	HCV感染后的CD8 T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞测序，HLA-多聚体染色	NA	细胞数据	两个个体的样本
48	2025-01-31	Delving deeper into the mechanisms fundamental to HIV-associated immunopathology using single-cell sequencing techniques: A scoping review of current literature 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35856 PMID:39224354	综述	本文通过综述14篇已发表的HIV相关单细胞RNA测序研究，探讨了HIV感染和发病机制的潜在机制，并探索了HIV疾病进展和抗病毒治疗的潜在候选生物标志物	利用单细胞RNA测序技术深入探讨HIV相关免疫病理学的基本机制，识别特定细胞类型的转录变化，作为HIV疾病监测和治疗靶向的潜在生物标志物	综述文章，未进行新的实验研究，依赖于已有文献的分析	探讨HIV感染和发病机制的潜在机制，并探索HIV疾病进展和抗病毒治疗的潜在候选生物标志物	HIV感染者	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14篇已发表的研究
49	2025-01-30	Comparative dissection of transcriptional landscapes of human iPSC-NK differentiation and NK cell development 2024-Aug, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnae032 PMID:39872864	研究论文	本文通过比较分析单细胞RNA测序数据，揭示了人类iPSC-NK细胞分化和NK细胞发育过程中的关键转录因子调控网络	通过单细胞RNA测序技术，识别了iPSC-NK细胞分化过程中缺乏的关键因子，并验证了STAT5A-iPSCs新细胞系的抗肿瘤功能	研究中未明确提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	旨在深入理解iPSC-NK细胞的分化过程，以优化其生产和工程化	人类iPSC-NK细胞和胎儿肝脏NK细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明
50	2024-09-05	Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.21.609013 PMID:39229208	研究论文	研究揭示了迷走TRPV1感觉神经元在调节骨髓细胞动态和保护小鼠免受流感病毒感染中的作用	首次阐明了迷走TRPV1感觉神经元在肺部抗病毒防御中的功能，并揭示了其在调节骨髓细胞反应和免疫病理学中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在其他物种或人体中验证这些发现	探讨迷走TRPV1感觉神经元在流感病毒感染中的作用及其对肺部免疫反应的影响	迷走TRPV1感觉神经元及其在流感病毒感染中的作用	免疫学	流感	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠
51	2025-01-26	TRIM44, a Novel Prognostic Marker, Supports the Survival of Proteasome-Resistant Multiple Myeloma Cells 2024-08-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171431 PMID:39273003	研究论文	本文探讨了TRIM44在多发性骨髓瘤（MM）中的预后影响和治疗潜力，发现其过表达与不良预后相关，并在疾病进展中起关键作用	首次揭示了TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后价值及其在蛋白酶体抑制剂耐药性中的关键作用	研究主要基于回顾性队列分析，缺乏前瞻性临床试验验证	探讨TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后影响和治疗潜力	多发性骨髓瘤患者	癌症研究	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	858名多发性骨髓瘤患者
52	2025-01-26	3D-Bioprinted Co-Cultures of Glioblastoma Multiforme and Mesenchymal Stromal Cells Indicate a Role for Perivascular Niche Cells in Shaping Glioma Chemokine Microenvironment 2024-08-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171404 PMID:39272976	研究论文	本文利用3D生物打印技术研究胶质母细胞瘤（GBM）与间充质基质细胞的共培养，探讨了血管周围微环境细胞在塑造胶质瘤趋化因子微环境中的作用	通过3D生物打印技术恢复了GBM细胞在单层培养中失去的趋化因子多样性，并揭示了血管周围微环境细胞在GBM肿瘤趋化因子微环境中的重要作用	研究仅使用了两种GBM细胞系，可能无法完全代表所有GBM肿瘤的异质性	研究胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤微环境中的趋化因子分泌及其与血管周围微环境细胞的相互作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞系U-251和DK-MG，以及间充质基质细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	3D生物打印，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两种GBM细胞系（U-251和DK-MG）及间充质基质细胞
53	2025-01-26	Genome Restructuring around Innate Immune Genes in Monocytes in Alcohol-associated Hepatitis 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.07.607014 PMID:39211112	研究论文	本文研究了酒精性肝炎（AH）患者单核细胞中基因组结构的变化及其对先天免疫基因表达的影响	首次使用Hi-C技术结合scRNA-seq数据，揭示了AH患者单核细胞中染色质结构的变化及其对炎症基因表达的影响	样本量较小，仅包括4名AH患者和4名健康对照	探讨酒精性肝炎患者单核细胞中基因组结构的变化及其对炎症基因表达的调控机制	酒精性肝炎患者的单核细胞	基因组学	酒精性肝炎	Hi-C技术, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	4名AH患者和4名健康对照的单核细胞
54	2025-01-26	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	本研究通过多参数分析术前肝脏活检，预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	首次结合代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学和多重成像技术，对术前肝脏活检进行多参数分析，以预测胰腺癌患者的转移结果	样本量相对较小（49例胰腺癌患者和19例对照患者），需要更大规模的研究验证结果	预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	49例局部胰腺癌患者和19例非癌性胰腺病变对照患者的肝脏活检样本	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学、多重成像	机器学习模型	代谢组数据、转录组数据、成像数据	49例胰腺癌患者和19例对照患者
55	2025-01-25	circRNAs as Epigenetic Regulators of Integrity in Blood-Brain Barrier Architecture: Mechanisms and Therapeutic Strategies in Multiple Sclerosis 2024-08-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161316 PMID:39195206	综述	本文综述了环状RNA（circRNAs）在维持血脑屏障（BBB）完整性中的作用及其在多发性硬化症（MS）中的治疗潜力	揭示了circRNAs通过细胞骨架稳定性维持BBB完整性的新机制，并探讨了其在MS治疗中的潜在应用	目前尚缺乏circRNAs在BBB损伤和功能障碍中的具体作用机制的详细实验验证	探讨circRNAs在维持BBB完整性中的作用及其在多发性硬化症中的治疗潜力	多发性硬化症（MS）患者	神经科学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	NA	NA
56	2025-01-24	Bioinformatics and machine learning approaches reveal key genes and underlying molecular mechanisms of atherosclerosis: A review 2024-Aug-02, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038744 PMID:39093811	综述	本研究结合生物信息学工具和机器学习方法，探索了动脉粥样硬化的关键基因及其分子网络机制，并进行了药物预测	通过整合多种数据集，利用Lasso回归和随机森林算法筛选出5个关键基因，并首次将这些基因与铁死亡相关基因的表达差异联系起来	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索动脉粥样硬化的关键基因及其分子机制，并进行药物预测	动脉粥样硬化相关基因和分子网络	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序技术	Lasso回归, 随机森林	基因表达数据	GSE20129和GSE90074数据集
57	2025-01-23	DCX knockout ferret reveals a neurogenic mechanism in cortical development 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114508 PMID:39018244	研究论文	本文通过建立DCX基因敲除雪貂模型，揭示了DCX在神经祖细胞增殖和放射状胶质纤维延伸中的关键作用，并利用单核RNA测序和空间转录组学技术，提供了无脑回皮层详细图谱	首次建立DCX基因敲除雪貂模型，该模型能准确复制人类无脑回畸形的关键特征，并揭示了DCX在神经发育中的具体作用机制	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类无脑回畸形的所有复杂性和多样性	研究无脑回畸形的细胞和分子机制，以及DCX基因在神经发育中的作用	DCX基因敲除雪貂模型	神经科学	无脑回畸形	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	DCX基因敲除雪貂模型	基因表达数据，空间转录组数据	NA
58	2025-01-23	Single-cell RNA sequencing reveals dynamics of gene expression for 2D elongation and 3D growth in Physcomitrium patens 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114524 PMID:39046878	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了苔藓植物Physcomitrium patens从2D到3D生长的基因表达动态	首次在单细胞分辨率下揭示了苔藓植物从2D到3D生长转变的分子特征和细胞异质性	研究仅针对Physcomitrium patens，结果可能不适用于其他植物物种	研究苔藓植物从2D到3D生长转变的分子机制	苔藓植物Physcomitrium patens	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过17,000个单细胞，涵盖所有主要营养组织
59	2025-01-23	Transcriptional noise, gene activation, and roles of SAGA and Mediator Tail measured using nucleotide recoding single-cell RNA-seq 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114593 PMID:39102335	研究论文	本文介绍了一种时间分辨的新生单细胞RNA测序方法，用于测量酿酒酵母中基因特异性转录噪声和活跃基因的比例	开发了一种新的时间分辨单细胞RNA测序方法，能够测量基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，并揭示了SAGA和Mediator Tail在激活启动子中的重要作用	研究仅限于酿酒酵母，未涉及其他生物体	研究基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，以及SAGA和Mediator Tail在转录调控中的作用	酿酒酵母	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
60	2025-01-23	Lipid-associated macrophages for osimertinib resistance and leptomeningeal metastases in NSCLC 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114613 PMID:39116206	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌（NSCLC）患者脑脊液中的脂质相关巨噬细胞与奥希替尼耐药及软脑膜转移的关系	发现了一种特定亚型的巨噬细胞（RNASE1_M）与奥希替尼耐药和软脑膜转移的发展相关，并揭示了其通过Midkine（MDK）调节的机制	研究样本量有限，且主要集中于EGFR突变型NSCLC患者，可能不适用于其他类型的肺癌	探讨非小细胞肺癌患者中脂质相关巨噬细胞在奥希替尼耐药和软脑膜转移中的作用	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本