单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-22	Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis 2024-Aug-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011 PMID:38768394	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子通路和免疫亚群	首次在活体患者中鉴定了与心肌炎和肌炎相关的CD8+ T细胞和髓系细胞亚群，并发现IL1B+TNF+髓系细胞与更严重的毒性和不良临床结果相关	样本量较小（n=10心肌炎加肌炎患者，n=1单纯心肌炎患者，n=9对照组）	揭示免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子机制	接受免疫检查点疗法治疗并出现心肌炎和/或肌炎的癌症患者	免疫学	心肌炎和肌炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	NA	单细胞RNA测序数据和免疫组织化学数据	20例（10例心肌炎加肌炎患者，1例单纯心肌炎患者，9例对照组）
42	2025-07-21	The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.18.607992 PMID:39229227	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM在调节Th17细胞致病性中的意外作用及其在自身免疫性疾病中的影响	发现PGAM酶与其他糖酵解酶不同，作为Th17细胞致病性的负调节因子	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类Th17细胞的直接证据尚不充分	揭示糖代谢反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的作用	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA-seq, Compass算法(代谢流分析)	EAE小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用体外培养的Th17细胞和小鼠模型
43	2025-07-21	Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02235-4 PMID:38528186	research paper	评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中用于细胞类型注释的能力	首次展示GPT-4能够利用标记基因信息准确注释细胞类型，并开发了配套的R软件包GPTCelltype	未提及在不同组织或疾病状态下GPT-4注释性能的差异	探索大型语言模型在单细胞RNA测序数据分析中的应用	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	GPT-4	text	数百种组织和细胞类型
44	2025-07-21	Loss of Inpp5d has disease-relevant and sex-specific effects on glial transcriptomes 2024-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13901 PMID:38923164	研究论文	研究Inpp5d缺失对野生型小鼠脑转录组的性别特异性影响及其与神经退行性疾病的关联	揭示了Inpp5d缺失在无病理情况下对基因表达的显著影响，并发现其性别特异性效应及与神经退行性机制的关联	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究Inpp5d在脑中的功能及其与阿尔茨海默病风险的关联	野生型小鼠脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
45	2025-07-20	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608866 PMID:39229219	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了一种鸡特有的肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并阐明了鸡肺中单向气流的形成机制	研究仅聚焦于鸡肺发育，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺的发育过程	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
46	2025-07-20	Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism 2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13080978 PMID:39199224	研究论文	本研究探讨了重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响	首次研究了特定重金属局部高浓度对鞘脂代谢稳态的影响，并利用体外模型和三维离体人体组织模型进行了分析	研究主要基于体外和离体模型，可能无法完全反映体内情况	探究重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响	鞘脂代谢和氧化应激	生物医学	哮喘	空间转录组学、实时定量PCR	体外模型系统、三维离体人体组织模型	分子生物学数据	未明确说明具体样本数量
47	2025-07-16	Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma 2024-08-19, Thorax IF:9.0Q1 DOI:10.1136/thorax-2023-220230 PMID:38373824	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了哮喘患者和健康捐赠者的支气管上皮细胞对呼吸道合胞病毒(RSV)感染的转录反应	首次在单细胞水平上揭示了哮喘患者中杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染反应的特定损伤	样本量较小(哮喘患者和健康对照各8例)，且仅观察了感染后3天的反应	探究哮喘患者支气管上皮细胞对RSV感染的分子反应机制	哮喘患者和健康捐赠者的原代支气管上皮细胞(pBECs)	呼吸系统疾病研究	哮喘	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	16例(8例哮喘患者和8例健康对照)
48	2025-07-16	scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02201-0 PMID:38409223	research paper	该研究构建了一个基于生成预训练transformer的单细胞生物学基础模型scGPT，用于推进细胞生物学和遗传学研究	将大规模多样化数据集与预训练transformer相结合，构建了首个针对单细胞多组学的生成式AI基础模型scGPT	模型性能依赖于单细胞测序数据的质量和规模	开发适用于单细胞生物学的基础模型，促进细胞生物学和遗传学研究	单细胞测序数据	machine learning	NA	single-cell sequencing	transformer	omics data	超过3300万个细胞
49	2025-07-12	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	研究论文	通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
50	2025-07-12	Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado0424 PMID:39151009	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术，在海葵中鉴定出表达生殖系相关标记的细胞群体，并发现Nanos2对生殖系形成不可或缺	揭示了Nanos2在刺胞动物体细胞和生殖系干细胞中的保守作用，为刺胞动物干细胞系统的共同进化起源提供了证据	研究仅针对海葵Nematostella vectensis，未涵盖其他刺胞动物物种	表征刺胞动物中保守的干细胞标记基因	海葵Nematostella vectensis	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞转录组学、基因敲除	NA	基因表达数据	NA
51	2025-07-03	Microglia-specific IL-10 gene delivery inhibits neuroinflammation and neurodegeneration in a mouse model of Parkinson's disease 2024-08-21, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adm8563 PMID:39167665	研究论文	本研究探讨了在小鼠帕金森病模型中，通过小胶质细胞特异性递送IL-10基因抑制神经炎症和神经退行性变的治疗效果	揭示了IL-10通过诱导小胶质细胞新状态增强吞噬和清除活性，并调节T淋巴细胞分化，为帕金森病治疗提供了新策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其安全性和有效性	探索通过调节神经炎症来保护多巴胺能神经元的新治疗方法	帕金森病小鼠模型中的小胶质细胞和多巴胺能神经元	神经科学	帕金森病	病毒基因递送技术、单细胞转录组学	小鼠帕金森病模型	基因表达数据、细胞表型数据	多个常用帕金森病小鼠模型
52	2025-07-03	Natural killer cells promote neutrophil extracellular traps and restrain macular degeneration in mice 2024-08-14, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi6626 PMID:39141700	研究论文	研究发现自然杀伤细胞（NK细胞）通过促进中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）的形成来抑制小鼠模型中的黄斑变性	首次揭示了NK细胞在nvAMD中的保护作用及其通过CCR5和NKG2D的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究自然杀伤细胞在新生血管性年龄相关性黄斑变性（nvAMD）中的作用机制	自然杀伤细胞（NK细胞）、中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）、小鼠模型和人类样本	免疫学	黄斑变性	Olink蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、基因敲除研究	小鼠模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	小鼠模型和有限的人类供体样本
53	2025-07-02	Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl5473 PMID:39121212	研究论文	本研究利用空间转录组学技术对特发性肺纤维化（IPF）和对照患者的肺组织进行了分析，结合单细胞RNA测序数据，识别了三种与疾病相关的微环境	首次通过空间转录组学技术揭示了IPF中三种具有独特细胞组成和定位的疾病相关微环境，包括纤维化微环境、气道巨噬细胞微环境和免疫微环境	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	揭示特发性肺纤维化（IPF）的病理微环境特征，以促进药物靶点的识别和相关体外模型的开发	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
54	2025-07-02	3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4893 PMID:39121214	研究论文	本文通过数学模型和单细胞RNA测序数据，研究了转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	揭示了MED26、MYC、cohesin和BRD4在转录爆发调控中的不同作用，并发现MED26的急性缺失对基因调控网络影响最大	研究主要基于数学模型和单细胞RNA测序数据，可能缺乏实验验证	探究转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	基因调控网络和转录爆发动态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	RNA测序数据	NA
55	2025-07-02	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了线粒体钙信号作为内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的调节因子	首次发现线粒体钙摄取是EndMT的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运蛋白（MCU）在EndMT中的调节作用	研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类患者样本验证有限	探索内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的分子机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞（ECs）及其向间充质细胞的转化过程	单细胞测序分析	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	体外EndMT模型和小鼠肢体缺血模型	单细胞RNA测序数据	三个体外EndMT模型、胚胎心脏发育样本、外周动脉疾病样本和严重肢体缺血患者组织样本
56	2025-06-29	Distinct tumor-TAM interactions in IDH-stratified glioma microenvironments unveiled by single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01837-5 PMID:39148129	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示了IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤-TAM的独特相互作用	揭示了IDH-WT胶质母细胞瘤中两种具有间充质表型的TAM亚群，与患者生存率较低和对抗PD-1免疫检查点抑制剂的反应减弱相关，并提出了SLAMF9受体作为潜在治疗靶点	研究未涉及IDH突变型胶质瘤中TAMs的详细功能验证	探究IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤-TAM的相互作用及其对治疗的影响	胶质瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组学, 空间转录组学, bulk RNA-seq, RT-qPCR	NA	转录组数据	NA
57	2025-06-26	scHD4E: Novel ensemble learning-based differential expression analysis method for single-cell RNA-sequencing data 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108769 PMID:38897145	研究论文	提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scHD4E	scHD4E仅使用四种顶级方法进行集成学习，相比现有方法scDEA（使用12种方法）表现更优	未提及具体局限性	开发更准确稳定的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	集成学习	基因表达数据	六个真实scRNA-seq数据集和五个实验数据集
58	2025-06-24	CilioGenics: an integrated method and database for predicting novel ciliary genes 2024-Aug-12, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae554 PMID:38989623	研究论文	开发了一种名为CilioGenics的综合方法，用于预测新的纤毛基因，并建立了一个相关数据库	结合了单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用、比较基因组学、转录因子网络分析和文本挖掘等多种方法，提高了预测纤毛基因的准确性	虽然预测了新的纤毛候选基因，但仍有部分基因需要实验验证	预测人类纤毛基因，以促进纤毛病（ciliopathies）的诊断	人类基因	基因组学	纤毛病	单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析、比较基因组学、转录因子网络分析、文本挖掘	NA	基因组数据、蛋白质相互作用数据、文本数据	全人类基因列表
59	2025-06-11	Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model 2024-Aug-07, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae091 PMID:38809088	research paper	本文提出了一种基于细胞谱系的模型，用于研究植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂变	形式化了一种特殊的分离分生组织模型，其中前体细胞从分生组织外围随机采样以最大化细胞谱系独立性	模型依赖于分支点数量、漂变强度以及表观突变率等假设条件	研究植物分枝过程中体细胞表观遗传漂变的机制	植物分生组织细胞	植物发育生物学	NA	DNA甲基化分析	细胞谱系模型	表观遗传数据	NA
60	2025-05-31	Morphine-responsive neurons that regulate mechanical antinociception 2024-08-30, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.ado6593 PMID:39208104	研究论文	通过单细胞转录组学和对吗啡响应神经元的操控，研究揭示了调控小鼠机械性伤害感受的神经元群体及其作用机制	发现了一个特定的RVM-脊髓回路，该回路通过BDNF/TrkB依赖机制和抑制性脊髓galanin阳性神经元的激活来调节机械性伤害感受，从而赋予吗啡抗伤害感受的特性	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索阿片类药物镇痛作用的神经解剖学基础	小鼠的rostral ventromedial medulla (RVM)神经元	神经科学	疼痛管理	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA