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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
Synovial 5-Lipoxygenase-Derived Oxylipins Define a Lympho-Myeloid-Enriched Synovium
2024-Aug, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42848
PMID:38508862
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研究论文 | 本研究探讨滑膜组织中氧脂素与血浆氧脂素的相关性及其与滑膜组织学模式的关系 | 首次系统分析炎症关节中滑膜氧脂素与血浆氧脂素的相关性,并发现5-脂氧合酶衍生的氧脂素在淋巴-髓系富集滑膜中特异性高表达 | 样本量有限(32例滑膜组织和26例配对血浆样本),仅纳入类风湿关节炎和银屑病关节炎患者 | 确定炎症关节中滑膜氧脂素是否与血浆氧脂素及滑膜组织学模式相关 | 已确诊的类风湿关节炎和银屑病关节炎患者 | 生物医学研究 | 类风湿关节炎, 银屑病关节炎 | 液相色谱-串联质谱法, 单细胞RNA测序 | NA | 生物分子数据, 基因表达数据 | 32例滑膜组织样本和26例配对血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2025-10-06 |
Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension
2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005
PMID:38841857
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压患者肺组织中血管细胞的转录组变化 | 首次在单细胞水平揭示肺动脉高压中三种疾病相关内皮细胞亚群的特征及其分子调控机制 | 样本量有限(特发性肺动脉高压组仅3例),且使用离体肺组织可能无法完全反映疾病早期变化 | 阐明系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的血管病理生物学机制 | 系统性硬化症相关肺动脉高压患者(16例)、特发性肺动脉高压患者(3例)和健康对照者(15例)的离体肺组织 | 单细胞转录组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 34例人类肺组织样本(16例SSc-PH,3例IPAH,15例对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-06 |
Expression of L1 Cell Adhesion Molecule, a Nephronal Principal Cell Marker, in Nephrogenic Adenoma
2024-Aug, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100540
PMID:38901674
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定L1CAM作为肾源性腺瘤的潜在生物标志物,并揭示了其与肾单位集合管主细胞的表达关联 | 首次利用单细胞RNA测序技术发现L1CAM可作为肾源性腺瘤的特异性生物标志物,并建立了肾单位特异性标志物组合 | 样本量有限(35例患者样本),需要更大规模研究验证标志物的临床适用性 | 探索肾源性腺瘤的细胞起源并开发特异性诊断标志物 | 肾源性腺瘤患者组织样本及正常尿路上皮、前列腺组织等对照样本 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, RNA原位杂交 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 35例肾源性腺瘤患者样本及多种对照组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2025-10-06 |
Identification of novel compound heterozygous ZFP36L2 variants implicated in oocyte maturation defects and female infertility
2024-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-024-03154-1
PMID:38829516
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研究论文 | 本研究通过鉴定ZFP36L2新型复合杂合变异并揭示其在卵母细胞成熟缺陷和女性不孕中的作用机制 | 首次发现ZFP36L2复合杂合变异与人类卵母细胞转录组改变的直接关联,并系统阐明其通过影响ZFP36L2-CNOT6L复合物功能和mRNA降解导致卵母细胞成熟缺陷的分子机制 | 研究样本量有限,功能验证主要在HeLa细胞和小鼠卵母细胞中进行,人类卵母细胞数据相对较少 | 探索卵母细胞成熟缺陷的发病机制 | 携带卵母细胞成熟缺陷的患者及其家系成员,HeLa细胞,小鼠和人类卵母细胞 | 生殖医学 | 女性不孕症 | 全外显子组测序,Sanger测序,实时RT-PCR,单细胞RNA测序,瞬时转染 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质相互作用数据 | 1名患者及其家系成员,HeLa细胞系,小鼠和人类卵母细胞样本 | NA | 全外显子组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Lung Single-Cell Transcriptomics in Alpha-1 Antitrypsin Deficiency
2024-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0064LE
PMID:39087828
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2025-10-06 |
Analyzing Single Cell RNA Sequencing with Topological Nonnegative Matrix Factorization
2024-Aug-01, Journal of computational and applied mathematics
IF:2.1Q1
DOI:10.1016/j.cam.2024.115842
PMID:38464901
|
研究论文 | 本文提出了两种基于持久拉普拉斯正则化的非负矩阵分解方法,用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入了拓扑非负矩阵分解(TNMF)和鲁棒拓扑非负矩阵分解(rTNMF),解决了传统NMF方法缺乏多尺度分析的问题 | NA | 开发新的计算方法以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF), 拓扑非负矩阵分解(TNMF), 鲁棒拓扑非负矩阵分解(rTNMF) | 基因表达数据 | 12个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 47 | 2025-10-06 |
Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data
2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland)
DOI:10.1007/s43657-024-00169-7
PMID:39583311
|
研究论文 | 通过多组学数据研究Calumenin在透明细胞肾细胞癌恶性进展和肿瘤微环境异质性中的作用 | 首次系统揭示CALU在ccRCC中的表达特征及其与肿瘤微环境免疫细胞组成的关联,并发现CALU表达影响化疗药物敏感性 | 研究样本量未明确说明,机制研究仍需深入验证 | 探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌发生发展中的作用机制 | 透明细胞肾细胞癌患者组织和细胞系 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 多组学数据分析,单细胞测序,分子生物学实验 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学整合分析 | NA | NA |
| 48 | 2025-10-06 |
cytoKernel: Robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.16.608287
PMID:39229233
|
研究论文 | 提出一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel,用于评估单细胞数据的差异表达 | 使用基于核的评分检验,能够检测单细胞数据中常被忽视的多模态特征变化 | NA | 开发评估单细胞数据差异表达的稳健方法 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱流式数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式技术 | 核嵌入方法,基于核的评分检验 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,质谱流式技术 | NA | NA |
| 49 | 2025-10-06 |
Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis
2024-Aug-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011
PMID:38768394
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎患者的组织样本,揭示相关的分子通路和免疫细胞亚群 | 首次在活体患者中鉴定出与免疫相关心肌炎和肌炎不良临床结局相关的CD8+ T细胞和髓系细胞亚群,特别是表达FcγRIIIa和IL1B+TNF+的炎症性髓系细胞 | 样本量较小(n=20),仅包含接受免疫检查点治疗的癌症患者,所有活检均在临床表现96小时内获取 | 阐明免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子机制和免疫细胞基础 | 接受免疫检查点治疗的癌症患者并发心肌炎和/或肌炎的组织样本 | 单细胞组学 | 心肌炎和肌炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 20例患者(10例重叠心肌炎加肌炎,1例单纯心肌炎,9例对照)共58,523个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2025-10-06 |
Revealing the crucial roles of suppressive immune microenvironment in cardiac myxoma progression
2024-08-02, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01912-2
PMID:39090109
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了心脏粘液瘤中抑制性免疫微环境的关键作用 | 首次构建心脏粘液瘤的单细胞图谱,发现粘液瘤细胞具有成纤维细胞样特征但表达独特的磷酸二酯酶和增殖相关基因,并揭示了M2样巨噬细胞浸润与栓塞发生的临床关联 | 样本数量有限,体外共培养实验未能完全模拟体内复杂微环境 | 解析心脏粘液瘤的细胞组成和免疫微环境特征 | 心脏粘液瘤组织和其中的细胞群体 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 75,641个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-06 |
Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1815
PMID:39183480
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析揭示了DNA损伤诱导的eccDNAs通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路在弥漫大B细胞淋巴瘤中的致癌作用 | 首次报道eccDNAs在DLBCL中的表达谱及其致癌功能,发现DNA损伤诱导的eccDNAs通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路的新机制 | 未明确说明样本数量和研究人群特征,缺乏临床转化验证数据 | 探究eccDNAs在弥漫大B细胞淋巴瘤中的表达特征、功能机制及治疗意义 | 弥漫大B细胞淋巴瘤细胞、动物模型、GEO数据库 | 多组学整合分析 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 环状DNA测序,原子力显微镜,CCK-8,单细胞RNA测序,化疗药物处理 | 动物模型 | 基因组数据,转录组数据,显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,环状DNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-06 |
Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells
2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.27.609808
PMID:39253493
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研究论文 | 提出了一种名为SCIG的机器学习方法,用于在单细胞水平识别细胞身份基因 | 利用细胞身份基因独特的遗传序列特征(如顺式调控元件富集模式)和单细胞RNA-seq数据,无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因 | NA | 识别血管内皮细胞的身份基因,理解细胞分化和发育机制 | 人类内皮细胞图谱中的血管内皮细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据,遗传序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-10-06 |
Dysregulation of phosphoenolpyruvate carboxykinase in cancers: A comprehensive analysis
2024-08, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111198
PMID:38697449
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研究论文 | 通过多组学分析探讨磷酸烯醇丙酮酸羧化酶(PEPCK)在泛癌中的表达失调及其临床意义 | 首次在33种癌症类型中系统分析PEPCK两个亚型(PCK1和PCK2)的表达模式及其与临床预后的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于胶质母细胞瘤 | 阐明PEPCK在癌症发生发展中的作用机制及其临床价值 | 33种癌症类型的患者样本和胶质母细胞瘤细胞系 | 生物信息学 | 泛癌分析(重点关注胶质母细胞瘤) | 生物信息学分析、单细胞测序、体外实验、体内实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、临床数据、突变数据 | TCGA数据库中33种癌症类型的患者样本 | NA | 单细胞测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
Blocking the MIR155HG/miR-155 axis reduces CTGF-induced inflammatory cytokine production and α-SMA expression via upregulating AZGP1 in hypertrophic scar fibroblasts
2024-08, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111202
PMID:38729323
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研究论文 | 本研究揭示了MIR155HG/miR-155/AZGP1轴在调控增生性瘢痕成纤维细胞中炎症因子产生和α-SMA表达的作用机制 | 首次发现CTGF通过磷酸化STAT3结合MIR155HG启动子刺激其表达,并阐明MIR155HG通过miR-155-5p/-3p靶向AZGP1调控瘢痕形成的分子机制 | 研究主要基于体外细胞模型,需要进一步体内实验验证 | 探究MIR155HG在增生性瘢痕纤维化中的作用机制 | 增生性瘢痕成纤维细胞(HSFBs) | 分子生物学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞测序, qRT-PCR, western blotting, ELISA, 双荧光素酶报告实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 临床HS和正常皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-06 |
CXCR4-mediated neutrophil dynamics in periodontitis
2024-08, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111212
PMID:38719020
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨CXCR4在牙周炎中调控中性粒细胞动态的关键作用 | 首次系统揭示CXCR4通过调控中性粒细胞动态参与牙周炎发病的新机制 | 研究样本量有限,具体分子机制仍需进一步验证 | 鉴定牙周炎关键免疫相关致病基因并分析免疫细胞浸润特征 | 牙周组织转录组数据、临床样本和牙周炎小鼠模型 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,蛋白互作网络分析 | LASSO回归模型 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | GEO数据库数据集、临床样本和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
Plasma proteomics of acute tubular injury
2024-Aug-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51304-x
PMID:39191768
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研究论文 | 通过血浆蛋白质组学识别急性肾小管损伤的生物标志物 | 首次使用SomaScan蛋白质组学平台系统鉴定与ATI严重程度相关的血浆生物标志物,并整合多组学数据揭示免疫调节和细胞器应激反应在ATI发病机制中的作用 | 样本量相对有限(434例活检确诊患者),需要在更大队列中验证生物标志物的临床适用性 | 开发急性肾小管损伤的非侵入性生物标志物用于早期检测和药物开发 | 肾病患者(活检确诊)和多个队列研究的参与者 | 蛋白质组学 | 肾脏疾病 | SomaScan蛋白质组学、区域转录组学、单细胞RNA测序、通路分析 | NA | 血浆蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 主要队列434例活检确诊肾病患者,验证队列包括KPMP(44例)、ARIC(4610例)和CHROME(268例) | SomaLogic | 血浆蛋白质组学 | SomaScan | SomaScan蛋白质组学平台 |
| 57 | 2025-10-06 |
Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery
2024-Aug-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943
PMID:38861365
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研究论文 | 本研究开发了一种计算模型,整合空间多组学分析和虚拟临床试验,用于预测肝细胞癌免疫治疗反应和发现生物标志物 | 开发了能够同时追踪器官尺度肿瘤进展和捕获肿瘤空间异质性的新型计算模型,将数学建模与高通量空间多组学数据相结合 | 模型参数主要来源于文献,需要进一步临床验证 | 促进免疫治疗方案设计和生物标志物发现 | 肝细胞癌患者 | 计算生物学 | 肝细胞癌 | 空间定量系统药理学模型,成像质谱流式技术,空间转录组学 | 空间定量系统药理学模型 | 空间多组学数据,空间蛋白质组学数据,空间转录组学数据 | 来自新辅助HCC临床试验和独立抗PD1单药治疗研究的样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组分析 |
| 58 | 2025-10-06 |
aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph
2024-Aug-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03339-y
PMID:39090647
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研究论文 | 开发了一种名为aKNNO的单细胞和空间转录组学聚类方法,通过优化自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型 | 提出基于优化自适应k近邻图的聚类方法,能够同时准确识别丰富和稀有细胞类型,解决了现有方法在这两个目标间的权衡问题 | 仅使用基因表达数据,未整合其他多组学信息 | 开发更准确的单细胞和空间转录组学聚类算法 | 单细胞和空间转录组学数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 自适应k近邻图优化 | 基因表达数据 | 38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
Eganelisib combined with immune checkpoint inhibitor therapy and chemotherapy in frontline metastatic triple-negative breast cancer triggers macrophage reprogramming, immune activation and extracellular matrix reorganization in the tumor microenvironment
2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009160
PMID:39214650
|
研究论文 | 本研究评估了PI3K-γ抑制剂eganelisib联合免疫检查点抑制剂和化疗在转移性三阴性乳腺癌中的治疗效果及机制 | 首次报告了PI3K-γ抑制剂eganelisib联合治疗的转化分析结果,揭示了肿瘤微环境中巨噬细胞重编程、免疫激活和细胞外基质重组的新机制 | 样本量较小(肿瘤活检n=11-18),且为II期临床试验的初步分析结果 | 评估eganelisib联合atezolizumab和nab-paclitaxel在转移性三阴性乳腺癌中的治疗效果和作用机制 | 转移性三阴性乳腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 多重免疫荧光、空间转录组学、GeoMx数字空间分析、流式细胞术、细胞因子分析 | NA | 肿瘤活检组织、外周血样本 | 肿瘤活检样本11-18例,来自MARIO-3临床试验 | NA | 空间转录组学, 数字空间分析 | GeoMx | GeoMx数字空间分析平台 |
| 60 | 2025-10-06 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
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研究论文 | 提出空间图傅里叶变换方法用于空间组学数据的表示和分析 | 首次将图信号处理应用于空间组学数据,提供可解释的数据表示方法 | NA | 开发空间组学数据的图表示分析方法 | 复杂器官的组织样本 | 空间组学分析 | NA | 图信号处理,空间组学分析 | 图傅里叶变换 | 空间转录组数据,空间蛋白质组数据 | 人类和小鼠组织样本 | 10x Genomics, Akoya Biosciences | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | 10x Visium, CODEX | 人类淋巴结Visium数据,人类扁桃体CODEX数据 |