单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 572 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-10-24 |
FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.09.602778
PMID:39026885
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研究论文 | 开发了一个基于网络的应用程序FUSION，用于深入探索多组学数据与明场组织病理学的结合 | 提出了一个集成多组学数据和组织病理学图像的网络工具，通过深度学习算法进行深入分析 | NA | 开发一个工具，将分子数据与组织病理学特征结合，提供新的生物学机制见解 | 多组学数据和组织病理学图像 | 数字病理学 | NA | 空间组学技术 | 深度学习 | 图像 | 包括健康和疾病组织的FFPE和冷冻样本的空间转录组数据 |
| 42 | 2024-10-24 |
Mll4 regulates tooth enamel development
2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608898
PMID:39411159
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研究论文 | 研究Mll4基因在牙齿釉质发育中的作用及其机制 | 首次通过条件性敲除小鼠模型研究Mll4在釉质发育中的具体作用，并揭示了其通过直接激活关键基因调控成釉细胞分化的机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨Mll4在釉质发育中的作用及其分子机制 | Mll4基因在釉质发育中的功能及其调控的基因 | NA | NA | RNA-seq, CUT&RUN-seq | NA | 基因表达数据 | 条件性敲除小鼠模型，包括成年和新生小鼠的牙齿样本 |
| 43 | 2024-10-24 |
Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing
2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608852
PMID:39229107
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研究论文 | 本文描述了在使用单细胞RNA测序技术从外周肉芽肿感染的结核分枝杆菌细胞中检测到的细菌RNA转录本 | 本文首次详细研究了在单细胞RNA测序中检测到的结核分枝杆菌转录本，并发现这些转录本与宿主细胞的独特分子标识符相关，表明宿主细胞被感染 | 研究仅限于来自巴布亚新几内亚的结核病患者样本，且样本量较小 | 研究结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的RNA转录本及其变异情况 | 结核分枝杆菌感染的宿主细胞中的RNA转录本 | 数字病理学 | 肺结核 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自巴布亚新几内亚的结核病患者样本 |
| 44 | 2024-10-24 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.17.608386
PMID:39229240
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研究论文 | 本文通过多组学分析研究了原发性和转移性食管腺癌在不同临床阶段的细胞状态和邻域特征 | 本文首次整合了单核转录组学、染色质可及性测序和空间分析，揭示了与治疗反应相关的肿瘤微环境特征，并识别了五种恶性细胞程序及其与临床结果的关系 | 本文主要基于多组学数据进行分析，未涉及体内实验验证 | 解析食管腺癌疾病进展和治疗反应的机制 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤 | 数字病理学 | 食管癌 | 单核转录组学、染色质可及性测序、空间分析 | NA | 转录组数据 | 包括原发性和转移性食管腺癌肿瘤的多个样本 |
| 45 | 2024-10-24 |
Vaccines combining slow delivery and follicle targeting of antigens increase germinal center B cell clonal diversity and clonal expansion
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.19.608655
PMID:39229011
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研究论文 | 研究了一种结合缓慢释放和淋巴滤泡靶向抗原的疫苗，分析了其对生发中心B细胞克隆多样性和克隆扩增的影响 | 结合磷酸丝氨酸标记的免疫原和铝盐佐剂与皂苷纳米颗粒佐剂，显著增强了生发中心和抗体反应，并增加了生发中心B细胞克隆的多样性和扩增 | 研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨结合缓慢释放和淋巴滤泡靶向抗原的疫苗对生发中心B细胞反应的影响 | 生发中心B细胞的克隆多样性和克隆扩增 | 免疫学 | NA | scRNA-seq, scBCR-seq | NA | RNA序列, B细胞受体序列 | 老鼠模型 |
| 46 | 2024-10-24 |
Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.15.608093
PMID:39229048
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研究论文 | 开发了一种名为Scupa的计算方法，用于全面分析免疫细胞的极化状态 | Scupa是首个用于系统评估细胞因子效应和免疫细胞极化的计算方法 | NA | 解决目前缺乏系统评估细胞因子效应和免疫细胞极化方法的问题 | 免疫细胞的极化状态 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 通用细胞嵌入模型 | 单细胞数据 | 66种细胞因子驱动的极化状态，涉及14种免疫细胞类型 |
| 47 | 2024-10-24 |
cytoKernel: Robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.16.608287
PMID:39229233
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研究论文 | 提出了一种基于核嵌入的单细胞数据差异表达评估方法cytoKernel | cytoKernel能够利用全概率分布模式评估单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据的差异表达，检测包括聚合变化在内的多种模式 | NA | 开发一种新的方法来评估单细胞数据的差异表达 | 单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据 | 生物信息学 | NA | 核嵌入 | NA | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱细胞术数据 | 包括模拟数据和真实数据集 |
| 48 | 2024-10-24 |
A Novel Human Extravascular Monocyte Subset with Antiviral Functions Is Crucial for Resolving Lung Tissue Infection
2024-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.08.583965
PMID:38496468
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研究论文 | 研究揭示了一种新型的人类血管外单核细胞亚群，具有抗病毒功能，对解决肺组织感染至关重要 | 发现了一种新型的人类肺部血管外炎症单核细胞（ExiMO），具有抗病毒功能，并揭示了其在SARS-CoV-2感染解决中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异 | 探讨人类免疫机制在无预先免疫背景下解决肺部感染的作用 | SARS-CoV-2感染及其解决机制 | 免疫学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | 小鼠模型与人类免疫系统的联合移植 |
| 49 | 2024-10-24 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.12.607664
PMID:39185152
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PURE-seq的新技术，用于高效测序稀有细胞，并探讨了其在小鼠长期造血干细胞中的应用 | 开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，减少细胞损失并提高稀有细胞的捕获率 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组变化，并识别潜在的主调控因子 | 小鼠长期造血干细胞及其在造血衰老背景下的转录组 | 数字病理学 | NA | PURE-seq | NA | 转录组 | 数十个稀有细胞，稀有度为1/1,000,000 |
| 50 | 2024-10-24 |
Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity
2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.08.588525
PMID:38645263
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研究论文 | 本文介绍了一种改进的单核RNA测序技术，用于研究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞群体动态 | 提出了一种稳健的单核RNA测序技术，显著提高了数据质量，并揭示了肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞动态 | NA | 研究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞群体动态 | 脂肪组织中的不同细胞类型及其在肥胖过程中的动态变化 | 数字病理学 | 肥胖 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | 涉及不同脂肪组织库的多种细胞类型 |
| 51 | 2024-10-24 |
Quantitative comparison of single-cell RNA sequencing versus single-molecule RNA imaging for quantifying transcriptional noise
2024-Aug-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.09.607289
PMID:39149226
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研究论文 | 本文比较了单细胞RNA测序与单分子RNA成像在量化转录噪声方面的效果 | 首次利用小分子扰动（IdU）放大噪声，并比较了多种scRNA-seq算法与smFISH在量化噪声方面的差异 | 所有scRNA-seq算法系统性地低估了噪声，与smFISH相比存在差异 | 探讨量化基因组范围内转录噪声的最佳方法 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA FISH数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单分子RNA荧光原位杂交（smFISH） | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠的多个样本 |
| 52 | 2024-10-24 |
Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.08.607264
PMID:39149388
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研究论文 | 本文介绍了一种新的广义对比主成分分析（gcPCA）方法，用于在高维数据集中识别不同实验条件下的低维模式 | 提出了广义对比主成分分析（gcPCA），这是一种无需超参数的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）需要调整超参数和不对称处理前景和背景条件的问题 | NA | 开发一种新的方法来比较不同实验条件下收集的高维数据集，并提取在一种条件下富集的低维模式 | 高维生物数据，包括神经生理学记录和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 广义对比主成分分析（gcPCA） | 主成分分析（PCA） | 高维数据 | NA |
| 53 | 2024-10-24 |
ResSAT: Enhancing Spatial Transcriptomics Prediction from H&E- Stained Histology Images with Interactive Spot Transformer
2024-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4707959/v1
PMID:39149477
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研究论文 | 提出了一种名为ResSAT的框架，通过捕捉组织结构并使用自注意力变压器来增强从H&E染色图像中预测空间基因表达的能力 | 引入了一种新的框架ResSAT，结合残差网络和自注意力变压器，显著提高了从H&E图像中预测空间基因表达的准确性 | NA | 开发一种能够从H&E染色图像中准确预测空间基因表达的新方法 | H&E染色图像和空间基因表达 | 数字病理学 | NA | 自注意力变压器 | 残差网络 | 图像 | 10× Visium数据集 |
| 54 | 2024-10-24 |
Deciphering tumour microenvironment and elucidating the origin of cancer cells in ovarian clear cell carcinoma
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606821
PMID:39149248
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研究论文 | 本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术，分析了卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 首次构建了卵巢透明细胞癌肿瘤微环境的单细胞RNA测序资源，并比较了其与子宫内膜异位症的细胞类型和细胞间通信差异 | 样本量较小，仅包括7名患者，可能影响结果的普适性 | 揭示卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 卵巢透明细胞癌的肿瘤组织及其微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名卵巢透明细胞癌患者 |
| 55 | 2024-10-24 |
Optics-free Spatial Genomics for Mapping Mouse Brain Aging
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606712
PMID:39149282
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研究论文 | 本文介绍了一种无需光学成像的空间转录组学平台，用于绘制小鼠大脑衰老过程中的基因表达和细胞动态变化 | 本文提出了一种无需预定义捕获阵列或大量成像的光学自由空间转录组学平台，能够快速且成本有效地处理多个组织切片 | NA | 解决当前空间转录组学方法在通量和成本方面的挑战，以进行全面研究 | 小鼠大脑在成年和衰老阶段的基因表达和细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 30个大脑区域，包括成年和衰老小鼠 |
| 56 | 2024-10-24 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606553
PMID:39149316
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术，能够在3D厚组织块中量化数千个基因转录本及其相应的翻译活动 | 本文首次实现了在200μm厚组织块中进行3D空间单细胞转录组和翻译组学分析 | NA | 揭示基因如何在三维组织环境中塑造组织结构和功能 | 基因转录和翻译活动在三维组织中的表达模式 | 数字病理学 | 皮肤癌 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-10-24 |
Exploit Spatially Resolved Transcriptomic Data to Infer Cellular Features from Pathology Imaging Data
2024-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606654
PMID:39149252
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研究论文 | 本文提出了一种利用空间解析转录组数据来注释病理图像的创新方法，并引入了一种名为STpath的转移学习神经网络模型，用于预测细胞类型比例或分类肿瘤微环境 | 本文的创新点在于利用配对的空间解析转录组数据来注释病理图像，并开发了一种新的转移学习神经网络模型STpath | 本文的局限性在于训练数据有限，尽管STpath在样本中表现出色，但其性能仍需在更多数据集上验证 | 本文的研究目的是克服深度学习模型在病理图像特征提取中的标注数据稀缺问题 | 本文的研究对象是病理图像和空间解析转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 深度学习 | 转移学习神经网络 | 图像 | 三个不同的乳腺癌数据集 |
| 58 | 2024-10-24 |
Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED
2024-Aug-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1
PMID:39149508
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研究论文 | 本文介绍了一种名为sciRED的单细胞可解释因子分解方法，用于改进scRNA-seq数据分析中的因子解释 | sciRED通过去除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕捉隐藏生物现象的未解释因子，并确定由结果因子表示的基因和生物过程，从而改进了scRNA-seq数据的因子分析 | NA | 开发一种改进单细胞RNA测序数据因子分析解释性的方法 | 单细胞RNA测序数据中的生物信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 因子分解 | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集，包括肾脏、PBMC、大鼠肝脏和健康人肝脏的样本 |
| 59 | 2024-10-24 |
Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED
2024-Aug-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.01.605536
PMID:39149356
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研究论文 | 本文介绍了一种名为sciRED的单细胞可解释因子分解方法，用于改进scRNA-seq数据分析中的因子解释 | sciRED通过去除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕捉隐藏生物现象的未解释因子，并确定由这些因子代表的基因和生物过程，从而提高了scRNA-seq数据分析的可解释性 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的因子解释 | scRNA-seq数据中的生物信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 因子分解 | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集，包括肾脏、PBMC、大鼠肝脏和健康人肝脏的样本 |
| 60 | 2024-10-24 |
The Microscope and Beyond: Current Trends in the Characterization of Kidney Allograft Rejection From Tissue Samples
2024-Aug-06, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000005153
PMID:39436268
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综述 | 本文综述了当前用于从组织样本中表征肾移植排斥反应的创新工具和技术 | 讨论了数字化病理工作流程、深度学习、多重免疫组化、单细胞转录组学和空间转录组学等新兴技术在提高肾移植排斥反应表征方面的潜力 | 尽管讨论了多种新兴技术，但仍需进一步研究和临床验证以解决当前Banff分类系统的盲点 | 探讨如何利用新兴技术提高肾移植排斥反应的表征和诊断 | 肾移植排斥反应的组织样本 | 数字病理 | 肾移植排斥反应 | 多重免疫组化、单细胞转录组学、空间转录组学 | 深度学习 | 组织样本 | NA |