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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-03-13 |
Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404151
PMID:38785168
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了原发性膜性肾病(PMN)患者和健康对照的肾脏活检样本,揭示了足细胞中补体诱导的BMP2/pSMAD1/COL4通路是PMN的关键致病途径,并描述了免疫细胞的浸润和激活情况 | 首次在PMN中通过单细胞RNA测序识别出足细胞的补体诱导BMP2/pSMAD1/COL4通路,连接了补体系统激活和肾小球基底膜增厚两个关键事件,并详细描绘了免疫细胞的精细互作 | 样本量相对较小(11例患者和7例对照),且为横断面研究,无法确定因果关系 | 探究原发性膜性肾病的潜在病理机制,特别是足细胞和免疫细胞的作用 | 原发性膜性肾病患者的肾脏活检样本和健康对照样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 11例PMN患者和7例健康对照,共分析44,060个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2026-03-06 |
Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells
2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.27.609808
PMID:39253493
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法,用于在单细胞水平上识别细胞身份基因 | SCIG方法无需与其他细胞进行比较,仅利用基因序列特征和单细胞RNA-seq表达信息即可识别细胞身份基因,并发现组织微环境对细胞身份精细化至关重要 | NA | 开发一种识别细胞身份基因的计算方法,以促进对细胞分化、发育和再生医学的理解 | 血管内皮细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 机器学习 | 基因表达数据、遗传序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2026-02-27 |
Tracing Immunological Interaction in Trimethylamine N-Oxide Hydrogel-Derived Zwitterionic Microenvironment During Promoted Diabetic Wound Regeneration
2024-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202402738
PMID:38885961
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研究论文 | 本研究开发了一种新型三甲胺N-氧化物(TMAO)衍生的两性离子水凝胶,以促进糖尿病伤口愈合,并通过单细胞RNA测序探索了其周围的多细胞生态系统 | 首次利用TMAO衍生的两性离子水凝胶调控免疫微环境,揭示了巨噬细胞和中性粒细胞在糖尿病伤口愈合中的关键作用,并验证了两性离子微环境对适应性免疫系统激活的影响 | 未明确提及研究的具体局限性,如样本量、实验模型或长期效果评估 | 解析糖尿病伤口愈合的免疫调节机制并开发治疗策略 | 糖尿病伤口愈合过程中的多细胞生态系统,特别是巨噬细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2026-02-25 |
Role of Neutrophils in the Development of Steatotic Liver Disease
2024-08, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/s-0044-1789207
PMID:39117322
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综述 | 本文综述了中性粒细胞的生物学特性、其在脂肪变性肝病发展中的作用以及其作为疾病治疗靶点的潜力 | 强调了中性粒细胞在无菌性炎症(脂肪变性肝病发病机制的关键组成部分)中的作用,并指出单细胞RNA测序等技术已揭示中性粒细胞亚群的存在,但不同亚群在疾病发展中的具体差异贡献尚不清楚 | 不同中性粒细胞亚群在脂肪变性肝病发展中的具体差异贡献仍不明确 | 探讨中性粒细胞在脂肪变性肝病发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 中性粒细胞及其在脂肪变性肝病中的功能 | NA | 脂肪变性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2026-02-20 |
Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043
PMID:38857990
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研究论文 | 本研究通过构建患者来源的肠道上皮类器官生物库,揭示了克罗恩病中肠道上皮MHC-I表观遗传失调的新机制 | 首次在克罗恩病中鉴定出肠道上皮MHC-I的表观遗传调控机制,并开发了基于机器学习的疾病预后表观遗传分子标志物 | 研究样本量相对有限(168名患者),且主要基于类器官模型,需进一步在人体内验证 | 探究肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用 | 克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及健康对照的肠道黏膜活检样本 | 表观遗传学 | 克罗恩病 | DNA甲基化分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、基因编辑、类器官-淋巴细胞共培养、小鼠模型 | 机器学习 | 表观遗传数据、转录组数据 | 168名患者(72名克罗恩病、23名溃疡性结肠炎、73名健康对照),共生成312个肠道上皮类器官 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2026-02-15 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.12.607664
PMID:39185152
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研究论文 | 本文开发了PURE-seq技术,用于高效富集和测序稀有细胞,并应用于小鼠长期造血干细胞的研究,识别了Egr1作为衰老背景下造血功能的潜在主调控因子 | 开发了PURE-seq技术,能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中,最小化处理步骤并减少细胞损失,实现了对稀有细胞(如1/1,000,000稀有度)的可扩展测序 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组,并识别潜在的主调控因子 | 小鼠长期造血干细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | PURE-seq | PIP-seq for Rare-cell Enrichment and Sequencing,允许从FACS直接加载细胞到PIP-seq反应中 |
| 47 | 2026-02-11 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4863813/v1
PMID:39184105
|
研究论文 | 本文开发了PURE-seq技术,用于高效富集和测序稀有细胞,并应用于小鼠长期造血干细胞的研究,识别出Egr1作为衰老背景下造血过程的潜在主调控因子 | 开发了PURE-seq技术,通过直接FACS加载细胞到PIP-seq反应中,减少处理步骤和细胞损失,实现了对稀有细胞(如1/1,000,000稀有度)的可扩展测序 | NA | 开发一种可扩展的稀有细胞测序方法,并研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老中的转录组变化 | 小鼠长期造血干细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2026-01-24 |
Single-cell multiomics analysis reveals cell/tissue-specific associations in bipolar disorder
2024-08-06, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-03044-1
PMID:39107272
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学数据,探讨了双相情感障碍的细胞起源和组织异质性 | 识别了一个名为ADCY1的新型脑细胞簇,并从高分辨率遗传学角度揭示了胶质细胞作为双相情感障碍的主要细胞病理学关联 | 研究样本量有限,特别是单细胞RNA测序数据仅来自胚胎和胎儿脑组织,可能无法完全代表成年患者的情况 | 探究双相情感障碍的细胞起源、组织异质性及其潜在致病机制 | 双相情感障碍患者及对照组的脑组织样本 | 生物信息学 | 双相情感障碍 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 全基因组关联研究, 转录组范围关联研究 | scDRS算法 | 单细胞RNA测序数据, ATAC-seq数据, 批量RNA测序数据, GWAS汇总数据 | 单细胞RNA测序数据(n=8个样本,1,266个细胞),ATAC-seq数据(n=210),批量RNA测序数据(n=314),GWAS汇总数据(n=413,466) | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 批量RNA-seq, GWAS | NA | NA |
| 49 | 2026-01-24 |
Single-cell insights into mouse testicular toxicity under peripubertal exposure to di(2-ethylhexyl) phthalate
2024-08-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfae064
PMID:38730545
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研究论文 | 本研究首次通过单细胞转录组学揭示了青春期小鼠睾丸在邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯暴露下的毒性机制 | 首次提供了青春期小鼠睾丸在DEHP暴露下的单细胞转录组图谱,明确了支持细胞和间质细胞是DEHP的关键靶点 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本;实验周期限于青春期暴露,长期效应未评估 | 探究DEHP在青春期暴露下对睾丸毒性的具体细胞靶点和分化过程影响 | 青春期雄性小鼠睾丸组织 | 单细胞转录组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16只3周龄雄性小鼠(对照组和DEHP暴露组各8只) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2026-01-21 |
The Transcriptional Landscape of Pericytes in Acute Ischemic Stroke
2024-08, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-023-01169-x
PMID:37378751
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,在小鼠永久性大脑中动脉闭塞模型中,探究了缺血性卒中后1、12和24小时周细胞转录组特征的时间差异 | 首次在急性缺血性卒中模型中,通过单细胞RNA测序揭示了周细胞在卒中后特定时间点(12和24小时)出现一个独特的亚群,该亚群以细胞因子信号和免疫反应相关基因上调为特征 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人体中得到验证;且仅关注了急性期(24小时内)的变化,未涉及更长期的转录组动态 | 探究急性缺血性卒中后周细胞的转录组变化,以寻找潜在的治疗靶点 | 小鼠模型中的周细胞 | 单细胞转录组学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠永久性大脑中动脉闭塞模型在卒中后1、12和24小时的时间点样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-01-13 |
Astaxanthin Alleviates Autoimmune Hepatitis by Modulating CD8+ T Cells: Insights From Mass Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403148
PMID:38874408
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研究论文 | 本研究探讨了虾青素通过调节CD8+ T细胞来缓解自身免疫性肝炎的作用机制 | 结合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术,首次系统分析了虾青素在自身免疫性肝炎中对CD8+ T细胞数量和功能的调控作用 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探究虾青素在自身免疫性肝炎中的作用及其对免疫微环境的调控机制 | 自身免疫性肝炎小鼠模型 | 数字病理学 | 自身免疫性肝炎 | 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 质谱流式数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2026-01-13 |
Targeting Adenosine A2b Receptor Promotes Penile Rehabilitation of Refractory Erectile Dysfunction
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306514
PMID:38874549
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和动物模型,揭示了腺苷A2b受体在促进难治性勃起功能障碍阴茎康复中的作用机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术分析人类海绵体,并结合多种腺苷受体敲除小鼠模型,明确了A2b受体在腺苷诱导勃起中的关键作用 | 研究主要基于动物模型,人类临床样本的应用有限,且难治性ED模型的复杂性可能影响结果的普适性 | 探究腺苷及其特定受体亚型在促进阴茎康复中的机制,以开发难治性勃起功能障碍的新治疗策略 | 人类海绵体组织、腺苷脱氨酶和腺苷受体敲除小鼠、原代海绵体平滑肌细胞以及三种大鼠难治性ED模型 | 单细胞测序 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类海绵体样本、多种敲除小鼠模型及三种大鼠ED模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-12-17 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析,构建了人类骨肉瘤的细胞组成和空间组织结构图谱 | 首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨率转录组学综合分析,构建了细胞元图谱来解析空间转录组数据,并识别了与化疗耐药相关的独特空间生态位 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 深入理解骨肉瘤的细胞组成、组织结构、功能状态及其对化疗的反应,为靶向治疗提供基础 | 人类骨肉瘤组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2025-12-12 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606553
PMID:39149316
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术,用于在200微米厚的组织块中进行三维空间单细胞转录组和翻译组量化 | 首次实现了在厚组织块(200微米)中进行三维空间单细胞转录组和翻译组分析,突破了现有技术仅限于薄切片(5-20微米)的限制 | NA | 揭示基因在三维组织环境中如何塑造组织结构和功能,以理解健康与疾病状态 | 小鼠大脑组织、人类皮肤癌组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间单细胞转录组学、空间单细胞翻译组学、多色荧光蛋白成像 | NA | 图像、转录组数据、翻译组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2025-11-25 |
PDIA3 orchestrates effector T cell program by serving as a chaperone to facilitate the non-canonical nuclear import of STAT1 and PKM2
2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.038
PMID:38822524
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研究论文 | 本研究揭示了PDIA3通过促进STAT1和PKM2的非经典核输入来调控效应T细胞程序的新机制 | 首次发现PDIA3作为分子伴侣促进STAT1和PKM2的非经典核输入,调控Th1和Th17细胞分化 | PDIA3的高诱导仅发生在异常外部刺激下,这一机制可能在病理条件下特异性发生 | 探索类风湿关节炎中T细胞效应程序的调控机制 | 类风湿关节炎患者的CD4 T细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-10-30 |
Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.08.607264
PMID:39149388
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研究论文 | 开发了一种无需超参数调优的广义对比主成分分析方法,用于比较高维数据集间的差异模式 | 提出了超参数自由的广义对比PCA方法,解决了传统对比PCA需要手动调参且无法对称比较两个实验条件的问题 | 论文未明确说明方法在极端高维情况下的计算效率限制或对特定数据分布的适用性限制 | 开发一种能够对称比较两个高维数据集的降维方法,提取条件特异性模式 | 高维生物数据,包括神经生理记录和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | II型糖尿病 | 单细胞RNA测序,神经生理记录分析 | 广义对比PCA | 高维生物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-05 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.23.609477
PMID:39229093
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研究论文 | 提出SPACE框架,通过调整细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类,以提升空间域检测精度 | 无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识,通过调整细胞类型混杂效应实现空间可变基因的准确聚类 | 未明确说明方法在特定组织类型或数据质量下的性能限制 | 改进空间转录组学中空间可变基因的聚类方法以提升空间域检测准确性 | 空间可变基因(SVGs) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | SPACE框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-05 |
FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.09.602778
PMID:39026885
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研究论文 | 开发了一个基于网络的工具FUSION,用于深度探索多组学数据与明场组织学的关联分析 | 将分子数据与组织病理学特征整合到单一工作空间,提供端到端的功能性组织单元分析 | NA | 开发一个能够连接分子特征与组织病理学特征的分析平台 | 健康与疾病组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习算法 | 全切片图像, 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 福尔马林固定石蜡包埋和冷冻制备的数据集 |
| 59 | 2025-10-05 |
Identification of Regulatory RNA-Binding Proteins Associated with Immune Infiltration in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma
2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300498
PMID:38912837
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研究论文 | 通过分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的调控性RNA结合蛋白和可变剪接事件 | 首次系统鉴定与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的RNA结合蛋白及其调控的可变剪接事件,发现RBM47在髓系细胞中上调并与预后显著相关 | 样本量有限(20对癌与癌旁组织),仅使用公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索RNA结合蛋白和可变剪接事件在喉鳞状细胞癌免疫浸润中的作用机制 | 喉鳞状细胞癌组织和免疫细胞 | 生物信息学 | 喉癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,可变剪接分析 | edgeR差异表达分析,科学反卷积算法 | RNA测序数据,单细胞RNA测序数据 | 20对喉癌和癌旁组织,117个喉癌样本,2个单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies WARS1+ Mesenchymal Stem Cells with Enhanced Immunomodulatory Capacity and Improved Therapeutic Efficacy
2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300752
PMID:38856632
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定具有增强免疫调节能力的WARS1+间充质干细胞,并验证其在银屑病治疗中的疗效提升 | 首次发现WARS1是增强脐带间充质干细胞免疫调节能力的关键调控因子,并阐明其通过RhoA-Akt轴发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 提高脐带间充质干细胞对银屑病的治疗效果 | 脐带来源的间充质干细胞和银屑病小鼠模型 | 单细胞测序 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |