单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2024-08-05	Integrated multi-omics analysis and machine learning developed diagnostic markers and prognostic model based on Efferocytosis-associated signatures for septic cardiomyopathy 2024-Aug, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110301 PMID:38944364	研究论文	这篇文章通过整合多组学分析，揭示了与凋亡细胞吞噬相关的关键基因及其在脓毒症心肌病中的作用	识别了一个新的与凋亡细胞吞噬相关的脓毒症心肌病亚型及诊断生物标志物	NA	探讨凋亡细胞吞噬在脓毒症心肌病中的临床和遗传作用	脓毒症患者的外周血单核细胞及其相关基因	数字病理学	脓毒症心肌病	scRNA-seq	NA	基因数据	感染脓毒症患者的外周血单核细胞
542	2024-08-05	Single-Cell Transcriptome Reveals Cell Type-Specific Molecular Pathology in a 2VO Cerebral Ischemic Mouse Model 2024-Aug, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-023-03755-4 PMID:38180614	研究论文	本研究利用小鼠双血管阻塞缺血模型分析了海马中特定细胞类型的分子病理	首次对2VO模型进行单细胞转录组分析，揭示了不同寻常的少突胶质前体细胞亚型	缺乏对其他脑区的细胞类型-specific基因表达的研究	研究缺血后海马中细胞类型特异性的分子病理	2VO小鼠模型中的海马细胞	数字病理	NA	单细胞转录组分析	2VO模型	细胞	27,069个细胞对应14种细胞类型
543	2024-08-05	Identification of Regulatory RNA-Binding Proteins Associated with Immune Infiltration in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma 2024-Aug-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300498 PMID:38912837	研究论文	本文分析了与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的替代剪接事件和调节RNA结合蛋白	介绍了新的剪接位点使用变异分析软件和科学反卷积算法，以识别重要的免疫细胞和调节RNA结合蛋白	只使用了从公共数据库下载的数据，可能未涵盖所有相关生物样本	识别与人类喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的调节RNA结合蛋白	研究对象包括20个喉癌及其旁癌组织样本	数字病理学	喉癌	RNA测序	NA	转录组数据	20个喉癌及旁癌组织样本和117个人喉癌样本
544	2024-08-05	Dysregulated energy and protein homeostasis and the loss of GABAergic amacrine cells in aging retina 2024-Aug, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.109985 PMID:38945518	研究论文	本研究阐明了C57BL/6小鼠在衰老过程中的主要视网膜神经元的转录组变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析了不同类型视网膜细胞在衰老过程中的独特变化	研究主要集中于C57BL/6小鼠，结果可能不适用于其他品系或物种	探讨衰老过程中视网膜细胞转录组的变化，以理解与衰老相关的视网膜退化机制	1.5-2个月和24-30个月大的C57BL/6小鼠的视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两组年龄小鼠(1.5-2个月与24-30个月)
545	2024-08-04	Single-cell transcriptomics of blood identified IFIT1+ neutrophil subcluster expansion in NTM-PD patients 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112412 PMID:38901242	研究论文	这项研究揭示了非结核性分枝杆菌肺病患者外周血免疫细胞的转录组特征	识别出IFIT1+中性粒细胞亚群在非结核性肺病患者中的扩张，以及其在宿主免疫防御中的潜在重要性	样本量较小，仅有六名非结核性肺病患者参与研究	解析非结核性分枝杆菌肺病患者外周血免疫细胞的转录组，以探索潜在的临床标志物	来自六名非结核性肺病患者及两名健康对照的外周血样本	数字病理学	非结核性肺病	单细胞RNA测序	NA	细胞	六名非结核性肺病患者和两名健康对照，共分析了27,898个细胞
546	2024-08-04	Selumetinib overcomes ITGA2-induced 5-fluorouracil resistance in colorectal cancer 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112487 PMID:38889513	研究论文	本研究探讨了Selumetinib如何克服ITGA2诱导的结直肠癌对5-氟尿嘧啶的耐药性	发现ITGA2与5-FU耐药性之间的关键关系，并提出了结合Selumetinib改善治疗效果的新策略	本研究的结果主要基于细胞模型，临床验证仍需进一步研究	揭示结直肠癌中5-FU耐药性机制及寻找潜在的二线治疗方法	结直肠癌细胞及其与5-FU耐药性的相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	体内和体外模型	基因组数据	使用了多个GEO数据集中的结直肠癌组织的单细胞RNA测序数据
547	2024-08-05	Integrated Bulk and Single-Cell RNA-Sequencing Reveals the Effects of Circadian Rhythm Disruption on the Metabolic Reprogramming of CD4+ T Cells in Alzheimer's Disease 2024-Aug, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-023-03907-6 PMID:38265551	研究论文	这项研究揭示了生物节律失调对阿尔茨海默病CD4+ T细胞代谢重编程的影响	提出了一种基于23个生物节律相关基因的CRDscore算法，用于有效分类阿尔茨海默病数据集中生物节律状态	缺乏对其他类型免疫细胞的深入研究	阐明生物节律相关基因对阿尔茨海默病T细胞免疫功能的影响机制	研究阿尔茨海默病中的CD4+ T细胞及其代谢	数字病理学	阿尔茨海默病	RNA测序	LASSO, SVM-RFE, RF	脑部样本	112个脑样本
548	2024-08-04	Emerging roles for stromal cells in bone metastasis 2024-Aug, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2024.100610 PMID:38984147	研究论文	本文章探讨了基质细胞在骨转移中的新兴角色	文章强调了间质干细胞在癌症与骨微环境相互作用中的广泛功能及其在癌细胞休眠和免疫肿瘤学中的作用	文章未详细描述特定的实验方法和样本大小	研究基质细胞在癌症骨转移中的作用和机制	主要研究基质干细胞（MSCs）在恶性肿瘤骨转移中的角色	数字病理学	癌症转移	空间转录组学	NA	NA	NA
549	2024-08-04	Identification of key genes and immune infiltration in peripheral blood biomarker analysis of delayed cerebral ischemia: Valproic acid as a potential therapeutic drug 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112408 PMID:38897129	研究论文	本研究开发了一种基于外周血生物标志物的预测模型，用于延迟性脑缺血的关键基因和免疫浸润的分析	该研究通过多种生物信息学分析方法识别出与延迟性脑缺血相关的关键基因，并提出了丙戊酸作为潜在的治疗药物	未提及具体的实验样本数量和潜在的研究局限性	研究延迟性脑缺血（DCI）的病因和开发新的治疗方法	通过外周血生物标志物分析识别与DCI相关的关键基因	数字病理学	心脑血管疾病	基因表达谱分析	机器学习算法	生物标志物数据	涉及六个数据集与小鼠单细胞RNA-seq数据
550	2024-08-04	Transcriptional switches in melanoma T Cells: Facilitating polarizing into regulatory T cells 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112484 PMID:38885605	研究论文	本研究揭示了黑色素瘤T细胞中的转录开关，助力于调节性T细胞的极化。	首次识别了与黑色素瘤Treg相关的新的功能分子，并通过SERS技术实现了疾病监测的新方法。	尚未明确转录因子在调节性T细胞功能中的具体作用机制。	研究调节性T细胞在黑色素瘤中的作用及其自我维持机制。	研究黑色素瘤患者的调节性T细胞及其相关转录因子。	数字病理学	黑色素瘤	SERS技术	NA	临床样本	验证在大量临床样本中
551	2024-08-05	The significance of CD8+ tumor-infiltrating lymphocytes exhaustion heterogeneity and its underlying mechanism in diffuse large B-cell lymphoma 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112447 PMID:38909497	研究论文	这篇文章探讨了CD8+肿瘤浸润淋巴细胞的耗竭异质性及其机制在弥漫大B细胞淋巴瘤中的临床意义	研究揭示了CD8+ TILs的耗竭状态存在异质性，并指出CD39/A2AR相关信号通路可能促进其转变	样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序仅有7个样本	研究CD8+ TILs的耗竭异质性及其在弥漫大B细胞淋巴瘤中的作用	CD8+ TILs在弥漫大B细胞淋巴瘤中的不同耗竭状态	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序、整体RNA测序、免疫组化、逆转录定量聚合酶链反应	NA	RNA数据	7个单细胞样本，3300个整体RNA样本，116个免疫组化样本，95个逆转录定量PCR样本，48个肿瘤细胞的体细胞突变数据
552	2024-08-05	Three-gene signature revealing the dynamics of lymphocyte infiltration in subchondral bone during osteoarthritis progression 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112431 PMID:38897125	研究论文	本研究揭示了在骨关节炎进展过程中，次软骨骨中的淋巴细胞浸润动态的三基因特征	识别出三种基因作为骨关节炎早期阶段的潜在生物标志物，并揭示了淋巴细胞浸润的主要特征	该研究的结果可能受限于所使用的数据集以及样本大小的影响	研究骨关节炎的免疫浸润变化及其相关生物标志物	关注早期和晚期骨关节炎次软骨骨中的免疫相关基因	数字病理学	骨关节炎	LASSO回归, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用GSE515188数据集的样本
553	2024-08-05	DNA damage response-related signatures characterize the immune landscape and predict the prognosis of HCC via integrating single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112475 PMID:38909498	研究论文	本文探讨了与DNA损伤反应相关的标志物如何影响肝细胞癌（HCC）的免疫特征和预后	创新性地整合了单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了与DNA损伤反应相关的预后模型	NA	探讨与DNA损伤反应相关的生物标记，以帮助预测HCC的预后和免疫特征	肝细胞癌患者的肿瘤和正常样本	数字病理学	肝癌	RNA测序	Cox和LASSO回归模型	基因表达数据	使用了单细胞RNA测序数据集GSE242889以及对应的肝细胞癌样本
554	2024-08-05	Identification of oxidative stress signatures of lung adenocarcinoma and prediction of patient prognosis or treatment response with single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112495 PMID:38901238	研究论文	本研究系统地调查了肺腺癌中的氧化应激调控模式和其与肿瘤微环境的关系	首次全面分析了肺腺癌中的氧化应激，建立了预后相关的预测模型	没有涉及氧化应激对其他肺癌亚型的影响	探讨肺腺癌中的氧化应激信号及其对患者预后或治疗反应的预测能力	针对肺腺癌患者的氧化应激相关基因进行研究	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序和总体RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	NA
555	2024-08-05	Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to unveil oxidative stress following intracerebral hemorrhage 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112449 PMID:38865753	研究论文	本研究通过机器学习算法整合了大规模和单细胞RNA数据，以揭示脑内出血后氧化应激的变化	首次结合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，以识别与脑内出血后的氧化应激相关的核心基因	研究主要基于动物实验，可能限制结果在临床上的推广性	识别与脑内出血后氧化应激相关的最佳基因，增强对该过程的理解	研究了氧化应激在脑内出血后在不同细胞层中的异质性	机器学习	脑内出血	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	机器学习算法（如极端梯度提升、Boruta、随机森林、最小绝对收缩和选择算子）	RNA数据	涉及脑内出血动物实验的样本
556	2024-08-05	Gas6-Axl signal promotes indoor VOCs exposure-induced pulmonary fibrosis via pulmonary microvascular endothelial cells-fibroblasts cross-talk 2024-Aug-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.134786 PMID:38824778	研究论文	这项研究揭示了室内挥发性有机化合物（VOCs）暴露如何通过肺微血管内皮细胞与成纤维细胞的相互作用促进肺纤维化	研究发现肺微血管内皮细胞在VOCs诱导的肺纤维化中起着关键作用，并提供了新的机制视角	该研究主要集中在小鼠模型上，可能限制了其在人类应用中的直接相关性	揭示室内VOCs暴露如何导致肺纤维化的机制	使用小鼠模型研究VOCs暴露对肺功能和肺纤维化的影响	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	细胞数据	小鼠模型
557	2024-08-05	The Transcriptional Landscape of Pericytes in Acute Ischemic Stroke 2024-Aug, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-023-01169-x PMID:37378751	研究论文	本研究探讨了急性缺血性中风中周细胞的转录组特征	首次揭示了缺血性中风后周细胞特有的转录变化和潜在的治疗靶点	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全代表人类缺血性中风的复杂性	改善缺血性中风的治疗效果，寻找新的治疗靶点	急性缺血性中风中的周细胞	数字病理学	缺血性中风	单细胞RNA测序	小鼠模型	转录组数据	通过中动脉闭塞模型获得的样本在1小时、12小时和24小时后进行分析
558	2024-08-04	Immunophenotypic characterization of leukemic stem cells in acute myeloid leukemia using single tube 10-colour panel by multiparametric flow cytometry: Deciphering the spectrum, complexity and immunophenotypic heterogeneity 2024-Aug, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14250 PMID:38456256	研究论文	本研究通过多参数流式细胞术对急性髓性白血病中的白血病干细胞进行免疫表型特征的全面分析。	提出了一种单管10色多参数流式细胞术面板，能够轻松、可重复地区分白血病干细胞和正常造血干细胞，并揭示了免疫表型的异质性。	研究中样本数量有限，且对不同亚群的区分可能受到样本特征的影响。	探讨急性髓性白血病中白血病干细胞的免疫表型特征及其异质性。	急性髓性白血病患者的骨髓抽取样本。	数字病理	急性髓性白血病	多参数流式细胞术（MFC）和单细胞测序	NA	生物样本（骨髓抽取样本）	从255个样本中评估225个白血病干细胞和183个正常造血干细胞
559	2024-08-04	Integrating bulk and single-cell sequencing reveals metastasis-associated CAFs in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Aug-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.122768 PMID:38851417	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞(CAFs)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)转移中的作用	首次识别出与HNSCC转移相关的CAFs中的基因，具体验证了TIMPI1在转移CAF中的上调及其对HNSCC细胞转移的影响	未详细探讨CAFs在HNSCC转移中的其他潜在机制	识别与HNSCC转移相关的CAFs中的基因，并评估其对转移的影响	主要研究头颈部鳞状细胞癌的CAFs及其转移相关基因	数字病理学	头颈癌	单细胞和大规模RNA测序	LASSO回归分析	RNA序列数据	来自转移性和非转移性CAFs的细胞和组织样本
560	2024-08-04	GJA4 expressed on cancer associated fibroblasts (CAFs)-A 'promoter' of the mesenchymal phenotype 2024-Aug, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102009 PMID:38833783	研究论文	研究发现癌相关成纤维细胞上的GJA4能够促进结直肠癌的间充质表型。	揭示了GJA4在肿瘤基质中的致恶机制和其与M2巨噬细胞的协同作用。	未详细探讨GJA4对肿瘤微环境中其他细胞类型的影响。	探讨GJA4在促进结直肠癌中的作用和机制。	结直肠癌（CRC）中的癌相关成纤维细胞（CAFs）。	数字病理学	结直肠癌	单细胞分析、空间转录组学、免疫荧光染色等	NA	组织样本	涉及的样本数量未指定