单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-08-07	Establishment of a CD8+ T cells-related prognostic risk model for acral melanoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2024-Aug, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13900 PMID:39093712	研究论文	本研究基于单细胞和批量RNA测序数据，建立了与肢端黑色素瘤预后相关的CD8+ T细胞风险模型。	首次利用单细胞RNA测序技术探索肢端黑色素瘤中免疫细胞的组成差异，并构建了基于CD8+ T细胞差异表达基因的预后风险评分模型。	研究主要基于TCGA-SKCM队列，可能需要进一步的跨队列验证以增强模型的泛化能力。	旨在通过识别CD8+ T细胞相关基因的表达水平，建立肢端黑色素瘤患者的预后模型。	研究对象为肢端黑色素瘤中的CD8+ T细胞及其相关基因。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	Lasso-Cox方法	RNA测序数据	使用了TCGA-SKCM队列的数据，具体样本数量未在摘要中明确。
502	2024-08-07	Single-cell Atlas of Penile Cancer Reveals TP53 Mutations as a Driver of an Aggressive Phenotype, Irrespective of Human Papillomavirus Status, and Provides Clues for Treatment Personalization 2024-Aug, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2024.03.038 PMID:38670879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）中TP53失活突变与人类乳头瘤病毒（HPV）状态对肿瘤微环境转录组差异的影响	首次使用单细胞RNA测序技术构建了阴茎癌的细胞图谱，揭示了TP53突变与HPV状态对PSCC生物学特性的影响	单细胞RNA测序分析存在样本量较小的问题，需要在大规模PSCC队列中验证这些特征	描述基于TP53失活突变和HPV状态的PSCC微环境中的转录组差异	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）及其微环境中的细胞亚型	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	包括6个HPV+ TP53野生型（WT）、6个HPV- TP53WT和4个TP53失活（LOF）PSCC样本及6个对照样本，以及541名PSCC患者的生存数据
503	2024-08-07	scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models 2024-Aug-02, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554 PMID:39093668	研究论文	本文介绍了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型来填补单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值	scIDPMs通过识别基因表达特征来确定缺失值的位置，并利用深度神经网络和注意力机制来优化填补过程，有效捕捉全局基因表达特征	NA	解决单细胞RNA测序数据中因缺失值（dropout事件）导致的下游分析准确性问题	单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	扩散概率模型	基因表达数据	使用模拟和真实的单细胞RNA测序数据集进行评估
504	2024-08-07	Anti-EGFR Antibody-Drug Conjugate Carrying an Inhibitor Targeting CDK Restricts Triple-Negative Breast Cancer Growth 2024-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-3110 PMID:38772416	研究论文	本研究探讨了一种基于西妥昔单抗的抗体药物偶联物（ADC），该ADC携带CDK抑制剂SNS-032，用于靶向EGFR表达的细胞，以限制三阴性乳腺癌的生长	本研究创新性地结合了EGFR抗体和CDK抑制剂，通过ADC的形式实现对EGFR高表达肿瘤细胞的选择性杀伤，同时减少对免疫细胞的影响	尽管ADC在体外和体内实验中显示出良好的抗肿瘤效果，但其长期疗效和安全性仍需进一步的临床研究验证	旨在开发一种新的治疗策略，通过靶向EGFR和细胞周期调控，有效治疗三阴性乳腺癌	三阴性乳腺癌细胞及其在体内的生长情况	数字病理学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	转录组数据、单细胞RNA数据、空间转录组数据	6,173个原发性肿瘤样本，27个基线和匹配的化疗后残留肿瘤样本，150,290个细胞，27个未经治疗的肿瘤样本，43个肿瘤切片，22个三阴性乳腺癌样本
505	2024-08-05	A novel mechanism of ferroptosis inhibition-enhanced atherosclerotic plaque stability: YAP1 suppresses vascular smooth muscle cell ferroptosis through GLS1 2024-Aug-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401251R PMID:39091212	研究论文	本研究揭示了通过YAP1抑制血管平滑肌细胞的铁死亡以增强动脉粥样硬化斑块的稳定性的新机制	本研究首次阐明了YAP1/GLS1轴在动脉粥样硬化斑块稳定性中的关键作用	本研究的局限性在于主要基于动物模型，尚需进一步在人类中验证	研究铁死亡在动脉粥样硬化斑块稳定性中的作用及其机制	动脉粥样硬化斑块中的血管平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	NA	在Apoe小鼠模型中进行了实验
506	2024-08-04	Evolving concepts in meningioma management in the era of genomics 2024-Aug-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35279 PMID:38753473	综述	本文探讨了基因组时代脑膜瘤管理的新概念	通过分子分析方法，识别具有不良预后的脑膜瘤患者	研究主要为综述性，缺乏原始数据支持	帮助读者理解脑膜瘤的分子特征，以制定管理和监测策略	相关的脑膜瘤患者及其分子特征	数字病理	NA	分子测序、DNA甲基化、蛋白质组学、单细胞测序	NA	NA	NA
507	2024-08-04	Integrated multi-omics profiling landscape of organising pneumonia 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1782 PMID:39083563	研究论文	本研究探讨了脂质代谢重编程在组织性肺炎中的作用，重点关注炎症和纤维化	揭示了组织性肺炎与脂质代谢重编程之间的显著关联，并首次确定了CD36在这一过程中的重要角色	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的病理机制	研究脂质代谢重编程在组织性肺炎中的病理生理意义	组织性肺炎小鼠模型及其巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、Visium CytAssist空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学和质谱	NA	组织样本	组织性肺炎小鼠模型的组织样本
508	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals CD8+ T cell structure and developmental trajectories in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-Aug, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.06.008 PMID:38936318	研究论文	这篇文章研究了在特发性肺纤维化中CD8+ T细胞的结构和发育轨迹	使用单细胞转录组技术揭示了特发性肺纤维化患者中CD8+ T细胞的代谢特征和相关信号通路	样本量较小，仅包含5名IPF患者和3名无纤维化肺的受试者	探讨不同免疫细胞亚群在特发性肺纤维化发病机制中的作用	特发性肺纤维化患者中的CD8+ T细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8个样本（5名IPF患者和3名无纤维化肺的受试者）
509	2024-08-04	Discovery of a monoclonal, high-affinity CD8+ T-cell clone following natural hepatitis C virus infection 2024-Aug, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12791 PMID:38855806	研究论文	本文发现了一种针对丙型肝炎病毒（HCV）衍生的人类白细胞抗原（HLA）I类表位的单克隆CD8 T细胞群体	文章创新性在于首次直接从丙型肝炎自发愈合个体中分离出特异性的单克隆CD8 T细胞群体，并且该细胞群体在感染后扩增和稳定维持了至少两年	本文未提及研究对象的多样性和样本规模的局限性	研究目标是识别和分析特定针对HCV的高亲和力T细胞克隆	研究对象为一名经历急性HCV感染并随后的自发愈合的个体	免疫学	丙型肝炎	单细胞测序	NA	细胞数据	1名个体
510	2024-08-05	Endothelial cell diversity: the many facets of the crystal 2024-Aug, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.16660 PMID:36266750	研究论文	内皮细胞的分子异质性在不同器官和病理条件下受到关注	文章探讨了内皮细胞在各种器官和相同血管中的独特分子特征和机制	并未详细说明研究的具体限制	揭示内皮细胞的多样性及其在生理和病理状态下的作用	内皮细胞及其在不同器官和病理条件下的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	NA	NA
511	2024-08-05	Single-cell transcriptomic sequencing analysis of mechanistic insights into the IFN-γ signaling pathway in different tumor cells 2024-Aug-01, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03574-6 PMID:39090422	研究论文	本研究探讨了不同肿瘤微环境中干扰素伽马（IFN-γ）信号通路与患者预后的关系及其在肿瘤细胞中的调控机制	首次揭示了IFN-γ信号通路在不同肿瘤类型中的正负调控差异及其在肿瘤细胞和免疫细胞中的重要作用	本研究主要集中在TCGA和GEO数据库的数据分析，可能对其他病例或数据来源的外推能力有限	研究IFN-γ信号通路在不同肿瘤微环境中的作用及其对患者预后的影响	不同类型肿瘤中的肿瘤细胞及其微环境中的免疫和基质细胞	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	单细胞RNA测序	文本	利用TCGA和GEO数据库的数据进行分析
512	2024-08-05	Unveiling major histocompatibility complex-mediated pan-cancer immune features by integrated single-cell and bulk RNA sequencing 2024-Aug-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217062 PMID:38878852	研究论文	本研究通过整合单细胞和大规模RNA测序揭示了主要组织相容性复合体介导的全癌症免疫特征	开发了MHC转录特征(MHC.sig)，并展示其作为普遍性的全癌症抗肿瘤免疫标记的潜力	未提及潜在的局限性	全面探索主要组织相容性复合体在癌症免疫疗法中的作用	分析了663,760个细胞的单细胞RNA测序数据以及30种实体肿瘤类型	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序，Bulk RNA-seq，空间转录组分析	NA	RNA测序数据	663,760个细胞和30种实体肿瘤类型
513	2024-08-07	Corrigendum to "scRNA-Seq and imaging mass cytometry analyses unveil iNKT cells-mediated anti-tumor immunity in pancreatic cancer liver metastasis" [Cancer Lett. (2023 May 1) 561 216149] 2024-Aug-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217071 PMID:38971695	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
514	2024-08-04	Blockade of Discoidin Domain Receptor Signaling with Sitravatinib Reveals DDR2 as a Mediator of Neuroblastoma Pathogenesis and Metastasis 2024-Aug-01, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0741 PMID:38670553	研究论文	本研究揭示了DDR2作为神经母细胞瘤发病机制和转移的介导者。	此文首次定义了DDR2在神经母细胞瘤中的新功能，以及sitravatinib作为其治疗剂的潜力。	研究仅在特定的肿瘤模型中进行，可能无法全面反映在临床中的效果。	研究sitravatinib对神经母细胞瘤的影响及其作用机制。	主要研究对象为神经母细胞瘤及其相关的受体酪氨酸激酶。	数字病理学	神经母细胞瘤	NA	肿瘤模型	单细胞测序数据	使用了不同的肿瘤相关模型，包括转基因小鼠和人类异种移植
515	2024-08-04	Spatial enrichment and genomic analyses reveal the link of NOMO1 with amyotrophic lateral sclerosis 2024-Aug-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae123 PMID:38643019	研究论文	本研究揭示了NOMO1与运动神经元疾病（ALS）之间的关联	使用Entropy加权的差异基因表达矩阵工具SpatialE，首次在运动皮层中识别ALS相关基因的空间富集	本研究主要依赖于有限的样本量及特定脑区的分析，未能全面涵盖所有与ALS相关的区域	旨在研究运动皮层中ALS相关基因的空间分布和与ALS风险的关系	本研究分析了6814名ALS患者和3324名对照的基因组数据	数字病理学	运动神经元疾病	全基因组测序和空间转录组学	NA	基因组数据和转录组数据	6814名ALS患者和3324名对照
516	2024-08-05	Synovial 5-Lipoxygenase-Derived Oxylipins Define a Lympho-Myeloid-Enriched Synovium 2024-Aug, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42848 PMID:38508862	研究论文	本研究探讨了合成的氧脂类在炎症关节中的作用及其与血浆中的氧脂类的关系	本研究首次揭示了滑膜5-脂氧合酶衍生的氧脂类在淋巴-骨髓丰富的滑膜中的高表达	研究样本数量较小，可能影响结果的广泛适用性	确定滑膜氧脂类在炎症关节与血浆氧脂类及滑膜组织学模式的相关性	确诊的类风湿关节炎或银屑病关节炎患者的滑膜组织和血浆样本	数字病理学	风湿性关节炎	液相色谱串联质谱	NA	血浆和滑膜组织样本	32个滑膜组织样本和26个配对血浆样本
517	2024-08-05	Single-cell atlas profiling revealed cellular characteristics and dynamic changes after PD-1 blockade therapy of brain metastases from laryngeal squamous cell carcinoma 2024-Aug-01, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-05064-3 PMID:39085744	研究论文	这篇文章分析了喉部鳞状细胞癌脑转移的单细胞特征及PD-1阻断治疗后的动态变化	首次揭示了PD-1治疗对喉部鳞状细胞癌脑转移的细胞特征及转录组的影响	样本量和肿瘤复杂性可能限制了结果的普遍性	探讨PD-1免疫疗法对喉部鳞状细胞癌脑转移的效果	配对的转移肿瘤样本和主要的喉部鳞状细胞癌数据集	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	配对转移肿瘤样本（具体数量未提供）
518	2024-08-05	Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis 2024-Aug-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011 PMID:38768394	研究论文	该研究探讨了与免疫相关心肌炎和肌炎不良临床结果相关的分子通路和细胞亚群	本研究通过单细胞RNA测序揭示了心肌炎和肌炎中的细胞亚群及其潜在的分子机制，提出了新的治疗靶点	样本量相对较小，仅包含10例重叠心肌炎和肌炎患者	探索免疫检查点疗法引起的心肌炎和肌炎背后的分子机制	心肌炎和肌炎患者的心脏和骨骼肌活检样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞样本	总共20个样本（心肌炎与肌炎重叠患者10个，心肌炎单独患者1个，控制组9个）
519	2024-08-05	Single-Cell Analyses Reveal the Metabolic Heterogeneity and Plasticity of the Tumor Microenvironment during Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Progression 2024-Aug-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1344 PMID:38718319	研究论文	本研究揭示了头颈部鳞状细胞癌进展过程中肿瘤微环境的代谢异质性和可塑性	确定了SPP1+巨噬细胞作为一种具有高果糖和甘露糖代谢的致瘤和促转移的巨噬细胞亚型	没有提供数据样本的长期随访信息	定义头颈部鳞状细胞癌发展过程中的肿瘤微环境代谢景观	对26个人类患者样本进行单细胞RNA测序	数字病理	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	组织样本	26个样本，包含正常组织、癌前病变、早期癌症、晚期癌症、淋巴结转移和复发肿瘤
520	2024-08-05	Cellular and molecular landscape of primary dermatofibrosarcoma protuberans: Insights from single-cell RNA sequencing analysis 2024-Aug, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15121 PMID:39081004	研究论文	这项研究利用单细胞 RNA 测序分析了原发性皮肤纤维肉瘤的细胞和分子特征。	研究揭示了原发性皮肤纤维肉瘤的细胞异质性及其分子机制，并建议了潜在的治疗靶点。	研究可能受到样本数量和特定细胞类型的限制。	研究疾病皮肤纤维肉瘤的细胞和分子特征，以了解其生物学行为。	主要研究皮肤纤维肉瘤中的细胞群体及其相互作用。	数字病理学	皮肤癌	单细胞 RNA 测序	NA	基因表达数据	NA