单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-08-09	Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors 2024-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773 PMID:39044395	研究论文	本文介绍了一种高灵敏度的方法，用于同时定量和空间检测固定在石蜡中的组织切片上的七种微小RNA（miRNA），并展示了该方法在鼠乳腺癌中的应用。	本文采用滚动循环扩增（RCA）与双扫描方法结合，在纳升孔阵列中嵌入水凝胶柱，实现了对miRNA的高灵敏度空间检测，具有广泛的动态范围和低检测限。	NA	开发一种高灵敏度的方法，用于空间检测和定量miRNA，以提高从样本中获取的信息量。	微小RNA（miRNA）在鼠乳腺癌中的空间表达。	数字病理学	乳腺癌	滚动循环扩增（RCA）	NA	图像	固定在石蜡中的组织切片
462	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in tuberculosis: Application and future perspectives 2024-Aug-06, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003095 PMID:39111829	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结核病（TB）研究中的应用及其未来展望	强调了scRNA-seq在结核病临床生物标志物探索、宿主导向治疗和精准治疗研究中的潜力	讨论了scRNA-seq在结核病相关研究广泛应用中需要克服的瓶颈	探讨scRNA-seq在结核病研究中的应用及其未来发展方向	结核病及其免疫反应机制	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	大量单个细胞
463	2024-08-09	scPriorGraph: constructing biosemantic cell-cell graphs with prior gene set selection for cell type identification from scRNA-seq data 2024-Aug-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03357-w PMID:39103856	研究论文	本文介绍了一种名为scPriorGraph的双通道图神经网络，用于整合多层次基因生物语义，以提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	scPriorGraph通过构建生物语义细胞-细胞图并结合先验基因集选择，有效利用了基因间的生物学意义关系，从而提高了细胞类型识别的准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	图神经网络	基因表达数据	NA
464	2024-08-09	Machine learning-based biomarker screening for acute myeloid leukemia prognosis and therapy from diverse cell-death patterns 2024-08-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68755-3 PMID:39090256	研究论文	本文利用13种程序性细胞死亡途径和73种机器学习组合，开发了一种预测急性髓系白血病（AML）临床结果和药物反应的6基因指数（PPCDI）	开发了一种新的6基因指数（PPCDI），该指数通过综合分析多种程序性细胞死亡途径，显示出预测AML患者临床预后和药物敏感性表型的潜力	NA	开发一种新的生物标志物，用于预测急性髓系白血病的临床预后和药物反应	急性髓系白血病患者	机器学习	白血病	RNA测序	机器学习模型	转录组数据	使用了来自TCGA-AML、Tyner和GSE37642-GPL96队列的bulk RNA测序和单细胞RNA测序转录组数据以及匹配的临床病理信息
465	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Debiased Clustering via Batch Effect Disentanglement 2024-Aug, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2023.3260003 PMID:37030864	研究论文	提出了一种名为SCDC的端到端单细胞RNA测序去偏差聚类方法，通过解开生物信息和非生物信息来处理批次效应	SCDC方法在处理含有批次效应的单细胞RNA测序数据时，在质量和数量上都优于现有的聚类和批次整合方法	NA	克服单细胞RNA测序数据中批次效应带来的挑战	单细胞RNA测序数据中的批次效应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	涉及六个分析
466	2024-08-09	Metastasis-associated fibroblasts in peritoneal surface malignancies 2024-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02717-4 PMID:38783165	研究论文	本文探讨了腹膜表面恶性肿瘤（PSMs）中与转移相关的成纤维细胞（MAFs）的作用及其异质性	利用单细胞RNA测序技术揭示了免疫调节性癌相关成纤维细胞（iCAFs）在PSMs中的普遍性，并探讨了其他主要亚型如肌成纤维细胞样CAFs（myCAFs）和基质CAFs（mCAFs）的分布	NA	旨在理解腹膜MAFs与肿瘤细胞间的复杂相互作用，以开发针对性和局部治疗策略，改善PSMs患者的治疗效果	腹膜表面恶性肿瘤中的转移相关成纤维细胞及其亚型	NA	腹膜表面恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
467	2024-08-09	Dynamic intrauterine crosstalk promotes porcine embryo implantation during early pregnancy 2024-Aug, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2557-x PMID:38748354	研究论文	本文全面分析了猪胚胎植入期胚胎和相应母体子宫内膜的单细胞转录组，识别了胚胎中的四种不同谱系和子宫内膜中的13种细胞类型，并开发了一种新工具ExtraCellTalk来生成母胎交叉对话的动态图谱。	本文开发了新工具ExtraCellTalk，并识别了跨物种保守的RBP4/STRA6通路，为胚胎植入过程中的母胎交叉对话提供了新的见解。	NA	研究胚胎植入过程中胚胎与母体的动态交叉对话。	猪胚胎植入期胚胎和母体子宫内膜的细胞类型及其基因表达。	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	猪胚胎植入期胚胎和相应母体子宫内膜的细胞样本
468	2024-08-09	Spock2 Functions as a Key Time-Series Gene of Endothelial Cells in Sepsis-Induced Cardiomyopathy 2024-Aug-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/FJC.0000000000001577 PMID:39115722	研究论文	本研究旨在探讨脓毒症诱导的心肌病的发病机制，通过分析不同时间点的转录组数据和单细胞测序数据，鉴定了与时间序列相关的差异表达基因，并验证了SPOCK2在脓毒症心肌病中的保护作用	通过加权基因共表达网络分析、时间序列分析和差异表达分析，结合单细胞测序数据，鉴定了特定于内皮细胞的差异表达基因	NA	探讨脓毒症诱导的心肌病的发病机制	内皮细胞在脓毒症诱导的心肌病中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	使用GSE171546数据分析了不同时间点的转录组数据，GSE207363数据用于单细胞测序分析
469	2024-08-08	Neutrophil Heterogeneity Is Modified during Acute Lung Inflammation in Apoa1-/- Mice 2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300459 PMID:38912868	研究论文	本研究评估了载脂蛋白A-I是否通过改变中性粒细胞异质性来减轻急性气道炎症的机制	通过单细胞RNA测序揭示了Apoa1-/-小鼠在LPS+HDM诱导的急性肺炎症中中性粒细胞和巨噬细胞群的特定增加以及共同促炎基因表达的增强	NA	探讨载脂蛋白A-I在急性气道炎症中对中性粒细胞异质性的影响	Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠在LPS+HDM诱导的急性肺炎症中的中性粒细胞和巨噬细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠的支气管肺泡灌洗液中的细胞
470	2024-08-08	Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model 2024-Aug-07, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae091 PMID:38809088	研究论文	本文通过建立一个基于细胞谱系的模型，研究了植物分枝过程中体细胞表观遗传漂移的现象	提出了一个特殊的分离分生组织模型，其中前体细胞从茎顶端分生组织（SAM）外围随机采样，以最大化细胞谱系独立性	NA	研究植物分枝过程中体细胞表观遗传漂移及其对DNA甲基化异质性的影响	植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂移	数字病理学	NA	NA	细胞谱系模型	NA	NA
471	2024-08-08	Immunotherapy drives mesenchymal tumor cell state shift and TME immune response in glioblastoma patients 2024-Aug-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae085 PMID:38695342	研究论文	研究探讨了免疫疗法在胶质母细胞瘤患者中诱导间质肿瘤细胞状态转变及肿瘤微环境免疫反应的机制	首次通过单细胞分辨率的表型和转录组动态分析，揭示了免疫检查点抑制剂治疗后肿瘤细胞和肿瘤微环境的特定侵袭性表型特征	研究样本量有限，且仅限于临床试验中的患者，可能影响结果的普遍性	旨在识别免疫疗法抵抗机制，以设计新的治疗策略	胶质母细胞瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗后的肿瘤细胞和肿瘤微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	76个肿瘤样本，以及298个外部胶质母细胞瘤数据集
472	2024-08-08	Insights of immune cell heterogeneity, tumor-initiated subtype transformation, drug resistance, treatment and detecting technologies in glioma microenvironment 2024-Aug-05, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.033 PMID:39097088	综述	本文综述了胶质瘤微环境中四种主要免疫细胞（中性粒细胞、巨噬细胞、淋巴细胞、髓源性抑制细胞等）的亚型标记、胶质瘤诱导的免疫细胞亚型转化、各亚型影响化疗抵抗的机制、靶向免疫细胞的治疗方法以及免疫细胞相关的单细胞测序技术	详细分析了化疗抵抗的机制，并发现了有前景的免疫治疗靶点，探索了结合放疗、化疗和手术的新型免疫治疗策略	NA	全面总结胶质瘤诱导免疫细胞亚型转化的确切机制，并探讨单细胞测序在探索胶质瘤中免疫细胞亚型进展的应用	胶质瘤微环境中的免疫细胞及其亚型	NA	脑瘤	单细胞测序	NA	细胞	NA
473	2024-08-08	Histone deacetylases facilitate Th17-cell differentiation and pathogenicity in autoimmune uveitis via CDK6/ID2 axis 2024-Aug-05, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.029 PMID:39107200	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验性自身免疫性葡萄膜炎模型，探讨了组蛋白去乙酰化酶（HDACs）及其下游分子机制在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中的作用。	首次揭示了HDACs通过CDK6/ID2轴促进Th17细胞分化和致病性在AU中的作用，并提出了一种有前景的治疗策略。	NA	揭示自身免疫性葡萄膜炎的发病机制并开发更有效的治疗方法。	自身免疫性葡萄膜炎患者的外周血单个核细胞和实验性自身免疫性葡萄膜炎模型。	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术，siRNA，特定抑制剂，过继转移实验	NA	细胞	来自AU患者的PBMCs和实验性自身免疫性葡萄膜炎模型的免疫细胞
474	2024-08-08	scTab: Scaling cross-tissue single-cell annotation models 2024-Aug-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51059-5 PMID:39098889	研究论文	本文提出了一种名为scTab的自动化细胞类型预测模型，专门针对表格数据，并使用一种新颖的数据增强方案在大量单细胞RNA-seq数据集上进行训练	scTab模型能够处理大规模数据集，并在跨组织细胞注释中表现出良好的泛化能力，同时数据增强方案提高了模型的泛化性能	NA	开发一种能够在大规模单细胞RNA-seq数据集上进行跨组织细胞类型预测的自动化模型	单细胞RNA-seq数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经网络	表格数据	2220万细胞
475	2024-08-08	Spatial transcriptome reveals the region-specific genes and pathways regulated by Satb2 in neocortical development 2024-Aug-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10672-w PMID:39095712	研究论文	本研究利用空间转录组学和免疫染色技术，系统研究了Satb2基因在不同新皮质区域发育中的区域特异性基因调控。	首次全面描绘了Satb2基因在新皮质发育中的空间调控途径，并揭示了其在不同区域的具体调控基因和通路。	研究主要集中在胚胎阶段的Satb2+/+和Satb2-/-小鼠，未涉及成年阶段或其他相关基因的影响。	探究Satb2基因在新皮质发育中的区域特异性基因调控及其相关通路。	Satb2+/+和Satb2-/-小鼠的新皮质区域，包括室管膜区（VZ）、室下区（SVZ）、中间区（IZ）和皮质板（CP）。	数字病理学	神经发育障碍	空间转录组学，免疫染色	NA	转录组数据	Satb2+/+和Satb2-/-小鼠的胚胎阶段样本
476	2024-08-08	Genome-wide CRISPR screening identifies tyrosylprotein sulfotransferase-2 as a target for augmenting anti-PD1 efficacy 2024-Aug-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02068-x PMID:39095793	研究论文	本文通过全基因组CRISPR筛选，发现酪氨酰蛋白磺基转移酶-2（TPST2）是增强抗PD1疗效的潜在靶点	首次揭示了TPST2在癌症免疫中的抑制作用，并提出其作为免疫检查点疗法治疗靶点的可能性	NA	探索影响抗PD1反应性的肿瘤细胞内在因素，并评估TPST2在癌症免疫中的具体作用	TPST2在癌症免疫中的作用及其作为治疗靶点的潜力	NA	NA	CRISPR筛选，共免疫沉淀，质谱分析，RNA测序	NA	基因组数据，蛋白质数据，RNA数据	在人源化小鼠中进行实验，使用同基因小鼠肿瘤模型进行验证
477	2024-08-08	Bioengineered human colon organoids with in vivo-like cellular complexity and function 2024-Aug-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.05.007 PMID:38876106	研究论文	本文介绍了一种新型的人类结肠类器官模型——“迷你结肠”，通过结合类器官和芯片上的器官技术，实现了与体内组织高度相似的细胞复杂性和功能	采用非对称刺激与生长因子结合的方法，显著增强了组织寿命，并模拟了体内细胞类型的多样性和排列	NA	开发一种能够精确模拟人体肠道生理和病理的先进类器官模型	人类结肠类器官及其在肠道生理和病理研究中的应用	生物工程	NA	单细胞RNA测序	类器官模型	细胞	NA
478	2024-08-08	Lipid Deficiency Contributes to Impaired Alveolar Progenitor Cell Function in Aging and Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0290OC PMID:38657143	研究论文	本研究评估了脂质代谢在特发性肺纤维化（IPF）患者和健康捐赠者肺泡II型细胞（AEC2s）中的作用，并探讨了脂质补充和PPARγ激活对AEC2s干细胞更新能力的影响。	首次揭示了IPF和老年小鼠肺泡II型细胞中脂质代谢的缺陷，并证明了脂质补充和PPARγ激活可以促进AEC2s的干细胞更新能力。	研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在临床试验中验证脂质补充和PPARγ激活的治疗效果。	探讨脂质代谢在特发性肺纤维化和衰老中的作用，并寻找可能的治疗策略。	特发性肺纤维化患者和健康捐赠者的肺泡II型细胞，以及老年和年轻小鼠的肺泡II型细胞。	NA	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序，免疫荧光染色，流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞脂质含量数据	包括IPF患者和健康捐赠者的肺泡II型细胞，以及老年和年轻小鼠的肺泡II型细胞。
479	2024-08-08	scHD4E: Novel ensemble learning-based differential expression analysis method for single-cell RNA-sequencing data 2024-Aug, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108769 PMID:38897145	研究论文	本文提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scHD4E	scHD4E方法通过选择表现最佳的四种独立分析方法进行集成，相较于单一方法和现有的scDEA方法，在准确性和稳定性上表现更优	NA	旨在提出一种新的基于集成学习的差异表达分析方法scHD4E	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	集成学习	数据集	使用了五个实验数据集和一个模拟数据集进行评估
480	2024-08-08	Integrating single-cell transcriptomics and machine learning to predict breast cancer prognosis: A study based on natural killer cell-related genes 2024-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18549 PMID:39098994	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组数据与机器学习方法，利用自然杀伤细胞相关基因（NKRGs）建立了一个预测乳腺癌预后的模型	本研究首次利用NKRGs结合机器学习算法，开发了一种新的乳腺癌风险评估和个性化治疗模型	NA	建立一个基于自然杀伤细胞相关基因的预测乳腺癌预后的模型	自然杀伤细胞相关基因在乳腺癌预后中的作用	机器学习	乳腺癌	单细胞转录组	Lasso + RSF	转录组数据	44个显著表达的NKRGs，9个关键NKRGs