单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-08-07	Lung Single-Cell Transcriptomics in Alpha-1 Antitrypsin Deficiency 2024-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0064LE PMID:39087828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
462	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals that an imbalance in monocyte subsets rather than changes in gene expression patterns is a feature of postmenopausal osteoporosis 2024-Aug-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae065 PMID:38652170	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了绝经后骨质疏松症患者骨髓单核细胞的基因表达模式和亚群比例变化	首次揭示了绝经后骨质疏松症中单核细胞亚群比例失衡而非基因表达模式变化是其特征	研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本以增强结论的普遍性	探究绝经后骨质疏松症中单核细胞重编程的机制	绝经后骨质疏松症患者的骨髓单核细胞	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6名参与者（3名正常骨密度和3名绝经后骨质疏松症患者）
463	2024-08-07	Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50613-5 PMID:39095341	研究论文	本文评估了十种单细胞RNA测序（scRNA-seq）批次校正技术在图像细胞分析中的表现	提出了一个新的基准框架和评估指标，用于未来批次校正方法的评估	NA	解决不同实验室和设备间图像细胞分析数据集成和解释的批次效应问题	十种scRNA-seq批次校正技术在Cell Painting数据集上的表现	计算机视觉	NA	scRNA-seq	NA	图像	数十亿个细胞，数千种扰动
464	2024-08-07	Unveiling novel double-negative prostate cancer subtypes through single-cell RNA sequencing analysis 2024-Aug-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00667-x PMID:39095562	研究论文	本研究通过整合多个来源的单细胞RNA测序数据，建立了人类和小鼠的前列腺单细胞图谱，并识别出两种新的双阴性前列腺癌亚型	首次通过单细胞RNA测序技术识别出两种新的双阴性前列腺癌亚型，并开发了一个用于可视化基因表达的网络应用	NA	揭示前列腺癌中未被识别的亚型，为临床诊断和治疗提供新策略	前列腺癌的亚型及其分子特征	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个公开可用的队列和本研究团队生成的数据
465	2024-08-07	The cell fates of intermediate cell population in prostate development 2024-Aug, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2024.100182 PMID:39100536	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析新生泌尿生殖窦组织，揭示了前列腺中间细胞在前列腺发育中的身份、命运和功能	发现了前列腺中间细胞在前列腺发育中从表达神经内分泌标记物的中间细胞向神经内分泌细胞的转变，并展示了这些细胞具有显著的干细胞能力	NA	探究前列腺中间细胞在前列腺发育中的身份、命运和功能	前列腺中间细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	新生泌尿生殖窦组织
466	2024-08-07	FLT3+ DC inhibits immune rejection via interaction with Treg in liver transplantation 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112289 PMID:38889505	研究论文	研究探讨了FLT3+ DC在肝脏移植中通过与Treg相互作用抑制免疫排斥的作用	首次揭示了FLT3DCs与调节性T细胞（Tregs）在肝脏移植中的关系，并提出FLT3DCs可能成为减轻肝脏移植免疫排斥的新靶点	NA	研究FLT3DCs在肝脏移植中的免疫调节作用	FLT3+ DCs和调节性T细胞（Tregs）	NA	肝脏移植	单细胞测序	NA	细胞	包括肝脏移植患者的外周血样本和肝脏组织，以及肝脏移植小鼠模型
467	2024-08-07	Akt is a mediator of artery specification during zebrafish development 2024-Aug-05, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202727 PMID:39101673	研究论文	本文研究了蛋白激酶B（Akt）在斑马鱼发育过程中对背主动脉（DA）形成的作用	揭示了Akt激酶在动脉内皮细胞中作为Notch信号通路上游的作用，并参与正确胚胎动脉的形成	NA	探究Akt在斑马鱼胚胎心血管系统中对背主动脉形成的作用	斑马鱼胚胎的背主动脉形成过程	NA	先天性畸形	单细胞RNA测序	NA	图像	四重突变体（aktΔ/Δ）中的akt 1, 2, 3a, 和 3b基因表达和活性显著降低的斑马鱼胚胎
468	2024-08-07	Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50877-x PMID:39095390	研究论文	本研究通过生成含有健康细胞或亨廷顿病（HD）细胞的端脑类器官，探讨了细胞间的非细胞自主机制对HD细胞表型的影响	首次揭示了健康细胞在混合类器官中对HD细胞身份、发育轨迹、突触密度及通信途径的恢复作用	NA	探讨亨廷顿病中细胞间的非细胞自主机制及其对疾病进展和治疗的影响	亨廷顿病细胞与健康细胞在端脑类器官中的相互作用	数字病理学	亨廷顿病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
469	2024-08-07	Exploring prognostic DNA methylation genes in bladder cancer: a comprehensive analysis 2024-Aug-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01206-7 PMID:39095590	研究论文	本研究旨在探讨膀胱癌中具有预后DNA甲基化位点的基因状态	利用多种机器学习算法筛选关键基因，并构建Nomogram模型进行预后评估和药物敏感性分析	NA	探索膀胱癌中预后DNA甲基化基因，为预后评估和药物选择提供参考	膀胱癌中的DNA甲基化基因	数字病理学	膀胱癌	甲基化测序	Nomogram	基因组数据	来自公共数据库的膀胱癌bulk转录组测序数据、甲基化数据和单细胞测序数据
470	2024-08-07	Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts 2024-Aug-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02062-3 PMID:39095854	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了肝细胞癌（HCC）恶性细胞的异质性景观，并识别了促进转移的亚型及其与成纤维细胞的相互作用	首次建立了HCC恶性细胞的异质性景观，并识别了三种不同的肿瘤细胞亚型，包括促进转移的亚型，以及该亚型与成纤维细胞之间的正反馈循环	NA	揭示肝细胞癌肿瘤细胞的异质性及其对肿瘤进展和转移的机制	肝细胞癌（HCC）的肿瘤细胞异质性	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据
471	2024-08-07	Infiltrating lipid-rich macrophage subpopulations identified as a regulator of increasing prostate size in human benign prostatic hyperplasia 2024-Aug-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.07.597992 PMID:38915654	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了良性前列腺增生（BPH）中CD45+过渡区的白细胞，发现脂质丰富的巨噬细胞亚群与前列腺体积增大相关	首次定义了BPH中的两种新型免疫亚群，即TREM2+和MARCO+巨噬细胞，并提出这些脂质丰富的巨噬细胞可能加剧大前列腺患者的下尿路症状	需要进一步研究评估针对这些细胞在BPH中的治疗益处	探讨巨噬细胞在良性前列腺增生中的激活状态及其对这种增生性疾病的影响	良性前列腺增生（BPH）中的巨噬细胞亚群及其与前列腺体积增大的关系	数字病理学	前列腺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	20个人类前列腺样本，包括10个大前列腺（>90克）和10个小前列腺（<40克）
472	2024-08-07	Revealing the crucial roles of suppressive immune microenvironment in cardiac myxoma progression 2024-Aug-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01912-2 PMID:39090109	研究论文	本研究通过单细胞测序分析了心脏粘液瘤组织中的75,641个细胞，揭示了粘液瘤细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用	首次通过单细胞测序技术详细描述了心脏粘液瘤细胞的组成及其与免疫细胞的相互作用	NA	探究心脏粘液瘤的细胞组成及其与免疫微环境的相互作用	心脏粘液瘤组织中的细胞	数字病理学	心脏疾病	单细胞测序	NA	细胞	75,641个细胞
473	2024-08-07	Advances in single-cell transcriptomics in animal research 2024-Aug-02, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-024-01063-y PMID:39090689	综述	本文介绍了单细胞转录组技术的发展，并回顾了其在动物研究中的过程、进展和应用	单细胞转录组技术为研究动物不同组织/器官的高通量单细胞基因表达提供了有效方法，能够识别细胞类型/亚型及其标记基因，推断细胞命运轨迹，并揭示细胞间的相互作用	讨论了单细胞转录组技术在当前阶段的局限性和展望	旨在通过单细胞转录组技术深入理解动物营养与健康、生殖性能、遗传学和不同畜种的疾病模型	动物研究中的不同组织/器官的单细胞	生物技术	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	基于大量案例积累的实践经验
474	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals novel interaction between muscle satellite cells and fibro-adipogenic progenitors mediated with FGF7 signalling 2024-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13484 PMID:38751367	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肌肉卫星细胞与成纤维脂肪前体细胞之间通过FGF7信号传导的新型相互作用	首次揭示了FGF7在肌肉卫星细胞与成纤维脂肪前体细胞相互作用中的作用，并通过实验验证了FGF7对肌肉卫星细胞增殖的促进作用	研究主要集中在猪模型上，需要进一步在其他物种中验证结果	探索肌肉卫星细胞与微环境细胞的相互作用，特别是与成纤维脂肪前体细胞的相互作用	肌肉卫星细胞和成纤维脂肪前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	猪的长背肌和比目鱼肌样本
475	2024-08-07	Generation of human vascularized and chambered cardiac organoids for cardiac disease modelling and drug evaluation 2024-Aug, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13631 PMID:38453465	研究论文	本文介绍了一种新方法，通过结合人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的血管球和直接分化的hiPSC心肌细胞，生成具有血管化和心室样结构的人心脏类器官（vcCOs），并探讨了其在心脏损伤模型和药物评估中的应用。	本文创新性地开发了一种三步法，用于生成具有心室样结构和血管化的复杂vcCOs，这些vcCOs显示出高自发跳动比率和多细胞类型组成。	尽管vcCOs在心脏疾病模型和药物评估中显示出潜力，但其低重复性、有限血管化和心室形成困难等问题仍需进一步解决。	研究目的是开发一种新方法，用于生成具有血管化和心室样结构的人心脏类器官，并探索其在心脏疾病模型和药物筛选中的应用。	研究对象包括人诱导多能干细胞衍生的心脏类器官（vcCOs）及其在心脏损伤模型和药物评估中的应用。	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	细胞	vcCOs中包含六种细胞类型，包括心肌细胞、心脏前体细胞、内皮细胞、成纤维细胞等
476	2024-08-07	Interleukin-35 alleviates neuropathic pain and induces an anti-inflammatory shift in spinal microglia in nerve-injured male mice 2024-Aug-01, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.07.043 PMID:39097202	研究论文	本研究探讨了白细胞介素-35（IL-35）对神经损伤雄性小鼠的疼痛行为、脊髓小胶质细胞表型的影响及其体外小胶质细胞培养中的作用。	研究发现IL-35能显著减轻雄性小鼠的机械性疼痛过敏，并诱导脊髓小胶质细胞向抗炎表型转变，表明IL-35可能成为针对性别特异性的神经痛免疫调节治疗新策略。	研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的效果较弱，性别差异的影响需要进一步研究。	研究IL-35在神经痛中的作用及其对脊髓小胶质细胞的影响。	神经损伤的雄性小鼠及其脊髓小胶质细胞。	NA	神经痛	NA	NA	转录组数据	涉及雄性和雌性小鼠的实验样本。
477	2024-08-07	Establishment of a CD8+ T cells-related prognostic risk model for acral melanoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2024-Aug, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13900 PMID:39093712	研究论文	本研究基于单细胞和批量RNA测序数据，建立了与肢端黑色素瘤预后相关的CD8+ T细胞风险模型。	首次利用单细胞RNA测序技术探索肢端黑色素瘤中免疫细胞的组成差异，并构建了基于CD8+ T细胞差异表达基因的预后风险评分模型。	研究主要基于TCGA-SKCM队列，可能需要进一步的跨队列验证以增强模型的泛化能力。	旨在通过识别CD8+ T细胞相关基因的表达水平，建立肢端黑色素瘤患者的预后模型。	研究对象为肢端黑色素瘤中的CD8+ T细胞及其相关基因。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	Lasso-Cox方法	RNA测序数据	使用了TCGA-SKCM队列的数据，具体样本数量未在摘要中明确。
478	2024-08-07	Single-cell Atlas of Penile Cancer Reveals TP53 Mutations as a Driver of an Aggressive Phenotype, Irrespective of Human Papillomavirus Status, and Provides Clues for Treatment Personalization 2024-Aug, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2024.03.038 PMID:38670879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）中TP53失活突变与人类乳头瘤病毒（HPV）状态对肿瘤微环境转录组差异的影响	首次使用单细胞RNA测序技术构建了阴茎癌的细胞图谱，揭示了TP53突变与HPV状态对PSCC生物学特性的影响	单细胞RNA测序分析存在样本量较小的问题，需要在大规模PSCC队列中验证这些特征	描述基于TP53失活突变和HPV状态的PSCC微环境中的转录组差异	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）及其微环境中的细胞亚型	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	包括6个HPV+ TP53野生型（WT）、6个HPV- TP53WT和4个TP53失活（LOF）PSCC样本及6个对照样本，以及541名PSCC患者的生存数据
479	2024-08-07	scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models 2024-Aug-02, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554 PMID:39093668	研究论文	本文介绍了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型来填补单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值	scIDPMs通过识别基因表达特征来确定缺失值的位置，并利用深度神经网络和注意力机制来优化填补过程，有效捕捉全局基因表达特征	NA	解决单细胞RNA测序数据中因缺失值（dropout事件）导致的下游分析准确性问题	单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	扩散概率模型	基因表达数据	使用模拟和真实的单细胞RNA测序数据集进行评估
480	2024-08-07	Anti-EGFR Antibody-Drug Conjugate Carrying an Inhibitor Targeting CDK Restricts Triple-Negative Breast Cancer Growth 2024-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-3110 PMID:38772416	研究论文	本研究探讨了一种基于西妥昔单抗的抗体药物偶联物（ADC），该ADC携带CDK抑制剂SNS-032，用于靶向EGFR表达的细胞，以限制三阴性乳腺癌的生长	本研究创新性地结合了EGFR抗体和CDK抑制剂，通过ADC的形式实现对EGFR高表达肿瘤细胞的选择性杀伤，同时减少对免疫细胞的影响	尽管ADC在体外和体内实验中显示出良好的抗肿瘤效果，但其长期疗效和安全性仍需进一步的临床研究验证	旨在开发一种新的治疗策略，通过靶向EGFR和细胞周期调控，有效治疗三阴性乳腺癌	三阴性乳腺癌细胞及其在体内的生长情况	数字病理学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	转录组数据、单细胞RNA数据、空间转录组数据	6,173个原发性肿瘤样本，27个基线和匹配的化疗后残留肿瘤样本，150,290个细胞，27个未经治疗的肿瘤样本，43个肿瘤切片，22个三阴性乳腺癌样本