单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 534 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-07 |
Studying RNA dynamics from single-cell RNA sequencing snapshots
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02366-8
PMID:39103448
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 442 | 2024-08-11 |
Single-cell transcriptome analysis deciphers the CD74-mediated immune evasion and tumour growth in lung squamous cell carcinoma with chronic obstructive pulmonary disease
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1786
PMID:39113235
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）相关的肺鳞状细胞癌（LSCC）中CD74介导的免疫逃避和肿瘤生长机制 | 研究发现COPD相关的LSCC中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）比例增加和CD8+ T细胞耗竭分子水平升高，以及CD74+肿瘤细胞的关键作用 | NA | 旨在解析COPD相关的LSCC肿瘤微环境特征 | COPD相关的肺鳞状细胞癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | COPD相关和非COPD相关的LSCC肿瘤组织样本 |
| 443 | 2024-08-09 |
OrganoidPortal: Web server and single-cell transcriptome database featuring reference atlases of organoids
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1794
PMID:39113237
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 444 | 2024-08-10 |
B Cells Infiltration Potentially Responded Better to Systemic Corticoids in Oral Lichen Planus and Oral Lichenoid Lesions
2024-Aug-09, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02112-4
PMID:39117788
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研究论文 | 研究分析了B淋巴细胞在口腔扁平苔藓（OLP）和口腔苔藓样病变（OLL）中的功能和浸润特征，并初步评估了它们与临床结果的相关性 | 首次详细研究了B细胞在OLP和OLL中的浸润特征及其与皮质类固醇治疗效果的关系 | 研究样本量相对较小，且未涉及其他可能影响治疗效果的因素 | 探讨B细胞在OLP和OLL中的浸润特征及其与皮质类固醇治疗效果的关系 | 口腔扁平苔藓和口腔苔藓样病变中的B细胞浸润 | NA | 口腔疾病 | 单细胞测序、免疫组织化学和免疫荧光 | NA | 组织样本 | 100名OLP/OLL患者和13名健康对照 |
| 445 | 2024-08-10 |
scMaui: a widely applicable deep learning framework for single-cell multiomics integration in the presence of batch effects and missing data
2024-Aug-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05880-w
PMID:39107690
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMaui的新型单细胞多组学整合模型，基于变分乘积专家自动编码器和对抗学习，能有效处理批次效应和缺失数据 | scMaui通过乘积专家方法计算多个边缘分布的联合表示，特别适用于处理组学数据中的缺失值，并能克服先前基于VAE整合方法在批次效应校正和适用分析方法上的限制 | NA | 开发一种能有效整合单细胞多组学数据并处理批次效应和缺失数据的计算模型 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 变分自动编码器（VAE） | 单细胞测序数据 | NA |
| 446 | 2024-08-10 |
Insights into immune microenvironment and therapeutic targeting in androgen-associated prostate cancer subtypes
2024-08-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68863-0
PMID:39098988
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研究论文 | 本研究通过共识聚类分析基于雄激素反应基因的表达谱，将TCGA数据库中的前列腺癌患者分为C1和C2两个亚型，并探讨了各亚型的免疫浸润差异、突变景观和基因功能通路，以及潜在的治疗靶点 | 本研究通过整合生物信息学方法和机器学习技术，识别了BIRC5、CENPA和MMP11等关键基因作为潜在的治疗靶点，并进行了单细胞转录组分析和虚拟筛选，为个性化治疗策略提供了新见解 | NA | 深入理解前列腺癌生物学特性，为个性化治疗干预和更有效的治疗方法提供依据 | 前列腺癌患者及其雄激素反应基因表达模式 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 共识聚类分析、机器学习技术、单细胞转录组分析、虚拟筛选 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库中的前列腺癌患者 |
| 447 | 2024-08-10 |
Single-Cell Spatial Transcriptomics Unveils Platelet-Fueled Cycling Macrophages for Kidney Fibrosis
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308505
PMID:38838052
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研究论文 | 本研究探讨了血小板在肾缺血/再灌注损伤后恢复中的有害作用及其对急性肾损伤向慢性肾病转变的贡献 | 发现了一种新的巨噬细胞亚型“cycling M2”，该亚型在损伤肾脏的恢复阶段出现，并受血小板衍生的血栓调节蛋白1（THBS1）信号调节，具有促纤维化特性 | NA | 研究血小板在肾脏损伤和修复过程中的具体作用，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 血小板、巨噬细胞、肾脏纤维化 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞和空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 448 | 2024-08-10 |
Deep Batch Integration and Denoise of Single-Cell RNA-Seq Data
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308934
PMID:38778573
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepBID的新型深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正、非线性降维、嵌入和细胞聚类 | DeepBID利用基于负二项分布的自编码器和双Kullback-Leibler散度损失函数，通过迭代聚类逐步减少批次效应，并在多个批次scRNA-seq数据集上验证了其优于现有工具的批次效应去除和聚类准确性 | NA | 旨在开发一种高效且适用于下游分析的单细胞RNA测序数据集成和去噪方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | 自编码器 | 文本 | 多个批次的scRNA-seq数据集 |
| 449 | 2024-08-10 |
Broadening oncological boundaries: the intratumoral microbiota
2024-Aug, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.01.007
PMID:38310023
|
综述 | 本文综述了肿瘤内微生物群的研究现状，探讨了其在肿瘤发生和发展中的功能机制，并提出了未来研究面临的挑战和综合策略 | 本文利用先进技术如单细胞测序，以及逐步优化的功能实验和基于培养的方法，深入探讨肿瘤内微生物群的潜在机制 | 肿瘤内微生物群的低生物量给相关研究带来了重大挑战 | 探讨肿瘤内微生物群作为多种癌症潜在生物标志物的可能性 | 肿瘤内微生物群及其在肿瘤发生和发展中的作用 | NA | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 450 | 2024-08-10 |
GATA2 heterozygosity causes an epigenetic feedback mechanism resulting in myeloid and erythroid dysplasia
2024-Aug, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19585
PMID:38887897
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研究论文 | 本文通过生成带有gata2b杂合突变的斑马鱼模型，研究了GATA2半合子不足对造血的影响，并探讨了其导致的髓系和红细胞发育异常的表观遗传反馈机制。 | 首次通过斑马鱼模型研究GATA2半合子不足对造血的影响，并揭示了表观遗传反馈机制在髓系和红细胞发育异常中的作用。 | NA | 探索GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | NA | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | RNA、染色质可及性数据 | 斑马鱼模型 |
| 451 | 2024-08-09 |
Cisplatin resistance-related transcriptome and methylome integration identifies PCDHB4 as a novel prognostic biomarker in small cell lung cancer
2024-Aug-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110413
PMID:39108724
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研究论文 | 本研究通过整合小细胞肺癌的转录组和甲基化组数据，发现PCDHB4作为新的预后生物标志物与顺铂化疗耐药相关 | 首次发现PCDHB4在顺铂耐药的小细胞肺癌中的表达与患者生存率相关，并通过单细胞RNA测序进一步验证了其在肿瘤干细胞特性和上皮-间质转化中的作用 | NA | 探索小细胞肺癌中与顺铂化疗耐药相关的新的预后生物标志物 | 小细胞肺癌患者及顺铂化疗耐药机制 | 数字病理学 | 小细胞肺癌 | RNA测序, 甲基化测序 | Cox回归模型 | 转录组数据, 甲基化数据 | NA |
| 452 | 2024-08-09 |
scPriorGraph: constructing biosemantic cell-cell graphs with prior gene set selection for cell type identification from scRNA-seq data
2024-Aug-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03357-w
PMID:39103856
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPriorGraph的双通道图神经网络，用于整合多层次基因生物语义，以提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | scPriorGraph通过构建生物语义细胞-细胞图并结合先验基因集选择，有效利用了基因间的生物学意义关系，从而提高了细胞类型识别的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 453 | 2024-08-09 |
Machine learning-based biomarker screening for acute myeloid leukemia prognosis and therapy from diverse cell-death patterns
2024-08-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68755-3
PMID:39090256
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研究论文 | 本文利用13种程序性细胞死亡途径和73种机器学习组合，开发了一种预测急性髓系白血病（AML）临床结果和药物反应的6基因指数（PPCDI） | 开发了一种新的6基因指数（PPCDI），该指数通过综合分析多种程序性细胞死亡途径，显示出预测AML患者临床预后和药物敏感性表型的潜力 | NA | 开发一种新的生物标志物，用于预测急性髓系白血病的临床预后和药物反应 | 急性髓系白血病患者 | 机器学习 | 白血病 | RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 使用了来自TCGA-AML、Tyner和GSE37642-GPL96队列的bulk RNA测序和单细胞RNA测序转录组数据以及匹配的临床病理信息 |
| 454 | 2024-08-09 |
Metastasis-associated fibroblasts in peritoneal surface malignancies
2024-Aug, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02717-4
PMID:38783165
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研究论文 | 本文探讨了腹膜表面恶性肿瘤（PSMs）中与转移相关的成纤维细胞（MAFs）的作用及其异质性 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了免疫调节性癌相关成纤维细胞（iCAFs）在PSMs中的普遍性，并探讨了其他主要亚型如肌成纤维细胞样CAFs（myCAFs）和基质CAFs（mCAFs）的分布 | NA | 旨在理解腹膜MAFs与肿瘤细胞间的复杂相互作用，以开发针对性和局部治疗策略，改善PSMs患者的治疗效果 | 腹膜表面恶性肿瘤中的转移相关成纤维细胞及其亚型 | NA | 腹膜表面恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 455 | 2024-08-09 |
Dynamic intrauterine crosstalk promotes porcine embryo implantation during early pregnancy
2024-Aug, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2557-x
PMID:38748354
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研究论文 | 本文全面分析了猪胚胎植入期胚胎和相应母体子宫内膜的单细胞转录组，识别了胚胎中的四种不同谱系和子宫内膜中的13种细胞类型，并开发了一种新工具ExtraCellTalk来生成母胎交叉对话的动态图谱。 | 本文开发了新工具ExtraCellTalk，并识别了跨物种保守的RBP4/STRA6通路，为胚胎植入过程中的母胎交叉对话提供了新的见解。 | NA | 研究胚胎植入过程中胚胎与母体的动态交叉对话。 | 猪胚胎植入期胚胎和母体子宫内膜的细胞类型及其基因表达。 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 猪胚胎植入期胚胎和相应母体子宫内膜的细胞样本 |
| 456 | 2024-08-08 |
Neutrophil Heterogeneity Is Modified during Acute Lung Inflammation in Apoa1-/- Mice
2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300459
PMID:38912868
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研究论文 | 本研究评估了载脂蛋白A-I是否通过改变中性粒细胞异质性来减轻急性气道炎症的机制 | 通过单细胞RNA测序揭示了Apoa1-/-小鼠在LPS+HDM诱导的急性肺炎症中中性粒细胞和巨噬细胞群的特定增加以及共同促炎基因表达的增强 | NA | 探讨载脂蛋白A-I在急性气道炎症中对中性粒细胞异质性的影响 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠在LPS+HDM诱导的急性肺炎症中的中性粒细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠的支气管肺泡灌洗液中的细胞 |
| 457 | 2024-08-08 |
scTab: Scaling cross-tissue single-cell annotation models
2024-Aug-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51059-5
PMID:39098889
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研究论文 | 本文提出了一种名为scTab的自动化细胞类型预测模型，专门针对表格数据，并使用一种新颖的数据增强方案在大量单细胞RNA-seq数据集上进行训练 | scTab模型能够处理大规模数据集，并在跨组织细胞注释中表现出良好的泛化能力，同时数据增强方案提高了模型的泛化性能 | NA | 开发一种能够在大规模单细胞RNA-seq数据集上进行跨组织细胞类型预测的自动化模型 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 表格数据 | 2220万细胞 |
| 458 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptome reveals the region-specific genes and pathways regulated by Satb2 in neocortical development
2024-Aug-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10672-w
PMID:39095712
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和免疫染色技术，系统研究了Satb2基因在不同新皮质区域发育中的区域特异性基因调控。 | 首次全面描绘了Satb2基因在新皮质发育中的空间调控途径，并揭示了其在不同区域的具体调控基因和通路。 | 研究主要集中在胚胎阶段的Satb2+/+和Satb2-/-小鼠，未涉及成年阶段或其他相关基因的影响。 | 探究Satb2基因在新皮质发育中的区域特异性基因调控及其相关通路。 | Satb2+/+和Satb2-/-小鼠的新皮质区域，包括室管膜区（VZ）、室下区（SVZ）、中间区（IZ）和皮质板（CP）。 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 空间转录组学，免疫染色 | NA | 转录组数据 | Satb2+/+和Satb2-/-小鼠的胚胎阶段样本 |
| 459 | 2024-08-08 |
Genome-wide CRISPR screening identifies tyrosylprotein sulfotransferase-2 as a target for augmenting anti-PD1 efficacy
2024-Aug-02, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02068-x
PMID:39095793
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研究论文 | 本文通过全基因组CRISPR筛选，发现酪氨酰蛋白磺基转移酶-2（TPST2）是增强抗PD1疗效的潜在靶点 | 首次揭示了TPST2在癌症免疫中的抑制作用，并提出其作为免疫检查点疗法治疗靶点的可能性 | NA | 探索影响抗PD1反应性的肿瘤细胞内在因素，并评估TPST2在癌症免疫中的具体作用 | TPST2在癌症免疫中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | NA | NA | CRISPR筛选，共免疫沉淀，质谱分析，RNA测序 | NA | 基因组数据，蛋白质数据，RNA数据 | 在人源化小鼠中进行实验，使用同基因小鼠肿瘤模型进行验证 |
| 460 | 2024-08-08 |
Bioengineered human colon organoids with in vivo-like cellular complexity and function
2024-Aug-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.05.007
PMID:38876106
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的人类结肠类器官模型——“迷你结肠”，通过结合类器官和芯片上的器官技术，实现了与体内组织高度相似的细胞复杂性和功能 | 采用非对称刺激与生长因子结合的方法，显著增强了组织寿命，并模拟了体内细胞类型的多样性和排列 | NA | 开发一种能够精确模拟人体肠道生理和病理的先进类器官模型 | 人类结肠类器官及其在肠道生理和病理研究中的应用 | 生物工程 | NA | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 细胞 | NA |