单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 537 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-10 |
GATA2 heterozygosity causes an epigenetic feedback mechanism resulting in myeloid and erythroid dysplasia
2024-Aug, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19585
PMID:38887897
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研究论文 | 本文通过生成带有gata2b杂合突变的斑马鱼模型，研究了GATA2半合子不足对造血的影响，并探讨了其导致的髓系和红细胞发育异常的表观遗传反馈机制。 | 首次通过斑马鱼模型研究GATA2半合子不足对造血的影响，并揭示了表观遗传反馈机制在髓系和红细胞发育异常中的作用。 | NA | 探索GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | NA | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | RNA、染色质可及性数据 | 斑马鱼模型 |
| 442 | 2024-08-09 |
Cisplatin resistance-related transcriptome and methylome integration identifies PCDHB4 as a novel prognostic biomarker in small cell lung cancer
2024-Aug-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110413
PMID:39108724
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研究论文 | 本研究通过整合小细胞肺癌的转录组和甲基化组数据，发现PCDHB4作为新的预后生物标志物与顺铂化疗耐药相关 | 首次发现PCDHB4在顺铂耐药的小细胞肺癌中的表达与患者生存率相关，并通过单细胞RNA测序进一步验证了其在肿瘤干细胞特性和上皮-间质转化中的作用 | NA | 探索小细胞肺癌中与顺铂化疗耐药相关的新的预后生物标志物 | 小细胞肺癌患者及顺铂化疗耐药机制 | 数字病理学 | 小细胞肺癌 | RNA测序, 甲基化测序 | Cox回归模型 | 转录组数据, 甲基化数据 | NA |
| 443 | 2024-08-09 |
Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors
2024-08-06, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773
PMID:39044395
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研究论文 | 本文介绍了一种高灵敏度的方法，用于同时定量和空间检测固定在石蜡中的组织切片上的七种微小RNA（miRNA），并展示了该方法在鼠乳腺癌中的应用。 | 本文采用滚动循环扩增（RCA）与双扫描方法结合，在纳升孔阵列中嵌入水凝胶柱，实现了对miRNA的高灵敏度空间检测，具有广泛的动态范围和低检测限。 | NA | 开发一种高灵敏度的方法，用于空间检测和定量miRNA，以提高从样本中获取的信息量。 | 微小RNA（miRNA）在鼠乳腺癌中的空间表达。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 滚动循环扩增（RCA） | NA | 图像 | 固定在石蜡中的组织切片 |
| 444 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing in tuberculosis: Application and future perspectives
2024-Aug-06, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003095
PMID:39111829
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结核病（TB）研究中的应用及其未来展望 | 强调了scRNA-seq在结核病临床生物标志物探索、宿主导向治疗和精准治疗研究中的潜力 | 讨论了scRNA-seq在结核病相关研究广泛应用中需要克服的瓶颈 | 探讨scRNA-seq在结核病研究中的应用及其未来发展方向 | 结核病及其免疫反应机制 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 大量单个细胞 |
| 445 | 2024-08-09 |
scPriorGraph: constructing biosemantic cell-cell graphs with prior gene set selection for cell type identification from scRNA-seq data
2024-Aug-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03357-w
PMID:39103856
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPriorGraph的双通道图神经网络，用于整合多层次基因生物语义，以提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | scPriorGraph通过构建生物语义细胞-细胞图并结合先验基因集选择，有效利用了基因间的生物学意义关系，从而提高了细胞类型识别的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 446 | 2024-08-09 |
Machine learning-based biomarker screening for acute myeloid leukemia prognosis and therapy from diverse cell-death patterns
2024-08-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68755-3
PMID:39090256
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研究论文 | 本文利用13种程序性细胞死亡途径和73种机器学习组合，开发了一种预测急性髓系白血病（AML）临床结果和药物反应的6基因指数（PPCDI） | 开发了一种新的6基因指数（PPCDI），该指数通过综合分析多种程序性细胞死亡途径，显示出预测AML患者临床预后和药物敏感性表型的潜力 | NA | 开发一种新的生物标志物，用于预测急性髓系白血病的临床预后和药物反应 | 急性髓系白血病患者 | 机器学习 | 白血病 | RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 使用了来自TCGA-AML、Tyner和GSE37642-GPL96队列的bulk RNA测序和单细胞RNA测序转录组数据以及匹配的临床病理信息 |
| 447 | 2024-08-09 |
Metastasis-associated fibroblasts in peritoneal surface malignancies
2024-Aug, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02717-4
PMID:38783165
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研究论文 | 本文探讨了腹膜表面恶性肿瘤（PSMs）中与转移相关的成纤维细胞（MAFs）的作用及其异质性 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了免疫调节性癌相关成纤维细胞（iCAFs）在PSMs中的普遍性，并探讨了其他主要亚型如肌成纤维细胞样CAFs（myCAFs）和基质CAFs（mCAFs）的分布 | NA | 旨在理解腹膜MAFs与肿瘤细胞间的复杂相互作用，以开发针对性和局部治疗策略，改善PSMs患者的治疗效果 | 腹膜表面恶性肿瘤中的转移相关成纤维细胞及其亚型 | NA | 腹膜表面恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 448 | 2024-08-09 |
Dynamic intrauterine crosstalk promotes porcine embryo implantation during early pregnancy
2024-Aug, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2557-x
PMID:38748354
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研究论文 | 本文全面分析了猪胚胎植入期胚胎和相应母体子宫内膜的单细胞转录组，识别了胚胎中的四种不同谱系和子宫内膜中的13种细胞类型，并开发了一种新工具ExtraCellTalk来生成母胎交叉对话的动态图谱。 | 本文开发了新工具ExtraCellTalk，并识别了跨物种保守的RBP4/STRA6通路，为胚胎植入过程中的母胎交叉对话提供了新的见解。 | NA | 研究胚胎植入过程中胚胎与母体的动态交叉对话。 | 猪胚胎植入期胚胎和母体子宫内膜的细胞类型及其基因表达。 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 猪胚胎植入期胚胎和相应母体子宫内膜的细胞样本 |
| 449 | 2024-08-09 |
Spock2 Functions as a Key Time-Series Gene of Endothelial Cells in Sepsis-Induced Cardiomyopathy
2024-Aug-01, Journal of cardiovascular pharmacology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/FJC.0000000000001577
PMID:39115722
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研究论文 | 本研究旨在探讨脓毒症诱导的心肌病的发病机制，通过分析不同时间点的转录组数据和单细胞测序数据，鉴定了与时间序列相关的差异表达基因，并验证了SPOCK2在脓毒症心肌病中的保护作用 | 通过加权基因共表达网络分析、时间序列分析和差异表达分析，结合单细胞测序数据，鉴定了特定于内皮细胞的差异表达基因 | NA | 探讨脓毒症诱导的心肌病的发病机制 | 内皮细胞在脓毒症诱导的心肌病中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 使用GSE171546数据分析了不同时间点的转录组数据，GSE207363数据用于单细胞测序分析 |
| 450 | 2024-08-08 |
Neutrophil Heterogeneity Is Modified during Acute Lung Inflammation in Apoa1-/- Mice
2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300459
PMID:38912868
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研究论文 | 本研究评估了载脂蛋白A-I是否通过改变中性粒细胞异质性来减轻急性气道炎症的机制 | 通过单细胞RNA测序揭示了Apoa1-/-小鼠在LPS+HDM诱导的急性肺炎症中中性粒细胞和巨噬细胞群的特定增加以及共同促炎基因表达的增强 | NA | 探讨载脂蛋白A-I在急性气道炎症中对中性粒细胞异质性的影响 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠在LPS+HDM诱导的急性肺炎症中的中性粒细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠的支气管肺泡灌洗液中的细胞 |
| 451 | 2024-08-08 |
scTab: Scaling cross-tissue single-cell annotation models
2024-Aug-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51059-5
PMID:39098889
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研究论文 | 本文提出了一种名为scTab的自动化细胞类型预测模型，专门针对表格数据，并使用一种新颖的数据增强方案在大量单细胞RNA-seq数据集上进行训练 | scTab模型能够处理大规模数据集，并在跨组织细胞注释中表现出良好的泛化能力，同时数据增强方案提高了模型的泛化性能 | NA | 开发一种能够在大规模单细胞RNA-seq数据集上进行跨组织细胞类型预测的自动化模型 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 表格数据 | 2220万细胞 |
| 452 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptome reveals the region-specific genes and pathways regulated by Satb2 in neocortical development
2024-Aug-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10672-w
PMID:39095712
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和免疫染色技术，系统研究了Satb2基因在不同新皮质区域发育中的区域特异性基因调控。 | 首次全面描绘了Satb2基因在新皮质发育中的空间调控途径，并揭示了其在不同区域的具体调控基因和通路。 | 研究主要集中在胚胎阶段的Satb2+/+和Satb2-/-小鼠，未涉及成年阶段或其他相关基因的影响。 | 探究Satb2基因在新皮质发育中的区域特异性基因调控及其相关通路。 | Satb2+/+和Satb2-/-小鼠的新皮质区域，包括室管膜区（VZ）、室下区（SVZ）、中间区（IZ）和皮质板（CP）。 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 空间转录组学，免疫染色 | NA | 转录组数据 | Satb2+/+和Satb2-/-小鼠的胚胎阶段样本 |
| 453 | 2024-08-08 |
Genome-wide CRISPR screening identifies tyrosylprotein sulfotransferase-2 as a target for augmenting anti-PD1 efficacy
2024-Aug-02, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02068-x
PMID:39095793
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研究论文 | 本文通过全基因组CRISPR筛选，发现酪氨酰蛋白磺基转移酶-2（TPST2）是增强抗PD1疗效的潜在靶点 | 首次揭示了TPST2在癌症免疫中的抑制作用，并提出其作为免疫检查点疗法治疗靶点的可能性 | NA | 探索影响抗PD1反应性的肿瘤细胞内在因素，并评估TPST2在癌症免疫中的具体作用 | TPST2在癌症免疫中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | NA | NA | CRISPR筛选，共免疫沉淀，质谱分析，RNA测序 | NA | 基因组数据，蛋白质数据，RNA数据 | 在人源化小鼠中进行实验，使用同基因小鼠肿瘤模型进行验证 |
| 454 | 2024-08-08 |
Bioengineered human colon organoids with in vivo-like cellular complexity and function
2024-Aug-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.05.007
PMID:38876106
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的人类结肠类器官模型——“迷你结肠”，通过结合类器官和芯片上的器官技术，实现了与体内组织高度相似的细胞复杂性和功能 | 采用非对称刺激与生长因子结合的方法，显著增强了组织寿命，并模拟了体内细胞类型的多样性和排列 | NA | 开发一种能够精确模拟人体肠道生理和病理的先进类器官模型 | 人类结肠类器官及其在肠道生理和病理研究中的应用 | 生物工程 | NA | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 细胞 | NA |
| 455 | 2024-08-08 |
Lipid Deficiency Contributes to Impaired Alveolar Progenitor Cell Function in Aging and Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0290OC
PMID:38657143
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研究论文 | 本研究评估了脂质代谢在特发性肺纤维化（IPF）患者和健康捐赠者肺泡II型细胞（AEC2s）中的作用，并探讨了脂质补充和PPARγ激活对AEC2s干细胞更新能力的影响。 | 首次揭示了IPF和老年小鼠肺泡II型细胞中脂质代谢的缺陷，并证明了脂质补充和PPARγ激活可以促进AEC2s的干细胞更新能力。 | 研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在临床试验中验证脂质补充和PPARγ激活的治疗效果。 | 探讨脂质代谢在特发性肺纤维化和衰老中的作用，并寻找可能的治疗策略。 | 特发性肺纤维化患者和健康捐赠者的肺泡II型细胞，以及老年和年轻小鼠的肺泡II型细胞。 | NA | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞脂质含量数据 | 包括IPF患者和健康捐赠者的肺泡II型细胞，以及老年和年轻小鼠的肺泡II型细胞。 |
| 456 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell transcriptomics and machine learning to predict breast cancer prognosis: A study based on natural killer cell-related genes
2024-Aug, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18549
PMID:39098994
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组数据与机器学习方法，利用自然杀伤细胞相关基因（NKRGs）建立了一个预测乳腺癌预后的模型 | 本研究首次利用NKRGs结合机器学习算法，开发了一种新的乳腺癌风险评估和个性化治疗模型 | NA | 建立一个基于自然杀伤细胞相关基因的预测乳腺癌预后的模型 | 自然杀伤细胞相关基因在乳腺癌预后中的作用 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞转录组 | Lasso + RSF | 转录组数据 | 44个显著表达的NKRGs，9个关键NKRGs |
| 457 | 2024-08-07 |
Lung Single-Cell Transcriptomics in Alpha-1 Antitrypsin Deficiency
2024-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0064LE
PMID:39087828
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 458 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals that an imbalance in monocyte subsets rather than changes in gene expression patterns is a feature of postmenopausal osteoporosis
2024-Aug-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae065
PMID:38652170
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了绝经后骨质疏松症患者骨髓单核细胞的基因表达模式和亚群比例变化 | 首次揭示了绝经后骨质疏松症中单核细胞亚群比例失衡而非基因表达模式变化是其特征 | 研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本以增强结论的普遍性 | 探究绝经后骨质疏松症中单核细胞重编程的机制 | 绝经后骨质疏松症患者的骨髓单核细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6名参与者（3名正常骨密度和3名绝经后骨质疏松症患者） |
| 459 | 2024-08-07 |
Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50613-5
PMID:39095341
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研究论文 | 本文评估了十种单细胞RNA测序（scRNA-seq）批次校正技术在图像细胞分析中的表现 | 提出了一个新的基准框架和评估指标，用于未来批次校正方法的评估 | NA | 解决不同实验室和设备间图像细胞分析数据集成和解释的批次效应问题 | 十种scRNA-seq批次校正技术在Cell Painting数据集上的表现 | 计算机视觉 | NA | scRNA-seq | NA | 图像 | 数十亿个细胞，数千种扰动 |
| 460 | 2024-08-07 |
Unveiling novel double-negative prostate cancer subtypes through single-cell RNA sequencing analysis
2024-Aug-02, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00667-x
PMID:39095562
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研究论文 | 本研究通过整合多个来源的单细胞RNA测序数据，建立了人类和小鼠的前列腺单细胞图谱，并识别出两种新的双阴性前列腺癌亚型 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出两种新的双阴性前列腺癌亚型，并开发了一个用于可视化基因表达的网络应用 | NA | 揭示前列腺癌中未被识别的亚型，为临床诊断和治疗提供新策略 | 前列腺癌的亚型及其分子特征 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个公开可用的队列和本研究团队生成的数据 |