单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 572 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-11 |
Exome-wide association study identifies KDELR3 mutations in extreme myopia
2024-Aug-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50580-x
PMID:39112444
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，识别了与极端近视相关的KDELR3基因突变，并探讨了其在极端近视发病机制中的作用 | 首次通过全外显子测序和单细胞技术，发现了KDELR3基因在极端近视中的重要作用 | NA | 探索极端近视的遗传风险基因 | 极端近视患者和对照组 | 遗传学 | 眼科疾病 | 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列, 细胞表达数据 | 449名极端近视患者和9606名对照组 |
| 442 | 2024-08-11 |
Single-cell transcriptome profiles the heterogeneity of tumor cells and microenvironments for different pathological endometrial cancer and identifies specific sensitive drugs
2024-Aug-07, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06960-8
PMID:39112478
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同病理类型子宫内膜癌的肿瘤细胞和肿瘤微环境的异质性，并鉴定了对特定病理类型敏感的药物。 | 首次全面描绘了不同病理类型子宫内膜癌的单细胞转录组图谱，并发现了与特定病理类型相关的潜在有效药物。 | 研究样本量相对较小，且仅限于体外验证，需要进一步的临床试验验证药物的有效性。 | 深入了解子宫内膜癌的病理机制，为不同病理类型的个性化治疗提供依据。 | 不同病理类型的子宫内膜癌肿瘤细胞及其肿瘤微环境。 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 18个子宫内膜癌样本 |
| 443 | 2024-08-11 |
RankCompV3: a differential expression analysis algorithm based on relative expression orderings and applications in single-cell RNA transcriptomics
2024-Aug-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05889-1
PMID:39112940
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RankCompV3的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别差异表达基因（DEGs），该方法基于基因对的相对表达顺序（REOs）进行比较 | RankCompV3通过比较基因对的相对表达顺序，有效地控制了假阳性率（FPR），并在模拟和真实单细胞RNA测序数据中展示了高准确性和对弱生物信号的高敏感性 | NA | 开发一种新的算法用于在单细胞RNA测序数据中准确识别差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 444 | 2024-08-11 |
COMSE: analysis of single-cell RNA-seq data using community detection-based feature selection
2024-Aug-07, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01963-5
PMID:39113021
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研究论文 | 本研究提出了一种基于社区检测的无监督特征选择框架COMSE，用于从单细胞RNA测序数据中捕获信息基因 | COMSE通过社区检测方法识别与批次效应相关的基因社区，从而从噪声中解析出反映生物差异的信号，支持批次效应校正和通路分析等应用 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞亚状态识别和细胞聚类的效率 | 单细胞RNA测序数据中的信息基因选择 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 社区检测 | RNA-seq数据 | 涉及真实和模拟的单细胞RNA测序数据集 |
| 445 | 2024-08-11 |
Multi-omics analysis reveals a feedback loop amplifying immune responses in acute graft-versus-host disease due to imbalanced gut microbiota and bile acid metabolism
2024-Aug-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05577-x
PMID:39113144
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了急性移植物抗宿主病中免疫反应增强的反馈循环，该循环由肠道微生物群和胆汁酸代谢失衡引起 | 本研究首次识别了免疫细胞-肠道微生物-胆汁酸代谢物之间的反馈循环，并提出了一种新的非免疫抑制方法来预防急性移植物抗宿主病 | NA | 揭示急性移植物抗宿主病中免疫反应增强的机制，并开发新的预防方法 | 急性移植物抗宿主病患者及其肠道微生物群和胆汁酸代谢 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序, 16SrRNA测序 | NA | RNA, 微生物群, 胆汁酸代谢物 | 12名接受异基因造血干细胞移植的患者（6名有急性移植物抗宿主病，6名无），82名患者的粪便样本（30名有急性移植物抗宿主病，52名无） |
| 446 | 2024-08-11 |
Robust analysis of allele-specific copy number alterations from scRNA-seq data with XClone
2024-Aug-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51026-0
PMID:39107346
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研究论文 | 本文介绍了一种名为XClone的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测染色体拷贝数变异 | XClone通过在细胞邻域和基因坐标图上进行有效平滑，增强了读取深度和等位基因不平衡信号，从而能够检测到单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性拷贝数变异 | NA | 开发一种新的统计方法，用于从单细胞转录组数据中准确检测等位基因特异性的拷贝数变异 | 单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性拷贝数变异 | 生物信息学 | 癌症 | scRNA-seq | 统计方法 | 转录组数据 | 多个具有挑战性组成的多个数据集 |
| 447 | 2024-08-11 |
Large-scale foundation model on single-cell transcriptomics
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02305-7
PMID:38844628
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research paper | 本文开发了一个名为scFoundation的大型预训练模型，用于单细胞转录组学研究 | scFoundation模型具有1亿参数，覆盖约2万个基因，并在超过5000万个单细胞转录组数据上进行预训练，采用非对称transformer架构，能有效捕捉基因间的复杂上下文关系 | NA | 开发基础模型以解析细胞‘语言’并促进生物医学研究 | 单细胞转录组数据 | natural language processing | NA | NA | transformer | text | 超过5000万个单细胞转录组数据 |
| 448 | 2024-08-11 |
scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02201-0
PMID:38409223
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研究论文 | 本研究利用生成预训练模型构建了一个针对单细胞多组学的基石模型scGPT | 本研究首次将生成预训练模型应用于单细胞生物学领域，通过大规模多样化的数据集和预训练的transformer模型，推动了细胞生物学和遗传学研究 | NA | 探索并验证基石模型在细胞生物学和遗传学研究中的应用 | 单细胞生物学和遗传学 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成预训练transformer模型 | 单细胞测序数据 | 超过3300万个细胞 |
| 449 | 2024-08-11 |
Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02365-9
PMID:39054391
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研究论文 | 本文介绍了biVI模型，该模型结合了变分自编码器框架scVI与描述RNA分子转录和剪接动力学的生物物理模型，用于双模态单细胞RNA测序数据分析 | biVI模型不仅保留了变分自编码器在低维空间中捕获细胞类型结构的能力，还能探索影响观察结果的生物物理机制，如系统爆发大小和降解速率 | NA | 开发一种新的模型来分析双模态单细胞RNA测序数据，并探索其生物物理机制 | 单细胞RNA测序数据及其生物物理机制 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | RNA测序数据 | 模拟和实验数据 |
| 450 | 2024-08-07 |
Studying RNA dynamics from single-cell RNA sequencing snapshots
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02366-8
PMID:39103448
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 451 | 2024-08-11 |
Single-cell transcriptome analysis deciphers the CD74-mediated immune evasion and tumour growth in lung squamous cell carcinoma with chronic obstructive pulmonary disease
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1786
PMID:39113235
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）相关的肺鳞状细胞癌（LSCC）中CD74介导的免疫逃避和肿瘤生长机制 | 研究发现COPD相关的LSCC中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）比例增加和CD8+ T细胞耗竭分子水平升高，以及CD74+肿瘤细胞的关键作用 | NA | 旨在解析COPD相关的LSCC肿瘤微环境特征 | COPD相关的肺鳞状细胞癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | COPD相关和非COPD相关的LSCC肿瘤组织样本 |
| 452 | 2024-08-09 |
OrganoidPortal: Web server and single-cell transcriptome database featuring reference atlases of organoids
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1794
PMID:39113237
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 453 | 2024-08-10 |
B Cells Infiltration Potentially Responded Better to Systemic Corticoids in Oral Lichen Planus and Oral Lichenoid Lesions
2024-Aug-09, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02112-4
PMID:39117788
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研究论文 | 研究分析了B淋巴细胞在口腔扁平苔藓（OLP）和口腔苔藓样病变（OLL）中的功能和浸润特征，并初步评估了它们与临床结果的相关性 | 首次详细研究了B细胞在OLP和OLL中的浸润特征及其与皮质类固醇治疗效果的关系 | 研究样本量相对较小，且未涉及其他可能影响治疗效果的因素 | 探讨B细胞在OLP和OLL中的浸润特征及其与皮质类固醇治疗效果的关系 | 口腔扁平苔藓和口腔苔藓样病变中的B细胞浸润 | NA | 口腔疾病 | 单细胞测序、免疫组织化学和免疫荧光 | NA | 组织样本 | 100名OLP/OLL患者和13名健康对照 |
| 454 | 2024-08-10 |
scMaui: a widely applicable deep learning framework for single-cell multiomics integration in the presence of batch effects and missing data
2024-Aug-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05880-w
PMID:39107690
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMaui的新型单细胞多组学整合模型，基于变分乘积专家自动编码器和对抗学习，能有效处理批次效应和缺失数据 | scMaui通过乘积专家方法计算多个边缘分布的联合表示，特别适用于处理组学数据中的缺失值，并能克服先前基于VAE整合方法在批次效应校正和适用分析方法上的限制 | NA | 开发一种能有效整合单细胞多组学数据并处理批次效应和缺失数据的计算模型 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 变分自动编码器（VAE） | 单细胞测序数据 | NA |
| 455 | 2024-08-10 |
Insights into immune microenvironment and therapeutic targeting in androgen-associated prostate cancer subtypes
2024-08-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68863-0
PMID:39098988
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研究论文 | 本研究通过共识聚类分析基于雄激素反应基因的表达谱，将TCGA数据库中的前列腺癌患者分为C1和C2两个亚型，并探讨了各亚型的免疫浸润差异、突变景观和基因功能通路，以及潜在的治疗靶点 | 本研究通过整合生物信息学方法和机器学习技术，识别了BIRC5、CENPA和MMP11等关键基因作为潜在的治疗靶点，并进行了单细胞转录组分析和虚拟筛选，为个性化治疗策略提供了新见解 | NA | 深入理解前列腺癌生物学特性，为个性化治疗干预和更有效的治疗方法提供依据 | 前列腺癌患者及其雄激素反应基因表达模式 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 共识聚类分析、机器学习技术、单细胞转录组分析、虚拟筛选 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库中的前列腺癌患者 |
| 456 | 2024-08-10 |
Single-Cell Spatial Transcriptomics Unveils Platelet-Fueled Cycling Macrophages for Kidney Fibrosis
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308505
PMID:38838052
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研究论文 | 本研究探讨了血小板在肾缺血/再灌注损伤后恢复中的有害作用及其对急性肾损伤向慢性肾病转变的贡献 | 发现了一种新的巨噬细胞亚型“cycling M2”，该亚型在损伤肾脏的恢复阶段出现，并受血小板衍生的血栓调节蛋白1（THBS1）信号调节，具有促纤维化特性 | NA | 研究血小板在肾脏损伤和修复过程中的具体作用，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 血小板、巨噬细胞、肾脏纤维化 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞和空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 457 | 2024-08-10 |
Deep Batch Integration and Denoise of Single-Cell RNA-Seq Data
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308934
PMID:38778573
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepBID的新型深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正、非线性降维、嵌入和细胞聚类 | DeepBID利用基于负二项分布的自编码器和双Kullback-Leibler散度损失函数，通过迭代聚类逐步减少批次效应，并在多个批次scRNA-seq数据集上验证了其优于现有工具的批次效应去除和聚类准确性 | NA | 旨在开发一种高效且适用于下游分析的单细胞RNA测序数据集成和去噪方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | 自编码器 | 文本 | 多个批次的scRNA-seq数据集 |
| 458 | 2024-08-10 |
Broadening oncological boundaries: the intratumoral microbiota
2024-Aug, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.01.007
PMID:38310023
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综述 | 本文综述了肿瘤内微生物群的研究现状，探讨了其在肿瘤发生和发展中的功能机制，并提出了未来研究面临的挑战和综合策略 | 本文利用先进技术如单细胞测序，以及逐步优化的功能实验和基于培养的方法，深入探讨肿瘤内微生物群的潜在机制 | 肿瘤内微生物群的低生物量给相关研究带来了重大挑战 | 探讨肿瘤内微生物群作为多种癌症潜在生物标志物的可能性 | 肿瘤内微生物群及其在肿瘤发生和发展中的作用 | NA | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 459 | 2024-08-10 |
GATA2 heterozygosity causes an epigenetic feedback mechanism resulting in myeloid and erythroid dysplasia
2024-Aug, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19585
PMID:38887897
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研究论文 | 本文通过生成带有gata2b杂合突变的斑马鱼模型，研究了GATA2半合子不足对造血的影响，并探讨了其导致的髓系和红细胞发育异常的表观遗传反馈机制。 | 首次通过斑马鱼模型研究GATA2半合子不足对造血的影响，并揭示了表观遗传反馈机制在髓系和红细胞发育异常中的作用。 | NA | 探索GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | NA | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | RNA、染色质可及性数据 | 斑马鱼模型 |
| 460 | 2024-08-09 |
Cisplatin resistance-related transcriptome and methylome integration identifies PCDHB4 as a novel prognostic biomarker in small cell lung cancer
2024-Aug-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110413
PMID:39108724
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研究论文 | 本研究通过整合小细胞肺癌的转录组和甲基化组数据，发现PCDHB4作为新的预后生物标志物与顺铂化疗耐药相关 | 首次发现PCDHB4在顺铂耐药的小细胞肺癌中的表达与患者生存率相关，并通过单细胞RNA测序进一步验证了其在肿瘤干细胞特性和上皮-间质转化中的作用 | NA | 探索小细胞肺癌中与顺铂化疗耐药相关的新的预后生物标志物 | 小细胞肺癌患者及顺铂化疗耐药机制 | 数字病理学 | 小细胞肺癌 | RNA测序, 甲基化测序 | Cox回归模型 | 转录组数据, 甲基化数据 | NA |