单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 572 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-08-13 |
A Low Expression of NRF2 Enhances Oxidative Stress and Autophagy in Myofibroblasts, Promoting Progression of Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2024-Aug-08, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究探讨了NRF2低表达如何通过增强氧化应激和自噬促进肌成纤维细胞在慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的作用。 | 首次揭示了NRF2低表达在肌成纤维细胞中通过激活氧化应激和自噬途径促进COPD进展的机制。 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和小鼠模型，未来需在人类样本中验证这些发现。 | 探索慢性阻塞性肺疾病中炎症的潜在机制。 | 肌成纤维细胞在COPD进展中的作用及其与NRF2、氧化应激和自噬途径的关系。 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 使用GSE171541数据集中的肺组织单细胞RNA测序数据，并在小鼠模型中进行了实验验证。 |
| 422 | 2024-08-13 |
Identifying polyamine related biomarkers in diagnosis and treatment of ulcerative colitis by integrating bulk and single-cell sequencing data
2024-08-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-69322-6
PMID:39103474
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞测序数据，识别与溃疡性结肠炎诊断和治疗相关的聚胺相关生物标志物。 | 首次通过综合分析批量和单细胞测序数据，识别出与溃疡性结肠炎活动性和治疗反应相关的关键聚胺相关基因。 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；体外和体内实验验证的样本量有限。 | 旨在识别关键的聚胺相关基因，并探索这些基因与溃疡性结肠炎疾病状态和治疗反应之间的关系。 | 溃疡性结肠炎患者的聚胺代谢酶及其相关基因。 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | mRNA测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自GEO数据库的溃疡性结肠炎患者数据，具体样本数量未详细说明。 |
| 423 | 2024-08-13 |
ST6GALNAC1-mediated sialylation in uterine endometrial epithelium facilitates the epithelium-embryo attachment
2024-Aug-05, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.07.021
PMID:39111624
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研究论文 | 本文研究了ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎植入中的作用 | 首次探讨了sTn-Siglecs轴在胚胎植入中的作用 | NA | 研究ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎植入中的作用 | 人类和鼠类子宫内膜中的ST6GALNAC1和sTn | NA | NA | 免疫组织化学分析、体外植入模型、免疫沉淀结合质谱分析、单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | NA | 蛋白质数据 | 人类和鼠类的子宫内膜细胞及胚胎 |
| 424 | 2024-08-13 |
Intratumoral Cell Heterogeneity in Patient-Derived Glioblastoma Cell Lines Revealed by Single-Cell RNA-Sequencing
2024-Aug-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25158472
PMID:39126040
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究了来自不同患者的胶质母细胞瘤细胞系的肿瘤内细胞异质性 | 揭示了患者来源的胶质母细胞瘤细胞系在细胞组成和基因组变异方面的差异 | 研究仅限于六个患者来源的胶质母细胞瘤细胞系和一个肿瘤样本 | 探究胶质母细胞瘤细胞模型中是否保持了肿瘤内异质性 | 胶质母细胞瘤细胞系和肿瘤样本的细胞组成及基因组变异 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 六个患者来源的胶质母细胞瘤细胞系和一个肿瘤样本 |
| 425 | 2024-08-13 |
Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling
2024-Aug, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103151
PMID:38823314
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综述 | 本文探讨了如何利用系统生物学和单细胞测序技术来识别协调植物生长和发育的候选基因 | 结合系统生物学和单细胞测序技术，以及合成生物学方法来测试假设和定义基因型-表型关系 | 由于复杂的基因网络和通路，识别候选基因仍然是一个挑战 | 探索如何通过工程植物激素信号来协调植物生长、发育和环境响应 | 植物生长和发育的候选基因及其在特定时间和组织背景下的功能 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因序列 | NA |
| 426 | 2024-08-13 |
Definition of a Multi-Omics Signature for Esophageal Adenocarcinoma Prognosis Prediction
2024-Aug-01, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16152748
PMID:39123475
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，识别了与食管腺癌（EAC）抗肿瘤反应相关的特定免疫细胞类型和差异表达基因，并验证了这些转录特征在TCGA患者队列中的预测效能。 | 本研究首次系统地分析了食管腺癌的转录特征，并提出了新的免疫生物标志物，用于预测术后预后和个性化辅助治疗决策。 | NA | 研究旨在识别和验证食管腺癌的转录特征，以预测临床结果和术后预后。 | 食管腺癌（EAC）的转录特征和免疫细胞类型。 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | RNA序列 | TCGA患者队列 |
| 427 | 2024-08-13 |
Single-cell transcriptomic analysis of B cells reveals new insights into atypical memory B cells in COVID-19
2024-Aug, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29851
PMID:39132689
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了康复期COVID-19患者中S1和受体结合域蛋白特异性B细胞，旨在评估非典型记忆B细胞（MBCs）在严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染中的作用和发展途径 | 揭示了与疾病严重程度相关的B细胞亚群中的促炎特征，并提出了非典型MBCs通过生发中心的发展途径 | NA | 评估非典型记忆B细胞在SARS-CoV-2感染中的作用和发展途径 | 康复期COVID-19患者的S1和受体结合域蛋白特异性B细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同临床表现的康复期COVID-19患者 |
| 428 | 2024-08-12 |
Tumor-associated macrophage clusters linked to immunotherapy in a pan-cancer census
2024-Aug-09, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00660-4
PMID:39117688
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研究论文 | 本研究通过跨九种癌症类型的单细胞RNA测序分析，识别了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的不同组成模式，并探讨了TAMs在塑造肿瘤微环境（TME）和影响免疫治疗中的作用。 | 首次进行了跨多种癌症类型的TAMs单细胞RNA测序分析，并开发了机器学习模型来预测免疫检查点阻断反应。 | NA | 研究TAMs在不同癌症类型中的普遍特征及其与肿瘤微环境的相互作用。 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肿瘤微环境（TME）中的功能。 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | RNA序列数据 | 九种癌症类型的样本 |
| 429 | 2024-08-12 |
Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF
2024-Aug-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl5473
PMID:39121212
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研究论文 | 本文通过空间转录组学技术分析了特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织，识别了与疾病相关的三种独特微环境。 | 本文首次将空间转录组学与单细胞RNA测序数据结合，提供了细胞组织背景和基因表达定位，填补了以往研究中缺乏的空间信息。 | NA | 旨在通过空间转录组学技术深入理解IPF的病理微环境，并识别潜在的药物靶点和开发相关的体外模型。 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | IPF患者和对照组患者的肺组织样本 |
| 430 | 2024-08-12 |
3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network
2024-Aug-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl4893
PMID:39121214
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研究论文 | 本文通过数学建模和单细胞RNA测序数据分析，研究了基因组范围内转录爆发的调控机制，并发现Mediator复合体亚单位26（MED26）、MYC、cohesin和Bromodomain-containing蛋白4（BRD4）在调控转录爆发中的不同作用。 | 本文首次揭示了MED26、MYC、cohesin和BRD4在调控转录爆发中的具体作用，并阐明了染色质三维结构在基因调控网络中的重要性。 | 本文主要依赖数学建模和单细胞RNA测序数据进行分析，可能存在实验验证不足的问题。 | 研究基因组范围内转录爆发的调控机制及其在单细胞基因调控网络中的作用。 | 研究对象包括Mediator复合体亚单位26（MED26）、MYC、cohesin和Bromodomain-containing蛋白4（BRD4）等分子机制。 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 数学建模 | RNA测序数据 | 多个条件下的单细胞RNA测序数据 |
| 431 | 2024-08-12 |
Bioinformatics analysis of the tumor microenvironment in melanoma - Constructing a prognostic model based on CD8+ T cell-related genes: An observational study
2024-Aug-09, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000038924
PMID:39121331
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研究论文 | 本研究旨在探索黑色素瘤肿瘤微环境并构建基于CD8+ T细胞相关基因的预后模型 | 通过单细胞测序数据分析和多组学整合，开发了一个基于特定转录因子和目标基因的预后模型，并验证了其在独立数据集上的有效性 | 未提及具体限制 | 构建和验证黑色素瘤的预后模型 | 黑色素瘤肿瘤微环境和CD8+ T细胞相关基因 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | COX和LASSO回归分析 | 单细胞测序数据 | 未提及具体样本数量 |
| 432 | 2024-08-12 |
Single-cell RNA sequencing and cell-cell communication analysis reveal tumor microenvironment associated with chemotherapy responsiveness in ovarian cancer
2024-Aug-09, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-024-03655-6
PMID:39122983
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞间通信分析，揭示了与卵巢癌化疗反应性相关的肿瘤微环境特征 | 首次详细分析了肿瘤微环境中不同成分如何直接影响肿瘤细胞对化疗的反应性 | NA | 探讨肿瘤微环境（TME）对卵巢癌化疗反应性的影响 | 卵巢癌的肿瘤微环境及其对化疗反应的影响 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 包含化疗反应信息的卵巢癌单细胞RNA-seq数据集 |
| 433 | 2024-08-12 |
Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2024-Aug-08, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005
PMID:38925112
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研究论文 | 本文介绍了CPA-Perturb-seq技术，通过3'单细胞RNA测序分析42个CPA调控因子的扰动数据，以推断转录组范围内的多聚腺苷酸化位点使用情况 | 开发了一种新的框架来检测扰动依赖性的多聚腺苷酸化变化，并训练了一个深度神经网络模型APARENT-Perturb来预测并揭示调控复合体间的相互作用 | NA | 旨在更好地理解CPA机器如何调控多聚腺苷酸化位点的选择 | 42个CPA调控因子和它们对多聚腺苷酸化位点选择的影响 | 生物信息学 | NA | 3'单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | RNA测序数据 | 42个CPA调控因子的扰动数据 |
| 434 | 2024-08-12 |
The life-saving benefit of dexamethasone in severe COVID-19 is linked to a reversal of monocyte dysregulation
2024-Aug-08, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.06.014
PMID:38964327
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research paper | 本文研究了地塞米松在严重COVID-19患者中的治疗机制，发现其通过逆转单核细胞的转录特征来改善生存率 | 首次揭示了地塞米松通过逆转严重COVID-19患者的单核细胞失调来提高生存率的分子机制 | 尽管地塞米松治疗及时，但仍有部分患者病情恶化或死亡 | 探讨地塞米松在严重COVID-19患者中的治疗机制及其对单核细胞的影响 | 严重COVID-19患者的单核细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 两组独立队列的致命结果患者 |
| 435 | 2024-08-12 |
Occlusion enhanced pan-cancer classification via deep learning
2024-Aug-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05870-y
PMID:39118043
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GENESO的新框架，通过结合遮挡方法和深度学习进行泛癌分类和标记基因发现 | 提出了一种新的标记基因发现方法Symmetrical Occlusion (SO)，能够模拟基因的“功能获得”和“功能丧失”，并使用较少的关键基因训练出性能更高的LSTM模型 | NA | 开发一种新的深度学习框架，用于泛癌分类和标记基因发现 | RNA-Seq数据中的泛癌样本及其标记基因 | 机器学习 | NA | RNA-Seq | LSTM | RNA表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 436 | 2024-08-12 |
Single-cell genomic profiling to study regeneration
2024-Aug, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2024.102231
PMID:39053027
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综述 | 本文综述了近年来利用高通量单细胞转录组学和其他单细胞分析技术在不同动物模型中研究再生机制的最新进展 | 探讨了不同动物和细胞类型在再生能力上的差异，并总结了关键概念 | NA | 理解再生过程中的细胞和分子机制 | 不同动物模型中的再生能力 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多种动物模型 |
| 437 | 2024-08-12 |
Single-cell landscape reveals the immune heterogeneity of bone marrow involvement in peripheral T-cell lymphoma
2024-Aug, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16227
PMID:38845192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了外周T细胞淋巴瘤患者骨髓浸润的免疫异质性 | 首次揭示了外周T细胞淋巴瘤患者骨髓微环境的单细胞景观 | NA | 探讨外周T细胞淋巴瘤患者骨髓浸润的免疫景观及其与预后的关联 | 外周T细胞淋巴瘤患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11份新鲜骨髓样本 |
| 438 | 2024-08-11 |
MICROPHERRET: MICRObial PHEnotypic tRait ClassifieR using Machine lEarning Techniques
2024-Aug-08, Environmental microbiome
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40793-024-00600-6
PMID:39113074
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研究论文 | 本文利用一系列监督机器学习算法，从广泛可获得的微生物基因组注释中建立了一系列86种代谢和其他生态功能分类模型 | 开发了一种名为MICROPHERRET的工具，能够对微生物基因组进行功能分类，适用于高质量和低质量的基因组数据 | NA | 开发快速自动化的策略，用于微生物基因组的功能分类 | 微生物基因组的功能分类 | 机器学习 | NA | 机器学习算法 | 监督学习模型 | 基因组注释 | 86种功能分类模型 |
| 439 | 2024-08-11 |
Dedifferentiation-like reprogramming of degenerative nucleus pulposus cells into notochordal-like cells by defined factors
2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.06.018
PMID:38879755
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研究论文 | 本研究聚焦于椎间盘退行性疾病，发现通过特定因子组合（OCT4、FOXA2、TBXT）可以诱导退行性髓核细胞向诱导的脊索样细胞进行去分化样重编程 | 首次证明通过因子基础策略可以将退行性体细胞去分化样重编程为相应的祖细胞，为退行性椎间盘疾病的再生提供了一种有前景的方法 | NA | 探索在椎间盘退行性疾病中，通过特定因子组合诱导退行性髓核细胞向脊索样细胞重编程的可能性 | 退行性髓核细胞及脊索样细胞 | NA | 椎间盘退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 使用大鼠模型进行研究 |
| 440 | 2024-08-11 |
PDIA3 orchestrates effector T cell program by serving as a chaperone to facilitate the non-canonical nuclear import of STAT1 and PKM2
2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.038
PMID:38822524
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研究论文 | 本文通过分析类风湿性关节炎（RA）患者的批量和单细胞RNA测序数据，验证了蛋白质二硫键异构酶家族A成员3（PDIA3）作为潜在治疗靶点的角色，并揭示了其在调节T细胞效应程序中的机制。 | 首次揭示PDIA3通过作为伴侣蛋白促进STAT1和PKM2的非经典核输入，从而调控T辅助1（Th1）和Th17谱系相关基因的转录。 | NA | 探究PDIA3在类风湿性关节炎中作为治疗靶点的潜力及其作用机制。 | 类风湿性关节炎患者的T细胞和PDIA3蛋白。 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | RNA测序 | NA | RNA | 来自类风湿性关节炎患者的T细胞样本 |