单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-08-13	Identifying polyamine related biomarkers in diagnosis and treatment of ulcerative colitis by integrating bulk and single-cell sequencing data 2024-08-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-69322-6 PMID:39103474	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞测序数据，识别与溃疡性结肠炎诊断和治疗相关的聚胺相关生物标志物。	首次通过综合分析批量和单细胞测序数据，识别出与溃疡性结肠炎活动性和治疗反应相关的关键聚胺相关基因。	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；体外和体内实验验证的样本量有限。	旨在识别关键的聚胺相关基因，并探索这些基因与溃疡性结肠炎疾病状态和治疗反应之间的关系。	溃疡性结肠炎患者的聚胺代谢酶及其相关基因。	数字病理学	消化系统疾病	mRNA测序, 单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的溃疡性结肠炎患者数据，具体样本数量未详细说明。
422	2024-08-13	Intratumoral Cell Heterogeneity in Patient-Derived Glioblastoma Cell Lines Revealed by Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Aug-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25158472 PMID:39126040	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了来自不同患者的胶质母细胞瘤细胞系的肿瘤内细胞异质性	揭示了患者来源的胶质母细胞瘤细胞系在细胞组成和基因组变异方面的差异	研究仅限于六个患者来源的胶质母细胞瘤细胞系和一个肿瘤样本	探究胶质母细胞瘤细胞模型中是否保持了肿瘤内异质性	胶质母细胞瘤细胞系和肿瘤样本的细胞组成及基因组变异	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	六个患者来源的胶质母细胞瘤细胞系和一个肿瘤样本
423	2024-08-13	Definition of a Multi-Omics Signature for Esophageal Adenocarcinoma Prognosis Prediction 2024-Aug-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152748 PMID:39123475	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，识别了与食管腺癌（EAC）抗肿瘤反应相关的特定免疫细胞类型和差异表达基因，并验证了这些转录特征在TCGA患者队列中的预测效能。	本研究首次系统地分析了食管腺癌的转录特征，并提出了新的免疫生物标志物，用于预测术后预后和个性化辅助治疗决策。	NA	研究旨在识别和验证食管腺癌的转录特征，以预测临床结果和术后预后。	食管腺癌（EAC）的转录特征和免疫细胞类型。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA序列	TCGA患者队列
424	2024-08-13	Single-cell transcriptomic analysis of B cells reveals new insights into atypical memory B cells in COVID-19 2024-Aug, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29851 PMID:39132689	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了康复期COVID-19患者中S1和受体结合域蛋白特异性B细胞，旨在评估非典型记忆B细胞（MBCs）在严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染中的作用和发展途径	揭示了与疾病严重程度相关的B细胞亚群中的促炎特征，并提出了非典型MBCs通过生发中心的发展途径	NA	评估非典型记忆B细胞在SARS-CoV-2感染中的作用和发展途径	康复期COVID-19患者的S1和受体结合域蛋白特异性B细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同临床表现的康复期COVID-19患者
425	2024-08-12	Tumor-associated macrophage clusters linked to immunotherapy in a pan-cancer census 2024-Aug-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00660-4 PMID:39117688	研究论文	本研究通过跨九种癌症类型的单细胞RNA测序分析，识别了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的不同组成模式，并探讨了TAMs在塑造肿瘤微环境（TME）和影响免疫治疗中的作用。	首次进行了跨多种癌症类型的TAMs单细胞RNA测序分析，并开发了机器学习模型来预测免疫检查点阻断反应。	NA	研究TAMs在不同癌症类型中的普遍特征及其与肿瘤微环境的相互作用。	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肿瘤微环境（TME）中的功能。	数字病理学	多种癌症	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA序列数据	九种癌症类型的样本
426	2024-08-12	The life-saving benefit of dexamethasone in severe COVID-19 is linked to a reversal of monocyte dysregulation 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.014 PMID:38964327	research paper	本文研究了地塞米松在严重COVID-19患者中的治疗机制，发现其通过逆转单核细胞的转录特征来改善生存率	首次揭示了地塞米松通过逆转严重COVID-19患者的单核细胞失调来提高生存率的分子机制	尽管地塞米松治疗及时，但仍有部分患者病情恶化或死亡	探讨地塞米松在严重COVID-19患者中的治疗机制及其对单核细胞的影响	严重COVID-19患者的单核细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	两组独立队列的致命结果患者
427	2024-08-12	Occlusion enhanced pan-cancer classification via deep learning 2024-Aug-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05870-y PMID:39118043	研究论文	本文介绍了一种名为GENESO的新框架，通过结合遮挡方法和深度学习进行泛癌分类和标记基因发现	提出了一种新的标记基因发现方法Symmetrical Occlusion (SO)，能够模拟基因的“功能获得”和“功能丧失”，并使用较少的关键基因训练出性能更高的LSTM模型	NA	开发一种新的深度学习框架，用于泛癌分类和标记基因发现	RNA-Seq数据中的泛癌样本及其标记基因	机器学习	NA	RNA-Seq	LSTM	RNA表达数据	未具体说明样本数量
428	2024-08-12	Single-cell genomic profiling to study regeneration 2024-Aug, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2024.102231 PMID:39053027	综述	本文综述了近年来利用高通量单细胞转录组学和其他单细胞分析技术在不同动物模型中研究再生机制的最新进展	探讨了不同动物和细胞类型在再生能力上的差异，并总结了关键概念	NA	理解再生过程中的细胞和分子机制	不同动物模型中的再生能力	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多种动物模型
429	2024-08-12	Single-cell landscape reveals the immune heterogeneity of bone marrow involvement in peripheral T-cell lymphoma 2024-Aug, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16227 PMID:38845192	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了外周T细胞淋巴瘤患者骨髓浸润的免疫异质性	首次揭示了外周T细胞淋巴瘤患者骨髓微环境的单细胞景观	NA	探讨外周T细胞淋巴瘤患者骨髓浸润的免疫景观及其与预后的关联	外周T细胞淋巴瘤患者的骨髓样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11份新鲜骨髓样本
430	2024-08-11	MICROPHERRET: MICRObial PHEnotypic tRait ClassifieR using Machine lEarning Techniques 2024-Aug-08, Environmental microbiome IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40793-024-00600-6 PMID:39113074	研究论文	本文利用一系列监督机器学习算法，从广泛可获得的微生物基因组注释中建立了一系列86种代谢和其他生态功能分类模型	开发了一种名为MICROPHERRET的工具，能够对微生物基因组进行功能分类，适用于高质量和低质量的基因组数据	NA	开发快速自动化的策略，用于微生物基因组的功能分类	微生物基因组的功能分类	机器学习	NA	机器学习算法	监督学习模型	基因组注释	86种功能分类模型
431	2024-08-11	Dedifferentiation-like reprogramming of degenerative nucleus pulposus cells into notochordal-like cells by defined factors 2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.06.018 PMID:38879755	研究论文	本研究聚焦于椎间盘退行性疾病，发现通过特定因子组合（OCT4、FOXA2、TBXT）可以诱导退行性髓核细胞向诱导的脊索样细胞进行去分化样重编程	首次证明通过因子基础策略可以将退行性体细胞去分化样重编程为相应的祖细胞，为退行性椎间盘疾病的再生提供了一种有前景的方法	NA	探索在椎间盘退行性疾病中，通过特定因子组合诱导退行性髓核细胞向脊索样细胞重编程的可能性	退行性髓核细胞及脊索样细胞	NA	椎间盘退行性疾病	单细胞转录组学	NA	细胞	使用大鼠模型进行研究
432	2024-08-11	PDIA3 orchestrates effector T cell program by serving as a chaperone to facilitate the non-canonical nuclear import of STAT1 and PKM2 2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.038 PMID:38822524	研究论文	本文通过分析类风湿性关节炎（RA）患者的批量和单细胞RNA测序数据，验证了蛋白质二硫键异构酶家族A成员3（PDIA3）作为潜在治疗靶点的角色，并揭示了其在调节T细胞效应程序中的机制。	首次揭示PDIA3通过作为伴侣蛋白促进STAT1和PKM2的非经典核输入，从而调控T辅助1（Th1）和Th17谱系相关基因的转录。	NA	探究PDIA3在类风湿性关节炎中作为治疗靶点的潜力及其作用机制。	类风湿性关节炎患者的T细胞和PDIA3蛋白。	免疫学	类风湿性关节炎	RNA测序	NA	RNA	来自类风湿性关节炎患者的T细胞样本
433	2024-08-11	Exome-wide association study identifies KDELR3 mutations in extreme myopia 2024-Aug-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50580-x PMID:39112444	研究论文	本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，识别了与极端近视相关的KDELR3基因突变，并探讨了其在极端近视发病机制中的作用	首次通过全外显子测序和单细胞技术，发现了KDELR3基因在极端近视中的重要作用	NA	探索极端近视的遗传风险基因	极端近视患者和对照组	遗传学	眼科疾病	全外显子测序, 单细胞RNA测序	NA	基因序列, 细胞表达数据	449名极端近视患者和9606名对照组
434	2024-08-11	Single-cell transcriptome profiles the heterogeneity of tumor cells and microenvironments for different pathological endometrial cancer and identifies specific sensitive drugs 2024-Aug-07, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06960-8 PMID:39112478	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同病理类型子宫内膜癌的肿瘤细胞和肿瘤微环境的异质性，并鉴定了对特定病理类型敏感的药物。	首次全面描绘了不同病理类型子宫内膜癌的单细胞转录组图谱，并发现了与特定病理类型相关的潜在有效药物。	研究样本量相对较小，且仅限于体外验证，需要进一步的临床试验验证药物的有效性。	深入了解子宫内膜癌的病理机制，为不同病理类型的个性化治疗提供依据。	不同病理类型的子宫内膜癌肿瘤细胞及其肿瘤微环境。	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	18个子宫内膜癌样本
435	2024-08-11	RankCompV3: a differential expression analysis algorithm based on relative expression orderings and applications in single-cell RNA transcriptomics 2024-Aug-07, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05889-1 PMID:39112940	研究论文	本文介绍了一种名为RankCompV3的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别差异表达基因（DEGs），该方法基于基因对的相对表达顺序（REOs）进行比较	RankCompV3通过比较基因对的相对表达顺序，有效地控制了假阳性率（FPR），并在模拟和真实单细胞RNA测序数据中展示了高准确性和对弱生物信号的高敏感性	NA	开发一种新的算法用于在单细胞RNA测序数据中准确识别差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
436	2024-08-11	COMSE: analysis of single-cell RNA-seq data using community detection-based feature selection 2024-Aug-07, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01963-5 PMID:39113021	研究论文	本研究提出了一种基于社区检测的无监督特征选择框架COMSE，用于从单细胞RNA测序数据中捕获信息基因	COMSE通过社区检测方法识别与批次效应相关的基因社区，从而从噪声中解析出反映生物差异的信号，支持批次效应校正和通路分析等应用	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞亚状态识别和细胞聚类的效率	单细胞RNA测序数据中的信息基因选择	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	社区检测	RNA-seq数据	涉及真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
437	2024-08-11	Multi-omics analysis reveals a feedback loop amplifying immune responses in acute graft-versus-host disease due to imbalanced gut microbiota and bile acid metabolism 2024-Aug-07, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05577-x PMID:39113144	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了急性移植物抗宿主病中免疫反应增强的反馈循环，该循环由肠道微生物群和胆汁酸代谢失衡引起	本研究首次识别了免疫细胞-肠道微生物-胆汁酸代谢物之间的反馈循环，并提出了一种新的非免疫抑制方法来预防急性移植物抗宿主病	NA	揭示急性移植物抗宿主病中免疫反应增强的机制，并开发新的预防方法	急性移植物抗宿主病患者及其肠道微生物群和胆汁酸代谢	数字病理学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序, 16SrRNA测序	NA	RNA, 微生物群, 胆汁酸代谢物	12名接受异基因造血干细胞移植的患者（6名有急性移植物抗宿主病，6名无），82名患者的粪便样本（30名有急性移植物抗宿主病，52名无）
438	2024-08-11	Robust analysis of allele-specific copy number alterations from scRNA-seq data with XClone 2024-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51026-0 PMID:39107346	研究论文	本文介绍了一种名为XClone的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测染色体拷贝数变异	XClone通过在细胞邻域和基因坐标图上进行有效平滑，增强了读取深度和等位基因不平衡信号，从而能够检测到单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性拷贝数变异	NA	开发一种新的统计方法，用于从单细胞转录组数据中准确检测等位基因特异性的拷贝数变异	单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性拷贝数变异	生物信息学	癌症	scRNA-seq	统计方法	转录组数据	多个具有挑战性组成的多个数据集
439	2024-08-11	Large-scale foundation model on single-cell transcriptomics 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02305-7 PMID:38844628	research paper	本文开发了一个名为scFoundation的大型预训练模型，用于单细胞转录组学研究	scFoundation模型具有1亿参数，覆盖约2万个基因，并在超过5000万个单细胞转录组数据上进行预训练，采用非对称transformer架构，能有效捕捉基因间的复杂上下文关系	NA	开发基础模型以解析细胞‘语言’并促进生物医学研究	单细胞转录组数据	natural language processing	NA	NA	transformer	text	超过5000万个单细胞转录组数据
440	2024-08-11	Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02365-9 PMID:39054391	研究论文	本文介绍了biVI模型，该模型结合了变分自编码器框架scVI与描述RNA分子转录和剪接动力学的生物物理模型，用于双模态单细胞RNA测序数据分析	biVI模型不仅保留了变分自编码器在低维空间中捕获细胞类型结构的能力，还能探索影响观察结果的生物物理机制，如系统爆发大小和降解速率	NA	开发一种新的模型来分析双模态单细胞RNA测序数据，并探索其生物物理机制	单细胞RNA测序数据及其生物物理机制	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	RNA测序数据	模拟和实验数据