单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-17	Integration of QTL and comprehensive analysis in the circulating inflammatory cytokines for pan-cancer 2024-Aug-13, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12726-4 PMID:39138392	研究论文	本研究通过整合eQTL和pQTL分析，探讨了循环炎症细胞因子在泛癌中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次使用cis-pQTL工具变量进行两样本MR设计，并通过综合敏感性分析验证结果的稳健性	研究仅基于GWAS的汇总统计数据，未涉及个体水平的数据分析	探究循环炎症细胞因子在泛癌中的遗传代理作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	109种细胞因子和趋化因子在18种实体瘤中的作用	数字病理学	NA	eQTL, pQTL, GWAS, scRNA细胞分析	两样本MR设计	基因组数据	18种实体瘤
382	2024-08-17	The spatial distribution of intermediate fibroblasts and myeloid-derived cells dictate lymph node metastasis dynamics in oral cancer 2024-Aug-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05511-1 PMID:39138492	研究论文	研究口腔鳞状细胞癌（GB-OSCC）肿瘤边缘基因和细胞类型的空间分布，以及这些分布如何影响淋巴结转移的动力学	发现了肿瘤-基质界面是GB-OSCC疾病进展最活跃的区域，并识别了与淋巴结转移和疾病进展相关的空间定位基因	NA	探讨口腔鳞状细胞癌肿瘤边缘基因和细胞类型的空间分布，以及这些分布如何影响淋巴结转移	口腔鳞状细胞癌（GB-OSCC）肿瘤边缘的基因和细胞类型	数字病理学	口腔癌	数字空间转录组学	NA	基因表达数据	23个切除的GB-OSCC样本
383	2024-08-17	Single-cell long-read targeted sequencing reveals transcriptional variation in ovarian cancer 2024-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51252-6 PMID:39134520	研究论文	本文开发了一种名为scTaILoR-seq的单细胞靶向长读长测序方法，用于揭示卵巢癌中的转录变异	scTaILoR-seq方法通过靶向捕获感兴趣的基因，提高了单细胞中目标转录本的检测数量，增强了RNA异构体的全面表征能力	长读长测序技术在单细胞RNA异构体检测中受到通量较低和非预期序列伪影的影响	开发一种新的单细胞长读长靶向测序方法，以探索单细胞分辨率下的转录变异	卵巢癌细胞系和原发性肿瘤中的RNA异构体	数字病理学	卵巢癌	单细胞靶向异构体长读长测序（scTaILoR-seq）	NA	转录组数据	10,796个单细胞转录组
384	2024-08-17	Mutual exclusivity and co-occurrence patterns of immune checkpoints indicate NKG2A relates to anti-PD-1 resistance in gastric cancer 2024-Aug-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05503-1 PMID:39097734	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和多元线性回归交互模型，分析了胃癌中CD8+ T细胞的免疫检查点表达特征及其与抗PD-1治疗抵抗的关系。	揭示了两种不同的免疫检查点表达模式（ICEP），并阐明了NKG2A与PD-1的互斥性和共现特征，为胃癌提供了新的免疫治疗靶点。	NA	探索克服胃癌中抗PD-1治疗抵抗的新机会，并识别与抗PD-1抑制剂联合使用的最佳免疫检查点抑制剂组合方案。	胃癌中的CD8+ T细胞及其免疫检查点表达模式。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多元线性回归交互模型	RNA	NA
385	2024-08-17	The shared role of neutrophils in ankylosing spondylitis and ulcerative colitis 2024-Aug, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00286-3 PMID:39060428	研究论文	本研究通过单细胞测序数据分析，探讨了强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞的相互作用	发现了中性粒细胞在两种疾病中的重要作用，并识别出XBP1作为潜在的治疗靶点	样本量较小，仅包括三名强直性脊柱炎患者	研究强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞的相互作用	强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎患者的椎骨骨髓血液	NA	强直性脊柱炎, 溃疡性结肠炎	10X单细胞测序	NA	单细胞数据	三名强直性脊柱炎患者
386	2024-08-17	Toward universal cell embeddings: integrating single-cell RNA-seq datasets across species with SATURN 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02191-z PMID:38366243	研究论文	本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型的蛋白质嵌入和RNA表达，实现不同物种单细胞RNA测序数据集的整合	SATURN方法能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，并为跨物种分析重新定义差异表达	NA	开发一种方法以整合来自不同物种的单细胞RNA测序数据集，揭示细胞类型的保守性和多样性进化过程	跨物种的单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	深度学习	深度学习模型	RNA测序数据	涉及三种物种的整体器官图谱以及蛙和斑马鱼胚胎发育数据集
387	2024-08-16	Treating epidermolytic ichthyosis and ichthyosis with confetti with epidermal autografts cultured from revertant skin 2024-Aug-14, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae193 PMID:38739763	研究论文	本文评估了从逆转皮肤培养的自体表皮移植物（CEAs）在治疗表皮松解性鱼鳞病（EI）和斑点状鱼鳞病（IWC）患者中的可行性	首次尝试使用从患者自身逆转表皮角质形成细胞生产的CEAs进行治疗，并证明了其潜在的安全性和局部治疗效果	研究样本量小，且在24周后观察到鱼鳞病病变的复发	评估从逆转表皮角质形成细胞生产的自体表皮移植物在EI和IWC患者中的治疗效果	表皮松解性鱼鳞病和斑点状鱼鳞病患者	NA	鱼鳞病	扩增子测序和液滴数字聚合酶链反应分析	NA	RNA测序数据	3名患者
388	2024-08-16	Fibroblasts with high matrix metalloproteinase 2 expression regulate CD8+ T-cell residency and inflammation via CD100 in psoriasis 2024-Aug-14, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae205 PMID:38752329	研究论文	本文探讨了高表达基质金属蛋白酶2（MMP2）的成纤维细胞通过CD100轴调节银屑病中CD8+ T细胞的驻留和炎症的作用。	首次揭示了MMP2hi成纤维细胞通过促进CD100从CD8+ T细胞膜上脱落以及上调CD103，增强CD8+ T细胞驻留，从而加剧银屑病炎症的新机制。	NA	阐明成纤维细胞和MMP2-CD100轴在调节银屑病炎症中的作用。	银屑病患者中的CD8+ T细胞和成纤维细胞。	数字病理学	银屑病	免疫荧光、酶联免疫吸附试验、单细胞转录组测序、细胞相互作用分析、定量逆转录聚合酶链反应。	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据。	从银屑病患者中分离的CD8+ T细胞样本。
389	2024-08-16	Natural killer cells promote neutrophil extracellular traps and restrain macular degeneration in mice 2024-Aug-14, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi6626 PMID:39141700	研究论文	本研究探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）在促进中性粒细胞外陷阱形成和抑制小鼠脉络膜新生血管形成中的作用	首次揭示了NK细胞通过CCR5受体参与招募和渗出，以及通过NKG2D受体抑制中性粒细胞外陷阱形成，从而在脉络膜新生血管形成中发挥保护作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证NK细胞的作用	探讨NK细胞在年龄相关性黄斑变性（nvAMD）中的作用及其潜在的治疗价值	自然杀伤细胞（NK细胞）、中性粒细胞外陷阱、脉络膜新生血管形成	免疫学	年龄相关性黄斑变性	Olink蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、RNA序列数据	涉及人类捐赠者和小鼠模型的NK细胞
390	2024-08-16	LIM domain only 7: a novel driver of immune evasion through regulatory T cell differentiation and chemotaxis in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Aug-14, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01358-7 PMID:39143228	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，发现LIM域仅7（LMO7）在胰腺导管腺癌（PDAC）细胞中通过促进调节性T细胞（Treg）的分化和趋化，以及抑制CD8 T细胞和自然杀伤细胞的细胞毒性，作为免疫逃避的新驱动因子。	首次揭示LMO7通过直接结合并促进Foxp1的泛素化和降解，从而上调TGF-β和CCL5的表达，促进Treg细胞的富集，导致PDAC中的免疫逃避。	NA	旨在揭示胰腺导管腺癌（PDAC）的免疫微环境异质性，并识别驱动免疫逃避的分子机制。	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞中的LIM域仅7（LMO7）及其在免疫逃避中的作用。	免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序，空间蛋白质组学	NA	RNA测序数据，蛋白质组学数据	NA
391	2024-08-16	[The application of the diagnosis and therapy of single cell sequencing technology in central nervous system tumors] 2024-Aug-06, Zhonghua yu fang yi xue za zhi [Chinese journal of preventive medicine] DOI:10.3760/cma.j.cn112150-20231208-00417 PMID:39142884	综述	本文综述了单细胞测序技术在中枢神经系统肿瘤的异质性、诊断、治疗及预后方面的应用	单细胞测序技术为揭示中枢神经系统肿瘤的复杂生态系统提供了机会	大多数研究成果尚未达到临床应用水平	探讨单细胞测序在中枢神经系统肿瘤中的应用及其对肿瘤预后和复发预防的潜在影响	中枢神经系统肿瘤的异质性、诊断、治疗及预后	数字病理学	神经系统肿瘤	单细胞测序技术	NA	细胞	NA
392	2024-08-16	Integrated Single-Cell RNA-seq and ATAC-seq Reveals Heterogeneous Differentiation of CD4+ Naive T Cell Subsets is Associated with Response to Antidepressant Treatment in Major Depressive Disorder 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308393 PMID:38867657	研究论文	本研究通过综合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和ATAC-seq技术，分析了8名健康个体和8名重度抑郁症（MDD）患者在接受抗抑郁治疗前后的外周血单个核细胞，揭示了CD4+幼稚T细胞亚群的异质性分化与抗抑郁治疗反应的关联。	本研究首次结合scRNA-seq和ATAC-seq技术，揭示了MDD患者中CD4+幼稚T细胞的异质性分化与抗抑郁治疗反应的关联，并识别出响应者中特定激活的CD4+幼稚T细胞群及其上游调控因子ETS。	研究样本量较小，且仅包括8名MDD患者和8名健康个体，可能影响结果的普遍性。	探讨重度抑郁症患者抗抑郁治疗反应的分子机制。	重度抑郁症（MDD）患者和健康个体的外周血单个核细胞。	数字病理学	抑郁症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和ATAC-seq	NA	RNA和染色质可及性数据	8名MDD患者和8名健康个体
393	2024-08-16	Unraveling the connection between Hashimoto's Thyroiditis and non-alcoholic fatty liver disease: exploring the role of CD4+central memory T cells through integrated genetic approaches 2024-Aug, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-024-03745-z PMID:38400881	研究论文	本研究通过综合遗传方法探讨桥本甲状腺炎与非酒精性脂肪肝病之间的联系，特别是CD4+中央记忆T细胞的作用。	本研究首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化等方法，揭示了CD4+中央记忆T细胞在桥本甲状腺炎和非酒精性脂肪肝病中的关键作用，并鉴定了MAGI3基因作为这两种疾病的标志基因。	NA	探索桥本甲状腺炎与非酒精性脂肪肝病之间的潜在联系。	桥本甲状腺炎和非酒精性脂肪肝病患者及健康对照的CD4+中央记忆T细胞。	遗传学	桥本甲状腺炎，非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序，孟德尔随机化	NA	基因表达数据	桥本甲状腺炎、非酒精性脂肪肝病及健康对照的单细胞RNA测序数据
394	2024-08-16	B cells expressing mutated IGHV1-69-encoded antigen receptors related to virus neutralization show lymphoma-like transcriptomes in patients with chronic HCV infection 2024-Aug-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000503 PMID:39082968	研究论文	本文研究了慢性HCV感染患者中表达突变IGHV1-69编码抗原受体的B细胞，这些细胞与病毒中和相关，并显示出类似淋巴瘤的转录组特征	首次揭示了淋巴瘤样细胞可能源自抗HCV免疫反应，并提供了这些细胞在病毒清除后仍持续存在并可能导致B细胞功能障碍和淋巴瘤风险的机制基础	NA	探讨慢性HCV感染患者中B细胞的免疫反应及其与淋巴瘤样细胞的关系	慢性HCV感染患者及接受直接抗病毒治疗的患者的B细胞受体（BCR）	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	慢性HCV感染患者及HCV治疗后持续病毒学应答（SVR）患者的样本
395	2024-08-16	In vivo single-cell CRISPR uncovers distinct TNF programmes in tumour evolution 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07663-y PMID:39020166	研究论文	本文开发了一种体内单细胞CRISPR策略，用于系统研究150个最常突变的鳞状细胞癌基因的组织范围克隆动态，揭示了肿瘤坏死因子（TNF）信号模块在肿瘤进化中的作用。	首次采用体内单细胞CRISPR筛选技术，结合超声引导的子宫内慢病毒微注射、单细胞RNA测序和引导捕获，实时监测克隆扩展并记录其背后的基因程序。	NA	研究肿瘤进化模型中，恶性转化前随机分布的驱动突变如何导致少数克隆转化为恶性肿瘤的机制。	150个最常突变的鳞状细胞癌基因的组织范围克隆动态。	数字病理学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
396	2024-08-16	Integrated multi-omic analyses uncover the effects of aging on cell-type regulation in glucose-responsive tissues 2024-Aug, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14199 PMID:38932492	研究论文	本研究通过整合转录组学、甲基组学、单细胞RNA测序和代谢组学数据，探讨了衰老对葡萄糖应答组织中细胞类型调控的影响	首次全面评估了衰老及其相关细胞类型响应的影响，并识别了潜在的血液生物标志物	NA	研究衰老对葡萄糖应答组织中细胞类型调控的影响	脂肪组织和肌肉组织	组学	NA	转录组学、甲基组学、单细胞RNA测序、代谢组学	共表达网络分析	转录组、甲基组、单细胞RNA、代谢组	NA
397	2024-08-16	Tracing Immunological Interaction in Trimethylamine N-Oxide Hydrogel-Derived Zwitterionic Microenvironment During Promoted Diabetic Wound Regeneration 2024-Aug, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202402738 PMID:38885961	研究论文	本研究开发了一种新型三甲胺N-氧化物（TMAO）衍生的两性离子水凝胶，用于促进糖尿病伤口愈合，并探索了两性离子水凝胶周围的多细胞生态系统	首次使用两性离子水凝胶促进糖尿病伤口愈合，并通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞在两性离子微环境中的作用	NA	解析糖尿病伤口愈合过程中的多细胞特征并寻求治疗策略	糖尿病伤口愈合过程中的免疫调节机制	生物材料	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
398	2024-08-16	Astaxanthin Alleviates Autoimmune Hepatitis by Modulating CD8+ T Cells: Insights From Mass Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403148 PMID:38874408	研究论文	本研究通过使用质谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析，探讨了虾青素（ASX）通过调节CD8+ T细胞减轻自身免疫性肝炎（AIH）的作用。	本研究首次通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，揭示了虾青素对CD8+ T细胞数量和功能的调节作用，并预测了关键的转录因子及构建了细胞间通信网络。	研究仅在AIH的小鼠模型中进行，未来需要进一步在人体中验证虾青素的效果和机制。	探讨虾青素在自身免疫性肝炎中的作用及其对CD8+ T细胞的调节机制。	自身免疫性肝炎（AIH）的小鼠模型及CD8+ T细胞。	NA	自身免疫性疾病	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	小鼠模型中的多个样本
399	2024-08-16	Sexually Dimorphic Response to Hepatic Injury in Newborn Suffering from Intrauterine Growth Restriction 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403095 PMID:38867614	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了宫内生长受限（IUGR）新生猪肝脏细胞的景观，揭示了性别依赖的IUGR诱导的肝脏损伤模式	首次探索了利用早期发育可塑性逆转不良胎儿编程结果的可能性，并发现了Apolipoprotein A4（APOA4）作为IUGR男性中对抗缺氧的保护性反应的新型生物标志物	研究仅限于猪模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果	研究宫内生长受限对新生儿肝脏功能的影响及性别差异	宫内生长受限的新生猪	NA	肝脏疾病	scRNA-seq	NA	细胞	来自同一胎儿的猪仔
400	2024-08-16	Identification and Characterization of Metastasis-Initiating Cells in ESCC in a Multi-Timepoint Pulmonary Metastasis Mouse Model 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401590 PMID:38864342	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，在多时间点肺转移小鼠模型中鉴定并表征了食管鳞状细胞癌（ESCC）中的转移起始细胞（MICs）。	本研究首次鉴定出ESCC中的转移起始细胞，并识别出一组7个转移起始标志基因（MIS），这些基因在功能研究和生物信息学分析中显示出对早期转移微环境的潜在重塑作用。	本研究主要基于小鼠模型和临床样本，未来需要进一步的人体临床试验来验证这些发现。	旨在鉴定和表征食管鳞状细胞癌中的转移起始细胞，并探索其在早期转移中的作用。	食管鳞状细胞癌（ESCC）中的转移起始细胞（MICs）及其相关标志基因。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个时间点的肺转移小鼠模型中的ESCC细胞