单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-03-04	Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50849-1 PMID:39095365	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观及其分子调控机制	首次在单细胞分辨率下结合空间信息，展示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观，并揭示了区域特异性基因调控网络	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类心脏传导系统的研究	研究心脏传导系统的分子构成和调控机制	小鼠出生后的心脏传导系统	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、ATAC-seq、ChIP-seq	NA	转录组数据	小鼠心脏传导系统的多个区域
22	2025-03-02	Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish 2024-Aug-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50780-5 PMID:39138165	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、谱系追踪和突变分析，揭示了斑马鱼颅骨扩张期间骨缝处骨形成的关键发育转变	识别了中缝区域的一个非成骨性间充质细胞亚群，这些细胞通过局部BMP拮抗作用限制骨形成，确保骨缝形态正常	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需验证	探讨颅骨扩张期间骨缝处骨形成的调控机制	斑马鱼颅骨缝	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、突变分析	NA	基因表达数据	NA
23	2025-03-01	Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09929-5 PMID:38775849	研究论文	本文开发并全面表征了一种可扩展的3D协议，用于生成表型稳定的心脏hPSC-微血管样内皮细胞（hPSC-CMVECs）和心脏周细胞样细胞，用于心脏应用	通过3D搅拌罐生物反应器培养血管类器官，并对生成的3D hPSC-ECs进行高浓度VEGF-A处理，促进了3DV hPSC-ECs的表型稳定性，并通过单细胞RNA测序揭示了心脏内皮和微血管相关基因的显著表达	NA	开发一种用于研究心脏微血管以及CMD的内皮依赖性和非依赖性机制的细胞模型	人类多能干细胞衍生的内皮细胞（hPSC-ECs）和心脏周细胞样细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
24	2025-02-27	Adaptation to ex vivo culture reduces human hematopoietic stem cell activity independently of the cell cycle 2024-08-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021426 PMID:38805639	研究论文	本研究通过时间分辨单细胞RNA测序和体内功能分析，揭示了人类长期造血干细胞（LT-HSC）在体外培养中的功能丧失机制	研究发现LT-HSC在体外培养中的功能丧失与细胞周期进展无关，并提出了通过抑制JAK/STAT信号通路来改善HSC功能的策略	研究主要关注LT-HSC在体外培养中的早期适应过程，未涉及长期培养的影响	研究旨在揭示人类LT-HSC在体外培养中功能丧失的机制，并探索改善HSC功能的策略	人类长期造血干细胞（LT-HSC）	细胞生物学	NA	时间分辨单细胞RNA测序，体内功能分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
25	2025-02-27	Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease 2024-Aug-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043 PMID:38857990	研究论文	本研究通过建立患者来源的肠道类器官生物库，揭示了肠道上皮MHC-I表观遗传失调在严重克罗恩病中的新机制	首次发现并验证了肠道上皮MHC-I的表观遗传调控在克罗恩病发病机制中的关键作用，并开发了疾病预后的表观遗传分子标志物	研究主要基于体外类器官模型和小鼠模型，需要进一步在人体内验证其临床适用性	探讨肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用	168名患者的312个肠道上皮类器官（包括克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及健康对照）	数字病理学	克罗恩病	全基因组分子分析、DNA甲基化分析、批量及单细胞RNA测序、基因编辑	NA	DNA甲基化数据、RNA测序数据	168名患者的312个肠道上皮类器官
26	2025-02-26	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Aug-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1 PMID:39149508	研究论文	本文介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分析方法，旨在提高数据因子分析的解读能力	sciRED通过去除已知的混杂效应、使用旋转提高因子的可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕捉隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子所代表的基因和生物过程，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的解读能力	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	sciRED	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
27	2025-02-26	High-dimensional single-cell analysis of human natural killer cell heterogeneity 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01883-0 PMID:38956378	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术，深入解析了人类自然杀伤细胞（NK细胞）的异质性	首次在健康人血液中识别出三个主要的NK细胞亚群，并进一步细分为六个不同的亚组，揭示了它们的分子特征、关键转录因子、生物学功能、代谢特性和细胞因子反应	研究主要基于健康个体的样本，对于疾病状态下的NK细胞异质性分析尚不充分	解析人类自然杀伤细胞的异质性及其在不同组织中的分布	人类自然杀伤细胞（NK细胞）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CITE-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康人血液、肺、扁桃体和上皮内淋巴细胞样本，以及22种肿瘤类型的样本
28	2025-02-26	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，构建了人类大脑血管系统的分子图谱，涵盖了发育期、成年期及疾病状态	首次大规模单细胞RNA测序分析人类大脑血管系统，揭示了健康与疾病状态下血管的分子异质性及细胞间相互作用	样本来源主要为胎儿和成年患者，可能无法完全代表所有年龄段或疾病类型	研究人类大脑血管系统的细胞和分子结构，特别是在发育、成年及疾病状态下的变化	606,380个新鲜分离的内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本	单细胞测序	脑肿瘤、脑血管畸形	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	606,380个细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本
29	2025-02-25	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的病理过程	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现Epsins通过增强OCT4活性和抑制KLF4来促进平滑肌细胞向有益细胞类型转化	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探索Epsins在平滑肌细胞重编程中的作用及其在冠状动脉疾病中的潜在治疗价值	平滑肌细胞	分子生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞
30	2025-02-25	Gas6-Axl signal promotes indoor VOCs exposure-induced pulmonary fibrosis via pulmonary microvascular endothelial cells-fibroblasts cross-talk 2024-08-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.134786 PMID:38824778	研究论文	本研究探讨了室内挥发性有机化合物（VOCs）暴露通过肺微血管内皮细胞与成纤维细胞的相互作用促进肺纤维化的机制	揭示了VOCs暴露通过Gas6-Axl信号通路激活成纤维细胞的新机制，并发现Atf3基因在调控PANoptosis表型中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人体内的机制仍需进一步验证	阐明VOCs暴露诱导肺纤维化的潜在分子机制	小鼠模型及肺微血管内皮细胞与成纤维细胞	生物医学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
31	2025-02-23	Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory 2024-Aug-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406787121 PMID:39163337	研究论文	本文研究了骨骼肌干细胞（MuSCs）对微环境硬度的记忆效应及其对细胞功能的影响	使用动态水凝胶生物材料，能够在光照下软化和硬化，揭示了MuSCs对基质硬度的持久记忆效应及其分子机制	研究主要基于体外实验，未完全验证在体内环境中的适用性	探讨MuSCs是否具有对过去微环境的记忆，以及这种记忆是否可以被克服	骨骼肌干细胞（MuSCs）	生物材料	杜氏肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
32	2025-02-23	Astrocytes Modulate a Specific Paraventricular Thalamus→Prefrontal Cortex Projection to Enhance Consciousness Recovery from Anesthesia 2024-Aug-21, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1808-23.2024 PMID:38926088	研究论文	本研究通过动物模型和电生理记录，揭示了星形胶质细胞在促进从七氟醚麻醉中恢复意识中的作用	发现了特定的PVT→前额叶皮层投射在意识恢复中的作用，并揭示了七氟醚通过抑制PVT星形胶质细胞Kir4.1电导来调节这一过程	研究主要基于雄性小鼠模型，未涉及其他性别或物种	探索星形胶质细胞在麻醉恢复中的具体调节机制	雄性小鼠的星形胶质细胞和谷氨酸能神经元	神经科学	麻醉恢复	单细胞RNA测序、电生理记录	NA	电生理数据、RNA测序数据	雄性小鼠
33	2025-02-21	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.08.607264 PMID:39149388	研究论文	本文介绍了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较不同实验条件下收集的高维数据集，以提取在某一条件下富集的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调整的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）需要调参且无法对称比较两个实验条件的问题	NA	开发一种无需超参数调整的高维数据集比较方法，以提取不同实验条件下的低维模式	高维生物数据	机器学习	2型糖尿病	单细胞RNA测序	gcPCA	高维数据	NA
34	2025-02-20	Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism 2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13080978 PMID:39199224	研究论文	本研究探讨了特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）局部高浓度对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响，使用体外模型系统和三维离体人体组织模型进行评估	研究首次揭示了局部高浓度重金属暴露对鞘脂代谢途径的差异调节作用，并识别了氧化应激的转录组特征	研究主要基于体外和离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响及其在哮喘中的作用	特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）暴露的细胞和人体肺组织	生物医学	哮喘	空间转录组学、定量实时PCR	体外模型系统、三维离体人体组织模型	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量
35	2025-02-19	Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics 2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401540121 PMID:39150785	研究论文	本文通过从单细胞RNA速度中学习细胞状态向量场，量化单细胞全局非平衡驱动力，揭示了细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	提出了从单细胞数据中量化Waddington景观的方法，揭示了细胞命运决策的过渡状态和先驱基因的作用，并引入了循环通量的概念来量化每个循环通量对细胞状态转变的贡献	NA	探索细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞转录组数据	NA
36	2025-02-13	Endothelial Heterogeneity in the Response to Autophagy Drives Small Vessel Muscularization in Pulmonary Hypertension 2024-Aug-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.068726 PMID:38873770	研究论文	本文研究了内皮细胞在缺氧条件下对自噬的不同反应如何导致肺动脉高压中的小血管肌肉化	揭示了自噬激活在肺动脉内皮细胞（PAECs）和微血管内皮细胞（MVECs）中的不同作用，以及这种差异如何导致血管重塑	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨内皮细胞在肺动脉高压中的异质性反应及其对血管重塑的影响	小鼠、大鼠和人类的内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠、大鼠和人类肺组织样本
37	2025-02-13	Single-cell RNA sequencing reveals placental response under environmental stress 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50914-9 PMID:39095385	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠胎盘在砷暴露下的反应，揭示了细胞类型特异性基因表达、功能和病理变化	首次在26种胎盘细胞类型中发现Prap1基因显著上调，并揭示了PRAP1在砷暴露下的性别偏向性增加及其在胎盘中的定位	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘的反应可能有所不同	研究环境压力（如砷暴露）对胎盘的影响	小鼠胎盘细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠胎盘细胞
38	2025-02-13	Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics 2024-Aug, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100067 PMID:39149129	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，评估了慢性乙型肝炎（CHB）患者肝内转录景观、细胞组成和生物途径，特别是在乙型肝炎病毒（HBV）与丁型肝炎病毒（HDV）或HIV共感染的情况下的特征	首次使用NanoString GeoMx数字空间分析平台，结合人类肝脏细胞图谱的训练矩阵，对HBV、HDV和HIV共感染患者的肝活检样本进行空间转录组学分析，揭示了与疾病状态和免疫反应相关的空间离散转录组特征和生物途径	样本量较小，仅包括三名未接受过治疗的患者，可能限制了结果的普遍性	评估空间转录组学方法在描述HBV、HDV和HIV共感染患者肝内转录景观、细胞组成和生物途径中的应用	慢性乙型肝炎（CHB）患者，特别是与HDV或HIV共感染的患者	数字病理学	乙型肝炎	NanoString GeoMx数字空间分析平台，人类全转录组图谱分析	加权基因相关网络分析	空间转录组数据	三名未接受过治疗的慢性HBV和HDV或HIV共感染患者的肝活检样本
39	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk 2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607986 PMID:39211101	研究论文	本文利用单细胞和空间转录组学技术，分析了外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤，揭示了VLS的分子发病机制	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面分析VLS的分子异质性，并揭示了不同细胞类型中的分子变化和信号通路激活	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证潜在生物标志物和治疗靶点的临床效果	揭示外阴硬化性苔藓（VLS）的分子发病机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组学, 空间转录组学	单层和器官型培养模型	基因表达数据	VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本
40	2025-02-09	Stellate cells are in utero markers of pancreatic disease in cystic fibrosis 2024-Aug-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00871-2 PMID:39112965	研究论文	本文通过绵羊CF模型研究了囊性纤维化（CF）胰腺疾病的演变过程，发现星状细胞在CF胰腺疾病中的关键作用	首次在CF绵羊模型中通过单细胞RNA测序技术识别出在CF胰腺疾病中显著过表达的独特细胞群体，特别是星状细胞	研究仅基于绵羊模型，尚未在人类中进行验证	探讨囊性纤维化胰腺疾病的早期演变机制	CFTR-/-绵羊的胎儿胰腺	数字病理学	囊性纤维化	RNA-seq, scRNA-seq, 免疫化学	CFTR-/-绵羊模型	RNA序列数据	从妊娠50天到足月的六个时间点收集的胎儿胰腺样本