单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 534 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
21	2026-04-17	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了人类大脑血管系统在发育、成年和疾病状态下的分子图谱	首次大规模单细胞水平揭示了人类大脑血管系统的分子异质性，并识别了疾病血管中动脉静脉分化改变、胎儿基因重新激活以及保守的失调通路	样本来源包括胎儿和成人患者，但可能未覆盖所有疾病亚型或种族多样性，且为观察性研究，机制验证需进一步实验	解析人类大脑血管系统的细胞和分子结构，以理解其在发育、健康和疾病中的作用	人类胎儿和成人患者的大脑血管内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞	单细胞组学	脑肿瘤、脑血管畸形	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	117个样本，来自68个人类胎儿和成人患者，共606,380个细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
22	2026-04-14	Diversity of group 1 innate lymphoid cells in human tissues 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01885-y PMID:38956380	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术研究人类组织中第1组先天淋巴样细胞（ILC1s）的多样性，揭示了不同组织中ILC1亚型的高度可变性	首次通过单细胞RNA测序和流式细胞术系统性地描绘了人类组织中ILC1s的多样性，并识别出肠道上皮中富含成熟的EOMES ILC1s以及其他组织中表达ZNF683的NK细胞，这些发现为理解ILC1-NK谱系在疾病中的表型和功能变化奠定了基础	NA	研究人类组织中第1组先天淋巴样细胞（ILC1s）的多样性和分布	人类组织中的第1组先天淋巴样细胞（ILC1s）和自然杀伤（NK）细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
23	2026-04-11	In vivo single-cell CRISPR uncovers distinct TNF programmes in tumour evolution 2024-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07663-y PMID:39020166	研究论文	本研究开发了一种体内单细胞CRISPR策略，系统性研究了150个最常见突变的鳞状细胞癌基因在组织范围内的克隆动态，揭示了肿瘤坏死因子（TNF）信号模块在肿瘤演化中的不同作用	开发了结合超声引导子宫内慢病毒显微注射、单细胞RNA测序和引导捕获的体内单细胞CRISPR筛选策略，首次在哺乳动物组织中纵向监测克隆扩张并记录其单细胞转录组水平的基因程序	研究主要聚焦于鳞状细胞癌相关基因，其他癌症类型的普适性有待验证；体内模型的复杂性可能限制某些机制的完全解析	探究正常组织中克隆扩张的机制，以及为何仅有少数克隆最终转化为恶性肿瘤	鳞状细胞癌相关基因、上皮组织克隆、肿瘤细胞	单细胞组学	鳞状细胞癌	单细胞CRISPR筛选、单细胞RNA测序、引导捕获测序	NA	单细胞转录组数据	涉及150个最常见突变的鳞状细胞癌基因	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
24	2026-04-10	Harnessing Porphyrin Accumulation in Liver Cancer: Combining Genomic Data and Drug Targeting 2024-08-07, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14080959 PMID:39199347	研究论文	本研究通过基因组数据和单细胞RNA测序，揭示了肝癌中血红素生物合成过程的异常，即“卟啉过度驱动”，导致中间代谢物积累，并探讨了靶向此过程的药物协同策略	首次在肝癌中发现“卟啉过度驱动”现象，将血红素中间代谢物积累与肿瘤生存及患者预后不良联系起来，并提出了靶向治疗的药物协同策略	研究主要基于体外概念验证数据，缺乏体内实验验证，且样本规模和临床转化潜力未明确说明	探究健康和癌变肝脏中血红素和卟啉代谢的差异，以识别肝癌治疗的新靶点	人类肝脏组织，包括健康肝脏和肝癌样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNAseq），转录组学分析	NA	转录组数据，单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
25	2026-04-09	Exploration of bacterial lipopolysaccharide-related genes signature based on T cells for predicting prognosis in colorectal cancer 2024-08-06, Aging DOI:10.18632/aging.206041 PMID:39115879	研究论文	本研究基于T细胞相关的细菌脂多糖基因特征，构建并验证了一个用于预测结直肠癌预后和免疫治疗反应的生物标志物模型	首次整合单细胞RNA测序数据和毒理基因组数据库，筛选出与T细胞相关的细菌脂多糖基因，并构建了一个新的预后风险特征模型，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证，且样本量有限，可能影响模型的泛化能力	探索细菌脂多糖相关基因与T细胞的关系，以开发新的生物标志物来预测结直肠癌的预后和免疫治疗反应	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序，生物信息学分析	预后风险特征模型	基因表达数据，临床数据	TCGA-COAD队列和GSE39582队列的结直肠癌患者样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
26	2026-04-06	aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph 2024-Aug-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03339-y PMID:39090647	研究论文	本文介绍了一种名为aKNNO的新方法，用于单细胞和空间转录组学数据聚类，通过优化的自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型	aKNNO通过自适应k近邻图优化，克服了传统方法在识别稀有细胞类型时性能下降的问题，实现了对丰富和稀有细胞类型的准确同时识别	NA	开发一种能同时准确识别丰富和稀有细胞类型的单细胞和空间转录组学聚类方法	单细胞和空间转录组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	自适应k近邻图	基因表达数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
27	2026-03-19	The heart is a resident tissue for hematopoietic stem and progenitor cells in zebrafish 2024-08-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51920-7 PMID:39217144	研究论文	本研究通过单细胞测序和高分辨率成像技术，揭示了斑马鱼心内膜是造血干细胞和祖细胞的常驻组织，并证明了心内膜对造血的贡献	首次在斑马鱼中证实心内膜能够产生并维持稳定的造血细胞群，特别是造血干细胞/祖细胞和巨核细胞-红系前体细胞，并揭示了其作为造血储备库的功能	研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性仍需进一步验证；对维持机制的探索尚未完全阐明所有依赖因素	探究心内膜细胞对造血谱系的贡献及其维持机制	斑马鱼心内膜细胞及相关的造血干细胞和祖细胞	发育生物学与造血研究	NA	单细胞测序，高分辨率显微镜，光转换示踪实验，光片显微镜活体成像	NA	单细胞转录组数据，显微成像数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
28	2026-03-19	scCAD: Cluster decomposition-based anomaly detection for rare cell identification in single-cell expression data 2024-08-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51891-9 PMID:39215003	研究论文	本文提出了一种基于聚类分解的异常检测方法scCAD，用于在单细胞表达数据中识别稀有细胞类型	scCAD通过迭代分解聚类，基于每个聚类中最具差异的信号来有效分离稀有细胞类型，克服了现有方法在聚类阶段可能遗漏稀有细胞的问题	NA	开发一种新方法以在单细胞RNA测序数据中准确识别稀有细胞类型	单细胞表达数据中的稀有细胞类型	数字病理学	透明细胞肾细胞癌	单细胞RNA测序	基于聚类分解的异常检测方法	单细胞表达数据	25个真实世界scRNA-seq数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
29	2026-03-19	STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics 2024-08-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51728-5 PMID:39214995	研究论文	本文提出了一种名为STIE的期望最大化算法，用于在基于原位捕获的空间转录组学中实现单细胞水平的去卷积、卷积和聚类	STIE算法通过将空间转录组与匹配的组织学图像核形态对齐，从约70%的间隙区域恢复缺失细胞，实现了真实单细胞水平和全玻片尺度的分析	NA	解决原位捕获空间转录组学中固定大小和位置的斑点无法精确捕获随机分布单细胞的问题，实现单细胞水平转录组分析	空间转录组数据及其匹配的组织学图像	空间转录组学	NA	原位捕获空间转录组学	期望最大化算法	空间转录组数据、组织学图像	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
30	2026-03-19	Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts 2024-Aug-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02062-3 PMID:39095854	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了肝细胞癌的肿瘤异质性景观，识别了三种肿瘤细胞亚型，并发现S100A6+促转移亚型与成纤维细胞之间的相互作用环路	首次通过整合52个单细胞RNA测序和5个空间转录组学数据，建立了肝细胞癌恶性细胞的异质性景观，识别了三种肿瘤细胞亚型，并揭示了S100A6+促转移亚型与成纤维细胞之间的正反馈环路	未明确提及样本的具体来源或数量限制，且研究主要基于现有数据分析，缺乏实验验证的详细描述	理解肝细胞癌的肿瘤异质性及其在肿瘤进展和转移中的作用	肝细胞癌的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	整合分析方法，轨迹分析，富集分析	单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据	52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	NA
31	2026-03-18	Single-cell multidimensional profiling of tumor cell heterogeneity in supratentorial ependymomas 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.07.607066 PMID:41738029	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和活细胞成像技术，系统描绘了幕上室管膜瘤的肿瘤细胞异质性、空间组织和动态行为	首次在单细胞和空间维度上整合分析了幕上室管膜瘤的细胞状态、空间架构及微环境影响，揭示了肿瘤内两种不同的祖细胞样状态，并发现了脑内常驻细胞对肿瘤细胞向神经元样表型转化的新作用	未明确说明样本数量及具体技术平台细节，且研究聚焦于特定亚型，结论的普适性有待进一步验证	解析幕上室管膜瘤的肿瘤异质性、空间组织模式及其与神经微环境的相互作用	幕上室管膜瘤（一种儿童侵袭性脑肿瘤）的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	脑肿瘤（幕上室管膜瘤）	单细胞转录组测序, 空间转录组学, 活细胞成像	NA	转录组数据, 空间位置数据, 影像数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
32	2026-03-13	Integrated Single-Cell RNA-seq and ATAC-seq Reveals Heterogeneous Differentiation of CD4+ Naive T Cell Subsets is Associated with Response to Antidepressant Treatment in Major Depressive Disorder 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308393 PMID:38867657	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和ATAC测序，揭示了CD4+初始T细胞亚群的异质性分化与重度抑郁症患者对抗抑郁治疗反应之间的关联	首次结合单细胞RNA-seq和ATAC-seq技术，在MDD患者中识别出与治疗反应相关的特定激活CD4初始T细胞群体，并提出了ETS作为MAPK通路的上游调控因子	样本量相对较小（8名健康个体和8名MDD患者），且主要基于外周血单核细胞，可能无法完全反映中枢神经系统的免疫变化	探究重度抑郁症患者对抗抑郁治疗反应异质性的分子机制	重度抑郁症患者和健康个体的外周血单核细胞，特别是CD4+初始T细胞	单细胞组学	重度抑郁症	单细胞RNA测序, ATAC测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	8名健康个体和8名MDD患者用于单细胞测序，另有一个独立队列包括35名患者和40名健康个体用于流式细胞术验证	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	NA
33	2026-03-13	Single-Cell Spatial Transcriptomics Unveils Platelet-Fueled Cycling Macrophages for Kidney Fibrosis 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308505 PMID:38838052	研究论文	本研究揭示了血小板通过THBS1信号调控一种新型“循环M2”巨噬细胞亚群，从而驱动肾脏纤维化的机制	首次结合单细胞和空间转录组技术，在肾脏损伤修复过程中鉴定出由血小板信号调控的、兼具M2表型与增殖活性的新型“循环M2”巨噬细胞亚群，并阐明其促纤维化作用	研究主要基于小鼠缺血/再灌注损伤模型，在人类肾脏疾病中的普适性仍需进一步验证；血小板THBS1信号下游的具体分子通路尚未完全解析	探究血小板在肾脏损伤后修复过程中的具体作用及其促进急性肾损伤向慢性肾病转变的机制	小鼠肾脏缺血/再灌注损伤模型中的免疫细胞（重点关注血小板和巨噬细胞）	空间转录组学	肾脏疾病	单细胞转录组测序，空间转录组技术	NA	单细胞RNA测序数据，空间基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	NA
34	2026-03-13	Deep Batch Integration and Denoise of Single-Cell RNA-Seq Data 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308934 PMID:38778573	研究论文	本文介绍了一种名为DeepBID的新型深度学习方法，用于同时进行单细胞RNA测序数据的批次效应校正、非线性降维、嵌入和细胞聚类	DeepBID采用基于负二项分布的自动编码器，结合双重Kullback-Leibler散度损失函数，在一致的低维潜在空间中对齐不同批次的细胞点，并通过迭代聚类逐步减轻批次效应	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序数据集成和去噪方法，以消除批次效应，确保数据的准确解释和全面分析	单细胞转录组数据集，特别是来自不同实验室或scRNA-seq协议的相同组织或细胞系的数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	自动编码器	单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
35	2026-03-13	A Cell Cycle-Aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401815 PMID:38887194	研究论文	本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于在整合单细胞多组学数据时去除细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异	这是首个研究单细胞多组学数据整合中细胞周期效应的计算模型	NA	研究单细胞多组学数据整合中的细胞周期效应，并开发去除该效应的方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据	机器学习	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	细胞周期感知网络（CCAN）	单细胞多组学数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	NA
36	2026-03-13	Patient-Derived Tumor Organoids Combined with Function-Associated ScRNA-Seq for Dissecting the Local Immune Response of Lung Cancer 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400185 PMID:38896792	研究论文	本研究开发了一种结合患者来源的肺癌类器官和功能关联单细胞RNA测序的平台，用于解析肺癌局部免疫微环境对免疫治疗的动态响应	开发了功能关联单细胞RNA测序平台，可在单个类器官水平同时进行表型评估和scRNA-seq，并利用该平台揭示了患者来源的肺癌类器官保留了亲本肿瘤组织的免疫微环境异质性	研究样本量相对较小，仅来自7名患者，且为体外模型研究	解析肺癌局部肿瘤免疫微环境对免疫检查点阻断治疗的动态响应	患者来源的原发性肺癌类器官及其中的浸润免疫细胞	单细胞组学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	来自7名患者的171个个体pLCOs	NA	单细胞RNA-seq	NA	功能关联单细胞RNA测序平台
37	2026-03-13	Sexually Dimorphic Response to Hepatic Injury in Newborn Suffering from Intrauterine Growth Restriction 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403095 PMID:38867614	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了宫内生长受限（IUGR）新生仔猪肝脏损伤的性别依赖性模式，并探索了ApoA4作为新型生物标志物的潜力	首次通过单细胞RNA测序创建IUGR仔猪肝脏细胞图谱，揭示了性别依赖性的损伤反应机制，并发现ApoA4在雄性中的保护性作用	研究仅使用仔猪模型，结果向人类转化的适用性需进一步验证；样本量可能有限	探究IUGR诱导的肝脏损伤的性别依赖性分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	宫内生长受限（IUGR）的新生仔猪	单细胞组学	肝脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	来自同一胎的仔猪（具体数量未明确说明）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
38	2026-03-13	Identification and Characterization of Metastasis-Initiating Cells in ESCC in a Multi-Timepoint Pulmonary Metastasis Mouse Model 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401590 PMID:38864342	研究论文	本研究通过多时间点肺转移小鼠模型，利用单细胞RNA测序技术识别并表征了食管鳞状细胞癌（ESCC）中的转移起始细胞（MICs）及其特征基因	首次在多时间点肺转移小鼠模型中，结合单细胞RNA测序识别了ESCC的转移起始细胞（MICs），并定义了一组7个转移起始特征基因（MIS），包括CD44和TACSTD2，用于预测临床预后	研究基于小鼠模型和有限细胞系（KYSE30），可能无法完全反映人类ESCC的异质性；临床样本验证仅限于部分MIS基因	探究食管鳞状细胞癌（ESCC）肺转移的早期微环境及转移起始细胞的特性	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞系（KYSE30）及临床样本	单细胞组学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫组化（mIHC）	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化图像数据	小鼠模型中的ESCC细胞及临床ESCC样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
39	2026-03-13	TRIM24 Cooperates with Ras Mutation to Drive Glioma Progression through snoRNA Recruitment of PHAX and DNA-PKcs 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400023 PMID:38828688	研究论文	本研究揭示了表观遗传调控因子TRIM24与Ras突变协同驱动胶质瘤进展的机制，通过snoRNA招募PHAX和DNA-PKcs促进上皮样胶质母细胞瘤转化	首次发现TRIM24在胶质瘤进展中的驱动作用，并阐明其通过U3 snoRNA招募DNA-PKcs导致TRIM24磷酸化的新机制	研究主要基于动物模型和细胞实验，临床样本验证相对有限，且治疗策略的临床转化潜力尚需进一步评估	探究胶质瘤进展的表观遗传调控机制，并寻找潜在治疗靶点	胶质瘤细胞、人类神经干细胞、临床上皮样胶质母细胞瘤标本	肿瘤生物学	胶质瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床上皮样胶质母细胞瘤标本及实验模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
40	2026-03-13	Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development 2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308556 PMID:38810140	研究论文	本研究通过生成胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞染色质可及性与基因表达图谱，揭示了WT1突变在足细胞发育中的关键调控路径	首次结合单细胞染色质可及性图谱与基因表达图谱，利用患者来源的iPSCs生成肾脏类器官模型，并通过CRISPR-Cas9基因编辑验证WT1突变的功能重要性	研究仅针对一种WT1杂合错义突变，可能未涵盖所有WT1突变类型的影响	阐明WT1在足细胞发育中的表观基因组机制及其突变导致的疾病作用	胎儿肾脏、肾脏类器官以及携带WT1杂合错义突变患者的诱导多能干细胞（iPSCs）	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	单细胞染色质可及性数据、基因表达数据	胎儿肾脏和肾脏类器官样本，具体数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA