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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-08-21
Single-cell genomic profiling to study regeneration
2024-08, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2
综述 本文综述了近年来单细胞转录组等单细胞分析技术在多种动物模型再生研究中的应用,并总结了关于再生机制的关键概念。 系统梳理了不同物种和细胞类型中再生的细胞和分子机制,强调了再生与发育的差异及再生特异性细胞类型和基因调控网络。 未提及具体局限性,可能受限于综述范围和涵盖的研究深度。 总结单细胞基因组分析在再生研究中的最新进展,并提炼核心概念。 多种动物模型,包括涡虫等无脊椎动物及不同细胞类型和器官。 单细胞基因组学 NA 单细胞转录组学、单细胞分析技术 NA 单细胞基因表达数据 NA NA 单细胞转录组学 NA NA
22 2026-08-21
Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics
2024-Aug, eGastroenterology
研究论文 通过空间转录组学技术研究了慢性乙肝患者合并丁型肝炎病毒或人类免疫缺陷病毒共感染时的肝内转录组景观、细胞组成和生物学通路 首次应用空间转录组学方法对HBV与HDV或HIV共感染的肝活检样本进行表征,揭示了空间离散的转录组特征和共感染特异性的生物学通路 样本量小(仅3名患者),属于概念验证研究,结果需在更大队列中验证 评估空间转录组学在表征HBV及其与HDV或HIV共感染的肝内转录组、细胞组成和生物学通路中的价值 慢性乙肝合并HDV或HIV共感染的三名未接受治疗患者的肝活检样本 空间转录组学 慢性乙型肝炎、丁型肝炎病毒共感染、人类免疫缺陷病毒共感染 空间转录组学(NanoString GeoMx数字空间分析) 加权基因共表达网络分析(WGCNA) 空间转录组数据 3例肝活检样本 NanoString 空间转录组学 GeoMx Human Whole Transcriptome Atlas NanoString GeoMx数字空间分析平台,使用FFPE组织,检测HBsAg和CD45表达
23 2026-08-20
Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory
2024-08-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究利用可动态软化和硬化的水凝胶生物材料,发现骨骼肌干细胞具有对基质硬度的机械记忆,且这种记忆可通过靶向RhoA信号通路克服 首次证明骨骼肌干细胞在培养初期对基质硬度形成持久机械记忆,并通过单细胞RNA测序揭示其分子特征 未明确说明,但可能涉及体外模型与体内环境的差异 探究骨骼肌干细胞是否对过去微环境具有机械记忆,并寻找克服干细胞功能障碍的方法 骨骼肌干细胞(MuSCs) 生物材料学,干细胞生物学 肌肉萎缩症,衰老相关疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未提供具体样本量 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 单细胞3'测序
24 2026-08-20
Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics
2024-08-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本文通过单细胞转录组学数据,学习细胞状态向量场,量化非平衡驱动力,揭示细胞分化和重编程的物理原理。 提出从单细胞RNA速度学习细胞状态向量场,量化全局非平衡驱动力为景观和通量,发现最优路径偏离梯度路径且不经过鞍点,挑战了传统过渡态估计。 摘要中未提及局限性。 揭示细胞分化和重编程的物理原理和驱动力,提供理解细胞命运决定的框架。 干细胞/祖细胞、细胞分化与重编程过程、细胞间相互作用和基因调控网络。 机器学习 NA 单细胞RNA测序 向量场学习 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
25 2026-08-20
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文评估了大型语言模型GPT-4在单细胞RNA-seq分析中利用标记基因信息进行细胞类型注释的准确性,并开发了R软件包GPTCelltype以支持自动化注释。 首次系统评估GPT-4在单细胞RNA-seq细胞类型注释中的表现,并提供了用户友好的R软件包,可显著减少人工注释所需的工作量和专业知识。 摘要中未提及明确的局限性。 评估GPT-4在单细胞RNA-seq分析中的细胞类型注释能力,并开发自动化注释工具。 数百种组织和细胞类型的单细胞RNA-seq数据。 自然语言处理,计算生物学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) GPT-4(大型语言模型) 单细胞基因表达数据(文本格式的标记基因信息) 数百种组织和细胞类型(具体数量未说明)。 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA NA
26 2026-08-20
Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis
2024-08-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析接受免疫检查点治疗的患者心脏和骨骼肌活检样本,揭示了与免疫相关心肌炎和肌炎不良临床结局相关的分子通路和细胞亚群 首次在活体患者中通过单细胞RNA测序对免疫相关心肌炎和肌炎组织进行全面分析,识别出FcγRIIIa(CD16a)表达的髓系细胞亚群和炎症性IL1B+TNF+髓系细胞与不良预后相关联 样本量较小,特别是仅有一例单独心肌炎病例,且研究未进行功能验证实验 阐明免疫检查点治疗诱导的心肌炎和肌炎的分子通路和免疫细胞亚群,寻找改善治疗和预后的新靶点 免疫检查点治疗并发心肌炎和/或肌炎的癌症患者,以及接受免疫检查点治疗但无毒性反应的患者作为对照 数字病理学 免疫相关心肌炎和肌炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 11例患者(10例重叠心肌炎和肌炎,1例单独心肌炎)及9例对照,共58,523个细胞 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
27 2026-08-20
bHLH transcription factors cooperate with chromatin remodelers to regulate cell fate decisions during Arabidopsis stomatal development
2024-08, PLoS biology IF:7.8Q1
研究论文 该论文研究了拟南芥气孔发育过程中bHLH转录因子与染色质重塑因子协同调控细胞命运决定的机制 通过整合scRNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq和邻近标记技术,揭示了bHLH转录因子通过招募SWI/SNF复合物和组蛋白乙酰转移酶HAC1来克服染色质抑制状态、激活靶基因的新机制 未明确阐述研究局限性 理解表观基因组、顺式调控元件和转录因子如何共同控制拟南芥气孔发育中的细胞命运决定 拟南芥叶片表皮中的气孔发育过程,特别是meristemoid细胞的命运转变 机器学习和基因组学 NA scRNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq、邻近标记 NA 基因表达数据、染色质可及性数据、蛋白质互作数据 NA NA 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、MNase测序 NA NA
28 2026-08-19
Cohesin composition and dosage independently affect early development in zebrafish
2024-08-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究通过斑马鱼模型,发现cohesin复合物的组成和剂量变化分别独立影响胚胎早期发育,其中rad21突变影响细胞周期基因表达,stag2b突变影响Wnt信号通路和脊索形态。 首次揭示cohesin不同亚基突变对发育的影响是独立的,而非统一的,为理解cohesin病的异质性提供了新视角。 研究主要基于斑马鱼模型,可能不完全适用于人类,且未涉及其他cohesin亚基或调节因子的突变。 探究cohesin亚基突变是否产生独立的发育后果,以深化对cohesin病分子机制的理解。 斑马鱼胚胎,特别是rad21和stag2b突变体。 发育生物学 cohesin病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 斑马鱼胚胎的突变体样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
29 2026-08-13
Single-cell transcriptomic analysis reveals a decrease in the frequency of macrophage-RGS1high subsets in patients with osteoarticular tuberculosis
2024-08-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 利用单细胞转录组分析揭示骨关节结核患者中巨噬细胞RGS1高表达亚群频率降低 首次通过单细胞RNA测序描述骨关节结核中免疫细胞亚群的异质性,并发现巨噬细胞RGS1高表达亚群减少及其与铁死亡相关的机制,提出该亚群作为诊断和治疗监测的生物标志物 样本量可能有限,且机制研究主要基于转录组数据,需进一步功能验证 通过单细胞RNA测序理解骨关节结核患者免疫细胞亚群的表型和功能 骨关节结核患者的病理组织和健康邻近组织 单细胞转录组学 骨关节结核 单细胞RNA测序 无监督聚类和UMAP降维 单细胞转录组数据 骨关节结核患者和健康对照者,具体数量未提及 NA 单细胞RNA-seq NA NA
30 2026-08-13
Stellate cells are in utero markers of pancreatic disease in cystic fibrosis
2024-08-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 本研究利用绵羊模型探究囊性纤维化(CF)胰腺疾病在宫内发育过程中的演变,通过转录组和单细胞分析发现早期纤维化标志物及独特的星状细胞群体。 首次在子宫内阶段利用绵羊CF模型结合bulk RNA-seq和scRNA-seq,识别出与CF胰腺疾病早期发展相关的独特细胞群体(星状细胞)及转录组变化。 摘要未提及研究的局限性信息。 探讨囊性纤维化胰腺疾病在妊娠期间的演变过程,寻找早期诊断标志物和潜在治疗靶点。 绵羊胎儿胰腺组织,包括CFTR-/-模型和对照组,涵盖从妊娠50天至足月的多个时间点。 数字病理学、转录组学 囊性纤维化 bulk RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组化 NA 转录组数据(RNA-seq)和图像数据(免疫染色) 6个时间点的胎儿胰腺样本(50天至足月),其中80天、120天和足月样本用于单细胞测序。 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA NA
31 2026-08-13
BAG6 restricts pancreatic cancer progression by suppressing the release of IL33-presenting extracellular vesicles and the activation of mast cells
2024-08, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1
研究论文 本研究揭示了BAG6通过抑制携带IL33的细胞外囊泡释放和肥大细胞活化来限制胰腺癌进展的新机制。 首次发现BAG6在胰腺癌中具有肿瘤抑制活性,通过调控EV释放和肥大细胞激活影响肿瘤微环境,并提出了使用伊马替尼治疗低BAG6表达和高肥大细胞浸润患者的潜在策略。 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本验证相对有限,需要进一步的临床研究来确认BAG6作为生物标志物和治疗靶点的价值。 探讨BAG6在胰腺癌进展中的作用机制,特别是通过EV和肥大细胞调节肿瘤微环境的途径。 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型、小鼠和人类类器官、患者样本。 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序、Cre/LoxP报告系统 NA 基因表达数据、蛋白质水平数据、组织样本数据 涉及多个小鼠模型和患者样本,具体数量未在摘要中提供。 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台
32 2026-08-13
scRNMF: An imputation method for single-cell RNA-seq data by robust and non-negative matrix factorization
2024-08, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出一种基于鲁棒非负矩阵分解的scRNA-seq数据填补方法scRNMF,通过结合L2损失和C损失函数处理缺失值,提高数据质量 集成L2损失和C损失两种损失函数,其中C损失对大误差惩罚较小,增强了对离群值的鲁棒性,提高了填补的稳定性 未明确提及局限性 开发一种有效的单细胞RNA-seq数据填补方法,以克服技术限制导致的基因检测缺失问题 不同大小和零率的各种scRNA-seq数据集 机器学习 NA RNA-seq 非负矩阵分解 基因表达数据 多种数据集,具体数量和类型未说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
33 2026-08-06
3D-Bioprinted Co-Cultures of Glioblastoma Multiforme and Mesenchymal Stromal Cells Indicate a Role for Perivascular Niche Cells in Shaping Glioma Chemokine Microenvironment
2024-08-23, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过3D生物打印共培养胶质母细胞瘤与间充质基质细胞,探讨血管周围微环境细胞在塑造胶质瘤趋化因子微环境中的作用 首次利用3D生物打印技术重建胶质母细胞瘤与血管周围微环境细胞的共培养模型,并证实该模型能恢复肿瘤趋化因子谱的多样性,揭示了血管周围微环境细胞在调节胶质瘤趋化因子微环境中的关键作用 研究仅基于两种胶质母细胞瘤细胞系和间充质基质细胞,可能不能完全代表体内肿瘤微环境的复杂性,且未深入探讨具体分子机制 探究胶质母细胞瘤肿瘤微环境中血管周围微环境细胞对趋化因子表达的贡献,并验证3D生物打印共培养模型在模拟肿瘤微环境中的效用 胶质母细胞瘤细胞系U-251和DK-MG,间充质基质细胞,以及公开的胶质母细胞瘤组织转录组和单细胞测序数据 数字病理学 胶质母细胞瘤 3D生物打印,批量RNA测序,单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 两种胶质母细胞瘤细胞系和一种间充质基质细胞 NA 批量RNA测序,单细胞RNA测序 NA NA
34 2026-07-23
Mutual exclusivity and co-occurrence patterns of immune checkpoints indicate NKG2A relates to anti-PD-1 resistance in gastric cancer
2024-08-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序和多元线性回归交互模型,揭示胃癌中免疫检查点的互斥与共现模式,并指出NKG2A与抗PD-1耐药性相关 揭示了PD-1与NKG2A的共现模式和互斥性,鉴定了两种不同的免疫检查点表达模式(ICEP1和ICEP2),并发现ICEP2 CD8+ T细胞与抗PD-1治疗耐药性相关 未明确提及,可能需要进一步验证小样本或特定机制的局限性 分析胃癌中免疫检查点表达模式,识别最优的抗PD-1与其他免疫检查点抑制剂的联合治疗策略 胃癌中CD8+ T细胞及其免疫检查点表达特征 机器学习和数字病理 胃癌 单细胞RNA测序 多元线性回归交互模型 单细胞转录组数据 未明确提及,可能包括多个胃癌患者样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
35 2026-07-06
Retinal perivascular macrophages regulate immune cell infiltration during neuroinflammation in mouse models of ocular disease
2024-08-29, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 研究发现视网膜血管周围巨噬细胞在眼部疾病小鼠模型的神经炎症过程中调控免疫细胞浸润 首次揭示视网膜血管周围巨噬细胞通过表达促趋化转录组和血小板因子4(Pf4/CXCL4)作为标志物,并证明其在调控免疫细胞穿越血-视网膜屏障中的关键作用 主要基于小鼠模型和CCL2诱导的炎症模型,可能无法完全代表人类疾病复杂性;且未深入探讨Pf4在人类中的对应机制 阐明视网膜血管周围巨噬细胞在血-视网膜屏障功能和神经炎症中的功能 视网膜血管周围巨噬细胞及其在眼部炎症(糖尿病视网膜病变和葡萄膜炎)中的作用 数字病理学 糖尿病视网膜病变, 葡萄膜炎 单细胞RNA测序 Pf4Cre转基因小鼠模型 单细胞转录组数据 未明确说明,但使用小鼠模型和CCL2注射实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
36 2026-07-06
Spatiotemporal transcriptomic mapping of regenerative inflammation in skeletal muscle reveals a dynamic multilayered tissue architecture
2024-08-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 通过时空转录组学解析骨骼肌再生炎症,揭示动态多层组织结构 首次整合空间转录组学与免疫荧光技术,发现受损肌纤维周围有序分布的巨噬细胞亚群形成功能性再生炎症区(RIZs),并揭示其组织结构和动态变化 主要基于小鼠模型,可能无法完全代表人类骨骼肌再生过程;间歇性糖皮质激素治疗的观察未深入探讨其长期影响 研究巨噬细胞在骨骼肌再生中的空间适应性和功能多样性,以及如何构建支持有效组织修复的有序组织架构 急性损伤和早期肌营养不良的骨骼肌组织中的髓系细胞(单核细胞、巨噬细胞和树突状细胞) 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习, 数字病理学 肌营养不良症 空间转录组学, 免疫荧光 NA 图像, 文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
37 2026-07-06
Single-cell multiomic analysis identifies macrophage subpopulations in promoting cardiac repair
2024-08-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 通过单细胞多组学分析鉴定巨噬细胞亚群在促进心脏修复中的作用 利用时空单细胞表观基因组学分析,首次在再生(P1)和非再生(P10)小鼠心脏中鉴定出修复性Arg1+巨噬细胞和促炎性S100a9+Ly6c+单核细胞的不同作用,并通过阻断CXCR2趋化因子改善非再生心脏的伤口修复反应 研究仅限于小鼠模型,未在人类心脏组织中进行验证 阐明心脏单核吞噬细胞在心脏修复中的功能和细胞命运决定机制 再生(P1)和非再生(P10)小鼠心脏中的心脏单核吞噬细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞多组学分析、单细胞RNA测序、单细胞表观基因组学分析 NA 单细胞RNA测序数据、单细胞表观基因组学数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组学 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞表观基因组学分析平台
38 2026-07-03
Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示特发性肺纤维化中外周免疫系统的变化 首次在高分辨率下系统描绘稳定性和进展性IPF中外周免疫系统变化图谱,发现经典单核细胞和调节性T细胞的预后预测性增加,并揭示肺-血免疫招募轴 样本量有限(38个PBMC样本),验证队列规模较小,未完全校正混杂因素 研究特发性肺纤维化中外周血免疫系统在稳定和进展状态下的变化 特发性肺纤维化患者和对照个体的外周血单个核细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序,流式细胞术 NA 基因表达数据 38份PBMC样本,来自25名IPF患者和13名匹配对照个体,共149,564个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 5'单细胞RNA测序
39 2026-07-03
Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1
研究论文 引入CPA-Perturb-seq,结合多重扰动筛选与单细胞RNA测序,研究42种CPA调控因子如何影响polyA位点选择 开发了CPA-Perturb-seq多重扰动筛选方法,结合3'端单细胞RNA测序实现全转录组polyA位点使用的推断,并训练了深度神经网络APARENT-Perturb来预测串联polyA位点使用 未提及明显限制,但可能局限于已知CPA调控因子及体外细胞模型 探究剪切和多聚腺苷酸化(CPA)调控因子如何控制polyA位点选择 42种CPA调控因子及其对polyA位点使用的影响 机器学习 NA 单细胞RNA测序 深度神经网络 单细胞转录组数据 涉及42种CPA调控因子的多重扰动筛选数据集 10x Genomics 单细胞RNA测序,多重扰动筛选 10x Chromium 基于3'端单细胞RNA测序的多重扰动筛选平台
40 2026-06-30
Lipid Deficiency Contributes to Impaired Alveolar Progenitor Cell Function in Aging and Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-08, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 研究发现脂质代谢缺乏导致衰老和特发性肺纤维化中肺泡祖细胞功能受损 通过单细胞RNA测序首次揭示特发性肺纤维化患者和老年小鼠肺泡II型细胞中脂质代谢相关基因下调,并证实脂质补充可增强祖细胞更新能力 未明确脂质代谢恢复对体内肺纤维化治疗效果的验证 探究脂质代谢在肺泡祖细胞功能维持及特发性肺纤维化发病中的作用 来自特发性肺纤维化患者和健康供体的人类肺泡II型细胞,以及博来霉素损伤的年轻和老年小鼠肺泡II型细胞 数字病理学 特发性肺纤维化 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,流式细胞术,三维类器官培养 NA 基因表达数据、图像 人类样本:多个特发性肺纤维化患者和健康供体;小鼠样本:不同年龄组博来霉素损伤模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒
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