单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-31	Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics 2024-Aug, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100067 PMID:39149129	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索慢性乙型肝炎（CHB）及与丁型肝炎病毒（HDV）和HIV共感染的肝内生物学过程	首次应用NanoString GeoMx数字空间分析平台研究HBV与HDV或HIV共感染患者的肝内转录景观和细胞组成	样本量较小（仅3例未接受治疗的患者），可能限制结果的普遍性	评估空间转录组学方法在解析HBV及共感染患者肝内转录组特征、细胞组成和生物学通路中的应用价值	慢性HBV感染患者（包括HDV或HIV共感染）的肝活检样本	数字病理学	乙型肝炎	空间转录组学（NanoString GeoMx数字空间分析平台）	加权基因共表达网络分析	空间转录组数据	3例未接受治疗的慢性HBV和HDV或HIV共感染患者的FFPE肝活检样本
22	2025-05-25	Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50877-x PMID:39095390	research paper	研究亨廷顿病（HD）细胞表型在镶嵌端脑类器官中通过健康细胞的非细胞自主机制得到挽救	揭示了健康细胞通过非细胞自主机制改善HD细胞表型，强调了细胞间通讯在疾病进展和治疗中的潜在作用	研究局限于端脑类器官模型，未涉及体内环境或其他脑区	探究HD细胞与健康细胞间的非细胞自主机制及其对疾病表型的影响	亨廷顿病（HD）细胞和健康细胞在端脑类器官中的相互作用	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	端脑类器官模型	转录组数据	健康或HD细胞单独培养或混合培养的端脑类器官
23	2025-05-17	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-08-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	research paper	该研究通过单细胞转录组测序和ATOH1 DNA结合分析，揭示了小鼠后脑Atoh1谱系神经元在发育过程中的命运决定和多样性	首次提供了Atoh1谱系神经元的高分辨率转录组图谱，鉴定了特定脑干核的标志物，并发现转录异质性祖细胞需要ATOH1进行正确迁移	研究仅限于小鼠模型，人类相关神经元的验证需要进一步研究	解析Atoh1谱系神经元在发育过程中的分子机制和细胞多样性	小鼠后脑发育过程中的Atoh1谱系神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，ATOH1 DNA结合分析	NA	转录组数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元
24	2025-05-16	Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications 2024-08-24, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01596-9 PMID:39182134	review	本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用	探讨了空间多组学技术在解决单细胞测序空间信息丢失问题上的创新，以及其在揭示空间异质性、构建空间图谱和解码肿瘤免疫学中的空间串扰方面的贡献	NA	回顾多组学技术的当前进展，特别是其在过去十年中的演变和精进，包括通量、分辨率、模态整合和准确性的提升	基因组、转录组、蛋白组、代谢组和表观基因组的整合分析	生物信息学	癌症	空间多组学技术	NA	多组学数据	NA
25	2025-05-16	A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas 2024-08-20, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01598-7 PMID:39164791	research paper	该研究通过单细胞和空间分辨转录组学分析，构建了人类骨肉瘤的细胞组成和组织结构图谱	揭示了骨肉瘤的细胞亚群特征、功能状态及其与化疗的关系，并发现了一个与化疗耐药相关的独特空间生态位	NA	深入理解骨肉瘤的细胞组成和组织结构，为靶向治疗提供基础	人类骨肉瘤	digital pathology	osteosarcoma	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
26	2025-05-13	SUV39H1 Preserves Cancer Stem Cell Chromatin State and Properties in Glioblastoma 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.607856 PMID:39229036	研究论文	本文揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）维持和肿瘤进展中的关键作用	首次报道SUV39H1在GSCs维持中的关键作用，并展示其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	探索SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用及其治疗潜力	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、ATAC测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	患者来源的GSCs和胶质母细胞瘤样本
27	2025-05-12	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（ApoE）是生长板静息区软骨细胞的新标记物	首次发现ApoE作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏特异性标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的特异性标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	分子生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	ApoE-mCherry敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类生长板样本
28	2025-05-11	Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609797 PMID:39253453	研究论文	本研究通过调节血肿瘤屏障的转录程序，改善了药物在胶质母细胞瘤中的递送并增强了化疗效果	发现了一个与血肿瘤屏障相关的12基因特征，并确认了CDH5在这一过程中的核心作用，以及BIA作为血肿瘤屏障调节剂的双功能特性	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	提高胶质母细胞瘤化疗药物的递送效率	胶质母细胞瘤的血肿瘤屏障	肿瘤学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	小鼠模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据	患者来源的胶质母细胞瘤标本和小鼠模型
29	2025-05-11	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	通过单细胞分析鉴定了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次在肥胖相关哮喘中识别出具有CDC42上调的CD4+ T细胞亚型及其与类固醇抵抗的关联	研究未涉及这些T细胞亚型如何具体导致类固醇抵抗的机制	探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的异质性及其病理作用	肥胖相关哮喘患儿的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞样本
30	2025-05-11	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	research paper	开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种预测和比较单细胞转录组图谱	Icebear能够将单细胞测量分解为细胞身份、物种和批次因子，实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测	未明确提及具体的技术或应用限制	理解进化过程中的调控变化并将模型生物的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
31	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Aug-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1 PMID:39149508	research paper	本文介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分析方法，旨在提高数据因子分析的解读性	sciRED通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解读性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
32	2025-05-08	Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005 PMID:38925112	研究论文	该研究通过开发CPA-Perturb-seq方法，研究了42个CPA调节因子对多聚腺苷酸化位点选择的影响	引入了CPA-Perturb-seq方法，结合单细胞RNA测序和多路扰动筛选，开发了APARENT-Perturb深度学习模型来预测多聚腺苷酸化位点的使用	研究仅关注了42个CPA调节因子，可能未涵盖所有相关调节机制	理解多聚腺苷酸化调节蛋白如何控制多聚腺苷酸化位点的选择	42个CPA调节因子及其对多聚腺苷酸化位点选择的影响	生物信息学	NA	3'单细胞RNA测序(3' scRNA-seq)	深度神经网络(APARENT-Perturb)	单细胞RNA测序数据	NA
33	2025-05-04	Immunotherapy drives mesenchymal tumor cell state shift and TME immune response in glioblastoma patients 2024-08-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae085 PMID:38695342	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq分析，探讨了免疫检查点抑制剂nivolumab治疗胶质母细胞瘤患者时的肿瘤细胞和肿瘤微环境的表型和转录动态	发现了一种与免疫治疗相关的肿瘤细胞向间充质干细胞样状态转变的抵抗机制特征，并开发了一个潜在的免疫特征	研究样本量相对较小（76个肿瘤样本），虽然在大规模外部数据集（n=298）中验证了结果，但可能仍需更多独立研究验证	识别胶质母细胞瘤免疫治疗抵抗机制，为设计新型治疗策略提供依据	胶质母细胞瘤患者肿瘤样本	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	76个肿瘤样本（临床试验）+ 298个外部数据集样本
34	2025-05-02	Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588525 PMID:38645263	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态变化	开发了一种适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态变化	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的脂肪组织亚型	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞机制	脂肪组织中的各种细胞类型	单细胞组学	肥胖	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种脂肪组织类型
35	2025-04-25	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608866 PMID:39229219	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的KRT14表达的新型肺泡细胞类型（命名为管腔细胞），并揭示了其与肺泡2型细胞和1型细胞在空间上的同心分布模式	研究仅聚焦于鸡肺发育过程，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺发育过程中的形态发生、分子特征和细胞类型	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
36	2025-04-24	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	通过整合临床试验空间多组学分析和虚拟临床试验，开发了一种新的计算方法来预测免疫治疗反应和发现生物标志物	开发了一种新的计算模型，用于在器官尺度上跟踪肿瘤进展，同时捕捉肝细胞癌（HCC）肿瘤的空间异质性，并结合数学建模和计算机模拟与高通量空间多组学数据	模型参数值来源于文献，并针对HCC的具体情况进行了拟合，可能存在一定的局限性	促进免疫治疗剂量方案的设计和潜在生物标志物的识别	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析、成像质谱细胞术、Visium空间转录组学分析	空间定量系统药理学模型	空间多组学数据、空间蛋白质组学数据、空间转录组学数据	来自新辅助HCC临床试验和另一项独立抗PD1单药治疗研究的样本
37	2025-04-18	The proteogenomic landscape of multiple myeloma reveals insights into disease biology and therapeutic opportunities 2024-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00784-3 PMID:38942927	研究论文	本文通过多组学分析揭示了多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征，为疾病生物学和治疗提供了新的见解	首次系统评估了多发性骨髓瘤的蛋白质组，并整合了(磷)蛋白质组学、RNA测序和纳米孔DNA测序数据，发现了与疾病侵袭性相关的预后蛋白标志物	样本量相对有限(138例)，且未明确说明随访时间	探索多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征以改善风险分层和发现新治疗靶点	138例原发性患者来源的浆细胞恶性肿瘤(包括初治MM、浆细胞白血病和意义未明的单克隆丙种球蛋白病)及健康对照	癌症研究	多发性骨髓瘤	定量全局(磷)蛋白质组学、RNA测序、纳米孔DNA测序、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、转录组数据	138例患者样本(包括不同疾病阶段)及健康对照
38	2025-04-07	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤(ATI)严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名经活检确诊的肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多组学数据探索其表达及富集的生物通路	样本量在不同队列中存在差异，部分队列样本量较小(n=44)	开发非侵入性ATI生物标志物用于早期检测和药物研发	肾病患者血浆样本	生物标志物研究	急性肾小管损伤/肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学与蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	血浆蛋白质组数据、转录组数据	主要队列434名活检确诊肾病患者，验证队列包括KPMP(n=44)、ARIC(n=4610)和CHROME(n=268)
39	2025-04-04	The Loss of PPARγ Expression and Signaling Is a Key Feature of Cutaneous Actinic Disease and Squamous Cell Carcinoma: Association with Tumor Stromal Inflammation 2024-08-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161356 PMID:39195246	研究论文	该研究分析了表皮PPARγ缺陷小鼠的转录组变化，揭示了PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的关键作用	首次通过单细胞测序验证了PPARγ缺失导致基质区室的变化，并发现PPAR信号通路是光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中共同受抑制的典型通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据来源于公开数据库，可能需要进一步实验验证	探究PPARγ在皮肤炎症和癌变过程中的作用机制	PPARγ缺陷小鼠、人类和小鼠的光化性角化病及皮肤鳞状细胞癌样本	肿瘤生物学	皮肤鳞状细胞癌	转录组分析、单细胞测序、基因集富集分析	PPARγ缺陷小鼠模型	转录组数据	PPARγ缺陷小鼠和公开数据库中的人类/小鼠AKs和SCCs样本
40	2025-04-03	Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1815 PMID:39183480	research paper	该研究通过多组学整合揭示了eccDNAs通过STING信号通路在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的致癌作用	首次报道了eccDNAs在DLBCL中的重要作用，并发现其通过不依赖cGAS的方式激活STING信号通路	研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步临床验证	探究eccDNAs在DLBCL中的致癌机制及潜在治疗策略	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者样本和动物模型	肿瘤生物学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	circle-seq、原子力显微镜、CCK-8、scRNA-seq	动物模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，包含患者样本和动物模型