单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 572 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-11-08 |
Comprehensive characterization of cytokines in patients under extracorporeal membrane oxygenation: Evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data using multiple machine learning approaches
2024-Aug-23, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002425
PMID:39503329
|
研究论文 | 本文通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，利用多种机器学习方法，全面分析了接受体外膜氧合（ECMO）治疗的患者中细胞因子的表达模式及其潜在的生物学过程 | 开发了一个基于九个关键细胞因子相关基因（CRGs）的预测模型（CRG分类器），该模型在预测ECMO患者的死亡率和提供独立风险因素方面表现出色 | NA | 研究ECMO治疗期间细胞因子的表达模式及其对患者的影响，并开发预测模型以指导个性化治疗 | 接受ECMO治疗的患者及其细胞因子相关基因的表达 | 机器学习 | NA | RNA测序 | 支持向量机（SVM）、随机森林（RF）、Lasso惩罚回归、极端梯度提升（XGBoost）、人工神经网络（ANN） | RNA测序数据 | 三个ECMO支持数据集，包括两个bulk RNA测序和一个单细胞RNA测序 |
| 22 | 2024-11-08 |
Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis
2024-08-13, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409
PMID:38830132
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序和拷贝数异常（CNA）分析，建立了一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进了多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）的功能性克隆间和克隆内分析 | 本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合，用于推断基因组损伤，并改进了克隆间和克隆内的功能分析 | 研究样本仅来自5名患者，可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况 | 建立一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析 | 多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）患者的骨髓浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序、拷贝数异常（CNA）分析 | NA | 转录组数据 | 20,465个骨髓浆细胞，来自5名患者 |
| 23 | 2024-11-06 |
Adaptation to ex vivo culture reduces human hematopoietic stem cell activity independently of the cell cycle
2024-08-15, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021426
PMID:38805639
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研究论文 | 研究了人类造血干细胞在体外培养中的适应过程及其对细胞功能的影响 | 证明了造血干细胞在体外功能丧失与细胞周期进展无关，并提出了通过抑制JAK/STAT信号通路来改善干细胞长期再植功能的方法 | 研究主要集中在早期G1阶段的造血干细胞，未涵盖所有细胞周期阶段 | 探讨造血干细胞在体外培养中的功能丧失机制及其与细胞周期的关系 | 人类长期造血干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24 | 2024-11-06 |
Functional cure and long-term survival in multiple myeloma: how to challenge the previously impossible
2024-08-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2023.283058
PMID:38356448
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综述 | 本文综述了多发性骨髓瘤的功能性治愈和长期生存的可能性，并通过两个代表性病例说明了实现这一目标的可能途径 | 本文介绍了多种新进展，如改进的诊断方法、SLiM-CRAB标准和可测量残留病（MRD）的定义与应用，以及全基因组/单细胞测序等技术，这些进展有助于更早检测、更准确的风险分层和改进个性化治疗策略 | 尽管取得了一些进展，但治愈多发性骨髓瘤仍然是一个难以实现的目标，需要进一步的研究和临床试验来验证新的治疗方法和策略 | 探讨多发性骨髓瘤的功能性治愈和长期生存的可能性，并评估当前和新兴治疗方法的效果 | 多发性骨髓瘤患者及其治疗策略 | NA | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 25 | 2024-11-06 |
Integrative single-cell chromatin and transcriptome analysis of human plasma cell differentiation
2024-08-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023023237
PMID:38643512
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研究论文 | 本文通过整合单细胞染色质和转录组分析，揭示了人类浆细胞分化的时空表观遗传和转录程序 | 本文首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）结合，解析了浆细胞分化的轨迹，并识别了关键的转录因子 | 本文主要依赖于体外培养系统，可能无法完全反映体内浆细胞分化的复杂性 | 揭示驱动浆细胞分化早期阶段的时空表观遗传和转录程序 | 人类浆细胞分化过程中的表观遗传和转录变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞数据 | 未具体说明样本数量 |
| 26 | 2024-11-02 |
Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States
2024-Aug-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457
PMID:39105287
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研究论文 | 本文通过单细胞多模态分析研究了心血管疾病风险状态下单核细胞的转录组和表型特征 | 本文首次使用CITE-seq和单细胞RNA测序技术，全面描述了单核细胞的转录组和表型景观，并发现了多种功能不同的亚群 | 本文主要集中在单核细胞的研究，未涉及其他免疫细胞类型 | 研究心血管疾病风险因素对单核细胞亚群的影响 | 单核细胞及其在心血管疾病中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | CITE-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 表型数据 | 437,126个单核细胞样本 |
| 27 | 2024-10-30 |
A review on advancements in feature selection and feature extraction for high-dimensional NGS data analysis
2024-Aug-19, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01415-x
PMID:39158621
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综述 | 本文综述了用于高维NGS数据分析的特征选择和特征提取技术的最新进展 | 本文系统比较了各种统计学、机器学习和深度学习方法在NGS和微阵列数据解释中的应用 | 本文主要关注技术综述，未提供具体实验验证 | 探讨如何通过特征选择和特征提取技术提高高维NGS数据的分析效率和模型性能 | NGS和微阵列数据 | 机器学习 | NA | NGS | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学数据 | NA |
| 28 | 2024-10-30 |
Precision oncology in neurofibromatosis type 1: quantification of differential sensitivity to selumetinib in plexiform neurofibromas using single-cell RNA sequencing
2024-Aug, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04711-5
PMID:38739187
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术量化了神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib的差异敏感性 | 首次使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上量化药物反应，揭示了selumetinib在神经纤维瘤1型中的差异敏感性 | 样本量较小，仅包括七个丛状神经纤维瘤 | 验证单细胞RNA测序技术在量化神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib敏感性方面的应用 | 神经纤维瘤1型中的丛状神经纤维瘤 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个丛状神经纤维瘤，共658个Schwann细胞（中位数） |
| 29 | 2024-10-29 |
CONSORT article: Single-cell sequencing analysis revealed CMKLR1+ macrophage as a subpopulation of macrophage with tumor-suppressive characteristics in oral squamous cell carcinoma
2024-Aug-23, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039399
PMID:39183397
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示了CMKLR1+巨噬细胞作为口腔鳞状细胞癌中具有肿瘤抑制特性的巨噬细胞亚群 | 首次发现CMKLR1+巨噬细胞在口腔鳞状细胞癌中具有抑制肿瘤进展的特性 | 研究基于公共数据库的数据，缺乏临床样本的验证 | 探索口腔鳞状细胞癌中免疫细胞的组成及其在肿瘤抑制中的作用 | 口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 基于Gene Expression Omnibus数据库的肿瘤组织样本 |
| 30 | 2024-10-27 |
Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer
2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-024-00914-x
PMID:38965396
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综述 | 本文综述了小细胞肺癌（SCLC）的分子和治疗领域的最新进展 | 本文介绍了通过单细胞RNA测序数据揭示的SCLC的可塑性和肿瘤内及肿瘤间异质性，以及这些特性与治疗抵抗的可能关联 | 治疗抵抗的快速发展和缺乏有效的SCLC患者选择生物标志物是当前的挑战 | 综述SCLC的基因组和转录组特征，并探讨将其转化为新的治疗策略以改善患者预后的机会 | 小细胞肺癌（SCLC）及其分子和治疗策略 | NA | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
Unraveling the dynamics of myometrial remodeling: insights from single-cell and spatial transcriptomics in term pregnancy
2024-Aug-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-10-25 |
Unique expression and critical role of metallothionein 3 in the control of osteoclastogenesis and osteoporosis
2024-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01290-3
PMID:39085359
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研究论文 | 研究探讨了金属硫蛋白3（MT3）在调控破骨细胞生成和骨质疏松中的独特表达和关键作用 | 首次揭示了MT3在骨细胞调控中的作用，并提出了MT3通过ROS和SP1双轴调控破骨细胞生成和骨代谢的机制 | NA | 探讨MT3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及其调控机制 | 破骨细胞、骨质疏松 | NA | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 33 | 2024-10-24 |
Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling
2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610447
PMID:39257811
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研究论文 | 研究慢性社会挫败压力通过I型干扰素信号通路诱导脑膜中性粒细胞增多 | 首次揭示了慢性社会挫败压力通过I型干扰素信号通路诱导脑膜中性粒细胞增多的机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨慢性社会挫败压力对脑膜免疫反应的影响及其机制 | 小鼠脑膜中性粒细胞 | NA | NA | 流式细胞术、免疫组化、全组织清除、单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本 |
| 34 | 2024-10-24 |
Variational inference of single cell time series
2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.29.610389
PMID:39257806
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研究论文 | 提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立成分 | SNOW算法能够基于时间独立维度进行细胞类型注释，区分生物学时间变异和批次效应，并能在单细胞水平上生成时间序列 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中时间与细胞身份共同影响基因表达分析的挑战 | 单细胞时间序列RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 时间序列数据 | 三个不同的时间序列单细胞RNA测序研究数据 |
| 35 | 2024-10-24 |
Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM
2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609797
PMID:39253453
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研究论文 | 研究通过调节血脑肿瘤屏障的转录程序，提高胶质母细胞瘤内药物递送并增强化疗效果 | 发现了与血脑肿瘤屏障相关的12基因特征，并验证了CDH5在该特征中的核心作用；发现6-溴靛红乙酰肟（BIA）能够下调CDH5和其他BTB相关基因，导致内皮屏障破坏；使用BIA纳米颗粒制剂PPRX-1701显著提高了顺铂在患者来源的胶质母细胞瘤异种移植模型中的疗效并延长了生存期 | NA | 提高胶质母细胞瘤内化疗药物的递送效率并增强化疗效果 | 胶质母细胞瘤及其血脑肿瘤屏障 | NA | 脑肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 胶质母细胞瘤患者样本 |
| 36 | 2024-10-24 |
Targeting Liver Epsins Ameliorates Dyslipidemia in Atherosclerosis
2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609742
PMID:39253478
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研究论文 | 研究肝脏epsins在促进PCSK9介导的LDLR降解和阻碍LDL-C清除中的作用，以推动动脉粥样硬化的发展 | 首次揭示了肝脏epsins通过调节LDLR的内吞和降解促进动脉粥样硬化的机制，并提出了靶向肝脏epsins作为治疗动脉粥样硬化的新策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其有效性和安全性 | 探讨肝脏epsins在PCSK9介导的LDLR降解和LDL-C清除中的作用，以揭示其对动脉粥样硬化的影响 | 肝脏epsins、LDLR、PCSK9、动脉粥样硬化 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | scRNA-seq分析、MEBOCOST算法 | NA | 基因表达数据 | ApoE-/-和ApoE-/-/Liver-DKO小鼠 |
| 37 | 2024-10-24 |
Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4
2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.08.574714
PMID:39131381
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研究论文 | 研究Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的发展 | 首次揭示Epsins蛋白在平滑肌细胞重编程中的作用，并发现其与冠状动脉疾病严重程度的相关性 | NA | 探索Epsins蛋白在平滑肌细胞重编程中的作用及其在冠状动脉疾病中的潜在治疗价值 | 小鼠动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 38 | 2024-10-24 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.23.609477
PMID:39229093
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研究论文 | 提出了一种名为SPACE的框架，通过调整细胞类型效应对空间变异基因进行聚类，以改进空间域检测 | SPACE方法不需要预先知道基因簇数量、空间模式或细胞类型信息，通过调整细胞类型效应来分类空间变异基因，从而提高空间域检测的准确性 | NA | 改进空间变异基因的分类和空间域检测的准确性 | 空间变异基因及其在空间域检测中的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 39 | 2024-10-24 |
Microenvironment T-Type calcium channels regulate neuronal and glial processes to promote glioblastoma growth
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.22.609229
PMID:39229003
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研究论文 | 研究探讨了微环境中的T型钙通道在调节神经元和胶质细胞过程中对胶质母细胞瘤生长的影响 | 首次揭示了微环境中的T型钙通道在促进胶质母细胞瘤进展中的作用，并发现抑制该通道可以增强TMZ和辐射的抗肿瘤效果 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果 | 阐明微环境和内在T型钙通道在调节肿瘤生长和进展中的作用 | 胶质母细胞瘤细胞、Cav3.2敲除小鼠、WT小鼠、神经元和胶质母细胞瘤干细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Cav3.2敲除小鼠和WT小鼠的肿瘤样本，以及神经元和胶质母细胞瘤干细胞的共培养样本 |
| 40 | 2024-10-24 |
Tracking clonal evolution of drug resistance in ovarian cancer patients by exploiting structural variants in cfDNA
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609031
PMID:39229105
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研究论文 | 本文通过利用cfDNA中的结构变异，追踪卵巢癌患者药物耐药性的克隆进化 | 开发了一种基于克隆特异性结构变异的cfDNA混合捕获和深度测序方法，错误率远低于ctDNA中的单核苷酸变异检测 | 研究样本量较小，仅涉及19名患者，且仅限于高级别浆液性卵巢癌 | 探索肿瘤在药物耐药状态下进化的机制，并开发一种新的方法来追踪克隆进化 | 高级别浆液性卵巢癌患者的药物耐药性克隆进化 | 数字病理学 | 卵巢癌 | cfDNA混合捕获和深度测序 | Wright-Fisher模型 | cfDNA和单细胞全基因组测序数据 | 19名患者的基础数据，10名患者的长期监测数据 |