单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2025-10-06
Integrated analysis reveals a novel 5-fluorouracil resistance-based prognostic signature with promising implications for predicting the efficacy of chemotherapy and immunotherapy in patients with colorectal cancer
2024-08, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 开发基于5-氟尿嘧啶耐药性的预后特征模型,用于预测结直肠癌患者化疗和免疫治疗效果 首次构建5-氟尿嘧啶耐药相关特征模型,整合单细胞和bulk RNA测序数据,识别化疗和免疫治疗获益人群 需要进一步实验验证预测的潜在化合物疗效 预测结直肠癌患者预后及化疗和免疫治疗效果 结直肠癌患者 生物信息学 结直肠癌 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, RT-qPCR, 分子对接 逐步回归模型, 无监督共识聚类 RNA测序数据, 临床数据 多个结直肠癌队列 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
22 2025-10-06
CXCR6 expression correlates with radiotherapy response and immune context in triple-negative breast cancer-experimental studies
2024-Aug-01, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究探讨CXCR6在三阴性乳腺癌中的表达与放疗反应及免疫微环境的关系 首次揭示CXCR6表达与三阴性乳腺癌放疗疗效和免疫应答的临床相关性,并阐明其在CD8+ T细胞分化和免疫细胞间通讯中的作用机制 研究主要基于回顾性数据分析,需要进一步的前瞻性研究验证 阐明CXCR6在三阴性乳腺癌中的预后价值及其在肿瘤微环境中的作用 三阴性乳腺癌患者样本 癌症免疫学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序, 转录组测序, 多重免疫组织化学 NA RNA测序数据, 蛋白质表达数据, 免疫组织化学图像 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多重免疫组织化学 NA NA
23 2025-10-06
Transcription Factor Activity Regulating Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing
2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,揭示了转录因子在皮肤伤口愈合过程中调控巨噬细胞异质性的机制 改进了贝叶斯推断TF活性模型,首次结合scRNA-seq和scATAC-seq数据推断伤口愈合过程中Mos/Mϕs的转录因子活性,并验证了NR4A1在炎症调控中的关键作用 转录因子活性与mRNA或蛋白表达并不总是相关,可能存在其他调控机制未被充分探索 研究皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞异质性的转录因子调控机制 小鼠皮肤伤口愈合过程中的单核细胞和巨噬细胞 单细胞多组学 皮肤伤口愈合 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 基因敲除 贝叶斯推断模型, 网络分析 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 Nr4a1基因敲除小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
24 2025-10-06
Neutrophil Heterogeneity Is Modified during Acute Lung Inflammation in Apoa1-/- Mice
2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析载脂蛋白A-I缺失对急性肺部炎症中中性粒细胞异质性的影响 首次揭示Apoa1缺失通过改变中性粒细胞和巨噬细胞亚群分布及促炎基因表达来调控急性气道炎症 研究仅使用小鼠模型,未在人类样本中验证 探讨载脂蛋白A-I调节急性气道炎症的分子机制 Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠的支气管肺泡灌洗液细胞 单细胞转录组学 肺部炎症 单细胞RNA测序 无监督聚类分析,轨迹分析 单细胞转录组数据 Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠经LPS+屋尘螨诱导的炎症模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
25 2025-10-06
Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1
研究论文 通过单细胞测序揭示特发性肺纤维化患者外周免疫系统的异常变化 首次在单细胞分辨率上系统描绘IPF患者外周免疫细胞图谱,发现经典单核细胞和调节性T细胞的预后预测价值 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 构建特发性肺纤维化患者外周免疫系统的单细胞图谱 特发性肺纤维化患者和对照受试者的外周血单个核细胞 单细胞组学 特发性肺纤维化 单细胞RNA测序,流式细胞术,蛋白质浓度测量 NA 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,蛋白质浓度数据 38个PBMC样本(25名IPF患者,13名对照受试者),共149,564个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 5'单细胞RNA测序
26 2025-10-06
Scalable genetic screening for regulatory circuits using compressed Perturb-seq
2024-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1
研究论文 本研究开发了一种压缩Perturb-seq方法,通过算法优化显著降低了单细胞CRISPR筛选技术的成本 将压缩感知算法应用于Perturb-seq技术设计,实现了在单个细胞或液滴中测量多个随机扰动 NA 开发可扩展的基因调控回路筛选方法 598个与细菌脂多糖免疫反应相关的基因 功能基因组学 免疫疾病 单细胞RNA测序,CRISPR筛选 压缩感知算法 单细胞基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA Perturb-seq(CRISPR扰动与单细胞RNA测序结合技术)
27 2025-10-06
TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME
2024-08-01, Shock (Augusta, Ga.)
研究论文 通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者外周血单核细胞亚群的转录组差异与临床结局的关系 首次在单细胞水平揭示不同临床结局脓毒症患者的经典与非经典单核细胞转录组差异,发现TNF-α产生相关的基因表达模式 样本量未明确说明,研究结果需要更大规模验证 阐明决定脓毒症患者不同临床轨迹的免疫学机制 脓毒症患者的外周血经典和非经典单核细胞 单细胞转录组学 脓毒症 单细胞RNA测序,通路分析 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
28 2025-10-06
Scanorama: integrating large and diverse single-cell transcriptomic datasets
2024-08, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 介绍用于整合大型多样化单细胞转录组数据集的Scanorama工具及其使用流程 开发了能够有效整合来自不同实验、实验室和技术的单细胞RNA测序数据的工具,解决了数据集间技术变异问题 需要用户具备细胞生物学、转录组技术和生物信息学的基础知识 提高异质性单细胞RNA测序数据的质量和解释能力 单细胞转录组数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
29 2025-10-06
Dynamic intrauterine crosstalk promotes porcine embryo implantation during early pregnancy
2024-08, Science China. Life sciences
研究论文 通过单细胞转录组分析揭示猪胚胎着床过程中母胎对话的动态机制 开发了新型工具ExtraCellTalk构建母胎对话动态图谱,并发现保守的RBP4/STRA6信号通路 研究局限于猪模型,人类临床适用性需进一步验证 探究胚胎着床过程中的母胎对话机制 猪围植入期胚胎和对应母体子宫内膜 单细胞组学 生殖医学 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
30 2025-10-06
Cellular dynamics in pig-to-human kidney xenotransplantation
2024-Aug-09, Med (New York, N.Y.)
研究论文 通过单细胞RNA测序和纵向RNA测序分析猪到人肾脏异种移植中的细胞动态变化和免疫反应 首次在猪到人肾脏异种移植中应用纵向单细胞转录组分析,揭示了时间分辨的细胞动态变化和免疫反应 仅分析了两例异种移植案例,样本量有限 研究异种移植过程中移植肾脏与受体之间的相互作用和免疫反应 猪肾脏异种移植受体和移植肾脏组织 单细胞生物学 器官移植 单细胞RNA测序, 纵向RNA测序 NA 单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据 2例猪到人肾脏异种移植案例 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
31 2025-10-06
B cells expressing mutated IGHV1-69-encoded antigen receptors related to virus neutralization show lymphoma-like transcriptomes in patients with chronic HCV infection
2024-08-01, Hepatology communications IF:5.6Q1
研究论文 本研究通过分析慢性HCV感染患者的B细胞受体库和单细胞转录组,揭示了表达病毒中和性抗原受体的B细胞具有淋巴瘤样转录组特征 首次发现表达IGHV1-69编码的HCV中和性抗原受体的B细胞在慢性HCV感染患者中表现出持续的致癌转录组特征,即使病毒清除后仍长期存在 研究样本量有限,体外信号传导实验可能无法完全反映体内复杂环境 探究慢性HCV感染与B细胞异常增殖及淋巴瘤风险增加的机制关联 慢性HCV感染患者和经直接抗病毒治疗获得持续病毒学应答的患者 免疫学 丙型肝炎病毒感染 B细胞受体测序,单细胞RNA测序,体外信号传导实验 TKO模型 基因组测序数据,转录组数据 慢性HCV感染患者和HCV SVR患者的样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
32 2025-10-06
Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4
2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了Epsins通过调控主调控因子KLF4和OCT4来监督平滑肌细胞重编程的机制 首次发现Epsins通过不同方式调控OCT4和KLF4来引导平滑肌细胞向有益细胞类型重编程 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 探究Epsins在平滑肌细胞重编程中的作用及其与冠状动脉疾病的关系 小鼠和人体的平滑肌细胞 细胞生物学 冠状动脉疾病 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
33 2025-10-06
Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本研究通过开发CPA-Perturb-seq多路复用单细胞扰动筛选技术,系统解析了42种切割加尾调控因子对多聚腺苷酸化位点选择的调控机制 首次将多路复用单细胞扰动筛选与3'单细胞RNA测序相结合,开发了APARENT-Perturb深度神经网络模型解析串联多聚腺苷酸化位点的顺式调控机制 研究仅针对42种已知的CPA调控因子,可能未涵盖所有相关调控因子 深入理解切割加尾机制调控多聚腺苷酸化位点选择的分子机制 哺乳动物基因的多聚腺苷酸化位点及其调控因子 单细胞基因组学 NA 单细胞RNA测序, 多路复用扰动筛选, 深度神经网络 深度神经网络 单细胞转录组数据 42种CPA调控因子的扰动数据集 NA 单细胞RNA-seq, 3' scRNA-seq NA 3'单细胞RNA测序
34 2025-10-06
[Ionizing radiation-induced damage (IRD) to and repair mechanisms of the male reproductive system: Report of testicular function changes in a case of IRD]
2024-Aug, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology
PMID:40778793
研究论文 研究电离辐射对睾丸结构和功能的损伤机制及L-肉碱的干预效果 首次结合单细胞转录组测序与动物模型验证,揭示电离辐射通过干扰Leydig细胞和巨噬细胞的脂代谢通路导致生殖损伤 仅基于单个病例报告和小鼠模型,样本量有限 探究电离辐射对男性生殖系统的损伤机制及防治策略 人类睾丸组织和小鼠模型 生殖医学 生殖系统疾病 单细胞转录组测序, 辐射剂量模拟, 精液分析, 激素检测, 电子显微镜 小鼠疾病模型 基因表达数据, 精液样本, 激素水平数据, 电子显微镜图像 1例人类病例+小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
35 2025-10-06
Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors
2024-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1
研究论文 开发了一种高灵敏度的多重microRNA空间分析方法和数据分类框架,并应用于小鼠乳腺肿瘤 结合滚环扩增技术和双扫描方法,在纳升孔阵列中实现7种miRNA的同时定量和空间检测,检测限达0.17 zeptomoles NA 开发高灵敏度的空间转录组学方法用于miRNA检测 小鼠乳腺肿瘤组织 空间转录组学 乳腺癌 滚环扩增, 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA 纳升孔阵列与嵌入式水凝胶柱
36 2025-10-06
Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示迷走神经TRPV1+感觉神经元通过调控髓系细胞动态和免疫病理来保护宿主免受甲型流感病毒感染 首次发现迷走神经TRPV1+伤害性感受器通过调控髓系细胞反应而非直接影响病毒载量来促进流感病毒感染后的生存 未明确TRPV1神经元调控髓系细胞反应的具体分子机制 探究迷走神经TRPV1+感觉神经元在肺部抗病毒防御中的作用机制 小鼠模型和甲型流感病毒(IAV) 免疫学 流感病毒感染 流式细胞术,单细胞RNA测序 NA 基因表达数据,细胞表型数据 小鼠实验模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
37 2025-10-06
Basophils Play a Protective Role in the Recovery of Skin Barrier Function from Mechanical Injury in Mice
2024-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
研究论文 本研究揭示了嗜碱性粒细胞通过下调IL-17A表达在皮肤机械损伤后屏障功能恢复中的保护作用 首次发现嗜碱性粒细胞通过拮抗IL-17A对表皮和脂质代谢基因表达的影响,促进皮肤屏障功能恢复 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中得到验证 探究皮肤机械损伤后屏障功能恢复的分子机制 小鼠皮肤机械损伤模型 免疫学 皮肤损伤 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 基因表达数据, 细胞表型数据 小鼠皮肤组织样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
38 2025-10-06
Spock2 Functions as a Key Time-Series Gene of Endothelial Cells in Sepsis-Induced Cardiomyopathy
2024-Aug-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2
研究论文 本研究通过分析脓毒症小鼠模型和单细胞测序数据,揭示了Spock2作为内皮细胞关键时间序列基因在脓毒症心肌病中的保护作用 首次发现Spock2是脓毒症心肌病中内皮细胞的关键时间依赖性差异表达基因,并证实其具有抗凋亡保护功能 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未在人类脓毒症患者中进行验证 探究脓毒症心肌病的发病机制 脓毒症小鼠模型和人类脐静脉内皮细胞 生物信息学 脓毒症心肌病 单细胞RNA测序, 转录组分析, 加权基因共表达网络分析, 时间序列分析, 免疫荧光 NA 转录组数据, 单细胞测序数据 GSE171546和GSE207363数据集 NA 单细胞RNA测序, 转录组测序 NA NA
39 2025-10-06
Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension
2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1
研究论文 本研究利用数字空间转录组技术识别肺动脉高压中血管病变的独特分子特征 首次在微观水平上系统比较IPAH不同类型血管病变的分子特征,发现丛状病变和IPAH外膜具有最显著的基因表达差异 样本量相对有限(IPAH=11,对照=5),仅分析了转录组水平的变化 验证IPAH血管病变表达独特分子谱的假设 特发性肺动脉高压患者的肺血管病变和对照肺动脉 数字病理 肺动脉高压 数字空间转录组学 NA 空间转录组数据 IPAH肺组织11例,对照肺动脉5例 NA 空间转录组学 NA NA
40 2025-10-06
Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling
2024-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1
综述 探讨利用系统生物学和单细胞测序技术识别候选基因,通过合成生物学方法协调植物生长、发育与环境响应的策略 提出整合系统生物学、单细胞测序与合成生物学来解析基因多效性,建立基因型-表型关系的新方法 NA 开发通过工程化植物激素信号传导来协调植物生长、发育与环境响应的育种和基因工程策略 植物基因网络和信号通路 合成生物学 NA 单细胞测序, 基因编辑(CRISPR), 合成生物学 NA 基因组数据, 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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