单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-08-21	ScRNA-seq revealed the tumor microenvironment heterogeneity related to the occurrence and metastasis in upper urinary tract urothelial carcinoma 2024-Aug, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00779-3 PMID:38877164	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了上尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤微环境异质性及其与发生和转移的关系	首次揭示了UTUC肿瘤细胞的起源及其与转移性肿瘤细胞的同源性，并发现UTUC肿瘤微环境中不存在免疫抑制现象	研究样本仅来自3名高级别UTUC患者，可能存在样本量较小的问题	探索UTUC发生和转移的可能机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点	上尿路上皮癌的正常组织、原发肿瘤病变和淋巴转移	数字病理学	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	转录组数据	28,315个细胞来自3名高级别UTUC患者
362	2024-08-20	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	本研究开发了一种新的计算模型，用于追踪肝细胞癌（HCC）中肿瘤在器官尺度上的进展，并捕捉肿瘤的空间异质性，以促进免疫治疗剂量方案的设计和潜在生物标志物的识别	本研究结合数学建模和计算机模拟与高吞吐量的空间多组学数据，提供了一种新颖的患者治疗结果预测和生物标志物发现方法	NA	旨在通过结合临床试验空间多组学分析和虚拟临床试验，预测免疫治疗反应并发现生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析	计算模型	空间蛋白质组学数据和空间转录组学数据	涉及多个临床试验样本，包括结合抗PD1免疫治疗和多靶点酪氨酸激酶抑制剂cabozantinib的临床试验以及抗PD1单药治疗的独立研究
363	2024-08-19	Requirement of Pdgfrα+ cells for calvarial bone repair 2024-Aug-16, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szae041 PMID:38986535	研究论文	本文研究了血小板衍生生长因子受体α（PDGFRα）阳性细胞在颅骨修复中的作用	首次详细探讨了PDGFRα阳性间充质细胞在颅骨愈合过程中的贡献	NA	探究PDGFRα阳性间充质细胞在颅骨修复中的作用	PDGFRα阳性间充质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	细胞	使用Pdgfrα-CreERTM;mT/mG报告动物模型进行研究
364	2024-08-19	Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis 2024-Aug-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado0424 PMID:39151009	研究论文	本文研究了海葵Nematostella vectensis中Nanos2基因在体细胞系和生殖细胞形成中的作用	通过转基因报告基因和单细胞转录组学，识别了表达生殖细胞相关标记的细胞群，并发现Nanos2基因对生殖细胞形成至关重要	NA	旨在描述海葵中保守的干细胞标记基因	海葵Nematostella vectensis中的干细胞系统	NA	NA	转基因报告基因和单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
365	2024-08-19	Exploring the molecular mechanisms and shared potential drugs between rheumatoid arthritis and arthrofibrosis based on large language model and synovial microenvironment analysis 2024-08-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-69080-5 PMID:39147768	研究论文	本研究基于大型语言模型和滑膜微环境分析，探索类风湿性关节炎和关节纤维化的分子机制及潜在共享药物	本研究采用文本挖掘方法和药物再定位技术，发现并验证了针对类风湿性关节炎和关节纤维化的新型潜在药物	NA	旨在全面分析类风湿性关节炎和关节纤维化之间的关系，并识别新的临床用药	类风湿性关节炎和关节纤维化	NA	类风湿性关节炎，关节纤维化	文本挖掘，单细胞测序	NA	基因表达数据	5个批量测序数据集和4个单细胞测序数据集
366	2024-08-19	Janus liposozyme for the modulation of redox and immune homeostasis in infected diabetic wounds 2024-Aug, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-024-01660-y PMID:38740936	研究论文	本文报道了一种名为Janus脂酶的新型治疗剂，用于治疗糖尿病伤口感染并促进伤口愈合	开发了一种包含脂质体样硒酶的Janus脂酶，用于清除活性氧（ROS）以恢复组织氧化还原和免疫稳态，并结合光动力疗法治疗感染	NA	研究Janus脂酶在治疗糖尿病伤口感染和促进伤口愈合中的应用	糖尿病伤口感染及伤口愈合过程	NA	糖尿病	光动力疗法	NA	RNA序列	使用T细胞缺陷的Rag1小鼠和迷你猪进行实验
367	2024-08-19	Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics 2024-Aug, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100067 PMID:39149129	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了慢性乙型肝炎（CHB）患者在乙型肝炎病毒（HBV）与丁型肝炎病毒（HDV）或人类免疫缺陷病毒（HIV）共感染情况下的肝内转录景观、细胞组成和生物途径。	通过空间转录组学技术，提供了对复杂肝内生物过程的新见解，并指导个性化治疗的发展。	研究样本仅限于三名未接受治疗的慢性HBV和HDV或HIV共感染患者，可能限制了结果的普遍性。	评估空间转录组学方法在描述HBV及其共感染HDV或HIV患者肝内转录景观、细胞组成和生物途径中的应用。	慢性HBV及其与HDV或HIV共感染患者的肝活检样本。	NA	乙型肝炎	NanoString GeoMx数字空间分析平台	NA	转录组	三名未接受治疗的慢性HBV和HDV或HIV共感染患者
368	2024-08-18	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	研究论文	本文通过基因组学、蛋白质组学以及单细胞和空间转录组学技术，揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成。	本文首次鉴定了构成蜘蛛最强丝类型——主要壶腹丝纤维的18种蛋白质，并通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了分泌上皮中的六种细胞类型及其在腺体中的分布。	NA	深入理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成。	蜘蛛的主要壶腹丝纤维及其腺体结构。	生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	基因组数据、蛋白质数据、转录组数据	涉及多种蜘蛛丝纤维样本
369	2024-08-18	Effects of HOX family regulator-mediated modification patterns and immunity characteristics on tumor-associated cell type in endometrial cancer 2024-08-14, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00196-w PMID:39138733	研究论文	本研究分析了HOX基因在子宫内膜癌中对多种细胞类型表达机制及肿瘤微环境细胞浸润发展的潜在作用	开发了一种新的评分系统来量化子宫内膜癌中的个体HOX模式，并揭示了HOX基因在肿瘤发展和免疫反应中的关键作用	NA	探讨HOX基因在子宫内膜癌中的作用及其对肿瘤微环境的影响	子宫内膜癌患者的转录组数据和临床信息	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	529名子宫内膜癌患者
370	2024-08-18	Mechanism exploration of synergistic photo-immunotherapy strategy based on a novel exosome-like nanosystem for remodeling the immune microenvironment of HCC 2024-Aug-14, Nano convergence IF:13.4Q1 DOI:10.1186/s40580-024-00441-6 PMID:39141072	研究论文	本研究开发了一种基于新型外泌体样纳米系统的协同光免疫疗法策略，用于重塑肝细胞癌（HCC）的免疫微环境	通过载有介孔多巴胺（MPDA）和吲哚菁绿（ICG）的M1巨噬细胞衍生的纳米囊泡（M1NVs），实现对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的M1极化，从而增强抗肿瘤免疫效果	NA	探索基于新型外泌体样纳米系统的协同光免疫疗法策略对肝细胞癌免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）的免疫微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	比较了HCC组织在接受MPDA/ICG@M1NVs + NIR治疗前后的细胞组成和基因表达
371	2024-08-18	Generation of a conditional cellular senescence model using proximal tubule cells and fibroblasts from human kidneys 2024-Aug-14, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02131-y PMID:39143064	研究论文	本研究通过使用人肾近端小管上皮细胞（PTECs）和成纤维细胞，生成了一个条件性永生化的细胞衰老模型	本研究提供了一个新的体外细胞模型，用于研究肾脏衰老，并可作为大规模化合物测试的平台	NA	研究细胞衰老在慢性肾脏疾病（CKD）中的具体机制和相关因素	人肾近端小管上皮细胞（PTECs）和成纤维细胞	NA	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	76个人类肾脏组织切片
372	2024-08-18	Spatial multiomics reveals a subpopulation of fibroblasts associated with cancer stemness in human hepatocellular carcinoma 2024-Aug-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01367-8 PMID:39138551	研究论文	本研究通过结合多区域蛋白质组学、10X Genomics Visium空间转录组学和多重成像技术，揭示了肝癌微环境中与癌症干细胞特性相关的纤维母细胞亚群F5-CAF的表达异质性、功能多样性、空间分布、共定位和相互作用。	首次鉴定出与肝癌干细胞特性相关的纤维母细胞亚群F5-CAF，并阐明了其在肝癌微环境中的作用机制。	研究样本量相对较小，未来需要更大规模的研究来验证这些发现。	揭示肝癌微环境中纤维母细胞亚群与癌症干细胞特性的关联及其对肝癌发展的影响。	肝癌微环境中的纤维母细胞亚群及其与癌症干细胞的相互作用。	数字病理学	肝癌	多区域蛋白质组学、10X Genomics Visium空间转录组学、多重成像技术	NA	蛋白质组学数据、转录组学数据、成像数据	6名患者的多区域蛋白质组学样本、11名患者的空间转录组学样本、92名患者的多重成像样本
373	2024-08-18	Oral Cannabidiol Treatment Is Associated with an Anti-Inflammatory Gene Expression Signature in Myeloid Cells of People Living with HIV 2024-Aug, Cannabis and cannabinoid research IF:3.1Q2 DOI:10.1089/can.2023.0139 PMID:38252549	研究论文	本研究探讨了口服大麻二酚（CBD）治疗对HIV感染者单核细胞中抗炎基因表达特征的影响	首次通过单细胞RNA测序分析了CBD治疗后HIV感染者外周血单个核细胞（PBMCs）中基因表达的变化	样本量较小，仅包括三名HIV感染者	检测HIV感染者在至少一个月的CBD治疗后，外周血单个核细胞中基因表达的改变	HIV感染者的外周血单个核细胞	NA	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约41,000个外周血单个核细胞，来自三名HIV感染者
374	2024-08-18	CXCR6 expression correlates with radiotherapy response and immune context in triple-negative breast cancer-experimental studies 2024-Aug-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001546 PMID:39143706	研究论文	本研究探讨了CXCR6在三阴性乳腺癌中的表达及其与放疗反应和免疫环境的关系	首次揭示了CXCR6在三阴性乳腺癌中的临床意义及其与放疗的关联	NA	阐明CXCR6在三阴性乳腺癌中的预后价值及其在乳腺肿瘤微环境中的作用	CXCR6在三阴性乳腺癌中的mRNA和蛋白质表达及其与生存率的关联	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组测序数据和基于荧光的多重免疫组织化学技术	NA	mRNA、蛋白质	NA
375	2024-08-17	Histone lactylation dynamics: Unlocking the triad of metabolism, epigenetics, and immune regulation in metastatic cascade of pancreatic cancer 2024-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217117 PMID:39019144	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了组蛋白乳酸化在胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的病理作用及其对预后预测、患者分层和肿瘤微环境（TME）表征的潜在影响	本研究揭示了“LDHA-H4K12la-免疫基因”轴在代谢-表观遗传-免疫调控框架中的新节点，为PDAC进展提供了新的视角	NA	探索组蛋白乳酸化在胰腺癌转移过程中的作用及其对代谢、表观遗传和免疫调控的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）的进展和转移	表观遗传学	胰腺癌	多组学方法（bulk和单细胞RNA测序、代谢组学、ATAC-seq和CUT&Tag）	NA	RNA序列、代谢数据	NA
376	2024-08-17	A single-cell analysis of the NK-cell landscape reveals that dietary restriction boosts NK cell antitumor immunity via Eomesdermin 2024-Aug-16, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0944 PMID:39150687	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了饮食限制（DR）如何通过Eomesdermin增强NK细胞的抗肿瘤免疫	首次揭示了饮食限制通过Eomesdermin调控NK细胞，增强其抗肿瘤免疫功能	NA	研究饮食限制如何通过调节免疫细胞增强抗肿瘤免疫	NK细胞及其在饮食限制下的抗肿瘤免疫作用	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠模型和NK细胞样本
377	2024-08-17	Pharmacology of Hydrogen Sulfide and Its Donors in Cardiometabolic Diseases 2024-Aug-15, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1124/pharmrev.123.000928 PMID:38866561	综述	本文综述了氢硫化物（HS）及其供体在心血管代谢疾病（CMDs）中的药理作用	探讨了HS通过硫化修饰调控蛋白质的新机制，并介绍了多组学、肠道微生物分析、类器官和单细胞测序等先进技术在HS药理研究中的应用	NA	旨在评估HS在CMDs中的作用，并探讨其在基于HS的药疗法中的机遇与挑战	心血管代谢疾病及其治疗	药理学	心血管代谢疾病	多组学、肠道微生物分析、类器官、单细胞测序	NA	NA	NA
378	2024-08-17	Bipotential B-neutrophil progenitors are present in human and mouse bone marrow and emerge in the periphery upon stress hematopoiesis 2024-Aug-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01599-24 PMID:39012145	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞，揭示了在严重感染情况下B细胞和嗜中性粒细胞谱系之间的潜在关系。	首次在人类和小鼠骨髓中发现双潜能B-嗜中性粒细胞前体，并揭示了在应激造血过程中这些细胞在周围组织中的出现及其在严重感染中的潜在作用。	NA	探究COVID-19患者中嗜中性粒细胞反应的复杂性，并揭示B细胞和嗜中性粒细胞谱系在严重感染中的关系。	健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞，以及人类和小鼠骨髓中的粒细胞。	数字病理学	NA	RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA	健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞样本，以及人类和小鼠骨髓中的粒细胞样本。
379	2024-08-17	Cryptosporidium impacts epithelial turnover and is resistant to induced death of the host cell 2024-Aug-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01720-24 PMID:38995074	研究论文	研究了隐孢子虫感染对小肠上皮细胞动态结构的影响	发现隐孢子虫感染的上皮细胞不易发生凋亡，且感染导致上皮细胞增殖和迁移增加	NA	探讨隐孢子虫感染对小肠上皮细胞动态结构的影响及其对细胞凋亡的调节作用	隐孢子虫感染的小肠上皮细胞	NA	腹泻疾病	单细胞RNA测序	NA	图像和分子数据	NA
380	2024-08-17	Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish 2024-Aug-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50780-5 PMID:39138165	research paper	本研究使用单细胞转录组学、谱系追踪和突变分析在斑马鱼中揭示了颅缝发育过程中调控骨形成的发育转变	发现了颅缝区域中一群上调BMP拮抗剂和促血管生成因子的间充质细胞亚群，这些细胞主要非成骨性，通过局部BMP拮抗作用限制骨形成	NA	探究颅缝发育过程中骨生长和防止异常骨融合的调控机制	斑马鱼颅缝发育过程中的细胞转变	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA