单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-24	Patient-Derived Tumor Organoids Combined with Function-Associated ScRNA-Seq for Dissecting the Local Immune Response of Lung Cancer 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400185 PMID:38896792	研究论文	本研究通过生成患者来源的肺肿瘤类器官（pLCOs）并结合功能关联的单细胞RNA测序（FascRNA-seq）平台，分析了肺肿瘤局部免疫微环境（TIME）对免疫治疗的动态响应	开发了一种结合表型评估和单细胞RNA测序的FascRNA-seq平台，能够在单个类器官水平上解析TIME	NA	研究肺肿瘤局部免疫微环境对免疫治疗的动态响应	患者来源的肺肿瘤类器官及其免疫微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	171个个体肺肿瘤类器官，来自7名患者
342	2024-08-24	scRNMF: An imputation method for single-cell RNA-seq data by robust and non-negative matrix factorization 2024-Aug, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012339 PMID:39116191	研究论文	本文提出了一种基于鲁棒和非负矩阵分解的单细胞RNA测序数据插补方法scRNMF	scRNMF方法结合了L2损失和C损失函数，C损失函数对大误差的惩罚较小，使得在处理异常值时更加鲁棒	NA	开发有效的插补方法以克服单细胞RNA测序数据中的高缺失率问题	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	非负矩阵分解	NA	RNA测序数据	使用了不同大小和零率的各种数据集
343	2024-08-24	Neutrophil extracellular trap related risk score exhibits crucial prognostic value in skin cutaneous melanoma, associating with distinct immune characteristics 2024-Aug, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.70008 PMID:39167030	研究论文	本文构建了与中性粒细胞外陷阱（NETs）相关的基因特征，并探讨了其在皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）中的预后价值及免疫特征	首次构建了基于五个NET基因的预后模型，并探讨了其在SKCM中的预后能力和免疫特征	NA	研究NETs在皮肤皮肤黑色素瘤中的预后价值及免疫特征	皮肤皮肤黑色素瘤患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	LASSO Cox回归分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用TCGA-SKCM队列和GSE115978数据集
344	2024-08-23	Multicellular 3D bioprinted human gallbladder carcinoma forin vitromimicry of tumor microenvironment and intratumoral heterogeneity 2024-Aug-22, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/ad6d8c PMID:39121870	研究论文	本研究利用三维生物打印技术构建了多细胞的人类胆囊癌模型，以模拟肿瘤微环境和肿瘤内异质性	采用三维生物打印技术构建了高吞吐量和高保真的多细胞胆囊癌模型，能够更真实地重现肿瘤微环境	NA	研究胆囊癌的肿瘤微环境和肿瘤内异质性	胆囊癌的多细胞模型	数字病理学	胆囊癌	三维生物打印	NA	细胞	包含胆囊癌细胞、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞的多细胞模型
345	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing of OSCC primary tumors and lymph nodes reveals distinct origin and phenotype of fibroblasts 2024-Aug-20, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217180 PMID:39154702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了口腔鳞状细胞癌（OSCC）原发肿瘤和淋巴结中成纤维细胞的表型、功能和起源差异	首次系统地研究了OSCC中淋巴结转移灶内成纤维细胞的表型和功能异质性，并揭示了两种不同亚型的癌症相关肌成纤维细胞（mCAFs）的起源	研究样本仅限于三名OSCC患者，可能影响结果的普遍性	探究OSCC中原发肿瘤和淋巴结中成纤维细胞的表型、功能和起源差异	口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的成纤维细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	44,052个成纤维细胞
346	2024-08-23	Targeting treatment resistance: unveiling the potential of RNA methylation regulators and TG-101,209 in pan-cancer neoadjuvant therapy 2024-Aug-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03111-x PMID:39160604	研究论文	本研究探讨了RNA甲基化调控因子（RMRs）和TG-101,209在泛癌新辅助治疗中的潜在作用	揭示了RMRs在泛癌新辅助治疗中的预测作用，并验证了JAK抑制剂TG-101,209对高RMR表达肿瘤的免疫微环境的影响	需要进一步的验证研究以全面理解RNA甲基化调控因子在临床应用中的效用及其对患者预后的影响	研究RMRs在泛癌新辅助治疗中的作用，并探索TG-101,209作为辅助治疗策略的效果	泛癌患者的新辅助化疗和免疫治疗效果	数字病理学	NA	单细胞转录组学、全基因组测序、RNA测序、蛋白质组学、机器学习	机器学习算法	单细胞测序数据、多组学数据	泛癌队列
347	2024-08-23	Deciphering cell-cell communication at single-cell resolution for spatial transcriptomics with subgraph-based graph attention network 2024-Aug-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51329-2 PMID:39155292	研究论文	本文介绍了一种名为DeepTalk的方法，通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据，利用基于子图的图注意力网络（GAT）来推断空间细胞间通信（CCC）	DeepTalk通过基于子图的GAT在多个层次上捕捉细胞间的连接，实现了在单细胞分辨率下的空间CCC推断	NA	开发一种方法以准确推断生物系统中复杂细胞动态和调控机制的空间细胞间通信	空间细胞间通信的推断	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	图注意力网络（GAT）	RNA测序数据	多个跨平台数据集
348	2024-08-23	Reorganization of H3K9me heterochromatin leads to neuronal impairment via the cascading destruction of the KDM3B-centered epigenomic network 2024-Aug-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110380 PMID:39165843	研究论文	研究探讨了年龄依赖的转录组分析在终末分化的小鼠视网膜中识别异染色质重组相关的表观遗传调控因子	揭示了KDM3B中心表观遗传网络在调节老化过程中锥体感光细胞稳态的重要性	NA	研究组织特异性基因如何在分化细胞中逃脱异染色质的影响	小鼠视网膜中的锥体感光细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12个月大的小鼠视网膜样本
349	2024-08-23	SARS-CoV2 infection in whole lung primarily targets macrophages that display subset-specific responses 2024-Aug-15, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05322-z PMID:39147987	研究论文	本研究开发了一种创新的体外人肺感染SARS-CoV-2模型，通过单细胞RNA测序揭示了肺泡和单核细胞来源的巨噬细胞是病毒的初始目标	首次使用体外人肺感染模型研究SARS-CoV-2的初始感染步骤，并通过单细胞RNA测序技术详细分析了不同巨噬细胞亚群的反应	研究主要集中在体外模型，可能与人体内的实际情况存在差异	解析SARS-CoV-2感染的初始步骤及其对COVID-19结果的影响	SARS-CoV-2病毒在人肺中的初始感染目标及其对不同巨噬细胞亚群的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肺泡巨噬细胞、单核细胞来源的巨噬细胞、经典单核细胞和非经典单核细胞等多种细胞亚群
350	2024-08-23	Comprehensive pan-cancer analysis of ACSS3 as a biomarker for prognosis and immunotherapy response 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35231 PMID:39165934	研究论文	本文通过综合泛癌分析，探讨了ACSS3作为预后和免疫治疗反应生物标志物的潜力	ACSS3被发现是一个新的生物标志物，能够预测不同人类癌症的预后，并通过调节免疫微环境影响生物学过程	NA	研究ACSS3在多种肿瘤中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	ACSS3在不同肿瘤类型中的表达及其与临床特征、预后和免疫微环境的关系	数字病理学	泛癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及TCGA数据库中的26种癌症类型
351	2024-08-23	Comprehensive analysis of shared risk genes and immunity-metabolisms between non-alcoholic fatty liver disease and atherosclerosis via bulk and single-cell transcriptome analyses 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35453 PMID:39165965	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与动脉粥样硬化（AS）之间的病理关系，并利用批量和单细胞转录组分析揭示了两者共享的风险基因及免疫代谢机制	本研究首次综合分析了NAFLD与AS之间的共享风险基因，并通过单细胞转录组分析揭示了不同免疫细胞中这些基因的异常表达模式	研究主要基于生物信息学分析，未来需要更多的实验验证	探讨NAFLD与AS之间的病理关系，并寻找可能的干预策略	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与动脉粥样硬化（AS）	生物信息学	非酒精性脂肪肝病，动脉粥样硬化	WGCNA分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据	4851名参与者
352	2024-08-23	Heterogeneity effects of bisphenol A and its substitute, fluorene-9-bisphenol, on intestinal homeostasis 2024-Aug-13, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108948 PMID:39167857	研究论文	本研究结合肠道类器官和单细胞RNA测序技术，探讨了双酚A及其替代品氟硼酸对肠道细胞组成、分化和功能的影响	首次详细研究了双酚A及其替代品氟硼酸对肠道上皮细胞的细胞类型特异性影响，并通过构建小鼠模型进一步验证了其对肠道形态的影响	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，对人类的具体影响还需进一步研究	探讨双酚A及其替代品氟硼酸对肠道稳态的影响	双酚A及其替代品氟硼酸对肠道上皮细胞的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
353	2024-08-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals a decrease in the frequency of macrophage-RGS1high subsets in patients with osteoarticular tuberculosis 2024-Aug-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00886-9 PMID:39123125	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了骨关节结核患者中免疫细胞亚群的表型和功能	首次揭示了骨关节结核患者中巨噬细胞-RGS1高表达亚群频率的降低，并探讨了其在结核感染中的作用	研究仅限于病理组织和健康邻近组织的单细胞RNA测序分析，未涉及更广泛的样本类型	探究骨关节结核患者中免疫细胞亚群的表型和功能	骨关节结核患者的病理组织和健康邻近组织	数字病理学	骨关节疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	骨关节结核患者和健康对照组的组织样本
354	2024-08-23	The influence of CLEC5A on early macrophage-mediated inflammation in COPD progression 2024-Aug-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05375-0 PMID:39097839	研究论文	本研究分析了早期慢性阻塞性肺病（COPD）患者的肺组织测序数据和烟雾暴露小鼠模型，通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和机器学习识别潜在致病基因，并使用单细胞测序和细胞间通讯分析来验证CLEC5A在早期COPD中的作用。	本研究首次将CLEC5A确定为早期COPD的关键基因，并通过体外实验验证了其在促进炎症反应中的作用。	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验来全面验证CLEC5A在COPD中的作用。	阐明影响早期COPD进展的遗传因素，特别是与气道炎症和重塑相关的基因。	早期COPD患者的肺组织和烟雾暴露小鼠。	数字病理学	慢性阻塞性肺病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞测序、机器学习	NA	基因表达数据	包括早期COPD患者的肺组织和烟雾暴露小鼠的样本。
355	2024-08-23	Somatic BrafV600E mutation in the cerebral endothelium induces brain arteriovenous malformations 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09918-8 PMID:38700584	研究论文	本文开发了一种新的脑动静脉畸形（BAVM）小鼠模型，该模型与人类临床表现一致	成功诱导了与人类病变相似的BAVM小鼠模型，并进行了单细胞测序以揭示差异表达基因	Dabrafenib在治疗已建立的BAVM病变中的疗效尚不确定	开发一种临床一致的BAVM动物模型，以研究其生物学机制并开发创新治疗策略	脑动静脉畸形（BAVM）及其治疗策略	NA	脑血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	不同年龄组和脑区域的小鼠
356	2024-08-23	Bariatric surgery induces pancreatic cell transdifferentiation as indicated by single-cell transcriptomics in Zucker diabetic rats 2024-Aug, Journal of diabetes IF:3.0Q2 DOI:10.1111/1753-0407.13521 PMID:38149757	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了减肥手术如何影响Zucker糖尿病肥胖大鼠胰腺细胞亚群的分化和转变	首次通过单细胞转录组图谱，全面描述了减肥手术后胰腺内分泌细胞的异质性和分化情况	需要进一步研究以阐明这些结果	旨在阐明减肥手术如何修改胰腺细胞亚群的分化和转变	8周龄的Zucker糖尿病肥胖大鼠	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	25只大鼠（袖状胃切除术9只，Roux-en-Y胃旁路手术9只，假手术7只）
357	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing technology in human spermatogenesis: Progresses and perspectives 2024-Aug, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-023-04840-x PMID:37659974	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在人类精子发生中的应用及其进展和展望	介绍了单细胞RNA测序技术在男性生殖领域的独特洞察力和深度挖掘分析能力	讨论了该技术在男性生殖应用中的挑战	总结单细胞RNA测序技术在不同发育阶段和病理状态下精子发生中的研究成果和应用方向	研究对象包括原始生殖细胞、精原干细胞、Sertoli细胞等关键细胞以及不同类型的男性不育疾病	NA	男性不育	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涵盖新生儿、青春期前、青春期和成年阶段的不同时期数据
358	2024-08-22	Blood Lipoproteins Shape the Phenotype and Lipid Content of Early Atherosclerotic Lesion Macrophages: A Dual-Structured Mathematical Model 2024-Aug-02, Bulletin of mathematical biology IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s11538-024-01342-9 PMID:39093509	研究论文	本文开发了一种双结构数学模型，用于研究早期动脉粥样硬化病变中巨噬细胞的表型和脂质含量	提出了一个数学模型，通过分析低密度脂蛋白（LDL）和高密度脂蛋白（HDL）的血液密度，来理解巨噬细胞表型和脂质含量的关系	需要通过单细胞RNA测序数据来验证模型	探讨早期动脉粥样硬化病变中巨噬细胞的表型分布及其与脂质含量的关系	早期动脉粥样硬化病变中的巨噬细胞	NA	心血管疾病	NA	数学模型	NA	NA
359	2024-08-21	Prognostic and immune infiltration implications of SIGLEC9 in SKCM 2024-Aug-17, Diagnostic pathology IF:2.4Q2 DOI:10.1186/s13000-024-01536-8 PMID:39153970	研究论文	本研究探讨了SIGLEC9在皮肤黑色素瘤（SKCM）中的表达、预后及免疫相关性	首次详细分析了SIGLEC9在SKCM中的表达与患者预后及免疫细胞浸润的关系	NA	探究SIGLEC9在SKCM中的表达与患者预后及免疫细胞浸润的关系	SIGLEC9在SKCM中的表达及其对患者预后和免疫细胞浸润的影响	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	基于TCGA-SKCM数据
360	2024-08-21	TLR9 activation in large wound induces tissue repair and hair follicle regeneration via γδT cells 2024-Aug-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06994-y PMID:39153998	研究论文	本研究利用成年小鼠的伤口诱导毛发新生（WIHN）模型，探讨了损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，并揭示了 toll 样受体 9（TLR9）在感知皮肤损伤和通过调节 γδT 细胞迁移影响组织修复和再生的新作用。	首次揭示了 TLR9 在感知皮肤损伤和通过调节 γδT 细胞迁移影响组织修复和再生的新作用，并识别了 TLR9-γδT 细胞-areg 轴作为增强组织再生的新潜在靶点。	NA	探讨损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，并揭示 TLR9 在组织修复和再生中的作用。	成年小鼠的伤口诱导毛发新生（WIHN）模型。	免疫学	NA	单细胞 RNA 测序	NA	RNA	TLR9 缺陷小鼠及伤口注射 TLR9 拮抗剂的小鼠，以及抑制 γδT 细胞迁移或敲除 γδT 细胞的小鼠。