单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-23	Comprehensive analysis of shared risk genes and immunity-metabolisms between non-alcoholic fatty liver disease and atherosclerosis via bulk and single-cell transcriptome analyses 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35453 PMID:39165965	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与动脉粥样硬化（AS）之间的病理关系，并利用批量和单细胞转录组分析揭示了两者共享的风险基因及免疫代谢机制	本研究首次综合分析了NAFLD与AS之间的共享风险基因，并通过单细胞转录组分析揭示了不同免疫细胞中这些基因的异常表达模式	研究主要基于生物信息学分析，未来需要更多的实验验证	探讨NAFLD与AS之间的病理关系，并寻找可能的干预策略	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与动脉粥样硬化（AS）	生物信息学	非酒精性脂肪肝病，动脉粥样硬化	WGCNA分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据	4851名参与者
342	2024-08-23	Heterogeneity effects of bisphenol A and its substitute, fluorene-9-bisphenol, on intestinal homeostasis 2024-Aug-13, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108948 PMID:39167857	研究论文	本研究结合肠道类器官和单细胞RNA测序技术，探讨了双酚A及其替代品氟硼酸对肠道细胞组成、分化和功能的影响	首次详细研究了双酚A及其替代品氟硼酸对肠道上皮细胞的细胞类型特异性影响，并通过构建小鼠模型进一步验证了其对肠道形态的影响	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，对人类的具体影响还需进一步研究	探讨双酚A及其替代品氟硼酸对肠道稳态的影响	双酚A及其替代品氟硼酸对肠道上皮细胞的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
343	2024-08-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals a decrease in the frequency of macrophage-RGS1high subsets in patients with osteoarticular tuberculosis 2024-Aug-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00886-9 PMID:39123125	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了骨关节结核患者中免疫细胞亚群的表型和功能	首次揭示了骨关节结核患者中巨噬细胞-RGS1高表达亚群频率的降低，并探讨了其在结核感染中的作用	研究仅限于病理组织和健康邻近组织的单细胞RNA测序分析，未涉及更广泛的样本类型	探究骨关节结核患者中免疫细胞亚群的表型和功能	骨关节结核患者的病理组织和健康邻近组织	数字病理学	骨关节疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	骨关节结核患者和健康对照组的组织样本
344	2024-08-23	The influence of CLEC5A on early macrophage-mediated inflammation in COPD progression 2024-Aug-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05375-0 PMID:39097839	研究论文	本研究分析了早期慢性阻塞性肺病（COPD）患者的肺组织测序数据和烟雾暴露小鼠模型，通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和机器学习识别潜在致病基因，并使用单细胞测序和细胞间通讯分析来验证CLEC5A在早期COPD中的作用。	本研究首次将CLEC5A确定为早期COPD的关键基因，并通过体外实验验证了其在促进炎症反应中的作用。	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验来全面验证CLEC5A在COPD中的作用。	阐明影响早期COPD进展的遗传因素，特别是与气道炎症和重塑相关的基因。	早期COPD患者的肺组织和烟雾暴露小鼠。	数字病理学	慢性阻塞性肺病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞测序、机器学习	NA	基因表达数据	包括早期COPD患者的肺组织和烟雾暴露小鼠的样本。
345	2024-08-23	Somatic BrafV600E mutation in the cerebral endothelium induces brain arteriovenous malformations 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09918-8 PMID:38700584	研究论文	本文开发了一种新的脑动静脉畸形（BAVM）小鼠模型，该模型与人类临床表现一致	成功诱导了与人类病变相似的BAVM小鼠模型，并进行了单细胞测序以揭示差异表达基因	Dabrafenib在治疗已建立的BAVM病变中的疗效尚不确定	开发一种临床一致的BAVM动物模型，以研究其生物学机制并开发创新治疗策略	脑动静脉畸形（BAVM）及其治疗策略	NA	脑血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	不同年龄组和脑区域的小鼠
346	2024-08-23	Bariatric surgery induces pancreatic cell transdifferentiation as indicated by single-cell transcriptomics in Zucker diabetic rats 2024-Aug, Journal of diabetes IF:3.0Q2 DOI:10.1111/1753-0407.13521 PMID:38149757	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了减肥手术如何影响Zucker糖尿病肥胖大鼠胰腺细胞亚群的分化和转变	首次通过单细胞转录组图谱，全面描述了减肥手术后胰腺内分泌细胞的异质性和分化情况	需要进一步研究以阐明这些结果	旨在阐明减肥手术如何修改胰腺细胞亚群的分化和转变	8周龄的Zucker糖尿病肥胖大鼠	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	25只大鼠（袖状胃切除术9只，Roux-en-Y胃旁路手术9只，假手术7只）
347	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing technology in human spermatogenesis: Progresses and perspectives 2024-Aug, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-023-04840-x PMID:37659974	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在人类精子发生中的应用及其进展和展望	介绍了单细胞RNA测序技术在男性生殖领域的独特洞察力和深度挖掘分析能力	讨论了该技术在男性生殖应用中的挑战	总结单细胞RNA测序技术在不同发育阶段和病理状态下精子发生中的研究成果和应用方向	研究对象包括原始生殖细胞、精原干细胞、Sertoli细胞等关键细胞以及不同类型的男性不育疾病	NA	男性不育	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涵盖新生儿、青春期前、青春期和成年阶段的不同时期数据
348	2024-08-22	Blood Lipoproteins Shape the Phenotype and Lipid Content of Early Atherosclerotic Lesion Macrophages: A Dual-Structured Mathematical Model 2024-Aug-02, Bulletin of mathematical biology IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s11538-024-01342-9 PMID:39093509	研究论文	本文开发了一种双结构数学模型，用于研究早期动脉粥样硬化病变中巨噬细胞的表型和脂质含量	提出了一个数学模型，通过分析低密度脂蛋白（LDL）和高密度脂蛋白（HDL）的血液密度，来理解巨噬细胞表型和脂质含量的关系	需要通过单细胞RNA测序数据来验证模型	探讨早期动脉粥样硬化病变中巨噬细胞的表型分布及其与脂质含量的关系	早期动脉粥样硬化病变中的巨噬细胞	NA	心血管疾病	NA	数学模型	NA	NA
349	2024-08-21	Prognostic and immune infiltration implications of SIGLEC9 in SKCM 2024-Aug-17, Diagnostic pathology IF:2.4Q2 DOI:10.1186/s13000-024-01536-8 PMID:39153970	研究论文	本研究探讨了SIGLEC9在皮肤黑色素瘤（SKCM）中的表达、预后及免疫相关性	首次详细分析了SIGLEC9在SKCM中的表达与患者预后及免疫细胞浸润的关系	NA	探究SIGLEC9在SKCM中的表达与患者预后及免疫细胞浸润的关系	SIGLEC9在SKCM中的表达及其对患者预后和免疫细胞浸润的影响	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	基于TCGA-SKCM数据
350	2024-08-21	TLR9 activation in large wound induces tissue repair and hair follicle regeneration via γδT cells 2024-Aug-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06994-y PMID:39153998	研究论文	本研究利用成年小鼠的伤口诱导毛发新生（WIHN）模型，探讨了损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，并揭示了 toll 样受体 9（TLR9）在感知皮肤损伤和通过调节 γδT 细胞迁移影响组织修复和再生的新作用。	首次揭示了 TLR9 在感知皮肤损伤和通过调节 γδT 细胞迁移影响组织修复和再生的新作用，并识别了 TLR9-γδT 细胞-areg 轴作为增强组织再生的新潜在靶点。	NA	探讨损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，并揭示 TLR9 在组织修复和再生中的作用。	成年小鼠的伤口诱导毛发新生（WIHN）模型。	免疫学	NA	单细胞 RNA 测序	NA	RNA	TLR9 缺陷小鼠及伤口注射 TLR9 拮抗剂的小鼠，以及抑制 γδT 细胞迁移或敲除 γδT 细胞的小鼠。
351	2024-08-21	Transcriptomic analysis unveils bona fide molecular signatures of microglia under conditions of homeostasis and viral encephalitis 2024-Aug-17, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03197-2 PMID:39153993	研究论文	本研究通过多种实验方法描绘了病毒感染期间小胶质细胞的转录组图谱，并发现细胞分选过程中的剪切应力是激活基因人工诱导的关键因素	开发了一种利用核糖体标签方法富集小胶质细胞特异性转录本的策略，并定义了健康和病毒感染条件下小胶质细胞的真实分子特征	NA	研究小胶质细胞在健康和病毒性脑炎条件下的转录组特征	小胶质细胞在健康和病毒感染条件下的转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大规模
352	2024-08-21	Breaking barriers: improving time and space resolution of arbuscular mycorrhizal symbiosis with single-cell sequencing approaches 2024-Aug-17, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00501-1 PMID:39154166	研究论文	本文通过采用单细胞RNA测序技术，提高了丛枝菌根共生体时间和空间分辨率的细胞和分子基础研究	采用单细胞RNA测序技术，提供了对植物-微生物相互作用转录组复杂性的前所未有的洞察	单细胞分析虽然提高了分辨率，但牺牲了空间视角，需要与空间转录组学方法结合以获得全面概览	深入解析丛枝菌根共生体的复杂相互作用和关键过程	丛枝菌根共生体的细胞和分子基础	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
353	2024-08-21	Combining single-cell spatial transcriptomics and molecular simulation to develop in vivo probes targeting the perineural invasion region of adenoid cystic carcinoma 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34628 PMID:39157355	研究论文	本文通过结合单细胞空间转录组学和分子模拟技术，开发了一种针对腺样囊性癌神经周围侵犯区域的体内探针	设计了基于神经周围侵犯区域施万细胞抗原呈递特性的肽探针，用于动态标记肿瘤细胞侵入神经的过程	NA	开发针对腺样囊性癌神经周围侵犯区域的体内探针	腺样囊性癌的神经周围侵犯区域	数字病理学	头颈部肿瘤	空间转录组学和单细胞转录组测序	NA	转录组数据	一例腺样囊性癌伴有神经周围侵犯的组织样本
354	2024-08-21	Identification of epithelial-related artificial neural network prognostic models for the prediction of bladder cancer prognosis through comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34632 PMID:39157397	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别出与膀胱癌预后相关的上皮细胞相关的人工神经网络预测模型	本研究创新性地融合了单细胞RNA测序和RNA测序评估，以识别膀胱癌的新型生物标志物，并构建了包含17个特征基因的人工神经网络预后模型	NA	旨在通过融合单细胞RNA测序和RNA测序评估，识别膀胱癌的潜在生物标志物，并建立实用的临床预后模型	膀胱癌（BLCA）及其相关生物标志物	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	人工神经网络	RNA测序数据	训练集来自TCGA数据库，验证集（GSE32894）和单细胞数据集（GSE135337）来自GEO数据库
355	2024-08-21	Diversity of group 1 innate lymphoid cells in human tissues 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01885-y PMID:38956380	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术研究了人类组织中第1组先天淋巴细胞（ILC1s）的多样性	首次在人类组织中识别出高度可变的ILC1亚型，并描述了不同组织中ILC1和自然杀伤（NK）细胞的表达谱	NA	探究人类组织中第1组先天淋巴细胞（ILC1s）的多样性及其在疾病中的潜在作用	人类组织中的第1组先天淋巴细胞（ILC1s）及其亚型	免疫学	NA	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA	多个组织样本
356	2024-08-21	ScRNA-seq revealed the tumor microenvironment heterogeneity related to the occurrence and metastasis in upper urinary tract urothelial carcinoma 2024-Aug, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00779-3 PMID:38877164	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了上尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤微环境异质性及其与发生和转移的关系	首次揭示了UTUC肿瘤细胞的起源及其与转移性肿瘤细胞的同源性，并发现UTUC肿瘤微环境中不存在免疫抑制现象	研究样本仅来自3名高级别UTUC患者，可能存在样本量较小的问题	探索UTUC发生和转移的可能机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点	上尿路上皮癌的正常组织、原发肿瘤病变和淋巴转移	数字病理学	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	转录组数据	28,315个细胞来自3名高级别UTUC患者
357	2024-08-20	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	本研究开发了一种新的计算模型，用于追踪肝细胞癌（HCC）中肿瘤在器官尺度上的进展，并捕捉肿瘤的空间异质性，以促进免疫治疗剂量方案的设计和潜在生物标志物的识别	本研究结合数学建模和计算机模拟与高吞吐量的空间多组学数据，提供了一种新颖的患者治疗结果预测和生物标志物发现方法	NA	旨在通过结合临床试验空间多组学分析和虚拟临床试验，预测免疫治疗反应并发现生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析	计算模型	空间蛋白质组学数据和空间转录组学数据	涉及多个临床试验样本，包括结合抗PD1免疫治疗和多靶点酪氨酸激酶抑制剂cabozantinib的临床试验以及抗PD1单药治疗的独立研究
358	2024-08-19	Requirement of Pdgfrα+ cells for calvarial bone repair 2024-Aug-16, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szae041 PMID:38986535	研究论文	本文研究了血小板衍生生长因子受体α（PDGFRα）阳性细胞在颅骨修复中的作用	首次详细探讨了PDGFRα阳性间充质细胞在颅骨愈合过程中的贡献	NA	探究PDGFRα阳性间充质细胞在颅骨修复中的作用	PDGFRα阳性间充质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	细胞	使用Pdgfrα-CreERTM;mT/mG报告动物模型进行研究
359	2024-08-19	Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis 2024-Aug-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado0424 PMID:39151009	研究论文	本文研究了海葵Nematostella vectensis中Nanos2基因在体细胞系和生殖细胞形成中的作用	通过转基因报告基因和单细胞转录组学，识别了表达生殖细胞相关标记的细胞群，并发现Nanos2基因对生殖细胞形成至关重要	NA	旨在描述海葵中保守的干细胞标记基因	海葵Nematostella vectensis中的干细胞系统	NA	NA	转基因报告基因和单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
360	2024-08-19	Exploring the molecular mechanisms and shared potential drugs between rheumatoid arthritis and arthrofibrosis based on large language model and synovial microenvironment analysis 2024-08-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-69080-5 PMID:39147768	研究论文	本研究基于大型语言模型和滑膜微环境分析，探索类风湿性关节炎和关节纤维化的分子机制及潜在共享药物	本研究采用文本挖掘方法和药物再定位技术，发现并验证了针对类风湿性关节炎和关节纤维化的新型潜在药物	NA	旨在全面分析类风湿性关节炎和关节纤维化之间的关系，并识别新的临床用药	类风湿性关节炎和关节纤维化	NA	类风湿性关节炎，关节纤维化	文本挖掘，单细胞测序	NA	基因表达数据	5个批量测序数据集和4个单细胞测序数据集