单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-24	Single-cell transcriptomics reveals tumor landscape in ovarian carcinosarcoma 2024-Aug-15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2300407 PMID:39155781	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了卵巢癌肉瘤（OCS）的细胞组成和分子特征	首次提供了人类OCS的单细胞转录组特征，为阐明OCS的多样性提供了新的资源	NA	通过单细胞RNA测序技术揭示卵巢癌肉瘤的肿瘤景观	卵巢癌肉瘤的细胞组成和分子特征	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
322	2024-08-24	A pan-cancer cuproptosis signature predicting immunotherapy response and prognosis 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35404 PMID:39170145	research paper	本文通过分析多个单细胞RNA测序数据集，开发了一种泛癌铜死亡特征（Cup.Sig），用于预测免疫治疗反应和预后	首次开发了一种泛癌铜死亡特征，用于预测免疫治疗反应和预后	NA	开发一种泛癌铜死亡特征，用于预测生存和免疫治疗反应	泛癌铜死亡特征及其在免疫治疗反应和预后预测中的应用	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	RNA测序数据	28个scRNA-seq数据集，TCGA泛癌队列和10个免疫治疗队列
323	2024-08-24	Single-cell sequencing analysis revealed that WDR72 was a novel cancer stem cells related gene in gastric cancer 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35549 PMID:39170171	研究论文	本研究通过单细胞测序分析揭示了WDR72作为胃癌中与癌症干细胞相关的新基因	首次发现WDR72作为胃癌中与癌症干细胞相关的新基因	NA	探索胃癌上皮细胞中与癌症干细胞相关的基因	胃癌上皮细胞中的癌症干细胞相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	mRNA表达谱	NA
324	2024-08-24	Screening chondrocyte necroptosis-related genes in the diagnosis and treatment of osteoarthritis 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35263 PMID:39170298	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析了骨关节炎中软骨细胞坏死调控的相关基因，并构建了机器学习模型进行药物分子对接验证。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨关节炎中调控软骨细胞坏死的机制，并验证了nimesulide作为潜在抑制剂的可能性。	研究主要集中在体外实验和数据分析，需要进一步的临床试验验证nimesulide的疗效。	探讨骨关节炎中软骨细胞坏死相关基因的诊断和治疗潜力。	骨关节炎中的软骨细胞坏死相关基因。	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯模型	RNA序列	未具体说明样本数量
325	2024-08-24	Single-cell RNA-Seq reveals the heterogeneity of fibroblasts within the tympanojugular paraganglioma microenvironment 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35478 PMID:39170307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和全外显子测序分析了六例手术切除的鼓室颈静脉副神经节瘤样本，揭示了瘤内纤维母细胞的异质性及其在瘤微环境中的复杂作用	首次建立了针对鼓室颈静脉副神经节瘤的全面转录组图谱，并详细描述了纤维母细胞在瘤微环境中的多方面作用及其细胞间通讯网络	NA	研究鼓室颈静脉副神经节瘤的细胞组成和瘤内异质性，以及纤维母细胞在瘤微环境中的具体贡献	鼓室颈静脉副神经节瘤样本及其细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，全外显子测序	NA	转录组数据	六例手术切除的鼓室颈静脉副神经节瘤样本
326	2024-08-24	Dysregulated T-cell homeostasis and decreased CD30+ Treg proliferating in aplastic anemia 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35775 PMID:39170389	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了再生障碍性贫血（AA）患者中T细胞稳态的潜在破坏，并识别了CD4 T常规细胞和Treg细胞的变化	首次揭示了AA患者中CD30 Treg细胞亚群的减少及其高增殖和显著的免疫抑制表型，并提出异常的TNFSF8/TNFRSF8信号通路可能通过增加CD30 Treg细胞的破坏导致T细胞免疫功能障碍	NA	阐明再生障碍性贫血中自身反应性T细胞在疾病发展中的精确作用，以促进治疗和诊断策略的进步	再生障碍性贫血患者的CD8 T细胞、常规CD4 T细胞和Treg细胞	免疫学	再生障碍性贫血	单细胞转录组分析，流式细胞术，RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
327	2024-08-24	Galectin-3 induces pathogenic immunosuppressive macrophages through interaction with TREM2 in lung cancer 2024-Aug-13, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03124-6 PMID:39135069	研究论文	本研究探讨了半乳糖凝集素-3通过与TREM2相互作用诱导肺肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制作用	揭示了半乳糖凝集素-3与TREM2在肺肿瘤相关巨噬细胞中的未知关联，并提出同时抑制半乳糖凝集素3和TREM2作为肺肿瘤治疗的新策略	NA	研究TREM2表达的肿瘤相关巨噬细胞的招募机制及其介导免疫抑制的配体	肺肿瘤相关巨噬细胞及其免疫抑制作用	数字病理学	肺肿瘤	流式细胞术，单细胞RNA测序，质谱分析，免疫沉淀	NA	细胞	使用TREM2f/f-Lyz2-cre小鼠模型进行验证
328	2024-08-24	A Cell Cycle-Aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401815 PMID:38887194	研究论文	本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于去除单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异	这是首个研究单细胞多组学数据集成中细胞周期效应的计算模型	NA	研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应	单细胞RNA测序和ATAC测序数据的集成	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	网络模型	多组学数据	多个基准数据集
329	2024-08-24	Heterogeneity of Wnt1-Cre-marked and Pax2-Cre-marked first branchial arch cranial neural crest cells in mice 2024-Aug-01, Hua xi kou qiang yi xue za zhi = Huaxi kouqiang yixue zazhi = West China journal of stomatology DOI:10.7518/hxkq.2024.2023374 PMID:39049630	研究论文	本研究旨在探讨Wnt1-Cre标记和Pax2-Cre标记的小鼠第一鳃弓颅神经嵴细胞的异质性和基因本体	本研究通过单细胞RNA测序和实时荧光定量PCR技术，揭示了Wnt1-Cre和Pax2-Cre标记的神经嵴细胞在不同组织中的表达差异及其在细胞分化和骨化中的作用	NA	探索Wnt1-Cre和Pax2-Cre标记的小鼠第一鳃弓颅神经嵴细胞的异质性和基因本体	Wnt1-Cre和Pax2-Cre标记的小鼠第一鳃弓颅神经嵴细胞	NA	NA	单细胞RNA测序, 实时荧光定量PCR	NA	RNA	Wnt1-Cre;R26RmTmG和Pax2-Cre;R26RmTmG小鼠的胚胎
330	2024-08-24	Patient-Derived Tumor Organoids Combined with Function-Associated ScRNA-Seq for Dissecting the Local Immune Response of Lung Cancer 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400185 PMID:38896792	研究论文	本研究通过生成患者来源的肺肿瘤类器官（pLCOs）并结合功能关联的单细胞RNA测序（FascRNA-seq）平台，分析了肺肿瘤局部免疫微环境（TIME）对免疫治疗的动态响应	开发了一种结合表型评估和单细胞RNA测序的FascRNA-seq平台，能够在单个类器官水平上解析TIME	NA	研究肺肿瘤局部免疫微环境对免疫治疗的动态响应	患者来源的肺肿瘤类器官及其免疫微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	171个个体肺肿瘤类器官，来自7名患者
331	2024-08-24	scRNMF: An imputation method for single-cell RNA-seq data by robust and non-negative matrix factorization 2024-Aug, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012339 PMID:39116191	研究论文	本文提出了一种基于鲁棒和非负矩阵分解的单细胞RNA测序数据插补方法scRNMF	scRNMF方法结合了L2损失和C损失函数，C损失函数对大误差的惩罚较小，使得在处理异常值时更加鲁棒	NA	开发有效的插补方法以克服单细胞RNA测序数据中的高缺失率问题	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	非负矩阵分解	NA	RNA测序数据	使用了不同大小和零率的各种数据集
332	2024-08-24	Neutrophil extracellular trap related risk score exhibits crucial prognostic value in skin cutaneous melanoma, associating with distinct immune characteristics 2024-Aug, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.70008 PMID:39167030	研究论文	本文构建了与中性粒细胞外陷阱（NETs）相关的基因特征，并探讨了其在皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）中的预后价值及免疫特征	首次构建了基于五个NET基因的预后模型，并探讨了其在SKCM中的预后能力和免疫特征	NA	研究NETs在皮肤皮肤黑色素瘤中的预后价值及免疫特征	皮肤皮肤黑色素瘤患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	LASSO Cox回归分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用TCGA-SKCM队列和GSE115978数据集
333	2024-08-23	Multicellular 3D bioprinted human gallbladder carcinoma forin vitromimicry of tumor microenvironment and intratumoral heterogeneity 2024-Aug-22, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/ad6d8c PMID:39121870	研究论文	本研究利用三维生物打印技术构建了多细胞的人类胆囊癌模型，以模拟肿瘤微环境和肿瘤内异质性	采用三维生物打印技术构建了高吞吐量和高保真的多细胞胆囊癌模型，能够更真实地重现肿瘤微环境	NA	研究胆囊癌的肿瘤微环境和肿瘤内异质性	胆囊癌的多细胞模型	数字病理学	胆囊癌	三维生物打印	NA	细胞	包含胆囊癌细胞、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞的多细胞模型
334	2024-08-23	Microglia-specific IL-10 gene delivery inhibits neuroinflammation and neurodegeneration in a mouse model of Parkinson's disease 2024-Aug-21, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adm8563 PMID:39167665	研究论文	本研究探讨了通过微胶质细胞特异性IL-10基因传递抑制帕金森病小鼠模型中的神经炎症和神经退行性变	验证了一种病毒疗法，通过微胶质细胞特异性表达白细胞介素10（IL-10）来选择性减轻过度的炎症反应	NA	研究如何有效恢复正常免疫反应，以减轻帕金森病中的神经炎症和神经退行性变	帕金森病小鼠模型中的神经炎症和多巴胺能神经元损失	NA	帕金森病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个常用的帕金森病小鼠模型
335	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing of OSCC primary tumors and lymph nodes reveals distinct origin and phenotype of fibroblasts 2024-Aug-20, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217180 PMID:39154702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了口腔鳞状细胞癌（OSCC）原发肿瘤和淋巴结中成纤维细胞的表型、功能和起源差异	首次系统地研究了OSCC中淋巴结转移灶内成纤维细胞的表型和功能异质性，并揭示了两种不同亚型的癌症相关肌成纤维细胞（mCAFs）的起源	研究样本仅限于三名OSCC患者，可能影响结果的普遍性	探究OSCC中原发肿瘤和淋巴结中成纤维细胞的表型、功能和起源差异	口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的成纤维细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	44,052个成纤维细胞
336	2024-08-23	Targeting treatment resistance: unveiling the potential of RNA methylation regulators and TG-101,209 in pan-cancer neoadjuvant therapy 2024-Aug-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03111-x PMID:39160604	研究论文	本研究探讨了RNA甲基化调控因子（RMRs）和TG-101,209在泛癌新辅助治疗中的潜在作用	揭示了RMRs在泛癌新辅助治疗中的预测作用，并验证了JAK抑制剂TG-101,209对高RMR表达肿瘤的免疫微环境的影响	需要进一步的验证研究以全面理解RNA甲基化调控因子在临床应用中的效用及其对患者预后的影响	研究RMRs在泛癌新辅助治疗中的作用，并探索TG-101,209作为辅助治疗策略的效果	泛癌患者的新辅助化疗和免疫治疗效果	数字病理学	NA	单细胞转录组学、全基因组测序、RNA测序、蛋白质组学、机器学习	机器学习算法	单细胞测序数据、多组学数据	泛癌队列
337	2024-08-23	Deciphering cell-cell communication at single-cell resolution for spatial transcriptomics with subgraph-based graph attention network 2024-Aug-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51329-2 PMID:39155292	研究论文	本文介绍了一种名为DeepTalk的方法，通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据，利用基于子图的图注意力网络（GAT）来推断空间细胞间通信（CCC）	DeepTalk通过基于子图的GAT在多个层次上捕捉细胞间的连接，实现了在单细胞分辨率下的空间CCC推断	NA	开发一种方法以准确推断生物系统中复杂细胞动态和调控机制的空间细胞间通信	空间细胞间通信的推断	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	图注意力网络（GAT）	RNA测序数据	多个跨平台数据集
338	2024-08-23	Distinct tumor-TAM interactions in IDH-stratified glioma microenvironments unveiled by single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug-16, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01837-5 PMID:39148129	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了IDH分类的胶质瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与肿瘤的独特相互作用	首次全面比较了IDH定义的胶质瘤类别中肿瘤与TAMs的相互作用，并提出了SLAMF9受体作为潜在的治疗靶点	研究主要集中在IDH-WT的胶质母细胞瘤（GBM），其他类型的胶质瘤可能需要进一步研究	探讨IDH分类的胶质瘤微环境中TAMs的表型异质性及其与肿瘤的相互作用	IDH分类的胶质瘤及其微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中明确
339	2024-08-23	Reorganization of H3K9me heterochromatin leads to neuronal impairment via the cascading destruction of the KDM3B-centered epigenomic network 2024-Aug-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110380 PMID:39165843	研究论文	研究探讨了年龄依赖的转录组分析在终末分化的小鼠视网膜中识别异染色质重组相关的表观遗传调控因子	揭示了KDM3B中心表观遗传网络在调节老化过程中锥体感光细胞稳态的重要性	NA	研究组织特异性基因如何在分化细胞中逃脱异染色质的影响	小鼠视网膜中的锥体感光细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12个月大的小鼠视网膜样本
340	2024-08-23	SARS-CoV2 infection in whole lung primarily targets macrophages that display subset-specific responses 2024-Aug-15, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05322-z PMID:39147987	研究论文	本研究开发了一种创新的体外人肺感染SARS-CoV-2模型，通过单细胞RNA测序揭示了肺泡和单核细胞来源的巨噬细胞是病毒的初始目标	首次使用体外人肺感染模型研究SARS-CoV-2的初始感染步骤，并通过单细胞RNA测序技术详细分析了不同巨噬细胞亚群的反应	研究主要集中在体外模型，可能与人体内的实际情况存在差异	解析SARS-CoV-2感染的初始步骤及其对COVID-19结果的影响	SARS-CoV-2病毒在人肺中的初始感染目标及其对不同巨噬细胞亚群的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肺泡巨噬细胞、单核细胞来源的巨噬细胞、经典单核细胞和非经典单核细胞等多种细胞亚群