单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 541 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-28 |
ST2+ T-regulatory Cells in Renal Inflammation and Fibrosis following Ischemic Kidney Injury
2024-Aug-26, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000471
PMID:39186386
|
研究论文 | 本研究探讨了IL-33/ST2信号通路在调节性T细胞（Tregs）中对肾脏损伤修复的作用 | 首次研究了内源性IL-33/ST2在Tregs中对肾脏损伤修复的贡献 | NA | 探讨IL-33/ST2信号通路在Tregs中对肾脏损伤修复的作用 | 肾脏炎症和纤维化 | NA | 肾脏疾病 | RNA测序 | NA | RNA | 使用了小鼠肾脏缺血-再灌注损伤模型和肾脏类器官 |
| 302 | 2024-08-28 |
Lamc1 promotes osteogenic differentiation and inhibits adipogenic differentiation of bone marrow-derived mesenchymal stem cells
2024-08-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-69629-4
PMID:39179716
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研究论文 | 本研究探讨了骨髓间充质干细胞（BMSCs）晚期分化的分子机制，并鉴定了四个关键基因Lamc1、Tln2、Hexb和St3gal5在BMSCs分化中的作用 | 首次揭示了Lamc1在BMSCs晚期分化中的重要作用，并验证了其在脂肪形成和骨形成中的调控作用 | 研究主要基于公共数据集和单细胞RNA测序数据，未进行体内实验验证 | 阐明骨髓间充质干细胞晚期分化的关键生物过程 | 骨髓间充质干细胞（BMSCs）的晚期分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 分析了约14天的骨髓间充质干细胞在成骨、成脂和软骨分化后的公共转录组数据 |
| 303 | 2024-08-28 |
Single-cell profiling reveals altered immune landscape and impaired NK cell function in gastric cancer liver metastasis
2024-Aug, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03114-0
PMID:39060439
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨胃癌肝转移的免疫景观，揭示了肿瘤免疫微环境中多种免疫抑制成分的变化，并发现NK细胞功能受损与TGFβ的诱导有关 | 首次揭示胃癌肝转移中免疫微环境的详细变化，并发现TGFβ在NK细胞功能障碍中的作用，提出联合TGFβ抑制和NK细胞免疫疗法的新策略 | NA | 探讨胃癌肝转移的免疫景观及其对患者预后的影响 | 胃癌肝转移中的免疫细胞及其功能 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个胃癌肝转移样本 |
| 304 | 2024-08-27 |
Connectivity Network Feature Sharing in Single-Cell RNA Sequencing Data Identifies Rare Cells
2024-Aug-26, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c00796
PMID:39096508
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCLCNF的新方法，通过分析单细胞RNA测序数据中的局部连接网络特征共享来识别稀有细胞 | SCLCNF通过创建细胞连接网络并利用稀有性评分来识别稀有细胞，相较于现有技术在检测稀有细胞方面表现更优 | NA | 开发一种新方法以克服传统方法在检测稀有细胞时的不足 | 稀有细胞的识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及人类胚胎数据集和脓毒症数据集 |
| 305 | 2024-08-27 |
scSwinFormer: A Transformer-Based Cell-Type Annotation Method for scRNA-Seq Data Using Smooth Gene Embedding and Global Features
2024-Aug-26, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c00616
PMID:39101690
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的深度学习方法scSwinFormer，用于大规模scRNA-seq数据的细胞类型注释 | scSwinFormer通过平滑基因嵌入模块和自注意力模块捕获基因间的潜在依赖关系，并利用Cell Token整合scRNA-seq数据中的全局信息，提高了细胞类型注释的准确性 | NA | 开发一种新的细胞类型注释方法，以提高scRNA-seq数据分析的准确性 | scRNA-seq数据中的细胞类型 | 自然语言处理 | NA | scRNA-seq | Transformer | 文本 | 多个真实数据集 |
| 306 | 2024-08-27 |
Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals that the IRF7 gene in M1 macrophages inhibits the occurrence of pancreatic cancer by regulating lipid metabolism-related mechanisms
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1799
PMID:39118300
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序结合空间转录组学技术，揭示了M1巨噬细胞中的IRF7基因通过调控脂质代谢相关机制抑制胰腺癌的发生 | 首次揭示了IRF7在M1巨噬细胞中通过抑制RPS18的转录和转移，进而影响胰腺癌细胞中ILF3的表达，从而抑制脂质代谢和细胞增殖等过程 | 研究主要基于数据库中的scRNA-seq和ST数据，未涉及临床样本的直接验证 | 探索IRF7在M1巨噬细胞中调控RPS18转录的分子机制，以及IRF7通过外泌体传递RPS18至胰腺癌细胞并调控ILF3表达的过程 | M1巨噬细胞中的IRF7基因、RPS18基因、ILF3表达及胰腺癌细胞的脂质代谢 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、流式细胞术、CRISPR/Cas9编辑技术、代谢组学分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的scRNA-seq和ST数据，具体样本数量未详细说明 |
| 307 | 2024-08-26 |
Mitochondrial DNA Leakage Promotes Persistent Pancreatic Acinar Cell Injury in Acute Pancreatitis via the cGAS-STING-NF-κB Pathway
2024-Aug-24, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02132-0
PMID:39180578
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研究论文 | 研究探讨了线粒体DNA泄漏通过cGAS-STING-NF-κB途径在急性胰腺炎中促进胰腺腺泡细胞损伤的作用 | 首次研究了cGAS-STING途径在胰腺腺泡细胞中的作用及其在急性胰腺炎中的潜在炎症机制 | NA | 探讨cGAS-STING途径在胰腺腺泡细胞中的作用及其在急性胰腺炎中的机制 | 急性胰腺炎患者的血浆和胰腺腺泡细胞 | NA | 急性胰腺炎 | 数字PCR, 单细胞测序 | NA | 血浆, 细胞 | 50名急性胰腺炎患者和10名健康捐赠者的血浆, 以及小鼠和细胞模型 |
| 308 | 2024-08-26 |
Pan-cancer single-cell dissection reveals phenotypically distinct B cell subtypes
2024-Aug-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.06.038
PMID:39047727
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研究论文 | 本文通过整合来自19种主要癌症类型的649名患者的单细胞RNA测序数据，建立了一个全面的人类B细胞资源，并揭示了肿瘤浸润B细胞（TIBs）的组成和表型特征的显著异质性 | 本文首次识别出应激反应记忆B细胞和肿瘤相关非典型B细胞（TAABs），这两种肿瘤富集亚群具有预后潜力，并在泛癌种中共享 | NA | 深入理解B细胞在癌症发展中的作用 | 肿瘤浸润B细胞（TIBs）的组成和表型特征 | 数字病理学 | 泛癌种 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 649名患者 |
| 309 | 2024-08-25 |
Global transcription regulation revealed from dynamical correlations in time-resolved single-cell RNA sequencing
2024-Aug-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.07.002
PMID:39121860
|
研究论文 | 本研究通过时间分辨的单细胞RNA测序数据，利用代谢标记协议和细胞周期报告系统，开发了一种随机基因表达模型，以揭示细胞生长和分裂过程中细胞大小和细胞周期依赖的转录动力学机制 | 本研究开发了一种高度可扩展的近似贝叶斯计算方法，能够校正技术变异并准确量化细胞周期中绝对爆发频率、爆发大小和降解率，以及转录速率与细胞大小的关系 | NA | 揭示单细胞中全局转录调控的动态机制 | 单细胞转录组动态 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机模型 | RNA测序数据 | NA |
| 310 | 2024-08-25 |
Denoiseit: denoising gene expression data using rank based isolation trees
2024-Aug-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05899-z
PMID:39169300
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DenoiseIt的方法，用于从基因表达数据中去除潜在的异常基因，以构建一个更稳健的基因集，从而提高下游基因表达分析的质量。 | DenoiseIt采用了一种反向搜索方法，结合非负矩阵分解和隔离森林来识别和去除异常基因，与传统的正向基因搜索方法不同。 | NA | 开发一种新的方法来提高基因表达数据分析的质量，通过去除异常基因来增强生物标志物的识别。 | 基因表达数据中的异常基因 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解，隔离森林 | NA | 基因表达数据 | 应用了来自TCGA和COVID-19队列的bulk和单细胞RNA-seq数据 |
| 311 | 2024-08-25 |
Integrated bioinformatics analysis and experimental validation reveal the relationship between ALOX5AP and the prognosis and immune microenvironment in glioma
2024-Aug-21, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01991-8
PMID:39169376
|
研究论文 | 本文通过综合生物信息学分析和实验验证，揭示了ALOX5AP与胶质瘤预后及免疫微环境之间的关系 | 首次详细探讨了ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与免疫微环境和预后的关联 | NA | 研究ALOX5AP在胶质瘤中的作用及其作为预后和免疫治疗反应预测标志物的潜力 | ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与免疫微环境和预后的关系 | 数字病理学 | 脑瘤 | 多重免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据 | 使用了胶质瘤组织微阵列进行验证 |
| 312 | 2024-08-25 |
Identification of novel compound heterozygous ZFP36L2 variants implicated in oocyte maturation defects and female infertility
2024-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-024-03154-1
PMID:38829516
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和Sanger测序鉴定了与卵母细胞成熟缺陷和女性不孕相关的ZFP36L2基因的新型复合杂合变异 | 首次报道了ZFP36L2变异与人类卵母细胞转录组改变的关联 | NA | 探索卵母细胞成熟缺陷的病理机制 | ZFP36L2基因变异及其对卵母细胞成熟和女性不孕的影响 | NA | 女性不孕 | 全外显子测序, Sanger测序, 实时RT-PCR, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 涉及一名患者及其家系成员, HeLa细胞和鼠/人卵母细胞 |
| 313 | 2024-08-24 |
Single-cell Transcriptomics, Web-based Systems Pharmacology and Integrated Transcriptomics Network Analysis Identified Diagnostic Targets and Drug Candidates for Type 2 Diabetes
2024-Aug-22, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学、基于网络的系统药理学和综合转录组网络分析，为2型糖尿病（T2D）识别新的治疗靶点和开发新的诊断模型 | 通过单细胞聚类分析，识别了正常胰岛β细胞样本与T2D胰岛β细胞样本之间的七个亚群，并筛选出27个关键基因作为T2D的诊断靶点，同时发现MME与DB05490之间具有强结合力，为T2D的治疗提供了有效的候选药物 | NA | 发现2型糖尿病（T2D）的新治疗靶点并开发新的诊断模型 | 2型糖尿病（T2D）的治疗靶点和诊断模型 | 生物信息学 | 糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 正常胰岛β细胞样本与T2D胰岛β细胞样本 |
| 314 | 2024-08-24 |
Explore key genes of Crohn's disease based on glycerophospholipid metabolism: A comprehensive analysis Utilizing Mendelian Randomization, Multi-Omics integration, Machine Learning, and SHAP methodology
2024-Aug-21, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112905
PMID:39173401
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化、多组学整合、机器学习和SHAP方法，探索了与克罗恩病相关的关键基因和代谢物 | 首次综合运用孟德尔随机化、多组学整合、机器学习和SHAP方法，识别与克罗恩病相关的关键基因和代谢物 | 研究样本量较小，且仅限于特定的代谢物和炎症因子，可能存在未涵盖的其他重要因素 | 旨在识别克罗恩病的潜在致病基因和代谢物，为疾病的诊断和治疗提供新靶点 | 克罗恩病相关的代谢物、炎症因子和关键基因 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 孟德尔随机化、多组学整合、机器学习、SHAP | Catboost、XGboost、NGboost | 血清代谢物、炎症因子、单细胞RNA测序数据 | 1400个血清代谢物样本、91个炎症因子样本、克罗恩病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 |
| 315 | 2024-08-24 |
Subtyping of gastric cancer based on basement membrane genes that stratifies the prognosis, immune infiltration and therapeutic response
2024-Aug-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01238-z
PMID:39164593
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研究论文 | 本研究基于基底膜基因表达对胃癌进行分子分类，并探讨其与患者预后、免疫浸润及治疗反应的关系 | 首次基于基底膜基因表达定义了胃癌的新型分子分类，并开发了预测预后、免疫治疗效果和化疗抵抗的风险模型 | NA | 探讨基底膜状态、转移与患者预后的关系，并开发相关的风险预测模型 | 胃癌及其基底膜基因表达 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 多个大型队列 |
| 316 | 2024-08-24 |
Spatial transcriptomics profiling of gallbladder adenocarcinoma: a detailed two-case study of progression from precursor lesions to cancer
2024-Aug-20, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12770-0
PMID:39164619
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析了两个胆囊腺癌病例，从癌前病变到癌症的进展过程 | 首次提供了支持胆囊癌起源于胆管上皮内瘤变（BilIN）或独立于BilIN的结论的空间转录组数据 | 研究仅限于两个病例，可能无法完全代表所有胆囊腺癌的进展过程 | 研究个体患者中胆囊癌肿瘤发生的空间转录组学特征 | 两个具有不同癌症病因的患者的胆囊样本，包括正常上皮、BilINs和腺癌区域 | 数字病理学 | 胆囊癌 | GeoMx数字空间分析 | NA | 转录组数据 | 两个患者，每个患者分别有24和32个感兴趣区域（ROIs） |
| 317 | 2024-08-24 |
Implications of PD-L1 expression on the immune microenvironment in HER2-positive gastric cancer
2024-Aug-20, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02085-w
PMID:39164705
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研究论文 | 研究PD-L1表达在HER2阳性胃癌免疫微环境中的影响 | 发现CPS≥1的HER2阳性胃癌患者中免疫细胞的空间有效评分较高，且CPS<1患者中存在一种与不良预后相关的CXCR4M2巨噬细胞亚型 | 研究样本量有限，且仅限于HER2阳性胃癌患者 | 探讨PD-L1表达在HER2阳性胃癌免疫微环境中的作用及其对治疗反应的影响 | HER2阳性胃癌患者及其免疫微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 160名HER2阳性胃癌患者 |
| 318 | 2024-08-24 |
Single-cell RNA sequencing reveals the effects of high-fat diet on oocyte and early embryo development in female mice
2024-Aug-20, Reproductive biology and endocrinology : RB&E
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s12958-024-01279-7
PMID:39164729
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研究论文 | 本研究通过建立高脂饮食诱导的肥胖雌性小鼠模型，利用单细胞RNA测序技术探讨了高脂饮食对小鼠卵母细胞和早期胚胎发育的影响 | 首次采用单细胞RNA测序技术探索高脂饮食诱导的肥胖小鼠在不同阶段胚胎的转录组变化 | NA | 研究高脂饮食对雌性小鼠卵巢功能和早期胚胎发育的具体发病机制 | 高脂饮食诱导的肥胖雌性小鼠的系统代谢、卵巢形态和卵母细胞功能 | 数字病理学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 319 | 2024-08-24 |
Host-pathogen interactions in the Plasmodium-infected mouse liver at spatial and single-cell resolution
2024-Aug-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51418-2
PMID:39160174
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学与单核RNA测序技术，在多个时间点分析了感染疟原虫的肝脏组织中的宿主-病原体相互作用 | 首次详细描绘了疟疾感染肝脏组织中的空间基因表达变化，包括脂质代谢变化、炎症程序差异及炎症热点区域 | NA | 探索疟疾感染期间肝脏组织中宿主反应的协调机制 | 感染疟原虫的肝脏组织 | 数字病理学 | 疟疾 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个时间点的感染疟原虫的肝脏组织样本 |
| 320 | 2024-08-24 |
ITGB6 modulates resistance to anti-CD276 therapy in head and neck cancer by promoting PF4+ macrophage infiltration
2024-Aug-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51096-0
PMID:39152118
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研究论文 | 本研究评估了抗CD276抗体在化学诱导的鼠头颈鳞状细胞癌模型中的活性，并发现ITGB6是介导对反CD276治疗不同反应的关键基因 | 通过单细胞RNA测序和基因敲除鼠模型，发现ITGB6通过调节肿瘤相关趋化因子CX3CL1的表达，招募并激活表达高水平的CX3CR1的PF4巨噬细胞，从而影响对反CD276治疗的敏感性 | NA | 揭示与免疫检查点抑制剂治疗相关的耐药机制，并识别克服癌症治疗耐药性的潜在目标 | 头颈癌中的ITGB6基因及其对反CD276治疗的反应 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除鼠模型 | 基因表达数据 | NA |