单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-09-07	A single-cell transcriptome atlas reveals the trajectory of early cell fate transition during callus induction in Arabidopsis 2024-Aug-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2024.100941 PMID:38720464	研究论文	研究报告了拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的单细胞转录组时间序列实验，构建了愈伤组织诱导过程的详细单细胞转录组图谱	首次揭示了LRPI-like细胞和QC-like细胞在愈伤组织形成早期的细胞命运转变轨迹，并识别了调控这些细胞的转录因子和基因表达特征	NA	揭示拟南芥愈伤组织诱导过程中细胞异质性和细胞命运转变的机制	拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中的单细胞转录组	植物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的样本
262	2024-09-06	NKG2C/KLRC2 tumor cell expression enhances immunotherapeutic efficacy against glioblastoma 2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009210 PMID:39214651	研究论文	研究探讨了NKG2C/KLRC2在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达及其对免疫治疗效果的影响	发现NKG2C/KLRC2在肿瘤细胞中的高表达与PD-1单克隆抗体治疗效果的增强相关，提示其可能作为免疫检查点抑制剂治疗的预测生物标志物	研究结果需要在未来的前瞻性试验中进一步验证	探讨NKG2C/KLRC2在GBM中的表达及其对免疫微环境的影响	胶质母细胞瘤（GBM）及其免疫微环境	免疫学	神经系统肿瘤	RNA测序	NA	RNA	包括大量和单细胞RNA测序的GBM数据集，以及来自两个临床试验的样本
263	2024-09-06	scParser: sparse representation learning for scalable single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Aug-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03345-0 PMID:39152499	研究论文	提出了一种名为scParser的稀疏表示学习方法，用于可扩展的单细胞RNA测序数据分析	scParser模型能够揭示基因表达如何影响表型的关键机制，并能识别出对疾病发病机制有贡献的细胞亚群中的生物过程	NA	开发一种可扩展的方法，用于整合分析单细胞RNA测序数据，并理解不同细胞群体中生物条件的异质性效应	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	稀疏表示学习	scParser	RNA测序数据	NA
264	2024-09-06	Periodontal Ligament Cell Apoptosis Activates Lepr+ Osteoprogenitors in Orthodontics 2024-08, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241262706 PMID:39104161	研究论文	研究了正畸牙齿移动过程中牙槽骨重塑的潜在机制，特别是Lepr+成骨前体细胞和牙周韧带细胞的作用	首次报道了正畸牙齿移动过程中压缩侧的骨形成现象，并揭示了PDLC凋亡激活Lepr+成骨前体细胞的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类中验证	探讨正畸牙齿移动过程中新骨形成的潜在机制	Lepr+成骨前体细胞和牙周韧带细胞	NA	NA	单细胞RNA测序分析、荧光标记技术	NA	RNA序列数据	小鼠模型和体外细胞培养
265	2024-09-06	Identification and Validation of Prognostic Model for Tumor Microenvironment-Associated Genes in Bladder Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing Data Sets 2024-Aug, JCO precision oncology IF:5.3Q1 DOI:10.1200/PO.23.00661 PMID:39151107	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，识别并验证了与膀胱癌肿瘤微环境相关的预后模型	首次基于单细胞RNA测序数据构建了膀胱癌的预后模型，并验证了其预测性能	研究主要基于公共数据库的数据，未来需进行体外验证	阐明膀胱癌进展中肿瘤微环境与细胞多样性的关系，并构建预后模型	膀胱癌的肿瘤微环境相关基因及预后模型	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	LASSO回归和多变量Cox回归分析	基因表达数据	来自GEO数据库的正常和肿瘤膀胱细胞数据，以及TCGA的病人随访数据
266	2024-09-05	The heart is a resident tissue for hematopoietic stem and progenitor cells in zebrafish 2024-Aug-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51920-7 PMID:39217144	研究论文	本文通过单细胞测序和显微镜技术，证明了斑马鱼心脏内皮细胞（EdCs）能够产生并维持稳定的造血细胞群	首次揭示了斑马鱼心脏内皮细胞作为造血干细胞和前体细胞的驻留组织，并提供了新的造血细胞来源	NA	探究斑马鱼心脏内皮细胞对造血细胞系的贡献	斑马鱼心脏内皮细胞及其产生的造血干细胞和前体细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
267	2024-09-05	Canine mesenteric lymph nodes (MLNs) characterization by sc-RNAseq: insights compared to human and mouse MLNs 2024-08-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71310-9 PMID:39217215	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术对犬肠系膜淋巴结（MLNs）进行表征，并与人类和小鼠的MLNs进行比较	首次对犬肠系膜淋巴结进行详细的单细胞RNA测序分析，并构建了预测图谱	NA	探究犬肠系膜淋巴结的免疫细胞组成及其与人类和小鼠的异同	犬肠系膜淋巴结的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	健康犬的肠系膜淋巴结样本
268	2024-09-05	High Glycolytic Activity Signature Reveals CCNB2 as a Key Therapeutic Target in Triple-Negative Breast Cancer 2024-Aug-23, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2908308 PMID:39206892	研究论文	本研究通过分析糖酵解相关基因和细胞周期途径，揭示了高糖酵解活性签名（GAS）在乳腺癌中的作用，并提出CCNB2作为潜在的治疗靶点	本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了高糖酵解活性签名与CCNB2表达在三阴性乳腺癌中的正相关性，并验证了其在临床样本中的表达	研究主要基于GEO数据库和临床样本，未来需要更多前瞻性研究来验证这些发现	探讨糖酵解与细胞周期的关系，寻找乳腺癌的新治疗策略	乳腺癌，特别是三阴性乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）	NA	基因表达数据	涉及三个乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌患者的临床样本
269	2024-09-05	A gene regulatory network-aware graph learning method for cell identity annotation in single-cell RNA-seq data 2024-Aug-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278439.123 PMID:39134412	研究论文	本文提出了一种基于基因调控网络的图学习方法scHGR，用于单细胞RNA测序数据的细胞身份注释	scHGR工具利用基因调控关系构建基因介导的细胞通信图，减少多源数据噪声，建立远距离细胞连接，揭示新的细胞亚型和治疗相关因子	NA	开发一种自动化的细胞身份注释工具，以提高单细胞转录组数据分析的准确性和一致性	单细胞RNA测序数据中的细胞身份注释	生物信息学	COVID-19	RNA测序	图学习	转录组数据	22个实验场景，包括56种细胞类型
270	2024-09-05	Dynamically visualizing profibrotic maladaptive repair after acute kidney injury by fibroblast activation protein imaging 2024-Aug-03, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2024.07.015 PMID:39098582	研究论文	本研究利用急性肾损伤（AKI）模型，通过纤维母细胞激活蛋白（FAP）成像技术，动态评估损伤后的不良修复过程	首次使用正电子发射断层扫描（PET）/CT成像技术，通过FAP抑制剂示踪剂非侵入性地追踪肾纤维化的不良修复过程	NA	探索预防和早期治疗器官纤维化的有效工具	急性肾损伤后的不良修复过程	数字病理学	肾脏疾病	正电子发射断层扫描（PET）/CT成像	NA	图像	包括患者活检样本和小鼠模型
271	2024-09-04	Exploring the potential mechanisms of Rehmannia glutinosa in treating sepsis based on network pharmacology 2024-Aug-31, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-09796-x PMID:39217296	研究论文	本研究利用网络药理学方法探索地黄在治疗脓毒症中的潜在作用机制	通过RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、分子对接和分子动力学模拟等技术，全面分析了地黄的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制	NA	探索地黄在治疗脓毒症中的作用机制	地黄的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制	药物学	脓毒症	RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA序列数据	23名脓毒症患者和10名健康个体的外周血样本
272	2024-09-04	Microglia LILRB4 upregulation reduces brain damage after acute ischemic stroke by limiting CD8+ T cell recruitment 2024-Aug-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03206-4 PMID:39217343	研究论文	本研究探讨了微胶质细胞中LILRB4上调通过限制CD8+ T细胞招募减少急性缺血性卒中后脑损伤的作用及其机制	首次揭示了LILRB4在微胶质细胞中通过调节CD8+ T细胞浸润和激活在卒中后免疫反应中的关键作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	研究LILRB4在急性缺血性卒中后调节免疫反应及其对脑损伤的保护作用	微胶质细胞中的LILRB4及其对CD8+ T细胞招募的影响	神经科学	卒中	空间转录组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	转录组数据	使用LILRB4条件性敲除(LILRB4-KO)和过表达转基因(LILRB4-TG)小鼠进行研究
273	2024-09-04	Single-cell sequencing reveals glial cell involvement in development of neuropathic pain via myelin sheath lesion formation in the spinal cord 2024-Aug-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03207-3 PMID:39217340	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了脊髓中的少突胶质细胞在神经病理性疼痛发展中的作用及其与髓鞘损伤的关系	首次详细描述了少突胶质细胞在神经病理性疼痛发展中的作用及其与其他胶质细胞的相互作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究仅在 mice 模型上进行，结果的普遍性和临床应用尚需进一步验证	探索神经病理性疼痛发展中少突胶质细胞的功能及其与其他胶质细胞的相互作用	少突胶质细胞、小胶质细胞和星形胶质细胞在神经病理性疼痛中的作用	数字病理学	神经病理性疼痛	单细胞测序	NA	细胞	使用慢性束缚损伤（CCI）模型的小鼠脊髓组织
274	2024-09-04	V1bR enhances glucose-stimulated insulin secretion by paracrine production of glucagon which activates GLP-1 receptor 2024-Aug-31, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01288-4 PMID:39217353	研究论文	本研究探讨了精氨酸加压素（AVP）及其受体V1bR对胰岛素分泌和血糖稳态的调节机制	发现AVP通过V1bR激活α细胞分泌胰高血糖素，进而通过旁分泌方式激活β细胞上的GLP-1R，促进葡萄糖依赖的胰岛素分泌	研究未详细说明AVP对胰岛素分泌的具体分子机制	揭示AVP/V1bR与胰高血糖素/GLP-1R之间的相互作用，为开发新的血糖控制疗法提供机制基础	精氨酸加压素（AVP）、V1bR受体、α细胞和β细胞	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
275	2024-09-04	Dynamic upregulation of retinoic acid signal in the early postnatal murine heart promotes cardiomyocyte cell cycle exit and maturation 2024-08-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-70918-1 PMID:39215116	研究论文	本文研究了新生小鼠心脏中视黄酸信号的动态上调如何促进心肌细胞退出细胞周期并成熟	首次揭示了新生期心脏中心肌细胞成熟过程中视黄酸信号的作用	NA	探讨视黄酸信号在新生期心脏发育中对心肌细胞增殖和成熟的影响	新生小鼠心脏中的心肌细胞和心脏成纤维细胞	NA	NA	单细胞转录组分析、免疫组织化学、RNA测序	NA	mRNA表达数据	新生小鼠和新生大鼠的心肌细胞及人类心肌细胞
276	2024-09-04	Novel insights into vancomycin-loaded calcium sulfate and negative pressure wound therapy in preventing infections in open fractures 2024-Aug-29, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-024-04931-5 PMID:39198853	研究论文	本研究探讨了万古霉素负载硫酸钙（VLCS）和负压伤口疗法（NPWT）在开放性骨折中预防感染的作用，并评估了它们对巨噬细胞行为的影响。	研究发现VLCS和NPWT能够促进巨噬细胞向M2极化，增强感染抵抗力和愈合效果，尤其是在联合使用时效果更佳。	NA	研究VLCS和NPWT在开放性骨折中预防感染的效果及其对巨噬细胞行为的影响。	开放性骨折患者的巨噬细胞行为及其在VLCS和NPWT治疗下的变化。	数字病理学	创伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	开放性骨折患者的巨噬细胞样本
277	2024-09-04	Single-cell transcriptome sequencing reveals altered peripheral blood immune cells in patients with severe tuberculosis 2024-Aug-29, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01991-5 PMID:39198909	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了严重结核病患者外周血免疫细胞的变化	首次详细描述了不同阶段结核感染中循环细胞亚群的特征和功能，特别是严重结核病患者中CD8+ T细胞的高交互强度	研究仅限于外周血免疫细胞的分析，未涉及其他组织或器官的免疫细胞变化	探讨结核病患者外周血免疫细胞的变化及其对疾病严重程度的影响	健康捐赠者、轻度结核病患者和严重结核病患者的外周血免疫细胞	数字病理学	结核病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	包括健康捐赠者、轻度结核病患者和严重结核病患者的外周血免疫细胞样本
278	2024-09-04	Investigating the role of senescence biomarkers in colorectal cancer heterogeneity by bulk and single-cell RNA sequencing 2024-08-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-70300-1 PMID:39209895	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序探讨了细胞衰老标志物在结直肠癌异质性中的作用	开发了一个与衰老相关的模型来计算衰老相关评分，全面探索每个结直肠癌样本的异质性，并通过单细胞分析和免疫荧光染色验证了不同衰老相关模型基因富集组间的免疫细胞浸润差异	NA	探索细胞衰老对结直肠癌预后、肿瘤微环境和治疗的影响	结直肠癌样本的异质性和细胞衰老标志物	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	NA	RNA	多个结直肠癌样本
279	2024-09-04	Bioinformatic analysis reveals the relationship between macrophage infiltration and Cybb downregulation in hyperoxia-induced bronchopulmonary dysplasia 2024-08-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-70877-7 PMID:39209930	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了巨噬细胞浸润与Cybb下调在超氧诱导的支气管肺发育不良中的关系	首次揭示了Cybb下调与巨噬细胞浸润在支气管肺发育不良中的密切关系，并通过细胞间相互作用分析探索了潜在的信号通路	研究主要基于mRNA-seq和scRNA-seq数据集，需要在更多样本和实验中进一步验证	探索支气管肺发育不良的免疫特征及其相关基因	支气管肺发育不良中的免疫细胞类型及相关基因	生物信息学	支气管肺发育不良	mRNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用GSE25286和GSE209664数据集，具体样本数量未详细说明
280	2024-09-04	Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer 2024-Aug-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51450-2 PMID:39198404	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和分子病理学研究，探讨了MYC驱动的肿瘤微环境在人类和小鼠前列腺癌中的变化	首次通过单细胞RNA测序和分子病理学方法，系统地研究了MYC信号在人类和小鼠前列腺癌肿瘤微环境中的作用	由于无法在人类组织中进行疾病的纵向研究，部分研究结果受限	揭示前列腺癌细胞及其前体如何通过改变肿瘤微环境来驱动前列腺癌进展	人类和小鼠的前列腺癌肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和小鼠的前列腺癌组织