单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 572 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-31 |
The interferon/STAT1 signaling axis is a common feature of tumor-initiating cells in breast cancer
2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.15.557958
PMID:37745510
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研究论文 | 本文研究了干扰素/STAT1信号轴在乳腺癌肿瘤起始细胞中的作用 | 开发了一种新的STAT响应性谱系追踪系统，并结合原有的报告基因，揭示了STAT信号在肿瘤起始细胞中的作用 | 研究仅限于某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型 | 探讨干扰素/STAT1信号轴在乳腺癌肿瘤起始细胞中的作用及其潜在的治疗意义 | 乳腺癌肿瘤起始细胞及其相关的信号通路 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括异种移植模型和临床样本 |
| 262 | 2024-08-31 |
Multimodal analysis unveils tumor microenvironment heterogeneity linked to immune activity and evasion
2024-Aug-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110529
PMID:39161957
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研究论文 | 本文通过系统生物学方法，从肺癌转录组数据中提取肿瘤微环境（TME）异质性的特征，并探讨其在不同癌症中的保守性及其与抗肿瘤免疫的关系。 | 首次提出名为iHet的特征，该特征能够预测癌症免疫治疗的效果，并通过单细胞和空间转录组数据分析其细胞起源。 | NA | 研究肿瘤微环境的异质性及其在免疫治疗中的作用。 | 肺癌及其他癌症的肿瘤微环境异质性。 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 263 | 2024-08-31 |
Activation of limbal epithelial proliferation is partly controlled by the ACE2-LCN2 pathway
2024-Aug-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110534
PMID:39175771
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研究论文 | 本文探讨了角膜损伤后角膜上皮干细胞及其直接后代早期过渡放大（eTA）细胞的激活机制，特别是ACE2-LCN2通路在其中的作用 | 首次揭示了ACE2在角膜上皮细胞增殖中的作用及其通过TGFA/EGFR/LCN2通路的调控机制 | NA | 研究角膜损伤后角膜上皮干细胞和eTA细胞激活的调控机制 | 角膜上皮干细胞和eTA细胞的增殖机制 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 264 | 2024-08-31 |
Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data
2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607784
PMID:39185246
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研究论文 | 本文探讨了如何通过实验和计算方法改进单核RNA测序数据中的等位基因不平衡分析 | 开发了一套新的计算工具来处理和分析scRNA-seq和snRNA-seq数据中的等位基因特异性表达，并展示了如何通过调整读取长度和混合选择来提高检测等位基因不平衡的能力 | NA | 研究如何通过实验和计算方法提高单细胞水平上等位基因特异性表达分析的准确性 | 单核RNA测序数据中的等位基因特异性表达 | 基因组学 | 帕金森病 | 单核RNA测序 | NA | RNA序列 | 94名帕金森病患者 |
| 265 | 2024-08-31 |
The Loss of PPARγ Expression and Signaling Is a Key Feature of Cutaneous Actinic Disease and Squamous Cell Carcinoma: Association with Tumor Stromal Inflammation
2024-Aug-15, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13161356
PMID:39195246
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研究论文 | 研究分析了表皮PPARγ缺失小鼠的转录组变化，发现PPARγ表达和信号的丧失是皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌的关键特征，并与肿瘤间质炎症有关。 | 首次揭示了PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的肿瘤抑制作用，以及其与炎症反应的关联。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证这些发现。 | 探讨PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的作用及其与肿瘤间质炎症的关系。 | 表皮PPARγ缺失小鼠的转录组变化以及人类和/或小鼠的光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌。 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 表皮PPARγ缺失小鼠及人类和/或小鼠的光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌样本 |
| 266 | 2024-08-31 |
Personalized neoantigen vaccines as early intervention in untreated patients with lymphoplasmacytic lymphoma: a non-randomized phase 1 trial
2024-Aug-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50880-2
PMID:39128904
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研究论文 | 本研究探讨了在未治疗的淋巴浆细胞性淋巴瘤患者中使用个性化新抗原疫苗作为早期干预的效果 | 首次在人类中使用新抗原DNA疫苗治疗淋巴浆细胞性淋巴瘤，并观察到稳定的疾病进展和激活的骨髓T细胞克隆 | 研究为非随机第一阶段试验，样本量较小，且未涉及标准疗法的比较 | 评估个性化新抗原疫苗在淋巴浆细胞性淋巴瘤患者中的安全性和有效性 | 九名无症状的淋巴浆细胞性淋巴瘤患者 | NA | 淋巴瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 九名患者 |
| 267 | 2024-08-31 |
Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043
PMID:38857990
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研究论文 | 本研究通过构建患者来源的肠道上皮类器官生物库，识别了肠道上皮MHC-I表观遗传失调作为克罗恩病严重性的新机制 | 首次揭示了肠道上皮MHC-I表观遗传调控在克罗恩病发病机制中的作用 | NA | 探究肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用 | 从168名患者（包括72名克罗恩病患者、23名溃疡性结肠炎患者和73名健康对照）的黏膜活检中生成的312个肠道上皮类器官 | 数字病理学 | 克罗恩病 | DNA甲基化分析、bulk及单细胞RNA测序 | NA | 类器官、单细胞RNA测序数据 | 168名患者，312个肠道上皮类器官 |
| 268 | 2024-08-31 |
circRNAs as Epigenetic Regulators of Integrity in Blood-Brain Barrier Architecture: Mechanisms and Therapeutic Strategies in Multiple Sclerosis
2024-Aug-06, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13161316
PMID:39195206
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综述 | 本文综述了circRNAs在维持血脑屏障完整性中的作用及其在多发性硬化症治疗中的潜在策略 | 探讨了circRNAs作为表观遗传调节因子在维持血脑屏障完整性中的新角色 | NA | 旨在探讨circRNAs在多发性硬化症中维持血脑屏障完整性的机制及其作为治疗靶点的潜力 | circRNAs在血脑屏障完整性中的作用及其在多发性硬化症治疗中的应用 | 神经科学 | 多发性硬化症 | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-08-31 |
bHLH transcription factors cooperate with chromatin remodelers to regulate cell fate decisions during Arabidopsis stomatal development
2024-Aug, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002770
PMID:39150946
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研究论文 | 本文研究了bHLH转录因子与染色质重塑因子在拟南芥气孔发育中的细胞命运决策中的协同作用 | 本文通过scRNA-seq和ChIP-seq数据分析，揭示了气孔发育中转录调控的不同阶段，并提出了bHLH转录因子和染色质重塑因子共同调控转录和染色质重塑的模型 | NA | 探讨转录因子、顺式调控元件和表观基因组在细胞命运承诺中的协同调控机制 | 拟南芥叶表皮中的气孔发育 | 分子生物学 | NA | scRNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq | bHLH转录因子, SWI/SNF染色质重塑复合体, 组蛋白乙酰转移酶HAC1 | 基因组数据 | NA |
| 270 | 2024-08-31 |
Soma-germline communication drives sex maintenance in the Drosophila testis
2024-Aug, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwae215
PMID:39183747
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了果蝇睾丸中体细胞与生殖细胞间通讯在性别维持中的作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序和CUT&Tag技术，详细解析了体细胞中Chinmo蛋白在性别决定和胰岛素信号通路中的直接调控作用 | 研究主要集中在果蝇睾丸模型中，可能需要进一步在其他物种中验证相关机制 | 探讨体细胞信号如何调控生殖细胞以实现正常的配子发生 | 果蝇睾丸中的体细胞和生殖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CUT&Tag | NA | RNA | 多个果蝇睾丸样本 |
| 271 | 2024-08-30 |
l-Theanine Alleviates Ulcerative Colitis by Regulating Colon Immunity via the Gut Microbiota in an MHC-II-Dependent Manner
2024-Aug-28, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c04379
PMID:39197065
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研究论文 | 本研究探讨了l-茶氨酸通过调节肠道微生物群和肠道免疫来减轻溃疡性结肠炎的机制 | 首次揭示了l-茶氨酸通过调节肠道微生物群和MHC-II依赖的方式影响肠道免疫，从而减轻溃疡性结肠炎 | 研究仅在动物模型中进行，需要进一步的人体试验验证 | 探索l-茶氨酸减轻溃疡性结肠炎的机制 | 溃疡性结肠炎小鼠模型 | NA | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序, 流式细胞术 | NA | 微生物群数据 | 溃疡性结肠炎小鼠 |
| 272 | 2024-08-30 |
Accurate long-read transcript discovery and quantification at single-cell, pseudo-bulk and bulk resolution with Isosceles
2024-Aug-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51584-3
PMID:39183289
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研究论文 | 介绍了一种名为Isosceles的计算工具包，用于在单细胞、伪批量和批量分辨率级别上提高mRNA异构体的检测灵敏度和定量准确性 | Isosceles在异构体检测灵敏度和定量准确性方面优于其他方法 | NA | 提高单细胞转录组在异构体水平的定量忠实度，并实现灵活的下游分析 | mRNA异构体的准确检测和定量 | 生物信息学 | NA | 纳米孔长读长测序 | NA | 测序数据 | 使用合成和生物学衍生的数据集进行验证 |
| 273 | 2024-08-30 |
Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications
2024-Aug-24, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01596-9
PMID:39182134
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综述 | 本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用 | 空间多组学技术解决了单细胞测序中空间上下文丢失的问题，提供了细胞内和细胞间分子机制相互作用的深入见解 | NA | 探讨多组学技术的发展及其在人类疾病研究中的应用 | 多组学技术及其在细胞生物学和人类疾病研究中的应用 | NA | NA | 多组学技术 | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-08-30 |
Biomarkers associated with immune-related adverse events induced by immune checkpoint inhibitors
2024-Aug-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v15.i8.1002
PMID:39193157
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综述 | 本文综述了与免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件相关的生物标志物 | 探讨了机器学习、单细胞RNA测序、多组学分析和肠道微生物组分析等创新方法在识别新型生物标志物中的应用 | NA | 旨在寻找能够准确预测或诊断免疫相关不良事件的可靠生物标志物 | 免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件的生物标志物 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | 机器学习 | NA | NA |
| 275 | 2024-08-30 |
The neocortical infrastructure for language involves region-specific patterns of laminar gene expression
2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401687121
PMID:39133845
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术分析了人死后皮质组织样本中语言网络核心区域的基因表达，发现特定区域的层特异性基因表达模式与语言网络有关 | 首次揭示了语言网络中特定区域的层特异性基因表达模式，并发现这些模式与个体间结构连接变异及特定脑相关疾病有关 | NA | 探讨人类大脑语言网络的分子和细胞特征 | 人类大脑皮质组织中语言网络核心区域的基因表达 | 神经科学 | 阅读障碍，精神分裂症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 大量死后皮质组织样本 |
| 276 | 2024-08-30 |
Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics
2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401540121
PMID:39150785
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研究论文 | 本文通过学习单细胞RNA速度的细胞状态向量场，量化单细胞全局非平衡驱动力，揭示细胞分化和重编程的潜在物理原理和驱动力 | 提出了量化单细胞全局非平衡驱动力的方法，并预测了最优发育路径和细胞命运决定的成核机制 | NA | 探索细胞分化和重编程的物理原理 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 277 | 2024-08-30 |
Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma
2024-Aug-19, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2023-220230
PMID:38373824
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研究论文 | 研究哮喘患者气道上皮细胞对RSV感染的转录反应 | 首次详细探讨了哮喘患者气道上皮细胞中杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染的反应差异 | 样本量较小，且未涵盖所有可能的细胞类型 | 探讨哮喘患者气道上皮细胞对RSV感染的转录反应及其分子机制 | 哮喘患者和健康捐赠者的原代支气管上皮细胞 | NA | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 哮喘患者8例，健康捐赠者8例 |
| 278 | 2024-08-30 |
Human enteric nervous system progenitor transplantation improves functional responses in Hirschsprung disease patient-derived tissue
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331532
PMID:38816188
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研究论文 | 本文研究了通过移植人源肠神经系统前体细胞来改善Hirschsprung病患者的肠道功能 | 首次展示了人多能干细胞衍生的肠神经系统前体细胞能够重新填充并增加Hirschsprung病患者结肠组织的功能反应 | NA | 探索Hirschsprung病的替代治疗方案 | 人源肠神经系统前体细胞在Hirschsprung病患者肠道组织中的功能影响 | NA | Hirschsprung病 | 单细胞RNA测序、蛋白质表达分析、钙成像 | NA | 组织样本 | NA |
| 279 | 2024-08-30 |
Comprehensive single-cell analysis deciphered microenvironmental dynamics and immune regulator olfactomedin 4 in pathogenesis of gallbladder cancer
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331773
PMID:38719336
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了胆囊癌的微环境动态和免疫调节因子olfactomedin 4的作用 | 首次揭示了胆囊癌中免疫微环境的改变，并发现了olfactomedin 4在胆囊癌进展中的关键作用 | NA | 阐明胆囊癌及其良性疾病的复杂生态系统和分子特征，以促进癌症预防和优化治疗干预 | 胆囊癌、胆囊炎、胆囊息肉、胆囊腺瘤及邻近正常组织 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 230,737个细胞来自15个胆囊癌样本、4个胆囊炎样本、3个胆囊息肉、5个胆囊腺瘤和16个邻近正常组织 |
| 280 | 2024-08-30 |
Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1815
PMID:39183480
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研究论文 | 本文通过多组学整合研究，揭示了外显子环状DNA（eccDNAs）在弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的致癌作用及其通过STING信号通路的机制 | 首次报道了eccDNAs在DLBCL中的作用，并发现eccDNAs通过激活STING信号通路独立于cGAS发挥致癌作用 | NA | 探究eccDNAs在DLBCL中的作用及其通过STING信号通路的机制 | 弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的eccDNAs | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 环状DNA测序（circle-seq）、原子力显微镜、CCK-8、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | DNA | NA |