单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 531 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-09-08 |
Reliable imputation of spatial transcriptomes with uncertainty estimation and spatial regularization
2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2024.101021
PMID:39233691
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TransImpute的计算模型，用于在空间转录组学中填补缺失特征，并估计填补的可靠性 | 引入了空间自相关度量作为正则化，以避免高估空间模式，并提出了一套能够准确预测填补不确定性的属性 | 未提及 | 开发一种能够可靠填补空间转录组学中缺失特征并估计填补可靠性的计算方法 | 空间转录组学中的缺失特征 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | TransImpute | 转录组数据 | 多个平台的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-09-08 |
CellContrast: Reconstructing spatial relationships in single-cell RNA sequencing data via deep contrastive learning
2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2024.101022
PMID:39233694
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellContrast的计算方法，用于通过深度对比学习从空间转录组学参考数据中重建单细胞RNA测序数据中的空间关系 | CellContrast采用对比学习框架，通过空间转录组学数据训练，将基因表达投影到隐藏空间，使得相近的细胞具有相似的表示值 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中缺乏空间信息的问题，通过重建空间关系来增强数据分析能力 | 单细胞RNA测序数据中的空间关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | 涉及小鼠胚胎和人类乳腺细胞的多种平台数据，包括SeqFISH、Stereo-seq、10X Visium和MERSCOPE | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-09-08 |
Exploring and clinical validation of prognostic significance and therapeutic implications of copper homeostasis-related gene dysregulation in acute myeloid leukemia
2024-Aug, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-024-05841-6
PMID:38879648
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研究论文 | 研究铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式、生物学功能及其临床预后和治疗意义 | 首次系统探讨了铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并建立了预后风险模型，为患者分层和个性化治疗提供了新思路 | 研究主要基于公共数据集和临床样本，缺乏大规模的独立验证数据 | 探讨铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并评估其临床预后和治疗意义 | 急性髓系白血病患者及其铜稳态相关基因的表达和功能 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | PCR, 单细胞测序 | LASSO-Cox, Kaplan-Meier, Nomogram | 基因表达数据 | 包括TCGA-GTEx, GSE114868, GSE37642等多个独立队列和临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-09-08 |
Dissecting the tumor microenvironment in response to immune checkpoint inhibitors via single-cell and spatial transcriptomics
2024-Aug, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-023-10246-2
PMID:38064127
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学在研究免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境响应中的应用 | 本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了免疫检查点抑制剂在不同癌症微环境中的响应机制 | 本文主要为综述性质，未涉及具体实验数据和结果 | 探讨免疫检查点抑制剂在肿瘤微环境中的作用机制 | 肿瘤微环境中的免疫细胞和其他细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-09-08 |
Mapping the single cell spatial immune landscapes of the melanoma microenvironment
2024-Aug, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-023-10252-4
PMID:38217840
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研究论文 | 研究使用空间成像技术分析黑色素瘤微环境中的单细胞免疫景观 | 利用CyTOF-IMC等高维空间成像技术，以前所未有的分辨率识别复杂的细胞亚群和免疫细胞相互作用 | NA | 理解黑色素瘤微环境中基质、黑色素瘤细胞和免疫细胞类型之间的复杂相互作用及其与治疗反应的关联 | 黑色素瘤微环境中的单细胞空间免疫景观 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | CyTOF-IMC（飞行时间成像质谱流式细胞术） | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-09-07 |
Decoding 11-oxygenated androgen synthesis: insights from enzyme gene expression and LC-MS/MS quantification
2024-Aug-30, European journal of endocrinology
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/ejendo/lvae104
PMID:39219353
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研究论文 | 本研究通过分析大量正常人体组织的RNA和蛋白质数据，揭示了11-氧代雄激素在肾脏和肠道中的合成机制 | 首次系统性地研究了11-氧代雄激素在不同组织中的合成途径，并开发了TransMap网站用于可视化转录组数据 | 研究主要集中在正常人体组织，未涉及疾病状态下的情况 | 探讨11-氧代雄激素在外周组织中的合成机制及其在人体中的潜在作用 | 11-氧代雄激素的合成酶基因表达及其在不同组织中的分布 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA)、免疫组化、液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS) | NA | RNA、蛋白质 | 30种组织的bulk RNA数据、16种组织的单细胞RNA测序数据、29种组织的蛋白质数据 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-09-07 |
ScRNAs reveals high-frequency rTMS-induced pericyte differentiation: Potential implications for vascular regeneration and blood-brain barrier stability in stroke
2024-Aug-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35339
PMID:39229501
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研究论文 | 研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）对中风后血脑屏障（BBB）的影响及其潜在机制 | 通过单细胞测序（ScRNAs）揭示了rTMS诱导的周细胞分化，并发现了新的周细胞亚群作为中风治疗的潜在靶点 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨rTMS对中风后血脑屏障修复和血管再生的影响 | 中风后血脑屏障的修复和血管再生 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞测序（ScRNAs） | NA | 单细胞数据 | 使用短暂性大脑中动脉闭塞（tMCAO）大鼠模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-09-07 |
Single-cell network analysis reveals gene expression programs for Arabidopsis root development and metabolism
2024-Aug-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2024.100978
PMID:38783601
|
研究论文 | 本文通过单细胞基因共表达网络分析，揭示了拟南芥根发育和代谢的基因表达程序 | 首次对拟南芥根的单细胞RNA测序数据进行全面的基因共表达网络分析，并识别出149个基因共表达模块，这些模块被认为是基因表达程序 | NA | 揭示拟南芥根发育和代谢的基因表达程序 | 拟南芥根的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | SingleCellGGM算法 | 基因表达数据 | 公开的拟南芥根单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-09-07 |
Single-cell transcriptome atlases of soybean root and mature nodule reveal new regulatory programs that control the nodulation process
2024-Aug-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2024.100984
PMID:38845198
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组测序和分子图谱技术，分析了成熟大豆根瘤细胞的转录组特征，揭示了氮固定和衰老细胞的共存现象，并鉴定了新的调控基因 | 首次对成熟大豆根瘤细胞的转录组进行精确表征，揭示了氮固定和衰老细胞的共存现象，并发现了新的调控基因 | NA | 研究大豆根瘤细胞的转录组特征，揭示氮固定过程中的新调控机制 | 大豆根和成熟根瘤细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-09-07 |
A single-cell transcriptome atlas reveals the trajectory of early cell fate transition during callus induction in Arabidopsis
2024-Aug-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2024.100941
PMID:38720464
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研究论文 | 研究报告了拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的单细胞转录组时间序列实验，构建了愈伤组织诱导过程的详细单细胞转录组图谱 | 首次揭示了LRPI-like细胞和QC-like细胞在愈伤组织形成早期的细胞命运转变轨迹，并识别了调控这些细胞的转录因子和基因表达特征 | NA | 揭示拟南芥愈伤组织诱导过程中细胞异质性和细胞命运转变的机制 | 拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中的单细胞转录组 | 植物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-09-06 |
NKG2C/KLRC2 tumor cell expression enhances immunotherapeutic efficacy against glioblastoma
2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009210
PMID:39214651
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研究论文 | 研究探讨了NKG2C/KLRC2在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达及其对免疫治疗效果的影响 | 发现NKG2C/KLRC2在肿瘤细胞中的高表达与PD-1单克隆抗体治疗效果的增强相关，提示其可能作为免疫检查点抑制剂治疗的预测生物标志物 | 研究结果需要在未来的前瞻性试验中进一步验证 | 探讨NKG2C/KLRC2在GBM中的表达及其对免疫微环境的影响 | 胶质母细胞瘤（GBM）及其免疫微环境 | 免疫学 | 神经系统肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 包括大量和单细胞RNA测序的GBM数据集，以及来自两个临床试验的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-09-06 |
scParser: sparse representation learning for scalable single-cell RNA sequencing data analysis
2024-Aug-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03345-0
PMID:39152499
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研究论文 | 提出了一种名为scParser的稀疏表示学习方法，用于可扩展的单细胞RNA测序数据分析 | scParser模型能够揭示基因表达如何影响表型的关键机制，并能识别出对疾病发病机制有贡献的细胞亚群中的生物过程 | NA | 开发一种可扩展的方法，用于整合分析单细胞RNA测序数据，并理解不同细胞群体中生物条件的异质性效应 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 稀疏表示学习 | scParser | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-09-06 |
Periodontal Ligament Cell Apoptosis Activates Lepr+ Osteoprogenitors in Orthodontics
2024-08, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241262706
PMID:39104161
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研究论文 | 研究了正畸牙齿移动过程中牙槽骨重塑的潜在机制，特别是Lepr+成骨前体细胞和牙周韧带细胞的作用 | 首次报道了正畸牙齿移动过程中压缩侧的骨形成现象，并揭示了PDLC凋亡激活Lepr+成骨前体细胞的机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类中验证 | 探讨正畸牙齿移动过程中新骨形成的潜在机制 | Lepr+成骨前体细胞和牙周韧带细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序分析、荧光标记技术 | NA | RNA序列数据 | 小鼠模型和体外细胞培养 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-09-06 |
Identification and Validation of Prognostic Model for Tumor Microenvironment-Associated Genes in Bladder Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing Data Sets
2024-Aug, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO.23.00661
PMID:39151107
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，识别并验证了与膀胱癌肿瘤微环境相关的预后模型 | 首次基于单细胞RNA测序数据构建了膀胱癌的预后模型，并验证了其预测性能 | 研究主要基于公共数据库的数据，未来需进行体外验证 | 阐明膀胱癌进展中肿瘤微环境与细胞多样性的关系，并构建预后模型 | 膀胱癌的肿瘤微环境相关基因及预后模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归和多变量Cox回归分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的正常和肿瘤膀胱细胞数据，以及TCGA的病人随访数据 | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-09-05 |
The heart is a resident tissue for hematopoietic stem and progenitor cells in zebrafish
2024-Aug-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51920-7
PMID:39217144
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和显微镜技术，证明了斑马鱼心脏内皮细胞（EdCs）能够产生并维持稳定的造血细胞群 | 首次揭示了斑马鱼心脏内皮细胞作为造血干细胞和前体细胞的驻留组织，并提供了新的造血细胞来源 | NA | 探究斑马鱼心脏内皮细胞对造血细胞系的贡献 | 斑马鱼心脏内皮细胞及其产生的造血干细胞和前体细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-09-05 |
Canine mesenteric lymph nodes (MLNs) characterization by sc-RNAseq: insights compared to human and mouse MLNs
2024-08-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-71310-9
PMID:39217215
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术对犬肠系膜淋巴结（MLNs）进行表征，并与人类和小鼠的MLNs进行比较 | 首次对犬肠系膜淋巴结进行详细的单细胞RNA测序分析，并构建了预测图谱 | NA | 探究犬肠系膜淋巴结的免疫细胞组成及其与人类和小鼠的异同 | 犬肠系膜淋巴结的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 健康犬的肠系膜淋巴结样本 | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-09-05 |
High Glycolytic Activity Signature Reveals CCNB2 as a Key Therapeutic Target in Triple-Negative Breast Cancer
2024-Aug-23, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2908308
PMID:39206892
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研究论文 | 本研究通过分析糖酵解相关基因和细胞周期途径，揭示了高糖酵解活性签名（GAS）在乳腺癌中的作用，并提出CCNB2作为潜在的治疗靶点 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了高糖酵解活性签名与CCNB2表达在三阴性乳腺癌中的正相关性，并验证了其在临床样本中的表达 | 研究主要基于GEO数据库和临床样本，未来需要更多前瞻性研究来验证这些发现 | 探讨糖酵解与细胞周期的关系，寻找乳腺癌的新治疗策略 | 乳腺癌，特别是三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR） | NA | 基因表达数据 | 涉及三个乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌患者的临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-09-05 |
A gene regulatory network-aware graph learning method for cell identity annotation in single-cell RNA-seq data
2024-Aug-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278439.123
PMID:39134412
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研究论文 | 本文提出了一种基于基因调控网络的图学习方法scHGR，用于单细胞RNA测序数据的细胞身份注释 | scHGR工具利用基因调控关系构建基因介导的细胞通信图，减少多源数据噪声，建立远距离细胞连接，揭示新的细胞亚型和治疗相关因子 | NA | 开发一种自动化的细胞身份注释工具，以提高单细胞转录组数据分析的准确性和一致性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞身份注释 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA测序 | 图学习 | 转录组数据 | 22个实验场景，包括56种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-09-05 |
Dynamically visualizing profibrotic maladaptive repair after acute kidney injury by fibroblast activation protein imaging
2024-Aug-03, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.07.015
PMID:39098582
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研究论文 | 本研究利用急性肾损伤（AKI）模型，通过纤维母细胞激活蛋白（FAP）成像技术，动态评估损伤后的不良修复过程 | 首次使用正电子发射断层扫描（PET）/CT成像技术，通过FAP抑制剂示踪剂非侵入性地追踪肾纤维化的不良修复过程 | NA | 探索预防和早期治疗器官纤维化的有效工具 | 急性肾损伤后的不良修复过程 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 正电子发射断层扫描（PET）/CT成像 | NA | 图像 | 包括患者活检样本和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-09-04 |
Exploring the potential mechanisms of Rehmannia glutinosa in treating sepsis based on network pharmacology
2024-Aug-31, BMC infectious diseases
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12879-024-09796-x
PMID:39217296
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研究论文 | 本研究利用网络药理学方法探索地黄在治疗脓毒症中的潜在作用机制 | 通过RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、分子对接和分子动力学模拟等技术，全面分析了地黄的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制 | NA | 探索地黄在治疗脓毒症中的作用机制 | 地黄的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制 | 药物学 | 脓毒症 | RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 | NA | RNA序列数据 | 23名脓毒症患者和10名健康个体的外周血样本 | NA | NA | NA | NA |