单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 531 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-09-17 |
Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404151
PMID:38785168
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了11名原发性膜性肾病（PMN）患者和7名健康个体的肾活检样本，揭示了PMN中足细胞的致病性骨形态发生蛋白-2（BMP2）通路以及免疫细胞的行为 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了PMN中足细胞的BMP2/pSMAD1/COL4通路，并发现了免疫细胞的增强浸润和激活 | 样本量较小，仅包括11名PMN患者和7名健康个体 | 揭示原发性膜性肾病（PMN）的病理机制 | 足细胞和免疫细胞在PMN中的作用 | NA | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名PMN患者和7名健康个体的肾活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 242 | 2024-09-15 |
Identifying epithelial-mesenchymal transition-related genes as prognostic biomarkers and therapeutic targets of hepatocellular carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data
2024-Aug-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-521
PMID:39262476
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种用于肝细胞癌（HCC）预后预测的新型模型 | 本研究的创新点在于结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，开发了一种新的肝细胞癌预后预测模型，并揭示了与上皮-间质转化（EMT）相关的基因在HCC进展中的临床意义 | 本研究的局限性在于仅基于特定的基因表达数据构建模型，未考虑其他可能影响预后的因素 | 本研究旨在通过整合单细胞和批量RNA测序数据，发现新的肝细胞癌预后生物标志物，并提高预后预测的准确性 | 本研究的研究对象是肝细胞癌（HCC）患者及其预后相关的基因和临床特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq） | Cox比例风险模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 243 | 2024-09-15 |
Upregulation of CKS2 in immunosuppressive cells is associated with metastasis and poor prognosis in prostate cancer: a single-cell RNA-sequencing analysis
2024-Aug-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-23-2100
PMID:39262475
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研究论文 | 研究探讨了免疫抑制细胞中CKS2的上调与前列腺癌转移和预后不良的关系 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示了CKS2在免疫抑制细胞中的上调与前列腺癌转移和预后不良的关联 | 研究主要基于GEO数据库的数据，可能存在数据偏差 | 探究免疫抑制环境如何促进前列腺癌转移并恶化患者预后 | 前列腺癌患者的免疫抑制细胞和CKS2基因 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2024-09-15 |
Identifying novel risk genes in intracranial aneurysm by integrating human proteomes and genetics
2024-Aug-01, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae111
PMID:39084678
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研究论文 | 本研究通过整合人类蛋白质组和遗传数据，识别颅内动脉瘤的新风险基因 | 采用多维高通量数据整合蛋白质组关联研究、转录组关联研究、孟德尔随机化分析和贝叶斯共定位分析，优先筛选出可能增加颅内动脉瘤风险的基因 | 未发现具有顺式调控血浆蛋白水平的显著基因与颅内动脉瘤相关 | 识别颅内动脉瘤的新风险基因 | 颅内动脉瘤的风险基因 | 生物信息学 | 脑血管疾病 | 全基因组关联研究 (GWAS), 蛋白质组关联研究 (PWAS), 转录组关联研究 (TWAS), 孟德尔随机化 (MR), 贝叶斯共定位分析, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 基因集富集分析 (GSEA) | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 245 | 2024-09-15 |
Dissection of triple-negative breast cancer microenvironment and identification of potential therapeutic drugs using single-cell RNA sequencing analysis
2024-Aug, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2024.100975
PMID:39263352
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了三阴性乳腺癌的微环境特征，并识别出潜在的治疗药物 | 首次在单细胞分辨率下解析了三阴性乳腺癌的微环境，并发现了与肿瘤细胞增殖相关的关键细胞亚群和潜在治疗靶点 | 研究结果主要基于体外实验和动物模型，需要在临床试验中进一步验证 | 揭示三阴性乳腺癌的微环境特征，并寻找潜在的治疗药物 | 三阴性乳腺癌的肿瘤微环境和潜在治疗靶点 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括肿瘤和健康乳腺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 246 | 2024-09-14 |
MDK promotes M2 macrophage polarization to remodel the tumour microenvironment in clear cell renal cell carcinoma
2024-08-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-69183-z
PMID:39107475
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研究论文 | 研究探讨了MDK基因在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境（TME）中的作用，特别是其对M2巨噬细胞极化的影响 | 首次揭示了MDK在免疫抑制性肿瘤微环境中的关键作用，并开发了一个基于独特细胞信号分子的预后模型 | 研究主要基于公开数据集，未来需要进一步的实验验证 | 探索透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境异质性，并开发新的预后模型以优化免疫治疗 | 透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境及其免疫调控网络 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）和体细胞突变数据分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了公开的ccRCC数据集，包括TCGA和CheckMate队列的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 247 | 2024-09-13 |
The microenvironmental factors induced invasive tumor cells in glioblastoma
2024-Aug-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35770
PMID:39253204
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）细胞在肿瘤微环境（TME）影响下的侵袭性转变机制 | 揭示了肿瘤微环境中的OSMR和LIFR表达与GBM细胞侵袭性之间的关系 | 研究主要集中在体外实验，缺乏临床数据支持 | 探究肿瘤微环境如何调节胶质母细胞瘤细胞的侵袭性 | 胶质母细胞瘤细胞及其微环境中的OSMR和LIFR表达 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 248 | 2024-09-13 |
Isogenic patient-derived organoids reveal early neurodevelopmental defects in spinal muscular atrophy initiation
2024-Aug-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101659
PMID:39067446
|
研究论文 | 研究使用同基因患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）模型和脊髓类器官（SCO）系统，揭示脊髓性肌萎缩症（SMA）早期神经发育缺陷 | 首次使用同基因患者来源的iPSC模型和脊髓类器官系统，揭示SMA早期神经发育缺陷，并发现SMN2-to-SMN1转换不能完全逆转这些发育异常 | 研究仅限于脊髓类器官模型，未涉及其他器官或组织，且未评估所有患者的治疗效果 | 探讨脊髓性肌萎缩症早期神经发育缺陷及其对后期神经元退化的影响 | 脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官 | 数字病理学 | 神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 249 | 2024-09-13 |
Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics
2024-Aug-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100831
PMID:39111312
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Nova-ST的纳米图案化超密集平台，用于空间转录组学 | Nova-ST技术基于随机条码的Illumina测序流动池，实现了定制化、低成本、灵活且高分辨率的大组织切片空间分析 | NA | 开发一种新的空间转录组学技术，以解决现有技术在捕获阵列密度或成本上的限制 | 小鼠脑切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脑切片 | NA | NA | NA | NA |
| 250 | 2024-09-13 |
Precise detection of cell-type-specific domains in spatial transcriptomics
2024-Aug-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100841
PMID:39127046
|
研究论文 | 本文提出了一种名为De-spot的方法，用于在空间转录组学中精确检测低比例细胞类型的特异性域 | De-spot整合了分割和反卷积技术，能够生成细胞类型模式，检测低比例细胞类型的特异性域，并直观地展示这些域 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在空间转录组学中精确检测细胞类型的特异性域 | 空间转录组学中的细胞类型特异性域 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2024-09-13 |
SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae458
PMID:39051702
|
研究论文 | 介绍了一种名为SpatialQC的自动化质量控制管道，用于空间转录组数据的质量控制 | SpatialQC是首个专门用于空间转录组数据的一站式质量控制工具，能够生成全面的QC报告并交互式地生成干净的数据 | NA | 开发一种自动化工具，用于空间转录组数据的质量控制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 252 | 2024-09-13 |
Interaction between microglial cells and CD1C+ B dendritic cells leads to CD8+ T cells depletion during the early stages of renal clear cell carcinoma
2024-Aug-02, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000038691
PMID:39093774
|
研究论文 | 研究肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响 | 首次揭示了肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用导致CD8+ T细胞耗竭的机制 | 研究仅基于GEO数据库的scRNA-seq数据，未进行体内实验验证 | 探讨肾透明细胞癌早期阶段肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用及其对免疫治疗的影响 | 肾透明细胞癌中的微胶质细胞、CD1C+ B树突状细胞和CD8+ T细胞 | NA | 肾癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 肿瘤组织和外周血样本中的免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2024-09-13 |
ClusterMatch aligns single-cell RNA-sequencing data at the multi-scale cluster level via stable matching
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae480
PMID:39073888
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ClusterMatch的稳定匹配优化模型，用于在多尺度聚类级别上对单细胞RNA测序数据进行对齐 | ClusterMatch利用典型相关分析和多尺度Louvain聚类算法来识别具有优化分辨率的聚类，并使用稳定匹配框架在潜在空间中对齐scRNA-seq数据，同时通过重叠的标记基因集保持可解释性 | NA | 开发一种新的方法来对齐单细胞RNA测序数据，以解决高维和噪声数据中的多源变异性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稳定匹配优化模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-09-13 |
Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae494
PMID:39110511
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的主成分分析 | APR算法在计算效率和内存使用上优于现有算法，并且适合在多核处理器上并行实现 | NA | 研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA | 基因表达数据 | 三个公开的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-09-13 |
Pseudobulk with proper offsets has the same statistical properties as generalized linear mixed models in single-cell case-control studies
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae498
PMID:39115884
|
研究论文 | 本文提出了一种名为offset-pseudobulk的轻量级替代方法，用于替代计算密集型的广义线性混合模型（GLMMs），并证明了其在单细胞RNA测序数据中的统计性质与GLMMs相同 | 提出了offset-pseudobulk方法，并证明了其在统计性质上与GLMMs相同，同时具有更高的计算效率和数值稳定性 | NA | 比较广义线性混合模型与pseudobulk方法在单细胞RNA测序数据中的统计性能 | 单细胞RNA测序数据中的转录表达差异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 256 | 2024-09-13 |
TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae475
PMID:39120880
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TransTEx的新型组织特异性评分方法，用于将人类转录组分组为不同的表达组 | TransTEx是一种新颖的组织特异性评分方法，能够将转录本分为四个表达组，并应用于GTEx mRNA-seq数据，揭示了组织特异性转录本的分布和影响因素 | NA | 开发一种新的方法来分析组织特异性基因表达，特别是在转录本水平上 | 人类转录组和组织特异性基因表达 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | 199,166个人类转录本 | NA | NA | NA | NA |
| 257 | 2024-09-11 |
STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics
2024-Aug-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51728-5
PMID:39214995
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STIE的期望最大化算法，用于基于原位捕获的空间转录组学中单细胞水平的解卷积、卷积和聚类 | STIE算法能够将空间转录组与匹配的组织学图像对齐，并从约70%的间隙区域恢复缺失的细胞，从而实现真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积、卷积和聚类 | NA | 解决基于原位捕获的空间转录组学中无法精确捕获随机分布的单细胞的问题 | 单细胞水平的转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 期望最大化算法 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 258 | 2024-09-11 |
Potential regulation and prognostic model of colorectal cancer with extracellular matrix genes
2024-Aug-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36164
PMID:39247375
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研究论文 | 研究了结直肠癌中细胞外基质基因的潜在调控作用及其在预后模型中的应用 | 首次系统分析了结直肠癌中细胞外基质成分的表达模式及其与患者生存的关系，并开发了一个基于细胞外基质基因的预后模型 | 研究主要基于TCGA-CRC队列数据，样本量有限，可能影响模型的泛化能力 | 探讨结直肠癌中细胞外基质基因的调控机制及其在预后预测中的潜力 | 结直肠癌中的细胞外基质成分及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理 | 结直肠癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 结直肠癌肿瘤及配对正常组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 259 | 2024-09-11 |
Targeting tumor-associated macrophage-derived CD74 improves efficacy of neoadjuvant chemotherapy in combination with PD-1 blockade for cervical cancer
2024-Aug-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009024
PMID:39107132
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研究论文 | 研究探讨了靶向肿瘤相关巨噬细胞衍生的CD74在宫颈癌新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗中的作用 | 首次揭示了CD74在宫颈癌新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗中的关键作用，并验证了CD74阻断可以增强治疗效果 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证 | 探讨新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗对宫颈癌微环境的影响，并寻找增强治疗效果的新靶点 | 宫颈癌细胞、巨噬细胞、T细胞等 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 46,950个细胞，来自9个宫颈癌组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 260 | 2024-09-11 |
BACH2 regulates diversification of regulatory and proinflammatory chromatin states in TH17 cells
2024-Aug, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01901-1
PMID:39009838
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研究论文 | 研究探讨了BACH2在TH17细胞中调控调节性和促炎染色质状态多样化的机制 | 首次揭示了BACH2在TH17细胞中促进免疫调节性npT17程序并抑制促炎性T1样程序的作用 | NA | 研究TH17细胞异质性的调控途径，并探讨BACH2在其中的作用 | TH17细胞的染色质景观及其在体内外的差异 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 染色质可及性和RNA表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |