单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-09-13	ClusterMatch aligns single-cell RNA-sequencing data at the multi-scale cluster level via stable matching 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae480 PMID:39073888	研究论文	本文介绍了一种名为ClusterMatch的稳定匹配优化模型，用于在多尺度聚类级别上对单细胞RNA测序数据进行对齐	ClusterMatch利用典型相关分析和多尺度Louvain聚类算法来识别具有优化分辨率的聚类，并使用稳定匹配框架在潜在空间中对齐scRNA-seq数据，同时通过重叠的标记基因集保持可解释性	NA	开发一种新的方法来对齐单细胞RNA测序数据，以解决高维和噪声数据中的多源变异性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稳定匹配优化模型	基因表达数据	NA
202	2024-09-13	Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae494 PMID:39110511	研究论文	本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的主成分分析	APR算法在计算效率和内存使用上优于现有算法，并且适合在多核处理器上并行实现	NA	研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA	基因表达数据	三个公开的单细胞RNA测序数据集
203	2024-09-13	Pseudobulk with proper offsets has the same statistical properties as generalized linear mixed models in single-cell case-control studies 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae498 PMID:39115884	研究论文	本文提出了一种名为offset-pseudobulk的轻量级替代方法，用于替代计算密集型的广义线性混合模型（GLMMs），并证明了其在单细胞RNA测序数据中的统计性质与GLMMs相同	提出了offset-pseudobulk方法，并证明了其在统计性质上与GLMMs相同，同时具有更高的计算效率和数值稳定性	NA	比较广义线性混合模型与pseudobulk方法在单细胞RNA测序数据中的统计性能	单细胞RNA测序数据中的转录表达差异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性混合模型	基因表达数据	NA
204	2024-09-13	TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae475 PMID:39120880	研究论文	本文介绍了一种名为TransTEx的新型组织特异性评分方法，用于将人类转录组分组为不同的表达组	TransTEx是一种新颖的组织特异性评分方法，能够将转录本分为四个表达组，并应用于GTEx mRNA-seq数据，揭示了组织特异性转录本的分布和影响因素	NA	开发一种新的方法来分析组织特异性基因表达，特别是在转录本水平上	人类转录组和组织特异性基因表达	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	199,166个人类转录本
205	2024-09-11	STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics 2024-Aug-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51728-5 PMID:39214995	研究论文	本文介绍了一种名为STIE的期望最大化算法，用于基于原位捕获的空间转录组学中单细胞水平的解卷积、卷积和聚类	STIE算法能够将空间转录组与匹配的组织学图像对齐，并从约70%的间隙区域恢复缺失的细胞，从而实现真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积、卷积和聚类	NA	解决基于原位捕获的空间转录组学中无法精确捕获随机分布的单细胞的问题	单细胞水平的转录组学数据	空间转录组学	NA	期望最大化算法	NA	图像	NA
206	2024-09-11	Potential regulation and prognostic model of colorectal cancer with extracellular matrix genes 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36164 PMID:39247375	研究论文	研究了结直肠癌中细胞外基质基因的潜在调控作用及其在预后模型中的应用	首次系统分析了结直肠癌中细胞外基质成分的表达模式及其与患者生存的关系，并开发了一个基于细胞外基质基因的预后模型	研究主要基于TCGA-CRC队列数据，样本量有限，可能影响模型的泛化能力	探讨结直肠癌中细胞外基质基因的调控机制及其在预后预测中的潜力	结直肠癌中的细胞外基质成分及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理	结直肠癌	RNA测序	NA	转录组数据	结直肠癌肿瘤及配对正常组织样本
207	2024-09-11	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于通过单细胞RNA-seq数据中的表达调控特征揭示血管内皮细胞的身份基因	SCIG方法利用基因序列特征和基因表达信息，无需与其他细胞进行比较即可揭示细胞身份基因，并在网络分析中超越了表达值，揭示了调控细胞身份的主转录因子	NA	揭示细胞身份基因，理解细胞分化、发育及细胞身份失调相关疾病	血管内皮细胞的身份基因	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	机器学习方法	基因表达数据	NA
208	2024-09-11	Targeting tumor-associated macrophage-derived CD74 improves efficacy of neoadjuvant chemotherapy in combination with PD-1 blockade for cervical cancer 2024-Aug-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009024 PMID:39107132	研究论文	研究探讨了靶向肿瘤相关巨噬细胞衍生的CD74在宫颈癌新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗中的作用	首次揭示了CD74在宫颈癌新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗中的关键作用，并验证了CD74阻断可以增强治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证	探讨新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗对宫颈癌微环境的影响，并寻找增强治疗效果的新靶点	宫颈癌细胞、巨噬细胞、T细胞等	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	46,950个细胞，来自9个宫颈癌组织样本
209	2024-09-11	BACH2 regulates diversification of regulatory and proinflammatory chromatin states in TH17 cells 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01901-1 PMID:39009838	研究论文	研究探讨了BACH2在TH17细胞中调控调节性和促炎染色质状态多样化的机制	首次揭示了BACH2在TH17细胞中促进免疫调节性npT17程序并抑制促炎性T1样程序的作用	NA	研究TH17细胞异质性的调控途径，并探讨BACH2在其中的作用	TH17细胞的染色质景观及其在体内外的差异	NA	多发性硬化症	单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	染色质可及性和RNA表达数据	NA
210	2024-09-11	Bulk and single-cell transcriptome profiling identify potential cellular targets of the long noncoding RNA Gas5 in renal fibrosis 2024-08, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167206 PMID:38718848	研究论文	研究探讨了长链非编码RNA Gas5在肾纤维化中的表达谱及其作为潜在生物标志物的作用	揭示了Gas5缺失加剧肾纤维化的机制，并发现了Gas5调控免疫细胞分化和PPAR信号通路关键基因转录的新见解	NA	研究Gas5在慢性肾病进展中的作用及其作为生物标志物的潜力	Gas5在肾纤维化中的表达及其对肾损伤和细胞外基质沉积的影响	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠模型
211	2024-09-11	Targeting JUNB to modulate M2 macrophage polarization in preeclampsia 2024-08, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167194 PMID:38663490	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了子痫前期中胎盘的细胞景观，并发现转录因子JUNB在调节M2巨噬细胞极化中的关键作用	首次揭示了JUNB在子痫前期中调节巨噬细胞极化的机制，并提出了通过靶向JUNB来调节巨噬细胞极化以治疗子痫前期的潜在疗法	NA	探讨子痫前期的细胞动力学和分子机制，并开发有效的治疗策略	子痫前期患者的胎盘细胞和巨噬细胞	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	子痫前期样本中的11种不同细胞亚群
212	2024-09-10	Defining cell type-specific immune responses in a mouse model of allergic contact dermatitis by single-cell transcriptomics 2024-Aug-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94698 PMID:39213029	研究论文	通过单细胞转录组学分析，研究了小鼠过敏性接触性皮炎模型中细胞类型特异性免疫反应	揭示了过敏性接触性皮炎中不同细胞类型的特异性免疫反应，并识别了真皮成纤维细胞在塑造1型皮肤炎症中的关键作用	NA	研究过敏性接触性皮炎中细胞类型特异性免疫反应	小鼠过敏性接触性皮炎模型中的免疫细胞和皮肤常驻细胞	单细胞转录组学	过敏性接触性皮炎	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类过敏性接触性皮炎皮肤样本
213	2024-09-08	High-resolution diffusion magnetic resonance imaging and spatial-transcriptomic in developing mouse brain 2024-Aug-15, NeuroImage IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120734 PMID:39032791	研究论文	本研究使用高分辨率扩散磁共振成像（dMRI）和空间转录组学技术，探讨了发育中小鼠大脑的组织微观结构变化	首次提供了高分辨率的dMRI数据，包括DTI、DKI和NODDI模型，用于追踪小鼠大脑在出生后发育过程中白质和灰质的微观结构变化	NA	探讨发育中小鼠大脑的组织微观结构变化及其与基因表达的关系	小鼠大脑在出生后发育过程中的白质和灰质	数字病理学	NA	扩散磁共振成像（dMRI）	扩散张量成像（DTI）、扩散峰度成像（DKI）和神经突方向弥散与密度成像（NODDI）	图像	NA
214	2024-09-08	Reliable imputation of spatial transcriptomes with uncertainty estimation and spatial regularization 2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101021 PMID:39233691	研究论文	本文介绍了一种名为TransImpute的计算模型，用于在空间转录组学中填补缺失特征，并估计填补的可靠性	引入了空间自相关度量作为正则化，以避免高估空间模式，并提出了一套能够准确预测填补不确定性的属性	未提及	开发一种能够可靠填补空间转录组学中缺失特征并估计填补可靠性的计算方法	空间转录组学中的缺失特征	生物信息学	NA	空间转录组学	TransImpute	转录组数据	多个平台的数据集
215	2024-09-08	CellContrast: Reconstructing spatial relationships in single-cell RNA sequencing data via deep contrastive learning 2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101022 PMID:39233694	研究论文	本文介绍了一种名为CellContrast的计算方法，用于通过深度对比学习从空间转录组学参考数据中重建单细胞RNA测序数据中的空间关系	CellContrast采用对比学习框架，通过空间转录组学数据训练，将基因表达投影到隐藏空间，使得相近的细胞具有相似的表示值	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中缺乏空间信息的问题，通过重建空间关系来增强数据分析能力	单细胞RNA测序数据中的空间关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习	基因表达数据	涉及小鼠胚胎和人类乳腺细胞的多种平台数据，包括SeqFISH、Stereo-seq、10X Visium和MERSCOPE
216	2024-09-08	Exploring and clinical validation of prognostic significance and therapeutic implications of copper homeostasis-related gene dysregulation in acute myeloid leukemia 2024-Aug, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-024-05841-6 PMID:38879648	研究论文	研究铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式、生物学功能及其临床预后和治疗意义	首次系统探讨了铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并建立了预后风险模型，为患者分层和个性化治疗提供了新思路	研究主要基于公共数据集和临床样本，缺乏大规模的独立验证数据	探讨铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并评估其临床预后和治疗意义	急性髓系白血病患者及其铜稳态相关基因的表达和功能	数字病理学	血液肿瘤	PCR, 单细胞测序	LASSO-Cox, Kaplan-Meier, Nomogram	基因表达数据	包括TCGA-GTEx, GSE114868, GSE37642等多个独立队列和临床样本
217	2024-09-08	Dissecting the tumor microenvironment in response to immune checkpoint inhibitors via single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-023-10246-2 PMID:38064127	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学在研究免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境响应中的应用	本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了免疫检查点抑制剂在不同癌症微环境中的响应机制	本文主要为综述性质，未涉及具体实验数据和结果	探讨免疫检查点抑制剂在肿瘤微环境中的作用机制	肿瘤微环境中的免疫细胞和其他细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
218	2024-09-08	Mapping the single cell spatial immune landscapes of the melanoma microenvironment 2024-Aug, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-023-10252-4 PMID:38217840	研究论文	研究使用空间成像技术分析黑色素瘤微环境中的单细胞免疫景观	利用CyTOF-IMC等高维空间成像技术，以前所未有的分辨率识别复杂的细胞亚群和免疫细胞相互作用	NA	理解黑色素瘤微环境中基质、黑色素瘤细胞和免疫细胞类型之间的复杂相互作用及其与治疗反应的关联	黑色素瘤微环境中的单细胞空间免疫景观	数字病理学	黑色素瘤	CyTOF-IMC（飞行时间成像质谱流式细胞术）	NA	图像	NA
219	2024-09-07	Decoding 11-oxygenated androgen synthesis: insights from enzyme gene expression and LC-MS/MS quantification 2024-Aug-30, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1093/ejendo/lvae104 PMID:39219353	研究论文	本研究通过分析大量正常人体组织的RNA和蛋白质数据，揭示了11-氧代雄激素在肾脏和肠道中的合成机制	首次系统性地研究了11-氧代雄激素在不同组织中的合成途径，并开发了TransMap网站用于可视化转录组数据	研究主要集中在正常人体组织，未涉及疾病状态下的情况	探讨11-氧代雄激素在外周组织中的合成机制及其在人体中的潜在作用	11-氧代雄激素的合成酶基因表达及其在不同组织中的分布	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA)、免疫组化、液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS)	NA	RNA、蛋白质	30种组织的bulk RNA数据、16种组织的单细胞RNA测序数据、29种组织的蛋白质数据
220	2024-09-07	ScRNAs reveals high-frequency rTMS-induced pericyte differentiation: Potential implications for vascular regeneration and blood-brain barrier stability in stroke 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35339 PMID:39229501	研究论文	研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）对中风后血脑屏障（BBB）的影响及其潜在机制	通过单细胞测序（ScRNAs）揭示了rTMS诱导的周细胞分化，并发现了新的周细胞亚群作为中风治疗的潜在靶点	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨rTMS对中风后血脑屏障修复和血管再生的影响	中风后血脑屏障的修复和血管再生	数字病理学	中风	单细胞测序（ScRNAs）	NA	单细胞数据	使用短暂性大脑中动脉闭塞（tMCAO）大鼠模型进行研究