单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-09-11	Targeting tumor-associated macrophage-derived CD74 improves efficacy of neoadjuvant chemotherapy in combination with PD-1 blockade for cervical cancer 2024-Aug-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009024 PMID:39107132	研究论文	研究探讨了靶向肿瘤相关巨噬细胞衍生的CD74在宫颈癌新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗中的作用	首次揭示了CD74在宫颈癌新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗中的关键作用，并验证了CD74阻断可以增强治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证	探讨新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗对宫颈癌微环境的影响，并寻找增强治疗效果的新靶点	宫颈癌细胞、巨噬细胞、T细胞等	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	46,950个细胞，来自9个宫颈癌组织样本
182	2024-09-11	BAG6 restricts pancreatic cancer progression by suppressing the release of IL33-presenting extracellular vesicles and the activation of mast cells 2024-Aug, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01195-1 PMID:38942797	研究论文	研究探讨了BAG6基因在胰腺癌进展中的抑制作用，特别是通过抑制IL33介导的细胞外囊泡释放和肥大细胞激活	揭示了BAG6在胰腺癌中的新肿瘤抑制作用，并发现BAG6缺陷导致细胞外囊泡释放IL33，通过肥大细胞激活促进肿瘤生长	NA	研究BAG6基因在胰腺癌进展中的作用及其机制	BAG6基因、细胞外囊泡、肥大细胞、胰腺癌	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用小鼠和人类胰腺导管腺癌模型及患者样本进行研究
183	2024-09-11	BACH2 regulates diversification of regulatory and proinflammatory chromatin states in TH17 cells 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01901-1 PMID:39009838	研究论文	研究探讨了BACH2在TH17细胞中调控调节性和促炎染色质状态多样化的机制	首次揭示了BACH2在TH17细胞中促进免疫调节性npT17程序并抑制促炎性T1样程序的作用	NA	研究TH17细胞异质性的调控途径，并探讨BACH2在其中的作用	TH17细胞的染色质景观及其在体内外的差异	NA	多发性硬化症	单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	染色质可及性和RNA表达数据	NA
184	2024-09-11	Bulk and single-cell transcriptome profiling identify potential cellular targets of the long noncoding RNA Gas5 in renal fibrosis 2024-08, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167206 PMID:38718848	研究论文	研究探讨了长链非编码RNA Gas5在肾纤维化中的表达谱及其作为潜在生物标志物的作用	揭示了Gas5缺失加剧肾纤维化的机制，并发现了Gas5调控免疫细胞分化和PPAR信号通路关键基因转录的新见解	NA	研究Gas5在慢性肾病进展中的作用及其作为生物标志物的潜力	Gas5在肾纤维化中的表达及其对肾损伤和细胞外基质沉积的影响	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠模型
185	2024-09-11	Targeting JUNB to modulate M2 macrophage polarization in preeclampsia 2024-08, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167194 PMID:38663490	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了子痫前期中胎盘的细胞景观，并发现转录因子JUNB在调节M2巨噬细胞极化中的关键作用	首次揭示了JUNB在子痫前期中调节巨噬细胞极化的机制，并提出了通过靶向JUNB来调节巨噬细胞极化以治疗子痫前期的潜在疗法	NA	探讨子痫前期的细胞动力学和分子机制，并开发有效的治疗策略	子痫前期患者的胎盘细胞和巨噬细胞	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	子痫前期样本中的11种不同细胞亚群
186	2024-09-10	Defining cell type-specific immune responses in a mouse model of allergic contact dermatitis by single-cell transcriptomics 2024-Aug-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94698 PMID:39213029	研究论文	通过单细胞转录组学分析，研究了小鼠过敏性接触性皮炎模型中细胞类型特异性免疫反应	揭示了过敏性接触性皮炎中不同细胞类型的特异性免疫反应，并识别了真皮成纤维细胞在塑造1型皮肤炎症中的关键作用	NA	研究过敏性接触性皮炎中细胞类型特异性免疫反应	小鼠过敏性接触性皮炎模型中的免疫细胞和皮肤常驻细胞	单细胞转录组学	过敏性接触性皮炎	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类过敏性接触性皮炎皮肤样本
187	2024-09-08	High-resolution diffusion magnetic resonance imaging and spatial-transcriptomic in developing mouse brain 2024-Aug-15, NeuroImage IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120734 PMID:39032791	研究论文	本研究使用高分辨率扩散磁共振成像（dMRI）和空间转录组学技术，探讨了发育中小鼠大脑的组织微观结构变化	首次提供了高分辨率的dMRI数据，包括DTI、DKI和NODDI模型，用于追踪小鼠大脑在出生后发育过程中白质和灰质的微观结构变化	NA	探讨发育中小鼠大脑的组织微观结构变化及其与基因表达的关系	小鼠大脑在出生后发育过程中的白质和灰质	数字病理学	NA	扩散磁共振成像（dMRI）	扩散张量成像（DTI）、扩散峰度成像（DKI）和神经突方向弥散与密度成像（NODDI）	图像	NA
188	2024-09-08	Reliable imputation of spatial transcriptomes with uncertainty estimation and spatial regularization 2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101021 PMID:39233691	研究论文	本文介绍了一种名为TransImpute的计算模型，用于在空间转录组学中填补缺失特征，并估计填补的可靠性	引入了空间自相关度量作为正则化，以避免高估空间模式，并提出了一套能够准确预测填补不确定性的属性	未提及	开发一种能够可靠填补空间转录组学中缺失特征并估计填补可靠性的计算方法	空间转录组学中的缺失特征	生物信息学	NA	空间转录组学	TransImpute	转录组数据	多个平台的数据集
189	2024-09-08	CellContrast: Reconstructing spatial relationships in single-cell RNA sequencing data via deep contrastive learning 2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101022 PMID:39233694	研究论文	本文介绍了一种名为CellContrast的计算方法，用于通过深度对比学习从空间转录组学参考数据中重建单细胞RNA测序数据中的空间关系	CellContrast采用对比学习框架，通过空间转录组学数据训练，将基因表达投影到隐藏空间，使得相近的细胞具有相似的表示值	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中缺乏空间信息的问题，通过重建空间关系来增强数据分析能力	单细胞RNA测序数据中的空间关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习	基因表达数据	涉及小鼠胚胎和人类乳腺细胞的多种平台数据，包括SeqFISH、Stereo-seq、10X Visium和MERSCOPE
190	2024-09-08	Exploring and clinical validation of prognostic significance and therapeutic implications of copper homeostasis-related gene dysregulation in acute myeloid leukemia 2024-Aug, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-024-05841-6 PMID:38879648	研究论文	研究铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式、生物学功能及其临床预后和治疗意义	首次系统探讨了铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并建立了预后风险模型，为患者分层和个性化治疗提供了新思路	研究主要基于公共数据集和临床样本，缺乏大规模的独立验证数据	探讨铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并评估其临床预后和治疗意义	急性髓系白血病患者及其铜稳态相关基因的表达和功能	数字病理学	血液肿瘤	PCR, 单细胞测序	LASSO-Cox, Kaplan-Meier, Nomogram	基因表达数据	包括TCGA-GTEx, GSE114868, GSE37642等多个独立队列和临床样本
191	2024-09-08	Dissecting the tumor microenvironment in response to immune checkpoint inhibitors via single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-023-10246-2 PMID:38064127	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学在研究免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境响应中的应用	本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了免疫检查点抑制剂在不同癌症微环境中的响应机制	本文主要为综述性质，未涉及具体实验数据和结果	探讨免疫检查点抑制剂在肿瘤微环境中的作用机制	肿瘤微环境中的免疫细胞和其他细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
192	2024-09-08	Mapping the single cell spatial immune landscapes of the melanoma microenvironment 2024-Aug, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-023-10252-4 PMID:38217840	研究论文	研究使用空间成像技术分析黑色素瘤微环境中的单细胞免疫景观	利用CyTOF-IMC等高维空间成像技术，以前所未有的分辨率识别复杂的细胞亚群和免疫细胞相互作用	NA	理解黑色素瘤微环境中基质、黑色素瘤细胞和免疫细胞类型之间的复杂相互作用及其与治疗反应的关联	黑色素瘤微环境中的单细胞空间免疫景观	数字病理学	黑色素瘤	CyTOF-IMC（飞行时间成像质谱流式细胞术）	NA	图像	NA
193	2024-09-07	Decoding 11-oxygenated androgen synthesis: insights from enzyme gene expression and LC-MS/MS quantification 2024-Aug-30, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1093/ejendo/lvae104 PMID:39219353	研究论文	本研究通过分析大量正常人体组织的RNA和蛋白质数据，揭示了11-氧代雄激素在肾脏和肠道中的合成机制	首次系统性地研究了11-氧代雄激素在不同组织中的合成途径，并开发了TransMap网站用于可视化转录组数据	研究主要集中在正常人体组织，未涉及疾病状态下的情况	探讨11-氧代雄激素在外周组织中的合成机制及其在人体中的潜在作用	11-氧代雄激素的合成酶基因表达及其在不同组织中的分布	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA)、免疫组化、液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS)	NA	RNA、蛋白质	30种组织的bulk RNA数据、16种组织的单细胞RNA测序数据、29种组织的蛋白质数据
194	2024-09-07	ScRNAs reveals high-frequency rTMS-induced pericyte differentiation: Potential implications for vascular regeneration and blood-brain barrier stability in stroke 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35339 PMID:39229501	研究论文	研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）对中风后血脑屏障（BBB）的影响及其潜在机制	通过单细胞测序（ScRNAs）揭示了rTMS诱导的周细胞分化，并发现了新的周细胞亚群作为中风治疗的潜在靶点	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨rTMS对中风后血脑屏障修复和血管再生的影响	中风后血脑屏障的修复和血管再生	数字病理学	中风	单细胞测序（ScRNAs）	NA	单细胞数据	使用短暂性大脑中动脉闭塞（tMCAO）大鼠模型进行研究
195	2024-09-07	Single-cell network analysis reveals gene expression programs for Arabidopsis root development and metabolism 2024-Aug-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2024.100978 PMID:38783601	研究论文	本文通过单细胞基因共表达网络分析，揭示了拟南芥根发育和代谢的基因表达程序	首次对拟南芥根的单细胞RNA测序数据进行全面的基因共表达网络分析，并识别出149个基因共表达模块，这些模块被认为是基因表达程序	NA	揭示拟南芥根发育和代谢的基因表达程序	拟南芥根的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	SingleCellGGM算法	基因表达数据	公开的拟南芥根单细胞RNA测序数据集
196	2024-09-07	Single-cell transcriptome atlases of soybean root and mature nodule reveal new regulatory programs that control the nodulation process 2024-Aug-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2024.100984 PMID:38845198	研究论文	研究使用单细胞转录组测序和分子图谱技术，分析了成熟大豆根瘤细胞的转录组特征，揭示了氮固定和衰老细胞的共存现象，并鉴定了新的调控基因	首次对成熟大豆根瘤细胞的转录组进行精确表征，揭示了氮固定和衰老细胞的共存现象，并发现了新的调控基因	NA	研究大豆根瘤细胞的转录组特征，揭示氮固定过程中的新调控机制	大豆根和成熟根瘤细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
197	2024-09-07	A single-cell transcriptome atlas reveals the trajectory of early cell fate transition during callus induction in Arabidopsis 2024-Aug-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2024.100941 PMID:38720464	研究论文	研究报告了拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的单细胞转录组时间序列实验，构建了愈伤组织诱导过程的详细单细胞转录组图谱	首次揭示了LRPI-like细胞和QC-like细胞在愈伤组织形成早期的细胞命运转变轨迹，并识别了调控这些细胞的转录因子和基因表达特征	NA	揭示拟南芥愈伤组织诱导过程中细胞异质性和细胞命运转变的机制	拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中的单细胞转录组	植物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的样本
198	2024-09-06	NKG2C/KLRC2 tumor cell expression enhances immunotherapeutic efficacy against glioblastoma 2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009210 PMID:39214651	研究论文	研究探讨了NKG2C/KLRC2在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达及其对免疫治疗效果的影响	发现NKG2C/KLRC2在肿瘤细胞中的高表达与PD-1单克隆抗体治疗效果的增强相关，提示其可能作为免疫检查点抑制剂治疗的预测生物标志物	研究结果需要在未来的前瞻性试验中进一步验证	探讨NKG2C/KLRC2在GBM中的表达及其对免疫微环境的影响	胶质母细胞瘤（GBM）及其免疫微环境	免疫学	神经系统肿瘤	RNA测序	NA	RNA	包括大量和单细胞RNA测序的GBM数据集，以及来自两个临床试验的样本
199	2024-09-06	scParser: sparse representation learning for scalable single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Aug-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03345-0 PMID:39152499	研究论文	提出了一种名为scParser的稀疏表示学习方法，用于可扩展的单细胞RNA测序数据分析	scParser模型能够揭示基因表达如何影响表型的关键机制，并能识别出对疾病发病机制有贡献的细胞亚群中的生物过程	NA	开发一种可扩展的方法，用于整合分析单细胞RNA测序数据，并理解不同细胞群体中生物条件的异质性效应	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	稀疏表示学习	scParser	RNA测序数据	NA
200	2024-09-06	Periodontal Ligament Cell Apoptosis Activates Lepr+ Osteoprogenitors in Orthodontics 2024-08, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241262706 PMID:39104161	研究论文	研究了正畸牙齿移动过程中牙槽骨重塑的潜在机制，特别是Lepr+成骨前体细胞和牙周韧带细胞的作用	首次报道了正畸牙齿移动过程中压缩侧的骨形成现象，并揭示了PDLC凋亡激活Lepr+成骨前体细胞的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类中验证	探讨正畸牙齿移动过程中新骨形成的潜在机制	Lepr+成骨前体细胞和牙周韧带细胞	NA	NA	单细胞RNA测序分析、荧光标记技术	NA	RNA序列数据	小鼠模型和体外细胞培养