单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-09-17	Potential molecular metabolic mechanisms underlying the effects of cimifugin in gastric cancer through single-cell and bulk RNA sequencing combined with network pharmacology 2024-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-413 PMID:39279957	研究论文	研究了传统中药刺五加素在胃癌中的潜在分子代谢机制，通过单细胞和批量RNA测序结合网络药理学的方法	首次通过单细胞RNA测序和网络药理学方法，揭示了刺五加素在胃癌微环境和代谢途径中的潜在作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探讨刺五加素在胃癌中的分子机制，为胃癌治疗提供新的策略	胃癌细胞、胃癌微环境细胞类型及其代谢途径	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、网络药理学	NA	RNA	使用了GSE134520数据库中的单细胞RNA测序数据和TCGA数据库中的胃腺癌数据集
182	2024-09-17	Proteome-wide Mendelian randomization and single-cell sequencing analysis identify the association between plasma proteins and gastric cancer 2024-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-200 PMID:39279974	研究论文	本研究通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析和单细胞测序分析，识别了与胃癌相关的血浆蛋白质	首次通过孟德尔随机化分析和单细胞测序技术，系统地识别了与胃癌因果相关的血浆蛋白质	研究仅基于现有数据进行分析，未进行实验验证	识别与胃癌因果相关的血浆蛋白质，探索新的遗传靶点	胃癌及其相关血浆蛋白质	数字病理学	胃癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序	NA	蛋白质数据、基因表达数据	4907个血浆蛋白质样本、基因表达数据库中的单细胞测序数据
183	2024-09-17	Single-Cell Transcriptomics Reveals Early Effects of Ionizing Radiation on Bone Marrow Mononuclear Cells in Mice 2024-Aug-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179287 PMID:39273235	研究论文	研究通过单细胞转录组测序揭示电离辐射对小鼠骨髓单核细胞的早期影响	首次通过单细胞转录组测序技术研究电离辐射对骨髓中不同造血细胞群体的早期响应基因，揭示了放射敏感性和放射抗性细胞之间的基因表达差异	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨电离辐射对骨髓中不同造血细胞群体的放射敏感性和抗性的分子机制	小鼠骨髓中的单核细胞，包括粒细胞-巨噬细胞祖细胞、造血干细胞/祖细胞、B细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞、T细胞和树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	多种骨髓造血细胞群体
184	2024-09-17	Integrating Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data to Identify Prognostic Features Related to Activated Dendritic Cells in Clear-Cell Renal-Cell Carcinoma 2024-Aug-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179235 PMID:39273185	研究论文	本研究整合了批量和单细胞RNA测序数据，识别了与激活树突状细胞相关的预后特征，用于透明细胞肾细胞癌	首次从免疫激活的角度研究树突状细胞与透明细胞肾细胞癌的关系，并构建了一个包含五个基因的预后模型	需要进一步的实验验证和临床试验来确认模型的临床应用价值	研究激活树突状细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并构建预后模型	透明细胞肾细胞癌患者的预后特征和免疫治疗效果	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	多个验证集（GSE167573, ICGC, E-MTAB-1980）和组织样本
185	2024-09-17	Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma 2024-Aug-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179182 PMID:39273131	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了青少年硬皮病皮肤病变中的细胞和分子特征	首次利用空间转录组学技术研究青少年硬皮病患者的皮肤病变	研究样本量较小，仅为青少年患者	探究青少年硬皮病的发病机制	青少年硬皮病患者的皮肤病变	数字病理学	硬皮病	空间转录组学	NA	转录组数据	青少年硬皮病患者皮肤病变的病理切片
186	2024-09-17	Interleukin-7 expression by CAR-T cells improves CAR-T cell survival and efficacy in chordoma 2024-Aug-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03756-9 PMID:39093440	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了14个脊索瘤样本，识别出B7-H3和IL-7作为潜在的靶点和增强因子，并评估了B7-H3 CAR-T细胞和表达IL-7的B7-H3 CAR-T细胞的抗肿瘤活性	首次将IL-7表达引入CAR-T细胞，增强了CAR-T细胞的存活和疗效，提供了一种新的双重治疗策略	NA	识别脊索瘤的潜在新型免疫治疗靶点，并通过肿瘤微环境因素增强疗效	脊索瘤样本和CAR-T细胞	NA	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	RNA	14个脊索瘤样本
187	2024-09-17	Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308556 PMID:38810140	研究论文	研究通过肾脏类器官模型揭示WT1突变对足细胞发育的关键调控路径	首次通过单细胞染色质可及性和基因表达图谱，结合CRISPR-Cas9基因编辑技术，揭示了WT1突变对足细胞发育的影响	研究主要集中在WT1突变的影响，未涉及其他可能影响足细胞发育的因素	揭示WT1突变对足细胞发育的表观基因组机制	胎儿肾脏和肾脏类器官中的足细胞发育	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	包括胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞样本，以及来自WT1突变患者的诱导多能干细胞 (iPSCs) 衍生的肾脏类器官
188	2024-09-17	Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404151 PMID:38785168	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了11名原发性膜性肾病（PMN）患者和7名健康个体的肾活检样本，揭示了PMN中足细胞的致病性骨形态发生蛋白-2（BMP2）通路以及免疫细胞的行为	首次通过单细胞RNA测序揭示了PMN中足细胞的BMP2/pSMAD1/COL4通路，并发现了免疫细胞的增强浸润和激活	样本量较小，仅包括11名PMN患者和7名健康个体	揭示原发性膜性肾病（PMN）的病理机制	足细胞和免疫细胞在PMN中的作用	NA	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	11名PMN患者和7名健康个体的肾活检样本
189	2024-09-15	Identifying epithelial-mesenchymal transition-related genes as prognostic biomarkers and therapeutic targets of hepatocellular carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data 2024-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-521 PMID:39262476	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种用于肝细胞癌（HCC）预后预测的新型模型	本研究的创新点在于结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，开发了一种新的肝细胞癌预后预测模型，并揭示了与上皮-间质转化（EMT）相关的基因在HCC进展中的临床意义	本研究的局限性在于仅基于特定的基因表达数据构建模型，未考虑其他可能影响预后的因素	本研究旨在通过整合单细胞和批量RNA测序数据，发现新的肝细胞癌预后生物标志物，并提高预后预测的准确性	本研究的研究对象是肝细胞癌（HCC）患者及其预后相关的基因和临床特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox比例风险模型	基因表达数据	NA
190	2024-09-15	Upregulation of CKS2 in immunosuppressive cells is associated with metastasis and poor prognosis in prostate cancer: a single-cell RNA-sequencing analysis 2024-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-2100 PMID:39262475	研究论文	研究探讨了免疫抑制细胞中CKS2的上调与前列腺癌转移和预后不良的关系	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了CKS2在免疫抑制细胞中的上调与前列腺癌转移和预后不良的关联	研究主要基于GEO数据库的数据，可能存在数据偏差	探究免疫抑制环境如何促进前列腺癌转移并恶化患者预后	前列腺癌患者的免疫抑制细胞和CKS2基因	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
191	2024-09-15	Identifying novel risk genes in intracranial aneurysm by integrating human proteomes and genetics 2024-Aug-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae111 PMID:39084678	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传数据，识别颅内动脉瘤的新风险基因	采用多维高通量数据整合蛋白质组关联研究、转录组关联研究、孟德尔随机化分析和贝叶斯共定位分析，优先筛选出可能增加颅内动脉瘤风险的基因	未发现具有顺式调控血浆蛋白水平的显著基因与颅内动脉瘤相关	识别颅内动脉瘤的新风险基因	颅内动脉瘤的风险基因	生物信息学	脑血管疾病	全基因组关联研究 (GWAS), 蛋白质组关联研究 (PWAS), 转录组关联研究 (TWAS), 孟德尔随机化 (MR), 贝叶斯共定位分析, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 基因集富集分析 (GSEA)	NA	蛋白质组数据, 转录组数据, 基因组数据	NA
192	2024-09-15	Dissection of triple-negative breast cancer microenvironment and identification of potential therapeutic drugs using single-cell RNA sequencing analysis 2024-Aug, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.100975 PMID:39263352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了三阴性乳腺癌的微环境特征，并识别出潜在的治疗药物	首次在单细胞分辨率下解析了三阴性乳腺癌的微环境，并发现了与肿瘤细胞增殖相关的关键细胞亚群和潜在治疗靶点	研究结果主要基于体外实验和动物模型，需要在临床试验中进一步验证	揭示三阴性乳腺癌的微环境特征，并寻找潜在的治疗药物	三阴性乳腺癌的肿瘤微环境和潜在治疗靶点	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括肿瘤和健康乳腺组织样本
193	2024-09-14	MDK promotes M2 macrophage polarization to remodel the tumour microenvironment in clear cell renal cell carcinoma 2024-08-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-69183-z PMID:39107475	研究论文	研究探讨了MDK基因在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境（TME）中的作用，特别是其对M2巨噬细胞极化的影响	首次揭示了MDK在免疫抑制性肿瘤微环境中的关键作用，并开发了一个基于独特细胞信号分子的预后模型	研究主要基于公开数据集，未来需要进一步的实验验证	探索透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境异质性，并开发新的预后模型以优化免疫治疗	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境及其免疫调控网络	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）和体细胞突变数据分析	NA	基因表达数据	使用了公开的ccRCC数据集，包括TCGA和CheckMate队列的数据
194	2024-09-14	Scanorama: integrating large and diverse single-cell transcriptomic datasets 2024-Aug, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-00991-3 PMID:38844552	研究论文	本文介绍了一种名为Scanorama的方法，用于整合来自不同实验、实验室和技术的单细胞转录组数据，以提高数据质量和解释性	Scanorama解决了由于样本准备、测序深度和实验批次差异引入的技术变异问题，提供了一种有效的整合方法	需要对细胞生物学、转录组技术和生物信息学有基本了解	开发一种方法来整合多样化的单细胞转录组数据，以揭示重要的生物学见解	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	多个实验、实验室和技术的数据
195	2024-09-13	The microenvironmental factors induced invasive tumor cells in glioblastoma 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35770 PMID:39253204	研究论文	研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）细胞在肿瘤微环境（TME）影响下的侵袭性转变机制	揭示了肿瘤微环境中的OSMR和LIFR表达与GBM细胞侵袭性之间的关系	研究主要集中在体外实验，缺乏临床数据支持	探究肿瘤微环境如何调节胶质母细胞瘤细胞的侵袭性	胶质母细胞瘤细胞及其微环境中的OSMR和LIFR表达	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
196	2024-09-13	Isogenic patient-derived organoids reveal early neurodevelopmental defects in spinal muscular atrophy initiation 2024-Aug-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101659 PMID:39067446	研究论文	研究使用同基因患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）模型和脊髓类器官（SCO）系统，揭示脊髓性肌萎缩症（SMA）早期神经发育缺陷	首次使用同基因患者来源的iPSC模型和脊髓类器官系统，揭示SMA早期神经发育缺陷，并发现SMN2-to-SMN1转换不能完全逆转这些发育异常	研究仅限于脊髓类器官模型，未涉及其他器官或组织，且未评估所有患者的治疗效果	探讨脊髓性肌萎缩症早期神经发育缺陷及其对后期神经元退化的影响	脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官	数字病理学	神经肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官
197	2024-09-13	Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics 2024-Aug-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100831 PMID:39111312	研究论文	本文介绍了一种名为Nova-ST的纳米图案化超密集平台，用于空间转录组学	Nova-ST技术基于随机条码的Illumina测序流动池，实现了定制化、低成本、灵活且高分辨率的大组织切片空间分析	NA	开发一种新的空间转录组学技术，以解决现有技术在捕获阵列密度或成本上的限制	小鼠脑切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠脑切片
198	2024-09-13	Precise detection of cell-type-specific domains in spatial transcriptomics 2024-Aug-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100841 PMID:39127046	研究论文	本文提出了一种名为De-spot的方法，用于在空间转录组学中精确检测低比例细胞类型的特异性域	De-spot整合了分割和反卷积技术，能够生成细胞类型模式，检测低比例细胞类型的特异性域，并直观地展示这些域	NA	开发一种新的计算方法，用于在空间转录组学中精确检测细胞类型的特异性域	空间转录组学中的细胞类型特异性域	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
199	2024-09-13	SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae458 PMID:39051702	研究论文	介绍了一种名为SpatialQC的自动化质量控制管道，用于空间转录组数据的质量控制	SpatialQC是首个专门用于空间转录组数据的一站式质量控制工具，能够生成全面的QC报告并交互式地生成干净的数据	NA	开发一种自动化工具，用于空间转录组数据的质量控制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
200	2024-09-13	Interaction between microglial cells and CD1C+ B dendritic cells leads to CD8+ T cells depletion during the early stages of renal clear cell carcinoma 2024-Aug-02, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038691 PMID:39093774	研究论文	研究肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响	首次揭示了肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用导致CD8+ T细胞耗竭的机制	研究仅基于GEO数据库的scRNA-seq数据，未进行体内实验验证	探讨肾透明细胞癌早期阶段肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用及其对免疫治疗的影响	肾透明细胞癌中的微胶质细胞、CD1C+ B树突状细胞和CD8+ T细胞	NA	肾癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肿瘤组织和外周血样本中的免疫细胞