单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 532 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-09-20	Implications of PD-L1 expression on the immune microenvironment in HER2-positive gastric cancer 2024-08-20, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02085-w PMID:39164705	研究论文	该研究探讨了HER2阳性胃癌中PD-L1表达（CPS评分）对免疫微环境的影响，发现CPS≥1患者免疫细胞空间有效评分更高，且存在与不良预后相关的CXCR4M2巨噬细胞亚型	发现了CPS<1亚型中以CXCR4M2巨噬细胞为标志的亚群，该亚群与不良预后相关，且在接受抗HER2治疗获益后其比例和表达降低	真实世界队列中CPS<1患者样本量有限（106例），单细胞测序样本量较小（8例），需要更大规模研究验证	研究HER2阳性胃癌中PD-L1表达（CPS评分）与免疫微环境的关系，解释为何CPS≥1患者对抗PD-1/PD-L1治疗反应更好	HER2阳性胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	图像、文本	106例HER2阳性CPS<1患者（真实世界队列），160例HER2阳性患者（肿瘤微环境分析），8例HER2阳性个体（单细胞测序）	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
2	2026-09-20	Genome-wide CRISPR screening identifies tyrosylprotein sulfotransferase-2 as a target for augmenting anti-PD1 efficacy 2024-08-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02068-x PMID:39095793	研究论文	该研究通过全基因组CRISPR筛选发现酪氨酰蛋白磺基转移酶-2（TPST2）是增强抗PD1疗效的潜在靶点，并揭示其通过磺酸化IFNγ受体1抑制IFNγ信号通路的机制	首次通过体内全基因组CRISPR功能缺失筛选鉴定TPST2为抗PD1治疗疗效的增强靶点，发现TPST2通过磺酸化IFNγ受体1的Y397残基抑制IFNγ信号传导和抗原呈递，提出TPST2作为癌症免疫抑制因子的新角色	研究主要基于小鼠同源肿瘤模型和人源化小鼠模型，尚需进一步临床验证；TPST2抑制剂的开发及其在人体中的安全性和有效性有待探索	探索影响抗PD1治疗应答的肿瘤细胞内在因素，并阐明其分子机制	人源化小鼠模型、小鼠同源肿瘤模型、癌症细胞系	机器学习	肺癌	全基因组CRISPR功能缺失筛选，RNA-seq，单细胞RNA-seq，免疫共沉淀，质谱	NA	文本，图像	NA	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
3	2026-09-20	Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts 2024-08-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02062-3 PMID:39095854	研究论文	通过对52个单细胞RNA测序和5个空间转录组数据的整合分析，建立了肝细胞癌恶性细胞的异质性图谱，并揭示了促转移亚型及其与成纤维细胞的相互作用环路。	首次在单细胞水平上建立了肝细胞癌恶性细胞的异质性图谱，鉴定出三种肿瘤细胞亚型（ARG1+代谢亚型、TOP2A+增殖表型、S100A6+促转移亚型），并揭示了EMT亚型通过SPP1-CD44和CCN2/TGF-β-TGFBR1相互作用对与成纤维细胞形成正反馈环路，抑制CCN2可破坏该环路并抑制转移。	摘要中未明确提及研究的局限性。	解析肝细胞癌在细胞水平上的异质性，鉴定促转移亚型，并探索其与成纤维细胞的相互作用机制，为抗转移治疗提供新策略。	肝细胞癌肿瘤细胞及成纤维细胞。	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组数据	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	NA
4	2026-09-16	TLR9 activation in large wound induces tissue repair and hair follicle regeneration via γδT cells 2024-08-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06994-y PMID:39153998	研究论文	本文利用小鼠伤口诱导毛发新生模型，结合单细胞RNA测序等多模态分析，揭示TLR9通过促进γδT细胞迁移来感知损伤并调控组织修复与毛囊再生的机制	首次揭示TLR9在感知皮肤损伤中的新作用，发现TLR9通过调控γδT细胞迁移影响组织修复和再生，并鉴定出TLR9-γδT细胞-AREG轴作为促进组织再生的新潜在靶点	研究主要基于小鼠WIHN模型，尚未在人类皮肤中得到验证，TLR9-γδT细胞-AREG轴在临床转化中的应用仍需进一步研究	探究损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，揭示TLR9在皮肤损伤感知和组织修复再生中的作用机制	成年小鼠伤口诱导毛发新生（WIHN）模型中的皮肤伤口组织	单细胞组学	皮肤损伤	单细胞RNA测序	NA	图像, 文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
5	2026-09-16	Integrative single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics analyses reveal diverse apoptosis-related gene expression profiles in EGFR-mutated lung cancer 2024-08-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06940-y PMID:39122703	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了EGFR突变肺癌中凋亡相关基因表达谱的异质性，并发现BCL2L1/BCL-XL在EGFR-TKI耐药中起关键作用	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统分析EGFR突变肺癌中凋亡相关基因（特别是BCL-2和IAP家族）在EGFR-TKI耐药过程中的表达变化，发现BCL2L1在肿瘤细胞中特异性高表达，且其遗传消融和药理抑制可克服或延缓EGFR-TKI耐药	摘要中未明确提及研究局限性	探究EGFR突变肺癌中凋亡相关基因表达如何随EGFR-TKI耐药的出现而改变	EGFR突变肺癌细胞系、EGFR突变肺癌患者样本、EGFR驱动肺癌转基因小鼠标本	数字病理学, 机器学习	肺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	图像, 文本	EGFR突变肺癌细胞系、EGFR突变肺癌患者样本及EGFR驱动肺癌转基因小鼠标本（具体数量未在摘要中说明）	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
6	2026-09-16	ResSAT: Enhancing Spatial Transcriptomics Prediction from H&E- Stained Histology Images with Interactive Spot Transformer 2024-Aug-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4707959/v1 PMID:39149477	研究论文	提出ResSAT框架，利用残差网络和自注意力Transformer从H&E染色组织学图像中预测空间基因表达谱	首次将残差网络与自注意力Transformer结合用于空间转录组学预测，通过自注意力机制捕捉空间关系，显著提升预测性能	仅在10x Visium数据集上进行了基准测试，未在其他空间转录组学平台上验证	从H&E染色图像中生成空间分辨的基因表达谱，降低空间转录组学分析成本	H&E染色组织学图像及对应的空间转录组学数据	计算机视觉, 数字病理学	NA	空间转录组学	ResNet, Transformer, 自注意力机制	图像	NA	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	NA
7	2026-09-09	Microenvironment T-Type calcium channels regulate neuronal and glial processes to promote glioblastoma growth 2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.22.609229 PMID:39229003	研究论文	本研究探讨了微环境T型钙通道通过调控神经元和胶质细胞过程促进胶质母细胞瘤生长的机制	首次揭示微环境Cav3.2在胶质母细胞瘤生长中的促进作用，并发现其通过调节神经元和胶质细胞生物学过程及OPC细胞状态相关基因来影响肿瘤	摘要中未提及明确的局限性	阐明微环境和内在T型钙通道在胶质母细胞瘤生长和进展中的调节作用	小鼠胶质母细胞瘤细胞、Cav3.2敲除小鼠、神经元、胶质母细胞瘤干细胞	神经肿瘤学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞共培养	NA	基因表达数据、细胞图像	未明确样本数量，涉及小鼠模型和细胞培养实验	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
8	2026-09-09	Integrated bioinformatics analysis and experimental validation reveal the relationship between ALOX5AP and the prognosis and immune microenvironment in glioma 2024-08-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01991-8 PMID:39169376	研究论文	本研究整合生物信息学分析与实验验证，探讨ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与预后和免疫微环境的关系	首次揭示ALOX5AP高表达于M2巨噬细胞并与胶质瘤不良预后及免疫治疗反应差相关	未提及	评估ALOX5AP在胶质瘤中的预后价值及其与免疫微环境的关联	胶质瘤患者样本及公共数据库数据	生物信息学	胶质瘤	多重免疫荧光染色、组织微阵列、单细胞RNA测序	Cox比例风险回归、CIBERSORT、ESTIMATE	基因表达数据、临床数据、组织样本	未明确	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
9	2026-09-08	circADAMTS6 via stabilizing CAMK2A is involved in smoking-induced emphysema through driving M2 macrophage polarization 2024-08, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108832 PMID:38936066	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了circADAMTS6通过稳定CAMK2A mRNA促进M2巨噬细胞极化，从而参与吸烟诱导的肺气肿发病的机制	首次阐明circADAMTS6通过形成RNA-蛋白质三元复合物稳定CAMK2A mRNA的分子机制，并证明其在吸烟相关肺气肿中促进M2巨噬细胞极化的新功能	未提及：可能需要更多临床样本验证circADAMTS6作为生物标志物的特异性	探究吸烟诱导肺气肿中circADAMTS6促进M2巨噬细胞极化的分子机制及其作为诊断和治疗靶点的潜力	人类和小鼠的肺组织、巨噬细胞、肺类器官模型	数字病理学	肺气肿（慢性阻塞性肺疾病）	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类和小鼠肺组织样本，具体数量未提及	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'转录组测序
10	2026-09-03	Blockade of Discoidin Domain Receptor Signaling with Sitravatinib Reveals DDR2 as a Mediator of Neuroblastoma Pathogenesis and Metastasis 2024-08-01, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0741 PMID:38670553	研究论文	本研究探讨了多激酶抑制剂西曲伐替尼在神经母细胞瘤中的作用，揭示了DDR2作为肿瘤生长和转移驱动因子的新功能	首次发现DDR2在神经母细胞瘤中的驱动作用，并证实西曲伐替尼通过靶向DDR2抑制肿瘤生长和转移	研究未提供西曲伐替尼在人体临床试验中的安全性和有效性数据	评估西曲伐替尼对神经母细胞瘤的治疗效果，并探究DDR2在肿瘤发病和转移中的机制	神经母细胞瘤细胞系、原位异种移植模型和Th-MYCN转基因小鼠模型	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞测序	CNN	图像	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
11	2026-09-02	ScRNA-seq revealed the tumor microenvironment heterogeneity related to the occurrence and metastasis in upper urinary tract urothelial carcinoma 2024-08, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00779-3 PMID:38877164	研究论文	通过单细胞转录组测序分析上尿路尿路上皮癌（UTUC）的正常组织、原发肿瘤和淋巴转移灶，揭示肿瘤微环境异质性及其在发生和转移中的作用	首次利用单细胞转录组测序揭示UTUC肿瘤微环境中不存在免疫抑制现象，并强调基质细胞在肿瘤进展中的关键作用	样本量较小，仅包含3例高级别UTUC患者，可能限制结果的普适性	探索UTUC发生和转移的分子和细胞机制，寻找诊断和治疗靶点	3例高级别UTUC患者的正常组织、原发肿瘤和淋巴转移样本	单细胞转录组学	上尿路尿路上皮癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	28,315个细胞，来自3例患者的正常和肿瘤组织	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
12	2026-09-01	ZEB1-mediated fibroblast polarization controls inflammation and sensitivity to immunotherapy in colorectal cancer 2024-08, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00186-7 PMID:38937629	研究论文	本研究揭示ZEB1在结直肠癌相关成纤维细胞中的极化作用，调控炎症、免疫微环境及免疫治疗敏感性	首次阐明ZEB1在CAF中的特定角色，通过单细胞转录组学揭示其调控CAF极化，影响CD8+ T细胞浸润和免疫检查点抑制效果，提出靶向CAF中ZEB1作为免疫治疗增敏策略	研究主要基于小鼠模型，人类CRC中的ZEB1功能需进一步验证	探究ZEB1在结直肠癌相关成纤维细胞中对肿瘤炎症、免疫微环境和免疫治疗反应的影响	结直肠癌小鼠模型及肿瘤相关成纤维细胞	机器学习	结直肠癌	单细胞RNA测序、组织学分析、体外建模	NA	基因表达数据、组织图像	小鼠模型及体外细胞培养样本，具体数量未提供	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'转录组测序
13	2026-09-01	Bioengineered human colon organoids with in vivo-like cellular complexity and function 2024-08-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.05.007 PMID:38876106	研究论文	本研究开发了名为“迷你结肠”的高级人类结肠类器官模型，该模型结合了类器官和器官芯片技术，以实现在体外模拟体内肠道组织的复杂性、细胞多样性和功能成熟度	通过不对称生长因子刺激，显著提高了组织长期存活能力，并复制了体内样增殖和分化细胞类型的多样性，实现了类器官成熟，包含丰富的黏液分泌杯状细胞和功能性结肠细胞	摘要中未明确提及局限性	开发一种能更接近真实体内环境的人类结肠类器官模型，用于研究肠道生理和病理，并作为药物安全性评估的临床前模型	人类结肠和小肠组织来源的类器官	组织工程和类器官技术	NA	类器官培养, 单细胞RNA测序	类器官模型	生物组织样本, 单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
14	2026-08-27	Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics 2024-08-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100831 PMID:39111312	研究论文	介绍Nova-ST，一种基于纳米图案化超密集平台的空间转录组学技术，利用随机条形码的Illumina测序流动槽，实现低成本、高分辨率的大组织切片空间基因表达分析。	Nova-ST利用纳米图案化的高密度捕获阵列，显著提高了空间转录组学的灵敏度和分辨率，同时降低了成本，支持大规模组织图谱绘制。	摘要中未明确提及局限性。	开发一种高密度、低成本、灵活的空间转录组学技术，以提高大组织切片的空间分析性能。	小鼠脑组织切片。	空间转录组学	不适用	空间转录组学	不适用	空间基因表达数据	小鼠脑组织切片（具体数量未提供）	Illumina	空间转录组学	Illumina测序流动槽	随机条形码的Illumina测序流动槽，用于纳米图案化阵列
15	2026-08-27	Precise detection of cell-type-specific domains in spatial transcriptomics 2024-08-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100841 PMID:39127046	研究论文	提出了De-spot方法，用于在空间转录组学中精确检测细胞类型特异性结构域，特别是低比例细胞类型	通过集成分割与去卷积生成细胞类型模式，能检测低比例细胞类型特异性结构域，并直观展示这些结构域	摘要未提及局限性	开发一种计算方法以精确检测空间转录组中的细胞类型特异性结构域	空间转录组组织切片中的细胞类型特异性结构域，例如癌症相关成纤维细胞与免疫细胞共定位区域及T细胞特异性结构域	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组学（SRT）	集成方法（分割与去卷积）	空间转录组数据	未明确提及样本数量	NA	空间转录组学	NA	NA
16	2026-08-26	Isogenic patient-derived organoids reveal early neurodevelopmental defects in spinal muscular atrophy initiation 2024-08-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101659 PMID:39067446	研究论文	本研究利用同基因患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官模型，揭示脊髓性肌萎缩症早期神经发育缺陷及其对后期运动神经元变性的影响	首次报道同基因患者来源的iPSC模型和脊髓类器官系统，揭示SMA早期神经发育异常，并发现SMN2向SMN1转换不能完全逆转这些发育缺陷	研究未完全覆盖SMA病理的全部机制，且SMN增加干预可能无法完全修正所有患者的病理	探究神经发育缺陷是否构成脊髓性肌萎缩症发病的早期机制	脊髓性肌萎缩症的脊髓类器官及早期小鼠胚胎	数字病理学	脊髓性肌萎缩症	单细胞RNA测序	类器官模型	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
17	2026-08-25	Reconstruction of single-cell lineage trajectories and identification of diversity in fates during the epithelial-to-mesenchymal transition 2024-08-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406842121 PMID:39093947	研究论文	本研究采用最优传输分析重建了TGF-β诱导MCF10A细胞系上皮间质转化过程中的单细胞谱系轨迹，并识别了不同细胞命运的多样性。	利用最优传输分析在无需牺牲细胞的情况下重建EMT过程中的过去轨迹，精确识别了低EMT、部分EMT和高EMT三种不同轨迹，并精确定位了关键基因（如JUN、FOS、MYC等）在不同轨迹早期阶段的差异表达时间点。	摘要中未明确提及局限性。	探究上皮间质转化过程中早期细胞状态如何分化成不同命运轨迹的精确时间和机制。	TGF-β诱导的MCF10A细胞系中的细胞状态和命运轨迹。	机器学习	NA	单细胞RNA测序	最优传输	单细胞基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
18	2026-08-24	Endothelial cell diversity: the many facets of the crystal 2024-08, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.16660 PMID:36266750	综述	本文综述了内皮细胞在不同器官和病理条件下的分子异质性，探讨其多样性及其功能意义	利用单细胞RNA测序、谱系追踪和交叉遗传学等先进技术，全面揭示了内皮细胞在时间和空间上的分子与功能异质性，突破了传统对内皮细胞仅具有交换功能的认知	未提及具体局限性	阐明内皮细胞在不同器官和血管床中的分子异质性及其在生理和病理条件下的作用	内皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、谱系追踪、交叉遗传学	NA	基因表达数据、表观基因组数据、蛋白质组数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
19	2026-08-23	STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics 2024-08-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51728-5 PMID:39214995	研究论文	提出STIE算法，基于原位捕获空间转录组数据，通过整合组织学图像核形态实现单细胞水平的解卷积、卷积和聚类	首次实现原位捕获空间转录组数据在单细胞水平的全切片尺度分析，通过期望最大化算法对齐转录组与组织学图像，并恢复约70%间隙区域的缺失细胞	未在摘要中明确提及局限性	实现原位捕获空间转录组数据的单细胞水平分析，提高细胞类型特异基因表达推断的准确性，并揭示单细胞水平的空间生物学见解	原位捕获空间转录组数据及其匹配的组织学图像	生物信息学	NA	空间转录组学	期望最大化算法	空间转录组数据和组织学图像	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
20	2026-08-22	The neocortical infrastructure for language involves region-specific patterns of laminar gene expression 2024-08-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401687121 PMID:39133845	研究论文	本研究通过空间转录组学分析人类语言网络核心区域的层状基因表达模式，并整合单细胞数据识别出额叶和颞叶皮层间差异表达的基因	首次将空间转录组学应用于语言网络皮层区域，揭示区域特异性层状基因表达模式，并连接遗传变异与语言相关疾病	样本来自死后组织，可能受死后间隔影响，且空间分辨率有限	探究人类语言网络皮层区域的功能特化和连接性的分子基础	人类死后脑组织中额叶和颞叶语言皮层组织样本	空间转录组学	阅读障碍, 精神分裂症	空间转录组学, 单细胞表达数据整合	NA	基因表达数据, 遗传变异数据	未明确样本数量，涉及死后皮层组织样本	NA	空间转录组学	NA	NA