单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing 2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608852 PMID:39229107	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术检测人类结核肉芽肿细胞中结核分枝杆菌的RNA转录本及其序列变异	首次在临床样本中系统检测并分析结核分枝杆菌rRNA序列变异，提出其可能作为细菌适应宿主环境的机制	研究仅基于医院病理实验室确认的结核感染患者样本，变异机制尚属假设需进一步验证	探索结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的转录特征和序列变异模式	来自巴布亚新几内亚莫尔兹比港总医院结核病诊所患者的细针穿刺样本	传染病基因组学	结核病	单细胞RNA测序（10X Genomics），酸镜显微镜，GeneXpert分析	NA	RNA测序数据	经医院病理实验室确认的结核感染患者临床样本（具体数量未说明）
2	2025-09-12	Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling 2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610447 PMID:39257811	研究论文	研究发现慢性社交挫败应激通过I型干扰素信号通路诱导小鼠脑膜中性粒细胞增多	首次揭示I型干扰素信号通路在脑膜中性粒细胞招募中的介导作用，并证明阻断该通路可缓解应激相关行为症状	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证	探究慢性应激诱导脑膜免疫反应的机制及其与应激相关障碍的关联	小鼠模型	神经免疫学	应激相关障碍	细胞计数术、免疫组化、全组织透明化、单细胞测序	NA	细胞图像、基因表达数据	NA
3	2025-09-01	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	研究论文	通过单细胞多模态分析揭示心血管疾病风险状态下单核细胞的异质性和功能亚群	首次结合CITE-seq和scRNA-seq技术对超过43万单核细胞进行高维多模态分析，识别出多个功能独特的亚群并验证其存在	NA	解析单核细胞在心血管疾病风险状态下的转录组和表型景观	人类和小鼠模型的单核细胞	单细胞组学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞
4	2025-08-31	METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics 2024-Aug-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51708-9 PMID:39181865	研究论文	提出一种整合细胞形态和空间转录组学的端到端框架METI，用于深度分析肿瘤生态系统	首次将空间转录组学、细胞形态学和基因特征整合，无需匹配单细胞RNA测序数据即可分析肿瘤微环境	NA	开发能够增强对肿瘤微环境中分子景观和细胞相互作用理解的分析工具	胃癌、肺癌、膀胱癌等肿瘤组织及癌前组织	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	端到端框架	空间转录组数据、细胞形态数据	多种肿瘤组织样本（包括胃癌、肺癌、膀胱癌及癌前组织）
5	2025-08-29	Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction 2024-Aug-27, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065005 PMID:39186525	研究论文	本研究开发了一种通过吸入方式递送干细胞外泌体的非侵入性方法（SCENT），用于促进心肌梗死后的心脏修复	首次提出吸入式外泌体递送方法，并发现内皮细胞CD36敲除通过调节能量代谢改善心脏功能的新机制	研究主要基于动物模型（小鼠和猪），尚未进行人体临床试验	开发一种非侵入性、可重复的心脏修复治疗方法，并探索其作用机制	心肌梗死模型小鼠（C57BL/6）和猪	再生医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、心脏磁共振成像、超声心动图	动物疾病模型（小鼠和猪心肌梗死模型）	影像数据、测序数据、组织学数据	小鼠和猪心肌梗死模型，治疗组连续7天接受外泌体吸入治疗
6	2025-08-29	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-08-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠后脑Atoh1谱系神经元的命运决定机制和多样性	首次提供了Atoh1谱系神经元的高分辨率转录组图谱，发现了增殖性单极刷细胞前体细胞群，并证实了其在髓母细胞瘤亚型起源中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	解析Atoh1转录因子在后脑神经元发育中的命运决定机制和细胞多样性	发育中小鼠后脑的Atoh1谱系神经元	单细胞组学	脑肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATOH1 DNA结合分析	NA	单细胞转录组数据, DNA结合数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元单细胞样本
7	2025-08-11	Cellular dynamics in pig-to-human kidney xenotransplantation 2024-Aug-09, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.05.003 PMID:38776915	研究论文	通过单细胞RNA测序和纵向RNA测序分析，研究猪到人肾脏异种移植中的细胞动态和免疫反应	首次使用单细胞RNA测序和纵向RNA测序技术，详细描述了猪到人肾脏异种移植过程中的细胞动态变化和免疫反应	研究仅基于两例异种移植案例，样本量较小	优化异种移植的基因编辑和免疫抑制方案，以解决器官捐赠短缺问题	猪肾脏和接受异种移植的人类患者的PBMCs	生物医学工程	器官移植	scRNA-seq, 纵向RNA-seq	NA	RNA测序数据	两例猪到人肾脏异种移植案例
8	2025-08-11	B cells expressing mutated IGHV1-69-encoded antigen receptors related to virus neutralization show lymphoma-like transcriptomes in patients with chronic HCV infection 2024-08-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000503 PMID:39082968	研究论文	该研究探讨了慢性HCV感染中B细胞表达与病毒中和相关的突变抗原受体，并揭示了这些细胞在患者中表现出类似淋巴瘤的转录组特征	发现慢性HCV感染患者中携带特定突变的B细胞表现出类似淋巴瘤的转录组特征，并揭示了这些细胞在病毒清除后仍持续存在的机制	研究主要基于体外模型和转录组分析，未直接证明这些细胞在体内导致淋巴瘤的发生	探究慢性HCV感染与B细胞异常及淋巴瘤风险增加的机制	慢性HCV感染患者和病毒清除后患者的B细胞	免疫学	HCV感染	BCR测序、单细胞RNA测序	TKO模型	测序数据	慢性HCV感染患者和病毒清除后患者的样本
9	2025-08-10	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的发展	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现其通过调节OCT4和KLF4活性影响细胞命运，为冠状动脉疾病治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，人类数据验证相对有限	探究Epsins蛋白在平滑肌细胞重编程中的作用及其与冠状动脉疾病的关系	平滑肌细胞	分子生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据	小鼠动脉粥样硬化斑块样本和人类冠状动脉疾病相关数据
10	2025-08-10	Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005 PMID:38925112	研究论文	介绍了一种名为CPA-Perturb-seq的多重扰动筛选数据集，用于研究42个CPA调节因子对多聚腺苷酸化位点选择的影响	开发了CPA-Perturb-seq数据集和APARENT-Perturb深度神经网络，用于预测和解析多聚腺苷酸化位点的调控机制	未提及具体样本量或实验验证的局限性	理解多聚腺苷酸化调节蛋白如何控制多聚腺苷酸化位点的选择	42个CPA调节因子及其对多聚腺苷酸化位点选择的影响	生物信息学	NA	3' scRNA-seq	深度神经网络（APARENT-Perturb）	单细胞RNA测序数据	NA
11	2025-08-09	[Ionizing radiation-induced damage (IRD) to and repair mechanisms of the male reproductive system: Report of testicular function changes in a case of IRD] 2024-Aug, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40778793	research paper	研究电离辐射对睾丸结构和功能的影响，并提供预防和治疗辐射损伤的策略	使用单细胞转录组测序技术分析电离辐射对睾丸细胞功能的影响，并探索通过改善脂质代谢来减轻辐射损伤	研究仅基于一个病例和小鼠模型，样本量较小	探讨电离辐射对男性生殖系统的损伤机制及修复策略	睾丸结构和功能、精子、激素水平、Leydig细胞和巨噬细胞	生殖医学	辐射损伤	辐射剂量模拟、精液分析、激素检测、电子显微镜、单细胞转录组测序	小鼠模型	生物医学数据	一个病例和小鼠模型
12	2025-08-08	Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors 2024-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773 PMID:39044395	研究论文	本文介绍了一种高灵敏度的多重microRNA空间分析方法及其在小鼠乳腺肿瘤中的应用	开发了一种结合滚环扩增(RCA)和双扫描方法的高灵敏度空间检测技术，能够同时定量检测7种microRNA，并具有较大的动态范围(4个数量级)和极低的检测限(0.17 zeptomoles)	目前仅在小鼠乳腺肿瘤中进行了应用验证，尚未在人类临床样本中进行测试	开发高灵敏度的空间microRNA检测方法，以获取更多样本信息	小鼠乳腺肿瘤中的microRNA	数字病理学	乳腺癌	滚环扩增(RCA), 空间转录组学	NA	空间转录组数据	小鼠乳腺肿瘤样本(具体数量未明确说明)
13	2025-08-06	Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.21.609013 PMID:39229208	研究论文	研究揭示了迷走神经TRPV1+感觉神经元通过调控髓系细胞动态和免疫病理反应，保护宿主免受流感病毒感染的机制	首次明确了迷走神经TRPV1+伤害性感受神经元在肺部抗病毒防御中的具体作用机制，特别是其对髓系细胞反应和免疫病理的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究迷走神经TRPV1+感觉神经元在流感病毒感染中的保护机制	小鼠模型中的迷走神经TRPV1+感觉神经元和髓系细胞	免疫学	流感	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
14	2025-08-04	Basophils Play a Protective Role in the Recovery of Skin Barrier Function from Mechanical Injury in Mice 2024-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.024 PMID:38286187	研究论文	本研究探讨了嗜碱性粒细胞在小鼠皮肤机械损伤后屏障功能恢复中的保护作用	揭示了嗜碱性粒细胞通过下调Il17a表达对抗IL-17A对皮肤屏障功能恢复的负面影响的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中得到验证	探究皮肤机械损伤后屏障功能恢复的分子机制	小鼠皮肤机械损伤模型	免疫学	皮肤损伤	单细胞RNA测序、流式细胞术	动物模型	基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明小鼠数量
15	2025-08-04	Spock2 Functions as a Key Time-Series Gene of Endothelial Cells in Sepsis-Induced Cardiomyopathy 2024-Aug-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/FJC.0000000000001577 PMID:39115722	研究论文	本研究探讨了脓毒症诱导的心肌病中内皮细胞的关键时间序列基因Spock2的功能	通过时间序列分析和单细胞测序数据，鉴定了内皮细胞特异性时间依赖性差异表达基因Spock2，并验证了其在脓毒症中的保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证不足	研究脓毒症诱导的心肌病的发病机制	脓毒症小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	分子生物学	心血管疾病	转录组分析、单细胞测序、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	GSE171546和GSE207363数据集中的小鼠样本和人脐静脉内皮细胞
16	2025-08-03	Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC PMID:38568479	研究论文	本研究利用数字空间转录组学技术，识别了肺动脉高压中血管病变的独特分子特征	首次在IPAH血管病变中发现了与TGF-β信号、细胞外基质和内皮-间质转化相关的差异表达基因	样本量较小（IPAH肺11例，对照肺动脉5例）	探究特发性肺动脉高压(IPAH)血管病变的分子特征	IPAH患者的肺血管病变（丛状病变、闭塞性病变等）与对照肺动脉	数字病理	肺动脉高压	数字空间转录组学	NA	转录组数据	IPAH肺11例，对照肺动脉5例
17	2025-08-03	Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling 2024-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103151 PMID:38823314	综述	探讨系统生物学和单细胞测序技术在识别候选基因以协调植物生长和发育中的作用	结合系统生物学和单细胞测序技术，探索候选基因和通路模块的序列-功能空间，以推进育种和基因工程策略	基因网络的复杂性和多效性增加了确定特定基因和通路功能的难度	通过工程植物激素信号协调植物生长、发育和环境响应	植物基因网络和通路	合成生物学	NA	CRISPR, 单细胞测序	NA	基因序列数据	NA
18	2025-08-03	Synovial 5-Lipoxygenase-Derived Oxylipins Define a Lympho-Myeloid-Enriched Synovium 2024-Aug, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42848 PMID:38508862	研究论文	本研究探讨了炎症关节中滑膜氧脂与血浆氧脂的相关性，及其与滑膜组织学模式的关系	首次揭示了滑膜5-脂氧合酶衍生的氧脂在淋巴-骨髓富集滑膜中的高表达特征	样本量较小（32例滑膜组织和26例配对血浆样本），且仅针对特定关节炎患者	确定炎症关节中滑膜氧脂是否与血浆氧脂及滑膜组织学模式相关	类风湿性关节炎和银屑病关节炎患者的滑膜组织和血浆样本	生物医学研究	类风湿性关节炎/银屑病关节炎	液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS），单细胞RNA测序	NA	生物分子数据（氧脂水平），基因表达数据	32例滑膜组织和26例配对血浆样本
19	2025-08-03	Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension 2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005 PMID:38841857	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的血管细胞转录组变化，揭示血管生成和动脉重塑的分子机制	识别出两种在系统性硬化症相关肺动脉高压肺中显著扩增的血管生成内皮细胞亚型，并揭示了相关的信号通路和转录调控网络	样本量相对较小，特别是特发性肺动脉高压组仅有3例样本	阐明系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的细胞分子机制	系统性硬化症相关肺动脉高压患者、特发性肺动脉高压患者和健康对照的肺组织血管细胞	分子生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、组织图像数据	16例系统性硬化症相关肺动脉高压患者、3例特发性肺动脉高压患者和15例健康对照的肺组织样本
20	2025-08-03	Expression of L1 Cell Adhesion Molecule, a Nephronal Principal Cell Marker, in Nephrogenic Adenoma 2024-Aug, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100540 PMID:38901674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，提出L1细胞粘附分子（L1CAM）作为肾源性腺瘤（NA）的潜在生物标志物，并探索其在诊断中的应用	首次利用单细胞RNA测序技术提名L1CAM作为NA的生物标志物，并发现其在所有NA样本中均呈阳性表达，而在其他泌尿系统组织中为阴性	研究样本量较小（35例NA患者样本），且未涉及NA与其他类似病变的广泛比较	探索肾源性腺瘤的潜在细胞起源和特异性生物标志物，以辅助病理诊断	肾源性腺瘤（NA）患者样本及正常泌尿系统组织	数字病理	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	35例NA患者样本及对照组织