单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	research paper	该研究通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮中的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料学	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
2	2025-03-27	PanIN and CAF transitions in pancreatic carcinogenesis revealed with spatial data integration 2024-Aug-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.07.001 PMID:39116880	研究论文	本研究介绍了一种新的成像、空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序整合流程，用于描述肿瘤发生过程中的肿瘤细胞状态转变	开发了一种半监督学习框架，用于空间多组学分析，以揭示胰腺癌前病变（PanINs）向胰腺导管腺癌（PDAC）转变过程中的细胞状态变化和微环境动态	研究依赖于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，这可能限制了单细胞水平上对人类PanINs及其微环境的全面表征	解析胰腺癌前病变向恶性肿瘤转变过程中的细胞状态和微环境变化	胰腺癌前病变（低级别和高级别PanINs）及其微环境中的细胞	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序、高维成像蛋白质组学	半监督学习框架	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、成像蛋白质组数据	一组匹配的低级别和高级别PanIN病变样本
3	2025-03-27	BAG6 restricts pancreatic cancer progression by suppressing the release of IL33-presenting extracellular vesicles and the activation of mast cells 2024-Aug, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01195-1 PMID:38942797	研究论文	本研究揭示了BAG6通过抑制携带IL33的细胞外囊泡释放和肥大细胞激活来限制胰腺癌进展的机制	首次发现BAG6在胰腺癌中的肿瘤抑制功能，揭示了BAG6缺陷通过EV相关IL33激活肥大细胞促进肿瘤生长的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究BAG6在胰腺癌进展中的作用机制	胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型、人类类器官和患者样本	肿瘤微环境研究	胰腺癌	Cre/LoxP报告系统、单细胞RNA测序	小鼠PDAC模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型、人类类器官和患者样本
4	2025-03-23	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-associated platelet bias are evolutionarily conserved 2024-08-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3469 PMID:39178276	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，研究了人类骨髓造血干细胞（HSCs）的功能和转录谱系偏向性，特别是血小板偏向性HSCs及其在衰老过程中的变化	首次在人类骨髓HSCs中证实了功能和转录谱系偏向性，并发现血小板偏向性HSCs在衰老过程中比例和转录血小板启动水平增加	研究主要基于小鼠模型和人类骨髓HSCs的异种移植，可能不完全反映人类体内HSCs的真实情况	研究人类骨髓HSCs的功能和转录谱系偏向性，特别是血小板偏向性HSCs及其在衰老过程中的变化	人类骨髓造血干细胞（HSCs）	生物医学	血液系统疾病	高通量单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	年轻和年老小鼠的骨髓HSCs
5	2025-03-21	Pharmacology of Hydrogen Sulfide and Its Donors in Cardiometabolic Diseases 2024-Aug-15, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1124/pharmrev.123.000928 PMID:38866561	综述	本文综述了硫化氢（HS）及其供体在心脏代谢疾病（CMDs）中的生理作用和药理作用的最新研究进展	强调了HS通过调节蛋白质的硫化修饰在CMDs发病机制中的重要性，并探讨了新兴技术如多组学、肠道菌群分析、类器官和单细胞测序在HS药理研究中的应用	未具体提及研究的局限性	探讨内源性HS及其供体在心脏代谢疾病中的生理和药理作用	心脏代谢疾病（CMDs）	药理学	心血管疾病	多组学、肠道菌群分析、类器官、单细胞测序	NA	NA	NA
6	2025-03-19	SUV39H1 Preserves Cancer Stem Cell Chromatin State and Properties in Glioblastoma 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.607856 PMID:39229036	研究论文	本文探讨了SUV39H1在胶质母细胞瘤（GBM）干细胞（GSCs）维持和肿瘤进展中的关键作用	首次揭示了SUV39H1在GSCs维持中的关键作用，并展示了通过抑制SUV39H1增强化疗效果的潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	研究SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持和肿瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	癌症研究	胶质母细胞瘤	RNA-seq, ATAC-seq	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	患者来源的GSCs和正常脑组织样本
7	2025-03-16	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本文通过血浆蛋白质组学技术，研究了急性肾小管损伤（ATI）的生物标志物，并探讨了其与急性肾损伤（AKI）的关联	利用SomaScan蛋白质组学平台，结合区域转录组学和蛋白质组学、单细胞RNA测序及通路分析，首次在434名经活检确诊的肾病患者中识别出与ATI严重程度相关的血浆生物标志物	研究样本量虽大，但主要集中在特定肾病患者群体，可能限制了结果的普遍性	探索急性肾小管损伤的非侵入性生物标志物，以促进早期检测和药物开发	434名经活检确诊的肾病患者，以及KPMP、ARIC和CHROME研究中的患者	数字病理学	肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学和蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	血浆蛋白质数据、转录组数据	434名肾病患者，KPMP研究44人，ARIC研究4610人，CHROME研究268人
8	2025-03-16	FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.09.602778 PMID:39026885	研究论文	本文介绍了一个名为FUSION的基于Web的应用程序，用于深入探索多组学数据与明场组织学的结合	开发了一个新的基于Web的工具FUSION，用于整合分子数据和组织病理学特征，提供深度学习和可视化工具，支持空间组学数据和高分辨率组织学图像的深入分析	未明确提及具体限制	开发一个工具，用于连接分子数据和组织病理学特征，以提供更深入的生物学机制洞察	健康与病变组织的空间转录组学数据（ST），包括福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和冷冻制备的数据集	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	深度学习算法	图像、空间组学数据	未明确提及具体样本数量
9	2025-03-16	Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes 2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177492 PMID:39137044	研究论文	本文研究了Teplizumab对1型糖尿病高危人群抗原特异性库的长期影响	首次揭示了Teplizumab在1型糖尿病高危人群中诱导操作耐受性的长期效果，包括T细胞的激活、耗竭和调节过程	研究样本量有限，且未涉及Teplizumab对其他免疫细胞类型的影响	探讨Teplizumab对1型糖尿病高危人群的长期免疫调节效果	1型糖尿病高危人群的外周血CD8+ T细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	研究参与者，具体数量未明确
10	2025-03-15	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了IPF患者外周血细胞群的变化，揭示了与疾病进展相关的免疫异常	样本量相对较小，且未探讨这些免疫变化的具体机制	研究特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化，以揭示与疾病进展相关的免疫异常	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	肺纤维化	10× chromium 5' 单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	25名IPF患者和13名对照者的38个PBMC样本，共149,564个细胞
11	2025-03-14	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-Aug-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATOH1 DNA结合分析，研究了小鼠后脑中Atoh1谱系神经元的发育过程，揭示了其命运决定和多样性的转录程序	首次提供了小鼠后脑Atoh1谱系神经元的高分辨率单细胞转录组图谱，并识别了特定脑干核的标志物	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种的验证	揭示Atoh1谱系神经元的命运决定机制及其多样性	小鼠后脑中的Atoh1谱系神经元	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序，ATOH1 DNA结合分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元
12	2025-03-13	TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME 2024-Aug-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002379 PMID:38713581	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和通路分析，探讨了脓毒症患者外周血单核细胞群体在转录组水平上的差异，以揭示不同临床结果背后的免疫反应机制	首次在单细胞水平上分析了脓毒症患者外周血单核细胞的转录组差异，并发现与TNF-α产生相关的基因表达模式，为慢性危重病的治疗提供了潜在靶点	研究样本量未明确，且未涉及其他免疫细胞类型的影响	揭示脓毒症患者不同临床结果背后的免疫反应机制，并为慢性危重病的治疗提供潜在靶点	脓毒症患者的外周血单核细胞群体	转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确
13	2025-03-12	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠原始生殖细胞（PGCs）在迁移过程中的转录异质性及其与周围体细胞微环境的相互作用	揭示了前后迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路中的差异，并首次通过实验验证了前迁移PGCs中LEFTY1/2蛋白的特异性上调	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过重新分析已发表数据集进行推测，缺乏直接实验验证	研究原始生殖细胞在迁移过程中的转录异质性及其与体细胞微环境的相互作用	小鼠原始生殖细胞（PGCs）及其周围体细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞
14	2025-03-12	Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.608093 PMID:39229048	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面分析免疫细胞的极化状态	Scupa是首个用于系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化的计算方法，利用Universal Cell Embeddings模型的细胞嵌入，有效识别不同物种和实验条件下新数据集中的极化细胞	NA	开发一种计算方法以系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化	免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Universal Cell Embeddings模型	单细胞RNA测序数据	66种细胞因子驱动的极化状态，涉及14种免疫细胞类型
15	2025-03-05	Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609797 PMID:39253453	研究论文	本文研究了通过调节血肿瘤屏障（BTB）的转录程序来改善药物在胶质母细胞瘤（GBM）中的递送，并增强化疗效果	发现了一个与BTB相关的12基因特征，并确认了CDH5在这一特征中的核心作用，使用BIA下调CDH5和其他BTB特征基因，从而破坏内皮屏障，提高了化疗药物在肿瘤中的积累	BTB的异质性和特征不明确，可能影响治疗效果的普遍性	改善GBM中的药物递送并增强化疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）患者样本和肿瘤小鼠模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	GBM患者样本和肿瘤小鼠模型
16	2025-03-05	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，识别了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次揭示了肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的CDC42上调、Th1炎症和类固醇抵抗的分子机制	研究样本量有限，且未涉及其他免疫细胞类型的影响	探讨儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的分子特征及其在疾病中的作用	肥胖相关哮喘儿童的CD4+ T细胞	生物信息学	哮喘	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖相关哮喘儿童、健康体重哮喘儿童、肥胖儿童及健康体重对照儿童的CD4+ T细胞
17	2025-03-05	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	研究论文	本文开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种的单细胞转录组数据的比较和预测	Icebear框架能够将单细胞测量数据分解为细胞身份、物种和批次因子，从而实现了跨物种的单细胞基因表达谱的准确预测，并首次揭示了哺乳动物X染色体上调的进化和多样化适应	单细胞数据在某些生物学背景下难以获取，限制了假设生成的范围	理解进化过程中的调控变化，并将从模型生物中学到的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	单细胞基因表达数据	NA
18	2025-03-05	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E是生长板静止区软骨细胞的新标记物	首次发现载脂蛋白E作为生长板静止区软骨细胞的全面标记物，解决了以往标记物只能部分标记的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚需进一步扩展	寻找生长板静止区软骨细胞的全面标记物，以更精确地定义和研究这一细胞群体	小鼠和人类生长板静止区的软骨细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq），荧光原位杂交（FISH）	NA	基因表达数据，图像数据	小鼠生长板软骨细胞，人类生长板静止区软骨细胞
19	2025-03-05	Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer 2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00914-x PMID:38965396	综述	本文综述了小细胞肺癌（SCLC）的分子和治疗领域的最新进展，特别是基因组和转录组特征的研究，以及转化为新治疗方法的潜力	提出了SCLC的四种转录因子表达状态定义的分子亚型，并探讨了MYC同源基因的过表达和扩增对SCLC生物学和治疗脆弱性的影响	快速发展的治疗耐药性和缺乏有效的患者选择生物标志物是当前的主要挑战	改善小细胞肺癌患者的治疗效果	小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	NA
20	2025-03-04	Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50849-1 PMID:39095365	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观及其分子调控机制	首次在单细胞分辨率下结合空间信息，展示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观，并揭示了区域特异性基因调控网络	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类心脏传导系统的研究	研究心脏传导系统的分子构成和调控机制	小鼠出生后的心脏传导系统	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、ATAC-seq、ChIP-seq	NA	转录组数据	小鼠心脏传导系统的多个区域