单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 532 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-19 |
The heart is a resident tissue for hematopoietic stem and progenitor cells in zebrafish
2024-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51920-7
PMID:39217144
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和高分辨率成像技术，揭示了斑马鱼心内膜是造血干细胞和祖细胞的常驻组织，并证明了心内膜对造血的贡献 | 首次在斑马鱼中证实心内膜能够产生并维持稳定的造血细胞群，特别是造血干细胞/祖细胞和巨核细胞-红系前体细胞，并揭示了其作为造血储备库的功能 | 研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性仍需进一步验证；对维持机制的探索尚未完全阐明所有依赖因素 | 探究心内膜细胞对造血谱系的贡献及其维持机制 | 斑马鱼心内膜细胞及相关的造血干细胞和祖细胞 | 发育生物学与造血研究 | NA | 单细胞测序，高分辨率显微镜，光转换示踪实验，光片显微镜活体成像 | NA | 单细胞转录组数据，显微成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-03-19 |
scCAD: Cluster decomposition-based anomaly detection for rare cell identification in single-cell expression data
2024-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51891-9
PMID:39215003
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研究论文 | 本文提出了一种基于聚类分解的异常检测方法scCAD，用于在单细胞表达数据中识别稀有细胞类型 | scCAD通过迭代分解聚类，基于每个聚类中最具差异的信号来有效分离稀有细胞类型，克服了现有方法在聚类阶段可能遗漏稀有细胞的问题 | NA | 开发一种新方法以在单细胞RNA测序数据中准确识别稀有细胞类型 | 单细胞表达数据中的稀有细胞类型 | 数字病理学 | 透明细胞肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 基于聚类分解的异常检测方法 | 单细胞表达数据 | 25个真实世界scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-03-19 |
STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics
2024-08-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51728-5
PMID:39214995
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研究论文 | 本文提出了一种名为STIE的期望最大化算法，用于在基于原位捕获的空间转录组学中实现单细胞水平的去卷积、卷积和聚类 | STIE算法通过将空间转录组与匹配的组织学图像核形态对齐，从约70%的间隙区域恢复缺失细胞，实现了真实单细胞水平和全玻片尺度的分析 | NA | 解决原位捕获空间转录组学中固定大小和位置的斑点无法精确捕获随机分布单细胞的问题，实现单细胞水平转录组分析 | 空间转录组数据及其匹配的组织学图像 | 空间转录组学 | NA | 原位捕获空间转录组学 | 期望最大化算法 | 空间转录组数据、组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-03-19 |
Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts
2024-Aug-02, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02062-3
PMID:39095854
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了肝细胞癌的肿瘤异质性景观，识别了三种肿瘤细胞亚型，并发现S100A6+促转移亚型与成纤维细胞之间的相互作用环路 | 首次通过整合52个单细胞RNA测序和5个空间转录组学数据，建立了肝细胞癌恶性细胞的异质性景观，识别了三种肿瘤细胞亚型，并揭示了S100A6+促转移亚型与成纤维细胞之间的正反馈环路 | 未明确提及样本的具体来源或数量限制，且研究主要基于现有数据分析，缺乏实验验证的详细描述 | 理解肝细胞癌的肿瘤异质性及其在肿瘤进展和转移中的作用 | 肝细胞癌的肿瘤细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 整合分析方法，轨迹分析，富集分析 | 单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据 | 52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-03-18 |
Single-cell multidimensional profiling of tumor cell heterogeneity in supratentorial ependymomas
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.07.607066
PMID:41738029
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和活细胞成像技术，系统描绘了幕上室管膜瘤的肿瘤细胞异质性、空间组织和动态行为 | 首次在单细胞和空间维度上整合分析了幕上室管膜瘤的细胞状态、空间架构及微环境影响，揭示了肿瘤内两种不同的祖细胞样状态，并发现了脑内常驻细胞对肿瘤细胞向神经元样表型转化的新作用 | 未明确说明样本数量及具体技术平台细节，且研究聚焦于特定亚型，结论的普适性有待进一步验证 | 解析幕上室管膜瘤的肿瘤异质性、空间组织模式及其与神经微环境的相互作用 | 幕上室管膜瘤（一种儿童侵袭性脑肿瘤）的肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 脑肿瘤（幕上室管膜瘤） | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 活细胞成像 | NA | 转录组数据, 空间位置数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-03-13 |
Integrated Single-Cell RNA-seq and ATAC-seq Reveals Heterogeneous Differentiation of CD4+ Naive T Cell Subsets is Associated with Response to Antidepressant Treatment in Major Depressive Disorder
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308393
PMID:38867657
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和ATAC测序，揭示了CD4+初始T细胞亚群的异质性分化与重度抑郁症患者对抗抑郁治疗反应之间的关联 | 首次结合单细胞RNA-seq和ATAC-seq技术，在MDD患者中识别出与治疗反应相关的特定激活CD4初始T细胞群体，并提出了ETS作为MAPK通路的上游调控因子 | 样本量相对较小（8名健康个体和8名MDD患者），且主要基于外周血单核细胞，可能无法完全反映中枢神经系统的免疫变化 | 探究重度抑郁症患者对抗抑郁治疗反应异质性的分子机制 | 重度抑郁症患者和健康个体的外周血单核细胞，特别是CD4+初始T细胞 | 单细胞组学 | 重度抑郁症 | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 8名健康个体和8名MDD患者用于单细胞测序，另有一个独立队列包括35名患者和40名健康个体用于流式细胞术验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-03-13 |
Single-Cell Spatial Transcriptomics Unveils Platelet-Fueled Cycling Macrophages for Kidney Fibrosis
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308505
PMID:38838052
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研究论文 | 本研究揭示了血小板通过THBS1信号调控一种新型“循环M2”巨噬细胞亚群，从而驱动肾脏纤维化的机制 | 首次结合单细胞和空间转录组技术，在肾脏损伤修复过程中鉴定出由血小板信号调控的、兼具M2表型与增殖活性的新型“循环M2”巨噬细胞亚群，并阐明其促纤维化作用 | 研究主要基于小鼠缺血/再灌注损伤模型，在人类肾脏疾病中的普适性仍需进一步验证；血小板THBS1信号下游的具体分子通路尚未完全解析 | 探究血小板在肾脏损伤后修复过程中的具体作用及其促进急性肾损伤向慢性肾病转变的机制 | 小鼠肾脏缺血/再灌注损伤模型中的免疫细胞（重点关注血小板和巨噬细胞） | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组测序，空间转录组技术 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-03-13 |
Deep Batch Integration and Denoise of Single-Cell RNA-Seq Data
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308934
PMID:38778573
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepBID的新型深度学习方法，用于同时进行单细胞RNA测序数据的批次效应校正、非线性降维、嵌入和细胞聚类 | DeepBID采用基于负二项分布的自动编码器，结合双重Kullback-Leibler散度损失函数，在一致的低维潜在空间中对齐不同批次的细胞点，并通过迭代聚类逐步减轻批次效应 | NA | 开发一种高效的单细胞RNA测序数据集成和去噪方法，以消除批次效应，确保数据的准确解释和全面分析 | 单细胞转录组数据集，特别是来自不同实验室或scRNA-seq协议的相同组织或细胞系的数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-03-13 |
A Cell Cycle-Aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401815
PMID:38887194
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研究论文 | 本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于在整合单细胞多组学数据时去除细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异 | 这是首个研究单细胞多组学数据整合中细胞周期效应的计算模型 | NA | 研究单细胞多组学数据整合中的细胞周期效应，并开发去除该效应的方法 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 细胞周期感知网络（CCAN） | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-03-13 |
Patient-Derived Tumor Organoids Combined with Function-Associated ScRNA-Seq for Dissecting the Local Immune Response of Lung Cancer
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400185
PMID:38896792
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研究论文 | 本研究开发了一种结合患者来源的肺癌类器官和功能关联单细胞RNA测序的平台，用于解析肺癌局部免疫微环境对免疫治疗的动态响应 | 开发了功能关联单细胞RNA测序平台，可在单个类器官水平同时进行表型评估和scRNA-seq，并利用该平台揭示了患者来源的肺癌类器官保留了亲本肿瘤组织的免疫微环境异质性 | 研究样本量相对较小，仅来自7名患者，且为体外模型研究 | 解析肺癌局部肿瘤免疫微环境对免疫检查点阻断治疗的动态响应 | 患者来源的原发性肺癌类器官及其中的浸润免疫细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自7名患者的171个个体pLCOs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 功能关联单细胞RNA测序平台 |
| 11 | 2026-03-13 |
Sexually Dimorphic Response to Hepatic Injury in Newborn Suffering from Intrauterine Growth Restriction
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403095
PMID:38867614
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了宫内生长受限（IUGR）新生仔猪肝脏损伤的性别依赖性模式，并探索了ApoA4作为新型生物标志物的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序创建IUGR仔猪肝脏细胞图谱，揭示了性别依赖性的损伤反应机制，并发现ApoA4在雄性中的保护性作用 | 研究仅使用仔猪模型，结果向人类转化的适用性需进一步验证；样本量可能有限 | 探究IUGR诱导的肝脏损伤的性别依赖性分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 宫内生长受限（IUGR）的新生仔猪 | 单细胞组学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 来自同一胎的仔猪（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-13 |
Identification and Characterization of Metastasis-Initiating Cells in ESCC in a Multi-Timepoint Pulmonary Metastasis Mouse Model
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401590
PMID:38864342
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研究论文 | 本研究通过多时间点肺转移小鼠模型，利用单细胞RNA测序技术识别并表征了食管鳞状细胞癌（ESCC）中的转移起始细胞（MICs）及其特征基因 | 首次在多时间点肺转移小鼠模型中，结合单细胞RNA测序识别了ESCC的转移起始细胞（MICs），并定义了一组7个转移起始特征基因（MIS），包括CD44和TACSTD2，用于预测临床预后 | 研究基于小鼠模型和有限细胞系（KYSE30），可能无法完全反映人类ESCC的异质性；临床样本验证仅限于部分MIS基因 | 探究食管鳞状细胞癌（ESCC）肺转移的早期微环境及转移起始细胞的特性 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞系（KYSE30）及临床样本 | 单细胞组学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫组化（mIHC） | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫组化图像数据 | 小鼠模型中的ESCC细胞及临床ESCC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-03-13 |
TRIM24 Cooperates with Ras Mutation to Drive Glioma Progression through snoRNA Recruitment of PHAX and DNA-PKcs
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400023
PMID:38828688
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研究论文 | 本研究揭示了表观遗传调控因子TRIM24与Ras突变协同驱动胶质瘤进展的机制，通过snoRNA招募PHAX和DNA-PKcs促进上皮样胶质母细胞瘤转化 | 首次发现TRIM24在胶质瘤进展中的驱动作用，并阐明其通过U3 snoRNA招募DNA-PKcs导致TRIM24磷酸化的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验，临床样本验证相对有限，且治疗策略的临床转化潜力尚需进一步评估 | 探究胶质瘤进展的表观遗传调控机制，并寻找潜在治疗靶点 | 胶质瘤细胞、人类神经干细胞、临床上皮样胶质母细胞瘤标本 | 肿瘤生物学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 临床上皮样胶质母细胞瘤标本及实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-03-13 |
Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308556
PMID:38810140
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研究论文 | 本研究通过生成胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞染色质可及性与基因表达图谱，揭示了WT1突变在足细胞发育中的关键调控路径 | 首次结合单细胞染色质可及性图谱与基因表达图谱，利用患者来源的iPSCs生成肾脏类器官模型，并通过CRISPR-Cas9基因编辑验证WT1突变的功能重要性 | 研究仅针对一种WT1杂合错义突变，可能未涵盖所有WT1突变类型的影响 | 阐明WT1在足细胞发育中的表观基因组机制及其突变导致的疾病作用 | 胎儿肾脏、肾脏类器官以及携带WT1杂合错义突变患者的诱导多能干细胞（iPSCs） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 单细胞染色质可及性数据、基因表达数据 | 胎儿肾脏和肾脏类器官样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-03-13 |
Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404151
PMID:38785168
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了原发性膜性肾病（PMN）患者和健康对照的肾脏活检样本，揭示了足细胞中补体诱导的BMP2/pSMAD1/COL4通路是PMN的关键致病途径，并描述了免疫细胞的浸润和激活情况 | 首次在PMN中通过单细胞RNA测序识别出足细胞的补体诱导BMP2/pSMAD1/COL4通路，连接了补体系统激活和肾小球基底膜增厚两个关键事件，并详细描绘了免疫细胞的精细互作 | 样本量相对较小（11例患者和7例对照），且为横断面研究，无法确定因果关系 | 探究原发性膜性肾病的潜在病理机制，特别是足细胞和免疫细胞的作用 | 原发性膜性肾病患者的肾脏活检样本和健康对照样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 11例PMN患者和7例健康对照，共分析44,060个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-03-06 |
Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells
2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.27.609808
PMID:39253493
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因 | SCIG方法无需与其他细胞进行比较，仅利用基因序列特征和单细胞RNA-seq表达信息即可识别细胞身份基因，并发现组织微环境对细胞身份精细化至关重要 | NA | 开发一种识别细胞身份基因的计算方法，以促进对细胞分化、发育和再生医学的理解 | 血管内皮细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 机器学习 | 基因表达数据、遗传序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-02-27 |
Tracing Immunological Interaction in Trimethylamine N-Oxide Hydrogel-Derived Zwitterionic Microenvironment During Promoted Diabetic Wound Regeneration
2024-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202402738
PMID:38885961
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研究论文 | 本研究开发了一种新型三甲胺N-氧化物（TMAO）衍生的两性离子水凝胶，以促进糖尿病伤口愈合，并通过单细胞RNA测序探索了其周围的多细胞生态系统 | 首次利用TMAO衍生的两性离子水凝胶调控免疫微环境，揭示了巨噬细胞和中性粒细胞在糖尿病伤口愈合中的关键作用，并验证了两性离子微环境对适应性免疫系统激活的影响 | 未明确提及研究的具体局限性，如样本量、实验模型或长期效果评估 | 解析糖尿病伤口愈合的免疫调节机制并开发治疗策略 | 糖尿病伤口愈合过程中的多细胞生态系统，特别是巨噬细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-02-25 |
Role of Neutrophils in the Development of Steatotic Liver Disease
2024-08, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/s-0044-1789207
PMID:39117322
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综述 | 本文综述了中性粒细胞的生物学特性、其在脂肪变性肝病发展中的作用以及其作为疾病治疗靶点的潜力 | 强调了中性粒细胞在无菌性炎症（脂肪变性肝病发病机制的关键组成部分）中的作用，并指出单细胞RNA测序等技术已揭示中性粒细胞亚群的存在，但不同亚群在疾病发展中的具体差异贡献尚不清楚 | 不同中性粒细胞亚群在脂肪变性肝病发展中的具体差异贡献仍不明确 | 探讨中性粒细胞在脂肪变性肝病发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 中性粒细胞及其在脂肪变性肝病中的功能 | NA | 脂肪变性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-02-20 |
Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043
PMID:38857990
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研究论文 | 本研究通过构建患者来源的肠道上皮类器官生物库，揭示了克罗恩病中肠道上皮MHC-I表观遗传失调的新机制 | 首次在克罗恩病中鉴定出肠道上皮MHC-I的表观遗传调控机制，并开发了基于机器学习的疾病预后表观遗传分子标志物 | 研究样本量相对有限（168名患者），且主要基于类器官模型，需进一步在人体内验证 | 探究肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用 | 克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及健康对照的肠道黏膜活检样本 | 表观遗传学 | 克罗恩病 | DNA甲基化分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、基因编辑、类器官-淋巴细胞共培养、小鼠模型 | 机器学习 | 表观遗传数据、转录组数据 | 168名患者（72名克罗恩病、23名溃疡性结肠炎、73名健康对照），共生成312个肠道上皮类器官 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-02-15 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.12.607664
PMID:39185152
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研究论文 | 本文开发了PURE-seq技术，用于高效富集和测序稀有细胞，并应用于小鼠长期造血干细胞的研究，识别了Egr1作为衰老背景下造血功能的潜在主调控因子 | 开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，最小化处理步骤并减少细胞损失，实现了对稀有细胞（如1/1,000,000稀有度）的可扩展测序 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组，并识别潜在的主调控因子 | 小鼠长期造血干细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | PURE-seq | PIP-seq for Rare-cell Enrichment and Sequencing，允许从FACS直接加载细胞到PIP-seq反应中 |