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当前共找到 531 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-17 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析，构建了人类骨肉瘤的细胞组成和空间组织结构图谱 | 首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨率转录组学综合分析，构建了细胞元图谱来解析空间转录组数据，并识别了与化疗耐药相关的独特空间生态位 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 深入理解骨肉瘤的细胞组成、组织结构、功能状态及其对化疗的反应，为靶向治疗提供基础 | 人类骨肉瘤组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2025-12-12 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606553
PMID:39149316
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术，用于在200微米厚的组织块中进行三维空间单细胞转录组和翻译组量化 | 首次实现了在厚组织块（200微米）中进行三维空间单细胞转录组和翻译组分析，突破了现有技术仅限于薄切片（5-20微米）的限制 | NA | 揭示基因在三维组织环境中如何塑造组织结构和功能，以理解健康与疾病状态 | 小鼠大脑组织、人类皮肤癌组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间单细胞转录组学、空间单细胞翻译组学、多色荧光蛋白成像 | NA | 图像、转录组数据、翻译组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2025-11-25 |
PDIA3 orchestrates effector T cell program by serving as a chaperone to facilitate the non-canonical nuclear import of STAT1 and PKM2
2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.038
PMID:38822524
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研究论文 | 本研究揭示了PDIA3通过促进STAT1和PKM2的非经典核输入来调控效应T细胞程序的新机制 | 首次发现PDIA3作为分子伴侣促进STAT1和PKM2的非经典核输入，调控Th1和Th17细胞分化 | PDIA3的高诱导仅发生在异常外部刺激下，这一机制可能在病理条件下特异性发生 | 探索类风湿关节炎中T细胞效应程序的调控机制 | 类风湿关节炎患者的CD4 T细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-30 |
Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.08.607264
PMID:39149388
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研究论文 | 开发了一种无需超参数调优的广义对比主成分分析方法，用于比较高维数据集间的差异模式 | 提出了超参数自由的广义对比PCA方法，解决了传统对比PCA需要手动调参且无法对称比较两个实验条件的问题 | 论文未明确说明方法在极端高维情况下的计算效率限制或对特定数据分布的适用性限制 | 开发一种能够对称比较两个高维数据集的降维方法，提取条件特异性模式 | 高维生物数据，包括神经生理记录和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | II型糖尿病 | 单细胞RNA测序，神经生理记录分析 | 广义对比PCA | 高维生物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
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研究论文 | 本研究通过统计物理学方法分析海鞘胚胎单细胞测序数据，识别基因表达的集体模式 | 利用自然变异和统计物理建模技术，首次在完整互连胚胎水平研究发育过程，推断细胞间相互作用网络 | 研究基于海鞘胚胎数据，结果在其他生物系统中的普适性需要进一步验证 | 研究胚胎发育过程中基因表达的集体协调机制 | 早期海鞘胚胎细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序 | 统计物理模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-05 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.23.609477
PMID:39229093
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研究论文 | 提出SPACE框架，通过调整细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类，以提升空间域检测精度 | 无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识，通过调整细胞类型混杂效应实现空间可变基因的准确聚类 | 未明确说明方法在特定组织类型或数据质量下的性能限制 | 改进空间转录组学中空间可变基因的聚类方法以提升空间域检测准确性 | 空间可变基因(SVGs) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | SPACE框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-05 |
FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.09.602778
PMID:39026885
|
研究论文 | 开发了一个基于网络的工具FUSION，用于深度探索多组学数据与明场组织学的关联分析 | 将分子数据与组织病理学特征整合到单一工作空间，提供端到端的功能性组织单元分析 | NA | 开发一个能够连接分子特征与组织病理学特征的分析平台 | 健康与疾病组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习算法 | 全切片图像, 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 福尔马林固定石蜡包埋和冷冻制备的数据集 |
| 8 | 2025-10-05 |
Identification of Regulatory RNA-Binding Proteins Associated with Immune Infiltration in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma
2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300498
PMID:38912837
|
研究论文 | 通过分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的调控性RNA结合蛋白和可变剪接事件 | 首次系统鉴定与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的RNA结合蛋白及其调控的可变剪接事件，发现RBM47在髓系细胞中上调并与预后显著相关 | 样本量有限（20对癌与癌旁组织），仅使用公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索RNA结合蛋白和可变剪接事件在喉鳞状细胞癌免疫浸润中的作用机制 | 喉鳞状细胞癌组织和免疫细胞 | 生物信息学 | 喉癌 | RNA测序，单细胞RNA测序，可变剪接分析 | edgeR差异表达分析，科学反卷积算法 | RNA测序数据，单细胞RNA测序数据 | 20对喉癌和癌旁组织，117个喉癌样本，2个单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies WARS1+ Mesenchymal Stem Cells with Enhanced Immunomodulatory Capacity and Improved Therapeutic Efficacy
2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300752
PMID:38856632
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定具有增强免疫调节能力的WARS1+间充质干细胞，并验证其在银屑病治疗中的疗效提升 | 首次发现WARS1是增强脐带间充质干细胞免疫调节能力的关键调控因子，并阐明其通过RhoA-Akt轴发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 提高脐带间充质干细胞对银屑病的治疗效果 | 脐带来源的间充质干细胞和银屑病小鼠模型 | 单细胞测序 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-05 |
Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma
2024-Aug-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25179182
PMID:39273131
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研究论文 | 本研究首次利用空间转录组学技术分析幼年硬皮病患者皮肤病变的细胞和分子特征 | 首次将Visium CytAssist空间转录组学平台应用于幼年硬皮病皮肤病变研究，并结合单细胞RNA测序数据进行验证 | 初步研究，样本量有限 | 探索幼年硬皮病皮肤病变的细胞和分子机制 | 幼年硬皮病患者的皮肤病变组织 | 数字病理学 | 硬皮病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 幼年硬皮病患者皮肤病变组织（具体数量未明确） | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | Visium CytAssist | Visium CytAssist空间转录组学平台 |
| 11 | 2025-10-05 |
Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics
2024-Aug, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2024-100067
PMID:39149129
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析慢性乙型肝炎患者肝活检样本，揭示HBV与HDV/HIV共感染时的肝内转录景观和免疫特征 | 首次应用空间转录组学技术系统分析HBV与HDV/HIV共感染患者的肝内转录组特征和细胞组成 | 样本量较小（仅3例初治患者），属于原理验证性研究 | 评估空间转录组学在表征HBV与HDV/HIV共感染患者肝内转录景观、细胞组成和生物通路中的应用价值 | 慢性HBV感染患者的福尔马林固定石蜡包埋肝活检样本 | 空间转录组学 | 乙型肝炎 | 空间转录组学，数字空间分析 | 加权基因共表达网络分析 | 空间转录组数据 | 3例初治慢性HBV与HDV/HIV共感染患者 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx数字空间分析平台 | GeoMx Human Whole Transcriptome Atlas检测 |
| 12 | 2025-10-05 |
Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing
2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608852
PMID:39229107
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序检测人类结核肉芽肿中结核分枝杆菌的RNA转录本 | 在针对真核mRNA设计的单细胞RNA测序文库中成功捕获并分析了结核分枝杆菌的转录本，揭示了细菌转录本的序列变异模式 | 仅包含经医院病理实验室确认的结核感染患者的细菌序列数据，样本来源有限 | 探索结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的转录特征和序列变异 | 来自巴布亚新几内亚莫尔兹比港总医院结核病诊所患者的细针穿刺样本 | 数字病理 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 经抗酸显微镜和/或GeneXpert分析确认的结核感染患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序转录组学流程，使用poly-T引物在约30微米珠上启动mRNA扩增 |
| 13 | 2025-10-05 |
Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling
2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610447
PMID:39257811
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研究论文 | 本研究揭示了慢性社交挫败应激通过I型干扰素信号通路诱导脑膜中性粒细胞增多的机制 | 首次发现慢性应激通过I型干扰素信号通路驱动颅骨骨髓来源的中性粒细胞向脑膜迁移 | 研究仅使用小鼠模型，人类相关性尚需验证 | 探究应激相关障碍中脑膜免疫反应的分子机制 | 小鼠脑膜免疫细胞 | 神经免疫学 | 应激相关障碍 | 流式细胞术,免疫组织化学,组织透明化,单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States
2024-Aug-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457
PMID:39105287
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术对心血管疾病风险状态下单核细胞进行综合表征 | 首次采用CITE-seq和单细胞RNA测序相结合的多模态方法，系统揭示单核细胞的高度异质性及其在心血管疾病风险状态下的变化 | 研究主要关注特定心血管疾病风险因素，未涵盖所有可能的病理条件 | 探索单核细胞在心血管疾病风险状态下的异质性变化和功能特征 | 437,126个人类单核细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表位数据 | 437,126个单核细胞 | NA | 单细胞多组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics
2024-Aug-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51708-9
PMID:39181865
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研究论文 | 开发了一种整合细胞形态和空间转录组学的肿瘤生态系统深度分析框架METI | 首次将空间转录组学、细胞形态学和基因特征整合到端到端分析框架中，无需匹配单细胞RNA测序数据 | 未明确说明样本量的具体数量和研究设计的局限性 | 开发能够增强肿瘤微环境中细胞相互作用理解的分析工具 | 胃癌、肺癌、膀胱癌肿瘤组织及癌前组织 | 数字病理学 | 多癌种肿瘤 | 空间转录组学 | 深度学习模型 | 空间转录组数据、细胞形态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction
2024-Aug-27, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过吸入干细胞外泌体治疗心肌梗死的无创方法 | 首次报道通过吸入方式递送干细胞外泌体的无创治疗方法，并发现内皮细胞CD36在心脏修复中的新机制 | 研究主要基于动物模型，尚未进行临床试验验证 | 开发心肌梗死后心脏修复的无创治疗方法 | C57BL/6小鼠和猪的心肌梗死模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，心脏磁共振成像，超声心动图 | NA | 基因表达数据，影像数据，组织学数据 | 小鼠和猪的心肌梗死模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain
2024-08-19, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007
PMID:39106860
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序绘制发育中小鼠后脑Atoh1谱系的转录图谱，揭示神经命运决定和神经元多样性 | 首次在单细胞分辨率下揭示Atoh1谱系神经元的转录程序，发现增殖性单极刷细胞前体群 | 研究仅限于小鼠模型，人类相关性的验证需要进一步研究 | 解析Atoh1谱系神经元的命运决定机制和多样性 | 发育中小鼠后脑Atoh1谱系神经元 | 单细胞生物学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，ATOH1 DNA结合分析 | NA | 单细胞转录组数据，DNA结合数据 | 小鼠后脑Atoh1谱系神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory
2024-Aug-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2406787121
PMID:39163337
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研究论文 | 本研究利用可光控软硬变化的动态水凝胶生物材料，揭示了骨骼肌干细胞具有对基质硬度的机械记忆 | 首次开发可动态调控硬度的水凝胶材料，并发现肌干细胞在培养早期形成对基质硬度的持久记忆 | 研究主要基于体外实验，体内验证尚需进一步研究 | 探究肌干细胞是否具有机械记忆特性及其分子机制 | 骨骼肌干细胞 | 组织工程 | 肌肉疾病 | 单细胞RNA测序，药理学抑制 | NA | 基因表达数据，细胞形态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
PanIN and CAF transitions in pancreatic carcinogenesis revealed with spatial data integration
2024-Aug-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.07.001
PMID:39116880
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研究论文 | 本研究开发了一种整合成像、空间转录组学和单细胞RNA测序的新流程，用于表征胰腺癌发生过程中的肿瘤细胞状态转变 | 开发了半监督学习框架整合空间多组学数据，首次在人类FFPE样本中实现了PanIN病变的单细胞水平特征分析 | 基于FFPE样本的严格诊断限制了在微环境中对人类PanIN的单细胞表征 | 解析胰腺癌发生过程中的细胞状态转变和肿瘤微环境动态变化 | 胰腺上皮内瘤变(PanIN)病变和癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 成像蛋白质组学 | 半监督学习框架 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 成像数据 | 匹配的低级别和高级别PanIN病变队列 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | 全转录组FFPE空间转录组学 |
| 20 | 2025-10-06 |
Breaking barriers: improving time and space resolution of arbuscular mycorrhizal symbiosis with single-cell sequencing approaches
2024-08-17, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-024-00501-1
PMID:39154166
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综述 | 本文探讨如何利用单细胞测序技术提高丛枝菌根共生研究的时间和空间分辨率 | 首次系统评述单细胞RNA测序技术在植物-微生物互作研究中的应用潜力，特别是针对丛枝菌根共生这一复杂生物学过程 | 目前植物-微生物互作的单细胞研究数量有限，且单细胞分析会损失空间信息，需要与空间转录组学技术整合 | 提高丛枝菌根共生研究的分辨率，深入理解其时空发育动态 | 丛枝菌根共生体系中的植物细胞和真菌细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 激光显微切割 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |