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当前共找到 534 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
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研究论文 | 利用统计物理学方法和早期海鞘胚胎的单细胞测序数据，构建胚胎转录组的物理模型，识别基因表达的集体模式 | 整合自然变异与统计物理的建模及推断技术，从完整互联胚胎层面分析转录组，通过统计相关性揭示细胞间相互作用网络及基因表达的集体模式 | 未明确提及，可能依赖于特定物种（海鞘）的数据，方法推广性有待验证 | 从单细胞基因表达测量中推断空间相互作用及其诱导的集体表达模式，探索整体胚胎转录组的动态特性 | 早期海鞘胚胎的转录组 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 利用近期早期海鞘胚胎的单细胞测序数据（具体样本量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-05-16 |
Somatic BrafV600E mutation in the cerebral endothelium induces brain arteriovenous malformations
2024-08, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-024-09918-8
PMID:38700584
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研究论文 | 通过脑内皮细胞中的体细胞BrafV600E突变成功诱导出与人类病变高度相似的小鼠脑动静脉畸形模型 | 首次在脑内皮细胞中引入BrafV600E突变，开发出与人类临床表型一致的散发性脑动静脉畸形小鼠模型 | 达拉非尼对成熟脑动静脉畸形病变的疗效仍不确定 | 探索脑动静脉畸形的发病机制并评估潜在治疗策略 | 携带脑内皮细胞Braf突变的小鼠 | 机器学习 | 脑血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄组及不同脑区的小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 3 | 2026-05-16 |
Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications
2024-08, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-024-09929-5
PMID:38775849
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研究论文 | 开发并表征了一种可规模化、稳定的基于人多能干细胞的心肌微血管样内皮细胞生成方案 | 首次利用三维搅拌罐生物反应器结合高浓度VEGF-A处理，从血管类器官中生成表型稳定且具有心脏特异性的微血管样内皮细胞和壁细胞 | 未明确说明局限性，但可能涉及长期稳定性及体内功能验证的不足 | 为冠状动脉微血管疾病的研究及心脏组织工程应用提供可靠的细胞模型 | 人多能干细胞来源的内皮细胞和壁细胞 | 机器学习和数字病理学 | 冠状动脉微血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 4 | 2026-05-15 |
The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569988
PMID:38106143
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研究论文 | 利用先进成像和单细胞RNA测序技术，探究低蛋白饮食对胎儿肾脏分子和细胞发育的影响 | 首次结合断层成像、共聚焦成像和单细胞RNA测序，全面揭示母体低蛋白饮食导致肾单位数量减少的细胞和分子机制 | 研究中提到低蛋白饮食对代谢、细胞周期、表观遗传调控和信号传导具有多效性影响，但未明确这些变化的因果关系或长期后果 | 阐明母体低蛋白饮食如何通过改变细胞和分子过程影响胎儿肾脏发育中的肾单位形成 | 小鼠胚胎肾脏样本（E14.5和P0阶段） | 机器学习，数字病理学 | 慢性肾脏病，高血压 | 单细胞RNA测序，光学投影断层成像，共聚焦成像 | NA | 基因表达数据，图像数据 | 小鼠胚胎肾脏样本（E14.5和P0阶段），具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-10 |
METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics
2024-Aug-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51708-9
PMID:39181865
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研究论文 | 提出结合细胞形态与空间转录组学的肿瘤生态系统深度分析框架METI | 首次将组织学特征（细胞形态）与空间转录组数据整合，无需配对scRNA-seq数据即可分析肿瘤微环境 | 未提及跨平台兼容性和大规模验证中的计算开销 | 开发无需单细胞测序数据即可分析肿瘤微环境的端到端集成工具 | 胃癌、肺癌、膀胱癌及癌前病变组织样本 | 数字病理学， 计算机视觉， 机器学习 | 胃癌， 肺癌， 膀胱癌 | 空间转录组测序 | NA | 图像数据， 空间转录组数据 | 多种肿瘤组织（胃癌、肺癌、膀胱癌及癌前病变） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-10 |
[Histone demethylase JMJD3 inhibits alveolar bone loss by regulating macrophage polarization in periodontitis]
2024-Aug-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 研究组蛋白去甲基化酶JMJD3在牙周炎炎症组织中的表达及其通过调控巨噬细胞极化抑制牙槽骨丢失的机制 | 首次探讨JMJD3在牙周炎中对巨噬细胞极化的调控作用及其对牙槽骨丢失的保护机制 | 研究结果主要基于小鼠模型和体外细胞实验，缺乏人体体内直接验证；且样本量较小 | 探究JMJD3在牙周炎炎症组织中的表达及其调控牙周炎的潜在机制 | 人牙龈组织样本（健康与炎症各9例）、小鼠牙周炎模型、巨噬细胞 | 机器学习 | 牙周炎 | 单细胞测序、RT-qPCR、免疫组化、Western blotting、免疫荧光染色、siRNA转染 | NA | 基因表达数据、组织样本数据 | 9例健康牙龈组织、9例炎症牙龈组织；小鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-10 |
[Deciphering the fate of granulation tissue in the human inflammatory alveolar microenvironment using single-cell RNA sequencing]
2024-Aug-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序解析人牙槽骨炎症微环境中肉芽组织的细胞组成和异质性，构建单细胞转录组图谱以阐明其自然转归的潜在结局 | 首次通过单细胞RNA测序构建了人牙槽骨不同类型肉芽组织的单细胞图谱，揭示了炎症肉芽组织在自然消退后与修复性肉芽组织在细胞组成和基因表达上的相似性，并鉴定了与炎症调控和血管生成相关的关键基因（如Igbp5、Zfp36、Timp3等） | 未提供明确的局限性描述 | 探究人牙槽窝肉芽组织的细胞组成和异质性，构建单细胞转录组图谱，以揭示炎症微环境中肉芽组织自然转归的潜在结局 | 人牙槽窝肉芽组织样本（来自牙周炎拔牙后行延迟位点保存或自体牙移植的12名患者） | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、HE染色 | NA | 单细胞转录组数据 | 12个牙槽窝肉芽组织样本，共捕获20,448个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-09 |
Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer
2024-08-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51450-2
PMID:39198404
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和分子病理学比较人类前列腺癌与基因工程小鼠模型，揭示MYC驱动的肿瘤微环境变化 | 首次利用单细胞RNA测序结合基因工程小鼠模型，揭示MYC信号激活如何直接或间接重编程肿瘤微环境，以及人类与小鼠模型之间的平行变化 | 未提及具体局限性 | 研究MYC驱动前列腺癌进展中肿瘤微环境的重编程机制 | 人类前列腺癌组织和基因工程小鼠模型的前列腺癌样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类前列腺癌组织样本和基因工程小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-09 |
Innate immune responses against mRNA vaccine promote cellular immunity through IFN-β at the injection site
2024-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51411-9
PMID:39191748
|
研究论文 | 通过生成综合的单细胞转录组图谱，研究mRNA疫苗在小鼠注射部位引发的先天免疫反应，特别是IFN-β信号在促进细胞免疫中的作用 | 首次揭示注射部位成纤维细胞在mRNA疫苗免疫反应中的关键作用，发现成纤维细胞特异性对mRNA组分响应产生IFN-β，并证明IFN-β信号对增强抗原特异性细胞免疫至关重要 | 研究仅基于雌性BALB/c小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证；未深入探讨IFN-β信号的持续时间及长期免疫效果 | 阐明mRNA疫苗注射部位早期免疫反应的分子机制，特别是先天免疫与适应性免疫的衔接过程 | 雌性BALB/c小鼠注射部位组织及引流淋巴结 | 数字病理学 | 新型冠状病毒肺炎（COVID-19） | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 雌性BALB/c小鼠注射部位及引流淋巴结样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3‘测序平台 |
| 10 | 2026-05-09 |
Plasma proteomics of acute tubular injury
2024-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51304-x
PMID:39191768
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研究论文 | 利用SomaScan蛋白质组学平台鉴定急性肾小管损伤的血浆生物标志物，并结合多组学分析验证 | 首次在经活检确诊的肾病患者中系统鉴定与急性肾小管损伤严重程度相关的156种血浆蛋白，并阐明骨桥蛋白等关键标志物的生物学通路 | 可能缺乏外部验证队列中差异人群的普适性分析，且单细胞测序与血浆蛋白的相关性需进一步功能验证 | 发现与急性肾小管损伤相关的非侵入性血浆生物标志物 | 急性肾小管损伤患者及对照人群的血浆样本 | 蛋白质组学 | 肾脏疾病 | SomaScan蛋白质组学、区域转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组学数据、转录组数据、临床队列数据 | 434例活检确诊肾病患者（发现队列）、44例（KPMP验证）、4610例（ARIC验证）、268例（CHROME验证） | SomaLogic | 蛋白质组学 | SomaScan | SomaScan蛋白质组学平台用于血浆蛋白定量分析 |
| 11 | 2026-05-09 |
Single-cell transcriptomics reveal transcriptional programs underlying male and female cell fate during Plasmodium falciparum gametocytogenesis
2024-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51201-3
PMID:39187486
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示恶性疟原虫配子体形成过程中雄性和雌性细胞命运的转录程序 | 首次利用单细胞RNA-seq解析恶性疟原虫在缺乏性染色体情况下的雄性和雌性配子体分化机制，预测了候选驱动基因，并发现AP2-G5转录因子特异性调控雄性发育 | 未明确提及实验重复次数及统计方法，且结果依赖于报告基因系，可能无法完全反映自然感染条件下的细胞状态 | 阐明恶性疟原虫雄性和雌性配子体分化的转录程序及调控机制 | 恶性疟原虫配子体报告基因系细胞 | 单细胞转录组学 | 疟疾（恶性疟原虫感染） | 单细胞RNA-seq | 基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 基于FACS富集的恶性疟原虫配子体细胞（具体细胞数量未在摘要中说明） | 未明确提及 | 单细胞RNA-seq | 未明确提及 | 基于FACS的细胞富集后进行单细胞RNA-seq |
| 12 | 2026-05-07 |
A gene regulatory network-aware graph learning method for cell identity annotation in single-cell RNA-seq data
2024-08-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278439.123
PMID:39134412
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研究论文 | 提出一种基于基因调控网络感知的图学习方法scHGR，用于单细胞RNA-seq数据的细胞身份注释 | 利用基因调控关系构建基因介导的细胞通信图，减少数据源噪声并建立远距离细胞连接，在22个场景中实现准确一致注释 | 未提及具体局限性 | 开发自动化细胞注释工具，提高跨批次、技术、组织和物种数据的注释准确性和鲁棒性 | 单细胞转录组数据中的细胞身份，包括外周血单个核细胞和COVID-19患者细胞图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 图学习模型 | 基因表达数据 | 22种场景的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-05-06 |
Spatial multiomics reveals a subpopulation of fibroblasts associated with cancer stemness in human hepatocellular carcinoma
2024-08-13, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01367-8
PMID:39138551
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研究论文 | 本研究结合空间多组学技术，鉴定出一种与肝癌干细胞性相关的新型成纤维细胞亚群F5-CAF，并揭示了其在肿瘤微环境中的空间分布及促癌机制 | 首次通过空间转录组学、多区域蛋白质组学和多重成像技术联合分析，鉴定出与肝癌干细胞性相关的新型CAF亚群F5-CAF，并揭示了其在肿瘤巢内及周围的定位及与干细胞性肿瘤细胞的共定位关系 | 未提及 | 揭示癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中如何通过空间协调其他细胞群体促进癌症进展 | 肝细胞癌患者肿瘤组织中的成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学, 蛋白质组学, 多重成像 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 多重成像数据 | 6名患者24个样本用于蛋白质组学，11名患者25个样本用于空间转录组学，92名患者264个样本用于多重成像，5名患者用于细胞分离和功能验证 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium空间转录组学平台 |
| 14 | 2026-05-06 |
Microglial heterogeneity in the ischemic stroke mouse brain of both sexes
2024-08-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01368-7
PMID:39095897
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了缺血性中风小鼠大脑中小胶质细胞的异质性，并识别出七种潜在的中风相关小胶质细胞亚群 | 首次系统描述了缺血性中风后小胶质细胞的异质性，发现了可能代表长期寻找的中风诱导小胶质细胞亚群的巨噬细胞样簇，并证明了靶向STAT1信号通路可改善长期中风结局 | 未提及具体局限性 | 剖析永久性中风对小胶质细胞的影响，识别中风相关小胶质细胞亚群并探索潜在治疗靶点 | 年轻雄性和雌性小鼠的小胶质细胞 | 机器学习 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自荧光报告小鼠的细胞，经pMCAO或假手术处理，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-05 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-08-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
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研究论文 | 介绍Spatial Graph Fourier Transform (SpaGFT)方法，利用图信号处理技术对空间组学数据进行表征分析，支持复杂器官的空间生物学研究 | 提出基于图傅里叶变换的空间组学表征方法，可解释性强，能识别空间可变基因和稀有亚细胞结构，并提升多种机器学习任务的准确性 | NA | 开发一种可解释的图表示方法用于空间组学数据的表征和分析 | 人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据、高分辨率空间蛋白组学数据 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学、空间蛋白组学、图信号处理 | 图傅里叶变换 | 空间组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 16 | 2026-05-05 |
High-resolution diffusion magnetic resonance imaging and spatial-transcriptomic in developing mouse brain
2024-08-15, NeuroImage
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120734
PMID:39032791
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研究论文 | 该研究获取了小鼠发育大脑的32微米各向同性分辨率多壳扩散磁共振成像数据集，并整合艾伦发育小鼠脑图谱的空间转录组学数据，探究脑组织微观结构变化 | 首次提供了包括DTI、DKI和NODDI模型的高分辨率dMRI来追踪小鼠出生后大脑白质和灰质的微观结构变化，并强调了空间转录组学与dMRI的基因型-表型相关性 | 未见明确说明 | 利用高分辨率扩散磁共振成像和空间转录组学探究发育中小鼠大脑的微观结构变化及其分子基础 | 出生后不同天数的小鼠大脑 | 机器学习 | NA | 高分辨率扩散磁共振成像，空间转录组学 | NA | 图像 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-05-02 |
Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model
2024-08-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae091
PMID:38809088
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研究论文 | 提出了一个基于细胞谱系的模型，模拟侧枝形成过程中体细胞表观遗传漂变对分生组织表观遗传多样性的影响 | 首次将体细胞表观遗传漂变与侧枝形成的脱离子叶模型结合，预测了茎尖分生组织DNA甲基化异质性在发育过程中收敛于非零状态 | 模型假设自由细胞独立性最大化，可能简化了不同物种或环境条件下的实际分支过程复杂性 | 探索侧枝形成过程中体细胞表观遗传漂变的动态及其对分生组织表观遗传变异的影响 | 植物茎尖分生组织和腋芽前体细胞 | 机器学习 | NA | NA | 细胞谱系模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2026-05-01 |
The shared role of neutrophils in ankylosing spondylitis and ulcerative colitis
2024-08, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00286-3
PMID:39060428
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研究论文 | 通过单细胞测序数据分析强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞相互作用，发现中性粒细胞在两种疾病中的共同作用 | 首次通过单细胞测序分析揭示中性粒细胞在强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中的共存免疫机制，并鉴定XBP1为两种疾病的共同关键基因 | 样本量较小（仅3例AS患者），未涉及UC患者样本的直接测序验证 | 探究强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞的相互作用及共享免疫机制 | 强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎患者 | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 3例强直性脊柱炎患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 19 | 2026-04-28 |
A spatial expression atlas of the adult human proximal small intestine
2024-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07793-3
PMID:39112711
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研究论文 | 利用空间转录组学、空间蛋白质组学和单分子荧光原位杂交技术，重建了成人近端小肠的综合空间表达图谱，揭示了沿隐窝-绒毛轴的区域化表达和细胞类型分布 | 首次在成人近端小肠中系统描绘了沿隐窝-绒毛轴的基因表达空间异质性，发现迁移性肠上皮细胞从绒毛底部脂滴组装和铁吸收向顶端乳糜微粒合成和铁释放的转变，并揭示绒毛顶端细胞具有促免疫原性特征 | 未明确提及具体局限性 | 重建成人近端小肠的空间表达图谱，解析隐窝-绒毛轴的基因表达和细胞类型空间异质性 | 成人近端小肠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学， 空间蛋白质组学， 单分子荧光原位杂交 | NA | 空间基因表达数据， 空间蛋白质表达数据 | 成人近端小肠组织样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 空间转录组学， 单分子荧光原位杂交 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台， 单分子荧光原位杂交技术 |
| 20 | 2026-04-23 |
Unraveling the connection between Hashimoto's Thyroiditis and non-alcoholic fatty liver disease: exploring the role of CD4+central memory T cells through integrated genetic approaches
2024-08, Endocrine
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s12020-024-03745-z
PMID:38400881
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研究论文 | 本研究通过整合遗传学方法探讨了桥本甲状腺炎与非酒精性脂肪肝病之间的潜在联系 | 首次通过单细胞RNA测序结合孟德尔随机化等方法，揭示了CD4+中央记忆T细胞在两种疾病中的上调，并鉴定出MAGI3等关键基因的因果关联 | 研究依赖于现有单细胞RNA测序数据，样本量可能有限，且功能验证不足 | 探索桥本甲状腺炎与非酒精性脂肪肝病之间的遗传学联系 | 桥本甲状腺炎患者、非酒精性脂肪肝病患者及健康对照的CD4+中央记忆T细胞 | 生物信息学 | 桥本甲状腺炎, 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析, 细胞通讯分析, 代谢分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 桥本甲状腺炎患者、非酒精性脂肪肝病患者及健康对照的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |