单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-22	Single-cell analysis of chromatin and expression reveals age- and sex-associated alterations in the human heart 2024-08-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06582-y PMID:39187646	研究论文	研究通过单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq分析，揭示了人类心脏中与年龄和性别相关的染色质和表达变化	首次大规模分析了人类心脏中单细胞水平的年龄和性别相关变化，并结合了多个已发表的数据集进行综合分析	研究仅限于健康成年心脏样本，未涵盖疾病状态下的心脏变化	探讨人类心脏中不同细胞类型在年龄和性别影响下的分子程序变化	人类心脏样本中的单细胞核染色质和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq	预测模型	基因表达数据和染色质可及性数据	9名捐赠者的心脏样本，并结合了5个已发表的单核RNA-Seq数据集
2	2024-12-22	SLIVER: Unveiling large scale gene regulatory networks of single-cell transcriptomic data through causal structure learning and modules aggregation 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108690 PMID:38879931	研究论文	本文提出了一种名为SLIVER的算法，通过因果结构学习和模块聚合来揭示单细胞转录组数据的大规模基因调控网络	SLIVER算法通过引入因子节点来整合基因之间的调控关系，将基因调控网络简化为两个低维矩阵的乘积，从而降低了计算复杂度	NA	从因果角度推断基因调控网络	单细胞转录组数据中的基因调控网络	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	结构因果模型	基因表达数据	12个真实单细胞转录组数据集
3	2024-12-21	Divergent venom effectors correlate with ecological niche in neuropteran predators 2024-08-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06666-9 PMID:39134630	研究论文	研究了神经翅目捕食者的毒液效应器与其生态位之间的关系	首次通过空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析和生物测定研究了不同生态位中的毒液系统，并发现了E. nostras毒液的独特分子特征	对不同科的毒液部署的生态和进化了解不足	探讨神经翅目捕食者的毒液在不同生态位中的进化和生态作用	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea的毒液系统	NA	NA	空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析、生物测定	NA	分子数据、形态数据	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea
4	2024-12-21	Epithelium/imcDC2 axis facilitates the resistance of neoadjuvant anti-PD-1 in human NSCLC 2024-Aug-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007854 PMID:39134346	研究论文	本文研究了非小细胞肺癌患者在接受新辅助抗PD-1治疗时，上皮细胞/imcDC2轴如何促进治疗抵抗的机制	揭示了galectin-9表达的肿瘤细胞通过galectin-9/TIM-3介导的抑制作用，维持了新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的初级抵抗	本文主要基于实验数据和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探讨新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的抵抗机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和肺组织，以及肺癌细胞系和小鼠模型	数字病理学	肺癌	多组学分析，包括质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序和多色流式细胞术	NA	基因表达数据	一批接受新辅助抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和配对的肺组织，以及新鲜的组织样本和肺癌细胞系
5	2024-12-19	A single-cell transcriptomic landscape of cadmium-hindered brain development in mice 2024-08-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06685-6 PMID:39147853	研究论文	本文研究了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响，通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞亚群对镉暴露的反应	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的多层次影响，包括细胞亚群的变化和神经行为的改变	研究仅限于小鼠模型，且仅探讨了低剂量镉暴露的影响，可能无法完全反映人类情况	探讨镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响及其机制	小鼠胚胎大脑中的不同细胞亚群及其对镉暴露的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	怀孕小鼠及其胚胎大脑样本
6	2024-12-19	High-mobility group box 1 fragment ameliorates chronic pancreatitis induced by caerulein in mice 2024-08, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02112-z PMID:38727823	研究论文	研究探讨了高迁移率族蛋白1片段（HMGB1）在治疗小鼠胆囊素诱导的慢性胰腺炎（CP）中的潜在疗效	首次研究了HMGB1片段通过系统给药在CP小鼠模型中的治疗效果，并验证了其通过动员间充质干细胞（MSCs）减轻胰腺纤维化的潜力	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨HMGB1片段在治疗慢性胰腺炎中的潜在疗效	胆囊素诱导的慢性胰腺炎小鼠模型	NA	慢性胰腺炎	免疫组织化学、实时PCR、血清分析、单细胞转录组分析	NA	组织、血清、基因表达	小鼠模型
7	2024-12-18	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了线粒体钙信号在调控内皮细胞向间充质细胞转化中的作用	首次发现线粒体钙摄取是内皮细胞向间充质细胞转化的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运体（MCU）在体内外的调控作用	研究主要基于体外模型和动物模型，尚未在人体内进行广泛验证	探讨内皮细胞向间充质细胞转化的机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞、间充质细胞、线粒体钙信号	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个体外内皮细胞向间充质细胞转化模型，胚胎心脏发育和外周动脉疾病模型，以及来自患有严重肢体缺血患者的组织样本
8	2024-12-18	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析构建了人类大脑血管在发育、成年和疾病阶段的分子图谱	首次构建了涵盖胎儿、成年和疾病阶段的人类大脑血管的单细胞分子图谱，揭示了健康和疾病状态下血管的分子异质性	研究主要集中在分子层面，未涉及功能性实验验证	揭示人类大脑血管在不同发育阶段和疾病状态下的细胞和分子结构	人类大脑血管的内皮细胞、周细胞和其他组织来源的细胞	数字病理学	脑部疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	606,380个新鲜分离的内皮细胞、周细胞和其他组织来源的细胞，来自68个胎儿和成年患者，共117个样本
9	2024-12-14	Aging- and alcohol-associated spatial transcriptomic signature in mouse acute pancreatitis reveals heterogeneity of inflammation and potential pathogenic factors 2024-08, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-024-02460-6 PMID:38940937	研究论文	本研究通过建立衰老酒精性急性胰腺炎小鼠模型，应用Visium空间转录组学技术，揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎空间转录组特征	首次通过空间转录组学技术揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的炎症异质性，并识别出潜在的致病因素	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	阐明衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的空间转录组特征及其潜在机制	衰老和年轻小鼠的急性胰腺炎模型	NA	胰腺炎	Visium空间转录组学	NA	转录组	衰老小鼠（18个月）和年轻小鼠（3个月）各一组
10	2024-12-13	Spatial transcriptomic analysis of tumour-immune cell interactions in melanoma arising from congenital melanocytic nevus 2024-Aug, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.19881 PMID:38420727	研究论文	研究先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤中肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）与肿瘤细胞的相互作用	首次探讨了CMN来源的黑色素瘤中TIICs与肿瘤细胞的相互作用，并使用空间转录组学技术分析了不同侵袭深度下的基因表达变化	样本量未明确提及，且未讨论研究结果的临床应用潜力	确定TIICs和肿瘤细胞在侵袭和转移过程中的肿瘤内免疫景观	先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤组织样本	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
11	2024-12-11	Graph-Regularized Non-Negative Matrix Factorization for Single-Cell Clustering in scRNA-Seq Data 2024-08, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3400050 PMID:38787664	研究论文	本文提出了一种基于图正则化的非负矩阵分解方法（Sc-GNNMF），用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	创新点在于采用图正则化的非负矩阵分解算法（GNNMF），通过拉普拉斯核和p-最近邻图估计细胞间和基因间的稀疏相似性，并使用加权p-最近已知邻居优化单细胞RNA测序数据	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性，揭示细胞异质性的潜在机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图正则化非负矩阵分解（GNNMF）	基因表达数据	11个真实单细胞RNA测序数据集
12	2024-12-09	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了进行性特发性肺纤维化中的免疫异常	首次在单细胞分辨率下详细描述了特发性肺纤维化患者外周血细胞群体的变化，并提供了稳定的和进行性IPF的外周免疫系统变化图谱	研究样本量较小，且未涵盖所有可能的免疫细胞类型	探讨特发性肺纤维化患者外周免疫系统的变化及其与疾病进展的关系	特发性肺纤维化患者和对照组的外周血单个核细胞	数字病理学	肺纤维化	10×铬5'单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	25名特发性肺纤维化患者和13名对照组的外周血单个核细胞样本，共149,564个细胞
13	2024-12-08	Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs 2024-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51590-5 PMID:39209833	研究论文	本文介绍了空间图傅里叶变换（SpaGFT）并应用于多种空间组学平台，生成可解释的表示	SpaGFT在空间变异基因识别和基因表达插补方面优于现有工具，并能检测罕见的亚细胞器	NA	开发一种新的方法来分析复杂器官的空间组学数据	人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据	机器学习	NA	空间图傅里叶变换（SpaGFT）	图信号处理	空间组学数据	人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据
14	2024-12-08	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	研究论文	开发了一种名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种单细胞转录组数据的插补和比较	首次实现了跨物种单细胞基因表达谱的准确预测，并揭示了哺乳动物X染色体上调的进化和多样性适应	NA	理解进化过程中的调控变化，并将从模式生物学到的知识转移到人类	跨物种单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	神经网络	基因表达数据	NA
15	2024-12-02	Integrative single-cell and bulk transcriptome analyses identify a distinct pro-tumor macrophage signature that has a major prognostic impact on glioblastomas 2024-Aug-13, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01454-5 PMID:39136841	研究论文	本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别出与胶质母细胞瘤预后相关的独特促肿瘤巨噬细胞特征	本研究首次识别出一种新的促肿瘤巨噬细胞亚群，标记为S100A9，可能通过与内皮细胞相互作用促进肿瘤进展	NA	解析胶质母细胞瘤的分子景观及异质性巨噬细胞群在胶质母细胞瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤及其相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
16	2024-11-29	Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression 2024-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01802-x PMID:39048792	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间分析技术，研究了人类肾脏在健康和疾病状态下的空间和分子特征	首次结合单细胞、单核、点级和单细胞分辨率的空间RNA表达以及单核开放染色质数据，全面解析了肾脏微环境的复杂组织结构，并发现纤维化微环境在分子水平上对肾脏疾病分类和预后评估具有重要意义	NA	揭示肾脏健康和疾病状态下的空间和分子特征，并评估纤维化微环境在疾病进展中的作用	人类肾脏在健康、糖尿病和高血压状态下的细胞类型及其空间分布	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学、开放染色质测序	NA	单细胞RNA表达数据、单核RNA表达数据、空间RNA表达数据、开放染色质数据	81个样本，包括健康、糖尿病和高血压患者的肾脏组织
17	2024-11-27	Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data 2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland) DOI:10.1007/s43657-024-00169-7 PMID:39583311	研究论文	研究探讨了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对微环境异质性的影响	首次综合多组学数据和分子生物学实验，揭示了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的表达与患者病理分级、预后及化疗敏感性的关系	研究主要基于多组学数据和体外实验，缺乏临床试验验证	探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对患者预后和化疗敏感性的影响	透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肾癌	多组学数据分析	NA	基因组数据	NA
18	2024-11-20	Single-cell landscape of peripheral immune response in patients with anti-melanoma differentiation-associated gene 5 dermatomyositis 2024-08-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead597 PMID:37941459	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周免疫反应	首次在抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎样本中鉴定出高度表达IFN alpha诱导蛋白27和IFN诱导螺旋酶C域1的独特CD14+单核细胞亚群	样本量较小，仅包括8名患者和6名健康对照	探讨抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎的免疫景观及其潜在的病毒感染起源	抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	皮肌炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者和6名健康对照
19	2024-11-15	Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure 2024-08-16, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-04080-x PMID:39152369	研究论文	研究揭示了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留Macro-MYL2巨噬细胞	发现了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的新作用，并鉴定了一种与肌生成相关的心脏驻留巨噬细胞Macro-MYL2	需要进一步实验验证RNA修饰编写者和Macro-MYL2巨噬细胞亚型在心脏免疫微环境中的调控作用	探讨RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留巨噬细胞的新亚型	心力衰竭患者的免疫细胞和RNA修饰编写者	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了GSE145154和GSE141910数据集中的样本
20	2024-11-15	IGF1 and CXCR4 Respectively Related With Inhibited M1 Macrophage Polarization in Keloids 2024-Aug-15, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000010479 PMID:39145631	研究论文	研究探讨了瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制机制，并发现了IGF1和CXCR4作为潜在的生物标志物	首次发现IGF1和CXCR4与瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制有关，并提出了潜在的病理机制	研究样本量较小，仅包括3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织	探索瘢痕疙瘩的免疫异质性和新的生物标志物，以设计新的治疗和预防策略	瘢痕疙瘩组织及其邻近正常组织中的M1和M2巨噬细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序分析、批量数据差异基因表达分析、基因本体论（GO）分析、基因集富集分析（GSEA）、免疫浸润分析	NA	RNA	3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织