单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-09-13	Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway 2024-Jul-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.180198 PMID:39042459	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和高级显微镜技术，分析了原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征，揭示了纤毛中谷胱甘肽途径的独特作用	本文首次揭示了PCD患者呼吸道细胞中独特的转录组特征，并发现谷胱甘肽-S-转移酶GSTA2在纤毛运动中的关键作用	研究仅限于PCD患者及其母亲的细胞，样本量较小，且未涉及其他遗传条件下的比较	探讨原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征及其对纤毛运动的影响	PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs）	基因组学	遗传性疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、高级显微镜	NA	RNA、蛋白质	PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs）
162	2024-09-13	Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178213 PMID:39114979	研究论文	研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎（PsA）的亚型及其发病机制	首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型，并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现	探讨银屑病关节炎的发病机制，并开发个性化治疗方案	银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型	免疫学	银屑病关节炎	空间转录组学和免疫荧光技术	NA	细胞和组织	来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清，以及NSG-SGM3转基因小鼠
163	2024-09-13	The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study 2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13868 PMID:39031921	研究论文	研究银屑病和白癜风之间的潜在因果关系	首次通过单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析探索银屑病和白癜风之间的因果关系	样本主要来自欧洲人群，可能限制了研究结果的普遍性	探讨银屑病和白癜风之间是否存在因果关系	银屑病和白癜风患者的皮肤组织	NA	皮肤病	转录组测序、单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析	NA	基因组数据、转录组数据	261,018名欧洲个体，4510名银屑病患者，4680名白癜风患者
164	2024-09-11	Getting to the root of root-microbe interactions 2024 Jul-Sep, Science progress IF:2.6Q2 DOI:10.1177/00368504241278783 PMID:39234658	评论	本文总结了最近关于根系与微生物相互作用的研究成果，并提出了未来研究方向	强调了在解释微生物模式时需要考虑根系生理和形态等微环境变异	NA	探讨根系与微生物相互作用及其对生态系统功能和养分流动的影响	细根（直径小于2毫米）及其与微生物的相互作用	NA	NA	单细胞测序技术	NA	NA	NA
165	2024-09-10	CRISPR-CasRx-mediated disruption of Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2 genes reduces intraocular pressure and retinal ganglion cell damage in mice 2024-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50050-4 PMID:39080269	研究论文	研究使用CRISPR-CasRx技术干扰Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2基因在小鼠中的表达，以降低眼内压并保护视网膜神经节细胞	首次使用CasRx技术干扰与房水循环相关的基因，显著降低小鼠眼内压并保护视网膜神经节细胞	研究仅在雌性小鼠中进行，结果的普遍性有待验证	探索通过基因干扰降低眼内压并保护视网膜神经节细胞的新方法	雌性小鼠的眼内压和视网膜神经节细胞	基因编辑	青光眼	CRISPR-CasRx	NA	单细胞测序数据	雌性小鼠
166	2024-09-07	Pericytes recruited by CCL28 promote vascular normalization after anti-angiogenesis therapy through RA/RXRA/ANGPT1 pathway in lung adenocarcinoma 2024-Jul-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03135-3 PMID:39075504	研究论文	研究了CCL28在抗血管生成治疗后通过RA/RXRA/ANGPT1途径促进肺腺癌血管正常化的分子机制	首次详细报道了抗血管生成治疗后血管正常化的分子机制	NA	探讨抗血管生成治疗后肿瘤血管正常化的分子机制	肺腺癌细胞和人源及鼠源的肺腺癌细胞系	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序、免疫荧光、多重免疫组化、磁激活细胞分选、实时定量PCR、Western blotting、LC-MS技术、ChIP-qPCR	NA	细胞、组织	人源肺腺癌细胞系A549和鼠源肺腺癌细胞系LLC，以及临床活检样本和原代肺腺癌肿瘤组织中的周细胞
167	2024-09-07	Communication between alveolar macrophages and fibroblasts via the TNFSF12-TNFRSF12A pathway promotes pulmonary fibrosis in severe COVID-19 patients 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05381-7 PMID:39075394	研究论文	研究探讨了TNFSF12-TNFRSF12A通路在严重COVID-19患者中促进肺纤维化的机制	首次揭示了TNFSF12-TNFRSF12A通路在肺泡巨噬细胞和成纤维细胞间通信中的关键作用	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨严重COVID-19患者中肺纤维化的细胞通信机制	肺泡巨噬细胞和成纤维细胞	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	严重COVID-19患者和健康对照的肺组织样本
168	2024-09-07	ST-SCSR: identifying spatial domains in spatial transcriptomics data via structure correlation and self-representation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae437 PMID:39228303	研究论文	提出了一种名为ST-SCSR的新算法，用于在空间转录组数据中识别空间域，该算法结合了局部信息、全局信息和空间域的相似性	ST-SCSR通过矩阵三因子分解同时分解表达谱和空间网络，融合了表达和空间特征，并通过局部保留和稀疏约束增强了图的质量	NA	开发一种新的算法来解决现有空间域识别方法中忽略局部信息和空间域关系的问题	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	矩阵三因子分解	NA	转录组数据	NA
169	2024-09-06	Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis from pluripotent stem cells 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110242 PMID:39040067	研究论文	研究了肌营养不良蛋白缺乏对人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响	首次通过单细胞转录组分析揭示了肌营养不良蛋白缺乏导致细胞在体节阶段分化为替代分支，并影响了细胞状态转换相关的细胞连接蛋白	研究仅限于体外实验，未涉及体内模型	探讨肌营养不良蛋白缺乏对胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响	人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中的细胞连接形成	数字病理学	肌肉疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
170	2024-09-06	Single-cell decoding of drug induced transcriptomic reprogramming in triple negative breast cancers 2024-Jul-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03318-3 PMID:39026273	研究论文	研究探讨了三阴性乳腺癌中单细胞转录组在药物诱导下的重编程机制	首次结合单细胞转录组和基因组拷贝数数据，揭示了药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的克隆响应和转录重编程	研究仅限于三阴性乳腺癌，且样本量相对较小	探讨药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的转录组重编程机制	三阴性乳腺癌细胞的单细胞转录组和基因组拷贝数数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	53,641个过滤后的细胞
171	2024-09-05	Novel AT2 Cell Subpopulations and Diagnostic Biomarkers in IPF: Integrating Machine Learning with Single-Cell Analysis 2024-Jul-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25147754 PMID:39062997	研究论文	本研究通过综合机器学习和单细胞分析技术，探索了特发性肺纤维化（IPF）中肺泡上皮II型细胞（AT2）的亚群及其诊断生物标志物。	本研究首次揭示了IPF相关肺泡上皮II型细胞的两个独特亚群（IR_AT2），并通过机器学习算法识别了与这些亚群相关的基因表达模块和特征。	NA	旨在发现IPF中AT2细胞的亚群及其分子特征，并探索这些特征在IPF诊断和预后中的应用。	特发性肺纤维化（IPF）中的肺泡上皮II型细胞（AT2）及其亚群。	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	正常和纤维化肺组织样本
172	2024-09-05	Targeting MS4A4A: A novel pathway to improve immunotherapy responses in glioblastoma 2024-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14791 PMID:38997808	研究论文	本研究探讨了通过抑制MS4A4A来驱动M2巨噬细胞极化向M1表型转变，从而增强胶质母细胞瘤（GBM）对免疫疗法的反应	首次探索了通过抑制MS4A4A来改变M2巨噬细胞极化，通过铁死亡途径增强GBM对PD-1免疫疗法的反应	NA	探索MS4A4A抑制在改善胶质母细胞瘤免疫疗法反应中的潜力	胶质母细胞瘤中的M2巨噬细胞和MS4A4A表达	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	RNA	包括体外TAM培养和体内小鼠移植模型
173	2024-09-05	Optimization of mouse kidney digestion protocols for single-cell applications 2024-Jul-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00002.2024 PMID:38525531	研究论文	本文比较了三种已发表的单细胞制备协议，以优化小鼠肾脏单细胞悬液的制备方法	本研究首次评估了已发表的单细胞悬液制备协议及其从小鼠肾脏产生高质量细胞产量的能力	目前存在多种制备肾脏单细胞悬液的协议差异	旨在通过比较三种已发表的单细胞制备协议，优化小鼠肾脏单细胞悬液的制备方法	小鼠肾脏细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	雄性和雌性C57BL/6小鼠的肾脏
174	2024-09-05	FOS+ Macrophages Promote Chronic Rejection of Cardiac Transplantation 2024-Jul, Experimental and clinical transplantation : official journal of the Middle East Society for Organ Transplantation IF:0.7Q4 DOI:10.6002/ect.2024.0019 PMID:39223812	研究论文	本研究探讨了FOS阳性巨噬细胞在CD40调控下介导心脏移植慢性排斥反应的作用及其机制	揭示了CD40通过激活转录因子NF-κB2上调c-Fos和FosB表达，从而促进心脏移植慢性排斥反应的新机制	NA	阐明FOS阳性巨噬细胞在CD40调控下介导心脏移植慢性排斥反应的作用及其机制	慢性排斥反应中的巨噬细胞及FOS家族成员	免疫学	心血管疾病	单细胞测序, 流式细胞术, 实时定量聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 免疫荧光, RNA测序, ChIP测序	NA	基因表达数据	慢性排斥肾脏移植患者的单细胞测序数据, 慢性排斥小鼠模型
175	2024-09-04	DEPDC1 as a metabolic target regulates glycolysis in renal cell carcinoma through AKT/mTOR/HIF1α pathway 2024-Jul-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06913-1 PMID:39068164	研究论文	本研究探讨了DEPDC1作为代谢靶点在肾细胞癌中通过AKT/mTOR/HIF1α途径调控糖酵解的作用	发现了DEPDC1在肾细胞癌中的新作用，并证明了其作为TKI联合靶向代谢治疗的潜在靶点	研究样本量相对较小，需要进一步的大规模临床研究验证	探索肾细胞癌中的代谢调控机制及潜在治疗靶点	肾细胞癌及其药物抵抗性	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、非靶向代谢组学测序	NA	RNA序列、蛋白质水平数据	14名肾细胞癌患者（包括3份TKI耐药的针刺活检样本）及98份临床组织样本
176	2024-09-04	Decoding single-cell molecular mechanisms in astrocyte-to-iN reprogramming via Ngn2- and Pax6-mediated direct lineage switching 2024-Jul-27, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01989-z PMID:39068473	研究论文	本研究通过Ngn2和Pax6介导的直接谱系转换，探讨了星形胶质细胞向诱导神经元（iN）重编程的单细胞分子机制	本研究揭示了星形胶质细胞向诱导神经元重编程的关键基因和通路，为优化重编程过程提供了新的见解	NA	阐明星形胶质细胞向诱导神经元重编程的分子动力学	星形胶质细胞和诱导神经元	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用10×Genomics平台进行了单细胞RNA测序，涉及的细胞数量未明确提及
177	2024-09-04	CHAI: consensus clustering through similarity matrix integration for cell-type identification 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae411 PMID:39207729	研究论文	本文介绍了CHAI方法，通过集成相似性矩阵的共识聚类技术来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型	CHAI方法集成了七种最先进的聚类方法，并展示了在多个基准数据集上的优越性能	NA	解决在单细胞RNA测序数据中选择最佳聚类方法的问题	单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	RNA测序数据	多个基准数据集
178	2024-09-04	Systemic and skin-limited delayed-type drug hypersensitivity reactions associate with distinct resident and recruited T cell subsets 2024-Jul-23, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178253 PMID:39042477	研究论文	本研究利用先进技术探讨了不同类型的药物过敏反应中皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群的起源、表型和功能	通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq）以及T细胞受体测序（TCR-Seq），揭示了系统性和皮肤局限性药物过敏反应中T细胞亚群的差异	NA	探究不同严重程度的药物过敏反应中致病性T细胞的起源、表型和功能	皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq），T细胞受体测序（TCR-Seq）	NA	转录组数据	NA
179	2024-09-04	Disease-specific T cell receptors maintain pathogenic T helper cell responses in postinfectious Lyme arthritis 2024-Jul-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179391 PMID:38963700	研究论文	本研究通过流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了来自欧洲抗生素耐药性莱姆关节炎（ARLA）患者关节中的CD4+ Th细胞，旨在揭示疾病特异性Th细胞的分子程序。	研究发现了在ARLA患者中特异性的TCR-β基序，并将其与特定的HLA-DRB111或13等位基因相关联，这些等位基因在欧洲患者中更为常见，为ARLA的诊断提供了新的生物标志物。	研究主要集中在欧洲患者群体，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他地区或不同遗传背景的患者。	阐明抗生素耐药性莱姆关节炎中疾病特异性Th细胞的分子机制。	来自欧洲ARLA患者关节中的CD4+ Th细胞。	免疫学	莱姆关节炎	流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	T细胞受体（TCR）序列、RNA序列	来自欧洲ARLA患者的关节样本
180	2024-09-04	DIS3 ribonuclease is essential for spermatogenesis and male fertility in mice 2024-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202579 PMID:38953252	研究论文	本文研究了RNA外泌体相关DIS3核糖核酸酶在维持精子发生和雄性生育力中的关键作用	首次揭示了DIS3核糖核酸酶在精子发生中的关键作用，特别是在维持精子干细胞稳态和促进生殖细胞分化方面	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人类研究来验证这些发现	探讨DIS3核糖核酸酶在精子发生和雄性生育力中的作用	精子干细胞和生殖细胞	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	建立了雄性生殖细胞Dis3条件性敲除小鼠模型