单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-23	Human post-implantation blastocyst-like characteristics of Muse cells isolated from human umbilical cord 2024-Jul-11, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05339-4 PMID:38992309	研究论文	本文研究了从人脐带中分离出的Muse细胞，这些细胞表现出类似人类植入后囊胚的特征	首次发现人脐带中的SSEA-3阳性细胞具有类似植入后囊胚的特性，并且表达与成人组织Muse细胞不同的基因和DNA甲基化模式	NA	探讨人脐带中Muse细胞的特性及其在人类早期发育和生殖医学中的潜在应用	人脐带中的SSEA-3阳性Muse细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约20%的人脐带SSEA-3阳性细胞
162	2024-08-21	Mining alternative splicing patterns in scRNA-seq data using scASfind 2024-Jul-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03323-6 PMID:39075577	研究论文	本文介绍了一种名为scASfind的新型计算方法，用于使用全长scRNA-seq数据进行细胞类型特异性剪接事件的定量分析	scASfind利用高效的数据结构存储每个剪接事件的剪接入百分比值，使得能够全面搜索所有差异剪接事件中的模式	NA	开发一种新的计算方法，用于在scRNA-seq数据中定量分析细胞类型特异性的剪接事件	scRNA-seq数据中的替代剪接模式	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
163	2024-08-21	Spatial multimodal analysis of transcriptomes and metabolomes in tissues 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01937-y PMID:37667091	研究论文	本文介绍了一种结合组织学、质谱成像和空间转录组学的空间多组学方法，用于在组织区域中精确测量mRNA转录物和小分子代谢物	该方法兼容市售的Visium玻璃载玻片，并展示了在多巴胺和帕金森病背景下对小鼠和人类脑样本的应用潜力	NA	开发一种新的空间多组学方法，以提高对组织中转录物和代谢物的测量精度	小鼠和人类脑样本，特别是在多巴胺和帕金森病的背景下	数字病理学	帕金森病	质谱成像	NA	图像	小鼠和人类脑样本
164	2024-08-21	An increment of diversity method for cell state trajectory inference of time-series scRNA-seq data 2024-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2024.01.020 PMID:39156571	research paper	本文提出了一种基于多样性增量法的细胞状态轨迹推断方法IDTI，用于时间序列单细胞RNA测序数据	IDTI方法结合了时间序列信息和最小多样性增量法，能够准确构建细胞状态轨迹，无需起始细胞	NA	推断时间序列单细胞RNA测序数据的发育轨迹	时间序列单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	时间序列数据	模拟数据和三种真实多样组织发育数据
165	2024-08-17	Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19 2024-Jul-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136 PMID:39018367	研究论文	本研究通过比较来自临床PASC样本和PASC小鼠模型的支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序数据，揭示了IFN-γ在呼吸系统后遗症中的作用	首次在单细胞水平上比较了人类和鼠类的PASC样本，并发现IFN-γ是调节呼吸系统PASC免疫异常的关键因子	研究主要集中在动物模型和小规模的临床样本上，需要进一步的大规模临床研究来验证结果	探讨SARS-CoV-2感染后呼吸系统后遗症的病因	PASC患者的支气管肺泡灌洗液样本和小鼠模型	数字病理学	COVID-19相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及人类和小鼠的样本
166	2024-08-16	CD58 Alterations Govern Antitumor Immune Responses by Inducing PDL1 and IDO in Diffuse Large B-Cell Lymphoma 2024-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2874 PMID:38635903	研究论文	本研究通过多种测序技术分析CD58在弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的基因特征，发现CD58的遗传改变与治疗反应和生存率降低相关，并揭示了CD58通过调控PDL1和IDO表达影响肿瘤免疫逃逸的机制。	首次全面分析了CD58在DLBCL中的基因特征及其对免疫反应的影响，揭示了CD58通过激活LYN/CD22/SHP1轴抑制JAK2/STAT1通路，从而调控PDL1和IDO表达的新机制。	研究主要集中在基因和分子层面，未涉及临床试验验证CD58相关治疗策略的有效性。	探究CD58在弥漫大B细胞淋巴瘤中的作用及其对免疫反应的影响，为改善患者治疗提供潜在靶点和策略。	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者中的CD58基因及其表达。	免疫学	淋巴瘤	下一代测序（NGS）、RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	所有入组的DLBCL患者
167	2024-08-16	Single-cell transcriptomics across 2,534 microbial species reveals functional heterogeneity in the rumen microbiome 2024-Jul, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01723-9 PMID:38866938	研究论文	本文通过滴液单细胞RNA测序和基于泛基因组的计算分析，开发了微生物组单细胞转录组学，以揭示瘤胃微生物组的功能异质性	本文开发了一种新的微生物组单细胞转录组学方法，并构建了瘤胃微生物组的单细胞转录组图谱	NA	揭示复杂群落和环境中单个微生物的活性	瘤胃微生物组的功能异质性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	包括174,531个微生物细胞和2,534个物种
168	2024-08-15	Dominant dystrophic epidermolysis bullosa is associated with glycolytically active GATA3+ T helper 2 cells which may contribute to pruritus in lesional skin 2024-Jul-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae110 PMID:38477474	研究论文	研究通过RNA测序分析了主导性营养不良性大疱性表皮松解症（DDEB）患者的皮肤转录组，以识别减轻患者瘙痒的治疗目标。	首次通过单细胞RNA测序揭示了DDEB皮肤中与瘙痒相关的糖酵解活性GATA3+ Th2细胞的存在，并验证了抗Th2药物在治疗DDEB瘙痒中的有效性。	研究样本量较小，仅包括六名DDEB患者和四名健康个体，可能影响结果的普遍性。	旨在通过分析DDEB患者的皮肤转录组，寻找减轻瘙痒的治疗靶点。	主导性营养不良性大疱性表皮松解症（DDEB）患者的受影响和未受影响的皮肤样本。	NA	营养不良性大疱性表皮松解症	RNA测序	NA	转录组数据	六名DDEB患者和四名健康个体的皮肤活检样本，以及五名个体的单细胞转录组数据。
169	2024-08-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Immunomodulatory Effects of Stem Cell Factor and Granulocyte Colony-Stimulating Factor Treatment in the Brains of Aged APP/PS1 Mice 2024-Jul-10, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070827 PMID:39062541	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了干细胞因子（SCF）和粒细胞集落刺激因子（G-CSF）联合治疗在老年APP/PS1小鼠大脑中的免疫调节作用。	首次揭示了SCF+G-CSF治疗通过调节小胶质细胞和外周髓系细胞的转录谱，减轻阿尔茨海默病病理变化的新机制。	研究仅限于老年APP/PS1小鼠模型，需要进一步在人类或其他动物模型中验证。	探索SCF+G-CSF治疗在老年APP/PS1小鼠大脑中减轻阿尔茨海默病病理变化的潜在机制。	老年APP/PS1小鼠大脑中的CD11b细胞。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28个月大的APP/PS1小鼠大脑中的CD11b细胞
170	2024-08-15	Single-Cell and Spatial Transcriptome Profiling Identifies the Transcription Factor BHLHE40 as a Driver of EMT in Metastatic Colorectal Cancer 2024-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3264 PMID:38657117	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组测序技术，揭示了BHLHE40转录因子在结直肠癌转移中的作用，特别是在上皮间质转化（EMT）过程中的作用	首次通过单细胞和空间转录组测序技术，结合细胞间通讯分析，识别出BHLHE40作为驱动结直肠癌EMT的关键转录因子	NA	阐明驱动结直肠癌上皮间质转化（EMT）的细胞机制	结直肠癌患者的非转移性和转移性原发性肿瘤	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，空间转录组测序	NA	RNA序列	22个样本，包括11个非转移性原发性肿瘤和11个转移性原发性肿瘤
171	2024-08-14	Novel insights into paclitaxel's role on tumor-associated macrophages in enhancing PD-1 blockade in breast cancer treatment 2024-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008864 PMID:39009452	研究论文	本研究探讨了紫杉醇（PTX）在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗中通过激活肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的TLR4信号通路，增强PD-1阻断剂效果的机制	发现紫杉醇通过激活TAMs中的TLR4信号通路，增强其抗原呈递能力，从而提升CD8+ T细胞的抗肿瘤反应	NA	探究紫杉醇与PD-1阻断剂联合治疗三阴性乳腺癌的机制	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自三阴性乳腺癌患者的样本
172	2024-08-14	Investigation into the role of H2-Ab1 in vascular remodeling in pulmonary arterial hypertension via Bioinformatics 2024-Jul-15, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-024-03156-w PMID:39010027	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨H2-Ab1在肺动脉高压血管重塑中的作用	通过WGCNA和差异分析筛选出与肺动脉高压相关的关键基因H2-Ab1，并验证其在肺动脉高压发展中的作用	NA	探索肺动脉高压的生物标志物，以增进对该疾病的理解	H2-Ab1基因在肺动脉高压中的作用	生物信息学	肺动脉高压	WGCNA, 差异分析, qRT-PCR, Western Blot	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	使用GSE49114, GSE180169, GSE154959数据集，涉及906个关键模块基因和576个差异表达基因
173	2024-08-13	Advancements in Research and Treatment Applications of Patient-Derived Tumor Organoids in Colorectal Cancer 2024-Jul-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152671 PMID:39123399	综述	本文综述了患者来源的肿瘤类器官（PDTOs）在结直肠癌（CRC）治疗中的应用，作为一种新型的药物抗性筛选工具	PDTOs能够重现肿瘤的结构、细胞异质性和基因组景观，是一种有价值的体外预测药物筛选工具	NA	探讨PDTOs在预测结直肠癌治疗反应、药物抗性和生物标志物识别方面的潜力	结直肠癌及其治疗中的药物抗性问题	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	类器官	NA
174	2024-08-13	Decoding Clonal Hematopoiesis: Emerging Themes and Novel Mechanistic Insights 2024-Jul-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152634 PMID:39123361	综述	本文综述了克隆性造血（CH）的细胞机制及其与炎症因子的关系	揭示了CH在老年人群中的普遍性及早期启动的可能性，并探讨了环境因素通过异常炎症促进克隆扩增和疾病进展的机制	克隆性造血现象的许多方面仍待阐明，精确机制、特定环境下的驱动因素及克隆扩增途径尚未完全建立	探讨克隆性造血的细胞机制及其与炎症因子的关系	克隆性造血及其相关疾病	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
175	2024-08-13	VNN2-expressing circulating monocytes exhibit unique functional characteristics and are decreased in patients with primary Sjögren's syndrome 2024-Jul, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103275 PMID:38936146	研究论文	本研究旨在阐明外周血单核细胞中VNN2表达的意义及其在原发性干燥综合征（pSS）中的临床相关性	研究首次发现VNN2在单核细胞中的高表达，并探讨了其在pSS中的潜在作用和诊断价值	研究主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术，未涉及VNN2功能的具体机制研究	阐明VNN2在原发性干燥综合征中的临床意义	外周血单核细胞中的VNN2表达	NA	原发性干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	未具体说明样本数量
176	2024-08-12	A comparison of scRNA-seq annotation methods based on experimentally labeled immune cell subtype dataset 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae392 PMID:39120646	研究论文	本研究构建了一个实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集，并系统评估了18种细胞注释方法	首次使用实验标记的免疫细胞亚型数据集来评估细胞注释方法，揭示了无监督聚类方法的不足，并为监督方法提供了新的数据集支持	无监督聚类方法无法完全拟合实际的细胞类型分布	评估和比较不同细胞注释方法在单细胞数据分析中的效果	免疫细胞亚型单细胞数据集和18种细胞注释方法	单细胞测序	NA	scRNA-seq	SVM, scBERT, scDeepSort, Seurat	单细胞数据	同一批次实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集
177	2024-08-12	Integrating single-cell RNA-seq to identify fibroblast-based molecular subtypes for predicting prognosis and therapeutic response in bladder cancer 2024-Jul-18, Aging DOI:10.18632/aging.206021 PMID:39033778	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，通过识别纤维母细胞标记基因，为膀胱癌患者建立了基于分子亚型的预后和治疗反应预测模型	首次基于纤维母细胞标记基因建立了一个新的预后和免疫治疗反应预测模型	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别膀胱癌的分子亚型，以预测患者的预后和治疗反应	膀胱癌患者的纤维母细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	UMAP	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
178	2024-08-12	Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs 2024-Jul, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-024-01204-8 PMID:38778183	研究论文	本文报道了一种利用配对单引导RNA库进行Cas9介导的全基因组非编码调控元件（NCREs）删除筛选的方法，以研究NCREs在不同生物学背景下的功能。	首次采用配对单引导RNA库进行Cas9介导的NCREs全基因组删除筛选，揭示了NCREs的冗余功能及其在细胞生长和药物反应中的关键作用。	NA	研究非编码调控元件（NCREs）在不同生物学背景下的功能。	非编码调控元件（NCREs）及其在细胞生长和药物反应中的作用。	基因组学	NA	Cas9介导的基因编辑	NA	基因组数据	使用了K562和293T细胞系以及人类胚胎干细胞进行研究。
179	2024-08-11	Integration of miRNA in exosomes and single-cell RNA-seq profiles in endemic osteoarthritis, Kashin-Beck disease 2024 Jul-Aug, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.2033 PMID:38156801	研究论文	研究整合了外泌体中的miRNA和单细胞RNA测序数据，以探索卡欣-贝克病（KBD）中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法	首次综合分析了KBD患者血清和软骨细胞来源的外泌体miRNA与单细胞RNA测序数据，揭示了外泌体miRNA可能在通过细胞间通讯调节不同KBD软骨细胞群基因表达中的潜在作用	NA	探索卡欣-贝克病中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法	卡欣-贝克病（KBD）中的软骨细胞及其外泌体miRNA	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	血清来源的外泌体中鉴定出20个差异表达miRNA，软骨细胞来源的外泌体中鉴定出53个差异表达miRNA，以及16,063和57,316个预测目标基因
180	2024-08-11	A rule-based multiscale model of hepatic stellate cell plasticity: Critical role of the inactivation loop in fibrosis progression 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011858 PMID:39074160	研究论文	本研究开发了一种基于规则的多尺度模型，用于研究肝星状细胞在纤维化进展和逆转过程中的动态变化	首次在模型中考虑了肝星状细胞表型的异质性，并使用Kappa图形重写语言来克服时间爆炸问题	模型主要基于实验数据和理论假设，需要进一步的实验验证	研究肝星状细胞在慢性肝病中纤维化进展和逆转的动态变化	肝星状细胞及其在纤维化过程中的作用	NA	慢性肝病	Kappa图形重写语言	基于规则的模型	单细胞RNA测序数据	使用CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型和非酒精性脂肪性肝炎患者的RNA测序数据