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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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161 | 2024-08-07 |
Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data
2024-07-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68054-x
PMID:39048596
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞测序数据,在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征,用于胃癌的分层 | 首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征,并验证了其对预后和治疗反应的预测能力 | NA | 开发基于免疫衰老的基因特征,用于胃癌的分层和治疗选择 | 胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 测序技术 | 随机森林算法,多元Cox算法 | 转录组数据,单细胞数据 | 训练集为TCGA-STAD队列,验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列,以及复旦队列 |
162 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma
2024-07-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-65090-5
PMID:39043683
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研究论文 | 本研究旨在探讨内质网应激(ERS)在头颈部鳞状细胞癌(HNSC)中的预测价值及其与肿瘤微环境(TME)的相关性 | 本研究开发了一个由三个基因(ATF6, TRIB3, UBXN6)组成的ERS相关签名,具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值 | NA | 研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSC)中的内质网应激(ERS)相关基因及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序 | NA | mRNA, 单细胞RNA测序数据 | 基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析 |
163 | 2024-08-07 |
Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer
2024-Jul-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05472-5
PMID:39033271
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤坏死因子受体2(TNFR2)在三阴性乳腺癌(TNBC)化疗中通过调节糖酵解促进内皮细胞抑制CD8+ T细胞的作用。 | 首次揭示了TNFR2在TNBC化疗中通过调节内皮细胞的糖酵解活性来抑制CD8+ T细胞的机制。 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据,需要在人体中进一步验证。 | 揭示内皮细胞在TNBC化疗中对CD8+ T细胞的抑制作用及其机制。 | 三阴性乳腺癌患者接受紫杉醇治疗后的内皮细胞和CD8+ T细胞。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 涉及TNBC患者的内皮细胞和CD8+ T细胞样本 |
164 | 2024-08-07 |
The brain microvasculature is a primary mediator of interferon-α neurotoxicity in human cerebral interferonopathies
2024-Jul-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.017
PMID:38878770
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研究论文 | 本文研究了Aicardi-Goutières综合征(AGS)中神经毒性干扰素-α(IFN-α)的主要来源和目标,发现大脑微血管是IFN-α神经毒性的主要介质。 | 首次证明大脑是AGS中神经毒性IFN-α的主要来源,并通过单细胞RNA测序和小鼠模型验证了大脑微血管在IFN-α神经毒性中的作用。 | 研究主要基于小鼠模型,可能与人类AGS的实际情况存在差异。 | 确定Aicardi-Goutières综合征中神经毒性IFN-α的主要来源和目标,为治疗提供新的靶点。 | Aicardi-Goutières综合征中的神经毒性IFN-α及其在大脑微血管中的作用。 | NA | 自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序,磁共振成像(MRI),单分子ELISA | NA | RNA | 小鼠模型 |
165 | 2024-08-07 |
Dynamic development of microglia and macrophages after spinal cord injury
2024-Jul-29, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00063
PMID:39101644
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,探讨了脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的动态发展路径 | 研究发现小胶质细胞和巨噬细胞在脊髓损伤后表现出不同的结构和功能差异,并揭示了它们在疾病过程中的不同作用 | NA | 探讨脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其在炎症反应中的作用 | 小胶质细胞和巨噬细胞 | NA | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA | NA |
166 | 2024-08-07 |
Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients
2024-07-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55375-0
PMID:39034310
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,系统筛选多个数据库,以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞(CAFs)的最强标记,特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估 | 首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境(TME)组中的独特作用,并确定COL1A1为最有效的CAF标记 | 研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用,这可能导致临床应用中的混淆和障碍 | 旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未具体说明样本数量 |
167 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals SPP1-CD44-mediated macrophage-tumor cell interactions drive chemoresistance in TNBC
2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18525
PMID:38982317
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了三阴性乳腺癌(TNBC)中化疗耐药的机制 | 首次揭示了SPP1-CD44介导的巨噬细胞与肿瘤细胞相互作用在TNBC化疗耐药中的作用 | 研究样本量较小,仅包括五个化疗敏感和五个耐药的TNBC患者 | 探究三阴性乳腺癌化疗耐药的分子机制 | 三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 10个TNBC患者样本(5个化疗敏感和5个耐药) |
168 | 2024-08-07 |
Transition of signal requirement in hematopoietic stem cell development from hemogenic endothelial cells
2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404193121
PMID:39042698
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研究论文 | 本研究探讨了造血干细胞(HSCs)从造血内皮细胞(HECs)发育过程中的信号需求转变 | 首次展示了干细胞因子(SCF)和血小板生成素(TPO)在无血清和无饲养层培养条件下诱导E11.5前HSC-I分化为可植入的HSCs,并揭示了E10.5 HECs和E11.5前HSC-I分化为HSCs的不同信号需求 | 尚未确定从HECs诱导HSCs所需的最小因子 | 探讨HSCs从HECs发育过程中的信号需求转变及其分子机制 | 造血干细胞(HSCs)和造血内皮细胞(HECs) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | E10.5至E11.5的背主动脉及其周围组织和胎肝样本 |
169 | 2024-08-07 |
Tropism for ciliated cells is the dominant driver of influenza viral burst size in the human airway
2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2320303121
PMID:39008691
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研究论文 | 研究了不同上皮细胞类型对流感病毒在人呼吸道中的复制动力学和负担的影响 | 揭示了纤毛细胞在流感病毒爆发规模中的主导作用,并发现感染的分泌细胞与总体病毒输出减少相关 | NA | 探究不同上皮细胞类型对流感病毒复制动力学和负担的影响 | 人呼吸道中的不同上皮细胞类型 | NA | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个供体和30种独立分化条件下的原代人呼吸道培养物 |
170 | 2024-08-07 |
Single-cell atlas of human gingiva unveils a NETs-related neutrophil subpopulation regulating periodontal immunity
2024-Jul-30, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.07.028
PMID:39084404
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析牙龈组织,揭示了与中性粒细胞外陷阱(NETs)相关的中性粒细胞亚群在牙周免疫调节中的作用 | 首次构建了牙周微环境的单细胞图谱,并识别出与NETs相关的中性粒细胞亚群(NrNeu),揭示了牙龈成纤维细胞通过MIF-CD74/CXCR4轴促进NETs生成的具体机制 | NA | 展示NETs在牙周免疫病理中的重要功能和特定机制 | 牙龈组织中的中性粒细胞及其在牙周炎中的作用 | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本 |
171 | 2024-08-07 |
Fatecode enables cell fate regulator prediction using classification-supervised autoencoder perturbation
2024-Jul-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100819
PMID:38986613
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研究论文 | 本文提出了一种名为Fatecode的计算方法,用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞命运调控因子 | Fatecode利用深度学习分类监督自编码器学习单细胞RNA测序数据的潜在表示,并通过在潜在表示上进行模拟扰动实验来预测基因 | NA | 加速疾病或损伤后的恢复 | 细胞命运调控因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 不同生物的血液和大脑发育的单细胞RNA测序数据 |
172 | 2024-08-07 |
Directly selecting cell-type marker genes for single-cell clustering analyses
2024-Jul-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100810
PMID:38981475
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Festem的统计方法,用于直接选择细胞类型标记基因进行单细胞聚类分析 | Festem方法能够区分具有异质性分布的标记基因,这些基因对细胞聚类具有信息性,且能高精度地选择标记基因 | NA | 开发一种新的统计方法,用于直接选择细胞类型标记基因,以提高单细胞RNA测序研究中的细胞类型识别准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型及其标记基因 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个大型的肝内胆管癌数据集 |
173 | 2024-08-07 |
Comment on Hu et al. Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Role of Microglia in Fibrovascular Membrane of Proliferative Diabetic Retinopathy. Diabetes 2022;71:762-773
2024-Jul-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0041
PMID:38900953
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
174 | 2024-08-07 |
Metastasis and basement membrane-related signature enhances hepatocellular carcinoma prognosis and diagnosis by integrating single-cell RNA sequencing analysis and immune microenvironment assessment
2024-Jul-31, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05493-0
PMID:39085893
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析和免疫微环境评估,探讨了转移和基底膜相关标志物在肝细胞癌(HCC)预后和诊断中的作用。 | 本研究首次构建了基于转移和基底膜相关基因(MBRGs)的预后模型,并结合免疫相关算法分析了高风险和低风险组的免疫景观和活性。 | 研究样本主要来自TCGA和ICGC数据库,可能存在一定的选择偏倚;实验验证主要依赖于数据库分析,缺乏体内外实验的直接证据。 | 旨在通过研究转移和基底膜相关标志物,提高肝细胞癌患者的生存结果和治疗效果。 | 肝细胞癌(HCC)患者及其转移和基底膜相关基因(MBRGs)。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Cox回归分析 | 转录组数据 | 424名来自TCGA数据库的HCC患者和240名来自ICGC数据库的HCC患者 |
175 | 2024-08-07 |
scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae371
PMID:39060167
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研究论文 | 本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA,用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断 | scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布(ZINB)损失函数,结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略,优化了低表达基因的贡献 | NA | 开发一种新的细胞类型推断方法,以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力机制、图卷积网络(GCN) | 基因表达数据 | 15个单细胞RNA测序数据集 |
176 | 2024-08-07 |
Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis
2024-Jul-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278431.123
PMID:38981682
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研究论文 | 本文介绍了SiPSiC方法,用于在单细胞水平上推断通路活性,以进行更敏感的差异分析和细胞聚类 | SiPSiC方法能够在单细胞水平上更敏感地进行差异分析,并利用通路评分进行细胞聚类和计算UMAP等投影 | NA | 开发一种新方法来推断单细胞中的通路活性,以改进细胞聚类和差异分析 | COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因集 | NA |
177 | 2024-08-07 |
Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622
PMID:38917802
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研究论文 | 本研究分析了进行性多灶性白质脑病(PML)患者脑脊液(CSF)中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞,以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞,揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因 | NA | 研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用 | 进行性多灶性白质脑病(PML)患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞 | NA | 进行性多灶性白质脑病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | NA |
178 | 2024-08-07 |
Monitoring melanoma patients on treatment reveals a distinct macrophage population driving targeted therapy resistance
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101611
PMID:38942020
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者中耐药和响应肿瘤的细针抽吸物,揭示了与靶向治疗耐药相关的特定巨噬细胞群体。 | 发现了与靶向治疗耐药相关的POSTN基因及其信号传导的巨噬细胞群体,并证明了这些巨噬细胞通过CD44受体直接保护黑色素瘤细胞免受MEKi诱导的杀伤。 | NA | 揭示黑色素瘤靶向治疗耐药的机制 | 黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤样本 |
179 | 2024-08-07 |
Deciphering the role of ferroptosis in rheumatoid arthritis: Synovial transcriptome analysis and immune infiltration correlation
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33648
PMID:39091931
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和免疫浸润相关性探讨铁死亡在类风湿性关节炎中的作用 | 首次揭示了铁死亡相关基因在类风湿性关节炎中的表达及其与免疫细胞浸润的关系,并验证了TIMP1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探讨铁死亡在类风湿性关节炎发病机制中的作用 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 转录组差异基因分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、受试者工作特征(ROC)曲线分析、单细胞测序 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据 | 来自类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本 |
180 | 2024-08-07 |
Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms
2024-Jul-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100592
PMID:38925122
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研究论文 | 本文利用合成DNA条形码数据集来识别单细胞RNA测序(scRNA-seq)中的单细胞(singlets),并评估双细胞(doublets)检测算法 | 提出了一种新的框架“singletCode”,用于评估现有的双细胞检测方法,并利用真实单细胞数据训练机器学习分类器,该分类器在双细胞检测算法中表现更优 | NA | 开发一种新的方法来识别和评估scRNA-seq数据中的单细胞和双细胞 | 单细胞RNA测序数据中的单细胞和双细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 机器学习分类器 | RNA序列 | NA |