单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 505 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-09-27 |
Early-stage lung cancer is driven by a transitional cell state dependent on a KRAS-ITGA3-SRC axis
2024-Jul, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00113-5
PMID:38755258
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研究论文 | 研究探讨了KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系 | 通过单细胞RNA测序揭示了AT2细胞在早期肺腺癌中的过渡状态，并发现KRAS突变通过ITGA3-SRC轴影响这一状态 | 研究主要基于AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者的样本，可能需要更多临床样本验证 | 探讨KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系 | AT2细胞、小鼠、早期肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者 |
| 162 | 2024-09-23 |
Compound models and Pearson residuals for single-cell RNA-seq data without UMIs
2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.02.551637
PMID:37577688
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研究论文 | 本文提出了一种扩展非UMI单细胞RNA-seq数据标准化方法的复合模型，使用复合Pearson残差进行基因选择和数据嵌入 | 本文创新性地将复合分布应用于非UMI数据的建模，提出了复合Pearson残差方法，并发现放大分布可以用破幂律描述 | NA | 扩展Pearson残差方法至非UMI单细胞RNA-seq数据标准化 | 非UMI单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 复合模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 163 | 2024-09-23 |
Pan-cancer mapping of single CD8+ T cell profiles reveals a TCF1:CXCR6 axis regulating CD28 co-stimulation and anti-tumor immunity
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101640
PMID:38959885
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD28共刺激信号和抗肿瘤免疫中的作用 | 本文首次揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD8+ T细胞功能和抗肿瘤免疫中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 揭示CD8+ T细胞在不同肿瘤微环境中的表达程序，为下一代免疫疗法提供依据 | CD8+ T细胞在七种人类癌症中的表达模式 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 矩阵分解算法 | 基因表达数据 | 33,161个CD8+ T细胞样本，来自132名患有七种癌症的患者 |
| 164 | 2024-09-20 |
The role of the fibroblast in Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma
2024-Jul-01, Current opinion in gastroenterology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/MOG.0000000000001032
PMID:38626060
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综述 | 本文综述了间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用，并探讨了针对这些细胞的转化前景 | 通过单细胞RNA测序研究揭示了间质在发育信号传导和癌症启动中的新兴作用，并提出了针对癌症相关成纤维细胞的潜在治疗策略 | NA | 探讨间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用 | Barrett食管和食管腺癌中的间质和癌症相关成纤维细胞 | NA | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 165 | 2024-09-19 |
LncRNAs in the Dlk1-Dio3 Domain Are Essential for Mid-Embryonic Heart Development
2024-Jul-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25158184
PMID:39125754
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研究论文 | 研究了Dlk1-Dio3域中的长非编码RNA（lncRNA）在胚胎中期心脏发育中的关键作用 | 构建了转录终止模型，并通过插入终止序列阐明了Dlk1-Dio3域中lncRNA表达缺失导致母系插入突变体（MKI）和纯合突变体（HOMO）小鼠从E13.5开始死亡 | 未详细描述研究中使用的具体lncRNA种类及其在心脏发育中的具体机制 | 探讨Dlk1-Dio3域中的lncRNA在胚胎中期心脏发育中的作用 | Dlk1-Dio3域中的lncRNA及其在心脏发育中的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）、原位杂交（IHC） | NA | RNA | 母系插入突变体（MKI）、纯合突变体（HOMO）和亲本插入突变体（PKI）小鼠 |
| 166 | 2024-09-17 |
Deep learning approaches for non-coding genetic variant effect prediction: current progress and future prospects
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae446
PMID:39276327
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综述 | 本文综述了基于批量和单细胞测序数据的非编码变异模型的发展及其模型解释和下游任务 | 本文提供了对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述，并指出了改进的机会 | 当前方法在变异效应预测研究中存在局限性 | 探讨基因变异影响和调控机制，提供对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述 | 非编码变异及其对基因调控的影响 | 机器学习 | NA | 测序技术 | 深度学习模型 | 基因数据 | NA |
| 167 | 2024-09-17 |
scHyper: reconstructing cell-cell communication through hypergraph neural networks
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae436
PMID:39276328
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研究论文 | 提出了一种名为scHyper的新方法，通过超图神经网络从全局网络视角推断细胞间通信 | scHyper通过超图表示学习，能够重建细胞间通信得分，并识别所有细胞、配体和受体表达对通信得分的影响 | NA | 推断细胞间通信并识别其潜在影响 | 细胞间通信网络 | 机器学习 | NA | 超图神经网络 | 超图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 人类肿瘤微环境和免疫细胞数据 |
| 168 | 2024-09-17 |
Cancer-Associated Endocrine Cells Participate in Pancreatic Carcinogenesis
2024-Jul-22, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.016
PMID:39048054
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研究论文 | 研究探讨了胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）癌变过程中的作用及其与外分泌部分的相互作用 | 首次系统地描绘了PDAC中胰腺内分泌细胞的改变，并阐明了内分泌-外分泌相互作用的潜在机制 | NA | 探讨胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌癌变过程中的作用及其机制 | 胰腺内分泌细胞及其在胰腺导管腺癌中的变化 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组测序、多重免疫组化 | NA | 转录组数据 | 涉及正位移植小鼠、KrasLSL-G12DPdx1-Cre小鼠和KrasLSL-G12Dp53LoxPPdx1-CreER小鼠 |
| 169 | 2024-09-14 |
Generation of novel lipid metabolism-based signatures to predict prognosis and immunotherapy response for colorectal adenocarcinoma
2024-07-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67549-x
PMID:39060344
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研究论文 | 本研究旨在生成基于脂质代谢的特征，以预测结直肠腺癌（COAD）的预后和免疫治疗反应 | 本研究首次生成了基于脂质代谢的特征，用于预测COAD的预后和免疫治疗反应，并提供了潜在的治疗靶点 | 本研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限，未来需要更多验证性研究 | 生成基于脂质代谢的特征，预测结直肠腺癌的预后和免疫治疗反应 | 结直肠腺癌（COAD）患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自TCGA数据库的COAD患者数据，以及来自GSE132465数据集的单细胞RNA测序数据 |
| 170 | 2024-09-14 |
SFINN: inferring gene regulatory network from single-cell and spatial transcriptomic data with shared factor neighborhood and integrated neural network
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae433
PMID:38950180
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研究论文 | 本文介绍了一种基于共享因子邻域和集成神经网络（SFINN）的新型深度学习框架，用于从单细胞和空间转录组数据中推断转录因子与目标基因之间的潜在相互作用和因果关系 | SFINN利用共享因子邻域构建基于基因表达数据的细胞邻域网络，并整合来自空间位置信息的细胞网络，通过图卷积神经网络和全连接神经网络的集成框架来确定基因是否相互作用 | NA | 开发一种准确的基因调控网络（GRN）推断算法，以应对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的噪声、技术误差和丢失现象 | 单细胞和空间转录组数据中的转录因子与目标基因之间的相互作用和因果关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序 | 图卷积神经网络（GCN），全连接神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 171 | 2024-09-14 |
PredGCN: a Pruning-enabled Gene-Cell Net for automatic cell annotation of single cell transcriptome data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae421
PMID:38924517
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研究论文 | 本文提出了一种名为PredGCN的基因-细胞网络，用于单细胞转录组数据的自动细胞注释 | PredGCN结合了Coupled Gene-Cell Net和Gene Splicing Net以及Cell Stratification Net，并通过剪枝操作动态处理异质性细胞识别问题，优化子网络结构以提高细胞类型注释的准确性 | NA | 解决现有自动注释方法在深度学习分类器架构和训练数据质量与多样性方面的局限性 | 单细胞转录组数据的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 深度学习 | GCN | 转录组数据 | 多种物种的单细胞转录组数据 |
| 172 | 2024-09-14 |
ScType enables fast and accurate cell type identification from spatial transcriptomics data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae426
PMID:38936341
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scType的无解卷积标记细胞注释方法，用于从空间转录组数据中快速准确地识别细胞类型 | scType无需进行计算密集型的解卷积，也不需要大型单细胞参考图谱，从而实现了超快速且准确的细胞类型识别 | NA | 开发一种无需解卷积的细胞类型注释方法，以应对空间转录组技术分辨率的提高 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 173 | 2024-09-14 |
DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae434
PMID:38950178
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepGSEA的可解释深度基因集富集分析方法，用于单细胞转录组数据 | DeepGSEA利用可解释的原型神经网络，能够在单细胞基因表达数据中进行深入的基因集富集分析，并提供可视化的基因集分布 | NA | 开发一种新的深度学习方法，用于单细胞转录组数据的基因集富集分析，并提高分析的可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集富集分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 原型神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 174 | 2024-09-13 |
Immunological landscape of human lymphoid explants during measles virus infection
2024-Jul-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172261
PMID:39253971
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研究论文 | 研究了麻疹病毒感染人淋巴组织移植物时的免疫学事件 | 首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了麻疹病毒感染淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 样本量较小，仅涉及少数捐赠者的淋巴组织移植物 | 了解麻疹病毒感染淋巴结时的免疫学事件 | 人淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 免疫学 | 麻疹 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱分析 | NA | RNA、蛋白质 | 涉及5%-15%的细胞，来自多个捐赠者 |
| 175 | 2024-09-13 |
Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178213
PMID:39114979
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研究论文 | 研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎（PsA）的亚型及其发病机制 | 首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型，并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现 | 探讨银屑病关节炎的发病机制，并开发个性化治疗方案 | 银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型 | 免疫学 | 银屑病关节炎 | 空间转录组学和免疫荧光技术 | NA | 细胞和组织 | 来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清，以及NSG-SGM3转基因小鼠 |
| 176 | 2024-09-13 |
The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study
2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13868
PMID:39031921
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研究论文 | 研究银屑病和白癜风之间的潜在因果关系 | 首次通过单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析探索银屑病和白癜风之间的因果关系 | 样本主要来自欧洲人群，可能限制了研究结果的普遍性 | 探讨银屑病和白癜风之间是否存在因果关系 | 银屑病和白癜风患者的皮肤组织 | NA | 皮肤病 | 转录组测序、单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 261,018名欧洲个体，4510名银屑病患者，4680名白癜风患者 |
| 177 | 2024-09-11 |
Getting to the root of root-microbe interactions
2024 Jul-Sep, Science progress
IF:2.6Q2
DOI:10.1177/00368504241278783
PMID:39234658
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评论 | 本文总结了最近关于根系与微生物相互作用的研究成果，并提出了未来研究方向 | 强调了在解释微生物模式时需要考虑根系生理和形态等微环境变异 | NA | 探讨根系与微生物相互作用及其对生态系统功能和养分流动的影响 | 细根（直径小于2毫米）及其与微生物的相互作用 | NA | NA | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-09-10 |
CRISPR-CasRx-mediated disruption of Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2 genes reduces intraocular pressure and retinal ganglion cell damage in mice
2024-Jul-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50050-4
PMID:39080269
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研究论文 | 研究使用CRISPR-CasRx技术干扰Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2基因在小鼠中的表达，以降低眼内压并保护视网膜神经节细胞 | 首次使用CasRx技术干扰与房水循环相关的基因，显著降低小鼠眼内压并保护视网膜神经节细胞 | 研究仅在雌性小鼠中进行，结果的普遍性有待验证 | 探索通过基因干扰降低眼内压并保护视网膜神经节细胞的新方法 | 雌性小鼠的眼内压和视网膜神经节细胞 | 基因编辑 | 青光眼 | CRISPR-CasRx | NA | 单细胞测序数据 | 雌性小鼠 |
| 179 | 2024-09-07 |
Pericytes recruited by CCL28 promote vascular normalization after anti-angiogenesis therapy through RA/RXRA/ANGPT1 pathway in lung adenocarcinoma
2024-Jul-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03135-3
PMID:39075504
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研究论文 | 研究了CCL28在抗血管生成治疗后通过RA/RXRA/ANGPT1途径促进肺腺癌血管正常化的分子机制 | 首次详细报道了抗血管生成治疗后血管正常化的分子机制 | NA | 探讨抗血管生成治疗后肿瘤血管正常化的分子机制 | 肺腺癌细胞和人源及鼠源的肺腺癌细胞系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞测序、免疫荧光、多重免疫组化、磁激活细胞分选、实时定量PCR、Western blotting、LC-MS技术、ChIP-qPCR | NA | 细胞、组织 | 人源肺腺癌细胞系A549和鼠源肺腺癌细胞系LLC，以及临床活检样本和原代肺腺癌肿瘤组织中的周细胞 |
| 180 | 2024-09-07 |
Communication between alveolar macrophages and fibroblasts via the TNFSF12-TNFRSF12A pathway promotes pulmonary fibrosis in severe COVID-19 patients
2024-Jul-29, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05381-7
PMID:39075394
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研究论文 | 研究探讨了TNFSF12-TNFRSF12A通路在严重COVID-19患者中促进肺纤维化的机制 | 首次揭示了TNFSF12-TNFRSF12A通路在肺泡巨噬细胞和成纤维细胞间通信中的关键作用 | 研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证 | 探讨严重COVID-19患者中肺纤维化的细胞通信机制 | 肺泡巨噬细胞和成纤维细胞 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 严重COVID-19患者和健康对照的肺组织样本 |