单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-13	Decoding Clonal Hematopoiesis: Emerging Themes and Novel Mechanistic Insights 2024-Jul-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152634 PMID:39123361	综述	本文综述了克隆性造血（CH）的细胞机制及其与炎症因子的关系	揭示了CH在老年人群中的普遍性及早期启动的可能性，并探讨了环境因素通过异常炎症促进克隆扩增和疾病进展的机制	克隆性造血现象的许多方面仍待阐明，精确机制、特定环境下的驱动因素及克隆扩增途径尚未完全建立	探讨克隆性造血的细胞机制及其与炎症因子的关系	克隆性造血及其相关疾病	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
142	2024-08-13	VNN2-expressing circulating monocytes exhibit unique functional characteristics and are decreased in patients with primary Sjögren's syndrome 2024-Jul, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103275 PMID:38936146	研究论文	本研究旨在阐明外周血单核细胞中VNN2表达的意义及其在原发性干燥综合征（pSS）中的临床相关性	研究首次发现VNN2在单核细胞中的高表达，并探讨了其在pSS中的潜在作用和诊断价值	研究主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术，未涉及VNN2功能的具体机制研究	阐明VNN2在原发性干燥综合征中的临床意义	外周血单核细胞中的VNN2表达	NA	原发性干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	未具体说明样本数量
143	2024-08-12	Regulatory B Cells Expressing Granzyme B from Tolerant Renal Transplant Patients: Highly Differentiated B Cells with a Unique Pathway with a Specific Regulatory Profile and Strong Interactions with Immune System Cells 2024-Jul-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13151287 PMID:39120317	研究论文	研究旨在确定表达粒酶B的调节性B细胞（GZMB B细胞）是否在具有肾移植耐受性的患者血液中富集	首次展示了自然GZMB B细胞在基因表达上与自然杀伤细胞和调节性B细胞的特异性，并发现这些细胞具有高度分化特征和独特的转录因子KLF13相关轨迹	研究样本量较小，仅包括三组不同治疗状态的肾移植患者	探讨GZMB B细胞在肾移植耐受患者中的富集情况及其对免疫系统的调节作用	肾移植患者的血液中的GZMB B细胞	免疫学	肾移植	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	9名肾移植患者（稳定移植功能患者3名，无药耐受患者3名，抗体介导排斥反应患者3名）
144	2024-08-12	A comparison of scRNA-seq annotation methods based on experimentally labeled immune cell subtype dataset 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae392 PMID:39120646	研究论文	本研究构建了一个实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集，并系统评估了18种细胞注释方法	首次使用实验标记的免疫细胞亚型数据集来评估细胞注释方法，揭示了无监督聚类方法的不足，并为监督方法提供了新的数据集支持	无监督聚类方法无法完全拟合实际的细胞类型分布	评估和比较不同细胞注释方法在单细胞数据分析中的效果	免疫细胞亚型单细胞数据集和18种细胞注释方法	单细胞测序	NA	scRNA-seq	SVM, scBERT, scDeepSort, Seurat	单细胞数据	同一批次实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集
145	2024-08-12	Integrating single-cell RNA-seq to identify fibroblast-based molecular subtypes for predicting prognosis and therapeutic response in bladder cancer 2024-Jul-18, Aging DOI:10.18632/aging.206021 PMID:39033778	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，通过识别纤维母细胞标记基因，为膀胱癌患者建立了基于分子亚型的预后和治疗反应预测模型	首次基于纤维母细胞标记基因建立了一个新的预后和免疫治疗反应预测模型	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别膀胱癌的分子亚型，以预测患者的预后和治疗反应	膀胱癌患者的纤维母细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	UMAP	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
146	2024-08-12	Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs 2024-Jul, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-024-01204-8 PMID:38778183	研究论文	本文报道了一种利用配对单引导RNA库进行Cas9介导的全基因组非编码调控元件（NCREs）删除筛选的方法，以研究NCREs在不同生物学背景下的功能。	首次采用配对单引导RNA库进行Cas9介导的NCREs全基因组删除筛选，揭示了NCREs的冗余功能及其在细胞生长和药物反应中的关键作用。	NA	研究非编码调控元件（NCREs）在不同生物学背景下的功能。	非编码调控元件（NCREs）及其在细胞生长和药物反应中的作用。	基因组学	NA	Cas9介导的基因编辑	NA	基因组数据	使用了K562和293T细胞系以及人类胚胎干细胞进行研究。
147	2024-08-11	Integration of miRNA in exosomes and single-cell RNA-seq profiles in endemic osteoarthritis, Kashin-Beck disease 2024 Jul-Aug, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.2033 PMID:38156801	研究论文	研究整合了外泌体中的miRNA和单细胞RNA测序数据，以探索卡欣-贝克病（KBD）中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法	首次综合分析了KBD患者血清和软骨细胞来源的外泌体miRNA与单细胞RNA测序数据，揭示了外泌体miRNA可能在通过细胞间通讯调节不同KBD软骨细胞群基因表达中的潜在作用	NA	探索卡欣-贝克病中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法	卡欣-贝克病（KBD）中的软骨细胞及其外泌体miRNA	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	血清来源的外泌体中鉴定出20个差异表达miRNA，软骨细胞来源的外泌体中鉴定出53个差异表达miRNA，以及16,063和57,316个预测目标基因
148	2024-08-11	A rule-based multiscale model of hepatic stellate cell plasticity: Critical role of the inactivation loop in fibrosis progression 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011858 PMID:39074160	研究论文	本研究开发了一种基于规则的多尺度模型，用于研究肝星状细胞在纤维化进展和逆转过程中的动态变化	首次在模型中考虑了肝星状细胞表型的异质性，并使用Kappa图形重写语言来克服时间爆炸问题	模型主要基于实验数据和理论假设，需要进一步的实验验证	研究肝星状细胞在慢性肝病中纤维化进展和逆转的动态变化	肝星状细胞及其在纤维化过程中的作用	NA	慢性肝病	Kappa图形重写语言	基于规则的模型	单细胞RNA测序数据	使用CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型和非酒精性脂肪性肝炎患者的RNA测序数据
149	2024-08-10	Integrative and comprehensive pan-cancer analysis of ubiquitin specific peptidase 11 (USP11) as a prognostic and immunological biomarker 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34523 PMID:39114046	研究论文	本文通过综合分析多个来源的数据，评估了泛癌研究中作为预后和免疫生物标志物的重要性	首次全面评估了在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的预测作用	NA	研究作为泛癌研究中的预后和免疫生物标志物的作用	在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的影响	数字病理学	多种癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	包括五个免疫治疗队列，三十三个TCGA队列，十六个GEO队列，其中两个涉及单细胞转录组数据
150	2024-08-10	Targeting CD73 limits tumor progression and enhances anti-tumor activity of anti-PD-1 therapy in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jul-13, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05869-1 PMID:39002018	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点阻断疗法（ICBs）在肝内胆管癌（iCCA）中疗效不佳的潜在机制，并探索基于ICB的合理联合治疗方案	发现CD73抑制剂AB680能限制肿瘤进展并增强GC化疗或抗PD-1治疗的疗效，同时有效引发抗肿瘤免疫反应	NA	解析免疫检查点阻断疗法在肝内胆管癌中疗效不佳的潜在机制，并探索有效的联合治疗方案	肝内胆管癌（iCCA）患者及肿瘤细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序、Western blot、时间飞行质谱（CyTOF）	NA	基因表达数据、蛋白质信号通路数据、免疫细胞功能数据	使用GSE151530数据集进行分析，构建了皮下肿瘤异种移植模型和自发性的AKT/NICD诱导的鼠iCCA模型
151	2024-08-10	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于适应性免疫受体谱分析的工作流程，该工作流程采用了Immcantation框架，支持批量和单细胞AIRR-seq数据的处理	nf-core/airrflow提供了对样本的并行处理能力，增强了可扩展性和高性能计算基础设施的便携性	NA	开发一个高效的工作流程，用于处理和分析适应性免疫受体谱数据	适应性免疫受体谱数据，包括批量和单细胞序列数据	生物信息学	传染病	AIRR-seq	NA	序列数据	分析了97名COVID-19感染者和99名健康对照者的数据
152	2024-08-10	Deletion of the Mitochondrial Membrane Protein Fam210b Is Associated with the Development of Systemic Lupus Erythematosus 2024-Jul-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137253 PMID:39000360	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9方法构建Fam210b基因敲除小鼠，探讨Fam210b在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用	首次实验证明Fam210b基因敲除与SLE发病机制的相关性，并揭示了通过ROS过量产生引发SLE的可能性	NA	验证Fam210b在SLE中的作用及其可能的分子机制	Fam210b基因敲除小鼠及其在SLE中的表现	NA	系统性红斑狼疮	CRISPR-Cas9	NA	单细胞测序数据	Fam210b基因敲除小鼠
153	2024-08-09	Single-cell transcriptomic insights into chemotherapy-induced remodeling of the osteosarcoma tumor microenvironment 2024-Jul-20, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05787-2 PMID:39033089	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了化疗前后骨肉瘤患者的肿瘤样本，揭示了化疗对肿瘤微环境的复杂影响	研究发现化疗导致骨肉瘤细胞表达更多与干细胞相关的基因，并增强了癌症相关成纤维细胞的能力，同时增加了内皮细胞的数量但降低了其分化能力	NA	深入了解化疗如何重塑骨肉瘤的局部环境，以推进骨肉瘤治疗方案的发展	骨肉瘤患者的肿瘤样本	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	化疗前后收集的骨肉瘤患者肿瘤样本
154	2024-08-09	Therapeutic potential of the secreted Kazal-type serine protease inhibitor SPINK4 in colitis 2024-Jul-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50048-y PMID:38997284	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了炎症性肠病早期黏膜损伤与杯状细胞（GC）耗竭的关系，发现Kazal型丝氨酸蛋白酶抑制剂SPINK4在结肠炎肠道中的动态调节与疾病活动平行，并探讨了其在结肠炎治疗中的潜在治疗作用。	发现SPINK4在结肠炎中的动态调节，并证实其与现有TNF-α抑制剂infliximab在治疗结肠炎中的协同作用，以及通过Kazal样基序调节EGFR-Wnt/β-catenin和Hippo通路促进GC分化。	NA	探讨SPINK4在炎症性肠病中的作用及其作为治疗和诊断标志物的潜力。	SPINK4在结肠炎中的调节及其治疗潜力。	NA	炎症性肠病	单细胞测序	NA	NA	Spink4条件性敲除小鼠及健康对照
155	2024-08-08	Identifying MSMO1, ELOVL6, AACS, and CERS2 related to lipid metabolism as biomarkers of Parkinson's disease 2024-07-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68585-3 PMID:39080336	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和机器学习方法，识别与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物。	首次将MSMO1, ELOVL6, AACS, 和CERS2作为与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物进行研究。	NA	旨在识别与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物。	帕金森病患者中的脂质代谢相关基因。	生物信息学	帕金森病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, qRT-PCR	反向传播神经网络	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
156	2024-08-08	Sustained generation of neurons destined for neocortex with oxidative metabolic upregulation upon filamin abrogation 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110199 PMID:38989458	研究论文	本文研究了在小鼠模型中通过抑制Flna和Flnb基因，成年V-SVZ区域是否能持续产生类似上层大脑皮层神经元的神经元	首次展示了成年V-SVZ区域通过上调氧化磷酸化、线粒体生物合成和血管丰富度，能够持续产生类似上层大脑皮层神经元的神经元	NA	探讨成年V-SVZ区域是否具有产生大脑皮层神经元的能力	小鼠模型中的V-SVZ区域	神经科学	NA	空间转录组学分析	NA	转录组数据	NA
157	2024-08-08	Mechanical stress during confined migration causes aberrant mitoses and c-MYC amplification 2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404551121 PMID:38990945	研究论文	研究机械应力在限制性迁移过程中对肿瘤细胞基因组完整性的影响	发现机械应力在转移性迁移过程中通过c-MYC位点扩增促进基因毒性和致癌事件，并绕过检查点控制	NA	探究转移性间质迁移产生的机械应力是否导致肿瘤细胞染色体不稳定性的增强	转移性肿瘤细胞在限制性迁移过程中的行为	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	图像	NA
158	2024-08-07	Feature selection followed by a novel residuals-based normalization that includes variance stabilization simplifies and improves single-cell gene expression analysis 2024-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05872-w PMID:39080559	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析流程，包括特征选择和基于残差的方差稳定归一化方法	提出了一种新的特征选择方法和基于残差的方差稳定归一化方法，该方法在归一化前进行特征选择，并使用稳定基因来减少系统偏差	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析流程，提高下游聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	生物已知和模拟的单细胞RNA测序数据集
159	2024-08-07	Machine learning identifies key cells and therapeutic targets during ferroptosis after spinal cord injury 2024-Jul-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00037 PMID:39104165	研究论文	本研究通过机器学习方法分析了脊髓损伤后铁死亡过程中的关键细胞和治疗靶点	首次通过随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法识别了脊髓损伤后铁死亡的关键基因Atf3和Piezo1，并验证了潜在药物治疗的有效性	NA	揭示铁死亡在脊髓损伤治疗中的重要作用，并识别关键细胞类型和基因	脊髓损伤后的铁死亡过程及其治疗靶点	机器学习	脊髓损伤	RNA测序	随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法	RNA测序数据	使用GSE47681、GSE5296和GSE162610数据集
160	2024-08-07	Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction 2024-07-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67537-1 PMID:39068182	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型，深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能	揭示了11种不同的微胶质细胞亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络，同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型，用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性	NA	深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制，并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度	阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析	卷积神经网络	基因表达数据	NA