单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-10-06	Impending HCC diagnosis in patients with cirrhosis after HCV cure features a natural killer cell signature 2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000804 PMID:38381525	研究论文	研究探讨了在HCV治愈后肝硬化患者中自然杀伤细胞（NK细胞）的特征，以预测肝细胞癌（HCC）的发展	首次揭示了HCV治愈后肝硬化患者中NK细胞的特征与HCC发展的关联，特别是TIM-3和CD38的高表达	研究样本量较小，仅涵盖8个队列，可能影响结果的普适性	探讨HCV治愈后肝硬化患者中NK细胞的特征，以预测HCC的发展	HCV治愈后肝硬化患者的NK细胞特征及其与HCC发展的关联	NA	肝癌	单细胞测序	NA	细胞	8个队列，包括HCV治愈后肝硬化患者和健康对照
142	2024-10-06	Oleic acid-PPARγ-FABP4 loop fuels cholangiocarcinoma colonization in lymph node metastases microenvironment 2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000784 PMID:38377465	研究论文	研究探讨了油酸-PPARγ-FABP4循环在胆管癌淋巴结转移微环境中的作用	揭示了油酸-PPARγ-FABP4正反馈循环在胆管癌淋巴结转移中的关键作用，并提出了针对这一循环的潜在治疗策略	NA	探究胆管癌在淋巴结微环境中的定植机制，特别是代谢重编程的作用	胆管癌及其淋巴结转移	NA	胆管癌	单细胞RNA测序、代谢组学、CRISPR/Cas9筛选	NA	RNA	来自患者的原发肿瘤病灶和配对的淋巴结转移样本
143	2024-10-05	The dynamic behavior of chromatophores marks the transition from bands to spots in leopard geckos 2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400486121 PMID:38976731	研究论文	研究豹纹守宫皮肤颜色从带状到斑点的转变过程	首次揭示了豹纹守宫皮肤颜色从带状到斑点的转变机制，并通过遗传分析和单细胞转录组学分析确定了关键基因的作用	研究主要集中在豹纹守宫的特定基因型，可能不适用于其他物种或基因型	探讨爬行动物皮肤颜色形成的发育过程和分子信号通路	豹纹守宫的带状和斑点皮肤模式	NA	NA	单细胞转录组学分析	NA	基因序列	豹纹守宫的胚胎皮肤样本
144	2024-10-04	Circadian control of tumor immunosuppression affects efficacy of immune checkpoint blockade 2024-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01859-0 PMID:38806707	研究论文	研究昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响	首次揭示了昼夜节律对免疫抑制细胞丰度的调控作用，并展示了时间依赖的免疫检查点阻断疗法效果	NA	探讨昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响	结直肠癌模型中的免疫抑制细胞和细胞毒性CD8 T细胞	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
145	2024-09-28	Benchmarking Algorithms for Gene Set Scoring of Single-cell ATAC-seq Data 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae014 PMID:39049508	研究论文	本文系统地评估了十种基因集评分（GSS）工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能	首次系统地比较了多种GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的表现，并提供了实用的选择指南	研究主要集中在GSS工具的性能评估，未深入探讨其生物学意义	评估现有GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能	单细胞ATAC-seq数据和GSS工具	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	NA	基因集评分数据	多达十个单细胞ATAC-seq数据集
146	2024-09-28	Opportunities and Challenges in Advancing Plant Research with Single-cell Omics 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae026 PMID:38996445	综述	本文综述了单细胞组学技术在植物研究中的应用及其面临的挑战	介绍了单细胞转录组学、表观组学、蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学等技术在植物科学中的应用	单细胞技术在植物中的应用受到细胞结构的限制	探讨单细胞组学技术在植物系统中的进展、未来研究应用及其面临的挑战	植物细胞类型及其发育过程	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
147	2024-09-27	Early-stage lung cancer is driven by a transitional cell state dependent on a KRAS-ITGA3-SRC axis 2024-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00113-5 PMID:38755258	研究论文	研究探讨了KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系	通过单细胞RNA测序揭示了AT2细胞在早期肺腺癌中的过渡状态，并发现KRAS突变通过ITGA3-SRC轴影响这一状态	研究主要基于AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者的样本，可能需要更多临床样本验证	探讨KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系	AT2细胞、小鼠、早期肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者
148	2024-09-23	Compound models and Pearson residuals for single-cell RNA-seq data without UMIs 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.02.551637 PMID:37577688	研究论文	本文提出了一种扩展非UMI单细胞RNA-seq数据标准化方法的复合模型，使用复合Pearson残差进行基因选择和数据嵌入	本文创新性地将复合分布应用于非UMI数据的建模，提出了复合Pearson残差方法，并发现放大分布可以用破幂律描述	NA	扩展Pearson残差方法至非UMI单细胞RNA-seq数据标准化	非UMI单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	复合模型	RNA-seq数据	NA
149	2024-09-23	Pan-cancer mapping of single CD8+ T cell profiles reveals a TCF1:CXCR6 axis regulating CD28 co-stimulation and anti-tumor immunity 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101640 PMID:38959885	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD28共刺激信号和抗肿瘤免疫中的作用	本文首次揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD8+ T细胞功能和抗肿瘤免疫中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	揭示CD8+ T细胞在不同肿瘤微环境中的表达程序，为下一代免疫疗法提供依据	CD8+ T细胞在七种人类癌症中的表达模式	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	矩阵分解算法	基因表达数据	33,161个CD8+ T细胞样本，来自132名患有七种癌症的患者
150	2024-09-20	The role of the fibroblast in Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma 2024-Jul-01, Current opinion in gastroenterology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/MOG.0000000000001032 PMID:38626060	综述	本文综述了间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用，并探讨了针对这些细胞的转化前景	通过单细胞RNA测序研究揭示了间质在发育信号传导和癌症启动中的新兴作用，并提出了针对癌症相关成纤维细胞的潜在治疗策略	NA	探讨间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用	Barrett食管和食管腺癌中的间质和癌症相关成纤维细胞	NA	食管腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
151	2024-09-19	LncRNAs in the Dlk1-Dio3 Domain Are Essential for Mid-Embryonic Heart Development 2024-Jul-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25158184 PMID:39125754	研究论文	研究了Dlk1-Dio3域中的长非编码RNA（lncRNA）在胚胎中期心脏发育中的关键作用	构建了转录终止模型，并通过插入终止序列阐明了Dlk1-Dio3域中lncRNA表达缺失导致母系插入突变体（MKI）和纯合突变体（HOMO）小鼠从E13.5开始死亡	未详细描述研究中使用的具体lncRNA种类及其在心脏发育中的具体机制	探讨Dlk1-Dio3域中的lncRNA在胚胎中期心脏发育中的作用	Dlk1-Dio3域中的lncRNA及其在心脏发育中的影响	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）、原位杂交（IHC）	NA	RNA	母系插入突变体（MKI）、纯合突变体（HOMO）和亲本插入突变体（PKI）小鼠
152	2024-09-17	Deep learning approaches for non-coding genetic variant effect prediction: current progress and future prospects 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae446 PMID:39276327	综述	本文综述了基于批量和单细胞测序数据的非编码变异模型的发展及其模型解释和下游任务	本文提供了对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述，并指出了改进的机会	当前方法在变异效应预测研究中存在局限性	探讨基因变异影响和调控机制，提供对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述	非编码变异及其对基因调控的影响	机器学习	NA	测序技术	深度学习模型	基因数据	NA
153	2024-09-17	scHyper: reconstructing cell-cell communication through hypergraph neural networks 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae436 PMID:39276328	研究论文	提出了一种名为scHyper的新方法，通过超图神经网络从全局网络视角推断细胞间通信	scHyper通过超图表示学习，能够重建细胞间通信得分，并识别所有细胞、配体和受体表达对通信得分的影响	NA	推断细胞间通信并识别其潜在影响	细胞间通信网络	机器学习	NA	超图神经网络	超图神经网络	单细胞RNA测序数据	人类肿瘤微环境和免疫细胞数据
154	2024-09-17	Cancer-Associated Endocrine Cells Participate in Pancreatic Carcinogenesis 2024-Jul-22, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.016 PMID:39048054	研究论文	研究探讨了胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）癌变过程中的作用及其与外分泌部分的相互作用	首次系统地描绘了PDAC中胰腺内分泌细胞的改变，并阐明了内分泌-外分泌相互作用的潜在机制	NA	探讨胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌癌变过程中的作用及其机制	胰腺内分泌细胞及其在胰腺导管腺癌中的变化	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组测序、多重免疫组化	NA	转录组数据	涉及正位移植小鼠、KrasLSL-G12DPdx1-Cre小鼠和KrasLSL-G12Dp53LoxPPdx1-CreER小鼠
155	2024-09-14	Generation of novel lipid metabolism-based signatures to predict prognosis and immunotherapy response for colorectal adenocarcinoma 2024-07-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67549-x PMID:39060344	研究论文	本研究旨在生成基于脂质代谢的特征，以预测结直肠腺癌（COAD）的预后和免疫治疗反应	本研究首次生成了基于脂质代谢的特征，用于预测COAD的预后和免疫治疗反应，并提供了潜在的治疗靶点	本研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限，未来需要更多验证性研究	生成基于脂质代谢的特征，预测结直肠腺癌的预后和免疫治疗反应	结直肠腺癌（COAD）患者	数字病理	结直肠癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自TCGA数据库的COAD患者数据，以及来自GSE132465数据集的单细胞RNA测序数据
156	2024-09-14	SFINN: inferring gene regulatory network from single-cell and spatial transcriptomic data with shared factor neighborhood and integrated neural network 2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae433 PMID:38950180	研究论文	本文介绍了一种基于共享因子邻域和集成神经网络（SFINN）的新型深度学习框架，用于从单细胞和空间转录组数据中推断转录因子与目标基因之间的潜在相互作用和因果关系	SFINN利用共享因子邻域构建基于基因表达数据的细胞邻域网络，并整合来自空间位置信息的细胞网络，通过图卷积神经网络和全连接神经网络的集成框架来确定基因是否相互作用	NA	开发一种准确的基因调控网络（GRN）推断算法，以应对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的噪声、技术误差和丢失现象	单细胞和空间转录组数据中的转录因子与目标基因之间的相互作用和因果关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	图卷积神经网络（GCN），全连接神经网络	基因表达数据	NA
157	2024-09-14	PredGCN: a Pruning-enabled Gene-Cell Net for automatic cell annotation of single cell transcriptome data 2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae421 PMID:38924517	研究论文	本文提出了一种名为PredGCN的基因-细胞网络，用于单细胞转录组数据的自动细胞注释	PredGCN结合了Coupled Gene-Cell Net和Gene Splicing Net以及Cell Stratification Net，并通过剪枝操作动态处理异质性细胞识别问题，优化子网络结构以提高细胞类型注释的准确性	NA	解决现有自动注释方法在深度学习分类器架构和训练数据质量与多样性方面的局限性	单细胞转录组数据的细胞类型注释	生物信息学	NA	深度学习	GCN	转录组数据	多种物种的单细胞转录组数据
158	2024-09-14	ScType enables fast and accurate cell type identification from spatial transcriptomics data 2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae426 PMID:38936341	研究论文	本文介绍了一种名为scType的无解卷积标记细胞注释方法，用于从空间转录组数据中快速准确地识别细胞类型	scType无需进行计算密集型的解卷积，也不需要大型单细胞参考图谱，从而实现了超快速且准确的细胞类型识别	NA	开发一种无需解卷积的细胞类型注释方法，以应对空间转录组技术分辨率的提高	空间转录组数据中的细胞类型	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
159	2024-09-14	DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data 2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae434 PMID:38950178	研究论文	本文介绍了一种名为DeepGSEA的可解释深度基因集富集分析方法，用于单细胞转录组数据	DeepGSEA利用可解释的原型神经网络，能够在单细胞基因表达数据中进行深入的基因集富集分析，并提供可视化的基因集分布	NA	开发一种新的深度学习方法，用于单细胞转录组数据的基因集富集分析，并提高分析的可解释性	单细胞转录组数据中的基因集富集分析	机器学习	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	原型神经网络	基因表达数据	NA
160	2024-09-13	Immunological landscape of human lymphoid explants during measles virus infection 2024-Jul-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172261 PMID:39253971	研究论文	研究了麻疹病毒感染人淋巴组织移植物时的免疫学事件	首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了麻疹病毒感染淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况	样本量较小，仅涉及少数捐赠者的淋巴组织移植物	了解麻疹病毒感染淋巴结时的免疫学事件	人淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况	免疫学	麻疹	单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱分析	NA	RNA、蛋白质	涉及5%-15%的细胞，来自多个捐赠者