单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 505 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-10-25 |
Spatial transcriptomics implicates impaired BMP signaling in NF1 fracture pseudarthrosis in murine and patient tissues
2024-Jul-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176802
PMID:38990653
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研究论文 | 本文通过空间转录组学研究了NF1缺陷小鼠和患者组织中骨折假关节形成过程中BMP信号通路的异常 | 首次通过空间转录组学分析揭示了NF1缺陷小鼠和患者骨折假关节形成过程中BMP信号通路的异常，并提供了潜在的治疗干预策略 | 研究仅限于小鼠模型和单个患者样本，需要进一步验证和扩展 | 探讨NF1缺陷小鼠和患者骨折假关节形成过程中的分子机制 | NF1缺陷小鼠和患者的骨折组织 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和单个患者样本 |
| 122 | 2024-10-25 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175047
PMID:38954467
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研究论文 | 研究探讨了肥胖状态下膈肌纤维化和脂肪生成间质扩张及其收缩功能障碍的机制 | 首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）在肥胖诱导的膈肌重塑和收缩功能障碍中的关键作用 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 探究肥胖状态下膈肌功能障碍的病理生理机制 | 肥胖小鼠的膈肌 | NA | 肥胖 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 野生型（WT）和Thbs1敲除（Thbs1-/-）小鼠的膈肌样本 |
| 123 | 2024-10-24 |
Imputing abundance of over 2500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles
2024-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.31.605432
PMID:39131290
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组中大规模预测细胞表面蛋白的丰度 | SPIDER模型能够更好地泛化到各种上下文，如不同组织或疾病状态，并且能够预测超过2500种细胞表面蛋白的丰度 | NA | 开发一种能够从单细胞转录组数据中大规模预测细胞表面蛋白丰度的计算方法 | 细胞表面蛋白的丰度预测及其在细胞类型注释、生物标志物/靶点识别和细胞间相互作用分析中的应用 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 深度集成模型 | 转录组数据 | NA |
| 124 | 2024-10-24 |
Integrative, high-resolution analysis of single cells across experimental conditions with PARAFAC2
2024-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.29.605698
PMID:39131377
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研究论文 | 本文介绍了使用PARAFAC2方法对跨实验条件的单细胞数据进行高分辨率分析 | 提出了PARAFAC2方法，能够在不限制假设的情况下，灵活处理跨实验条件的单细胞数据，并有效分离条件间和细胞间的变异 | NA | 开发有效的工具来探索和分析大规模单细胞测量数据 | 单细胞RNA测序数据，特别是外周免疫细胞在药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本中的数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | PARAFAC2 | 基因表达数据 | 涉及药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本的单细胞RNA测序实验 |
| 125 | 2024-10-24 |
Modulation of Neuronal Excitability and Plasticity by BHLHE41 Conveys Lithium Non-Responsiveness
2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.25.605130
PMID:39372797
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研究论文 | 研究探讨了BHLHE41基因对锂非应答性的影响及其在神经元兴奋性和可塑性中的作用 | 首次揭示了BHLHE41基因在锂非应答性中的关键作用，并通过基因集富集分析和单细胞RNA测序等技术，深入研究了锂在神经元代谢和兴奋性中的细胞特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究锂非应答性的分子机制及其与BHLHE41基因的关系 | 双敲除突变小鼠（DKO）的神经元兴奋性和可塑性 | 神经科学 | 双相情感障碍 | 基因集富集分析、单细胞RNA测序、膜片钳记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据 | 双敲除突变小鼠（DKO） |
| 126 | 2024-10-24 |
Genetic evolution of keratinocytes to cutaneous squamous cell carcinoma
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604673
PMID:39091884
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研究论文 | 研究了表皮角质形成细胞向皮肤鳞状细胞癌的遗传演变过程 | 通过多组学分析和单细胞突变分析，揭示了皮肤癌变过程中分子转变的关键事件 | NA | 理解皮肤癌变过程中分子层面的转变 | 表皮角质形成细胞、光化性角化病和鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞突变分析、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 涉及正常皮肤、光化性角化病和鳞状细胞癌的多个样本 |
| 127 | 2024-10-24 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 研究了多能心脏咽部祖细胞在细胞周期驱动下获得多谱系能力的过程 | 首次揭示了转录组成熟过程与细胞周期进展之间的耦合关系，并提出了“行为能力”的概念 | 研究仅限于tunicate Ciona，可能不适用于其他物种 | 探讨多能心脏咽部祖细胞如何通过细胞周期进展获得多谱系能力 | 多能心脏咽部祖细胞及其在细胞周期不同阶段的转录组动态 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及tunicate Ciona的多能心脏咽部祖细胞 |
| 128 | 2024-10-24 |
The role of polycystic kidney disease-like homologs in planarian nervous system regeneration and function
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603829
PMID:39091889
|
研究论文 | 研究了多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 首次全面分析了涡虫基因组中所有相关基因的表达和功能，并开发了用于机械感觉刺激获取和分析的自动化设置 | 对数十种神经亚型的功能了解仍然不足 | 探讨多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 涡虫的神经系统再生和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及无性和雌雄同体两种涡虫品系 |
| 129 | 2024-10-24 |
Transcriptional, developmental, and functional parallels of lymphatic and venous smooth muscle
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.18.604042
PMID:39091770
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪和成像技术，探讨了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）的转录组和发育基础 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了LMCs和静脉SMCs的转录组相似性，并发现它们可能源自相关的间充质祖细胞 | 研究仅限于小鼠后肢的淋巴和静脉血管，未涵盖其他物种或组织 | 探讨淋巴肌肉细胞和静脉平滑肌细胞的转录组和发育基础，以理解其独特的收缩特性 | 淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs） | 生物医学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 小鼠后肢的LMCs和SMCs样本 |
| 130 | 2024-10-24 |
SmartImpute: A Targeted Imputation Framework for Single-cell Transcriptome Data
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603649
PMID:39071378
|
研究论文 | 提出了一种名为SmartImpute的计算框架，用于单细胞转录组数据的靶向插补 | SmartImpute通过聚焦于预定义的标记基因，提高了插补过程的生物学相关性和计算效率，同时减少了模型误设的风险 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高细胞类型注释和聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 生成对抗插补网络 | 基因表达数据 | 头颈部鳞状细胞癌和人类骨髓的单细胞RNA测序数据 |
| 131 | 2024-10-24 |
A Single Trophoblast Layer Acts as the Gatekeeper at the Endothelial-Hematopoietic Crossroad in the Placenta
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603303
PMID:39071312
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研究论文 | 研究探讨了胎盘中滋养层巨细胞在调节血管内皮与造血细胞过渡中的作用 | 通过单细胞RNA测序和受体-配体对分析，揭示了滋养层巨细胞分泌的旁分泌因子在维持胎盘造血-血管生成平衡中的新机制 | 研究基于特定敲除小鼠模型，结果可能不适用于所有物种 | 阐明胎盘中滋养层巨细胞在调节造血微环境中的分子机制 | 胎盘中的滋养层巨细胞及其分泌的旁分泌因子 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 特定敲除小鼠模型的胎盘样本 |
| 132 | 2024-10-24 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584903
PMID:38558995
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研究论文 | 研究了Polycomb抑制复合物2（PRC2）的核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质增殖的影响 | 通过整合小鼠遗传学和单细胞RNA测序，揭示了Eed在神经嵴细胞诱导后对颅面发育的关键作用 | 对PRC2活性在神经嵴诱导后的胚胎、细胞和分子后果的理解尚不完全 | 探讨PRC2在神经嵴诱导后对颅面发育的影响及其分子机制 | Eed在颅面成骨细胞分化和间充质增殖中的作用 | 发育生物学 | 先天性畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠遗传学模型和单细胞RNA测序数据 |
| 133 | 2024-10-24 |
GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data
2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602230
PMID:39005368
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GeneSurfer的交互式界面，用于探索3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式 | GeneSurfer提供了一种新的方法来探索大规模数据集中局部基因共表达模式，并支持实时基因本体论术语注释 | NA | 开发一种工具来探索和注释3D空间转录组数据中的基因共表达模块 | 3D空间转录组数据中的基因共表达模式 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了Allen Brain Cell Atlas中的空间转录组和单细胞RNA测序数据 |
| 134 | 2024-10-24 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗抵抗中内在命运与微环境的相互影响 | 本文首次揭示了不同遗传背景下黑色素瘤细胞抵抗命运的共享内在抵抗程序，并展示了这些抵抗程序与肿瘤微环境的密切关联 | 本文主要基于空间转录组学和单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 研究黑色素瘤治疗抵抗中细胞内在命运与微环境因素的相互作用 | 黑色素瘤细胞及其抵抗命运 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 多个细胞系和患者样本 |
| 135 | 2024-10-24 |
Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601068
PMID:39005427
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研究论文 | 本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型，探讨了肿瘤异质性和治疗反应的分子机制 | 首次在头颈部鳞状细胞癌中建立了患者来源的肿瘤类器官模型，并揭示了与顺铂耐药相关的分子亚型和异质性程序 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解，并为个性化治疗提供新的靶点 | 头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 31名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 136 | 2024-10-13 |
Tubular insulin-induced gene 1 deficiency promotes NAD+ consumption and exacerbates kidney fibrosis
2024-Jul, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-024-00081-7
PMID:38806641
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研究论文 | 研究探讨了胰岛素诱导基因1（Insig1）在肾纤维化中的作用及其机制 | 首次发现管状Insig1缺乏会促进NAD+消耗并加剧肾纤维化 | NA | 探究Insig1在肾纤维化中的作用及其潜在治疗价值 | 肾纤维化中的近端小管细胞（PTCs） | NA | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 137 | 2024-10-12 |
An oncolytic HSV-1 armed with Visfatin enhances antitumor effects by remodeling tumor microenvironment against murine pancreatic cancer
2024-07-23, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149931
PMID:38723415
|
研究论文 | 研究通过改造溶瘤病毒HSV-1携带Visfatin，增强其对小鼠胰腺癌的抗肿瘤效果 | 首次揭示Visfatin通过重塑肿瘤微环境增强溶瘤病毒的抗肿瘤效果 | NA | 研究溶瘤病毒治疗胰腺导管腺癌的抗性机制并开发新型治疗策略 | 小鼠胰腺癌 | NA | 胰腺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 138 | 2024-10-12 |
Eomes expression identifies the early bone marrow precursor to classical NK cells
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01861-6
PMID:38871999
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研究论文 | 本文研究了Eomes表达在早期骨髓前体细胞中对经典NK细胞的识别 | 首次识别出EomesNK细胞作为经典NK细胞的骨髓前体，并证明了NK和ILC1谱系在发育早期就发生了分化 | NA | 探讨NK细胞和ILC1细胞是否属于不同谱系或同一细胞类型的不同状态 | NK细胞和ILC1细胞的骨髓前体 | NA | NA | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 139 | 2024-10-10 |
CCR1 and CCR2 Coexpression on Monocytes Is Nonredundant and Delineates a Distinct Monocyte Subpopulation
2024-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2400007
PMID:38829123
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研究论文 | 研究探讨了单核细胞上CCR1和CCR2的共表达及其在炎症中的作用 | 提出CCR1和CCR2的共表达并非冗余，而是标记了一个独特的单核细胞亚群 | NA | 验证CCR1和CCR2在单核细胞上的共表达是否冗余，并探讨其在炎症中的作用 | CCR1、CCR2、CCR3和CCR5受体及其在单核细胞上的表达 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠单核细胞亚群 |
| 140 | 2024-10-06 |
A fibroblast-dependent TGF-β1/sFRP2 noncanonical Wnt signaling axis promotes epithelial metaplasia in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-Jul-09, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174598
PMID:38980870
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研究论文 | 研究了纤维母细胞依赖的TGF-β1/sFRP2非经典Wnt信号轴在特发性肺纤维化中促进上皮化生的机制 | 发现了TGF-β1信号通过sFRP2激活非经典Wnt信号轴，促进特发性肺纤维化中的上皮化生 | 研究仅限于细胞和组织水平，未涉及临床试验 | 探讨特发性肺纤维化中纤维母细胞与上皮细胞相互作用的机制 | 特发性肺纤维化患者的肺组织和纤维母细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自特发性肺纤维化患者和非疾病捐赠者的肺组织样本 |