单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-29	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Dysregulated POSTN+WNT5A+ Fibroblast Subclusters in Prurigo Nodularis 2024-Jul, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.021 PMID:38246584	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了28,695个病灶和非病灶性痒疹结节（PN）细胞，揭示了PN中失调的POSTN+WNT5A+成纤维细胞亚群	首次揭示了PN中POSTN+WNT5A+成纤维细胞亚群的失调，并发现其与癌症相关成纤维细胞的关联	NA	探究痒疹结节（PN）的发病机制	痒疹结节（PN）中的成纤维细胞和肌成纤维细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,695个病灶和非病灶性PN细胞
122	2024-08-28	CD28-expressing δ T cells are increased in perivascular adipose tissue of hypertensive mice and in subcutaneous adipose tissue of obese humans 2024-Jul-01, Journal of hypertension IF:3.3Q1 DOI:10.1097/HJH.0000000000003725 PMID:38704218	研究论文	本研究探讨了高血压小鼠的肠系膜动脉周围脂肪组织（MV/PVAT）和肥胖人类皮下脂肪组织（SAT）中表达CD28的δ T细胞的增加情况。	首次揭示了在高血压小鼠和肥胖人类中，CD28高表达的δ T效应记忆细胞的增加，并提出了这些细胞可能在肥胖相关高血压中具有致病作用。	研究仅限于小鼠模型和人类样本，可能需要更多种类的样本和更广泛的人群来验证结果。	验证高血压小鼠和肥胖人类中γδ T细胞亚型的相似性，并探讨这些细胞在高血压发展中的作用。	高血压小鼠的肠系膜动脉周围脂肪组织和肥胖人类的皮下脂肪组织中的γδ T细胞。	免疫学	高血压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠实验包括高血压小鼠的MV/PVAT T细胞；人类实验包括三名瘦女性和三名肥胖女性的SAT CD45+细胞。
123	2024-08-25	Single-cell transcriptome analysis revealed heterogeneity in glycolysis and identified IGF2 as a therapeutic target for ovarian cancer subtypes 2024-Jul-31, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12688-7 PMID:39085784	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了卵巢癌中糖酵解的异质性，并确定IGF2为治疗卵巢癌亚型的潜在靶点	开发了基于糖酵解评分的新型卵巢癌亚型，并建立了稳定的预后模型	NA	探索卵巢癌的分子机制和个性化治疗途径	卵巢癌及其亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	85种机器学习组合
124	2024-08-25	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168 PMID:38878676	研究论文	本研究利用孟德尔随机化（MR）和肿瘤空间转录组学，识别与总体、侵袭性和早期发病前列腺癌相关的蛋白质组风险因子。	本研究通过结合MR和共定位分析，以及空间转录组学数据，深入探讨了蛋白质在前列腺癌发病机制中的作用，并识别了新的治疗干预靶点。	NA	旨在揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，并识别新的癌症预防靶点。	研究对象包括2002种遗传预测的循环蛋白质水平与前列腺癌总体风险、侵袭性和早期发病疾病的关系。	数字病理学	前列腺癌	cis-pQTL孟德尔随机化（MR）、共定位分析、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、遗传数据、转录组数据	涉及欧洲和非洲血统的两个独立癌症GWAS数据集
125	2024-08-24	Summary data-based Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing analyses identify immune associations with low-level LGALS9 in sepsis 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18559 PMID:39044269	研究论文	本研究通过基于汇总数据的孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序，揭示了低水平LGALS9与脓毒症免疫关联的分子机制	首次结合基于汇总数据的孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，深入探讨了脓毒症中免疫细胞的表型变化及其分子机制	NA	深入理解脓毒症的发病机制及其免疫细胞的表型变化	脓毒症患者的免疫细胞及其分子机制	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	孟德尔随机化分析	基因表达数据	NA
126	2024-08-23	Human post-implantation blastocyst-like characteristics of Muse cells isolated from human umbilical cord 2024-Jul-11, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05339-4 PMID:38992309	研究论文	本文研究了从人脐带中分离出的Muse细胞，这些细胞表现出类似人类植入后囊胚的特征	首次发现人脐带中的SSEA-3阳性细胞具有类似植入后囊胚的特性，并且表达与成人组织Muse细胞不同的基因和DNA甲基化模式	NA	探讨人脐带中Muse细胞的特性及其在人类早期发育和生殖医学中的潜在应用	人脐带中的SSEA-3阳性Muse细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约20%的人脐带SSEA-3阳性细胞
127	2024-08-21	Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862 PMID:39149047	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序分析CHD8杂合子脑类器官，揭示神经发育中的分子和网络扰动	首次在脑类器官模型中详细分析了CHD8基因敲除对神经发育的影响，并揭示了相关的分子和细胞功能变化	研究主要集中在早期神经发育阶段，未涵盖所有可能的神经发育阶段和临床表现	探究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能，及其与自闭症谱系障碍临床表现的关联	CHD8基因敲除的脑类器官及其同源对照组	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	21个细胞簇
128	2024-08-21	Mining alternative splicing patterns in scRNA-seq data using scASfind 2024-Jul-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03323-6 PMID:39075577	研究论文	本文介绍了一种名为scASfind的新型计算方法，用于使用全长scRNA-seq数据进行细胞类型特异性剪接事件的定量分析	scASfind利用高效的数据结构存储每个剪接事件的剪接入百分比值，使得能够全面搜索所有差异剪接事件中的模式	NA	开发一种新的计算方法，用于在scRNA-seq数据中定量分析细胞类型特异性的剪接事件	scRNA-seq数据中的替代剪接模式	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
129	2024-08-21	Endothelial RUNX3 controls LSEC dysfunction and angiocrine LRG1 signaling to prevent liver fibrosis 2024-Jul-23, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001018 PMID:39042837	研究论文	研究探讨了内皮细胞中的RUNX3在调控肝窦内皮细胞（LSECs）功能和预防肝纤维化中的作用	首次揭示了RUNX3在LSECs中的功能缺失导致LSEC功能障碍和肝纤维化的机制，并发现了新的促纤维化旁分泌因子LRG1	NA	研究RUNX3作为LSECs主要调控因子在肝纤维化中的作用，并探索新的肝纤维化旁分泌调控因子	肝窦内皮细胞（LSECs）和肝纤维化	NA	肝纤维化	单细胞RNA测序，定量RT-PCR	NA	RNA	NA
130	2024-08-21	Spatial multimodal analysis of transcriptomes and metabolomes in tissues 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01937-y PMID:37667091	研究论文	本文介绍了一种结合组织学、质谱成像和空间转录组学的空间多组学方法，用于在组织区域中精确测量mRNA转录物和小分子代谢物	该方法兼容市售的Visium玻璃载玻片，并展示了在多巴胺和帕金森病背景下对小鼠和人类脑样本的应用潜力	NA	开发一种新的空间多组学方法，以提高对组织中转录物和代谢物的测量精度	小鼠和人类脑样本，特别是在多巴胺和帕金森病的背景下	数字病理学	帕金森病	质谱成像	NA	图像	小鼠和人类脑样本
131	2024-08-21	An increment of diversity method for cell state trajectory inference of time-series scRNA-seq data 2024-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2024.01.020 PMID:39156571	research paper	本文提出了一种基于多样性增量法的细胞状态轨迹推断方法IDTI，用于时间序列单细胞RNA测序数据	IDTI方法结合了时间序列信息和最小多样性增量法，能够准确构建细胞状态轨迹，无需起始细胞	NA	推断时间序列单细胞RNA测序数据的发育轨迹	时间序列单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	时间序列数据	模拟数据和三种真实多样组织发育数据
132	2024-08-17	Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19 2024-Jul-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136 PMID:39018367	研究论文	本研究通过比较来自临床PASC样本和PASC小鼠模型的支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序数据，揭示了IFN-γ在呼吸系统后遗症中的作用	首次在单细胞水平上比较了人类和鼠类的PASC样本，并发现IFN-γ是调节呼吸系统PASC免疫异常的关键因子	研究主要集中在动物模型和小规模的临床样本上，需要进一步的大规模临床研究来验证结果	探讨SARS-CoV-2感染后呼吸系统后遗症的病因	PASC患者的支气管肺泡灌洗液样本和小鼠模型	数字病理学	COVID-19相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及人类和小鼠的样本
133	2024-08-16	CD58 Alterations Govern Antitumor Immune Responses by Inducing PDL1 and IDO in Diffuse Large B-Cell Lymphoma 2024-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2874 PMID:38635903	研究论文	本研究通过多种测序技术分析CD58在弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的基因特征，发现CD58的遗传改变与治疗反应和生存率降低相关，并揭示了CD58通过调控PDL1和IDO表达影响肿瘤免疫逃逸的机制。	首次全面分析了CD58在DLBCL中的基因特征及其对免疫反应的影响，揭示了CD58通过激活LYN/CD22/SHP1轴抑制JAK2/STAT1通路，从而调控PDL1和IDO表达的新机制。	研究主要集中在基因和分子层面，未涉及临床试验验证CD58相关治疗策略的有效性。	探究CD58在弥漫大B细胞淋巴瘤中的作用及其对免疫反应的影响，为改善患者治疗提供潜在靶点和策略。	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者中的CD58基因及其表达。	免疫学	淋巴瘤	下一代测序（NGS）、RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	所有入组的DLBCL患者
134	2024-08-16	Single-cell transcriptomics across 2,534 microbial species reveals functional heterogeneity in the rumen microbiome 2024-Jul, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01723-9 PMID:38866938	研究论文	本文通过滴液单细胞RNA测序和基于泛基因组的计算分析，开发了微生物组单细胞转录组学，以揭示瘤胃微生物组的功能异质性	本文开发了一种新的微生物组单细胞转录组学方法，并构建了瘤胃微生物组的单细胞转录组图谱	NA	揭示复杂群落和环境中单个微生物的活性	瘤胃微生物组的功能异质性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	包括174,531个微生物细胞和2,534个物种
135	2024-08-15	Dominant dystrophic epidermolysis bullosa is associated with glycolytically active GATA3+ T helper 2 cells which may contribute to pruritus in lesional skin 2024-Jul-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae110 PMID:38477474	研究论文	研究通过RNA测序分析了主导性营养不良性大疱性表皮松解症（DDEB）患者的皮肤转录组，以识别减轻患者瘙痒的治疗目标。	首次通过单细胞RNA测序揭示了DDEB皮肤中与瘙痒相关的糖酵解活性GATA3+ Th2细胞的存在，并验证了抗Th2药物在治疗DDEB瘙痒中的有效性。	研究样本量较小，仅包括六名DDEB患者和四名健康个体，可能影响结果的普遍性。	旨在通过分析DDEB患者的皮肤转录组，寻找减轻瘙痒的治疗靶点。	主导性营养不良性大疱性表皮松解症（DDEB）患者的受影响和未受影响的皮肤样本。	NA	营养不良性大疱性表皮松解症	RNA测序	NA	转录组数据	六名DDEB患者和四名健康个体的皮肤活检样本，以及五名个体的单细胞转录组数据。
136	2024-08-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Immunomodulatory Effects of Stem Cell Factor and Granulocyte Colony-Stimulating Factor Treatment in the Brains of Aged APP/PS1 Mice 2024-Jul-10, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070827 PMID:39062541	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了干细胞因子（SCF）和粒细胞集落刺激因子（G-CSF）联合治疗在老年APP/PS1小鼠大脑中的免疫调节作用。	首次揭示了SCF+G-CSF治疗通过调节小胶质细胞和外周髓系细胞的转录谱，减轻阿尔茨海默病病理变化的新机制。	研究仅限于老年APP/PS1小鼠模型，需要进一步在人类或其他动物模型中验证。	探索SCF+G-CSF治疗在老年APP/PS1小鼠大脑中减轻阿尔茨海默病病理变化的潜在机制。	老年APP/PS1小鼠大脑中的CD11b细胞。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28个月大的APP/PS1小鼠大脑中的CD11b细胞
137	2024-08-15	Single-Cell and Spatial Transcriptome Profiling Identifies the Transcription Factor BHLHE40 as a Driver of EMT in Metastatic Colorectal Cancer 2024-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3264 PMID:38657117	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组测序技术，揭示了BHLHE40转录因子在结直肠癌转移中的作用，特别是在上皮间质转化（EMT）过程中的作用	首次通过单细胞和空间转录组测序技术，结合细胞间通讯分析，识别出BHLHE40作为驱动结直肠癌EMT的关键转录因子	NA	阐明驱动结直肠癌上皮间质转化（EMT）的细胞机制	结直肠癌患者的非转移性和转移性原发性肿瘤	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，空间转录组测序	NA	RNA序列	22个样本，包括11个非转移性原发性肿瘤和11个转移性原发性肿瘤
138	2024-08-14	Novel insights into paclitaxel's role on tumor-associated macrophages in enhancing PD-1 blockade in breast cancer treatment 2024-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008864 PMID:39009452	研究论文	本研究探讨了紫杉醇（PTX）在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗中通过激活肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的TLR4信号通路，增强PD-1阻断剂效果的机制	发现紫杉醇通过激活TAMs中的TLR4信号通路，增强其抗原呈递能力，从而提升CD8+ T细胞的抗肿瘤反应	NA	探究紫杉醇与PD-1阻断剂联合治疗三阴性乳腺癌的机制	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自三阴性乳腺癌患者的样本
139	2024-08-14	Investigation into the role of H2-Ab1 in vascular remodeling in pulmonary arterial hypertension via Bioinformatics 2024-Jul-15, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-024-03156-w PMID:39010027	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨H2-Ab1在肺动脉高压血管重塑中的作用	通过WGCNA和差异分析筛选出与肺动脉高压相关的关键基因H2-Ab1，并验证其在肺动脉高压发展中的作用	NA	探索肺动脉高压的生物标志物，以增进对该疾病的理解	H2-Ab1基因在肺动脉高压中的作用	生物信息学	肺动脉高压	WGCNA, 差异分析, qRT-PCR, Western Blot	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	使用GSE49114, GSE180169, GSE154959数据集，涉及906个关键模块基因和576个差异表达基因
140	2024-08-13	Advancements in Research and Treatment Applications of Patient-Derived Tumor Organoids in Colorectal Cancer 2024-Jul-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152671 PMID:39123399	综述	本文综述了患者来源的肿瘤类器官（PDTOs）在结直肠癌（CRC）治疗中的应用，作为一种新型的药物抗性筛选工具	PDTOs能够重现肿瘤的结构、细胞异质性和基因组景观，是一种有价值的体外预测药物筛选工具	NA	探讨PDTOs在预测结直肠癌治疗反应、药物抗性和生物标志物识别方面的潜力	结直肠癌及其治疗中的药物抗性问题	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	类器官	NA