本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-07 |
POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-008721
PMID:39067872
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据、空间转录组学和多重免疫荧光技术,揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌免疫治疗抵抗中的关键作用 | 首次系统鉴定POSTN+ CAF亚群在肝癌免疫治疗中的屏障作用,并阐明其通过IL-6/STAT3信号通路招募SPP1+巨噬细胞形成免疫抑制微空间的机制 | 研究基于六个数据集的220个样本,样本来源和数量可能存在局限性 | 探究肝细胞癌免疫治疗抵抗机制,特别关注癌症相关成纤维细胞亚群的作用 | 肝细胞癌患者肿瘤微环境中的细胞组成和相互作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 220个样本来自六个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-07 |
Trem2 Agonist Reprograms Foamy Macrophages to Promote Atherosclerotic Plaque Stability-Brief Report
2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320797
PMID:38695172
|
研究论文 | 本研究探讨Trem2激动剂抗体AL002a通过重编程泡沫巨噬细胞功能来促进动脉粥样硬化斑块稳定性 | 首次证明Trem2激动剂治疗可通过改变泡沫巨噬细胞转录组来改善斑块稳定性,而非单纯减少斑块负荷 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类中验证;治疗时间相对较短 | 测试Trem2激动剂抗体是否能通过增强巨噬细胞存活和减少坏死核心形成来改善动脉粥样硬化斑块稳定性 | 动脉粥样硬化易感小鼠(Ldlr-/-)和泡沫巨噬细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,体外功能验证 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | 动脉粥样硬化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-07 |
Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02284-9
PMID:38844627
|
研究论文 | 开发了一种名为IRIS的计算方法,用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域 | 独特利用单细胞RNA测序数据进行参考信息化的空间域检测,整合多个SRT切片并同时考虑切片内和切片间的相关性 | NA | 表征空间转录组学研究中的组织空间组织结构 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 脑部疾病,肿瘤,糖尿病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 计算方法 | 空间转录组数据 | 六个SRT数据集,涵盖不同技术、组织、物种和分辨率 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Xenium,Stereo-seq | NA |
| 124 | 2025-10-07 |
Characterisation of choroid plexus-infiltrating T cells reveals novel therapeutic targets in murine neuropsychiatric lupus
2024-Jul-15, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-224689
PMID:38531610
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了神经精神性狼疮小鼠模型中脉络丛浸润T细胞的特征及其在疾病进展中的作用 | 首次在神经精神性狼疮小鼠模型中系统表征脉络丛浸润T细胞,发现特异性T细胞克隆并验证VCAM/VLA-4信号通路作为潜在治疗靶点 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究神经精神性狼疮疾病进展中脉络丛浸润免疫细胞的作用机制 | MRL/lpr小鼠(神经精神性狼疮模型)的脉络丛组织 | 单细胞组学 | 神经精神性狼疮 | 单细胞RNA测序,T细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据 | MRL/lpr小鼠在疾病早期和晚期的脉络丛组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 液滴式单细胞转录组分析平台 |
| 125 | 2025-10-07 |
Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness
2024-Jul-11, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae015
PMID:38985000
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析细胞因子处理的人类胰岛,揭示细胞应激与细胞因子反应性受损的关联 | 首次在单细胞水平揭示人类胰岛对细胞因子的整体反应较鼠类显著减弱,并发现核糖体蛋白高表达与细胞因子无反应性相关 | 供体死亡原因和胰岛分离方法可能影响实验结果,未评估应激相关基因表达可能限制研究结论的普适性 | 研究人类胰岛在细胞因子刺激下的基因表达变化及其与细胞应激的关系 | 人类胰岛细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量的人类胰岛细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2025-10-07 |
The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis
2024-07, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13786
PMID:38544333
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示子宫内膜异位症中CD8+ T细胞功能失调促进疾病免疫逃逸的机制 | 首次在单细胞水平系统描绘子宫内膜异位症的细胞图谱,发现子宫内膜基质细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程诱导CD8+ T细胞功能失调的新机制 | 样本量较小(仅3例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探究子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用 | 卵巢子宫内膜异位症患者组织样本及小鼠模型 | 单细胞组学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例卵巢子宫内膜异位症患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-07 |
BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae432
PMID:39242194
|
研究论文 | 提出一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架BANMF-S,用于单细胞RNA测序数据的插补 | 通过构建基因-基因相似性网络和细胞-细胞相似性网络作为正则化项,并采用分块化策略通过分布式随机梯度下降加速优化 | NA | 解决单细胞RNA测序中的dropout事件问题,提高数据质量 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF), 随机梯度下降 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 128 | 2025-10-07 |
Preoperative electroacupuncture versus sham electroacupuncture for the treatment of postoperative ileus after laparoscopic surgery for colorectal cancer in China: a study protocol for a multicentre, randomised, sham-controlled trial
2024-07-05, BMJ open
IF:2.4Q1
DOI:10.1136/bmjopen-2023-083460
PMID:38969370
|
研究论文 | 评估术前电针与假电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻恢复效果的多中心随机对照试验 | 首次采用多中心随机假对照试验设计评估术前电针对POI的预防作用,并结合单细胞RNA测序进行机制研究 | 样本量相对较小(80例),仅在中国进行,结果可能受文化背景和医疗实践差异影响 | 评估术前电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻的预防和恢复效果 | 接受结直肠癌腹腔镜手术的患者 | 临床医学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 随机对照试验 | 临床数据,生物样本 | 80例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-07 |
Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546949
PMID:39071320
|
研究论文 | 提出了一种基于空间转录组数据识别组织中空间同质区域的方法 | 开发了名为concordex的新工具,通过分析k近邻图来识别空间同质区域 | NA | 识别组织中细胞类型组成同质的空间区域 | 组织样本中的空间同质区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | k近邻图 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-07 |
Molecular Organization of Autonomic, Respiratory, and Spinally-Projecting Neurons in the Mouse Ventrolateral Medulla
2024-Jul-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2211-23.2024
PMID:38918066
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠延髓腹外侧区细胞的全面分子图谱 | 首次通过靶向测序富集脊髓投射和肾上腺素能/去甲肾上腺素能神经元,识别出23种神经元亚型和5种星形胶质细胞亚型 | 研究仅针对小鼠模型,未在其它物种中验证 | 解析延髓腹外侧区的分子和细胞组织结构 | 小鼠延髓腹外侧区细胞,特别是脊髓投射神经元和单胺能神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 114,805个VLM细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603155
PMID:39071344
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了早期妊娠胎盘绒毛板和基底板细胞滋养层细胞之间的差异及其与滋养层干细胞的比较 | 首次在单细胞水平系统比较了胎盘不同区域(绒毛板与基底板)细胞滋养层细胞的转录组差异,并明确了滋养层干细胞与特定滋养层亚群的相似性 | 样本量相对较小(6个正常胎盘和3个滋养层干细胞系),且仅关注了第一孕期的胎盘组织 | 探究早期人类胎盘细胞滋养层的转录组多样性,比较滋养层干细胞与不同细胞滋养层亚群的异同 | 人类早期妊娠胎盘组织(6-14周)和滋养层干细胞系 | 单细胞生物学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个正常胎盘(4个早期6-8周,2个晚期12-14周)和3个滋养层干细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 132 | 2025-10-07 |
Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT
2024-07, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822
PMID:38852289
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌中调节性T细胞亚群的动态转录景观及其与其他细胞的相互作用 | 首次在PDAC中系统分析Treg亚群异质性,揭示iTreg与nTreg在肿瘤和正常组织中的分布差异,并识别CTLA4和TIGIT作为关键免疫治疗靶点 | 基于已发表数据集进行重新分析,样本量有限且缺乏实验验证 | 探究胰腺导管腺癌中调节性T细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用机制 | 胰腺导管腺癌患者肿瘤和癌旁组织中的调节性T细胞及其他肿瘤微环境细胞 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 已发表数据集(具体样本数未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-07 |
Regulatory B Cells Expressing Granzyme B from Tolerant Renal Transplant Patients: Highly Differentiated B Cells with a Unique Pathway with a Specific Regulatory Profile and Strong Interactions with Immune System Cells
2024-07-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13151287
PMID:39120317
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肾移植耐受患者中表达颗粒酶B的调节性B细胞特征 | 首次发现肾移植耐受患者中GZMB B细胞是高度分化的B细胞,具有独特的发育轨迹和特异性转录组特征 | 样本量较小(每组3例患者),需要更大规模研究验证 | 确定表达颗粒酶B的调节性B细胞在肾移植耐受患者外周血中是否富集 | 肾移植患者的外周血单个核细胞和体外诱导的GZMB B细胞 | 单细胞组学 | 肾移植 | 单细胞RNA测序 | 伪时序轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 9例肾移植患者(3例稳定功能,3例药物耐受,3例抗体介导排斥) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 134 | 2025-10-07 |
Transition of signal requirement in hematopoietic stem cell development from hemogenic endothelial cells
2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404193121
PMID:39042698
|
研究论文 | 本研究揭示了造血干细胞从生血内皮细胞发育过程中信号需求的变化 | 首次阐明了干细胞因子和血小板生成素在不同发育阶段对造血干细胞诱导的关键作用,并建立了无血清无饲养层的培养系统 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探索造血干细胞从生血内皮细胞发育过程中的信号需求机制 | 小鼠胚胎期的生血内皮细胞、前造血干细胞-I和前造血干细胞-II | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | E10.5至E11.5小鼠胚胎的背主动脉及周围组织、胎肝 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2025-10-07 |
Markers of Dermal Fibroblast Subpopulations for Viable Cell Isolation via Cell Sorting: A Comprehensive Review
2024-07-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13141206
PMID:39056788
|
综述 | 本文全面综述了用于细胞分选的真皮成纤维细胞亚群表面标志物 | 系统分析了3000多篇研究文献,首次全面鉴定和比较了不同成纤维细胞亚群的表面标志物特征 | 基于文献综述,缺乏原始实验验证 | 鉴定适用于细胞分选和功能研究的成纤维细胞表面标志物 | 人体真皮成纤维细胞及其亚群 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS) | NA | 文献数据 | 3000多篇研究文章 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-07 |
Identification and Characterization of ATOH7-Regulated Target Genes and Pathways in Human Neuroretinal Development
2024-07-03, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13131142
PMID:38994994
|
研究论文 | 本研究通过人类诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官,鉴定和表征了ATOH7调控的靶基因及其在神经视网膜发育中的作用 | 首次在人类诱导多能干细胞模型中系统研究ATOH7调控的靶基因网络,结合CUT&RUN-seq、RNA-seq和scRNA-seq多组学方法 | 研究基于体外类器官模型,可能与体内真实发育环境存在差异 | 阐明ATOH7转录因子在人类神经视网膜发育中的调控机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官 | 发育生物学 | 视神经发育异常 | CUT&RUN-seq, RNA-seq, scRNA-seq | 基因敲除和报告基因干细胞模型 | 基因组学数据,转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-07 |
The architecture of silk-secreting organs during the final larval stage of silkworms revealed by single-nucleus and spatial transcriptomics
2024-07-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114460
PMID:38996068
|
研究论文 | 通过单核和空间转录组学揭示家蚕末龄幼虫丝腺器官的细胞和空间组织结构 | 首次结合单核和空间转录组学系统绘制家蚕末龄幼虫丝腺的细胞组成和空间结构图谱 | NA | 阐明丝腺器官的细胞空间组织和高效丝蛋白合成机制 | 家蚕末龄幼虫的丝腺器官 | 空间转录组学 | NA | 单核转录组学, 空间转录组学, 转基因技术 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-07 |
The mechano-chemical circuit in fibroblasts and dendritic cells drives basal cell proliferation in psoriasis
2024-07-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114513
PMID:39003736
|
研究论文 | 本研究揭示了树突状细胞通过机械-化学信号通路驱动成纤维细胞增强真皮硬度,从而促进银屑病基底细胞过度增殖的新机制 | 首次发现树突状细胞分泌的LGALS9可通过CD44受体作用于真皮成纤维细胞,建立机械-化学信号通路调控银屑病基底细胞增殖 | NA | 阐明银屑病发病机制中真皮成纤维细胞的作用及机械-化学信号通路 | 树突状细胞、真皮成纤维细胞、表皮基底细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫染色、硬度测量 | NA | 基因表达数据、空间定位数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-07 |
Identification and characterization of TM4SF1+ tumor self-seeded cells
2024-07-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114512
PMID:39003738
|
研究论文 | 本研究通过光转换标记技术识别并表征了TM4SF1+肿瘤自播种细胞,揭示了其在肿瘤生长和转移中的关键作用 | 首次建立准确追踪肿瘤自播种细胞的动物模型,发现TM4SF1作为TSCs特异性标志物,并证实其在癌症早期即可检测 | TSCs的追踪和分离技术仍存在挑战,需要进一步验证其临床应用的可行性 | 研究肿瘤自播种细胞的特性及其在癌症进展中的功能 | 循环肿瘤细胞和肿瘤自播种细胞 | 癌症生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,光转换标记技术 | 动物模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-07 |
An atlas of GPCRs in dopamine neurons: Identification of the free fatty acid receptor 4 as a regulator of food and water intake
2024-07-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114509
PMID:39003735
|
研究论文 | 本研究通过构建多巴胺神经元中GPCR的图谱,发现游离脂肪酸受体4(FFAR4)是调节食物和水分摄入的关键因子 | 首次系统绘制了多巴胺神经元中GPCR的表达图谱,并鉴定出FFAR4作为连接高能量摄入与多巴胺奖赏通路的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,需要在其他物种中验证;部分受体的功能验证尚未完全完成 | 绘制中脑多巴胺神经元中G蛋白偶联受体的表达图谱,并探索其在代谢调节中的作用 | Dat-eGFP转基因小鼠的中脑多巴胺神经元 | 神经科学 | 代谢性疾病 | qPCR阵列分析、单细胞RNA测序数据挖掘、离体钙成像、体内功能实验 | NA | 基因表达数据、钙成像数据、行为学数据 | Dat-eGFP小鼠的多巴胺神经元,分析了377个GPCR的表达 | NA | 单细胞RNA-seq、qPCR | NA | NA |