单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 498 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics
2024-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168
PMID:38878676
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学识别与总体、侵袭性和早发性前列腺癌相关的蛋白质组风险因素 | 首次整合孟德尔随机化、共定位分析和空间转录组学方法系统鉴定前列腺癌风险相关蛋白，并验证其与肿瘤侵袭性的关联 | 研究主要基于遗传预测的蛋白水平，未直接测量循环蛋白浓度；部分发现需要在更多种族群体中验证 | 识别前列腺癌风险相关的循环蛋白，揭示生物学通路并发现新的癌症预防靶点 | 前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性疾病） | 生物信息学 | 前列腺癌 | 孟德尔随机化, 共定位分析, 空间转录组学, GWAS | NA | 遗传数据, 转录组数据 | 2002种遗传预测的循环蛋白水平，两个独立癌症GWAS数据集（欧洲和非洲 ancestry） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-06 |
Expansion of highly interferon-responsive T cells in early-onset Alzheimer's disease
2024-07, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13892
PMID:38829682
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现早发性阿尔茨海默病患者外周血中干扰素响应性T细胞显著扩增 | 首次在早发性阿尔茨海默病患者中发现抗病毒样ISAGhi T细胞的显著扩增和干扰素信号通路基因表达上调 | 样本量较小，需要进一步研究验证这些细胞在神经退行性疾病中的具体作用机制 | 研究早发性阿尔茨海默病的免疫特征变化 | 早发性阿尔茨海默病患者和临床正常对照者的外周血单核细胞及CD4 T细胞 | 单细胞基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 微滴数字PCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 16例个体进行scRNA-seq分析，19例个体进行CD4 T细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
Microglial sex differences in innate high anxiety and modulatory effects of minocycline
2024-Jul, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.03.035
PMID:38552926
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高焦虑小鼠模型中微胶质细胞存在显著性别差异，并发现米诺环素治疗可调节女性高焦虑小鼠的突触吞噬功能 | 首次在先天高焦虑小鼠模型中系统揭示微胶质细胞功能性别差异，发现女性高焦虑小鼠微胶质细胞具有更强的突触吞噬能力 | 研究仅限于小鼠模型，人类相关性尚需验证；样本规模相对有限 | 探究高焦虑行为中微胶质细胞功能的性别差异及米诺环素的调节作用 | 先天高焦虑行为(HAB)和正常焦虑行为(NAB)小鼠的脑组织微胶质细胞 | 神经科学 | 焦虑症 | 单细胞RNA测序，体外突触体吞噬实验，口服药物干预 | NA | 基因表达数据，功能实验数据 | 高焦虑和正常焦虑的雄性和雌性小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 104 | 2025-10-06 |
Differential role of glucocorticoid receptor based on its cell type specific expression on tumor cells and infiltrating lymphocytes
2024-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101957
PMID:38643748
|
研究论文 | 本研究探讨糖皮质激素受体在乳腺癌肿瘤细胞和浸润淋巴细胞中细胞类型特异性表达的差异作用 | 开发了不依赖雌激素受体状态的GR特征，并首次系统分析GR在不同细胞类型中的特异性表达及其预后意义 | 研究主要基于回顾性数据和分析，需要进一步实验验证机制 | 阐明糖皮质激素受体在乳腺癌中的细胞类型特异性作用及其预后价值 | 乳腺癌细胞系、公共数据集和独立乳腺癌队列 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | 单变量和多变量分析 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集和独立乳腺癌队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-06 |
Identification of signaling pathways that specify a subset of migrating enteric neural crest cells at the wavefront in mouse embryos
2024-07-08, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.034
PMID:38636517
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了小鼠胚胎中前沿迁移肠神经嵴细胞的分子机制和信号通路 | 首次系统描绘了前沿ENCCs在迁移过程中的时空动态变化，并鉴定了调控其特化的关键信号通路 | 研究主要基于小鼠胚胎模型，人类组织验证相对有限 | 探索肠神经系统发育过程中前沿迁移神经嵴细胞的分子调控机制 | 小鼠胚胎中的前沿迁移肠神经嵴细胞及其周围肠道组织 | 发育生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 106 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics across 2,534 microbial species reveals functional heterogeneity in the rumen microbiome
2024-Jul, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-024-01723-9
PMID:38866938
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学技术揭示了瘤胃微生物组中2,534种微生物物种的功能异质性 | 开发了微生物组单细胞转录组学方法，结合液滴单细胞RNA测序和泛基因组计算分析，首次在单细胞水平解析复杂微生物群落功能 | 研究聚焦于瘤胃微生物组，方法在其他微生物生态系统中的适用性有待验证 | 解析复杂微生物群落中单个微生物的功能异质性和生态位适应性 | 瘤胃微生物组中的微生物细胞和物种 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，泛基因组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 174,531个微生物细胞，2,534个物种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴单细胞RNA测序 |
| 107 | 2025-10-06 |
HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Jul, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02712-9
PMID:38762674
|
研究论文 | 本研究探索了食管鳞状细胞癌中HLA-A阳性三级淋巴结构与免疫检查点阻断治疗反应的关系 | 首次发现HLA-A阳性三级淋巴结构及其驻留的肿瘤浸润淋巴细胞与食管鳞癌免疫治疗反应相关 | 样本量相对有限（42例初治组织和60例患者），需要更大规模研究验证 | 识别食管鳞状细胞癌免疫检查点阻断治疗的生物标志物 | 食管鳞状细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组织化学,数字空间分析 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,单细胞测序数据 | 42例初治ESCC肿瘤组织和60例ESCC患者 | NanoString | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NanoString GeoMx数字空间分析仪 | NanoString GeoMx数字空间分析仪用于系统评估肿瘤微环境 |
| 108 | 2025-10-07 |
Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids
2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.08.602611
PMID:39026750
|
研究论文 | 本研究揭示了FGF依赖性ERK信号在2D人类胃泌样体中驱动细胞命运模式化的新机制 | 发现了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1信号诱导原始条纹样细胞的新机制，与人类和猴胚胎相似但与小鼠不同 | 研究基于体外2D胃泌样体模型，与真实胚胎环境存在差异 | 探究FGF在人类胃泌样体模型中的功能和作用机制 | 2D人类胃泌样体模型 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, 原位杂交 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-07 |
Exploring the causal role of immune cells in cerebral aneurysm through single-cell transcriptomics and Mendelian randomization analysis
2024-Jul-12, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxae042
PMID:38661482
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析探索免疫细胞在脑动脉瘤中的因果作用 | 首次整合单细胞转录组学与孟德尔随机化分析，揭示脑动脉瘤与免疫细胞之间的双向因果关系 | 研究仅基于未破裂脑动脉瘤样本，缺乏破裂动脉瘤数据 | 探索免疫细胞与脑动脉瘤形成的复杂相互作用机制 | 脑动脉瘤患者和对照组的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脑动脉瘤 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据 | GSE193533数据集中的未破裂脑动脉瘤和对照组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-07 |
DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007
PMID:39215426
|
研究论文 | 开发了一个名为DVsc的开源框架，用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染 | 首个专门基于单细胞RNA测序数据高效检测病毒读段的计算框架 | NA | 开发精确定量分析单细胞转录组数据中病毒感染的计算工具 | 临床样本中的病毒感染检测 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约200个不同的临床样本，感染超过10种不同病毒 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 兼容多种单细胞测序平台 |
| 111 | 2025-10-07 |
An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases
2024-07-05, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.add8394
PMID:38963856
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类CD4 T细胞中增强子RNA和其他编码/非编码RNA的转录起始位点图谱 | 首次在人类CD4 T细胞中定义了双向转录增强子的细胞类型特异性图谱，并揭示疾病遗传性在这些增强子中的富集 | NA | 解码转录增强子与人类疾病的关联 | 人类CD4 T细胞 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 5'单细胞RNA测序，单细胞染色质分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，染色质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-10-07 |
A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program
2024-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442
PMID:38838779
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术首次绘制了人类皮脂腺分化过程的高分辨率转录图谱 | 首次利用空间转录组学结合伪时间分析、RNA速率和功能富集分析，详细描述了皮脂细胞分化为皮脂的渐进性转录变化 | 研究主要基于皮脂腺增生组织，可能不完全代表正常生理状态 | 解析皮脂腺分化过程中的转录变化及其功能调控 | 人类皮脂腺组织和皮脂细胞 | 空间转录组学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学, 伪时间分析, RNA速率分析, 功能富集分析 | 无监督聚类分析 | 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 113 | 2025-10-07 |
ApoE ε4-dependent alteration of CXCR3 + CD127 + CD4 + T cells is associated with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease
2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.596276
PMID:38853824
|
研究论文 | 本研究通过单细胞质谱流式技术揭示了阿尔茨海默病患者外周血中CXCR3+CD127+Th1细胞与神经丝轻链蛋白的负相关性，并发现这种关联受ApoE ε4基因型调控 | 首次发现外周免疫细胞CXCR3+CD127+Th1细胞与AD神经退行标志物NfL的ApoE ε4依赖性关联，并证实脑脊液中该细胞群的促炎能力增强 | 样本量有限，机制研究不够深入，需要进一步验证因果关系 | 探究阿尔茨海默病患者外周适应性免疫细胞组成与神经炎症的关联 | 阿尔茨海默病患者和健康对照者的外周血单核细胞和脑脊液样本 | 免疫学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞质谱流式技术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 血浆蛋白浓度数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2025-10-07 |
Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs
2024-07, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-024-01204-8
PMID:38778183
|
研究论文 | 开发了一种通过配对sgRNA文库进行Cas9介导的全基因组非编码调控元件功能筛选的方法 | 首次使用配对sgRNA文库系统性地删除全基因组非编码调控元件来研究其功能 | 研究仅限于K562、293T细胞系和人胚胎干细胞，尚未在更多细胞类型中验证 | 系统研究非编码调控元件的功能及其在生物学过程中的作用 | 人类基因组中的非编码调控元件 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas9筛选，单细胞测序 | NA | 基因组数据，测序数据 | K562细胞系、293T细胞系和人胚胎干细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 115 | 2025-04-10 |
Deciphering brain cellular and behavioral mechanisms: Insights from single-cell and spatial RNA sequencing
2024 Jul-Aug, Wiley interdisciplinary reviews. RNA
DOI:10.1002/wrna.1865
PMID:38972934
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在脑研究中的应用及其潜在问题和挑战 | 深入探讨了单细胞和空间RNA测序与神经科学多个方向的整合潜力，包括神经发育、新型脑微结构识别等 | 未具体说明数据处理中的具体技术限制或样本量限制 | 理解单个细胞或细胞类型在特定脑功能中的作用 | 脑细胞及其在脑功能中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2025-10-07 |
Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model
2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602313
PMID:39026724
|
研究论文 | 本研究通过构建食管上皮细胞Ikkβ条件性敲除小鼠模型，揭示了上皮IKKβ/NFκB信号通路在嗜酸性食管炎发病机制中的关键保护作用 | 首次在实验性过敏小鼠模型中证明食管上皮细胞特异性Ikkβ缺失会加剧嗜酸性食管炎病理特征，并利用单细胞RNA测序技术深入解析了上皮分化和屏障完整性的破坏机制 | 研究基于小鼠模型，其病理特征与人类疾病的完全对应性仍需进一步验证 | 探究上皮IKKβ/NFκB信号通路在嗜酸性食管炎发病机制中的作用 | 食管上皮细胞条件性Ikkβ敲除小鼠 | 单细胞测序分析 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序，RNA测序，组织学分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，组织学图像数据 | Ikkβ EEC-KO小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-07 |
STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer
2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295
PMID:40031511
|
研究论文 | 提出STFormer深度学习模型，通过组织学图像预测结直肠癌空间转录组数据 | 引入Style-Aug模块增强特征泛化能力，采用Cross-WSI Transformer模块有效捕获跨WSI的spot关系 | 在有限WSI数据场景下的性能表现未充分验证 | 开发从组织学图像预测空间转录组数据的成本效益方法 | 结直肠癌组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学，深度学习 | Transformer | 图像，基因表达数据 | 内部和外部数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-07 |
Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862
PMID:39149047
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析CHD8杂合脑类器官，揭示神经发育过程中的分子和网络紊乱 | 首次在脑类器官模型中系统研究CHD8单倍体不足对早期神经发育的影响，发现细胞组成变化和细胞间通讯紊乱 | 研究基于体外脑类器官模型，可能与体内真实神经发育存在差异 | 研究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能，并探索其与自闭症谱系障碍临床表现的关联 | CHD8杂合敲除的脑类器官及其同基因对照 | 单细胞转录组学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 119 | 2025-10-07 |
Nociceptor-immune interactomes reveal insult-specific immune signatures of pain
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01857-2
PMID:38806708
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了三种皮肤炎症疼痛模型中与疼痛发展相关的免疫基因特征和神经免疫相互作用 | 首次系统绘制了损伤特异性神经免疫相互作用组，发现免疫细胞上调的血栓反应蛋白-1能抑制伤害感受器敏化 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类疾病中得到验证 | 解析疼痛发展的免疫机制和神经免疫相互作用 | 小鼠皮肤炎症疼痛模型（酵母聚糖注射、皮肤切口和紫外线烧伤） | 单细胞转录组学 | 炎症性疼痛 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 三种小鼠皮肤炎症疼痛模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2025-10-07 |
Timing and location dictate monocyte fate and their transition to tumor-associated macrophages
2024-07-26, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adk3981
PMID:39058763
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和高维流式细胞术揭示了胰腺导管腺癌中单细胞向肿瘤相关巨噬细胞的转化过程 | 首次在胰腺导管腺癌模型中系统描绘了单细胞向肿瘤相关巨噬细胞分化的动态过程，发现了一个短暂存在的中间TAM群体及其产生的两个终末分化TAM谱系 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究肿瘤相关巨噬细胞的起源、分化过程及其在肿瘤发展中的演变 | 胰腺导管腺癌小鼠模型和人类PDAC患者样本中的单核细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序, 高维流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 诱导性单核细胞命运图谱小鼠和人类PDAC患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |