单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-09-14	Generation of novel lipid metabolism-based signatures to predict prognosis and immunotherapy response for colorectal adenocarcinoma 2024-07-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67549-x PMID:39060344	研究论文	本研究旨在生成基于脂质代谢的特征，以预测结直肠腺癌（COAD）的预后和免疫治疗反应	本研究首次生成了基于脂质代谢的特征，用于预测COAD的预后和免疫治疗反应，并提供了潜在的治疗靶点	本研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限，未来需要更多验证性研究	生成基于脂质代谢的特征，预测结直肠腺癌的预后和免疫治疗反应	结直肠腺癌（COAD）患者	数字病理	结直肠癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自TCGA数据库的COAD患者数据，以及来自GSE132465数据集的单细胞RNA测序数据
82	2024-09-14	SFINN: inferring gene regulatory network from single-cell and spatial transcriptomic data with shared factor neighborhood and integrated neural network 2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae433 PMID:38950180	研究论文	本文介绍了一种基于共享因子邻域和集成神经网络（SFINN）的新型深度学习框架，用于从单细胞和空间转录组数据中推断转录因子与目标基因之间的潜在相互作用和因果关系	SFINN利用共享因子邻域构建基于基因表达数据的细胞邻域网络，并整合来自空间位置信息的细胞网络，通过图卷积神经网络和全连接神经网络的集成框架来确定基因是否相互作用	NA	开发一种准确的基因调控网络（GRN）推断算法，以应对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的噪声、技术误差和丢失现象	单细胞和空间转录组数据中的转录因子与目标基因之间的相互作用和因果关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	图卷积神经网络（GCN），全连接神经网络	基因表达数据	NA
83	2024-09-14	PredGCN: a Pruning-enabled Gene-Cell Net for automatic cell annotation of single cell transcriptome data 2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae421 PMID:38924517	研究论文	本文提出了一种名为PredGCN的基因-细胞网络，用于单细胞转录组数据的自动细胞注释	PredGCN结合了Coupled Gene-Cell Net和Gene Splicing Net以及Cell Stratification Net，并通过剪枝操作动态处理异质性细胞识别问题，优化子网络结构以提高细胞类型注释的准确性	NA	解决现有自动注释方法在深度学习分类器架构和训练数据质量与多样性方面的局限性	单细胞转录组数据的细胞类型注释	生物信息学	NA	深度学习	GCN	转录组数据	多种物种的单细胞转录组数据
84	2024-09-14	ScType enables fast and accurate cell type identification from spatial transcriptomics data 2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae426 PMID:38936341	研究论文	本文介绍了一种名为scType的无解卷积标记细胞注释方法，用于从空间转录组数据中快速准确地识别细胞类型	scType无需进行计算密集型的解卷积，也不需要大型单细胞参考图谱，从而实现了超快速且准确的细胞类型识别	NA	开发一种无需解卷积的细胞类型注释方法，以应对空间转录组技术分辨率的提高	空间转录组数据中的细胞类型	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
85	2024-09-14	DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data 2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae434 PMID:38950178	研究论文	本文介绍了一种名为DeepGSEA的可解释深度基因集富集分析方法，用于单细胞转录组数据	DeepGSEA利用可解释的原型神经网络，能够在单细胞基因表达数据中进行深入的基因集富集分析，并提供可视化的基因集分布	NA	开发一种新的深度学习方法，用于单细胞转录组数据的基因集富集分析，并提高分析的可解释性	单细胞转录组数据中的基因集富集分析	机器学习	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	原型神经网络	基因表达数据	NA
86	2024-09-13	Immunological landscape of human lymphoid explants during measles virus infection 2024-Jul-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172261 PMID:39253971	研究论文	研究了麻疹病毒感染人淋巴组织移植物时的免疫学事件	首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了麻疹病毒感染淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况	样本量较小，仅涉及少数捐赠者的淋巴组织移植物	了解麻疹病毒感染淋巴结时的免疫学事件	人淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况	免疫学	麻疹	单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱分析	NA	RNA、蛋白质	涉及5%-15%的细胞，来自多个捐赠者
87	2024-09-13	Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway 2024-Jul-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.180198 PMID:39042459	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和高级显微镜技术，分析了原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征，揭示了纤毛中谷胱甘肽途径的独特作用	本文首次揭示了PCD患者呼吸道细胞中独特的转录组特征，并发现谷胱甘肽-S-转移酶GSTA2在纤毛运动中的关键作用	研究仅限于PCD患者及其母亲的细胞，样本量较小，且未涉及其他遗传条件下的比较	探讨原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征及其对纤毛运动的影响	PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs）	基因组学	遗传性疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、高级显微镜	NA	RNA、蛋白质	PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs）
88	2024-09-13	Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178213 PMID:39114979	研究论文	研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎（PsA）的亚型及其发病机制	首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型，并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现	探讨银屑病关节炎的发病机制，并开发个性化治疗方案	银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型	免疫学	银屑病关节炎	空间转录组学和免疫荧光技术	NA	细胞和组织	来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清，以及NSG-SGM3转基因小鼠
89	2024-09-13	The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study 2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13868 PMID:39031921	研究论文	研究银屑病和白癜风之间的潜在因果关系	首次通过单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析探索银屑病和白癜风之间的因果关系	样本主要来自欧洲人群，可能限制了研究结果的普遍性	探讨银屑病和白癜风之间是否存在因果关系	银屑病和白癜风患者的皮肤组织	NA	皮肤病	转录组测序、单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析	NA	基因组数据、转录组数据	261,018名欧洲个体，4510名银屑病患者，4680名白癜风患者
90	2024-09-11	BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae432 PMID:39242194	研究论文	提出了一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架BANMF-S，用于单细胞RNA测序数据的插补	BANMF-S通过构建基因-基因相似网络和细胞-细胞相似网络，结合外部PPI网络信息和最小生成树，增强了潜在空间中相似基因和细胞对的连贯性，并采用分块策略通过分布式随机梯度下降方法加速优化	NA	解决单细胞RNA测序数据中的技术零点问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	BANMF-S	基因表达数据	数百到数万个细胞
91	2024-09-11	Getting to the root of root-microbe interactions 2024 Jul-Sep, Science progress IF:2.6Q2 DOI:10.1177/00368504241278783 PMID:39234658	评论	本文总结了最近关于根系与微生物相互作用的研究成果，并提出了未来研究方向	强调了在解释微生物模式时需要考虑根系生理和形态等微环境变异	NA	探讨根系与微生物相互作用及其对生态系统功能和养分流动的影响	细根（直径小于2毫米）及其与微生物的相互作用	NA	NA	单细胞测序技术	NA	NA	NA
92	2024-09-10	CRISPR-CasRx-mediated disruption of Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2 genes reduces intraocular pressure and retinal ganglion cell damage in mice 2024-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50050-4 PMID:39080269	研究论文	研究使用CRISPR-CasRx技术干扰Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2基因在小鼠中的表达，以降低眼内压并保护视网膜神经节细胞	首次使用CasRx技术干扰与房水循环相关的基因，显著降低小鼠眼内压并保护视网膜神经节细胞	研究仅在雌性小鼠中进行，结果的普遍性有待验证	探索通过基因干扰降低眼内压并保护视网膜神经节细胞的新方法	雌性小鼠的眼内压和视网膜神经节细胞	基因编辑	青光眼	CRISPR-CasRx	NA	单细胞测序数据	雌性小鼠
93	2024-09-07	CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68109-z PMID:39075108	研究论文	研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中CTHRC1+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的协同作用	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了SPP1APOE肿瘤相关巨噬细胞和CTHRC1GREM1癌症相关肌成纤维细胞在促进免疫抑制性肿瘤微环境中的协同作用	NA	研究胰腺导管腺癌肿瘤微环境中细胞间的相互作用，以寻找潜在的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
94	2024-09-07	Pericytes recruited by CCL28 promote vascular normalization after anti-angiogenesis therapy through RA/RXRA/ANGPT1 pathway in lung adenocarcinoma 2024-Jul-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03135-3 PMID:39075504	研究论文	研究了CCL28在抗血管生成治疗后通过RA/RXRA/ANGPT1途径促进肺腺癌血管正常化的分子机制	首次详细报道了抗血管生成治疗后血管正常化的分子机制	NA	探讨抗血管生成治疗后肿瘤血管正常化的分子机制	肺腺癌细胞和人源及鼠源的肺腺癌细胞系	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序、免疫荧光、多重免疫组化、磁激活细胞分选、实时定量PCR、Western blotting、LC-MS技术、ChIP-qPCR	NA	细胞、组织	人源肺腺癌细胞系A549和鼠源肺腺癌细胞系LLC，以及临床活检样本和原代肺腺癌肿瘤组织中的周细胞
95	2024-09-07	Communication between alveolar macrophages and fibroblasts via the TNFSF12-TNFRSF12A pathway promotes pulmonary fibrosis in severe COVID-19 patients 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05381-7 PMID:39075394	研究论文	研究探讨了TNFSF12-TNFRSF12A通路在严重COVID-19患者中促进肺纤维化的机制	首次揭示了TNFSF12-TNFRSF12A通路在肺泡巨噬细胞和成纤维细胞间通信中的关键作用	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨严重COVID-19患者中肺纤维化的细胞通信机制	肺泡巨噬细胞和成纤维细胞	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	严重COVID-19患者和健康对照的肺组织样本
96	2024-09-07	ST-SCSR: identifying spatial domains in spatial transcriptomics data via structure correlation and self-representation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae437 PMID:39228303	研究论文	提出了一种名为ST-SCSR的新算法，用于在空间转录组数据中识别空间域，该算法结合了局部信息、全局信息和空间域的相似性	ST-SCSR通过矩阵三因子分解同时分解表达谱和空间网络，融合了表达和空间特征，并通过局部保留和稀疏约束增强了图的质量	NA	开发一种新的算法来解决现有空间域识别方法中忽略局部信息和空间域关系的问题	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	矩阵三因子分解	NA	转录组数据	NA
97	2024-09-06	Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis from pluripotent stem cells 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110242 PMID:39040067	研究论文	研究了肌营养不良蛋白缺乏对人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响	首次通过单细胞转录组分析揭示了肌营养不良蛋白缺乏导致细胞在体节阶段分化为替代分支，并影响了细胞状态转换相关的细胞连接蛋白	研究仅限于体外实验，未涉及体内模型	探讨肌营养不良蛋白缺乏对胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响	人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中的细胞连接形成	数字病理学	肌肉疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
98	2024-09-06	Single-cell decoding of drug induced transcriptomic reprogramming in triple negative breast cancers 2024-Jul-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03318-3 PMID:39026273	研究论文	研究探讨了三阴性乳腺癌中单细胞转录组在药物诱导下的重编程机制	首次结合单细胞转录组和基因组拷贝数数据，揭示了药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的克隆响应和转录重编程	研究仅限于三阴性乳腺癌，且样本量相对较小	探讨药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的转录组重编程机制	三阴性乳腺癌细胞的单细胞转录组和基因组拷贝数数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	53,641个过滤后的细胞
99	2024-09-06	Salivary Gland Tissue Recombination Can Modify Cell Fate 2024-07, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241247484 PMID:38715201	研究论文	研究探讨了唾液腺组织重组对细胞命运的影响	首次全面无偏倚地利用单细胞RNA测序和成像分析，探索组织重组方法对细胞命运调控的影响	研究主要集中在胚胎小鼠唾液腺的组织重组，未涉及其他物种或成体组织	阐明组织间相互作用在细胞分化中的作用	胚胎小鼠唾液腺的间质和上皮组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠唾液腺的间质和上皮组织
100	2024-09-05	POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008721 PMID:39067872	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，构建肝细胞癌图谱，探讨癌症相关成纤维细胞亚群在肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗效果的影响	揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞在特定肿瘤位置作为强大的免疫反应屏障的作用，以及其与SPP1+巨噬细胞的相互作用，通过IL-6/STAT3信号通路增加SPP1表达	研究主要集中在单细胞RNA测序和空间转录组学数据分析，可能需要更多的临床验证来支持其发现	旨在深入理解肝细胞癌中免疫治疗抵抗的机制，以改善患者预后	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞亚群及其在肿瘤微环境中的动态交流	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	220个样本