单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-02-01	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.12.603155 PMID:39071344	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在单细胞水平上比较了早期妊娠胎盘细胞滋养层与滋养层干细胞的转录组差异，并揭示了不同胎盘区域CTB的异质性	样本量相对较小（6个正常胎盘和3个TSC系），且仅关注了早期妊娠阶段	探究早期妊娠胎盘细胞滋养层的转录多样性，并比较其与滋养层干细胞的异同	早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）和滋养层干细胞（TSC）	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6个正常胎盘（4个6-8周，2个12-14周）和3个TSC系
82	2024-08-05	Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT 2024-07, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822 PMID:38852289	研究论文	本研究重新分析了一项来自PDAC的单细胞RNA测序数据集，探讨了肿瘤及正常组织的异质性，重点关注Treg细胞及其在肿瘤微环境中的相互作用	首次揭示了PDAC中自然Tregs与诱导Tregs的数量差异，以及它们与其他细胞类型之间的关键通信途径	本研究主要依赖于已有的数据集，缺乏来自临床样本的直接验证	研究PDAC中的调节性T细胞与其他细胞在肿瘤微环境中的交互作用	调节性T细胞（Tregs）及其与其他肿瘤微环境细胞的相互作用	数字病理学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA数据	NA
83	2025-01-25	Regulatory B Cells Expressing Granzyme B from Tolerant Renal Transplant Patients: Highly Differentiated B Cells with a Unique Pathway with a Specific Regulatory Profile and Strong Interactions with Immune System Cells 2024-07-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13151287 PMID:39120317	研究论文	本研究旨在确定表达颗粒酶B的调节性B细胞（GZMB B细胞）在肾移植耐受患者的血液中是否富集	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了GZMB B细胞在肾移植耐受患者中的独特转录组特征及其与免疫系统细胞的强相互作用	样本量较小（每组3例患者），可能限制结果的普遍性	研究肾移植耐受患者中GZMB B细胞的特性和功能	肾移植患者的血液样本，包括稳定功能患者、药物耐受患者和抗体介导排斥反应患者	免疫学	肾移植	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	9例患者（3例稳定功能患者，3例药物耐受患者，3例抗体介导排斥反应患者）
84	2025-01-25	Transition of signal requirement in hematopoietic stem cell development from hemogenic endothelial cells 2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404193121 PMID:39042698	研究论文	本研究探讨了造血干细胞（HSCs）从造血内皮细胞（HECs）发育过程中的信号需求转变	首次在无血清和无饲养层的培养条件下，利用干细胞因子（SCF）和血小板生成素（TPO）诱导胚胎第11.5天的前造血干细胞-I（pre-HSC-I）分化为HSCs	研究中未确定从HECs诱导HSCs所需的最小因子	探索HSCs从HECs发育的分子机制	小鼠胚胎中的造血内皮细胞和前造血干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	胚胎第10.5天至11.5天的背主动脉及周围组织和胎肝
85	2025-01-25	Markers of Dermal Fibroblast Subpopulations for Viable Cell Isolation via Cell Sorting: A Comprehensive Review 2024-07-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13141206 PMID:39056788	综述	本文综述了用于通过细胞分选分离活体细胞的皮肤成纤维细胞亚群的标记物	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和荧光激活细胞分选（FACS）技术，详细分析了成纤维细胞表面标记物，识别了多种独特的成纤维细胞亚群	NA	研究成纤维细胞表面标记物，以便进行细胞分选和后续功能研究	成纤维细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选（FACS）	NA	细胞表面标记物数据	超过三千篇研究文章
86	2025-01-23	Identification and Characterization of ATOH7-Regulated Target Genes and Pathways in Human Neuroretinal Development 2024-07-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13131142 PMID:38994994	研究论文	本文研究了ATOH7在人类神经视网膜发育中的调控作用及其靶基因和通路	通过创建ATOH7敲除和eGFP表达的人诱导多能干细胞（hiPSCs），并分化为早期视网膜类器官，结合CUT&RUN-seq和RNA-seq技术，鉴定了ATOH7调控的靶基因和通路	研究中使用的类器官模型可能无法完全模拟体内环境，且人类突变较为罕见，样本量有限	探讨ATOH7在人类神经视网膜发育中的功能及其调控机制	人诱导多能干细胞（hiPSCs）及其分化的早期视网膜类器官	生物医学	视神经发育不全（ONH）和原发性玻璃体持续增生（PHPVAR）	CUT&RUN-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
87	2025-01-22	Characterisation of choroid plexus-infiltrating T cells reveals novel therapeutic targets in murine neuropsychiatric lupus 2024-Jul-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224689 PMID:38531610	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和免疫T细胞受体分析，揭示了小鼠神经精神性狼疮（NPSLE）模型中脉络丛浸润T细胞的特征及其在疾病进展中的作用	首次在NPSLE小鼠模型中详细评估了脉络丛浸润T细胞的特征，并发现了与疾病进展相关的动态转录组变化，为狼疮脑部治疗靶点的识别提供了新视角	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究神经精神性狼疮（NPSLE）疾病进展中脉络丛浸润T细胞的作用及其潜在治疗靶点	MRL/lpr小鼠（NPSLE小鼠模型）的脉络丛组织	生物医学	狼疮	单细胞RNA测序、免疫T细胞受体分析	NA	单细胞转录组数据、免疫T细胞受体数据	MRL/lpr小鼠的脉络丛组织（早期和晚期疾病状态）
88	2025-01-19	The architecture of silk-secreting organs during the final larval stage of silkworms revealed by single-nucleus and spatial transcriptomics 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114460 PMID:38996068	研究论文	本文通过单核和空间转录组学技术，系统地绘制了桑蚕幼虫发育后期丝腺的细胞和空间组成	首次结合单核和空间转录组学技术，揭示了桑蚕丝腺的细胞类型和细胞状态动态，并识别了与高效丝蛋白合成相关的调控网络和细胞间通讯	研究主要集中在桑蚕幼虫发育后期的丝腺，未涉及其他发育阶段或其他物种	阐明丝腺的细胞和空间组织，以揭示高效丝蛋白合成的机制	桑蚕幼虫发育后期的丝腺	转录组学	NA	单核转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	桑蚕幼虫发育后期的丝腺样本
89	2025-01-19	The mechano-chemical circuit in fibroblasts and dendritic cells drives basal cell proliferation in psoriasis 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114513 PMID:39003736	研究论文	本文研究了树突状细胞（DCs）与成纤维细胞之间的机械化学信号通路如何促进银屑病皮肤中基底细胞的增殖	揭示了DCs通过增加细胞外基质（ECM）表达来增强真皮硬度，进而促进基底表皮细胞过度增殖的新机制	研究主要依赖于小鼠银屑病模型和皮肤类器官模型，可能无法完全反映人类银屑病的复杂性	探讨DCs和成纤维细胞在银屑病进展中的作用	DCs、成纤维细胞和基底表皮细胞	生物医学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫染色和硬度测量	小鼠银屑病模型和皮肤类器官模型	基因表达数据、空间转录组数据、免疫染色图像和硬度测量数据	未明确提及具体样本数量
90	2025-01-19	Identification and characterization of TM4SF1+ tumor self-seeded cells 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114512 PMID:39003738	研究论文	本文通过光转换标记技术建立了一个精确的动物模型，以重现肿瘤自我播种的自发过程，并识别出具有增强侵袭性和生存能力的肿瘤自我播种细胞（TSCs）亚群	首次使用光转换标记技术精确识别和表征肿瘤自我播种细胞（TSCs），并确定TM4SF1作为TSCs的标志物	研究依赖于动物模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	研究肿瘤自我播种细胞（TSCs）的详细性质和功能，以发现潜在的诊断、预后或治疗靶点	肿瘤自我播种细胞（TSCs）	肿瘤学	癌症	光转换标记技术、单细胞RNA测序	动物模型	单细胞RNA测序数据	NA
91	2025-01-19	An atlas of GPCRs in dopamine neurons: Identification of the free fatty acid receptor 4 as a regulator of food and water intake 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114509 PMID:39003735	研究论文	本文通过无偏qPCR阵列表达分析，绘制了多巴胺神经元中G蛋白偶联受体（GPCR）的图谱，并鉴定了自由脂肪酸受体4（FFAR4）作为食物和水摄入的调节因子	首次绘制了多巴胺神经元中GPCR的全面图谱，并鉴定了FFAR4在调节食物和水摄入中的功能	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究多巴胺神经元中GPCR的表达及其在代谢调节中的作用	多巴胺神经元	神经科学	NA	qPCR阵列表达分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据挖掘、离体钙成像	NA	基因表达数据、钙成像数据	Dat-eGFP小鼠的多巴胺神经元
92	2025-01-18	Macrophages preserve endothelial cell specialization in the adrenal gland to modulate aldosterone secretion and blood pressure 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114395 PMID:38941187	研究论文	本文探讨了巨噬细胞在肾上腺中如何通过维持毛细血管的特殊化来调节醛固酮分泌和血压	揭示了巨噬细胞通过VEGF-A信号维持肾上腺毛细血管的特殊化，进而调节醛固酮分泌和血压的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	研究巨噬细胞在肾上腺功能和血压调节中的作用	肾上腺中的巨噬细胞和毛细血管	生物医学	高血压	单细胞转录组学、功能表型分析	小鼠模型	基因表达数据、生理数据	小鼠模型和人类醛固酮产生腺瘤样本
93	2025-01-18	Insulin and leptin oscillations license food-entrained browning and metabolic flexibility 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114390 PMID:38900636	研究论文	本文探讨了定时喂食如何通过胰岛素和瘦素的振荡促进皮下白色脂肪组织（sWAT）的褐变和代谢灵活性	揭示了定时喂食通过胰岛素和瘦素的振荡调控sWAT褐变和能量消耗的机制，并发现神经支配在此过程中的必要性	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探究定时喂食如何通过激素振荡调控脂肪组织褐变和代谢灵活性	皮下白色脂肪组织（sWAT）和棕色脂肪组织（BAT）	代谢研究	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	基因表达数据和细胞表型数据	NA
94	2025-01-16	Myeloid-Specific Thrombospondin-1 Deficiency Exacerbates Aortic Rupture via Broad Suppression of Extracellular Matrix Proteins 2024-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.30.605216 PMID:39211130	研究论文	本文研究了髓系特异性血栓反应蛋白-1（TSP1）缺失如何通过广泛抑制细胞外基质蛋白加剧主动脉破裂	揭示了髓系特异性TSP1缺失通过抑制炎症和细胞外基质生成增加主动脉破裂风险的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨不同细胞群中TSP1缺失对主动脉破裂的细胞和分子机制的影响	小鼠主动脉瘤和破裂模型	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、Visium空间转录组分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、组织学数据	小鼠模型及人类AAA组织样本
95	2025-01-13	New tools to study renal fibrogenesis 2024-07-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000988 PMID:38587103	综述	本文综述了单细胞和空间多组学技术在研究人类肾脏纤维化发展中的应用	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，识别了PDGFRα+/PDGFRβ+间充质细胞作为人类肾脏纤维化的主要细胞来源，并揭示了成纤维细胞和肌成纤维细胞的共同细胞状态及分子调控机制	需要精心设计和优化多组学实验，以解决与细胞谱系、可塑性和细胞间通讯相关的问题	探索人类肾脏纤维化发展的研究问题	健康人类肾脏和慢性肾脏病（CKD）患者的肾脏样本	生物医学研究	慢性肾脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	健康人类肾脏和CKD患者的肾脏样本
96	2025-01-12	The Effect of Exposure to Neighborhood Violence on Glucocorticoid Receptor Signaling in Lung Tumors 2024-07-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0032 PMID:38912926	研究论文	本研究探讨了社区暴力暴露对肺肿瘤中糖皮质激素受体信号的影响	首次将社区暴力犯罪率与肺肿瘤中糖皮质激素受体结合及靶基因表达水平联系起来	样本量较小（15个肺肿瘤样本），且仅针对芝加哥地区	研究社会压力暴露与肺肿瘤基因表达之间的关系	肺肿瘤样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学、CUT&RUN（一种ChIP测序技术）	NA	基因表达数据、社区暴力犯罪率数据	15个肺肿瘤样本
97	2024-12-31	Osteostaticytes: A novel osteoclast subset couples bone resorption and bone formation 2024-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.06.010 PMID:39027343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨愈合过程中骨重塑的细胞和分子机制，并发现了一种新的破骨细胞亚群——骨稳态细胞（OSCs）	首次发现并命名了骨稳态细胞（OSCs），揭示了其在骨重塑中的关键作用，特别是在骨吸收和骨形成之间的逆转阶段	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证，且对OSCs的具体功能机制仍需进一步探索	阐明骨髓炎后骨愈合的细胞和分子机制，特别是骨重塑过程中的逆转阶段	人类皮质骨、小鼠胫骨骨折模型、骨髓炎相关胫骨骨折模型	数字病理	骨髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、实时PCR、免疫荧光染色、基因集富集分析（GSEA）、CellChat、transwell实验、共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	人类皮质骨样本、小鼠胫骨骨折模型
98	2024-12-25	Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.10.602909 PMID:39026715	研究论文	本文评估了Element Biosciences的“avidity base chemistry”DNA测序技术在通过同聚物准确测序的能力，并研究了其对读取对齐和精确量化多聚腺苷酸位点使用的影响	提出了使用Element Aviti仪器进行paired-end测序，能够直接和独立地分配读取到多聚腺苷酸位点，绕过了传统方法的复杂性和局限性	与单端对齐相比，并未始终提高读取映射率	评估新型测序技术在单细胞RNA-seq中的应用效果	单细胞RNA-seq文库的多聚腺苷酸位点使用情况	基因组学	NA	avidity base chemistry DNA sequencing	NA	RNA-seq	NA
99	2024-12-21	Exploring the immune characteristions of CRKP pneumonia at single-cell level 2024-07, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108574 PMID:38772102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）肺炎患者的免疫特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了CRKP肺炎患者从轻度到重度转变过程中免疫细胞的动态特征和功能特性，并发现了与NK细胞、巨噬细胞和单核细胞相关的细胞标志物	样本量较小，仅包括3名患者的5份外周血样本，且未涵盖更多不同严重程度的病例	探讨CRKP肺炎患者的免疫失调特征及其与COVID-19的比较	耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）肺炎患者的免疫细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5份外周血样本来自3名中度和重度CRKP肺炎患者，以及2名COVID-19患者的scRNA-seq数据
100	2024-12-21	Inflammatory risk contributes to post-COVID endothelial dysfunction through anti-ACKR1 autoantibody 2024-Jul, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402598 PMID:38740432	研究论文	本研究探讨了COVID-19感染后持续炎症对血管功能障碍的影响，特别是针对非典型趋化因子受体1（ACKR1）的自身抗体的作用	首次揭示了COVID-19幸存者中抗ACKR1自身抗体与血管功能障碍之间的关联，并发现了这些抗体在组织特异性静脉血栓栓塞中的潜在作用	研究主要基于小鼠组织和患者样本，未来需要更大规模的人体研究来验证结果	探讨COVID-19感染后持续炎症对血管功能障碍的影响及其机制	COVID-19幸存者中的自身抗体及其对血管功能的影响	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠组织和COVID-19幸存者样本