单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-03-15	Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110353 PMID:39055935	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化	首次在细胞水平上识别了寨卡病毒感染后埃及伊蚊中肠的12个不同细胞群，并发现病毒主要存在于特定的肠上皮细胞和肠内分泌细胞中	研究仅关注了寨卡病毒感染后的中肠细胞变化，未涉及其他组织或器官	研究寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化及其对代谢、信号传导和免疫反应的影响	埃及伊蚊中肠细胞	生物信息学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	寨卡病毒感染后的埃及伊蚊中肠细胞
82	2025-03-15	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于自适应免疫受体库分析的工作流，集成了Immcantation框架，用于处理B细胞和T细胞受体序列数据	开发了nf-core/airrflow工作流，解决了现有工具在样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施上的局限性	NA	开发一个高效的自适应免疫受体库分析工作流，以支持大规模AIRR-seq数据的处理	B细胞和T细胞受体序列数据	生物信息学	传染病、自身免疫疾病、癌症	AIRR-seq	NA	测序数据	97名COVID-19感染者和99名健康对照者，包括批量测序和单细胞测序数据集
83	2025-03-08	Investigating gene functions and single-cell expression profiles of de novo variants in orofacial clefts 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100313 PMID:38807368	研究论文	本研究探讨了与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其单细胞表达谱，特别关注了未在OMIM数据库中列出的基因中的新生变异（DNVs）	通过结合路径分析和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了新生变异基因在OFC发展中的潜在作用，特别是在外胚层和内皮细胞中的表达模式	由于CPO相关的新生变异基因数量有限，未能在此类基因集中获得显著发现	探索与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其在细胞水平上的表达特征	853个基因中的960个新生变异（DNVs），以及从OMIM数据库中筛选的178个CL/P和277个CPO相关基因	基因组学	口面裂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	960个新生变异（DNVs）来自853个基因
84	2025-03-04	spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601050 PMID:39005315	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的网页应用程序，旨在简化空间转录组学数据的分析	spatialGE提供了一个用户友好的界面，使没有编程专业知识的用户能够通过多种分析流程，包括质量控制、标准化、域检测、表型分析和多种空间分析	NA	旨在使更广泛的科学界能够更容易地进行空间转录组学数据分析	空间转录组学数据	数字病理学	黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术	NA	空间转录组学数据	NA
85	2025-03-02	Secreted clusterin inhibits tumorigenesis by modulating tumor cells and macrophages in human meningioma 2024-07-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae034 PMID:38416702	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了分泌型clusterin（CLU）在抑制脑膜瘤发生和恶性转化中的作用及其机制	首次发现CLU通过诱导线粒体损伤和触发1型干扰素通路抑制脑膜瘤的发生和恶性转化，并揭示了其在调节肿瘤细胞和微环境中的双重作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，临床样本数量有限，需进一步扩大临床验证	探索脑膜瘤恶性转化的潜在治疗靶点和肿瘤抑制因子	脑膜瘤样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组分析	动物模型和细胞实验	转录组数据	18个样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）
86	2025-03-01	West Nile Virus-Induced Expression of Senescent Gene Lgals3bp Regulates Microglial Phenotype within Cerebral Cortex 2024-Jul-08, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070808 PMID:39062523	研究论文	本研究探讨了西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，重点关注了LGALS3BP蛋白在抗病毒反应和衰老中的作用	首次揭示了LGALS3BP在调节神经炎症和小胶质细胞激活中的作用，并提出了靶向LGALS3BP可能缓解衰老和病毒感染后认知衰退的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，以及LGALS3BP在其中的作用	成年和老年小鼠的小胶质细胞	神经科学	西尼罗河病毒感染	空间转录组学、RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠
87	2025-02-27	POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008721 PMID:39067872	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，结合空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝细胞癌（HCC）免疫治疗抵抗中的关键作用	首次系统性地研究了CAF亚群的特征及其在肿瘤微环境中的动态交流，特别是POSTN+ CAFs在特定肿瘤位置作为免疫反应屏障的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，可能缺乏对CAF功能机制的深入实验验证	探讨肝细胞癌免疫治疗抵抗的机制，以提高患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学，多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据，免疫荧光图像	220个样本，来自六个数据集
88	2025-02-26	Pulmonary osteoclast-like cells in silica induced pulmonary fibrosis 2024-Jul-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4913 PMID:38985878	研究论文	本文探讨了硅尘诱导的肺纤维化的机制，通过人类肺样本和硅肺病小鼠模型进行研究	发现了硅尘诱导肺泡巨噬细胞和单核细胞向破骨细胞样分化的新机制，并提出了抗RANKL单克隆抗体治疗的新策略	研究主要依赖于动物模型和有限的临床样本，需要进一步验证在更大规模的人类研究中的效果	研究硅尘诱导的肺纤维化的病理生理机制，并探索潜在的治疗方法	人类肺样本和硅肺病小鼠模型	病理生理学	硅肺病	全肺单细胞RNA测序、组织学、生化和生理评估	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据、生化数据、生理数据	人类肺样本和硅肺病小鼠模型
89	2025-02-23	Trem2 Agonist Reprograms Foamy Macrophages to Promote Atherosclerotic Plaque Stability-Brief Report 2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320797 PMID:38695172	研究论文	本文研究了Trem2激动剂AL002a对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响，发现其通过促进泡沫巨噬细胞的存活和增殖，改善斑块稳定性	首次展示了Trem2激动剂AL002a通过重编程泡沫巨噬细胞功能，增强胆固醇外流和胶原沉积，从而改善动脉粥样硬化斑块稳定性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探讨Trem2激动剂对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响	动脉粥样硬化易感小鼠（Ldlr-/-）	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	动脉粥样硬化易感小鼠
90	2025-02-19	Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics 2024-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02284-9 PMID:38844627	研究论文	本文介绍了一种名为IRIS的计算方法，用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域，以表征组织的空间结构	IRIS方法独特地利用单细胞RNA测序数据进行参考信息检测，整合多个SRT切片，并明确考虑切片内和切片间的相关性	NA	开发一种计算方法来提高空间转录组学研究中空间域检测的准确性和效率	空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	空间转录组学数据	六个SRT数据集，涵盖多种技术、组织、物种和分辨率
91	2025-02-13	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168 PMID:38878676	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	结合孟德尔随机化和空间转录组学数据，首次系统性地识别了与前列腺癌风险相关的蛋白质，并验证了其在肿瘤侵袭性中的作用	研究依赖于遗传预测的蛋白质水平，可能无法完全反映实际蛋白质表达情况	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性）	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	遗传数据、转录组数据	2002种遗传预测的循环蛋白质水平，两个独立的癌症GWAS数据集（欧洲和非洲血统）
92	2025-02-08	Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness 2024-Jul-11, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae015 PMID:38985000	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了细胞因子处理的人类胰岛细胞的基因表达变化，发现人类胰岛细胞对细胞因子的反应显著减弱	首次在人类胰岛细胞中发现细胞因子反应的减弱，并揭示了与应激反应基因的高表达相关	研究未详细探讨供体死亡原因和胰岛分离方法对细胞应激的具体影响	研究人类胰岛细胞在细胞因子刺激下的基因表达变化及其与细胞应激的关系	人类胰岛细胞	单细胞RNA测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
93	2025-02-08	The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis 2024-07, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13786 PMID:38544333	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症的细胞异质性，并探讨了CD8 T细胞在疾病进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了子宫内膜异位症的细胞景观，并揭示了CD8 T细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程在疾病中的关键作用	样本量较小，仅包括三名卵巢子宫内膜异位症患者	探讨子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用	子宫内膜异位症患者和裸鼠模型	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三名卵巢子宫内膜异位症患者
94	2025-02-06	BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae432 PMID:39242194	研究论文	本文提出了一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架（BANMF-S），用于单细胞RNA测序数据中的技术零值填补	BANMF-S通过构建基因-基因相似性网络和细胞-细胞相似性网络，结合外部PPI网络和最小生成树，增强潜在空间中相似基因和细胞对的一致性，并采用分块策略通过分布式随机梯度下降法加速优化	NA	解决单细胞RNA测序数据中的技术零值问题，提高下游聚类和伪轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	公开可用的数据集，具体样本数量未明确说明
95	2025-02-06	Preoperative electroacupuncture versus sham electroacupuncture for the treatment of postoperative ileus after laparoscopic surgery for colorectal cancer in China: a study protocol for a multicentre, randomised, sham-controlled trial 2024-07-05, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-083460 PMID:38969370	研究论文	本研究旨在评估术前电针与假电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻（POI）的治疗效果	采用多中心、随机、假对照试验设计，结合单细胞RNA测序技术探讨电针治疗POI的机制	样本量较小（80例患者），且仅在中国进行，可能限制结果的普遍性	评估术前电针对POI恢复的促进作用	结直肠癌腹腔镜手术后出现POI的患者	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	80例患者
96	2025-02-05	Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex 2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546949 PMID:39071320	研究论文	本文提出了一种使用空间转录组数据识别组织中空间同质区域（SHRs）的方法，并展示了该方法在多种组织类型中寻找SHRs的高效性和有效性	创新点在于开发了一个名为concordex的工具，该工具基于k近邻（kNN）图分析，能够有效识别空间同质区域，并可用于非空间转录组数据的分析	未明确提及具体局限性	研究目的是开发一种方法，用于识别组织中空间同质区域	研究对象是组织中的空间同质区域	数字病理学	NA	空间转录组学	kNN图分析	空间转录组数据	NA
97	2025-02-02	Molecular Organization of Autonomic, Respiratory, and Spinally-Projecting Neurons in the Mouse Ventrolateral Medulla 2024-Jul-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2211-23.2024 PMID:38918066	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，创建了小鼠腹外侧延髓（VLM）细胞的全面数据集，揭示了VLM中神经元和星形胶质细胞的分子和细胞组织	首次通过单细胞RNA测序技术，系统地识别了VLM中23种神经元亚型和5种星形胶质细胞亚型，并验证了脊髓投射神经元的丰富性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	揭示腹外侧延髓（VLM）中神经元和星形胶质细胞的分子和细胞组织，以更好地理解VLM在重要功能和运动控制中的作用	小鼠腹外侧延髓（VLM）中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	114,805个VLM细胞
98	2025-02-01	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.12.603155 PMID:39071344	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在单细胞水平上比较了早期妊娠胎盘细胞滋养层与滋养层干细胞的转录组差异，并揭示了不同胎盘区域CTB的异质性	样本量相对较小（6个正常胎盘和3个TSC系），且仅关注了早期妊娠阶段	探究早期妊娠胎盘细胞滋养层的转录多样性，并比较其与滋养层干细胞的异同	早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）和滋养层干细胞（TSC）	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6个正常胎盘（4个6-8周，2个12-14周）和3个TSC系
99	2024-08-05	Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT 2024-07, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822 PMID:38852289	研究论文	本研究重新分析了一项来自PDAC的单细胞RNA测序数据集，探讨了肿瘤及正常组织的异质性，重点关注Treg细胞及其在肿瘤微环境中的相互作用	首次揭示了PDAC中自然Tregs与诱导Tregs的数量差异，以及它们与其他细胞类型之间的关键通信途径	本研究主要依赖于已有的数据集，缺乏来自临床样本的直接验证	研究PDAC中的调节性T细胞与其他细胞在肿瘤微环境中的交互作用	调节性T细胞（Tregs）及其与其他肿瘤微环境细胞的相互作用	数字病理学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA数据	NA
100	2025-01-25	Regulatory B Cells Expressing Granzyme B from Tolerant Renal Transplant Patients: Highly Differentiated B Cells with a Unique Pathway with a Specific Regulatory Profile and Strong Interactions with Immune System Cells 2024-07-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13151287 PMID:39120317	研究论文	本研究旨在确定表达颗粒酶B的调节性B细胞（GZMB B细胞）在肾移植耐受患者的血液中是否富集	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了GZMB B细胞在肾移植耐受患者中的独特转录组特征及其与免疫系统细胞的强相互作用	样本量较小（每组3例患者），可能限制结果的普遍性	研究肾移植耐受患者中GZMB B细胞的特性和功能	肾移植患者的血液样本，包括稳定功能患者、药物耐受患者和抗体介导排斥反应患者	免疫学	肾移植	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	9例患者（3例稳定功能患者，3例药物耐受患者，3例抗体介导排斥反应患者）