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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
New tools to study renal fibrogenesis
2024-07-01, Current opinion in nephrology and hypertension
IF:2.2Q2
DOI:10.1097/MNH.0000000000000988
PMID:38587103
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综述 | 本文综述了单细胞和空间多组学技术在研究肾脏纤维化机制中的最新进展和应用前景 | 强调了单细胞RNA测序和空间多组学技术为研究人类肾脏纤维化提供了新的研究途径,特别是在细胞谱系、细胞可塑性和细胞间通讯方面 | 需要精心设计和优化多组学实验以解决肾脏纤维化中的具体科学问题 | 探索肾脏纤维化的发病机制和病理过程 | 人类肾脏组织,包括健康肾脏和慢性肾脏病患者的肾脏样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间多组学技术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间多组学数据 | 健康人类肾脏和慢性肾脏病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间多组学 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
FGF Signaling Regulates Development of the Anterior Fontanelle
2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.14.603452
PMID:39071418
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研究论文 | 本研究通过小鼠遗传学和单细胞转录组学揭示了FGF信号通过调控WNT信号通路调节前囟门闭合和额缝形成的机制 | 首次在前囟门中发现FGF-WNT信号回路,揭示了SCX+细胞区域选择性分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究FGF信号如何调控前囟门闭合和额缝形成的发育过程 | 小鼠前囟门发育过程中的细胞分化和信号通路 | 发育生物学 | 颅缝早闭症 | 单细胞转录组学,小鼠遗传学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
NDC80/HEC1 promotes macrophage polarization and predicts glioma prognosis via single-cell RNA-seq and in vitro experiment
2024-07, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14850
PMID:39021287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外实验探讨NDC80/HEC1在胶质瘤中的作用机制及其预后价值 | 首次发现HEC1通过促进巨噬细胞从M1向M2表型转化来调控肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探索HEC1在胶质瘤发生发展中的功能及其作为预后标志物的潜力 | 胶质瘤组织和细胞系 | 单细胞测序分析 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 体外实验, 共培养实验 | NA | RNA测序数据, 实验数据 | 人类胶质瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Targeting MS4A4A: A novel pathway to improve immunotherapy responses in glioblastoma
2024-07, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14791
PMID:38997808
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研究论文 | 本研究探索通过抑制MS4A4A驱动M2巨噬细胞向M1表型极化,以增强胶质母细胞瘤对PD-1免疫疗法的反应 | 首次揭示MS4A4A通过铁死亡途径调控巨噬细胞极化的新机制,并提出联合免疫检查点阻断治疗的新策略 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索MS4A4A抑制在改善胶质母细胞瘤免疫治疗反应中的作用 | 胶质母细胞瘤相关的肿瘤相关巨噬细胞,特别是M2表型巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组分析,流式细胞术,Western blot | NA | 基因表达数据,空间分布数据,蛋白质数据 | 小鼠皮下和原位移植模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data
2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602230
PMID:39005368
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研究论文 | 介绍GeneSurfer交互式工具,用于探索3D空间转录组数据中的基因共表达模块 | 开发首个用于大规模数据集局部基因共表达探索性分析的交互式界面,支持转录组范围的基因过滤、聚类和功能注释 | NA | 开发工具探索3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
Integration analysis of cell division cycle-associated family genes revealed potential mechanisms of gliomagenesis and constructed an artificial intelligence-driven prognostic signature
2024-07, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111168
PMID:38599441
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研究论文 | 本研究通过整合分析细胞分裂周期相关基因家族,揭示了胶质瘤发生的潜在机制并构建了人工智能驱动的预后特征 | 首次系统研究CDCA基因家族在胶质瘤中的作用,结合多组学分析和机器学习算法构建预后模型 | NA | 阐明CDCA基因家族成员在胶质瘤中的功能和作用机制 | 胶质瘤患者和胶质瘤细胞 | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组测序,生物信息学分析 | 无监督聚类算法,十种机器学习算法 | 多组学数据 | 八个胶质瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Biallelic variants in POPDC2 cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy
2024-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.07.04.24309755
PMID:39006410
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研究论文 | 本研究发现了POPDC2基因双等位基因变异导致一种新型常染色体隐性遗传心脏综合征 | 首次在人类中发现POPDC2基因双等位基因变异导致心脏传导系统疾病和肥厚型心肌病的新型综合征 | 患者肌肉活检未显示明显的肌病特征,样本量相对较小(4个家族) | 探索POPDC2基因变异与心脏传导系统疾病和心肌病的因果关系 | 4个携带POPDC2基因双等位基因变异的家族 | 遗传学 | 心脏传导系统疾病、肥厚型心肌病 | 同源建模、电生理研究、单细胞RNA测序、群体遗传学分析 | NA | 基因测序数据、电生理数据、单细胞RNA测序数据 | 4个家族,超过100万人的群体遗传数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2
2024-07, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6283
PMID:38606616
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响 | 发现SRD5A2缺失导致ESR1+腔上皮细胞比例增加并呈现增殖表型,揭示了5α还原酶抑制剂耐药的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究SRD5A2缺失对前列腺细胞组成和功能的影响 | 小鼠前列腺细胞和人类前列腺活检组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Srd5a2小鼠模型和人类前列腺活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway
2024-Jul-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.180198
PMID:39042459
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和先进显微镜技术,揭示了原发性纤毛运动障碍(PCD)患者气道细胞中独特的谷胱甘肽代谢通路 | 发现了纤毛中专门的GSTA2通路对纤毛正常运动至关重要,并证明该通路可能成为治疗靶点 | 样本量相对有限,需要进一步验证GSTA2通路在更大PCD患者群体中的普遍性 | 探究PCD基因变异对多纤毛细胞的分子影响机制 | PCD患者、杂合子母亲和健康个体的原代培养上皮细胞,以及PCD患者来源的诱导多能干细胞 | 单细胞生物学 | 原发性纤毛运动障碍 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 先进显微镜, 免疫金标记 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 显微镜图像 | PCD患者、杂合子母亲和健康个体的原代上皮细胞,以及PCD患者来源的iPS细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis
2024-Jul-18, Biology
DOI:10.3390/biology13070540
PMID:39056733
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荟萃分析 | 通过整合多个单细胞RNA测序数据集,系统分析异物反应中的细胞亚群特征和信号通路 | 首次对现有所有异物反应小鼠研究的单细胞RNA测序数据进行荟萃分析,识别跨模型和解剖位置的共同基因特征 | 仅基于小鼠研究数据,人类临床样本验证尚需进一步研究 | 识别异物反应中细胞特异性基因特征,为医疗植入物患者提供潜在治疗靶点 | 异物反应小鼠模型中的成纤维细胞和巨噬细胞亚群 | 单细胞生物学 | 异物反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 所有可用异物反应小鼠研究数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Cell Simulation as Cell Segmentation
2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591218
PMID:38712065
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研究论文 | 本研究采用从头细胞模拟方法改进单细胞空间转录组学中的细胞分割精度 | 将从头细胞模拟方法应用于细胞分割,能够快速推断形态学上合理的细胞边界并保持细胞类型异质性 | NA | 提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性和计算效率 | 肾细胞癌患者样本中的肿瘤浸润免疫细胞(中性粒细胞和T细胞) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞空间转录组学 | 从头细胞模拟 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175047
PMID:38954467
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研究论文 | 本研究揭示血小板反应蛋白-1在肥胖诱导的膈肌纤维-脂肪基质扩张和收缩功能障碍中的关键作用 | 首次证明THBS1通过驱动纤维-脂肪祖细胞增殖介导肥胖膈肌重构,并确定Thbs1基因敲除可保护膈肌收缩功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究THBS1在肥胖相关膈肌功能障碍中的分子机制 | 野生型和Thbs1基因敲除小鼠的膈肌组织 | 分子生物学 | 肥胖相关呼吸功能障碍 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | 野生型和Thbs1基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features
2024-Jul, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01935-0
PMID:37679544
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研究论文 | 提出一种跨模态数据整合方法MaxFuse,能够在特征弱关联情况下实现高质量的空间和单细胞数据整合 | 通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配,利用各模态全部信息实现弱关联特征下的高质量数据整合 | 未提及方法在极大规模数据集上的计算效率问题 | 开发跨模态数据整合方法以克服特征弱关联的限制 | 空间和单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序、空间转录组、蛋白质组学 | 迭代共嵌入算法 | 空间蛋白质组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组、蛋白质组学 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Re-analysis of single-cell RNA-seq data reveals the origin and roles of cycling myeloid cells
2024-07-08, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae030
PMID:38655770
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研究论文 | 通过重新分析单细胞RNA测序数据揭示了循环髓系细胞的起源、分化和功能 | 首次系统揭示循环髓系细胞的起源、分化过程及其在生理和病理条件下的功能 | NA | 研究循环髓系细胞的起源、分化和功能 | 循环髓系细胞,特别是aCMCs亚群 | 单细胞生物学 | 创伤损伤、癌症、病原体感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat
2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC
PMID:38507610
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9基因编辑和囊胚互补技术,首次在大鼠体内成功生成了小鼠肺组织 | 首次实现跨物种(小鼠-大鼠)肺组织生成,胚胎干细胞对肺组织贡献率达到近99% | 研究仅限于小鼠和大鼠模型,尚未在大型动物或人类中验证 | 探索利用大型动物作为生物反应器生成人类肺器官的可能性 | 小鼠胚胎干细胞和大鼠胚胎 | 发育生物学 | 肺发育不全 | CRISPR-Cas9基因编辑,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,免疫染色图像,流式细胞术数据 | 基因编辑大鼠胚胎和鼠-大鼠嵌合体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Immune Response following FLASH and Conventional Radiation in Diffuse Midline Glioma
2024-Jul-15, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.01.219
PMID:38364947
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了FLASH和常规放疗对弥漫中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响 | 首次以单细胞分辨率绘制了常规和FLASH放疗对DMG肿瘤免疫微环境的免疫改变图谱 | 研究样本量有限,仅使用小鼠模型,时间点观察有限(仅第4天和第10天) | 探索FLASH和常规放疗对弥漫中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响差异 | 原位同系小鼠脑干弥漫中线胶质瘤模型中的免疫细胞 | 数字病理学 | 弥漫中线胶质瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 小鼠脑干DMG模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601068
PMID:39005427
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研究论文 | 本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌患者来源肿瘤类器官模型,揭示了肿瘤异质性特征及其与顺铂治疗反应的关系 | 首次在头颈部鳞癌类器官模型中系统表征基因组特征和单细胞异质性,发现混合上皮-间质转化状态与顺铂耐药的相关性 | 样本量相对有限(31例患者),需要更大规模验证研究结果 | 建立头颈部鳞癌患者来源肿瘤类器官模型,研究肿瘤异质性与治疗反应机制 | 头颈部鳞状细胞癌患者来源肿瘤类器官 | 数字病理 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 患者来源肿瘤类器官模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 31例头颈部鳞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions
2024-07-11, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023022295
PMID:38643494
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研究论文 | 通过分析10,000多名浆细胞疾病患者的RAS/RAF基因突变情况,揭示了该通路在多发性骨髓瘤等疾病中的突变特征 | 首次在如此大规模浆细胞疾病队列中系统描述RAS/RAF突变谱,并通过单细胞测序证实突变发生在不同亚克隆中 | 研究基于常规测序面板,可能未覆盖所有相关突变 | 描述浆细胞疾病中RAS/RAF通路的突变特征和临床意义 | 10,000多名不同浆细胞疾病患者 | 基因组学 | 多发性骨髓瘤 | 二代测序,单细胞测序 | NA | 基因组测序数据 | >10,000名患者,其中29名患者进行了单细胞测序 | NA | 单细胞测序,二代测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma
2024-07, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15375
PMID:38886907
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,构建了M2肿瘤相关巨噬细胞相关基因特征,用于探索EGFR阴性肺腺癌的免疫景观并预测免疫治疗反应 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建M2-TAM相关基因特征,用于EGFR阴性肺腺癌的免疫治疗预测 | 研究基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证 | 改善EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果 | EGFR阴性肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation
2024-07-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022
PMID:38772365
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研究论文 | 本研究揭示了皮肤炎症中上皮细胞与免疫细胞通过代谢协调维持慢性炎症的机制 | 发现HIF1α驱动的糖酵解代谢通路在上皮细胞和γδ T17细胞间建立代谢层级协调,共同维持皮肤炎症 | 研究主要基于小鼠模型和离体人类病变组织,在体人类验证尚需进一步研究 | 探究皮肤炎症疾病中上皮细胞与免疫细胞代谢协调的分子机制 | 银屑病皮肤病变组织、小鼠皮肤炎症模型 | 空间转录组学 | 银屑病 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,免疫荧光 | 小鼠遗传模型 | 基因表达数据,蛋白质定位数据 | 人类银屑病病变组织和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |