单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-10-10	CCR1 and CCR2 Coexpression on Monocytes Is Nonredundant and Delineates a Distinct Monocyte Subpopulation 2024-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400007 PMID:38829123	研究论文	研究探讨了单核细胞上CCR1和CCR2的共表达及其在炎症中的作用	提出CCR1和CCR2的共表达并非冗余，而是标记了一个独特的单核细胞亚群	NA	验证CCR1和CCR2在单核细胞上的共表达是否冗余，并探讨其在炎症中的作用	CCR1、CCR2、CCR3和CCR5受体及其在单核细胞上的表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠单核细胞亚群
62	2024-10-07	RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions 2024-Jul-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022295 PMID:38643494	研究论文	研究多发性骨髓瘤中RAS/RAF通路的突变情况	首次在大规模患者群体中分析了RAS/RAF通路的突变情况，并发现其在不同亚克隆中的分布	研究仅限于RAS/RAF通路的突变分析，未涉及其他可能的分子机制	探讨RAS/RAF通路在多发性骨髓瘤中的突变情况及其临床意义	多发性骨髓瘤患者及其RAS/RAF通路的突变	数字病理学	多发性骨髓瘤	下一代测序（NGS）和单细胞测序	NA	基因组数据	超过10,000名患者，其中29名患者进行了单细胞测序
63	2024-10-06	A fibroblast-dependent TGF-β1/sFRP2 noncanonical Wnt signaling axis promotes epithelial metaplasia in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-Jul-09, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174598 PMID:38980870	研究论文	研究了纤维母细胞依赖的TGF-β1/sFRP2非经典Wnt信号轴在特发性肺纤维化中促进上皮化生的机制	发现了TGF-β1信号通过sFRP2激活非经典Wnt信号轴，促进特发性肺纤维化中的上皮化生	研究仅限于细胞和组织水平，未涉及临床试验	探讨特发性肺纤维化中纤维母细胞与上皮细胞相互作用的机制	特发性肺纤维化患者的肺组织和纤维母细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自特发性肺纤维化患者和非疾病捐赠者的肺组织样本
64	2024-10-06	Impending HCC diagnosis in patients with cirrhosis after HCV cure features a natural killer cell signature 2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000804 PMID:38381525	研究论文	研究探讨了在HCV治愈后肝硬化患者中自然杀伤细胞（NK细胞）的特征，以预测肝细胞癌（HCC）的发展	首次揭示了HCV治愈后肝硬化患者中NK细胞的特征与HCC发展的关联，特别是TIM-3和CD38的高表达	研究样本量较小，仅涵盖8个队列，可能影响结果的普适性	探讨HCV治愈后肝硬化患者中NK细胞的特征，以预测HCC的发展	HCV治愈后肝硬化患者的NK细胞特征及其与HCC发展的关联	NA	肝癌	单细胞测序	NA	细胞	8个队列，包括HCV治愈后肝硬化患者和健康对照
65	2024-10-06	Oleic acid-PPARγ-FABP4 loop fuels cholangiocarcinoma colonization in lymph node metastases microenvironment 2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000784 PMID:38377465	研究论文	研究探讨了油酸-PPARγ-FABP4循环在胆管癌淋巴结转移微环境中的作用	揭示了油酸-PPARγ-FABP4正反馈循环在胆管癌淋巴结转移中的关键作用，并提出了针对这一循环的潜在治疗策略	NA	探究胆管癌在淋巴结微环境中的定植机制，特别是代谢重编程的作用	胆管癌及其淋巴结转移	NA	胆管癌	单细胞RNA测序、代谢组学、CRISPR/Cas9筛选	NA	RNA	来自患者的原发肿瘤病灶和配对的淋巴结转移样本
66	2024-10-05	The dynamic behavior of chromatophores marks the transition from bands to spots in leopard geckos 2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400486121 PMID:38976731	研究论文	研究豹纹守宫皮肤颜色从带状到斑点的转变过程	首次揭示了豹纹守宫皮肤颜色从带状到斑点的转变机制，并通过遗传分析和单细胞转录组学分析确定了关键基因的作用	研究主要集中在豹纹守宫的特定基因型，可能不适用于其他物种或基因型	探讨爬行动物皮肤颜色形成的发育过程和分子信号通路	豹纹守宫的带状和斑点皮肤模式	NA	NA	单细胞转录组学分析	NA	基因序列	豹纹守宫的胚胎皮肤样本
67	2024-10-04	Circadian control of tumor immunosuppression affects efficacy of immune checkpoint blockade 2024-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01859-0 PMID:38806707	研究论文	研究昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响	首次揭示了昼夜节律对免疫抑制细胞丰度的调控作用，并展示了时间依赖的免疫检查点阻断疗法效果	NA	探讨昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响	结直肠癌模型中的免疫抑制细胞和细胞毒性CD8 T细胞	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
68	2024-09-30	Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review 2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303 PMID:38934720	综述	本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用	介绍了新兴技术如bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、单核RNA-seq和空间转录组学在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用	存在成本高、细胞大小限制、样本差异和复杂分析过程等挑战	探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，以促进心脏健康和心脏疾病治疗	心肌细胞与生物材料的相互作用	再生医学	心血管疾病	RNA-seq	机器学习	转录组数据	NA
69	2024-09-28	Benchmarking Algorithms for Gene Set Scoring of Single-cell ATAC-seq Data 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae014 PMID:39049508	研究论文	本文系统地评估了十种基因集评分（GSS）工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能	首次系统地比较了多种GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的表现，并提供了实用的选择指南	研究主要集中在GSS工具的性能评估，未深入探讨其生物学意义	评估现有GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能	单细胞ATAC-seq数据和GSS工具	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	NA	基因集评分数据	多达十个单细胞ATAC-seq数据集
70	2024-09-28	Opportunities and Challenges in Advancing Plant Research with Single-cell Omics 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae026 PMID:38996445	综述	本文综述了单细胞组学技术在植物研究中的应用及其面临的挑战	介绍了单细胞转录组学、表观组学、蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学等技术在植物科学中的应用	单细胞技术在植物中的应用受到细胞结构的限制	探讨单细胞组学技术在植物系统中的进展、未来研究应用及其面临的挑战	植物细胞类型及其发育过程	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
71	2024-09-27	Early-stage lung cancer is driven by a transitional cell state dependent on a KRAS-ITGA3-SRC axis 2024-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00113-5 PMID:38755258	研究论文	研究探讨了KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系	通过单细胞RNA测序揭示了AT2细胞在早期肺腺癌中的过渡状态，并发现KRAS突变通过ITGA3-SRC轴影响这一状态	研究主要基于AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者的样本，可能需要更多临床样本验证	探讨KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系	AT2细胞、小鼠、早期肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者
72	2024-09-23	Compound models and Pearson residuals for single-cell RNA-seq data without UMIs 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.02.551637 PMID:37577688	研究论文	本文提出了一种扩展非UMI单细胞RNA-seq数据标准化方法的复合模型，使用复合Pearson残差进行基因选择和数据嵌入	本文创新性地将复合分布应用于非UMI数据的建模，提出了复合Pearson残差方法，并发现放大分布可以用破幂律描述	NA	扩展Pearson残差方法至非UMI单细胞RNA-seq数据标准化	非UMI单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	复合模型	RNA-seq数据	NA
73	2024-09-23	Investigating gene functions and single-cell expression profiles of de novo variants in orofacial clefts 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100313 PMID:38807368	研究论文	研究探讨了与口腔颌面裂相关的从头变异基因的功能及其单细胞表达谱	结合通路分析和单细胞RNA测序数据，揭示了未在OMIM中列出的基因在口腔颌面裂发育中的潜在作用	由于CPO基因集中的从头变异基因数量有限，未能取得显著发现	探索口腔颌面裂发育中未知的从头变异基因的功能及其单细胞表达谱	口腔颌面裂相关的从头变异基因及其在单细胞水平上的表达	基因组学	口腔颌面裂	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从已发表的研究中收集了960个从头变异基因，涉及853个基因
74	2024-09-23	Pan-cancer mapping of single CD8+ T cell profiles reveals a TCF1:CXCR6 axis regulating CD28 co-stimulation and anti-tumor immunity 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101640 PMID:38959885	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD28共刺激信号和抗肿瘤免疫中的作用	本文首次揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD8+ T细胞功能和抗肿瘤免疫中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	揭示CD8+ T细胞在不同肿瘤微环境中的表达程序，为下一代免疫疗法提供依据	CD8+ T细胞在七种人类癌症中的表达模式	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	矩阵分解算法	基因表达数据	33,161个CD8+ T细胞样本，来自132名患有七种癌症的患者
75	2024-09-20	The role of the fibroblast in Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma 2024-Jul-01, Current opinion in gastroenterology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/MOG.0000000000001032 PMID:38626060	综述	本文综述了间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用，并探讨了针对这些细胞的转化前景	通过单细胞RNA测序研究揭示了间质在发育信号传导和癌症启动中的新兴作用，并提出了针对癌症相关成纤维细胞的潜在治疗策略	NA	探讨间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用	Barrett食管和食管腺癌中的间质和癌症相关成纤维细胞	NA	食管腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
76	2024-09-19	LncRNAs in the Dlk1-Dio3 Domain Are Essential for Mid-Embryonic Heart Development 2024-Jul-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25158184 PMID:39125754	研究论文	研究了Dlk1-Dio3域中的长非编码RNA（lncRNA）在胚胎中期心脏发育中的关键作用	构建了转录终止模型，并通过插入终止序列阐明了Dlk1-Dio3域中lncRNA表达缺失导致母系插入突变体（MKI）和纯合突变体（HOMO）小鼠从E13.5开始死亡	未详细描述研究中使用的具体lncRNA种类及其在心脏发育中的具体机制	探讨Dlk1-Dio3域中的lncRNA在胚胎中期心脏发育中的作用	Dlk1-Dio3域中的lncRNA及其在心脏发育中的影响	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）、原位杂交（IHC）	NA	RNA	母系插入突变体（MKI）、纯合突变体（HOMO）和亲本插入突变体（PKI）小鼠
77	2024-09-17	Deep learning approaches for non-coding genetic variant effect prediction: current progress and future prospects 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae446 PMID:39276327	综述	本文综述了基于批量和单细胞测序数据的非编码变异模型的发展及其模型解释和下游任务	本文提供了对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述，并指出了改进的机会	当前方法在变异效应预测研究中存在局限性	探讨基因变异影响和调控机制，提供对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述	非编码变异及其对基因调控的影响	机器学习	NA	测序技术	深度学习模型	基因数据	NA
78	2024-09-17	scHyper: reconstructing cell-cell communication through hypergraph neural networks 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae436 PMID:39276328	研究论文	提出了一种名为scHyper的新方法，通过超图神经网络从全局网络视角推断细胞间通信	scHyper通过超图表示学习，能够重建细胞间通信得分，并识别所有细胞、配体和受体表达对通信得分的影响	NA	推断细胞间通信并识别其潜在影响	细胞间通信网络	机器学习	NA	超图神经网络	超图神经网络	单细胞RNA测序数据	人类肿瘤微环境和免疫细胞数据
79	2024-09-17	Cancer-Associated Endocrine Cells Participate in Pancreatic Carcinogenesis 2024-Jul-22, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.016 PMID:39048054	研究论文	研究探讨了胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）癌变过程中的作用及其与外分泌部分的相互作用	首次系统地描绘了PDAC中胰腺内分泌细胞的改变，并阐明了内分泌-外分泌相互作用的潜在机制	NA	探讨胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌癌变过程中的作用及其机制	胰腺内分泌细胞及其在胰腺导管腺癌中的变化	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组测序、多重免疫组化	NA	转录组数据	涉及正位移植小鼠、KrasLSL-G12DPdx1-Cre小鼠和KrasLSL-G12Dp53LoxPPdx1-CreER小鼠
80	2024-09-15	Validation of an organ mapping antibody panel for cyclical immunofluorescence microscopy on normal human kidneys 2024-Jul-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00426.2023 PMID:38721662	研究论文	本文验证了一种用于正常人肾脏循环免疫荧光显微镜的器官映射抗体面板	本文采用标准化方法验证了一组抗体，用于通过免疫荧光显微镜识别18种主要细胞类型和5种细胞外基质，并开发了二维和三维循环免疫荧光（CyCIF）技术，提供了一种更详细的组织分割和体积评估方法	NA	解决抗体验证缺乏标准化导致的人类研究不可重复性问题	正常人肾脏中的18种主要细胞类型和5种细胞外基质	数字病理学	NA	免疫荧光显微镜	NA	图像	NA