单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-12-19	A point cloud segmentation framework for image-based spatial transcriptomics 2024-07-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06480-3 PMID:38971915	研究论文	本文介绍了一种基于图像的空间转录组学的点云分割框架ComSeg，用于在复杂组织中进行单细胞RNA定位和细胞类型识别	ComSeg算法直接在单个RNA位置上操作，无需对细胞形状进行隐式或显式先验假设，适用于具有任意细胞形状的复杂组织	NA	解决在缺乏高质量膜标记的情况下，组织数据中准确细胞分割的挑战	单细胞RNA定位和细胞类型识别	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	模拟和实验数据集
62	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jul-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4607352/v1 PMID:39011095	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中β细胞功能的性别差异及其在2型糖尿病发病机制中的作用	首次结合单细胞RNA测序和单核转座酶可及染色质测序技术，揭示了2型糖尿病患者中β细胞功能的性别差异及其与线粒体功能障碍的关系	研究样本量较小，且仅限于人类胰腺胰岛，可能无法完全代表所有性别差异的影响	探讨2型糖尿病中胰岛素分泌的性别差异机制	人类胰腺胰岛中的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	52名捐赠者（包括2型糖尿病患者和非糖尿病患者）
63	2024-12-16	A specialized population of monocyte-derived tracheal macrophages promote airway epithelial regeneration through a CCR2-dependent mechanism 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110169 PMID:38993668	研究论文	本文研究了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用，并揭示了CCR2依赖的机制	首次揭示了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其CCR2依赖的招募和激活机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其机制	小鼠气管巨噬细胞及其在气道损伤后的再生作用	NA	NA	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型
64	2024-12-08	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection 2024-Jul-21, Viruses DOI:10.3390/v16071173 PMID:39066335	研究论文	研究SIV感染导致的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动力学和抗病毒免疫反应的影响	首次在受控环境中直接研究HIV相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持久性的影响	样本量较小，仅涉及两只SIV感染的猪尾猕猴	探讨HIV相关免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	SIV感染的猪尾猕猴和SIV阴性的猪尾猕猴	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	两只SIV感染的猪尾猕猴和两只SIV阴性的猪尾猕猴
65	2024-12-02	Single-cell sequencing reveals novel proliferative cell type: a key player in renal cell carcinoma prognosis and therapeutic response 2024-Jul-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01424-x PMID:39052149	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肾细胞癌中一种新型增殖细胞类型，并探讨了其在肾细胞癌预后和治疗反应中的关键作用	发现了一种名为“Prol”的高度增殖细胞亚群，并开发了一种基于人工智能网络的Prol特征，能够预测肾细胞癌的预后和治疗反应	NA	探讨肾细胞癌的分子异质性，并开发新的预后预测特征和治疗靶点	肾细胞癌中的新型增殖细胞类型及其在预后和治疗反应中的作用	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	人工智能网络（包括传统回归、机器学习和深度学习算法）	RNA	NA
66	2024-12-02	Discovering mechanisms of human genetic variation and controlling cell states at scale 2024-Jul, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.03.010 PMID:38658256	研究论文	本文讨论了单细胞测序技术在揭示人类遗传变异机制方面的潜力，并探讨了如何利用这些技术来控制细胞状态	本文提出了将遗传变异机制的发现与细胞状态工程相结合的概念，以推动基因组医学的发展	NA	探讨单细胞测序技术在揭示人类遗传变异机制和控制细胞状态方面的应用	人类遗传变异和细胞状态	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
67	2024-12-01	Empowering Precision Oncology: Advancing Cancer Research by Augmenting Single-cell RNA and Bulk RNA Sequencing for Confronting the Heterogeneity in Ovarian Cancer 2024 Jul-Sep, Journal of mid-life health IF:1.2Q3 DOI:10.4103/jmh.jmh_93_23 PMID:39610955	研究论文	本研究探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序在卵巢癌分子水平上的应用	强调了scRNA-Seq在揭示卵巢肿瘤复杂细胞组成和表型可塑性中的关键作用，并展示了其在新生物标志物发现和治疗靶点识别中的应用	NA	通过增强对卵巢癌分子水平的理解，推动精准肿瘤学的发展	卵巢癌的分子特征和细胞异质性	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序	NA	RNA	NA
68	2024-11-27	A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia 2024-Jul-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.03.03.23286485 PMID:37961528	研究论文	本文对儿童急性髓系白血病（AML）的肿瘤免疫微环境进行了多维分析，揭示了不同的免疫表型和免疫聚集物的组成	首次在儿童AML中发现近三分之一的病例存在免疫浸润的骨髓，并揭示了T细胞网络和B细胞的共定位情况	研究主要集中在骨髓样本上，未涉及其他组织或器官	了解儿童AML骨髓中T细胞和其他微环境细胞的组成、表型和空间组织，为未来的免疫治疗试验提供信息	儿童急性髓系白血病（AML）的骨髓免疫微环境	数字病理学	血液肿瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	儿童AML病例和非白血病对照组
69	2024-11-27	Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca 2024-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.23.586420 PMID:38585920	研究论文	本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的降维处理	APR算法在计算效率和内存使用方面优于现有的GLM-PCA算法，并且适用于多核处理器的并行实现	NA	研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA (主成分分析)	RNA-seq数据	两个已发表的单细胞RNA-seq数据集
70	2024-11-21	Revealing the molecular landscape of human placenta: a systematic review and meta-analysis of single-cell RNA sequencing studies 2024-07-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmae006 PMID:38478759	综述	本文通过系统综述和荟萃分析单细胞RNA测序研究，揭示了人类胎盘的分子景观	本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集，识别了主要胎盘细胞类型的标记基因，并强调了建立单细胞RNA测序数据注释共识的必要性	不同研究在采样部位、妊娠年龄、胎儿性别和后续测序及分析方法上存在差异，导致标记基因的识别存在不一致性	旨在通过单细胞RNA测序技术，系统综述和比较不同胎盘细胞类型的基因表达，识别共识标记基因，并探讨其在妊娠相关疾病研究中的应用	人类胎盘及其特异性细胞类型，包括细胞滋养层、合体滋养层和绒毛外滋养层	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了35,461个早期妊娠胎盘细胞和23,378个足月胎盘细胞
71	2024-11-18	γδ T cell profiling in a cohort of preterm infants reveals elevated frequencies of CD83+ γδ T cells in sepsis 2024-Jul-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231987 PMID:38753245	研究论文	研究了早产儿中γδ T细胞的特征，发现败血症患儿中CD83+ γδ T细胞频率升高	首次在早产儿中进行γδ T细胞的纵向研究，并发现败血症患儿中胎儿来源的Vγ9Vδ2 T细胞水平升高	研究仅限于早产儿，未涉及其他年龄段的人群	探讨早产儿中γδ T细胞的特征及其在败血症中的作用	早产儿中的γδ T细胞	NA	新生儿败血症	下一代测序、流式细胞术、功能性检测	NA	单细胞转录组数据	一组早产儿
72	2024-11-17	B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates 2024-07-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022717 PMID:38558106	研究论文	研究了B细胞靶向CAR T细胞疗法在患者和非人灵长类动物中激活CD8+细胞毒性CARneg旁观者T细胞的现象	首次全面识别和分析了B细胞靶向CAR T细胞疗法后CARneg旁观者CD8+ T细胞的特征，并提出了一种新的机制，即CAR T细胞输注可能通过激活旁观者T细胞增强抗白血病反应	NA	探讨B细胞靶向CAR T细胞疗法激活周围CARneg旁观者T细胞的机制及其潜在的抗肿瘤作用	非人灵长类动物和患者的T细胞	免疫学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	非人灵长类动物和患者的T细胞样本
73	2024-11-15	Coronavirus disease 2019-related myocarditis genes contribute to ECMO prognosis 2024-07-19, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-04032-5 PMID:39026189	研究论文	研究COVID-19相关心肌炎基因对ECMO预后的影响	通过分析GSE150392和GSE93101数据集，识别出与心肌炎和ECMO预后相关的差异表达基因，并验证了这些基因在不同细胞类型中的表达	研究主要基于已有的基因表达数据集，缺乏临床样本的直接验证	探讨COVID-19相关心肌炎基因对ECMO治疗预后的影响	COVID-19相关心肌炎患者和ECMO治疗预后	NA	心血管疾病	差异表达基因分析、富集通路分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了GSE150392、GSE93101和GSE167028数据集以及单细胞测序数据
74	2024-11-15	Spatiotemporal transcriptomic profiling and modeling of mouse brain at single-cell resolution reveals cell proximity effects of aging and rejuvenation 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.16.603809 PMID:39071282	研究论文	研究通过单细胞分辨率的时空转录组学分析和建模，揭示了小鼠大脑衰老和再生过程中细胞邻近效应	首次开发基于空间转录组学的机器学习模型（空间衰老时钟），揭示了大脑衰老和再生过程中的细胞邻近效应	研究主要集中在小鼠大脑，尚未在人类中验证这些发现	研究大脑衰老和再生过程中细胞邻近效应，开发新的计算工具来识别这些效应的介质	小鼠大脑的单细胞时空转录组数据，以及两种再生干预措施（运动和部分重编程）	数字病理学	NA	空间转录组学	深度学习模型	转录组数据	420万个细胞，来自20个不同年龄段和两种再生干预措施
75	2024-11-14	TWIST1+FAP+ fibroblasts in the pathogenesis of intestinal fibrosis in Crohn's disease 2024-Jul-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179472 PMID:39024569	研究论文	研究了克罗恩病中肠纤维化的发病机制，特别是TWIST1+FAP+成纤维细胞的作用	首次揭示了TWIST1+FAP+成纤维细胞在肠纤维化中的关键作用，并提出了通过抑制TWIST1来治疗克罗恩病纤维化的潜在策略	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要进一步的临床验证	探讨克罗恩病中肠纤维化的发病机制，并寻找有效的治疗策略	克罗恩病患者的纤维化和非纤维化回肠组织，以及小鼠的慢性葡聚糖硫酸钠盐结肠炎模型	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	克罗恩病患者和小鼠模型的多个样本
76	2024-11-13	Predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer by pericytes insights from single-cell RNA sequencing 2024-07-06, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae064 PMID:38652261	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析，揭示了结直肠癌微环境中周细胞的功能及其对预后和免疫治疗反应的影响	首次揭示了周细胞在结直肠癌微环境中的富集及其与不良预后和免疫治疗抵抗的关系	研究主要基于现有数据集，缺乏体内实验验证	探讨周细胞在结直肠癌中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响	结直肠癌中的周细胞及其在免疫微环境中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过1000个样本，包括453个免疫治疗数据集样本
77	2024-11-11	Systematic Analysis of Human Colorectal Cancer scRNA-seq Revealed Limited Pro-tumoral IL-17 Production Potential in Gamma Delta T Cells 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.18.604156 PMID:39071278	研究论文	本研究重新分析了九个已发表的人类结直肠癌全组织单细胞RNA测序数据集，揭示了γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的潜力有限	首次系统分析了γδ T细胞在结直肠癌中的IL-17产生潜力，并发现其主要功能为细胞毒性效应细胞而非IL-17产生者	研究仅基于已发表的数据集，未进行新的实验验证	探讨γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其产生IL-17的潜力	γδ T细胞在结直肠癌中的功能和IL-17产生潜力	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	165名结直肠癌患者，共951,785个细胞，其中18,483个为γδ T细胞
78	2024-11-11	Advances in single-cell sequencing technology in microbiome research 2024-Jul, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2023.101129 PMID:38545125	综述	本文回顾了微生物检测技术的发展历史，分析了单细胞测序在微生物应用中的难点，并总结了新兴的微生物单细胞测序技术（Microbe-seq）的特点及应用前景	介绍了新兴的微生物单细胞测序技术（Microbe-seq）及其在微生物研究中的应用前景	Microbe-seq技术仍处于优化阶段	促进单细胞测序技术在微生物中的广泛应用并推动技术的进一步改进	微生物的基因型和功能表达	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
79	2024-11-08	Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis 2024-07-16, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00647-z PMID:39014455	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因	本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因，并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型，为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此其临床应用效果有待进一步验证	本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因，并探索其潜在的治疗机制	本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因	数字病理学	瘢痕疙瘩	RNA-seq	人工神经网络	转录组数据	NA
80	2024-10-29	Targeting CEBPA to restore cellular identity and tissue homeostasis in pulmonary fibrosis 2024-Jul-16, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175290 PMID:39012710	研究论文	研究通过RNA-Seq数据挖掘和多种实验方法，探讨CEBPA在肺纤维化中的作用及其恢复细胞身份和组织稳态的机制	首次揭示CEBPA抑制与AT2细胞身份受损、组织稳态破坏和肺纤维化之间的直接机制联系	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证	阐明CEBPA在肺纤维化中的作用及其恢复细胞身份和组织稳态的机制	CEBPA在肺纤维化中的作用及其对AT2细胞和组织稳态的影响	NA	肺纤维化	RNA-Seq、scRNA-Seq、肺类器官、小分子抑制剂、基因操作	NA	RNA	条件性KO小鼠、肺类器官