单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 524 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-10-24 |
Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603936
PMID:39071425
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序元分析揭示了基于趋化因子的细胞间通信在免疫疾病中的对话 | 本文通过元分析揭示了不同免疫疾病和组织中细胞间通信的复杂模式，为精准医学提供了新的见解 | 本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 揭示免疫疾病中细胞间通信的疾病特异性模式，为开发靶向治疗提供理论基础 | 多种免疫疾病（如特应性皮炎、银屑病、慢性阻塞性肺病、特发性肺纤维化、溃疡性结肠炎、IgA肾病和狼疮性肾炎）及其相关组织 | 数字病理学 | 免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种免疫疾病和组织的单细胞RNA测序数据 |
| 42 | 2024-10-24 |
SmartImpute: A Targeted Imputation Framework for Single-cell Transcriptome Data
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603649
PMID:39071378
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研究论文 | 提出了一种名为SmartImpute的计算框架，用于单细胞转录组数据的靶向插补 | SmartImpute通过聚焦于预定义的标记基因，提高了插补过程的生物学相关性和计算效率，同时减少了模型误设的风险 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高细胞类型注释和聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 生成对抗插补网络 | 基因表达数据 | 头颈部鳞状细胞癌和人类骨髓的单细胞RNA测序数据 |
| 43 | 2024-10-24 |
Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546949
PMID:39071320
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研究论文 | 本文介绍了一种基于空间转录组数据识别组织中空间均质区域（SHR）的方法，并展示了其在多种组织类型中的高效性和有效性 | 提出了一种新的方法concordex，通过分析k-近邻（kNN）图来识别空间均质区域 | NA | 开发一种有效的方法来识别组织中的空间均质区域 | 组织中的空间均质区域 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | kNN图 | 转录组数据 | 多种组织类型 |
| 44 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603155
PMID:39071344
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序揭示了早期妊娠人类胎盘中绒毛膜和基底板细胞滋养层与滋养层干细胞之间的转录多样性差异 | 首次通过单细胞RNA测序比较了早期妊娠胎盘中的细胞滋养层和滋养层干细胞的转录多样性，并揭示了不同胎盘区域细胞滋养层的不同状态 | 研究仅限于早期妊娠胎盘样本，且样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探究早期妊娠人类胎盘中细胞滋养层和滋养层干细胞的转录多样性，并比较它们之间的差异 | 早期妊娠人类胎盘中的细胞滋养层和滋养层干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6个正常胎盘样本，4个早期（6-8周）和2个晚期（12-14周）第一孕期，以及3个滋养层干细胞系 |
| 45 | 2024-10-24 |
A Single Trophoblast Layer Acts as the Gatekeeper at the Endothelial-Hematopoietic Crossroad in the Placenta
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603303
PMID:39071312
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研究论文 | 研究探讨了胎盘中滋养层巨细胞在调节血管内皮与造血细胞过渡中的作用 | 通过单细胞RNA测序和受体-配体对分析，揭示了滋养层巨细胞分泌的旁分泌因子在维持胎盘造血-血管生成平衡中的新机制 | 研究基于特定敲除小鼠模型，结果可能不适用于所有物种 | 阐明胎盘中滋养层巨细胞在调节造血微环境中的分子机制 | 胎盘中的滋养层巨细胞及其分泌的旁分泌因子 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 特定敲除小鼠模型的胎盘样本 |
| 46 | 2024-10-24 |
CD38+ Alveolar macrophages mediate early control of M. tuberculosis proliferation in the lung
2024-Jul-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3934768/v1
PMID:39070650
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研究论文 | 研究探讨了CD38+肺泡巨噬细胞在早期控制结核分枝杆菌（M. tuberculosis）肺部增殖中的作用 | 首次揭示了CD38+肺泡巨噬细胞在结核分枝杆菌感染早期的重要控制作用，并通过多模态单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析了巨噬细胞亚群的功能和表观遗传特征 | 研究主要集中在实验室条件下，未来需要在临床环境中验证这些发现 | 探讨肺泡巨噬细胞在结核病早期控制中的作用，并揭示潜在的疫苗和免疫治疗策略 | CD38+肺泡巨噬细胞及其在结核分枝杆菌感染中的动态变化 | 免疫学 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | 多个感染时间点的肺泡巨噬细胞样本 |
| 47 | 2024-10-24 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 评估Element Biosciences的avidity base化学DNA测序技术在通过同聚物准确测序的能力，并研究其对读取对齐和精确量化多聚腺苷酸位点使用的影响 | 引入Element Aviti仪器进行avidity base化学DNA测序，能够准确通过胸腺嘧啶同聚物进入后续cDNA序列，从而直接和独立地分配读取到多聚腺苷酸位点 | 与单端对齐相比，双端对齐并未一致提高读取映射率 | 改进单细胞RNA-seq文库的表征，特别是多聚腺苷酸位点的分析 | 单细胞RNA-seq文库和多聚腺苷酸位点 | 基因组学 | NA | avidity base化学DNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 48 | 2024-10-24 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584903
PMID:38558995
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研究论文 | 研究了Polycomb抑制复合物2（PRC2）的核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质增殖的影响 | 通过整合小鼠遗传学和单细胞RNA测序，揭示了Eed在神经嵴细胞诱导后对颅面发育的关键作用 | 对PRC2活性在神经嵴诱导后的胚胎、细胞和分子后果的理解尚不完全 | 探讨PRC2在神经嵴诱导后对颅面发育的影响及其分子机制 | Eed在颅面成骨细胞分化和间充质增殖中的作用 | 发育生物学 | 先天性畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠遗传学模型和单细胞RNA测序数据 |
| 49 | 2024-10-24 |
Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids
2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.08.602611
PMID:39026750
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研究论文 | 研究内源性FGF在2D人类胚胎体中驱动ERK依赖的细胞命运模式的作用 | 发现了FGF依赖的ERK信号在2D胚胎体中的新作用，揭示了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1诱导原始条纹样细胞的机制 | NA | 探讨FGF在人类胚胎发育中的作用及其机制 | 2D人类胚胎体中的FGF依赖的ERK活性模式 | NA | NA | 原位杂交和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 50 | 2024-10-24 |
Cell Simulation as Cell Segmentation
2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591218
PMID:38712065
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研究论文 | 本文采用从头细胞模拟方法来快速推断形态上合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学数据的细胞分割精度 | 本文创新性地将从头细胞模拟方法应用于细胞分割，显著提高了分割精度和计算效率 | NA | 提高单细胞空间转录组学数据的细胞分割精度 | 单细胞空间转录组学数据中的细胞分割 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 从头细胞模拟 | NA | 转录组数据 | 来自肾细胞癌患者样本的数据 |
| 51 | 2024-10-24 |
GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data
2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602230
PMID:39005368
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GeneSurfer的交互式界面，用于探索3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式 | GeneSurfer提供了一种新的方法来探索大规模数据集中局部基因共表达模式，并支持实时基因本体论术语注释 | NA | 开发一种工具来探索和注释3D空间转录组数据中的基因共表达模块 | 3D空间转录组数据中的基因共表达模式 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了Allen Brain Cell Atlas中的空间转录组和单细胞RNA测序数据 |
| 52 | 2024-10-24 |
Co-Transplantation-Based Human-Mouse Chimeric Brain Models to Study Human Glial-Glial and Glial-Neuronal Interactions
2024-Jul-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.03.601990
PMID:39005270
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研究论文 | 本文介绍了一种基于共移植策略的人鼠嵌合脑模型，用于研究人神经胶质细胞间的相互作用 | 本文创新性地采用了共移植策略，将人诱导多能干细胞衍生的神经前体细胞与原始巨噬细胞前体细胞移植到新生小鼠脑中，创建了包含人微胶质细胞、巨胶质细胞（星形胶质细胞和少突胶质细胞）和神经元的人鼠嵌合脑模型 | NA | 研究人神经胶质细胞在体内发育和功能，以及神经胶质细胞与神经元之间的相互作用 | 人诱导多能干细胞衍生的神经细胞、原始巨噬细胞前体细胞、新生小鼠脑 | 神经科学 | NA | 超分辨率成像、3D重建技术、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | NA |
| 53 | 2024-10-24 |
Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium
2024-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.01.601561
PMID:39005414
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和HCR-FISH分析，揭示了海参再生肠道的腔上皮细胞的多能性 | 首次通过单细胞RNA测序和HCR-FISH分析，揭示了海参再生肠道中腔上皮细胞的多能性，并识别了多个新的细胞群 | 研究仅限于海参再生肠道的腔上皮细胞，未涉及其他物种或组织 | 探究海参再生肠道中腔上皮细胞的分子特征及其多能性 | 海参再生肠道的腔上皮细胞及其相关细胞群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和HCR-FISH分析 | NA | RNA | NA |
| 54 | 2024-10-24 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗抵抗中内在命运与微环境的相互影响 | 本文首次揭示了不同遗传背景下黑色素瘤细胞抵抗命运的共享内在抵抗程序，并展示了这些抵抗程序与肿瘤微环境的密切关联 | 本文主要基于空间转录组学和单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 研究黑色素瘤治疗抵抗中细胞内在命运与微环境因素的相互作用 | 黑色素瘤细胞及其抵抗命运 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 多个细胞系和患者样本 |
| 55 | 2024-10-24 |
Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601068
PMID:39005427
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研究论文 | 本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型，探讨了肿瘤异质性和治疗反应的分子机制 | 首次在头颈部鳞状细胞癌中建立了患者来源的肿瘤类器官模型，并揭示了与顺铂耐药相关的分子亚型和异质性程序 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解，并为个性化治疗提供新的靶点 | 头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 31名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 56 | 2024-10-24 |
Multi-sample non-negative spatial factorization
2024-Jul-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.01.599554
PMID:39005356
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研究论文 | 本文提出了一种无需对齐的多样本空间分解框架，用于分析多样本空间转录组数据 | 开发了一种名为多样本非负空间分解（mNSF）的方法，扩展了单样本非负空间分解（NSF）框架，允许样本特定的空间相关结构建模，并提取低维数据表示 | NA | 提出一种无需对齐的多样本空间分解方法，以解决多样本空间转录组数据分析中的生物变异问题 | 多样本空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 非负空间分解（NSF） | 空间转录组数据 | 多样本 |
| 57 | 2024-10-14 |
The Effect of Exposure to Neighborhood Violence on Glucocorticoid Receptor Signaling in Lung Tumors
2024-Jul-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0032
PMID:38912926
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研究论文 | 研究了社区暴力暴露对肺肿瘤中糖皮质激素受体信号传导的影响 | 首次探讨了社区暴力暴露与肺肿瘤中糖皮质激素受体招募之间的关系 | 样本量较小，仅包括15个肺肿瘤样本 | 探讨社会压力暴露与肺肿瘤基因表达之间的关系 | 肺肿瘤样本中的糖皮质激素受体信号传导 | NA | 肺癌 | 空间转录组学和CUT&RUN测序 | NA | 基因表达数据 | 15个肺肿瘤样本 |
| 58 | 2024-10-13 |
Tubular insulin-induced gene 1 deficiency promotes NAD+ consumption and exacerbates kidney fibrosis
2024-Jul, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-024-00081-7
PMID:38806641
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研究论文 | 研究探讨了胰岛素诱导基因1（Insig1）在肾纤维化中的作用及其机制 | 首次发现管状Insig1缺乏会促进NAD+消耗并加剧肾纤维化 | NA | 探究Insig1在肾纤维化中的作用及其潜在治疗价值 | 肾纤维化中的近端小管细胞（PTCs） | NA | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 59 | 2024-10-12 |
An oncolytic HSV-1 armed with Visfatin enhances antitumor effects by remodeling tumor microenvironment against murine pancreatic cancer
2024-07-23, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149931
PMID:38723415
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研究论文 | 研究通过改造溶瘤病毒HSV-1携带Visfatin，增强其对小鼠胰腺癌的抗肿瘤效果 | 首次揭示Visfatin通过重塑肿瘤微环境增强溶瘤病毒的抗肿瘤效果 | NA | 研究溶瘤病毒治疗胰腺导管腺癌的抗性机制并开发新型治疗策略 | 小鼠胰腺癌 | NA | 胰腺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 60 | 2024-10-12 |
Eomes expression identifies the early bone marrow precursor to classical NK cells
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01861-6
PMID:38871999
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研究论文 | 本文研究了Eomes表达在早期骨髓前体细胞中对经典NK细胞的识别 | 首次识别出EomesNK细胞作为经典NK细胞的骨髓前体，并证明了NK和ILC1谱系在发育早期就发生了分化 | NA | 探讨NK细胞和ILC1细胞是否属于不同谱系或同一细胞类型的不同状态 | NK细胞和ILC1细胞的骨髓前体 | NA | NA | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA | NA |