单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-22	Identification of signaling pathways that specify a subset of migrating enteric neural crest cells at the wavefront in mouse embryos 2024-07-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.034 PMID:38636517	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠胚胎中前沿迁移肠神经嵴细胞（ENCCs）的分子机制及其与周围细胞的相互作用	首次绘制了前沿ENCCs在迁移过程中的时空动态和分子图谱，并鉴定了调控其分化的关键信号通路	研究主要基于小鼠模型，人类Hirschsprung病组织的验证数据有限	探索肠神经系统（ENS）发育过程中前沿ENCCs的分子调控机制	小鼠胚胎中的前沿迁移肠神经嵴细胞（ENCCs）及其周围组织	发育生物学	Hirschsprung病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA-seq数据, 空间转录组数据	小鼠胚胎组织
42	2025-05-22	Single-cell transcriptomics across 2,534 microbial species reveals functional heterogeneity in the rumen microbiome 2024-Jul, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01723-9 PMID:38866938	研究论文	利用基于液滴的单细胞RNA测序和泛基因组计算分析，研究瘤胃微生物组的功能异质性	开发了微生物组单细胞转录组学方法，构建了瘤胃微生物组的单细胞转录组图谱，揭示了微生物单细胞水平的功能角色	NA	研究瘤胃微生物组的功能异质性	瘤胃微生物组中的微生物细胞	微生物组学	NA	基于液滴的单细胞RNA测序，泛基因组计算分析	NA	单细胞转录组数据	174,531个微生物细胞，2,534个物种
43	2025-05-20	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	本研究探讨了HLA-A阳性三级淋巴结构（TLSs）及其中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在食管鳞状细胞癌（ESCC）免疫治疗反应中的作用	首次发现HLA-A阳性TLSs及其中的TIL-T和TIL-B淋巴细胞与ESCC患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的临床获益相关	样本量相对有限（60例ESCC患者），且为回顾性研究	寻找ESCC免疫治疗的生物标志物并探讨其临床相关性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	NanoString GeoMx数字空间分析仪、单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	42例初治ESCC肿瘤组织和60例ESCC患者
44	2025-05-12	STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295 PMID:40031511	研究论文	提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像预测空间转录组学数据	引入了Style-Aug模块增强特征泛化能力，并采用Cross-WSI Transformer模块高效捕获跨WSI的斑点关系	未明确提及具体局限性	开发一种更准确预测空间转录组学数据的深度学习方法	结直肠癌组织学图像和空间转录组学数据	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	内部和外部数据集（具体数量未提及）
45	2025-05-12	HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122 PMID:40039180	research paper	提出了一种利用超维计算提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类准确性的新方法	首次将超维计算应用于单细胞RNA测序数据的细胞类型分类，提高了分类准确性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性	单细胞RNA测序数据	genomics	NA	scRNA-seq, 超维计算	QuantHD	基因表达数据	多个数据集（具体数量未提及）
46	2025-05-10	Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids 2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.08.602611 PMID:39026750	research paper	研究FGF在人类2D胃泌素样干细胞模型中驱动ERK依赖性细胞命运模式的作用	发现了FGF依赖性ERK信号在2D胃泌素样细胞中以前未知的作用，并揭示了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1诱导原始条纹样细胞的机制	研究基于体外2D胃泌素样模型，可能不完全反映体内胚胎发育的复杂性	探究FGF在人类胃泌素过程中的功能及其机制	2D胃泌素样干细胞模型	发育生物学	NA	scRNA-seq, in situ hybridization	2D gastruloid	基因表达数据	NA
47	2025-04-27	Exploring the causal role of immune cells in cerebral aneurysm through single-cell transcriptomics and Mendelian randomization analysis 2024-Jul-12, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxae042 PMID:38661482	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析探讨了免疫细胞在脑动脉瘤中的因果作用	整合单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了免疫细胞与脑动脉瘤之间的复杂双向相互作用	研究仅基于GSE193533数据集的未破裂脑动脉瘤样本，可能无法完全代表所有脑动脉瘤情况	探索免疫细胞与脑动脉瘤形成之间的复杂相互作用	未破裂脑动脉瘤及其对照样本	生物信息学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析	NA	单细胞转录组数据	GSE193533数据集中的未破裂脑动脉瘤及对照样本
48	2025-04-26	DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007 PMID:39215426	research paper	介绍了一个名为DVsc的开源框架，用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染	DVsc是首个针对scRNA-seq数据设计的计算框架，能够精确量化病毒感染，并支持多种单细胞测序平台	未提及具体的技术限制或样本多样性不足的问题	开发一个高效检测病毒感染的计算框架，以研究病毒感染对疾病的影响	临床样本中的单细胞转录组数据	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	转录组数据	约200个临床样本，感染了超过10种不同的病毒
49	2025-04-18	An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases 2024-07-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.add8394 PMID:38963856	研究论文	通过5'单细胞RNA测序方法，构建了人类CD4 T细胞中增强子RNA及其他编码和非编码RNA的转录起始位点图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹	整合单细胞染色质图谱，发现具有双向RNA转录的活性增强子具有高度细胞类型特异性，且疾病遗传性在这些增强子中显著富集	NA	解码人类疾病相关的辅助性T细胞多样性	人类CD4 T细胞	基因组学	免疫介导疾病	5'单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、染色质图谱数据	NA
50	2025-04-17	A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program 2024-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442 PMID:38838779	research paper	该研究利用空间转录组学等技术，首次详细描绘了人类皮脂腺分化过程中的转录变化图谱	首次在细胞分辨率水平上揭示了皮脂腺分化过程中四个阶段的连续转录调控程序	研究主要基于皮脂腺增生样本，可能无法完全反映正常生理状态下的皮脂腺功能	解析皮脂腺细胞分化过程中的转录调控机制及其与皮肤健康的关系	人类皮脂腺细胞及其分化过程	转录组学	皮肤疾病	空间转录组学、伪时间分析、RNA速率分析	无监督聚类	转录组数据	未明确说明样本数量（使用皮脂腺增生样本）
51	2025-04-16	ApoE ε4-dependent alteration of CXCR3 + CD127 + CD4 + T cells is associated with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596276 PMID:38853824	研究论文	研究探讨了阿尔茨海默病(AD)患者外周血中适应性免疫细胞组成与神经炎症的关系	发现CXCR3+CD127+Th1细胞在AD患者外周血中的丰度与神经丝轻链蛋白(NfL)呈负相关，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	探究AD患者外周适应性免疫系统与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)和脑脊液(CSF)	神经免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据	NA
52	2025-04-16	Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs 2024-07, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-024-01204-8 PMID:38778183	研究论文	本文报告了一种通过配对单导RNA库靶向非编码调控元件（NCREs）两端的方法，用于在全基因组范围内研究NCREs的功能	开发了一种高通量筛选系统，利用Cas9介导的删除技术研究NCREs的功能，并发现了一些超保守元件具有沉默子活性	研究仅使用了K562、293T细胞系和人胚胎干细胞，可能不适用于其他细胞类型	系统研究非编码调控元件的功能及其在细胞生长和药物反应中的作用	非编码调控元件（NCREs）	基因组学	NA	Cas9介导的删除技术、单细胞测序	NA	基因组数据	K562和293T细胞系及人胚胎干细胞
53	2025-04-10	Deciphering brain cellular and behavioral mechanisms: Insights from single-cell and spatial RNA sequencing 2024 Jul-Aug, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1865 PMID:38972934	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在脑研究中的应用及其潜在问题和挑战	深入探讨了单细胞和空间RNA测序与神经科学多个方向的整合潜力，包括神经发育、新型脑微结构识别等	未具体说明数据处理中的具体技术限制或样本量限制	理解单个细胞或细胞类型在特定脑功能中的作用	脑细胞及其在脑功能中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
54	2025-04-07	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602313 PMID:39026724	研究论文	本研究探讨了上皮细胞IKKβ/NFκB信号在嗜酸性食管炎（EoE）发病机制中的作用，使用条件性敲除小鼠模型	揭示了上皮IKKβ信号缺失加剧EoE的机制，并提供了scRNA-seq分析揭示的分子变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究IKKβ/NFκB信号在EoE发病机制中的作用	条件性敲除IKKβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
55	2025-03-28	Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862 PMID:39149047	研究论文	通过单细胞转录组分析CHD8杂合脑类器官，揭示了神经发育中的分子和网络破坏	首次使用单细胞RNA-seq分析CHD8基因在脑类器官中的功能，揭示了与ASD相关的基因表达和细胞通讯变化	研究仅关注早期神经发育阶段，未涵盖ASD临床表型的全部复杂性	研究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能，以及与ASD临床表现的联系	CHD8杂合脑类器官	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞RNA-seq, CRISPR/Cas9编辑	脑类器官模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但分析了21个细胞簇
56	2025-03-26	scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604740 PMID:39211080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究臭氧暴露在小鼠哮喘模型中诱导的独特巨噬细胞群体及其作用机制	首次使用scRNA-seq技术鉴定出臭氧和过敏原双重暴露下肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群的独特转录特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明臭氧暴露导致哮喘气道高反应性的免疫细胞机制	臭氧暴露的小鼠哮喘模型中的免疫细胞	单细胞组学	哮喘	scRNA-seq, 流式细胞术	小鼠哮喘模型	单细胞转录组数据	暴露于DRA、O3或DRA+O3的小鼠肺组织样本
57	2025-03-26	Nociceptor-immune interactomes reveal insult-specific immune signatures of pain 2024-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01857-2 PMID:38806708	研究论文	该研究通过单细胞转录组学技术，揭示了三种小鼠皮肤炎症疼痛模型中与疼痛发展相关的免疫基因特征	发现了巨噬细胞和中性粒细胞的招募与疼痛发展动力学密切相关，并识别了与疼痛及其消退相关的细胞类型特异性转录程序	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	解析疼痛发展中的免疫机制	小鼠皮肤炎症疼痛模型（酵母聚糖注射、皮肤切口和紫外线烧伤）	神经免疫学	炎症性疼痛	单细胞转录组学	NA	转录组数据	三种小鼠皮肤炎症疼痛模型
58	2025-03-23	Timing and location dictate monocyte fate and their transition to tumor-associated macrophages 2024-07-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3981 PMID:39058763	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的来源、演化及其在胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	揭示了单核细胞在肿瘤发展过程中如何分化为具有不同基因表达谱、表型和肿瘤内定位的终末分化TAMs	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究TAMs在PDAC中的来源和演化过程	胰腺导管腺癌（PDAC）中的单核细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学和高维流式细胞术	NA	单细胞转录组数据和高维流式细胞数据	诱导性单核细胞命运映射小鼠和PDAC患者肿瘤样本
59	2025-03-22	Comprehensive analysis of the endothelin system in the kidneys of mice, rats, and humans 2024-07-31, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20240768 PMID:38904098	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和免疫定位技术，对小鼠、大鼠和人类肾脏中的内皮素系统进行了全面分析	首次结合scRNA-seq和免疫定位技术，跨物种（小鼠、大鼠、人类）和性别分析肾脏内皮素系统的表达特征	商业抗体无法在所有物种中有效工作，RNA表达水平并不总是与蛋白质水平相关，需采用多种方法以确保研究的严谨性和可重复性	表征肾脏内皮素系统的表达特征，探讨其在慢性肾病病理生理和进展中的作用	小鼠、大鼠和人类肾脏样本	生物医学	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫定位	NA	RNA测序数据、免疫定位数据	正常人类活检样本（两性）、啮齿动物肾脏样本
60	2025-03-16	CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68109-z PMID:39075108	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，特别是SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞的协同作用	通过单细胞和空间转录组学技术，首次揭示了SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞在PDAC肿瘤微环境中的协同作用及其对预后的影响	研究主要基于转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，以寻找潜在的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA