单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 493 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-08-11 |
A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603542
PMID:39071399
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研究论文 | 通过对大鼠小肠单细胞RNA-seq数据进行伪时间轨迹分析，研究了CFTR高表达细胞（CHEs）在分泌谱系中的命运分化，发现Notch信号的第二波作用对CHEs的特化至关重要 | 首次揭示了Notch信号在分泌谱系中第二次激活以特化CHE细胞，这是一种在人和大鼠中存在但小鼠中缺失的稀有分泌细胞类型，并通过体内外实验验证Notch信号的必要性 | 主要基于大鼠数据，人类数据的直接验证有限；CHEs的稀有性限制了详细的功能研究 | 探究小肠分泌细胞类型的命运分化机制，特别是CHEs的特化过程 | 大鼠和小肠上皮细胞中的CFTR高表达细胞（CHEs） | 单细胞转录组学、细胞分化 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 基因表达数据 | 大鼠小肠空肠样本（具体数量未在标题和摘要中给出） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2026-08-09 |
Benchmarking Algorithms for Gene Set Scoring of Single-cell ATAC-seq Data
2024-07-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae014
PMID:39049508
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研究论文 | 系统评估十种基因集评分工具在单细胞ATAC-seq数据上的性能，并提供应用指南。 | 首次系统性地对单细胞ATAC-seq数据进行基因集评分的基准测试，涵盖多种RNA-seq工具，并评估预处理方法的影响。 | 可能受限于数据集数量和特定工具的选择，未涵盖所有可能的基因集评分方法。 | 评估现有基因集评分工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能，并提供最佳实践指南。 | 十种基因集评分工具，包括四种bulk RNA-seq工具、五种scRNA-seq工具和一种scATAC-seq方法。 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | NA | 单细胞ATAC-seq数据 | 最多十个scATAC-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2026-08-09 |
Opportunities and Challenges in Advancing Plant Research with Single-cell Omics
2024-07-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae026
PMID:38996445
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在植物研究中的应用进展、未来研究方向及其面临的挑战 | 系统总结了单细胞转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学及空间转录组学在植物科学中的应用，并探讨了细胞结构带来的独特挑战 | 植物细胞壁等结构限制了单细胞技术的应用，且综述未提供具体实验数据或比较分析 | 概述单细胞组学技术在植物研究中的进展与挑战，并展望未来应用 | 植物细胞及其发育过程 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序（包括转录组、表观基因组、蛋白质组、代谢组及空间转录组） | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 单细胞蛋白质组学, 单细胞代谢组学 | NA | NA |
| 44 | 2026-08-09 |
DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data
2024-07-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007
PMID:39215426
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研究论文 | 介绍DVsc，一个用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染的自动化框架 | 首次开发了基于单细胞转录组数据的特定计算框架，用于高效检测病毒读取，并支持多种单细胞测序平台及批量RNA-seq数据 | 未提及具体限制 | 开发一个开源框架，用于从单细胞转录组数据中精确量化分析病毒感染 | 约200个受超过10种不同病毒感染的多样化临床样本 | 生物信息学 | 病毒感染相关疾病 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 转录组数据（FASTQ格式） | 约200个临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2026-08-07 |
Early-stage lung cancer is driven by a transitional cell state dependent on a KRAS-ITGA3-SRC axis
2024-Jul, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00113-5
PMID:38755258
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期肺癌由依赖KRAS-ITGA3-SRC轴的过渡细胞状态驱动 | 首次在单细胞水平上解析了KRAS突变对肺泡二型祖细胞转录动态的影响，并识别出损伤/可塑性状态作为早期肺腺癌的驱动状态 | 研究主要基于体外类器官和小鼠模型，需要进一步在更大队列中验证 | 探究KRAS突变如何与肺稳态和细胞命运通路相互作用，驱动早期肺腺癌的发生 | 肺泡二型祖细胞及其间质类器官共培养体系、小鼠模型和IA期肺腺癌患者样本 | 单细胞转录组学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 单细胞基因表达数据 | 包含类器官、小鼠和患者样本（具体数量未提供） | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 46 | 2026-08-07 |
Tubular insulin-induced gene 1 deficiency promotes NAD+ consumption and exacerbates kidney fibrosis
2024-07, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-024-00081-7
PMID:38806641
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现近端肾小管细胞中胰岛素诱导基因1（Insig1）缺陷会促进NAD+消耗并加剧肾纤维化，而Insig1过表达可抑制纤维化，并鉴定出尼卡地平作为潜在治疗药物 | 首次揭示肾小管而非成纤维细胞中Insig1缺陷在肾纤维化中的致病作用，并阐明其通过SREBP1-Aldh1a1轴调控NAD代谢和ER稳态的机制，同时提出尼卡地平作为选择性Aldh1a1抑制剂的新治疗策略 | 未提及明确的局限性，但可能包括体内外模型与人体病理差异、药物临床转化需进一步验证等 | 阐明Insig1在肾纤维化中的作用及其机制，探索潜在治疗靶点 | 近端肾小管细胞（PTCs）、肾纤维化模型（体内外） | 数字病理学 | 肾脏纤维化、慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞图像 | 未提供具体样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 47 | 2026-08-06 |
Metabolic reprogramming and heterogeneity during the decidualization process of endometrial stromal cells
2024-07-30, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01763-y
PMID:39080628
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研究论文 | 本研究整合月经周期子宫内膜和孕早期母胎界面的单细胞RNA测序数据，解析基质成纤维细胞在蜕膜化过程中的代谢特征和异质性 | 首次利用scRNA-seq数据全面描绘人子宫内膜基质细胞蜕膜化过程中的代谢动态景观，揭示氨基酸和鞘脂代谢增加及代谢异质性 | 基于公共数据集的二次分析，缺乏体内功能验证，跨物种比较可能受进化差异影响 | 阐明人子宫内膜蜕膜化过程中基质细胞的代谢重编程和异质性 | 人子宫内膜基质成纤维细胞、蜕膜细胞，以及猪、牛、小鼠的子宫组织数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 多个公共scRNA-seq数据集，具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-08-04 |
Unraveling the molecular architecture of autoimmune thyroid diseases at spatial resolution
2024-07-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50192-5
PMID:39003267
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研究论文 | 利用空间转录组学解析自身免疫性甲状腺疾病（如格雷夫斯病和桥本甲状腺炎）的分子结构、细胞异质性及空间分布 | 首次在空间分辨率下揭示AITD中受损的抗原呈递甲状腺滤泡细胞（CD74和MIF高表达）及两种成纤维细胞亚群（ADIRF肌成纤维细胞和炎性成纤维细胞）的分布，并发现窗孔状PLVAP血管在GD中增加 | 未提供具体样本量及功能验证实验，仅基于转录组数据推断细胞亚群功能 | 探索自身免疫性甲状腺疾病中甲状腺组织内不同细胞类型（如滤泡细胞、基质细胞、免疫细胞）的分子结构、异质性和空间位置，以揭示疾病发病机制 | 自身免疫性甲状腺疾病（格雷夫斯病和桥本甲状腺炎）患者的甲状腺组织样本 | 空间转录组学 | 自身免疫性甲状腺疾病（包含格雷夫斯病和桥本甲状腺炎） | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA（未报告具体样本数量） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 49 | 2026-08-04 |
Therapeutic potential of the secreted Kazal-type serine protease inhibitor SPINK4 in colitis
2024-07-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50048-y
PMID:38997284
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现SPINK4在结肠炎中动态变化，并验证其作为IBD血清标志物及治疗靶点的潜力 | 首次揭示SPINK4在结肠炎中的动态调控机制，证明其通过Kazal样基序调节EGFR-Wnt/β-catenin和Hippo通路促进杯状细胞分化，并与TNF-α抑制剂英夫利昔单抗具有协同治疗潜力 | 未明确提及研究局限性 | 探索SPINK4在结肠炎中的治疗潜力及其作为IBD生物标志物的可行性 | 结肠炎小鼠模型及IBD患者 | 自然语言处理 | 炎症性肠病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2026-08-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals plasmid constrains bacterial population heterogeneity and identifies a non-conjugating subpopulation
2024-07-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49793-x
PMID:38997267
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了质粒对细菌群体异质性的影响，并鉴定出一个不转录接合转移基因的亚群。 | 首次利用微生物分裂-池连接转录组学在单细胞水平揭示质粒对细菌亚群形成的约束作用，并识别出非接合亚群。 | 摘要中未提及局限性。 | 探究质粒与宿主相互作用对细菌群体转录异质性的影响。 | 同源细菌群体及其携带的质粒。 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（微生物分裂-池连接转录组学） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-08-04 |
A fibroblast-dependent TGF-β1/sFRP2 noncanonical Wnt signaling axis promotes epithelial metaplasia in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-07-09, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174598
PMID:38980870
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和类器官模型，揭示了成纤维细胞依赖的TGF-β1/sFRP2非经典Wnt信号轴在特发性肺纤维化中促进上皮化生的机制 | 首次发现sFRP2是TGF-β1的新型成纤维细胞靶基因，并阐明其通过非经典Wnt信号激活AEC2向基底细胞转化的机制 | 研究主要基于离体模型和活检组织，体内动态过程仍需进一步验证 | 阐明肺泡成纤维细胞与上皮细胞之间的相互作用在肺纤维化上皮化生中的机制，并评估EGCG的治疗潜力 | 间质性肺病患者的活检组织、非患病供体组织、AEC2-成纤维细胞共培养类器官和精密切割肺切片 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 包含ILD患者、非患病供体和终末期ILD患者的活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 52 | 2026-08-04 |
Disease-specific T cell receptors maintain pathogenic T helper cell responses in postinfectious Lyme arthritis
2024-07-04, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI179391
PMID:38963700
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研究论文 | 本研究通过高通量T细胞受体测序和单细胞RNA测序，揭示了感染后莱姆关节炎中疾病特异性T细胞受体维持致病性T辅助细胞反应的分子机制 | 首次在欧洲队列中鉴定出与HLA-DRB1*11或*13等位基因相关的特异性TCR-β基序，并将其作为疾病特异性T细胞的替代标志物，连接了TCR特异性与转录模式 | 未明确提及局限性，但可能包括样本量、地域差异或无法直接验证抗原特异性 | 阐明抗生素难治性莱姆关节炎中疾病特异性T辅助细胞的分子程序 | 欧洲ARLA患者关节中的CD4+ T辅助细胞 | 免疫学, 单细胞测序 | 莱姆关节炎 | 流式细胞术, 高通量T细胞受体测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, TCR序列数据 | 未明确提供具体数字，但涉及欧洲ARLA患者关节样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序用于CD4+ T细胞转录组分析 |
| 53 | 2026-08-04 |
Unveiling mitochondrial and ribosomal gene deregulation and tumor microenvironment dynamics in acute myeloid leukemia
2024-07, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00788-2
PMID:38806621
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研究论文 | 通过重新分析急性髓系白血病患者的单细胞RNA测序数据，揭示了线粒体和核糖体基因的失调以及肿瘤微环境的动态变化，并构建了预后模型 | 利用基于机器学习的scVI工具和WGCNA分析，识别出与有氧呼吸和核糖体/胞质翻译相关的基因模块失调，并通过CellChat揭示免疫信号通路的失衡，构建了基于10个基因的Cox和人工神经网络预后模型 | 未提供明确的局限性信息 | 理解白血病细胞与肿瘤微环境的相互作用，以预测预后并指导治疗 | 急性髓系白血病患者样本中的造血干细胞、多能祖细胞和自然杀伤细胞 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型, 人工神经网络 | 单细胞基因表达数据 | CSC和G20队列，具体样本数未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-08-04 |
Single-cell RNA sequencing in exploring the pathogenesis of diabetic retinopathy
2024-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1751
PMID:38946005
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在探索糖尿病视网膜病变发病机制中的应用，涵盖差异表达基因鉴定、关键细胞亚群特征、细胞间通讯研究和与全基因组关联研究的整合，并讨论了未来挑战和期望 | 系统总结了scRNA-seq在DR研究中的四个关键应用方向，并强调了其与全基因组关联研究整合以识别与DR风险遗传位点最相关细胞类型的创新方法 | 未提及具体局限性，但讨论了未来挑战，如需要针对特定患者亚群和整合单细胞与空间多组学方法 | 总结scRNA-seq在探究糖尿病视网膜病变发病机制中的应用，并展望未来研究方向 | 糖尿病视网膜病变患者、非人灵长类动物和常用小鼠模型 | 基因组学, 单细胞生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 未明确说明具体样本数量，但提及了患者、非人灵长类和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing reveals alterations in the differentiation of bone marrow haematopoietic cells in patients with paroxysmal nocturnal haemoglobinuria
2024-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1671
PMID:38924689
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2026-07-28 |
OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing
2024-07-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50194-3
PMID:39013860
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研究论文 | OmicVerse框架整合批量与单细胞测序，通过BulkTrajBlend算法恢复单细胞数据中被遗漏的细胞 | 提出BulkTrajBlend算法，利用Beta-变分自编码器进行数据反卷积和图神经网络发现重叠社区，有效插值和恢复单细胞RNA测序中遗漏的细胞 | 未明确提及 | 开发一个统一框架，桥接批量RNA测序和单细胞测序，增强数据分析深度和生物学见解提取 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | Beta-变分自编码器，图神经网络 | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 57 | 2026-07-28 |
scSemiProfiler: Advancing large-scale single-cell studies through semi-profiling with deep generative models and active learning
2024-07-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50150-1
PMID:39013867
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研究论文 | 介绍scSemiProfiler框架，通过深度学习生成模型与主动学习策略，结合批量测序数据和少量靶向单细胞测序，推断大规模队列中的单细胞图谱，实现经济高效的单细胞分析 | 首次提出将深度生成模型与主动学习相结合的半单细胞分析框架，利用批量测序数据推断大规模队列中的单细胞图谱，大幅降低成本并保持高精度 | 未明确说明局限性，可能包括对代表性样本选择的依赖性、推断图谱与真实数据的潜在偏差，以及在不同疾病类型中的适用性验证程度 | 开发可扩展且成本效益高的单细胞分析解决方案，用于大规模疾病队列的细胞精细研究 | 大规模疾病队列中的单细胞图谱以及与之对应的批量测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序、批量测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-07-28 |
Single-cell total-RNA profiling unveils regulatory hubs of transcription factors
2024-07-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50291-3
PMID:39009595
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研究论文 | 提出一种基于总RNA化学的单细胞RNA测序方法snapTotal-seq，并通过RNA速度动态分析揭示转录因子的调控中枢 | 开发了snapTotal-seq方法，实现单细胞中未剪接RNA和剪接RNA的同时测量，并利用LASSO回归识别细胞周期和衰老调控的关键转录因子中枢 | 未明确说明 | 开发单细胞总RNA测序方法并识别转录因子调控中枢以分析细胞状态转变 | 单细胞转录组中的未剪接和剪接RNA动态 | 单细胞生物学 | NA | RNA-seq | LASSO回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | snapTotal-seq | 一步式总RNA化学单细胞RNA-seq方法，捕获未剪接RNA和剪接RNA |
| 59 | 2026-07-28 |
Single-cell transcriptomics analysis of bullous pemphigoid unveils immune-stromal crosstalk in type 2 inflammatory disease
2024-07-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50283-3
PMID:39009587
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序解析大疱性类天疱疮中免疫-基质细胞相互作用机制 | 首次通过单细胞转录组学揭示IL13-IL13RA1配体-受体对是驱动BP中免疫-基质细胞串扰的关键因子，并发现PLA2G2A和CCL17通过正反馈环路放大Th2细胞介导的级联反应 | 未在更大样本队列中验证发现，且缺乏体内功能实验的直接证据 | 阐明大疱性类天疱疮中免疫-基质细胞相互作用的分子机制 | 大疱性类天疱疮患者皮损组织中的Th2细胞、树突状细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 大疱性类天疱疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大疱性类天疱疮患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 60 | 2026-07-28 |
Early human fetal lung atlas reveals the temporal dynamics of epithelial cell plasticity
2024-07-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50281-5
PMID:39003323
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学，构建了人类胚胎肺发育图谱，揭示了上皮细胞可塑性的时间动态变化 | 首次绘制了孕10-19周人类假腺期肺组织的单细胞图谱，发现了表达大量囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）的祖细胞及其分化轨迹，并整合空间转录组学揭示了关键信号通路的时间和空间调控 | 仅覆盖了假腺期肺组织（10-19周），未涵盖其他发育阶段；且样本量有限（19个样本），可能未能完全代表所有细胞类型和动态变化 | 研究人类胚胎肺发育过程中上皮细胞可塑性的时间动态变化，并为发育缺陷和疾病状态提供参考 | 19例健康人类的假腺期肺组织（孕10-19周）以及人诱导多能干细胞衍生的胎肺模型 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | 单细胞转录数据、空间转录数据 | 19个健康人类假腺期肺组织样本，>150,000个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组学 |