单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 505 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2024-08-05 |
CellRank 2: unified fate mapping in multiview single-cell data
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02303-9
PMID:38871986
|
研究论文 | 提出了CellRank 2框架，用于统一研究多视角单细胞数据中的细胞命运 | CellRank 2能够结合多种数据视角和时间点信息，提供了对细胞命运的深入分析 | 尚未提及具体的局限性 | 研究细胞的命运映射和动态变化 | 单细胞转录组数据，涉及人类造血和内胚层发育 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 多达数百万个细胞的单细胞数据 |
| 402 | 2024-08-05 |
Partitioning and aggregating cross-tissue and tissue-specific genetic effects to identify gene-trait associations
2024-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49924-4
PMID:38982044
|
研究论文 | 本文提出了MTWAS框架，用于识别基因-性状关联并增强TWAS和GWAS的信息利用 | 引入了一种非参数插补策略来增强不可获取组织的信息，并基于扩展贝叶斯信息准则将eQTL分类为跨组织和特定组织的eQTL | 未提及具体的局限性 | 开发一种新的统计框架MTWAS，以识别基因-性状关联 | 对GTEx数据集的47个组织和其他数据集中的免疫细胞类型进行基因预测和分析 | 生物统计学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 84项UK Biobank GWAS研究和其他数据集的样本 |
| 403 | 2024-08-04 |
Deep 3D histology powered by tissue clearing, omics and AI
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02327-1
PMID:38997593
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研究论文 | 本文讨论了通过3D组织组织学技术综合理解组织和生物体生理及病理生理的重要性 | 提出了一种结合组织清理化学、标记和体积成像的新技术，以增强3D重建，并与分子技术协同作用 | 缺乏针对具体应用案例的实证数据支持 | 创建完整的三维细胞图谱，以全面理解组织和生物体的生理和病理 | 涉及组织样本和细胞的3D空间结构及其分子组成 | 数字病理学 | NA | 组织清理化学、体积成像 | 深度学习 | 细胞结构和分子数据 | NA |
| 404 | 2024-08-05 |
Diversification of the VH3-53 immunoglobulin gene segment by somatic hypermutation results in neutralization of SARS-CoV-2 virus variants
2024-Jul, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451056
PMID:38593351
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研究论文 | 该研究揭示了通过体细胞超突变，VH3-53免疫球蛋白基因片段的多样化如何导致对SARS-CoV-2病毒变异体的中和作用 | 文章创新性地展示了特定B细胞克隆的体细胞超突变如何增加单克隆抗体的中和范围 | 研究中对B细胞克隆扩增的机制缺乏深入分析 | 本研究旨在探讨COVID-19恢复患者的B细胞如何通过超突变生成能够中和病毒变异体的抗体 | 研究对象为从SARS-CoV-2恢复患者中获得的针对刺突蛋白特异性B细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 来自一名SARS-CoV-2恢复患者的B细胞样本 |
| 405 | 2024-08-05 |
Clustering single-cell RNA sequencing data via iterative smoothing and self-supervised discriminative embedding
2024-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03074-5
PMID:38834657
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据的深层聚类方法scRISE，旨在解决聚类过程中的相似性度量挑战 | 提出了基于图自编码器的迭代平滑模块和自我监督的鉴别嵌入模块的新方法来改进数据表示和聚类质量 | 在文章中没有明确提到具体的局限性 | 研究单细胞转录组测序数据的聚类分析 | 用于单细胞RNA测序的17个数据集及HNSCC数据集 | 数字病理学 | NA | NA | 深度聚类模型 | 单细胞RNA测序数据 | 17个单细胞RNA测序数据集 |
| 406 | 2024-08-05 |
Identification of ferroptosis-related gene signature for tuberculosis diagnosis and therapy efficacy
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110182
PMID:38989455
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研究论文 | 本文识别了与铁死亡相关的基因特征，旨在用于结核病的诊断和疗效评估 | 提出了一种包含ACSL4、CTSB和TLR4基因的铁死亡相关基因特征，作为结核病的生物标志物 | 研究主要依赖于血液样本，可能无法全面代表结核病患者的情况 | 探讨铁死亡相关基因特征在结核病诊断和治疗中的应用 | 结核病患者、潜伏结核感染者和健康对照者的血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | scRNA-seq、微阵列和大规模RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四组基因表达数据，涉及结核病患者、潜伏感染者和健康对照者 |
| 407 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals that NRF2 regulates vascular smooth muscle cell phenotypic switching in abdominal aortic aneurysm
2024-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202400001RR
PMID:38995239
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研究论文 | 研究表明NRF2在腹主动脉瘤中调节血管平滑肌细胞表型转变 | 识别NRF2作为维持血管平滑肌细胞收缩表型的重要调节因子，并且通过miR-145依赖性机制影响腹主动脉瘤形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能存在物种间差异 | 深入理解NRF2在血管平滑肌细胞表型转变中的作用 | 血管平滑肌细胞及其在腹主动脉瘤形成中的反应 | 数字病理学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因组转录组数据 | NA |
| 408 | 2024-08-07 |
Erratum for the Research Article "Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus" by R. K. Perez et al
2024-Jul-12, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr4064
PMID:38991087
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 409 | 2024-08-04 |
Unbiasedly decoding the tumor microenvironment with single-cell multiomics analysis in pancreatic cancer
2024-Jul-09, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02050-7
PMID:38982491
|
研究论文 | 本文总结了胰腺癌肿瘤微环境的单细胞多组学分析研究 | 提供了一种无偏见的方式对胰腺癌肿瘤微环境进行解码，强调了每种细胞成分的功能和分类基础 | 研究可能未能全面评估所有细胞簇的功能及其在抗肿瘤中的潜力 | 旨在精确识别胰腺癌肿瘤微环境中的所有细胞簇并提供新的见解 | 关注胰腺导管腺癌的肿瘤微环境及其单细胞组成 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序和质谱技术 | NA | 多组学数据 | NA |
| 410 | 2024-08-05 |
A novel CAF-cancer cell crosstalk-related gene prognostic index based on machine learning: prognostic significance and prediction of therapeutic response in head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05447-6
PMID:38982511
|
研究论文 | 本研究开发了一种与肿瘤相关成纤维细胞-癌细胞相互作用相关的预后指数，以评估头颈部鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 提出了一种新颖的肿瘤相关成纤维细胞-癌细胞相互作用相关基因预后指数（CCRGPI），可用于评估头颈部鳞状细胞癌的预后和免疫检验点抑制剂的疗效 | 研究未涉及其他类型癌症的适用性，局限于头颈部鳞状细胞癌 | 旨在评估头颈部鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其相关的细胞模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），LASSO回归 | FCICC模型和FC-organoid模型 | 基因组数据 | NA |
| 411 | 2024-08-07 |
Correction to: Single-cell RNA Sequencing Reveals Sexually Dimorphic Transcriptome and Type 2 Diabetes Genes in Mouse Islet β Cells
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae022
PMID:38981583
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 412 | 2024-08-05 |
GHCU, a Molecular Chaperone, Regulates Leaf Curling by Modulating the Distribution of KNGH1 in Cotton
2024-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402816
PMID:38666376
|
研究论文 | 该研究揭示了GHCU作为关键调节因子在棉花叶片展平中的作用 | 首次识别GHCU作为叶片形态发生的致因基因，并阐明其通过调节KNGH1分布影响生长素反应的机制 | 缺乏对GHCU在其他植物中功能的广泛验证 | 研究GHCU基因在棉花叶片形态发生中的作用 | 天然棉花突变体cu及相关的转基因棉花和烟草 | 遗传学 | NA | CRISPR | NA | 单细胞RNA测序数据及时空转录组数据 | NA |
| 413 | 2024-08-05 |
BirthSeq, a new method to isolate and analyze dated cells in different vertebrates
2024-Jul-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202429
PMID:38856078
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研究论文 | 本文介绍了一种新的方法BirthSeq，用于根据细胞出生日期隔离和分析细胞。 | BirthSeq是一个创新的方法，能够进行体内标记、利用荧光激活细胞分选隔离细胞，并通过高通量技术分析。 | 尚未提及BirthSeq在其他物种或条件下的适用性和局限性。 | 研究开发一种新的实验工具，以理解时间如何转化为驱动细胞命运的遗传指令。 | 研究对象为不同脊椎动物的发育器官中的细胞。 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 三种脊椎动物（小鼠、雏鸡和壁虎）的发育器官样本 |
| 414 | 2024-08-05 |
Unraveling dynamic immunological landscapes in intracerebral hemorrhage: insights from single-cell and spatial transcriptomic profiling
2024-Jul, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.635
PMID:38988493
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组剖析，揭示了脑内出血后的免疫学动态格局 | 首次从单细胞分辨率层面探讨了脑内出血后免疫细胞动态及其空间分布 | 临床试验的失败可能归因于细胞异质性和复杂的细胞间网络 | 揭示脑内出血后免疫学的动态变化和空间分布 | 针对脑内出血后的免疫细胞群体进行分析 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序，空间转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 在超急性、急性和亚急性三个不同时间点的样本 |
| 415 | 2024-08-05 |
Interleukin-7-based identification of liver lymphatic endothelial cells reveals their unique structural features
2024-Jul, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101069
PMID:38966234
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研究论文 | 本文识别了肝脏淋巴内皮细胞的独特结构特征，并发现了IL7作为其特有标记物 | 创新点在于首次确定IL7为肝脏淋巴内皮细胞的特有标记，并建立了淋巴内皮细胞的分离方法 | 研究仅基于小鼠肝脏细胞，尚需在人体样本中验证IL7标记的有效性 | 探索肝脏淋巴内皮细胞的特征以及其在肝脏损伤过程中的转录组变化 | 小鼠肝脏中的淋巴内皮细胞（LyEC） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA数据 | 小鼠样本，具体数量未提及 |
| 416 | 2024-08-04 |
Detection of allele-specific expression in spatial transcriptomics with spASE
2024-Jul-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03317-4
PMID:38978101
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研究论文 | 介绍了一种用于检测空间等位基因特异性表达的新计算框架spASE | 提出了spASE框架，用于估计空间等位基因特异性表达，以解决细胞类型混合和低信噪比带来的挑战 | 未提及具体的局限性 | 研究空间转录组学中等位基因特异性表达的可行性 | 小鼠小脑和海马的等位基因解析的Visium和Slide-seq数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 分层模型与加性混合空间平滑样条 | RNA数据 | NA |
| 417 | 2024-08-04 |
Profibrotic Subsets of SPP1+ Macrophages and POSTN+ Fibroblasts Contribute to Fibrotic Scarring in Acne Keloidalis
2024-Jul, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.12.014
PMID:38218364
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研究论文 | 这篇文章探讨了在痤疮瘢痕病中，SPP1+巨噬细胞和POSTN+成纤维细胞的致纤维化亚群的作用 | 提出了POSTN成纤维细胞和SPP1巨噬细胞之间通过SPP1信号网络的交流可能在痤疮瘢痕病的发病机制中起作用 | 该研究可能局限于样本数和临床病理特征的多样性 | 进一步探索痤疮瘢痕病的发病机制 | 临床确诊的痤疮瘢痕患者的后枕部头皮活检标本 | 数字病理学 | 痤疮瘢痕病 | 大量RNA测序，单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 组织样本 | 涉及多个患者的病变和无病变皮肤活检样本 |
| 418 | 2024-08-04 |
HEARTSVG: a fast and accurate method for identifying spatially variable genes in large-scale spatial transcriptomics
2024-Jul-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49846-1
PMID:38972896
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法HEARTSVG，用于快速准确地识别大规模空间转录组中的空间变异基因 | HEARTSVG是一种无分布假设的基于检验的方法，能够以更高的准确性和计算效率识别空间变异基因 | 未提及具体的局限性 | 理解疾病和组织结构的时空特征，识别空间变异基因 | 大规模空间转录组数据中的空间变异基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组技术 | NA | 真实数据集 | 分析了来自不同空间转录组技术的十二个真实数据集 |
| 419 | 2024-08-04 |
Genomic structural variation contributes to evolved changes in gene expression in high-altitude Tibetan sheep
2024-Jul-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2322291121
PMID:38913905
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研究论文 | 本研究探讨了基因组结构变异对高原藏羊基因表达变化的影响 | 首次表征了区分藏羊和低海拔胡羊的基因组结构变异，并揭示了与心脏功能和循环相关基因的表达差异 | 未详细探讨每种基因变异对功能表型的直接影响 | 研究高海拔适应的遗传机制 | 高原藏羊与低海拔胡羊 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 462个基因的高频结构变异 |
| 420 | 2024-08-04 |
Single-cell landscape of functionally cured chronic hepatitis B patients reveals activation of innate and altered CD4-CTL-driven adaptive immunity
2024-Jul, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.017
PMID:38423478
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研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎患者功能治愈后的免疫病理特征，揭示了免疫系统的激活状态 | 本研究首次从单细胞水平深入解析了慢性乙型肝炎治愈机制中的免疫病理特征，并发现了CD4细胞毒性T淋巴细胞的变化以及肝脏中天然杀伤细胞的激活 | 研究没有涉及功能治愈后长期随访的影响和机制 | 旨在揭示慢性乙型肝炎功能治愈后免疫病理的基础机制 | 研究对象为慢性乙型肝炎患者及其功能治愈后的样本 | 数字病理学 | 慢性肝炎 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, 多重免疫荧光 | NA | 细胞样本, 血液样本 | NA |