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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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401 | 2024-08-05 |
AI-Based multimodal Multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: A retrospective study
2024-Jul-11, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001875
PMID:38990290
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研究论文 | 该研究分析了乳头状甲状腺癌的肿瘤分子异质性和预测术前淋巴结转移及预后 | 提出了一种深度学习多模态模型,结合组织病理图像、基因组、转录组和免疫细胞数据,预测淋巴结转移和无病生存期 | 样本主要来自单一医院和TCGA,可能存在样本选择偏倚 | 研究PTC中分子异质性与淋巴结转移及预后的相关性 | 521名甲状腺乳头状癌患者的临床和病理数据 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 下一代测序(NGS)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 深度学习模型 | 图像、基因组数据与转录组数据 | 总共1,011名乳头状甲状腺癌患者 |
402 | 2024-08-04 |
Identification of signaling pathways that specify a subset of migrating enteric neural crest cells at the wavefront in mouse embryos
2024-Jul-08, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.034
PMID:38636517
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研究论文 | 该文章探讨了小鼠胚胎中波前肠神经嵴细胞的信号通路 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示了波前ENCCs的分子动态和关键信号通路 | 尚未完全理解分子机制及其与周围细胞的相互作用 | 理解肠神经系统发展中的细胞迁移和信号通路 | 小鼠胚胎的波前肠神经嵴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA | 小鼠胚胎样本 |
403 | 2024-08-04 |
Detection of allele-specific expression in spatial transcriptomics with spASE
2024-Jul-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03317-4
PMID:38978101
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研究论文 | 介绍了一种用于检测空间等位基因特异性表达的新计算框架spASE | 提出了spASE框架,用于估计空间等位基因特异性表达,以解决细胞类型混合和低信噪比带来的挑战 | 未提及具体的局限性 | 研究空间转录组学中等位基因特异性表达的可行性 | 小鼠小脑和海马的等位基因解析的Visium和Slide-seq数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 分层模型与加性混合空间平滑样条 | RNA数据 | NA |
404 | 2024-08-04 |
Advancing cell-based therapy in sepsis: An anesthesia outlook
2024-Jul-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003097
PMID:38708689
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综述 | 本文提供了免疫细胞治疗在脓毒症研究中的现状和进展的简要概述 | 讨论了基于干细胞的免疫调节干预和Chimeric抗原受体(CAR)免疫细胞治疗在脓毒症中的应用 | 缺乏具体的临床试验数据支持本文提出的治疗方法 | 探讨脓毒症患者围手术期管理中的创新治疗方法 | 免疫细胞治疗及其在脓毒症中的应用 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞测序和基因编辑技术 | NA | NA | NA |
405 | 2024-08-05 |
Identification of potential immune-related mechanisms related to the development of multiple myeloma
2024-Jul-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003116
PMID:38844445
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研究论文 | 本研究探讨了在未接受治疗的多发性骨髓瘤患者中的免疫微环境,尤其是单核细胞/巨噬细胞。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了未治疗的多发性骨髓瘤患者中单核细胞/巨噬细胞的免疫机制及其重要性。 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,可能未能涵盖所有免疫细胞类型的复杂交互作用。 | 本研究旨在揭示未治疗多发性骨髓瘤患者的免疫微环境特征。 | 研究对象为未治疗的多发性骨髓瘤患者及健康供体。 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及的样本包括未治疗的多发性骨髓瘤患者和健康供体的单细胞RNA测序数据 |
406 | 2024-08-04 |
Profibrotic Subsets of SPP1+ Macrophages and POSTN+ Fibroblasts Contribute to Fibrotic Scarring in Acne Keloidalis
2024-Jul, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.12.014
PMID:38218364
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研究论文 | 这篇文章探讨了在痤疮瘢痕病中,SPP1+巨噬细胞和POSTN+成纤维细胞的致纤维化亚群的作用 | 提出了POSTN成纤维细胞和SPP1巨噬细胞之间通过SPP1信号网络的交流可能在痤疮瘢痕病的发病机制中起作用 | 该研究可能局限于样本数和临床病理特征的多样性 | 进一步探索痤疮瘢痕病的发病机制 | 临床确诊的痤疮瘢痕患者的后枕部头皮活检标本 | 数字病理学 | 痤疮瘢痕病 | 大量RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 组织样本 | 涉及多个患者的病变和无病变皮肤活检样本 |
407 | 2024-08-04 |
Identifying the Pattern Characteristics of Anoikis-Related Genes in Keloid
2024-Jul-10, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1089/wound.2024.0027
PMID:38775414
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研究论文 | 本研究首次全面分析了与细胞脱落相关基因在瘢痕疙瘩中的作用 | 识别了六个重要的ARGs并探讨了它们与免疫细胞浸润水平的显著相关性 | 仅使用了GEO数据库的RNA-seq数据,可能有限于特定样本 | 研究细胞脱落相关基因在瘢痕疙瘩发病机制中的作用 | 瘢痕疙瘩的成纤维细胞及相关的细胞脱落基因 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据 | 三个瘢痕疙瘩成纤维细胞的RNA测序数据集 |
408 | 2024-08-04 |
HEARTSVG: a fast and accurate method for identifying spatially variable genes in large-scale spatial transcriptomics
2024-Jul-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49846-1
PMID:38972896
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法HEARTSVG,用于快速准确地识别大规模空间转录组中的空间变异基因 | HEARTSVG是一种无分布假设的基于检验的方法,能够以更高的准确性和计算效率识别空间变异基因 | 未提及具体的局限性 | 理解疾病和组织结构的时空特征,识别空间变异基因 | 大规模空间转录组数据中的空间变异基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组技术 | NA | 真实数据集 | 分析了来自不同空间转录组技术的十二个真实数据集 |
409 | 2024-08-04 |
Genomic structural variation contributes to evolved changes in gene expression in high-altitude Tibetan sheep
2024-Jul-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2322291121
PMID:38913905
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研究论文 | 本研究探讨了基因组结构变异对高原藏羊基因表达变化的影响 | 首次表征了区分藏羊和低海拔胡羊的基因组结构变异,并揭示了与心脏功能和循环相关基因的表达差异 | 未详细探讨每种基因变异对功能表型的直接影响 | 研究高海拔适应的遗传机制 | 高原藏羊与低海拔胡羊 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 462个基因的高频结构变异 |
410 | 2024-08-04 |
Single-cell landscape of functionally cured chronic hepatitis B patients reveals activation of innate and altered CD4-CTL-driven adaptive immunity
2024-Jul, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.017
PMID:38423478
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研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎患者功能治愈后的免疫病理特征,揭示了免疫系统的激活状态 | 本研究首次从单细胞水平深入解析了慢性乙型肝炎治愈机制中的免疫病理特征,并发现了CD4细胞毒性T淋巴细胞的变化以及肝脏中天然杀伤细胞的激活 | 研究没有涉及功能治愈后长期随访的影响和机制 | 旨在揭示慢性乙型肝炎功能治愈后免疫病理的基础机制 | 研究对象为慢性乙型肝炎患者及其功能治愈后的样本 | 数字病理学 | 慢性肝炎 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, 多重免疫荧光 | NA | 细胞样本, 血液样本 | NA |
411 | 2024-08-04 |
Nociceptor-immune interactomes reveal insult-specific immune signatures of pain
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01857-2
PMID:38806708
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研究论文 | 本文揭示了特定损伤的免疫特征与疼痛发展的关系 | 研究首次通过单细胞转录组学分析,多模型揭示痛觉发育相关的免疫基因特征及其细胞类型特异性转录程序 | 本研究主要基于小鼠模型,可能无法直接推广到人类病理情况 | 探究免疫细胞与痛觉相关的神经机制 | 三个小鼠皮肤炎性疼痛模型:酶促注射、皮肤切口和紫外线烧伤 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | 三个不同痛觉模型的小鼠样本 |
412 | 2024-08-04 |
Endothelial POFUT1 controls injury-induced liver fibrosis by repressing fibrinogen synthesis
2024-Jul, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.032
PMID:38460791
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研究论文 | POFUT1通过抑制纤维蛋白原的合成调控损伤诱导的肝纤维化 | 揭示了POFUT1在肝脏内皮细胞中作为纤维蛋白原表达下调的关键调节因子,进而影响肝纤维化进程 | 本研究主要基于小鼠模型,临床数据的验证仍需进一步展开 | 探讨LSEC表达的POFUT1在肝纤维化中的作用及其机制 | 重点研究了LSEC及其与肝星状细胞之间的信号传导 | 数字病理学 | 肝纤维化 | RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 多组小鼠及肝硬化患者的单细胞RNA测序数据 |
413 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Microglia Dissected the Energy Metabolism and Revealed Potential Biomarkers in Amyotrophic Lateral Sclerosis
2024-Jul, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-023-03806-w
PMID:38102515
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研究论文 | 该研究分析了肌萎缩侧索硬化症患者小胶质细胞的RNA测序,揭示了能量代谢的作用及潜在生物标志物 | 首次探讨了ALS患者非神经元细胞中差异表达基因的能量代谢功能及其与小胶质细胞的相互作用 | 本研究仅限于小样本规模,可能无法全面代表ALS的病理特征 | 研究ALS的发病机制、早期诊断及潜在治疗策略 | ALS患者的非神经元细胞、SOD1突变ALS小鼠的脑干及ALS患者的全血组织 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括ALS患者和ALS小鼠的多个样本 |
414 | 2024-08-05 |
Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT
2024-Jul, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822
PMID:38852289
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研究论文 | 本研究重新分析了一项来自PDAC的单细胞RNA测序数据集,探讨了肿瘤及正常组织的异质性,重点关注Treg细胞及其在肿瘤微环境中的相互作用 | 首次揭示了PDAC中自然Tregs与诱导Tregs的数量差异,以及它们与其他细胞类型之间的关键通信途径 | 本研究主要依赖于已有的数据集,缺乏来自临床样本的直接验证 | 研究PDAC中的调节性T细胞与其他细胞在肿瘤微环境中的交互作用 | 调节性T细胞(Tregs)及其与其他肿瘤微环境细胞的相互作用 | 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA数据 | NA |
415 | 2024-08-05 |
Van Gogh-like 2 is essential for the architectural patterning of the mammalian biliary tree
2024-Jul, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.030
PMID:38460794
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研究论文 | 本文探讨了平面细胞极性在哺乳动物胆道结构模式中的作用 | 阐明了平面细胞极性蛋白VANGL2在胆管细胞间接触形成中的模式化作用 | 尚不清楚这些生化信号与胆管模式化之间的具体联系 | 定义胆管板从简单上皮细胞层过渡为复杂连接胆管的机制 | 胚胎小鼠肝脏中的双向表皮祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 组织器模型 | RNA数据 | 胚胎小鼠肝脏的单细胞样本 |
416 | 2024-08-07 |
Response to Comment on Hu et al. Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Role of Microglia in Fibrovascular Membrane of Proliferative Diabetic Retinopathy. Diabetes 2022;71:762-773
2024-Jul-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/dbi24-0024
PMID:38900952
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
417 | 2024-08-04 |
Increased prevalence of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110116
PMID:38974967
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研究论文 | 本文研究了基础型乳腺癌中混合上皮/间充质状态和表型异质性的增加 | 通过多模态转录组数据和数学建模,揭示了表型异质性中的不同生物轴之间的相互关系 | 未在文中提及具体的临床应用或实验验证 | 理解基础型乳腺癌中的表型异质性及其分子机制 | 乳腺癌细胞系和原发性肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组学 | 数学建模 | 多模态转录组数据 | 包括乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本 |
418 | 2024-08-04 |
Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods
2024-Jul-09, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400789
PMID:38979872
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综述 | 本文回顾了高通量单细胞全基因组测序方法的技术进展 | 阐明了高通量单细胞全基因组测序在策略设计、数据效率及并行处理平台方面的技术创新 | 尽管技术进步,仍然面临总成本的限制 | 探讨高通量单细胞全基因组测序方法的技术进步及其在人类基因组中的应用 | 高通量单细胞全基因组测序技术及其应用 | 数字病理学 | 癌症 | 高通量测序 | NA | 基因组数据 | NA |
419 | 2024-08-05 |
SCRN: Single-cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease
2024-Jul-08, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400
PMID:38976461
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞数据的图学习方法SCRN,用于识别阿尔茨海默病中的基因调控网络 | SCRN利用图神经网络实现了γ衰减启发式链接预测,能够基于局部闭合集群识别可靠的基因调控网络 | 未提及具体的样本限制或数据集的多样性问题 | 深入了解阿尔茨海默病中基因调控的机制 | 使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析阿尔茨海默病患者与正常样本之间的基因调控差异 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 图神经网络 | 基因表达数据 | NA |
420 | 2024-08-05 |
An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases
2024-Jul-05, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.add8394
PMID:38963856
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研究论文 | 本研究揭示了人类CD4 T细胞中的转录增强子图谱及其与疾病的关联 | 首次利用单细胞RNA测序和染色质轮廓整合,系统解析了与免疫介导疾病相关的遗传变异 | 研究可能受限于样本的多样性和细胞类型的复杂性 | 探究转录增强子在不同Helper T细胞类型中的作用及其与人类疾病的关系 | 人类CD4 T细胞及其转录增强子 | 数字病理学 | 免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 人类CD4 T细胞样本 |