单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 524 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-08-04 |
Exploring the causal role of immune cells in cerebral aneurysm through single-cell transcriptomics and Mendelian randomization analysis
2024-Jul-12, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxae042
PMID:38661482
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研究论文 | 本研究探讨了免疫细胞在脑动脉瘤形成中的因果作用 | 通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了免疫细胞与脑动脉瘤发展的复杂相互作用 | 研究主要基于单一数据集，可能无法全面反映所有因素 | 研究免疫细胞在脑动脉瘤发病机制中的作用 | 未破裂的脑动脉瘤及其对照组 | 数字病理学 | 脑动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化 | 基因表达数据 | 来自GSE193533数据集的样本数量不明确 |
| 382 | 2024-08-05 |
Myeloid-T cell interplay and cell state transitions associated with checkpoint inhibitor response in melanoma
2024-Jul-12, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2024.03.015
PMID:38593812
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研究论文 | 该文章探讨了黑色素瘤中髓系细胞与T细胞之间的相互作用及其在检查点抑制剂反应中的细胞状态转变 | 揭示了检查点抑制剂反应前肿瘤免疫微环境的特征，提出通过调节髓系细胞和效应细胞的相互作用以改善免疫治疗反应的可能性 | 研究主要限于22名阶段III-IV转移性黑色素瘤患者，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨免疫治疗前肿瘤微环境与黑色素瘤患者对检查点抑制剂反应之间的关系 | 22名检查点抑制剂初治的阶段III-IV转移性黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 22名患者的肿瘤免疫浸润细胞和外周血单核细胞 |
| 383 | 2024-08-05 |
Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness
2024-Jul-11, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae015
PMID:38985000
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序分析人胰岛细胞对细胞因子的反应及其与细胞压力的关系 | 首次揭示了人胰岛细胞对细胞因子的反应明显减弱，并与高水平的核糖体蛋白编码基因表达相关联 | 研究未考虑供体死亡原因和分离方法对胰岛准备压力的潜在影响 | 分析细胞因子对人胰岛细胞基因表达的影响及其潜在的细胞压力机制 | 人胰岛细胞 | 数字病理学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人胰岛细胞的少量样本 |
| 384 | 2024-08-05 |
Targeting CSF1R in myeloid-derived suppressor cells: insights into its immunomodulatory functions in colorectal cancer and therapeutic implications
2024-Jul-11, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-024-02584-4
PMID:38992688
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研究论文 | 本研究探讨了CSF1R在结直肠癌中的免疫调节功能及其对骨髓源抑制细胞的影响 | 探讨了CSF1R和JAK/STAT3信号轴在结直肠癌免疫抑制中的关键作用，并评估了LNCs@CSF1R siRNA与抗PD-1联合治疗的疗效 | 研究的样本仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类结直肠癌中的相应机制 | 研究骨髓源抑制细胞在结直肠癌中的免疫抑制作用 | 主要研究小鼠模型中的骨髓源抑制细胞及其相关信号通路 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 小鼠结直肠癌模型 |
| 385 | 2024-08-05 |
Identification and Characterization of ATOH7-Regulated Target Genes and Pathways in Human Neuroretinal Development
2024-Jul-03, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13131142
PMID:38994994
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研究论文 | 本文探讨了ATOH7在人体神经视网膜发育中的调控目标基因和途径 | 首次利用人类诱导多能干细胞（hiPSCs）对ATOH7在视网膜发育中的作用进行全面分析 | 研究主要基于细胞层面，难以完全反映体内复杂的发育过程 | 旨在理解ATOH7在神经视网膜发育中的角色 | 关注的是人类诱导多能干细胞及其分化为早期视网膜类器官的过程 | 数字病理学 | 视神经发育异常 | RNA测序、单细胞RNA测序、CUT&RUN-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了野生型和突变型来源的细胞系，具体样本数量未提及 |
| 386 | 2024-08-04 |
Deconwolf enables high-performance deconvolution of widefield fluorescence microscopy images
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02294-7
PMID:38844629
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研究论文 | 本研究开发了Deconwolf，一种用于高性能去卷积宽场荧光显微镜图像的开源软件 | Deconwolf能够在普通笔记本电脑上高效运行，并显著提高了在DNA和RNA原位杂交图像中分辨拥挤荧光点的准确性 | 此文未提及具体的局限性 | 旨在克服传统显微镜方法在拥挤分子靶标分辨率上的限制 | 研究针对DNA和RNA原位杂交图像的荧光点及细胞切片中的个体转录本 | 数字病理学 | NA | 荧光显微镜 | NA | 图像 | NA |
| 387 | 2024-08-05 |
CellRank 2: unified fate mapping in multiview single-cell data
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02303-9
PMID:38871986
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研究论文 | 提出了CellRank 2框架，用于统一研究多视角单细胞数据中的细胞命运 | CellRank 2能够结合多种数据视角和时间点信息，提供了对细胞命运的深入分析 | 尚未提及具体的局限性 | 研究细胞的命运映射和动态变化 | 单细胞转录组数据，涉及人类造血和内胚层发育 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 多达数百万个细胞的单细胞数据 |
| 388 | 2024-08-05 |
Partitioning and aggregating cross-tissue and tissue-specific genetic effects to identify gene-trait associations
2024-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49924-4
PMID:38982044
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研究论文 | 本文提出了MTWAS框架，用于识别基因-性状关联并增强TWAS和GWAS的信息利用 | 引入了一种非参数插补策略来增强不可获取组织的信息，并基于扩展贝叶斯信息准则将eQTL分类为跨组织和特定组织的eQTL | 未提及具体的局限性 | 开发一种新的统计框架MTWAS，以识别基因-性状关联 | 对GTEx数据集的47个组织和其他数据集中的免疫细胞类型进行基因预测和分析 | 生物统计学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 84项UK Biobank GWAS研究和其他数据集的样本 |
| 389 | 2024-08-04 |
Deep 3D histology powered by tissue clearing, omics and AI
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02327-1
PMID:38997593
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研究论文 | 本文讨论了通过3D组织组织学技术综合理解组织和生物体生理及病理生理的重要性 | 提出了一种结合组织清理化学、标记和体积成像的新技术，以增强3D重建，并与分子技术协同作用 | 缺乏针对具体应用案例的实证数据支持 | 创建完整的三维细胞图谱，以全面理解组织和生物体的生理和病理 | 涉及组织样本和细胞的3D空间结构及其分子组成 | 数字病理学 | NA | 组织清理化学、体积成像 | 深度学习 | 细胞结构和分子数据 | NA |
| 390 | 2024-08-04 |
Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02284-9
PMID:38844627
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研究论文 | 本研究提出了一种用于空间转录组学的参考信息整合组织分割计算方法IRIS | IRIS方法独特地利用单细胞RNA测序数据进行生物学可解释空间域的检测，显著提高了准确性和速度 | 未提及具体限制 | 该研究旨在通过空间转录组学中的准确高效的空间域检测来表征组织空间组织 | 分析六个包含多种技术、组织、物种和分辨率的空间转录组学数据集 | 数字病理学 | 糖尿病相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据 | 六个空间转录组数据集 |
| 391 | 2024-08-05 |
Diversification of the VH3-53 immunoglobulin gene segment by somatic hypermutation results in neutralization of SARS-CoV-2 virus variants
2024-Jul, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451056
PMID:38593351
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研究论文 | 该研究揭示了通过体细胞超突变，VH3-53免疫球蛋白基因片段的多样化如何导致对SARS-CoV-2病毒变异体的中和作用 | 文章创新性地展示了特定B细胞克隆的体细胞超突变如何增加单克隆抗体的中和范围 | 研究中对B细胞克隆扩增的机制缺乏深入分析 | 本研究旨在探讨COVID-19恢复患者的B细胞如何通过超突变生成能够中和病毒变异体的抗体 | 研究对象为从SARS-CoV-2恢复患者中获得的针对刺突蛋白特异性B细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 来自一名SARS-CoV-2恢复患者的B细胞样本 |
| 392 | 2024-08-05 |
Clustering single-cell RNA sequencing data via iterative smoothing and self-supervised discriminative embedding
2024-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03074-5
PMID:38834657
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据的深层聚类方法scRISE，旨在解决聚类过程中的相似性度量挑战 | 提出了基于图自编码器的迭代平滑模块和自我监督的鉴别嵌入模块的新方法来改进数据表示和聚类质量 | 在文章中没有明确提到具体的局限性 | 研究单细胞转录组测序数据的聚类分析 | 用于单细胞RNA测序的17个数据集及HNSCC数据集 | 数字病理学 | NA | NA | 深度聚类模型 | 单细胞RNA测序数据 | 17个单细胞RNA测序数据集 |
| 393 | 2024-08-05 |
Identification of ferroptosis-related gene signature for tuberculosis diagnosis and therapy efficacy
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110182
PMID:38989455
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研究论文 | 本文识别了与铁死亡相关的基因特征，旨在用于结核病的诊断和疗效评估 | 提出了一种包含ACSL4、CTSB和TLR4基因的铁死亡相关基因特征，作为结核病的生物标志物 | 研究主要依赖于血液样本，可能无法全面代表结核病患者的情况 | 探讨铁死亡相关基因特征在结核病诊断和治疗中的应用 | 结核病患者、潜伏结核感染者和健康对照者的血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | scRNA-seq、微阵列和大规模RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四组基因表达数据，涉及结核病患者、潜伏感染者和健康对照者 |
| 394 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals that NRF2 regulates vascular smooth muscle cell phenotypic switching in abdominal aortic aneurysm
2024-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202400001RR
PMID:38995239
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研究论文 | 研究表明NRF2在腹主动脉瘤中调节血管平滑肌细胞表型转变 | 识别NRF2作为维持血管平滑肌细胞收缩表型的重要调节因子，并且通过miR-145依赖性机制影响腹主动脉瘤形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能存在物种间差异 | 深入理解NRF2在血管平滑肌细胞表型转变中的作用 | 血管平滑肌细胞及其在腹主动脉瘤形成中的反应 | 数字病理学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因组转录组数据 | NA |
| 395 | 2024-08-05 |
Antibiotic use attenuates response to immune checkpoint blockade in urothelial carcinoma via inhibiting CD74-MIF/COPA: revealing cross-talk between anti-bacterial immunity and anti-tumor immunity through a tumor marker prognostic study
2024-Jul-12, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001901
PMID:38995167
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meta-analysis | 这项研究评估了抗生素使用对尿路上皮癌患者免疫检查点阻断反应和预后的影响。 | 该研究揭示了抗生素和肿瘤内细菌如何通过CD74-MIF/COPA信号通路影响肿瘤免疫微环境的交互作用。 | 研究注册信息未提供具体登记号，且可能存在选择偏倚。 | 研究旨在探索抗生素使用对接受免疫检查点阻断疗法的尿路上皮癌患者的影响。 | 研究对象为接受免疫检查点阻断治疗的尿路上皮癌患者。 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | 生物样本数据和临床数据 | 共涉及12项研究中的3496名尿路上皮癌患者 |
| 396 | 2024-08-07 |
Erratum for the Research Article "Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus" by R. K. Perez et al
2024-Jul-12, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr4064
PMID:38991087
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 397 | 2024-08-05 |
Exosomes originating from neural stem cells undergoing necroptosis participate in cellular communication by inducing TSC2 upregulation of recipient cells following spinal cord injury
2024-Jul-10, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00068
PMID:38993124
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研究论文 | 本研究探讨了经过坏死性凋亡的神经干细胞源性外泌体在脊髓损伤后的细胞沟通中的作用 | 首次阐明了经过坏死性凋亡的神经干细胞外泌体如何影响受体细胞中TSC2的上调 | 研究中未提及外泌体的具体分隔和纯化方法的潜在局限性 | 研究外泌体在脊髓损伤后神经干细胞之间的信号传递 | 神经干细胞来源的外泌体及其对受体细胞的影响 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从16-17天的胚胎小鼠中分离的神经干细胞 |
| 398 | 2024-08-04 |
Unbiasedly decoding the tumor microenvironment with single-cell multiomics analysis in pancreatic cancer
2024-Jul-09, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02050-7
PMID:38982491
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研究论文 | 本文总结了胰腺癌肿瘤微环境的单细胞多组学分析研究 | 提供了一种无偏见的方式对胰腺癌肿瘤微环境进行解码，强调了每种细胞成分的功能和分类基础 | 研究可能未能全面评估所有细胞簇的功能及其在抗肿瘤中的潜力 | 旨在精确识别胰腺癌肿瘤微环境中的所有细胞簇并提供新的见解 | 关注胰腺导管腺癌的肿瘤微环境及其单细胞组成 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序和质谱技术 | NA | 多组学数据 | NA |
| 399 | 2024-08-05 |
A novel CAF-cancer cell crosstalk-related gene prognostic index based on machine learning: prognostic significance and prediction of therapeutic response in head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05447-6
PMID:38982511
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研究论文 | 本研究开发了一种与肿瘤相关成纤维细胞-癌细胞相互作用相关的预后指数，以评估头颈部鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 提出了一种新颖的肿瘤相关成纤维细胞-癌细胞相互作用相关基因预后指数（CCRGPI），可用于评估头颈部鳞状细胞癌的预后和免疫检验点抑制剂的疗效 | 研究未涉及其他类型癌症的适用性，局限于头颈部鳞状细胞癌 | 旨在评估头颈部鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其相关的细胞模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），LASSO回归 | FCICC模型和FC-organoid模型 | 基因组数据 | NA |
| 400 | 2024-08-07 |
Correction to: Single-cell RNA Sequencing Reveals Sexually Dimorphic Transcriptome and Type 2 Diabetes Genes in Mouse Islet β Cells
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae022
PMID:38981583
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |