单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-02	Spatial transcriptomics at the brain-electrode interface in rat motor cortex and the relationship to recording quality 2024-07-31, Journal of neural engineering IF:3.7Q2 DOI:10.1088/1741-2552/ad5936 PMID:38885679	研究论文	本研究利用空间转录组学技术研究了大鼠运动皮层中电极植入后的基因表达变化，并与传统的胶质细胞反应、神经元损失和电生理记录质量指标进行了比较	首次将空间转录组学应用于脑电极界面的研究，识别出与电极植入相关的差异表达基因，并发现与记录质量相关的潜在生物标志物	研究仅限于大鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	探索电极植入后脑组织的生理变化及其对设备功能和寿命的影响	大鼠运动皮层	神经科学	NA	空间转录组学(ST), 免疫标记	NA	基因表达数据, 电生理记录数据	植入功能性密歇根式微电极阵列的大鼠，在植入后24小时、1周和6周进行采样
22	2025-07-01	Single-cell RNA-seq reveals distinct metabolic "microniches" and close host-symbiont interactions in deep-sea chemosynthetic tubeworm 2024-07-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn3053 PMID:39047091	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了深海化学合成管状蠕虫中独特的代谢微环境及其与共生微生物的密切相互作用	首次在深海化学合成管状蠕虫中发现了两种不同的代谢微环境，并阐明了宿主如何通过控制化学合成气体和代谢物的可用性来维持这些微环境	研究仅针对一种深海管状蠕虫，结果可能不适用于其他共生系统	探究深海化学合成管状蠕虫与共生微生物之间的分子相互作用	深海化学合成管状蠕虫及其共生细菌	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及样本数量
23	2025-06-30	The brain microvasculature is a primary mediator of interferon-α neurotoxicity in human cerebral interferonopathies 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.017 PMID:38878770	研究论文	本文研究了Aicardi-Goutières综合征（AGS）中干扰素-α（IFN-α）的神经毒性机制，发现脑微血管是IFN-α神经毒性的主要介导者	首次证实脑微血管是IFN-α神经毒性的主要介导者，并发现内皮细胞IFNAR信号传导在AGS相关小血管病中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明AGS中IFN-α神经毒性的来源和作用机制	AGS患者和小鼠模型	神经免疫学	Aicardi-Goutières综合征	单细胞RNA测序、MRI、单分子ELISA	小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明人类样本数量，使用转基因小鼠模型
24	2025-06-24	Dominant dystrophic epidermolysis bullosa is associated with glycolytically active GATA3+ T helper 2 cells which may contribute to pruritus in lesional skin 2024-Jul-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae110 PMID:38477474	研究论文	本研究通过RNA测序分析显性营养不良性大疱性表皮松解症(DDEB)患者的皮肤转录组，以寻找减轻瘙痒的治疗靶点	首次在DDEB病变皮肤中发现糖酵解活性增强的GATA3+ Th2细胞，并验证了抗Th2药物dupilumab对缓解瘙痒的疗效	样本量较小(6例患者)，且仅针对瘙痒严重的pruriginosa亚型	寻找减轻DDEB患者皮肤瘙痒的治疗靶点	显性营养不良性大疱性表皮松解症(DDEB)患者的皮肤组织	转录组学	皮肤病/大疱性表皮松解症	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、定量PCR	NA	RNA测序数据	6例DDEB患者+4例健康对照的皮肤活检样本
25	2025-06-22	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	meta-analysis	通过单细胞RNA测序元分析揭示基于趋化因子的细胞通讯在免疫疾病中的作用	揭示了疾病特异性和共有的免疫细胞趋化和外渗模式，为开发靶向治疗提供了新视角	依赖于公开可用的scRNA-seq数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	解析免疫细胞迁移中涉及的疾病特异性细胞间通讯	多种免疫疾病（如特应性皮炎、慢性阻塞性肺病等）及其影响的器官（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	涵盖多种免疫疾病和组织的公开scRNA-seq数据集
26	2025-06-15	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	研究论文	本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，以提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性	NA	提高单细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组学数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	三个商业平台生成的数据集
27	2025-06-13	CD38+ Alveolar macrophages mediate early control of M. tuberculosis proliferation in the lung 2024-Jul-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3934768/v1 PMID:39070650	研究论文	本研究通过多模态单细胞RNA测序分析，揭示了CD38+肺泡巨噬细胞在结核病早期控制结核分枝杆菌增殖中的关键作用	首次鉴定出CD38+单核细胞来源的肺泡巨噬细胞(moAMs)和组织驻留肺泡巨噬细胞(TR-AMs)作为细菌生长的重要控制者，并发现CD38 TR-AMs在感染前具有独特的染色质特征	研究主要关注小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究不同巨噬细胞亚群在结核病感染过程中的动态作用和调控机制	肺泡巨噬细胞亚群	免疫学	结核病	多模态scRNA-seq分析, scATAC-seq分析	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量，但涉及多个感染时间点的巨噬细胞亚群分析
28	2025-06-12	Single-cell Profiling of Reprogrammed Human Neural Stem Cells Unveils High Similarity to Neural Progenitors in the Developing Central Nervous System 2024-07, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10698-3 PMID:38519702	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了重编程人类神经干细胞与发育中中枢神经系统神经祖细胞的高度相似性	首次在单细胞水平上全面比较了诱导神经干细胞(iNSCs)与生理对应细胞的转录组特征，发现其与胚胎神经上皮细胞的相似性	研究仅基于转录组数据，缺乏功能验证实验	评估诱导神经干细胞(iNSCs)与生理神经干细胞的相似性	人类诱导神经干细胞(iNSCs)	干细胞生物学	NA	单细胞转录组测序、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
29	2025-06-09	Machine learning for the identification of neoantigen-reactive CD8 + T cells in gastrointestinal cancer using single-cell sequencing 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02737-0 PMID:38849478	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的26基因模型，用于从单细胞转录组中识别胃肠道癌症中的新抗原反应性CD8+T细胞	利用机器学习模型快速识别新抗原反应性T细胞及其T细胞受体，克服了传统方法耗时且复杂的缺点	NA	开发一种高效识别新抗原反应性T细胞的方法，以促进癌症免疫治疗	胃肠道癌症患者肿瘤浸润的新抗原反应性CD8+T细胞	机器学习	胃肠道癌症	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	数千个肿瘤浸润淋巴细胞
30	2025-06-07	DLL1/NOTCH1 signaling pathway maintain angiogenesis in meniscus development and degeneration 2024-07, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106589 PMID:38772475	研究论文	研究探讨了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板发育和退化过程中维持血管生成的作用	揭示了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板血管生成中的关键作用，为骨关节炎治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于人类胚胎和成熟半月板组织，未涉及其他年龄段或更广泛的样本	探究半月板发育和退化过程中内皮细胞和血管的特征	人类胚胎和成熟半月板组织	生物医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、计算机分析、多种染色技术	NA	RNA测序数据、组织学图像	人类胚胎和成熟半月板组织样本
31	2025-06-05	Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts 2024-07-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004895 PMID:38294835	评论	本文对心脏同种异体移植活检中使用分子诊断（MDX）区分损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应的局限性进行了批判性回顾	指出了分子诊断在心脏移植活检中的局限性，并提出了改进方法，如分析所有活检片段和整合空间转录组学	分子诊断与组织学诊断的一致性较低，且治疗方法与组织学之间的差异尚未探讨	评估分子诊断在心脏同种异体移植活检中的应用及其局限性	心脏同种异体移植活检样本	分子诊断	心血管疾病	分子诊断（MDX）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
32	2025-06-04	Advancing cell-based therapy in sepsis: An anesthesia outlook 2024-Jul-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003097 PMID:38708689	review	本文综述了细胞疗法在脓毒症治疗中的现状和进展，特别是免疫细胞疗法在围手术期管理中的应用	探讨了基于干细胞的干预措施和CAR-免疫细胞疗法在脓毒症治疗中的创新应用	未提及具体临床试验结果或疗效数据	探索脓毒症治疗中的新型细胞疗法	脓毒症患者，特别是围手术期患者	NA	脓毒症	单细胞测序、基因编辑技术	NA	NA	NA
33	2025-06-04	Identification of potential immune-related mechanisms related to the development of multiple myeloma 2024-Jul-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003116 PMID:38844445	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境，特别是单核/巨噬细胞的作用	首次全面描述了治疗初发多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫细胞特征，特别是发现干扰素相关免疫细胞亚群和免疫抑制性单核/巨噬细胞的富集	样本量相对有限，且仅针对治疗初发患者进行研究	阐明多发性骨髓瘤患者骨髓免疫微环境的特征，特别是单核/巨噬细胞的作用机制	多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的骨髓免疫细胞	生物医学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	治疗初发多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的样本
34	2025-06-03	Epigenetic Alteration of Smooth Muscle Cells Regulates Endothelin-Dependent Blood Pressure and Hypertensive Arterial Remodeling 2024-Jul-10, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.09.24310178 PMID:39040193	研究论文	该研究探讨了平滑肌细胞（SMC）表观遗传学改变如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过筛选人类GWAS和孟德尔随机化研究，鉴定了影响SMC功能的SNPs，并利用新型SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型揭示了JMJD3在高血压动脉重塑中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限	探索高血压相关基因变异对平滑肌细胞功能和动脉重塑的影响	平滑肌细胞（SMC）和高血压相关动脉重塑	表观遗传学	心血管疾病	GWAS、孟德尔随机化研究、scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型	基因组数据、RNA测序数据	三个独立的人类GWAS研究数据和小鼠模型
35	2025-06-03	Deciphering the heterogeneity of differentiating hPSC-derived corneal limbal stem cells through single-cell RNA sequencing 2024-07-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.06.001 PMID:38942029	研究论文	通过单细胞RNA测序解析hPSC分化为角膜缘干细胞过程中的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示了hPSC向LSC分化过程中的九个细胞簇，其中五个为预期的LSC分化路径，四个为先前未描述的细胞状态	研究仅涉及三种hPSC细胞系，可能无法代表所有hPSC的分化特性	深入理解hPSC分化为角膜缘干细胞的分子机制，为hPSC-based治疗提供理论基础	人类多能干细胞(hPSC)及其分化的角膜缘干细胞(LSCs)	干细胞生物学	眼科疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光分析	NA	单细胞转录组数据	三种hPSC细胞系
36	2025-06-01	Unraveling the Prefrontal Cortex-Basolateral Amygdala Pathway's Role on Schizophrenia's Cognitive Impairments: A Multimodal Study in Patients and Mouse Models 2024-07-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae063 PMID:38811350	研究论文	本研究通过多模态方法探讨了内侧前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症相关认知障碍中的作用	揭示了mPFC-BLA通路在认知障碍中的关键作用，并提出了血液外泌体mRNA作为非侵入性生物标志物的新诊断方法	研究结果主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证	探究精神分裂症相关认知障碍的神经机制	精神分裂症患者和小鼠模型	神经科学	精神分裂症	临床量表、磁共振成像、单细胞RNA测序、光遗传学	甲基偶氮氧甲醇乙酸酯诱导的小鼠模型	影像数据、基因表达数据、行为数据	精神分裂症患者和健康对照者，以及6周大的小鼠模型
37	2025-05-31	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection 2024-07-21, Viruses DOI:10.3390/v16071173 PMID:39066335	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动态和抗病毒免疫反应的影响	首次在受控环境中直接评估HIV相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），可能影响结果的普遍性	评估免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	慢性感染SIVmac239的猪尾猕猴	病毒学	HIV/AIDS和COVID-19	单细胞RNA测序	非人灵长类动物模型	生物样本数据和测序数据	两只SIV感染的猪尾猕猴和SIV未感染的对照猕猴
38	2025-05-31	Differential regulation by CD47 and thrombospondin-1 of extramedullary erythropoiesis in mouse spleen 2024-Jul-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92679 PMID:38979889	research paper	该研究探讨了CD47和thrombospondin-1在小鼠脾脏髓外造血中的差异调节作用	揭示了CD47和thrombospondin-1信号通路在调节脾脏髓外造血中的不同作用，特别是对早期和晚期红细胞生成的影响	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物的验证	研究CD47和thrombospondin-1在脾脏髓外造血中的调控机制	小鼠脾脏中的造血细胞	NA	NA	单细胞转录组分析和流式细胞术	NA	基因表达数据和细胞标记数据	小鼠脾脏细胞
39	2025-05-31	Single-cell analysis reveals lasting immunological consequences of influenza infection and respiratory immunization in the pig lung 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011910 PMID:39024231	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术，研究了猪肺部在H1N1pdm09感染或呼吸道免疫后的持久免疫学变化	首次在猪模型中利用scRNA-seq和流式细胞术详细描述了流感感染和呼吸道免疫后的持久免疫学影响，特别是IL-1β对Treg细胞功能的影响以及IFI6的上调对病毒复制的抑制作用	研究仅关注了感染或免疫后21天的免疫反应，未探讨更长期的影响	探究流感感染和呼吸道免疫对猪肺部免疫细胞的持久影响	猪肺部的白细胞亚群	免疫学	流感	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	猪的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞
40	2025-05-26	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-Jul-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	research paper	该研究探讨了丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的调节作用	首次揭示了SerpinA3n通过调节基质功能和炎症反应影响心肌梗死后心脏重塑的因果作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成中的调节作用	心肌梗死后的心脏重塑过程	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学、蛋白质组学分析	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	SerpinA3n条件性敲除小鼠