单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-02-26	Pulmonary osteoclast-like cells in silica induced pulmonary fibrosis 2024-Jul-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4913 PMID:38985878	研究论文	本文探讨了硅尘诱导的肺纤维化的机制，通过人类肺样本和硅肺病小鼠模型进行研究	发现了硅尘诱导肺泡巨噬细胞和单核细胞向破骨细胞样分化的新机制，并提出了抗RANKL单克隆抗体治疗的新策略	研究主要依赖于动物模型和有限的临床样本，需要进一步验证在更大规模的人类研究中的效果	研究硅尘诱导的肺纤维化的病理生理机制，并探索潜在的治疗方法	人类肺样本和硅肺病小鼠模型	病理生理学	硅肺病	全肺单细胞RNA测序、组织学、生化和生理评估	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据、生化数据、生理数据	人类肺样本和硅肺病小鼠模型
22	2025-02-23	Trem2 Agonist Reprograms Foamy Macrophages to Promote Atherosclerotic Plaque Stability-Brief Report 2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320797 PMID:38695172	研究论文	本文研究了Trem2激动剂AL002a对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响，发现其通过促进泡沫巨噬细胞的存活和增殖，改善斑块稳定性	首次展示了Trem2激动剂AL002a通过重编程泡沫巨噬细胞功能，增强胆固醇外流和胶原沉积，从而改善动脉粥样硬化斑块稳定性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探讨Trem2激动剂对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响	动脉粥样硬化易感小鼠（Ldlr-/-）	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	动脉粥样硬化易感小鼠
23	2025-02-19	Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics 2024-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02284-9 PMID:38844627	研究论文	本文介绍了一种名为IRIS的计算方法，用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域，以表征组织的空间结构	IRIS方法独特地利用单细胞RNA测序数据进行参考信息检测，整合多个SRT切片，并明确考虑切片内和切片间的相关性	NA	开发一种计算方法来提高空间转录组学研究中空间域检测的准确性和效率	空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	空间转录组学数据	六个SRT数据集，涵盖多种技术、组织、物种和分辨率
24	2025-02-16	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01935-0 PMID:37679544	研究论文	本文提出了一种名为MaxFuse的跨模态数据整合方法，能够在特征弱关联的情况下实现高质量的数据整合	MaxFuse通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配，利用每种模态中的所有信息，在特征弱关联的情况下实现高质量的数据整合	NA	开发一种能够在特征弱关联的情况下实现高质量跨模态数据整合的方法	单细胞测序数据和空间组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序、空间组学	MaxFuse	单细胞测序数据、空间组学数据	NA
25	2025-02-16	Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2 2024-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6283 PMID:38606616	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响，揭示了ESR1+腔上皮细胞在前列腺生长中的替代途径	揭示了SRD5A2缺失下ESR1+腔上皮细胞的增加及其在前列腺生长中的替代途径，为5ARI耐药机制提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析相对有限，需要进一步验证	探索SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响及其在5ARI耐药机制中的作用	小鼠模型和人类前列腺活检样本	数字病理学	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类前列腺活检样本
26	2025-02-13	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168 PMID:38878676	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	结合孟德尔随机化和空间转录组学数据，首次系统性地识别了与前列腺癌风险相关的蛋白质，并验证了其在肿瘤侵袭性中的作用	研究依赖于遗传预测的蛋白质水平，可能无法完全反映实际蛋白质表达情况	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性）	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	遗传数据、转录组数据	2002种遗传预测的循环蛋白质水平，两个独立的癌症GWAS数据集（欧洲和非洲血统）
27	2025-02-13	Single-cell analysis reveals lasting immunological consequences of influenza infection and respiratory immunization in the pig lung 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011910 PMID:39024231	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，研究了猪肺部在H1N1pdm09感染或呼吸道免疫后21天的主要白细胞亚群，揭示了流感感染和呼吸道免疫在猪肺部中的持久免疫影响	首次在猪模型中结合单细胞RNA测序和流式细胞术，详细描述了流感感染和呼吸道免疫后的免疫细胞变化，并揭示了IL-1β在黏膜免疫中的作用	研究仅关注了感染或免疫后21天的免疫反应，未探讨更长时间点的免疫变化	研究流感感染和呼吸道免疫对猪肺部免疫细胞的持久影响	猪肺部的白细胞亚群	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	猪肺部样本
28	2025-02-08	Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness 2024-Jul-11, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae015 PMID:38985000	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了细胞因子处理的人类胰岛细胞的基因表达变化，发现人类胰岛细胞对细胞因子的反应显著减弱	首次在人类胰岛细胞中发现细胞因子反应的减弱，并揭示了与应激反应基因的高表达相关	研究未详细探讨供体死亡原因和胰岛分离方法对细胞应激的具体影响	研究人类胰岛细胞在细胞因子刺激下的基因表达变化及其与细胞应激的关系	人类胰岛细胞	单细胞RNA测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
29	2025-02-08	The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis 2024-07, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13786 PMID:38544333	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症的细胞异质性，并探讨了CD8 T细胞在疾病进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了子宫内膜异位症的细胞景观，并揭示了CD8 T细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程在疾病中的关键作用	样本量较小，仅包括三名卵巢子宫内膜异位症患者	探讨子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用	子宫内膜异位症患者和裸鼠模型	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三名卵巢子宫内膜异位症患者
30	2025-02-06	BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae432 PMID:39242194	研究论文	本文提出了一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架（BANMF-S），用于单细胞RNA测序数据中的技术零值填补	BANMF-S通过构建基因-基因相似性网络和细胞-细胞相似性网络，结合外部PPI网络和最小生成树，增强潜在空间中相似基因和细胞对的一致性，并采用分块策略通过分布式随机梯度下降法加速优化	NA	解决单细胞RNA测序数据中的技术零值问题，提高下游聚类和伪轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	公开可用的数据集，具体样本数量未明确说明
31	2025-02-06	Preoperative electroacupuncture versus sham electroacupuncture for the treatment of postoperative ileus after laparoscopic surgery for colorectal cancer in China: a study protocol for a multicentre, randomised, sham-controlled trial 2024-07-05, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-083460 PMID:38969370	研究论文	本研究旨在评估术前电针与假电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻（POI）的治疗效果	采用多中心、随机、假对照试验设计，结合单细胞RNA测序技术探讨电针治疗POI的机制	样本量较小（80例患者），且仅在中国进行，可能限制结果的普遍性	评估术前电针对POI恢复的促进作用	结直肠癌腹腔镜手术后出现POI的患者	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	80例患者
32	2025-02-05	Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex 2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546949 PMID:39071320	研究论文	本文提出了一种使用空间转录组数据识别组织中空间同质区域（SHRs）的方法，并展示了该方法在多种组织类型中寻找SHRs的高效性和有效性	创新点在于开发了一个名为concordex的工具，该工具基于k近邻（kNN）图分析，能够有效识别空间同质区域，并可用于非空间转录组数据的分析	未明确提及具体局限性	研究目的是开发一种方法，用于识别组织中空间同质区域	研究对象是组织中的空间同质区域	数字病理学	NA	空间转录组学	kNN图分析	空间转录组数据	NA
33	2025-02-02	Molecular Organization of Autonomic, Respiratory, and Spinally-Projecting Neurons in the Mouse Ventrolateral Medulla 2024-Jul-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2211-23.2024 PMID:38918066	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，创建了小鼠腹外侧延髓（VLM）细胞的全面数据集，揭示了VLM中神经元和星形胶质细胞的分子和细胞组织	首次通过单细胞RNA测序技术，系统地识别了VLM中23种神经元亚型和5种星形胶质细胞亚型，并验证了脊髓投射神经元的丰富性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	揭示腹外侧延髓（VLM）中神经元和星形胶质细胞的分子和细胞组织，以更好地理解VLM在重要功能和运动控制中的作用	小鼠腹外侧延髓（VLM）中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	114,805个VLM细胞
34	2025-02-01	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.12.603155 PMID:39071344	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在单细胞水平上比较了早期妊娠胎盘细胞滋养层与滋养层干细胞的转录组差异，并揭示了不同胎盘区域CTB的异质性	样本量相对较小（6个正常胎盘和3个TSC系），且仅关注了早期妊娠阶段	探究早期妊娠胎盘细胞滋养层的转录多样性，并比较其与滋养层干细胞的异同	早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）和滋养层干细胞（TSC）	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6个正常胎盘（4个6-8周，2个12-14周）和3个TSC系
35	2025-02-01	Control of goal-directed and inflexible actions by dorsal striatal melanocortin systems, in coordination with the central nucleus of the amygdala 2024-Jul, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2024.102629 PMID:38763506	研究论文	本文研究了背内侧纹状体（DMS）中多巴胺D1受体神经元表达的黑色素皮质素-4受体（MC4R）如何调控小鼠的灵活目标导向行为	发现了DMS中MC4R+神经元在调控行为灵活性中的关键作用，并揭示了其与杏仁核中央核的功能性连接	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究背内侧纹状体中MC4R在调控目标导向行为和习惯行为中的作用	小鼠的背内侧纹状体和杏仁核中央核	神经科学	NA	空间转录组学数据分析	NA	基因转录数据	未明确说明样本数量
36	2024-08-05	Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT 2024-07, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822 PMID:38852289	研究论文	本研究重新分析了一项来自PDAC的单细胞RNA测序数据集，探讨了肿瘤及正常组织的异质性，重点关注Treg细胞及其在肿瘤微环境中的相互作用	首次揭示了PDAC中自然Tregs与诱导Tregs的数量差异，以及它们与其他细胞类型之间的关键通信途径	本研究主要依赖于已有的数据集，缺乏来自临床样本的直接验证	研究PDAC中的调节性T细胞与其他细胞在肿瘤微环境中的交互作用	调节性T细胞（Tregs）及其与其他肿瘤微环境细胞的相互作用	数字病理学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA数据	NA
37	2025-01-25	Regulatory B Cells Expressing Granzyme B from Tolerant Renal Transplant Patients: Highly Differentiated B Cells with a Unique Pathway with a Specific Regulatory Profile and Strong Interactions with Immune System Cells 2024-07-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13151287 PMID:39120317	研究论文	本研究旨在确定表达颗粒酶B的调节性B细胞（GZMB B细胞）在肾移植耐受患者的血液中是否富集	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了GZMB B细胞在肾移植耐受患者中的独特转录组特征及其与免疫系统细胞的强相互作用	样本量较小（每组3例患者），可能限制结果的普遍性	研究肾移植耐受患者中GZMB B细胞的特性和功能	肾移植患者的血液样本，包括稳定功能患者、药物耐受患者和抗体介导排斥反应患者	免疫学	肾移植	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	9例患者（3例稳定功能患者，3例药物耐受患者，3例抗体介导排斥反应患者）
38	2025-01-25	Transition of signal requirement in hematopoietic stem cell development from hemogenic endothelial cells 2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404193121 PMID:39042698	研究论文	本研究探讨了造血干细胞（HSCs）从造血内皮细胞（HECs）发育过程中的信号需求转变	首次在无血清和无饲养层的培养条件下，利用干细胞因子（SCF）和血小板生成素（TPO）诱导胚胎第11.5天的前造血干细胞-I（pre-HSC-I）分化为HSCs	研究中未确定从HECs诱导HSCs所需的最小因子	探索HSCs从HECs发育的分子机制	小鼠胚胎中的造血内皮细胞和前造血干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	胚胎第10.5天至11.5天的背主动脉及周围组织和胎肝
39	2025-01-25	Markers of Dermal Fibroblast Subpopulations for Viable Cell Isolation via Cell Sorting: A Comprehensive Review 2024-07-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13141206 PMID:39056788	综述	本文综述了用于通过细胞分选分离活体细胞的皮肤成纤维细胞亚群的标记物	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和荧光激活细胞分选（FACS）技术，详细分析了成纤维细胞表面标记物，识别了多种独特的成纤维细胞亚群	NA	研究成纤维细胞表面标记物，以便进行细胞分选和后续功能研究	成纤维细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选（FACS）	NA	细胞表面标记物数据	超过三千篇研究文章
40	2025-01-24	Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022 PMID:38772365	研究论文	本文探讨了皮肤炎症中上皮细胞与17型免疫之间的代谢协调如何维持慢性皮肤炎症	揭示了HIF1α在IL-17信号下游驱动银屑病上皮重塑的作用，并发现糖酵解自主推动上皮病理并增强乳酸产生，进而增强γδ T17细胞反应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用有限	研究皮肤炎症中上皮细胞与免疫细胞之间的代谢协调机制	银屑病皮肤炎症中的上皮细胞和17型免疫细胞	免疫学	银屑病	单细胞转录组学、空间转录组学、免疫荧光	NA	转录组数据、图像数据	人类银屑病病变样本和小鼠皮肤炎症模型