单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 524 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-11-17 |
B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates
2024-07-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023022717
PMID:38558106
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研究论文 | 研究了B细胞靶向CAR T细胞疗法在患者和非人灵长类动物中激活CD8+细胞毒性CARneg旁观者T细胞的现象 | 首次全面识别和分析了B细胞靶向CAR T细胞疗法后CARneg旁观者CD8+ T细胞的特征，并提出了一种新的机制，即CAR T细胞输注可能通过激活旁观者T细胞增强抗白血病反应 | NA | 探讨B细胞靶向CAR T细胞疗法激活周围CARneg旁观者T细胞的机制及其潜在的抗肿瘤作用 | 非人灵长类动物和患者的T细胞 | 免疫学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 非人灵长类动物和患者的T细胞样本 |
| 22 | 2024-11-15 |
Coronavirus disease 2019-related myocarditis genes contribute to ECMO prognosis
2024-07-19, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04032-5
PMID:39026189
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研究论文 | 研究COVID-19相关心肌炎基因对ECMO预后的影响 | 通过分析GSE150392和GSE93101数据集，识别出与心肌炎和ECMO预后相关的差异表达基因，并验证了这些基因在不同细胞类型中的表达 | 研究主要基于已有的基因表达数据集，缺乏临床样本的直接验证 | 探讨COVID-19相关心肌炎基因对ECMO治疗预后的影响 | COVID-19相关心肌炎患者和ECMO治疗预后 | NA | 心血管疾病 | 差异表达基因分析、富集通路分析、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE150392、GSE93101和GSE167028数据集以及单细胞测序数据 |
| 23 | 2024-11-15 |
Spatiotemporal transcriptomic profiling and modeling of mouse brain at single-cell resolution reveals cell proximity effects of aging and rejuvenation
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.16.603809
PMID:39071282
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研究论文 | 研究通过单细胞分辨率的时空转录组学分析和建模，揭示了小鼠大脑衰老和再生过程中细胞邻近效应 | 首次开发基于空间转录组学的机器学习模型（空间衰老时钟），揭示了大脑衰老和再生过程中的细胞邻近效应 | 研究主要集中在小鼠大脑，尚未在人类中验证这些发现 | 研究大脑衰老和再生过程中细胞邻近效应，开发新的计算工具来识别这些效应的介质 | 小鼠大脑的单细胞时空转录组数据，以及两种再生干预措施（运动和部分重编程） | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习模型 | 转录组数据 | 420万个细胞，来自20个不同年龄段和两种再生干预措施 |
| 24 | 2024-11-14 |
TWIST1+FAP+ fibroblasts in the pathogenesis of intestinal fibrosis in Crohn's disease
2024-Jul-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI179472
PMID:39024569
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研究论文 | 研究了克罗恩病中肠纤维化的发病机制，特别是TWIST1+FAP+成纤维细胞的作用 | 首次揭示了TWIST1+FAP+成纤维细胞在肠纤维化中的关键作用，并提出了通过抑制TWIST1来治疗克罗恩病纤维化的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要进一步的临床验证 | 探讨克罗恩病中肠纤维化的发病机制，并寻找有效的治疗策略 | 克罗恩病患者的纤维化和非纤维化回肠组织，以及小鼠的慢性葡聚糖硫酸钠盐结肠炎模型 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 克罗恩病患者和小鼠模型的多个样本 |
| 25 | 2024-11-13 |
Predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer by pericytes insights from single-cell RNA sequencing
2024-07-06, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddae064
PMID:38652261
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析，揭示了结直肠癌微环境中周细胞的功能及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 首次揭示了周细胞在结直肠癌微环境中的富集及其与不良预后和免疫治疗抵抗的关系 | 研究主要基于现有数据集，缺乏体内实验验证 | 探讨周细胞在结直肠癌中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 结直肠癌中的周细胞及其在免疫微环境中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过1000个样本，包括453个免疫治疗数据集样本 |
| 26 | 2024-11-11 |
Systematic Analysis of Human Colorectal Cancer scRNA-seq Revealed Limited Pro-tumoral IL-17 Production Potential in Gamma Delta T Cells
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.18.604156
PMID:39071278
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研究论文 | 本研究重新分析了九个已发表的人类结直肠癌全组织单细胞RNA测序数据集，揭示了γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的潜力有限 | 首次系统分析了γδ T细胞在结直肠癌中的IL-17产生潜力，并发现其主要功能为细胞毒性效应细胞而非IL-17产生者 | 研究仅基于已发表的数据集，未进行新的实验验证 | 探讨γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其产生IL-17的潜力 | γδ T细胞在结直肠癌中的功能和IL-17产生潜力 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 165名结直肠癌患者，共951,785个细胞，其中18,483个为γδ T细胞 |
| 27 | 2024-11-11 |
Advances in single-cell sequencing technology in microbiome research
2024-Jul, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2023.101129
PMID:38545125
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综述 | 本文回顾了微生物检测技术的发展历史，分析了单细胞测序在微生物应用中的难点，并总结了新兴的微生物单细胞测序技术（Microbe-seq）的特点及应用前景 | 介绍了新兴的微生物单细胞测序技术（Microbe-seq）及其在微生物研究中的应用前景 | Microbe-seq技术仍处于优化阶段 | 促进单细胞测序技术在微生物中的广泛应用并推动技术的进一步改进 | 微生物的基因型和功能表达 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-11-08 |
Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis
2024-07-16, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00647-z
PMID:39014455
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因 | 本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因，并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型，为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略 | 本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此其临床应用效果有待进一步验证 | 本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因，并探索其潜在的治疗机制 | 本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | RNA-seq | 人工神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 29 | 2024-11-06 |
Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2
2024-07, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6283
PMID:38606616
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研究论文 | 研究探讨了在缺乏SRD5A2的情况下，前列腺腔上皮细胞的异质性变化及其对前列腺发育的影响 | 发现了SRD5A2缺失后，ESR1+腔上皮细胞比例增加及其增殖表型的变化，揭示了SRD5A2独立的分化途径 | 研究主要基于小鼠模型和人类前列腺活检分析，可能存在种属差异 | 探究SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响及其在良性前列腺增生中的作用机制 | 小鼠前列腺细胞和人类前列腺活检样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类前列腺活检样本 |
| 30 | 2024-10-29 |
Targeting CEBPA to restore cellular identity and tissue homeostasis in pulmonary fibrosis
2024-Jul-16, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175290
PMID:39012710
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研究论文 | 研究通过RNA-Seq数据挖掘和多种实验方法，探讨CEBPA在肺纤维化中的作用及其恢复细胞身份和组织稳态的机制 | 首次揭示CEBPA抑制与AT2细胞身份受损、组织稳态破坏和肺纤维化之间的直接机制联系 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证 | 阐明CEBPA在肺纤维化中的作用及其恢复细胞身份和组织稳态的机制 | CEBPA在肺纤维化中的作用及其对AT2细胞和组织稳态的影响 | NA | 肺纤维化 | RNA-Seq、scRNA-Seq、肺类器官、小分子抑制剂、基因操作 | NA | RNA | 条件性KO小鼠、肺类器官 |
| 31 | 2024-10-25 |
Spatial transcriptomics implicates impaired BMP signaling in NF1 fracture pseudarthrosis in murine and patient tissues
2024-Jul-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176802
PMID:38990653
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研究论文 | 本文通过空间转录组学研究了NF1缺陷小鼠和患者组织中骨折假关节形成过程中BMP信号通路的异常 | 首次通过空间转录组学分析揭示了NF1缺陷小鼠和患者骨折假关节形成过程中BMP信号通路的异常，并提供了潜在的治疗干预策略 | 研究仅限于小鼠模型和单个患者样本，需要进一步验证和扩展 | 探讨NF1缺陷小鼠和患者骨折假关节形成过程中的分子机制 | NF1缺陷小鼠和患者的骨折组织 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和单个患者样本 |
| 32 | 2024-10-25 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175047
PMID:38954467
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研究论文 | 研究探讨了肥胖状态下膈肌纤维化和脂肪生成间质扩张及其收缩功能障碍的机制 | 首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）在肥胖诱导的膈肌重塑和收缩功能障碍中的关键作用 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 探究肥胖状态下膈肌功能障碍的病理生理机制 | 肥胖小鼠的膈肌 | NA | 肥胖 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 野生型（WT）和Thbs1敲除（Thbs1-/-）小鼠的膈肌样本 |
| 33 | 2024-10-24 |
Molecular Organization of Autonomic, Respiratory, and Spinally-Projecting Neurons in the Mouse Ventrolateral Medulla
2024-Jul-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2211-23.2024
PMID:38918066
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，对小鼠延髓腹外侧区的自主神经、呼吸神经和脊髓投射神经元进行了分子组织分析 | 首次通过单细胞RNA测序技术，详细描述了小鼠延髓腹外侧区神经元的分子和细胞组织，并识别出23种神经元亚型和5种星形胶质细胞亚型 | 研究仅限于小鼠延髓腹外侧区，且未涵盖所有可能的神经元类型 | 旨在通过单细胞RNA测序技术，全面分析小鼠延髓腹外侧区神经元的分子和细胞组织 | 小鼠延髓腹外侧区的自主神经、呼吸神经和脊髓投射神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 114,805个延髓腹外侧区细胞 |
| 34 | 2024-10-24 |
Imputing abundance of over 2500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles
2024-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.31.605432
PMID:39131290
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组中大规模预测细胞表面蛋白的丰度 | SPIDER模型能够更好地泛化到各种上下文，如不同组织或疾病状态，并且能够预测超过2500种细胞表面蛋白的丰度 | NA | 开发一种能够从单细胞转录组数据中大规模预测细胞表面蛋白丰度的计算方法 | 细胞表面蛋白的丰度预测及其在细胞类型注释、生物标志物/靶点识别和细胞间相互作用分析中的应用 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 深度集成模型 | 转录组数据 | NA |
| 35 | 2024-10-24 |
Integrative, high-resolution analysis of single cells across experimental conditions with PARAFAC2
2024-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.29.605698
PMID:39131377
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研究论文 | 本文介绍了使用PARAFAC2方法对跨实验条件的单细胞数据进行高分辨率分析 | 提出了PARAFAC2方法，能够在不限制假设的情况下，灵活处理跨实验条件的单细胞数据，并有效分离条件间和细胞间的变异 | NA | 开发有效的工具来探索和分析大规模单细胞测量数据 | 单细胞RNA测序数据，特别是外周免疫细胞在药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本中的数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | PARAFAC2 | 基因表达数据 | 涉及药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本的单细胞RNA测序实验 |
| 36 | 2024-10-24 |
Modulation of Neuronal Excitability and Plasticity by BHLHE41 Conveys Lithium Non-Responsiveness
2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.25.605130
PMID:39372797
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研究论文 | 研究探讨了BHLHE41基因对锂非应答性的影响及其在神经元兴奋性和可塑性中的作用 | 首次揭示了BHLHE41基因在锂非应答性中的关键作用，并通过基因集富集分析和单细胞RNA测序等技术，深入研究了锂在神经元代谢和兴奋性中的细胞特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究锂非应答性的分子机制及其与BHLHE41基因的关系 | 双敲除突变小鼠（DKO）的神经元兴奋性和可塑性 | 神经科学 | 双相情感障碍 | 基因集富集分析、单细胞RNA测序、膜片钳记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据 | 双敲除突变小鼠（DKO） |
| 37 | 2024-10-24 |
Genetic evolution of keratinocytes to cutaneous squamous cell carcinoma
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604673
PMID:39091884
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研究论文 | 研究了表皮角质形成细胞向皮肤鳞状细胞癌的遗传演变过程 | 通过多组学分析和单细胞突变分析，揭示了皮肤癌变过程中分子转变的关键事件 | NA | 理解皮肤癌变过程中分子层面的转变 | 表皮角质形成细胞、光化性角化病和鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞突变分析、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 涉及正常皮肤、光化性角化病和鳞状细胞癌的多个样本 |
| 38 | 2024-10-24 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 研究了多能心脏咽部祖细胞在细胞周期驱动下获得多谱系能力的过程 | 首次揭示了转录组成熟过程与细胞周期进展之间的耦合关系，并提出了“行为能力”的概念 | 研究仅限于tunicate Ciona，可能不适用于其他物种 | 探讨多能心脏咽部祖细胞如何通过细胞周期进展获得多谱系能力 | 多能心脏咽部祖细胞及其在细胞周期不同阶段的转录组动态 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及tunicate Ciona的多能心脏咽部祖细胞 |
| 39 | 2024-10-24 |
The role of polycystic kidney disease-like homologs in planarian nervous system regeneration and function
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603829
PMID:39091889
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研究论文 | 研究了多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 首次全面分析了涡虫基因组中所有相关基因的表达和功能，并开发了用于机械感觉刺激获取和分析的自动化设置 | 对数十种神经亚型的功能了解仍然不足 | 探讨多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 涡虫的神经系统再生和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及无性和雌雄同体两种涡虫品系 |
| 40 | 2024-10-24 |
Transcriptional, developmental, and functional parallels of lymphatic and venous smooth muscle
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.18.604042
PMID:39091770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪和成像技术，探讨了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）的转录组和发育基础 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了LMCs和静脉SMCs的转录组相似性，并发现它们可能源自相关的间充质祖细胞 | 研究仅限于小鼠后肢的淋巴和静脉血管，未涵盖其他物种或组织 | 探讨淋巴肌肉细胞和静脉平滑肌细胞的转录组和发育基础，以理解其独特的收缩特性 | 淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs） | 生物医学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 小鼠后肢的LMCs和SMCs样本 |