单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 499 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Integration tools for scRNA-seq data and spatial transcriptomics sequencing data
2024-07-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae002
PMID:38267084
|
综述 | 本文系统整理了19种整合单细胞RNA测序数据与空间转录组测序数据的方法，为研究人员选择合适的数据整合方法提供参考 | 首次对19种scRNA-seq与空间转录组数据整合方法进行系统性分类和比较分析，强调高变异基因在不同技术注释中的应用 | 未对整合方法进行实证性能比较，主要基于方法原理进行理论分析 | 为研究人员选择单细胞RNA测序与空间转录组数据整合方法提供指导 | 单细胞RNA测序数据与空间转录组测序数据的整合方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 基因表达数据，空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
Improving cell type identification with Gaussian noise-augmented single-cell RNA-seq contrastive learning
2024-07-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad059
PMID:38242863
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研究论文 | 提出一种基于高斯噪声增强的单细胞RNA测序对比学习方法，用于改进细胞类型识别任务 | 首次将高斯噪声增强策略应用于单细胞RNA测序数据的对比学习，专门针对困难细胞类型识别任务进行优化 | 未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性，特别是困难细胞类型的识别 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
Integrating multi-omics data to analyze the potential pathogenic mechanism of CTSH gene involved in type 1 diabetes in the exocrine pancreas
2024-07-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad052
PMID:38050341
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据探索CTSH基因在1型糖尿病外分泌胰腺中的潜在致病机制 | 首次结合eQTL研究、GWAS汇总数据和单细胞转录组数据系统分析CTSH基因在1型糖尿病外分泌胰腺中的作用机制 | 研究结果主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探究CTSH基因在1型糖尿病发病机制中的潜在作用 | 1型糖尿病患者和健康对照者的胰腺组织 | 生物信息学 | 1型糖尿病 | eQTL分析, GWAS, 单细胞RNA测序, 单细胞WGCNA分析, 功能富集分析 | 基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR) | 基因组数据, 转录组数据 | 1型糖尿病患者和健康对照者的胰腺单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
SmartImpute: A Targeted Imputation Framework for Single-cell Transcriptome Data
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603649
PMID:39071378
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研究论文 | 提出一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute | 采用改进的生成对抗插补网络架构，专注于预定义标记基因，提高插补过程的生物学相关性和计算效率 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件问题 | 头颈部鳞状细胞癌和人类骨髓的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络(GAN) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
Detection of allele-specific expression in spatial transcriptomics with spASE
2024-Jul-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03317-4
PMID:38978101
|
研究论文 | 开发了一种名为spASE的计算框架，用于从空间转录组数据中检测和估计空间等位基因特异性表达 | 首次实现了在空间转录组数据中研究空间等位基因特异性表达，并采用涉及空间平滑样条加性混合的分层模型来解决细胞类型混合和低信噪比挑战 | NA | 开发检测空间等位基因特异性表达的计算方法 | 小鼠小脑和海马体 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 分层模型、空间平滑样条 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Slide-seq | 等位基因分辨的Visium和Slide-seq平台数据 |
| 26 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic profiling unveils insights into ovarian fibrosis in obese mice
2024-07-02, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-024-00496-9
PMID:38956667
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了肥胖小鼠卵巢纤维化的细胞机制 | 首次构建肥胖小鼠卵巢组织的单细胞图谱，发现SPP1-CD44和TNF-TNFrsf1α相互作用在卵巢纤维化中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究肥胖条件下导致不孕的精确细胞亚群及其分子机制 | 肥胖成年雌性小鼠的卵巢组织 | 数字病理学 | 卵巢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 肥胖模型小鼠组与对照组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-10-06 |
Functional genomics of the human epididymis: Further characterization of efferent ducts and model systems by single-cell RNA sequencing analysis
2024-Jul, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.13477
PMID:37301539
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析人类附睾输出管细胞组成并与体外培养模型进行比较 | 首次在单细胞水平上揭示人类附睾输出管的细胞类型组成，并发现具有膀胱和尿路上皮标记基因的特殊上皮细胞亚群 | 样本来源有限，组织获取困难 | 阐明人类附睾输出管的细胞身份特征及其与附睾头部的差异 | 人类附睾组织、原代人类附睾上皮细胞和类器官培养模型 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类附睾组织样本及体外培养模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium平台 |
| 28 | 2025-10-06 |
Impending HCC diagnosis in patients with cirrhosis after HCV cure features a natural killer cell signature
2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000804
PMID:38381525
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研究论文 | 本研究通过分析自然杀伤细胞特征，识别HCV治愈后肝硬化患者发生肝细胞癌的早期指标 | 首次发现TIM-3hi和CD38+在NK细胞上的持续共表达可作为HCV相关HCC发展的早期预测标志物 | 研究样本量有限，仅针对HCV相关肝硬化患者，需要更大规模验证 | 探索HCV治愈后肝硬化患者发生肝细胞癌的自然杀伤细胞特征 | HCV感染后肝硬化患者（发展为HCC和未发展为HCC两组）及健康对照 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序，功能分析实验 | NA | 单细胞测序数据，流式细胞术数据 | 8个队列覆盖HCC发展全过程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-06 |
Oleic acid-PPARγ-FABP4 loop fuels cholangiocarcinoma colonization in lymph node metastases microenvironment
2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000784
PMID:38377465
|
研究论文 | 本研究揭示了油酸-PPARγ-FABP4正反馈环路在促进胆管癌淋巴结转移微环境定植中的作用机制 | 首次发现淋巴结转移中胆管癌细胞的脂代谢重编程特征，并鉴定出油酸-PPARγ-FABP4正反馈环路的关键调控作用 | NA | 探究胆管癌在淋巴结微环境中定植的代谢重编程机制 | 胆管癌患者的原发肿瘤病灶和配对淋巴结转移灶 | 单细胞测序分析 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学,CRISPR/Cas9筛选 | NA | 单细胞转录组数据,代谢组数据 | 胆管癌患者的原发灶和淋巴结转移灶样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Alveolar macrophage-CD8 T cell interactions after acute lung allograft dysfunction: Insights from single-cell RNA sequencing
2024-07, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2024.03.003
PMID:38490571
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
Identification of a clinically efficacious CAR T cell subset in diffuse large B cell lymphoma by dynamic multidimensional single-cell profiling
2024-Jul, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00768-3
PMID:38750245
|
研究论文 | 通过动态多维单细胞分析鉴定弥漫性大B细胞淋巴瘤中具有临床疗效的CAR T细胞亚群 | 整合时间推移成像显微镜、亚细胞分析和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出具有多重功能的CD8-fit T细胞亚群 | 研究样本仅限于大B细胞淋巴瘤患者，需要进一步验证在其他恶性肿瘤中的适用性 | 鉴定CAR T细胞治疗中具有优越临床活性的T细胞亚群 | 大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | 单细胞分析 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 时间推移成像显微镜, 亚细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 显微镜图像数据 | 大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2025-10-06 |
DIMINISHED EXPRESSION OF GLS IN CD4 + T CELLS SERVES AS A PROGNOSTIC INDICATOR ASSOCIATED WITH CUPROPTOSIS IN SEPTIC PATIENTS
2024-07-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002370
PMID:38662604
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研究论文 | 本研究通过分析脓毒症患者铜死亡相关基因表达，发现CD4+T细胞中GLS表达降低可作为预后指标 | 首次将铜死亡相关基因表达与脓毒症患者免疫细胞亚群分类和预后关联，并发现GLS表达变化与铜螯合治疗的独特响应模式 | GLS表达变化与铜关联机制尚未完全阐明，需要进一步研究 | 探索脓毒症患者铜死亡相关分子标志物以辅助分层和改善预后 | 脓毒症患者外周血样本和Jurkat细胞系 | 免疫学 | 脓毒症 | scRNA-seq, WGCNA, 免疫印迹, 流式细胞术, 免疫荧光, CFSE分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 脓毒症患者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
Harnessing spatial transcriptomics for advancing plant regeneration research
2024-07, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2024.02.004
PMID:38418271
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研究论文 | 利用空间转录组学研究番茄愈伤组织芽再生过程中不同细胞的分子特征 | 首次应用空间转录组学技术研究植物芽再生过程，揭示不同细胞类型的分子特征 | NA | 提高对植物芽再生机制的理解 | 番茄愈伤组织中的芽原基和绿色组织细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
Advances in preclinical assessment of therapeutic targets for bladder cancer precision medicine
2024-Jul-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001177
PMID:38602053
|
综述 | 本文综述了膀胱癌精准医学领域的新型治疗靶点与治疗策略的最新进展 | 重点关注抗体药物偶联物联合免疫疗法、克服化疗耐药性策略、基因组改变靶向及单细胞RNA测序在肿瘤微环境表征中的应用 | NA | 梳理膀胱癌肿瘤异质性复杂性，改善患者个体化治疗结果 | 膀胱癌患者 | 精准医学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-10-06 |
Recent contributions of single-cell and spatial profiling to the understanding of bladder cancer
2024-Jul-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001183
PMID:38650456
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综述 | 总结单细胞和空间组学技术在膀胱癌研究中的最新进展及其对治疗策略开发的潜在影响 | 通过单细胞和空间组学技术揭示了膀胱癌肿瘤微环境的复杂性和异质性，发现了多种恶性细胞亚群及其与治疗反应的关系 | 将研究发现转化为临床实践和实施个性化治疗策略仍面临挑战 | 理解膀胱癌生物学特征并开发新型治疗策略 | 膀胱癌肿瘤微环境、细胞异质性和治疗反应 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,空间组学 | NA | 转录组数据,空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
New tools to study renal fibrogenesis
2024-07-01, Current opinion in nephrology and hypertension
IF:2.2Q2
DOI:10.1097/MNH.0000000000000988
PMID:38587103
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综述 | 本文综述了单细胞和空间多组学技术在研究肾脏纤维化机制中的最新进展和应用前景 | 强调了单细胞RNA测序和空间多组学技术为研究人类肾脏纤维化提供了新的研究途径，特别是在细胞谱系、细胞可塑性和细胞间通讯方面 | 需要精心设计和优化多组学实验以解决肾脏纤维化中的具体科学问题 | 探索肾脏纤维化的发病机制和病理过程 | 人类肾脏组织，包括健康肾脏和慢性肾脏病患者的肾脏样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间多组学技术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间多组学数据 | 健康人类肾脏和慢性肾脏病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间多组学 | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
FGF Signaling Regulates Development of the Anterior Fontanelle
2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.14.603452
PMID:39071418
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研究论文 | 本研究通过小鼠遗传学和单细胞转录组学揭示了FGF信号通过调控WNT信号通路调节前囟门闭合和额缝形成的机制 | 首次在前囟门中发现FGF-WNT信号回路，揭示了SCX+细胞区域选择性分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究FGF信号如何调控前囟门闭合和额缝形成的发育过程 | 小鼠前囟门发育过程中的细胞分化和信号通路 | 发育生物学 | 颅缝早闭症 | 单细胞转录组学，小鼠遗传学 | NA | 基因表达数据，空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
NDC80/HEC1 promotes macrophage polarization and predicts glioma prognosis via single-cell RNA-seq and in vitro experiment
2024-07, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14850
PMID:39021287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外实验探讨NDC80/HEC1在胶质瘤中的作用机制及其预后价值 | 首次发现HEC1通过促进巨噬细胞从M1向M2表型转化来调控肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证 | 探索HEC1在胶质瘤发生发展中的功能及其作为预后标志物的潜力 | 胶质瘤组织和细胞系 | 单细胞测序分析 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 体外实验, 共培养实验 | NA | RNA测序数据, 实验数据 | 人类胶质瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-06 |
Targeting MS4A4A: A novel pathway to improve immunotherapy responses in glioblastoma
2024-07, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14791
PMID:38997808
|
研究论文 | 本研究探索通过抑制MS4A4A驱动M2巨噬细胞向M1表型极化，以增强胶质母细胞瘤对PD-1免疫疗法的反应 | 首次揭示MS4A4A通过铁死亡途径调控巨噬细胞极化的新机制，并提出联合免疫检查点阻断治疗的新策略 | 研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索MS4A4A抑制在改善胶质母细胞瘤免疫治疗反应中的作用 | 胶质母细胞瘤相关的肿瘤相关巨噬细胞，特别是M2表型巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组分析，流式细胞术，Western blot | NA | 基因表达数据，空间分布数据，蛋白质数据 | 小鼠皮下和原位移植模型 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data
2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602230
PMID:39005368
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研究论文 | 介绍GeneSurfer交互式工具，用于探索3D空间转录组数据中的基因共表达模块 | 开发首个用于大规模数据集局部基因共表达探索性分析的交互式界面，支持转录组范围的基因过滤、聚类和功能注释 | NA | 开发工具探索3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |