单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-05	Deciphering the impact of aging on splenic endothelial cell heterogeneity and immunosenescence through single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jul-18, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00452-1 PMID:39026350	研究论文	本研究构建了年轻和老年小鼠脾脏内皮细胞转录组的单细胞RNA图谱	揭示了年龄相关的分子变化及内皮细胞与免疫细胞之间的潜在相互作用	本研究没有涉及人类脾脏内皮细胞的相关研究	探讨衰老对脾脏内皮细胞异质性和免疫衰老的影响	年轻和老年小鼠的脾脏内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共识别了十个内皮细胞簇
342	2024-08-04	Cell type mapping of inflammatory muscle diseases highlights selective myofiber vulnerability in inclusion body myositis 2024-Jul, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00645-9 PMID:38834884	研究论文	本研究揭示了与IBM相关的特定肌纤维脆弱性和细胞类型特异性驱动因素	通过单细胞RNA测序和空间转录组学的结合，识别了IBM与其他肌病的不同病理特征和细胞反应	对IBM病理进展的因果因素和分子驱动因素仍然了解不足	研究IBM的细胞类型特异性驱动因素及其与其他肌病的比较	聚焦于IBM患者肌肉活检样本中的细胞类型和基因表达特征	数字病理学	老年性肌肉疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	生物样本数据	来自IBM患者的肌肉活检样本
343	2024-08-05	Exercise rejuvenates microglia and reverses T cell accumulation in the aged female mouse brain 2024-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14172 PMID:38747044	研究论文	本研究探讨了运动对衰老女性小鼠大脑微胶质细胞的年轻化及T细胞积累的影响	展示了运动对老年微胶质细胞的选择性影响，并重新转变其基因表达特征	目前对运动如何具体影响认知的机制仍不明确	研究运动如何影响小鼠的脑龄化及相关细胞类型	18个月大的女性小鼠	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	18个月大的女性小鼠
344	2024-08-05	Perimenopausal and Menopausal Mammary Glands In A 4-Vinylcyclohexene Diepoxide Mouse Model 2024-Jul-17, Journal of mammary gland biology and neoplasia IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s10911-024-09569-x PMID:39017946	研究论文	该论文描述了一种新的小鼠模型，能够表征围绝经期和绝经期乳腺腺体。	创新点在于开发了4-乙烯基环己烯二醇小鼠模型，该模型能够精准模拟女性的围绝经期和绝经期状态。	该研究未明确提及对模型的其他潜在限制。	研究围绝经期和绝经期对乳腺癌的影响。	对4-乙烯基环己烯二醇处理的小鼠乳腺进行表征与分析。	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序	VCD小鼠模型	生物样本	实验中使用了处理的小鼠，但具体样本数量未提及
345	2024-08-05	The thalamic reticular nucleus orchestrates social memory 2024-Jul-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.04.013 PMID:38701789	研究论文	本文研究了感觉丘脑网状核中介导社会记忆的parvalbumin阳性神经元	揭示了sTRN神经元通过调节新的皮层-丘脑回路协调社会记忆的机制	研究中可能未涵盖所有影响社会记忆的神经元类型或回路	探讨sTRN神经元在社会记忆中的作用	老鼠的parvalbumin阳性神经元及其在社会记忆中的功能	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	生物化学数据	NA
346	2024-08-04	Integrative multi-omics analysis reveals cellular and molecular insights into primary Sjögren's syndrome 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33433 PMID:39027515	研究论文	本研究综合分析了基因组、转录组、蛋白质组和单细胞测序数据，以揭示原发性舍格伦综合征的分子基础	通过整合多组学数据，发现CTSS和GSTO1是潜在的生物标志物和治疗靶点	需要进一步研究以阐明潜在机制并开发针对这种复杂自身免疫疾病的靶向疗法	研究原发性舍格伦综合征的分子基础及探索潜在的治疗靶点	研究原发性舍格伦综合征患者的不同血细胞类型的差异表达基因	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组、转录组和蛋白质组数据	NA
347	2024-08-04	NDC80/HEC1 promotes macrophage polarization and predicts glioma prognosis via single-cell RNA-seq and in vitro experiment 2024-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14850 PMID:39021287	研究论文	该研究探讨了HEC1在胶质瘤中的功能及其对预后的影响	首次揭示了HEC1的过表达与胶质瘤预后不良和肿瘤微环境中的免疫抑制相关	研究主要集中在细胞实验和RNA-seq分析，临床应用尚需进一步验证	探讨HEC1在胶质瘤中的作用及其作为预后标志物的潜力	胶质瘤及其细胞系	数字病理学	胶质瘤	RNA-seq	NA	RNA序列数据	人类胶质瘤组织和细胞系
348	2024-08-04	Opening the Black Box: Spatial Transcriptomics and the Relevance of Artificial Intelligence-Detected Prognostic Regions in High-Grade Serous Carcinoma 2024-Jul, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100508 PMID:38704029	研究论文	本研究探讨了空间转录组学与人工智能识别的与预后相关区域在高等级浆液性癌中的相关性	该研究展示了AI引导的空间转录组分析改善了与患者预后相关的生物特征的识别	对肿瘤的异质性理解有限，且样本量相对较小	提高对高等级浆液性癌患者预后相关生物特征的理解	研究对象为16名接受初次减瘤手术和铂类化疗的高等级浆液性癌患者	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学	深度学习模型	组织样本	16名患者，分别为8名短期和长期化疗反应组
349	2024-08-05	Integrative profiling of untreated primary membranous nephropathy at the single-cell transcriptome level 2024-Jul, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfae168 PMID:39027416	研究论文	本研究在单细胞转录组水平上综合剖析了未治疗的原发性膜性肾病	首次利用单细胞RNA测序全面分析原发性膜性肾病患者的血液、肾脏和尿液样本，揭示了细胞成分和细胞间通信的变化	样本数量较少，仅包含五名患者，可能限制了结果的普遍性	探讨原发性膜性肾病的发病机制与潜在的干预策略	五名经活检证实的原发性膜性肾病患者	数字病理学	原发性膜性肾病	单细胞RNA测序	NA	血液、肾脏和尿液样本	五名患者的血液、肾脏和尿液样本
350	2024-08-05	Selectively T cell phosphorylation activation of azvudine in the thymus tissue with immune protection effect 2024-Jul, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.03.032 PMID:39027259	研究论文	本研究探讨了药物Azvudine在胸腺组织中选择性激活T细胞磷酸化的作用及其免疫保护效果	研究表明胸腺的免疫细胞对氟呱韦(FNC)表现出较强的代谢能力，并强调了磷酸化激酶在NA药物性质评估中的重要性	本研究主要在大鼠和树猕猴模型中进行，可能缺乏对人类患者的直接适用性	探讨Azvudine在处理COVID-19患者时的免疫保护机制	该研究的对象为大鼠和SARS-CoV-2树猕猴的胸腺组织	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学，蛋白质组学，平行反应监测（PRM）	NA	RNA，蛋白质	NA
351	2024-08-05	scBoolSeq: Linking scRNA-seq statistics and Boolean dynamics 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011620 PMID:38976751	研究论文	提出了一种名为scBoolSeq的方法，旨在将scRNA-seq数据与基因的布尔激活状态双向链接。	scBoolSeq能够通过计算统计标准和适应基因相关参数的概率模型，成功实现对scRNA-seq数据的二值化和从布尔模型生成合成数据。	将scRNA-seq数据特征与布尔状态链接是一项具有挑战性的任务。	研究目的在于实现scRNA-seq数据与布尔动力学之间的连接，以促进数据驱动的模型构建和验证。	研究对象包括基因及转录因子的激活状态以及scRNA-seq数据集。	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用参考的scRNA-seq数据集进行案例研究，具体样本量未明确说明
352	2024-08-05	Integrated single cell-RNA sequencing and Mendelian randomization for ischemic stroke and metabolic syndrome 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110240 PMID:39021802	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化，探讨代谢综合征与缺血性中风之间的分子机制和遗传关联	首次识别缺血性中风与代谢综合征之间的共同分子特征和遗传关联	未能深入探讨具体的代谢失调机制和环境因素的影响	理解代谢失调在缺血性中风中的作用	缺血性中风和代谢综合征之间的遗传关联	数字病理学	缺血性中风	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化	随机森林, Lasso回归, XGBoost	基因表达数据	涉及多个细胞群体的标准化数据集
353	2024-08-04	OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing 2024-Jul-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50194-3 PMID:39013860	研究论文	本文介绍了OmicVerse框架，该框架通过BulkTrajBlend算法弥补了单细胞测序中细胞的“遗漏”。	通过引入BulkTrajBlend算法，利用Beta-变分自编码器进行数据解卷积，并通过图神经网络发现重叠社区，提供了一种新颖的方法来恢复单细胞RNA测序数据中的遗漏细胞的连续性。	未提及具体的局限性	研究如何通过新的算法整合和分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，以提供更深入的生物学见解。	主要研究单细胞RNA测序数据中的缺失细胞，并探索如何使用bulk RNA-seq数据进行补充。	数字病理学	NA	RNA-seq	Beta-变分自编码器和图神经网络	RNA测序数据	NA
354	2024-08-04	scSemiProfiler: Advancing large-scale single-cell studies through semi-profiling with deep generative models and active learning 2024-Jul-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50150-1 PMID:39013867	研究论文	本文介绍了一种名为“scSemiProfiler”的创新计算框架，用于大规模单细胞研究的半概况化。	将深度生成模型与主动学习策略相结合，从而在大规模队列中推断单细胞谱系。	往往依赖于严格选择的代表性样本，可能对样本选择的质量有较高要求。	实现对单细胞的高效、经济的分析。	主要研究大型生物医学研究中细胞类型的分析。	数字病理学	NA	深度生成模型	NA	混合测序数据和单细胞测序数据	多组异质数据集
355	2024-08-05	Cellular heterogeneity and key subsets of tissue-resident memory T cells in cervical cancer 2024-Jul-16, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00637-3 PMID:39014148	研究论文	本研究分析了宫颈癌中组织驻留记忆T细胞的细胞异质性及其关键亚群	首次揭示了宫颈癌中组织驻留记忆T细胞的异质性及其在免疫反应中的作用	研究仅基于有限的样本数量和组织来源，可能无法涵盖所有的细胞特性	探讨组织驻留记忆T细胞在宫颈癌中的异质性及其对癌症免疫的贡献	来自11个宫颈癌组织和5个正常宫颈组织的组织驻留记忆T细胞及非组织驻留记忆T细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	12945个组织驻留记忆T细胞和25627个非组织驻留记忆T细胞
356	2024-08-05	Establishing an oxidative stress mitochondria-related prognostic model in hepatocellular carcinoma based on multi-omics characteristics and machine learning computational framework 2024-Jul-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01147-1 PMID:39014263	研究论文	本文建立了一种基于多组学特征和机器学习计算框架的氧化应激线粒体相关预后模型，用于肝细胞癌的预测	采用多种机器学习算法构建了一种包含26个基因的共识氧化应激线粒体相关标志物，并筛选出6个具有良好预后价值的基因	研究主要依赖于公共数据库数据，可能存在数据异质性和外部验证不足的问题	本文旨在探讨线粒体功能与氧化应激在肝细胞癌中的预后价值	研究对象为肝细胞癌患者的基因表达数据	机器学习	肝癌	基因表达分析，机器学习	多种机器学习算法	基因表达数据	使用来自TCGA、GEO和ICGC的HCC样本数据
357	2024-08-05	Single cell profiling to determine influence of wheeze and early-life viral infection on developmental programming of airway epithelium 2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.08.602506 PMID:39026695	研究论文	本研究旨在表征哮喘儿童气道上皮的发育表型及其与早期呼吸道病毒感染的关系	研究发现哮喘儿童的气道上皮在发育过程中表现出异常分化和基底细胞活化，这为理解哮喘的生物学基础提供了新见解	该研究主要集中于特定年龄段的儿童，可能无法代表所有年龄组的情况	探索幼儿哮喘与早期RSV感染对气道上皮发育编程的影响	从不同组别的哮喘与非哮喘儿童中收集的鼻气道上皮细胞	数字病理学	幼儿哮喘	单细胞RNA测序	NA	生物样本	共计涉及来自四个相互排斥组的儿童
358	2024-08-05	T-distributed Stochastic Neighbor Network for unsupervised representation learning 2024-Jul-09, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.neunet.2024.106520 PMID:39024709	研究论文	本文提出了一种简单的端到端T-分布随机邻居网络（TsNet）用于无监督表示学习和聚类下游任务	引入了适应性连接分布学习模块和基于T-分布随机邻居嵌入的损失函数，显著提高了表示的区分度	未提及具体的局限性	探索如何从通用数据中提取有意义的结构信息	通用数据的聚类表示学习，包括向量、图像和表格数据	机器学习	NA	RNA-seq	TsNet	图像，文本	涉及真实单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集的聚类
359	2024-08-04	Applications of single-cell multi-omics in liver cancer 2024-Jul, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101094 PMID:39022385	综述	本文探讨了单细胞多组学在肝癌研究中的应用。	强调通过整合多种单模态技术到单细胞分辨率的多组学方法中，推动个体化治疗的发展。	当前单细胞多组学在肝癌研究中的应用仍然有限。	旨在深入理解肝癌的生物学及其临床影响。	主要关注肝细胞癌（HCC）的细胞异质性及其治疗反应机制。	数字病理学	肝癌	单细胞测序技术	NA	NA	NA
360	2024-08-05	Unveiling mitochondrial and ribosomal gene deregulation and tumor microenvironment dynamics in acute myeloid leukemia 2024-Jul, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00788-2 PMID:38806621	研究论文	该研究揭示了急性髓系白血病中线粒体和核糖体基因的失调及肿瘤微环境的动态	使用机器学习方法重新分析scRNA-seq数据，识别急性髓系白血病中枝状细胞的基因模块失调和免疫信号通路的失衡	研究可能受到样本规模和数据来源的限制	深入理解急性髓系白血病细胞与肿瘤微环境之间的相互作用	急性髓系白血病患者的细胞与基因表达数据	机器学习	急性髓系白血病	scRNA-seq	正常Cox模型和人工神经网络模型	基因表达数据	CSC和G20队列的样本