单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 505 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-05 |
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2322864121
PMID:38976727
|
研究论文 | 本研究探讨了在伤口诱导下神经元的分化轨迹。 | 揭示了NFY转录因子在再生过程中如何调控神经元功能基因的表达，并揭示了神经分化通路的初始机制 | 研究主要集中在一种特定的高再生性生物上，结果的普遍适用性尚未验证 | 研究伤口诱导的转录调控事件如何导致神经元的产生和功能性大脑的形成 | 主要研究生物为高再生性的无肠虫，分析其在伤口下的转录变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据，转录组数据 | NA |
| 322 | 2024-08-05 |
Decoding ecosystem heterogeneity and transcriptional regulation characteristics of multi-subtype renal cell carcinoma
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33196
PMID:39044973
|
研究论文 | 本研究全面分析了肾细胞癌的细胞多样性和细胞间通信网络。 | 通过使用单细胞RNA测序技术，首次揭示了肾细胞癌亚型中特定的巨噬细胞和CAF细胞亚群及其作用状态。 | 研究未涉及所有可能的细胞类型和细胞间交互的全面性。 | 本研究旨在深入理解肾细胞癌的细胞异质性及其调控特征。 | 研究对象为不同亚型的肾细胞癌，重点分析巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞的功能状态。 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了多种肾癌亚型的单细胞RNA测序数据 |
| 323 | 2024-08-04 |
Exploring ABHD5 as a Lipid-Related Biomarker in Idiopathic Pulmonary Fibrosis: Integrating Machine Learning, Bioinformatics, and In Vitro Experiments
2024-Jul-24, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02107-1
PMID:39046603
|
研究论文 | 本研究探讨了ABHD5作为特发性肺纤维化(IPF)的脂质相关生物标志物的潜力 | 通过整合机器学习、生物信息学和体外实验，提出了ABHD5作为IPF新生物标志物的概念 | 研究可能存在样本量不足或特定数据集选择偏倚的问题 | 旨在探索IPF的脂质相关生物标志物及其机制 | 涉及特发性肺纤维化相关的数据集与细胞实验 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 机器学习、单细胞测序，细胞计数试剂盒-8，5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 涉及多个数据集和细胞实验，具体样本数量未提供 |
| 324 | 2024-08-04 |
Key factor screening in mouse NASH model using single-cell sequencing combined with machine learning
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33597
PMID:39040415
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习相结合，识别与非酒精性脂肪肝炎（NASH）进展密切相关的基因 | 结合单细胞RNA测序和深度学习技术，揭示了NASH相关基因与免疫细胞之间的关系 | NA | 识别与NASH进展相关的关键基因 | 小鼠NASH模型中的细胞群体和基因 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝炎 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因数据 | 比较Chow组和NASH组的细胞群体数据 |
| 325 | 2024-08-04 |
Mechanisms of regeneration: to what extent do they recapitulate development?
2024-Jul-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202541
PMID:39045847
|
回顾 | 该文章探讨了再生生物学中再生与发育的关系及其机制 | 提出了再生是一种更动态和可变的过程，并探讨了其对形态发生的新理解 | 未提及具体的实验数据或样本分析 | 研究再生与发育之间的关系及其背后的生物机制 | 主要集中在不同模型生物的再生机制 | 生物学 | NA | 单细胞转录组学, CRISPR系统 | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on drug response genes to predict prognosis and therapeutic response in ovarian cancer
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33367
PMID:39040239
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和大规模RNA测序识别出可预测卵巢癌预后和治疗反应的药物反应基因特征 | 首次结合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了高灵敏度和特异性的预后模型 | 未提及具体样本大小和多样性，可能影响模型的普适性 | 探索卵巢癌的可靠生物标志物，以预测药物反应和指导治疗选择 | 卵巢癌患者和其基因表达数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 327 | 2024-08-04 |
Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis
2024-Jul-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae028
PMID:38289873
|
研究论文 | 本文通过转录组分析，识别出Itih4作为动脉粥样硬化中特异性的平滑肌细胞基因。 | 首次确定Itih4为与动脉粥样硬化相关的平滑肌细胞特异性基因，并链接其与冠状动脉疾病的关系。 | 研究依赖于特定的转基因小鼠模型，可能限制结果的普适性。 | 探讨平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的基因表达变化。 | 使用SMCTRAP小鼠模型分析动脉粥样硬化相关的平滑肌细胞基因表达。 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 转译核糖体亲和纯化测序 | 转基因小鼠 | 组织样本 | 15个月大的SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的胸主动脉样本 |
| 328 | 2024-08-04 |
PARE: A framework for removal of confounding effects from any distance-based dimension reduction method
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012241
PMID:38985831
|
研究论文 | 本研究介绍了一种去除混杂效应的PARE框架，可应用于任何基于距离的降维方法 | PARE框架允许从任何距离基础的降维方法中去除混杂效应，扩展了降维方法的应用 | 暂无明显的限制提及 | 研究目标是开发一种去除混杂效应的框架，以提高生物学模式的可视化 | 研究对象包括基因组和神经影像数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 高维数据 | 涉及单细胞测序数据和神经影像测量的多种样本 |
| 329 | 2024-08-04 |
CAbiNet: joint clustering and visualization of cells and genes for single-cell transcriptomics
2024-Jul-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae480
PMID:38850160
|
研究论文 | 该文章介绍了一种用于单细胞转录组学数据的聚类和可视化的新方法 | 提出了基于网络的对应分析双聚类方法CAbiNet，该方法高效地进行细胞及其标记基因的共同聚类和可视化 | 文章未提及具体的限制 | 研究旨在提高单细胞RNA测序数据的聚类和可视化效果 | 研究对象是单细胞RNA测序数据中的细胞及其标记基因 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据 | NA |
| 330 | 2024-08-05 |
Development of robust antiviral assays using relevant apical-out human airway organoids
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.02.573939
PMID:38260306
|
研究论文 | 本研究介绍了具有反向生物极性的人的气道类器官，推动药物开发标准化。 | 提出了一种新型的气道类器官，能够高通量分析与病毒感染的相关性，具有重要临床意义。 | 本研究主要集中在SARS-CoV-2的研究上，可能限制了其在其他病毒研究中的应用。 | 探讨高通量气道类器官在抗病毒药物筛选中的应用。 | 研究对象为与SARS-CoV-2相关的人气道类器官。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 约100个细胞 |
| 331 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing, spatial transcriptome ad periodontitis: Rethink pathogenesis and classification
2024-07, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14761
PMID:37794757
|
综述 | 本综述阐明了单细胞RNA测序和空间转录组学在牙周炎中的应用 | 探讨了细胞群体和基因特征与牙周炎病因的相关性，带来了新的诊断思路 | 目前尚未确定与牙周炎相关的具体细胞或基因特征 | 研究单细胞测序和空间转录组学在牙周炎病理学和分类中的应用 | 人类的牙周炎相关研究 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST) | NA | 文献 | 22篇涉及人类的研究论文 |
| 332 | 2024-08-05 |
CTCF mutation at R567 causes developmental disorders via 3D genome rearrangement and abnormal neurodevelopment
2024-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49684-1
PMID:38951485
|
研究论文 | 本文探讨了CTCF R567W突变对发育紊乱的影响及其机制 | 研究首次揭示了CTCF突变如何通过3D基因组重构影响神经发育 | 仅探索了特定突变的影响，缺乏对其他CTCF突变的广泛分析 | 阐明CTCF突变对人类神经发育障碍的影响及其潜在机制 | 小鼠模型和人类胚胎干细胞衍生的皮层类器官模型 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠及其胚胎干细胞衍生的皮层类器官 |
| 333 | 2024-08-04 |
[Histone demethylase JMJD3 inhibits alveolar bone loss by regulating macrophage polarization in periodontitis]
2024-Jul-22, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去甲基化酶JMJD3在牙周炎中对巨噬细胞极化的调节作用及其对牙槽骨流失的影响 | 研究发现JMJD3在牙周炎组织中表达上调，并通过调节巨噬细胞极化在抑制牙槽骨损失中发挥保护作用 | 本研究缺乏长期观察数据，未能充分探讨JMJD3在不同阶段牙周炎中的功能 | 旨在研究JMJD3在牙周炎炎症组织中的表达及其调节机制 | 研究对象为健康人群和牙周炎患者的牙龈样本及小鼠牙周炎模型 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞测序、免疫组化染色、实时荧光定量PCR | 小鼠模型 | 生物样本数据 | 健康和炎症牙周患者各9个牙龈样本 |
| 334 | 2024-08-05 |
[Deciphering the fate of granulation tissue in the human inflammatory alveolar microenvironment using single-cell RNA sequencing]
2024-Jul-22, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
研究论文 | 本研究探讨了人类牙槽内颗粒组织的细胞组成及其异质性，通过单细胞转录组图谱阐明了炎症微环境中自然分解的潜在结果 | 本研究使用单细胞RNA测序构建了人类牙槽颗粒组织的单细胞图谱，揭示了炎症颗粒组织在不同微环境中的细胞序列变异及其时间空间分布模式 | 样本量相对较小，仅涉及12个牙槽颗粒组织，可能影响结果的普适性 | 研究炎症微环境中颗粒组织的自然分解过程及其细胞组成的变化 | 来自因牙周炎而拔除的牙齿的炎症颗粒组织 | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞、基因表达数据 | 涉及12个牙槽颗粒组织样本 |
| 335 | 2024-08-04 |
Skeletal stem cells in bone development, homeostasis, and disease
2024-Jul-20, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae008
PMID:38442300
|
综述 | 本文讨论了骨骼干细胞在骨发育、稳态和疾病中的作用 | 揭示了骨骼干细胞不是单一的，而是由不同的干细胞在不同的骨骼部位形成 | 未提及具体的局限性 | 旨在增强对骨骼干细胞多样性和可塑性的理解 | 研究对象为骨骼干细胞在不同条件下的特征 | 数字病理学 | NA | 荧光激活细胞分选、血统追踪、单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-08-04 |
Integration tools for scRNA-seq data and spatial transcriptomics sequencing data
2024-Jul-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae002
PMID:38267084
|
综述 | 本文汇编了19种整合单细胞RNA测序和空间转录组数据的方法 | 提供了一种全面的参考，帮助研究人员选择适合其特定研究目的的整合方法 | 每种方法有其自身的优缺点和适用范围，研究者需要根据实际情况进行选择 | 旨在帮助研究人员了解和选择适合的整合方法以分析scRNA-seq和空间转录组数据 | 整合单细胞RNA测序数据和空间转录组测序数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | RNA测序数据 | 19种整合方法 |
| 337 | 2024-08-04 |
Improving cell type identification with Gaussian noise-augmented single-cell RNA-seq contrastive learning
2024-Jul-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad059
PMID:38242863
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于高斯噪声增强的单细胞RNA测序对比学习方法以提高细胞类型识别 | 提出了一种新的高斯噪声增强的对比学习方法(GsRCL)，用于细胞类型识别任务 | 未提及具体的局限性 | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析中的细胞类型识别准确性 | 面向具有挑战性的细胞类型识别任务 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 大规模计算评估 |
| 338 | 2024-08-05 |
Single-cell immune landscape of measurable residual disease in acute myeloid leukemia
2024-Jul-19, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2666-8
PMID:39034351
|
研究论文 | 本研究揭示了急性髓性白血病中可测残留疾病的单细胞免疫景观 | 该论文利用单细胞RNA测序技术，创建了一个包含184,231个细胞的全面免疫景观，并发现MRD阳性和阴性CD8 T细胞在细胞毒性基因表达上的差异 | 本研究样本量较小，仅包含32名患者，可能影响结果的广泛适用性 | 研究可测残留疾病在急性髓性白血病中的免疫细胞特征及其转化机制 | 源自20名MRD阳性患者和12名MRD阴性患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 32个样本（20个MRD阳性患者和12个MRD阴性患者） |
| 339 | 2024-08-05 |
Integrating multi-omics data to analyze the potential pathogenic mechanism of CTSH gene involved in type 1 diabetes in the exocrine pancreas
2024-Jul-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad052
PMID:38050341
|
研究论文 | 本研究整合多组学数据分析CTSH基因在1型糖尿病外分泌胰腺中的潜在致病机制 | 通过整合eQTL、GWAS和单细胞转录组数据，确定了与1型糖尿病相关的四个潜在致病基因 | 未提及具体的局限性 | 探讨CTSH基因在1型糖尿病发病机制中的作用 | 分析1型糖尿病患者与健康对照的胰腺组织中的基因表达 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 包含1型糖尿病患者和健康对照的胰腺组织样本 |
| 340 | 2024-08-04 |
Identification of Immune Infiltration-related Molecular Features in Ovarian Cancer Patients and Experimental Validation of Immune Response Molecular Mechanisms through Integrated WGCNA, Machine Learning, and Single-cell Sequencing Analysis
2024-Jul-18, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
|
研究论文 | 本研究通过综合的WGCNA、机器学习和单细胞测序分析，探讨卵巢癌患者的免疫浸润相关分子特征及其免疫响应机制。 | 揭示了AIDPS在卵巢癌患者中的临床意义，并确认抑制RPL31的表达能够显著影响卵巢癌细胞的增殖和迁移。 | 研究主要基于公共数据库数据，实际临床验证需进一步加强。 | 旨在揭开卵巢癌的免疫响应机制，并为免疫基础治疗提供理论基础和治疗策略。 | 卵巢癌患者的免疫浸润相关分子特征 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、机器学习、加权基因共表达网络分析（WGCNA） | CoxBoost+StepCox | 基因表达数据 | 使用来自公共数据库的相关卵巢癌数据集，具体样本数量未详 |