本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-05 |
Oncostatin M-driven macrophage-fibroblast circuits as a drug target in autoimmune arthritis
2024-Jul-31, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-024-00347-0
PMID:39080781
|
研究论文 | 本研究揭示了在自身免疫性关节炎中由OSM驱动的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用作为潜在药物靶点 | 确定了OSM信号通路作为JAK抑制剂在体内的主要靶向通路,并证明了巨噬细胞-成纤维细胞电路在自身免疫性关节炎中的关键作用 | 本研究主要基于小鼠模型,可能无法完全应用于人类自身免疫性关节炎 | 确定JAK抑制剂在自身免疫性关节炎中的治疗靶点 | 以胶原诱导性关节炎小鼠为研究对象,探讨巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用 | 数字病理学 | 自身免疫性关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 胶原诱导性关节炎小鼠的实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 322 | 2024-08-04 |
Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae369
PMID:39082647
|
研究论文 | 本研究介绍了一种名为STREAM的新方法,用于推断来自单细胞转录组和染色质可及性数据的增强子驱动基因调控网络 | STREAM结合了Steiner森林问题模型、混合二聚簇管道和次模优化,提供了一种创新的推断方法 | NA | 研究基因调控程序在复杂生物系统中的作用 | 单细胞转录组和染色质可及性数据,以推断增强子驱动的基因调控网络 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病,弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤 | RNA-seq,ATAC-seq | 混合二聚簇,次模优化 | 文本 | 涉及阿尔茨海默病和弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 323 | 2024-08-05 |
Identification of a pro-protein synthesis osteosarcoma subtype for predicting prognosis and treatment
2024-07-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67547-z
PMID:39014082
|
研究论文 | 本研究识别了一种与前蛋白合成相关的骨肉瘤亚型,用于预测预后和治疗 | 提出了一种基于前蛋白合成骨肉瘤相关基因的预后模型,并通过单细胞RNA测序数据识别了七种骨肉瘤亚克隆类型 | 研究可能受限于公共数据库中的单细胞RNA测序数据,缺乏大规模临床验证 | 探讨骨肉瘤发展的机制及其治疗策略 | 主要关注与前蛋白合成相关的骨肉瘤相关基因及其在预后中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 324 | 2024-08-04 |
Elevated SLC3A2 associated with poor prognosis and enhanced malignancy in gliomas
2024-07-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-66484-1
PMID:38977800
|
研究论文 | 本研究探讨了SLC3A2在胶质瘤中的预后价值及其影响 | 首次阐明了SLC3A2在胶质瘤中与不良预后和恶性肿瘤特征的相关性 | 依赖公共数据库和临床样本,缺乏进一步的机制研究 | 明确SLC3A2在胶质瘤中的预后意义及其对肿瘤微环境的影响 | 胶质瘤样本及其相关的生物信息学数据 | 数字病理学 | 胶质瘤 | Cox回归分析,功能富集分析,CCK8,克隆形成,迁移和侵袭实验 | 正交胶质瘤异种移植模型 | 生物信息学数据,临床样本 | 使用多个公共数据库和临床胶质瘤样本进行评估 | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2024-08-04 |
Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb
2024-Jul-08, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01950-w
PMID:38978014
|
研究论文 | 本文介绍了MRCLinkdb数据库和算法,用于预测基于代谢物相关配体-受体相互作用的细胞间通讯 | MRCLinkdb整合并组织了与非蛋白质配体-受体相互作用相关的数据,填补了现有工具的空白 | 研究主要集中在文献和已知数据库中的相互作用,可能存在数据不全面的情况 | 本研究旨在开发一个数据库,以提供基于代谢物的细胞间通信预测工具 | 本文研究了人类和小鼠的代谢物-配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序,bulk RNA-seq/microarray | NA | 数据集 | 收集了790个人类和670个小鼠的代谢物-配体-受体相互作用 | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-08-04 |
Multiomics profiling of buffy coat and plasma unveils etiology-specific signatures in hepatocellular carcinoma
2024-Jul, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0042
PMID:38486508
|
研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了肝细胞癌中致病因素特异性的血液生物标志物。 | 研究提出了根据病毒感染综合分析得出的致病因素特异性基因表达模式,发现了与肝细胞癌相关的新的血液生物标志物。 | 结果需进一步验证,特别是在不同人群和多种致病因素下的普适性和准确性。 | 探索肝细胞癌中特定病因的血液生物标志物,以提高早期检测能力。 | 肝细胞癌患者的buff coat和血浆样本。 | 数字病理学 | 肝癌 | 全转录组测序(WTS)和靶向蛋白组学分析 | NA | 基因表达数据 | 来源于HCC患者的样本及多个独立数据集的DEGs验证 | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-08-05 |
Enhancer demethylation-regulated gene score identified molecular subtypes, inspiring immunotherapy or CDK4/6 inhibitor therapy in oesophageal squamous cell carcinoma
2024-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105177
PMID:38924839
|
研究论文 | 本研究识别了食管鳞状细胞癌的分子亚型,以指导免疫疗法或CDK4/6抑制剂治疗。 | 提出了一种增强子去甲基化调控基因评分模型(EDRGS),能够有效分类食管鳞状细胞癌的亚型,并预测不同肿瘤的治疗反应。 | 本研究的样本规模在不同癌症类型中有所不同,可能影响结果的推广性。 | 旨在识别肿瘤亚型分类的特征,从而实现精准的临床治疗。 | 研究对象为食管鳞状细胞癌患者及多个癌症类型的相关数据。 | 数字病理学 | 食管癌 | 多组学数据分析 | 机器学习模型 | 多组学数据 | 310个食管鳞状细胞癌样本,60个单细胞RNA序列样本,其他癌症类型的数据包括42个、181个和348个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 328 | 2024-08-04 |
Single-cell profiling of sarcomas from archival tissue reveals programs associated with resistance to immune checkpoint blockade
2024-Jul-31, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2976
PMID:39083415
|
研究论文 | 该文章探讨了如何从存档组织中进行肉瘤的单细胞分析,并揭示了与免疫检查点抑制剂抵抗相关的程序 | 提出了一种从冷冻组织中生成多模态单细胞基因组学和全基因组测序数据的新方法 | 由于肉瘤的结构复杂,使用尖端的分子分析方法生成高质量数据存在挑战 | 研究肉瘤的治疗机制及其对免疫检查点抑制剂的抵抗性 | 分析了来自两名接受免疫检查点抑制剂治疗患者的五个未分化多形性肉瘤和三个内膜肉瘤样本的细胞转录组 | 数字病理学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 75,716个细胞转录组,来自五个UPS和三个INS样本 | NA | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-08-04 |
Single-cell analysis revealed that MTIF2 could promote hepatocellular carcinoma progression through modulating the ROS pathway
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34438
PMID:39082024
|
研究论文 | 本研究分析了线粒体翻译起始因子2 (MTIF2) 在肝细胞癌 (HCC) 中的表达及其生物功能。 | 研究首次确认MTIF2通过调节反应性氧种 (ROS) 通路促进肝细胞癌的进展,并揭示了MTIF2与SOD2的相互作用。 | 研究可能缺乏临床试验验证和长期随访的数据。 | 探讨MTIF2在HCC中的表达及其在癌症发展的作用。 | 研究对象为HCC组织中MTIF2的表达及其在不同细胞类型中的作用。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | HCC组织和其旁癌组织中的10种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2024-08-04 |
Advances in targeting cancer-associated fibroblasts through single-cell spatial transcriptomic sequencing
2024-Jul-29, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00622-9
PMID:39075612
|
综述 | 本文总结了针对癌症相关成纤维细胞的最新研究进展 | 结合单细胞RNA测序与空间转录组学解决了癌症相关成纤维细胞的空间景观缺失问题 | 主要为综述文章,可能缺乏新的实验数据 | 探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤组织中的作用及其靶向方法 | 癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的角色 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 331 | 2024-08-05 |
Deciphering decidual deficiencies in recurrent spontaneous abortion and the therapeutic potential of mesenchymal stem cells at single-cell resolution
2024-Jul-29, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03854-6
PMID:39075579
|
研究论文 | 本研究探讨了复发性自发性流产中的蜕膜缺陷及间充质干细胞的治疗潜力。 | 首次在单细胞分辨率下评估WJ-MSCs对复发性自发性流产的治疗作用,并识别了新的细胞亚群。 | 目前对WJ-MSCs在复发性自发性流产中作用机制的理解仍然有限。 | 研究复发性自发性流产的病因及WJ-MSCs作为潜在治疗方法的有效性。 | 以小鼠模型为基础,研究正常妊娠组、复发性自发性流产组和WJ-MSC治疗组的蜕膜组织。 | 数字病理学 | 复发性自发性流产 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 鼠模型 | 蜕膜组织样本 | 包括正常妊娠、小鼠复发性流产和WJ-MSC治疗组的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2024-08-04 |
Sequencing the transcriptome of single cells: a path to discovering cellular biodiversity
2024-07-01, Postepy biochemii
DOI:10.18388/pb.2021_532
PMID:39083470
|
研究论文 | 这篇文章介绍了单细胞转录组学(scRNA-Seq)技术及其在生物医学、发育生物学和植物生物学中的重要应用 | 该研究展示了通过scRNA-Seq技术发现细胞多样性及其发育过程的新方法 | 本文未提及具体的实验局限性 | 研究单细胞转录组学技术的实验与计算部分 | 涉及组织、类器官、细胞及整个生物体的研究 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | NA | 生成的数据分析 | 可以分析数万到百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2024-08-05 |
Coexpression enhances cross-species integration of single-cell RNA sequencing across diverse plant species
2024-07, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-024-01738-4
PMID:38937637
|
研究论文 | 本研究展示了共表达如何增强不同植物物种中单细胞RNA测序的跨物种整合 | 利用共表达减小多对多同源基因家族,从而识别一对一的基因对,提升了传统整合方法的性能 | NA | 探讨通过基因表达和细胞类型组成驱动的跨物种差异 | 不同植物物种中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2024-08-05 |
CD34+ synovial fibroblasts exhibit high osteogenic potential in synovial chondromatosis
2024-Jul, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-024-03892-9
PMID:38602543
|
研究论文 | 本研究旨在识别在滑膜软骨症中异常分化的祖细胞和可能的致病信号通路 | 识别了滑膜软骨症中CD34+滑膜成纤维细胞的高骨生成潜力及其相关信号通路 | 研究的样本来源于关节置换手术,可能存在样本选择偏差 | 识别滑膜软骨症中的异常分化祖细胞及相关的信号通路 | 来自滑膜软骨症患者的滑膜样本和组织细胞 | 数字病理学 | 滑膜软骨症 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 滑膜软骨症患者的样本和来自骨关节炎的对照样本 | NA | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-08-05 |
Detecting novel cell type in single-cell chromatin accessibility data via open-set domain adaptation
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae370
PMID:39073828
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为OVAAnno的自动细胞类型注释方法,能够在单细胞ATAC-seq数据中检测未知细胞类型 | 提出了利用开放集领域适应的技术来检测在训练集中不存在的未知细胞类型 | 未提及具体的局限性 | 研究如何在单细胞数据中进行细胞类型注释,尤其是检测未知类型 | 单细胞ATAC-seq和scRNA-seq数据中的细胞类型 | 计算机视觉 | NA | 开放集领域适应 | NA | 单细胞ATAC-seq和scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-08-05 |
CD106 in Tumor-Specific Exhausted CD8+ T Cells Mediates Immunosuppression by Inhibiting TCR Signaling
2024-Jul-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0453
PMID:38635899
|
研究论文 | 本研究发现CD106在肿瘤特异性耗尽的CD8+ T细胞中特别表达,并通过抑制TCR信号传导介导免疫抑制 | 揭示了CD106在肿瘤微环境中耗尽的CD8+ T细胞中的免疫抑制作用,并提出其作为癌症免疫治疗的潜在生物标志物和治疗靶点 | NA | 探讨CD106在肿瘤微环境中对CD8+ T细胞免疫抑制的作用机制 | CD8+ T细胞及其在肿瘤微环境中的表达和功能 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2024-08-05 |
Vaccine Therapy for Heart Failure Targeting the Inflammatory Cytokine Igfbp7
2024-Jul-30, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本文研究了针对炎性细胞因子Igfbp7的疫苗治疗心力衰竭的效果 | 提出了通过疫苗靶向Igfbp7改善老化内皮细胞引起的心脏功能障碍的创新方法 | 研究主要在小鼠模型上进行,临床应用的验证尚未完成 | 探究炎性细胞因子Igfbp7在心力衰竭中的作用及其作为疫苗靶点的可能性 | 研究对象为小鼠模型和心力衰竭患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序、毛细管电泳-飞行时间-质谱系统 | AAV9(腺相关病毒血清型9) | 组织样本 | 使用了小鼠模型和心力衰竭患者的组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-08-04 |
Unveiling heterogeneity and prognostic markers in ductal breast cancer through single-cell RNA-seq
2024-Jul-27, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03325-1
PMID:39068476
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了导管乳腺癌的细胞异质性及其预后标志物 | 首次通过单细胞RNA测序分析乳腺癌细胞的异质性,识别CYP24A1和TFPI2作为潜在的预后标志物 | 研究主要依赖生物信息学分析,可能缺乏大规模临床样本验证 | 调查导管乳腺癌细胞的异质性机制及潜在预后标志物 | 导管乳腺癌细胞,特别是Type 1和Type 2导管上皮细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso回归,Cox比例风险回归 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-08-07 |
Developing a simple and rapid method for cell-specific transcriptome analysis through laser microdissection: insights from citrus rind with broader implications
2024-Jul-27, Plant methods
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13007-024-01242-y
PMID:39068421
|
研究论文 | 本文开发了一种简单快速的激光显微切割方法,用于细胞特异性转录组分析,并通过柑橘皮的研究展示了其有效性 | 本文省略了样本固定和防冻剂添加步骤,采用新鲜样本快速冷冻并立即进行冷冻切片,缩短了脱水时间并省略了组织清除步骤,提高了RNA提取的质量和效率 | NA | 开发一种改进的、简单且高效的激光显微切割方法,用于细胞特异性转录组分析 | 柑橘皮组织及其细胞 | 分子生物学 | NA | 激光显微切割、下一代测序 | NA | 转录组数据 | 柑橘皮组织的多个厚度切片 | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-08-04 |
IRF8 deficiency-induced myeloid-derived suppressor cell promote immune evasion in lung adenocarcinoma
2024-Jul-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05519-7
PMID:39049031
|
研究论文 | 该文章探讨了IRF8缺乏如何通过促进骨髓来源抑制细胞(MDSCs)影响肺腺癌的免疫逃逸机制 | 发现IRF8是LUAD骨髓细胞中MDSC分化的重要调节因子,并通过IL6-JAK-STAT3信号通路调节MDSC的分化 | 未提及样本的具体来源及其多样性,可能影响结果的广泛适用性 | 探索肺腺癌患者的肿瘤免疫逃逸机制,以期扩展受益于免疫疗法的患者群体 | 以954个肺腺癌患者的RNA-seq数据和15个单细胞RNA-seq数据为研究对象 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 954个肺腺癌患者的群体数据和15个单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |