单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-05	Perimenopausal and Menopausal Mammary Glands In A 4-Vinylcyclohexene Diepoxide Mouse Model 2024-Jul-17, Journal of mammary gland biology and neoplasia IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s10911-024-09569-x PMID:39017946	研究论文	该论文描述了一种新的小鼠模型，能够表征围绝经期和绝经期乳腺腺体。	创新点在于开发了4-乙烯基环己烯二醇小鼠模型，该模型能够精准模拟女性的围绝经期和绝经期状态。	该研究未明确提及对模型的其他潜在限制。	研究围绝经期和绝经期对乳腺癌的影响。	对4-乙烯基环己烯二醇处理的小鼠乳腺进行表征与分析。	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序	VCD小鼠模型	生物样本	实验中使用了处理的小鼠，但具体样本数量未提及
322	2024-08-05	The thalamic reticular nucleus orchestrates social memory 2024-Jul-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.04.013 PMID:38701789	研究论文	本文研究了感觉丘脑网状核中介导社会记忆的parvalbumin阳性神经元	揭示了sTRN神经元通过调节新的皮层-丘脑回路协调社会记忆的机制	研究中可能未涵盖所有影响社会记忆的神经元类型或回路	探讨sTRN神经元在社会记忆中的作用	老鼠的parvalbumin阳性神经元及其在社会记忆中的功能	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	生物化学数据	NA
323	2024-08-04	Integrative multi-omics analysis reveals cellular and molecular insights into primary Sjögren's syndrome 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33433 PMID:39027515	研究论文	本研究综合分析了基因组、转录组、蛋白质组和单细胞测序数据，以揭示原发性舍格伦综合征的分子基础	通过整合多组学数据，发现CTSS和GSTO1是潜在的生物标志物和治疗靶点	需要进一步研究以阐明潜在机制并开发针对这种复杂自身免疫疾病的靶向疗法	研究原发性舍格伦综合征的分子基础及探索潜在的治疗靶点	研究原发性舍格伦综合征患者的不同血细胞类型的差异表达基因	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组、转录组和蛋白质组数据	NA
324	2024-08-04	NDC80/HEC1 promotes macrophage polarization and predicts glioma prognosis via single-cell RNA-seq and in vitro experiment 2024-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14850 PMID:39021287	研究论文	该研究探讨了HEC1在胶质瘤中的功能及其对预后的影响	首次揭示了HEC1的过表达与胶质瘤预后不良和肿瘤微环境中的免疫抑制相关	研究主要集中在细胞实验和RNA-seq分析，临床应用尚需进一步验证	探讨HEC1在胶质瘤中的作用及其作为预后标志物的潜力	胶质瘤及其细胞系	数字病理学	胶质瘤	RNA-seq	NA	RNA序列数据	人类胶质瘤组织和细胞系
325	2024-08-04	Opening the Black Box: Spatial Transcriptomics and the Relevance of Artificial Intelligence-Detected Prognostic Regions in High-Grade Serous Carcinoma 2024-Jul, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100508 PMID:38704029	研究论文	本研究探讨了空间转录组学与人工智能识别的与预后相关区域在高等级浆液性癌中的相关性	该研究展示了AI引导的空间转录组分析改善了与患者预后相关的生物特征的识别	对肿瘤的异质性理解有限，且样本量相对较小	提高对高等级浆液性癌患者预后相关生物特征的理解	研究对象为16名接受初次减瘤手术和铂类化疗的高等级浆液性癌患者	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学	深度学习模型	组织样本	16名患者，分别为8名短期和长期化疗反应组
326	2024-08-05	Single-cell analysis reveals lasting immunological consequences of influenza infection and respiratory immunization in the pig lung 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011910 PMID:39024231	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析流感病毒感染及呼吸道免疫接种在猪肺部的免疫学后果	首次建立了猪支气管肺泡灌洗细胞的参考图谱，并揭示了流感感染和呼吸道免疫接种的持久免疫学影响	本研究的样本量和时间点可能限制了对长期免疫影响的全面理解	探讨流感病毒感染和呼吸道免疫接种对猪的免疫反应的影响	研究对象为感染H1N1pdm09和接种腺病毒载体疫苗的小猪	数字病理	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和流式细胞术	NA	基因表达数据	21天后在猪支气管肺泡灌洗中分析的主要白细胞亚群
327	2024-08-05	Integrative profiling of untreated primary membranous nephropathy at the single-cell transcriptome level 2024-Jul, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfae168 PMID:39027416	研究论文	本研究在单细胞转录组水平上综合剖析了未治疗的原发性膜性肾病	首次利用单细胞RNA测序全面分析原发性膜性肾病患者的血液、肾脏和尿液样本，揭示了细胞成分和细胞间通信的变化	样本数量较少，仅包含五名患者，可能限制了结果的普遍性	探讨原发性膜性肾病的发病机制与潜在的干预策略	五名经活检证实的原发性膜性肾病患者	数字病理学	原发性膜性肾病	单细胞RNA测序	NA	血液、肾脏和尿液样本	五名患者的血液、肾脏和尿液样本
328	2024-08-05	Selectively T cell phosphorylation activation of azvudine in the thymus tissue with immune protection effect 2024-Jul, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.03.032 PMID:39027259	研究论文	本研究探讨了药物Azvudine在胸腺组织中选择性激活T细胞磷酸化的作用及其免疫保护效果	研究表明胸腺的免疫细胞对氟呱韦(FNC)表现出较强的代谢能力，并强调了磷酸化激酶在NA药物性质评估中的重要性	本研究主要在大鼠和树猕猴模型中进行，可能缺乏对人类患者的直接适用性	探讨Azvudine在处理COVID-19患者时的免疫保护机制	该研究的对象为大鼠和SARS-CoV-2树猕猴的胸腺组织	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学，蛋白质组学，平行反应监测（PRM）	NA	RNA，蛋白质	NA
329	2024-08-05	Osteostaticytes: A novel osteoclast subset couples bone resorption and bone formation 2024-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.06.010 PMID:39027343	研究论文	本文揭示了一种新的骨巨噬细胞亚群，连接骨吸收和骨形成	首次识别了一种在骨重塑逆转阶段具有较高趋化活性的骨巨噬细胞亚群，即骨静态细胞（OSTs）	研究中未详细探讨不同分化状态下的骨巨噬细胞对骨重塑的具体贡献和机制	阐明骨髓炎后骨愈合的细胞和分子机制	研究正常、感染和修复状态下的人类皮质骨的细胞特征	数字病理学	骨髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠胫骨骨折模型及与骨髓炎相关的胫骨骨折模型	组织样本	使用了正常和感染状态下的人类骨标本，以及小鼠模型
330	2024-08-05	scBoolSeq: Linking scRNA-seq statistics and Boolean dynamics 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011620 PMID:38976751	研究论文	提出了一种名为scBoolSeq的方法，旨在将scRNA-seq数据与基因的布尔激活状态双向链接。	scBoolSeq能够通过计算统计标准和适应基因相关参数的概率模型，成功实现对scRNA-seq数据的二值化和从布尔模型生成合成数据。	将scRNA-seq数据特征与布尔状态链接是一项具有挑战性的任务。	研究目的在于实现scRNA-seq数据与布尔动力学之间的连接，以促进数据驱动的模型构建和验证。	研究对象包括基因及转录因子的激活状态以及scRNA-seq数据集。	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用参考的scRNA-seq数据集进行案例研究，具体样本量未明确说明
331	2024-08-05	CCN1 Is a Therapeutic Target for Reperfused Ischemic Brain Injury 2024-Jul-19, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01279-0 PMID:39028413	研究论文	本研究展示了CCN1在再灌注缺血脑损伤中作为治疗靶点的潜力	揭示了脑膜淋巴系统在调节缺血再灌注阶段全身炎症中的重要作用，并首次确定了CCN1作为新型治疗靶点	缺乏对缺血再灌注后脑膜淋巴系统更深层次机制的探讨	探讨CCN1在缺血再灌注脑损伤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	主要研究缺血再灌注后的脑损伤及相关的炎症反应	数字病理学	脑卒中	单细胞RNA测序	NA	生物样本	NA
332	2024-08-05	Integrated single cell-RNA sequencing and Mendelian randomization for ischemic stroke and metabolic syndrome 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110240 PMID:39021802	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化，探讨代谢综合征与缺血性中风之间的分子机制和遗传关联	首次识别缺血性中风与代谢综合征之间的共同分子特征和遗传关联	未能深入探讨具体的代谢失调机制和环境因素的影响	理解代谢失调在缺血性中风中的作用	缺血性中风和代谢综合征之间的遗传关联	数字病理学	缺血性中风	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化	随机森林, Lasso回归, XGBoost	基因表达数据	涉及多个细胞群体的标准化数据集
333	2024-08-04	OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing 2024-Jul-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50194-3 PMID:39013860	研究论文	本文介绍了OmicVerse框架，该框架通过BulkTrajBlend算法弥补了单细胞测序中细胞的“遗漏”。	通过引入BulkTrajBlend算法，利用Beta-变分自编码器进行数据解卷积，并通过图神经网络发现重叠社区，提供了一种新颖的方法来恢复单细胞RNA测序数据中的遗漏细胞的连续性。	未提及具体的局限性	研究如何通过新的算法整合和分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，以提供更深入的生物学见解。	主要研究单细胞RNA测序数据中的缺失细胞，并探索如何使用bulk RNA-seq数据进行补充。	数字病理学	NA	RNA-seq	Beta-变分自编码器和图神经网络	RNA测序数据	NA
334	2024-08-04	scSemiProfiler: Advancing large-scale single-cell studies through semi-profiling with deep generative models and active learning 2024-Jul-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50150-1 PMID:39013867	研究论文	本文介绍了一种名为“scSemiProfiler”的创新计算框架，用于大规模单细胞研究的半概况化。	将深度生成模型与主动学习策略相结合，从而在大规模队列中推断单细胞谱系。	往往依赖于严格选择的代表性样本，可能对样本选择的质量有较高要求。	实现对单细胞的高效、经济的分析。	主要研究大型生物医学研究中细胞类型的分析。	数字病理学	NA	深度生成模型	NA	混合测序数据和单细胞测序数据	多组异质数据集
335	2024-08-05	Cellular heterogeneity and key subsets of tissue-resident memory T cells in cervical cancer 2024-Jul-16, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00637-3 PMID:39014148	研究论文	本研究分析了宫颈癌中组织驻留记忆T细胞的细胞异质性及其关键亚群	首次揭示了宫颈癌中组织驻留记忆T细胞的异质性及其在免疫反应中的作用	研究仅基于有限的样本数量和组织来源，可能无法涵盖所有的细胞特性	探讨组织驻留记忆T细胞在宫颈癌中的异质性及其对癌症免疫的贡献	来自11个宫颈癌组织和5个正常宫颈组织的组织驻留记忆T细胞及非组织驻留记忆T细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	12945个组织驻留记忆T细胞和25627个非组织驻留记忆T细胞
336	2024-08-05	Establishing an oxidative stress mitochondria-related prognostic model in hepatocellular carcinoma based on multi-omics characteristics and machine learning computational framework 2024-Jul-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01147-1 PMID:39014263	研究论文	本文建立了一种基于多组学特征和机器学习计算框架的氧化应激线粒体相关预后模型，用于肝细胞癌的预测	采用多种机器学习算法构建了一种包含26个基因的共识氧化应激线粒体相关标志物，并筛选出6个具有良好预后价值的基因	研究主要依赖于公共数据库数据，可能存在数据异质性和外部验证不足的问题	本文旨在探讨线粒体功能与氧化应激在肝细胞癌中的预后价值	研究对象为肝细胞癌患者的基因表达数据	机器学习	肝癌	基因表达分析，机器学习	多种机器学习算法	基因表达数据	使用来自TCGA、GEO和ICGC的HCC样本数据
337	2024-08-05	Single cell profiling to determine influence of wheeze and early-life viral infection on developmental programming of airway epithelium 2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.08.602506 PMID:39026695	研究论文	本研究旨在表征哮喘儿童气道上皮的发育表型及其与早期呼吸道病毒感染的关系	研究发现哮喘儿童的气道上皮在发育过程中表现出异常分化和基底细胞活化，这为理解哮喘的生物学基础提供了新见解	该研究主要集中于特定年龄段的儿童，可能无法代表所有年龄组的情况	探索幼儿哮喘与早期RSV感染对气道上皮发育编程的影响	从不同组别的哮喘与非哮喘儿童中收集的鼻气道上皮细胞	数字病理学	幼儿哮喘	单细胞RNA测序	NA	生物样本	共计涉及来自四个相互排斥组的儿童
338	2024-08-05	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602313 PMID:39026724	研究论文	该研究探讨了上皮IKKβ缺失在过敏性食管炎发病机制中的作用	该研究首次证实了上皮IKKβ/NFκB信号通路在过敏性食管炎中的重要性	研究主要基于小鼠模型，可能与人类病理机制存在差异	探讨上皮IKKβ/NFκB信号在过敏性食管炎发病机制中的作用	使用条件性Ikkβ敲除小鼠模型研究过敏性食管炎	数字病理学	过敏性食管炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	使用IkkβEEC-KO小鼠进行实验，未明确提供样本数量
339	2024-08-04	Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation 2024-Jul-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022 PMID:38772365	研究论文	本研究揭示了皮肤上皮与类型17免疫之间的代谢协调如何维持慢性皮肤炎症。	文章创新性在于揭示了上皮和免疫细胞之间的代谢层次结构及其对炎症的影响	未具体说明在临床应用中的局限性	探究免疫和上皮细胞的代谢需求如何共同影响慢性皮肤炎症	研究涉及小鼠模型及人类银屑病病变	数字病理学	皮肤炎症	单细胞和空间转录组学，免疫荧光	小鼠模型	转录组数据	涉及人类银屑病病变和小鼠炎症模型
340	2024-08-05	T-distributed Stochastic Neighbor Network for unsupervised representation learning 2024-Jul-09, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.neunet.2024.106520 PMID:39024709	研究论文	本文提出了一种简单的端到端T-分布随机邻居网络（TsNet）用于无监督表示学习和聚类下游任务	引入了适应性连接分布学习模块和基于T-分布随机邻居嵌入的损失函数，显著提高了表示的区分度	未提及具体的局限性	探索如何从通用数据中提取有意义的结构信息	通用数据的聚类表示学习，包括向量、图像和表格数据	机器学习	NA	RNA-seq	TsNet	图像，文本	涉及真实单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集的聚类