单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 509 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-05 |
Pathological mechanisms and novel drug targets in fibrotic interstitial lung disease
2024-Jul-19, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-024-00345-2
PMID:39026335
|
研究论文 | 本研究探讨了纤维性间质性肺病中的病理机制和新药靶点 | 识别出新的病理机制，代表了目前正在临床开发的新药靶点 | 未详细讨论研究方法的局限性 | 阐明肺间质性疾病纤维化进展的病理机制 | 以纤维性间质性肺病患者作为研究对象 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序技术 | NA | NA | NA |
| 302 | 2024-08-05 |
Association of CD8+TILs co-expressing granzyme A and interferon-γ with colon cancer cells in the tumor microenvironment
2024-Jul-19, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12605-y
PMID:39030523
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研究论文 | 本研究探讨了共表达颗粒酶A和干扰素-γ的CD8肿瘤浸润淋巴细胞与结肠癌细胞之间的关系 | 揭示了GZMA和IFN-γ共表达的CD8TILs如何调节GSDMB表达的肿瘤细胞及其在结肠癌免疫微环境中的重要作用 | 结论主要基于临床样本和单细胞RNA测序数据，样本数量及其代表性可能限制了结果的普适性 | 阐明GZMA和IFN-γ共表达CD8TILs与结肠癌细胞的相互作用及其对患者预后的影响 | 结肠癌患者样本中的CD8TILs及其与GSDMB表达细胞的相互作用 | 数字病理学 | 结肠癌 | 多色免疫组化 (mIHC) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 组织样本 | NA |
| 303 | 2024-08-04 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the gene expression profile and the critical signaling pathways of type II CPAM
2024-Jul-18, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-024-01276-8
PMID:39026356
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研究论文 | 这项研究通过综合分析大宗和单细胞RNA测序，揭示了II型先天性肺气道畸形（CPAM）的基因表达谱和关键信号通路 | 首次结合大宗RNA-seq和单细胞RNA-seq，深入揭示CPAM的基因表达及细胞间通信网络 | 仅分析了CPAM患者术后的样本，可能未能全面反映疾病的全貌 | 探讨与II型CPAM发病机制相关的基因表达及潜在的治疗靶点 | 以II型CPAM患者的囊性区域和邻近正常组织的样本为研究对象 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 术后提取的样本来自II型CPAM患者的囊性区域和邻近正常组织 |
| 304 | 2024-08-05 |
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2322864121
PMID:38976727
|
研究论文 | 本研究探讨了在伤口诱导下神经元的分化轨迹。 | 揭示了NFY转录因子在再生过程中如何调控神经元功能基因的表达，并揭示了神经分化通路的初始机制 | 研究主要集中在一种特定的高再生性生物上，结果的普遍适用性尚未验证 | 研究伤口诱导的转录调控事件如何导致神经元的产生和功能性大脑的形成 | 主要研究生物为高再生性的无肠虫，分析其在伤口下的转录变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据，转录组数据 | NA |
| 305 | 2024-08-05 |
Decoding ecosystem heterogeneity and transcriptional regulation characteristics of multi-subtype renal cell carcinoma
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33196
PMID:39044973
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研究论文 | 本研究全面分析了肾细胞癌的细胞多样性和细胞间通信网络。 | 通过使用单细胞RNA测序技术，首次揭示了肾细胞癌亚型中特定的巨噬细胞和CAF细胞亚群及其作用状态。 | 研究未涉及所有可能的细胞类型和细胞间交互的全面性。 | 本研究旨在深入理解肾细胞癌的细胞异质性及其调控特征。 | 研究对象为不同亚型的肾细胞癌，重点分析巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞的功能状态。 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了多种肾癌亚型的单细胞RNA测序数据 |
| 306 | 2024-08-04 |
Exploring ABHD5 as a Lipid-Related Biomarker in Idiopathic Pulmonary Fibrosis: Integrating Machine Learning, Bioinformatics, and In Vitro Experiments
2024-Jul-24, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02107-1
PMID:39046603
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研究论文 | 本研究探讨了ABHD5作为特发性肺纤维化(IPF)的脂质相关生物标志物的潜力 | 通过整合机器学习、生物信息学和体外实验，提出了ABHD5作为IPF新生物标志物的概念 | 研究可能存在样本量不足或特定数据集选择偏倚的问题 | 旨在探索IPF的脂质相关生物标志物及其机制 | 涉及特发性肺纤维化相关的数据集与细胞实验 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 机器学习、单细胞测序，细胞计数试剂盒-8，5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 涉及多个数据集和细胞实验，具体样本数量未提供 |
| 307 | 2024-08-04 |
Key factor screening in mouse NASH model using single-cell sequencing combined with machine learning
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33597
PMID:39040415
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习相结合，识别与非酒精性脂肪肝炎（NASH）进展密切相关的基因 | 结合单细胞RNA测序和深度学习技术，揭示了NASH相关基因与免疫细胞之间的关系 | NA | 识别与NASH进展相关的关键基因 | 小鼠NASH模型中的细胞群体和基因 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝炎 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因数据 | 比较Chow组和NASH组的细胞群体数据 |
| 308 | 2024-08-04 |
Mechanisms of regeneration: to what extent do they recapitulate development?
2024-Jul-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202541
PMID:39045847
|
回顾 | 该文章探讨了再生生物学中再生与发育的关系及其机制 | 提出了再生是一种更动态和可变的过程，并探讨了其对形态发生的新理解 | 未提及具体的实验数据或样本分析 | 研究再生与发育之间的关系及其背后的生物机制 | 主要集中在不同模型生物的再生机制 | 生物学 | NA | 单细胞转录组学, CRISPR系统 | NA | NA | NA |
| 309 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on drug response genes to predict prognosis and therapeutic response in ovarian cancer
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33367
PMID:39040239
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和大规模RNA测序识别出可预测卵巢癌预后和治疗反应的药物反应基因特征 | 首次结合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了高灵敏度和特异性的预后模型 | 未提及具体样本大小和多样性，可能影响模型的普适性 | 探索卵巢癌的可靠生物标志物，以预测药物反应和指导治疗选择 | 卵巢癌患者和其基因表达数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 310 | 2024-08-04 |
Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis
2024-Jul-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae028
PMID:38289873
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研究论文 | 本文通过转录组分析，识别出Itih4作为动脉粥样硬化中特异性的平滑肌细胞基因。 | 首次确定Itih4为与动脉粥样硬化相关的平滑肌细胞特异性基因，并链接其与冠状动脉疾病的关系。 | 研究依赖于特定的转基因小鼠模型，可能限制结果的普适性。 | 探讨平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的基因表达变化。 | 使用SMCTRAP小鼠模型分析动脉粥样硬化相关的平滑肌细胞基因表达。 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 转译核糖体亲和纯化测序 | 转基因小鼠 | 组织样本 | 15个月大的SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的胸主动脉样本 |
| 311 | 2024-08-04 |
Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma
2024-Jul, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15375
PMID:38886907
|
研究论文 | 本研究探讨了EGFR阴性肺腺癌中M2肿瘤相关巨噬细胞基因特征的免疫景观和药物预测 | 构建了基于M2-TAM的预后特征，揭示了EGFR阴性肺腺癌的免疫景观，并预测了免疫治疗反应 | 可能缺乏大样本验证，临床适用性需进一步研究 | 改善EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果 | EGFR阴性肺腺癌（LUAD）患者 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和大规模RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | NA |
| 312 | 2024-08-04 |
PARE: A framework for removal of confounding effects from any distance-based dimension reduction method
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012241
PMID:38985831
|
研究论文 | 本研究介绍了一种去除混杂效应的PARE框架，可应用于任何基于距离的降维方法 | PARE框架允许从任何距离基础的降维方法中去除混杂效应，扩展了降维方法的应用 | 暂无明显的限制提及 | 研究目标是开发一种去除混杂效应的框架，以提高生物学模式的可视化 | 研究对象包括基因组和神经影像数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 高维数据 | 涉及单细胞测序数据和神经影像测量的多种样本 |
| 313 | 2024-08-04 |
CAbiNet: joint clustering and visualization of cells and genes for single-cell transcriptomics
2024-Jul-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae480
PMID:38850160
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研究论文 | 该文章介绍了一种用于单细胞转录组学数据的聚类和可视化的新方法 | 提出了基于网络的对应分析双聚类方法CAbiNet，该方法高效地进行细胞及其标记基因的共同聚类和可视化 | 文章未提及具体的限制 | 研究旨在提高单细胞RNA测序数据的聚类和可视化效果 | 研究对象是单细胞RNA测序数据中的细胞及其标记基因 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据 | NA |
| 314 | 2024-08-05 |
Development of robust antiviral assays using relevant apical-out human airway organoids
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.02.573939
PMID:38260306
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研究论文 | 本研究介绍了具有反向生物极性的人的气道类器官，推动药物开发标准化。 | 提出了一种新型的气道类器官，能够高通量分析与病毒感染的相关性，具有重要临床意义。 | 本研究主要集中在SARS-CoV-2的研究上，可能限制了其在其他病毒研究中的应用。 | 探讨高通量气道类器官在抗病毒药物筛选中的应用。 | 研究对象为与SARS-CoV-2相关的人气道类器官。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 约100个细胞 |
| 315 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing, spatial transcriptome ad periodontitis: Rethink pathogenesis and classification
2024-07, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14761
PMID:37794757
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综述 | 本综述阐明了单细胞RNA测序和空间转录组学在牙周炎中的应用 | 探讨了细胞群体和基因特征与牙周炎病因的相关性，带来了新的诊断思路 | 目前尚未确定与牙周炎相关的具体细胞或基因特征 | 研究单细胞测序和空间转录组学在牙周炎病理学和分类中的应用 | 人类的牙周炎相关研究 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST) | NA | 文献 | 22篇涉及人类的研究论文 |
| 316 | 2024-08-05 |
CTCF mutation at R567 causes developmental disorders via 3D genome rearrangement and abnormal neurodevelopment
2024-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49684-1
PMID:38951485
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研究论文 | 本文探讨了CTCF R567W突变对发育紊乱的影响及其机制 | 研究首次揭示了CTCF突变如何通过3D基因组重构影响神经发育 | 仅探索了特定突变的影响，缺乏对其他CTCF突变的广泛分析 | 阐明CTCF突变对人类神经发育障碍的影响及其潜在机制 | 小鼠模型和人类胚胎干细胞衍生的皮层类器官模型 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠及其胚胎干细胞衍生的皮层类器官 |
| 317 | 2024-08-04 |
[Histone demethylase JMJD3 inhibits alveolar bone loss by regulating macrophage polarization in periodontitis]
2024-Jul-22, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去甲基化酶JMJD3在牙周炎中对巨噬细胞极化的调节作用及其对牙槽骨流失的影响 | 研究发现JMJD3在牙周炎组织中表达上调，并通过调节巨噬细胞极化在抑制牙槽骨损失中发挥保护作用 | 本研究缺乏长期观察数据，未能充分探讨JMJD3在不同阶段牙周炎中的功能 | 旨在研究JMJD3在牙周炎炎症组织中的表达及其调节机制 | 研究对象为健康人群和牙周炎患者的牙龈样本及小鼠牙周炎模型 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞测序、免疫组化染色、实时荧光定量PCR | 小鼠模型 | 生物样本数据 | 健康和炎症牙周患者各9个牙龈样本 |
| 318 | 2024-08-05 |
[Deciphering the fate of granulation tissue in the human inflammatory alveolar microenvironment using single-cell RNA sequencing]
2024-Jul-22, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 本研究探讨了人类牙槽内颗粒组织的细胞组成及其异质性，通过单细胞转录组图谱阐明了炎症微环境中自然分解的潜在结果 | 本研究使用单细胞RNA测序构建了人类牙槽颗粒组织的单细胞图谱，揭示了炎症颗粒组织在不同微环境中的细胞序列变异及其时间空间分布模式 | 样本量相对较小，仅涉及12个牙槽颗粒组织，可能影响结果的普适性 | 研究炎症微环境中颗粒组织的自然分解过程及其细胞组成的变化 | 来自因牙周炎而拔除的牙齿的炎症颗粒组织 | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞、基因表达数据 | 涉及12个牙槽颗粒组织样本 |
| 319 | 2024-08-04 |
Skeletal stem cells in bone development, homeostasis, and disease
2024-Jul-20, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae008
PMID:38442300
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综述 | 本文讨论了骨骼干细胞在骨发育、稳态和疾病中的作用 | 揭示了骨骼干细胞不是单一的，而是由不同的干细胞在不同的骨骼部位形成 | 未提及具体的局限性 | 旨在增强对骨骼干细胞多样性和可塑性的理解 | 研究对象为骨骼干细胞在不同条件下的特征 | 数字病理学 | NA | 荧光激活细胞分选、血统追踪、单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 320 | 2024-08-04 |
Integration tools for scRNA-seq data and spatial transcriptomics sequencing data
2024-Jul-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae002
PMID:38267084
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综述 | 本文汇编了19种整合单细胞RNA测序和空间转录组数据的方法 | 提供了一种全面的参考，帮助研究人员选择适合其特定研究目的的整合方法 | 每种方法有其自身的优缺点和适用范围，研究者需要根据实际情况进行选择 | 旨在帮助研究人员了解和选择适合的整合方法以分析scRNA-seq和空间转录组数据 | 整合单细胞RNA测序数据和空间转录组测序数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | RNA测序数据 | 19种整合方法 |