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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-14 |
Investigation into the role of H2-Ab1 in vascular remodeling in pulmonary arterial hypertension via Bioinformatics
2024-Jul-15, BMC pulmonary medicine
IF:2.6Q2
DOI:10.1186/s12890-024-03156-w
PMID:39010027
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法探讨H2-Ab1在肺动脉高压血管重塑中的作用 | 通过WGCNA和差异分析筛选出与肺动脉高压相关的关键基因H2-Ab1,并验证其在肺动脉高压发展中的作用 | NA | 探索肺动脉高压的生物标志物,以增进对该疾病的理解 | H2-Ab1基因在肺动脉高压中的作用 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | WGCNA, 差异分析, qRT-PCR, Western Blot | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 使用GSE49114, GSE180169, GSE154959数据集,涉及906个关键模块基因和576个差异表达基因 | NA | NA | NA | NA |
| 302 | 2024-08-13 |
Advancements in Research and Treatment Applications of Patient-Derived Tumor Organoids in Colorectal Cancer
2024-Jul-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16152671
PMID:39123399
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综述 | 本文综述了患者来源的肿瘤类器官(PDTOs)在结直肠癌(CRC)治疗中的应用,作为一种新型的药物抗性筛选工具 | PDTOs能够重现肿瘤的结构、细胞异质性和基因组景观,是一种有价值的体外预测药物筛选工具 | NA | 探讨PDTOs在预测结直肠癌治疗反应、药物抗性和生物标志物识别方面的潜力 | 结直肠癌及其治疗中的药物抗性问题 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 类器官 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 303 | 2024-08-13 |
Decoding Clonal Hematopoiesis: Emerging Themes and Novel Mechanistic Insights
2024-Jul-24, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16152634
PMID:39123361
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综述 | 本文综述了克隆性造血(CH)的细胞机制及其与炎症因子的关系 | 揭示了CH在老年人群中的普遍性及早期启动的可能性,并探讨了环境因素通过异常炎症促进克隆扩增和疾病进展的机制 | 克隆性造血现象的许多方面仍待阐明,精确机制、特定环境下的驱动因素及克隆扩增途径尚未完全建立 | 探讨克隆性造血的细胞机制及其与炎症因子的关系 | 克隆性造血及其相关疾病 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 304 | 2024-08-13 |
VNN2-expressing circulating monocytes exhibit unique functional characteristics and are decreased in patients with primary Sjögren's syndrome
2024-Jul, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2024.103275
PMID:38936146
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研究论文 | 本研究旨在阐明外周血单核细胞中VNN2表达的意义及其在原发性干燥综合征(pSS)中的临床相关性 | 研究首次发现VNN2在单核细胞中的高表达,并探讨了其在pSS中的潜在作用和诊断价值 | 研究主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术,未涉及VNN2功能的具体机制研究 | 阐明VNN2在原发性干燥综合征中的临床意义 | 外周血单核细胞中的VNN2表达 | NA | 原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 305 | 2024-08-11 |
Integration of miRNA in exosomes and single-cell RNA-seq profiles in endemic osteoarthritis, Kashin-Beck disease
2024 Jul-Aug, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2033
PMID:38156801
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研究论文 | 研究整合了外泌体中的miRNA和单细胞RNA测序数据,以探索卡欣-贝克病(KBD)中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法 | 首次综合分析了KBD患者血清和软骨细胞来源的外泌体miRNA与单细胞RNA测序数据,揭示了外泌体miRNA可能在通过细胞间通讯调节不同KBD软骨细胞群基因表达中的潜在作用 | NA | 探索卡欣-贝克病中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法 | 卡欣-贝克病(KBD)中的软骨细胞及其外泌体miRNA | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 血清来源的外泌体中鉴定出20个差异表达miRNA,软骨细胞来源的外泌体中鉴定出53个差异表达miRNA,以及16,063和57,316个预测目标基因 | NA | NA | NA | NA |
| 306 | 2024-08-10 |
Integrative and comprehensive pan-cancer analysis of ubiquitin specific peptidase 11 (USP11) as a prognostic and immunological biomarker
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34523
PMID:39114046
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研究论文 | 本文通过综合分析多个来源的数据,评估了泛癌研究中作为预后和免疫生物标志物的重要性 | 首次全面评估了在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的预测作用 | NA | 研究作为泛癌研究中的预后和免疫生物标志物的作用 | 在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的影响 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括五个免疫治疗队列,三十三个TCGA队列,十六个GEO队列,其中两个涉及单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 307 | 2024-08-10 |
Targeting CD73 limits tumor progression and enhances anti-tumor activity of anti-PD-1 therapy in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Jul-13, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05869-1
PMID:39002018
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研究论文 | 本研究旨在探讨免疫检查点阻断疗法(ICBs)在肝内胆管癌(iCCA)中疗效不佳的潜在机制,并探索基于ICB的合理联合治疗方案 | 发现CD73抑制剂AB680能限制肿瘤进展并增强GC化疗或抗PD-1治疗的疗效,同时有效引发抗肿瘤免疫反应 | NA | 解析免疫检查点阻断疗法在肝内胆管癌中疗效不佳的潜在机制,并探索有效的联合治疗方案 | 肝内胆管癌(iCCA)患者及肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序、Western blot、时间飞行质谱(CyTOF) | NA | 基因表达数据、蛋白质信号通路数据、免疫细胞功能数据 | 使用GSE151530数据集进行分析,构建了皮下肿瘤异种移植模型和自发性的AKT/NICD诱导的鼠iCCA模型 | NA | NA | NA | NA |
| 308 | 2024-08-10 |
Deletion of the Mitochondrial Membrane Protein Fam210b Is Associated with the Development of Systemic Lupus Erythematosus
2024-Jul-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25137253
PMID:39000360
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9方法构建Fam210b基因敲除小鼠,探讨Fam210b在系统性红斑狼疮(SLE)中的作用 | 首次实验证明Fam210b基因敲除与SLE发病机制的相关性,并揭示了通过ROS过量产生引发SLE的可能性 | NA | 验证Fam210b在SLE中的作用及其可能的分子机制 | Fam210b基因敲除小鼠及其在SLE中的表现 | NA | 系统性红斑狼疮 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞测序数据 | Fam210b基因敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 309 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic insights into chemotherapy-induced remodeling of the osteosarcoma tumor microenvironment
2024-Jul-20, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05787-2
PMID:39033089
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了化疗前后骨肉瘤患者的肿瘤样本,揭示了化疗对肿瘤微环境的复杂影响 | 研究发现化疗导致骨肉瘤细胞表达更多与干细胞相关的基因,并增强了癌症相关成纤维细胞的能力,同时增加了内皮细胞的数量但降低了其分化能力 | NA | 深入了解化疗如何重塑骨肉瘤的局部环境,以推进骨肉瘤治疗方案的发展 | 骨肉瘤患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 化疗前后收集的骨肉瘤患者肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 310 | 2024-08-08 |
Identifying MSMO1, ELOVL6, AACS, and CERS2 related to lipid metabolism as biomarkers of Parkinson's disease
2024-07-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68585-3
PMID:39080336
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研究论文 | 本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法,识别与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物。 | 首次将MSMO1, ELOVL6, AACS, 和CERS2作为与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物进行研究。 | NA | 旨在识别与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物。 | 帕金森病患者中的脂质代谢相关基因。 | 生物信息学 | 帕金森病 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR | 反向传播神经网络 | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 311 | 2024-08-08 |
Sustained generation of neurons destined for neocortex with oxidative metabolic upregulation upon filamin abrogation
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110199
PMID:38989458
|
研究论文 | 本文研究了在小鼠模型中通过抑制Flna和Flnb基因,成年V-SVZ区域是否能持续产生类似上层大脑皮层神经元的神经元 | 首次展示了成年V-SVZ区域通过上调氧化磷酸化、线粒体生物合成和血管丰富度,能够持续产生类似上层大脑皮层神经元的神经元 | NA | 探讨成年V-SVZ区域是否具有产生大脑皮层神经元的能力 | 小鼠模型中的V-SVZ区域 | 神经科学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 312 | 2024-08-07 |
Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction
2024-07-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67537-1
PMID:39068182
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型,深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能 | 揭示了11种不同的微胶质细胞亚群,并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络,同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型,用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性 | NA | 深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制,并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度 | 阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 313 | 2024-08-07 |
Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data
2024-07-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68054-x
PMID:39048596
|
研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞测序数据,在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征,用于胃癌的分层 | 首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征,并验证了其对预后和治疗反应的预测能力 | NA | 开发基于免疫衰老的基因特征,用于胃癌的分层和治疗选择 | 胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 测序技术 | 随机森林算法,多元Cox算法 | 转录组数据,单细胞数据 | 训练集为TCGA-STAD队列,验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列,以及复旦队列 | NA | NA | NA | NA |
| 314 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma
2024-07-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-65090-5
PMID:39043683
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研究论文 | 本研究旨在探讨内质网应激(ERS)在头颈部鳞状细胞癌(HNSC)中的预测价值及其与肿瘤微环境(TME)的相关性 | 本研究开发了一个由三个基因(ATF6, TRIB3, UBXN6)组成的ERS相关签名,具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值 | NA | 研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSC)中的内质网应激(ERS)相关基因及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序 | NA | mRNA, 单细胞RNA测序数据 | 基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 315 | 2024-08-07 |
Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients
2024-07-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55375-0
PMID:39034310
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,系统筛选多个数据库,以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞(CAFs)的最强标记,特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估 | 首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境(TME)组中的独特作用,并确定COL1A1为最有效的CAF标记 | 研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用,这可能导致临床应用中的混淆和障碍 | 旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 316 | 2024-08-07 |
Fatecode enables cell fate regulator prediction using classification-supervised autoencoder perturbation
2024-Jul-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100819
PMID:38986613
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研究论文 | 本文提出了一种名为Fatecode的计算方法,用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞命运调控因子 | Fatecode利用深度学习分类监督自编码器学习单细胞RNA测序数据的潜在表示,并通过在潜在表示上进行模拟扰动实验来预测基因 | NA | 加速疾病或损伤后的恢复 | 细胞命运调控因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 不同生物的血液和大脑发育的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 317 | 2024-08-07 |
scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae371
PMID:39060167
|
研究论文 | 本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA,用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断 | scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布(ZINB)损失函数,结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略,优化了低表达基因的贡献 | NA | 开发一种新的细胞类型推断方法,以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力机制、图卷积网络(GCN) | 基因表达数据 | 15个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 318 | 2024-08-07 |
Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622
PMID:38917802
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研究论文 | 本研究分析了进行性多灶性白质脑病(PML)患者脑脊液(CSF)中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞,以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞,揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因 | NA | 研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用 | 进行性多灶性白质脑病(PML)患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞 | NA | 进行性多灶性白质脑病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 319 | 2024-08-07 |
Monitoring melanoma patients on treatment reveals a distinct macrophage population driving targeted therapy resistance
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101611
PMID:38942020
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者中耐药和响应肿瘤的细针抽吸物,揭示了与靶向治疗耐药相关的特定巨噬细胞群体。 | 发现了与靶向治疗耐药相关的POSTN基因及其信号传导的巨噬细胞群体,并证明了这些巨噬细胞通过CD44受体直接保护黑色素瘤细胞免受MEKi诱导的杀伤。 | NA | 揭示黑色素瘤靶向治疗耐药的机制 | 黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 320 | 2024-08-07 |
Deciphering the role of ferroptosis in rheumatoid arthritis: Synovial transcriptome analysis and immune infiltration correlation
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33648
PMID:39091931
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和免疫浸润相关性探讨铁死亡在类风湿性关节炎中的作用 | 首次揭示了铁死亡相关基因在类风湿性关节炎中的表达及其与免疫细胞浸润的关系,并验证了TIMP1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探讨铁死亡在类风湿性关节炎发病机制中的作用 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 转录组差异基因分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、受试者工作特征(ROC)曲线分析、单细胞测序 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据 | 来自类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本 | NA | NA | NA | NA |