单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-05	Whole-genome sequences reveal zygotic composition in chimeric twins 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100301 PMID:38773773	研究论文	该研究使用全基因组测序揭示了嵌合双胞胎的合子组成	本研究首次精确理解双胞胎的合子组成，并展示了在血液组织中细胞交换的历史	研究仅限于一种特定的双胞胎和三胞胎家庭，样本量较小	探讨人类发育过程中双胞胎的细胞历史	研究了一个三胞胎家庭和一个双胞胎家庭的合子组成	数字病理学	NA	全基因组测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，血液组织样本	一组三胞胎和一对双胞胎
282	2024-08-05	Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells 2024-Jul-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202740 PMID:38884383	研究论文	该文章探讨了mRNA不稳定性如何增强小鼠生精细胞启动减数分裂的能力	本文首次揭示了MEIOC在减数分裂启动前促进生精细胞转录组变化的机制	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全推广至其他物种	研究MEIOC如何在生精细胞中分子层面上支持减数分裂的早期阶段	小鼠生精细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq和bulk RNA-seq	NA	转录组数据	开发同步的小鼠生精细胞样本
283	2024-08-04	Diffusion on PCA-UMAP Manifold: The Impact of Data Structure Preservation to Denoise High-Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-Jul-09, Biology DOI:10.3390/biology13070512 PMID:39056705	研究论文	该文章提出了一种基于PCA-UMAP扩散的方法来去噪高维单细胞RNA测序数据	通过使用PCA-UMAP扩散方法，增强了数据结构的保持，优化了PCA维度和扩散参数的使用	未明确提及	解决单细胞转录组学中数据噪声和低效转录捕获的问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	高维单细胞数据	经过多种scRNA-seq数据集验证
284	2024-08-05	Deciphering lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy response through an AI-driven stemness-related gene signature 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18564 PMID:39046884	研究论文	本文构建了一个基于人工智能的干性相关基因特征，解读肺腺癌预后和免疫治疗反应	该研究首次建立了干性相关基因特征，并分解了肺腺癌的预后和免疫治疗反应	研究中对干性基因特征与免疫环境的关联探索可能受到样本量和数据类型的限制	提升肺腺癌的预后准确性，以优化个性化免疫治疗策略	研究对象为肺腺癌（LUAD）细胞和相关基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	AI网络（传统回归、机器学习、深度学习）	基因组数据	使用LUAD细胞系进行的实验验证
285	2024-08-05	MLRR-ATV: A Robust Manifold Nonnegative LowRank Representation with Adaptive Total-Variation Regularization for scRNA-seq Data Clustering 2024-Jul-24, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3432740 PMID:39046863	研究论文	本文提出了一种新的单细胞聚类方法MLRR-ATV，用于分析scRNA-seq数据	引入了自适应全变分正则化来降低噪声的影响，同时保留数据中的线性和非线性流形结构	模型为非凸，优化过程可能会受到局部最优解的影响	研究单细胞RNA测序数据的聚类方法	聚类分析的对象为单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	低秩表示模型	数据集	八个真实的scRNA-seq数据集
286	2024-08-04	A single-cell pan-cancer analysis to show the variability of tumor-infiltrating myeloid cells in immune checkpoint blockade 2024-Jul-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50478-8 PMID:39034339	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润性髓系细胞在免疫检查点抑制中的变异性	通过单细胞转录组学进行全癌症类型分析，揭示了TIMs在不同癌症类型中的丰度和动力学行为的显著变化	在研究中可能未考虑所有癌症类型或个体差异，样本量相对有限	研究肿瘤微环境中TIMs的功能以及它们与肿瘤浸润淋巴细胞的相互作用	192个来自129名患者的肿瘤样本中的肿瘤浸润性髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	肿瘤样本	192个肿瘤样本
287	2024-08-04	Unraveling Spatial Domain Characterization in Spatially Resolved Transcriptomics with Robust Graph Contrastive Clustering 2024-Jul-16, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae451 PMID:39012523	研究论文	本文开发了一种深度图对比聚类框架stDGCC，能够准确揭示空间领域	本文通过显式建模空间信息和基因表达特征，提出了一种新颖的空间图节点嵌入模型，优化了特征学习与拓扑结构的保留	NA	研究空间转录组学中的基因表达及其空间分布	从不同平台获取的各种空间转录组数据集	数字病理学	NA	对比学习	图神经网络	基因表达数据	各种空间转录组数据集，空间分辨率各异
288	2024-08-04	Unveiling diabetic nephropathy: a novel diagnostic model through single-cell sequencing and co-expression analysis 2024-Jul-03, Aging DOI:10.18632/aging.205982 PMID:38968594	研究论文	本研究通过单细胞测序和共表达分析揭示了糖尿病肾病的潜在生物标志物和诊断模型	创新点在于首次探索了程序性细胞死亡的新类型——二硫酸死亡在糖尿病肾病中的重要性，并建立了基于该机制的诊断模型	本研究的局限在于使用的样本来自公开数据集，可能存在数据的多样性和异质性问题	研究的目的是揭示糖尿病肾病中二硫酸死亡的作用及其作为早期诊断生物标志物的潜力	研究对象为糖尿病肾病患者与健康对照组的细胞样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	包括糖尿病肾病患者和健康对照的样本数据分析
289	2024-08-05	Characterize molecular signatures and establish a prognostic signature of gastric cancer by integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2024-Jul-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01168-w PMID:39044041	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，特征化胃癌的分子特征并建立预后特征。	通过整合不同维度的数据，识别了226个候选标记基因，并开发了一个高预测准确度的预后模型。	疾病的异质性和分子交互的复杂性仍然是挑战。	研究胃癌的分子基础，开发个性化治疗策略的预后模型。	关注胃癌患者的分子特征和相关的临床参数。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和大规模RNA测序(bulk RNA-seq)	机器学习模型	基因表达数据	NA
290	2024-08-05	Characterization of cuproptosis signature in clear cell renal cell carcinoma by single cell and spatial transcriptome analysis 2024-Jul-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01162-2 PMID:39044005	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组分析对清细胞肾细胞癌中的铜死亡特征进行了表征	首次系统研究了铜死亡相关基因与清细胞肾细胞癌肿瘤微环境的关联	仅研究了清细胞肾细胞癌，未涉及其他类型肿瘤	探讨铜死亡在清细胞肾细胞癌中的作用及其与肿瘤微环境的关系	清细胞肾细胞癌的不同阶段的肿瘤微环境	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序和空间转录组测序	NA	RNA序列数据	多阶段清细胞肾细胞癌的样本集
291	2024-08-05	Multi-omics analysis unveils immunosuppressive microenvironment in the occurrence and development of multiple pulmonary lung cancers 2024-Jul-23, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00651-5 PMID:39043808	研究论文	本研究揭示了多发性肺癌中免疫抑制微环境的特征	研究首次全面调查了与不同影像学或病理特征相关的多发性肺癌的分子和免疫特征	未提供关于样本来源的详细信息及样本数量的具体分布	研究多发性肺癌的发生与发展与其免疫微环境之间的关系	收集了27个肺结节及相应的正常组织和血液样本进行分析	数字病理学	肺癌	全外显子测序（WES）和全转录组测序	NA	组织样本，血液样本	27个肺结节及匹配的正常组织和血液样本
292	2024-08-05	P53 Activation Promotes Maturational Characteristics of Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes in 3-Dimensional Suspension Culture Via FOXO-FOXM1 Regulation 2024-Jul-02, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.123.033155 PMID:38934864	研究论文	本研究探讨了p53激活如何通过调节FOXO和FOXM1的平衡来促进人诱导多能干细胞衍生心肌细胞的成熟特性	首次揭示了p53激活在三维悬浮培养中促进hiPSC-CM成熟的机制	研究样本量较小，仅为每组3到6个样本，可能影响结果的普遍性	研究hiPSC-CM的成熟机制，以促进其临床转化	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	每组3到6个hiPSC-CM样本
293	2024-08-04	Leveraging single-cell sequencing analysis and bulk-RNA sequencing analysis to forecast necroptosis in cutaneous melanoma prognosis 2024-Jul, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15148 PMID:39051739	研究论文	本研究利用单细胞测序和普通RNA测序分析预测皮肤黑色素瘤中的坏死性凋亡	研究中提出了一种通过机器学习算法构建的与坏死性凋亡相关的标志（NRS），并验证了其在多组中的预后能力	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能存在数据的代表性和准确性问题	探讨坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤预后中的作用	主要研究对象为皮肤黑色素瘤患者的细胞，包括不同类型的细胞团和相关基因表达模式	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞测序，普通RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	共分析了四个队列的黑色素瘤数据，包括一个TCGA和三个GEO队列
294	2024-08-04	A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program 2024-Jul, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442 PMID:38838779	研究论文	本研究通过空间转录组学和伪时间分析，详细描绘了人类皮脂腺转录程序的高分辨率空间肖像	首次提供了皮脂腺转录景观的高分辨率空间肖像，并揭示了皮脂细胞分化过程中的渐进性转录变化	研究没有涉及皮脂腺的所有可能的环境和生理条件	探索皮脂腺在健康和疾病中的角色及其转录变化	皮脂腺细胞及其分化过程	数字病理学	痤疮	空间转录组学	无监督聚类	转录组数据	来自四个皮脂细胞分化阶段的样本
295	2024-08-04	Single-Cell Transcriptome Landscape and Cell Fate Decoding in Human Brain Organoids after Transplantation 2024-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402287 PMID:38711218	研究论文	本文探讨了人脑类器官移植后细胞命运的变化	研究揭示了移植后人脑类器官的细胞命运与宿主细胞接近的规律	未能详细探讨不同大脑区域对细胞命运的影响机制	探讨人脑类器官移植后细胞命运变化的机制	人类脑类器官及其移植后命运的细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞测序	NA	组织样本	多个用于比较移植前后及不同大脑区域的样本
296	2024-08-05	Integrative analysis reveals the potential prognostic roles and immunological values of unc-5 netrin receptor A (UNC5A) in glioma 2024-Jul-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01174-y PMID:39039366	研究论文	该文章探讨了UNC5A在胶质瘤中的预后和免疫学价值	首次综合分析了UNC5A在胶质瘤中的作用，并提出其作为新的预后和免疫标志物的潜力	未详细讨论UNC5A在治疗胶质瘤中的具体机制	研究UNC5A在胶质瘤中的功能及其与肿瘤免疫的关联	UNC5A在胶质瘤患者中的表达及其预后意义	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq, 蛋白质组学, 大规模RNA-seq	NA	RNA数据	使用了TCGA及CGGA数据集中的胶质瘤患者数据
297	2024-08-05	TGF-β1 mediates hypoxia-preconditioned olfactory mucosa mesenchymal stem cells improved neural functional recovery in Parkinson's disease models and patients 2024-Jul-22, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00550-7 PMID:39034405	研究论文	该文章研究了TGF-β1在嗅觉黏膜间充质干细胞改善帕金森病神经功能恢复中的作用	首次揭示了TGF-β1在嗅觉黏膜间充质干细胞对神经功能恢复的调节作用及其机制	目前的研究主要集中在小鼠模型和初步临床试验，尚缺乏大规模的长期跟踪研究	探讨嗅觉黏膜间充质干细胞在帕金森病神经功能恢复中的潜在应用	帕金森病模型和患者	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)、高通量测序的可接触染色质转座酶检测 (ATAC-seq) 和全长转录组同工谱测序 (ISO-seq)	NA	NA	初步患者队列，具体样本量未说明
298	2024-08-04	Identification of tumor-specific T cell signature predicting cancer immunotherapy response in bladder cancer by multi-omics analysis and experimental verification 2024-Jul-20, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03447-6 PMID:39033098	研究论文	本文开发了一种基于肿瘤特异性T细胞相关基因的五基因签名，以预测膀胱癌患者对免疫疗法的响应	提出了一种新的肿瘤特异性T细胞签名（TstcSig），该签名能够预测膀胱癌免疫疗法的结果	目前尚未对TstcSig在其他类型癌症中的预测能力进行广泛验证	研究肿瘤特异性T细胞在膀胱癌免疫治疗中的作用及其相关基因	膀胱癌患者及其免疫疗法响应的相关基因	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA和TCR测序	NA	基因表达数据	在多个免疫治疗队列中验证，包括TCGA和GEO数据库的膀胱癌患者样本
299	2024-08-05	Determining M2 macrophages content for the anti-tumor effects of metal-organic framework-encapsulated pazopanib nanoparticles in breast cancer 2024-Jul-20, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02694-z PMID:39033109	研究论文	该文章探讨了金属有机框架封装的pazopanib纳米粒子在乳腺癌中的抗肿瘤效果。	创新点在于开发了一种新型纳米平台以提高pazopanib的抗肿瘤活性，并通过单细胞RNA测序揭示了其在抑制M2型巨噬细胞方面的作用。	研究中可能存在对临床适用性的局限性，尚需进一步的临床试验验证。	研究旨在提高pazopanib在乳腺癌治疗中的疗效。	研究对象包括四种小鼠肿瘤模型和人类乳腺癌MDA-MB-231模型。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	涉及小鼠和人类的乳腺癌模型
300	2024-08-05	Computing cell state discriminates the aberrant hematopoiesis and activated microenvironment in Myelodysplastic syndrome (MDS) through a single cell genomic study 2024-Jul-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05496-x PMID:39033303	研究论文	本文通过单细胞基因组研究系统性描绘了骨髓异常造血、风险异质性和T细胞微环境的变化	提出了在MDS研究中使用整个骨髓细胞而非仅CD34+细胞可以提供更全面的信息	仅涉及五名MDS患者，样本量较小	探索骨髓样本中细胞状态与MDS异常造血和激活微环境之间的关系	研究五名MDS患者与四名健康供体的骨髓细胞	数字病理学	骨髓异常增生综合症	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	五名MDS患者和四名健康供体的整体骨髓细胞