单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 524 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-05 |
The vast majority of somatic mutations in plants are layer-specific
2024-Jul-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03337-0
PMID:39049052
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研究论文 | 本文分析了植物中体细胞突变的频率和分布，特别是在不同的分生组织层中 | 研究发现大多数体细胞突变特定于个别层，并揭示了不同层之间的变异动态 | 对突变特征的了解仍然有限，特别是在变异与表型变化的关系方面 | 研究植物分生组织中体细胞突变的特征与分布 | 在一个杏树的不同部位分析体细胞突变 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 多个水果样本来自整个树木 |
| 262 | 2024-08-05 |
Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis
2024-Jul-18, Biology
DOI:10.3390/biology13070540
PMID:39056733
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研究论文 | 这项研究通过单细胞转录组分析整合了现有的外源物体反应数据，识别了特定的基因特征 | 通过整合多个研究的数据，本研究识别了与外源物体反应相关的共同细胞特异性基因特征，提供了潜在的治疗靶点 | 个别研究的发现的普遍性可能有限 | 旨在通过元分析探索外源物体反应中的基因特征及细胞相互作用 | FBR小鼠模型中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 来自多个FBR小鼠研究的整合数据集 |
| 263 | 2024-08-05 |
Whole-genome sequences reveal zygotic composition in chimeric twins
2024-Jul-18, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100301
PMID:38773773
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研究论文 | 该研究使用全基因组测序揭示了嵌合双胞胎的合子组成 | 本研究首次精确理解双胞胎的合子组成，并展示了在血液组织中细胞交换的历史 | 研究仅限于一种特定的双胞胎和三胞胎家庭，样本量较小 | 探讨人类发育过程中双胞胎的细胞历史 | 研究了一个三胞胎家庭和一个双胞胎家庭的合子组成 | 数字病理学 | NA | 全基因组测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，血液组织样本 | 一组三胞胎和一对双胞胎 |
| 264 | 2024-08-05 |
Markers of Dermal Fibroblast Subpopulations for Viable Cell Isolation via Cell Sorting: A Comprehensive Review
2024-Jul-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13141206
PMID:39056788
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综述 | 本研究旨在全面分析适用于细胞分选的成纤维细胞表面标记物 | 提供了对成纤维细胞亚群体及其标记物的深入分析，揭示了其在生理和病理环境中的多样性 | 缺乏对标记物在实际应用中的验证和具体功能的深入探讨 | 研究成纤维细胞的表面标记物，以促进细胞分选及后续功能研究 | 研究成纤维细胞及其不同亚群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 文献 | 超过三千篇研究文章 |
| 265 | 2024-08-05 |
Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells
2024-Jul-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202740
PMID:38884383
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研究论文 | 该文章探讨了mRNA不稳定性如何增强小鼠生精细胞启动减数分裂的能力 | 本文首次揭示了MEIOC在减数分裂启动前促进生精细胞转录组变化的机制 | 本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全推广至其他物种 | 研究MEIOC如何在生精细胞中分子层面上支持减数分裂的早期阶段 | 小鼠生精细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq和bulk RNA-seq | NA | 转录组数据 | 开发同步的小鼠生精细胞样本 |
| 266 | 2024-08-04 |
Diffusion on PCA-UMAP Manifold: The Impact of Data Structure Preservation to Denoise High-Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data
2024-Jul-09, Biology
DOI:10.3390/biology13070512
PMID:39056705
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研究论文 | 该文章提出了一种基于PCA-UMAP扩散的方法来去噪高维单细胞RNA测序数据 | 通过使用PCA-UMAP扩散方法，增强了数据结构的保持，优化了PCA维度和扩散参数的使用 | 未明确提及 | 解决单细胞转录组学中数据噪声和低效转录捕获的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 高维单细胞数据 | 经过多种scRNA-seq数据集验证 |
| 267 | 2024-08-05 |
Deciphering lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy response through an AI-driven stemness-related gene signature
2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18564
PMID:39046884
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研究论文 | 本文构建了一个基于人工智能的干性相关基因特征，解读肺腺癌预后和免疫治疗反应 | 该研究首次建立了干性相关基因特征，并分解了肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 研究中对干性基因特征与免疫环境的关联探索可能受到样本量和数据类型的限制 | 提升肺腺癌的预后准确性，以优化个性化免疫治疗策略 | 研究对象为肺腺癌（LUAD）细胞和相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | AI网络（传统回归、机器学习、深度学习） | 基因组数据 | 使用LUAD细胞系进行的实验验证 |
| 268 | 2024-08-05 |
MLRR-ATV: A Robust Manifold Nonnegative LowRank Representation with Adaptive Total-Variation Regularization for scRNA-seq Data Clustering
2024-Jul-24, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3432740
PMID:39046863
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞聚类方法MLRR-ATV，用于分析scRNA-seq数据 | 引入了自适应全变分正则化来降低噪声的影响，同时保留数据中的线性和非线性流形结构 | 模型为非凸，优化过程可能会受到局部最优解的影响 | 研究单细胞RNA测序数据的聚类方法 | 聚类分析的对象为单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 低秩表示模型 | 数据集 | 八个真实的scRNA-seq数据集 |
| 269 | 2024-08-04 |
Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications
2024-Jul-23, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2561-0
PMID:39060615
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研究论文 | 本文综述了单细胞组学技术的最新进展，特别关注于方法学部分 | 提供了单细胞组学技术的全面总结，并强调了多组学数据的整合 | 未提及具体的实验数据或案例研究来支持总结的有效性 | 旨在指导研究人员选择适当的单细胞测序和相关数据分析方法 | 单细胞组学技术及其在生物医学领域的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞基因组, 表观基因组, 蛋白质组, 代谢组 | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-08-04 |
A single-cell pan-cancer analysis to show the variability of tumor-infiltrating myeloid cells in immune checkpoint blockade
2024-Jul-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50478-8
PMID:39034339
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤浸润性髓系细胞在免疫检查点抑制中的变异性 | 通过单细胞转录组学进行全癌症类型分析，揭示了TIMs在不同癌症类型中的丰度和动力学行为的显著变化 | 在研究中可能未考虑所有癌症类型或个体差异，样本量相对有限 | 研究肿瘤微环境中TIMs的功能以及它们与肿瘤浸润淋巴细胞的相互作用 | 192个来自129名患者的肿瘤样本中的肿瘤浸润性髓系细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 肿瘤样本 | 192个肿瘤样本 |
| 271 | 2024-08-05 |
Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110353
PMID:39055935
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研究论文 | 该文章探讨了寨卡病毒在白纹伊蚊中肠细胞的感染及转录组变化 | 发现寨卡病毒主要存在于特定亚群的肠细胞和内分泌细胞中，并识别出感染后转录组的显著变化 | 研究未涉及病毒在其他细胞类型或生物体中的作用 | 了解寨卡病毒感染对白纹伊蚊中肠细胞的影响及其机制 | 主要研究白纹伊蚊中肠内的细胞，包括肠道干细胞、肠母细胞、内分泌细胞和肠细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 272 | 2024-08-04 |
Unraveling Spatial Domain Characterization in Spatially Resolved Transcriptomics with Robust Graph Contrastive Clustering
2024-Jul-16, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae451
PMID:39012523
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研究论文 | 本文开发了一种深度图对比聚类框架stDGCC，能够准确揭示空间领域 | 本文通过显式建模空间信息和基因表达特征，提出了一种新颖的空间图节点嵌入模型，优化了特征学习与拓扑结构的保留 | NA | 研究空间转录组学中的基因表达及其空间分布 | 从不同平台获取的各种空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 各种空间转录组数据集，空间分辨率各异 |
| 273 | 2024-08-04 |
Unveiling diabetic nephropathy: a novel diagnostic model through single-cell sequencing and co-expression analysis
2024-Jul-03, Aging
DOI:10.18632/aging.205982
PMID:38968594
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和共表达分析揭示了糖尿病肾病的潜在生物标志物和诊断模型 | 创新点在于首次探索了程序性细胞死亡的新类型——二硫酸死亡在糖尿病肾病中的重要性，并建立了基于该机制的诊断模型 | 本研究的局限在于使用的样本来自公开数据集，可能存在数据的多样性和异质性问题 | 研究的目的是揭示糖尿病肾病中二硫酸死亡的作用及其作为早期诊断生物标志物的潜力 | 研究对象为糖尿病肾病患者与健康对照组的细胞样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 包括糖尿病肾病患者和健康对照的样本数据分析 |
| 274 | 2024-08-05 |
Ferroptosis-Related Gene Signatures in Epilepsy: Diagnostic and Immune Insights
2024-Jul-25, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-04385-0
PMID:39052183
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研究论文 | 本研究探讨了与铁死亡相关的基因在癫痫中的诊断和免疫作用 | 本研究揭示了七个关键的铁死亡相关基因作为癫痫新型诊断生物标志物的潜力 | 该研究未能深入探讨铁死亡在癫痫发病机制中的具体机制 | 研究癫痫中与铁死亡相关的基因特征及其与免疫反应的关系 | 癫痫患者和小鼠的组织样本 | 数字病理学 | 癫痫 | qRT‒PCR, 单细胞RNA测序 | 无监督共识聚类, 加权基因共表达网络分析 (WGCNA) | 基因表达数据, 组织样本 | 91名癫痫患者的样本及小鼠癫痫脑组织 |
| 275 | 2024-08-05 |
Characterize molecular signatures and establish a prognostic signature of gastric cancer by integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2024-Jul-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01168-w
PMID:39044041
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，特征化胃癌的分子特征并建立预后特征。 | 通过整合不同维度的数据，识别了226个候选标记基因，并开发了一个高预测准确度的预后模型。 | 疾病的异质性和分子交互的复杂性仍然是挑战。 | 研究胃癌的分子基础，开发个性化治疗策略的预后模型。 | 关注胃癌患者的分子特征和相关的临床参数。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和大规模RNA测序(bulk RNA-seq) | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA |
| 276 | 2024-08-05 |
Characterization of cuproptosis signature in clear cell renal cell carcinoma by single cell and spatial transcriptome analysis
2024-Jul-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01162-2
PMID:39044005
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组分析对清细胞肾细胞癌中的铜死亡特征进行了表征 | 首次系统研究了铜死亡相关基因与清细胞肾细胞癌肿瘤微环境的关联 | 仅研究了清细胞肾细胞癌，未涉及其他类型肿瘤 | 探讨铜死亡在清细胞肾细胞癌中的作用及其与肿瘤微环境的关系 | 清细胞肾细胞癌的不同阶段的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组测序 | NA | RNA序列数据 | 多阶段清细胞肾细胞癌的样本集 |
| 277 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis unveils immunosuppressive microenvironment in the occurrence and development of multiple pulmonary lung cancers
2024-Jul-23, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00651-5
PMID:39043808
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研究论文 | 本研究揭示了多发性肺癌中免疫抑制微环境的特征 | 研究首次全面调查了与不同影像学或病理特征相关的多发性肺癌的分子和免疫特征 | 未提供关于样本来源的详细信息及样本数量的具体分布 | 研究多发性肺癌的发生与发展与其免疫微环境之间的关系 | 收集了27个肺结节及相应的正常组织和血液样本进行分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 全外显子测序（WES）和全转录组测序 | NA | 组织样本，血液样本 | 27个肺结节及匹配的正常组织和血液样本 |
| 278 | 2024-08-05 |
P53 Activation Promotes Maturational Characteristics of Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes in 3-Dimensional Suspension Culture Via FOXO-FOXM1 Regulation
2024-Jul-02, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.123.033155
PMID:38934864
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研究论文 | 本研究探讨了p53激活如何通过调节FOXO和FOXM1的平衡来促进人诱导多能干细胞衍生心肌细胞的成熟特性 | 首次揭示了p53激活在三维悬浮培养中促进hiPSC-CM成熟的机制 | 研究样本量较小，仅为每组3到6个样本，可能影响结果的普遍性 | 研究hiPSC-CM的成熟机制，以促进其临床转化 | 人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 每组3到6个hiPSC-CM样本 |
| 279 | 2024-08-04 |
Leveraging single-cell sequencing analysis and bulk-RNA sequencing analysis to forecast necroptosis in cutaneous melanoma prognosis
2024-Jul, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15148
PMID:39051739
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序和普通RNA测序分析预测皮肤黑色素瘤中的坏死性凋亡 | 研究中提出了一种通过机器学习算法构建的与坏死性凋亡相关的标志（NRS），并验证了其在多组中的预后能力 | 研究主要依赖于公共数据库的数据，可能存在数据的代表性和准确性问题 | 探讨坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤预后中的作用 | 主要研究对象为皮肤黑色素瘤患者的细胞，包括不同类型的细胞团和相关基因表达模式 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞测序，普通RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 共分析了四个队列的黑色素瘤数据，包括一个TCGA和三个GEO队列 |
| 280 | 2024-08-04 |
A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program
2024-Jul, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442
PMID:38838779
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和伪时间分析，详细描绘了人类皮脂腺转录程序的高分辨率空间肖像 | 首次提供了皮脂腺转录景观的高分辨率空间肖像，并揭示了皮脂细胞分化过程中的渐进性转录变化 | 研究没有涉及皮脂腺的所有可能的环境和生理条件 | 探索皮脂腺在健康和疾病中的角色及其转录变化 | 皮脂腺细胞及其分化过程 | 数字病理学 | 痤疮 | 空间转录组学 | 无监督聚类 | 转录组数据 | 来自四个皮脂细胞分化阶段的样本 |