单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 493 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-11-08 |
Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis
2024-07-16, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00647-z
PMID:39014455
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因 | 本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因，并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型，为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略 | 本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此其临床应用效果有待进一步验证 | 本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因，并探索其潜在的治疗机制 | 本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | RNA-seq | 人工神经网络 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-10-24 |
Integrative, high-resolution analysis of single cells across experimental conditions with PARAFAC2
2024-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.29.605698
PMID:39131377
|
研究论文 | 本文介绍了使用PARAFAC2方法对跨实验条件的单细胞数据进行高分辨率分析 | 提出了PARAFAC2方法，能够在不限制假设的情况下，灵活处理跨实验条件的单细胞数据，并有效分离条件间和细胞间的变异 | NA | 开发有效的工具来探索和分析大规模单细胞测量数据 | 单细胞RNA测序数据，特别是外周免疫细胞在药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本中的数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | PARAFAC2 | 基因表达数据 | 涉及药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本的单细胞RNA测序实验 | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-10-24 |
Genetic evolution of keratinocytes to cutaneous squamous cell carcinoma
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604673
PMID:39091884
|
研究论文 | 研究了表皮角质形成细胞向皮肤鳞状细胞癌的遗传演变过程 | 通过多组学分析和单细胞突变分析，揭示了皮肤癌变过程中分子转变的关键事件 | NA | 理解皮肤癌变过程中分子层面的转变 | 表皮角质形成细胞、光化性角化病和鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞突变分析、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 涉及正常皮肤、光化性角化病和鳞状细胞癌的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-10-24 |
The role of polycystic kidney disease-like homologs in planarian nervous system regeneration and function
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603829
PMID:39091889
|
研究论文 | 研究了多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 首次全面分析了涡虫基因组中所有相关基因的表达和功能，并开发了用于机械感觉刺激获取和分析的自动化设置 | 对数十种神经亚型的功能了解仍然不足 | 探讨多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 涡虫的神经系统再生和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及无性和雌雄同体两种涡虫品系 | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-10-24 |
Transcriptional, developmental, and functional parallels of lymphatic and venous smooth muscle
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.18.604042
PMID:39091770
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪和成像技术，探讨了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）的转录组和发育基础 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了LMCs和静脉SMCs的转录组相似性，并发现它们可能源自相关的间充质祖细胞 | 研究仅限于小鼠后肢的淋巴和静脉血管，未涵盖其他物种或组织 | 探讨淋巴肌肉细胞和静脉平滑肌细胞的转录组和发育基础，以理解其独特的收缩特性 | 淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs） | 生物医学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 小鼠后肢的LMCs和SMCs样本 | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-10-24 |
A Single Trophoblast Layer Acts as the Gatekeeper at the Endothelial-Hematopoietic Crossroad in the Placenta
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603303
PMID:39071312
|
研究论文 | 研究探讨了胎盘中滋养层巨细胞在调节血管内皮与造血细胞过渡中的作用 | 通过单细胞RNA测序和受体-配体对分析，揭示了滋养层巨细胞分泌的旁分泌因子在维持胎盘造血-血管生成平衡中的新机制 | 研究基于特定敲除小鼠模型，结果可能不适用于所有物种 | 阐明胎盘中滋养层巨细胞在调节造血微环境中的分子机制 | 胎盘中的滋养层巨细胞及其分泌的旁分泌因子 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 特定敲除小鼠模型的胎盘样本 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-10-12 |
An oncolytic HSV-1 armed with Visfatin enhances antitumor effects by remodeling tumor microenvironment against murine pancreatic cancer
2024-07-23, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149931
PMID:38723415
|
研究论文 | 研究通过改造溶瘤病毒HSV-1携带Visfatin，增强其对小鼠胰腺癌的抗肿瘤效果 | 首次揭示Visfatin通过重塑肿瘤微环境增强溶瘤病毒的抗肿瘤效果 | NA | 研究溶瘤病毒治疗胰腺导管腺癌的抗性机制并开发新型治疗策略 | 小鼠胰腺癌 | NA | 胰腺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-10-12 |
Eomes expression identifies the early bone marrow precursor to classical NK cells
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01861-6
PMID:38871999
|
研究论文 | 本文研究了Eomes表达在早期骨髓前体细胞中对经典NK细胞的识别 | 首次识别出EomesNK细胞作为经典NK细胞的骨髓前体，并证明了NK和ILC1谱系在发育早期就发生了分化 | NA | 探讨NK细胞和ILC1细胞是否属于不同谱系或同一细胞类型的不同状态 | NK细胞和ILC1细胞的骨髓前体 | NA | NA | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-10-10 |
CCR1 and CCR2 Coexpression on Monocytes Is Nonredundant and Delineates a Distinct Monocyte Subpopulation
2024-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2400007
PMID:38829123
|
研究论文 | 研究探讨了单核细胞上CCR1和CCR2的共表达及其在炎症中的作用 | 提出CCR1和CCR2的共表达并非冗余，而是标记了一个独特的单核细胞亚群 | NA | 验证CCR1和CCR2在单核细胞上的共表达是否冗余，并探讨其在炎症中的作用 | CCR1、CCR2、CCR3和CCR5受体及其在单核细胞上的表达 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠单核细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-10-04 |
Circadian control of tumor immunosuppression affects efficacy of immune checkpoint blockade
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01859-0
PMID:38806707
|
研究论文 | 研究昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响 | 首次揭示了昼夜节律对免疫抑制细胞丰度的调控作用，并展示了时间依赖的免疫检查点阻断疗法效果 | NA | 探讨昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响 | 结直肠癌模型中的免疫抑制细胞和细胞毒性CD8 T细胞 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-09-23 |
Pan-cancer mapping of single CD8+ T cell profiles reveals a TCF1:CXCR6 axis regulating CD28 co-stimulation and anti-tumor immunity
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101640
PMID:38959885
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD28共刺激信号和抗肿瘤免疫中的作用 | 本文首次揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD8+ T细胞功能和抗肿瘤免疫中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 揭示CD8+ T细胞在不同肿瘤微环境中的表达程序，为下一代免疫疗法提供依据 | CD8+ T细胞在七种人类癌症中的表达模式 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 矩阵分解算法 | 基因表达数据 | 33,161个CD8+ T细胞样本，来自132名患有七种癌症的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-09-20 |
The role of the fibroblast in Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma
2024-Jul-01, Current opinion in gastroenterology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/MOG.0000000000001032
PMID:38626060
|
综述 | 本文综述了间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用，并探讨了针对这些细胞的转化前景 | 通过单细胞RNA测序研究揭示了间质在发育信号传导和癌症启动中的新兴作用，并提出了针对癌症相关成纤维细胞的潜在治疗策略 | NA | 探讨间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用 | Barrett食管和食管腺癌中的间质和癌症相关成纤维细胞 | NA | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-09-19 |
LncRNAs in the Dlk1-Dio3 Domain Are Essential for Mid-Embryonic Heart Development
2024-Jul-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25158184
PMID:39125754
|
研究论文 | 研究了Dlk1-Dio3域中的长非编码RNA（lncRNA）在胚胎中期心脏发育中的关键作用 | 构建了转录终止模型，并通过插入终止序列阐明了Dlk1-Dio3域中lncRNA表达缺失导致母系插入突变体（MKI）和纯合突变体（HOMO）小鼠从E13.5开始死亡 | 未详细描述研究中使用的具体lncRNA种类及其在心脏发育中的具体机制 | 探讨Dlk1-Dio3域中的lncRNA在胚胎中期心脏发育中的作用 | Dlk1-Dio3域中的lncRNA及其在心脏发育中的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）、原位杂交（IHC） | NA | RNA | 母系插入突变体（MKI）、纯合突变体（HOMO）和亲本插入突变体（PKI）小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-09-14 |
Generation of novel lipid metabolism-based signatures to predict prognosis and immunotherapy response for colorectal adenocarcinoma
2024-07-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67549-x
PMID:39060344
|
研究论文 | 本研究旨在生成基于脂质代谢的特征，以预测结直肠腺癌（COAD）的预后和免疫治疗反应 | 本研究首次生成了基于脂质代谢的特征，用于预测COAD的预后和免疫治疗反应，并提供了潜在的治疗靶点 | 本研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限，未来需要更多验证性研究 | 生成基于脂质代谢的特征，预测结直肠腺癌的预后和免疫治疗反应 | 结直肠腺癌（COAD）患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自TCGA数据库的COAD患者数据，以及来自GSE132465数据集的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-09-14 |
SFINN: inferring gene regulatory network from single-cell and spatial transcriptomic data with shared factor neighborhood and integrated neural network
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae433
PMID:38950180
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于共享因子邻域和集成神经网络（SFINN）的新型深度学习框架，用于从单细胞和空间转录组数据中推断转录因子与目标基因之间的潜在相互作用和因果关系 | SFINN利用共享因子邻域构建基于基因表达数据的细胞邻域网络，并整合来自空间位置信息的细胞网络，通过图卷积神经网络和全连接神经网络的集成框架来确定基因是否相互作用 | NA | 开发一种准确的基因调控网络（GRN）推断算法，以应对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的噪声、技术误差和丢失现象 | 单细胞和空间转录组数据中的转录因子与目标基因之间的相互作用和因果关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序 | 图卷积神经网络（GCN），全连接神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-09-14 |
PredGCN: a Pruning-enabled Gene-Cell Net for automatic cell annotation of single cell transcriptome data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae421
PMID:38924517
|
研究论文 | 本文提出了一种名为PredGCN的基因-细胞网络，用于单细胞转录组数据的自动细胞注释 | PredGCN结合了Coupled Gene-Cell Net和Gene Splicing Net以及Cell Stratification Net，并通过剪枝操作动态处理异质性细胞识别问题，优化子网络结构以提高细胞类型注释的准确性 | NA | 解决现有自动注释方法在深度学习分类器架构和训练数据质量与多样性方面的局限性 | 单细胞转录组数据的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 深度学习 | GCN | 转录组数据 | 多种物种的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-09-14 |
ScType enables fast and accurate cell type identification from spatial transcriptomics data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae426
PMID:38936341
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scType的无解卷积标记细胞注释方法，用于从空间转录组数据中快速准确地识别细胞类型 | scType无需进行计算密集型的解卷积，也不需要大型单细胞参考图谱，从而实现了超快速且准确的细胞类型识别 | NA | 开发一种无需解卷积的细胞类型注释方法，以应对空间转录组技术分辨率的提高 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-09-14 |
DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae434
PMID:38950178
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepGSEA的可解释深度基因集富集分析方法，用于单细胞转录组数据 | DeepGSEA利用可解释的原型神经网络，能够在单细胞基因表达数据中进行深入的基因集富集分析，并提供可视化的基因集分布 | NA | 开发一种新的深度学习方法，用于单细胞转录组数据的基因集富集分析，并提高分析的可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集富集分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 原型神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-09-07 |
Pericytes recruited by CCL28 promote vascular normalization after anti-angiogenesis therapy through RA/RXRA/ANGPT1 pathway in lung adenocarcinoma
2024-Jul-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03135-3
PMID:39075504
|
研究论文 | 研究了CCL28在抗血管生成治疗后通过RA/RXRA/ANGPT1途径促进肺腺癌血管正常化的分子机制 | 首次详细报道了抗血管生成治疗后血管正常化的分子机制 | NA | 探讨抗血管生成治疗后肿瘤血管正常化的分子机制 | 肺腺癌细胞和人源及鼠源的肺腺癌细胞系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞测序、免疫荧光、多重免疫组化、磁激活细胞分选、实时定量PCR、Western blotting、LC-MS技术、ChIP-qPCR | NA | 细胞、组织 | 人源肺腺癌细胞系A549和鼠源肺腺癌细胞系LLC，以及临床活检样本和原代肺腺癌肿瘤组织中的周细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-09-06 |
Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis from pluripotent stem cells
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110242
PMID:39040067
|
研究论文 | 研究了肌营养不良蛋白缺乏对人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了肌营养不良蛋白缺乏导致细胞在体节阶段分化为替代分支，并影响了细胞状态转换相关的细胞连接蛋白 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内模型 | 探讨肌营养不良蛋白缺乏对胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响 | 人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中的细胞连接形成 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |