单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 495 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-08 |
Mechanical stress during confined migration causes aberrant mitoses and c-MYC amplification
2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404551121
PMID:38990945
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研究论文 | 研究机械应力在限制性迁移过程中对肿瘤细胞基因组完整性的影响 | 发现机械应力在转移性迁移过程中通过c-MYC位点扩增促进基因毒性和致癌事件，并绕过检查点控制 | NA | 探究转移性间质迁移产生的机械应力是否导致肿瘤细胞染色体不稳定性的增强 | 转移性肿瘤细胞在限制性迁移过程中的行为 | 数字病理学 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-08-07 |
Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction
2024-07-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67537-1
PMID:39068182
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型，深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能 | 揭示了11种不同的微胶质细胞亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络，同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型，用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性 | NA | 深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制，并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度 | 阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-08-07 |
Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data
2024-07-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68054-x
PMID:39048596
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞测序数据，在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征，用于胃癌的分层 | 首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征，并验证了其对预后和治疗反应的预测能力 | NA | 开发基于免疫衰老的基因特征，用于胃癌的分层和治疗选择 | 胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 测序技术 | 随机森林算法，多元Cox算法 | 转录组数据，单细胞数据 | 训练集为TCGA-STAD队列，验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列，以及复旦队列 | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma
2024-07-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-65090-5
PMID:39043683
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研究论文 | 本研究旨在探讨内质网应激（ERS）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预测价值及其与肿瘤微环境（TME）的相关性 | 本研究开发了一个由三个基因（ATF6, TRIB3, UBXN6）组成的ERS相关签名，具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值 | NA | 研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的内质网应激（ERS）相关基因及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序 | NA | mRNA, 单细胞RNA测序数据 | 基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-08-07 |
Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer
2024-Jul-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05472-5
PMID:39033271
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤坏死因子受体2（TNFR2）在三阴性乳腺癌（TNBC）化疗中通过调节糖酵解促进内皮细胞抑制CD8+ T细胞的作用。 | 首次揭示了TNFR2在TNBC化疗中通过调节内皮细胞的糖酵解活性来抑制CD8+ T细胞的机制。 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证。 | 揭示内皮细胞在TNBC化疗中对CD8+ T细胞的抑制作用及其机制。 | 三阴性乳腺癌患者接受紫杉醇治疗后的内皮细胞和CD8+ T细胞。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及TNBC患者的内皮细胞和CD8+ T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-08-07 |
Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients
2024-07-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55375-0
PMID:39034310
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，系统筛选多个数据库，以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最强标记，特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估 | 首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境（TME）组中的独特作用，并确定COL1A1为最有效的CAF标记 | 研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用，这可能导致临床应用中的混淆和障碍 | 旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals SPP1-CD44-mediated macrophage-tumor cell interactions drive chemoresistance in TNBC
2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18525
PMID:38982317
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了三阴性乳腺癌（TNBC）中化疗耐药的机制 | 首次揭示了SPP1-CD44介导的巨噬细胞与肿瘤细胞相互作用在TNBC化疗耐药中的作用 | 研究样本量较小，仅包括五个化疗敏感和五个耐药的TNBC患者 | 探究三阴性乳腺癌化疗耐药的分子机制 | 三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 10个TNBC患者样本（5个化疗敏感和5个耐药） | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-08-07 |
Fatecode enables cell fate regulator prediction using classification-supervised autoencoder perturbation
2024-Jul-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100819
PMID:38986613
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研究论文 | 本文提出了一种名为Fatecode的计算方法，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞命运调控因子 | Fatecode利用深度学习分类监督自编码器学习单细胞RNA测序数据的潜在表示，并通过在潜在表示上进行模拟扰动实验来预测基因 | NA | 加速疾病或损伤后的恢复 | 细胞命运调控因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 不同生物的血液和大脑发育的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-08-07 |
Directly selecting cell-type marker genes for single-cell clustering analyses
2024-Jul-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100810
PMID:38981475
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Festem的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因进行单细胞聚类分析 | Festem方法能够区分具有异质性分布的标记基因，这些基因对细胞聚类具有信息性，且能高精度地选择标记基因 | NA | 开发一种新的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因，以提高单细胞RNA测序研究中的细胞类型识别准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型及其标记基因 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个大型的肝内胆管癌数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-08-07 |
Metastasis and basement membrane-related signature enhances hepatocellular carcinoma prognosis and diagnosis by integrating single-cell RNA sequencing analysis and immune microenvironment assessment
2024-Jul-31, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05493-0
PMID:39085893
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析和免疫微环境评估，探讨了转移和基底膜相关标志物在肝细胞癌（HCC）预后和诊断中的作用。 | 本研究首次构建了基于转移和基底膜相关基因（MBRGs）的预后模型，并结合免疫相关算法分析了高风险和低风险组的免疫景观和活性。 | 研究样本主要来自TCGA和ICGC数据库，可能存在一定的选择偏倚；实验验证主要依赖于数据库分析，缺乏体内外实验的直接证据。 | 旨在通过研究转移和基底膜相关标志物，提高肝细胞癌患者的生存结果和治疗效果。 | 肝细胞癌（HCC）患者及其转移和基底膜相关基因（MBRGs）。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归分析 | 转录组数据 | 424名来自TCGA数据库的HCC患者和240名来自ICGC数据库的HCC患者 | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-08-07 |
scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae371
PMID:39060167
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研究论文 | 本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA，用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断 | scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布（ZINB）损失函数，结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略，优化了低表达基因的贡献 | NA | 开发一种新的细胞类型推断方法，以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力机制、图卷积网络（GCN） | 基因表达数据 | 15个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-08-07 |
Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622
PMID:38917802
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研究论文 | 本研究分析了进行性多灶性白质脑病（PML）患者脑脊液（CSF）中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞，以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞，揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因 | NA | 研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用 | 进行性多灶性白质脑病（PML）患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞 | NA | 进行性多灶性白质脑病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-08-07 |
Monitoring melanoma patients on treatment reveals a distinct macrophage population driving targeted therapy resistance
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101611
PMID:38942020
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者中耐药和响应肿瘤的细针抽吸物，揭示了与靶向治疗耐药相关的特定巨噬细胞群体。 | 发现了与靶向治疗耐药相关的POSTN基因及其信号传导的巨噬细胞群体，并证明了这些巨噬细胞通过CD44受体直接保护黑色素瘤细胞免受MEKi诱导的杀伤。 | NA | 揭示黑色素瘤靶向治疗耐药的机制 | 黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-08-07 |
Deciphering the role of ferroptosis in rheumatoid arthritis: Synovial transcriptome analysis and immune infiltration correlation
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33648
PMID:39091931
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和免疫浸润相关性探讨铁死亡在类风湿性关节炎中的作用 | 首次揭示了铁死亡相关基因在类风湿性关节炎中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了TIMP1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探讨铁死亡在类风湿性关节炎发病机制中的作用 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 转录组差异基因分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、受试者工作特征（ROC）曲线分析、单细胞测序 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据 | 来自类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-08-07 |
Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms
2024-Jul-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100592
PMID:38925122
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研究论文 | 本文利用合成DNA条形码数据集来识别单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的单细胞（singlets），并评估双细胞（doublets）检测算法 | 提出了一种新的框架“singletCode”，用于评估现有的双细胞检测方法，并利用真实单细胞数据训练机器学习分类器，该分类器在双细胞检测算法中表现更优 | NA | 开发一种新的方法来识别和评估scRNA-seq数据中的单细胞和双细胞 | 单细胞RNA测序数据中的单细胞和双细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 机器学习分类器 | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-08-05 |
Oncostatin M-driven macrophage-fibroblast circuits as a drug target in autoimmune arthritis
2024-Jul-31, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-024-00347-0
PMID:39080781
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研究论文 | 本研究揭示了在自身免疫性关节炎中由OSM驱动的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用作为潜在药物靶点 | 确定了OSM信号通路作为JAK抑制剂在体内的主要靶向通路，并证明了巨噬细胞-成纤维细胞电路在自身免疫性关节炎中的关键作用 | 本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全应用于人类自身免疫性关节炎 | 确定JAK抑制剂在自身免疫性关节炎中的治疗靶点 | 以胶原诱导性关节炎小鼠为研究对象，探讨巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用 | 数字病理学 | 自身免疫性关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 胶原诱导性关节炎小鼠的实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-08-04 |
Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign
2024-Jul-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50608-2
PMID:39080277
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研究论文 | 本研究开发了一种名为BrainAlign的自监督学习方法，用于人类与小鼠之间空间转录组学的全脑对齐 | BrainAlign同時在两个分离的共享嵌入空间中编码斑点和基因，使用异构图神经网络进行全脑对齐 | NA | 研究人类与小鼠之间空间转录组学的对齐 | 人类和小鼠的大脑区域 | 计算机视觉 | NA | 自监督学习 | 异构图神经网络 | 空间转录组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-08-05 |
Metabolic reprogramming and heterogeneity during the decidualization process of endometrial stromal cells
2024-Jul-30, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01763-y
PMID:39080628
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研究论文 | 本文研究了人类子宫内膜细胞在妊娠过程中的代谢特征 | 首次综合分析了单细胞RNA测序数据，揭示了子宫内膜基质细胞转变为决孕细胞过程中的代谢重塑和异质性 | 研究主要集中于单细胞层面，尚未探讨大范围的组织或动物模型的代谢特征 | 旨在深入了解人类子宫内膜决孕化过程中细胞的代谢动态 | 研究对象为人类子宫内膜基质细胞及其向决孕细胞的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-08-04 |
Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics
2024-Jul-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50737-8
PMID:39080318
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研究论文 | 这篇文章通过空间转录组学研究了鹤虞豆的根瘤发生发展 | 本研究首次揭示了根瘤中感染区和外围组织的发育轨迹，并确定了相关的基因集 | 研究可能未能涵盖所有影响根瘤发生的基因和分子机制 | 旨在深入了解根瘤发生的分子事件，为开发共生固氮作物提供数据支持 | 研究对象为模式豆类植物鹤虞豆的根瘤发育 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-08-04 |
Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae369
PMID:39082647
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研究论文 | 本研究介绍了一种名为STREAM的新方法，用于推断来自单细胞转录组和染色质可及性数据的增强子驱动基因调控网络 | STREAM结合了Steiner森林问题模型、混合二聚簇管道和次模优化，提供了一种创新的推断方法 | NA | 研究基因调控程序在复杂生物系统中的作用 | 单细胞转录组和染色质可及性数据，以推断增强子驱动的基因调控网络 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病，弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤 | RNA-seq，ATAC-seq | 混合二聚簇，次模优化 | 文本 | 涉及阿尔茨海默病和弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤的数据集 | NA | NA | NA | NA |