单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-04	Decoding the spatiotemporal heterogeneity of tumor-associated macrophages 2024-Jul-27, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02064-1 PMID:39068459	review	本综述探讨了肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的空间和时间异质性	创新点在于揭示了TAMs的不同亚型、起源及功能，以及其与其他肿瘤微环境成分的复杂相互作用	该综述可能未覆盖所有相关研究，且主要基于现有文献，缺乏新的实验数据	研究肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的作用及其潜在治疗靶点	研究对象为肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的功能	数字病理学	NA	单细胞测序，空间多组学	NA	文献	NA
242	2024-08-04	IRF8 deficiency-induced myeloid-derived suppressor cell promote immune evasion in lung adenocarcinoma 2024-Jul-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05519-7 PMID:39049031	研究论文	该文章探讨了IRF8缺乏如何通过促进骨髓来源抑制细胞（MDSCs）影响肺腺癌的免疫逃逸机制	发现IRF8是LUAD骨髓细胞中MDSC分化的重要调节因子，并通过IL6-JAK-STAT3信号通路调节MDSC的分化	未提及样本的具体来源及其多样性，可能影响结果的广泛适用性	探索肺腺癌患者的肿瘤免疫逃逸机制，以期扩展受益于免疫疗法的患者群体	以954个肺腺癌患者的RNA-seq数据和15个单细胞RNA-seq数据为研究对象	数字病理学	肺癌	RNA-seq	NA	RNA测序数据	954个肺腺癌患者的群体数据和15个单细胞数据
243	2024-08-04	Interneuron diversity in the human dorsal striatum 2024-Jul-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50414-w PMID:39039043	研究论文	本文揭示了人类背侧纹状体中抑制神经元的多样性及其转录组特征	提出了一个全面的纹状体抑制神经元分类法，包括八个主要类别和十四个子类别	文章未提及样本的具体来源限制和潜在的偏倚	理解背侧纹状体抑制神经元的多样性及其对基底节电路和相关疾病的影响	人类尸检后的尾状核和壳核样本	数字病理	神经精神疾病	snRNA-seq 和空间转录组学	NA	转录组数据	尾状核和壳核的尸检样本
244	2024-08-05	sNucConv: A bulk RNA-seq deconvolution method trained on single-nucleus RNA-seq data to estimate cell-type composition of human adipose tissues 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110368 PMID:39071890	研究论文	本研究介绍了sNucConv，一种基于单核RNA测序数据训练的bulk RNA-seq去卷积方法，用于估计人类脂肪组织的细胞类型组成	sNucConv利用深度学习方法，首次将snRNA-seq数据应用于bulk RNA-seq的去卷积并进行了模型验证	研究仅依赖于特定的snRNA-seq样本，可能限制了模型在其他组织类型的普适性	开发一种新方法以提高对脂肪组织细胞类型组成的估计精度	针对人类的脂肪组织细胞类型进行研究	数字病理学	NA	snRNA-seq, bulk RNA-seq	深度学习模型 (Scaden)	RNA-seq数据	使用了5个hSAT和7个hVAT的snRNA-seq数据进行训练，此外验证中使用了5个hSAT和5个hVAT样本
245	2024-08-04	Molecular analysis of human tick-bitten skin yields signatures associated with distinct spatial and temporal trajectories - A proof-of-concept study 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33600 PMID:39071681	研究论文	本研究揭示了人类被蜱虫叮咬皮肤样本的分子机制，分析了不同时间和空间轨迹的特征	该研究首次通过空间转录组学技术分析叮咬后皮肤样本，识别了与时间和个体特异性相关的分子特征	样本数量和个体多样性可能限制了研究结果的广泛应用	揭示蜱虫叮咬后皮肤的分子机制	从同一参与者获得的蜱虫叮咬样本（病例）和对侧皮肤样本（对照）	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	同一参与者的蜱虫叮咬和对侧皮肤样本
246	2024-08-04	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing revealed an epigenetic signature predicts prognosis and tumor microenvironment colorectal cancer heterogeneity 2024-Jul-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v16.i7.3032 PMID:39072180	研究论文	本研究建立了一种能够预测结直肠癌预后的表观遗传标记	研究中的标记在不同数据集中经过验证，显示出良好的预后预测能力	该研究未提到样本的种类和数量的详细信息	研究的目标是构建一个稳健的结直肠癌预后标记	研究对象为结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	NA	基因组和转录组数据	使用了TCGA队列和六个独立数据集
247	2024-08-05	Single cell transcriptomic analysis reveals tumor immune infiltration by NK cells gene signature in lung adenocarcinoma 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33928 PMID:39071697	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肺腺癌中NK细胞的肿瘤免疫浸润特征	引入了NK基因特征分数（NKGS），用于区分NK1和NK2细胞	研究可能受到样本量和数据集的限制	了解肺腺癌中NK细胞的多样性特征	主要研究肺腺癌中的NK细胞群体	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	基因表达数据	多个初级肺癌（MPLC）数据集中的样本
248	2024-08-05	Constructing an immune-related prognostic signature for predicting prognosis and immune response in hepatocellular carcinoma 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34012 PMID:39071637	研究论文	本研究旨在建立一个与免疫相关的肝细胞癌预后模型	首次在肝细胞癌中建立了一个免疫相关的预后模型	研究可能受到样本选择和数据集限制的影响	旨在分析肝细胞癌的免疫相关预后	研究对象为肝细胞癌患者及其免疫相关基因	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	Kaplan-Meier生存曲线，Cox回归分析	基因表达数据	438名肝细胞癌患者
249	2024-08-05	Disease-specific transcriptional programs govern airway goblet cell metaplasia 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34105 PMID:39071568	研究论文	这篇文章探讨了慢性肺部炎症疾病中气道杯状细胞变性相关的转录程序	揭示了哮喘、囊性纤维化和慢性阻塞性肺病中杯状细胞变性的相似性和差异性	对该领域的分子机制和特征理解仍然有限	研究杯状细胞变性在肺疾病中的分子机制	人类肺部的单细胞RNA测序数据集	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	公共单细胞RNA测序数据集
250	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals special basal cells and fibroblasts in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-07-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66947-5 PMID:38982264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发现特定的基底细胞和成纤维细胞在特发性肺纤维化中具有重要作用	识别出几种之前未被认识的基底细胞亚型以及与细胞外基质相关的成纤维细胞群体，提供了对特发性肺纤维化中基底细胞和成纤维细胞复杂性和多样性的创新见解	样本量较小，仅包括五个特发性肺纤维化样本和三个健康对照样本	探讨导致特发性肺纤维化的分子机制	特发性肺纤维化患者的肺组织样本以及健康对照样本	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	肺组织样本	8个样本（5个特发性肺纤维化样本和3个健康对照样本）
251	2024-08-04	Development of human pancreatic cancer avatars as a model for dynamic immune landscape profiling and personalized therapy 2024-Jul-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9071 PMID:38968363	研究论文	本研究开发了基于人类胰腺癌组织的个性化“化身”，用于动态免疫微环境分析和个性化治疗。	论文展示了一种新的个性化有机体模型，可以在时间和空间上报告胰腺癌微环境，并能够反映临床反应。	尚未提及具体局限性	研究旨在创建一个新的模型，评估胰腺癌治疗的免疫微环境和个性化疗法。	研究对象为胰腺导管腺癌（PDAC）和其微环境。	数字病理学	胰腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	个性化有机体模型	组织切片数据	具体样本量尚未提及
252	2024-08-05	Hypoxia inhibits the iMo/cDC2/CD8+ TRMs immune axis in the tumor microenvironment of human esophageal cancer 2024-Jul-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008889 PMID:38964786	研究论文	本研究探讨了食管癌肿瘤微环境中的iMo/cDC2/CD8+ TRMs免疫轴的调控机制	首次揭示了CD8+ TRMs在食管癌中的抗肿瘤作用及其免疫调控的特征	本研究的机制探索仍需进一步验证，样本数量较小	深入了解人类食管癌肿瘤微环境的免疫特征及其潜在调控机制	主要研究食管癌患者肿瘤及其邻近组织中的免疫环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，流式细胞术，质量细胞计数	NA	组织样本	来自治疗前患者的肿瘤及邻近组织样本
253	2024-08-05	Identification of a clinically efficacious CAR T cell subset in diffuse large B cell lymphoma by dynamic multidimensional single-cell profiling 2024-Jul, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00768-3 PMID:38750245	研究论文	本研究通过动态多维单细胞分析识别出在弥漫性大B细胞淋巴瘤中具有临床疗效的CAR T细胞亚群。	引入了时间延迟成像显微镜和单细胞RNA测序的功能性分析，首次识别出多功能CD8 T细胞的特征。	研究可能限于特定的患者群体，尚需在更广泛的样本中验证CD8-fit T细胞的普适性。	研究CD8-fit T细胞在大B细胞淋巴瘤患者中的作用及其临床应用。	研究对象为接受CAR T细胞治疗的大B细胞淋巴瘤患者。	数字病理学	淋巴癌	单细胞RNA测序	NA	细胞功能评估数据	由多名大B细胞淋巴瘤患者的输注产品组成
254	2024-08-05	Heterogeneous fibroblasts contribute to fibrotic scar formation after spinal cord injury in mice and monkeys 2024-Jul-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50564-x PMID:39060269	研究论文	这篇文章揭示了脊髓损伤后纤维化瘢痕中成纤维细胞的异质性。	这项研究首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序展示了成纤维细胞在脊髓损伤后纤维化瘢痕中的分布、起源和功能差异。	该研究集中于小鼠和雌性猴子模型，可能在其他物种或人类中不具普遍性。	研究脊髓损伤后纤维化瘢痕形成过程中成纤维细胞的异质性。	研究对象为小鼠和雌性猴子模型中的成纤维细胞。	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	小鼠和雌性猴子中多个成纤维细胞亚型
255	2024-08-05	PPAR-γ/NF-kB/AQP3 axis in M2 macrophage orchestrates lung adenocarcinoma progression by upregulating IL-6 2024-Jul-26, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06919-9 PMID:39060229	研究论文	这项研究探讨了AQP3在肺腺癌中的作用及机制	本研究首次揭示了AQP3通过PPAR-γ/NF-κB轴在M2巨噬细胞极化中的重要作用	研究中仅涉及5名肺腺癌患者，样本量较小	探讨AQP3在肿瘤微环境中对肺腺癌进展的影响	研究对象为肺腺癌患者及相关的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	小鼠模型	生物样本	5名肺腺癌患者的免疫细胞
256	2024-08-05	Preclinical efficacy of peanut-specific IgG4 antibody therapeutic IGNX001 2024-Jul-26, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.014 PMID:39069172	研究论文	本文开发了一种具有说服力的花生特异性IgG4抗体治疗方法	利用来自过敏个体的人类IgE单克隆抗体的多样性开发了新的IgG4抗体治疗	目前研究仅在小鼠模型中进行，临床效果尚需进一步验证	研究一种能够迅速提供保护的花生过敏治疗方法	研究花生过敏个体的IgE单克隆抗体及其转化为IgG4抗体的效果	NA	花生过敏	单细胞RNA测序	小鼠模型	全血样本	来自多个不同人群的过敏个体的全血样本
257	2024-08-04	Open-ST: High-resolution spatial transcriptomics in 3D 2024-Jul-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.05.055 PMID:38917789	研究论文	本文介绍了一种开放源代码的高分辨率3D空间转录组学方法Open-ST	Open-ST提供了一种易于使用、高分辨率、成本效益高且可扩展到3D的空间转录组学方法	NA	研究组织在2D和3D中的分子组织	小鼠大脑、头颈部肿瘤及患者匹配的健康/转移性淋巴结	数字病理学	NA	测序	NA	转录组数据	小鼠大脑和头颈部肿瘤样本，以及患者匹配的淋巴结
258	2024-08-05	Cytotoxic Lymphocyte-Monocyte Complex Reflects the Dynamics of Coronavirus Disease 2019 Systemic Immune Response 2024-Jul-25, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae048 PMID:39052699	研究论文	本研究揭示了在外周血中由CD14+单核细胞与不同的细胞毒性淋巴细胞形成的异质性细胞复合体。	该研究首次描述了SARS-CoV-2特异性免疫反应中细胞间相互作用的复杂性。	本文未讨论细胞相互作用的长期后果及其对其他疾病的影响。	探究新冠病毒感染中细胞免疫反应的动态变化。	重点研究CD14+单核细胞与SARS-CoV-2特异性细胞毒性淋巴细胞之间的相互作用。	数字病理学	冠状病毒病	单细胞RNA测序和成像流式细胞术分析	NA	血液样本	NA
259	2024-08-05	Unveiling the Potential of Migrasomes: A Machine-Learning-Driven Signature for Diagnosing Acute Myocardial Infarction 2024-Jul-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12071626 PMID:39062199	研究论文	本文揭示了迁移体在急性心肌梗死诊断中的潜在作用。	本研究采用机器学习框架建立了迁移体相关的预测标志，并揭示了其在急性心肌梗死中的生物机制。	目前关于迁移体在急性心肌梗死中的诊断意义仍需进一步探索。	本研究旨在探讨迁移体在急性心肌梗死中的诊断价值和生物机制。	急性心肌梗死（AMI）相关的迁移体及其基因表达。	机器学习	心血管疾病	机器学习, 单细胞RNA测序	Stepglm, Lasso	基因表达数据	五个独立的AMI队列共113个机器学习组合
260	2024-08-04	FGF Signaling Regulates Development of the Anterior Fontanelle 2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.14.603452 PMID:39071418	研究论文	本研究探讨了FGF信号如何调控前囟的发育.	揭示了FGF-WNT信号回路在前囟发育中的区域差异及其与缝合关节形成的关系.	尚未探讨FGF信号对其他类型缝合的影响.	研究FGF信号在出生后前囟闭合及其转变为额缝合中的作用.	使用小鼠基因组学和单细胞转录组学重点分析前囟的细胞.	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞数据	小鼠