单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-07	Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis 2024-Jul-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278431.123 PMID:38981682	研究论文	本文介绍了SiPSiC方法，用于在单细胞水平上推断通路活性，以进行更敏感的差异分析和细胞聚类	SiPSiC方法能够在单细胞水平上更敏感地进行差异分析，并利用通路评分进行细胞聚类和计算UMAP等投影	NA	开发一种新方法来推断单细胞中的通路活性，以改进细胞聚类和差异分析	COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因集	NA
242	2024-08-07	Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622 PMID:38917802	研究论文	本研究分析了进行性多灶性白质脑病（PML）患者脑脊液（CSF）中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞，以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群	首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞，揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因	NA	研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用	进行性多灶性白质脑病（PML）患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞	NA	进行性多灶性白质脑病	单细胞转录组学	NA	细胞	NA
243	2024-08-07	Monitoring melanoma patients on treatment reveals a distinct macrophage population driving targeted therapy resistance 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101611 PMID:38942020	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者中耐药和响应肿瘤的细针抽吸物，揭示了与靶向治疗耐药相关的特定巨噬细胞群体。	发现了与靶向治疗耐药相关的POSTN基因及其信号传导的巨噬细胞群体，并证明了这些巨噬细胞通过CD44受体直接保护黑色素瘤细胞免受MEKi诱导的杀伤。	NA	揭示黑色素瘤靶向治疗耐药的机制	黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤样本
244	2024-08-07	Deciphering the role of ferroptosis in rheumatoid arthritis: Synovial transcriptome analysis and immune infiltration correlation 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33648 PMID:39091931	研究论文	本研究通过转录组分析和免疫浸润相关性探讨铁死亡在类风湿性关节炎中的作用	首次揭示了铁死亡相关基因在类风湿性关节炎中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了TIMP1作为潜在的生物标志物和治疗靶点	NA	探讨铁死亡在类风湿性关节炎发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	数字病理学	类风湿性关节炎	转录组差异基因分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、受试者工作特征（ROC）曲线分析、单细胞测序	NA	转录组数据、单细胞测序数据	来自类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本
245	2024-08-07	Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms 2024-Jul-10, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100592 PMID:38925122	研究论文	本文利用合成DNA条形码数据集来识别单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的单细胞（singlets），并评估双细胞（doublets）检测算法	提出了一种新的框架“singletCode”，用于评估现有的双细胞检测方法，并利用真实单细胞数据训练机器学习分类器，该分类器在双细胞检测算法中表现更优	NA	开发一种新的方法来识别和评估scRNA-seq数据中的单细胞和双细胞	单细胞RNA测序数据中的单细胞和双细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	机器学习分类器	RNA序列	NA
246	2024-08-05	Oncostatin M-driven macrophage-fibroblast circuits as a drug target in autoimmune arthritis 2024-Jul-31, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00347-0 PMID:39080781	研究论文	本研究揭示了在自身免疫性关节炎中由OSM驱动的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用作为潜在药物靶点	确定了OSM信号通路作为JAK抑制剂在体内的主要靶向通路，并证明了巨噬细胞-成纤维细胞电路在自身免疫性关节炎中的关键作用	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全应用于人类自身免疫性关节炎	确定JAK抑制剂在自身免疫性关节炎中的治疗靶点	以胶原诱导性关节炎小鼠为研究对象，探讨巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用	数字病理学	自身免疫性关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	胶原诱导性关节炎小鼠的实验样本
247	2024-08-04	Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign 2024-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50608-2 PMID:39080277	研究论文	本研究开发了一种名为BrainAlign的自监督学习方法，用于人类与小鼠之间空间转录组学的全脑对齐	BrainAlign同時在两个分离的共享嵌入空间中编码斑点和基因，使用异构图神经网络进行全脑对齐	NA	研究人类与小鼠之间空间转录组学的对齐	人类和小鼠的大脑区域	计算机视觉	NA	自监督学习	异构图神经网络	空间转录组学数据	NA
248	2024-08-05	Metabolic reprogramming and heterogeneity during the decidualization process of endometrial stromal cells 2024-Jul-30, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01763-y PMID:39080628	研究论文	本文研究了人类子宫内膜细胞在妊娠过程中的代谢特征	首次综合分析了单细胞RNA测序数据，揭示了子宫内膜基质细胞转变为决孕细胞过程中的代谢重塑和异质性	研究主要集中于单细胞层面，尚未探讨大范围的组织或动物模型的代谢特征	旨在深入了解人类子宫内膜决孕化过程中细胞的代谢动态	研究对象为人类子宫内膜基质细胞及其向决孕细胞的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
249	2024-08-04	Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics 2024-Jul-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50737-8 PMID:39080318	研究论文	这篇文章通过空间转录组学研究了鹤虞豆的根瘤发生发展	本研究首次揭示了根瘤中感染区和外围组织的发育轨迹，并确定了相关的基因集	研究可能未能涵盖所有影响根瘤发生的基因和分子机制	旨在深入了解根瘤发生的分子事件，为开发共生固氮作物提供数据支持	研究对象为模式豆类植物鹤虞豆的根瘤发育	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
250	2024-08-04	Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae369 PMID:39082647	研究论文	本研究介绍了一种名为STREAM的新方法，用于推断来自单细胞转录组和染色质可及性数据的增强子驱动基因调控网络	STREAM结合了Steiner森林问题模型、混合二聚簇管道和次模优化，提供了一种创新的推断方法	NA	研究基因调控程序在复杂生物系统中的作用	单细胞转录组和染色质可及性数据，以推断增强子驱动的基因调控网络	数字病理学	阿尔茨海默病，弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤	RNA-seq，ATAC-seq	混合二聚簇，次模优化	文本	涉及阿尔茨海默病和弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤的数据集
251	2024-08-05	Identification of a pro-protein synthesis osteosarcoma subtype for predicting prognosis and treatment 2024-07-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67547-z PMID:39014082	研究论文	本研究识别了一种与前蛋白合成相关的骨肉瘤亚型，用于预测预后和治疗	提出了一种基于前蛋白合成骨肉瘤相关基因的预后模型，并通过单细胞RNA测序数据识别了七种骨肉瘤亚克隆类型	研究可能受限于公共数据库中的单细胞RNA测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨骨肉瘤发展的机制及其治疗策略	主要关注与前蛋白合成相关的骨肉瘤相关基因及其在预后中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	预后模型	基因组数据	NA
252	2024-08-04	Elevated SLC3A2 associated with poor prognosis and enhanced malignancy in gliomas 2024-07-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66484-1 PMID:38977800	研究论文	本研究探讨了SLC3A2在胶质瘤中的预后价值及其影响	首次阐明了SLC3A2在胶质瘤中与不良预后和恶性肿瘤特征的相关性	依赖公共数据库和临床样本，缺乏进一步的机制研究	明确SLC3A2在胶质瘤中的预后意义及其对肿瘤微环境的影响	胶质瘤样本及其相关的生物信息学数据	数字病理学	胶质瘤	Cox回归分析，功能富集分析，CCK8，克隆形成，迁移和侵袭实验	正交胶质瘤异种移植模型	生物信息学数据，临床样本	使用多个公共数据库和临床胶质瘤样本进行评估
253	2024-08-04	Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb 2024-Jul-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01950-w PMID:38978014	研究论文	本文介绍了MRCLinkdb数据库和算法，用于预测基于代谢物相关配体-受体相互作用的细胞间通讯	MRCLinkdb整合并组织了与非蛋白质配体-受体相互作用相关的数据，填补了现有工具的空白	研究主要集中在文献和已知数据库中的相互作用，可能存在数据不全面的情况	本研究旨在开发一个数据库，以提供基于代谢物的细胞间通信预测工具	本文研究了人类和小鼠的代谢物-配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞转录组测序，bulk RNA-seq/microarray	NA	数据集	收集了790个人类和670个小鼠的代谢物-配体-受体相互作用
254	2024-08-04	Multiomics profiling of buffy coat and plasma unveils etiology-specific signatures in hepatocellular carcinoma 2024-Jul, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0042 PMID:38486508	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肝细胞癌中致病因素特异性的血液生物标志物。	研究提出了根据病毒感染综合分析得出的致病因素特异性基因表达模式，发现了与肝细胞癌相关的新的血液生物标志物。	结果需进一步验证，特别是在不同人群和多种致病因素下的普适性和准确性。	探索肝细胞癌中特定病因的血液生物标志物，以提高早期检测能力。	肝细胞癌患者的buff coat和血浆样本。	数字病理学	肝癌	全转录组测序（WTS）和靶向蛋白组学分析	NA	基因表达数据	来源于HCC患者的样本及多个独立数据集的DEGs验证
255	2024-08-05	Enhancer demethylation-regulated gene score identified molecular subtypes, inspiring immunotherapy or CDK4/6 inhibitor therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105177 PMID:38924839	研究论文	本研究识别了食管鳞状细胞癌的分子亚型，以指导免疫疗法或CDK4/6抑制剂治疗。	提出了一种增强子去甲基化调控基因评分模型（EDRGS），能够有效分类食管鳞状细胞癌的亚型，并预测不同肿瘤的治疗反应。	本研究的样本规模在不同癌症类型中有所不同，可能影响结果的推广性。	旨在识别肿瘤亚型分类的特征，从而实现精准的临床治疗。	研究对象为食管鳞状细胞癌患者及多个癌症类型的相关数据。	数字病理学	食管癌	多组学数据分析	机器学习模型	多组学数据	310个食管鳞状细胞癌样本，60个单细胞RNA序列样本，其他癌症类型的数据包括42个、181个和348个样本
256	2024-08-04	Single-cell profiling of sarcomas from archival tissue reveals programs associated with resistance to immune checkpoint blockade 2024-Jul-31, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2976 PMID:39083415	研究论文	该文章探讨了如何从存档组织中进行肉瘤的单细胞分析，并揭示了与免疫检查点抑制剂抵抗相关的程序	提出了一种从冷冻组织中生成多模态单细胞基因组学和全基因组测序数据的新方法	由于肉瘤的结构复杂，使用尖端的分子分析方法生成高质量数据存在挑战	研究肉瘤的治疗机制及其对免疫检查点抑制剂的抵抗性	分析了来自两名接受免疫检查点抑制剂治疗患者的五个未分化多形性肉瘤和三个内膜肉瘤样本的细胞转录组	数字病理学	肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	75,716个细胞转录组，来自五个UPS和三个INS样本
257	2024-08-04	Single-cell analysis revealed that MTIF2 could promote hepatocellular carcinoma progression through modulating the ROS pathway 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34438 PMID:39082024	研究论文	本研究分析了线粒体翻译起始因子2 (MTIF2) 在肝细胞癌 (HCC) 中的表达及其生物功能。	研究首次确认MTIF2通过调节反应性氧种 (ROS) 通路促进肝细胞癌的进展，并揭示了MTIF2与SOD2的相互作用。	研究可能缺乏临床试验验证和长期随访的数据。	探讨MTIF2在HCC中的表达及其在癌症发展的作用。	研究对象为HCC组织中MTIF2的表达及其在不同细胞类型中的作用。	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因组数据	HCC组织和其旁癌组织中的10种细胞类型
258	2024-08-04	Advances in targeting cancer-associated fibroblasts through single-cell spatial transcriptomic sequencing 2024-Jul-29, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00622-9 PMID:39075612	综述	本文总结了针对癌症相关成纤维细胞的最新研究进展	结合单细胞RNA测序与空间转录组学解决了癌症相关成纤维细胞的空间景观缺失问题	主要为综述文章，可能缺乏新的实验数据	探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤组织中的作用及其靶向方法	癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的角色	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	文本	NA
259	2024-08-04	Single-cell hdWGCNA reveals metastatic protective macrophages and development of deep learning model in uveal melanoma 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05421-2 PMID:39075441	研究论文	本研究揭示了与转移样本相关的关键巨噬细胞亚群，并开发了一种深度学习模型用于预测眼部黑色素瘤患者的预后	使用单细胞转录组测序和高维加权基因共表达网络分析，识别出转移保护巨噬细胞及其相关的关键基因，为转移机制提供了新见解	研究中未提及样本的多样性和临床特征的考虑，可能影响模型的普适性	本研究的目的是识别与眼部黑色素瘤转移相关的巨噬细胞亚群及其功能，并开发预测模型	研究对象为眼部黑色素瘤患者的单细胞RNA测序样本	数字病理学	眼部黑色素瘤	单细胞RNA测序，机器学习	卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	NA
260	2024-08-04	Spatial transcriptome and single-cell reveal the role of nucleotide metabolism in colorectal cancer progression and tumor microenvironment 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05495-y PMID:39075485	研究论文	本研究揭示了核苷酸代谢在结直肠癌进展和肿瘤微环境中的作用	本研究通过单细胞转录组和空间转录组分析，首次揭示核苷酸代谢在结直肠癌细胞和免疫微环境中的核心基因和作用	尚未充分探讨核苷酸代谢的所有潜在影响，仅限于特定细胞群体和基因	探讨结直肠癌中核苷酸代谢的具体机制及其在肿瘤微环境中的作用	结直腸癌细胞及其相关的免疫微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组，空间转录组	机器学习算法	转录组数据	十种单细胞富集评分方法，经过四个额外的单细胞队列验证