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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-13 |
Advancements in Research and Treatment Applications of Patient-Derived Tumor Organoids in Colorectal Cancer
2024-Jul-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16152671
PMID:39123399
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综述 | 本文综述了患者来源的肿瘤类器官(PDTOs)在结直肠癌(CRC)治疗中的应用,作为一种新型的药物抗性筛选工具 | PDTOs能够重现肿瘤的结构、细胞异质性和基因组景观,是一种有价值的体外预测药物筛选工具 | NA | 探讨PDTOs在预测结直肠癌治疗反应、药物抗性和生物标志物识别方面的潜力 | 结直肠癌及其治疗中的药物抗性问题 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 类器官 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 242 | 2024-08-13 |
Decoding Clonal Hematopoiesis: Emerging Themes and Novel Mechanistic Insights
2024-Jul-24, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16152634
PMID:39123361
|
综述 | 本文综述了克隆性造血(CH)的细胞机制及其与炎症因子的关系 | 揭示了CH在老年人群中的普遍性及早期启动的可能性,并探讨了环境因素通过异常炎症促进克隆扩增和疾病进展的机制 | 克隆性造血现象的许多方面仍待阐明,精确机制、特定环境下的驱动因素及克隆扩增途径尚未完全建立 | 探讨克隆性造血的细胞机制及其与炎症因子的关系 | 克隆性造血及其相关疾病 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 243 | 2024-08-13 |
VNN2-expressing circulating monocytes exhibit unique functional characteristics and are decreased in patients with primary Sjögren's syndrome
2024-Jul, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2024.103275
PMID:38936146
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研究论文 | 本研究旨在阐明外周血单核细胞中VNN2表达的意义及其在原发性干燥综合征(pSS)中的临床相关性 | 研究首次发现VNN2在单核细胞中的高表达,并探讨了其在pSS中的潜在作用和诊断价值 | 研究主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术,未涉及VNN2功能的具体机制研究 | 阐明VNN2在原发性干燥综合征中的临床意义 | 外周血单核细胞中的VNN2表达 | NA | 原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2024-08-12 |
A comparison of scRNA-seq annotation methods based on experimentally labeled immune cell subtype dataset
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae392
PMID:39120646
|
研究论文 | 本研究构建了一个实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集,并系统评估了18种细胞注释方法 | 首次使用实验标记的免疫细胞亚型数据集来评估细胞注释方法,揭示了无监督聚类方法的不足,并为监督方法提供了新的数据集支持 | 无监督聚类方法无法完全拟合实际的细胞类型分布 | 评估和比较不同细胞注释方法在单细胞数据分析中的效果 | 免疫细胞亚型单细胞数据集和18种细胞注释方法 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | SVM, scBERT, scDeepSort, Seurat | 单细胞数据 | 同一批次实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 245 | 2024-08-12 |
Integrating single-cell RNA-seq to identify fibroblast-based molecular subtypes for predicting prognosis and therapeutic response in bladder cancer
2024-Jul-18, Aging
DOI:10.18632/aging.206021
PMID:39033778
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,通过识别纤维母细胞标记基因,为膀胱癌患者建立了基于分子亚型的预后和治疗反应预测模型 | 首次基于纤维母细胞标记基因建立了一个新的预后和免疫治疗反应预测模型 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别膀胱癌的分子亚型,以预测患者的预后和治疗反应 | 膀胱癌患者的纤维母细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | UMAP | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 246 | 2024-08-11 |
Integration of miRNA in exosomes and single-cell RNA-seq profiles in endemic osteoarthritis, Kashin-Beck disease
2024 Jul-Aug, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2033
PMID:38156801
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研究论文 | 研究整合了外泌体中的miRNA和单细胞RNA测序数据,以探索卡欣-贝克病(KBD)中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法 | 首次综合分析了KBD患者血清和软骨细胞来源的外泌体miRNA与单细胞RNA测序数据,揭示了外泌体miRNA可能在通过细胞间通讯调节不同KBD软骨细胞群基因表达中的潜在作用 | NA | 探索卡欣-贝克病中软骨细胞的功能和潜在的诊断与治疗方法 | 卡欣-贝克病(KBD)中的软骨细胞及其外泌体miRNA | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 血清来源的外泌体中鉴定出20个差异表达miRNA,软骨细胞来源的外泌体中鉴定出53个差异表达miRNA,以及16,063和57,316个预测目标基因 | NA | NA | NA | NA |
| 247 | 2024-08-11 |
A rule-based multiscale model of hepatic stellate cell plasticity: Critical role of the inactivation loop in fibrosis progression
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011858
PMID:39074160
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于规则的多尺度模型,用于研究肝星状细胞在纤维化进展和逆转过程中的动态变化 | 首次在模型中考虑了肝星状细胞表型的异质性,并使用Kappa图形重写语言来克服时间爆炸问题 | 模型主要基于实验数据和理论假设,需要进一步的实验验证 | 研究肝星状细胞在慢性肝病中纤维化进展和逆转的动态变化 | 肝星状细胞及其在纤维化过程中的作用 | NA | 慢性肝病 | Kappa图形重写语言 | 基于规则的模型 | 单细胞RNA测序数据 | 使用CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型和非酒精性脂肪性肝炎患者的RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 248 | 2024-08-10 |
Integrative and comprehensive pan-cancer analysis of ubiquitin specific peptidase 11 (USP11) as a prognostic and immunological biomarker
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34523
PMID:39114046
|
研究论文 | 本文通过综合分析多个来源的数据,评估了泛癌研究中作为预后和免疫生物标志物的重要性 | 首次全面评估了在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的预测作用 | NA | 研究作为泛癌研究中的预后和免疫生物标志物的作用 | 在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的影响 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括五个免疫治疗队列,三十三个TCGA队列,十六个GEO队列,其中两个涉及单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 249 | 2024-08-10 |
Targeting CD73 limits tumor progression and enhances anti-tumor activity of anti-PD-1 therapy in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Jul-13, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05869-1
PMID:39002018
|
研究论文 | 本研究旨在探讨免疫检查点阻断疗法(ICBs)在肝内胆管癌(iCCA)中疗效不佳的潜在机制,并探索基于ICB的合理联合治疗方案 | 发现CD73抑制剂AB680能限制肿瘤进展并增强GC化疗或抗PD-1治疗的疗效,同时有效引发抗肿瘤免疫反应 | NA | 解析免疫检查点阻断疗法在肝内胆管癌中疗效不佳的潜在机制,并探索有效的联合治疗方案 | 肝内胆管癌(iCCA)患者及肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序、Western blot、时间飞行质谱(CyTOF) | NA | 基因表达数据、蛋白质信号通路数据、免疫细胞功能数据 | 使用GSE151530数据集进行分析,构建了皮下肿瘤异种移植模型和自发性的AKT/NICD诱导的鼠iCCA模型 | NA | NA | NA | NA |
| 250 | 2024-08-10 |
Deletion of the Mitochondrial Membrane Protein Fam210b Is Associated with the Development of Systemic Lupus Erythematosus
2024-Jul-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25137253
PMID:39000360
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9方法构建Fam210b基因敲除小鼠,探讨Fam210b在系统性红斑狼疮(SLE)中的作用 | 首次实验证明Fam210b基因敲除与SLE发病机制的相关性,并揭示了通过ROS过量产生引发SLE的可能性 | NA | 验证Fam210b在SLE中的作用及其可能的分子机制 | Fam210b基因敲除小鼠及其在SLE中的表现 | NA | 系统性红斑狼疮 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞测序数据 | Fam210b基因敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic insights into chemotherapy-induced remodeling of the osteosarcoma tumor microenvironment
2024-Jul-20, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05787-2
PMID:39033089
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了化疗前后骨肉瘤患者的肿瘤样本,揭示了化疗对肿瘤微环境的复杂影响 | 研究发现化疗导致骨肉瘤细胞表达更多与干细胞相关的基因,并增强了癌症相关成纤维细胞的能力,同时增加了内皮细胞的数量但降低了其分化能力 | NA | 深入了解化疗如何重塑骨肉瘤的局部环境,以推进骨肉瘤治疗方案的发展 | 骨肉瘤患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 化疗前后收集的骨肉瘤患者肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 252 | 2024-08-09 |
Therapeutic potential of the secreted Kazal-type serine protease inhibitor SPINK4 in colitis
2024-Jul-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50048-y
PMID:38997284
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了炎症性肠病早期黏膜损伤与杯状细胞(GC)耗竭的关系,发现Kazal型丝氨酸蛋白酶抑制剂SPINK4在结肠炎肠道中的动态调节与疾病活动平行,并探讨了其在结肠炎治疗中的潜在治疗作用。 | 发现SPINK4在结肠炎中的动态调节,并证实其与现有TNF-α抑制剂infliximab在治疗结肠炎中的协同作用,以及通过Kazal样基序调节EGFR-Wnt/β-catenin和Hippo通路促进GC分化。 | NA | 探讨SPINK4在炎症性肠病中的作用及其作为治疗和诊断标志物的潜力。 | SPINK4在结肠炎中的调节及其治疗潜力。 | NA | 炎症性肠病 | 单细胞测序 | NA | NA | Spink4条件性敲除小鼠及健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2024-08-08 |
Identifying MSMO1, ELOVL6, AACS, and CERS2 related to lipid metabolism as biomarkers of Parkinson's disease
2024-07-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68585-3
PMID:39080336
|
研究论文 | 本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法,识别与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物。 | 首次将MSMO1, ELOVL6, AACS, 和CERS2作为与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物进行研究。 | NA | 旨在识别与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物。 | 帕金森病患者中的脂质代谢相关基因。 | 生物信息学 | 帕金森病 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR | 反向传播神经网络 | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-08-08 |
Sustained generation of neurons destined for neocortex with oxidative metabolic upregulation upon filamin abrogation
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110199
PMID:38989458
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研究论文 | 本文研究了在小鼠模型中通过抑制Flna和Flnb基因,成年V-SVZ区域是否能持续产生类似上层大脑皮层神经元的神经元 | 首次展示了成年V-SVZ区域通过上调氧化磷酸化、线粒体生物合成和血管丰富度,能够持续产生类似上层大脑皮层神经元的神经元 | NA | 探讨成年V-SVZ区域是否具有产生大脑皮层神经元的能力 | 小鼠模型中的V-SVZ区域 | 神经科学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-08-08 |
Mechanical stress during confined migration causes aberrant mitoses and c-MYC amplification
2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404551121
PMID:38990945
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研究论文 | 研究机械应力在限制性迁移过程中对肿瘤细胞基因组完整性的影响 | 发现机械应力在转移性迁移过程中通过c-MYC位点扩增促进基因毒性和致癌事件,并绕过检查点控制 | NA | 探究转移性间质迁移产生的机械应力是否导致肿瘤细胞染色体不稳定性的增强 | 转移性肿瘤细胞在限制性迁移过程中的行为 | 数字病理学 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 256 | 2024-08-07 |
Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction
2024-07-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67537-1
PMID:39068182
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型,深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能 | 揭示了11种不同的微胶质细胞亚群,并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络,同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型,用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性 | NA | 深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制,并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度 | 阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 257 | 2024-08-07 |
Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data
2024-07-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68054-x
PMID:39048596
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞测序数据,在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征,用于胃癌的分层 | 首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征,并验证了其对预后和治疗反应的预测能力 | NA | 开发基于免疫衰老的基因特征,用于胃癌的分层和治疗选择 | 胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 测序技术 | 随机森林算法,多元Cox算法 | 转录组数据,单细胞数据 | 训练集为TCGA-STAD队列,验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列,以及复旦队列 | NA | NA | NA | NA |
| 258 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma
2024-07-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-65090-5
PMID:39043683
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研究论文 | 本研究旨在探讨内质网应激(ERS)在头颈部鳞状细胞癌(HNSC)中的预测价值及其与肿瘤微环境(TME)的相关性 | 本研究开发了一个由三个基因(ATF6, TRIB3, UBXN6)组成的ERS相关签名,具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值 | NA | 研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSC)中的内质网应激(ERS)相关基因及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序 | NA | mRNA, 单细胞RNA测序数据 | 基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 259 | 2024-08-07 |
Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer
2024-Jul-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05472-5
PMID:39033271
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤坏死因子受体2(TNFR2)在三阴性乳腺癌(TNBC)化疗中通过调节糖酵解促进内皮细胞抑制CD8+ T细胞的作用。 | 首次揭示了TNFR2在TNBC化疗中通过调节内皮细胞的糖酵解活性来抑制CD8+ T细胞的机制。 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据,需要在人体中进一步验证。 | 揭示内皮细胞在TNBC化疗中对CD8+ T细胞的抑制作用及其机制。 | 三阴性乳腺癌患者接受紫杉醇治疗后的内皮细胞和CD8+ T细胞。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 涉及TNBC患者的内皮细胞和CD8+ T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 260 | 2024-08-07 |
Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients
2024-07-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55375-0
PMID:39034310
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,系统筛选多个数据库,以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞(CAFs)的最强标记,特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估 | 首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境(TME)组中的独特作用,并确定COL1A1为最有效的CAF标记 | 研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用,这可能导致临床应用中的混淆和障碍 | 旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |