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当前共找到 493 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-10-10 |
CCR1 and CCR2 Coexpression on Monocytes Is Nonredundant and Delineates a Distinct Monocyte Subpopulation
2024-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2400007
PMID:38829123
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研究论文 | 研究探讨了单核细胞上CCR1和CCR2的共表达及其在炎症中的作用 | 提出CCR1和CCR2的共表达并非冗余，而是标记了一个独特的单核细胞亚群 | NA | 验证CCR1和CCR2在单核细胞上的共表达是否冗余，并探讨其在炎症中的作用 | CCR1、CCR2、CCR3和CCR5受体及其在单核细胞上的表达 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠单核细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 222 | 2024-10-06 |
A fibroblast-dependent TGF-β1/sFRP2 noncanonical Wnt signaling axis promotes epithelial metaplasia in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-Jul-09, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174598
PMID:38980870
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研究论文 | 研究了纤维母细胞依赖的TGF-β1/sFRP2非经典Wnt信号轴在特发性肺纤维化中促进上皮化生的机制 | 发现了TGF-β1信号通过sFRP2激活非经典Wnt信号轴，促进特发性肺纤维化中的上皮化生 | 研究仅限于细胞和组织水平，未涉及临床试验 | 探讨特发性肺纤维化中纤维母细胞与上皮细胞相互作用的机制 | 特发性肺纤维化患者的肺组织和纤维母细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自特发性肺纤维化患者和非疾病捐赠者的肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 223 | 2024-10-05 |
The dynamic behavior of chromatophores marks the transition from bands to spots in leopard geckos
2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2400486121
PMID:38976731
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研究论文 | 研究豹纹守宫皮肤颜色从带状到斑点的转变过程 | 首次揭示了豹纹守宫皮肤颜色从带状到斑点的转变机制，并通过遗传分析和单细胞转录组学分析确定了关键基因的作用 | 研究主要集中在豹纹守宫的特定基因型，可能不适用于其他物种或基因型 | 探讨爬行动物皮肤颜色形成的发育过程和分子信号通路 | 豹纹守宫的带状和斑点皮肤模式 | NA | NA | 单细胞转录组学分析 | NA | 基因序列 | 豹纹守宫的胚胎皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 224 | 2024-10-04 |
Circadian control of tumor immunosuppression affects efficacy of immune checkpoint blockade
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01859-0
PMID:38806707
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研究论文 | 研究昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响 | 首次揭示了昼夜节律对免疫抑制细胞丰度的调控作用，并展示了时间依赖的免疫检查点阻断疗法效果 | NA | 探讨昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响 | 结直肠癌模型中的免疫抑制细胞和细胞毒性CD8 T细胞 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 225 | 2024-09-28 |
Benchmarking Algorithms for Gene Set Scoring of Single-cell ATAC-seq Data
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae014
PMID:39049508
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研究论文 | 本文系统地评估了十种基因集评分（GSS）工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能 | 首次系统地比较了多种GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的表现，并提供了实用的选择指南 | 研究主要集中在GSS工具的性能评估，未深入探讨其生物学意义 | 评估现有GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能 | 单细胞ATAC-seq数据和GSS工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因集评分数据 | 多达十个单细胞ATAC-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 226 | 2024-09-28 |
Opportunities and Challenges in Advancing Plant Research with Single-cell Omics
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae026
PMID:38996445
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在植物研究中的应用及其面临的挑战 | 介绍了单细胞转录组学、表观组学、蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学等技术在植物科学中的应用 | 单细胞技术在植物中的应用受到细胞结构的限制 | 探讨单细胞组学技术在植物系统中的进展、未来研究应用及其面临的挑战 | 植物细胞类型及其发育过程 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 227 | 2024-09-27 |
Early-stage lung cancer is driven by a transitional cell state dependent on a KRAS-ITGA3-SRC axis
2024-Jul, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00113-5
PMID:38755258
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研究论文 | 研究探讨了KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系 | 通过单细胞RNA测序揭示了AT2细胞在早期肺腺癌中的过渡状态，并发现KRAS突变通过ITGA3-SRC轴影响这一状态 | 研究主要基于AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者的样本，可能需要更多临床样本验证 | 探讨KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系 | AT2细胞、小鼠、早期肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 228 | 2024-09-23 |
Pan-cancer mapping of single CD8+ T cell profiles reveals a TCF1:CXCR6 axis regulating CD28 co-stimulation and anti-tumor immunity
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101640
PMID:38959885
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD28共刺激信号和抗肿瘤免疫中的作用 | 本文首次揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD8+ T细胞功能和抗肿瘤免疫中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 揭示CD8+ T细胞在不同肿瘤微环境中的表达程序，为下一代免疫疗法提供依据 | CD8+ T细胞在七种人类癌症中的表达模式 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 矩阵分解算法 | 基因表达数据 | 33,161个CD8+ T细胞样本，来自132名患有七种癌症的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 229 | 2024-09-20 |
The role of the fibroblast in Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma
2024-Jul-01, Current opinion in gastroenterology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/MOG.0000000000001032
PMID:38626060
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综述 | 本文综述了间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用，并探讨了针对这些细胞的转化前景 | 通过单细胞RNA测序研究揭示了间质在发育信号传导和癌症启动中的新兴作用，并提出了针对癌症相关成纤维细胞的潜在治疗策略 | NA | 探讨间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用 | Barrett食管和食管腺癌中的间质和癌症相关成纤维细胞 | NA | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 230 | 2024-09-19 |
LncRNAs in the Dlk1-Dio3 Domain Are Essential for Mid-Embryonic Heart Development
2024-Jul-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25158184
PMID:39125754
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研究论文 | 研究了Dlk1-Dio3域中的长非编码RNA（lncRNA）在胚胎中期心脏发育中的关键作用 | 构建了转录终止模型，并通过插入终止序列阐明了Dlk1-Dio3域中lncRNA表达缺失导致母系插入突变体（MKI）和纯合突变体（HOMO）小鼠从E13.5开始死亡 | 未详细描述研究中使用的具体lncRNA种类及其在心脏发育中的具体机制 | 探讨Dlk1-Dio3域中的lncRNA在胚胎中期心脏发育中的作用 | Dlk1-Dio3域中的lncRNA及其在心脏发育中的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）、原位杂交（IHC） | NA | RNA | 母系插入突变体（MKI）、纯合突变体（HOMO）和亲本插入突变体（PKI）小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 231 | 2024-09-17 |
Deep learning approaches for non-coding genetic variant effect prediction: current progress and future prospects
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae446
PMID:39276327
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综述 | 本文综述了基于批量和单细胞测序数据的非编码变异模型的发展及其模型解释和下游任务 | 本文提供了对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述，并指出了改进的机会 | 当前方法在变异效应预测研究中存在局限性 | 探讨基因变异影响和调控机制，提供对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述 | 非编码变异及其对基因调控的影响 | 机器学习 | NA | 测序技术 | 深度学习模型 | 基因数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 232 | 2024-09-17 |
scHyper: reconstructing cell-cell communication through hypergraph neural networks
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae436
PMID:39276328
|
研究论文 | 提出了一种名为scHyper的新方法，通过超图神经网络从全局网络视角推断细胞间通信 | scHyper通过超图表示学习，能够重建细胞间通信得分，并识别所有细胞、配体和受体表达对通信得分的影响 | NA | 推断细胞间通信并识别其潜在影响 | 细胞间通信网络 | 机器学习 | NA | 超图神经网络 | 超图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 人类肿瘤微环境和免疫细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 233 | 2024-09-14 |
Generation of novel lipid metabolism-based signatures to predict prognosis and immunotherapy response for colorectal adenocarcinoma
2024-07-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67549-x
PMID:39060344
|
研究论文 | 本研究旨在生成基于脂质代谢的特征，以预测结直肠腺癌（COAD）的预后和免疫治疗反应 | 本研究首次生成了基于脂质代谢的特征，用于预测COAD的预后和免疫治疗反应，并提供了潜在的治疗靶点 | 本研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限，未来需要更多验证性研究 | 生成基于脂质代谢的特征，预测结直肠腺癌的预后和免疫治疗反应 | 结直肠腺癌（COAD）患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自TCGA数据库的COAD患者数据，以及来自GSE132465数据集的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 234 | 2024-09-14 |
SFINN: inferring gene regulatory network from single-cell and spatial transcriptomic data with shared factor neighborhood and integrated neural network
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae433
PMID:38950180
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于共享因子邻域和集成神经网络（SFINN）的新型深度学习框架，用于从单细胞和空间转录组数据中推断转录因子与目标基因之间的潜在相互作用和因果关系 | SFINN利用共享因子邻域构建基于基因表达数据的细胞邻域网络，并整合来自空间位置信息的细胞网络，通过图卷积神经网络和全连接神经网络的集成框架来确定基因是否相互作用 | NA | 开发一种准确的基因调控网络（GRN）推断算法，以应对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的噪声、技术误差和丢失现象 | 单细胞和空间转录组数据中的转录因子与目标基因之间的相互作用和因果关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序 | 图卷积神经网络（GCN），全连接神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 235 | 2024-09-14 |
PredGCN: a Pruning-enabled Gene-Cell Net for automatic cell annotation of single cell transcriptome data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae421
PMID:38924517
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研究论文 | 本文提出了一种名为PredGCN的基因-细胞网络，用于单细胞转录组数据的自动细胞注释 | PredGCN结合了Coupled Gene-Cell Net和Gene Splicing Net以及Cell Stratification Net，并通过剪枝操作动态处理异质性细胞识别问题，优化子网络结构以提高细胞类型注释的准确性 | NA | 解决现有自动注释方法在深度学习分类器架构和训练数据质量与多样性方面的局限性 | 单细胞转录组数据的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 深度学习 | GCN | 转录组数据 | 多种物种的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 236 | 2024-09-14 |
ScType enables fast and accurate cell type identification from spatial transcriptomics data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae426
PMID:38936341
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scType的无解卷积标记细胞注释方法，用于从空间转录组数据中快速准确地识别细胞类型 | scType无需进行计算密集型的解卷积，也不需要大型单细胞参考图谱，从而实现了超快速且准确的细胞类型识别 | NA | 开发一种无需解卷积的细胞类型注释方法，以应对空间转录组技术分辨率的提高 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 237 | 2024-09-14 |
DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae434
PMID:38950178
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepGSEA的可解释深度基因集富集分析方法，用于单细胞转录组数据 | DeepGSEA利用可解释的原型神经网络，能够在单细胞基因表达数据中进行深入的基因集富集分析，并提供可视化的基因集分布 | NA | 开发一种新的深度学习方法，用于单细胞转录组数据的基因集富集分析，并提高分析的可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集富集分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 原型神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 238 | 2024-09-07 |
Pericytes recruited by CCL28 promote vascular normalization after anti-angiogenesis therapy through RA/RXRA/ANGPT1 pathway in lung adenocarcinoma
2024-Jul-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03135-3
PMID:39075504
|
研究论文 | 研究了CCL28在抗血管生成治疗后通过RA/RXRA/ANGPT1途径促进肺腺癌血管正常化的分子机制 | 首次详细报道了抗血管生成治疗后血管正常化的分子机制 | NA | 探讨抗血管生成治疗后肿瘤血管正常化的分子机制 | 肺腺癌细胞和人源及鼠源的肺腺癌细胞系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞测序、免疫荧光、多重免疫组化、磁激活细胞分选、实时定量PCR、Western blotting、LC-MS技术、ChIP-qPCR | NA | 细胞、组织 | 人源肺腺癌细胞系A549和鼠源肺腺癌细胞系LLC，以及临床活检样本和原代肺腺癌肿瘤组织中的周细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 239 | 2024-09-07 |
ST-SCSR: identifying spatial domains in spatial transcriptomics data via structure correlation and self-representation
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae437
PMID:39228303
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研究论文 | 提出了一种名为ST-SCSR的新算法，用于在空间转录组数据中识别空间域，该算法结合了局部信息、全局信息和空间域的相似性 | ST-SCSR通过矩阵三因子分解同时分解表达谱和空间网络，融合了表达和空间特征，并通过局部保留和稀疏约束增强了图的质量 | NA | 开发一种新的算法来解决现有空间域识别方法中忽略局部信息和空间域关系的问题 | 空间转录组数据中的空间域 | 生物信息学 | NA | 矩阵三因子分解 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 240 | 2024-09-06 |
Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis from pluripotent stem cells
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110242
PMID:39040067
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研究论文 | 研究了肌营养不良蛋白缺乏对人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了肌营养不良蛋白缺乏导致细胞在体节阶段分化为替代分支，并影响了细胞状态转换相关的细胞连接蛋白 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内模型 | 探讨肌营养不良蛋白缺乏对胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响 | 人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中的细胞连接形成 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |