单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-07	Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients 2024-07-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55375-0 PMID:39034310	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，系统筛选多个数据库，以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最强标记，特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估	首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境（TME）组中的独特作用，并确定COL1A1为最有效的CAF标记	研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用，这可能导致临床应用中的混淆和障碍	旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记	非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未具体说明样本数量
222	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing reveals SPP1-CD44-mediated macrophage-tumor cell interactions drive chemoresistance in TNBC 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18525 PMID:38982317	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了三阴性乳腺癌（TNBC）中化疗耐药的机制	首次揭示了SPP1-CD44介导的巨噬细胞与肿瘤细胞相互作用在TNBC化疗耐药中的作用	研究样本量较小，仅包括五个化疗敏感和五个耐药的TNBC患者	探究三阴性乳腺癌化疗耐药的分子机制	三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	10个TNBC患者样本（5个化疗敏感和5个耐药）
223	2024-08-07	Tropism for ciliated cells is the dominant driver of influenza viral burst size in the human airway 2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2320303121 PMID:39008691	研究论文	研究了不同上皮细胞类型对流感病毒在人呼吸道中的复制动力学和负担的影响	揭示了纤毛细胞在流感病毒爆发规模中的主导作用，并发现感染的分泌细胞与总体病毒输出减少相关	NA	探究不同上皮细胞类型对流感病毒复制动力学和负担的影响	人呼吸道中的不同上皮细胞类型	NA	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个供体和30种独立分化条件下的原代人呼吸道培养物
224	2024-08-07	Fatecode enables cell fate regulator prediction using classification-supervised autoencoder perturbation 2024-Jul-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100819 PMID:38986613	研究论文	本文提出了一种名为Fatecode的计算方法，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞命运调控因子	Fatecode利用深度学习分类监督自编码器学习单细胞RNA测序数据的潜在表示，并通过在潜在表示上进行模拟扰动实验来预测基因	NA	加速疾病或损伤后的恢复	细胞命运调控因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	不同生物的血液和大脑发育的单细胞RNA测序数据
225	2024-08-07	Directly selecting cell-type marker genes for single-cell clustering analyses 2024-Jul-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100810 PMID:38981475	研究论文	本文介绍了一种名为Festem的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因进行单细胞聚类分析	Festem方法能够区分具有异质性分布的标记基因，这些基因对细胞聚类具有信息性，且能高精度地选择标记基因	NA	开发一种新的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因，以提高单细胞RNA测序研究中的细胞类型识别准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型及其标记基因	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	一个大型的肝内胆管癌数据集
226	2024-08-07	Metastasis and basement membrane-related signature enhances hepatocellular carcinoma prognosis and diagnosis by integrating single-cell RNA sequencing analysis and immune microenvironment assessment 2024-Jul-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05493-0 PMID:39085893	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序分析和免疫微环境评估，探讨了转移和基底膜相关标志物在肝细胞癌（HCC）预后和诊断中的作用。	本研究首次构建了基于转移和基底膜相关基因（MBRGs）的预后模型，并结合免疫相关算法分析了高风险和低风险组的免疫景观和活性。	研究样本主要来自TCGA和ICGC数据库，可能存在一定的选择偏倚；实验验证主要依赖于数据库分析，缺乏体内外实验的直接证据。	旨在通过研究转移和基底膜相关标志物，提高肝细胞癌患者的生存结果和治疗效果。	肝细胞癌（HCC）患者及其转移和基底膜相关基因（MBRGs）。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归分析	转录组数据	424名来自TCGA数据库的HCC患者和240名来自ICGC数据库的HCC患者
227	2024-08-07	scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae371 PMID:39060167	研究论文	本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA，用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断	scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布（ZINB）损失函数，结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略，优化了低表达基因的贡献	NA	开发一种新的细胞类型推断方法，以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	注意力机制、图卷积网络（GCN）	基因表达数据	15个单细胞RNA测序数据集
228	2024-08-07	Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis 2024-Jul-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278431.123 PMID:38981682	研究论文	本文介绍了SiPSiC方法，用于在单细胞水平上推断通路活性，以进行更敏感的差异分析和细胞聚类	SiPSiC方法能够在单细胞水平上更敏感地进行差异分析，并利用通路评分进行细胞聚类和计算UMAP等投影	NA	开发一种新方法来推断单细胞中的通路活性，以改进细胞聚类和差异分析	COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因集	NA
229	2024-08-07	Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622 PMID:38917802	研究论文	本研究分析了进行性多灶性白质脑病（PML）患者脑脊液（CSF）中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞，以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群	首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞，揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因	NA	研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用	进行性多灶性白质脑病（PML）患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞	NA	进行性多灶性白质脑病	单细胞转录组学	NA	细胞	NA
230	2024-08-07	Monitoring melanoma patients on treatment reveals a distinct macrophage population driving targeted therapy resistance 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101611 PMID:38942020	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者中耐药和响应肿瘤的细针抽吸物，揭示了与靶向治疗耐药相关的特定巨噬细胞群体。	发现了与靶向治疗耐药相关的POSTN基因及其信号传导的巨噬细胞群体，并证明了这些巨噬细胞通过CD44受体直接保护黑色素瘤细胞免受MEKi诱导的杀伤。	NA	揭示黑色素瘤靶向治疗耐药的机制	黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤样本
231	2024-08-07	Deciphering the role of ferroptosis in rheumatoid arthritis: Synovial transcriptome analysis and immune infiltration correlation 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33648 PMID:39091931	研究论文	本研究通过转录组分析和免疫浸润相关性探讨铁死亡在类风湿性关节炎中的作用	首次揭示了铁死亡相关基因在类风湿性关节炎中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了TIMP1作为潜在的生物标志物和治疗靶点	NA	探讨铁死亡在类风湿性关节炎发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	数字病理学	类风湿性关节炎	转录组差异基因分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、受试者工作特征（ROC）曲线分析、单细胞测序	NA	转录组数据、单细胞测序数据	来自类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本
232	2024-08-07	Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms 2024-Jul-10, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100592 PMID:38925122	研究论文	本文利用合成DNA条形码数据集来识别单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的单细胞（singlets），并评估双细胞（doublets）检测算法	提出了一种新的框架“singletCode”，用于评估现有的双细胞检测方法，并利用真实单细胞数据训练机器学习分类器，该分类器在双细胞检测算法中表现更优	NA	开发一种新的方法来识别和评估scRNA-seq数据中的单细胞和双细胞	单细胞RNA测序数据中的单细胞和双细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	机器学习分类器	RNA序列	NA
233	2024-08-05	Oncostatin M-driven macrophage-fibroblast circuits as a drug target in autoimmune arthritis 2024-Jul-31, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00347-0 PMID:39080781	研究论文	本研究揭示了在自身免疫性关节炎中由OSM驱动的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用作为潜在药物靶点	确定了OSM信号通路作为JAK抑制剂在体内的主要靶向通路，并证明了巨噬细胞-成纤维细胞电路在自身免疫性关节炎中的关键作用	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全应用于人类自身免疫性关节炎	确定JAK抑制剂在自身免疫性关节炎中的治疗靶点	以胶原诱导性关节炎小鼠为研究对象，探讨巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用	数字病理学	自身免疫性关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	胶原诱导性关节炎小鼠的实验样本
234	2024-08-04	Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign 2024-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50608-2 PMID:39080277	研究论文	本研究开发了一种名为BrainAlign的自监督学习方法，用于人类与小鼠之间空间转录组学的全脑对齐	BrainAlign同時在两个分离的共享嵌入空间中编码斑点和基因，使用异构图神经网络进行全脑对齐	NA	研究人类与小鼠之间空间转录组学的对齐	人类和小鼠的大脑区域	计算机视觉	NA	自监督学习	异构图神经网络	空间转录组学数据	NA
235	2024-08-05	Metabolic reprogramming and heterogeneity during the decidualization process of endometrial stromal cells 2024-Jul-30, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01763-y PMID:39080628	研究论文	本文研究了人类子宫内膜细胞在妊娠过程中的代谢特征	首次综合分析了单细胞RNA测序数据，揭示了子宫内膜基质细胞转变为决孕细胞过程中的代谢重塑和异质性	研究主要集中于单细胞层面，尚未探讨大范围的组织或动物模型的代谢特征	旨在深入了解人类子宫内膜决孕化过程中细胞的代谢动态	研究对象为人类子宫内膜基质细胞及其向决孕细胞的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
236	2024-08-04	Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics 2024-Jul-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50737-8 PMID:39080318	研究论文	这篇文章通过空间转录组学研究了鹤虞豆的根瘤发生发展	本研究首次揭示了根瘤中感染区和外围组织的发育轨迹，并确定了相关的基因集	研究可能未能涵盖所有影响根瘤发生的基因和分子机制	旨在深入了解根瘤发生的分子事件，为开发共生固氮作物提供数据支持	研究对象为模式豆类植物鹤虞豆的根瘤发育	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
237	2024-08-04	Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae369 PMID:39082647	研究论文	本研究介绍了一种名为STREAM的新方法，用于推断来自单细胞转录组和染色质可及性数据的增强子驱动基因调控网络	STREAM结合了Steiner森林问题模型、混合二聚簇管道和次模优化，提供了一种创新的推断方法	NA	研究基因调控程序在复杂生物系统中的作用	单细胞转录组和染色质可及性数据，以推断增强子驱动的基因调控网络	数字病理学	阿尔茨海默病，弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤	RNA-seq，ATAC-seq	混合二聚簇，次模优化	文本	涉及阿尔茨海默病和弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤的数据集
238	2024-08-05	Identification of a pro-protein synthesis osteosarcoma subtype for predicting prognosis and treatment 2024-07-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67547-z PMID:39014082	研究论文	本研究识别了一种与前蛋白合成相关的骨肉瘤亚型，用于预测预后和治疗	提出了一种基于前蛋白合成骨肉瘤相关基因的预后模型，并通过单细胞RNA测序数据识别了七种骨肉瘤亚克隆类型	研究可能受限于公共数据库中的单细胞RNA测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨骨肉瘤发展的机制及其治疗策略	主要关注与前蛋白合成相关的骨肉瘤相关基因及其在预后中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	预后模型	基因组数据	NA
239	2024-08-04	Elevated SLC3A2 associated with poor prognosis and enhanced malignancy in gliomas 2024-07-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66484-1 PMID:38977800	研究论文	本研究探讨了SLC3A2在胶质瘤中的预后价值及其影响	首次阐明了SLC3A2在胶质瘤中与不良预后和恶性肿瘤特征的相关性	依赖公共数据库和临床样本，缺乏进一步的机制研究	明确SLC3A2在胶质瘤中的预后意义及其对肿瘤微环境的影响	胶质瘤样本及其相关的生物信息学数据	数字病理学	胶质瘤	Cox回归分析，功能富集分析，CCK8，克隆形成，迁移和侵袭实验	正交胶质瘤异种移植模型	生物信息学数据，临床样本	使用多个公共数据库和临床胶质瘤样本进行评估
240	2024-08-04	Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb 2024-Jul-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01950-w PMID:38978014	研究论文	本文介绍了MRCLinkdb数据库和算法，用于预测基于代谢物相关配体-受体相互作用的细胞间通讯	MRCLinkdb整合并组织了与非蛋白质配体-受体相互作用相关的数据，填补了现有工具的空白	研究主要集中在文献和已知数据库中的相互作用，可能存在数据不全面的情况	本研究旨在开发一个数据库，以提供基于代谢物的细胞间通信预测工具	本文研究了人类和小鼠的代谢物-配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞转录组测序，bulk RNA-seq/microarray	NA	数据集	收集了790个人类和670个小鼠的代谢物-配体-受体相互作用