单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 509 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-07 |
Comment on Hu et al. Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Role of Microglia in Fibrovascular Membrane of Proliferative Diabetic Retinopathy. Diabetes 2022;71:762-773
2024-Jul-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0041
PMID:38900953
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-08-07 |
Metastasis and basement membrane-related signature enhances hepatocellular carcinoma prognosis and diagnosis by integrating single-cell RNA sequencing analysis and immune microenvironment assessment
2024-Jul-31, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05493-0
PMID:39085893
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析和免疫微环境评估，探讨了转移和基底膜相关标志物在肝细胞癌（HCC）预后和诊断中的作用。 | 本研究首次构建了基于转移和基底膜相关基因（MBRGs）的预后模型，并结合免疫相关算法分析了高风险和低风险组的免疫景观和活性。 | 研究样本主要来自TCGA和ICGC数据库，可能存在一定的选择偏倚；实验验证主要依赖于数据库分析，缺乏体内外实验的直接证据。 | 旨在通过研究转移和基底膜相关标志物，提高肝细胞癌患者的生存结果和治疗效果。 | 肝细胞癌（HCC）患者及其转移和基底膜相关基因（MBRGs）。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归分析 | 转录组数据 | 424名来自TCGA数据库的HCC患者和240名来自ICGC数据库的HCC患者 |
| 203 | 2024-08-07 |
scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae371
PMID:39060167
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研究论文 | 本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA，用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断 | scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布（ZINB）损失函数，结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略，优化了低表达基因的贡献 | NA | 开发一种新的细胞类型推断方法，以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力机制、图卷积网络（GCN） | 基因表达数据 | 15个单细胞RNA测序数据集 |
| 204 | 2024-08-07 |
Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis
2024-Jul-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278431.123
PMID:38981682
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研究论文 | 本文介绍了SiPSiC方法，用于在单细胞水平上推断通路活性，以进行更敏感的差异分析和细胞聚类 | SiPSiC方法能够在单细胞水平上更敏感地进行差异分析，并利用通路评分进行细胞聚类和计算UMAP等投影 | NA | 开发一种新方法来推断单细胞中的通路活性，以改进细胞聚类和差异分析 | COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因集 | NA |
| 205 | 2024-08-07 |
Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622
PMID:38917802
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研究论文 | 本研究分析了进行性多灶性白质脑病（PML）患者脑脊液（CSF）中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞，以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞，揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因 | NA | 研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用 | 进行性多灶性白质脑病（PML）患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞 | NA | 进行性多灶性白质脑病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | NA |
| 206 | 2024-08-07 |
Monitoring melanoma patients on treatment reveals a distinct macrophage population driving targeted therapy resistance
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101611
PMID:38942020
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者中耐药和响应肿瘤的细针抽吸物，揭示了与靶向治疗耐药相关的特定巨噬细胞群体。 | 发现了与靶向治疗耐药相关的POSTN基因及其信号传导的巨噬细胞群体，并证明了这些巨噬细胞通过CD44受体直接保护黑色素瘤细胞免受MEKi诱导的杀伤。 | NA | 揭示黑色素瘤靶向治疗耐药的机制 | 黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤样本 |
| 207 | 2024-08-07 |
Deciphering the role of ferroptosis in rheumatoid arthritis: Synovial transcriptome analysis and immune infiltration correlation
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33648
PMID:39091931
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和免疫浸润相关性探讨铁死亡在类风湿性关节炎中的作用 | 首次揭示了铁死亡相关基因在类风湿性关节炎中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了TIMP1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探讨铁死亡在类风湿性关节炎发病机制中的作用 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 转录组差异基因分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、受试者工作特征（ROC）曲线分析、单细胞测序 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据 | 来自类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本 |
| 208 | 2024-08-07 |
Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms
2024-Jul-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100592
PMID:38925122
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研究论文 | 本文利用合成DNA条形码数据集来识别单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的单细胞（singlets），并评估双细胞（doublets）检测算法 | 提出了一种新的框架“singletCode”，用于评估现有的双细胞检测方法，并利用真实单细胞数据训练机器学习分类器，该分类器在双细胞检测算法中表现更优 | NA | 开发一种新的方法来识别和评估scRNA-seq数据中的单细胞和双细胞 | 单细胞RNA测序数据中的单细胞和双细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 机器学习分类器 | RNA序列 | NA |
| 209 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics at the brain-electrode interface in rat motor cortex and the relationship to recording quality
2024-Jul-31, Journal of neural engineering
IF:3.7Q2
DOI:10.1088/1741-2552/ad5936
PMID:38885679
|
研究论文 | 研究了大脑电极植入后的外来物反应及其与记录质量的关系 | 采用空间转录组学的方法识别电极植入引发的基因表达变化，并将其与传统的神经胶质反应和电生理记录质量进行比较 | 研究主要集中在大鼠的运动皮层，结果可能无法直接推广到其他脑区或物种 | 探讨电极植入对脑组织的影响，并寻找与记录信号质量相关的生物标志物 | 使用功能性微电极阵列的慢性植入大鼠 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 在电极周围的300μm范围内对不同时间点的脑组织进行分析，共涉及553个显著不同表达的基因 |
| 210 | 2024-08-05 |
Oncostatin M-driven macrophage-fibroblast circuits as a drug target in autoimmune arthritis
2024-Jul-31, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-024-00347-0
PMID:39080781
|
研究论文 | 本研究揭示了在自身免疫性关节炎中由OSM驱动的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用作为潜在药物靶点 | 确定了OSM信号通路作为JAK抑制剂在体内的主要靶向通路，并证明了巨噬细胞-成纤维细胞电路在自身免疫性关节炎中的关键作用 | 本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全应用于人类自身免疫性关节炎 | 确定JAK抑制剂在自身免疫性关节炎中的治疗靶点 | 以胶原诱导性关节炎小鼠为研究对象，探讨巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用 | 数字病理学 | 自身免疫性关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 胶原诱导性关节炎小鼠的实验样本 |
| 211 | 2024-08-04 |
Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign
2024-Jul-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50608-2
PMID:39080277
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为BrainAlign的自监督学习方法，用于人类与小鼠之间空间转录组学的全脑对齐 | BrainAlign同時在两个分离的共享嵌入空间中编码斑点和基因，使用异构图神经网络进行全脑对齐 | NA | 研究人类与小鼠之间空间转录组学的对齐 | 人类和小鼠的大脑区域 | 计算机视觉 | NA | 自监督学习 | 异构图神经网络 | 空间转录组学数据 | NA |
| 212 | 2024-08-05 |
Metabolic reprogramming and heterogeneity during the decidualization process of endometrial stromal cells
2024-Jul-30, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01763-y
PMID:39080628
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研究论文 | 本文研究了人类子宫内膜细胞在妊娠过程中的代谢特征 | 首次综合分析了单细胞RNA测序数据，揭示了子宫内膜基质细胞转变为决孕细胞过程中的代谢重塑和异质性 | 研究主要集中于单细胞层面，尚未探讨大范围的组织或动物模型的代谢特征 | 旨在深入了解人类子宫内膜决孕化过程中细胞的代谢动态 | 研究对象为人类子宫内膜基质细胞及其向决孕细胞的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 213 | 2024-08-04 |
Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics
2024-Jul-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50737-8
PMID:39080318
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研究论文 | 这篇文章通过空间转录组学研究了鹤虞豆的根瘤发生发展 | 本研究首次揭示了根瘤中感染区和外围组织的发育轨迹，并确定了相关的基因集 | 研究可能未能涵盖所有影响根瘤发生的基因和分子机制 | 旨在深入了解根瘤发生的分子事件，为开发共生固氮作物提供数据支持 | 研究对象为模式豆类植物鹤虞豆的根瘤发育 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 214 | 2024-08-04 |
Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae369
PMID:39082647
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研究论文 | 本研究介绍了一种名为STREAM的新方法，用于推断来自单细胞转录组和染色质可及性数据的增强子驱动基因调控网络 | STREAM结合了Steiner森林问题模型、混合二聚簇管道和次模优化，提供了一种创新的推断方法 | NA | 研究基因调控程序在复杂生物系统中的作用 | 单细胞转录组和染色质可及性数据，以推断增强子驱动的基因调控网络 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病，弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤 | RNA-seq，ATAC-seq | 混合二聚簇，次模优化 | 文本 | 涉及阿尔茨海默病和弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤的数据集 |
| 215 | 2024-08-05 |
Identification of a pro-protein synthesis osteosarcoma subtype for predicting prognosis and treatment
2024-07-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67547-z
PMID:39014082
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研究论文 | 本研究识别了一种与前蛋白合成相关的骨肉瘤亚型，用于预测预后和治疗 | 提出了一种基于前蛋白合成骨肉瘤相关基因的预后模型，并通过单细胞RNA测序数据识别了七种骨肉瘤亚克隆类型 | 研究可能受限于公共数据库中的单细胞RNA测序数据，缺乏大规模临床验证 | 探讨骨肉瘤发展的机制及其治疗策略 | 主要关注与前蛋白合成相关的骨肉瘤相关基因及其在预后中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | 基因组数据 | NA |
| 216 | 2024-08-04 |
Elevated SLC3A2 associated with poor prognosis and enhanced malignancy in gliomas
2024-07-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-66484-1
PMID:38977800
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研究论文 | 本研究探讨了SLC3A2在胶质瘤中的预后价值及其影响 | 首次阐明了SLC3A2在胶质瘤中与不良预后和恶性肿瘤特征的相关性 | 依赖公共数据库和临床样本，缺乏进一步的机制研究 | 明确SLC3A2在胶质瘤中的预后意义及其对肿瘤微环境的影响 | 胶质瘤样本及其相关的生物信息学数据 | 数字病理学 | 胶质瘤 | Cox回归分析，功能富集分析，CCK8，克隆形成，迁移和侵袭实验 | 正交胶质瘤异种移植模型 | 生物信息学数据，临床样本 | 使用多个公共数据库和临床胶质瘤样本进行评估 |
| 217 | 2024-08-04 |
Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb
2024-Jul-08, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01950-w
PMID:38978014
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研究论文 | 本文介绍了MRCLinkdb数据库和算法，用于预测基于代谢物相关配体-受体相互作用的细胞间通讯 | MRCLinkdb整合并组织了与非蛋白质配体-受体相互作用相关的数据，填补了现有工具的空白 | 研究主要集中在文献和已知数据库中的相互作用，可能存在数据不全面的情况 | 本研究旨在开发一个数据库，以提供基于代谢物的细胞间通信预测工具 | 本文研究了人类和小鼠的代谢物-配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序，bulk RNA-seq/microarray | NA | 数据集 | 收集了790个人类和670个小鼠的代谢物-配体-受体相互作用 |
| 218 | 2024-08-04 |
Multiomics profiling of buffy coat and plasma unveils etiology-specific signatures in hepatocellular carcinoma
2024-Jul, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0042
PMID:38486508
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了肝细胞癌中致病因素特异性的血液生物标志物。 | 研究提出了根据病毒感染综合分析得出的致病因素特异性基因表达模式，发现了与肝细胞癌相关的新的血液生物标志物。 | 结果需进一步验证，特别是在不同人群和多种致病因素下的普适性和准确性。 | 探索肝细胞癌中特定病因的血液生物标志物，以提高早期检测能力。 | 肝细胞癌患者的buff coat和血浆样本。 | 数字病理学 | 肝癌 | 全转录组测序（WTS）和靶向蛋白组学分析 | NA | 基因表达数据 | 来源于HCC患者的样本及多个独立数据集的DEGs验证 |
| 219 | 2024-08-04 |
HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Jul, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02712-9
PMID:38762674
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研究论文 | 本研究识别了与食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法相关的生物标志物 | 发现HLA-A+三级淋巴结构及其主要细胞成分与食管鳞状细胞癌的免疫疗法反应呈正相关 | 该研究样本量相对较小，仅涵盖60名食管鳞状细胞癌患者 | 识别食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法的生物标志物并探讨其临床相关性 | 对42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织进行基因表达及肿瘤微环境的评估 | 数字病理学 | 食管癌 | NanoString GeoMx数字空间分析、单细胞RNA测序和多重免疫组织化学 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织和60名食管鳞状细胞癌患者 |
| 220 | 2024-08-05 |
Enhancer demethylation-regulated gene score identified molecular subtypes, inspiring immunotherapy or CDK4/6 inhibitor therapy in oesophageal squamous cell carcinoma
2024-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105177
PMID:38924839
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研究论文 | 本研究识别了食管鳞状细胞癌的分子亚型，以指导免疫疗法或CDK4/6抑制剂治疗。 | 提出了一种增强子去甲基化调控基因评分模型（EDRGS），能够有效分类食管鳞状细胞癌的亚型，并预测不同肿瘤的治疗反应。 | 本研究的样本规模在不同癌症类型中有所不同，可能影响结果的推广性。 | 旨在识别肿瘤亚型分类的特征，从而实现精准的临床治疗。 | 研究对象为食管鳞状细胞癌患者及多个癌症类型的相关数据。 | 数字病理学 | 食管癌 | 多组学数据分析 | 机器学习模型 | 多组学数据 | 310个食管鳞状细胞癌样本，60个单细胞RNA序列样本，其他癌症类型的数据包括42个、181个和348个样本 |