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当前共找到 498 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-09-14 |
SFINN: inferring gene regulatory network from single-cell and spatial transcriptomic data with shared factor neighborhood and integrated neural network
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae433
PMID:38950180
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研究论文 | 本文介绍了一种基于共享因子邻域和集成神经网络（SFINN）的新型深度学习框架，用于从单细胞和空间转录组数据中推断转录因子与目标基因之间的潜在相互作用和因果关系 | SFINN利用共享因子邻域构建基于基因表达数据的细胞邻域网络，并整合来自空间位置信息的细胞网络，通过图卷积神经网络和全连接神经网络的集成框架来确定基因是否相互作用 | NA | 开发一种准确的基因调控网络（GRN）推断算法，以应对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的噪声、技术误差和丢失现象 | 单细胞和空间转录组数据中的转录因子与目标基因之间的相互作用和因果关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序 | 图卷积神经网络（GCN），全连接神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-09-14 |
PredGCN: a Pruning-enabled Gene-Cell Net for automatic cell annotation of single cell transcriptome data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae421
PMID:38924517
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研究论文 | 本文提出了一种名为PredGCN的基因-细胞网络，用于单细胞转录组数据的自动细胞注释 | PredGCN结合了Coupled Gene-Cell Net和Gene Splicing Net以及Cell Stratification Net，并通过剪枝操作动态处理异质性细胞识别问题，优化子网络结构以提高细胞类型注释的准确性 | NA | 解决现有自动注释方法在深度学习分类器架构和训练数据质量与多样性方面的局限性 | 单细胞转录组数据的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 深度学习 | GCN | 转录组数据 | 多种物种的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-09-14 |
ScType enables fast and accurate cell type identification from spatial transcriptomics data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae426
PMID:38936341
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scType的无解卷积标记细胞注释方法，用于从空间转录组数据中快速准确地识别细胞类型 | scType无需进行计算密集型的解卷积，也不需要大型单细胞参考图谱，从而实现了超快速且准确的细胞类型识别 | NA | 开发一种无需解卷积的细胞类型注释方法，以应对空间转录组技术分辨率的提高 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-09-14 |
DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data
2024-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae434
PMID:38950178
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepGSEA的可解释深度基因集富集分析方法，用于单细胞转录组数据 | DeepGSEA利用可解释的原型神经网络，能够在单细胞基因表达数据中进行深入的基因集富集分析，并提供可视化的基因集分布 | NA | 开发一种新的深度学习方法，用于单细胞转录组数据的基因集富集分析，并提高分析的可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集富集分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 原型神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-09-13 |
Immunological landscape of human lymphoid explants during measles virus infection
2024-Jul-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172261
PMID:39253971
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研究论文 | 研究了麻疹病毒感染人淋巴组织移植物时的免疫学事件 | 首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了麻疹病毒感染淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 样本量较小，仅涉及少数捐赠者的淋巴组织移植物 | 了解麻疹病毒感染淋巴结时的免疫学事件 | 人淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 免疫学 | 麻疹 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱分析 | NA | RNA、蛋白质 | 涉及5%-15%的细胞，来自多个捐赠者 | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-09-13 |
Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178213
PMID:39114979
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研究论文 | 研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎（PsA）的亚型及其发病机制 | 首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型，并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现 | 探讨银屑病关节炎的发病机制，并开发个性化治疗方案 | 银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型 | 免疫学 | 银屑病关节炎 | 空间转录组学和免疫荧光技术 | NA | 细胞和组织 | 来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清，以及NSG-SGM3转基因小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-09-10 |
CRISPR-CasRx-mediated disruption of Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2 genes reduces intraocular pressure and retinal ganglion cell damage in mice
2024-Jul-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50050-4
PMID:39080269
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研究论文 | 研究使用CRISPR-CasRx技术干扰Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2基因在小鼠中的表达，以降低眼内压并保护视网膜神经节细胞 | 首次使用CasRx技术干扰与房水循环相关的基因，显著降低小鼠眼内压并保护视网膜神经节细胞 | 研究仅在雌性小鼠中进行，结果的普遍性有待验证 | 探索通过基因干扰降低眼内压并保护视网膜神经节细胞的新方法 | 雌性小鼠的眼内压和视网膜神经节细胞 | 基因编辑 | 青光眼 | CRISPR-CasRx | NA | 单细胞测序数据 | 雌性小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-09-07 |
Pericytes recruited by CCL28 promote vascular normalization after anti-angiogenesis therapy through RA/RXRA/ANGPT1 pathway in lung adenocarcinoma
2024-Jul-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03135-3
PMID:39075504
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研究论文 | 研究了CCL28在抗血管生成治疗后通过RA/RXRA/ANGPT1途径促进肺腺癌血管正常化的分子机制 | 首次详细报道了抗血管生成治疗后血管正常化的分子机制 | NA | 探讨抗血管生成治疗后肿瘤血管正常化的分子机制 | 肺腺癌细胞和人源及鼠源的肺腺癌细胞系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞测序、免疫荧光、多重免疫组化、磁激活细胞分选、实时定量PCR、Western blotting、LC-MS技术、ChIP-qPCR | NA | 细胞、组织 | 人源肺腺癌细胞系A549和鼠源肺腺癌细胞系LLC，以及临床活检样本和原代肺腺癌肿瘤组织中的周细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-09-07 |
Communication between alveolar macrophages and fibroblasts via the TNFSF12-TNFRSF12A pathway promotes pulmonary fibrosis in severe COVID-19 patients
2024-Jul-29, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05381-7
PMID:39075394
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研究论文 | 研究探讨了TNFSF12-TNFRSF12A通路在严重COVID-19患者中促进肺纤维化的机制 | 首次揭示了TNFSF12-TNFRSF12A通路在肺泡巨噬细胞和成纤维细胞间通信中的关键作用 | 研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证 | 探讨严重COVID-19患者中肺纤维化的细胞通信机制 | 肺泡巨噬细胞和成纤维细胞 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 严重COVID-19患者和健康对照的肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-09-07 |
ST-SCSR: identifying spatial domains in spatial transcriptomics data via structure correlation and self-representation
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae437
PMID:39228303
|
研究论文 | 提出了一种名为ST-SCSR的新算法，用于在空间转录组数据中识别空间域，该算法结合了局部信息、全局信息和空间域的相似性 | ST-SCSR通过矩阵三因子分解同时分解表达谱和空间网络，融合了表达和空间特征，并通过局部保留和稀疏约束增强了图的质量 | NA | 开发一种新的算法来解决现有空间域识别方法中忽略局部信息和空间域关系的问题 | 空间转录组数据中的空间域 | 生物信息学 | NA | 矩阵三因子分解 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-09-06 |
Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis from pluripotent stem cells
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110242
PMID:39040067
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研究论文 | 研究了肌营养不良蛋白缺乏对人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了肌营养不良蛋白缺乏导致细胞在体节阶段分化为替代分支，并影响了细胞状态转换相关的细胞连接蛋白 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内模型 | 探讨肌营养不良蛋白缺乏对胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响 | 人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中的细胞连接形成 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-09-06 |
Single-cell decoding of drug induced transcriptomic reprogramming in triple negative breast cancers
2024-Jul-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03318-3
PMID:39026273
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研究论文 | 研究探讨了三阴性乳腺癌中单细胞转录组在药物诱导下的重编程机制 | 首次结合单细胞转录组和基因组拷贝数数据，揭示了药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的克隆响应和转录重编程 | 研究仅限于三阴性乳腺癌，且样本量相对较小 | 探讨药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的转录组重编程机制 | 三阴性乳腺癌细胞的单细胞转录组和基因组拷贝数数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 53,641个过滤后的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-09-05 |
Novel AT2 Cell Subpopulations and Diagnostic Biomarkers in IPF: Integrating Machine Learning with Single-Cell Analysis
2024-Jul-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25147754
PMID:39062997
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研究论文 | 本研究通过综合机器学习和单细胞分析技术，探索了特发性肺纤维化（IPF）中肺泡上皮II型细胞（AT2）的亚群及其诊断生物标志物。 | 本研究首次揭示了IPF相关肺泡上皮II型细胞的两个独特亚群（IR_AT2），并通过机器学习算法识别了与这些亚群相关的基因表达模块和特征。 | NA | 旨在发现IPF中AT2细胞的亚群及其分子特征，并探索这些特征在IPF诊断和预后中的应用。 | 特发性肺纤维化（IPF）中的肺泡上皮II型细胞（AT2）及其亚群。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 正常和纤维化肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-09-05 |
Optimization of mouse kidney digestion protocols for single-cell applications
2024-Jul-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 本文比较了三种已发表的单细胞制备协议，以优化小鼠肾脏单细胞悬液的制备方法 | 本研究首次评估了已发表的单细胞悬液制备协议及其从小鼠肾脏产生高质量细胞产量的能力 | 目前存在多种制备肾脏单细胞悬液的协议差异 | 旨在通过比较三种已发表的单细胞制备协议，优化小鼠肾脏单细胞悬液的制备方法 | 小鼠肾脏细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 雄性和雌性C57BL/6小鼠的肾脏 | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-09-05 |
FOS+ Macrophages Promote Chronic Rejection of Cardiac Transplantation
2024-Jul, Experimental and clinical transplantation : official journal of the Middle East Society for Organ Transplantation
IF:0.7Q4
DOI:10.6002/ect.2024.0019
PMID:39223812
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研究论文 | 本研究探讨了FOS阳性巨噬细胞在CD40调控下介导心脏移植慢性排斥反应的作用及其机制 | 揭示了CD40通过激活转录因子NF-κB2上调c-Fos和FosB表达，从而促进心脏移植慢性排斥反应的新机制 | NA | 阐明FOS阳性巨噬细胞在CD40调控下介导心脏移植慢性排斥反应的作用及其机制 | 慢性排斥反应中的巨噬细胞及FOS家族成员 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 流式细胞术, 实时定量聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 免疫荧光, RNA测序, ChIP测序 | NA | 基因表达数据 | 慢性排斥肾脏移植患者的单细胞测序数据, 慢性排斥小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-09-04 |
DEPDC1 as a metabolic target regulates glycolysis in renal cell carcinoma through AKT/mTOR/HIF1α pathway
2024-Jul-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06913-1
PMID:39068164
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研究论文 | 本研究探讨了DEPDC1作为代谢靶点在肾细胞癌中通过AKT/mTOR/HIF1α途径调控糖酵解的作用 | 发现了DEPDC1在肾细胞癌中的新作用，并证明了其作为TKI联合靶向代谢治疗的潜在靶点 | 研究样本量相对较小，需要进一步的大规模临床研究验证 | 探索肾细胞癌中的代谢调控机制及潜在治疗靶点 | 肾细胞癌及其药物抵抗性 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、非靶向代谢组学测序 | NA | RNA序列、蛋白质水平数据 | 14名肾细胞癌患者（包括3份TKI耐药的针刺活检样本）及98份临床组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-09-04 |
Decoding single-cell molecular mechanisms in astrocyte-to-iN reprogramming via Ngn2- and Pax6-mediated direct lineage switching
2024-Jul-27, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-024-01989-z
PMID:39068473
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研究论文 | 本研究通过Ngn2和Pax6介导的直接谱系转换，探讨了星形胶质细胞向诱导神经元（iN）重编程的单细胞分子机制 | 本研究揭示了星形胶质细胞向诱导神经元重编程的关键基因和通路，为优化重编程过程提供了新的见解 | NA | 阐明星形胶质细胞向诱导神经元重编程的分子动力学 | 星形胶质细胞和诱导神经元 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用10×Genomics平台进行了单细胞RNA测序，涉及的细胞数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-09-04 |
CHAI: consensus clustering through similarity matrix integration for cell-type identification
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae411
PMID:39207729
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研究论文 | 本文介绍了CHAI方法，通过集成相似性矩阵的共识聚类技术来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型 | CHAI方法集成了七种最先进的聚类方法，并展示了在多个基准数据集上的优越性能 | NA | 解决在单细胞RNA测序数据中选择最佳聚类方法的问题 | 单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | RNA测序数据 | 多个基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-09-04 |
Systemic and skin-limited delayed-type drug hypersensitivity reactions associate with distinct resident and recruited T cell subsets
2024-Jul-23, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178253
PMID:39042477
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研究论文 | 本研究利用先进技术探讨了不同类型的药物过敏反应中皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群的起源、表型和功能 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq）以及T细胞受体测序（TCR-Seq），揭示了系统性和皮肤局限性药物过敏反应中T细胞亚群的差异 | NA | 探究不同严重程度的药物过敏反应中致病性T细胞的起源、表型和功能 | 皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群 | 免疫学 | 药物过敏反应 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq），T细胞受体测序（TCR-Seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-09-04 |
Disease-specific T cell receptors maintain pathogenic T helper cell responses in postinfectious Lyme arthritis
2024-Jul-04, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI179391
PMID:38963700
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了来自欧洲抗生素耐药性莱姆关节炎（ARLA）患者关节中的CD4+ Th细胞，旨在揭示疾病特异性Th细胞的分子程序。 | 研究发现了在ARLA患者中特异性的TCR-β基序，并将其与特定的HLA-DRB1*11或*13等位基因相关联，这些等位基因在欧洲患者中更为常见，为ARLA的诊断提供了新的生物标志物。 | 研究主要集中在欧洲患者群体，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他地区或不同遗传背景的患者。 | 阐明抗生素耐药性莱姆关节炎中疾病特异性Th细胞的分子机制。 | 来自欧洲ARLA患者关节中的CD4+ Th细胞。 | 免疫学 | 莱姆关节炎 | 流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | T细胞受体（TCR）序列、RNA序列 | 来自欧洲ARLA患者的关节样本 | NA | NA | NA | NA |