单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-10	Integrative and comprehensive pan-cancer analysis of ubiquitin specific peptidase 11 (USP11) as a prognostic and immunological biomarker 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34523 PMID:39114046	研究论文	本文通过综合分析多个来源的数据，评估了泛癌研究中作为预后和免疫生物标志物的重要性	首次全面评估了在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的预测作用	NA	研究作为泛癌研究中的预后和免疫生物标志物的作用	在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的影响	数字病理学	多种癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	包括五个免疫治疗队列，三十三个TCGA队列，十六个GEO队列，其中两个涉及单细胞转录组数据
182	2024-08-10	Targeting CD73 limits tumor progression and enhances anti-tumor activity of anti-PD-1 therapy in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jul-13, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05869-1 PMID:39002018	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点阻断疗法（ICBs）在肝内胆管癌（iCCA）中疗效不佳的潜在机制，并探索基于ICB的合理联合治疗方案	发现CD73抑制剂AB680能限制肿瘤进展并增强GC化疗或抗PD-1治疗的疗效，同时有效引发抗肿瘤免疫反应	NA	解析免疫检查点阻断疗法在肝内胆管癌中疗效不佳的潜在机制，并探索有效的联合治疗方案	肝内胆管癌（iCCA）患者及肿瘤细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序、Western blot、时间飞行质谱（CyTOF）	NA	基因表达数据、蛋白质信号通路数据、免疫细胞功能数据	使用GSE151530数据集进行分析，构建了皮下肿瘤异种移植模型和自发性的AKT/NICD诱导的鼠iCCA模型
183	2024-08-10	Deletion of the Mitochondrial Membrane Protein Fam210b Is Associated with the Development of Systemic Lupus Erythematosus 2024-Jul-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137253 PMID:39000360	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9方法构建Fam210b基因敲除小鼠，探讨Fam210b在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用	首次实验证明Fam210b基因敲除与SLE发病机制的相关性，并揭示了通过ROS过量产生引发SLE的可能性	NA	验证Fam210b在SLE中的作用及其可能的分子机制	Fam210b基因敲除小鼠及其在SLE中的表现	NA	系统性红斑狼疮	CRISPR-Cas9	NA	单细胞测序数据	Fam210b基因敲除小鼠
184	2024-08-09	Single-cell transcriptomic insights into chemotherapy-induced remodeling of the osteosarcoma tumor microenvironment 2024-Jul-20, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05787-2 PMID:39033089	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了化疗前后骨肉瘤患者的肿瘤样本，揭示了化疗对肿瘤微环境的复杂影响	研究发现化疗导致骨肉瘤细胞表达更多与干细胞相关的基因，并增强了癌症相关成纤维细胞的能力，同时增加了内皮细胞的数量但降低了其分化能力	NA	深入了解化疗如何重塑骨肉瘤的局部环境，以推进骨肉瘤治疗方案的发展	骨肉瘤患者的肿瘤样本	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	化疗前后收集的骨肉瘤患者肿瘤样本
185	2024-08-09	Therapeutic potential of the secreted Kazal-type serine protease inhibitor SPINK4 in colitis 2024-Jul-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50048-y PMID:38997284	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了炎症性肠病早期黏膜损伤与杯状细胞（GC）耗竭的关系，发现Kazal型丝氨酸蛋白酶抑制剂SPINK4在结肠炎肠道中的动态调节与疾病活动平行，并探讨了其在结肠炎治疗中的潜在治疗作用。	发现SPINK4在结肠炎中的动态调节，并证实其与现有TNF-α抑制剂infliximab在治疗结肠炎中的协同作用，以及通过Kazal样基序调节EGFR-Wnt/β-catenin和Hippo通路促进GC分化。	NA	探讨SPINK4在炎症性肠病中的作用及其作为治疗和诊断标志物的潜力。	SPINK4在结肠炎中的调节及其治疗潜力。	NA	炎症性肠病	单细胞测序	NA	NA	Spink4条件性敲除小鼠及健康对照
186	2024-08-08	Identifying MSMO1, ELOVL6, AACS, and CERS2 related to lipid metabolism as biomarkers of Parkinson's disease 2024-07-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68585-3 PMID:39080336	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和机器学习方法，识别与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物。	首次将MSMO1, ELOVL6, AACS, 和CERS2作为与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物进行研究。	NA	旨在识别与脂质代谢相关的帕金森病生物标志物。	帕金森病患者中的脂质代谢相关基因。	生物信息学	帕金森病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, qRT-PCR	反向传播神经网络	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
187	2024-08-08	Sustained generation of neurons destined for neocortex with oxidative metabolic upregulation upon filamin abrogation 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110199 PMID:38989458	研究论文	本文研究了在小鼠模型中通过抑制Flna和Flnb基因，成年V-SVZ区域是否能持续产生类似上层大脑皮层神经元的神经元	首次展示了成年V-SVZ区域通过上调氧化磷酸化、线粒体生物合成和血管丰富度，能够持续产生类似上层大脑皮层神经元的神经元	NA	探讨成年V-SVZ区域是否具有产生大脑皮层神经元的能力	小鼠模型中的V-SVZ区域	神经科学	NA	空间转录组学分析	NA	转录组数据	NA
188	2024-08-08	Mechanical stress during confined migration causes aberrant mitoses and c-MYC amplification 2024-Jul-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404551121 PMID:38990945	研究论文	研究机械应力在限制性迁移过程中对肿瘤细胞基因组完整性的影响	发现机械应力在转移性迁移过程中通过c-MYC位点扩增促进基因毒性和致癌事件，并绕过检查点控制	NA	探究转移性间质迁移产生的机械应力是否导致肿瘤细胞染色体不稳定性的增强	转移性肿瘤细胞在限制性迁移过程中的行为	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	图像	NA
189	2024-08-07	Feature selection followed by a novel residuals-based normalization that includes variance stabilization simplifies and improves single-cell gene expression analysis 2024-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05872-w PMID:39080559	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析流程，包括特征选择和基于残差的方差稳定归一化方法	提出了一种新的特征选择方法和基于残差的方差稳定归一化方法，该方法在归一化前进行特征选择，并使用稳定基因来减少系统偏差	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析流程，提高下游聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	生物已知和模拟的单细胞RNA测序数据集
190	2024-08-07	Machine learning identifies key cells and therapeutic targets during ferroptosis after spinal cord injury 2024-Jul-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00037 PMID:39104165	研究论文	本研究通过机器学习方法分析了脊髓损伤后铁死亡过程中的关键细胞和治疗靶点	首次通过随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法识别了脊髓损伤后铁死亡的关键基因Atf3和Piezo1，并验证了潜在药物治疗的有效性	NA	揭示铁死亡在脊髓损伤治疗中的重要作用，并识别关键细胞类型和基因	脊髓损伤后的铁死亡过程及其治疗靶点	机器学习	脊髓损伤	RNA测序	随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法	RNA测序数据	使用GSE47681、GSE5296和GSE162610数据集
191	2024-08-07	Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction 2024-07-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67537-1 PMID:39068182	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型，深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能	揭示了11种不同的微胶质细胞亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络，同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型，用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性	NA	深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制，并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度	阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析	卷积神经网络	基因表达数据	NA
192	2024-08-07	Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data 2024-07-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68054-x PMID:39048596	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞测序数据，在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征，用于胃癌的分层	首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征，并验证了其对预后和治疗反应的预测能力	NA	开发基于免疫衰老的基因特征，用于胃癌的分层和治疗选择	胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	测序技术	随机森林算法，多元Cox算法	转录组数据，单细胞数据	训练集为TCGA-STAD队列，验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列，以及复旦队列
193	2024-08-07	Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma 2024-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65090-5 PMID:39043683	研究论文	本研究旨在探讨内质网应激（ERS）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预测价值及其与肿瘤微环境（TME）的相关性	本研究开发了一个由三个基因（ATF6, TRIB3, UBXN6）组成的ERS相关签名，具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值	NA	研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的内质网应激（ERS）相关基因及其与肿瘤微环境的关系	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序	NA	mRNA, 单细胞RNA测序数据	基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析
194	2024-08-07	Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer 2024-Jul-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05472-5 PMID:39033271	研究论文	本研究探讨了肿瘤坏死因子受体2（TNFR2）在三阴性乳腺癌（TNBC）化疗中通过调节糖酵解促进内皮细胞抑制CD8+ T细胞的作用。	首次揭示了TNFR2在TNBC化疗中通过调节内皮细胞的糖酵解活性来抑制CD8+ T细胞的机制。	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证。	揭示内皮细胞在TNBC化疗中对CD8+ T细胞的抑制作用及其机制。	三阴性乳腺癌患者接受紫杉醇治疗后的内皮细胞和CD8+ T细胞。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及TNBC患者的内皮细胞和CD8+ T细胞样本
195	2024-08-07	Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients 2024-07-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55375-0 PMID:39034310	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，系统筛选多个数据库，以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最强标记，特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估	首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境（TME）组中的独特作用，并确定COL1A1为最有效的CAF标记	研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用，这可能导致临床应用中的混淆和障碍	旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记	非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未具体说明样本数量
196	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing reveals SPP1-CD44-mediated macrophage-tumor cell interactions drive chemoresistance in TNBC 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18525 PMID:38982317	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了三阴性乳腺癌（TNBC）中化疗耐药的机制	首次揭示了SPP1-CD44介导的巨噬细胞与肿瘤细胞相互作用在TNBC化疗耐药中的作用	研究样本量较小，仅包括五个化疗敏感和五个耐药的TNBC患者	探究三阴性乳腺癌化疗耐药的分子机制	三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	10个TNBC患者样本（5个化疗敏感和5个耐药）
197	2024-08-07	Tropism for ciliated cells is the dominant driver of influenza viral burst size in the human airway 2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2320303121 PMID:39008691	研究论文	研究了不同上皮细胞类型对流感病毒在人呼吸道中的复制动力学和负担的影响	揭示了纤毛细胞在流感病毒爆发规模中的主导作用，并发现感染的分泌细胞与总体病毒输出减少相关	NA	探究不同上皮细胞类型对流感病毒复制动力学和负担的影响	人呼吸道中的不同上皮细胞类型	NA	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个供体和30种独立分化条件下的原代人呼吸道培养物
198	2024-08-07	Single-cell atlas of human gingiva unveils a NETs-related neutrophil subpopulation regulating periodontal immunity 2024-Jul-30, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.028 PMID:39084404	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析牙龈组织，揭示了与中性粒细胞外陷阱（NETs）相关的中性粒细胞亚群在牙周免疫调节中的作用	首次构建了牙周微环境的单细胞图谱，并识别出与NETs相关的中性粒细胞亚群（NrNeu），揭示了牙龈成纤维细胞通过MIF-CD74/CXCR4轴促进NETs生成的具体机制	NA	展示NETs在牙周免疫病理中的重要功能和特定机制	牙龈组织中的中性粒细胞及其在牙周炎中的作用	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本
199	2024-08-07	Fatecode enables cell fate regulator prediction using classification-supervised autoencoder perturbation 2024-Jul-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100819 PMID:38986613	研究论文	本文提出了一种名为Fatecode的计算方法，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞命运调控因子	Fatecode利用深度学习分类监督自编码器学习单细胞RNA测序数据的潜在表示，并通过在潜在表示上进行模拟扰动实验来预测基因	NA	加速疾病或损伤后的恢复	细胞命运调控因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	不同生物的血液和大脑发育的单细胞RNA测序数据
200	2024-08-07	Directly selecting cell-type marker genes for single-cell clustering analyses 2024-Jul-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100810 PMID:38981475	研究论文	本文介绍了一种名为Festem的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因进行单细胞聚类分析	Festem方法能够区分具有异质性分布的标记基因，这些基因对细胞聚类具有信息性，且能高精度地选择标记基因	NA	开发一种新的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因，以提高单细胞RNA测序研究中的细胞类型识别准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型及其标记基因	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	一个大型的肝内胆管癌数据集