单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-09-02	Single-Cell RNA-seq Analysis Reveals a Positive Correlation between Ferroptosis and Beta-Cell Dedifferentiation in Type 2 Diabetes 2024-Jul-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12081687 PMID:39200152	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了铁死亡与2型糖尿病中β细胞去分化之间的潜在关联	首次揭示了铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化过程中的作用，并识别了关键的转录因子和长非编码RNA	研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证所有发现	探究铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化中的作用	2型糖尿病患者的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个公共数据集
182	2024-09-02	Identifying cell states in single-cell RNA-seq data at statistically maximal resolution 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012224 PMID:38995959	研究论文	本文提出了一种新的方法Cellstates，用于在单细胞RNA测序数据中以统计上最大分辨率识别细胞状态	Cellstates工具直接操作原始数据，自动确定最佳分区和聚类数量，无需可调参数，并且能够从第一原理推导出唯一解	NA	旨在解决在单细胞RNA测序数据中准确识别不同基因表达状态的挑战	单细胞RNA测序数据中的细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
183	2024-08-31	Multiomics unveils extracellular vesicle-driven mechanisms of endothelial communication in human carotid atherosclerosis 2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.21.599781 PMID:38979218	研究论文	本文研究了外周血管疾病中的细胞间通信机制，特别是通过外泌体在颈动脉粥样硬化中的作用	首次综合分析了外泌体在颈动脉粥样硬化中的多组学特征，揭示了其在疾病进展中的复杂通信网络和功能影响	研究样本量相对较小，且仅限于颈动脉粥样硬化的特定阶段	探讨外泌体在颈动脉粥样硬化中的细胞间通信机制及其对疾病进展的影响	颈动脉粥样硬化患者的外泌体及其在疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	全转录组miRNA测序和基于质谱的蛋白质组学	NA	RNA测序数据和蛋白质组学数据	症状性患者16例，无症状患者13例
184	2024-08-31	Negative selection allows human primary fibroblasts to tolerate high somatic mutation loads induced by N-ethyl-N-nitrosourea 2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.07.588286 PMID:38617356	研究论文	本文研究了人类原代成纤维细胞在N-乙基-N-亚硝基脲（ENU）诱导的高体细胞突变负荷下的耐受性	首次揭示了单个细胞能够承受约60,000个单核苷酸变异（SNVs）而仅轻微影响生长速率，并证明了这种高突变水平仅通过基因编码区域和维持基本细胞功能及生长的遗传途径中的负选择来耐受	研究仅限于人类原代成纤维细胞，未涉及其他组织类型	探讨细胞在衰老过程中积累的突变负荷对功能的影响	人类原代成纤维细胞	基因组学	NA	单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	多个低剂量ENU处理的细胞样本
185	2024-08-29	Varied cellular abnormalities in thin vs. normal endometrium in recurrent implantation failure by single-cell transcriptomics 2024-Jul-31, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01263-1 PMID:39085925	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法，比较了薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的细胞异常情况	首次系统地研究了薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的分子特征、细胞相互作用和结构变化	需要进一步的研究来验证这些发现并将其转化为临床应用	阐明薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的差异	反复植入失败患者和生育能力正常个体的子宫内膜	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	TE-RIF组3人，NE-RIF组2人，对照组3人
186	2024-08-29	Single-cell RNA-Seq analysis reveals cell subsets and gene signatures associated with rheumatoid arthritis disease activity 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178499 PMID:38954480	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析外周血单个核细胞，揭示了与类风湿性关节炎疾病活动相关的细胞亚群和细胞类型特异性基因特征	本研究首次揭示了IFN诱导的跨膜3过表达的IFN激活单核细胞亚群，并观察到疾病活动水平不同的患者中特定细胞亚群的变化	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术，识别与类风湿性关节炎疾病活动相关的细胞亚群和基因特征	外周血单个核细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	36名个体（18名类风湿性关节炎患者和18名匹配的对照组）
187	2024-08-29	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Dysregulated POSTN+WNT5A+ Fibroblast Subclusters in Prurigo Nodularis 2024-Jul, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.021 PMID:38246584	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了28,695个病灶和非病灶性痒疹结节（PN）细胞，揭示了PN中失调的POSTN+WNT5A+成纤维细胞亚群	首次揭示了PN中POSTN+WNT5A+成纤维细胞亚群的失调，并发现其与癌症相关成纤维细胞的关联	NA	探究痒疹结节（PN）的发病机制	痒疹结节（PN）中的成纤维细胞和肌成纤维细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,695个病灶和非病灶性PN细胞
188	2024-08-28	CD28-expressing δ T cells are increased in perivascular adipose tissue of hypertensive mice and in subcutaneous adipose tissue of obese humans 2024-Jul-01, Journal of hypertension IF:3.3Q1 DOI:10.1097/HJH.0000000000003725 PMID:38704218	研究论文	本研究探讨了高血压小鼠的肠系膜动脉周围脂肪组织（MV/PVAT）和肥胖人类皮下脂肪组织（SAT）中表达CD28的δ T细胞的增加情况。	首次揭示了在高血压小鼠和肥胖人类中，CD28高表达的δ T效应记忆细胞的增加，并提出了这些细胞可能在肥胖相关高血压中具有致病作用。	研究仅限于小鼠模型和人类样本，可能需要更多种类的样本和更广泛的人群来验证结果。	验证高血压小鼠和肥胖人类中γδ T细胞亚型的相似性，并探讨这些细胞在高血压发展中的作用。	高血压小鼠的肠系膜动脉周围脂肪组织和肥胖人类的皮下脂肪组织中的γδ T细胞。	免疫学	高血压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠实验包括高血压小鼠的MV/PVAT T细胞；人类实验包括三名瘦女性和三名肥胖女性的SAT CD45+细胞。
189	2024-08-25	Single-cell transcriptome analysis revealed heterogeneity in glycolysis and identified IGF2 as a therapeutic target for ovarian cancer subtypes 2024-Jul-31, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12688-7 PMID:39085784	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了卵巢癌中糖酵解的异质性，并确定IGF2为治疗卵巢癌亚型的潜在靶点	开发了基于糖酵解评分的新型卵巢癌亚型，并建立了稳定的预后模型	NA	探索卵巢癌的分子机制和个性化治疗途径	卵巢癌及其亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	85种机器学习组合
190	2024-08-24	Summary data-based Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing analyses identify immune associations with low-level LGALS9 in sepsis 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18559 PMID:39044269	研究论文	本研究通过基于汇总数据的孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序，揭示了低水平LGALS9与脓毒症免疫关联的分子机制	首次结合基于汇总数据的孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，深入探讨了脓毒症中免疫细胞的表型变化及其分子机制	NA	深入理解脓毒症的发病机制及其免疫细胞的表型变化	脓毒症患者的免疫细胞及其分子机制	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	孟德尔随机化分析	基因表达数据	NA
191	2024-08-23	Human post-implantation blastocyst-like characteristics of Muse cells isolated from human umbilical cord 2024-Jul-11, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05339-4 PMID:38992309	研究论文	本文研究了从人脐带中分离出的Muse细胞，这些细胞表现出类似人类植入后囊胚的特征	首次发现人脐带中的SSEA-3阳性细胞具有类似植入后囊胚的特性，并且表达与成人组织Muse细胞不同的基因和DNA甲基化模式	NA	探讨人脐带中Muse细胞的特性及其在人类早期发育和生殖医学中的潜在应用	人脐带中的SSEA-3阳性Muse细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约20%的人脐带SSEA-3阳性细胞
192	2024-08-21	Mining alternative splicing patterns in scRNA-seq data using scASfind 2024-Jul-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03323-6 PMID:39075577	研究论文	本文介绍了一种名为scASfind的新型计算方法，用于使用全长scRNA-seq数据进行细胞类型特异性剪接事件的定量分析	scASfind利用高效的数据结构存储每个剪接事件的剪接入百分比值，使得能够全面搜索所有差异剪接事件中的模式	NA	开发一种新的计算方法，用于在scRNA-seq数据中定量分析细胞类型特异性的剪接事件	scRNA-seq数据中的替代剪接模式	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
193	2024-08-21	Spatial multimodal analysis of transcriptomes and metabolomes in tissues 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01937-y PMID:37667091	研究论文	本文介绍了一种结合组织学、质谱成像和空间转录组学的空间多组学方法，用于在组织区域中精确测量mRNA转录物和小分子代谢物	该方法兼容市售的Visium玻璃载玻片，并展示了在多巴胺和帕金森病背景下对小鼠和人类脑样本的应用潜力	NA	开发一种新的空间多组学方法，以提高对组织中转录物和代谢物的测量精度	小鼠和人类脑样本，特别是在多巴胺和帕金森病的背景下	数字病理学	帕金森病	质谱成像	NA	图像	小鼠和人类脑样本
194	2024-08-21	An increment of diversity method for cell state trajectory inference of time-series scRNA-seq data 2024-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2024.01.020 PMID:39156571	research paper	本文提出了一种基于多样性增量法的细胞状态轨迹推断方法IDTI，用于时间序列单细胞RNA测序数据	IDTI方法结合了时间序列信息和最小多样性增量法，能够准确构建细胞状态轨迹，无需起始细胞	NA	推断时间序列单细胞RNA测序数据的发育轨迹	时间序列单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	时间序列数据	模拟数据和三种真实多样组织发育数据
195	2024-08-16	CD58 Alterations Govern Antitumor Immune Responses by Inducing PDL1 and IDO in Diffuse Large B-Cell Lymphoma 2024-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2874 PMID:38635903	研究论文	本研究通过多种测序技术分析CD58在弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的基因特征，发现CD58的遗传改变与治疗反应和生存率降低相关，并揭示了CD58通过调控PDL1和IDO表达影响肿瘤免疫逃逸的机制。	首次全面分析了CD58在DLBCL中的基因特征及其对免疫反应的影响，揭示了CD58通过激活LYN/CD22/SHP1轴抑制JAK2/STAT1通路，从而调控PDL1和IDO表达的新机制。	研究主要集中在基因和分子层面，未涉及临床试验验证CD58相关治疗策略的有效性。	探究CD58在弥漫大B细胞淋巴瘤中的作用及其对免疫反应的影响，为改善患者治疗提供潜在靶点和策略。	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者中的CD58基因及其表达。	免疫学	淋巴瘤	下一代测序（NGS）、RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	所有入组的DLBCL患者
196	2024-08-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Immunomodulatory Effects of Stem Cell Factor and Granulocyte Colony-Stimulating Factor Treatment in the Brains of Aged APP/PS1 Mice 2024-Jul-10, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070827 PMID:39062541	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了干细胞因子（SCF）和粒细胞集落刺激因子（G-CSF）联合治疗在老年APP/PS1小鼠大脑中的免疫调节作用。	首次揭示了SCF+G-CSF治疗通过调节小胶质细胞和外周髓系细胞的转录谱，减轻阿尔茨海默病病理变化的新机制。	研究仅限于老年APP/PS1小鼠模型，需要进一步在人类或其他动物模型中验证。	探索SCF+G-CSF治疗在老年APP/PS1小鼠大脑中减轻阿尔茨海默病病理变化的潜在机制。	老年APP/PS1小鼠大脑中的CD11b细胞。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28个月大的APP/PS1小鼠大脑中的CD11b细胞
197	2024-08-15	Single-Cell and Spatial Transcriptome Profiling Identifies the Transcription Factor BHLHE40 as a Driver of EMT in Metastatic Colorectal Cancer 2024-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3264 PMID:38657117	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组测序技术，揭示了BHLHE40转录因子在结直肠癌转移中的作用，特别是在上皮间质转化（EMT）过程中的作用	首次通过单细胞和空间转录组测序技术，结合细胞间通讯分析，识别出BHLHE40作为驱动结直肠癌EMT的关键转录因子	NA	阐明驱动结直肠癌上皮间质转化（EMT）的细胞机制	结直肠癌患者的非转移性和转移性原发性肿瘤	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，空间转录组测序	NA	RNA序列	22个样本，包括11个非转移性原发性肿瘤和11个转移性原发性肿瘤
198	2024-08-14	Novel insights into paclitaxel's role on tumor-associated macrophages in enhancing PD-1 blockade in breast cancer treatment 2024-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008864 PMID:39009452	研究论文	本研究探讨了紫杉醇（PTX）在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗中通过激活肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的TLR4信号通路，增强PD-1阻断剂效果的机制	发现紫杉醇通过激活TAMs中的TLR4信号通路，增强其抗原呈递能力，从而提升CD8+ T细胞的抗肿瘤反应	NA	探究紫杉醇与PD-1阻断剂联合治疗三阴性乳腺癌的机制	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自三阴性乳腺癌患者的样本
199	2024-08-14	Investigation into the role of H2-Ab1 in vascular remodeling in pulmonary arterial hypertension via Bioinformatics 2024-Jul-15, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-024-03156-w PMID:39010027	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨H2-Ab1在肺动脉高压血管重塑中的作用	通过WGCNA和差异分析筛选出与肺动脉高压相关的关键基因H2-Ab1，并验证其在肺动脉高压发展中的作用	NA	探索肺动脉高压的生物标志物，以增进对该疾病的理解	H2-Ab1基因在肺动脉高压中的作用	生物信息学	肺动脉高压	WGCNA, 差异分析, qRT-PCR, Western Blot	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	使用GSE49114, GSE180169, GSE154959数据集，涉及906个关键模块基因和576个差异表达基因
200	2024-08-13	Advancements in Research and Treatment Applications of Patient-Derived Tumor Organoids in Colorectal Cancer 2024-Jul-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152671 PMID:39123399	综述	本文综述了患者来源的肿瘤类器官（PDTOs）在结直肠癌（CRC）治疗中的应用，作为一种新型的药物抗性筛选工具	PDTOs能够重现肿瘤的结构、细胞异质性和基因组景观，是一种有价值的体外预测药物筛选工具	NA	探讨PDTOs在预测结直肠癌治疗反应、药物抗性和生物标志物识别方面的潜力	结直肠癌及其治疗中的药物抗性问题	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	类器官	NA