单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-09-07	ST-SCSR: identifying spatial domains in spatial transcriptomics data via structure correlation and self-representation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae437 PMID:39228303	研究论文	提出了一种名为ST-SCSR的新算法，用于在空间转录组数据中识别空间域，该算法结合了局部信息、全局信息和空间域的相似性	ST-SCSR通过矩阵三因子分解同时分解表达谱和空间网络，融合了表达和空间特征，并通过局部保留和稀疏约束增强了图的质量	NA	开发一种新的算法来解决现有空间域识别方法中忽略局部信息和空间域关系的问题	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	矩阵三因子分解	NA	转录组数据	NA
182	2024-09-06	Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis from pluripotent stem cells 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110242 PMID:39040067	研究论文	研究了肌营养不良蛋白缺乏对人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响	首次通过单细胞转录组分析揭示了肌营养不良蛋白缺乏导致细胞在体节阶段分化为替代分支，并影响了细胞状态转换相关的细胞连接蛋白	研究仅限于体外实验，未涉及体内模型	探讨肌营养不良蛋白缺乏对胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响	人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中的细胞连接形成	数字病理学	肌肉疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
183	2024-09-06	Single-cell decoding of drug induced transcriptomic reprogramming in triple negative breast cancers 2024-Jul-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03318-3 PMID:39026273	研究论文	研究探讨了三阴性乳腺癌中单细胞转录组在药物诱导下的重编程机制	首次结合单细胞转录组和基因组拷贝数数据，揭示了药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的克隆响应和转录重编程	研究仅限于三阴性乳腺癌，且样本量相对较小	探讨药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的转录组重编程机制	三阴性乳腺癌细胞的单细胞转录组和基因组拷贝数数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	53,641个过滤后的细胞
184	2024-09-05	Novel AT2 Cell Subpopulations and Diagnostic Biomarkers in IPF: Integrating Machine Learning with Single-Cell Analysis 2024-Jul-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25147754 PMID:39062997	研究论文	本研究通过综合机器学习和单细胞分析技术，探索了特发性肺纤维化（IPF）中肺泡上皮II型细胞（AT2）的亚群及其诊断生物标志物。	本研究首次揭示了IPF相关肺泡上皮II型细胞的两个独特亚群（IR_AT2），并通过机器学习算法识别了与这些亚群相关的基因表达模块和特征。	NA	旨在发现IPF中AT2细胞的亚群及其分子特征，并探索这些特征在IPF诊断和预后中的应用。	特发性肺纤维化（IPF）中的肺泡上皮II型细胞（AT2）及其亚群。	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	正常和纤维化肺组织样本
185	2024-09-05	Targeting MS4A4A: A novel pathway to improve immunotherapy responses in glioblastoma 2024-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14791 PMID:38997808	研究论文	本研究探讨了通过抑制MS4A4A来驱动M2巨噬细胞极化向M1表型转变，从而增强胶质母细胞瘤（GBM）对免疫疗法的反应	首次探索了通过抑制MS4A4A来改变M2巨噬细胞极化，通过铁死亡途径增强GBM对PD-1免疫疗法的反应	NA	探索MS4A4A抑制在改善胶质母细胞瘤免疫疗法反应中的潜力	胶质母细胞瘤中的M2巨噬细胞和MS4A4A表达	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	RNA	包括体外TAM培养和体内小鼠移植模型
186	2024-09-05	Optimization of mouse kidney digestion protocols for single-cell applications 2024-Jul-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00002.2024 PMID:38525531	研究论文	本文比较了三种已发表的单细胞制备协议，以优化小鼠肾脏单细胞悬液的制备方法	本研究首次评估了已发表的单细胞悬液制备协议及其从小鼠肾脏产生高质量细胞产量的能力	目前存在多种制备肾脏单细胞悬液的协议差异	旨在通过比较三种已发表的单细胞制备协议，优化小鼠肾脏单细胞悬液的制备方法	小鼠肾脏细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	雄性和雌性C57BL/6小鼠的肾脏
187	2024-09-05	FOS+ Macrophages Promote Chronic Rejection of Cardiac Transplantation 2024-Jul, Experimental and clinical transplantation : official journal of the Middle East Society for Organ Transplantation IF:0.7Q4 DOI:10.6002/ect.2024.0019 PMID:39223812	研究论文	本研究探讨了FOS阳性巨噬细胞在CD40调控下介导心脏移植慢性排斥反应的作用及其机制	揭示了CD40通过激活转录因子NF-κB2上调c-Fos和FosB表达，从而促进心脏移植慢性排斥反应的新机制	NA	阐明FOS阳性巨噬细胞在CD40调控下介导心脏移植慢性排斥反应的作用及其机制	慢性排斥反应中的巨噬细胞及FOS家族成员	免疫学	心血管疾病	单细胞测序, 流式细胞术, 实时定量聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 免疫荧光, RNA测序, ChIP测序	NA	基因表达数据	慢性排斥肾脏移植患者的单细胞测序数据, 慢性排斥小鼠模型
188	2024-09-04	DEPDC1 as a metabolic target regulates glycolysis in renal cell carcinoma through AKT/mTOR/HIF1α pathway 2024-Jul-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06913-1 PMID:39068164	研究论文	本研究探讨了DEPDC1作为代谢靶点在肾细胞癌中通过AKT/mTOR/HIF1α途径调控糖酵解的作用	发现了DEPDC1在肾细胞癌中的新作用，并证明了其作为TKI联合靶向代谢治疗的潜在靶点	研究样本量相对较小，需要进一步的大规模临床研究验证	探索肾细胞癌中的代谢调控机制及潜在治疗靶点	肾细胞癌及其药物抵抗性	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、非靶向代谢组学测序	NA	RNA序列、蛋白质水平数据	14名肾细胞癌患者（包括3份TKI耐药的针刺活检样本）及98份临床组织样本
189	2024-09-04	Decoding single-cell molecular mechanisms in astrocyte-to-iN reprogramming via Ngn2- and Pax6-mediated direct lineage switching 2024-Jul-27, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01989-z PMID:39068473	研究论文	本研究通过Ngn2和Pax6介导的直接谱系转换，探讨了星形胶质细胞向诱导神经元（iN）重编程的单细胞分子机制	本研究揭示了星形胶质细胞向诱导神经元重编程的关键基因和通路，为优化重编程过程提供了新的见解	NA	阐明星形胶质细胞向诱导神经元重编程的分子动力学	星形胶质细胞和诱导神经元	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用10×Genomics平台进行了单细胞RNA测序，涉及的细胞数量未明确提及
190	2024-09-04	CHAI: consensus clustering through similarity matrix integration for cell-type identification 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae411 PMID:39207729	研究论文	本文介绍了CHAI方法，通过集成相似性矩阵的共识聚类技术来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型	CHAI方法集成了七种最先进的聚类方法，并展示了在多个基准数据集上的优越性能	NA	解决在单细胞RNA测序数据中选择最佳聚类方法的问题	单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	RNA测序数据	多个基准数据集
191	2024-09-04	Systemic and skin-limited delayed-type drug hypersensitivity reactions associate with distinct resident and recruited T cell subsets 2024-Jul-23, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178253 PMID:39042477	研究论文	本研究利用先进技术探讨了不同类型的药物过敏反应中皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群的起源、表型和功能	通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq）以及T细胞受体测序（TCR-Seq），揭示了系统性和皮肤局限性药物过敏反应中T细胞亚群的差异	NA	探究不同严重程度的药物过敏反应中致病性T细胞的起源、表型和功能	皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq），T细胞受体测序（TCR-Seq）	NA	转录组数据	NA
192	2024-09-04	Disease-specific T cell receptors maintain pathogenic T helper cell responses in postinfectious Lyme arthritis 2024-Jul-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179391 PMID:38963700	研究论文	本研究通过流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了来自欧洲抗生素耐药性莱姆关节炎（ARLA）患者关节中的CD4+ Th细胞，旨在揭示疾病特异性Th细胞的分子程序。	研究发现了在ARLA患者中特异性的TCR-β基序，并将其与特定的HLA-DRB111或13等位基因相关联，这些等位基因在欧洲患者中更为常见，为ARLA的诊断提供了新的生物标志物。	研究主要集中在欧洲患者群体，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他地区或不同遗传背景的患者。	阐明抗生素耐药性莱姆关节炎中疾病特异性Th细胞的分子机制。	来自欧洲ARLA患者关节中的CD4+ Th细胞。	免疫学	莱姆关节炎	流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	T细胞受体（TCR）序列、RNA序列	来自欧洲ARLA患者的关节样本
193	2024-09-04	DIS3 ribonuclease is essential for spermatogenesis and male fertility in mice 2024-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202579 PMID:38953252	研究论文	本文研究了RNA外泌体相关DIS3核糖核酸酶在维持精子发生和雄性生育力中的关键作用	首次揭示了DIS3核糖核酸酶在精子发生中的关键作用，特别是在维持精子干细胞稳态和促进生殖细胞分化方面	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人类研究来验证这些发现	探讨DIS3核糖核酸酶在精子发生和雄性生育力中的作用	精子干细胞和生殖细胞	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	建立了雄性生殖细胞Dis3条件性敲除小鼠模型
194	2024-09-02	Single-Cell RNA-seq Analysis Reveals a Positive Correlation between Ferroptosis and Beta-Cell Dedifferentiation in Type 2 Diabetes 2024-Jul-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12081687 PMID:39200152	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了铁死亡与2型糖尿病中β细胞去分化之间的潜在关联	首次揭示了铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化过程中的作用，并识别了关键的转录因子和长非编码RNA	研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证所有发现	探究铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化中的作用	2型糖尿病患者的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个公共数据集
195	2024-09-02	Identifying cell states in single-cell RNA-seq data at statistically maximal resolution 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012224 PMID:38995959	研究论文	本文提出了一种新的方法Cellstates，用于在单细胞RNA测序数据中以统计上最大分辨率识别细胞状态	Cellstates工具直接操作原始数据，自动确定最佳分区和聚类数量，无需可调参数，并且能够从第一原理推导出唯一解	NA	旨在解决在单细胞RNA测序数据中准确识别不同基因表达状态的挑战	单细胞RNA测序数据中的细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
196	2024-08-31	Multiomics unveils extracellular vesicle-driven mechanisms of endothelial communication in human carotid atherosclerosis 2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.21.599781 PMID:38979218	研究论文	本文研究了外周血管疾病中的细胞间通信机制，特别是通过外泌体在颈动脉粥样硬化中的作用	首次综合分析了外泌体在颈动脉粥样硬化中的多组学特征，揭示了其在疾病进展中的复杂通信网络和功能影响	研究样本量相对较小，且仅限于颈动脉粥样硬化的特定阶段	探讨外泌体在颈动脉粥样硬化中的细胞间通信机制及其对疾病进展的影响	颈动脉粥样硬化患者的外泌体及其在疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	全转录组miRNA测序和基于质谱的蛋白质组学	NA	RNA测序数据和蛋白质组学数据	症状性患者16例，无症状患者13例
197	2024-08-31	Negative selection allows human primary fibroblasts to tolerate high somatic mutation loads induced by N-ethyl-N-nitrosourea 2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.07.588286 PMID:38617356	研究论文	本文研究了人类原代成纤维细胞在N-乙基-N-亚硝基脲（ENU）诱导的高体细胞突变负荷下的耐受性	首次揭示了单个细胞能够承受约60,000个单核苷酸变异（SNVs）而仅轻微影响生长速率，并证明了这种高突变水平仅通过基因编码区域和维持基本细胞功能及生长的遗传途径中的负选择来耐受	研究仅限于人类原代成纤维细胞，未涉及其他组织类型	探讨细胞在衰老过程中积累的突变负荷对功能的影响	人类原代成纤维细胞	基因组学	NA	单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	多个低剂量ENU处理的细胞样本
198	2024-08-29	Varied cellular abnormalities in thin vs. normal endometrium in recurrent implantation failure by single-cell transcriptomics 2024-Jul-31, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01263-1 PMID:39085925	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法，比较了薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的细胞异常情况	首次系统地研究了薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的分子特征、细胞相互作用和结构变化	需要进一步的研究来验证这些发现并将其转化为临床应用	阐明薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的差异	反复植入失败患者和生育能力正常个体的子宫内膜	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	TE-RIF组3人，NE-RIF组2人，对照组3人
199	2024-08-29	Single-cell RNA-Seq analysis reveals cell subsets and gene signatures associated with rheumatoid arthritis disease activity 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178499 PMID:38954480	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析外周血单个核细胞，揭示了与类风湿性关节炎疾病活动相关的细胞亚群和细胞类型特异性基因特征	本研究首次揭示了IFN诱导的跨膜3过表达的IFN激活单核细胞亚群，并观察到疾病活动水平不同的患者中特定细胞亚群的变化	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术，识别与类风湿性关节炎疾病活动相关的细胞亚群和基因特征	外周血单个核细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	36名个体（18名类风湿性关节炎患者和18名匹配的对照组）
200	2024-08-29	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Dysregulated POSTN+WNT5A+ Fibroblast Subclusters in Prurigo Nodularis 2024-Jul, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.021 PMID:38246584	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了28,695个病灶和非病灶性痒疹结节（PN）细胞，揭示了PN中失调的POSTN+WNT5A+成纤维细胞亚群	首次揭示了PN中POSTN+WNT5A+成纤维细胞亚群的失调，并发现其与癌症相关成纤维细胞的关联	NA	探究痒疹结节（PN）的发病机制	痒疹结节（PN）中的成纤维细胞和肌成纤维细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,695个病灶和非病灶性PN细胞