单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-04	Spatial transcriptomics at the brain-electrode interface in rat motor cortex and the relationship to recording quality 2024-Jul-31, Journal of neural engineering IF:3.7Q2 DOI:10.1088/1741-2552/ad5936 PMID:38885679	研究论文	研究了大脑电极植入后的外来物反应及其与记录质量的关系	采用空间转录组学的方法识别电极植入引发的基因表达变化，并将其与传统的神经胶质反应和电生理记录质量进行比较	研究主要集中在大鼠的运动皮层，结果可能无法直接推广到其他脑区或物种	探讨电极植入对脑组织的影响，并寻找与记录信号质量相关的生物标志物	使用功能性微电极阵列的慢性植入大鼠	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	在电极周围的300μm范围内对不同时间点的脑组织进行分析，共涉及553个显著不同表达的基因
182	2024-08-05	Oncostatin M-driven macrophage-fibroblast circuits as a drug target in autoimmune arthritis 2024-Jul-31, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00347-0 PMID:39080781	研究论文	本研究揭示了在自身免疫性关节炎中由OSM驱动的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用作为潜在药物靶点	确定了OSM信号通路作为JAK抑制剂在体内的主要靶向通路，并证明了巨噬细胞-成纤维细胞电路在自身免疫性关节炎中的关键作用	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全应用于人类自身免疫性关节炎	确定JAK抑制剂在自身免疫性关节炎中的治疗靶点	以胶原诱导性关节炎小鼠为研究对象，探讨巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用	数字病理学	自身免疫性关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	胶原诱导性关节炎小鼠的实验样本
183	2024-08-04	Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign 2024-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50608-2 PMID:39080277	研究论文	本研究开发了一种名为BrainAlign的自监督学习方法，用于人类与小鼠之间空间转录组学的全脑对齐	BrainAlign同時在两个分离的共享嵌入空间中编码斑点和基因，使用异构图神经网络进行全脑对齐	NA	研究人类与小鼠之间空间转录组学的对齐	人类和小鼠的大脑区域	计算机视觉	NA	自监督学习	异构图神经网络	空间转录组学数据	NA
184	2024-08-05	Metabolic reprogramming and heterogeneity during the decidualization process of endometrial stromal cells 2024-Jul-30, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01763-y PMID:39080628	研究论文	本文研究了人类子宫内膜细胞在妊娠过程中的代谢特征	首次综合分析了单细胞RNA测序数据，揭示了子宫内膜基质细胞转变为决孕细胞过程中的代谢重塑和异质性	研究主要集中于单细胞层面，尚未探讨大范围的组织或动物模型的代谢特征	旨在深入了解人类子宫内膜决孕化过程中细胞的代谢动态	研究对象为人类子宫内膜基质细胞及其向决孕细胞的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
185	2024-08-04	Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics 2024-Jul-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50737-8 PMID:39080318	研究论文	这篇文章通过空间转录组学研究了鹤虞豆的根瘤发生发展	本研究首次揭示了根瘤中感染区和外围组织的发育轨迹，并确定了相关的基因集	研究可能未能涵盖所有影响根瘤发生的基因和分子机制	旨在深入了解根瘤发生的分子事件，为开发共生固氮作物提供数据支持	研究对象为模式豆类植物鹤虞豆的根瘤发育	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
186	2024-08-04	Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae369 PMID:39082647	研究论文	本研究介绍了一种名为STREAM的新方法，用于推断来自单细胞转录组和染色质可及性数据的增强子驱动基因调控网络	STREAM结合了Steiner森林问题模型、混合二聚簇管道和次模优化，提供了一种创新的推断方法	NA	研究基因调控程序在复杂生物系统中的作用	单细胞转录组和染色质可及性数据，以推断增强子驱动的基因调控网络	数字病理学	阿尔茨海默病，弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤	RNA-seq，ATAC-seq	混合二聚簇，次模优化	文本	涉及阿尔茨海默病和弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤的数据集
187	2024-08-05	Identification of a pro-protein synthesis osteosarcoma subtype for predicting prognosis and treatment 2024-07-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67547-z PMID:39014082	研究论文	本研究识别了一种与前蛋白合成相关的骨肉瘤亚型，用于预测预后和治疗	提出了一种基于前蛋白合成骨肉瘤相关基因的预后模型，并通过单细胞RNA测序数据识别了七种骨肉瘤亚克隆类型	研究可能受限于公共数据库中的单细胞RNA测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨骨肉瘤发展的机制及其治疗策略	主要关注与前蛋白合成相关的骨肉瘤相关基因及其在预后中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	预后模型	基因组数据	NA
188	2024-08-04	Elevated SLC3A2 associated with poor prognosis and enhanced malignancy in gliomas 2024-07-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66484-1 PMID:38977800	研究论文	本研究探讨了SLC3A2在胶质瘤中的预后价值及其影响	首次阐明了SLC3A2在胶质瘤中与不良预后和恶性肿瘤特征的相关性	依赖公共数据库和临床样本，缺乏进一步的机制研究	明确SLC3A2在胶质瘤中的预后意义及其对肿瘤微环境的影响	胶质瘤样本及其相关的生物信息学数据	数字病理学	胶质瘤	Cox回归分析，功能富集分析，CCK8，克隆形成，迁移和侵袭实验	正交胶质瘤异种移植模型	生物信息学数据，临床样本	使用多个公共数据库和临床胶质瘤样本进行评估
189	2024-08-04	Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb 2024-Jul-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01950-w PMID:38978014	研究论文	本文介绍了MRCLinkdb数据库和算法，用于预测基于代谢物相关配体-受体相互作用的细胞间通讯	MRCLinkdb整合并组织了与非蛋白质配体-受体相互作用相关的数据，填补了现有工具的空白	研究主要集中在文献和已知数据库中的相互作用，可能存在数据不全面的情况	本研究旨在开发一个数据库，以提供基于代谢物的细胞间通信预测工具	本文研究了人类和小鼠的代谢物-配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞转录组测序，bulk RNA-seq/microarray	NA	数据集	收集了790个人类和670个小鼠的代谢物-配体-受体相互作用
190	2024-08-04	Multiomics profiling of buffy coat and plasma unveils etiology-specific signatures in hepatocellular carcinoma 2024-Jul, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0042 PMID:38486508	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肝细胞癌中致病因素特异性的血液生物标志物。	研究提出了根据病毒感染综合分析得出的致病因素特异性基因表达模式，发现了与肝细胞癌相关的新的血液生物标志物。	结果需进一步验证，特别是在不同人群和多种致病因素下的普适性和准确性。	探索肝细胞癌中特定病因的血液生物标志物，以提高早期检测能力。	肝细胞癌患者的buff coat和血浆样本。	数字病理学	肝癌	全转录组测序（WTS）和靶向蛋白组学分析	NA	基因表达数据	来源于HCC患者的样本及多个独立数据集的DEGs验证
191	2024-08-04	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	本研究识别了与食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法相关的生物标志物	发现HLA-A+三级淋巴结构及其主要细胞成分与食管鳞状细胞癌的免疫疗法反应呈正相关	该研究样本量相对较小，仅涵盖60名食管鳞状细胞癌患者	识别食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法的生物标志物并探讨其临床相关性	对42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织进行基因表达及肿瘤微环境的评估	数字病理学	食管癌	NanoString GeoMx数字空间分析、单细胞RNA测序和多重免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织样本	42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织和60名食管鳞状细胞癌患者
192	2024-08-05	Enhancer demethylation-regulated gene score identified molecular subtypes, inspiring immunotherapy or CDK4/6 inhibitor therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105177 PMID:38924839	研究论文	本研究识别了食管鳞状细胞癌的分子亚型，以指导免疫疗法或CDK4/6抑制剂治疗。	提出了一种增强子去甲基化调控基因评分模型（EDRGS），能够有效分类食管鳞状细胞癌的亚型，并预测不同肿瘤的治疗反应。	本研究的样本规模在不同癌症类型中有所不同，可能影响结果的推广性。	旨在识别肿瘤亚型分类的特征，从而实现精准的临床治疗。	研究对象为食管鳞状细胞癌患者及多个癌症类型的相关数据。	数字病理学	食管癌	多组学数据分析	机器学习模型	多组学数据	310个食管鳞状细胞癌样本，60个单细胞RNA序列样本，其他癌症类型的数据包括42个、181个和348个样本
193	2024-08-04	Single-cell profiling of sarcomas from archival tissue reveals programs associated with resistance to immune checkpoint blockade 2024-Jul-31, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2976 PMID:39083415	研究论文	该文章探讨了如何从存档组织中进行肉瘤的单细胞分析，并揭示了与免疫检查点抑制剂抵抗相关的程序	提出了一种从冷冻组织中生成多模态单细胞基因组学和全基因组测序数据的新方法	由于肉瘤的结构复杂，使用尖端的分子分析方法生成高质量数据存在挑战	研究肉瘤的治疗机制及其对免疫检查点抑制剂的抵抗性	分析了来自两名接受免疫检查点抑制剂治疗患者的五个未分化多形性肉瘤和三个内膜肉瘤样本的细胞转录组	数字病理学	肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	75,716个细胞转录组，来自五个UPS和三个INS样本
194	2024-08-05	DISSyphilis and the risk of HIV infection: A Mendelian randomization study 2024-Jul-31, AIDS research and human retroviruses IF:1.5Q4 DOI:10.1089/AID.2024.0005 PMID:39086230	研究论文	本研究评估了梅毒对HIV感染的因果影响	研究发现梅毒与HIV感染之间存在显著的因果关系，并揭示了RPAIN基因的相关遗传变异对HIV感染的影响	未在摘要中提供具体的研究限制	探讨梅毒对HIV感染的因果效应	梅毒和HIV感染的基因组数据	数字病理学	HIV感染	孟德尔随机化	NA	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	NA
195	2024-08-04	Single-cell analysis revealed that MTIF2 could promote hepatocellular carcinoma progression through modulating the ROS pathway 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34438 PMID:39082024	研究论文	本研究分析了线粒体翻译起始因子2 (MTIF2) 在肝细胞癌 (HCC) 中的表达及其生物功能。	研究首次确认MTIF2通过调节反应性氧种 (ROS) 通路促进肝细胞癌的进展，并揭示了MTIF2与SOD2的相互作用。	研究可能缺乏临床试验验证和长期随访的数据。	探讨MTIF2在HCC中的表达及其在癌症发展的作用。	研究对象为HCC组织中MTIF2的表达及其在不同细胞类型中的作用。	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因组数据	HCC组织和其旁癌组织中的10种细胞类型
196	2024-08-04	Advances in targeting cancer-associated fibroblasts through single-cell spatial transcriptomic sequencing 2024-Jul-29, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00622-9 PMID:39075612	综述	本文总结了针对癌症相关成纤维细胞的最新研究进展	结合单细胞RNA测序与空间转录组学解决了癌症相关成纤维细胞的空间景观缺失问题	主要为综述文章，可能缺乏新的实验数据	探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤组织中的作用及其靶向方法	癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的角色	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	文本	NA
197	2024-08-04	Single-cell hdWGCNA reveals metastatic protective macrophages and development of deep learning model in uveal melanoma 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05421-2 PMID:39075441	研究论文	本研究揭示了与转移样本相关的关键巨噬细胞亚群，并开发了一种深度学习模型用于预测眼部黑色素瘤患者的预后	使用单细胞转录组测序和高维加权基因共表达网络分析，识别出转移保护巨噬细胞及其相关的关键基因，为转移机制提供了新见解	研究中未提及样本的多样性和临床特征的考虑，可能影响模型的普适性	本研究的目的是识别与眼部黑色素瘤转移相关的巨噬细胞亚群及其功能，并开发预测模型	研究对象为眼部黑色素瘤患者的单细胞RNA测序样本	数字病理学	眼部黑色素瘤	单细胞RNA测序，机器学习	卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	NA
198	2024-08-04	Spatial transcriptome and single-cell reveal the role of nucleotide metabolism in colorectal cancer progression and tumor microenvironment 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05495-y PMID:39075485	研究论文	本研究揭示了核苷酸代谢在结直肠癌进展和肿瘤微环境中的作用	本研究通过单细胞转录组和空间转录组分析，首次揭示核苷酸代谢在结直肠癌细胞和免疫微环境中的核心基因和作用	尚未充分探讨核苷酸代谢的所有潜在影响，仅限于特定细胞群体和基因	探讨结直肠癌中核苷酸代谢的具体机制及其在肿瘤微环境中的作用	结直腸癌细胞及其相关的免疫微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组，空间转录组	机器学习算法	转录组数据	十种单细胞富集评分方法，经过四个额外的单细胞队列验证
199	2024-08-05	Deciphering decidual deficiencies in recurrent spontaneous abortion and the therapeutic potential of mesenchymal stem cells at single-cell resolution 2024-Jul-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03854-6 PMID:39075579	研究论文	本研究探讨了复发性自发性流产中的蜕膜缺陷及间充质干细胞的治疗潜力。	首次在单细胞分辨率下评估WJ-MSCs对复发性自发性流产的治疗作用，并识别了新的细胞亚群。	目前对WJ-MSCs在复发性自发性流产中作用机制的理解仍然有限。	研究复发性自发性流产的病因及WJ-MSCs作为潜在治疗方法的有效性。	以小鼠模型为基础，研究正常妊娠组、复发性自发性流产组和WJ-MSC治疗组的蜕膜组织。	数字病理学	复发性自发性流产	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	鼠模型	蜕膜组织样本	包括正常妊娠、小鼠复发性流产和WJ-MSC治疗组的样本
200	2024-08-05	Identification and characterization of TM4SF1+ tumor self-seeded cells 2024-Jul-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114512 PMID:39003738	研究论文	本研究报道了一种新的动物模型，用于识别和表征肿瘤自播种细胞（TSCs）	创新性点在于应用光转换标记技术准确再现肿瘤自播种的过程，并确定了TM4SF1作为TSCs的标志物	由于追踪和分离TSCs的挑战，该研究可能在细胞功能的全面理解上存在局限性	研究肿瘤自播种细胞（TSCs）的特性及其在癌症中的作用	肿瘤自播种细胞（TSCs）作为主要肿瘤细胞的一部分	数字病理学	癌症	长寿命标记技术	动物模型	单细胞RNA测序数据	NA