单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type specific responses in primary human pancreatic islets 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604861 PMID:39211206	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B感染在人原代胰岛中引发细胞类型特异性转录反应	首次在单细胞分辨率上证明CVB感染虽以相似速率感染所有胰岛细胞类型，但诱导独特的细胞特异性转录反应，特别是β、α和导管细胞反应最强	研究使用人尸体胰岛，可能无法完全反映活体生理状态；实验时间限于48小时内	探究柯萨奇病毒B感染对不同胰岛细胞类型的特异性影响及其与1型糖尿病的关系	人原代胰岛细胞（包括β细胞、α细胞、导管细胞等）	生物医学研究	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人尸体胰岛样本，经CVB或poly(I:C)处理24和48小时
2	2025-09-13	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	研究论文	通过单细胞RNA测序元分析揭示免疫疾病中基于趋化因子的细胞通讯机制	首次通过跨疾病和组织的scRNA-seq元分析系统揭示疾病特异性和共享的免疫细胞趋化与迁移模式	依赖公开数据，可能受样本来源和技术差异影响	解析免疫细胞迁移相关的疾病特异性细胞通讯网络	多种免疫疾病患者组织样本（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫性疾病	scRNA-seq, 配体-受体互作分析	NA	单细胞转录组数据	多疾病公共scRNA-seq数据集（涵盖特应性皮炎、银屑病、COPD等8种疾病）
3	2025-09-11	Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis 2024-07-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae028 PMID:38289873	研究论文	本研究利用翻译核糖体亲和纯化测序技术鉴定动脉粥样硬化中平滑肌细胞特异性基因表达，发现Itih4作为新型标志基因	首次建立SMC特异性TRAP小鼠模型（SMCTRAP-AS），并发现Itih4等多个既往未报道与动脉粥样硬化SMCs相关的基因	研究基于转基因小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性需进一步验证	解析动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞的基因表达特征	SMCTRAP和SMCTRAP-AS转基因小鼠的胸主动脉样本	分子生物学	心血管疾病	TRAP-seq（翻译核糖体亲和纯化测序）、免疫荧光染色、空间转录组学	NA	测序数据、图像数据	15月龄SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的主动脉样本
4	2025-09-11	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-07-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	研究论文	本研究探讨丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的调控作用	首次揭示SerpinA3n通过调节基质功能和炎症反应影响心肌梗死后心脏修复的因果机制	研究基于小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成调控中的作用	心肌梗死小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	条件性基因敲除、单细胞转录组学、蛋白质组学、组织学分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	使用SerpinA3n条件性敲除小鼠模型进行研究
5	2025-08-10	Harnessing spatial transcriptomics for advancing plant regeneration research 2024-07, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.02.004 PMID:38418271	研究论文	利用空间转录组学研究番茄愈伤组织中芽原基和绿色细胞等多种细胞在芽再生过程中的分子特征	展示了空间转录组学在植物生物学研究中的潜力	NA	增进对芽再生过程的理解	番茄愈伤组织中的芽原基和绿色细胞	植物生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6	2025-07-26	Generating Neuroimmune Assembloids Using Human Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Derived Cortical Organoids and Microglia 2024-Jul-09, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2024_554 PMID:38976205	research paper	本文提出了一种使用人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官和小胶质细胞生成神经免疫组装体的新方法	创新点在于将小胶质细胞整合到皮质类器官中，确保其长期存活和成熟，为研究神经细胞类型与免疫细胞在神经系统疾病中的相互作用提供了新工具	传统类器官协议常忽视小胶质细胞的作用，而本文方法弥补了这一不足，但未提及可能的技术挑战或局限性	研究目的是开发一种能够模拟神经发育和神经系统疾病的体外模型系统	研究对象是人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官和小胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色	神经免疫组装体	RNA-seq数据、图像数据	NA
7	2025-07-25	DIMINISHED EXPRESSION OF GLS IN CD4 + T CELLS SERVES AS A PROGNOSTIC INDICATOR ASSOCIATED WITH CUPROPTOSIS IN SEPTIC PATIENTS 2024-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002370 PMID:38662604	研究论文	本研究探讨了与铜死亡相关的分子标志物在脓毒症患者中的表达及其对预后的影响	发现了与铜死亡相关的三个关键基因，并验证了GLS表达下降与O-GlcNAc水平降低的关系	铜与GLS变化之间的相关性需要进一步研究	探索脓毒症患者中与铜死亡相关的分子标志物，以帮助分层和改善预后	脓毒症患者的外周血样本和Jurkat细胞	分子生物学	脓毒症	WGCNA、scRNA-seq、免疫印迹、流式细胞术、免疫荧光、CFSE分析	NA	基因表达数据、细胞实验数据	脓毒症患者的外周血样本和Jurkat细胞
8	2025-07-24	GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data 2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602230 PMID:39005368	research paper	介绍GeneSurfer，一个用于探索3D空间转录组数据中基因共表达模式的交互式工具	GeneSurfer提供了转录组范围内的基因过滤和基于空间局部共表达的基因聚类功能，支持多切片3D渲染和实时基因本体注释	未提及具体的技术限制或数据集的局限性	开发一个工具来探索和分析3D空间转录组数据中的基因共表达模式	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	使用Allen Brain Cell Atlas的数据，但未提及具体样本数量
9	2025-07-24	Integration analysis of cell division cycle-associated family genes revealed potential mechanisms of gliomagenesis and constructed an artificial intelligence-driven prognostic signature 2024-07, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111168 PMID:38599441	研究论文	本研究通过整合分析细胞分裂周期相关(CDCA)基因家族，揭示了胶质瘤发生的潜在机制，并构建了一个人工智能驱动的预后标志物	首次系统研究了CDCA基因家族在胶质瘤中的作用，开发了基于机器学习的CDCA基因家族评分(MLCS)预后模型	研究结果需要在更大样本量的独立队列中进行验证	阐明CDCA基因家族成员在胶质瘤中的作用机制并开发预后预测模型	胶质瘤患者和胶质瘤细胞	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq分析、空间转录组测序分析、机器学习算法	机器学习模型(未指定具体类型)	多组学数据、基因表达数据	8个胶质瘤队列
10	2025-07-22	A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.15.603542 PMID:39071399	研究论文	本研究探讨了小肠中一种罕见且独特的分泌细胞群CHEs的命运决定机制，揭示了Notch信号在分泌细胞谱系中的第二波激活作用	首次发现Notch信号在分泌细胞谱系中的第二波激活作用，用于区分CHEs与其他分泌细胞类型	研究主要基于大鼠模型，人类数据验证有限	阐明小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制	大鼠和人类小肠中的CHEs细胞	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序，伪时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
11	2025-07-22	Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors 2024-Jul-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137435 PMID:39000540	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究了甲状腺激素信号过度对小鼠视锥细胞光转导和线粒体生物能量学的损害及其诱导的细胞应激	首次使用单细胞RNA测序技术揭示甲状腺激素信号过度对视锥细胞转录组的影响，发现了光转导和氧化磷酸化受损及线粒体功能障碍	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究甲状腺激素信号过度诱导视锥细胞退化的分子机制	小鼠视锥细胞	转录组学	视网膜退化	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	155,866个单细胞，其中视锥细胞占4.1%
12	2025-07-22	Biallelic variants in POPDC2 cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy 2024-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.04.24309755 PMID:39006410	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异会导致一种新型常染色体隐性遗传综合征，表现为心脏传导缺陷和可变性肥厚型心肌病	首次发现POPDC2基因变异与人类心脏传导系统疾病和肥厚型心肌病的直接关联，并通过实验验证了这些变异对TREK-1钾通道功能的损害	研究样本量较小（仅4个家族），且肌肉活检未显示明显的肌病特征	探索POPDC2基因变异与心脏传导系统疾病的因果关系	4个携带POPDC2基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、电生理研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA表达数据	4个家族（具体人数未明确）和超过100万人的群体遗传数据
13	2025-07-22	Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2 2024-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6283 PMID:38606616	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响，揭示了ESR1+ luminal上皮细胞的增强及其在5α还原酶抑制剂(5ARI)耐药机制中的作用	发现了SRD5A2缺失下ESR1 LE2细胞比例增加及其增殖表型，提出了前列腺生长的替代途径	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索SRD5A2缺失对前列腺细胞组成和功能的影响，以及5ARI的作用机制	小鼠前列腺细胞和人类前列腺活检组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型和人类前列腺活检样本
14	2025-07-21	Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway 2024-Jul-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.180198 PMID:39042459	研究论文	通过转录组分析揭示了原发性纤毛运动障碍(PCD)气道上皮细胞中独特的谷胱甘肽通路	首次发现PCD细胞中GSTA2/GSTA1表达增加与NRF2靶基因激活的关联，并证实GSTA2在纤毛运动中的调控作用	研究样本量有限，且主要基于体外细胞模型	阐明PCD基因变异对多纤毛细胞的分子影响	PCD患者、其杂合子母亲和健康人的原代培养上皮细胞，以及PCD患者来源的iPS细胞	分子生物学	原发性纤毛运动障碍	单细胞RNA测序、蛋白质组学、免疫金标记	NA	转录组数据、蛋白质组数据、显微镜图像	PCD患者、杂合子母亲和健康对照的原代细胞及iPS细胞
15	2025-07-21	Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis 2024-Jul-18, Biology DOI:10.3390/biology13070540 PMID:39056733	meta-analysis	通过单细胞RNA测序数据的荟萃分析，研究异物反应（FBR）的细胞特异性基因特征	整合所有可用的FBR小鼠研究的scRNA-seq数据，识别不同模型和解剖位置中FBR特异的基因特征	研究结果可能受限于小鼠模型的数据，未涉及人类样本	识别异物反应中的细胞特异性基因特征，为医疗植入物提供潜在治疗靶点	小鼠异物反应模型中的成纤维细胞和巨噬细胞亚群	生物医学研究	异物反应	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	所有可用的小鼠FBR研究数据
16	2025-07-21	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	research paper	该论文提出了一种基于细胞模拟方法的细胞分割技术，用于提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性，并在性能上优于现有方法	研究仅基于三种商业平台生成的数据集进行验证，可能在其他平台上的适用性有待进一步验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性，以更精确地分析细胞转录状态和微环境	单细胞空间转录组学数据中的细胞分割	digital pathology	renal cell carcinoma	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	基于三种商业平台生成的数据集，具体样本数量未明确说明
17	2025-07-20	Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175047 PMID:38954467	研究论文	探讨血栓反应蛋白-1（THBS1）在肥胖引起的膈肌纤维脂肪化基质扩张和收缩功能障碍中的作用	首次揭示THBS1通过促进纤维脂肪化祖细胞（FAPs）增殖，驱动膈肌基质重塑和收缩功能障碍	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	阐明肥胖相关膈肌功能障碍的病理机制	野生型和Thbs1敲除小鼠的膈肌组织	病理生理学	肥胖相关呼吸功能障碍	批量转录组学和单细胞转录组学	Thbs1敲除小鼠模型	基因表达数据	野生型和Thbs1敲除小鼠的膈肌组织样本
18	2025-07-20	Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to regulate cortical excitability in TDP-43 related neurodegeneration 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.30.601396 PMID:39005475	研究论文	本研究探讨了在小鼠TDP-43神经退行性变模型中，杆状小胶质细胞如何通过与神经元树突的相互作用调节皮质兴奋性	首次发现并描述了一种独特的杆状小胶质细胞亚群，该亚群通过调节神经元活动来减轻皮质过度兴奋	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究TDP-43相关神经退行性变中皮质过度兴奋的调节机制	TDP-43神经退行性变小鼠模型(rNLS8)中的小胶质细胞和神经元	神经科学	神经退行性疾病	多通道探针记录、纵向钙成像、空间和单细胞RNA测序	TDP-43神经退行性变小鼠模型(rNLS8)	电生理记录数据、成像数据、RNA测序数据	未明确说明小鼠数量
19	2025-07-20	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01935-0 PMID:37679544	research paper	提出了一种名为MaxFuse的跨模态数据整合方法，能够在特征弱关联的情况下实现高质量的数据整合	MaxFuse通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配，利用每种模态中的所有信息，在特征弱关联的情况下实现高质量整合	未提及具体局限性	开发一种能够在特征弱关联情况下实现高质量跨模态数据整合的方法	单细胞测序数据和空间测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序、空间测序	MaxFuse	蛋白质组数据、转录组数据、表观基因组数据	未提及具体样本数量
20	2025-07-19	Re-analysis of single-cell RNA-seq data reveals the origin and roles of cycling myeloid cells 2024-07-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae030 PMID:38655770	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，揭示了循环髓系细胞的起源、分化及其在生理过程中的作用	首次初步揭示了循环髓系细胞（CMCs）的起源、分化及其在生理过程中的作用，特别是确认了循环髓系细胞亚群a（aCMCs）属于特定细胞类型	NA	理解循环髓系细胞（CMCs）的起源、分化及其在各种生理和病理过程中的作用	循环髓系细胞（CMCs）及其亚群a（aCMCs）	单细胞RNA测序	创伤性损伤、癌症、病原体感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA