单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	Epigenetic Alteration of Smooth Muscle Cells Regulates Endothelin-Dependent Blood Pressure and Hypertensive Arterial Remodeling 2024-Jul-10, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.09.24310178 PMID:39040193	research paper	该研究探讨了平滑肌细胞（SMC）表观遗传变化如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过GWAS和孟德尔随机化研究筛选出与高血压相关的SNP，并发现JMJD3在SMC表型调控中的新机制	研究主要基于小鼠模型和人类动脉的scRNA-seq数据，临床转化仍需进一步验证	揭示高血压动脉重塑的分子机制并寻找潜在治疗靶点	平滑肌细胞（SMC）和高血压相关基因变异	心血管疾病研究	心血管疾病	GWAS, 孟德尔随机化, scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	三个独立的人类GWAS研究数据和小鼠模型
2	2025-03-28	Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862 PMID:39149047	研究论文	通过单细胞转录组分析CHD8杂合脑类器官，揭示了神经发育中的分子和网络破坏	首次使用单细胞RNA-seq分析CHD8基因在脑类器官中的功能，揭示了与ASD相关的基因表达和细胞通讯变化	研究仅关注早期神经发育阶段，未涵盖ASD临床表型的全部复杂性	研究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能，以及与ASD临床表现的联系	CHD8杂合脑类器官	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞RNA-seq, CRISPR/Cas9编辑	脑类器官模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但分析了21个细胞簇
3	2025-03-26	scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604740 PMID:39211080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究臭氧暴露在小鼠哮喘模型中诱导的独特巨噬细胞群体及其作用机制	首次使用scRNA-seq技术鉴定出臭氧和过敏原双重暴露下肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群的独特转录特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明臭氧暴露导致哮喘气道高反应性的免疫细胞机制	臭氧暴露的小鼠哮喘模型中的免疫细胞	单细胞组学	哮喘	scRNA-seq, 流式细胞术	小鼠哮喘模型	单细胞转录组数据	暴露于DRA、O3或DRA+O3的小鼠肺组织样本
4	2025-03-26	ApoE ε4-dependent alteration of CXCR3 + CD127 + CD4 + T cells is associated with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596276 PMID:38853824	research paper	该研究通过单细胞质谱流式技术分析阿尔茨海默病患者外周血中适应性免疫细胞的组成，并探讨其与神经炎症的关系	揭示了ApoE ε4依赖性的CXCR3 + CD127 + CD4 + T细胞变化与血浆神经丝轻链蛋白水平升高的关联，并发现脑脊液中此类细胞的促炎能力增强	研究样本可能有限，且机制研究尚未深入	探究阿尔茨海默病患者外周适应性免疫系统与神经炎症的关系	阿尔茨海默病患者的外周血单核细胞和脑脊液样本	免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞数据, 蛋白质浓度数据	未明确说明样本数量
5	2025-03-26	Nociceptor-immune interactomes reveal insult-specific immune signatures of pain 2024-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01857-2 PMID:38806708	研究论文	该研究通过单细胞转录组学技术，揭示了三种小鼠皮肤炎症疼痛模型中与疼痛发展相关的免疫基因特征	发现了巨噬细胞和中性粒细胞的招募与疼痛发展动力学密切相关，并识别了与疼痛及其消退相关的细胞类型特异性转录程序	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	解析疼痛发展中的免疫机制	小鼠皮肤炎症疼痛模型（酵母聚糖注射、皮肤切口和紫外线烧伤）	神经免疫学	炎症性疼痛	单细胞转录组学	NA	转录组数据	三种小鼠皮肤炎症疼痛模型
6	2025-03-23	Timing and location dictate monocyte fate and their transition to tumor-associated macrophages 2024-07-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3981 PMID:39058763	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的来源、演化及其在胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	揭示了单核细胞在肿瘤发展过程中如何分化为具有不同基因表达谱、表型和肿瘤内定位的终末分化TAMs	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究TAMs在PDAC中的来源和演化过程	胰腺导管腺癌（PDAC）中的单核细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学和高维流式细胞术	NA	单细胞转录组数据和高维流式细胞数据	诱导性单核细胞命运映射小鼠和PDAC患者肿瘤样本
7	2025-03-22	Comprehensive analysis of the endothelin system in the kidneys of mice, rats, and humans 2024-07-31, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20240768 PMID:38904098	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和免疫定位技术，对小鼠、大鼠和人类肾脏中的内皮素系统进行了全面分析	首次结合scRNA-seq和免疫定位技术，跨物种（小鼠、大鼠、人类）和性别分析肾脏内皮素系统的表达特征	商业抗体无法在所有物种中有效工作，RNA表达水平并不总是与蛋白质水平相关，需采用多种方法以确保研究的严谨性和可重复性	表征肾脏内皮素系统的表达特征，探讨其在慢性肾病病理生理和进展中的作用	小鼠、大鼠和人类肾脏样本	生物医学	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫定位	NA	RNA测序数据、免疫定位数据	正常人类活检样本（两性）、啮齿动物肾脏样本
8	2025-03-16	CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68109-z PMID:39075108	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，特别是SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞的协同作用	通过单细胞和空间转录组学技术，首次揭示了SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞在PDAC肿瘤微环境中的协同作用及其对预后的影响	研究主要基于转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，以寻找潜在的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
9	2025-03-16	Intestinal strictures in Crohn's disease: An update from 2023 2024-07, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12568 PMID:38546434	综述	本文提供了2023年关于克罗恩病肠道狭窄的最新进展的全面回顾	介绍了单细胞测序等新技术，以及血清生物标志物和新型横断面成像技术等非侵入性诊断工具	未知的发病机制、缺乏普遍接受的标准以及缺乏有效的管理方法仍然是未解决的挑战	旨在提供关于纤维化的前沿信息，并为研究人员和临床医生在肠道狭窄领域取得更大进展奠定基础	克罗恩病患者的肠道狭窄	NA	克罗恩病	单细胞测序	NA	NA	NA
10	2025-03-15	Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110353 PMID:39055935	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化	首次在细胞水平上识别了寨卡病毒感染后埃及伊蚊中肠的12个不同细胞群，并发现病毒主要存在于特定的肠上皮细胞和肠内分泌细胞中	研究仅关注了寨卡病毒感染后的中肠细胞变化，未涉及其他组织或器官	研究寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化及其对代谢、信号传导和免疫反应的影响	埃及伊蚊中肠细胞	生物信息学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	寨卡病毒感染后的埃及伊蚊中肠细胞
11	2025-03-15	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于自适应免疫受体库分析的工作流，集成了Immcantation框架，用于处理B细胞和T细胞受体序列数据	开发了nf-core/airrflow工作流，解决了现有工具在样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施上的局限性	NA	开发一个高效的自适应免疫受体库分析工作流，以支持大规模AIRR-seq数据的处理	B细胞和T细胞受体序列数据	生物信息学	传染病、自身免疫疾病、癌症	AIRR-seq	NA	测序数据	97名COVID-19感染者和99名健康对照者，包括批量测序和单细胞测序数据集
12	2025-03-09	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-Jul-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	研究论文	本研究探讨了丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的作用	首次揭示了SerpinA3n在调节基质功能和心肌梗死后心脏重塑中的因果作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成中的调节作用	心肌梗死后的小鼠心脏	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学、组织学、蛋白质组学分析	SerpinA3n条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、组织学数据、蛋白质组数据	SerpinA3n条件性敲除小鼠
13	2025-03-08	Investigating gene functions and single-cell expression profiles of de novo variants in orofacial clefts 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100313 PMID:38807368	研究论文	本研究探讨了与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其单细胞表达谱，特别关注了未在OMIM数据库中列出的基因中的新生变异（DNVs）	通过结合路径分析和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了新生变异基因在OFC发展中的潜在作用，特别是在外胚层和内皮细胞中的表达模式	由于CPO相关的新生变异基因数量有限，未能在此类基因集中获得显著发现	探索与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其在细胞水平上的表达特征	853个基因中的960个新生变异（DNVs），以及从OMIM数据库中筛选的178个CL/P和277个CPO相关基因	基因组学	口面裂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	960个新生变异（DNVs）来自853个基因
14	2025-03-06	HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122 PMID:40039180	研究论文	本文提出了一种利用超维计算提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类准确性的新方法	采用超维计算技术，特别是QuantHD方法进行高维超向量编码和迭代训练，以提高细胞类型分类的准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	QuantHD	基因表达数据	多样化的数据集
15	2025-03-05	STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295 PMID:40031511	研究论文	本文提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像中预测空间转录组学数据	STFormer引入了Style-Aug模块以增强特征泛化能力，并通过Cross-WSI Transformer模块有效捕捉跨WSI的spot关系	当前方法在处理有限WSI数据时未能充分探索spot间的相关性	开发一种成本效益高的方法，从组织学图像预测空间转录组学数据	结直肠癌组织学图像	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	内部和外部数据集
16	2025-03-04	spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601050 PMID:39005315	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的网页应用程序，旨在简化空间转录组学数据的分析	spatialGE提供了一个用户友好的界面，使没有编程专业知识的用户能够通过多种分析流程，包括质量控制、标准化、域检测、表型分析和多种空间分析	NA	旨在使更广泛的科学界能够更容易地进行空间转录组学数据分析	空间转录组学数据	数字病理学	黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术	NA	空间转录组学数据	NA
17	2025-03-02	Secreted clusterin inhibits tumorigenesis by modulating tumor cells and macrophages in human meningioma 2024-07-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae034 PMID:38416702	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了分泌型clusterin（CLU）在抑制脑膜瘤发生和恶性转化中的作用及其机制	首次发现CLU通过诱导线粒体损伤和触发1型干扰素通路抑制脑膜瘤的发生和恶性转化，并揭示了其在调节肿瘤细胞和微环境中的双重作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，临床样本数量有限，需进一步扩大临床验证	探索脑膜瘤恶性转化的潜在治疗靶点和肿瘤抑制因子	脑膜瘤样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组分析	动物模型和细胞实验	转录组数据	18个样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）
18	2025-03-01	West Nile Virus-Induced Expression of Senescent Gene Lgals3bp Regulates Microglial Phenotype within Cerebral Cortex 2024-Jul-08, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070808 PMID:39062523	研究论文	本研究探讨了西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，重点关注了LGALS3BP蛋白在抗病毒反应和衰老中的作用	首次揭示了LGALS3BP在调节神经炎症和小胶质细胞激活中的作用，并提出了靶向LGALS3BP可能缓解衰老和病毒感染后认知衰退的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，以及LGALS3BP在其中的作用	成年和老年小鼠的小胶质细胞	神经科学	西尼罗河病毒感染	空间转录组学、RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠
19	2025-03-01	Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors 2024-Jul-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137435 PMID:39000540	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了甲状腺激素（TH）信号过度如何导致小鼠视锥细胞退化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示TH信号过度对视锥细胞转录组的影响，并发现光转导和氧化磷酸化受损以及线粒体功能障碍	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本量有限	探讨TH信号过度如何导致视锥细胞退化	小鼠视锥细胞	转录组学	视网膜退化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	155,866个单细胞
20	2025-02-27	POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008721 PMID:39067872	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，结合空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝细胞癌（HCC）免疫治疗抵抗中的关键作用	首次系统性地研究了CAF亚群的特征及其在肿瘤微环境中的动态交流，特别是POSTN+ CAFs在特定肿瘤位置作为免疫反应屏障的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，可能缺乏对CAF功能机制的深入实验验证	探讨肝细胞癌免疫治疗抵抗的机制，以提高患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学，多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据，免疫荧光图像	220个样本，来自六个数据集