单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-21	Exploring the immune characteristions of CRKP pneumonia at single-cell level 2024-07, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108574 PMID:38772102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）肺炎患者的免疫特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了CRKP肺炎患者从轻度到重度转变过程中免疫细胞的动态特征和功能特性，并发现了与NK细胞、巨噬细胞和单核细胞相关的细胞标志物	样本量较小，仅包括3名患者的5份外周血样本，且未涵盖更多不同严重程度的病例	探讨CRKP肺炎患者的免疫失调特征及其与COVID-19的比较	耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）肺炎患者的免疫细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5份外周血样本来自3名中度和重度CRKP肺炎患者，以及2名COVID-19患者的scRNA-seq数据
2	2024-12-21	Inflammatory risk contributes to post-COVID endothelial dysfunction through anti-ACKR1 autoantibody 2024-Jul, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402598 PMID:38740432	研究论文	本研究探讨了COVID-19感染后持续炎症对血管功能障碍的影响，特别是针对非典型趋化因子受体1（ACKR1）的自身抗体的作用	首次揭示了COVID-19幸存者中抗ACKR1自身抗体与血管功能障碍之间的关联，并发现了这些抗体在组织特异性静脉血栓栓塞中的潜在作用	研究主要基于小鼠组织和患者样本，未来需要更大规模的人体研究来验证结果	探讨COVID-19感染后持续炎症对血管功能障碍的影响及其机制	COVID-19幸存者中的自身抗体及其对血管功能的影响	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠组织和COVID-19幸存者样本
3	2024-12-21	Frataxin deficiency shifts metabolism to promote reactive microglia via glucose catabolism 2024-Jul, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402609 PMID:38631900	研究论文	本研究探讨了线粒体蛋白frataxin（FXN）缺乏对微胶质细胞代谢和免疫反应的影响，并评估了丁酸盐治疗对Friedreich共济失调（FRDA）小鼠模型的神经保护作用	首次揭示了FXN缺乏导致微胶质细胞代谢向糖酵解和异柠檬酸生产转变，并发现丁酸盐通过itaconate-Nrf2-GSH途径触发抗氧化反应，抑制炎症基因表达，恢复微胶质细胞稳态	研究仅在FRDA小鼠模型中进行，结果的临床转化和人类适用性尚需进一步验证	探讨FXN缺乏对微胶质细胞代谢和免疫反应的影响，并评估丁酸盐治疗对FRDA的潜在治疗效果	FRDA小鼠模型的微胶质细胞和小脑细胞群	免疫代谢	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，代谢组学分析	NA	RNA序列，代谢数据	FRDA小鼠模型中的小脑细胞群
4	2024-12-20	Oligoclonal CD4+CXCR5+ T cells with a cytotoxic phenotype appear in tonsils and blood 2024-07-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06563-1 PMID:39025930	研究论文	研究比较了外周血和扁桃体中CD3CD4CXCR5 T细胞的异质性，发现了一种具有细胞毒性表型的寡克隆CD4+CXCR5+ T细胞亚群	首次发现了一种具有细胞毒性表型的寡克隆CD4+CXCR5+ T细胞亚群，并描述了其在扁桃体和外周血中的分布特征	研究仅限于扁桃体和外周血样本，未涉及其他组织或疾病状态	探讨外周血和扁桃体中CD3CD4CXCR5 T细胞的异质性及其在临床中的潜在应用	外周血和扁桃体中的CD3CD4CXCR5 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	NA	转录组、TCR库、细胞表面蛋白表达	外周血和扁桃体中的CD3CD4CD45RACXCR5细胞
5	2024-12-19	A point cloud segmentation framework for image-based spatial transcriptomics 2024-07-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06480-3 PMID:38971915	研究论文	本文介绍了一种基于图像的空间转录组学的点云分割框架ComSeg，用于在复杂组织中进行单细胞RNA定位和细胞类型识别	ComSeg算法直接在单个RNA位置上操作，无需对细胞形状进行隐式或显式先验假设，适用于具有任意细胞形状的复杂组织	NA	解决在缺乏高质量膜标记的情况下，组织数据中准确细胞分割的挑战	单细胞RNA定位和细胞类型识别	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	模拟和实验数据集
6	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jul-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4607352/v1 PMID:39011095	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中β细胞功能的性别差异及其在2型糖尿病发病机制中的作用	首次结合单细胞RNA测序和单核转座酶可及染色质测序技术，揭示了2型糖尿病患者中β细胞功能的性别差异及其与线粒体功能障碍的关系	研究样本量较小，且仅限于人类胰腺胰岛，可能无法完全代表所有性别差异的影响	探讨2型糖尿病中胰岛素分泌的性别差异机制	人类胰腺胰岛中的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	52名捐赠者（包括2型糖尿病患者和非糖尿病患者）
7	2024-12-18	spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601050 PMID:39005315	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的网络应用程序，旨在简化空间转录组数据的分析过程	spatialGE提供了一个用户友好的界面，使没有编程经验的用户也能进行复杂的空间转录组数据分析	NA	开发一个简化空间转录组数据分析的工具，以促进其在科学界的广泛应用	空间转录组数据，特别是黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌的肿瘤微环境	生物信息学	癌症	空间转录组技术	NA	转录组数据	黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌的样本
8	2024-12-16	A specialized population of monocyte-derived tracheal macrophages promote airway epithelial regeneration through a CCR2-dependent mechanism 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110169 PMID:38993668	研究论文	本文研究了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用，并揭示了CCR2依赖的机制	首次揭示了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其CCR2依赖的招募和激活机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其机制	小鼠气管巨噬细胞及其在气道损伤后的再生作用	NA	NA	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型
9	2024-12-16	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01935-0 PMID:37679544	研究论文	本文介绍了一种名为MaxFuse的跨模态数据整合方法，通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配，能够在特征弱关联的情况下实现高质量的跨模态数据整合	MaxFuse方法在特征弱关联的情况下表现出高鲁棒性和准确性，相较于现有方法在关键评估指标上实现了20~70%的相对改进	NA	开发一种能够在特征弱关联的情况下实现高质量跨模态数据整合的方法	跨模态的单细胞和空间数据	生物信息学	NA	单细胞和空间测序	NA	多模态数据	NA
10	2024-12-08	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection 2024-Jul-21, Viruses DOI:10.3390/v16071173 PMID:39066335	研究论文	研究SIV感染导致的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动力学和抗病毒免疫反应的影响	首次在受控环境中直接研究HIV相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持久性的影响	样本量较小，仅涉及两只SIV感染的猪尾猕猴	探讨HIV相关免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	SIV感染的猪尾猕猴和SIV阴性的猪尾猕猴	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	两只SIV感染的猪尾猕猴和两只SIV阴性的猪尾猕猴
11	2024-12-02	Single-cell sequencing reveals novel proliferative cell type: a key player in renal cell carcinoma prognosis and therapeutic response 2024-Jul-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01424-x PMID:39052149	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肾细胞癌中一种新型增殖细胞类型，并探讨了其在肾细胞癌预后和治疗反应中的关键作用	发现了一种名为“Prol”的高度增殖细胞亚群，并开发了一种基于人工智能网络的Prol特征，能够预测肾细胞癌的预后和治疗反应	NA	探讨肾细胞癌的分子异质性，并开发新的预后预测特征和治疗靶点	肾细胞癌中的新型增殖细胞类型及其在预后和治疗反应中的作用	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	人工智能网络（包括传统回归、机器学习和深度学习算法）	RNA	NA
12	2024-12-02	Discovering mechanisms of human genetic variation and controlling cell states at scale 2024-Jul, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.03.010 PMID:38658256	研究论文	本文讨论了单细胞测序技术在揭示人类遗传变异机制方面的潜力，并探讨了如何利用这些技术来控制细胞状态	本文提出了将遗传变异机制的发现与细胞状态工程相结合的概念，以推动基因组医学的发展	NA	探讨单细胞测序技术在揭示人类遗传变异机制和控制细胞状态方面的应用	人类遗传变异和细胞状态	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
13	2024-12-01	Empowering Precision Oncology: Advancing Cancer Research by Augmenting Single-cell RNA and Bulk RNA Sequencing for Confronting the Heterogeneity in Ovarian Cancer 2024 Jul-Sep, Journal of mid-life health IF:1.2Q3 DOI:10.4103/jmh.jmh_93_23 PMID:39610955	研究论文	本研究探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序在卵巢癌分子水平上的应用	强调了scRNA-Seq在揭示卵巢肿瘤复杂细胞组成和表型可塑性中的关键作用，并展示了其在新生物标志物发现和治疗靶点识别中的应用	NA	通过增强对卵巢癌分子水平的理解，推动精准肿瘤学的发展	卵巢癌的分子特征和细胞异质性	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序	NA	RNA	NA
14	2024-11-27	A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia 2024-Jul-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.03.03.23286485 PMID:37961528	研究论文	本文对儿童急性髓系白血病（AML）的肿瘤免疫微环境进行了多维分析，揭示了不同的免疫表型和免疫聚集物的组成	首次在儿童AML中发现近三分之一的病例存在免疫浸润的骨髓，并揭示了T细胞网络和B细胞的共定位情况	研究主要集中在骨髓样本上，未涉及其他组织或器官	了解儿童AML骨髓中T细胞和其他微环境细胞的组成、表型和空间组织，为未来的免疫治疗试验提供信息	儿童急性髓系白血病（AML）的骨髓免疫微环境	数字病理学	血液肿瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	儿童AML病例和非白血病对照组
15	2024-11-27	Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca 2024-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.23.586420 PMID:38585920	研究论文	本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的降维处理	APR算法在计算效率和内存使用方面优于现有的GLM-PCA算法，并且适用于多核处理器的并行实现	NA	研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA (主成分分析)	RNA-seq数据	两个已发表的单细胞RNA-seq数据集
16	2024-11-21	Critical role of Slc22a8 in maintaining blood-brain barrier integrity after experimental cerebral ischemia-reperfusion 2024-Jul-28, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241264401 PMID:39068534	研究论文	本研究通过多组学分析，识别了在脑缺血再灌注过程中调节血脑屏障破坏的关键因子Slc22a8	首次揭示了Slc22a8在维持血脑屏障完整性中的关键作用，并通过实验验证了其在脑缺血再灌注后的表达下调	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证Slc22a8的作用	探讨脑缺血再灌注后血脑屏障破坏的机制	Slc22a8基因在小鼠脑缺血再灌注模型中的表达及功能	NA	脑血管疾病	转录组测序	NA	转录组数据	小鼠MCAO/R模型中的多个样本
17	2024-11-21	Revealing the molecular landscape of human placenta: a systematic review and meta-analysis of single-cell RNA sequencing studies 2024-07-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmae006 PMID:38478759	综述	本文通过系统综述和荟萃分析单细胞RNA测序研究，揭示了人类胎盘的分子景观	本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集，识别了主要胎盘细胞类型的标记基因，并强调了建立单细胞RNA测序数据注释共识的必要性	不同研究在采样部位、妊娠年龄、胎儿性别和后续测序及分析方法上存在差异，导致标记基因的识别存在不一致性	旨在通过单细胞RNA测序技术，系统综述和比较不同胎盘细胞类型的基因表达，识别共识标记基因，并探讨其在妊娠相关疾病研究中的应用	人类胎盘及其特异性细胞类型，包括细胞滋养层、合体滋养层和绒毛外滋养层	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了35,461个早期妊娠胎盘细胞和23,378个足月胎盘细胞
18	2024-11-20	Comprehensive analysis of the endothelin system in the kidneys of mice, rats, and humans 2024-07-31, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20240768 PMID:38904098	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和免疫定位分析了人类、大鼠和小鼠肾脏中内皮素系统的表达	结合单细胞RNA测序数据和免疫定位技术，全面分析了人类、大鼠和小鼠肾脏中内皮素系统的表达，并发现了性别和物种间的差异	商业化抗体在所有物种中并不都有效，RNA表达与蛋白质水平并不总是相关，需要多种方法来确保研究的严谨性和可重复性	研究肾脏内皮素系统的表达及其在不同物种和性别中的差异	人类、大鼠和小鼠的肾脏	NA	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类、大鼠和小鼠的肾脏样本
19	2024-11-18	Insulin and leptin oscillations license food-entrained browning and metabolic flexibility 2024-Jul-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114390 PMID:38900636	研究论文	研究探讨了定时喂食如何通过胰岛素和瘦素的双相振荡促进皮下白色脂肪组织（sWAT）的褐变和代谢灵活性	首次揭示了胰岛素和瘦素的双相振荡在定时喂食诱导的sWAT褐变和代谢灵活性中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨定时喂食如何通过胰岛素和瘦素的振荡促进脂肪褐变和代谢灵活性	皮下白色脂肪组织（sWAT）和先天淋巴细胞2型（ILC2）	代谢研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型
20	2024-11-18	γδ T cell profiling in a cohort of preterm infants reveals elevated frequencies of CD83+ γδ T cells in sepsis 2024-Jul-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231987 PMID:38753245	研究论文	研究了早产儿中γδ T细胞的特征，发现败血症患儿中CD83+ γδ T细胞频率升高	首次在早产儿中进行γδ T细胞的纵向研究，并发现败血症患儿中胎儿来源的Vγ9Vδ2 T细胞水平升高	研究仅限于早产儿，未涉及其他年龄段的人群	探讨早产儿中γδ T细胞的特征及其在败血症中的作用	早产儿中的γδ T细胞	NA	新生儿败血症	下一代测序、流式细胞术、功能性检测	NA	单细胞转录组数据	一组早产儿