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当前共找到 499 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-17 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 本研究利用海鞘Ciona模型，探索了心脏咽部祖细胞在发育过程中通过细胞周期驱动的转录组成熟获得多谱系能力的机制 | 揭示了转录组成熟过程，包括候选“成熟基因”如Rho GAP编码基因在G2晚期达到峰值，以及行为能力概念，通过多谱系启动和定向不对称分裂影响命运决定 | 研究基于海鞘模型，可能不直接适用于所有脊椎动物系统，且功能验证可能有限 | 探究多谱系能力的获得以及命运决定与细胞周期进程之间的耦合机制 | 心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-12-16 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本研究评估了Element Biosciences的亲和测序技术（avidity sequencing）在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物引物区域的能力，及其对多聚腺苷酸化位点分析的影响 | 首次系统评估亲和测序技术对单细胞RNA-seq中同聚物引物区域的测序准确性，并开发了改进的接头修剪和比对流程 | 与单端比对相比，配对端比对并未持续提高读段映射率，且未排除其他新兴平台可能具有的类似性能 | 改进单细胞RNA-seq文库的特征分析，特别是多聚腺苷酸化位点的精确量化 | 单细胞RNA-seq文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, DNA测序 | NA | 序列数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti | 亲和测序（avidity sequencing） |
| 3 | 2025-12-04 |
Clustering single-cell RNA sequencing data via iterative smoothing and self-supervised discriminative embedding
2024-07, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03074-5
PMID:38834657
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRISE的深度聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过迭代平滑和自监督判别嵌入来改善数据表示和聚类质量 | scRISE模型结合了基于图自编码器的迭代平滑模块和具有自适应相似性阈值的自监督判别嵌入模块，以去噪数据并优化聚类 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类中相似性度量的鲁棒性挑战，以识别细胞类型和细胞间相互作用 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 图自编码器 | 基因表达数据 | 十七个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-11-18 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗耐药性中细胞内在状态与肿瘤微环境的共同影响 | 首次在单细胞分辨率上证明耐药命运同时受细胞内在状态和肿瘤微环境共同塑造，并发现不同耐药程序在个体肿瘤中共存 | 研究主要基于异种移植模型，人类患者样本验证仍需进一步扩展 | 探索黑色素瘤治疗耐药性中细胞内在因素与微环境因素的相互作用机制 | 黑色素瘤细胞系、患者肿瘤样本和异种移植模型 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 共识非负矩阵分解 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个细胞系和患者样本（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-11-05 |
A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603542
PMID:39071399
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小肠中罕见分泌细胞CHEs的命运特化机制 | 发现Notch信号通路在分泌谱系中发生第二波激活以特化CHEs细胞群体 | CHEs细胞在大鼠和人类中存在但小鼠中缺失，限制了部分实验模型的适用性 | 探究小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制 | 大鼠和人类小肠中的C FTR高表达细胞(CHEs) | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-11-05 |
GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease
2024-Jul-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2
PMID:38196575
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析健康与疾病状态下的人类小唾液腺，揭示了干燥综合征中特定腺泡细胞被靶向的机制 | 首次发现新型浆黏液腺泡细胞类型，并鉴定出GZMK+CD8+ T细胞特异性靶向其中一类腺泡细胞的免疫机制 | 未明确说明样本数量和技术平台的详细配置信息 | 解析干燥综合征的发病机制和细胞靶向特性 | 人类小唾液腺组织 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-05 |
scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604740
PMID:39211080
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了臭氧诱导哮喘加重小鼠模型中独特的巨噬细胞群体 | 首次在臭氧诱导哮喘加重模型中鉴定出独特的肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群，并揭示了其特异性基因表达通路 | 研究仅限于小鼠模型，结果向人类转化需要进一步验证 | 探究臭氧暴露导致哮喘气道高反应性的免疫细胞机制 | 尘螨、豚草和臭氧暴露的小鼠肺部免疫细胞 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 暴露于DRA、臭氧或DRA+臭氧的小鼠肺部免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-05 |
Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19
2024-07-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136
PMID:39018367
|
研究论文 | 通过比较临床样本和动物模型的单细胞RNA测序数据，揭示IFN-γ是急性COVID-19后呼吸系统后遗症的驱动因素 | 首次在人类和小鼠模型中同时发现促纤维化单核源性巨噬细胞反应及肺巨噬细胞与呼吸系统常驻T细胞的异常相互作用 | 主要关注呼吸系统后遗症，未涉及PASC其他临床表现 | 探究SARS-CoV-2感染后急性后遗症(PASC)的病因机制 | 人类PASC临床样本和小鼠PASC模型 | 单细胞组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 临床PASC样本和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-05 |
Endothelial POFUT1 controls injury-induced liver fibrosis by repressing fibrinogen synthesis
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.032
PMID:38460791
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞POFUT1通过抑制纤维蛋白原合成控制损伤诱导的肝纤维化的机制 | 首次发现POFUT1通过NOTCH/HES1/STAT3信号通路抑制纤维蛋白原表达，并鉴定纤维蛋白原作为新的促纤维化旁分泌信号激活肝星状细胞 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性仍需进一步验证 | 探究肝窦内皮细胞表达的POFUT1在肝纤维化中的作用机制 | 内皮特异性Pofut1敲除小鼠、肝窦内皮细胞、肝星状细胞、肝硬化患者样本 | 分子生物学 | 肝纤维化/肝硬化 | RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、ELISA、组织学分析、电子显微镜、免疫染色、RNA原位杂交 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像 | 内皮特异性Pofut1敲除小鼠模型、肝硬化患者和健康个体的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-05 |
Van Gogh-like 2 is essential for the architectural patterning of the mammalian biliary tree
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.030
PMID:38460794
|
研究论文 | 本研究揭示了平面细胞极性蛋白VANGL2在哺乳动物胆管系统结构模式形成中的关键作用 | 首次发现VANGL2通过调控细胞间接触形成和肌动蛋白细胞骨架极化来协调胆管模式形成 | 研究主要基于小鼠胚胎肝脏模型，在人类系统中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明胆管板从简单上皮细胞片转变为复杂连接胆管系统的机制 | 小鼠胚胎肝脏胆管上皮细胞 | 发育生物学 | 肝胆疾病 | 单细胞RNA测序,遗传学工具,类器官模型 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-05 |
Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type specific responses in primary human pancreatic islets
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604861
PMID:39211206
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B感染在人类胰岛不同细胞类型中引发的特异性转录反应 | 首次在单细胞分辨率上系统揭示了CVB感染对不同胰岛细胞类型的特异性转录响应，并发现β细胞中长链非编码RNA与病毒感染的关系 | 使用尸体来源的胰岛样本，可能无法完全反映体内真实情况；研究时间点仅限于24和48小时 | 探究柯萨奇病毒B感染对人类胰岛不同细胞类型的特异性影响及其与1型糖尿病的关系 | 人类尸体来源的胰岛细胞 | 单细胞生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类尸体胰岛样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-05 |
Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to regulate cortical excitability in TDP-43 related neurodegeneration
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601396
PMID:39005475
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研究论文 | 本研究揭示了杆状小胶质细胞通过与神经元树突相互作用调节TDP-43相关神经退行性疾病中皮层兴奋性的神经保护机制 | 首次发现具有独特形态和转录特征的杆状小胶质细胞亚群，并证明其通过调节兴奋性突触输入来抑制运动皮层过度活跃 | 研究仅限于TDP-43神经退行性疾病小鼠模型，尚未在人类或其他神经退行性疾病模型中验证 | 探究小胶质细胞在TDP-43相关神经退行性疾病运动皮层回路过度兴奋中的调控作用 | TDP-43神经退行性疾病小鼠模型(rNLS8)的运动皮层神经元和小胶质细胞 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症(ALS) | 多通道探针记录、纵向钙成像、空间转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 电生理信号、钙成像数据、转录组数据 | rNLS8转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-05 |
Single-cell landscape of functionally cured chronic hepatitis B patients reveals activation of innate and altered CD4-CTL-driven adaptive immunity
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.017
PMID:38423478
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研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了功能性治愈慢性乙型肝炎患者的免疫病理特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了慢性乙型肝炎与功能性治愈患者的肝内组织和外周血免疫细胞状态，发现了CD4细胞毒性T淋巴细胞和天然免疫细胞激活等新机制 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证发现 | 探索慢性乙型肝炎功能性治愈的免疫病理机制和生物标志物 | 慢性乙型肝炎患者和功能性治愈患者的肝内组织及匹配的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像 | 慢性乙型肝炎和功能性治愈患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-05 |
Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603936
PMID:39071425
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荟萃分析 | 通过单细胞RNA测序荟萃分析揭示免疫疾病中基于趋化因子的细胞通讯机制 | 首次通过跨疾病跨组织的单细胞RNA测序荟萃分析系统揭示免疫细胞趋化与外渗模式 | 基于公开数据库的二次分析，受原始数据质量和覆盖范围限制 | 解析免疫疾病中细胞间通讯与免疫细胞迁移机制 | 多种免疫疾病患者组织样本（皮肤、肺、结肠、肾脏） | 生物信息学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 配体-受体相互作用分析 | 单细胞转录组数据 | 多种免疫疾病公共数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-05 |
Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis
2024-07-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae028
PMID:38289873
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研究论文 | 本研究通过翻译核糖体亲和纯化测序技术鉴定出Itih4作为动脉粥样硬化中平滑肌细胞特异性表达的新基因 | 开发了SMCTRAP转基因小鼠模型，首次应用TRAP测序技术直接分析组织中的平滑肌细胞特异性基因表达 | 研究样本量较小，仅使用15月龄小鼠的胸主动脉样本 | 研究动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞的基因表达特征 | SMCTRAP和SMCTRAP-AS转基因小鼠的胸主动脉样本 | 单细胞组学 | 动脉粥样硬化 | TRAP-seq, 免疫荧光染色, 空间转录组学, 全基因组关联分析 | 转基因小鼠模型 | 测序数据, 图像数据 | 15月龄SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的胸主动脉样本 | NA | 翻译核糖体亲和纯化测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-05 |
Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction
2024-07-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae075
PMID:38666458
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研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型揭示了丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的关键调控作用 | 首次发现SerpinA3n通过调节基质功能和蛋白酶活性影响心肌梗死后心脏重塑过程 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究丝氨酸蛋白酶抑制剂在心肌梗死后瘢痕形成中的作用机制 | SerpinA3n条件性基因敲除小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学、组织学分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织图像 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组分析 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Feature selection followed by a novel residuals-based normalization that includes variance stabilization simplifies and improves single-cell gene expression analysis
2024-Jul-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05872-w
PMID:39080559
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研究论文 | 提出一种新的单细胞RNA测序数据分析流程，包括先进行特征选择再进行包含方差稳定的残差归一化方法 | 提出先特征选择后归一化的修订工作流程，开发基于稳定基因的新型方差稳定残差归一化方法 | NA | 改进单细胞基因表达数据分析方法 | 单细胞RNA测序计数数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Integration tools for scRNA-seq data and spatial transcriptomics sequencing data
2024-07-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae002
PMID:38267084
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综述 | 本文系统整理了19种整合单细胞RNA测序数据与空间转录组测序数据的方法，为研究人员选择合适的数据整合方法提供参考 | 首次对19种scRNA-seq与空间转录组数据整合方法进行系统性分类和比较分析，强调高变异基因在不同技术注释中的应用 | 未对整合方法进行实证性能比较，主要基于方法原理进行理论分析 | 为研究人员选择单细胞RNA测序与空间转录组数据整合方法提供指导 | 单细胞RNA测序数据与空间转录组测序数据的整合方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 基因表达数据，空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Improving cell type identification with Gaussian noise-augmented single-cell RNA-seq contrastive learning
2024-07-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad059
PMID:38242863
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研究论文 | 提出一种基于高斯噪声增强的单细胞RNA测序对比学习方法，用于改进细胞类型识别任务 | 首次将高斯噪声增强策略应用于单细胞RNA测序数据的对比学习，专门针对困难细胞类型识别任务进行优化 | 未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性，特别是困难细胞类型的识别 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Integrating multi-omics data to analyze the potential pathogenic mechanism of CTSH gene involved in type 1 diabetes in the exocrine pancreas
2024-07-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad052
PMID:38050341
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据探索CTSH基因在1型糖尿病外分泌胰腺中的潜在致病机制 | 首次结合eQTL研究、GWAS汇总数据和单细胞转录组数据系统分析CTSH基因在1型糖尿病外分泌胰腺中的作用机制 | 研究结果主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探究CTSH基因在1型糖尿病发病机制中的潜在作用 | 1型糖尿病患者和健康对照者的胰腺组织 | 生物信息学 | 1型糖尿病 | eQTL分析, GWAS, 单细胞RNA测序, 单细胞WGCNA分析, 功能富集分析 | 基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR) | 基因组数据, 转录组数据 | 1型糖尿病患者和健康对照者的胰腺单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |