单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 493 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-21
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 评估Element Biosciences的亲和力碱基化学测序技术对单细胞RNA-seq文库中poly(dT)引物位点同聚物的测序能力及其对读段比对和polyA位点定量的影响 首次评估Element Aviti仪器在单细胞RNA-seq中跨越胸腺嘧啶同聚物准确测序的能力,发现其可在无检测到精度损失的情况下读取同聚物后的cDNA序列,实现polyA位点的直接独立分配 与单端比对相比,双端比对并未持续提高读段映射率,且未排除其他新兴平台可能具有类似性能 评估亲和力碱基化学测序在单细胞RNA-seq中对同聚物区域的测序准确性及其对读段比对和polyA位点使用定量的影响 poly(dT)引物的3'单细胞RNA-seq文库 机器学习 NA 单细胞RNA-seq NA 文本 NA Element Biosciences, Illumina 单细胞RNA-seq Element Aviti, Illumina Element Aviti仪器采用亲和力碱基化学测序,与Illumina测序进行对比
2 2026-09-20
Decoding the spatiotemporal heterogeneity of tumor-associated macrophages
2024-07-27, Molecular cancer IF:27.7Q1
综述 该综述探讨了肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的时空异质性,包括其亚型、起源、功能及与肿瘤微环境的相互作用 系统整合了单细胞测序和空间多组学等先进技术在肿瘤相关巨噬细胞研究中的应用,全面揭示了肿瘤相关巨噬细胞的时空异质性及其在肿瘤进展中的复杂动态作用 作为综述文章,未提供原始实验数据,且对肿瘤相关巨噬细胞空间特征和功能角色的深入理解仍需进一步研究 探索肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的空间和时间异质性,揭示其亚型、起源、功能及与肿瘤微环境的相互作用机制 肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的时空异质性 数字病理学 肺癌 单细胞测序,空间多组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
3 2026-09-20
Unbiasedly decoding the tumor microenvironment with single-cell multiomics analysis in pancreatic cancer
2024-07-09, Molecular cancer IF:27.7Q1
综述 本文综述了单细胞多组学技术在胰腺导管腺癌肿瘤微环境研究中的应用,系统总结了各类细胞成分的功能、分类依据及潜在治疗靶点 以无偏倚视角聚焦肿瘤微环境中每一个细胞成分的功能和潜在分类依据,并提出整合单细胞多组学数据与回顾性再利用批量测序数据的前景展望 作为综述文章,未提供原始实验数据,对单细胞多组学数据的整合方法和批量测序数据再利用的可行性尚缺乏实证验证 总结单细胞多组学层面胰腺癌肿瘤微环境的最新研究进展,推动精准识别细胞亚群以指导免疫治疗和靶向治疗策略的设计 胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的各类细胞成分,包括髓系细胞、肿瘤基质细胞等 数字病理学 胰腺癌 单细胞测序,质谱技术,空间组学 NA 文本 NA NA 单细胞多组学,空间转录组学,批量RNA-seq NA NA
4 2026-09-16
Quantification and statistical modeling of droplet-based single-nucleus RNA-sequencing data
2024-07-01, Biostatistics (Oxford, England)
研究论文 该研究评估了基于液滴的单核RNA测序数据的统计分布,并探讨了量化策略对下游分析的影响 首次系统证明基于液滴的snRNA-seq数据遵循负二项分布而非零膨胀分布,并揭示了量化映射策略(特别是内含子区域包含与否)对下游分析的重要影响 研究主要基于小鼠皮层和肾脏数据,未涵盖人类样本或其他组织类型;对基因长度偏倚的成因仅进行了初步探讨,未提供完整的机制解释 评估基于液滴的snRNA-seq数据的概率分布特征,并研究量化策略对下游统计分析和生物学解释的影响 小鼠皮层细胞核和小鼠肾脏细胞核的snRNA-seq数据 机器学习, 生物信息学 NA 单核RNA测序 负二项分布模型 基因表达计数数据 小鼠皮层细胞核的伪阴性对照数据和小鼠肾脏细胞核数据 10x Genomics, DropSeq 单核RNA测序 10x Genomics Chromium, DropSeq 10x Genomics Chromium系统用于小鼠皮层,DropSeq系统用于小鼠肾脏
5 2026-09-10
Whole-genome sequences reveal zygotic composition in chimeric twins
2024-07-18, HGG advances
研究论文 本研究通过全基因组测序和单细胞RNA测序,精确解析了嵌合体双胞胎的合子组成,揭示了血液组织中不对称的细胞贡献。 首次利用数百万基因组变异作为合子起源的标记,结合单细胞RNA测序,详细展示了嵌合体双胞胎在不同血细胞类型中的差异贡献,并发现口腔组织为纯合子状态。 样本仅包括一个三胞胎和一个双胞胎家庭,样本量小,可能限制结果的普适性。 阐明人类发育过程中孪生形成的细胞历史,特别是嵌合体个体中的遗传组成。 三胞胎和双胞胎家庭的成员,尤其是存在嵌合现象的个体。 基因组学 遗传病 全基因组测序、单细胞RNA测序 NA 基因组序列和单细胞转录组数据 两个家庭(一个三胞胎和一个双胞胎),具体个体数未提供。 NA 全基因组测序、单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-09-09
Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms
2024-07-10, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 本文提出利用合成DNA条形码在单细胞RNA测序数据中识别真实单细胞(singlets),并评估双细胞(doublet)检测算法的性能 将合成DNA条形码用于新用途——提取真实单细胞作为基准,并首次在不同背景下评估现有双细胞检测方法,同时训练概念验证的机器学习分类器以超越其他算法 未在摘要中明确提及局限性 利用合成DNA条形码识别单细胞RNA测序数据中的真实单细胞,并评估和改进双细胞检测算法 单细胞RNA测序数据集中的单细胞和双细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 机器学习分类器 单细胞转录组数据 未在标题和摘要中提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
7 2026-09-06
Trem2 Agonist Reprograms Foamy Macrophages to Promote Atherosclerotic Plaque Stability-Brief Report
2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 本研究探讨Trem2激动剂抗体(AL002a)对动脉粥样硬化小鼠模型中泡沫巨噬细胞的重编程作用及其对斑块稳定性的影响 首次评估Trem2激动剂抗体对动脉粥样硬化斑块稳定性的治疗潜力,并揭示其通过重编程泡沫巨噬细胞转录组(上调氧化磷酸化和胶原基因表达)促进胆固醇外流和胶原沉积的新机制 研究仅在动脉粥样硬化小鼠模型中进行,未涉及人类样本验证;且斑块面积增加可能带来潜在风险,需进一步评估长期安全性 验证Trem2激动剂抗体能否通过增强巨噬细胞存活和减少坏死核心形成来改善动脉粥样硬化斑块稳定性 Ldlr-/-动脉粥样硬化小鼠及其主动脉斑块中的泡沫巨噬细胞 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序,体外细胞实验 NA 单细胞转录组数据,病理图像数据 未明确样本数量,涉及小鼠模型和多组比较 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序用于全主动脉悬液样本
8 2026-09-05
Directly selecting cell-type marker genes for single-cell clustering analyses
2024-07-15, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 提出一种名为Festem的统计方法,直接从单细胞RNA测序数据中筛选具有异质性分布、对聚类有信息价值的细胞类型标记基因,以改进下游聚类分析 直接依据异质性分布选择标记基因,而非使用方差或偏差等替代标准,避免了传统方法遗漏重要基因或选择无关基因的问题,并规避了DEG分析的选样偏差 未在摘要中明确提及局限性 开发一种直接从单细胞RNA测序数据中选择细胞类型标记基因的方法,以提高聚类分析的准确性和细胞类型识别能力 单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因 机器学习 肝内胆管癌 单细胞RNA测序 统计模型 单细胞转录组数据 一个大规模肝内胆管癌数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
9 2026-09-05
Emerging trends in the study of spiralian larvae
2024-07, Evolution & development IF:2.6Q2
综述 本文综述了螺旋幼虫的研究进展,重点关注其前神经系统、纤毛带和后半球等形态特征,并探讨了如何利用现代高通量技术理解其发育与进化 结合比较基因组学、单细胞转录组学和表观基因组学等现代方法,提出新的可测试假说,以揭示螺旋幼虫和生活史进化的机制 文章未提及具体研究中的局限性 总结螺旋幼虫的发育和进化研究,并预测未来利用基因组和单细胞技术将促进对新兴螺旋类群的研究 螺旋动物门(Spiralia)的幼虫,特别是担轮幼虫 进化发育生物学 NA 比较基因组学、单细胞转录组学、表观基因组学 NA 基因组数据、单细胞转录组数据、表观基因组数据 NA NA 单细胞转录组学 NA NA
10 2026-09-04
Wnt Signaling Inhibition Prevents Postnatal Inflammation and Disease Progression in Mouse Congenital Myxomatous Valve Disease
2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 本研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序,揭示了Wnt信号通路在先天性黏液瘤性瓣膜病早期发病中的作用,并探讨了抑制Wnt信号对疾病进展的影响 首次发现Wnt信号通路在瓣膜免疫细胞浸润前即被激活,且其抑制作用仅在疾病早期有效,证实了Wnt信号在MVD发病中的时间依赖性作用 研究主要基于小鼠模型,且Wnt抑制治疗仅在疾病早期有效,晚期干预无法阻止疾病进展,提示其临床应用可能受限 探究Wnt信号通路在先天性黏液瘤性瓣膜病发病和进展中的机制,并评估其作为早期治疗靶点的潜力 Fbn1C1039G/+小鼠(马凡综合征模型)和野生型小鼠的二尖瓣组织 分子生物学 先天性黏液瘤性瓣膜病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确说明样本数量,涉及不同基因型小鼠(野生型、Fbn1C1039G/+等) NA 单细胞RNA测序 NA NA
11 2026-09-04
Recessively Inherited Deficiency of Secreted WFDC2 (HE4) Causes Nasal Polyposis and Bronchiectasis
2024-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1
研究论文 该研究通过基因和蛋白质分析,确定了导致鼻息肉病和支气管扩张症的新型遗传病因,即WFDC2(HE4)蛋白的隐性遗传缺陷 首次发现WFDC2基因的双等位基因致病性变异导致分泌性WFDC2蛋白缺乏,从而引起支气管扩张症和鼻息肉病,定义了一种新的分子病因 未提及具体局限性,但样本量较小(11例个体) 识别未解决病例中伴有严重鼻窦炎、鼻息肉和肺部感染的支气管扩张症的新的遗传缺陷 来自10个无血缘关系的家庭的11名个体,其患有支气管扩张症并伴有鼻息肉和肺部感染 遗传学 支气管扩张症 下一代测序、靶向桑格测序、定量PCR、单细胞RNA测序、蛋白质印迹、免疫荧光显微镜、电化学发光免疫测定、蛋白质结构分析和蛋白质组学分析 NA 基因测序数据、RNA表达数据、蛋白质数据、细胞和分泌物样本数据、影像数据(通过显微镜) 11名个体(来自10个家庭) NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-09-03
Genomic structural variation contributes to evolved changes in gene expression in high-altitude Tibetan sheep
2024-07-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过比较藏羊与低海拔湖羊的基因组结构变异及其与组织特异性基因表达的关系,揭示了结构变异在高原适应中的重要作用 首次在藏羊中系统表征结构变异与基因表达及染色质架构的关系,发现了高频倒位对心脏保护、棕色脂肪细胞增殖等基因表达的调控作用 未明确说明本研究的局限性 探究藏羊基因组结构变异及其对组织特异性基因表达的影响,以揭示其高原适应的遗传机制 高海拔藏羊与低海拔湖羊 基因组学 不适用 单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因分析、染色质构象分析 不适用 基因组结构变异数据、单细胞转录组数据、染色质构象数据 藏羊和湖羊各若干(具体数量未提供) 不明确 单细胞RNA测序 不明确 不明确
13 2026-09-01
ezSingleCell: an integrated one-stop single-cell and spatial omics analysis platform for bench scientists
2024-07-03, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 ezSingleCell是一个集成的单细胞和空间组学一站式分析平台,面向无编程经验的实验科学家,提供交互式数据分析、整合和可视化功能 该平台将多种单细胞和空间组学数据分析方法整合到一个用户友好的界面中,无需编程知识,且支持模块间交互,提供快速分析(3000细胞少于5分钟)和多种数据格式输入 未明确提及,但平台可能依赖于公开方法的性能,且目前主要针对单细胞和空间组学数据,对于其他数据类型可能适用性有限 为实验科学家提供一个无需编程背景即可使用的单细胞和空间组学数据分析平台,简化分析流程并提高可访问性 各类单细胞和空间组学数据类型,包括scRNA-seq等 生物信息学 NA 单细胞测序、空间组学 NA 单细胞和空间组学数据 标准scRNA-seq数据集,3000个细胞,用于性能评估 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
14 2026-09-01
A unified model-based framework for doublet or multiplet detection in single-cell multiomics data
2024-07-02, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出一个基于复合泊松模型的框架,用于检测单细胞多组学数据中的双细胞或多细胞事件 首次利用实验细胞哈希结果作为多重态真实标签,在单细胞多组学数据中集成跨模态多重态信号,消除多重态聚类 摘要中未提及局限性 开发有效的多重态检测方法,提高单细胞多组学数据分析中细胞类型注释的准确性 单细胞多组学数据中的细胞多重态(双细胞或多细胞) 机器学习 NA 单细胞多组学测序(DOGMA-seq) 复合泊松模型 单细胞多组学数据(基因表达、染色质可及性、免疫组库等) 280123个微滴,来自两种组织,17个基准数据集 10x Genomics 单细胞多组学 10x Chromium 10x Chromium平台进行DOGMA-seq实验,结合细胞哈希技术
15 2026-09-01
Identification of unique cell type responses in pancreatic islets to stress
2024-07-02, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过多重单细胞RNA测序分析原发性人类胰岛细胞对内质网和炎症应激的细胞类型特异性转录反应,并利用干细胞衍生胰岛验证候选基因CIB1在胰岛健康中的作用 首次系统性地对多种人类胰岛内分泌和外分泌细胞类型在糖尿病相关应激下的转录反应进行全面的配对比较,识别出β细胞、α细胞和导管细胞具有最强的转录响应,并利用干细胞衍生胰岛作为模型验证候选基因CIB1的功能 未明确提及研究的局限性,可能包括样本数量有限、体外应激条件与体内环境的差异,以及干细胞衍生胰岛与原代胰岛的生物学差异 表征人类胰岛细胞在糖尿病相关应激下的细胞类型特异性转录反应,并建立资源以识别糖尿病治疗靶点 原发性人类胰岛细胞(包括内分泌和外分泌细胞类型)以及干细胞衍生的胰岛 单细胞转录组学 糖尿病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 未明确提及具体样本数量,但涉及原发性人类胰岛细胞和干细胞衍生胰岛 NA 单细胞RNA-seq NA 多重单细胞RNA测序
16 2026-08-29
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2024-07-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 该研究以高再生能力的无肠目蠕虫为对象,探究损伤诱导的转录调控事件如何导致神经元生成及功能性大脑再生 首次揭示NFY转录因子复合物在截肢后一小时内于尾部碎片中动态结合,启动神经分化轨迹,并识别出颈干细胞作为多种神经亚型的祖细胞群 具体机制尚未完全阐明,且研究限于单一生物模型,未在哺乳动物中验证 阐明损伤诱导神经元分化的转录调控机制,以理解大脑再生过程 高再生能力的无肠目蠕虫(acoel worm)及其尾部再生组织 分子生物学、再生医学 NA 染色质可及性分析(如ATAC-seq)、单细胞转录组分析 NA 染色质可及性数据、单细胞转录组数据 尾片段组织样本(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序、染色质可及性测序 NA NA
17 2026-08-28
The dynamic behavior of chromatophores marks the transition from bands to spots in leopard geckos
2024-07-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过组织学、遗传学及单细胞转录组分析,探讨了豹纹守宫从幼体条纹到成体黑斑的皮肤颜色模式转变机制 首次揭示了黑色素细胞在缺乏其他色素细胞时能自主形成黑斑,并鉴定出转录因子中的13核苷酸缺失突变,该突变影响虹膜细胞和黄素细胞的分化 研究主要基于豹纹守宫,可能不适用于其他爬行动物;且未详细阐明黑色素细胞-虹膜细胞相互作用的分子机制 阐明豹纹守宫皮肤条纹向黑斑转变的发育过程和分子调控机制 豹纹守宫(包括野生型和Mack Super Snow突变体)的皮肤及胚胎 发育生物学 不适用 组织学分析、遗传分析、单细胞转录组分析、原位杂交 不适用 组织学图像、转录组数据、基因序列数据 涉及豹纹守宫胚胎及幼体/成体皮肤样本,具体数量未在摘要中说明 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞转录组分析
18 2026-08-28
Mechanical stress during confined migration causes aberrant mitoses and c-MYC amplification
2024-07-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
research paper 本研究探讨了受限迁移过程中产生的机械应力如何导致异常有丝分裂和c-MYC扩增,从而加剧肿瘤转移中的染色体不稳定性。 首次揭示机械应力在转移性间质迁移中能绕过检查点控制,促进致癌事件,并解释为何癌症非整倍性与SAC基因突变不常相关以及c-MYC扩增与转移性肿瘤紧密关联。 未提供明确限制信息。 研究机械应力在转移性间质迁移中对染色体不稳定性和致癌事件的贡献。 经历受限迁移的肿瘤细胞。 数字病理学 癌症(转移性肿瘤) 活细胞成像、微流控、单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 图像和序列数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
19 2026-08-27
Transition of signal requirement in hematopoietic stem cell development from hemogenic endothelial cells
2024-07-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究确定了从生血内皮细胞发展成造血干细胞过程中信号需求的转变,并建立了一种无血清、无饲养层细胞的培养系统。 首次证明SCF和TPO足以在无血清、无饲养层条件下从E11.5 pre-HSC-I诱导出可移植的造血干细胞,并揭示了从HEC到HSC发展过程中信号需求的转变。 研究主要基于小鼠胚胎,人体内的验证尚不明确,且培养系统可能未完全模拟体内微环境。 阐明从生血内皮细胞发展成造血干细胞时所需的最小因子及其信号需求转变。 小鼠胚胎的造血干细胞前体(pre-HSC-I和pre-HSC-II)及生血内皮细胞。 发育生物学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 E10.5至E11.5的背主动脉及其周围组织,以及胎肝样本。 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
20 2026-08-27
Tropism for ciliated cells is the dominant driver of influenza viral burst size in the human airway
2024-07-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究利用原代人呼吸道培养物,探究流感病毒对纤毛细胞和分泌细胞的嗜性差异及其对病毒复制的贡献,发现纤毛细胞是病毒爆发规模的主要驱动因素。 首次揭示在复杂人呼吸道细胞环境中,即使同为流感病毒优先感染的细胞类型,纤毛细胞和分泌细胞对病毒多轮爆发规模的影响截然不同,且可能由不同的干扰素刺激基因特征导致。 研究中未明确提及局限性。 探究人呼吸道中不同上皮细胞类型对流感病毒嗜性和复制动力学的影响,以及细胞身份对病毒爆发规模的贡献。 原代人呼吸道培养物,包含多种上皮细胞类型,来自多个供体和30种不同的分化条件。 病毒学 流感 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多个供体,30种分化条件下的原代培养物 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'文库制备
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