本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-07 |
Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer
2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology
IF:1.9Q3
DOI:10.1093/jjco/hyae033
PMID:38521965
|
综述 | 本文概述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其临床意义 | 系统总结了从传统病理学方法到人工智能、单细胞分析等新兴技术在肿瘤浸润淋巴细胞评估中的应用 | 作为综述文章,未涉及原始研究数据和分析 | 探讨乳腺癌肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法和技术进展 | 乳腺癌肿瘤微环境中的肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 免疫组织化学、流式细胞术、多组学分析、单细胞分析、空间转录组学 | 人工智能 | 组织图像、分子数据 | NA | NA | 单细胞分析、空间转录组学、多组学分析 | NA | NA |
| 162 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics unravels palmitoylation and zonation-dependent gene regulation by AEG-1 in mouse liver
2024-Jun, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107322
PMID:38677511
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示AEG-1蛋白棕榈酰化修饰及肝脏分区对基因调控的影响 | 首次结合空间转录组学技术解析AEG-1棕榈酰化修饰在肝脏分区特异性基因调控中的作用机制 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 阐明棕榈酰化如何影响AEG-1介导的基因调控与肝脏分区的关系 | AEG-1-WT和AEG-1-C75S基因敲入小鼠的肝脏组织 | 空间转录组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎和肝细胞癌 | 空间转录组学 | 基因敲入小鼠模型 | 空间转录组数据 | AEG-1-WT和AEG-1-C75S同窝小鼠肝脏样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 163 | 2025-03-20 |
Single-Cell Sequencing Technology and Its Application in the Study of Central Nervous System Diseases
2024-Jun, Cell biochemistry and biophysics
IF:1.8Q4
DOI:10.1007/s12013-023-01207-3
PMID:38133792
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术及其在中枢神经系统疾病研究中的应用 | 单细胞测序技术能够对混合细胞群体中的单个细胞进行精确分析,并从中枢神经系统的不同空间位置、时间阶段和细胞类型中收集细胞,从而发现与特定疾病相关的细胞亚群及其相关基因 | NA | 探索单细胞测序技术在中枢神经系统疾病研究中的应用 | 中枢神经系统中的细胞,包括神经元和胶质细胞(如星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞) | 生物信息学 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-08-07 |
Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis
2024-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/1673-5374.384067
PMID:37905887
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2025-10-07 |
Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.17.599411
PMID:38948715
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析,揭示了特发性肺纤维化中上皮细胞脱落与细胞连接成分丢失及基底膜基质失调的关联机制 | 首次在IPF中发现上皮细胞脱落现象,并通过空间多组学技术揭示了细胞连接成分下调与基质失调导致上皮脱落的分子机制 | 研究样本量有限,主要关注远端细支气管,未全面评估其他肺区域的变化 | 探究特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱落的分子机制 | 特发性肺纤维化患者和无肺病史患者的远端细支气管上皮细胞及基底膜 | 空间生物学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 功能实验 | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据 | IPF患者和无肺病史患者(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 166 | 2025-10-07 |
Human inherited PD-L1 deficiency is clinically and immunologically less severe than PD-1 deficiency
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20231704
PMID:38634869
|
研究论文 | 比较遗传性PD-L1缺陷与PD-1缺陷在临床和免疫学表现上的差异 | 首次发现人类遗传性PD-L1缺陷的临床表现比PD-1缺陷更轻微 | 仅研究两个家系病例,样本量有限 | 探究PD-1/PD-L1通路在自身免疫疾病中的作用机制 | 遗传性PD-L1缺陷的兄弟姐妹患者 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫表型分析 | NA | 基因测序数据, 转录组数据, 免疫表型数据 | 2例PD-L1缺陷患者,与先前报道的2例PD-1缺陷患者对比 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2025-10-07 |
[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing]
2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化,探讨其与认知障碍的潜在关联 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统分析牙周炎小鼠脑膜的细胞组成和基因表达变化,揭示脑膜免疫与屏障功能在牙周炎相关认知障碍中的作用 | 样本量有限(30只小鼠),仅使用C57BL/6小鼠品系,未涉及其他动物模型或人类样本验证 | 阐明牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性 | C57BL/6小鼠(实验组15只,对照组15只) | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,实时荧光定量PCR,免疫组织化学,基因本体富集分析,KEGG通路分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,行为学数据,分子生物学数据 | 30只C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine
2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601271
PMID:38979337
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新型潜在调节因子 | 首次在猪模型中识别出表达细胞迁移转录途径的修复性肠细胞亚群,并预测CSF-1作为年龄依赖性修复反应的上游调节因子 | 研究基于猪模型,结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 探索年龄依赖性肠道屏障修复的分子机制,寻找改善新生儿肠道损伤预后的潜在治疗靶点 | 幼猪和新生猪的肠道黏膜上皮细胞,猪肠道上皮细胞系IPEC-J2 | 单细胞转录组学 | 肠道缺血损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 猪肠道黏膜上皮细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 169 | 2025-10-07 |
Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598515
PMID:38915507
|
研究论文 | 本研究通过比较斑马鱼和哺乳动物脊髓损伤后的免疫反应,揭示了高吞噬能力在脊髓先天修复中的核心作用 | 发现斑马鱼巨噬细胞具有高吞噬能力并促进脊髓再生,鉴定出关键基因,并证明人类同源基因可加速损伤修复 | 研究主要基于斑马鱼模型,在哺乳动物中的直接应用效果需进一步验证 | 探究脊髓损伤后免疫细胞在组织修复中的作用机制 | 斑马鱼和哺乳动物的巨噬细胞 | 发育生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组测序,基因敲除,细胞移植 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | 斑马鱼脊髓损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2025-10-07 |
Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling
2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598858
PMID:38948758
|
研究论文 | 通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑 | 开发了使用线性混合效应模型系统量化染色质可及性区域与基因表达关联的新方法,并发现正常细胞中基因表达沉默子转变为癌细胞中增强子的调控元件 | 研究样本仅限于手术切除后立即处理的人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织 | 解析乳腺癌细胞的转录失调调控机制 | 人类乳腺肿瘤、健康乳腺组织和乳腺癌细胞系 | 单细胞多组学 | 乳腺癌 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | 线性混合效应模型 | 表观遗传数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 171 | 2025-10-07 |
Unveiling inflammatory and prehypertrophic cell populations as key contributors to knee cartilage degeneration in osteoarthritis using multi-omics data integration
2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-224420
PMID:38325908
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学整合分析揭示膝关节骨关节炎中炎症和前肥大细胞群对软骨退变的关键作用 | 发现两个新的软骨细胞群体(preInfC和InfC),揭示MIF-CD74信号通路激活,并确定preHTC和HTC为OA关键细胞群 | 样本量相对有限(8例OA供体和3例非OA对照),需要更大规模研究验证 | 解析人类膝关节软骨细胞异质性并识别骨关节炎关键细胞群体 | 人类膝关节软骨组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学染色, 实时定量PCR | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 全基因组关联研究数据 | 11名供体(8例OA,3例对照)共19个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 172 | 2025-10-07 |
Disease activity drives divergent epigenetic and transcriptomic reprogramming of monocyte subpopulations in systemic lupus erythematosus
2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-225433
PMID:38413168
|
研究论文 | 本研究探讨系统性红斑狼疮中疾病活动度对单核细胞亚群表观遗传和转录组重编程的影响 | 首次整合DNA甲基化组、转录组和单细胞转录组学数据,揭示SLE疾病活动度驱动单核细胞亚群特异性表观遗传和转录组重编程 | 样本量相对有限,仅包含SLE患者和健康供体的单核细胞分析 | 研究系统性红斑狼疮中单核细胞亚群的表观遗传和转录组特征与疾病活动度和进展的关系 | 系统性红斑狼疮患者和健康供体的经典、中间和非经典单核细胞亚群 | 表观遗传学 | 系统性红斑狼疮 | DNA甲基化组测序,转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 表观遗传数据,转录组数据,单细胞转录组数据 | SLE患者(首次和随访访视)和健康供体的单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 173 | 2025-10-07 |
Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity
2024-06-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114326
PMID:38848212
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了母体饮食诱导肥胖模型中胎儿脑小胶质细胞与胎盘霍夫bauer细胞具有共同的转录特征 | 首次证实胎儿脑小胶质细胞与胎盘霍夫bauer细胞具有共同起源和相似的转录程序,并提出霍夫bauer细胞可作为胎儿脑小胶质细胞编程的非侵入性生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型,虽然与人类数据集比较显示保守性,但需要进一步临床验证 | 探索母体肥胖对胎儿免疫细胞编程的影响及其与神经发育障碍的关联 | 小鼠模型中的胎儿脑小胶质细胞和胎盘霍夫bauer细胞 | 发育生物学 | 神经发育障碍 | 谱系追踪, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 174 | 2025-10-07 |
The CD8+ T cell tolerance checkpoint triggers a distinct differentiation state defined by protein translation defects
2024-06-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.026
PMID:38776918
|
研究论文 | 本研究揭示了外周CD8+ T细胞耐受检查点触发了一种由蛋白质翻译缺陷定义的独特分化状态 | 首次证明外周耐受触发与耗竭、记忆和功能效应细胞完全不同的分化状态,并发现该状态由蛋白质翻译缺陷维持 | 研究主要关注早期分化阶段(60小时内),长期耐受状态的维持机制需要进一步探索 | 阐明外周CD8 T细胞耐受检查点的分子机制和细胞状态特征 | 外周CD8+ T细胞 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 染色质可及性分析 | NA | 流式细胞数据, 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes
2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599799
PMID:38948852
|
研究论文 | 通过整合单细胞多组学数据识别少突胶质细胞中协同转录因子对基因表达的调控机制 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq数据系统识别少突胶质细胞中协同转录因子,并开发深度学习模型量化TF-TF相互作用对靶基因表达的贡献 | 研究主要基于计算预测,实验验证仅限于部分TF对的共富集分析 | 解析少突胶质细胞中转录因子协同调控基因表达的分子机制 | 少突胶质细胞及其基因调控网络 | 生物信息学 | 脑部疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq, 深度学习 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 176 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis
2024-06, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13770
PMID:38425094
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫系统的改变 | 首次构建了ICI相关心肌炎外周血单核细胞的细胞图谱,并发现S100A蛋白家族作为潜在血清标志物 | 样本量较小,仅包含肺鳞状细胞癌患者 | 探究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征和发病机制 | 肺鳞状细胞癌患者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 4组患者(具体人数未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 177 | 2025-10-07 |
Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates
2024-06, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13772
PMID:38424694
|
研究论文 | 本研究揭示早期接种卡介苗通过mTOR/HIF1a信号通路和糖酵解重编程新生儿髓系细胞功能 | 首次发现BCG疫苗接种通过代谢重编程改变新生儿髓系细胞的免疫抑制功能 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类新生儿中验证 | 探究疫苗接种对新生儿免疫系统发育的影响机制 | 新生小鼠的髓系来源抑制细胞 | 免疫学 | 免疫相关疾病 | 单细胞转录组测序,代谢物分析,功能分析 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | 新生小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 178 | 2025-10-07 |
Characteristics of splenic PD-1+ γδT cells in Plasmodium yoelii nigeriensis infection
2024-06, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-023-09441-w
PMID:38265549
|
研究论文 | 本研究探讨了约氏疟原虫感染小鼠脾脏中表达PD-1的γδT细胞的表型和功能特征及其分子机制 | 首次揭示了RORα通过调控NF-κB信号通路在PD-1+ γδT细胞功能调节中的作用机制 | 研究仅限于小鼠模型,需要进一步在人体中验证 | 探究PD-1在γδT细胞功能调节中的作用机制 | 约氏疟原虫感染的C57BL/6小鼠脾脏γδT细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 感染约氏疟原虫的小鼠脾脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 179 | 2025-10-07 |
PERCEPTION predicts patient response and resistance to treatment using single-cell transcriptomics of their tumors
2024-Jun, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00756-7
PMID:38637658
|
研究论文 | 开发了基于单细胞转录组学的精准医学计算流程PERCEPTION,用于预测患者对治疗的反应和耐药性 | 首次利用匹配的批量和单细胞表达谱构建治疗反应模型,在多个临床队列中优于现有预测方法 | NA | 开发精准医学工具以优化癌症患者的个性化治疗方案 | 癌症患者肿瘤单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤,乳腺癌,肺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算预测模型 | 单细胞转录组数据 | 多个临床队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 180 | 2025-10-07 |
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232192
PMID:38597954
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析SARS-CoV-2在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应 | 首次在人类肺组织中重建SARS-CoV-2感染的'感染伪时间'转录程序,发现间质巨噬细胞是病毒主要感染靶点 | 研究基于体外感染的健康人类肺组织,可能与实际体内感染情况存在差异 | 阐明COVID-19肺炎早期发病机制和病毒-宿主相互作用 | 人类肺组织细胞,特别是间质巨噬细胞和肺泡巨噬细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 健康人类肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |