单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-07	PIK3CA inhibition in models of proliferative glomerulonephritis and lupus nephritis 2024-Jun-06, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176402 PMID:38842935	研究论文	本文通过使用多种遗传工程小鼠模型、单细胞RNA测序和空间转录组学，展示了PIK3CA通路在增殖性肾小球肾炎发展中的关键作用，并证明了PI3Kα抑制剂alpelisib在不同小鼠模型中改善肾小球病变和肾功能的效果。	首次揭示了PI3Kα抑制剂在增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎中的双重作用，不仅影响足细胞，还影响免疫系统。	研究主要基于小鼠模型和从活动性狼疮性肾炎患者中分离的人淋巴细胞，尚未在更广泛的人类患者群体中进行验证。	探讨PIK3CA抑制在增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎中的作用及其机制。	增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎的小鼠模型及活动性狼疮性肾炎患者的人淋巴细胞。	NA	肾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	多种遗传工程小鼠模型及活动性狼疮性肾炎患者的人淋巴细胞
162	2024-08-07	DeepIMAGER: Deeply Analyzing Gene Regulatory Networks from scRNA-seq Data 2024-Jun-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070766 PMID:39062480	研究论文	本文介绍了一种名为DeepIMAGER的高级计算工具，用于通过深度学习和数据集成推断细胞特异性基因调控网络（GRNs）	DeepIMAGER通过将基因对的共表达模式转换为图像样表示，并利用转录因子（TF）结合信息进行模型训练，提高了GRN推断的准确性和鲁棒性	NA	研究目的是开发一种新的计算工具，以提高从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断基因调控网络的准确性	研究对象包括多种细胞类型的基因调控网络和转录因子	机器学习	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, ChIP-seq	深度学习模型	图像, 基因表达数据	涉及六种细胞系的scRNA-seq和ChIP-seq数据
163	2024-08-07	Single-cell landscape of immunological responses in elderly patients with sepsis 2024-Jun-22, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00446-z PMID:38909272	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年脓毒症患者的外周血样本，探讨了免疫细胞的转录组特征及其在老年脓毒症患者中的变化	首次揭示了老年脓毒症患者中免疫细胞的表型转变、表达异质性及细胞间通讯，并发现了HLA-KIR的新型相互作用	NA	探究老年脓毒症患者免疫反应的病理机制	老年脓毒症患者的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和老年脓毒症患者的外周血样本
164	2024-08-04	Pharmacological Improvement of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Function Rescues Airway Epithelial Homeostasis and Host Defense in Children with Cystic Fibrosis 2024-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202310-1836OC PMID:38259174	研究论文	该研究探讨了药理改善囊性纤维化转膜导管调节因子（CFTR）功能对儿童囊性纤维化患者上呼吸道上皮稳态和宿主防御的影响	首次在单细胞水平上揭示了ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮和免疫细胞转录组的影响	仅在小样本的儿童群体中进行观察，结果可能无法推广到更广泛的人群	研究ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮细胞和免疫细胞的机制	儿童囊性纤维化患者的鼻拭子样本	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13名囊性纤维化儿童和12名健康儿童
165	2024-08-04	Glioma hexokinase 3 positively correlates with malignancy and macrophage infiltration 2024-Jun, Metabolic brain disease IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11011-023-01333-0 PMID:38687460	研究论文	这项研究全面评估了HK3在胶质瘤中的表达分布和免疫学效应	首次系统研究HK3与胶质瘤肿瘤微环境特征的关系	研究主要基于公共数据库，可能存在数据的不完整性和偏倚	探讨HK3在胶质瘤中的作用及其与肿瘤微环境的关系	胶质瘤患者样本和癌症相关公共数据集	数字病理学	胶质瘤	免疫组化技术、单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了来自GTEx、CCLE、TCGA和CGGA的数据集
166	2024-08-05	Impact of tumour stroma-immune interactions on survival prognosis and response to neoadjuvant chemotherapy in bladder cancer 2024-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105152 PMID:38728838	研究论文	本研究探讨了肿瘤基质与免疫相互作用对膀胱癌存活预后和新辅助化疗反应的影响	开发了一种基于影像组学特征的肿瘤基质预测模型，用于非侵入性评估膀胱癌患者的肿瘤基质比例	研究为回顾性分析，可能受制于已有数据的局限性	研究肿瘤基质与免疫相互作用对膀胱癌患者临床结果的影响	830名膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	RNA测序、免疫组化、单细胞RNA测序、影像组学	NA	临床数据	830
167	2024-08-05	Deafness DFNB128 Associated with a Recessive Variant of Human MAP3K1 Recapitulates Hearing Loss of Map3k1-Deficient Mice 2024-Jun-27, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15070845 PMID:39062623	研究论文	本研究描述了一种与人类MAP3K1隐性变体相关的耳聋DFNB128，以及其与耳聋小鼠模型的相似性	首次识别了与非综合征性耳聋相关的新型隐性变体，并显示了其在小鼠耳蜗的表达	仅在一个巴基斯坦家族中进行研究，样本量有限	探索与隐性耳聋相关的新变体以及其机制	巴基斯坦的一个亲属家族，其中有两个兄弟姐妹出现非综合征性耳聋	数字病理学	耳聋	微阵列和外显子测序	基因缺失小鼠模型	转录组数据	一个家族的多个成员，其中两名兄弟姐妹受到影响
168	2024-08-05	Macrophage biomimetic nanoparticle-targeted functional extracellular vesicle micro-RNAs revealed via multiomics analysis alleviate sepsis-induced acute lung injury 2024-Jun-23, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02597-z PMID:38910259	研究论文	这项研究通过多组学分析识别功能性细胞外囊泡小RNA，并探寻其在脓毒症诱导的急性肺损伤中的作用	提出了一种新方法来筛选功能性EV-miRNAs，并强调了巨噬细胞来源EV在急性肺损伤中的关键作用	尚未明确揭示更有效的EV-miRNA作为治疗靶标的策略	研究脓毒症患者的急性肺损伤中，细胞外囊泡小RNA的功能性及其治疗潜力	脓毒症患者的血清EV微RNA档案及对应器官的单细胞RNA测序	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序和多组学分析	NA	RNA数据	涉及脓毒症患者的血清和小鼠模型
169	2024-08-04	Multiomics integration-based immunological characterizations of adamantinomatous craniopharyngioma in relation to keratinization 2024-Jun-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06840-1 PMID:38906852	研究论文	该文章对低恶性肿瘤的免疫微环境进行了综合分析	文章通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了ACP微环境中的免疫特征及细胞间网络	同一研究中的样本量限制可能影响结果的普适性	阐明ACP微环境的免疫特征，以扩展潜在治疗靶点的知识	研究对象为58,081个核，主要集中在ACP样本的微环境中	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	细胞核数据	58,081个细胞核
170	2024-08-05	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2024-Jun-20, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	研究论文	本研究展示了原发性和复发性肝细胞癌的空间蛋白组谱和免疫逃逸特征	识别了一种新的树突细胞亚群（PDL1 + CD103 + DCs），与早期术后复发相关，并阐明了肿瘤微环境在复发HCC中的重要性	对术后复发的空间分子结构改变理解不足	探讨HCC术后复发的空间分布与细胞相互作用	对46名接受手术治疗的HCC患者的92个手术标本进行了分析	数字病理	肝癌	成像质谱细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	46名患者的92个手术标本
171	2024-08-04	The crosstalk role of CDKN2A between tumor progression and cuproptosis resistance in colorectal cancer 2024-06-17, Aging DOI:10.18632/aging.205945 PMID:38888512	研究论文	本文探讨了CDKN2A在结直肠癌中与肿瘤进展及杯死亡抗性之间的相互作用	揭示了CDKN2A通过调节糖酵解和铜稳态在杯死亡抗性中的作用，并与肿瘤恶性表型和促进肿瘤微环境相关联	尚未明确CDKN2A在杯死亡抗性及其与肿瘤发展的具体机制	综合研究CDKN2A在结直肠癌细胞中的分布、表达及其与肿瘤进展的关系	结直肠癌细胞及其相关的细胞通路和免疫浸润	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、空间转录组学、病理图像分析、TCGA多组学分析	NA	NA	NA
172	2024-08-05	Identification of JUN gene and cellular microenvironment in response to PD-1 blockade treatment in lung cancer patients via single-cell RNA sequencing 2024-06-13, Aging DOI:10.18632/aging.205932 PMID:38874497	研究论文	本研究探讨了JUN基因及细胞微环境在肺癌患者PD-1阻断治疗中的反应	提出了肿瘤微环境中的细胞类型通过特定基因影响PD-1阻断免疫疗法效果的假设，并识别了JUN基因作为PD-1反应生物标志物	目前对PD-1阻断治疗反应的生物标志物仍然有限	探索非小细胞肺癌中PD-1/PDL-1阻断的分子机制	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织数据	肺腺癌患者的组织样本，具体样本数量未提及
173	2024-08-04	A Review of the Application of Spatial Transcriptomics in Neuroscience 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00603-4 PMID:38374297	综述	这篇文章回顾了空间转录组学在神经科学中的应用	全面概述了空间转录组学在神经科学中的关键方法、数据资源和技术应用	缺乏对空间转录组学在神经科学中的深入研究	调查空间转录组学在神经科学中的应用和发展方向	空间转录组学数据分析方法及其在神经科学中的应用	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	数据分析方法	NA
174	2024-08-05	scEM: A New Ensemble Framework for Predicting Cell Type Composition Based on scRNA-Seq Data 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00601-y PMID:38368575	研究论文	本研究提出了一种新颖的集成框架scEM，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞类型组成	提出了一种新的集成细胞类型识别方法scEM，通过熵权法学习共识相似性矩阵，弥补了当前方法的不足	缺乏对不同数据集和性能指标的标准化比较分析	研究旨在填补细胞类型组成预测领域的分析空白	对20种先进的无监督细胞类型识别方法进行评估	计算机视觉	NA	scRNA-seq	集成模型	真实scRNA-seq数据集	24个不同规模的真实scRNA-seq数据集
175	2024-08-05	Inference of Gene Regulatory Networks Based on Multi-view Hierarchical Hypergraphs 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00604-3 PMID:38342857	研究论文	该文章提出了一种基于多视图层次超图的基因调控网络推断模型	引入了多视图层次超图，以整合多个异质生物信息，模型更好地捕捉多对多的复杂调节关系	尚未提及具体限制。	旨在改善基因调控网络的推断准确性	使用大肠杆菌和酿酒酵母的数据集进行实验验证	计算生物学	NA	超图卷积网络	层次超图模型	基因表达数据	对5个小鼠和2个人类细胞系的scRNA-seq数据集进行了分析
176	2024-08-05	Dimethyl Fumarate Mediates Sustained Vascular Smooth Muscle Cell Remodeling in a Mouse Model of Cerebral Aneurysm 2024-Jun-27, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13070773 PMID:39061841	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸在小鼠脑动脉瘤模型中对血管平滑肌细胞(VSMCs)的影响	文章创新点在于首次揭示了二甲基富马酸对VSMCs的抑制作用与抗氧化功能紊乱之间的关联	尚未调查二甲基富马酸对VSMCs功能的潜在副作用	研究二甲基富马酸对脑动脉瘤诱导后VSMCs的影响	脑动脉瘤诱导后圈状动脉(VSMCs)中的单细胞RNA测序	数字病理学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞数据	小鼠模型中未具体说明样本数量
177	2024-08-05	Reduction of Glyoxalase 1 Expression Links Fetal Methylmercury Exposure to Autism Spectrum Disorder Pathogenesis 2024-Jun-22, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics12070449 PMID:39058101	研究论文	这篇文章探讨了甘油醛酶1表达的降低将胎儿甲基汞暴露与自闭症谱系障碍的发病机制联系起来	研究揭示了甲基汞暴露对自闭症风险基因在皮层发育中的直接影响	具体对照组和长时间观察的数据可能不足	本研究旨在确定孕期甲基汞诱导早熟神经分化和异常神经发育的分子机制	研究对象为孕期暴露于低剂量非凋亡性甲基汞的小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和实时定量PCR (RT-qPCR)	NA	基因表达数据	培养的胚胎放射状胶质前体细胞 (RGPs)
178	2024-08-05	Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis 2024-Jun-21, Biology DOI:10.3390/biology13070461 PMID:39056656	研究论文	本文探讨了在嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其细胞间通讯的作用	识别出嗜酸性食管炎中至少两种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在细胞-细胞相互作用中的不同贡献	缺乏对成纤维细胞亚群的更详细功能和机制解析	研究嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的分类和其在病理过程中的作用	嗜酸性食管炎患者的食管活检样本及其成纤维细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了一组嗜酸性食管炎食管活检的公共单细胞RNA测序数据
179	2024-08-04	Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC 2024-Jun-26, Aging DOI:10.18632/aging.205974 PMID:38944814	研究论文	本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征	通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用	尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制	探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络	功能上异质性的癌细胞	数字病理学	肾癌	scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
180	2024-08-04	Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance 2024-06-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03304-9 PMID:38886757	研究论文	本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能	提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性	未提及具体的局限性	研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道	288种scRNA-seq分析管道和86个数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习模型	单细胞RNA-seq数据	288个分析管道和86个数据集