单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-12-02	Revolutionary multi-omics analysis revealing prognostic signature of thyroid cancer and subsequent in vitro validation of SNAI1 in mediating thyroid cancer progression through EMT 2024-Jun-13, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01387-z PMID:38869635	研究论文	本文通过多组学分析揭示了甲状腺癌的预后特征，并在体外验证了SNAI1通过EMT介导甲状腺癌进展的作用	开发了一种基于多组学数据的共识机器学习驱动的预后模型（CMLS），并验证了其在甲状腺癌患者预后预测中的优越性	NA	开发一种基于多组学数据的预后模型，以准确预测甲状腺癌患者的预后	甲状腺癌患者的预后特征及SNAI1在甲状腺癌进展中的作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、甲基化芯片数据、基因突变数据	机器学习模型	基因表达数据、lncRNA表达数据、miRNA表达数据、甲基化数据、基因突变数据、临床数据	2种未分化甲状腺癌细胞系、1种乳头状甲状腺癌细胞系
142	2024-11-27	CD4+ T cells display a spectrum of recall dynamics during re-infection with malaria parasites 2024-Jun-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49879-6 PMID:38944658	研究论文	研究了在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应动态	首次详细描述了在再次感染疟原虫时，不同CD4 T细胞亚群的回忆反应多样性，并提供了用于研究基因表达动态和克隆关系的图形用户界面	研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不完全适用于人类	探讨在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应及其多样性	CD4+ T细胞及其在再次感染疟原虫时的反应	NA	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体测序（TCR-seq）和空间转录组学	NA	基因表达数据	老鼠模型中的CD4+ T细胞
143	2024-11-22	Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses 2024-06-20, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00638-0 PMID:38902839	研究论文	本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架，用于单细胞RNA测序分析，以提高识别差异表达基因的能力	提出了贝叶斯-频率主义混合框架，相比其他单细胞差异表达方法，在考虑FDR和功效时表现更优	NA	提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	肺纤维化	单细胞RNA测序	贝叶斯-频率主义混合框架	基因表达数据	NA
144	2024-11-22	TDP2 is a regulator of estrogen-responsive oncogene expression 2024-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae016 PMID:38596431	研究论文	研究了TDP2在雌激素诱导的转录组中的作用，特别是其对TOP2依赖的转录调控的影响	揭示了TDP2在雌激素诱导的转录调控中的新作用，特别是在修复TOP2引起的断裂中的作用	研究主要集中在TDP2缺陷细胞和老鼠模型上，可能需要进一步验证在其他模型中的适用性	探讨TDP2在雌激素受体诱导的转录调控中的作用	TDP2在雌激素诱导的转录调控中的作用及其对特定致癌基因表达的调控	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	TDP2缺陷细胞和老鼠模型
145	2024-11-20	Development of a Spectral Flow Cytometry Analysis Pipeline for High-Dimensional Immune Cell Characterization 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599633 PMID:38948780	研究论文	本文开发了一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析管道	引入了一种新的分析管道，改进了光谱流式细胞术数据的分析，并将其应用于识别衰老中的稀有T细胞群体	NA	开发和验证一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析方法	年轻和老年雌性小鼠的脾细胞中的T细胞群体	生物信息学	NA	光谱流式细胞术	NA	细胞数据	11个脾脏中的3,776,804个T细胞
146	2024-11-14	Differential CpG methylation at Nnat in the early establishment of beta cell heterogeneity 2024-Jun, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06123-6 PMID:38512414	研究论文	研究探讨了Nnat基因在β细胞异质性早期建立中的差异CpG甲基化机制	首次揭示了Nnat基因的差异甲基化在β细胞异质性建立中的作用	NA	探讨β细胞异质性建立的分子机制	胰腺β细胞及其亚群	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序、亲和纯化质谱分析、钙成像	NA	RNA、蛋白质	转基因小鼠和db/db小鼠
147	2024-11-13	Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing 2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597786 PMID:38895367	研究论文	研究描述了在骨折愈合过程中，感觉神经元如何介导骨骼再生，并确定了神经源性信号在骨折修复中的关键作用	首次详细描述了感觉神经元在骨折愈合中的神经解剖学通路，并揭示了神经源性FGF9在骨折修复中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用可能受限	探讨感觉神经元在骨折愈合中的作用机制，并确定关键的神经源性信号	小鼠的长骨骨折及其愈合过程	神经科学	骨折	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	6648个背根神经节神经元
148	2024-11-11	Ephrin Forward Signaling Controls Interspecies Cell Competition in Pluripotent Stem Cells 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.02.597057 PMID:38895424	研究论文	研究探讨了在小鼠和人类多能干细胞共培养中，Ephrin A配体在小鼠细胞中如何通过信号传导导致相邻的人类细胞死亡的机制	开发了一种跨物种细胞接触报告系统，揭示了Ephrin A配体在跨物种多能干细胞竞争中的关键作用	NA	阐明跨物种多能干细胞竞争在早期胚胎发生中的关键机制，并为在动物中生成人类化组织或器官开辟新途径	小鼠和人类多能干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
149	2024-11-09	Early Injury Landscape in Vein Harvest by Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Jun-21, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323939 PMID:38808504	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应	首次应用单细胞和空间转录组学技术研究静脉病理，揭示了静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应及其分子机制	研究仅在犬模型中进行，结果的普适性需进一步验证	阐明静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应，识别潜在的治疗靶点	静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应及其分子机制	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	4只犬
150	2024-11-09	Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments 2024-Jun-01, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09665-5 PMID:38824268	研究论文	研究了异质性肿瘤相关巨噬细胞在三种乳腺癌亚型中的机制，通过单细胞RNA测序和体外实验的整合	揭示了异质性肿瘤相关巨噬细胞在不同乳腺癌亚型中的作用机制，并通过特定的配体-受体对调控下游通路	NA	阐明肿瘤相关巨噬细胞在三种乳腺癌亚型中的作用	三种乳腺癌亚型（三阴性乳腺癌、腔内型和HER2型）中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种乳腺癌细胞系（MDA-MB-231、MCF-7和SKBR3）和巨噬细胞
151	2024-11-08	Elucidating the role of liver enzymes as markers and regulators in ovarian cancer: a synergistic approach using Mendelian randomization, single-cell analysis, and clinical evidence 2024-06-24, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00642-4 PMID:38915066	研究论文	研究肝酶作为卵巢癌标志物和调节因子的作用，通过孟德尔随机化、单细胞分析和临床证据的协同方法	首次通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶与卵巢癌的因果关系，并提出它们作为保护因子的作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞数据，缺乏大规模临床试验验证	探讨肝酶与卵巢癌的关联，验证其作为生物标志物的潜力及其在卵巢癌中的机制	碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转移酶等肝酶，以及卵巢癌细胞和组织	NA	卵巢癌	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	283个单核苷酸多态性位点和209个与碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶相关的单核苷酸多态性位点，以及卵巢癌患者和健康个体的样本
152	2024-11-08	SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow 2024-06-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367 PMID:38522092	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响	首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响，并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关	研究仅限于小鼠模型，未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在	探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组	骨髓中的巨核细胞	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	机器学习	转录组数据	健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞
153	2024-11-08	Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers 2024-06-11, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00629-1 PMID:38862997	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了与糖尿病足溃疡（DFU）相关的1393个差异表达基因（DEGs），并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并验证了其诊断性能。此外，通过靶向这些标志物，发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。	本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法，识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并发现了潜在的抗DFU药物。	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此结果的临床应用仍需进一步验证。	识别糖尿病足溃疡（DFU）的新型分子标志物和潜在治疗药物，以改善DFU患者的预后和降低致残率。	糖尿病足溃疡（DFU）及其相关分子标志物和治疗药物。	数字病理学	糖尿病	RNA-seq	人工神经网络	RNA序列	NA
154	2024-11-02	Remodeling of anti-tumor immunity with antibodies targeting a p53 mutant 2024-06-18, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01566-1 PMID:38886748	研究论文	开发针对p53突变体的单克隆抗体，并通过脂质纳米颗粒递送，以重塑抗肿瘤免疫反应	首次开发出针对p53热点突变E285K的单克隆抗体，并通过脂质纳米颗粒递送，显示出强大的抗肿瘤效果	研究主要集中在体外和体内实验，尚未进行临床试验	探索针对p53突变体的精准治疗策略	p53突变体及其在肿瘤中的作用	癌症研究	癌症	单细胞测序（scRNA-seq）	单克隆抗体（mAbs）	蛋白质	NA
155	2024-10-24	Global trends of single cell sequence associated in cancer from 2011 to 2024: A bibliometric analysis 2024-Jun-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32847 PMID:38975217	meta-analysis	本文通过文献计量分析探讨了2011年至2024年间与癌症相关的单细胞测序研究的趋势和前沿	本文首次通过文献计量分析方法，系统地总结了单细胞测序在癌症研究中的应用趋势和前沿	本文主要依赖于文献计量分析，未涉及具体的实验数据或技术细节	探索基于单细胞测序的癌症分子和临床病理特征，揭示肿瘤间异质性，并为癌症的早期诊断、治疗和预后分析提供新思路	2011年至2024年间发表的与癌症相关的单细胞测序研究	digital pathology	NA	单细胞测序	NA	文本	6189篇文章
156	2024-10-24	Medulloblastoma Spatial Transcriptomics Reveals Tumor Microenvironment Heterogeneity with High-Density Progenitor Cell Regions Correlating with High-Risk Disease 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.25.600684 PMID:38979174	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了十六例儿童髓母细胞瘤样本，揭示了肿瘤微环境的异质性及其与高风险疾病的关系	首次在空间背景下分析髓母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示了高密度静止祖细胞区域与高风险疾病特征的相关性	样本量相对较小，且仅限于儿童髓母细胞瘤	探讨髓母细胞瘤肿瘤微环境的异质性及其与疾病进展和治疗反应的关系	十六例儿童髓母细胞瘤样本及其肿瘤微环境	数字病理学	神经系统肿瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	十六例儿童髓母细胞瘤样本，包括两对诊断-复发匹配样本
157	2024-10-24	B cell-mediated antigen presentation promotes adverse cardiac remodeling in chronic heart failure 2024-Jun-24, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536350/v1 PMID:38978561	研究论文	研究探讨了B细胞通过MHC II介导的抗原呈递在慢性心力衰竭中促进不良心脏重塑的作用	揭示了B细胞通过MHC II介导的抗原呈递在慢性心力衰竭中的新机制，并提出MHC II介导的信号通路作为治疗慢性心力衰竭的新靶点	研究主要基于小鼠模型和人类心肌梗死患者的循环B细胞分析，可能需要进一步的人类临床研究来验证其普遍性	探讨特定免疫细胞在慢性心力衰竭中的作用机制，特别是B细胞通过MHC II介导的抗原呈递的作用	小鼠和人类心肌梗死患者的B细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类心肌梗死患者的B细胞样本
158	2024-10-24	Identify Regulatory eQTLs by Multiome Sequencing in Prostate Single Cells 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599704 PMID:38948854	研究论文	本文通过多组学单细胞测序技术，研究前列腺癌细胞中调控eQTL及其靶基因的关联	首次应用多组学单细胞测序技术在前列腺癌细胞中识别调控eQTL及其靶基因	数据稀疏性问题仍然存在，尽管通过靶向测序有所改善	验证多组学单细胞测序技术在前列腺癌风险位点识别调控元件及其靶基因的可行性	前列腺癌细胞中的调控eQTL及其靶基因	数字病理学	前列腺癌	多组学测序	NA	单细胞数据	65,501个高质量单细胞来自8种前列腺细胞系
159	2024-10-24	A prognostic matrix gene expression signature defines functional glioblastoma phenotypes and niches 2024-Jun-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4541464/v1 PMID:38947019	研究论文	通过计算基因组学和蛋白质组学方法，分析了胶质母细胞瘤（GBM）中细胞外基质蛋白（CMP）表达的功能和临床相关性	识别了一个17基因的CMP表达特征，称为Matrisome 17（M17）特征，该特征进一步细化了CMP基因的预后价值，并可能预测PD1阻断的反应	NA	研究胶质母细胞瘤中细胞外基质蛋白的表达及其对患者生存和治疗反应的影响	胶质母细胞瘤（GBM）中的细胞外基质蛋白（CMP）表达	生物信息学	脑肿瘤	计算基因组学和蛋白质组学	NA	基因表达数据	NA
160	2024-10-24	Early Developmental Origins of Cortical Disorders Modeled in Human Neural Stem Cells 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598925 PMID:38915580	研究论文	研究探讨了人类神经干细胞在早期大脑发育阶段与皮层疾病发生的关系	首次在体外和体内研究了神经干细胞在皮层发育过程中的基因表达动态，并模拟了风险转录因子缺失对不同神经细胞类型的影响	研究主要基于体外实验和数据集分析，缺乏体内实验验证	探索早期大脑发育阶段与皮层疾病发生的关系	人类神经干细胞及其在皮层发育中的基因表达	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	来自自闭症患者的神经干细胞