单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-09-25	Single Cell Analysis of Peripheral TB-Associated Granulomatous Lymphadenitis 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596301 PMID:38853908	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了结核病患者淋巴结中的细胞类型及其通信网络	首次使用单细胞RNA测序技术检测结核分枝杆菌RNA转录本，并将其与宿主细胞的转录组关联，识别单个感染细胞	样本量较小，仅涉及23名患者	研究结核病患者淋巴结中的细胞组成及其通信网络	结核病患者的淋巴结组织	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	23名结核病患者
142	2024-09-25	Cholesterol efflux from C1QB-expressing macrophages is associated with resistance to chimeric antigen receptor T cell therapy in primary refractory diffuse large B cell lymphoma 2024-Jun-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49495-4 PMID:38890370	研究论文	研究报告了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流与原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对嵌合抗原受体T细胞疗法的抵抗性之间的关系	首次揭示了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流通过诱导CD8 T细胞的免疫抑制状态，导致其衰竭，从而抑制CAR-T细胞的细胞毒性	研究样本量较小，仅包括12名患者，可能影响结果的普适性	探讨原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对CAR-T细胞疗法的抵抗机制	C1QB表达的巨噬细胞、CAR-T细胞、CD8 T细胞	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名患者
143	2024-09-21	Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of a TLR9 agonist in autochthonous murine sarcomas 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178767 PMID:39133651	研究论文	研究通过瘤内注射TLR9激动剂CpG增强自发性小鼠肉瘤对放疗的反应	首次在自发性小鼠肉瘤模型中验证了TLR9激动剂CpG与放疗联合使用的疗效，并揭示了其通过增强CD8+ T细胞介导的免疫反应来实现	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证	探讨TLR9激动剂CpG与放疗联合使用对软组织肉瘤的治疗效果及其机制	自发性小鼠肉瘤	NA	软组织肉瘤	CRISPR/Cas9基因编辑技术、RNA测序、质谱流式细胞术	NA	RNA	小鼠肉瘤样本
144	2024-09-21	Ancient origin of the rod bipolar cell pathway in the vertebrate retina 2024-Jun, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-024-02404-w PMID:38627529	研究论文	本文研究了脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的古老起源	发现哺乳动物的初级杆状通路在斑马鱼中得以保存，并揭示了该通路的细胞类型和电路设计在辐鳍鱼和哺乳动物分化之前就已经出现	NA	探讨脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的起源和进化	斑马鱼和哺乳动物的杆状双极细胞及其下游电路	NA	NA	单细胞RNA测序、电生理学、组织学和超微结构重建	NA	RNA序列	NA
145	2024-09-15	Single-cell sequencing revealed metabolic reprogramming and its transcription factor regulatory network in prostate cancer 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101925 PMID:38447277	研究论文	研究利用单细胞测序技术揭示了前列腺癌中的代谢重编程及其转录因子调控网络	首次通过单细胞测序技术全面分析了前列腺癌中代谢变化及其转录因子调控网络，并发现了抑制剂Betulin在抑制前列腺癌生长中的潜在治疗作用	NA	研究前列腺癌中的代谢重编程变化并识别潜在的治疗靶点	前列腺癌及其良性前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	多种前列腺癌亚型及良性前列腺组织样本
146	2024-09-14	Adaptive digital tissue deconvolution 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae263 PMID:38940181	研究论文	本文提出了一种名为自适应数字组织解卷积（ADTD）的新方法，用于从批量和空间转录组数据中估计预选细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献	ADTD方法通过适应细胞的分子环境来调整原型参考配置文件，从而进一步解析从批量转录组数据中细胞类型特异性基因调控	ADTD方法依赖于训练数据，这些数据可能无法捕捉到转录组分析中遇到的所有生物多样性	开发一种新的计算方法，以改进从批量和空间转录组数据中推断细胞组成的过程	从批量转录组数据中估计细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献	机器学习	乳腺癌	NA	NA	转录组数据	涉及乳腺癌患者的批量转录组数据
147	2024-09-14	A count-based model for delineating cell-cell interactions in spatial transcriptomics data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae219 PMID:38940134	研究论文	本文介绍了一种基于计数的模型Copulacci，用于从空间转录组数据中推断细胞间相互作用	Copulacci使用高斯copula模型来处理低转录本计数的问题，并能有效推断出低表达的生物学上有意义的配体-受体相互作用	NA	开发一种新的方法来推断空间转录组数据中的细胞间相互作用	空间转录组数据中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学	高斯copula模型	转录组数据	NA
148	2024-09-14	Accurate assembly of multiple RNA-seq samples with Aletsch 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae215 PMID:38940157	研究论文	本文介绍了一种名为Aletsch的新型RNA-seq样本组装工具，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接	Aletsch引入了多种算法创新，包括一个“桥接”系统，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接，并利用多个样本的“支持”信息来指导复杂顶点的分解	NA	开发一种能够准确组装多个RNA-seq样本的新方法	RNA-seq数据中的全长度转录本	生物信息学	NA	RNA-seq	随机森林模型	RNA-seq数据	多个RNA-seq样本，包括bulk和单细胞RNA-seq数据
149	2024-09-14	Joint inference of cell lineage and mitochondrial evolution from single-cell sequencing data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae231 PMID:38940122	研究论文	本文提出了一种从单细胞测序数据中联合推断细胞谱系和线粒体进化的方法	本文首次将线粒体异质性纳入细胞谱系树的推断中，并提出了Nested Perfect Phylogeny Mixture (NPPM)问题及其解决方案MERLIN算法	本文仅在模拟数据和胃癌细胞系数据上验证了方法的有效性，尚未在其他类型的细胞或疾病中进行广泛验证	开发一种能够从单细胞测序数据中同时推断细胞谱系和线粒体进化的方法	胃癌细胞系的单细胞测序数据	生物信息学	胃癌	单细胞测序	混合整数线性规划	基因组数据	5220个细胞
150	2024-09-14	SPRITE: improving spatial gene expression imputation with gene and cell networks 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae253 PMID:38940132	研究论文	本文介绍了一种名为SPRITE的元算法，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，改进现有方法的空间基因表达预测	SPRITE算法利用了空间转录组学中的丰富空间和基因关系信息，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，提高了基因表达预测的准确性	NA	改进空间基因表达预测算法，以解决当前技术在单细胞分辨率下测量基因数量有限的局限性	空间转录组学数据中的基因表达预测	生物信息学	NA	空间转录组学	元算法	基因表达数据	多个空间转录组学数据集
151	2024-09-14	scGrapHiC: deep learning-based graph deconvolution for Hi-C using single cell gene expression 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae223 PMID:38940151	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的图解卷积框架scGrapHiC，用于利用单细胞基因表达数据预测伪批量scHi-C接触图	scGrapHiC通过图解卷积从批量Hi-C接触图中提取全基因组单细胞相互作用，并使用scRNA-seq作为指导信号，显著提高了细胞类型特异性拓扑关联域的恢复率	NA	开发一种新的方法，利用广泛可用的基因组信号生成细胞类型特异性的scHi-C接触图，以研究细胞类型特异性的染色质相互作用	单细胞Hi-C数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	深度学习	图解卷积	基因组数据	七个细胞类型共检测数据集
152	2024-09-14	Forseti: a mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae207 PMID:38940130	研究论文	本文开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定单细胞RNA测序读取的剪接状态	Forseti模型通过结合绑定亲和力模型和稳健的片段长度分布模型，能够概率性地分配剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度	NA	开发一种能够准确预测单细胞RNA测序读取剪接状态的模型	单细胞RNA测序数据中的剪接状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	预测模型	RNA测序数据	NA
153	2024-09-14	Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation 2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae339 PMID:38806165	研究论文	本文介绍了一种基于路径的异构图学习方法Impeller，用于空间转录组数据的基因插补	Impeller通过构建包含空间接近和表达相似性两种边的异构图，同时建模空间维度的平滑基因表达变化和远距离相同类型细胞的相似基因表达特征，并引入可学习的路径操作符避免传统拉普拉斯矩阵的过度平滑问题	NA	解决现有空间转录组数据插补方法需要额外匹配的单细胞RNA测序数据或忽略空间接近或表达相似性信息的问题	空间转录组数据的基因插补	机器学习	NA	异构图学习	图神经网络	空间转录组数据	来自三个流行平台和两种物种的多样化数据集
154	2024-09-14	HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data 2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae343 PMID:38837395	研究论文	本文提出了一种基于多任务学习的图像到RNA翻译方法HE2Gene，用于空间转录组数据	HE2Gene是首个能够预测数万个点级基因表达并结合病理注释的多任务学习方法	现有计算工具仅限于预测少数基因，且大多数方法设计用于批量RNA-seq	探索组织形态与基因表达之间的定量联系	H&E染色图像和空间转录组数据	数字病理学	NA	多任务学习	NA	图像	NA
155	2024-09-14	scCross: efficient search for rare subpopulations across multiple single-cell samples 2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae371 PMID:38889273	研究论文	本文介绍了一种名为scCross的双聚类方法，用于在多个单细胞样本中高效搜索稀有亚群	scCross通过全局求和准则而非个体细胞间的成对比较，联合识别具有特定标记基因的细胞群，从而在处理scRNA-seq数据的高变异性和批次效应时表现出鲁棒性	NA	旨在解决在聚合多个单细胞样本时，由于批次效应导致的稀有细胞类型识别困难的问题	单细胞RNA测序数据中的稀有细胞亚群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	双聚类方法	单细胞RNA测序数据	多个单细胞样本，包括肺癌细胞和人类胰腺样本
156	2024-09-14	Spatial Transcriptomics in a Case of Follicular Thyroid Carcinoma Reveals Clone-Specific Dysregulation of Genes Regulating Extracellular Matrix in the Invading Front 2024-Jun, Endocrine pathology IF:11.3Q1 DOI:10.1007/s12022-024-09798-0 PMID:38280140	研究论文	本研究通过空间转录组学技术详细分析了滤泡性甲状腺癌（FTC）的侵袭前沿和中央惰性核心区域的转录组图谱	首次使用Visium空间基因表达平台对FTC进行2D全局转录组映射，揭示了侵袭性克隆在ECM重塑和上皮间质转化（EMT）相关基因表达上的显著失调	研究仅限于单个FTC病例，结果的普适性有待进一步验证	揭示滤泡性甲状腺癌侵袭前沿的分子信号机制	滤泡性甲状腺癌的侵袭前沿和中央惰性核心区域	数字病理学	甲状腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	四个6 × 6 mm的FTC区域，包括侵袭前沿和中央核心区域
157	2024-09-13	Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174746 PMID:38869957	研究论文	研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制	首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制	研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证	探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制	肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
158	2024-09-13	Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546927 PMID:37425795	研究论文	本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性	首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略	NA	探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用	乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
159	2024-09-13	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023 PMID:38601985	研究论文	研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用	利用公开的单细胞RNA测序数据和bulk转录组数据，首次详细描述了Esm-1在肾脏内皮细胞中的表达及其在糖尿病肾病中的变化	研究主要基于小鼠和人类的数据，缺乏其他物种的验证	探究Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用及其对疾病进展的影响	肾脏内皮细胞和糖尿病肾病患者	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	27,786个肾脏内皮细胞，20个健康受试者和41个糖尿病肾病患者
160	2024-09-11	DRA involvement in linaclotide-stimulated bicarbonate secretion during loss of CFTR function 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172364 PMID:38869953	研究论文	研究了在CFTR功能丧失的情况下，linaclotide对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制	发现linaclotide在CFTR功能丧失的情况下仍能刺激十二指肠碳酸氢盐分泌，并揭示了DRA在这一过程中的补偿作用	研究主要基于小鼠和人类十二指肠样本，未涉及更大规模的人体临床试验	探讨linaclotide在CFTR功能丧失时对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制	小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验	NA	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验