单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-09-14	Spatial Transcriptomics in a Case of Follicular Thyroid Carcinoma Reveals Clone-Specific Dysregulation of Genes Regulating Extracellular Matrix in the Invading Front 2024-Jun, Endocrine pathology IF:11.3Q1 DOI:10.1007/s12022-024-09798-0 PMID:38280140	研究论文	本研究通过空间转录组学技术详细分析了滤泡性甲状腺癌（FTC）的侵袭前沿和中央惰性核心区域的转录组图谱	首次使用Visium空间基因表达平台对FTC进行2D全局转录组映射，揭示了侵袭性克隆在ECM重塑和上皮间质转化（EMT）相关基因表达上的显著失调	研究仅限于单个FTC病例，结果的普适性有待进一步验证	揭示滤泡性甲状腺癌侵袭前沿的分子信号机制	滤泡性甲状腺癌的侵袭前沿和中央惰性核心区域	数字病理学	甲状腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	四个6 × 6 mm的FTC区域，包括侵袭前沿和中央核心区域
122	2024-09-13	Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174746 PMID:38869957	研究论文	研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制	首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制	研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证	探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制	肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
123	2024-09-13	Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546927 PMID:37425795	研究论文	本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性	首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略	NA	探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用	乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
124	2024-09-13	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023 PMID:38601985	研究论文	研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用	利用公开的单细胞RNA测序数据和bulk转录组数据，首次详细描述了Esm-1在肾脏内皮细胞中的表达及其在糖尿病肾病中的变化	研究主要基于小鼠和人类的数据，缺乏其他物种的验证	探究Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用及其对疾病进展的影响	肾脏内皮细胞和糖尿病肾病患者	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	27,786个肾脏内皮细胞，20个健康受试者和41个糖尿病肾病患者
125	2024-09-11	DRA involvement in linaclotide-stimulated bicarbonate secretion during loss of CFTR function 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172364 PMID:38869953	研究论文	研究了在CFTR功能丧失的情况下，linaclotide对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制	发现linaclotide在CFTR功能丧失的情况下仍能刺激十二指肠碳酸氢盐分泌，并揭示了DRA在这一过程中的补偿作用	研究主要基于小鼠和人类十二指肠样本，未涉及更大规模的人体临床试验	探讨linaclotide在CFTR功能丧失时对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制	小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验	NA	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验
126	2024-09-11	SFTPB in serum extracellular vesicles as a biomarker of progressive pulmonary fibrosis 2024-Jun-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177937 PMID:38855869	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析血清外泌体，发现肺表面活性物质相关蛋白B（SFTPB）作为渐进性肺纤维化（PPF）的潜在生物标志物	首次发现SFTPB在血清外泌体中作为预测间质性肺病进展的独立预后因子，优于已知的生物标志物KL-6和SP-D	研究仅在两个队列中验证了SFTPB的预测效用，需要更多样本和队列验证其普适性	寻找渐进性肺纤维化的早期检测生物标志物	血清外泌体中的蛋白质，特别是SFTPB及其前体形式	NA	肺纤维化	蛋白质组学分析，单细胞RNA测序	NA	蛋白质数据	两个队列的样本，包括血清外泌体和血清样本
127	2024-09-11	Transcriptomic Analysis of the Spatiotemporal Axis of Oogenesis and Fertilization in C. elegans 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597235 PMID:38895354	研究论文	本文对秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞形成过程进行了转录组水平分析	通过单细胞RNA测序技术，深入分析了不同阶段的卵母细胞转录组，揭示了基因表达和剪接事件的详细变化，并提供了卵母细胞形成过程的新见解	NA	研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成和受精过程中的时空轴转录组变化	秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞和受精卵	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个不同阶段的卵母细胞和受精卵
128	2024-09-08	Plasmodium infection induces phenotypic, clonal, and spatial diversity among differentiating CD4+ T cells 2024-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114317 PMID:38848213	研究论文	研究了疟原虫感染诱导的CD4+ T细胞在分化过程中的表型、克隆性和空间多样性	首次观察到脾脏多克隆CD4 T细胞分化为Th1和Tfh样状态，并展示了TCR克隆频率与Th1分化之间的关系	研究主要集中在脾脏CD4 T细胞的分化和空间分布，未涵盖其他免疫细胞类型	探讨疟原虫感染下CD4+ T细胞的分化、克隆性和空间分布及其与免疫反应的关系	CD4+ T细胞的分化状态、克隆性和空间分布	免疫学	疟疾	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
129	2024-09-08	Interferon-γ induces combined pyroptotic angiopathy and APOL1 expression in human kidney disease 2024-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114310 PMID:38838223	研究论文	研究探讨了干扰素-γ在人类肾脏疾病中的作用，特别是其诱导的焦亡性血管病变和APOL1表达	首次揭示了干扰素-γ信号通路在诱导焦亡性血管病变和APOL1表达中的双重作用，并提出了针对这一机制的治疗策略	研究主要基于体外实验和患者样本，缺乏体内实验验证	探讨干扰素-γ在肾脏疾病中的直接作用及其机制	人类肾脏类器官、原代内皮细胞和患者样本	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序、免疫印迹、定量荧光分析	NA	RNA	涉及COVID-19、蛋白尿性肾脏疾病和塌陷性肾小球病的患者样本
130	2024-09-08	Unveiling the hidden role of disulfidptosis in kidney renal clear cell carcinoma: a prognostic signature for personalized treatment 2024-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-023-01933-2 PMID:38296888	研究论文	本研究探讨了硫化物凋亡相关生物标志物在肾透明细胞癌中的预后预测和个体化治疗中的作用	首次揭示了硫化物凋亡在肾透明细胞癌中的潜在作用，并构建了一个基于硫化物凋亡相关预后特征的模型	研究主要基于发现队列和外部验证队列，需要进一步的多中心验证	探索硫化物凋亡在肾透明细胞癌中的作用，并开发一个预后预测模型以指导个体化治疗	肾透明细胞癌患者及其预后和治疗反应	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学、空间转录组学、定量RT-qPCR、免疫组化	机器学习模型	基因表达数据	发现队列和外部验证队列的肾透明细胞癌患者
131	2024-09-08	A novel mitochondrial unfolded protein response-related risk signature to predict prognosis, immunotherapy and sorafenib sensitivity in hepatocellular carcinoma 2024-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-01945-6 PMID:38493408	研究论文	本文构建了一种基于线粒体未折叠蛋白反应（UPR）相关基因的风险特征，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后、免疫治疗反应和索拉非尼敏感性	首次基于UPR相关基因构建了HCC的预后风险特征，并研究了其对免疫细胞浸润、免疫治疗和化疗反应的影响	NA	建立一种新的基于UPR相关基因的风险特征，用于预测HCC患者的预后、免疫细胞浸润、免疫治疗和化疗反应	肝细胞癌（HCC）患者的预后、免疫细胞浸润、免疫治疗反应和索拉非尼敏感性	数字病理学	肝癌	LASSO回归分析、TIMER算法、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序、空间转录组分析	风险模型	转录组数据	TCGA和ICGC数据库中的转录组数据和临床信息
132	2024-09-06	Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.040 PMID:38157930	研究论文	研究报告了一例在长期使用SMO抑制剂治疗的Gorlin综合征患者中出现的耐药肿瘤，并通过多组学和空间转录组学分析揭示了耐药机制	首次通过多组学和空间转录组学分析揭示了Gorlin综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变来发展对SMO抑制剂的耐药性	研究仅基于单个病例，结果的普适性有待进一步验证	探讨Gorlin综合征患者长期使用SMO抑制剂后肿瘤耐药的机制	Gorlin综合征患者的耐药肿瘤	NA	皮肤癌	多组学分析、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	单个病例
133	2024-09-06	A Novel Mechanism of MSCs Responding to Occlusal Force for Bone Homeostasis 2024-06, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241236120 PMID:38665065	研究论文	研究了咬合力对骨稳态的影响机制，特别是MSC在失去咬合力后对牙槽骨的影响	首次揭示了咬合力通过Yap/Taz/Ptn轴调控MSC介导的血管生成，从而维持牙槽骨稳态的机制	研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨失去咬合力后牙槽骨损失的机制	鼠牙槽骨中的非造血细胞（CD45细胞）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鼠牙槽骨中的非造血细胞
134	2024-09-06	Single cell transcriptomics reveals distinct transcriptional responses to oxycodone and buprenorphine by iPSC-derived brain organoids from patients with opioid use disorder 2024-Jun, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-022-01837-8 PMID:36302966	研究论文	研究使用单细胞转录组学分析了来自阿片类药物使用障碍患者的iPSC衍生的脑类器官对羟考酮和丁丙诺啡的不同转录反应	首次在单细胞水平上揭示了羟考酮和丁丙诺啡对iPSC衍生的脑类器官的不同转录反应，特别是丁丙诺啡对胶质细胞的显著影响和羟考酮诱导的I型干扰素信号	研究仅限于男性OUD患者，样本量较小，且仅进行了7天的药物处理	探讨阿片类药物对脑细胞类型功能的单细胞水平调控机制	来自阿片类药物使用障碍患者的iPSC衍生的脑类器官	单细胞转录组学	阿片类药物使用障碍	单核RNA测序（snRNA-seq）	Seurat整合分析管道	转录组数据	3名男性OUD患者
135	2024-09-05	Oncogenic Cell Tagging and Single-Cell Transcriptomics Reveal Cell Type-Specific and Time-Resolved Responses to Vhl Inactivation in the Kidney 2024-Jun-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3248 PMID:38502859	研究论文	本研究通过肿瘤细胞标记和单细胞转录组学技术，纵向研究了von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞类型特异性及时间解析反应的影响。	本研究采用了一种实验策略，即在细胞自然环境中生成携带遗传改变的细胞，进行标记并随时间分析，以理解致癌过程。	NA	旨在定义肿瘤发生初期的细胞反应，以理解癌症的起始。	von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞的影响。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
136	2024-09-01	Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina 2024-Jun, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2024.103932 PMID:38679247	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了蛋白磷酸酶在正常和受损鸡视网膜中对穆勒胶质细胞向穆勒胶质源性前体细胞转化的调控作用	首次详细研究了蛋白磷酸酶在穆勒胶质细胞转化过程中的作用，并揭示了不同磷酸酶对前体细胞形成的不同影响	研究主要集中在鸡视网膜模型，可能需要进一步在其他物种中验证结果	探讨蛋白磷酸酶在视网膜中对穆勒胶质细胞向穆勒胶质源性前体细胞转化的调控作用	鸡视网膜中的穆勒胶质细胞及其前体细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个类型的视网膜神经元及穆勒胶质细胞和穆勒胶质源性前体细胞
137	2024-09-01	Macrophages upregulate mural cell-like markers and support healing of ischemic injury by adopting functions important for vascular support 2024-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00478-0 PMID:39196227	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞在缺血性损伤后是否采取壁细胞表型，以促进组织修复	首次通过单细胞RNA测序证实巨噬细胞在缺血性肌肉中向壁细胞转变，并发现这一转变对血管成熟和功能恢复至关重要	研究主要在鼠模型中进行，未来需在人类样本中验证这些发现	探究巨噬细胞在缺血性损伤后的功能转变及其对组织修复的影响	巨噬细胞在缺血性肌肉中的表型转变及其功能相关性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鼠肌肉中的巨噬细胞
138	2024-08-31	Human pluripotent stem cell-derived kidney organoids reveal tubular epithelial pathobiology of heterozygous HNF1B-associated dysplastic kidney malformations 2024-Jun-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.04.011 PMID:38788724	研究论文	研究使用CRISPR-Cas9基因编辑的人胚胎干细胞和诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官，揭示了HNF1B杂合突变相关的肾发育不良的病理生物学机制	首次揭示了HNF1B在人类肾小管分化和形态发生中的形态学、分子和生理学作用，以及其在突变HNF1B导致的肾脏疾病发展中的起源	NA	理解HNF1B杂合突变导致的肾发育不良的病理生物学机制	HNF1B杂合突变的人胚胎干细胞和诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官	数字病理学	肾发育不良	CRISPR-Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序	NA	细胞	来自HNF1B相关肾发育不良家族的细胞
139	2024-08-30	A practical guide to spatial transcriptomics 2024-06, Molecular aspects of medicine IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.mam.2024.101276 PMID:38776574	综述	本文是一篇关于空间转录组学的实用指南，旨在为研究人员提供关于已商业化的技术及其应用的最新信息	介绍了空间转录组学领域的快速发展及其在多个学科中的应用，特别是已商业化的技术	文章主要关注已商业化的技术，可能未涵盖所有新兴技术	为研究人员提供空间转录组学技术的基本原理、数据分析挑战、实验考虑因素以及方法选择指南	空间转录组学技术及其在生物学和疾病研究中的应用	NA	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
140	2024-08-29	SLC45A3 Serves as a Potential Therapeutic Biomarker to Attenuate White Matter Injury After Intracerebral Hemorrhage 2024-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-023-01145-5 PMID:36913120	研究论文	本研究通过基因共表达网络分析和单细胞RNA测序，确定SLC45A3基因在脑出血后白质损伤中的作用，并验证其作为治疗靶点的潜力。	首次确定SLC45A3基因在脑出血后白质损伤中的关键作用，并提出其作为治疗靶点的可能性。	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证。	探讨脑出血后白质损伤的分子机制及潜在治疗靶点。	脑出血后的白质损伤及SLC45A3基因的功能。	数字病理学	脑血管疾病	基因共表达网络分析、单细胞RNA测序、扩散张量成像	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	两个数据集（GSE24265和GSE125512）及单细胞RNA测序数据（GSE167593）