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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease
2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023
PMID:38601985
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了Esm-1在糖尿病肾病中作为肾小球转录极化的标志物 | 首次在单细胞水平系统表征Esm-1在糖尿病肾病中的表达模式及其与肾小球转录极化的关联 | 主要依赖公共数据库数据,样本量有限,需要进一步实验验证机制 | 探究Esm-1在糖尿病肾病发病机制中的作用 | 小鼠和人类肾脏内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,RNAscope,批量转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据 | 27,786个肾脏内皮细胞(来自3个小鼠和4个人类数据库),20名健康受试者和41名糖尿病肾病患者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
Inter- and trans-generational impacts of environmental exposures on the germline resolved at the single-cell level
2024-Jun, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2024.100465
PMID:38586548
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综述 | 探讨单细胞技术如何促进生殖毒理学研究,解析环境暴露对生殖细胞的跨代影响 | 整合单细胞多组学技术研究环境暴露对生殖细胞的跨代影响,提供细胞类型特异性响应分析 | 主要基于模式生物研究,人类生殖细胞研究存在技术挑战 | 推进生殖毒理学研究,解析环境因素对生殖细胞功能的影响机制 | 生殖细胞、模式生物(斑马鱼和小鼠) | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、多组学分析 | NA | 单细胞转录组、表观基因组 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024-06, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00474-4
PMID:39215134
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研究论文 | 通过构建基因调控网络识别并验证血管平滑肌细胞增殖的关键调控因子 | 首次结合单细胞转录组和表观遗传分析揭示VSMC增殖的调控机制,发现RUNX1和TIMP1-CD74轴等新调控因子 | 研究主要基于计算分析和体外验证,需要进一步体内实验确认临床转化潜力 | 阐明血管疾病中血管平滑肌细胞增殖的分子调控机制 | 血管平滑肌细胞(VSMC) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序,表观遗传分析 | 基因调控网络,计算机扰动分析 | 单细胞RNA测序数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07563-1
PMID:38898271
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研究论文 | 提出一种多尺度拓扑方法,在亚细胞空间转录组学中自动分类细胞类型 | 首次开发直接利用亚细胞分辨率空间转录组数据进行细胞类型识别的方法,无需依赖图像数据 | 方法在新平台上的泛化能力需要进一步验证 | 开发空间转录组学中的细胞类型自动分类方法 | 人类肾脏组织和狼疮肾炎小鼠模型的免疫细胞 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学,多参数持续同调 | 多尺度拓扑方法 | 空间转录组数据 | 人类肾脏组织和小鼠模型样本 | NA | 靶向和全转录组空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组平台 |
| 125 | 2025-10-06 |
Apolipoprotein E controls Dectin-1-dependent development of monocyte-derived alveolar macrophages upon pulmonary β-glucan-induced inflammatory adaptation
2024-Jun, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01830-z
PMID:38671323
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研究论文 | 本研究揭示了载脂蛋白E通过调控Dectin-1信号通路在肺部β-葡聚糖诱导炎症适应过程中促进单核细胞源性肺泡巨噬细胞发育的新机制 | 首次发现ApoE信号调控单核细胞向肺泡巨噬细胞分化的新机制,并鉴定出具有独特表型和功能的ApoECD11b肺泡巨噬细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;机制研究仍存在未明确的信号通路细节 | 探究肺部巨噬细胞在环境刺激下的功能与发育适应性机制 | 小鼠肺部巨噬细胞,特别是单核细胞源性肺泡巨噬细胞 | 免疫学 | 肺部感染,肺纤维化 | 单细胞转录组测序,高维成像,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,图像数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601229
PMID:38979200
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研究论文 | 开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,用于研究生物膜生长过程中的转录异质性及免疫细胞暴露后的转录适应性 | 首次开发了适用于细菌的单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,能够捕获生物膜内广泛的转录异质性并分析不同免疫细胞群的特异性反应 | 方法验证主要集中于生物膜与浮游生长的比较,尚未在其他细菌系统或更复杂环境中广泛测试 | 研究细菌生物膜的转录异质性及其对免疫压力的差异反应 | 细菌生物膜中的亚群细胞 | 单细胞测序技术 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | BaSSSh-seq | 优化的细菌单细胞RNA测序平台 |
| 127 | 2025-10-06 |
Identification and Analysis of Biomarkers Associated with Lipophagy and Therapeutic Agents for COVID-19
2024-06-07, Viruses
DOI:10.3390/v16060923
PMID:38932215
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定与脂噬相关的COVID-19生物标志物和潜在治疗药物 | 首次系统研究脂噬相关基因在COVID-19中的作用,并发现7个脂噬相关基因作为生物标志物和药物靶点 | 基于生物信息学分析的预测结果需要实验验证 | 研究脂噬相关生物标志物和基于脂噬的COVID-19治疗药物 | COVID-19患者基因表达数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,机器学习 | 随机森林,支持向量机,广义线性模型,极限梯度提升 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集(GSE145926,GSE183533,GSE190496) | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional analysis of irradiated skin reveals changes in fibroblast subpopulations and variability in caveolin expression
2024-Jun-26, Radiation oncology (London, England)
DOI:10.1186/s13014-024-02472-z
PMID:38926892
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了辐射后皮肤中成纤维细胞亚群的变化和小窝蛋白表达变异 | 首次在辐射诱导纤维化中识别出成纤维细胞亚群的转录特征差异,并发现Cav1和Cav2的拮抗表达模式 | 样本量较小(仅6例患者),且仅针对女性乳腺癌患者 | 探索辐射诱导皮肤纤维化的细胞机制 | 接受放射治疗的乳腺癌患者的配对辐照和非辐照皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤纤维化 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,生物力学测试 | Seurat聚类分析,SingleR分类器 | 单细胞转录组数据,组织学图像,生物力学数据 | 6例女性患者的配对皮肤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞平台 |
| 129 | 2025-10-06 |
Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes
2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.29.596006
PMID:38854132
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据对旋口虫属纤毛虫进行系统发育分析和物种界定 | 首次在旋口虫属中应用单细胞转录组测序技术,通过265个蛋白质编码基因进行系统基因组分析,揭示了该属中至少存在9个隐存种 | 样本仅来自韩国和美国地区,可能无法完全代表该属的全球多样性 | 阐明旋口虫属纤毛虫的系统发育关系和物种边界 | 旋口虫属纤毛虫的25个物种群体(代表6个形态种) | 系统发育基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 多物种溯祖模型 | 转录组数据 | 25个物种群体,37个种群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-07 |
Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07466-1
PMID:38811723
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示隐孢子虫完整生命周期的基因表达程序 | 推翻现有模型,仅识别出三种细胞内阶段;发现Myb-M转录因子是雄性命运的最早决定因素 | 研究主要基于体外培养和感染动物模型,人类直接应用需进一步验证 | 解析隐孢子虫生命周期分子机制以推动疫苗和治疗开发 | 微小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum) | 单细胞生物学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 体外培养和感染动物样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2025-05-08 |
Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness
2024-Jun-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae313
PMID:38682582
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研究论文 | 研究人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性 | 揭示了p16阳性β细胞的衰老状态如何通过染色质重组激活功能成熟基因的增强子,从而增强胰岛素分泌能力,并首次发现这些细胞中干扰素刺激基因的升高 | 研究主要基于体外培养的β样细胞和单细胞转录组数据,未在体内模型中验证这些发现 | 探究人类胰腺β细胞衰老对其功能成熟和干扰素反应性的影响 | 人类胰腺β细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 成人人类胰腺β细胞的单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 132 | 2025-05-08 |
Cabergoline targets multiple pathways to inhibit PRL secretion and increases stromal fibrosis
2024-Jun-05, European journal of endocrinology
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/ejendo/lvae055
PMID:38781434
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析卡麦角林治疗和未治疗的泌乳素瘤的细胞组成和转录景观,揭示卡麦角林抑制PRL分泌及增加间质纤维化的多途径机制 | 首次描述了卡麦角林治疗后CD8+ T细胞的未知激活,这可能在其抗肿瘤作用中发挥作用 | 样本量较小(仅5例手术切除的泌乳素瘤) | 揭示多巴胺激动剂治疗在人类泌乳素瘤肿瘤及邻近间质和免疫细胞中的潜在机制 | 3例卡麦角林治疗患者和2例未治疗患者的5例手术切除泌乳素瘤 | 单细胞转录组学 | 泌乳素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA-seq数据 | 5例手术切除的泌乳素瘤(3例治疗,2例未治疗) | NA | NA | NA | NA |
| 133 | 2025-10-07 |
The predictive value of E2F7 in immunotherapy efficacy for lung adenocarcinoma: An observational study
2024-Jun-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000038574
PMID:38905387
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研究论文 | 本研究探讨E2F7在肺腺癌免疫治疗疗效中的预测价值 | 首次系统评估E2F7表达与肺腺癌免疫治疗反应的关系,并揭示其通过影响髓系细胞功能发挥免疫抑制作用的机制 | 观察性研究设计,需要进一步实验验证机制 | 探索E2F7作为肺腺癌免疫治疗反应生物标志物的潜力 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞测序,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,临床数据 | 基于癌症基因组图谱和基因表达综合数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 134 | 2025-10-07 |
A Regularized Bayesian Dirichlet-multinomial Regression Model for Integrating Single-cell-level Omics and Patient-level Clinical Study Data
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597391
PMID:38895417
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研究论文 | 提出一种正则化贝叶斯狄利克雷-多项回归框架,用于整合单细胞RNA测序数据与患者临床数据 | 采用新型分层树结构在不同细胞类型水平识别关联关系 | NA | 研究单细胞水平组学数据与患者水平临床数据之间的关系 | 肺纤维化、COVID-19和非小细胞肺癌患者 | 生物信息学 | 肺纤维化,COVID-19,非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | 正则化贝叶斯狄利克雷-多项回归模型 | 单细胞组学数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-10-07 |
Large-scale neurophysiology and single-cell profiling in human neuroscience
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07405-0
PMID:38898291
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观点文章 | 本文探讨了大规模神经生理学和单细胞分析技术在人类神经科学研究中的整合应用与发展前景 | 提出了将功能映射的人类脑组织样本进行体外培养并进行多模态细胞和功能分析的工作流程 | NA | 为人类神经科学研究提供统一框架,探索大脑网络水平活动的细胞基础 | 人类脑组织样本 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,神经电生理记录 | NA | 神经电生理数据,基因表达数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,神经电生理记录 | Neuropixels | NA |
| 136 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis
2024-Jun-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49037-y
PMID:38876998
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研究论文 | 通过单细胞和空间分辨率互作组学研究牙周炎中牙齿相关角质形成细胞的作用 | 构建了人类牙周组织的综合单细胞RNA测序图谱,揭示了牙周炎中沟内和结合上皮角质形成细胞的差异化状态及与细菌的细胞特异性趋向性 | 需要进一步研究以支持慢性炎症状态下的精准牙周干预 | 研究牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系 | 人类牙周组织中的沟内和结合上皮角质形成细胞(SK/JKs) | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 单细胞宏基因组学, 荧光原位杂交, 多重免疫荧光 | 细胞-细胞通讯分析 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 34个样本, 105,918个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-07 |
SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1
2024-06, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2429-5
PMID:38240906
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研究论文 | 本研究揭示转录共激活因子SUB1通过UBR5介导的UBXN1泛素化激活NF-κB信号通路,从而促进结直肠癌转移的分子机制 | 首次发现SUB1通过调控UBR5介导的Lys11连接多聚泛素化降解NF-κB负调控因子UBXN1,激活NF-κB信号通路驱动结直肠癌转移 | NA | 探究SUB1在结直肠癌转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-07 |
Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria
2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.27.601034
PMID:38979245
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研究论文 | 开发了一种名为bacterial-MERFISH的空间转录组学方法,用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析 | 将1000倍体积膨胀与MERFISH技术结合,克服了细菌mRNA密度高的技术障碍 | NA | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为 | 细菌 | 空间转录组学 | NA | 多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | bacterial-MERFISH(结合体积膨胀和MERFISH技术) |
| 139 | 2025-10-07 |
TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.596911
PMID:38895265
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研究论文 | 本研究通过实验与计算相结合的方法揭示了三阴性乳腺癌细胞对紫杉醇的响应机制,发现其表型复制干扰素响应并识别出ELF3作为潜在的紫杉醇耐药生物标志物 | 首次发现紫杉醇治疗诱导的转录程序与干扰素响应高度相似,并通过单细胞RNA测序结合活细胞成像技术鉴定出ELF3等转录因子在细胞周期调控和紫杉醇耐药中的关键作用 | 研究主要基于体外细胞模型,临床样本验证有限,需要进一步体内实验和临床试验确认ELF3作为生物标志物的可靠性 | 探索三阴性乳腺癌细胞对紫杉醇治疗的分子响应机制,识别耐药相关因子 | 三阴性乳腺癌细胞系 | 计算生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序,siRNA敲低,活细胞成像,转录因子富集分析 | NA | 单细胞转录组数据,公共患者数据,活细胞成像数据 | 未明确样本数量,使用TNBC细胞系和公共乳腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2025-10-07 |
Integrative single-cell and bulk transcriptomes analyses reveals heterogeneity of serine-glycine-one-carbon metabolism with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities in HNSCC
2024-06-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00310-2
PMID:38886346
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析揭示头颈鳞状细胞癌中丝氨酸-甘氨酸-一碳代谢异质性及其与预后和治疗脆弱性的关联 | 首次在HNSCC中系统揭示SGOC代谢异质性,构建4-SGOC基因预后特征,并鉴定IMPDH1作为潜在代谢治疗靶点 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步实验验证代谢通路的直接功能 | 解析HNSCC代谢异质性以推进精准肿瘤治疗 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,LASSO-COX回归分析 | 预后特征模型 | RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |