单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-10-24	Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596337 PMID:38854060	研究论文	本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群	开发了clusterCleaver工具，利用统计距离度量来识别单细胞RNA测序数据中的候选表面标记物，用于FACS分离	NA	研究肿瘤内异质性癌细胞亚群的功能和动态变化	乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-436中的异质性癌细胞亚群	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	MDA-MB-231和MDA-MB-436乳腺癌细胞系
122	2024-10-17	KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment 2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421 PMID:37851080	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌样本，发现并表征了一种具有中间特征的KRT17high/CXCL8+癌细胞亚型，该亚型在肿瘤微环境和系统性免疫中影响髓系细胞	本文首次发现并表征了KRT17high/CXCL8+癌细胞亚型，该亚型兼具经典和基底特征，并能影响肿瘤微环境和系统性免疫中的髓系细胞	本文主要基于单细胞RNA测序数据和患者来源的胰腺癌类器官进行研究，未来需要更多临床数据验证其发现	表征胰腺导管腺癌中一种新的中间癌细胞亚型，并研究其在肿瘤微环境和系统性免疫中的作用	胰腺导管腺癌中的KRT17high/CXCL8+癌细胞亚型及其对髓系细胞的影响	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	18例人类胰腺导管腺癌样本
123	2024-10-14	Self-regulating CAR-T cells modulate cytokine release syndrome in adoptive T-cell therapy 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221988 PMID:38607370	研究论文	本文报道了一种自我调节的CAR-T细胞，通过分泌与CRS相关的细胞因子抑制剂来减轻细胞因子释放综合征的严重程度	开发了一种自我调节的CAR-T细胞，通过分泌tocilizumab衍生的单链可变片段（Toci）来减少CRS相关毒性，并显示出比传统CAR-T细胞更好的体内抗肿瘤疗效	NA	研究如何通过工程化T细胞来自我调节炎症细胞因子的产生，以同时增强CAR-T细胞疗法的安全性和疗效	自我调节的CAR-T细胞及其在减轻细胞因子释放综合征和提高抗肿瘤疗效中的作用	生物医学工程	癌症	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用人源化NSG-SGM3小鼠模型进行研究
124	2024-10-12	Myelin-associated oligodendrocytic basic protein-dependent myelin repair confers the long-lasting antidepressant effect of ketamine 2024-Jun, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-023-02288-5 PMID:37848708	研究论文	研究探讨了氯胺酮的长期抗抑郁效果与其对髓鞘修复的影响之间的关系	首次揭示了髓鞘相关蛋白（Mobp）在氯胺酮长期抗抑郁效果中的关键作用，并发现(R)-氯胺酮比(S)-氯胺酮在髓鞘修复中具有更强的效果	研究仅在慢性社会挫败应激的小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨氯胺酮长期抗抑郁效果的机制及其与髓鞘修复的关系	小鼠的脑部髓鞘修复及氯胺酮的抗抑郁效果	NA	NA	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	慢性社会挫败应激的小鼠
125	2024-10-12	Nature of epigenetic aging from a single-cell perspective 2024-Jun, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00616-0 PMID:38724733	研究论文	本文从单细胞角度研究了表观遗传衰老的本质	本文通过对比小鼠组织和单细胞DNA甲基化在早期发育和成年衰老过程中的变化，揭示了表观遗传衰老的协同调控和随机成分，并提出了一个用于识别协同调控和随机CpG簇的单细胞算法	NA	阐明表观遗传衰老的本质	小鼠的组织和单细胞DNA甲基化	表观遗传学	NA	DNA甲基化分析，单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据，RNA测序数据	小鼠样本
126	2024-10-12	Analyses of the autism-associated neuroligin-3 R451C mutation in human neurons reveal a gain-of-function synaptic mechanism 2024-Jun, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-022-01834-x PMID:36280753	研究论文	研究了与自闭症相关的neuroligin-3 R451C突变在人类神经元中的功能获得性突触机制	首次研究了NLGN3 R451C突变对人类神经元的影响，并揭示了其在兴奋性突触传递中的功能获得性增强	研究主要集中在体外和移植到小鼠脑内的神经元，缺乏直接的人体研究	探讨NLGN3 R451C突变在人类神经元中的突触功能及其对自闭症谱系障碍（ASD）病理生理的影响	NLGN3 R451C突变和NLGN3敲除的人类神经元	神经科学	自闭症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及NLGN3 R451C突变和NLGN3敲除的人类神经元样本
127	2024-10-10	Single-cell dissection of the multicellular ecosystem and molecular features underlying microvascular invasion in HCC 2024-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000673 PMID:37972953	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了肝细胞癌中微血管侵犯的多细胞生态系统和分子特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了肝细胞癌中微血管侵犯相关的复杂多细胞生态系统和分子特征	研究仅限于10个样本，可能无法完全代表所有肝细胞癌病例	深入理解肝细胞癌中微血管侵犯的机制，并为临床诊断和治疗策略提供新见解	肝细胞癌患者的微血管侵犯（MVI）及其相关的多细胞生态系统和分子特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	46,789个单细胞来自10个样本
128	2024-10-09	IL-17 signaling in primary sclerosing cholangitis patient-derived organoids 2024-06-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000454 PMID:38829197	研究论文	研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎患者来源的类器官中的作用	首次直接评估了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎胆管细胞中的作用	未发现调控IL-17通路的罕见变异基因	探讨和表征原发性硬化性胆管炎外周胆管细胞类器官对IL-17A刺激的反应	原发性硬化性胆管炎患者和非患者来源的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析和基因组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性硬化性胆管炎患者和非患者的胆管细胞类器官
129	2024-10-08	Single-cell transcriptomic-informed deconvolution of bulk data identifies immune checkpoint blockade resistance in urothelial cancer 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109928 PMID:38812546	研究论文	本文介绍了一种名为ProM的方法，通过单细胞转录组数据和批量RNA测序数据的计算反卷积，揭示了尿路上皮癌中免疫检查点抑制剂抵抗的细胞特征	提出了ProM方法，通过结合单细胞和批量RNA测序数据，能够更好地分析肿瘤微环境中的细胞类型，并揭示了与免疫检查点抑制剂抵抗相关的预处理细胞特征	NA	研究肿瘤微环境中的细胞相互作用及其对治疗反应的影响，特别是免疫检查点抑制剂抵抗的机制	尿路上皮癌样本中的单细胞和批量RNA测序数据	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	人类尿路上皮癌样本
130	2024-10-08	UPK3A+ umbrella cell damage mediated by TLR3-NR2F6 triggers programmed destruction of urothelium in Hunner-type interstitial cystitis/painful bladder syndrome 2024-06, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6275 PMID:38551071	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了Hunner型间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并提出了针对UPK3A伞细胞损伤的关键信号通路的治疗策略	首次通过单细胞RNA测序揭示了Hunner型间质性膀胱炎中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并确定了TLR3-NR2F6轴作为潜在的治疗靶点	治疗效果有限，缺乏对特定细胞类型和分子靶点的充分理解	揭示Hunner型间质性膀胱炎中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并寻找潜在的治疗靶点	Hunner型间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的尿路上皮细胞	NA	膀胱疼痛综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA	HIC膀胱中的尿路上皮细胞
131	2024-10-07	Inferring single-cell spatial gene expression with tissue morphology via explainable deep learning 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.12.598686 PMID:38915550	研究论文	开发了一种基于视觉变换器（ViT）的框架SPiRiT，用于推断单细胞空间基因表达，并结合组织形态学信息	提出了SPiRiT框架，通过整合交叉验证和模型解释在超参数调优中，显著提高了预测准确性，并揭示了ViT模型用于预测基因表达的高分辨率高关注区域（HAR）	NA	探索利用组织形态学信息推断单细胞空间基因表达的可行性	人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片	数字病理学	乳腺癌	视觉变换器（ViT）	视觉变换器（ViT）	图像	人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片，评估数据来自Xenium（10x Genomics）数据集
132	2024-10-04	Antitumor efficacy and potential mechanism of FAP-targeted radioligand therapy combined with immune checkpoint blockade 2024-Jun-03, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01853-w PMID:38825657	研究论文	研究了FAP靶向放射配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其潜在机制	首次展示了Lu-LNC1004与抗PD-L1免疫疗法联合使用在MC38/NIH3T3-FAP肿瘤小鼠模型中的完全肿瘤消除效果，并通过单细胞RNA测序和TCR测序揭示了联合疗法对肿瘤微环境的重新编程	初步临床研究样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨FAP靶向放射配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其机制	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植小鼠模型及难治性癌症患者	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), TCR测序	NA	单细胞RNA, T细胞受体	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植小鼠模型，以及难治性癌症患者
133	2024-10-04	Large-scale neurophysiology and single-cell profiling in human neuroscience 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07405-0 PMID:38898291	研究论文	本文探讨了大规模单单位人类神经生理学、单细胞RNA测序、空间转录组学和长期体外组织培养等技术在人类神经科学中的应用	介绍了Neuropixels和近期脑细胞图谱工作的发展，并讨论了这些技术的融合如何进一步研究人类大脑网络级活动的细胞基础	NA	旨在为人类神经科学领域提供一个统一的框架，以理解人类大脑的功能细胞结构	人类大脑的细胞基础和网络级活动	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、Neuropixels	NA	单细胞RNA数据、空间转录组数据	NA
134	2024-10-04	Integrated analyses reveal the diagnostic and predictive values of COL5A2 and association with immune environment in Crohn's disease 2024-06, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00276-5 PMID:38789829	研究论文	研究通过综合分析揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值及其与免疫环境的关联	首次揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值，并探讨了其与免疫环境的关联	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探讨克罗恩病中免疫细胞异常及其与COL5A2的关联，以寻找潜在的诊断和预测标志物	克罗恩病患者的单细胞和批量RNA测序数据，以及COL5A2的表达和功能	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），免疫组化（IHC）	NA	RNA	克罗恩病患者和对照组的RNA测序数据，具体样本数量未明确提及
135	2024-10-02	Arrestin beta-2 deficiency exacerbates periodontal inflammation by mediating activating transcription factor 6 activation and abnormal remodelling of the extracellular matrix 2024-06, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13952 PMID:38267365	研究论文	研究了arrestin beta-2 (ARRB2)在牙周炎进展中的具体作用及其机制	揭示了ARRB2通过抑制ATF6信号通路介导的细胞外基质重塑对牙周组织的保护作用	NA	探讨ARRB2在牙周炎进展中的作用及其机制	牙周炎患者和健康对照者的牙周组织	NA	牙周炎	单细胞RNA测序、实时定量聚合酶链反应、Western blotting、免疫组织化学染色	NA	RNA	NA
136	2024-09-27	The predictive value of E2F7 in immunotherapy efficacy for lung adenocarcinoma: An observational study 2024-Jun-21, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038574 PMID:38905387	研究论文	研究E2F7在肺腺癌免疫治疗疗效中的预测价值	首次探讨E2F7表达与肺腺癌免疫治疗疗效之间的关系，并验证E2F7作为预测免疫治疗反应的生物标志物的潜力	研究基于现有数据库和单细胞测序数据，未进行临床试验验证	探讨E2F7在肺腺癌免疫治疗中的预测作用	E2F7表达与肺腺癌免疫治疗疗效的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	基于Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的数据
137	2024-09-27	Lysophospholipid Acyltransferase 9 Promotes Emphysema Formation via Platelet-activating Factor 2024-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0253OC PMID:38377392	研究论文	研究LPLAT9通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制	首次揭示了LPLAT9在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用及其通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探讨LPLAT9在COPD发病机制中的作用	LPLAT9基因表达、单细胞RNA测序数据、肺泡巨噬细胞	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	LPLAT9敲除小鼠和对照小鼠
138	2024-09-26	Single-Cell Sequencing: High-Resolution Analysis of Cellular Heterogeneity in Autoimmune Diseases 2024-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-024-09001-6 PMID:39186216	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的创新应用及其对疾病诊断和精准治疗的影响	单细胞测序技术能够以高分辨率分析细胞异质性，揭示驱动疾病进展的分子机制	尽管单细胞测序技术在自身免疫性疾病中有广泛应用，但仍存在一些局限性	研究单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的应用，以揭示其发病机制和治疗靶点	自身免疫性疾病中的细胞异质性和分子机制	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞测序技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组、表观基因组或转录组信息	NA
139	2024-09-25	Single Cell Analysis of Peripheral TB-Associated Granulomatous Lymphadenitis 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596301 PMID:38853908	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了结核病患者淋巴结中的细胞类型及其通信网络	首次使用单细胞RNA测序技术检测结核分枝杆菌RNA转录本，并将其与宿主细胞的转录组关联，识别单个感染细胞	样本量较小，仅涉及23名患者	研究结核病患者淋巴结中的细胞组成及其通信网络	结核病患者的淋巴结组织	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	23名结核病患者
140	2024-09-25	Cholesterol efflux from C1QB-expressing macrophages is associated with resistance to chimeric antigen receptor T cell therapy in primary refractory diffuse large B cell lymphoma 2024-Jun-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49495-4 PMID:38890370	研究论文	研究报告了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流与原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对嵌合抗原受体T细胞疗法的抵抗性之间的关系	首次揭示了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流通过诱导CD8 T细胞的免疫抑制状态，导致其衰竭，从而抑制CAR-T细胞的细胞毒性	研究样本量较小，仅包括12名患者，可能影响结果的普适性	探讨原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对CAR-T细胞疗法的抵抗机制	C1QB表达的巨噬细胞、CAR-T细胞、CD8 T细胞	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名患者