单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-09-27	The predictive value of E2F7 in immunotherapy efficacy for lung adenocarcinoma: An observational study 2024-Jun-21, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038574 PMID:38905387	研究论文	研究E2F7在肺腺癌免疫治疗疗效中的预测价值	首次探讨E2F7表达与肺腺癌免疫治疗疗效之间的关系，并验证E2F7作为预测免疫治疗反应的生物标志物的潜力	研究基于现有数据库和单细胞测序数据，未进行临床试验验证	探讨E2F7在肺腺癌免疫治疗中的预测作用	E2F7表达与肺腺癌免疫治疗疗效的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	基于Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的数据
102	2024-09-27	Lysophospholipid Acyltransferase 9 Promotes Emphysema Formation via Platelet-activating Factor 2024-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0253OC PMID:38377392	研究论文	研究LPLAT9通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制	首次揭示了LPLAT9在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用及其通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探讨LPLAT9在COPD发病机制中的作用	LPLAT9基因表达、单细胞RNA测序数据、肺泡巨噬细胞	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	LPLAT9敲除小鼠和对照小鼠
103	2024-09-26	Single-Cell Sequencing: High-Resolution Analysis of Cellular Heterogeneity in Autoimmune Diseases 2024-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-024-09001-6 PMID:39186216	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的创新应用及其对疾病诊断和精准治疗的影响	单细胞测序技术能够以高分辨率分析细胞异质性，揭示驱动疾病进展的分子机制	尽管单细胞测序技术在自身免疫性疾病中有广泛应用，但仍存在一些局限性	研究单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的应用，以揭示其发病机制和治疗靶点	自身免疫性疾病中的细胞异质性和分子机制	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞测序技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组、表观基因组或转录组信息	NA
104	2024-09-25	Single Cell Analysis of Peripheral TB-Associated Granulomatous Lymphadenitis 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596301 PMID:38853908	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了结核病患者淋巴结中的细胞类型及其通信网络	首次使用单细胞RNA测序技术检测结核分枝杆菌RNA转录本，并将其与宿主细胞的转录组关联，识别单个感染细胞	样本量较小，仅涉及23名患者	研究结核病患者淋巴结中的细胞组成及其通信网络	结核病患者的淋巴结组织	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	23名结核病患者
105	2024-09-25	Cholesterol efflux from C1QB-expressing macrophages is associated with resistance to chimeric antigen receptor T cell therapy in primary refractory diffuse large B cell lymphoma 2024-Jun-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49495-4 PMID:38890370	研究论文	研究报告了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流与原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对嵌合抗原受体T细胞疗法的抵抗性之间的关系	首次揭示了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流通过诱导CD8 T细胞的免疫抑制状态，导致其衰竭，从而抑制CAR-T细胞的细胞毒性	研究样本量较小，仅包括12名患者，可能影响结果的普适性	探讨原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对CAR-T细胞疗法的抵抗机制	C1QB表达的巨噬细胞、CAR-T细胞、CD8 T细胞	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名患者
106	2024-09-25	LMNA -Related Dilated Cardiomyopathy: Single-Cell Transcriptomics during Patient-derived iPSC Differentiation Support Cell type and Lineage-specific Dysregulation of Gene Expression and Development for Cardiomyocytes and Epicardium-Derived Cells with Lamin A/C Haploinsufficiency 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.12.598335 PMID:38915555	研究论文	研究了LMNA相关扩张型心肌病（DCM）的单细胞转录组学，通过患者来源的iPSC分化支持细胞类型和谱系特异性基因表达失调	首次使用单细胞RNA测序研究LMNA相关DCM的细胞类型和谱系特异性基因表达失调，并验证了Lamin A/C半合子不足的影响	研究方法需要改进以进一步探讨iPSC衍生模型中的机制	探讨LMNA相关DCM的可能分子机制	LMNA突变iPSC及其分化细胞的基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12个样本（4个患者和8个对照）
107	2024-09-23	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了关键尺寸骨缺损中再生组织内细胞群体的显著变化，并开发了一种创新的血管生成因子局部递送方法，以促进骨再生	本文首次通过单细胞RNA测序分析了关键尺寸骨缺损中的细胞变化，并开发了一种结合电纺PCL纤维和电喷PLGA微球的新型递送系统，用于局部释放Spp1和Cxcl12，促进骨再生	本文仅在鼠模型中验证了该方法的有效性，尚未在临床试验中进行验证	研究关键尺寸骨缺损的修复机制，并开发新的治疗方法	关键尺寸骨缺损中的细胞变化和血管生成	数字病理学	骨科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼠模型
108	2024-09-21	Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of a TLR9 agonist in autochthonous murine sarcomas 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178767 PMID:39133651	研究论文	研究通过瘤内注射TLR9激动剂CpG增强自发性小鼠肉瘤对放疗的反应	首次在自发性小鼠肉瘤模型中验证了TLR9激动剂CpG与放疗联合使用的疗效，并揭示了其通过增强CD8+ T细胞介导的免疫反应来实现	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证	探讨TLR9激动剂CpG与放疗联合使用对软组织肉瘤的治疗效果及其机制	自发性小鼠肉瘤	NA	软组织肉瘤	CRISPR/Cas9基因编辑技术、RNA测序、质谱流式细胞术	NA	RNA	小鼠肉瘤样本
109	2024-09-21	Ancient origin of the rod bipolar cell pathway in the vertebrate retina 2024-Jun, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-024-02404-w PMID:38627529	研究论文	本文研究了脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的古老起源	发现哺乳动物的初级杆状通路在斑马鱼中得以保存，并揭示了该通路的细胞类型和电路设计在辐鳍鱼和哺乳动物分化之前就已经出现	NA	探讨脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的起源和进化	斑马鱼和哺乳动物的杆状双极细胞及其下游电路	NA	NA	单细胞RNA测序、电生理学、组织学和超微结构重建	NA	RNA序列	NA
110	2024-09-15	Single-cell sequencing revealed metabolic reprogramming and its transcription factor regulatory network in prostate cancer 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101925 PMID:38447277	研究论文	研究利用单细胞测序技术揭示了前列腺癌中的代谢重编程及其转录因子调控网络	首次通过单细胞测序技术全面分析了前列腺癌中代谢变化及其转录因子调控网络，并发现了抑制剂Betulin在抑制前列腺癌生长中的潜在治疗作用	NA	研究前列腺癌中的代谢重编程变化并识别潜在的治疗靶点	前列腺癌及其良性前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	多种前列腺癌亚型及良性前列腺组织样本
111	2024-09-14	Adaptive digital tissue deconvolution 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae263 PMID:38940181	研究论文	本文提出了一种名为自适应数字组织解卷积（ADTD）的新方法，用于从批量和空间转录组数据中估计预选细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献	ADTD方法通过适应细胞的分子环境来调整原型参考配置文件，从而进一步解析从批量转录组数据中细胞类型特异性基因调控	ADTD方法依赖于训练数据，这些数据可能无法捕捉到转录组分析中遇到的所有生物多样性	开发一种新的计算方法，以改进从批量和空间转录组数据中推断细胞组成的过程	从批量转录组数据中估计细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献	机器学习	乳腺癌	NA	NA	转录组数据	涉及乳腺癌患者的批量转录组数据
112	2024-09-14	A count-based model for delineating cell-cell interactions in spatial transcriptomics data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae219 PMID:38940134	研究论文	本文介绍了一种基于计数的模型Copulacci，用于从空间转录组数据中推断细胞间相互作用	Copulacci使用高斯copula模型来处理低转录本计数的问题，并能有效推断出低表达的生物学上有意义的配体-受体相互作用	NA	开发一种新的方法来推断空间转录组数据中的细胞间相互作用	空间转录组数据中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学	高斯copula模型	转录组数据	NA
113	2024-09-14	Accurate assembly of multiple RNA-seq samples with Aletsch 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae215 PMID:38940157	研究论文	本文介绍了一种名为Aletsch的新型RNA-seq样本组装工具，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接	Aletsch引入了多种算法创新，包括一个“桥接”系统，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接，并利用多个样本的“支持”信息来指导复杂顶点的分解	NA	开发一种能够准确组装多个RNA-seq样本的新方法	RNA-seq数据中的全长度转录本	生物信息学	NA	RNA-seq	随机森林模型	RNA-seq数据	多个RNA-seq样本，包括bulk和单细胞RNA-seq数据
114	2024-09-14	Joint inference of cell lineage and mitochondrial evolution from single-cell sequencing data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae231 PMID:38940122	研究论文	本文提出了一种从单细胞测序数据中联合推断细胞谱系和线粒体进化的方法	本文首次将线粒体异质性纳入细胞谱系树的推断中，并提出了Nested Perfect Phylogeny Mixture (NPPM)问题及其解决方案MERLIN算法	本文仅在模拟数据和胃癌细胞系数据上验证了方法的有效性，尚未在其他类型的细胞或疾病中进行广泛验证	开发一种能够从单细胞测序数据中同时推断细胞谱系和线粒体进化的方法	胃癌细胞系的单细胞测序数据	生物信息学	胃癌	单细胞测序	混合整数线性规划	基因组数据	5220个细胞
115	2024-09-14	SPRITE: improving spatial gene expression imputation with gene and cell networks 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae253 PMID:38940132	研究论文	本文介绍了一种名为SPRITE的元算法，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，改进现有方法的空间基因表达预测	SPRITE算法利用了空间转录组学中的丰富空间和基因关系信息，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，提高了基因表达预测的准确性	NA	改进空间基因表达预测算法，以解决当前技术在单细胞分辨率下测量基因数量有限的局限性	空间转录组学数据中的基因表达预测	生物信息学	NA	空间转录组学	元算法	基因表达数据	多个空间转录组学数据集
116	2024-09-14	scGrapHiC: deep learning-based graph deconvolution for Hi-C using single cell gene expression 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae223 PMID:38940151	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的图解卷积框架scGrapHiC，用于利用单细胞基因表达数据预测伪批量scHi-C接触图	scGrapHiC通过图解卷积从批量Hi-C接触图中提取全基因组单细胞相互作用，并使用scRNA-seq作为指导信号，显著提高了细胞类型特异性拓扑关联域的恢复率	NA	开发一种新的方法，利用广泛可用的基因组信号生成细胞类型特异性的scHi-C接触图，以研究细胞类型特异性的染色质相互作用	单细胞Hi-C数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	深度学习	图解卷积	基因组数据	七个细胞类型共检测数据集
117	2024-09-14	Forseti: a mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae207 PMID:38940130	研究论文	本文开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定单细胞RNA测序读取的剪接状态	Forseti模型通过结合绑定亲和力模型和稳健的片段长度分布模型，能够概率性地分配剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度	NA	开发一种能够准确预测单细胞RNA测序读取剪接状态的模型	单细胞RNA测序数据中的剪接状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	预测模型	RNA测序数据	NA
118	2024-09-14	Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation 2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae339 PMID:38806165	研究论文	本文介绍了一种基于路径的异构图学习方法Impeller，用于空间转录组数据的基因插补	Impeller通过构建包含空间接近和表达相似性两种边的异构图，同时建模空间维度的平滑基因表达变化和远距离相同类型细胞的相似基因表达特征，并引入可学习的路径操作符避免传统拉普拉斯矩阵的过度平滑问题	NA	解决现有空间转录组数据插补方法需要额外匹配的单细胞RNA测序数据或忽略空间接近或表达相似性信息的问题	空间转录组数据的基因插补	机器学习	NA	异构图学习	图神经网络	空间转录组数据	来自三个流行平台和两种物种的多样化数据集
119	2024-09-14	HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data 2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae343 PMID:38837395	研究论文	本文提出了一种基于多任务学习的图像到RNA翻译方法HE2Gene，用于空间转录组数据	HE2Gene是首个能够预测数万个点级基因表达并结合病理注释的多任务学习方法	现有计算工具仅限于预测少数基因，且大多数方法设计用于批量RNA-seq	探索组织形态与基因表达之间的定量联系	H&E染色图像和空间转录组数据	数字病理学	NA	多任务学习	NA	图像	NA
120	2024-09-14	scCross: efficient search for rare subpopulations across multiple single-cell samples 2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae371 PMID:38889273	研究论文	本文介绍了一种名为scCross的双聚类方法，用于在多个单细胞样本中高效搜索稀有亚群	scCross通过全局求和准则而非个体细胞间的成对比较，联合识别具有特定标记基因的细胞群，从而在处理scRNA-seq数据的高变异性和批次效应时表现出鲁棒性	NA	旨在解决在聚合多个单细胞样本时，由于批次效应导致的稀有细胞类型识别困难的问题	单细胞RNA测序数据中的稀有细胞亚群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	双聚类方法	单细胞RNA测序数据	多个单细胞样本，包括肺癌细胞和人类胰腺样本