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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083
PMID:38781077
|
研究论文 | 提出一种基于单细胞RNA测序的转录组熵值评分协议,用于量化干细胞来源的心肌细胞成熟度 | 开发了基于单细胞RNA测序的熵值评分指标来量化心肌细胞成熟度,为评估干细胞分化效率提供了新工具 | 协议依赖于特定的R代码实现,可能需要一定的生物信息学技能 | 建立量化干细胞来源心肌细胞成熟度的标准化方法 | 多能干细胞来源的心肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-06 |
A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067
PMID:38748883
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研究论文 | 提出一种基于动态批处理对抗自编码器的深度学习框架,用于单细胞RNA测序数据的去噪和排序 | 开发了动态批处理对抗自编码器(DB-AAE),结合对抗训练和动态批处理技术改进单细胞RNA测序数据的去噪效果 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪音问题,提高数据质量 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器(AAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging
2024-Jun-06, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013
PMID:38714197
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术绘制人类骨髓微环境的细胞生物地理图谱 | 首次整合单细胞RNA测序和CODEX空间成像技术,系统揭示人类骨髓非造血细胞的异质性及其空间组织模式 | 样本数量有限,主要关注非造血细胞,对某些稀有细胞亚型的覆盖可能不足 | 解析人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间分布特征 | 人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, CODEX成像 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质空间成像数据 | 82,742个单细胞(29,325个非造血细胞 + 53,417个造血细胞),超过120万个细胞的空间成像 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | CODEX(共检测索引)技术用于空间细胞分析 |
| 104 | 2025-10-06 |
Metabolic regulator ERRγ governs gastric stem cell differentiation into acid-secreting parietal cells
2024-Jun-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.04.016
PMID:38733994
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研究论文 | 本研究揭示了代谢调节因子ERRγ在胃干细胞分化为泌酸壁细胞过程中的关键调控作用 | 首次发现ERRγ作为壁细胞分化的关键调节因子,并系统描绘了壁细胞分化的分子、细胞和超微结构阶段 | 研究主要基于小鼠模型和人类胃细胞,临床转化需要进一步验证 | 阐明胃壁细胞分化的分子机制 | 小鼠模型和人类胃细胞 | 细胞生物学 | 胃部疾病 | scRNA-seq, 谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-06 |
Defining mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived suppressor cells using single-cell transcriptomics
2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.04.026
PMID:38627968
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析间充质干细胞诱导的髓源性抑制细胞特征 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析MSC诱导的MDSCs转录谱,并鉴定CSF-1R作为关键表面标志物 | RELM-γ在MDSCs免疫抑制功能中的具体作用机制尚未明确 | 阐明间充质干细胞诱导髓源性抑制细胞的分子特征和免疫调节功能 | 小鼠骨髓来源的CD11b+Ly6C+免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 自身免疫性葡萄膜视网膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2025-10-06 |
Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection
2024-Jun-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009
PMID:38417436
|
研究论文 | 通过单核RNA测序比较常染色体显性阿尔茨海默病与散发性阿尔茨海默病的细胞类型特异性差异 | 首次在单细胞水平揭示ADAD与散发性AD的转录组差异,发现自噬基因和分子伴侣在ADAD中的特异性激活 | 样本量较小(27例),需要更大规模研究验证发现 | 探索常染色体显性阿尔茨海默病与散发性阿尔茨海默病的分子机制差异 | 人脑组织样本 | 单细胞基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 27例病例(包括PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组) | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 107 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells
2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009
PMID:38795702
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 108 | 2025-10-06 |
The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596699
PMID:38895305
|
研究论文 | 本研究探讨自体造血干细胞移植作为难治性克罗恩病细胞疗法的免疫修复机制 | 首次通过高维细胞表型分析和功能研究揭示干细胞移植通过重建肠道巨噬细胞促进黏膜愈合的机制 | 样本量有限,需要更大规模研究验证HSC异质性对移植结果的影响 | 阐明干细胞移植治疗难治性克罗恩病的免疫修复机制 | 难治性克罗恩病患者的外周血、肠道组织样本和干细胞移植物 | 免疫学 | 克罗恩病 | 质谱流式细胞技术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体(TCR)测序, 流式细胞术 | 异种移植模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 基因组数据 | 难治性克罗恩病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞技术 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-06 |
Human pluripotent stem cell-derived kidney organoids reveal tubular epithelial pathobiology of heterozygous HNF1B-associated dysplastic kidney malformations
2024-06-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.04.011
PMID:38788724
|
研究论文 | 本研究通过人类多能干细胞衍生的肾脏类器官揭示HNF1B杂合突变导致肾发育不良的肾小管上皮病理机制 | 首次利用CRISPR-Cas9基因编辑技术构建HNF1B杂合突变肾脏类器官模型,发现谷氨酸能信号通路在肾脏发育中的新作用 | 类器官模型可能无法完全模拟体内肾脏发育的复杂性 | 研究HNF1B杂合突变导致肾发育不良的病理机制 | 人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 发育生物学 | 肾发育不良 | CRISPR-Cas9基因编辑, RNA测序 | 肾脏类器官模型 | 基因表达数据 | 来自HNF1B相关肾发育不良家族的iPSCs和基因编辑的ESCs | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-06 |
The Contribution of Meckel's Cartilage-Derived Type II Collagen-Positive Cells to the Jawbone Development and Repair
2024-Jun-05, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241259059
PMID:38836522
|
研究论文 | 本研究揭示了源自米克尔软骨的II型胶原阳性细胞在下颌骨发育和修复中的关键作用 | 首次发现II型胶原阳性细胞来源于原始米克尔软骨,并在胚胎期和出生后阶段均参与下颌骨成骨过程 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究II型胶原阳性细胞在下颌骨发育和修复中的具体作用机制 | 小鼠下颌骨组织 | 发育生物学 | 骨骼发育异常 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,他莫昔芬诱导CreER系统 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 胚胎期10.5天小鼠下颌骨 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-06 |
Multi-omic profiling reveals potential biomarkers of hepatocellular carcinoma prognosis and therapy response among mitochondria-associated cell death genes in the context of 3P medicine
2024-Jun, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-024-00362-8
PMID:38841626
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析构建了基于线粒体相关细胞死亡基因的肝细胞癌预后预测模型 | 开发了整合10种机器学习算法和67种组合的共识线粒体细胞死亡指数(MCDI),首次在3P医学框架下系统评估线粒体细胞死亡基因在肝细胞癌中的预后和治疗反应预测价值 | 需要进一步的大规模临床验证来确认模型的普适性 | 构建肝细胞癌预后和治疗反应预测模型以支持预测性、预防性和个性化医学策略 | 肝细胞癌患者及其相关基因表达数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学分析、RT-qPCR、western blotting、免疫组织化学染色 | 集成机器学习算法 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 训练队列、验证队列和内部临床队列 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 112 | 2025-10-06 |
The diversification of methods for studying cell-cell interactions and communication
2024-Jun, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00685-8
PMID:38238518
|
综述 | 本文探讨细胞间相互作用研究方法的最新进展和工具多样化 | 重点关注下一代计算工具的演变,能够处理细胞异质性、空间组织和复杂数据集 | NA | 推动细胞间相互作用和通讯研究的发展 | 细胞间分子相互作用和通讯机制 | 生物信息学 | NA | 转录组学,单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 转录组数据,单细胞数据,空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 113 | 2025-10-06 |
Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition
2024-Jun, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.10.040
PMID:38157930
|
研究论文 | 本研究通过多组学和空间转录组学分析,揭示了基底细胞痣综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转化获得SMO抑制剂耐药性的机制 | 首次发现Gorlin综合征肿瘤可通过基底细胞向鳞状细胞癌转化获得SMO抑制剂耐药性,并鉴定出PCYT2、ETNK1和磷脂酰乙醇胺生物合成途径作为该耐药性的遗传抑制因子 | 基于单个病例研究,样本量有限,需要更多病例验证 | 探究Gorlin综合征患者长期SMO抑制剂治疗后产生耐药性的分子机制 | 基底细胞痣综合征(Gorlin综合征)患者的SMO抑制剂耐药性肿瘤 | 数字病理学 | 基底细胞癌 | 多组学分析, 空间转录组学, 空间全外显子组基因组分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | 1例Gorlin综合征患者的耐药性肿瘤 | NA | 空间转录组学, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 114 | 2025-10-06 |
Unique challenges and best practices for single cell transcriptomic analysis in toxicology
2024-Jun, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2024.100475
PMID:38645720
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综述 | 探讨毒理学中单细胞转录组学应用的独特挑战及最佳分析实践 | 系统阐述毒理学领域单细胞转录组分析的特有挑战并提出针对性解决方案 | NA | 提升单细胞转录组学在毒理学研究中的应用效果 | 毒理学研究中的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2025-10-06 |
Endothelial Cell Flow-Mediated Quiescence Is Temporally Regulated and Utilizes the Cell Cycle Inhibitor p27
2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320671
PMID:38602102
|
研究论文 | 本研究揭示了血流介导的内皮细胞静息状态具有时间调节特性,并发现细胞周期抑制剂p27在此过程中起关键作用 | 首次发现内皮细胞静息深度具有时间动态调节特性,并阐明p27通过HES1和ID3转录调控介导不同静息状态转换的机制 | 研究主要基于体外流动模型和模式生物,在人类生理环境中的验证仍需进一步研究 | 探究血流介导的内皮细胞静息状态的建立和维持机制 | 人原代内皮细胞、小鼠和斑马鱼内皮细胞 | 细胞生物学 | 血管功能障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因表达调控、体内细胞行为分析 | NA | 基因表达数据、细胞行为数据 | 原代内皮细胞、小鼠和斑马鱼模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-06 |
Performing Suction Blister Skin Biopsies
2024-Jun, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.1073
PMID:38924322
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研究论文 | 介绍一种替代传统皮肤活检的微创无疤痕皮肤采样方法——吸疱皮肤活检技术 | 提出使用负压和温和加热诱导吸疱的微创皮肤采样方法,无需麻醉且不留永久疤痕 | NA | 开发改进的皮肤组织采样技术 | 人体皮肤组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞培养 | NA | 细胞,蛋白质,代谢物 | 每个活检部位最多产生5个直径10mm的水疱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-06 |
IL-1β Inhibition Partially Negates the Beneficial Effects of Diet-Induced Atherosclerosis Regression in Mice
2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320800
PMID:38695167
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研究论文 | 本研究探讨IL-1β抑制对饮食诱导动脉粥样硬化消退的负面影响 | 首次揭示IL-1β在维持动脉粥样硬化斑块稳定性中的关键保护作用 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类中进行验证 | 探究降脂治疗中IL-1β对晚期动脉粥样硬化斑块组成和稳定性的调控机制 | Apoe-/-基因敲除小鼠的动脉粥样硬化病变 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,飞行时间细胞术,免疫染色,共聚焦显微镜 | 小鼠动脉粥样硬化模型 | 基因表达数据,图像数据 | Apoe-/-小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-06 |
Cellular-resolution gene expression mapping reveals organization in the head ganglia of the gastropod, Berghia stephanieae
2024-06, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25628
PMID:38852042
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和原位杂交链式反应技术,揭示了裸鳃类动物Berghia stephanieae头部神经节的细胞类型分子标记和空间组织 | 首次在裸鳃类动物中结合高通量单细胞RNA测序和原位杂交技术,识别并可视化神经元和胶质细胞的分子标记,揭示了神经节内和神经节间新的离散区域 | 研究仅针对特定物种Berghia stephanieae,结果可能无法直接推广到其他腹足类动物 | 建立腹足类动物神经系统的基本细胞组织结构与功能关系 | 裸鳃类动物Berghia stephanieae的头部神经节细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 原位杂交链式反应 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-06 |
Knocking down of Xkr8 enhances chemotherapy efficacy through modulating tumor immune microenvironment
2024-Jun, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2024.04.041
PMID:38685385
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研究论文 | 本研究通过敲低Xkr8基因增强化疗效果并调节肿瘤免疫微环境 | 首次在临床相关原位模型中评估Xkr8敲低联合化疗策略,并通过单细胞RNA测序阐明其作用机制 | 研究仅使用胰腺肿瘤模型,尚未在其他癌症类型中验证 | 评估Xkr8敲低联合化疗的抗肿瘤免疫反应增强效果 | 胰腺肿瘤模型中的肿瘤免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, siRNA敲低技术 | 原位肿瘤模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-10-06 |
Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease
2024-Jun, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-024-01158-6
PMID:38720063
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研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞来源的PAD4通过瓜氨酸化CKMT1加剧炎症性肠病黏膜炎症的分子机制 | 首次发现PAD4通过细胞外囊泡进入肠上皮细胞并瓜氨酸化CKMT1,破坏线粒体稳态和肠道屏障功能 | 研究主要基于DSS诱导的小鼠结肠炎模型,临床样本验证有限 | 阐明PAD4在炎症性肠病中的具体作用机制 | 小鼠结肠炎模型和IBD患者样本 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,底物瓜氨酸化定位分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | DSS诱导结肠炎小鼠模型和IBD患者临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |