单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-03-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文开发了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合空间转录组学数据中的分子信息和组织学图像的形态特征	iIMPACT方法通过AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间背景，识别和定义基于组织学的空间域，并检测特定域的差异表达基因，提高了准确性和可解释性	NA	提高空间转录组学数据的聚类分析准确性和可解释性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学分析	AI重建	图像和分子数据	NA
82	2025-03-29	FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium 2024-Jun-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174888 PMID:38916962	研究论文	本研究探讨了FGF受体在囊性纤维化（CF）气道上皮细胞衰老中的作用及其对粘液纤毛清除功能的影响	首次揭示了FGFR/MAPK p38信号通路在CF气道上皮细胞衰老中的关键作用，并提出了通过抑制FGFRs来改善粘液纤毛功能障碍的新治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CF气道上皮细胞衰老的分子机制及其对疾病进展的影响	非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系、Cftr基因敲除大鼠	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及人原代细胞、细胞系和动物模型
83	2025-03-25	Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9173 PMID:38905344	研究论文	构建了跨物种的背根神经节和半月神经节细胞图谱，以促进不同研究和物种间细胞类型的比较	创建了一个协调的细胞图谱，涵盖了六个物种和31个数据集中的18种神经元和11种非神经元细胞类型，改进了稀疏神经元亚型的注释	研究中未明确指出样本量的具体限制，但跨物种比较可能存在生物学差异的挑战	比较不同物种间背根神经节和半月神经节细胞类型的转录组差异，为未来镇痛药物开发提供指导	背根神经节（DRG）和半月神经节（TG）的神经元和非神经元细胞	生物信息学	NA	单细胞/核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	六个物种的31个数据集，包括人类和蝾螈的DRG样本
84	2025-03-25	Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer 2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology IF:1.9Q3 DOI:10.1093/jjco/hyae033 PMID:38521965	review	本文综述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法，从传统病理学方法到人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术	介绍了使用人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术评估肿瘤浸润淋巴细胞的方法	传统方法在标准化方面存在限制，且无法预测免疫检查点抑制剂的反应	探讨乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其在个性化医疗中的应用	乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞	digital pathology	breast cancer	immunohistochemistry, flow cytometry, multi-omics analyses, single-cell analysis, spatial transcriptomics	NA	image, omics data	NA
85	2025-03-20	Single-Cell Sequencing Technology and Its Application in the Study of Central Nervous System Diseases 2024-Jun, Cell biochemistry and biophysics IF:1.8Q4 DOI:10.1007/s12013-023-01207-3 PMID:38133792	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术及其在中枢神经系统疾病研究中的应用	单细胞测序技术能够对混合细胞群体中的单个细胞进行精确分析，并从中枢神经系统的不同空间位置、时间阶段和细胞类型中收集细胞，从而发现与特定疾病相关的细胞亚群及其相关基因	NA	探索单细胞测序技术在中枢神经系统疾病研究中的应用	中枢神经系统中的细胞，包括神经元和胶质细胞（如星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞）	生物信息学	中枢神经系统疾病	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	NA
86	2024-08-07	Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/1673-5374.384067 PMID:37905887	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
87	2025-03-16	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	本文介绍了NS-Forest 4.0及其配套Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因	NS-Forest 4.0通过模块化最终决策树步骤，能够比较用户定义标记基因与NS-Forest计算得出的标记基因的性能，并引入了On-Target Fraction指标来量化标记基因的特异性	NA	研究目的是从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因	研究对象是单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机森林	RNA测序数据	数百万个细胞
88	2025-03-16	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本文通过局部递送血管生成因子来刺激临界尺寸骨缺损中的骨再生	创新性地将电纺PCL纤维与携带Spp1和Cxcl12的电喷雾PLGA微球结合，实现了这些因子的逐步释放，从而恢复血管生成并加速骨再生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	解决临界尺寸骨缺损的复杂修复过程，促进骨再生	临界尺寸骨缺损的小鼠模型	生物医学工程	骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
89	2025-03-15	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性，并探讨了其在特发性肺纤维化（IPF）患者中的应用	通过单细胞RNA测序数据集分析，发现CMKLR1在特发性肺纤维化患者中单核细胞来源的巨噬细胞（MDMφ）中表达，并验证了其在肺纤维化小鼠模型中的靶向成像潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	探索CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的潜力，用于特发性肺纤维化的风险分层和治疗监测	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描（PET）	小鼠模型	RNA测序数据、成像数据	特发性肺纤维化患者和小鼠模型
90	2025-03-14	Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.17.599411 PMID:38948715	研究论文	本文研究了特发性肺纤维化（IPF）中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制，揭示了细胞连接成分的下调、上皮-间质转化特征的上升以及基底膜基质的失调	首次描述了IPF患者中远端细支气管上皮细胞脱屑的病理现象，并通过空间转录组学和空间蛋白质组学揭示了其机制	研究样本量未明确说明，且未涉及其他类型肺纤维化的比较	探讨特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制及其对疾病进展的影响	特发性肺纤维化患者和健康对照者的远端细支气管上皮细胞和基底膜	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明
91	2025-03-13	Machine learning identifies activation of RUNX/AP-1 as drivers of mesenchymal and fibrotic regulatory programs in gastric cancer 2024-06-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278565.123 PMID:38777607	研究论文	本研究利用ATAC-seq和RNA-seq数据，通过机器学习方法识别了胃癌中调控间质和纤维化程序的关键转录因子	首次使用机器学习方法结合ATAC-seq和RNA-seq数据，系统地识别了胃癌中间质和上皮状态的调控转录因子，并揭示了DNA拷贝数变异对这些转录因子的影响	研究主要基于细胞系和原发肿瘤数据，未涉及更多临床样本的验证	探索胃癌中间质和上皮状态的调控机制，识别关键转录因子及其在胃癌异质性和进展中的作用	胃癌细胞系和原发肿瘤	机器学习	胃癌	ATAC-seq, RNA-seq	机器学习	基因表达数据, 表观基因组数据	多个胃癌细胞系和原发肿瘤样本
92	2025-03-13	Human inherited PD-L1 deficiency is clinically and immunologically less severe than PD-1 deficiency 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231704 PMID:38634869	研究论文	本文报道了两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹，该变异导致PD-L1功能丧失，并探讨了PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	首次报道了人类遗传性PD-L1缺乏的临床和免疫学特征，并与PD-1缺乏进行了对比，揭示了PD-L1缺乏不会导致致命性自身免疫病	研究样本量较小，仅涉及两名患者，可能限制了结果的普遍性	探讨PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹	免疫学	1型糖尿病	流式细胞术免疫表型分析、单细胞RNA测序	NA	血液白细胞	两名患者
93	2025-03-10	[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing] 2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20231102-00234 PMID:38808420	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化，探讨其与认知障碍之间的潜在关联	首次使用单细胞RNA测序技术研究牙周炎小鼠脑膜的生物学变化及其与认知障碍的关系	样本量较小，仅使用小鼠模型，未涉及人类样本	探讨牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性	牙周炎小鼠的脑膜组织和认知功能	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	30只C57BL/6小鼠（15只对照组，15只实验组）
94	2025-02-28	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	研究论文	本文介绍了一种名为SIMS的低代码、数据高效的单细胞RNA分类管道，用于自动化细胞标记	SIMS是一种可扩展、可解释的机器学习工具，能够在少量训练数据（<3,500个细胞）下实现高精度的细胞分类，并揭示神经元分化过程中的遗传变化	NA	开发一种高效的单细胞RNA分类工具，用于自动化细胞标记	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	不同组织和物种的数据集，包括大脑和皮质类器官的单细胞RNA数据集
95	2025-02-21	Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis 2024-Jun-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn5228 PMID:38941469	研究论文	本文研究了肝星状细胞（HSCs）中的糖酵解如何通过组织区域特异性途径协调纤维化的放大	揭示了HSCs中糖酵解通过增强组蛋白3赖氨酸9乙酰化促进EV释放的机制，并发现糖酵解缺陷小鼠的EV能够抑制肝纤维化的放大	未明确糖酵解调控EV释放的具体分子机制，且未涉及其他潜在调控途径	探讨HSCs中糖酵解在肝纤维化放大中的作用	肝星状细胞（HSCs）及其释放的纤维化纳米级细胞外囊泡（EVs）	细胞生物学	肝纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
96	2025-02-21	OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596831 PMID:38895453	研究论文	本文介绍了一种名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过使用由核心转录因子调控网络控制的随机微分方程系统，生成能够忠实模拟真实生物系统细胞状态转换的合成细胞	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	细胞状态转换	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程系统	单细胞RNA测序数据	小鼠骨髓祖细胞单细胞RNA测序数据集
97	2025-02-20	Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine 2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601271 PMID:38979337	研究论文	本文通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调节因子	通过单细胞RNA测序分析，识别了与细胞迁移相关的转录途径，并预测了年龄依赖性修复反应程序的上游调节因子，如CSF-1	研究机制尚不明确，且仅在猪模型中进行验证，未涉及人类样本	研究缺血损伤肠道中上皮修复的潜在调节机制，特别是年龄依赖性的修复反应	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞	单细胞转录组学	肠道缺血损伤	单细胞RNA测序	猪模型	RNA测序数据	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞
98	2025-02-20	Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598515 PMID:38915507	研究论文	本文研究了斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力及其在脊髓修复中的作用	发现斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力是其修复的关键，并通过跨物种比较识别了相关基因	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证	探讨脊髓损伤后免疫细胞的吞噬能力对修复的影响	斑马鱼和哺乳动物的脊髓损伤模型	生物医学	脊髓损伤	单细胞转录组学、诱导性基因敲除	NA	基因表达数据	NA
99	2025-02-16	Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596749 PMID:38854073	研究论文	本文研究了静水压力和剪切应力对内皮细胞（EC）响应的综合影响，揭示了压力在调节剪切应力诱导的信号传导中的剂量依赖性作用	开发了体外模型来研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应，并发现压力在调节剪切应力诱导的信号传导中具有剂量依赖性作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探讨静水压力和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响	内皮细胞	细胞生物学	血管疾病	RNA测序	体外模型	RNA测序数据	人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育样本
100	2025-02-13	Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity 2024-06-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114326 PMID:38848212	研究论文	本研究探讨了母体饮食诱导的肥胖对胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞转录组的影响，并发现它们具有共同的转录程序和反应	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞在母体肥胖条件下的共同转录变化，并提出了霍夫鲍尔细胞作为胎儿大脑小胶质细胞编程的非侵入性生物标志物的潜力	研究主要基于小鼠模型，尽管与人类数据集进行了比较，但仍需进一步验证其在人类中的适用性	探索母体肥胖对胎儿大脑小胶质细胞编程的影响，并寻找非侵入性生物标志物以早期识别易患神经发育障碍的后代	小鼠模型中的胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞	生物医学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型和人类数据集的比较