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当前共找到 542 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-01-14 |
A prognostic matrix gene expression signature defines functional glioblastoma phenotypes and niches
2024-Jun-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4541464/v1
PMID:38947019
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研究论文 | 本研究通过计算基因组学和蛋白质组学方法，分析胶质母细胞瘤中细胞外核心基质蛋白表达的功能和临床相关性，并开发了一个17基因的基质组表达特征用于患者分层 | 识别了基质蛋白表达特征，将胶质母细胞瘤分为高表达和低表达组，并发现该特征与患者生存、致癌改变、间充质状态及免疫检查点基因表达相关，且比MGMT启动子甲基化状态和经典亚型具有更强的预后价值 | 未明确说明样本量或数据来源的具体限制，可能依赖于现有数据库的覆盖范围和准确性 | 探究胶质母细胞瘤中细胞外核心基质蛋白表达的功能和临床意义，以改善患者分层和治疗策略优化 | 胶质母细胞瘤肿瘤组织 | 计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | 计算基因组学，蛋白质组学，单细胞转录组分析，空间解剖分析 | NA | 基因组数据，蛋白质组数据，单细胞转录组数据，空间解剖数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2026-01-14 |
Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing
2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597786
PMID:38895367
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研究论文 | 本研究通过绘制骨组织的体感传入神经回路，揭示了骨折愈合过程中神经源性营养信号的关键作用 | 首次系统性地绘制了长骨体感传入神经的神经解剖学回路，并发现神经元来源的FGF9是骨折修复的重要调节因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证；单细胞测序样本量相对有限 | 阐明骨骼伤害感受和再生过程中的精确神经解剖学回路及神经源性信号机制 | 小鼠长骨的体感背根神经节（DRG）传入神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆向标记技术，多组织相互作用分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 6,648个DRG神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-01-11 |
Clinically unfavorable transcriptome subtypes of non-WNT/non-SHH medulloblastomas are associated with a predominance in proliferating and progenitor-like cell subpopulations
2024-06-07, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02746-6
PMID:38847845
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研究论文 | 本研究通过反卷积分析揭示了非WNT/非SHH髓母细胞瘤中与临床预后相关的转录组亚型与肿瘤内细胞亚群组成的关联 | 首次将单细胞RNA-seq参考数据集应用于Grp3/Grp4髓母细胞瘤的批量RNA谱反卷积分析，揭示了亚组特异性肿瘤细胞亚群与临床预后的关联 | 研究为回顾性分析，需要未来研究验证所识别细胞亚群的预后和治疗作用，且未对每个SGS MB单独应用单细胞技术 | 探究非WNT/非SHH髓母细胞瘤亚组中细胞组成异质性与其临床-分子多样性及预后的关系 | 非WNT/非SHH（Grp3/Grp4）髓母细胞瘤样本及其八个第二世代亚组（SGS I-VIII） | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | RNA反卷积分析，单细胞RNA-seq | 反卷积分析模型 | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-01-04 |
Ultrasound Neuromodulation of an Anti-Inflammatory Pathway at the Spleen Improves Experimental Pulmonary Hypertension
2024-Jun-21, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323679
PMID:38712557
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研究论文 | 本研究探讨了通过无创聚焦超声刺激脾脏（sFUS）调节脾神经的抗炎神经免疫通路，以改善实验性肺动脉高压 | 首次将非侵入性聚焦超声神经调控应用于脾脏，通过调节抗炎通路改善肺动脉高压，并揭示了其剂量依赖性和持续效应 | 研究基于大鼠实验模型，尚未在人类中进行验证，且长期安全性和具体机制需进一步探索 | 研究sFUS通过神经免疫通路治疗肺动脉高压的疗效和机制 | 使用Sugen/缺氧和野百合碱模型诱导肺动脉高压的大鼠 | NA | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、超声心动图 | NA | 基因表达数据、细胞计数数据、组织学图像、血流动力学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2025-12-27 |
Practical considerations for machine learning-enabled discoveries in spatial transcriptomics
2024-Jun, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0050
PMID:41438128
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综述 | 本文讨论了机器学习在空间转录组学数据分析中的实际应用考虑因素 | 强调了机器学习工具在空间转录组学中的集成应用，并提供了选择合适工具以解决特定生物学问题的启发式方法 | 未涉及具体实验验证或详细技术比较，主要聚焦于概念性指导 | 提升对空间分子模式在健康和疾病中过程的基本理解，并指导机器学习工具的选择与应用 | 空间转录组学数据及其分析 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，多重免疫荧光 | NA | 空间分子成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2025-12-24 |
TrkA + sensory neurons regulate osteosarcoma proliferation and vascularization to promote disease progression
2024-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.20.599869
PMID:38979210
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研究论文 | 本研究揭示了表达TrkA的感觉神经元通过调节肿瘤微环境中的CGRP和VEGF信号通路，促进骨肉瘤的生长、血管化和疾病进展 | 首次发现肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中具有超越痛觉感知的调控功能，并证实通过抑制TrkA或使用局麻药脂质体可破坏肿瘤神经支配，从而抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的多组学分析仍需进一步验证；临床转化潜力有待后续研究确认 | 探究感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能及其分子机制 | 骨肉瘤（OS）小鼠模型、人类骨肉瘤骨样本、人类背根神经节神经元 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、多组学分析、化学遗传学方法 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 转基因小鼠模型及人类样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2025-12-24 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596749
PMID:38854073
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研究论文 | 本研究探讨了流体静压和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响，通过体外模型和转录组分析揭示了压力在血管发育和疾病中的协同作用 | 开发了体外模型以研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应，首次系统性地整合了流体静压与剪切应力在内皮细胞机械转导中的作用 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的血管环境；压力与剪切应力的相互作用机制仍需进一步探索 | 阐明流体静压和剪切应力在内皮细胞身份和功能中的综合作用，以更好地理解血管发育和疾病机制 | 人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育过程 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2025-12-18 |
Modifications of lipid pathways restrict SARS-CoV-2 propagation in human induced pluripotent stem cell-derived 3D airway organoids
2024-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.08.005
PMID:37557954
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研究论文 | 本研究利用人诱导多能干细胞衍生的3D气道类器官，揭示了脂质代谢途径的修饰如何通过影响ACE2受体的细胞内定位来限制SARS-CoV-2的传播 | 首次在模拟人类呼吸道生理的iPSC-AOs模型中，系统阐明了脂质代谢修饰（如他汀类药物）通过重定位ACE2受体来抑制多种SARS-CoV-2变异株进入和复制的机制 | 研究主要基于体外类器官模型，其在完全模拟体内复杂免疫环境和全身代谢相互作用方面存在局限 | 阐明脂质代谢修饰影响SARS-CoV-2感染的分子机制，探索针对宿主代谢的抗病毒替代策略 | 人诱导多能干细胞衍生的气道类器官（iPSC-AOs）及SARS-CoV-2病毒（包括野生型、Alpha、Delta、Omicron变异株） | 干细胞与类器官研究 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（ScRNAseq）、免疫荧光染色、生物信息学分析、假病毒实验 | 3D类器官模型 | 单细胞转录组数据、显微图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-12-03 |
GSK3β and UCHL3 govern RIPK4 homeostasis via deubiquitination to enhance tumor metastasis in ovarian cancer
2024-06, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03040-1
PMID:38664501
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研究论文 | 本研究揭示了GSK3β和UCHL3通过去泛素化调控RIPK4稳定性，从而促进卵巢癌转移的新机制 | 首次发现UCHL3作为关键去泛素酶调控RIPK4稳定性，并阐明GSK3β介导的磷酸化增强RIPK4与UCHL3互作，形成促进卵巢癌转移的新通路 | NA | 探究卵巢癌中RIPK4稳定性的调控机制及其在肿瘤转移中的作用 | 卵巢癌组织、细胞系及动物模型 | 肿瘤生物学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、去泛素化分析、磷酸化修饰研究 | NA | 测序数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2025-11-20 |
OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596831
PMID:38895453
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研究论文 | 介绍OneSC计算平台，用于通过随机微分方程系统模拟细胞状态转换 | 不同于现有网络推断方法，OneSC优先生成能够产生忠实细胞状态转换和稳定细胞状态的布尔网络 | NA | 开发计算平台以模拟细胞状态转换和细胞命运决策 | 小鼠骨髓祖细胞及其分化轨迹 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机微分方程系统，布尔网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2025-10-05 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598484
PMID:38915481
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研究论文 | 提出一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个转录组研究时检测多类别生物标志物 | 首次从信息论角度提出能够处理多类别设计的生物标志物检测方法，突破了现有方法仅限于两类别场景的限制 | NA | 开发一种能够整合多个组学研究并检测具有一致多类别表达模式的生物标志物的统计方法 | 转录组数据中的生物标志物 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 互信息统计框架 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2025-10-05 |
KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment
2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421
PMID:37851080
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌中的KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞及其对肿瘤微环境的影响 | 首次发现KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞具有独特的细胞因子谱，能够局部和系统性地调节髓系细胞浸润 | 样本量相对较小（18例PDAC样本），需要更大规模研究验证 | 表征胰腺导管腺癌中间亚型肿瘤细胞的特性及其在肿瘤微环境中的作用 | 人类PDAC样本、患者来源的PDAC类器官、匹配的血液和肿瘤样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 18例人类PDAC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 93 | 2025-10-05 |
Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae339
PMID:38806165
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研究论文 | 提出一种基于路径的异质图学习方法Impeller，用于空间转录组数据插补 | 构建包含空间邻近性和表达相似性两种边的异质图，通过可学习路径算子避免传统拉普拉斯矩阵的过平滑问题，同时建模短程和长程细胞间相互作用 | NA | 解决空间转录组数据中过度缺失值的问题，提高数据完整性和可解释性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | GNN（图神经网络） | 空间基因表达数据 | 来自三个流行平台和两个物种的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 94 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing reveals the impact of endothelial cell PIEZO1 expression on thoracic aortic aneurysm
2024-06, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.04.015
PMID:38718563
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示内皮细胞PIEZO1表达对胸主动脉瘤的影响 | 首次发现PIEZO1在胸主动脉瘤中表达降低，并证实其激动剂Yoda1可通过干预巨噬细胞浸润、细胞外基质降解和新血管形成抑制动脉瘤形成 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究PIEZO1在胸主动脉瘤发病机制中的作用 | 胸主动脉瘤患者样本和基因工程小鼠模型 | 单细胞生物学 | 胸主动脉瘤 | 单细胞测序，基因敲除模型，体内外药理学干预 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据，蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2025-10-05 |
Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-06, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008
PMID:38458319
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研究论文 | 本研究开发并表征了具有不同遗传驱动因素的免疫活性小鼠肝内胆管癌模型，揭示了肿瘤基因型与免疫微环境表型之间的相关性 | 首次开发了Fbxw7ΔF/Akt驱动的肝内胆管癌遗传小鼠模型，并系统比较了三种不同基因型模型的肿瘤免疫微环境特征和免疫治疗反应差异 | 研究基于小鼠模型，其临床转化价值需要进一步验证；样本规模相对有限 | 阐明胆管癌肿瘤免疫微环境特征，测试新型免疫治疗策略 | 肝内胆管癌小鼠模型和人类胆管癌患者队列 | 肿瘤免疫学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,CITE-seq,全外显子测序,批量RNA测序 | 小鼠遗传模型 | 基因组数据,转录组数据,单细胞数据 | 三种不同基因型的小鼠胆管癌模型 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 96 | 2025-10-05 |
SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics
2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597765
PMID:38895212
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研究论文 | 开发了一种名为SpotSweeper的空间转录组学质量控制方法 | 首次提出考虑空间位置信息的质量控制方法，能够识别局部异常值和区域伪影 | 仅使用公开数据进行验证，缺乏更广泛的数据集验证 | 开发专门针对空间转录组数据的质量控制方法 | 空间转录组数据中的低质量点和组织伪影 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 多尺度方法 | 空间转录组数据 | 公开数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium平台 |
| 97 | 2025-10-05 |
Cellular and transcriptional profiles of peripheral blood mononuclear cells pre-vaccination predict immune response to preventative MUC1 vaccine
2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.598031
PMID:38948837
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析疫苗接种前外周血单核细胞，预测MUC1预防性疫苗的免疫反应 | 首次在癌前病变人群中研究非病毒癌症疫苗，并通过单细胞分析发现免疫应答者的特定细胞类型和基因特征 | 样本量较小（16名应答者和16名无应答者），需要在更大规模研究中验证 | 评估MUC1肿瘤抗原疫苗的安全性和免疫原性，并寻找预测疫苗反应的生物标志物 | 有晚期结肠腺瘤病史的个体 | 单细胞测序分析 | 结肠腺瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 贝叶斯网络分析，差异基因表达分析 | 单细胞转录组数据 | 32名参与者（16名免疫应答者和16名无应答者） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2025-10-05 |
A single-cell and spatial RNA-seq database for Alzheimer's disease (ssREAD)
2024-Jun-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49133-z
PMID:38844475
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研究论文 | 介绍了一个专门用于阿尔茨海默病的单细胞和空间RNA-seq数据库ssREAD | 提供了更广泛的AD相关数据集、优化的分析流程和改善的可用性，整合了大量单细胞和空间转录组数据 | NA | 解决阿尔茨海默病研究中单细胞和空间转录组数据缺乏综合性用户友好存储库的问题 | 阿尔茨海默病患者和模型动物的脑组织样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA测序数据,空间转录组数据 | 1,053个样本（277个整合数据集）包含7,332,202个细胞，以及381个空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 99 | 2025-10-05 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 引入On-Target Fraction指标量化标记基因特异性，改进算法以识别密切相关的细胞类型间高选择性表达模式的标记基因组合 | NA | 开发可扩展的数据驱动解决方案，识别最小必要且充分的标记基因组合以实现细胞类型分类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 数百万细胞的大规模单细胞RNA测序图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2025-10-06 |
Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis
2024-Jun-21, Biology
DOI:10.3390/biology13070461
PMID:39056656
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的作用 | 首次在EoE中鉴定出至少两个功能不同的成纤维细胞亚群F_A和F_B，并揭示F_B亚群通过ECM-受体信号在细胞通讯中起主导作用 | 研究基于公开数据库数据，样本来源有限；IL13处理的成纤维细胞培养模型可能无法完全模拟体内复杂环境 | 阐明嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管活检组织样本和IL13处理的成纤维细胞培养物 | 单细胞生物学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开数据库GSE201153中的EoE食管活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |