单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 553 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-12-13 |
Intrinsic Gata4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model
2024-Jun-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4420617/v1
PMID:38883722
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研究论文 | 研究探讨了Loeys-Dietz综合征小鼠模型中主动脉根部扩张的分子机制 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了LDS小鼠主动脉平滑肌细胞的异质性，并发现Gata4表达的VSMC在主动脉根部表现出较低的分化状态和促炎性特征 | 研究仅限于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未在人类患者中进行验证 | 识别Loeys-Dietz综合征中主动脉根部易扩张的分子决定因素 | Loeys-Dietz综合征小鼠模型的主动脉平滑肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | LDS小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据 |
| 82 | 2024-12-13 |
Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
2024-Jun-03, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0913
PMID:38416133
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研究论文 | 研究分析了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的特征，特别是CD8+ T细胞的克隆扩展和效应功能 | 揭示了GBM中肿瘤浸润的CD8+ T细胞主要为克隆扩展的GZMK+效应T细胞，且缺乏典型的耗竭CD8+ T细胞群体 | 研究样本量较小，仅包括15名高级别胶质瘤患者 | 探讨GBM中TIL的特征及其在免疫治疗中的潜在意义 | 胶质母细胞瘤（GBM）和高级别胶质瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL） | NA | 脑癌 | 单细胞RNA测序和配对的V(D)J测序 | NA | 转录组 | 15名高级别胶质瘤患者 |
| 83 | 2024-12-12 |
Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood
2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfae047
PMID:38648751
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研究论文 | 本文研究了早期生命暴露于BDE-99对雄性小鼠肠道-肝脏轴的长期影响，揭示了其促进炎症代谢特征的机制 | 首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对雄性小鼠在成年后期肠道-肝脏轴的基因表达和细胞间通讯的重新编程，并探讨了肠道微生物群在这一过程中的必要性 | 研究仅限于雄性C57BL/6小鼠，未探讨雌性或其他品系小鼠的影响 | 探讨新生儿期BDE-99暴露对成年后期雄性小鼠肠道-肝脏轴的长期影响及其机制 | 雄性C57BL/6小鼠 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 雄性C57BL/6小鼠，从出生后第2-4天开始每天口服暴露于玉米油或BDE-99，持续至15个月龄 |
| 84 | 2024-12-12 |
Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis
2024-Jun-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49037-y
PMID:38876998
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研究论文 | 研究探讨了牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系，通过单细胞RNA测序和空间解析技术揭示了牙龈相关角质形成细胞的变化及其与免疫细胞的相互作用 | 首次整合了单细胞RNA测序和单细胞微生物组学数据，揭示了牙周炎中角质形成细胞的特异性变化及其与微生物和免疫细胞的相互作用 | 研究结果需要进一步验证以支持精准牙周干预措施 | 探讨牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系，揭示角质形成细胞在健康和疾病状态下的变化 | 牙周炎中的牙龈相关角质形成细胞（SK/JKs）及其与微生物和免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞微生物组学、荧光原位杂交、高多重免疫荧光 | NA | 单细胞RNA数据、微生物组数据、图像 | 34个样本，105918个细胞 |
| 85 | 2024-12-11 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598484
PMID:38915481
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研究论文 | 提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于检测多类生物标志物，并整合多个bulk或单细胞转录组学研究 | 创新点在于提出了MICA方法，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究 | 文章未提及具体的局限性 | 旨在开发一种新的统计方法，用于检测多类生物标志物并整合多个转录组学研究 | 研究对象包括来自多个疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本，以及单细胞RNA-Seq数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多个研究的数据集，具体样本量未详细说明 |
| 86 | 2024-12-08 |
CAraCAl: CAMML with the integration of chromatin accessibility
2024-Jun-13, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05833-3
PMID:38872103
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAraCAl的生物信息学方法，用于在scATAC-seq数据上进行细胞类型注释 | CAraCAl通过整合染色质可及性数据，改进了CAMML方法，使其能够更有效地处理scATAC-seq数据 | 当scRNA-seq数据存在时，CAraCAl的性能并未超过CAMML，仅在仅有scATAC-seq数据时表现较好 | 开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型 | scATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 87 | 2024-12-08 |
scDMAE: A Generative Denoising Model Adopted Mask Strategy for scRNA-Seq Data Recovery
2024-06, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3383921
PMID:38568766
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDMAE的生成去噪模型，采用掩码策略用于单细胞RNA测序数据的恢复 | scDMAE模型融合了基因表达特征和拓扑特征，使用带有掩码策略的自编码器来建模丢失事件并分离潜在噪声，结合原始数据恢复真实的生物表达值 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的去噪和恢复准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 多种类型的单细胞RNA测序数据集 |
| 88 | 2024-12-02 |
Identification of lipid metabolism-related gene signature in the bone marrow microenvironment of multiple myelomas through deep analysis of transcriptomic data
2024-Jun-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01398-w
PMID:38916672
|
研究论文 | 通过深度分析转录组数据，识别多发性骨髓瘤骨髓微环境中与脂质代谢相关的基因特征 | 本研究通过分析多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据，识别出与脂质代谢相关的基因，并构建了预测模型，揭示了脂质代谢相关基因在骨髓微环境中的作用及其对患者生存状态、免疫状态和免疫治疗反应的影响 | 研究主要基于测序数据，未涉及临床试验验证，且样本量相对较小 | 探讨脂质代谢相关基因在多发性骨髓瘤骨髓微环境中的作用机制及其对患者预后的影响 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓微环境及脂质代谢相关基因 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 涉及多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据，具体样本数量未明确提及 |
| 89 | 2024-12-02 |
Revolutionary multi-omics analysis revealing prognostic signature of thyroid cancer and subsequent in vitro validation of SNAI1 in mediating thyroid cancer progression through EMT
2024-Jun-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01387-z
PMID:38869635
|
研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了甲状腺癌的预后特征，并在体外验证了SNAI1通过EMT介导甲状腺癌进展的作用 | 开发了一种基于多组学数据的共识机器学习驱动的预后模型（CMLS），并验证了其在甲状腺癌患者预后预测中的优越性 | NA | 开发一种基于多组学数据的预后模型，以准确预测甲状腺癌患者的预后 | 甲状腺癌患者的预后特征及SNAI1在甲状腺癌进展中的作用 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、甲基化芯片数据、基因突变数据 | 机器学习模型 | 基因表达数据、lncRNA表达数据、miRNA表达数据、甲基化数据、基因突变数据、临床数据 | 2种未分化甲状腺癌细胞系、1种乳头状甲状腺癌细胞系 |
| 90 | 2024-11-27 |
CD4+ T cells display a spectrum of recall dynamics during re-infection with malaria parasites
2024-Jun-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49879-6
PMID:38944658
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研究论文 | 研究了在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应动态 | 首次详细描述了在再次感染疟原虫时，不同CD4 T细胞亚群的回忆反应多样性，并提供了用于研究基因表达动态和克隆关系的图形用户界面 | 研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不完全适用于人类 | 探讨在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应及其多样性 | CD4+ T细胞及其在再次感染疟原虫时的反应 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体测序（TCR-seq）和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 老鼠模型中的CD4+ T细胞 |
| 91 | 2024-11-27 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601229
PMID:38979200
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研究论文 | 开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长和免疫细胞暴露后的转录适应性 | 首次使用BaSSSh-seq方法捕捉生物膜转录异质性和对免疫压力的不同反应 | NA | 研究生物膜内细菌亚群的转录异质性和对免疫压力的适应性 | 细菌生物膜及其对免疫细胞暴露的转录反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 92 | 2024-11-22 |
Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses
2024-06-20, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00638-0
PMID:38902839
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研究论文 | 本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架，用于单细胞RNA测序分析，以提高识别差异表达基因的能力 | 提出了贝叶斯-频率主义混合框架，相比其他单细胞差异表达方法，在考虑FDR和功效时表现更优 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯-频率主义混合框架 | 基因表达数据 | NA |
| 93 | 2024-11-22 |
TDP2 is a regulator of estrogen-responsive oncogene expression
2024-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcae016
PMID:38596431
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研究论文 | 研究了TDP2在雌激素诱导的转录组中的作用，特别是其对TOP2依赖的转录调控的影响 | 揭示了TDP2在雌激素诱导的转录调控中的新作用，特别是在修复TOP2引起的断裂中的作用 | 研究主要集中在TDP2缺陷细胞和老鼠模型上，可能需要进一步验证在其他模型中的适用性 | 探讨TDP2在雌激素受体诱导的转录调控中的作用 | TDP2在雌激素诱导的转录调控中的作用及其对特定致癌基因表达的调控 | NA | NA | RNA-seq | NA | RNA | TDP2缺陷细胞和老鼠模型 |
| 94 | 2024-11-20 |
Development of a Spectral Flow Cytometry Analysis Pipeline for High-Dimensional Immune Cell Characterization
2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599633
PMID:38948780
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研究论文 | 本文开发了一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析管道 | 引入了一种新的分析管道，改进了光谱流式细胞术数据的分析，并将其应用于识别衰老中的稀有T细胞群体 | NA | 开发和验证一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析方法 | 年轻和老年雌性小鼠的脾细胞中的T细胞群体 | 生物信息学 | NA | 光谱流式细胞术 | NA | 细胞数据 | 11个脾脏中的3,776,804个T细胞 |
| 95 | 2024-11-20 |
Sex differences and immune correlates of Long COVID development, persistence, and resolution
2024-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.18.599612
PMID:38948732
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研究论文 | 研究探讨了性别差异对长新冠（Long COVID）发展和持续的影响，并分析了相关的免疫机制 | 首次系统地研究了性别特异性免疫失调在长新冠发病机制中的作用，并发现了与长新冠相关的多个免疫途径 | 样本量较小，仅包括45名患者，可能限制了结果的普适性 | 探讨性别差异对长新冠发展和持续的影响及其免疫机制 | 急性SARS-CoV-2感染和感染后3个月及12个月的血液样本 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学和血浆蛋白质组学 | NA | 血液样本 | 45名患者 |
| 96 | 2024-11-14 |
Metabolic regulator ERRγ governs gastric stem cell differentiation into acid-secreting parietal cells
2024-Jun-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.04.016
PMID:38733994
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研究论文 | 研究揭示了代谢调节因子ERRγ在胃干细胞向壁细胞分化中的作用 | 首次识别了从峡部干细胞产生的壁细胞前体，并展示了ERRγ在壁细胞分化过程中的关键作用 | NA | 阐明胃干细胞向壁细胞分化的机制 | 小鼠模型和人类胃细胞中的壁细胞前体 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 细胞 | 小鼠模型和人类胃细胞 |
| 97 | 2024-11-14 |
Differential CpG methylation at Nnat in the early establishment of beta cell heterogeneity
2024-Jun, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06123-6
PMID:38512414
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研究论文 | 研究探讨了Nnat基因在β细胞异质性早期建立中的差异CpG甲基化机制 | 首次揭示了Nnat基因的差异甲基化在β细胞异质性建立中的作用 | NA | 探讨β细胞异质性建立的分子机制 | 胰腺β细胞及其亚群 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、亲和纯化质谱分析、钙成像 | NA | RNA、蛋白质 | 转基因小鼠和db/db小鼠 |
| 98 | 2024-11-14 |
Cellular-resolution gene expression mapping reveals organization in the head ganglia of the gastropod, Berghia stephanieae
2024-06, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25628
PMID:38852042
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研究论文 | 本文通过结合高通量单细胞RNA测序和原位杂交链反应，在海蛞蝓Berghia stephanieae中识别和可视化了细胞类型的标记基因表达 | 首次在海蛞蝓中进行细胞分辨率的基因表达图谱绘制，揭示了神经元和胶质细胞的分子标记及其在神经节中的组织结构 | 仅限于海蛞蝓Berghia stephanieae，未涵盖其他软体动物 | 揭示软体动物神经系统中神经元和胶质细胞的基本细胞组织结构 | 海蛞蝓Berghia stephanieae的头部神经节 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、原位杂交链反应 | NA | 基因表达数据 | 多个神经元和胶质细胞样本 |
| 99 | 2024-11-13 |
Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing
2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597786
PMID:38895367
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研究论文 | 研究描述了在骨折愈合过程中，感觉神经元如何介导骨骼再生，并确定了神经源性信号在骨折修复中的关键作用 | 首次详细描述了感觉神经元在骨折愈合中的神经解剖学通路，并揭示了神经源性FGF9在骨折修复中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用可能受限 | 探讨感觉神经元在骨折愈合中的作用机制，并确定关键的神经源性信号 | 小鼠的长骨骨折及其愈合过程 | 神经科学 | 骨折 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 6648个背根神经节神经元 |
| 100 | 2024-11-11 |
Ephrin Forward Signaling Controls Interspecies Cell Competition in Pluripotent Stem Cells
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.02.597057
PMID:38895424
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研究论文 | 研究探讨了在小鼠和人类多能干细胞共培养中，Ephrin A配体在小鼠细胞中如何通过信号传导导致相邻的人类细胞死亡的机制 | 开发了一种跨物种细胞接触报告系统，揭示了Ephrin A配体在跨物种多能干细胞竞争中的关键作用 | NA | 阐明跨物种多能干细胞竞争在早期胚胎发生中的关键机制，并为在动物中生成人类化组织或器官开辟新途径 | 小鼠和人类多能干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |