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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-04-17 |
Large-scale neurophysiology and single-cell profiling in human neuroscience
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07405-0
PMID:38898291
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综述 | 本文探讨了大规模单细胞神经生理学、单细胞RNA测序和空间转录组学等技术在人类神经科学研究中的整合应用及其前景 | 提出了将清醒脑手术中切除的功能映射人脑组织进行体外培养,并进行多模态细胞与功能分析的工作流程,为理解人脑功能细胞架构提供了统一框架 | NA | 为人类神经科学研究提供一个统一框架,探索网络水平活动背后的细胞基础 | 人脑组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 神经像素技术, 体外组织长期培养 | NA | 神经生理学数据, 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2026-04-15 |
Hepatic organoids move from adolescence to maturity
2024-06, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15893
PMID:38451053
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综述 | 本文回顾了肝类器官作为研究工具的发展历程,并探讨了其在肝脏基础研究、药物发现与安全性测试以及疾病病理生物学理解三个领域的贡献 | 系统性地阐述了肝类器官从“青春期”向“成熟期”发展的关键路径,并前瞻性地指出了未来五年内单细胞RNA测序、CRISPR技术与类器官方法学改进相结合将带来的突破 | 未提供具体的实验数据或案例研究,主要基于现有文献和发展趋势进行评述 | 评估肝类器官作为研究工具的当前应用与未来潜力,推动其在肝脏疾病研究和治疗中的应用 | 肝类器官及其在肝脏研究中的应用 | 组织工程与疾病模型 | 肝脏疾病(包括肝纤维化) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR技术、类器官培养技术 | 类器官模型 | 综述性文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-04-14 |
DeepIMAGER: Deeply Analyzing Gene Regulatory Networks from scRNA-seq Data
2024-06-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14070766
PMID:39062480
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepIMAGER的先进计算工具,通过深度学习和数据整合来推断细胞特异性基因调控网络 | DeepIMAGER采用监督学习方法,将基因对的共表达模式转化为类图像表示,并整合转录因子结合信息进行模型训练,显著提高了基因调控网络推断的准确性和鲁棒性 | NA | 开发一种能够从单细胞RNA测序数据中准确推断细胞特异性基因调控网络的工具 | 基因调控网络,涉及多种细胞类型,包括多发性骨髓瘤树突状细胞 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | scRNA-seq, ChIP-seq | 深度学习 | 图像表示(由基因对共表达模式转化而来) | 六种细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-04-14 |
Exploring the Molecular Mechanism of Comorbidity of Type 2 Diabetes Mellitus and Colorectal Cancer: Insights from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation
2024-06-14, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14060693
PMID:38927096
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研究论文 | 本研究首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,探索2型糖尿病与结直肠癌共病的共享分子机制,并识别出核心共病基因EVPL和ENTPD3作为潜在的免疫生物标志物和药物靶点 | 首次整合bulk组学和单细胞测序验证来系统揭示T2DM与CRC共病的分子机制,识别出核心共病基因EVPL和ENTPD3,并发现ENTPD3阳性的癌症相关成纤维细胞亚群具有独特的肿瘤抑制特征和免疫治疗预测价值 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏体内外实验验证;样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探索2型糖尿病与结直肠癌共病的共享分子机制和免疫学基础 | 2型糖尿病和结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, Connectivity Map, 分子对接 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-04-11 |
Accurate Identification of Spatial Domain by Incorporating Global Spatial Proximity and Local Expression Proximity
2024-06-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14060674
PMID:38927077
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研究论文 | 本文提出了一种名为SECE的深度学习方法,用于准确识别空间转录组学数据中的空间域,通过整合全局空间邻近性和局部表达邻近性来优化组织微环境和生物功能分析 | SECE方法首次同时捕捉局部和全局空间关系,并利用表达相似性和空间相似性聚合信息,克服了现有方法仅基于局部或全局关系进行分割的局限性 | NA | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性,以更好地阐明组织微环境和生物功能 | 空间转录组学数据中的空间点(spots) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 空间转录组学数据 | 六个真实空间转录组学数据集,涵盖四个不同平台 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2026-04-11 |
MYCT1 controls environmental sensing in human haematopoietic stem cells
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07478-x
PMID:38839950
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研究论文 | 本研究揭示了MYCT1在调控人类造血干细胞内吞和环境感知中的关键作用,以维持干细胞特性 | 首次将MYCT1识别为人类造血干细胞的关键调节因子,通过控制内吞作用和环境感知来维持干细胞特性,并发现其在细胞培养中下调是HSC扩增的脆弱点 | 研究主要基于胎儿肝脏和脐带血来源的HSPCs,未涉及成人或其他来源的造血干细胞,且机制细节如MYCT1与信号通路的相互作用需进一步探索 | 探究人类造血干细胞自我更新和移植能力的调控机制,以改善体外培养扩增功能 | 人类造血干细胞和祖细胞(HSPCs),包括胎儿肝脏和脐带血来源 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,慢病毒介导的基因敲低和过表达 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿肝脏和脐带血HSPCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-04-09 |
Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC
2024-06-26, Aging
DOI:10.18632/aging.205974
PMID:38944814
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学和空间组学数据,揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的分类、空间分布及其临床意义 | 首次结合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组测序,从多组学和空间维度系统解析ccRCC的肿瘤内异质性,并识别出调控功能异质性癌细胞的关键转录因子 | 未明确说明样本数量及具体测序平台细节,可能限制了结果的普适性和技术可重复性 | 阐明透明细胞肾细胞癌(ccRCC)肿瘤内异质性的分子机制及其在癌症转移、复发和治疗抵抗中的作用 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)肿瘤组织 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq),空间转录组测序(stRNA-seq),批量RNA测序(RNA-seq) | 一致性非负矩阵分解(cNMF)算法 | 单细胞转录组数据,染色质可及性数据,空间转录组数据,批量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-04-07 |
AML/T cell interactomics uncover correlates of patient outcomes and the key role of ICAM1 in T cell killing of AML
2024-06, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02255-1
PMID:38724673
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性髓系白血病(AML)与T细胞的相互作用,揭示了AML对T细胞杀伤敏感或抵抗的转录程序,并发现ICAM1在T细胞杀伤AML中的关键作用 | 利用单细胞RNA-seq技术首次在AML与T细胞相互作用前后进行转录组分析,识别出与患者生存相关的抵抗程序,并验证ICAM1作为免疫突触关键成分在T细胞杀伤中的触发作用 | AML异质性意味着多种因素可能影响其对T细胞杀伤的敏感性,研究可能未涵盖所有决定因素 | 探究AML对T细胞杀伤的敏感性和抵抗机制,以及ICAM1在T细胞介导的AML杀伤中的作用 | 原发性AML患者样本、人工程细胞毒性CD4 T细胞、原代离体分离的CD8 T细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及原发性AML患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-04-07 |
Beyond the marrow: insights from comprehensive next-generation sequencing of extramedullary multiple myeloma tumors
2024-06, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02206-w
PMID:38493239
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研究论文 | 本研究通过对14例髓外多发性骨髓瘤肿瘤样本进行全面的二代测序分析,揭示了其关键分子特征和肿瘤微环境 | 这是迄今为止最全面的EMM肿瘤二代测序分析,首次报告了EMM的肿瘤微环境特征,并首次开展了EMM的纵向研究以追踪从诊断到复发的分子变化 | 样本量较小(N=14),可能限制结果的普遍性 | 探究髓外多发性骨髓瘤的分子特征、肿瘤微环境及其与疾病发展和免疫治疗反应的关系 | 髓外多发性骨髓瘤肿瘤样本 | NA | 多发性骨髓瘤 | 二代测序,单细胞测序 | NA | 基因组测序数据,单细胞测序数据 | 14例EMM肿瘤样本,并利用大型CoMMpass数据集进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-04-05 |
Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07466-1
PMID:38811723
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了隐孢子虫完整生命周期的基因表达程序,并鉴定了控制雄性发育的关键转录因子Myb-M | 推翻了现有模型,提出隐孢子虫仅存在三种细胞内阶段;首次鉴定了决定雄性命运的最早转录因子Myb-M;通过条件性表达和敲除证明了该因子对发育程序和感染的调控作用 | NA | 阐明隐孢子虫生命周期和性别发育的分子机制,为疫苗和治疗开发提供新靶点 | 隐孢子虫(Cryptosporidium parvum) | 单细胞组学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 体外培养和感染动物模型中的隐孢子虫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-04-04 |
Single-Cell RNA Sequencing of Mutant Whole Mouse Embryos: From the Epiblast to the End of Gastrulation
2024-06-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66866
PMID:38949298
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研究论文 | 本文介绍了一种针对突变小鼠胚胎在E6.5至E8天原肠胚形成阶段进行单细胞RNA测序的稳健方法 | 开发了一种克服突变胚胎单细胞分析技术限制的完整方法,包括优化育种、定时妊娠、同日基因分型和细胞/细胞核分离流程 | 方法主要针对小鼠胚胎,且在原肠胚形成阶段应用,可能不直接适用于其他发育阶段或物种 | 研究突变如何影响原肠胚形成阶段的细胞景观 | 突变小鼠胚胎(E6.5至E8天) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微滴式单细胞分析 |
| 92 | 2026-04-04 |
IL-1β Inhibition Partially Negates the Beneficial Effects of Diet-Induced Atherosclerosis Regression in Mice
2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320800
PMID:38695167
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研究论文 | 本研究探讨了在Apoe-/-小鼠中,通过饮食诱导动脉粥样硬化消退后,抑制IL-1β对斑块稳定性和组成的意外有害影响 | 首次结合平滑肌细胞谱系追踪、单细胞RNA测序和质谱流式细胞术,揭示了IL-1β在维持饮食诱导的斑块稳定性和减少斑块负担中的关键作用,挑战了IL-1β抑制可能有益的预期 | 研究仅在Apoe-/-小鼠模型中进行,结果可能无法直接外推至人类;未探讨IL-1β抑制影响斑块稳定性的所有潜在分子机制 | 探究降低饮食脂质对晚期动脉粥样硬化病变组成和稳定性的影响,以及IL-1β抑制在此过程中的作用 | Apoe-/-小鼠(平滑肌细胞谱系追踪模型)的主动脉和头臂动脉粥样硬化病变 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、免疫染色、高分辨率共聚焦显微镜z-stack分析 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据、成像数据 | Apoe-/-小鼠(具体数量未在摘要中明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 93 | 2026-03-21 |
Insights into the heterogeneity of the tumor microenvironment in lung adenocarcinoma and squamous carcinoma through single-cell transcriptomic analysis: Implications for distinct immunotherapy outcomes
2024-06, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3694
PMID:38847309
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了肺腺癌和肺鳞癌肿瘤微环境的异质性,并探讨了其对免疫治疗结果差异的影响 | 首次通过单细胞RNA测序结合批量转录组和多重免疫荧光验证,系统比较了LUAD和LUSC的肿瘤微环境差异,并发现了与免疫治疗反应相关的特定细胞亚群和基因表达特征 | 样本量相对较小(38例NSCLC患者),且验证队列可能受到中心特异性因素影响 | 探究肺腺癌和肺鳞癌肿瘤微环境异质性及其对免疫治疗结果差异的影响机制 | 非小细胞肺癌(NSCLC)患者,特别是肺腺癌(LUAD)和肺鳞癌(LUSC)亚型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,批量转录组数据,图像数据 | 38例NSCLC患者(单细胞队列),外加验证队列(批量转录组和mIF) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学(通过mIF间接相关) | NA | NA |
| 94 | 2026-03-21 |
The profile of cytokines against bacterial infection in dental pulp
2024-06, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3707
PMID:38811236
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序数据,分析了健康与炎症牙髓组织中细胞因子的表达特征,揭示了不同细胞类型在细菌感染下的响应机制 | 首次在单细胞水平上系统总结了健康与炎症牙髓中各类细胞的细胞因子分泌谱,并揭示了牙髓作为封闭环境模型在细菌感染研究中的独特价值 | 研究基于公共GEO数据集,可能受限于样本来源和测序深度,且未进行实验验证 | 探究牙髓细胞在细菌感染过程中通过细胞因子响应的机制 | 健康与炎症状态的人类牙髓组织 | 单细胞转录组学 | 牙髓炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组表达矩阵 | 从GEO数据集下载的健康与炎症牙髓组织单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-03-17 |
The Absence of Intra-Tumoral Tertiary Lymphoid Structures is Associated with a Worse Prognosis and mTOR Signaling Activation in Hepatocellular Carcinoma with Liver Transplantation: A Multicenter Retrospective Study
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309348
PMID:38498682
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌肝移植患者肿瘤内三级淋巴结构的缺失与预后不良及mTOR信号通路激活的关系,并构建了基于影像组学的非侵入性预测模型 | 首次在肝细胞癌肝移植患者中系统研究肿瘤内三级淋巴结构与预后的关系,并利用大规模影像组学数据构建了首个非侵入性预测三级淋巴结构丰度的分类器 | 这是一项多中心回顾性研究,可能存在选择偏倚,且需要前瞻性研究进一步验证影像组学模型的临床适用性 | 探究肝细胞癌肝移植患者肿瘤内三级淋巴结构的临床意义及其与非侵入性预测方法的关联 | 肝细胞癌肝移植患者的肿瘤组织及影像数据 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 影像组学 | 分类器 | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 影像数据 | 最大规模的具有可用影像组学数据的肝细胞癌患者队列 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-03-15 |
Gut-Derived Exosomes Mediate the Microbiota Dysbiosis-Induced Spermatogenesis Impairment by Targeting Meioc in Mice
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202310110
PMID:38526201
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研究论文 | 本研究揭示了肠道菌群失调通过肠道来源的外泌体miR-211-5p靶向睾丸中的Meioc基因,从而干扰减数分裂过程并损害精子发生 | 首次阐明了非生殖组织来源的外泌体在精子发生调控中的作用,定义了“肠道-睾丸”轴的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;具体信号通路细节需进一步探索 | 探究肠道菌群失调导致雄性生育能力下降的调控机制 | 小鼠(包括肠道菌群失调模型和野生型小鼠) | 生殖生物学 | 生育障碍 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 未明确指定样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-03-15 |
Pan-Cancer Single-Cell and Spatial-Resolved Profiling Reveals the Immunosuppressive Role of APOE+ Macrophages in Immune Checkpoint Inhibitor Therapy
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401061
PMID:38569519
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组数据,揭示了APOE+巨噬细胞在免疫检查点抑制剂治疗中的免疫抑制角色,并构建了一个预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序、机器学习及空间转录组技术,系统性地探究了APOE+巨噬细胞在泛癌种ICI治疗中的免疫抑制机制,并开发了基于巨噬细胞特征的预测模型 | 模型验证主要基于回顾性数据,前瞻性临床验证有待加强;机制研究虽结合了体内外实验,但具体信号通路细节仍需进一步阐明 | 探究巨噬细胞异质性对免疫检查点抑制剂治疗响应的影响,并开发预测模型 | 泛癌种患者样本、三阴性乳腺癌患者样本、4T1荷瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 泛癌种(重点关注三阴性乳腺癌) | 单细胞RNA测序,空间转录组技术,多重免疫组化,机器学习 | 机器学习算法(具体未指明,如SVM、随机森林等) | 单细胞RNA测序数据,bulk RNA测序数据,空间转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 98 | 2026-03-14 |
Mgp High-Expressing MSCs Orchestrate the Osteoimmune Microenvironment of Collagen/Nanohydroxyapatite-Mediated Bone Regeneration
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308986
PMID:38588510
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了胶原/纳米羟基磷灰石骨修复材料周围骨免疫微环境的细胞图谱,并鉴定了一组高表达基质Gla蛋白(Mgp)的功能性间充质干细胞亚群 | 首次在单细胞水平结合空间转录组学描绘了骨修复材料植入后的骨免疫微环境动态图谱,并鉴定出Mgp高表达间充质干细胞(MgpMSCs)这一关键先驱亚群及其通过Mdk/Lrp1配体-受体对调控巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要聚焦于早期骨再生阶段,长期效应及临床转化潜力仍需进一步验证 | 阐明生物材料介导的骨再生早期阶段中功能性间充质干细胞亚群的作用及其调控骨免疫微环境的分子机制 | 植入胶原/纳米羟基磷灰石骨修复材料后的小鼠骨修复区域细胞 | 数字病理学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 99 | 2026-03-14 |
Multiome in the Same Cell Reveals the Impact of Osmotic Stress on Arabidopsis Root Tip Development at Single-Cell Level
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308384
PMID:38634607
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研究论文 | 本文通过单细胞多组学技术,研究了渗透胁迫对拟南芥根尖发育的影响,并重建了转录调控网络 | 首次在单细胞水平同时捕获基因表达和染色质可及性,并构建了高分辨率的转录调控网络,揭示了渗透胁迫下细胞异质性 | 数据整合仍存在挑战,且样本仅限于拟南芥根尖,可能不适用于其他植物或组织 | 研究渗透胁迫下拟南芥根尖发育的细胞特异性转录调控网络 | 拟南芥根尖细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞多组学(scRNA-seq和scATAC-seq) | 伪时间轨迹分析 | 单细胞基因表达和染色质可及性数据 | 16,670个拟南芥根尖细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-03-06 |
Temporal dynamics and genomic programming of plasma cell fates
2024-Jun, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01831-y
PMID:38698087
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了抗原特异性浆细胞前体的发育动态和基因组编程,特别是长寿命骨髓浆细胞的生成机制 | 发现了浆细胞前体的双相生成模式,并识别出一个新的浆细胞过渡状态,该状态依赖于TIGIT的可诱导表达进行克隆扩增 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证,且样本规模可能有限 | 阐明浆细胞前体的发育动力学和基因组编程,特别是长寿命浆细胞的生成机制 | 小鼠模型中的抗原特异性浆细胞前体,包括脾脏和骨髓中的B细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,B细胞抗原受体测序 | NA | 单细胞转录组数据,B细胞受体序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |