单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-03	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023 PMID:38601985	研究论文	研究Esm-1在糖尿病肾病(DKD)中的转录极化作用及其在肾内皮细胞中的表达特征	首次利用单细胞RNA测序数据揭示Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化现象及其与血管发育基因的关联	研究样本量相对有限，且主要依赖公开数据库数据	探究Esm-1在糖尿病肾病中的表达特征及其功能意义	小鼠和人类的肾内皮细胞	分子生物学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、RNAscope	NA	RNA测序数据	27,786个肾内皮细胞(来自3个小鼠和4个人类数据库)，20名健康受试者和41名DKD患者的批量转录组数据
82	2025-06-03	Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008 PMID:38458319	研究论文	本研究开发并表征了具有不同遗传驱动因素的免疫活性胆管癌（CCA）小鼠模型，以探索肿瘤免疫微环境（TIME）并测试新型免疫治疗策略	开发了模拟人类肝内胆管癌（iCCA）的Fbxw7ΔF/Akt驱动的小鼠模型，并比较了不同遗传驱动模型在肿瘤基因组学、免疫生物学和治疗反应上的差异	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索胆管癌的肿瘤免疫微环境及免疫治疗反应	小鼠模型和人类胆管癌患者队列	肿瘤免疫学	胆管癌	scRNA-seq, CITE-seq, 全外显子测序, 批量RNA测序	小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	多个小鼠模型及人类胆管癌患者队列
83	2025-06-03	Inter- and trans-generational impacts of environmental exposures on the germline resolved at the single-cell level 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100465 PMID:38586548	review	本文讨论了单细胞技术在生殖毒理学研究中的应用及其对理解环境暴露对生殖细胞功能影响的潜力	利用单细胞RNA测序、ATAC测序和多组学技术，深入分析环境暴露对生殖细胞功能的影响及其在组织和细胞类型中的差异分布	讨论主要集中在两种模式生物（果蝇和小鼠）上，可能无法完全反映人类生殖系统的复杂性	探讨单细胞技术如何促进生殖毒理学研究，以理解环境暴露对生殖细胞功能的影响	生殖细胞及其在不同环境暴露（如酒精和电子烟）下的反应	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序, ATAC测序, 多组学	NA	单细胞数据, 核转录组数据	两种模式生物（果蝇和小鼠）
84	2025-05-31	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	research paper	通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制	研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制及其在血管疾病中的作用	血管平滑肌细胞(VSMC)	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组学, 表观遗传分析	基因调控网络	转录组数据, 表观遗传数据	NA
85	2025-05-23	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Jun-20, ArXiv PMID:38947920	研究论文	介绍了一个名为STimage-1K4M的新型数据集，该数据集通过为子图块提供基因组特征，弥补了现有医学图像-文本数据集的不足	STimage-1K4M数据集首次将病理图像的子图块与高维基因表达数据配对，提供了前所未有的细粒度数据	数据集仅包含1,149张图像，可能不足以覆盖所有病理情况	推动多模态数据分析和计算病理学领域的先进研究	病理图像和基因表达数据	计算病理学	NA	空间转录组学	NA	图像和基因表达数据	1,149张图像，4,293,195对子图块和基因表达数据
86	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601229 PMID:38979200	研究论文	本文开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应性	开发了BaSSSh-seq方法，首次在单细胞分辨率下捕捉生物膜的转录异质性及对免疫压力的差异响应	未明确说明方法在其它类型细菌或更复杂环境中的适用性	探索生物膜内细菌亚群的转录异质性及其对免疫压力的适应性	细菌生物膜中的亚群细胞	微生物组学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量
87	2025-05-15	Identification and Analysis of Biomarkers Associated with Lipophagy and Therapeutic Agents for COVID-19 2024-06-07, Viruses DOI:10.3390/v16060923 PMID:38932215	研究论文	通过生物信息学分析，研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	首次研究了脂噬相关基因在COVID-19中的功能，并识别出7个可作为生物标志物和药物靶点的脂噬相关基因	研究基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	COVID-19患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、GLM、XGBoost）	随机森林, SVM-RFE, GLM, XGBoost	RNA-seq数据	三个GEO数据集（GSE145926、GSE183533、GSE190496）
88	2025-05-13	Single-cell transcriptional analysis of irradiated skin reveals changes in fibroblast subpopulations and variability in caveolin expression 2024-Jun-26, Radiation oncology (London, England) DOI:10.1186/s13014-024-02472-z PMID:38926892	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示辐射后皮肤成纤维细胞亚群的变化及caveolin表达的变异性	首次在辐射诱导纤维化（RIF）中识别出成纤维细胞亚群的特定变化及Cav1与Cav2的拮抗作用	样本量较小（仅6例患者），且仅针对乳腺癌术后重建患者的皮肤样本	探究辐射损伤后皮肤纤维化的细胞机制	辐射与非辐射的人类皮肤样本	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序（10X平台）、组织学评估、免疫组化、生物力学测试	Seurat聚类分析、SingleR分类器	单细胞转录组数据、组织学图像	6例女性患者的配对辐射/非辐射皮肤样本
89	2025-05-11	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.29.596006 PMID:38854132	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术对Spirostomum属的纤毛虫进行系统发育和物种界定分析	首次利用单细胞转录组数据和基于串联和溯祖的方法进行物种树推断和界定，揭示了该属中至少存在九个隐存种	样本主要来自韩国和美国，可能无法完全代表该属的全球多样性	阐明Spirostomum属纤毛虫的系统发育关系并界定物种边界	Spirostomum属的纤毛虫	进化生物学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	多物种溯祖模型(MSC)	转录组数据	25个物种群体(代表6个形态种)，37个群体样本和265个蛋白质编码基因
90	2025-05-10	Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07466-1 PMID:38811723	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）整个生命周期的基因表达程序，并确定了雄性命运的最早决定因素Myb-M转录因子	使用单细胞RNA测序技术揭示了隐孢子虫生命周期的基因表达程序，并首次确定了雄性命运的决定因素Myb-M转录因子	研究主要基于体外培养和感染动物模型，可能无法完全反映人体内的实际情况	研究隐孢子虫生命周期及其分子机制，为疫苗和治疗方法的开发提供基础	隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）	分子生物学	腹泻病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	体外培养和感染动物的隐孢子虫样本
91	2025-05-08	Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness 2024-Jun-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae313 PMID:38682582	研究论文	研究人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性	揭示了p16阳性β细胞的衰老状态如何通过染色质重组激活功能成熟基因的增强子，从而增强胰岛素分泌能力，并首次发现这些细胞中干扰素刺激基因的升高	研究主要基于体外培养的β样细胞和单细胞转录组数据，未在体内模型中验证这些发现	探究人类胰腺β细胞衰老对其功能成熟和干扰素反应性的影响	人类胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	成人人类胰腺β细胞的单细胞转录组数据集
92	2025-05-08	Cabergoline targets multiple pathways to inhibit PRL secretion and increases stromal fibrosis 2024-Jun-05, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1093/ejendo/lvae055 PMID:38781434	研究论文	通过单细胞RNA测序分析卡麦角林治疗和未治疗的泌乳素瘤的细胞组成和转录景观，揭示卡麦角林抑制PRL分泌及增加间质纤维化的多途径机制	首次描述了卡麦角林治疗后CD8+ T细胞的未知激活，这可能在其抗肿瘤作用中发挥作用	样本量较小（仅5例手术切除的泌乳素瘤）	揭示多巴胺激动剂治疗在人类泌乳素瘤肿瘤及邻近间质和免疫细胞中的潜在机制	3例卡麦角林治疗患者和2例未治疗患者的5例手术切除泌乳素瘤	单细胞转录组学	泌乳素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	5例手术切除的泌乳素瘤（3例治疗，2例未治疗）
93	2025-05-07	Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599799 PMID:38948852	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示了少突胶质细胞中转录因子的协同作用对基因调控的影响	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别了少突胶质细胞中协同调控靶基因表达的转录因子对，并利用深度学习模型预测了这些转录因子的重要性	研究主要基于计算模型预测，部分结果需要实验验证	探究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达	少突胶质细胞及其转录因子	生物信息学	脑部疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
94	2025-04-26	Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis 2024-Jun-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49037-y PMID:38876998	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分辨率互作组学，揭示了牙周炎中与牙齿相关角质形成细胞的相互作用及其在炎症中的作用	首次整合了人类牙周组织的单细胞RNA测序图谱，并揭示了牙周炎中角质形成细胞的特定免疫相互作用和空间表型	需要进一步研究以支持在慢性炎症状态下的精准牙周干预	研究牙周炎中牙周生态位细胞类型与微生物的关系	人类牙周组织中的角质形成细胞（SK/JKs）及其与微生物的相互作用	单细胞组学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞宏基因组学、荧光原位杂交、高度多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、空间表型数据	34个样本，105,918个细胞
95	2025-04-25	SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1 2024-06, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2429-5 PMID:38240906	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，发现转录共激活因子SUB1与结直肠癌（CRC）转移相关，并揭示了SUB1通过激活NF-κB信号通路促进CRC转移的机制	首次发现SUB1通过调控UBR5介导的UBXN1泛素化降解，激活NF-κB信号通路，从而促进CRC转移	研究未涉及SUB1在其他癌症类型中的作用，且体内外实验的转化效果需进一步验证	探究SUB1在结直肠癌转移中的作用及其分子机制	结直肠癌细胞及转移过程	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
96	2025-04-24	Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601034 PMID:38979245	research paper	开发了一种名为bacterial-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌中的单细胞异质性	结合1000倍体积膨胀与MERFISH技术，创建了bacterial-MERFISH方法，实现了对单个细菌内数千个操纵子的高分辨率空间分析	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌的mRNA和操纵子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差稳健荧光杂交）	NA	图像	未明确提及具体样本数量
97	2025-04-24	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了早期生命暴露于BDE-99会重编程肠-肝轴，促进雄性小鼠在成年后期的促炎性代谢特征	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯的长期影响，并阐明了肠道微生物组在维持肝脏免疫耐受中的必要性	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异；且仅关注了BDE-99这一种PBDE同系物的影响	探究新生儿期BDE-99暴露对肠-肝轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	毒理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微生物组移植	NA	基因表达数据、微生物组数据	雄性C57BL/6小鼠幼崽（实验组和对照组）
98	2025-04-18	TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.596911 PMID:38895265	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）对紫杉醇的反应，揭示了与干扰素反应相似的现象及细胞周期相关的耐药机制	通过单细胞RNA测序和转录因子富集分析，发现了紫杉醇诱导的干扰素样反应及关键转录因子ELF3在耐药性中的作用	研究主要基于体外细胞实验和公共数据库分析，缺乏临床样本验证	解析TNBC对紫杉醇的耐药机制并寻找潜在生物标志物	三阴性乳腺癌细胞系	癌症生物学	乳腺癌	scRNA-seq, siRNA敲除, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 影像数据	未明确提及具体样本量（基于细胞系实验）
99	2025-04-15	Integrative single-cell and bulk transcriptomes analyses reveals heterogeneity of serine-glycine-one-carbon metabolism with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities in HNSCC 2024-06-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00310-2 PMID:38886346	research paper	该研究通过整合单细胞和批量转录组分析，揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中丝氨酸-甘氨酸-一碳代谢的异质性及其对预后和治疗脆弱性的影响	首次在HNSCC中系统分析了SGOC代谢的异质性，并构建了4-SGOC基因预后特征，同时提出IMPDH1作为潜在的治疗靶点	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和代谢组学的验证	阐明HNSCC中代谢异质性的生物学作用并推动精准肿瘤学发展	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	scRNA-seq, bulk transcriptomes, LASSO-COX regression analysis	NA	RNA sequencing data	未明确提及具体样本数量
100	2025-04-13	Single-cell sequencing reveals VEGFR as a potential target for CAR-T cell therapy in chordoma 2024-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02635-5 PMID:38605247	研究论文	通过单细胞测序技术识别VEGFR作为脊索瘤CAR-T细胞治疗的潜在靶点	首次在脊索瘤中识别VEGFR作为CAR-T细胞治疗的靶点，并探索了TGF-β scFv增强CAR-T细胞疗效的潜力	样本量较小（14例脊索瘤样本），且仅在体外和器官模型中进行验证	探索脊索瘤的新型免疫治疗靶点及CAR-T细胞治疗的潜力	脊索瘤患者样本及脊索瘤细胞系	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	RNA-seq数据	14例脊索瘤患者样本