单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-01-22	Unveiling inflammatory and prehypertrophic cell populations as key contributors to knee cartilage degeneration in osteoarthritis using multi-omics data integration 2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224420 PMID:38325908	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了人类膝关节软骨组织中的炎症和前肥大细胞群在骨关节炎（OA）软骨退化中的关键作用	发现了新的炎症性软骨细胞群（InfC）和前肥大软骨细胞群（preHTC），并验证了它们在OA中的关键作用，同时提出了基于这些细胞群的患者分层策略	样本量相对较小（8名OA患者和3名非OA对照），且仅针对膝关节软骨，未涉及其他关节或更广泛的OA病理机制	研究骨关节炎（OA）中膝关节软骨退化的关键细胞群及其分子机制	人类膝关节软骨组织	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化染色、定量实时PCR	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、全基因组关联研究数据	8名OA患者和3名非OA对照，共19个样本
62	2025-01-22	Disease activity drives divergent epigenetic and transcriptomic reprogramming of monocyte subpopulations in systemic lupus erythematosus 2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225433 PMID:38413168	研究论文	本研究探讨了系统性红斑狼疮（SLE）中不同单核细胞亚群的表观遗传和转录组特征，及其与疾病活动和进展的关系	揭示了SLE疾病活动对单核细胞分化的表观遗传和转录组程序的影响，并识别了单核细胞亚群特异性的改变	研究主要基于DNA甲基化和转录组数据，可能未涵盖所有影响单核细胞功能的因素	研究SLE中单核细胞亚群的表观遗传和转录组特征，以理解疾病活动和进展的机制	SLE患者和健康捐赠者的经典、中间和非经典单核细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	DNA甲基化测序、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	SLE患者和健康捐赠者的单核细胞样本
63	2025-01-19	Patterns of Unwanted Biological and Technical Expression Variation Among 49 Human Tissues 2024-06, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102069 PMID:38670317	研究论文	本研究利用来自49种人体组织的17,282个样本，探讨了基因表达变异的原因和模式，旨在提高去除不想要的变异同时保留与生物学问题相关的变异的能力	这是对组织表达变异潜在来源的最大规模探索之一，揭示了基因表达变异的预期和意外原因，并展示了匹配的组织学标本的实用性	14%的变异原因尚不明确，且部分解释为低置信度	提高去除不想要的基因表达变异同时保留与生物学问题相关的变异的能力	49种人体组织的17,282个样本	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	17,282个样本
64	2025-01-15	Single-cell transcriptomics reveals antigen-presenting capacity and therapeutic resistance potential of immunomodulatory endothelial cells in colorectal cancer 2024-06, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1311 PMID:38874280	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了结直肠癌中免疫调节内皮细胞的抗原呈递能力和治疗耐药潜力	首次聚焦于免疫调节内皮细胞（IMECs）在肿瘤免疫平衡调节中的作用及其对抗血管生成疗法（AATs）的影响	研究主要基于公开数据库的单细胞转录组数据，缺乏实验验证	探讨结直肠癌中免疫调节内皮细胞的功能及其对抗血管生成疗法的影响	结直肠癌中的免疫调节内皮细胞（IMECs）	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	基于公开数据库的结直肠癌样本
65	2025-01-13	The diversification of methods for studying cell-cell interactions and communication 2024-Jun, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-023-00685-8 PMID:38238518	综述	本文探讨了细胞间相互作用和通讯研究方法的多样化进展	介绍了新一代计算工具的进化，这些工具能够处理更复杂的数据集，包括单细胞和空间转录组学数据，并考虑了细胞的异质性和空间组织	未具体提及研究的局限性	加速发现细胞在其群落中的角色，推动细胞间相互作用和通讯的研究	细胞间相互作用和通讯	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	单细胞数据、空间数据	NA
66	2025-01-12	Comprehensive single-cell atlas of the mouse retina 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109916 PMID:38812536	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞图谱，涵盖了超过330,000个细胞，并识别了12个主要类别和138种细胞类型	生成了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞RNA测序数据集，整合了公共数据集，构建了小鼠视网膜细胞图谱（MRCA），并识别了新的细胞类型	数据集主要来自C57BL/6J小鼠，可能不适用于其他品系或物种	构建一个全面的小鼠视网膜单细胞图谱，以促进视网膜研究	C57BL/6J小鼠视网膜细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	约190,000个单细胞，整合后超过330,000个细胞
67	2024-12-21	Proteomic, single-cell and bulk transcriptomic analysis of plasma and tumor tissues unveil core proteins in response to anti-PD-L1 immunotherapy in triple negative breast cancer 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108537 PMID:38744008	研究论文	本文通过蛋白质组学、单细胞和批量转录组学分析，揭示了三阴性乳腺癌患者在接受抗PD-L1免疫治疗后核心蛋白质的变化	构建了一个有效的血浆蛋白质组模型，用于预测免疫治疗的反应，并发现FAP+和COMP+成纤维细胞可能是逆转免疫治疗抵抗的潜在靶点	需要进一步验证和扩展样本量以确认研究结果的普遍性和可靠性	揭示三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的反应机制，并开发预测模型	三阴性乳腺癌患者的血浆和肿瘤组织样本	蛋白质组学	乳腺癌	TMT质谱分析、单细胞RNA测序、批量RNA测序	随机森林模型	蛋白质组数据、转录组数据	来自三阴性乳腺癌患者的预处理和后处理血浆样本，以及公开的肺癌和黑色素瘤的蛋白质组数据
68	2024-12-21	K-nearest-neighbors induced topological PCA for single cell RNA-sequence data analysis 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108497 PMID:38678944	研究论文	本文提出了一种基于k近邻拓扑的PCA方法，用于单细胞RNA测序数据分析	本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种拓扑主成分分析（tPCA）方法，并通过引入k近邻持久拉普拉斯技术（kNN-PL）进一步提升了方法的鲁棒性	本文未提及具体的局限性	旨在解决单细胞RNA测序数据分析中的多尺度多类别异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PCA	基因表达数据	11个不同的单细胞RNA测序基准数据集
69	2024-12-21	ISMI-VAE: A deep learning model for classifying disease cells using gene expression and SNV data 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108485 PMID:38653063	研究论文	本文提出了一种基于变分自编码器（VAE）的深度学习模型ISMI-VAE，用于整合和分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核苷酸变异（SNV）数据，以分类疾病细胞	ISMI-VAE通过引入注意力机制来反映特征重要性，并分析潜在的致病基因特征，同时利用深度学习技术整合多模态数据并映射到低维空间	NA	开发一种能够有效整合和分析单细胞RNA测序和单核苷酸变异数据的方法，以提高疾病细胞分类的准确性和可解释性	单细胞RNA测序和单核苷酸变异数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	基因表达数据和SNV数据	三个癌症数据集和一个COVID-19数据集
70	2024-12-19	A single-cell sequence analysis of mouse subcutaneous white adipose tissue reveals dynamic changes during weaning 2024-06-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06448-3 PMID:38951550	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和其他分子及组织学检测方法，全面比较了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后7天到断奶后7天的动态变化	首次详细描述了断奶期间小鼠皮下白色脂肪组织中前脂肪细胞的发育轨迹，并揭示了具有米色潜能的前脂肪细胞的转化过程，同时发现了断奶期特有的免疫细胞及其对前脂肪细胞的潜在调控作用	研究仅限于小鼠皮下白色脂肪组织，且样本量较小，可能无法完全代表所有脂肪组织的发育变化	探讨断奶期间小鼠皮下白色脂肪组织的发育重塑过程及其潜在调控机制	小鼠皮下白色脂肪组织在出生后7天到断奶后7天的动态变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠皮下白色脂肪组织样本
71	2024-12-19	Single-cell transcriptional profiling of clear cell renal cell carcinoma reveals a tumor-associated endothelial tip cell phenotype 2024-06-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06478-x PMID:38942917	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境，揭示了肿瘤相关内皮尖端细胞表型	发现了与上皮-间质转化相关的未被描述的血管亚群，并揭示了肿瘤血管与基质细胞在肿瘤微环境中对免疫细胞的抑制性相互作用	研究主要集中在单细胞RNA测序数据的分析，未涉及实验验证	探讨透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境特征及其与疾病进展和治疗反应的关系	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境，包括血管和免疫细胞的相互作用	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	50,236个来自配对肿瘤和健康邻近肾组织的转录组
72	2024-12-19	Regulation of endocrine cell alternative splicing revealed by single-cell RNA sequencing in type 2 diabetes pathogenesis 2024-06-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06475-0 PMID:38937540	研究论文	本研究通过重新分析已存档的全长单细胞RNA测序数据，探讨了在非糖尿病（ND）和2型糖尿病（T2D）个体中，人类胰腺内分泌细胞类型的可变剪接（AS）调控机制	首次揭示了在糖尿病进展过程中，胰腺胰岛细胞的可变剪接对β细胞功能障碍的影响，并提出了通过调控可变剪接来调节β细胞功能的机制	研究依赖于已存档的数据，可能无法涵盖所有可能的变异和情况	探讨在2型糖尿病病理过程中，胰腺内分泌细胞的可变剪接调控机制	人类胰腺内分泌细胞在非糖尿病和2型糖尿病个体中的可变剪接调控	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	非糖尿病和2型糖尿病个体的胰腺内分泌细胞
73	2024-12-19	A Fusion Learning Model Based on Deep Learning for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering 2024-06, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0512 PMID:38758925	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的融合学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类	创新点在于将深度学习技术应用于单细胞RNA测序数据的聚类任务，并提出了一个融合学习模型	NA	旨在开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	RNA-seq	深度学习模型	RNA测序数据	NA
74	2024-12-18	Subpopulations of fibroblasts derived from human iPS cells 2024-06-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06419-8 PMID:38890483	研究论文	本文研究了从人诱导多能干细胞（iPSCs）分化而来的成纤维细胞亚群，并分析了它们在不同器官中的特性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了从iPSCs分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的亚群，揭示了基于发育的成纤维细胞异质性	研究仅限于心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞，未涵盖所有器官的成纤维细胞	探讨成纤维细胞在不同器官中的异质性，为控制纤维化提供治疗策略	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的多个样本
75	2024-12-18	Integrative analysis of single-cell RNA-seq and gut microbiome metabarcoding data elucidates macrophage dysfunction in mice with DSS-induced ulcerative colitis 2024-06-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06409-w PMID:38879692	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和肠道微生物群的宏条形码数据，揭示了DSS诱导的小鼠溃疡性结肠炎中巨噬细胞功能障碍	本研究首次整合单细胞RNA测序和16s rRNA扩增子测序数据，揭示了巨噬细胞在慢性溃疡性结肠炎中的异质性和炎症反应的分子机制	本研究仅在DSS诱导的小鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨免疫和代谢变化在溃疡性结肠炎中的具体作用机制	DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型中的结肠细胞和微生物群	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，16s rRNA扩增子测序	NA	RNA序列，微生物群数据	多个时间点的DSS诱导溃疡性结肠炎小鼠结肠样本
76	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.11.589096 PMID:38645001	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中单细胞调控结构中的性别差异，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	首次通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序等技术，揭示了性别在β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的差异，特别是性染色体和常染色体基因表达的差异	研究样本量相对较小，且仅限于特定种族和性别的捐赠者，可能限制了结果的普适性	探讨性别差异在人类胰腺胰岛调控和功能中的作用，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	人类胰腺胰岛中的β细胞功能和2型糖尿病发病机制	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据	52名捐赠者（包括37名来自人类胰腺分析计划[HPAP]数据集的捐赠者）
77	2024-12-17	A Bibliometric Analysis of the Spatial Transcriptomics Literature from 2006 to 2023 2024-Jun-10, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01484-3 PMID:38856921	综述	本文对2006年至2023年间的空间转录组学文献进行了文献计量分析，揭示了该领域的研究前沿和趋势	首次对空间转录组学领域进行了全面的文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和全球合作网络	文献计量分析主要基于已发表的文献，可能无法全面反映该领域的所有研究动态	分析空间转录组学领域的研究前沿和趋势	2006年至2023年间发表的空间转录组学相关文献	NA	NA	文献计量分析	NA	文本	1467篇论文和综述
78	2024-12-16	Integration of Pan-Cancer Cell Line and Single-Cell Transcriptomic Profiles Enables Inference of Therapeutic Vulnerabilities in Heterogeneous Tumors 2024-06-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3005 PMID:38581448	研究论文	本文开发了一种名为scIDUC的计算框架，通过整合单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据，预测个体细胞的药物疗效	提出了scIDUC框架，能够高效地将单细胞转录组数据转化为个体细胞的药物反应预测，为异质性肿瘤的治疗提供了新工具	需要进一步验证该框架在更多疾病类型和更大样本量中的适用性和准确性	开发一种能够预测异质性肿瘤中个体细胞药物反应的计算工具	单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗性前列腺癌三种不同疾病的细胞系
79	2024-12-14	Challenges and opportunities in cancer immunotherapy: a Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) strategic vision 2024-Jun-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009063 PMID:38901879	review	本文由癌症免疫治疗学会召集的专家组讨论了癌症免疫治疗领域的当前机遇和挑战，并提出了未来十年的战略愿景	本文提出了七个高优先级的研究领域，并讨论了可能阻碍进展的潜在障碍，以及三个关键的指导原则	NA	识别癌症免疫治疗领域的当前机遇和挑战，并优先考虑具有最高临床影响的领域	癌症免疫治疗领域的七个高优先级领域及跨领域的优化工具	NA	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
80	2024-12-14	CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07537-3 PMID:38867048	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了IL-23受体表达细胞在肠道中的急性反应，揭示了CTLA-4在ILC3s上的上调及其在调节IL-23介导的炎症中的作用	首次发现CTLA-4在ILC3s上的上调，并揭示了其在调节IL-23介导的炎症中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，对人类样本的研究较少，且未探讨CTLA-4在其他炎症性疾病中的作用	探讨IL-23介导的炎症反应中CTLA-4的作用机制	肠道中的IL-23受体表达细胞及ILC3s	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类ILC3s样本